3WXLA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase complex with adp, mg2+, and glycerol
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 173
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA01
2YHXA 4DQ8A 5AQFA 4BRDA 3VF4A 3W0LA 2WUSA 1HPMA 3MMVA 1G99A 4J8FA 4BR0A 1BU6O 3D2EA 1T6CA 4H5WA 1MDUB 3FZFA 2UYTA 3VGKA 2QWMA 1SZ2A 3MDQA 5AZIA 4BC2A 5F1XA 5EXWA 4FOIA 1BOTO 3FLCO 1TYQA 5AQSA 4F9OA 4JD2A 2PBDA 1Z05A 1GLLO 2FSNA 3M6GA 1XUPO 2E1ZA 3BUZB 4BR4A 5I9EB 4WQ4C 2HF3A 5E84A 3CQXA 5LY3A 2FXUA 5AZJB 3WEEA 3O08A 3TPQA 2A40A 3JS6A 2P9UB 2NZTA 3R6MA 2P9PB 1C0FA 2ZWHA 3GBTA 3MN5A 1U6ZA 4JN4A 3VPZA 1YVNA 2CGKA 4RCHA 1EQYA 2CGLA 2E88A 2Q36A 4QS9A 2E20A 4LC9B 2FF6A 2QWRA 2FSJA 4CZIA 4A61A 5BPLA 1QQMA 4ISGA 4IWVA 3UKUB 3ZETB 5EY4A 1ZC6A 3D2FB 5AQKA 2P9LB 1QZ6A 3H3OB 2AP1A 2Q31A 3QICA 3LDPA 2E8AA 4JNEA 1WOQA 5JLHA 5AZJA 1HKBA 4H0XB 3FFKB 1BA1A 2KHOA 3MN9A 2V51B 3L4IA 3AARA 1U2VA 1NWKA 1JCGA 2E2QA 4IO8A 4CZHA 2IVOA 1BG3A 3KHYA 3GE1A 3GOIA 2E2OA 3DXKB 4B1XB 1QQNA 2GWKA 1KAYA 2NLXA 2Q2RA 3OHRA 3QBWA 1NGJA 2GTDA 2P9NB 3HTVA 3I33A 2W41A 5BPNA 4H0TB 5F2RA 3ZX3A 5KPZA 3ZETA 3IFRA 4M7XA 3UKUA 2YHYA 1S3XA 3D2FA 4MO4A 1SAZA 2P9LA 1MWMA 2QWPA 3VGMA 4K25A 2ASPA 5AR0A 5AQIA 5CE3A 2W40A 3ZX2A 3ID8A 5AFUA 4EFHA 4AM7A 1NGIA 3SLCA 1E4FT 5FPNA 4FPAA 4XEIA 3VEXA 3A0IX 1RFQA 4ISFA 5AQJA 5AQTA 3EKSA 3HM8A 2P9IA 3RSEB 1MA9B 3VESA 4BC4A 4BVPA 4IZ9A 3UB5A 1NGBA 2F9TA 4Z94A 4CBWA 4HWIA 4BREA 2Q0RA 1DGKN 3CJBA 3IMXA 2FLOA 3H6EA 2Q97A 4BRAA 5ADXH 3ATVA 4CJ7A 1Y64A 4BR9A 3U8XA 1ZBSA 3R9PA 3CJCA 1HKCA 4BRNA 3FR0A 5AQWA 5AQOA 3A5MC 5EVZA 4WQ4A 2Q0UA 3VEZA 3HSCA 4BGAA 5AQNA 2GUPA 3RSEA 3DXMB 4FOEA 4BR2A 4I6MB 4K41A 4H0YB 5AQVA 1GLBG 1YUWA 3QMLA 4H5TA 5BREA 3BP8A 1Z6RA 5FPMA 3HBTA 4O8KA 3EN9A 2V7ZA 4H0VB 5AQYA 4BROA 4B9QA 3VENA 1WUAA 3H45C 3CQYA 5AQGA 2P9KB 2A3ZA 3WQTA 4FWQA 2ZGYA 1T44A 3FZHA 4MO5A 2D4WA 4BR5A 