3WXLA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase complex with adp, mg2+, and glycerol
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 173
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA01
2J4RA 2VCPA 3GG4A 2A41A 2ZGYA 3L4IA 3CIPA 2I7PA 3A5LC 1LOTB 4B1XB 4H5WA 3U9ZA 4EAHD 2P9LB 3ULEB 3GOIA 3ZEUB 1BWFO 4QS9A 2VYPA 3QFPA 2QWNA 4CZIA 3H45C 3A5NC 3AY9A 1RGIA 4CZFA 3DXMA 3FR0A 3CJ1A 4CZKA 4FO0A 2AP1A 5KPZA 3A0IX 4B9QA 1V4SA 4CJ7A 4JD2B 3SMSA 2A6AA 4PKHA 5BRDA 1NM1A 3D2FA 3O4WA 4DHYA 3MCPA 4J8FA 3LL3A 2YHXA 2YHYA 2ZWHA 3TPQA 4EHUA 5JLFA 2EWSA 4A2AA 3LM2A 3H1QA 1IJJA 4B1VA 2QWQA 3VESA 2QWOA 3C7NB 4BRKA 3ZETB 1T44A 3SK3A 1X3NA 4F9OA 5BREA 1HJOA 2H3GX 4CZJA 3ENOA 3ATVA 3HSCA 4BR5A 5KQ8A 1BG3A 1NGIA 5AQJA 4CD1A 3KZBA 2W41A 4BRFA 1TYQA 3ENHA 2GELA 3BEXA 2QWLA 3I8BA 4H5VA 4ISFA 3CJCA 2E8AA 2ASOA 3VENA 1NGEA 4BRLA 1MA9B 4I6MB 4CZHA 5AQZA 4JN4A 4BR7A 2YJEA 3SMPA 5AQWA 4WQ5C 4BRNA 1HKGA 1JCFA 2P9NB 3DXKA 4MO5A 4QS7A 3QDKA 1RFQA 1QZ5A 1U2VA 3MN7A 5AQIA 4NO7A 4JNEA 4CZMA 4CZEA 1S22A 5AQQA 3L6QA 1YAGA 2YCHA 1GLDG 3LDNA 1T6DA 3MK6A 2E2NA 3UKRB 3FGUA 2FSKA 3M6GA 4O5FA 1CZAN 5B8HA 3CJ7A 3FZKA 4XH1A 2Q0RA 2P9PA 4O8KA 1D4XA 2D1KA 2HOEA 4IZ9A 3VEZA 1SAZA 3FFKB 2CGJA 4MLHA 4L3QA 3H6EA 2A5XA 3OHRA 2IVPA 4IWVA 3UE5A 3VEWA 3DXMB 4WQ4C 3CETA 2NLXA 4CD3A 3LDQA 5AQNA 1GLBG 3AARA 1BDGA 4AM7A 3A5MC 5JMVA 1KXPA 4BC3A 4K42A 1TUYA 4EHTA 2GTDA 3QB0A 3VETA 1GLEG 1ATSA 1E4FT 3D2FB 4BG8A 3D2EA 3CJ9A 4M7YA 3WXKA 3QFUA 2E2PA 2V52B 1Y64A 2A3ZA 3DJCA 3O1WA 4FWRA 4IJNA 4IXCA 3EO3A 3U8XA 3O80A 5F1XA 4HTLA 2I7NA 1E4GT 3KVGA 5BR9A 1C0GA 3U9DA 1YXQA 1ZBSA 3ATUA 3BF3A 4BGAA 3P4IA 3UB5A 3WQTA 2E1YA 3UKUB 2WUSA 3O5BA 1QHAA 2QWPA 4BRCA 1TYQB 4B1YB 3HZ6A 4H0TB 2F9WA 3WEEB 4A62A 1DGKN 2HMPA 4EFHA 4CI6A 1HKCA 1MDUB 1NGAA 3W3DA 5KPRA 2P9IA 3LDLA 1BA1A 2F9TA 4QS8A 4YDUC 2V7ZA 4BRAA 2QM1A 2Q36A 3LDPA 3GDQA 3EN9A 3DAWA 2BUPA 1EQYA 3B8AX 4H0PA 3DXKB 4FWNA 2P9SA 3VF2A 4B1WB 