1VSJA

Asv integrase core domain with cd(ii) cofactors
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Endonuclease
total genus 50
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsjA00
4DTXA 3O4NA 4HUFA 4FJXA 3DYAA 1TKDA 1RTHA 1RT2A 1U48A 4W5NA 3OJUA 4CHYA 2NUBA 2X6SA 3DOLA 4OLBA 4CIGA 3HPHA 4O0IA 2X6NA 3KK1A 4KAZA 2FC0A 4PUOA 4Z4CA 3OYLA 2RN2A 1TVRA 4DU4A 4HVJA 3QEXA 1T05A 3LZIA 2KZZA 1Y97A 4L8RB 2YNGA 1HQUA 4LD0A 4R5PA 4FLWA 3VQQA 4FJ7A 4FJLA 1KFDA 4B8CA 4OKKA 4DTOA 1TK8A 5FROA 3AA3A 4NYNA 1LW2A 3M8PA 3RMAA 2IDOA 3P83D 2B4JA 3LDSA 4KHUA 1EETA 3NFAA 3ZT0A 2HVIA 4NCGA 3L2WA 2OPSA 1BQMA 1JLEA 1KTQA 3AO5A 3ITHA 1C1BA 4KKOA 1X9SA 4DFJA 3RR7A 4OJRA 4N47A 3NHGA 3VA0A 5CYQA 4CGHA 3AO4A 2Q3SA 3RRHA 1L3TA 2ITGA 5JS2A 4B8AB 2DFHA 2VG7A 4O4GA 4B9VA 1B9DA 2ETJA 3OYAA 2YV0X 4N41A 4OLAA 3G10A 2XRIA 3QEVA 1WSEA 3SZ2A 3TR8A 2ZE2A 1ZBLA 1RBTA 2XY7A 4DWIA 3LANA 3MEGA 1SL2A 3L2RA 3NBPA 1SV5A 1RT5A 4RW8A 1WNSA 4AHUA 3HK2A 3QIPA 3VN5A 3V9ZA 3KTQA 4FXDA 3TI0A 1XC9A 1BIZA 1JXBA 4E7IA 3L8BA 3AA5X 4J2DA 3DM2A 2G8FA 1VSJA 1CXQA 3L2QA 4C8KA 1A5WA 3OYNA 1VSMA 5HRSA 4CJVA 3ZT1A 4M3RA 3QLHA 1W9HA 2KW4A 3JYTA 4CJTA 3KJVA 1SKWA 2XY8A 2D5RA 4FM1A 4DFMA 1EP4A 3V1RA 3CFPA 3BGRA 2ZD1A 4Y1DA 4DS5A 2OPQA 2W42A 1S5JA 3ZSXA 1L3UA 4CJFA 3M8QA 1ZBUA 3VQ9A 4FLZA 4CHQA 3HT3A 4DFPA 3HP9A 3KLFA 2G8UA 3LP0A 1LWEA 1RT7A 1RT3A 4CERA 1IKVA 3ASMA 4O0JA 4JRPA 1D5AA 2QK9A 3B6OA 1VSIA 2BDPA 3VA3A 4PQUA 4N76A 4B9LA 1NJWA 4Q0BA 4K8ZA 1U4BA 1QTMA 3LAKA 3HJFA 3P5JA 3VQBA 4DTMA 4B3OA 1Z26A 2HNZA 3LWLA 1D9FA 5HROA 3ZT4A 3VQ8A 3MAQA 3AVCA 3AA4A 3L3UA 3OYJA 4B9NA 4CIFA 3MEEA 5CYMA 4FJIA 4KHSA 1RBSA 3PO5A 3VQCA 4Z0UA 1B9FA 1EKEA 4DQIA 4CEBA 2HNYA 2HHVA 3QIOA 4ELTA 2HB5A 4ZTFA 3O4QA 4CFDA 1BISA 2GBZA 3T19A 4OPJA 1RT4A 3TAFA 2EX3A 2DFFA 1X1PA 1FXXA 1KLMA 3L3VA 3O3GA 4MQ3A 2R7YA 1TK5A 2OA8A 1WSIA 3JSMA 2OPRA 2Z1HA 5EU7A 1NJYA 1UA1A 3LPTA 4Y1CA 3ZSRA 1TKXA 3TWHA 4FJGA 4KHNA 3K59A 1IH7A 4AH9A 4CEFA 3DRSA 3RMCA 1NKEA 2PYJA 1U47A 2D0AA 4O5BA 3QESA 4IKFA 2X74A 5I3UA 3PO4A 5DMRA 4KB0A 4FJNA 4FJ8A 1J5OA 3HXMA 4KTQA 