1BI4B

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFLIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 45
structure length 143
sequence length 153
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4B00
3HJFA 1TV6A 3HSTB 4FJLA 3RMDA 1BL3A 1CLQA 1RDCA 3OYHA 3ZSZA 4AH9A 3AVJA 3DLGA 4KB0A 1IKYA 4DFJA 3WNGA 3HP6A 1UWBA 2PYLA 1X1PA 3QNNA 3PX4A 3AVIA 5FROA 2IS3A 1JKHA 2EHGA 4N5SA 4PA1A 1HNIA 4CHYA 1VSJA 4MQ3A 1EXQA 4KHUA 3OS1A 2F8SA 4FW2A 1XC9A 3SPZA 1T8EA 1TK5A 1L3TA 1DTQA 3AA2A 2X6SA 4Z4IA 4DG1A 3C6UA 3KJVA 1KRPA 4BACA 4DTOA 2IAJA 3L2QA 2YKNA 4OKJA 1ASVA 1JLFA 1ZYQA 3TANA 1T05A 3TAMA 3NH2A 3OVNA 2X78A 3M8PA 3HPGA 2FC0A 1JL1A 4CJ5A 5HRPA 2E6MA 4MFBA 4KO0A 1WSIA 3WNEA 4CEZA 3DYAA 4CEAA 1Z25A 4CGGA 2KFZA 3NDKA 4ID5A 4KI6A 4JLHA 3AO2A 1JLAA 4F4KA 3LPUA 3ZSXA 4FLVA 1S6PA 3TR8A 2WONA 4CERA 3O3FA 4CGFA 4CE9A 1U47A 2AJQA 3QETA 4DFKA 4H4MA 1L5UA 4HVJA 4B9VA 2QK9A 3NGIA 1HYSA 1C0MA 3TAGA 4N76A 4LY7A 1BI4A 4KREA 4CK3A 4CF0A 3NAEA 4CFDA 4BDPA 4J2DA 3L2VA 4NCAA 4CGJA 2Z1JA 1VRTA 1Z26A 1RT4A 1DLOA 1JXEA 1FKOA 1VRUA 4ID1A 3LWLA 1QQCA 4W5QA 4J2EA 1FXXA 2ITGA 5J1EA 4F8RA 3OYAA 4ZHRA 4J2AA 1QSYA 1BI4B 3ALYA 4BDZA 4W5OA 2ZE2A 3M8RA 1QS4A 4Z4EA 4OLAA 1NK0A 1WLJA 3L2WA 1N6QA 3RRGA 1ZBHA 1HPZA 3L8BA 3AA3A 4FJMA 5SZTA 2B5JA 4CIGA 1VSIA 4FJKA 1WSFA 4FJXA 4DF4A 3WNHA 2E6LA 4FK4A 3QEVA 3K5OA 1UAXA 3AVCA 3IS9A 4QAGA 1RBUA 2RPIA 4DS4A 4DQSA 1LWEA 4OKEA 1TAUA 4FZYA 1Y97A 4DTJA 3L2RA 4CF2A 1SKSA 2P5GA 4KHQA 3ISNC 4BE1A 3PV8A 3O4QA 3O4NA 4O55A 3NE6A 1ASWA 2GV9A 4DSLA 5J2PA 1VSLA 3O3HA 1QSLA 2G8HA 1WSEA 3KLIA 3LP2A 3M8SA 1SKWA 3ZT2A 3H08A 4M3RA 4KHWA 5SWMA 4LH5A 4E19A 2G8KA 4F2RA 4KV8A 4DLEA 4CGIA 4DQQA 3C6TA 3O3GA 5FRNA 2ZD1A 1BQNA 4B9SA 2OYQA 1RT6A 4DTPA 4PUOA 2D0CA 4E7LA 3SCXA 3TI0A 1RT3A 2HNDA 3QINA 4Q5VA 3V9SA 3I8DA 2XY5A 1ZBUA 2HB5A 3VQPA 3I0RA 1A5XA 4AHCA 2I5JA 3D0PA 1U45A 4FJGA 2HMIA 1BHLA 3DLKA 4LSNA 3OY9A 3OYFA 4B9LA 3DRSA 3RTVA 5HBMA 4CEEA 1RT5A 1C1BA 3TABA 4AHRA 4CJUA 2HVIA 4Z4CA 4CHNA 3OYGA 4DU4A 3TAQA 4L8RB 3V4IA 1SUQA 1UOCA 1XHZA 2D0BA 1NOZA 1I39A 2G8VA 2HNYA 3MXJA 