4M63C

Crystal structure of a filament-like actin trimer bound to the bacterial effector vopl
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCAAAIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Actin-binding protein
molecule keywords T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization
publication title The Bacterial Effector VopL Organizes Actin into Filament-like Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
total genus 102
structure length 361
sequence length 369
chains with identical sequence D, E
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2013-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4m63C03
1GLBG 2QWNA 5F1XA 3MN7A 4BRAA 3MK6A 1QZ6A 1NWKA 1Y64A 1MWKA 1T6CA 2FSJA 3BEXA 5BREA 2HOEA 2Q36A 3M1FA 4FWSA 1ZXOA 1NBWA 2W40A 3GOIA 1BU6O 3EO3A 4BGBA 3G25A 1NGFA 3UKUA 1XQSC 4BC2A 2E20A 4H0VB 4AM7A 2VCPA 5F0XA 4BRMA 5BPLA 1MDUB 1QQOA 2V52B 3L4IA 1BOTO 2NZTA 1MA9B 1BWFO 3BF3A 5AQNA 3VF2A 1C0GA 3VEOA 4BREA 2V7YA 4CI6A 2E1YA 3QFPA 4A2AA 3FZLA 3HTVA 4WQ4C 3R9PA 1Z6RA 2GWJA 2P9LB 3MN9A 4I6MA 5AQXA 2ZGYA 1ATSA 2WUSA 3D2FA 5EY4A 4RWTA 4HTLA 1NLVA 2QWRA 1R59O 5F2RA 5KQDA 5EVZA 4DCHA 3CQYA 2P9SA 3WUHA 4CJ7A 3ENOA 1QQMA 1GLEG 1SZ2A 3WQTA 1E4GT 4H0XB 1KAYA 4XH4A 5AR0A 3EZWA 3QMLA 5JICA 4H0TB 4JHDA 4M7YA 2YJFA 3GDQA 5BPNA 3AAQA 4YDUC 4E1JA 4H0PA 5I9EB 4HWIA 4XEIA 3HM8A 2FXUA 1KXPA 2E1ZA 3C7NA 3H3NO 2AP1A 4H03B 5AQPA 1TYQA 4BQZA 2CH5A 3U9DA 4C23A 3A5NC 3SK3A 2E2OA 1ZBSA 5AQQA 2A42A 3BP8A 5ADXA 1KAZA 3QBXA 1P8ZA 4QS8A 4BQLA 3A0IX 2VWBA 4GY2B 3WQUA 5AQYA 2QWLA 3EL2A 5BN8A 4DB3A 2A40A 4H0OA 2CGLA 2VYPA 2QWOA 4CZLA 2IIRA 3QB0A 2Q0UA 2CGJA 3VGKA 4IXCA 4JN4A 4CZFA 5AZJA 1IJJA 5EOYA 2A5XA 3I33A 3I8BA 3O1BA 3O8MA 4RCHA 4AM6A 2EWSA 3R6MA 4PL7A 3VGMA 3ZEUB 2YCHA 5BPMA 5FPDA 4K43A 5AQGA 2YHXA 3GBTA 4QS7A 2P9IB 1QZ5A 3QBWA 4ISGA 1GLFO 3CJAA 3VF4A 2GTDA 3ENHA 1K8KB 2P9LA 1CZAN 3W0LA 3U4LA 3ULEB 4FWRA 4FWPA 5KPZA 5FPMA 2E2PA 5LY3A 3SMSA 3JS6A 3MN5A 5AQUA 4H5WA 3ATUA 2F9WA 4B1YB 3H1QA 5AQRA 3IFRA 3FFKB 4FWNA 2CGKA 4BROA 