1X3MA 3JXUA 4FWPA 3U9ZA 3KZBA 3IDHA 3LM2A 3CJAA 2D1KA 3VETA 1NGCA 3QBXA 3DXMA 4CZFA 1T6DA 2HMPA 2PAVA 3CIPA 3MCPA 3O1WA 4XH1A 2CH5A 4PKGA 3ULEB 5LJVA 3AAPA 4O5FA 4B1UB 3LM9A 5BRDA 1V4SA 1HX1A 5FPEA 2GWJA 4CZLA 1D4XA 1J6ZA 1GLCG 3VEVA 3L6QA 2E1YA 3H1QA 4FL9A 4BR7A 2HOEA 1X3NA 2P9KA 3C7NB 4H0OA 3BF3A 2QWQA 1R59O 3GDQA 5BRHA 2IVPA 4CI6A 3CI5A 4A2BA 4A2AA 4BRKA 4CBXA 4CZEA 2P9UA 4AM6A 4BRQA 1NMDA 2VCPA 3FZMA 1QHAA 2P9SB 4FWNA 5ELZA 3ZEUB 4B1YB 3D7EO 2P9PA 2V7YA 4NO7A 3U4LA 4E1JA 2H3GX 1SQKA 1IJJA 4Y0WA 4EHUA 4IJAA 4PL7A 2VWBA 3W3DA 4FPBA 3BEXA 1GLEG 3DWLA 2IIRA 3H46O 2QWNA 3GG4A 4K43A 2CGJA 4L3QA 5BPMA 5KPRA 4BRCA 3FE1A 3BF1A 5BN8A 2NRHA 3VOVA 3I8BA 4RWTA 1GLDG 3M3ZA 3VEOA 2A41A 3MN6A 1NGAA 4WYBA 3HI0A 3O4WA 2P9SA 2E2NA 3CJ9A 3ZEUA 2YHWA 1ATRA 2DPNA 2YCHA 1NGDA 3L0QA 4B1WB 3DXKA 3EO3A 4DB3A 3WXKA 1C0GA 1JCEA 1DEJA 3SMPA 2V52B 4QS8A 5AQMA 3H3NO 1BWFO 2FSKA 2P9NA 3P4IA 4YDUA 4K42A 1CZAN 5KQ8A 4QS7A 1BDGA 2IVNA 4BRLA 4BRGA 4KBOA 4CD3A 1P8ZA 1ATNA 1NGEA 3EZWA 1KXPA 2F9WA 3DJCA 3QDKA 4B1VA 4DCHA 4EIAA 4MLEA 1NGFA 1XC3A 5AQHA 3D2EB 1HLUA 3WQUA 1HJOA 3CJ7A 3VF2A 3A5OC 5AQLA 4ISEA 3VF6A 1LCUA 2A5XA 1Q18A 2I7NA 2ASOA 4FO0A 3ENOA 2OANA 1RGIA 3AAQA 1H1VA 4WQ5C 2EWSA 4CZKA 1MWKA 2BTFA 2YJEA 4YDUC 2QM1A 3LDOA 2CH6A 5BR9A 1ESVA 4JD2B 1X9JA 5KPTA 1GLAG 4FSVA 3GL1A 4B1ZA 4CD1A 4BRPA 4FWSA 3TU5A 3SJHA 3QB0A 2J4RA 5JLFA 3G25A 3WEEB 3CETA 5AQUA 3S41A 3CERA 5EOYA 4BC5A 4XH4A 4PKHA 4CZMA 3SK3A 2BUPA 3MK6A 4H03B 5E26A 3A5NC 3A8YA 3HZ6A 5TKYA 1LOTB 1ZXOA 3FZLA 4I6MA 2YJFA 3O5BA 1YXQA 3LL3A 3QFUA 4PL8A 2QWLA 2Q1NA 2FF3B 1QQOA 3WXJA 3M1FA 4FWMA 4BVOA 3FGUA 3R8EA 1GLFO 2GEMA 4M7YA 2HF4A 2E2PA 1BA0A 3UKRB 1S22A 3A5LC 5ADXA 3EKUA 1GLJO 2D0OA 3LDLA 3O6WA 5AFUH 1TUYA 1U2VB 4JAXA 2YI1A 5KQDA 3B8AX 1NLVA 3MN7A 4FWOA 2D0PA 3C0BA 4XH5A 4BQZA 5B8HA 2AA4A 4PKIA 1OKJA 3ZX0A 5FPDA 4JHDB 2A42A 4BG8A 1JCFA 4GY2B 5EX5A 1ATSA 4FWLA 