4DQRA 3SUOA 4AHTA 1C1CA 4IG3A 3CQ8A 3QO9A 4KPYA 4OPJA 1NKEA 1ZBFA 2XO7A 3SQ1A 1TL1A 4CIEA 1NJWA 4FJJA 3QEPA 4I2QA 5C25A 1SKRA 4JS4A 1VSFA 1ASUA 3HPHA 1Q9YA 1KVBA 2OZSA 1A5VA 2DFEA 1RTJA 1J54A 3SQ2A 4CEDA 5KI6A 4CESA 4CHZA 4FJ9A 1B9DA 3AVGA 3ZT1A 5FRMA 2E4LA 5I42A 5HRNA 3K59A 3EY1A 2KZZA 1KVCA 3QLHA 3DRRA 1IKWA 1S1TA 1WSHA 1B92A 2VG6A 2YNGA 4E7IA 5HRSA 1WSJA 4C8OA 1KLNA 2D0AA 1NK6A 1RT2A 1ITGA 1WAJA 1J5OA 3LAMA 4IFYA 3IAYA 3JSMA 4CJPA 5KRTA 1RBRA 5HRRA 3V1QA 4CEBA 4CJVA 4CF9A 1RBVA 1S1UA 2YV0X 5FDLA 2G8WA 3AVNA 1RTHA 5CZ1A 1LAVA 4B9NA 4Z4GA 1T7PA 1F21A 3V1OA 3AVAA 1VSMA 1IO2A 3HM9A 4PWDA 4FJHA 1TAQA 3K2PA 2DY4A 4CF1A 3VQ8A 4KTZA 4HHTA 4FJ5A 1RBSA 4GMJB 3OYEA 4DTUA 3S9HA 4HCCA 3DOKA 3V81A 3B6OA 4K8XA 4Z0UA 4FCYA 1U48A 3OYDA 3DLEA 1NJZA 3PX0A 3KLFA 4B8CA 3V9ZA 3VN5A 3AVKA 3G10A 1IH7A 2XY7A 3S3OA 3NH1A 4PQUA 3ZT3A 4Z4HA 2BDPA 4H8KA 4CJTA 4EP5A 4M45A 4DSEA 1KTQA 1K6YA 4GW6A 4FVMA 1CZBA 1XWLA 4RW8A 4N47A 4C8NA 5T7BA 3HXMA 4DSJA 4CHPA 2FBYA 4FXDA 1G15A 2P1JA 2BGGA 1LAWA 2X6NA 4E7HA 4DTSA 4I9LA 3ZT0A 1S6QA 4CHQA 1TVRA 4OGEA 1QE1A 3NHGA 1RBTA 3AVMA 1IKVA 3AVFA 3UIQA 3OYNA 3CFRA 3NBPA 3AO3A 3LZIA 4Y1CA 4OLBA 3CM5A 3L3VA 3IG1A 3LALA 2YNHA 4E1MA 2A1SA 4EP4A 4DU1A 2IOCA 3AV9A 2HHQA 3RR7A 1EP4A 4FLYA 1GOBA 1NK4A 4CEQA 3PX6A 3RWUA 3I0SA 3P1GA 1ZBIA 2IC3A 1IG9A 4CJ4A 1D9DA 5J2MA 2G8FA 4KHYA 4CHOA 3HP9A 2XHBA 4DLGA 1NJYA 3BGRA 1BGXT 4CJSA 2OPQA 3LP1A 1D8YA 4I9QA 2HW3A 4F2SA 4FJ8A 1LW0A 3MXIA 1S5JA 3SV3A 1TK8A 3LANA 4B9MA 3SNNA 1X9SA 3DM2A 3CM6A 2KQ2A 3SJJA 4NYNA 4E7KA 3SYZA 1B9FA 1JLQA 1KSPA 3PO4A 1NK5A 2F96A 2XY6A 3RMCA 1L3SA 3P83D 4O44A 3S3NA 2HHUA 4C8MA 3OS0A 4W5RA 1KVAA 4CGDA 4FJIA 4IFVA 3VQDA 4CK2A 3KLGA 4BE2A 2DFFA 3V9WA 3CFOA 2HHTA 1T03A 1VSDA 2EX3A 3HPOA 1I3AA 1QTMA 4DFMA 4N56A 1J53A 4DTRA 1FK9A 2GUIA 3OYMA 4C8LA 4F3OA 2HHVA 4I7FA 2A1RA 2KZMA 4BDYA 4CJKA 4FK0A 3LAKA 1YTAA 5I3UA 4EZ9A 4NCBA 3KK1A 1U49A 3PO5A 1CXUA 1VSHA 4CFCA 4M3UA 1TK0A 2OPSA 4RW4A 4CK1A 1RILA 3EZ5A 4ELVA 4UQGA 2G8IA 1VSKA 1UA1A 1D9FA 3OYLA 3KLHA 1JXBA 3SV4A 1S1VA 3QERA 3KKRA 3SPYA 1C1AA 4KRFA 3LP0A 4CEOA 