4BRHA 4BQLA 1U2VB 1ATRA 5AQHA 4GNIA 5LJWA 4FWOA 4H5NA 3U4LA 2Q97A 1S3XA 5FPDA 3SLCA 3AAPA 5AZIA 2ZGZA 5F2RA 1P8ZA 3EL2A 4BC2A 5BRHA 3MN5A 4FWKA 5FPNA 1RDWX 5KPTA 3WXLA 3FZFA 5EX5A 3EKSA 2UYTA 1SZ2A 5EY4A 1QQMA 1DEJA 3CHWA 4WYBA 2PAVA 3FZHA 4IJAA 5BRFA 2W40A 1GLCG 3CQYA 3DWLA 5AQYA 5EOYA 4FPAA 1OKJA 4JD2A 4BR4A 5AQOA 2QXLA 1U6ZA 4IO8A 1KAXA 4H5RA 4WQ4A 1NGCA 4FOEA 4GY2B 4FOIA 2P9KA 1BU6O 4H0OA 2Q2RA 3MDQA 4B1ZA 4BG9A 4CBUA 1NGJA 5JLHA 4FWMA 4E1JA 2CGLA 4K43A 1SQKA 3D2EB 4JHDA 1Z05A 2GWKA 3JS6A 4K25A 4EIAA 3JXUA 3C7NA 3FE1A 3WXIA 3EZWA 1X3MA 1Q18A 1TUUA 1YVNA 3R6MA 3BP8A 4KBOA 1BO5O 4BR2A 2P9UA 1BOTO 3A8YA 4ISGA 2FSJA 4K41A 3GBTA 3EKUA 2HF4A 4RTFD 5E26A 2CH5A 3I33A 5AQKA 4AM6A 4BRIA 3SJHA 1BA0A 3HI0A 1R59O 5AQUA 4H0VB 3HM8A 1J6ZA 5EXWA 2KHOA 2D0OA 3VGMA 1GLLO 3MMVA 5FPEA 3WT0A 3HTVA 5CE3A 2A42A 3O8MA 4CBWA 4DCHA 4BR0A 3MN6A 4DQ8A 2DPNA 1NGHA 4H5TA 4PKGA 1K8KA 3QBWA 1MWMA 4BRPA 5FPMA 1HX1A 3A5OC 5EVZA 4BVOA 1X9JA 4A61A 2ZF5O 3HBTA 3IUCA 5KQDA 4FWPA 1HPMA 2E88A 2BTFA 3CI5A 2Q1NA 3QMLA 4H03B 2P9SB 2FLOA 3VEVA 3GL1A 3O1BA 4BRDA 1ZXOA 4HWIA 3MN9A 4BC4A 1C0FA 4DB3A 3BUZB 3BF1A 1T6CA 2GUPA 5AR0A 3J8AA 3L0QA 5AZIB 1NMDA 3WQUA 3VERA 5BPLA 2YI1A 1KAZA 1MWKA 4XEIA 5AQFA 5AQPA 3CQXA 3FLCO 2QWMA 1XUPO 1WUAA 1GLAG 4C23A 4H0XB 2VWBA 4H0YB 4CZGA 2OANA 3VOVA 2QWRA 3FZMA 4BROA 4FWLA 4M63C 3GE1A 1V4TA 1NGGA 3VF6A 3O08A 1NGDA 4WQ5A 4PL7A 3CJAA 4BGBA 5AZJA 4Z94A 5LY3A 5F0XA 2YHWA 3ZX3A 5JICA 3AAQA 2GEMA 2P9KB 3CJBA 4FL9A 5AQSA 4BQZA 2Q0UA 3D7EO 4BRGA 3IFRA 3RSEA 4NB4A 1QZ6A 3S41A 1QQNA 3M3ZA 1HUXA 4B1UB 2E20A 4JHDB 4A2BA 2CH6A 5BPNA 3ZX2A 1NGFA 3KHYA 1ZC6A 2P9PB 2P9LA 3ULEA 3ZEUA 2FF6A 5I9EB 4PKIA 2P9UB 3M1FA 1ATNA 5LJVA 2NRHA 3UKUA 4XH5A 4BR9A 2ASPA 3CERA 4PL8A 3TU5A 2E1ZA 1GLJO 2ITMA 2IIRA 2AA4A 5ADXH 3WEEA 1GLFO 1XC3A 3QICA 4FSVA 4BC5A 1ESVA 5ADXA 1NLVA 5AFUH 1NGBA 4LC9B 4ISEA 5ELZA 5AFUA 3F9MA 1HKBA 5AQMA 4JAXA 4MO4A 2CGKA 3C0BA 1H1VA 1K8KB 1G99A 2IVNA 3WXJA 3ZETA 