1KFSA 3LP2A 2HHUA 3KIOA 3AV9A 2Z1IA 4C8NA 3DRPA 2OPPA 2BE2A 4QOZB 1ASUA 2VWKA 3NE6A 3K58A 4CJEA 4CEEA 1J54A 3VQEA 3SQ4A 2G8KA 1ZBHA 4K8XA 4CEZA 2LSNA 1Q9XA 4NCAA 4E1MA 4EP5A 4CGDA 3V9XA 4Z4HA 3OJSA 3MEDA 1XHXA 2DY4A 1QSSA 1HYSA 1MU2A 1S1TA 4QAGA 3AO1A 5HBMA 1TL3A 4CJLA 3K5MA 1C0TA 4ZTJA 4CFBA 4CCHA 2KZMA 3K57A 4CEQA 3NH2A 3NF8A 2BGGA 2B6AA 2P1JA 1REVA 2IAJA 1WSJA 3SUNA 2D0BA 3PY8A 4CF0A 4FZXC 3CM6A 4CHPA 3IRXA 3OYFA 3SCXA 4PA1A 1NK7A 3ZT3A 3PX0A 3MXMA 2ATQA 3OVNA 4M3WA 4E1NA 5J2NA 1NK4A 2PY5A 3I0SA 1A5XA 1RILA 2I5JA 5FDLA 3ZCMA 3KK3A 3AVFA 1SKRA 4EP4A 4HHTA 1NK9A 1JL2A 3QINA 3U3GA 4CGJA 3LZJA 3VQ4A 1QHTA 3AA2A 3L2VA 3K2PA 4CESA 4Q5VA 1LV5A 3V9UA 4C8MA 1BQNA 1L5UA 3V4IA 4I2PA 4E0DA 4W5QA 3WNHA 4CK1A 2RF2A 1S6PA 4KFBA 1JKHA 3CG7A 1ASWA 1I39A 4KTZA 4DQSA 1VSHA 3T1AA 4FW1A 3TABA 4ICLA 2DFEA 4ZHRA 4HTUA 1UWBA 3RMBA 4B08A 1UA0A 3C6UA 1WSFA 3DOKA 4KI6A 4IG3A 1G15A 4BE2A 1DTQA 4OKEA 4DSKA 2FBTA 2Y1JA 4DFKA 3RRGA 5C24A 4M3YA 4CHNA 1CZBA 4E7HA 2B5JA 2HHTA 3ZSZA 3CQ8A 4CJRA 3NDKA 2P51A 4DSJA 3SJJA 4CEDA 4CFCA 3PV8A 1WAJA 3QO9A 3OYMA 1XI1A 4KRFA 4FM0A 2O4IA 3KKSA 5T7BA 1ZBFA 3AVLA 4KO0A 4AHRA 3OYEA 2HHWA 3ZT2A 3NH0A 1F21A 4OGEA 3HSTB 3HM9A 1W0HA 3D45A 4DTNA 1D9DA 1X9WA 3TAGA 4FK0A 2E6LA 4CF9A 4IDKA 1CLQA 1WSHA 1LAWA 3CFRA 3SUOA 3AVJA 4LSLA 1BCMA 5J2PA 1S9GA 2IS3A 4DS4A 1C0MA 1VSFA 3S9HA 3E01A 1SUQA 4LH4A 1HQEA 3HVRA 1C1AA 1IKYA 4F3TA 1HNIA 3EY1A 4FM2A 3RWUA 4EZ6A 4FJHA 3OS1A 4DTJA 3V81A 4J2AA 4IFVA 4J2EA 1HPZA 3VQ5A 2ZQBA 3V1QA 3OYIA 1YTUA 3DLHA 2JGUA 4O55A 3LALA 4H8KA 3WNGA 3SPYA 4CF1A 3DLBA 3PX6A 2A1RA 4W5RA 3QEPA 3NCIA 5CY4A 4BWMA 3K5NA 4DSIA 3QEIA 1TAUA 1A5VA 3V9SA 4FYDA 1SL1A 4RW6A 1VSDA 4CGIA 1RTDA 4RW9A 4CF8A 1BI4A 2F96A 1KVCA 3VQ7A 1C0UA 4IFYA 3EZ5A 5E41A 1L3VA 3SUPA 4FJKA 4DLGA 4H4MA 2QKKA 4M41A 1LWFA 1O1WA 3KLIA 1N5YA 1JLQA 3OY9A 5I42A 1T8EA 4FJ5A 1S1WA 4Z4IA 2G8IA 2F8SA 2YNIA 5J2MA 1KVAA 2HMIA 3D0PA 4JS4A 2EHGA 2GUIA 3UIQA 1QE1A 4FJ9A 4Z4EA 3NF6A 3ZSVA 1TKZA 3DMJA 4FLXA 1Z25A 4DQRA 4KV8A 5KGWA 5HP1A 1TK0A 4MFBA 4CJQA 2HNDA 1Q9YA 3CYMA 3V9WA 2XO7A 5KGXA 1QSLA 