4M63C

Crystal structure of a filament-like actin trimer bound to the bacterial effector vopl
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCAAAIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization
publication title The Bacterial Effector VopL Organizes Actin into Filament-like Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule tags Actin-binding protein
total genus 102
structure length 361
sequence length 369
chains with identical sequence D, E
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2013-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4m63C03
3DJCA 2ITMA 2BTFA 1GLFO 2P9PB 5AQOA 3BP8A 4FWNA 3EN9A 2P9LA 3JS6A 1HJOA 3DXKB 2FLOA 3CI5A 2A41A 1H1VA 2P9NA 2YHXA 3FZLA 3MN9A 4FWSA 3QMLA 2FF3B 3WT0A 4B1WB 5ELZA 3R6MA 3SMPA 3MCPA 3OHRA 4B1UB 4BC4A 3CIPA 2H3GX 3ATVA 3ENHA 3MDQA 4BR4A 4BGAA 1RDWX 5AQTA 3W0LA 2IVPA 3UKRB 5BPMA 4H0YB 3R8EA 4CZHA 3LDNA 1HKCA 2E8AA 2D0OA 3A5MC 3FFKB 3CQYA 1KXPA 4M7XA 3SMSA 3ZEUA 4MLHA 3AY9A 4Y0WA 1QQMA 3ZX3A 3ULEB 4BQLA 4FWQA 4EAHD 4EHUA 4YDUC 3EKSA 5FPDA 4FWMA 3QFPA 1IG8A 1KAZA 1R59O 3RSEA 4I6MA 1TYQA 5JMVA 1NGEA 2QWQA 1BU6O 4CZMA 3AAPA 1NGFA 1U2VA 3D2FA 3CERA 4CD3A 1DEJA 4MLEA 4B1VA 3LL3A 5EVZA 1V4SA 1ZXOA 3A5NC 3GOIA 3CJAA 3JXUA 1EQYA 5BN8A 2A3ZA 2P9IA 1QHAA 1TUUA 2BUPA 3BF3A 4WYBA 3VGLA 5AZIB 3CETA 3MK6A 1BUPA 3UKUB 2YJFA 5EOYA 2P9KA 4FWRA 2W41A 2FXUA 3U4LA 2QWLA 3MN6A 5B8HA 5AQSA 5AQLA 4H03B 4EHTA 3ATUA 3ZETA 3HSCA 3C7NB 4PKGA 4PL8A 1QZ6A 5LJVA 3GL1A 2GWJA 3HM8A 3ENOA 3AAQA 3F9MA 3HI0A 3I33A 4DHYA 3VEVA 5JICA 2F9TA 5AQRA 1NMDA 5BRDA 1IJJA 3VPZA 2VYPA 5EXWA 1BWFO 2ZF5O 1GLBG 3O4WA 4BR0A 4A61A 3J8AA 3IFRA 4C23A 4CZFA 1YUWA 3H3NO 4JHDB 4MO4A 3VERA 2E1YA 2GUPA 3QFUA 3WEEA 1NGHA 4BG8A 3LDQA 2ASOA 2P9NB 2Q36A 4AM6A 4BRAA 1TUYA 3L6QA 2YI1A 3KZBA 3EZWA 1NLVA 1NBWA 4F9OA 3VF6A 4EIAA 2QXLA 2PBDA 1DGKN 1NWKA 3VF4A 4DQ8A 4FWPA 3SLCA 4RWTA 4A2BA 4JD2A 2ASMA 5AQZA 2CH6A 2CGJA 4BG9A 4WQ4A 1GLEG 2GELA 2HMPA 3FGUA 4B1ZA 3FZHA 1GLLO 2ZGYA 4YDUA 3UE5A 2W40A 5EX5A 1S22A 2AA4A 2ZWHA 