3ZX2A 1RDWX 2FF6A 5BN9A 3HZ6A 2IVPA 3CJBA 4RTFD 4FPAA 2GUPA 4WQ4A 2KHOA 2AA4A 3CETA 3DWLA 3VERA 3F9MA 3FR0A 4CZMA 1Q18A 4B1ZA 5CE3A 2FLOA 4FWMA 1H1VA 2P9NB 3CJ7A 4CZHA 3BUZB 1C0FA 3GL1A 1SAZA 4K42A 5BRDA 5BRHA 4EHUA 5AQKA 1WOQA 4CZIA 2Q31A 2IVOA 4IWVA 1XUPO 1X9JA 5AQLA 3P4IA 1RGIA 2ZGZA 3VGLA 2HF4A 3MCPA 4BVPA 1LOTB 4FOEA 3QDKA 3LDQA 5AQJA 3RSEB 4YDUA 2P9PB 2BUPA 3QFUA 3VEYA 2F9TA 1NGCA 3WXLA 1JCEA 2DPNA 4GNIA 1BUPA 3SJHA 5BR9A 3VPZA 1OKJA 1BO5O 4BRGA 2E2QA 3HSCA 4H0YB 2IVNA 3CHWA 5EX5A 4A2BA 4BRDA 4BRNA 4BC3A 4CD1A 4BR4A 1TUYA 2I7PA 3ZEUA 5JLFA 1U6ZA 1WUAA 3VEZA 4K25A 3WT0A 3FZHA 5AQWA 4IJAA 3O5BA 3D2EB 2P9IA 5FPNA 4A61A 2Q1NA 3EKSA 4EAHD 3UKRB 4JD2B 3ULEA 3A5MC 3UB5A 4B1VA 2YHWA 3D7EO 4M7XA 4FWLA 2QWMA 5AQVA 3MN6A 3L0QA 3FZFA 1HKGA 4JAXA 4XH1A 1S3XA 3A5OC 4ISEA 3CJCA 3FLCO 3H46O 2CH6A 4BC5A 3M6GA 4WYBA 5AQOA 2YHYA 4L3QA 4FOIA 2NLXA 3M3ZA 1NGAA 3OHRA 2HF3A 1GLLO 3KVGA 3IDHA 4CZEA 5AQSA 4BR5A 4K41A 3WXJA 3C0BA 3WXKA 1GLDG 4PKIA 1U2VB 2E2NA 4FPBA 3VOVA 1NGDA 2P9NA 1NGGA 2GEMA 3BF1A 1GLCG 2QWPA 2QXLA 1RFQA 4EFHA 3TPQA 3MMVA 2H3GX 4QS9A 3A8YA 1E4FT 1EQYA 3DAWA 1YVNA 4CD3A 4BRQA 4XH5A 3J8AA 3H1VX 1NGJA 3CI5A 5TKYA 2FSNA 3EN9A 4M63C 2Q2RA 4O5FA 3U8XA 3VEWA 1QHAA 2ZF5O 1BDGA 1T44A 3RSEA 1DGKN 2P9PA 3AY9A 3HI0A 3LDPA 1NGEA 4BRLA 5EXWA 4EHTA 1X3MA 1HUXA 4BRPA 2P9UB 3O4WA 3SLCA 3ZETB 4BR0A 4JHDB 3VEXA 1ATRA 2E8AA 5AZIB 1NGBA 3C7NB 1BA0A 2ZWHA 2D0OA 4CZGA 3IUCA 4CZJA 3DXMB 2YJEA 3AAPA 1YXQA 3GG4A 4FL9A 3D2EA 2P9KB 1NGHA 3GE1A 3W3DA 2UYTA 5AFUH 3IMXA 3DXKB 2BTFA 4JD2A 3UKRA 3DJCA 4FSVA 4BG9A 4Y0WA 4CBXA 3R8EA 5AQIA 5KQ8A 1KAXA 3ZX0A 4KBOA 3B8AX 3KHYA 1DKGD 3CJ1A 1S22A 4B1WB 1T6DA 2YI1A 3H45C 4B9QA 3L6QA 3LL3A 1J6ZA 1BA1A 1D4XA 3WEEB 4DQ8A 1NMDA 5AZJB 1HX1A 3U9ZA 5LJVA 4EIAA 1MWMA 1QQNA 4BRKA 3EKUA 3ID8A 4FWQA 4IZ9A 4Z94A 3S41A 4BR7A 1HJOA 4BRHA 4MO4A 1U2VA 4F9OA 2ASPA 1BG3A 3CERA 4WQ5A 1XC3A 3O1WA 5E26A 4BR2A 5AQFA 2QW9A 1HKCA 4BVOA 2GELA 4CBUA 4NB4A 3ZX3A 2PAVA 2Q0RA 2J4RA 5AQMA 5BRFA 1IG8A 2PBDA 1G99A 4LC9B 1V4SA 2Q97A 3WXIA 4BRCA 2D1KA 3LDLA 3H3OB 