4M63C

Crystal structure of a filament-like actin trimer bound to the bacterial effector vopl
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
b'AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCAAAIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Bacterial Effector VopL Organizes Actin into Filament-like Structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule tags Actin-binding protein
total genus 102
structure length 361
sequence length 369
chains with identical sequence D, E
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2013-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4m63C03
1NGGA 1H1VA 4WYBA 4PL8A 4CZIA 4DCHA 4BC5A 5AQPA 3VOVA 2CGLA 3U4LA 2J4RA 5BREA 4QS8A 1HUXA 2ASMA 1TYQB 3MK6A 4JHDA 5AQYA 1GLLO 3DAWA 2D0OA 2PBDA 3FZLA 3S41A 2A3ZA 1GLEG 2A6AA 2FF3B 3H1VX 4H5TA 5AZJA 4BQZA 5FPEA 4B1XB 5KPZA 3L0QA 1YAGA 2Q97A 4JAXA 3SJHA 5AQUA 5EX5A 3B8AX 3D2FA 2W40A 2KHOA 3QFUA 4MLHA 1NWKA 1NGEA 2W41A 4ISFA 3A0IX 4PKGA 3IMXA 3WQUA 1QQNA 5AQIA 2CH6A 4H0YB 3VEYA 5AZIB 5FPDA 2I7PA 3BEXA 3KVGA 1SZ2A 4IO8A 1SQKA 3VEZA 2WUSA 4CJ7A 2E88A 4CZLA 2FSJA 3MDQA 3JS6A 3HZ6A 4BRFA 3LDNA 1JCGA 3CJ1A 3QBWA 1MWMA 3SLCA 3ULEA 2P9PA 5JLHA 2IVNA 3VGMA 3ZETB 2P9LA 3EKUA 2HMPA 3H3NO 4ISGA 3UKUB 4BR7A 4MO4A 4BRAA 5BRDA 3AARA 4BRKA 2V51B 3ZX0A 2P9UB 4JD2B 3A5OC 3DXKB 2P9KA 1NGHA 4A2BA 4BRDA 4BGAA 3VEWA 4BR0A 2F9TA 3W0LA 4FWKA 1BU6O 2E2OA 2Q31A 3IDHA 2Q1NA 5BN9A 5TKYA 3UKRB 3CJAA 3DJCA 4RCHA 2ZGYA 4FWSA 1KAZA 3ZX2A 4B9QA 3TPQA 4A2AA 5AQMA 4EHUA 2DPNA 1HX1A 1NGAA 4C23A 2P9NB 3ATVA 3U9DA 1LOTB 1U2VB 3FFKB 3LDOA 4H0VB 3CQXA 3VF2A 4CD3A 2D0PA 5E26A 1IJJA 1D4XA 1GLDG 3O5BA 2PAVA 3R8EA 4FPAA 3VESA 4QS7A 3P4IA 1G99A 3EKSA 4JHDB 4H5VA 2P9IA 3WXIA 4FOIA 2D1KA 2V7ZA 4RTFD 2YJEA 3FZFA 3R9PA 1NGCA 2A40A 4J8FA 2AP1A 5FPMA 2E2PA 5ADXA 2I7NA 5FPNA 1E4GT 4CI6A 4I6MA 4NO7A 3CERA 4B1ZA 4IZ9A 3D2FB 3C0BA 3ZEUA 2HOEA 3AAPA 3MMVA 2UYTA 4JNEA 4M63C 5AQFA 4FOEA 4DHYA 2ZWHA 4BVPA 4CZHA 1KXPA 4GY2B 3FR0A 3VEVA 1S3XA 1XUPO 3FE1A 3WXLA 5LY3A 2EWSA 4FWPA 