2V7ZA 4QS7A 5AQGA 4IWVA 3HTVA 1YVNA 1BDGA 3H46O 2GEMA 3H3OB 4M7YA 2NRHA 4HTLA 2NZTA 5AQIA 3CJCA 4NO7A 3VEXA 3DXMA 3O8MA 1HX1A 5AZJA 2OANA 3DAWA 4H0OA 5AQJA 1LCUA 2YHWA 3EL2A 2Q1NA 3BUZB 3I8BA 4L3QA 2I7PA 4WQ4C 4BRFA 1E4GT 4CZKA 4H0PA 4H5NA 2V52B 4XH5A 3SK3A 3D2EA 1E4FT 2P9SA 5AQWA 4XH1A 2P9KB 4BR2A 4BRIA 5BR9A 3ZX0A 3GG4A 2QWPA 2Q0RA 4JNEA 2UYTA 2P9PA 1Y64A 5F2RA 3AARA 1NGJA 2E2OA 2E88A 2FF6A 1OKJA 3DXKA 3QDKA 3CJ7A 1QQOA 4BRLA 3BF1A 3VENA 3O1BA 2Q31A 1ATNA 1XUPO 3U9ZA 4K42A 4BRDA 3WQTA 2P9UB 3G25A 3R9PA 3UKRA 3A5LC 3LDLA 4DCHA 2E2PA 4K41A 3CJBA 1HUXA 3LM9A 1KAYA 2IVNA 3VGMA 3O08A 2AP1A 3FZFA 2E2NA 4FWOA 4H0TB 4IO8A 4BQZA 3ULEA 4BREA 1K8KB 1NGGA 5KPRA 1T6CA 5AQKA 1MWMA 3MN7A 3LDOA 2FSJA 4E1JA 5LJWA 1RFQA 1ZBSA 3KHYA 3O6WA 3O5BA 2FSNA 2KHOA 2HF3A 3QB0A 3GBTA 4BC3A 4KBOA 4BRPA 4BRHA 4BR7A 2A6AA 5BRHA 3MN5A 4QS8A 3O80A 3S41A 4FWLA 2VCPA 3VF2A 5AR0A 4BRQA 1BG3A 4BROA 3GE1A 2D0PA 2CGKA 2P9LB 4BVOA 4CBWA 5AQMA 3TPQA 5I9EB 4FWKA 1SAZA 2QM1A 4H5WA 3A0IX 1LOTB 5AQFA 5AZIA 5AFUH 3H1VX 3IDHA 2GWKA 3BEXA 3WUHA 1HLUA 3UKUA 4BR5A 3CQXA 4O8KA 3LM2A 1X3NA 4FL9A 4MO5A 3VEYA 4A2AA 5BRFA 2QWNA 3FLCO 4GY2B 5BREA 1RGIA 2V51B 5BPLA 4CZIA 2YCHA 2IVOA 5KQ8A 3UB5A 5AQQA 1U6ZA 5BN9A 3TU5A 3WXLA 1MA9B 3HZ6A 1GLJO 2E1ZA 4B1YB 3C7NA 4H5TA 3ZEUB 1KAXA 2GTDA 4FOIA 2NLXA 2VWBA 4JAXA 4QS9A 4HWIA 4ISEA 5CE3A 1WUAA 5KPZA 3CJ9A 4K25A 1X3MA 1BA0A 1YAGA 3RSEB 3VGKA 4I6MB 1NGIA 1TYQB 2A42A 2YHYA 4CZLA 3WXIA 4WQ5A 1SQKA 2CGLA 3MMVA 1U2VB 4JHDA 4CI6A 1Q18A 3D2FB 2WUSA 1HPMA 1GLCG 2ZGZA 3LDPA 3QBWA 4BGBA 5AQVA 2IIRA 1J6ZA 5ADXH 5LY3A 1GLAG 2ASPA 3VEOA 5JLHA 3WXJA 2P9IB 4H5VA 1NGCA 3ZX2A 2QW9A 3IMXA 5AQXA 4DB3A 4FOEA 5AFUA 3B8AX 4FPBA 4EFHA 4Z94A 5KQDA 1T44A 4O5FA 3KVGA 1MDUB 4IJAA 4BRCA 1S3XA 5FPNA 4WQ5C 3H6EA 4IXCA 3CJ1A 3FR0A 4RTFD 3FZKA 4BRMA 2E20A 3QBXA 4CZGA 1ATRA 3H1QA 3ZETB 5AQYA 1MWKA 3L4IA 2J4RA 3HBTA 1JCFA 1WOQA 3M1FA 5EY4A 5JLFA 4BRKA 3QICA 1P8ZA 2V7YA 1V4TA 4ISGA 3SJHA 4BR9A 3DWLA 4IZ9A 3GDQA 3EKUA 3ID8A 4FO0A 3IUCA 5AQNA 4GNIA 1HKGA 4JN4A 4BC2A 