4CFAA 4DSFA 2P5GA 4PY5A 3U6FA 1NK6A 2OZMA 2FBYA 1L3SA 1NK8A 1HRHA 1XWLA 1GOCA 2YHAA 4CJ5A 1WAFA 1RBUA 2A1SA 1D8YA 1JLGA 4ID1A 3AVNA 4B9TA 1T03A 3ISNC 4JRQA 3SPZA 2IOCA 3TAMA 5C25A 4AHSA 4BDYA 4DU1A 1R0AA 4RG8A 1C1CA 3SNNA 3PUFA 3C95A 3QETA 3T3FA 1JL1A 5JS1A 3DLKA 2OZSA 4AHCA 4CIEA 3TAPA 3OYGA 2OYQA 3EYZA 3WNEA 3HPGA 4OKJA 4DLEA 3NH1A 3S3NA 1BL3A 2WOMA 4DF4A 3NF7A 1EX4A 1HMVA 4IG0A 3SQ2A 3AVHA 1U04A 4FZZA 3ZSWA 3K5LA 4HUGA 3CFOA 3KKRA 1DLOA 3HPOA 1EXQA 1KVBA 3HVTA 3NAEA 3KD1E 2HHQA 2P5OA 2YNFA 3K5OA 4TSXA 1IO2A 3SI6A 4KPYA 3ALYA 4FLUA 4B9UA 3THVA 3DLGA 4DSLA 3KLEA 4M45A 1HNVA 1WSGA 5HRNA 4YNQA 2QKBA 1JLFA 4HUEA 3QERA 4DMNA 3G0ZA 4BDZA 5D3GA 4AHTA 3LPUA 1BCOA 3QNOA 3HL8A 1JXEA 1IKWA 3QEWA 4PWDA 4EZ9A 4DF8A 5K14A 1LWCA 2PYLA 3IG1A 2PZSA 4C8OA 3M8RA 1J9AA 4M3XA 1VSEA 3S3MA 4FW2A 3B6PA 4OGCA 1NKCA 1S6QA 3AVIA 4FK4A 4G1QA 3LAMA 3AVGA 3LP3A 1I3AA 2HHSA 4N56A 2YHBA 4E7JA 3HO1A 1QQCA 1RBRA 3OYKA 1BHLA 2KFZA 2E6MA 1KSPA 2IGIA 4DG1A 4AILC 1WN7A 4OVLA 4W5TA 3RMDA 1NK5A 5KTQA 1HJRA 1GOBA 1TAQA 5SWMA 3KD5E 4FJMA 4NCBA 3H08A 1KLNA 4FJJA 5HRPA 2Z1GA 3AO2A 1UAXA 3SV4A 4Z4GA 4RW4A 4F2RA 3ULDA 4KHWA 4M3ZA 2X78A 4CHOA 3OYBA 3VQAA 3NF9A 5DK5A 4KHYA 2HHXA 2G8HA 1VRTA 4W5OA 1K6YA 4FLTA 4B9SA 1VRUA 2BANA 3FFIA 1RNHA 5CZ1A 4F2SA 2RPIA 1FKPA 2Z1JA 4I7FA 3OYCA 1TGOA 3MECA 4JLHA 4CJKA 3IS9A 4CHZA 2WONA 4H4OA 1VSKA 4BWJA 3SQ1A 3BDPA 1VSLA 1JLAA 1QS4A 1S1XA 3SYZA 1J53A 4JS5A 4DTRA 5FRMA 4DTSA 4CE9A 1IG9A 3LP1A 1XHZA 2E4LA 3KLGA 1BI4B 4YFUA 4BE0A 4I2QA 4FCYA 4CJWA 3AO3A 3ZSYA 5C42A 2YKMA 4KREA 5FRNA 3DLEA 1Q8IA 3AVMA 3DI6A 3O3FA 1B92A 4DTPA 2Y1IA 3A2FA 2XY6A 1NJZA 3TAQA 4M3TA 4DTUA 3VQPA 5KRTA 3VQ6A 2FBXA 1ZBIA 2KFNA 5J1EA 4CJSA 5SZTA 1TV6A 2YNHA 1GOAA 1HYZA 3ZSQA 4C8LA 4DQPA 3WNFA 4ELVA 4CJ4A 5HRRA 2GV9A 3AVAA 4B9MA 4CGFA 4RW7A 3I8DA 1U49A 3RR8A 3QNNA 3NGIA 3S3OA 4DQQA 1YTAA 3C94A 4E7LA 5KRSA 3V1OA 4FVMA 2RKIA 4HCCA 3IAYA 2F8TA 4FLVA 3DLRA 4CJ3A 1S1UA 3F73A 4BACA 1NK0A 3HYFA 3SV3A 1X9MA 4BDPA 3CM5A 4CJUA 1WLJA 1N6QA 1S9EA 2G8WA 1NOZA 4CGGA 4HCBA 4NYFA 4KHQA 1T7PA 4ID5A 1SL0A 4ELUA 4XIUA 