4IJNA 3ULEA 1NGGA 3SMSA 3FZKA 3J8AA 4CZGA 4BRFA 4CZJA 3UKRA 4BQLA 3O8MA 1NGHA 3C7NA 1K8KB 4BGBA 1TUUA 3WT0A 5JMVA 2ZF5O 3CJ1A 2GELA 3KVGA 4M63C 3QFPA 2QW9A 4H5NA 2QWOA 2P9IB 3O80A 2QXLA 5AQXA 3CHWA 2ITMA 3EL2A 4MLHA 4JHDA 4BC3A 4BRMA 4GNIA 5AQRA 4C23A 1RDWX 5JICA 3WXLA 3VGLA 5AQQA 1V4TA 5BRFA 3UE5A 1DKGD 4CBUA 2I7PA 4WQ5A 2ASMA 3DAWA 4H0PA 5AQPA 4BRHA 1BUPA 3LDNA 3AY9A 4H5VA 3F9MA 1BO5O 3U9DA 3H1VX 4A62A 4FWRA 1K8KA 3VERA 2ZGZA 4FWKA 3VEYA 3WXIA 5LJWA 4DHYA 2VYPA 3ENHA 5AQZA 4EAHD 1HUXA 1NBWA 4IXCA 3WUHA 3O1BA 1E4GT 4H5RA 1KAZA 1HKGA 1KAXA 1QZ5A 5AZIB 4BG9A 3LDQA 3ATUA 5BN9A 1YAGA 4NB4A 4RTFD 1TYQB 4EHTA 2A6AA 1XQSC 1IG8A 4HTLA 4BRIA 1NM1A 5F0XA 3VEWA 3IUCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQFA 1NJXA 4DF8A 1RILA 3F73A 4M3TA 4GMJB 4R5PA 4FZXC 4BR0A 3D2EA 4OVLA 4CHZA 1T6CA 3VGKA 3KK7A 4CJVA 5C2FA 4JLHA 1UWBA 5F1XA 2F8TA 3HSTB 1BHLA 4JD2A 2ZM6K 1Z05A 1GLLO 1LW2A 4AHSA 5LL6Z 5J2MA 4F2RA 3VA0A 1NK4A 1BQMA 1NK5A 4DR3K 4BR4A 3CCQN 4RW7A 4E0DA 2YHAA 3TWHA 3WEEA 3SNNA 1VQMN 3HJFA 2O8CB 4CJWA 5J2NA 3JS6A 2P9UB 1S6PA 2OCEA 4B3RK 4DU3A 3SAFA 4OKEA 3R6MA 1YT3A 1RDDA 3G4SN 4BE0A 3TAQA 3F2KA 1W7AA 3VPZA 1S6QA 4KAZA 1EQYA 2CGLA 4QS9A 2Z1GA 5HRSA 3CD6N 2FF6A 4GV9A 4EP5A 3PY8A 2KZMA 4BACA 1SKSA 5HP1A 2OZMA 3UKUB 4RG8A 1ZC6A 5DK5A 3D2FB 3DM2A 1DT9A 3P83D 1RCHA 2ZD1A 2E4LA 3QICA 4JNEA 1WOQA 5AZJA 3B6PA 3FFKB 1S1WA 3L4IA 2W42A 3KHYA 3GOIA 2E2OA 4C8LA 1JLBA 3K57A 4B1XB 2GWKA 3S3NA 1NGJA 1SKWA 1OH6A 4CGGA 2UXBK 1NKEA 4OGEA 4ID5A 3TABA 3WNGA 1IBLK 1JXBA 3K0SA 3OYLA 4DR1K 1VQPN 4DTMA 2P9LA 3DYAA 1NK0A 2UUCK 4DFJA 4DUYK 3PV8A 3VGMA 1XMQK 2QK9A 4GV3A 5AR0A 1EETA 5HLFA 1C0TA 1UAXA 4E7KA 4ZTFA 3SPZA 5AJ3K 1QVGM 3C6UA 3SLCA 3EZ5A 3A0IX 4BVPA 3RSEB 2WBNA 4BC4A 1D5AA 1TAUA 3K5NA 4FLVA 4Z94A 3VN5A 4MDAA 4IDHA 4C1NK 3VQ8A 1DGKN 3CJBA 3IMXA 4DS4A 5JS1A 3THWB 2IAJA 1Y64A 4CIFA 3AVCA 3MEDA 1KD1O 3CJCA 