5KPRA 3VESA 1YAGA 4BRFA 1HKBA 1NM1A 1Z05A 1K8KA 4BGAA 4DHYA 3O80A 2I7NA 4J8FA 4WQ5C 3LDNA 4MLHA 4JNEA 3ATVA 1TUUA 4PKHA 4BC4A 2P9UA 4ISFA 3UE5A 3ZETA 5JMVA 1GLAG 4NO7A 2V7ZA 3FGUA 3UKUB 4BG8A 3FZMA 3A5LC 2W41A 1NGIA 5AQTA 1ESVA 1JCGA 4H5VA 5AZIA 3AARA 3CIPA 3CQXA 2ITMA 1HLUA 3DXMA 2D4WA 1GLJO 3JXUA 3KZBA 1JCFA 4MO5A 4PL8A 1X3NA 2P9KA 4FWKA 1HPMA 1ZC6A 3LM2A 3FZKA 3DXKA 1LCUA 5E84A 2V51B 2ASMA 3FE1A 4B1UB 2FSKA 5B8HA 2GWKA 2QWQA 5ELZA 4B1XB 3O08A 4I6MB 2HMPA 5AQHA 5AFUA 3D2FB 5KPTA 2FF3B 4IJNA 3VEVA 2ASOA 3H6EA 4FWOA 4PKGA 2E88A 3MDQA 3TU5A 3LM9A 4BR9A 5JLHA 3WEEA 4H5NA 2P9SB 3VETA 2D0PA 4IO8A 3LDOA 2NRHA 5AQZA 4A62A 3VF6A 4MLEA 5LJWA 2A3ZA 5FPEA 3CJ9A 4CBWA 4FO0A 1DEJA 4CZKA 4BRIA 1SQKA 1ATNA 2A41A 3SMPA 4H5RA 3HBTA 5ADXH 3VENA 3QICA 3O6WA 4H5TA 2QM1A 1YUWA 2A6AA 1V4TA 1TYQB 2OANA 4O8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QAGA 1NK8A 2OZMA 5GINA 3CCLN 3LWLA 1IKYA 4DV3K 4EP5A 3VQCA 4BWMA 3CG7A 3G6EN 4KHPK 2HHWA 4OKJA 1I94K 1EXQA 1JLFA 2HOEA 4JK9A 4AILC 1SL1A 1WBBA 1C0UA 1NGFA 3OYNA 4AM7A 5H1SQ 4BDYA 2VCPA 1M1KO 3ASMA 5LMNK 2QI2A 3V81A 2OTJN 3K59A 4ILHA 1BWFO 3AA5X 4O8UA 4E19A 3MEEA 3PV8A 1RTHA 2KFZA 2V7YA 2HNZA 4K8ZA 4R5PA 3M8RA 2XRIA 3NH1A 3AO2A 1N5YA 3BDPA 3O4NA 4YNQA 3ENBA 1Q8IA 1Z6RA 3MN9A 1RT6A 5AQXA 3K5LA 2ZGYA 3NF7A 2FC0A 2WUSA 4DF8A 4RWTA 3HVRA 5J2PA 4ZHRA 2QWRA 4YOUA 1M90O 2O8DA 4IFYA 2P9SA 3WUHA 4CJ7A 3ENOA 4JV5K 3SBGA 1QQMA 2OPPA 1XWLA 1MU2A 3WQTA 1NU0A 4B9UA 3KLFA 5JICA 4JHDA 4M7YA 2YJFA 4RW7A 4E1JA 4H0PA 3AV9A 1OVYA 3T19A 1UA1A 4BACA 4KHUA 4CF9A 4BQZA 1NOZA 3L2RA 4LF8K 1ZBSA 3IAYA 4O5BA 1OH5A 5AQQA 2A42A 3BP8A 5ADXA 3TAEA 2UUCK 3QBXA 4DQSA 1P8ZA 4FJNA 1EO1A 4BQLA 3THXA 4CGJA 1LV5A 4UQGA 1J5EK 2QWLA 5KTQA 5BN8A 3DLGA 1VRUA 4FVMA 2VYPA 2QWOA 4CJSA 3QB0A 3RVCA 2Q0UA 4M3WA 1U04A 5AZJA 1IJJA 3BZKA 3CCVN 3O8MA 4AM6A 1LWCA 3R6MA 3OBWA 4B3SK 3BGRA 4DV2K 3OJUA 1VSDA 2YHXA 3KK3A 2YHAA 3TARA 4ISGA 3OYIA 3CJAA 3VF4A 1DTTA 1K8KB 3U4LA 5KPZA 2E2PA 5LY3A 3SMSA 3MN5A 4H5WA 4YOTA 3VQAA 3ATUA 4RW8A 5M1FA 4OLBA 4CFDA 3IFRA 3FFKB 