4CIFA 3OYCA 4DF8A 1S9GA 4BWMA 3KD1E 4DSFA 3FFIA 3SQ4A 2F8TA 3DLHA 2HNZA 5C24A 1SL2A 1HQUA 4AILC 3VQ4A 3TARA 2VG5A 3VQEA 1JLCA 3PY8A 4QOZB 4Y1DA 5DK5A 3OYIA 2QKKA 3NCIA 3V9UA 3SUQA 2KFNA 1RDAA 2DFHA 3QEXA 3DMJA 4E1NA 2PY5A 1XHXA 3HVTA 3MEDA 5KGWA 4RW6A 3V6DA 1LWCA 2Z1IA 3M8QA 5CYMA 3NGZA 2OZMA 4N41A 2D5RA 5J2NA 1BCOA 4ZTFA 3V1RA 3OJSA 3F9KA 4B9TA 1HYZA 3MECA 3VQBA 4OGCA 4CF8A 4DQPA 2BANA 2YHBA 3NH0A 3KK3A 2HVHA 4FLWA 3VQ9A 4DTNA 4QCLA 4O0IA 4M3ZA 2GBZA 1YT3A 4JS5A 1HYVA 3QEWA 4DS5A 4M3XA 2W42A 4AHSA 3T19A 3LWMA 1BIUA 3U3YA 3DOLA 1RDDA 4ZTJA 1ZBLA 4H4OA 1C0UA 2Z1GA 3MEGA 4CJRA 3OYKA 4DTXA 2ZQBA 1QSSA 4FJ7A 4WE1A 4YFUA 4B3OA 2FBXA 3RR8A 4OVLA 4IG0A 4CJ3A 1RT7A 5KRSA 4YNQA 3MAQA 1R0AA 1BIZA 1WSGA 3K58A 2VWJA 4CJFA 4DSKA 3IRXA 1BISA 3KTQA 3WNFA 1DTTA 2Q3SA 1RNHA 3NFAA 4OJRA 1EX4A 2R7YA 2DTUA 4KI4A 5E41A 3OS2A 4DU3A 2PYJA 3VQ7A 1IKXA 3AO5A 1TKZA 4PY5A 3U6FA 4M3TA 5HP1A 2ATQA 1LWFA 3KLEA 5HLFA 3QEIA 4ICLA 1S1XA 1O1WA 1C0TA 3DRPA 2G8UA 1YVUA 4FW1A 3RRHA 1Q9XA 3ZSVA 1L3VA 4O5BA 3SI6A 2QXFA 4XIUA 3ASMA 2HHXA 3G0ZA 1WNSA 1D5AA 3QIOA 3QNOA 4KTQA 1X9MA 5CZ2A 4CEFA 4LSLA 1A5WA 4CFAA 1RCHA 3ZSYA 1FKPA 3A2FA 4K8ZA 3ZT4A 3VA3A 2XY8A 4JRPA 2HHSA 1NJXA 4RW9A 5KTQA 3LP3A 3K5MA 2RF2A 4NYFA 1EETA 2RKIA 4HUEA 4M3WA 4LD0A 1SV5A 1CZ9A 3AO1A 3AVHA 1NK8A 1U4BA 3HYFA 1LV5A 3L3UA 3T1AA 3NF8A 1RTIA 4C8KA 2VWKA 2HHWA 3KD5E 1VK0A 4HTUA 5J2QA 4KAZA 3TAEA 1TKDA 3VQQA 4HUGA 1REVA 3ZCMA 2Y1JA 5D3GA 1SL1A 3KIOA 4E7JA 3HT3A 4DMNA 5K14A 2IDOA 3OYJA 1RTDA 4FZXC 4E89A 4KHSA 4M41A 1GOCA 3ZSOA 1QHTA 4ELTA 2JGUA 5CY4A 2OPPA 4DTMA 2XRIA 5CYQA 3ULDA 1NK9A 4ELUA 4CJQA 2LSNA 1NK7A 3AVBA 2OA8A 3HK2A 2FBVA 1VSEA 3TWHA 3DLRA 1S1WA 4FLTA 4RG8A 1W0HA 2FBTA 2O4GA 4TSXA 3ZSWA 1S9EA 3C95A 5HROA 1CXQA 3VQ6A 4Q0BA 2IGIA 3P5JA 3SQ0A 4E0DA 3THVA 4HUFA 4DWIA 5DMRA 5EU7A 4BWJA 3EYZA 4IKFA 2P5OA 1X9WA 4CJWA 3NF9A 4IDKA 1MU2A 3KK2A 4KTWA 2X74A 1TKTA 4R5PA 4B9UA 1KCFA 2YKMA 4KKOA 1C6VA 3L2UA 1HJRA 2Z1HA 4CGHA 4GVMA 4LH4A 4NCGA 3CFPA 4KHNA 3SUPA 1XI1A 3K57A 4O4GA 4BE0A 4DSIA 1Q8IA 3VQ5A 4M42A 4AHUA 4F3TA 3T3FA 3LZJA 5JS2A 4B8AB 