3WXLA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase complex with adp, mg2+, and glycerol
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 173
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA01
2YCHA 4JD2B 4E1JA 1QQMA 4EAHD 5AQTA 5BRDA 3L6QA 4IXCA 4BC2A 4CZIA 4K41A 3GDQA 5JLFA 1YAGA 3M3ZA 3R6MA 2V52B 4AM7A 3MK6A 3H46O 2VWBA 5JMVA 1MDUB 4XEIA 2CGLA 2E1ZA 2AA4A 1X3MA 4WQ5A 5JICA 4FWLA 3HSCA 3A8YA 3O1BA 2YHXA 3LDLA 3H3OB 3QFUA 1GLCG 5FPEA 1NGGA 4EHUA 2QW9A 4CZEA 2YJFA 2FXUA 4B1YB 3I8BA 1C0FA 3I33A 4C23A 4BR9A 3IFRA 1IG8A 4ISGA 3CERA 5AQNA 3R9PA 1XQSC 4FWNA 2GWJA 4QS8A 4CZMA 2E2NA 1GLLO 4CZFA 2BTFA 3EKUA 1K8KB 1QQNA 2W40A 2Q97A 3WUHA 2P9SB 4BVOA 2ZWHA 2EWSA 2D1KA 1TUUA 3BP8A 2Q36A 1U6ZA 1ESVA 4HWIA 3FFKB 5LJWA 3ZETB 1KAYA 2NZTA 3CHWA 4K43A 3WXKA 1NM1A 3ZEUB 1GLBG 2FSJA 4BRAA 2VCPA 2P9UB 4BRCA 1C0GA 4IO8A 5EXWA 1BU6O 1BO5O 3AAQA 5F1XA 3FE1A 4CBXA 3JS6A 1S22A 4BR2A 3ZX2A 2Q31A 1NGFA 1QZ5A 3D7EO 3O5BA 5F0XA 1JCEA 4MO4A 4DB3A 1HKGA 4B1ZA 1WUAA 3EKSA 3ENOA 4FPAA 2E2PA 4K42A 4CJ7A 2FSNA 4YDUC 2P9LB 3UKRA 4FOEA 2AP1A 2D0PA 3FZFA 1T44A 3ATUA 3HBTA 1MA9B 4I6MB 4PL7A 2A5XA 3EZWA 4NO7A 3EL2A 5AQYA 5E26A 4JN4A 3A5LC 2ITMA 4RCHA 1E4GT 4BRMA 2YHWA 2F9TA 3RSEA 4BRPA 5ADXA 3JXUA 3VEVA 1NMDA 4M7YA 4PKHA 1TYQA 3BF3A 2ASOA 2CH6A 2P9PA 1KAXA 2HOEA 3CJCA 1SQKA 3TU5A 3H45C 3L4IA 3U9DA 3CJ7A 3B8AX 5EX5A 3CJ9A 4XH5A 3WEEA 3O4WA 3EO3A 4O8KA 3MN6A 1X9JA 4H0XB 5ADXH 3IDHA 4FWMA 5AQUA 2WUSA 1H1VA 1NGDA 2E2OA 5FPDA 4BVPA 1J6ZA 3IMXA 3F9MA 2QM1A 1NLVA 1RFQA 5B8HA 5TKYA 1GLEG 3FZKA 3BEXA 4MLEA 2Q0UA 5FPMA 4M7XA 2GUPA 3QMLA 4IJAA 1GLJO 4WQ4A 1BA1A 4FO0A 4BC3A 2E20A 2HF3A 4BGBA 1E4FT 3MN7A 3C7NA 4H03B 1JCFA 2FF6A 1HJOA 1NGIA 2D0OA 4H5RA 3DXKB 3M6GA 4NB4A 1BG3A 2H3GX 4H0VB 1HKBA 1BOTO 3LDNA 3VOVA 1QQOA 2I7NA 3FR0A 2A41A 2GTDA 4A62A 2QWMA 3VF4A 3FGUA 1YUWA 4DCHA 1YXQA 2V51B 1ZXOA 3UKUA 3MDQA 5AQZA 3VGLA 4JD2A 4H0PA 4BRGA 4CD1A 4L3QA 2CGJA 3VENA 