1NWKA 3R8EA 4M7XA 5AQVA 1NBWA 2NZTA 4FWSA 3FZLA 3W0LA 3QBXA 4CZLA 3H46O 4BREA 2A40A 2FF3B 2FSNA 4BRQA 2QW9A 4MLEA 4FPBA 3VF4A 1YUWA 2ASMA 2HF3A 5AQLA 5AQGA 5TKYA 3R9PA 3VEOA 3H3NO 3ID8A 3IDHA 2YJFA 2E2QA 1LCUA 1KAYA 1HLUA 1IG8A 4Y0WA 2D0PA 2E2OA 5AQTA 3VPZA 3WUHA 1QQOA 2GWJA 1XQSC 3LM9A 4I6MA 5BN8A 5E84A 3ZX0A 3O6WA 4RCHA 5AQRA 2P9IB 4BRMA 3H3OB 3VGKA 4XH4A 2P9NA 2IVOA 1BUPA 2FXUA 3VEYA 2V7YA 2D4WA 4BVPA 2Q31A 4YDUA 2PBDA 3H1VX 5BPMA 5BN9A 5AQXA 3IMXA 5AZJB 3VGLA 3VEXA 2V51B 3G25A 1JCEA 4CBXA 3LDOA 1JCGA 3UKRA 4FWQA 1DKGD 4RWTA 3RSEB 1WOQA 1Z6RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SAFA 4YOWA 4O8UA 4A5BA 2ZGYA 4QAGA 5FLXO 3RMBA 4B1XB 4DV0K 4EAHD 1IO2A 1BWFO 3T7ZA 4CZIA 2FBVA 2G8VA 2YNIA 1DTQA 1RT7A 1RGIA 3AY9A 4BDZA 1XMQK 3G10A 1B92A 4NLBA 4PHTX 4WFBL 3FR0A 1RCHA 3AA4A 1KSPA 3K5LA 5KPZA 3OYDA 4KREA 3A0IX 3SMSA 2WONA 4AH9A 3S3MA 3K9JA 2A6AA 4FJHA 3WXMB 2BH1A 1XHZA 4DR5K 1O13A 5BRDA 1ZBHA 1UA1A 1C0UA 2AJQA 4DHYA 4DTOA 3MCPA 5FDLA 1P90A 1YJWN 4DSLA 5HBMA 3LP0A 3THVA 1B9DA 2NRWA 4JI2K 4EHUA 2EWSA 4G1QA 1IJJA 4YOUA 4BE0A 2QWOA 3C7NB 2QK9A 4BRKA 3D45A 3CMEN 4DTRA 4R79A 1TKZA 4ICLA 4CZJA 3ATVA 2FBTA 3VA3A 4JKFA 3KZBA 2FC0A 4BRFA 1TYQA 4DFKA 2GELA 3BEXA 4CJSA 3DLGA 4JS5A 4NCAA 3HP6A 2VG5A 5C2FA 3NVKA 2Q3SA 1VSHA 4KI6A 4J2DA 4CZHA 4MDBA 3SMPA 3THYB 2W6LA 4MO5A 4ILJA 2YNFA 1RFQA 3VQEA 1QZ5A 2NRZA 3MN7A 2E5LK 2D0AA 2UUCK 4CZMA 4CZEA 1KFDA 1IKVA 1W97L 3N4QA 3NF7A 3LDNA 4CE9A 3QEXA 4O5FA 1CZAN 5B8HA 4PQUA 1EX4A 1JL1A 4BWMA 4ELUA 2I5JA 3QIPA 1YTAA 3ZT0A 3F2KA 3KLGA 3VEZA 4RW7A 1QSSA 4J2EA 3LP2A 4CFBA 1WAJA 1OH7A 3OHRA 4IWVA 3VQBA 2OTJN 1C0TA 2YV0X 5HRPA 4UQGA 1J9AA 3PX6A 1ILYA 4J2BA 1B9FA 4K42A 5J2QA 4OX9K 4AHTA 1N33K 3T69A 2ZM6K 2XY5A 4BG8A 3V81A 1RBRA 5CZ2A 2WC9A 1HNIA 1TK5A 3M5RA 2A3ZA 1L3SA 4Y1CA 1I94K 4JRQA 3ALYA 3MCAB 4CFDA 4KTWA 4AHUA 3U9DA 1ZBSA 3BF3A 4BGAA 4FJMA 3UB5A 4DR7K 1QHAA 3OYGA 2YHBA 1NU0A 3A2FA 1TYQB 3HZ6A 4DS4A 3QERA 