2Q36A 4CZEA 1BWFO 5AQGA 3HSCA 2E2QA 5BN8A 3ULEB 2P9PB 3ATUA 2ITMA 1BOTO 4H0PA 2P9LB 4EHTA 2FSKA 2QWPA 3DWLA 2YI1A 1CZAN 3D2EA 2ZF5O 4K42A 4FWMA 2QW9A 3MN5A 3HM8A 4YDUC 4FWQA 2FXUA 1GLJO 3DXMA 5EXWA 3VF6A 1MDUB 3IFRA 3C7NB 1P8ZA 2QWQA 3VF4A 1HKBA 4RWTA 3BF3A 3H46O 1X3MA 1SAZA 4BG8A 2GWJA 5F0XA 2VYPA 4FSVA 3WEEB 5KPTA 1NGBA 1C0FA 3OHRA 3EL2A 4CBWA 3JXUA 3M6GA 4FO0A 4FWRA 3HBTA 1QQOA 3EN9A 5I9EB 5JLFA 3TU5A 4PL7A 1HPMA 3O1WA 2E20A 4BR5A 5LJVA 1K8KA 3BP8A 2Q0UA 1KAXA 2NLXA 5AQQA 5AFUA 2NZTA 1RGIA 5F1XA 4H0TB 3EZWA 3J8AA 2E1ZA 2GWKA 3LDQA 4QS9A 3WXKA 4JN4A 4H5NA 4IJAA 1LCUA 2P9IB 3BUZB 4BG9A 4BRHA 1NMDA 4H5WA 3LM2A 4K25A 1Z05A 3VETA 5CE3A 4AM6A 3U9ZA 2P9SA 4BR2A 3O4WA 2HF4A 4PKIA 1BDGA 3VGLA 3I8BA 2A5XA 4B1YB 4BC4A 3M1FA 5AQZA 1RDWX 2QWLA 3H3OB 3R6MA 4XEIA 2YHYA 4CZGA 4CZJA 4IJNA 5F2RA 1WUAA 3MN9A 3CHWA 4KBOA 1KAYA 4FWOA 4CBUA 3UE5A 1Y64A 1MWKA 1BA1A 2CH5A 5EOYA 4FL9A 5AQJA 2OANA 2V7YA 4YDUA 3WQTA 1JCEA 4H03B 2AA4A 5BR9A 1HJOA 1Z6RA 2FSNA 4B1UB 4EFHA 2QWRA 1C0GA 3L4IA 1T6DA 5EVZA 1JCFA 4O5FA 1NGFA 1BG3A 4FWLA 3LL3A 2BTFA 3O6WA 2YJFA 2H3GX 4HWIA 3LDPA 4IWVA 1OKJA 2FF6A 3VGKA 3CJBA 5AQRA 3U8XA 1HKCA 4A61A 4BGBA 5AZJB 5AFUH 5AQSA 4BRLA 3GL1A 1NBWA 1YVNA 4F9OA 2GELA 2F9WA 5KPRA 3VEXA 5BPLA 1S22A 1WOQA 3GG4A 3SMSA 1QQMA 4NB4A 3FLCO 1QZ6A 2YHXA 3MN7A 5JICA 5ELZA 1GLAG 4BRGA 3M3ZA 1HKGA 2IIRA 3BF1A 2QWOA 3ZETA 2E2NA 3O80A 3WT0A 4MLEA 3UKUA 4BROA 3H6EA 4XH1A 5AQHA 1RFQA 2A41A 2P9UA 2ZGZA 4JD2A 5AQVA 2VWBA 1XC3A 3QFPA 2Q2RA 1T6CA 4H0XB 4PKHA 3VENA 5BRHA 4BRNA 4L3QA 3H45C 4CZKA 3ID8A 1NGDA 4DB3A 4Y0WA 2P9KB 2P9NA 2HF3A 1U6ZA 1GLFO 5AQTA 3WXJA 2A42A 2VCPA 4GNIA 1U2VA 4CZFA 3VPZA 4CZMA 3A5LC 3O8MA 4BREA 3EO3A 4EAHD 4WQ4C 5BPMA 1XQSC 3GE1A 4CBXA 1X3NA 3HTVA 3ZX3A 4ISEA 3QDKA 3FZMA 3GDQA 5AQKA 2E8AA 5AQLA 5ADXH 3MCPA 3QMLA 4WQ5C 5AQWA 3I33A 1EQYA 3WUHA 4BVOA 3FGUA 1V4TA 1ATSA 3H1QA 3G25A 1HLUA 2YHWA 1ZBSA 4E1JA 5KQ8A 4BR9A 4EIAA 3FZHA 1ATRA 2GEMA 4HTLA 5B8HA 1QHAA 1DGKN 4B1WB 4FPBA 3QICA 4I6MB 1X9JA 1NGJA 2NRHA 2FLOA 2IVPA 3RSEA 5JMVA 3ZEUB 1BA0A 