4RCHA 4PL7A 1BO5O 1C0GA 5TKYA 4BVPA 3VOVA 1HKBA 2A5XA 3H45C 5FPEA 2D4WA 2I7NA 3WEEB 1X9JA 1D4XA 1QQNA 4PKIA 2FSKA 4CBUA 2PAVA 4FSVA 5AQUA 3WQUA 1BA1A 2F9WA 4BRNA 4PKHA 1XQSC 5ADXA 1ATSA 1JCGA 1NM1A 3WXKA 3P4IA 5BPNA 2DPNA 2QWOA 3M3ZA 1T6DA 4XH4A 1QZ5A 3A5OC 2Q2RA 5FPMA 3D7EO 4CJ7A 3L0QA 2CH5A 4K43A 3O1WA 4JD2B 5AQHA 2A40A 4CZJA 5E26A 3U9DA 5F0XA 5KPTA 4LC9B 3CHWA 4B9QA 1C0FA 3VETA 3FZMA 1Z05A 2HOEA 1JCEA 1BOTO 2EWSA 2QWRA 4H0VB 5AQPA 2Q0UA 2E2QA 4M63C 3C0BA 1XC3A 4IJNA 2P9UA 1Z6RA 4J8FA 1GLDG 2D1KA 1YXQA 4CD1A 4A62A 3VEWA 1ESVA 4H5RA 4AM7A 3DXMB 3EO3A 4CBXA 5E84A 5AZJB 2YJEA 4B1XB 1G99A 2HF4A 3VEZA 1K8KA 5F1XA 3FE1A 1ZC6A 4ISFA 4BRGA 3U8XA 1DKGD 2Q97A 3D2EB 1SZ2A 2P9SB 3M6GA 4BC5A 1CZAN 1NGAA 4H0XB 4CZEA 1NGBA 3W3DA 1NGDA 2QWMA 4NB4A 4FPAA 4XEIA 3VESA 3A8YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J9AA 5J2MA 3KWGA 4RW7A 1LW2A 1GLFO 2P9PB 5AQOA 3ZSZA 3BP8A 4Z4HA 3OS1A 4DS5A 3CCEN 2HVIA 4DKWA 1HJOA 3DXKB 4RG8A 1UA1A 4YOXA 4B8CA 4CGIA 3K5MA 3FZLA 4OVLA 4DF8A 1SKRA 1NK4A 3AVBA 3R6MA 3VQ7A 3MCPA 3OHRA 4B1UB 4PWDA 4BC4A 3CIPA 1U47A 4E7HA 1EKEA 4DU4A 3W0LA 2IVPA 2PZSA 5BPMA 4NYNA 4CZHA 4E3SA 4C8OA 3LDNA 1HKCA 2E8AA 1VQ8N 1OVQA 3A5MC 1KXPA 3ITHA 1S9EA 3V9ZA 3PX4A 3DYAA 4MLHA 1QQMA 3ZX3A 4FLTA 4NCBA 4FWMA 1JLFA 4FCYA 4ELTA 4DV3K 4CJPA 5JMVA 4I9LA 2QWQA 2WTUA 1NGFA 3SBTA 3E1YA 2FBVA 3ID6A 3NF6A 3D0PA 4LH4A 4AH9A 4FZZA 2KTQA 3LL3A 5EVZA 3A5NC 2KW4A 4ELUA 2D0AA 3JXUA 3J80O 2VG6A 1YITN 3A2FA 3BF3A 3OJSA 4ILHA 3TTCA 3TAFA 3VGLA 3VQ9A 5AZIB 3CFRA 2UUAK 3F2KA 1C0TA 3MK6A 3TAMA 1RDCA 5EOYA 3RMAA 4CHPA 2DTUA 1SL0A 2KFNA 1BISA 3TAEA 3U4LA 1TKDA 2XRIA 5B8HA 1J5OA 4H03B 4OPKA 3ZCMA 4R5PA 4PKGA 5LJVA 5I3UA 4WFAL 3NH2A 3V9UA 3I33A 3CQ8A 2F9TA 1DT9A 5AQRA 1NMDA 3ZSOA 4BR0A 4DR1K 4FLZA 3LDSA 2XY8A 4FK4A 3T1AA 4A61A 1IBLK 3J8AA 1M1KO 4JHDB 2BDPA 1VQNN 4MO4A 2E1YA 1NGHA 4BG8A 4X62K 1Z26A 4CJSA 1KVCA 2P9NB 4DU1A 2Q36A 4CCHA 3EZWA 3KD5E 1VQKN 1B9DA 4I2QA 1LWCA 2EHGA 4KHWA 2PBDA 2OTJN 1IKVA 4QCLA 3QIOA 4RWTA 1S6PA 4DU3A 4H4MA 3OA9A 4YHHK 4CF0A 