4O0JA 3CYMA 3AO4A 4FLZA 4DQIA 2OPRA 3AVLA 3SUNA 1TKXA 2B6AA 2VG7A 1EKEA 1NKBA 3RMBA 3D45A 1J9AA 4FM1A 3QIPA 3VA0A 1N5YA 1WAFA 1W9HA 1RDBA 3ITHA 1TL3A 2YNIA 2KW4A 1JLEA 3OYBA 4FZZA 1HQEA 4DFPA 4I2PA 5JS1A 3AA4A 1L3UA 4M3YA 3ZSQA 3NF7A 4RW7A 1YTUA 3K5LA 4FJNA 3MEEA 2QKBA 3VQCA 4E3SA 3NGYA 5C42A 3CG7A 3VQAA 1KLMA 4CJLA 1KFDA 3LDSA 2Y1IA 3U3GA 3HVRA 3KKSA 4JRQA 3RMAA 1GOAA 1U04A 2WOMA 3OJUA 4FYDA 4CJEA 2BE2A 3SZ2A 4IBNA 4CCHA 4W5TA 4CECA 4FK2A 1JL2A 2B4JA 5KGXA 3HO1A 3B6PA 4G1QA 3HL8A 4AHVA 3C94A 3MXMA 1UA0A 1SL0A 4Z4FA 4FM0A 2KTQA 4W5NA 1BQMA 3S3MA 4FLXA 4J2BA 1LW2A 3K5NA 1JLGA 2YHAA 3AA5X 3JYTA 3PUFA 3BDPA 1NOYA 2NUBA 1RT1A 1JLBA 3DI6A 4FLUA 3DLBA 1NKCA 4EZ6A 2P51A 4HCBA 4B08A 3ZSRA 2O4IA 4CFBA 4FM2A 3NF6A 4KFBA 2PZSA 2ETJA 3TAPA 1TGOA 3TAFA 4OPKA 2RN2A 2JLEA 3F73A 4KB1A 1HNVA 1HMVA 4OKKA 3QESA 1WN7A 3E01A 3V9XA 2YNFA 1BCMA 3LPTA 1HRHA 1KFSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TV6A 2E2OA 1E3MA 4NB4A 1BL3A 3TTCA 3CETA 3CMEN 5BN9A 3DLGA 5AQKA 4KB0A 1IKYA 4DFJA 1GLDG 1UWBA 4FVUA 2QTDA 4JN4A 2GWJA 2F8SA 3SPZA 1T8EA 1HJOA 3FE1A 4Z4IA 1KRPA 1XQSC 2F7TA 4DTOA 3UB5A 2NZTA 3A8YA 2V7YA 2F9WA 4FWNA 2UUCK 3G71N 3NVMA 3NH2A 2X78A 1NBWA 3HPGA 4JK9A 4LF5K 2E6MA 4H0VB 2FLOA 3AAPA 2FF3B 1GLFO 1NGIA 2E2QA 4AM7A 4WQ4A 4BGBA 1JLAA 3ZSXA 3TR8A 4CE9A 2AJQA 4DFKA 1L5UA 3O08A 4HVJA 1HYSA 2FSKA 4H0YB 2I7NA 4EAHD 3L2VA 4NCAA 3LWLA 1VRUA 4ISFA 3SAFA 3DLLL 5J1EA 2WUSA 4F8RA 3OA9A 5M1QA 1HNXK 4Z4EA 1Y64A 3L2WA 3RRGA 1ZBHA 5BPMA 3KVGA 4FJMA 1NGEA 1OH5A 4CIGA 4FJXA 1SQKA 2E6LA 3ZYYX 1VQ6N 3EO3A 1YF5L 1TAUA 4OKEA 4FZYA 3EL2A 4K0KK 4H5WA 3ENOA 3O1BA 1SKSA 2P5GA 3PV8A 1IJJA 4JKGA 3CC2N 2GV9A 4NXMK 5J2PA 2G8HA 2CH5A 5SWMA 4F2RA 4ILHA 4KV8A 3BF3A 4CGIA 5GAGP 3J81O 3O3GA 5FRNA 1BQNA 3M5RA 4JKGB 4DTPA 4FWQA 2HBJA 2D0CA 2HNDA 4Q5VA 3V9SA 1U45A 1ZBUA 2HB5A 1IG8A 4H5RA 4FJGA 3OYFA 4B9LA 3QFUA 4CEEA 4JKBA 1T6CA 1RT5A 3OYGA 4DU4A 4FWOA 3V4IA 1SUQA 1S22A 4JKDA 4WFAL 4DQRA 3MXJA 4AHTA 1YIJN 3CQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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