5BN8A 5AQGA 1DKGD 2QWQA 3WT0A 2P9IB 3L0QA 2QWPA 3GOIA 5BPMA 1U2VB 3U8XA 1HLUA 2E1YA 5EVZA 2P9NB 3CJAA 5AQLA 2GELA 2QXLA 4BG9A 3A5MC 1NWKA 3O8MA 1NGJA 3CQYA 4A2BA 1HPMA 3LDOA 3QFPA 1NGAA 4BR7A 1QZ6A 5AQRA 3DWLA 5BN9A 3D2EB 5KQDA 1ZBSA 5AQHA 1K8KA 2A6AA 4BRDA 5KPTA 3VERA 1NGEA 3ZX0A 3CJ1A 2P9SA 3SMSA 5EY4A 4RWTA 3EN9A 4MO5A 5BPNA 4JAXA 3AARA 1JCGA 4FWQA 5AQKA 5EOYA 1RGIA 4QS9A 4IZ9A 3GBTA 2IIRA 5AQVA 3ZETA 4BRQA 1R59O 3ZEUA 3BUZB 2NLXA 2P9UA 2IVPA 2GWKA 4BRHA 4JHDB 2A40A 4PL8A 4LC9B 2BUPA 3FLCO 3DXMB 4PKIA 2YHYA 4FWSA 3U4LA 3LM9A 3HI0A 4JNEA 4H0YB 3ZX3A 4K25A 5AQQA 3KZBA 3ULEB 2OANA 4BQZA 5AFUA 2V7ZA 3D2FB 3TPQA 3LDPA 5AZJB 3OHRA 2P9LA 3QBXA 3VETA 2Q0RA 4H0OA 4IWVA 4BC5A 5I9EB 4BREA 3GL1A 1Z6RA 3C0BA 2J4RA 1ZC6A 4I6MA 3VEWA 1ATSA 4FWRA 4BRLA 4WQ5C 2ASMA 2P9KB 3WXLA 4FSVA 1XUPO 5AFUH 1LCUA 4CZLA 3HZ6A 4HTLA 3WQTA 2ZGYA 4FWPA 2QWRA 2YI1A 3LM2A 5AZIB 4BRNA 3CQXA 4B1XB 3SLCA 2FF3B 1X3NA 3QBWA 3CI5A 1TUYA 3P4IA 5AQFA 3SK3A 4EFHA 1IJJA 3ID8A 2CH5A 3GG4A 3VF2A 5BREA 1BWFO 5KQ8A 1LOTB 2E88A 4XH4A 3J8AA 4AM6A 4YDUA 3GE1A 3H1VX 1NBWA 4BR5A 2PAVA 2Q1NA 4BRKA 1T6DA 3HTVA 3U9ZA 4O5FA 3O80A 4BR0A 4CZKA 4BROA 3H1QA 1YVNA 2I7PA 3H3NO 1OKJA 3UE5A 3VESA 1HUXA 2W41A 1NGHA 4FWOA 1RDWX 3H6EA 1DEJA 5ELZA 1MWKA 1V4TA 1P8ZA 3VF6A 3IUCA 3CETA 5LY3A 1D4XA 3AY9A 1NGBA 2A42A 4CZJA 3SMPA 2IVOA 3DXKA 1Z05A 3BF1A 4H5NA 1KXPA 3LDQA 2QWLA 3CJBA 5KPZA 2KHOA 2FSKA 2ZGZA 4F9OA 4WYBA 3VGMA 3MMVA 4B1WB 3S41A 2HF4A 5BPLA 3R8EA 4J8FA 4PKGA 5AQIA 5AQXA 3W3DA 5BRHA 5BRFA 2P9IA 1KAZA 2DPNA 2ZF5O 2PBDA 3KVGA 4H5VA 4B9QA 4FPBA 2D4WA 3WQUA 4BRFA 3A0IX 3VEOA 1U2VA 2F9WA 4A61A 3HM8A 5JLHA 2VYPA 3CIPA 3ENHA 3MN5A 1HKCA 3A5OC 4FWKA 5E84A 2P9NA 4BGAA 2QWNA 3FZHA 5KPRA 3VEYA 4A2AA 3VPZA 4BG8A 3QDKA 3DJCA 3FZLA 1QHAA 4H0TB 1CZAN 4M63C 4EHTA 4RTFD 4BC4A 1ATNA 2E2QA 2FLOA 1SAZA 3AAPA 3W0LA 1BUPA 3O08A 5CE3A 1BDGA 1DGKN 1G99A 4CBUA 4FL9A 3D2EA 3SJHA 4CD3A 4MLHA 4QS7A 2A3ZA 4B1UB 3UKRB 