4JV5K 4CHZA 2G8HA 4I9QA 2HMPA 4FK0A 1VSLA 3EEQA 2W40A 2ZWHA 3CMEN 4GKKK 2V7ZA 2ETJA 3HTVA 5EU7A 4FJ9A 3OYBA 3HYFA 4CF2A 2NRHA 2NZTA 3CCSN 1VRTA 3CJCA 3HL8A 4NO7A 2G8FA 3O3GA 5AZJA 2OANA 1HMVA 1U4BA 1RBRA 4H0OA 5AQJA 3OYNA 1EP4A 4B9NA 3J7AP 4CZKA 1E4GT 4JKAA 3QEXA 4IEEA 4H0PA 3G6EN 4H5NA 2B6AA 4JKEA 1E4FT 2P9SA 4KRFA 3VQQA 3LAMA 1NOYA 4CERA 5KRSA 5BR9A 2IC3A 3GG4A 1B9FA 1S1XA 1W2BM 2P9PA 2ZE2A 2JGUA 3AARA 1J54A 2FF6A 3DXKA 1OKJA 3P83D 5CYQA 4ZTJA 1QQOA 4OKJA 4BRLA 4Z4FA 3O1BA 4TSXA 3IG1A 4CIEA 4GVMA 1ZBLA 4K42A 3LZJA 1C1BA 2WONA 4FJXA 3K59A 4LSLA 4B3MK 1RDAA 4DV7K 4DTPA 1HNZK 3LDLA 2E2PA 1GOAA 1S9GA 4CK1A 4KB0A 2OA8A 4L8RB 3V9SA 1HUXA 3OBYA 3QIPA 3CF5L 4FJ7A 4NLCA 5C2FA 2AP1A 3OYMA 2E2NA 4H0TB 1BCOA 1VQPN 1IH7A 5AQKA 3VQPA 2R7YA 3IKMA 3OBWA 1TV6A 4ID5A 2HHXA 2HB5A 1HR0K 3UIQA 4BDYA 3QB0A 3KIOA 4CGFA 4BR7A 3P5JA 2A6AA 1LAWA 3RRGA 2D5RA 4JI3K 1RT4A 3PSIA 2NRRA 1REVA 3S41A 3NVKA 3ZT4A 4FWLA 4BRQA 1JLBA 3ZSQA 4BVOA 3VQDA 3TPQA 4DTRA 4KREA 2QM1A 3K5OA 3CCRN 4YOUA 5T7BA 5AZIA 3H1VX 3AO2A 3BEXA 3CQXA 3DLEA 5BRFA 4A2AA 4C8NA 2QWNA 3LPTA 3QNNA 4GY2B 4DR6K 5BPLA 2YCHA 5CZ1A 3ZLJA 1WBBA 3TU5A 3CC2N 3KLEA 4JRPA 3N4QA 3ZEUB 3KK1A 4FOIA 3OYCA 2OPPA 4CJ4A 4HWIA 4ISEA 1XNRK 3CJ9A 1RDDA 3QEWA 4YOYA 4K25A 1X3MA 4KAZA 4E7KA 3VGKA 4CE9A 3K9JA 2KLAA 1OH5A 4QAGA 4FJ8A 3ASMA 1VQ9N 4WQ5A 1UAXA 2BE2A 4JHDA 3D2FB 4W5QA 2O8EA 4CF9A 4CEEA 1VQLN 1K9MO 1BIUA 2ZGZA 5LMNK 3LDPA 4BGBA 1C1AA 5AQVA 1KFDA 2ASPA 4CHYA 2NNWA 5JLHA 2ZM6K 2P9IB 3AA3A 3VQ6A 3K58A 4FJJA 4W5OA 4EP4A 4CEZA 4FJKA 4IG0A 1ITGA 1QSLA 1T44A 4C8KA 4IKFA 4O5FA 3OVNA 4WQ5C 4BACA 2YNIA 3FR0A 3DOLA 2E20A 4CZGA 1ATRA 5AQYA 3J7YP 2JLEA 5EY4A 2KQ2A 3SPZA 2RPIA 4BR9A 1S5JA 3T19A 2RHKA 1TVRA 4IZ9A 3KD1E 2JWLA 3HSTB 1LW0A 4FLWA 1BO5O 2ZQBA 3MWPA 2HNDA 1BQMA 5TKYA 3VOVA 4BVPA 5FPEA 2I7NA 1QQNA 4B3OA 3PSFA 4CBUA 4CF8A 4F3TA 4CJFA 4LF9K 4PY5A 3F9KA 4BE2A 3CD6N 3SQ4A 4PKHA 1XQSC 1JCGA 2DPNA 4E72A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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