4E0DA 3MEEA 2VWJA 4ELTA 3WEEB 4DFMA 2Z1IA 3Q7BA 4CI6A 3VTIA 4CF0A 4CJFA 2P9IA 4AILC 4DV6K 4M3UA 4CJTA 2QM1A 4OGCA 5HRSA 3AVLA 4WE1A 5M1FA 3HVTA 4MDAA 2FBYA 4QOZB 1N6QA 4FWNA 4KTZA 1CZBA 2NRRA 4BRHA 1ATRA 4GNIA 5LJWA 1XNQK 2G8HA 4OKJA 3NF8A 5KGWA 4CK2A 2YKNA 4WCEL 1VSEA 4A57A 2HHWA 3EL2A 4BC2A 1HJRA 4FWKA 5KPTA 4E7JA 4DR3K 4GVMA 1TVRA 3K59A 2UYTA 3PO5A 4F2RA 3MXIA 1SZ2A 1WAFA 4KB0A 3CQYA 1GOAA 1S6QA 3TAMA 4YOTA 4IO8A 1F21A 4IOXA 1KAXA 3P1GA 4H5RA 4C8NA 2P9KA 2Q2RA 4B1ZA 1KRPA 2YHAA 5JLHA 1SQKA 4JHDA 1Z05A 1Z25A 4FJ9A 4K25A 2P5OA 1BQNA 1TGOA 3JXUA 2A1SA 3FFIA 3SQ2A 3WXIA 3EZWA 3CF5L 3R6MA 4ZTJA 1YJNN 1QSYA 3TANA 4BR2A 2F7TA 2FSJA 3KJVA 1RT1A 1SKWA 1SUQA 3HI0A 4DS5A 4H0VB 1J6ZA 3OA9A 4CHNA 3LWMA 4O55A 4DR1K 4CHPA 1ZBUA 4DQSA 1GLLO 3C6TA 1OH5A 3SYZA 2A42A 1RDDA 2FBXA 4DCHA 4PUOA 1UOCA 4M3ZA 3MN6A 2F8SA 2XY8A 4MFBA 1MWMA 4JYAK 2BE2A 4Z4EA 4A61A 3NBPA 4JKDA 3HBTA 4CGHA 3EY1A 5J2NA 4B9MA 1UAXA 3QMLA 4H03B 3VEVA 3O1BA 3CC7N 3QO9A 4ID5A 1DTTA 1G15A 3BUZB 3SUOA 1I39A 1YHQN 2BDPA 3O3HA 1NMDA 3VERA 4XEIA 1ZYQA 4KHQA 5AQPA 2QWMA 1WUAA 3ZSXA 1GLAG 1ASUA 3OJUA 3K57A 2VQFK 1Q9XA 1NMNA 4Z4HA 3KK3A 4DTMA 2QWRA 3TTCA 4BROA 1U47A 4FZYA 4FWLA 2VGMA 2NRVA 4KHNA 1NGGA 4PL7A 1JJ2M 5F0XA 1VSJA 3ZX3A 2GEMA 2P9KB 3PY8A 2HHHK 1OVQA 4FL9A 4CJRA 3D7EO 3IFRA 3RSEA 3S41A 4JHDB 3AA3A 2KFZA 5BPNA 3ZX2A 3KHYA 1RDBA 4NXMK 3ZEUA 1WLJA 2Z1HA 4CEBA 2ZE2A 4PKIA 3C6HA 3M8RA 4Q0BA 4H8KA 1JLAA 3VQ5A 1HR0K 3THWA 3UKUA 4XH5A 4BR9A 1A5XA 2OPQA 1D8YA 3TU5A 4JK8A 4CGFA 2ITMA 4H4OA 3VQPA 1N8RO 1GLFO 3LP1A 1EWRA 4FSVA 1S1XA 4BDYA 4FLYA 3TI0A 5D3GA 3AVBA 5ELZA 4FYDA 1XWLA 4JAXA 4MO4A 4DR2K 3M8PA 4ZHRA 1KD1O 1JLFA 3ZETA 2WFBA 3QEVA 4PY5A 3R8EA 1VRTA 4Z4CA 5GAHP 3K58A 2F4VK 3FZLA 5HRNA 2G8FA 1BIUA 1RBUA 3H46O 3C6UA 3CYMA 4PA1A 4CZLA 3CG7A 2FSNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VGN A;  4BC4 A;  4KFB A;  5M1N A;  5HRO A;  2DY4 A;  4DB3 A;  3MX5 A;  4FLV A;  5K14 A;  5JS1 A;  3J8A