1NKCA 2CGKA 4BROA 3ZX2A 1RDWX 1FJGK 2UXBK 4M3YA 2IVPA 3E9LA 5HBMA 3R3LA 2GUPA 4WQ4A 2AA4A 3HSTB 1RILA 1Q18A 2HHUA 4DMNA 3HT3A 3SQ4A 1H1VA 4JKEA 1VQ8N 3EY1A 4CF2A 3BUZB 1C0FA 5HL7L 3LPTA 4K42A 4CHZA 4FZXC 1BIUA 5J1EA 1VQ4N 1WOQA 4DU1A 4IWVA 2IDOA 3SUOA 3OS1A 3VTIA 1X9JA 3DI6A 1JLGA 4PY5A 1UAXA 1RGIA 2ZGZA 3CC7N 4PUOA 3MCPA 4BVPA 4G9ZA 1ZBFA 1LOTB 1T8EA 2F96A 1B9FA 4YDUA 1HQEA 3TAMA 2DY4A 4TSXA 5GIPA 1BUPA 1HNIA 5M1QA 1W0HA 1N8RO 4AQYK 3VPZA 1OKJA 3HSCA 4BRDA 3LP1A 4B3RK 1WN7A 3NCIA 3ZEUA 5JLFA 2ETJA 5AQWA 3HXMA 1A5XA 2E4LA 4FM0A 5FPNA 3HVTA 2VG7A 4A61A 5C12A 2XHBA 4JD2B 3H08A 3UB5A 4B1VA 2YHWA 3SV4A 3D7EO 1TKZA 2DFHA 3NVMA 4M7XA 2RF2A 5AQVA 4M3ZA 3L0QA 4JAXA 1U45A 3H46O 2CH6A 4F2RA 4WYBA 4LF5K 1WBDA 2YHYA 4FOIA 3VN5A 3MXIA 3V1RA 2O8CA 1GLLO 1XHXA 3KVGA 4WFAL 2PZSA 2FBYA 5AQSA 4BR5A 1HYSA 3RR8A 1JLBA 1S1VA 1JL2A 1CXQA 4OKKA 4FPBA 4KHWA 1HPZA 1NGGA 1XMQK 1OVQA 3IKMA 3KK1A 1BCOA 4C8MA 2QWPA 4JLHA 3VTHA 1HQUA 2NRRA 3WNGA 4GVEA 3DAWA 4Z0UA 5CYQA 3LZIA 4BRQA 1NK7A 3J8AA 1NGJA 5TKYA 3K5NA 5HROA 1QSLA 1RDDA 2Q2RA 4O5FA 3SBTA 4YOXA 4H4MA 3C6AA 2ZF5O 4ID1A 1T44A 4B9VA 4E72A 4H8KA 3QEWA 4E1MA 3LWMA 4BRLA 2PFUA 2YV0X 5EXWA 1X3MA 2P5OA 3ZETB 5CZ1A 4IOAL 3VEXA 2C1IA 4CF8A 4J2DA 1KCFA 1BIZA 3V6DA 1ATRA 3SPYA 2E8AA 5AZIB 2WBNA 1BA0A 2ZWHA 4M41A 2YJEA 3GG4A 2P9KB 3EE8A 2UYTA 3DXKB 3OYHA 3QEXA 2BTFA 3AVBA 3M8QA 3OYCA 3CCMN 1SV5A 3CFOA 3DJCA 4OLAA 4AHSA 3QEPA 3AVAA 4FSVA 3SZ2A 5AQIA 5KQ8A 3KLHA 3CQ8A 4DR3K 2RKIA 1DKGD 1VRTA 1S22A 3LL3A 1J6ZA 4C8KA 3WEEB 3ISNC 4O4GA 4DTOA 4U7BA 2PYLA 3SQ1A 1XNQK 2O8BB 1SKSA 4IZ9A 3VQBA 4KB1A 3DRPA 1JXBA 1QS4A 4HHTA 4BRHA 4MO4A 1U2VA 4DSKA 1BG3A 3EE9A 3TANA 1QVFM 4PQUA 4UY8O 3LP0A 4O55A 3L8BA 2QA4N 1S1XA 2DFFA 3CFPA 3ZX3A 5FRNA 3QEIA 3NFAA 2J4RA 4CVNE 3HPOA 2PBDA 1V4SA 2PYJA 3H3OB 4FLVA 3V1OA 1YAGA 4JRPA 4DLGA 1HKBA 1VQ9N 1Z05A 1NJYA 4DR6K 1K8KA 5FLXO 2P1JA 4FJMA 3RMAA 4YOVA 3F2KA 2OPQA 3E9OA 3NE6A 4Z4GA 4ISFA 5GADP 2NRVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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