3MN9A 4CI6A 4Y0WA 5AQJA 5FPNA 2CGKA 4Z94A 2GEMA 3VEXA 3RSEB 3G25A 5AQSA 3WXJA 4WQ4C 1GLAG 1TYQB 4DQ8A 2P9PB 4XH1A 4KBOA 1V4SA 3M1FA 3MCPA 4GY2B 5AQWA 3UB5A 3KHYA 1WOQA 3VEZA 3VGKA 5LJVA 5AR0A 2UYTA 4FOIA 4JHDA 3A5NC 3WEEB 3O6WA 3DXMA 3LL3A 1ATRA 1S3XA 2IVNA 4H5WA 2HMPA 3ULEA 1SZ2A 3D2FA 1HX1A 1Q18A 1GLDG 4IJNA 5AZJA 3FZMA 4BQLA 1EQYA 1GLFO 1XC3A 4CBWA 5F2RA 4GNIA 2V7YA 1MWMA 1T6CA 4BRIA 2NRHA 1Y64A 2P9KA 1NGCA 3QICA 3DAWA 1BA0A 3C7NB 4B1VA 5AQOA 3ATVA 2E8AA 2QWOA 4ISFA 2Q2RA 2YJEA 5AQMA 5AZIA 4CZHA 4H5TA 3QB0A 4EIAA 4ISEA 5BR9A 4DHYA 4CZGA 3O1WA 5AQPA 4BR4A 3UKUB 2ASPA 3WXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TK5A 3WNGA 1QQMA 1ASWA 5BRDA 4NCAA 2W6KA 4JI1K 4N76A 3VMFB 4CECA 2YNFA 2AA4A 1TGOA 4KI6A 3J81O 1N6QA 4DR7K 5T7BA 3KKRA 3QFUA 3KLEA 5HBMA 3VQAA 2IC3A 4EHUA 1QTMA 2QW9A 1RT3A 4B1YB 2RHKA 4BR9A 4DR5K 2F96A 1Q8IA 2I5JA 3NVMA 4IOAL 1DLOA 3L3UA 3TTDA 4QS8A 4IFEA 4CZMA 2E2NA 4NLBA 4FLTA 2O8DB 2BTFA 4IG3A 4YHHK 2W40A 1C1AA 4CJWA 2PY5A 4ZTJA 1JKHA 2KQ2A 3KLIA 3ZLJA 2UXBK 2D1KA 4DFJA 3D45A 1ESVA 3V9ZA 3ZETB 3PX6A 1HQUA 2NZTA 3NCIA 3WXKA 4CE9A 3BY5A 3ZEUB 3K58A 2FSJA 1Q9YA 2EHGA 4IO8A 3THVA 2QKBA 3AAQA 4H4MA 1N5YA 1N36K 4AHVA 2B6AA 4HUGA 4E19A 1VSKA 5C2FA 3ZX2A 1ZBFA 2G8IA 1HMVA 4E89A 1W97L 2HHWA 4K8ZA 1NGFA 1QZ5A 3D7EO 3HPHA 3VQ6A 2Z1JA 3BZCA 3PIPL 4MO4A 2YNIA 2HVHA 2O4GA 2O4IA 3EKSA 2O8CA 2WC9A 1T44A 4NO7A 4DQSA 3A5LC 2ITMA 4JKHA 1E4GT 3TAMA 4BRMA 4FYDA 2YHWA 3AO3A 5ADXA 3P1GA 3TAGA 3CFRA 3VEVA 1T03A 1BI4B 3BF3A 3VTHA 2CH6A 1SQKA 2R7YA 1C0MA 4CJEA 4O8KA 3MN6A 5ADXH 4FWMA 1NGDA 4DKWA 4BVPA 1VQON 3OYGA 1QE1A 3IMXA 5B8HA 4FJKA 2VWKA 4IFVA 1K9MO 3BEXA 3Q7CA 2ZJPL 5HRNA 1VSDA 3AA2A 1HNWK 4IJAA 4DV5K 1BA1A 3IS9A 4FO0A 1KRPA 1XWLA 2E20A 2HF3A 4BGBA 1E4FT 3C7NA 2KFZA 3AVBA 4CGHA 4CHPA 3SQ2A 3VN5A 1NGIA 1RBRA 1HPZA 4NB4A 3UIQA 2YKNA 4H0VB 2F4VK 3VOVA 2A41A 4N5SA 2VQEK 4FZXC 3OTOK 4DMNA 1CZ9A 4IEEA 2CGJA 3N4PA 1VQ4N 1L3UA 1QSYA 