A;  3WQU A;  1CZ9 A;  1KAZ A;  1MWK A;  1WB9 A;  5AQF A;  1JLB A;  3L2U A;  3U3Y A;  3DRP A;  3FLC O;  1XUP O;  4DUZ K;  1WBB A;  4FXD A;  1HPZ A;  4JLH A;  3NH0 A;  4CEA A;  4F4K A;  3OYN A;  1BL3 A;  4FJN A;  4K8Z A;  3ASM A;  1V4T A;  4YOY A;  3VF6 A;  3O08 A;  4K8X A;  1NGD A;  4WQ5 A;  1VQ9 N;  3CJA A;  2OA8 A;  2OPR A;  2QXF A;  2YHW A;  3SI6 A;  1VQ4 N;  3DM2 A;  3CJB A;  4FJX A;  5AQS A;  4LD0 A;  4BRG A;  3TSQ A;  3SZ2 A;  3O3G A;  4M42 A;  3MEC A;  1QZ6 A;  3M3Z A;  4FLX A;  3KK7 A;  4IO9 L;  2CH6 A;  4FW2 A;  3SAH A;  2W6K A;  2FF6 A;  4FJ8 A;  1JLC A;  4CEZ A;  4ZTF A;  3RMA A;  3CCE N;  2P9U B;  1ATN A;  1QQC A;  3E01 A;  4CEQ A;  3QES A;  1KVB A;  2DFE A;  2PY5 A;  3HPH A;  3CER A;  4PL8 A;  3CPE A;  1NK7 A;  2IIR A;  2AA4 A;  3QIC A;  1ESV A;  3MXJ A;  5ADX A;  3D6R A;  1K9M O;  4B08 A;  4IEE A;  4KH4 A;  4LC9 B;  3SV4 A;  4ISE A;  4OO1 J;  3TSP A;  4YOV A;  5AQM A;  1IH7 A;  5JVH L;  1H1V A;  4B3R K;  1K8K B;  1T8E A;  4DTN A;  2IVN A;  3WXJ A;  3HM9 A;  3ZCM A;  1NWK A;  4M7X A;  2GBZ A;  2NNW A;  1VSM A;  1NBW A;  1RBT A;  1YIJ N;  4YOR A;  3QBX A;  1NK6 A;  4JKE A;  4CEF A;  3I55 N;  2A40 A;  1RBV A;  4CIF A;  4O44 A;  1C1B A;  4LH5 A;  3D0P A;  3VEO A;  1YUW A;  5TKY A;  5JS2 A;  4JI0 K;  2OZS A;  3AGR A;  3SBT A;  1MU2 A;  1IG8 A;  4DF4 A;  1NJW A;  1U45 A;  2E2O A;  2VQE K;  4DUY K;  5AQT A;  1TK8 A;  3MAQ A;  2O8E A;  3E9L A;  1TKX A;  1QQO A;  3SPY A;  1WNS A;  4B9L A;  5BN8 A;  2ZJR L;  5AQR A;  3THY A;  3H3O B;  1KVA A;  4CIG A;  2IVO A;  3ZT2 A;  3QIN A;  3J7Z O;  4AHR A;  4IG0 A;  2FXU A;  1UA0 A;  1KCF A;  3IG1 A;  4YDU A;  2PBD A;  3H1V X;  3R1X A;  1RBS A;  5BN9 A;  4B3S K;  4M3W A;  2V51 B;  3G25 A;  3K5O A;  1BIS A;  4CJ4 A;  4CBX A;  2UXC K;  1JCG A;  2Z1J A;  3P38 A;  4DSK A;  3K2P A;  4IG3 A;  1Z6R A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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