4Z94A 3A8YA 5LJWA 1GLCG 4M7YA 2ASOA 5E84A 4O8KA 4MO5A 5EY4A 4B1VA 4DQ8A 3O1BA 2QWMA 3A5MC 2V52B 1TYQA 3GOIA 2GUPA 3VEOA 3ENHA 4CD1A 3C7NA 1BO5O 1TUYA 2BUPA 3D2EB 3F9MA 4XH4A 4WQ4A 1Q18A 4K43A 5AQXA 2D4WA 5AQNA 1YXQA 3GBTA 4BRIA 3DXMB 1V4SA 2CGKA 2IVOA 3AAQA 2ASPA 3WEEA 1ATNA 3CJ7A 1BUPA 3ENOA 2CGJA 3AY9A 4WQ5A 2QM1A 2QWNA 3W3DA 4BR4A 1NLVA 3CJCA 4LC9B 3UB5A 5AZIA 4M7XA 3QB0A 4A62A 3LDLA 4BQLA 1YUWA 3CJ9A 3KHYA 1IG8A 5KQDA 3A5NC 1NM1A 1ZC6A 3L6QA 3FZKA 1NGIA 1MA9B 1DEJA 5AQOA 5BRFA 4BC3A 4FWNA 3CIPA 4BC2A 1QZ5A 4BRCA 3QBXA 1K8KB 3CETA 3CQYA 2Q0RA 3DXKA 1DKGD 1T44A 3IUCA 3SK3A 3SMPA 4AM7A 3MN6A 4H0OA 4BRMA 2QXLA 2GTDA 5BPNA 1J6ZA 4IXCA 4K41A 3UKRA 2YCHA 3O08A 3VERA 2P9SB 3D7EO 3KZBA 3HI0A 2E1YA 4H5RA 1GLBG 4BRPA 1R59O 3CI5A 1TUUA 1ESVA 1E4FT 3RSEB 3LM9A 5AR0A 4XH5A 4BRQA 1ZXOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B8AB 1TV6A 3NBPA 2FBTA 5AQPA 2O4IA 3QERA 2J4RA 5CR4A 4CGIA 2ATQA 1TYQB 4IOXA 4YORA 3MK6A 1GLLO 2A3ZA 4H5TA 3RRGA 4O4GA 5HL7L 4B1XB 1D9DA 3PX0A 3OJSA 4JK9A 4R5PA 3SJHA 3CC4N 2BE2A 4ISFA 4ID5A 1YJWN 4PKGA 3MCAB 1NJIO 4IEEA 5AQIA 1VSJA 1WN7A 4IKFA 1MU2A 5BR8K 3KVGA 1HNVA 2E88A 3LDNA 1K6YA 3AVIA 3CCQN 2A1RA 1DT9A 1IBMK 3M5RA 4E7HA 3OYCA 3UKUB 4MO4A 3AARA 4OPHA 1BI4A 4Z4GA 3ZX0A 4JD2B 4ZTJA 3DXKB 3VQ6A 4M3YA 1XHXA 4KHYA 3VQEA 4HUEA 2DFEA 2VG7A 4IDKA 4BR0A 4CJ3A 4N5SA 4FWKA 1BU6O 1YJNN 1VSMA 3UKRB 4RCHA 1KAZA 3E66A 2WOMA 1RT5A 4B3TK 3V1QA 2P9NB 4IFVA 3QEVA 4CEQA 3FFKB 3LDOA 2D0PA 1VQ4N 4KH6A 5E26A 2FBVA 1QHTA 3QNOA 3AA2A 3O4NA 3NF7A 2PAVA 3K5NA 3R8EA 4N41A 2JLEA 3KLHA 3SI6A 1SKWA 3EKSA 4JHDB 1WBBA 2RE2A 2Z1IA 3B6PA 4BY9C 1WSEA 4DUYK 4DV3K 1J9AA 4CJPA 5J2PA 3WXIA 2V7ZA 3JYTA 3OYNA 1NGCA 4O0IA 5GAEP 1WLJA 4AQYK 2F8SA 4I6MA 5JVHL 3L2WA 4KO0A 1HMVA 1TKXA 3TANA 4IZ9A 2YKNA 2UYTA 4FOEA 1HRHA 4TSXA 5J1EA 3ASMA 2HHWA 2P5OA 5CHIA 1TAUA 4GY2B 3FR0A 1S3XA 1XUPO 4FLVA 1S9EA 1Q81O 3WXLA 3O9UA 5LY3A 2WBNA 1T7PA 3CFOA 5AQGA 1KVAA 2E2QA 2YNIA 3U3YA 2ITMA 4H0PA 1SL0A 2B5JA 4K42A 3CXCM 4ZHRA 4KH5A 4AHSA 5HRPA 4LFCK 3VF6A 1E3MA 4CESA 