1RDDA 1DKGD 1GOCA 2QWQA 1VAZA 3I8DA 4W5QA 3K2PA 3Q7BA 2E1YA 5HOOA 5KRTA 3LANA 3ZT3A 4BY9C 2OPSA 3MEGA 3CJAA 2GELA 3L4QA 4BG9A 3A5MC 1S6QA 4A2BA 3CQYA 3QFPA 1EP4A 3DLRA 3WXMB 3KLGA 3LWMA 3V6DA 5AQRA 3D2EB 1CXUA 3NVKA 4OKKA 4O5BA 1K8KA 3E1YA 2A6AA 2NUBA 3ZX0A 4MDBA 4AILC 2P9SA 4DFMA 4ID1A 1N33K 3ZSZA 3AA4A 3NGYA 2WTUA 3GBTA 1VQKN 3QIPA 3DLBA 2NLXA 1WSEA 2BANA 4LFCK 1A5WA 2IVPA 2GWKA 1JXBA 3CCVN 2QEXN 1M90O 1I39A 4ILJA 2XY6A 4JRQA 1JLCA 1LW2A 2A40A 4B9TA 1S72N 4DTJA 3D0PA 4GKJK 4FWSA 3OS1A 1OH7A 3HI0A 4H0YB 4K25A 3HPGA 4Z4HA 3ULEB 5AFUA 2V7ZA 2O8BA 4CVNE 4AH9A 1RT6A 4IWVA 4BC5A 5I9EB 4KRFA 4BREA 3GL1A 1NJIO 5GAEP 2UUBK 4FWRA 3V9XA 2O8FA 4WQ5C 2P9KB 4X66K 1TK0A 5C10A 5AFUH 4CZLA 4FJGA 3ENBA 1BQMA 1XMQK 2QWRA 1VQPN 2DFFA 3SPZA 3QEXA 3CQXA 4HTUA 4B1XB 4H4OA 4C8KA 1X3NA 3QBWA 1TUYA 2FBTA 1U47A 3ID8A 4RW4A 3GG4A 3E9OA 4IKFA 1LOTB 4XH4A 1TK8A 1N8RO 1VQ8N 4BDPA 4HCBA 1S9EA 5M1FA 1JLFA 1NBWA 3ZSRA 2Q1NA 4BRKA 3PV8A 4GKKK 3U9ZA 1FK9A 3O80A 4BR0A 4ELUA 3H1QA 4DTXA 1YVNA 1OKJA 3TAEA 1HNXK 1HUXA 1XMOK 3QNOA 3RVCA 1MWKA 1P8ZA 4MQ3A 3CCLN 1JLAA 5LY3A 4CZJA 1NGBA 1T05A 2IVOA 4UQGA 1UA0A 3BF1A 2QWLA 1SV5A 2KHOA 4A57A 1ZYQA 4F9OA 1LV5A 3C6TA 2OA8A 3HOTA 3V1OA 4J8FA 2WBNA 4PKGA 5AQIA 1KAZA 4B9QA 2PBDA 3KVGA 4FPBA 2D4WA 3E01A 1TAQA 4CK3A 4KFBA 4AQYK 1U2VA 1FJGK 4A61A 2HBJA 3OYMA 2AJQA 3WNEA 3A5OC 5E84A 2P9NA 4BGAA 1ILYA 3RRGA 2HNZA 4R79A 3QDKA 3ZCMA 4Y1DA 3AVMA 4RW8A 5JS2A 3W0LA 1BUPA 3QNNA 4DTMA 3V9UA 4X62K 1JXEA 3FFIA 5LMNK 4LF6K 1KD1O 2O8CB 3V1QA 4QS7A 2A3ZA 3L2VA 1WBBA 3HP6A 4Y0WA 5FPNA 1OVYA 1SKRA 3VQ9A 4MDAA 3VEXA 2YKMA 4NCGA 1T3VA 5AQSA 1HQEA 4WQ4C 3WXJA 1BIZA 3K0SA 3NF8A 4KBOA 1V4SA 1HNZK 4DSKA 3KHYA 5CHIA 4LF7K 4DQIA 1Q7YO 1JJ2M 1I94K 3LL3A 5LL6Z 4H5WA 1S5JA 2HMPA 3J7ZO 4MFBA 3S3OA 1NJZA 3L2RA 3D2FA 4DU1A 3NF6A 3FZMA 3SAHA 1VSMA 4JK8A 3PUFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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