2O4GA 4I9LA 4CECA 2DTUA 1TKTA 4WE1A 1CXUA 1LW0A 4CK2A 1S1VA 1RDCA 4FZYA 1RTJA 2YKNA 1KCFA 4LSNA 3KLHA 4E7KA 4LY7A 1NJXA 3SUQA 1KRPA 1YVUA 1BIUA 3OS2A 4F3OA 1QSYA 3AVBA 1HYVA 4BE1A 5KI6A 5J2QA 4CK3A 1VK0A 3HP6A 4FK2A 5CZ2A 1LAVA 4LH5A 1FK9A 3L2UA 2D0CA 3TARA 1ZYQA 2VWJA 1SKSA 2HW3A 2XHBA 4E3SA 3AVKA 4DSEA 3DRRA 3MXJA 4AHVA 3C6TA 2KQ2A 1RBVA 1NKBA 2JLEA 5HLFA 3TANA 1CZ9A 1DTTA 2IC3A 2XY5A 1YT3A 1U45A 4I9QA 1ASVA 4FLYA 2AJQA 4N5SA 2KTQA 3RTVA 3V6DA 3OYHA 2HVHA 1ITGA 4E89A 3M8SA 3U3YA 2VG5A 3I0RA 4CJPA 4M42A 3OS0A 4J2BA 3KK2A 4CF2A 3NGZA 3TAEA 4CEAA 3SQ0A 3P1GA 1RDAA 4GMJB 3ZSOA 1JLBA 4GVMA 4O44A 4CEOA 1RCHA 4M3UA 3F9KA 4QCLA 3VQDA 4F8RA 4UQGA 3NGYA 1TL1A 1IKXA 1RDBA 4DU3A 4IBNA 3PX4A 4KTWA 3LWMA 3MXIA 2G8VA 1RTIA 4E19A 1UOCA 4GW6A 3OYDA 2QXFA 1NOYA 1RDDA 1RT6A 2FBVA 1BGXT 4Z4FA 3O3HA 4F4KA 1JLCA 4KI4A 2VG6A 4OPKA 1C6VA 1RT1A 1FKOA 4KB1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWLA 2YHYA 1U2VA 2P9UA 4HUFA 4EFHA 4EHTA 1RT2A 4W5NA 3D2EB 2E2PA 2X6SA 4BRPA 2D0PA 2X6NA 4FWPA 4FL9A 1DEJA 3SJHA 1WBBA 2Q2RA 4DU4A 4HVJA 1T05A 4CD3A 3LZIA 3ENOA 2YNGA 1NGHA 4FVUA 5FROA 3AA3A 4NYNA 1QZ5A 3RMAA 3SAGA 3LDSA 3VGKA 2E20A 2HSTA 4DV2K 4B1VA 1BO5O 3D6RA 4BQZA 2OPSA 3DLLL 1BQMA 1JLEA 1KTQA 3AO5A 3ITHA 3HRGA 3NHGA 4N47A 3VA0A 4QS9A 3OBYA 1L3TA 3CJ1A 2ITGA 2VG7A 2QWMA 5E26A 3OYAA 2J4RA 4N41A 4OLAA 3WT0A 4DWIA 1EWQA 2QA4N 3MEGA 1SL2A 1HR0K 4DR3K 1SV5A 5AZIB 4C1NK 4H0XB 1HUXA 5M1QA 4CZJA 3CF5L 4AHUA 4JKFA 3VN5A 1GLCG 1BIZA 4AF1A 3L8BA 1D4XA 1OH8A 1A5WA 3TU5A 5HRSA 4K43A 4U7BA 3MN5A 4F9OA 3KJVA 1RDWX 1EP4A 3HM8A 4Y1DA 2ZD1A 4GY2B 1T3VA 4DS5A 4IJAA 1S5JA 4CJFA 3M8QA 1ZBUA 1J6ZA 4CHQA 3HZ6A 1LWEA 4GV3A 1CZAN 1IKVA 3ASMA 4JEPA 4O0JA 1D5AA 3JXUA 5F1XA 4JRPA 3B6OA 4O5FA 3VA3A 4PQUA 1GLFO 4B9LA 1NJWA 3HJFA 4IO8A 1N36K 4DTMA 3HOTA 3AA4A 4B9NA 4FWRA 3MEEA 4WCEL 4Z0UA 1KAZA 5A2QO 5ADXH 5BRHA 2HHVA 1BOTO 3TAFA 1RT4A 1X1PA 1KLMA 3J7AP 2O8EA 3JSMA 4BRDA 3LPTA 3TWHA 3A8YA 5BPLA 5AQGA 4CEFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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