4JYAK 2VGMA 3LZJA 3C7NB 1VSHA 4FLZA 3RVCA 1N36K 3THVA 3VF4A 4RWTA 3ENBA 3LWMA 1X3MA 3THXB 5EU7A 2NRWA 3F73A 4FJNA 4LSLA 1ASVA 5KPTA 1NGBA 4CBWA 3JXUA 4FWRA 3HBTA 3DMJA 4DR4K 5C2FA 5JLFA 4AHCA 3M8QA 4PL7A 3O1WA 3L2UA 4FVUA 1S1TA 2E20A 3BP8A 3C95A 3RRHA 4FLYA 4ELUA 3AVKA 4CGDA 1XWLA 3WXKA 1U4BA 2X6NA 2P9IB 5M1QA 1B92A 1Z05A 3VETA 5CE3A 5FRNA 3U9ZA 4BR2A 1EP4A 4DU3A 3DM2A 4JLHA 4DR2K 5AQZA 4FJKA 2QWLA 3E1YA 5H1SQ 4JKDA 1VSIA 5F2RA 1XNQK 5FLXO 1J54A 3MN9A 4JKFA 3SV4A 4YOYA 3OYLA 1WBDA 3HOTA 1BA1A 5EOYA 1KLMA 1RT6A 3ID6A 2ITGA 1YJ9N 4DV7K 1WSGA 1HJOA 1Z6RA 2FSNA 2QWRA 3SPYA 1T6DA 3QIOA 3K5LA 3MWPA 5KI6A 4FLXA 3LL3A 3O6WA 2YJFA 2O8BA 4HWIA 3LDPA 1IKVA 4CJKA 1Z26A 3CJBA 1VQPN 3LP0A 1XI1A 4N76A 5AFUH 1IH7A 4E89A 1NBWA 1LWFA 2QKKA 3BY5A 4F9OA 1VQKN 4CGGA 2Y1IA 1S22A 3SMSA 1QQMA 3C94A 2RF2A 4HCCA 4ID1A 3PSFA 3QIPA 2VG5A 4FM0A 2E2NA 4H4MA 3RWUA 1WSFA 4XH1A 3DLHA 3OYIA 2ZGZA 4CJQA 3F9KA 3HP9A 4CIFA 2VWBA 3I56N 3L2VA 4G9ZA 2NRRA 3DLEA 3IAYA 4JEPA 4DU4A 4AHUA 3I0SA 3OBYA 3MAQA 1U6ZA 1DLOA 1GLFO 4F3OA 3NVMA 2A42A 2VCPA 4GNIA 3O9QA 4CZFA 3SV3A 3VPZA 3PLAA 3SNNA 4FVMA 3EO3A 4B9LA 4DLGA 2O8DA 4WQ4C 1XQSC 4CBXA 4GMJB 2Q3SA 1YIJN 3ZX3A 4ISEA 4FXDA 4BE1A 5AQKA 3GDQA 4F2RA 5AQLA 2JGUA 2UXCK 3MCPA 3OVNA 3QMLA 3U6FA 3O9RA 3I33A 1RBTA 4BVOA 3FGUA 1NG9A 1VSFA 1BCOA 3HPGA 1NKEA 1TKDA 5GIOA 2XY8A 4CF9A 1HLUA 2YHWA 2QTDA 3MEGA 1QE1A 3LWLA 3LZIA 5CYMA 4YOXA 2G8WA 4A57A 5HP1A 4BR9A 3ZSRA 4HVJA 3HSTB 1XHZA 3U3GA 2YNHA 3ZSXA 2HHUA 2HBMA 4B9SA 3CD6N 2NUBA 3NGIA 5HRSA 3T1HK 1DGKN 2OCEA 3QICA 3SAFA 4HUFA 1R0AA 1W9HA 3JAMO 1KRPA 2FLOA 2ZD1A 2XRIA 3ZEUB 4KV8A 4DTUA 4Z94A 5FDLA 3A8YA 1M1KO 2OYQA 4EZ6A 5EY4A 1K8AO 4CEOA 2D0BA 1KVBA 5M1PA 4RW8A 4DQ8A 1C1CA 3O1BA 2QWMA 4J2BA 2V52B 4BDPA 3P83D 3DOLA 1BO5O 2KZZA 1JKHA 2FBXA 4E19A 1Q18A 4CGFA 3OTOK 3GBTA 5I42A 1YI2N 3AVLA 4BRIA 3DXMB 2CGKA 2PY5A 4DV0K 1Z25A 4DR3K 3AVBA 1RTJA 2QM1A 1C6VA 3JSMA 1REVA 3CJCA 4OKEA 1ZYQA 3SJJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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