2ETJA 2IOCA 4BRNA 4FJXA 2ITGA 5AQWA 5AQOA 2Q0UA 3KTQA 2GUPA 4ZHRA 4I6MB 4K41A 1RDBA 4WF9L 4H0YB 3HXMA 3ZSYA 4H5TA 5BREA 5FPMA 3CMAN 2V7ZA 4H0VB 3BZCA 1WBBA 4CGFA 1WSFA 4FVMA 1R0AA 1X9WA 3CQYA 5AQGA 3QERA 4IBNA 4FWQA 3MECA 3FZHA 4BR5A 4CFCA 1ASVA 4FWPA 3LM2A 1NGCA 3QBXA 2XY6A 2HMPA 2GBZA 3HPOA 1VQON 1M90O 4R79A 2CH5A 4ELUA 4O5FA 4B8CA 4AHCA 3LM9A 1VQ9N 3V81A 1NOYA 2GWJA 4CJKA 3JYTA 3J7YP 3H1QA 4FL9A 2Z1IA 3AVHA 2HOEA 4DLEA 4DF4A 4OO1J 3NF7A 3V1RA 4CEDA 4ZTJA 4JI6K 1TKXA 3DRRA 4PY5A 3M8SA 1N36K 2HVHA 4CZEA 4IOCL 3H08A 1NMDA 3Q7CA 3D45A 3ZEUB 4B1YB 3L3UA 4LFBK 2H3GX 1SQKA 4HHTA 2Y1IA 3PO5A 3ZT3A 4CEOA 5M1NA 4Y1DA 4PHTX 4FPBA 4LD0A 1NU0A 4KREA 3H46O 1VSDA 3KK3A 1LWCA 2JGUA 3BF1A 4B9SA 4CERA 2O8BB 1TAQA 3VOVA 1RT6A 2A41A 3A2FA 4CIGA 1LAWA 3LANA 2DPNA 3C6AA 1NGDA 3HRGA 3ITHA 3DXKA 3EO3A 3LALA 4I9LA 2G8IA 2V52B 4N56A 3H3NO 1XNRK 1K9MO 2FSKA 2RE2A 3P4IA 2XHBA 5GAEP 4Z4HA 1BDGA 3TANA 1P8ZA 1KXPA 4B1VA 4YY3K 1N34K 1OH8A 3VQ5A 1XC3A 2O8DA 4AQYK 3ULDA 3D2EB 1HLUA 3QESA 1Q18A 2I7NA 4KHPK 4FJKA 3WNHA 4DV6K 4JI5K 1RGIA 3AAQA 1MWKA 3MX5A 5MLCQ 3OYJA 4FJ5A 4KI4A 4CJ3A 3SAHA 3TARA 3P38A 4JD2B 1WSEA 5LMNK 4BWJA 2HHHK 2HVIA 4GV6A 4E7JA 4FJJA 3WEEB 3QEIA 4FW2A 3CETA 4DU1A 4O8UA 4O0JA 4E7HA 2ZQBA 4J2EA 3SK3A 1HRHA 5A2QO 5GINA 3S3OA 3A8YA 2HBKA 1ZXOA 1Z26A 3ZSWA 4JKBA 3QFUA 1Q9XA 1T3VA 3AV9A 1ZBFA 4B3OA 4DSKA 3QEXA 4BVOA 3R8EA 1ILYA 3NF8A 3AVGA 2E2PA 3NGZA 1CXQA 3DI6A 1GLJO 4YOXA 4FM1A 1QS4A 5AFUH 4I9QA 1BQNA 1TUYA 3SUPA 4JAXA 2HBLA 3MN7A 3HP6A 4K8XA 1D9FA 4MDBA 3VQPA 4XH5A 4YOVA 2D0CA 4I2QA 4DQPA 2A42A 1C6VA 4DTNA 1U48A 3J7ZO 3AA5X 3K9JA 4IJNA 4BE2A 1TK5A 3SMSA 3HK2A 4E1MA 2RPIA 2OTJN 1JL1A 2YHBA 4CEBA 5FLXO 4ID1A 1RT1A 1S1XA 2EHGA 2KFNA 5GIOA 3KWIA 1K8KB 1A5XA 4IEEA 2P5OA 2WONA 5I42A 4M63C 3QFPA 2QW9A 4FK4A 3AO2A 2QXLA 3ZSQA 2ITMA 3C6TA 4JHDA 1EO1A 4OPHA 4BRMA 4CJPA 4M3RA 4C23A 2QXFA 1RDWX 3K2PA 1X1PA 5AQQA 3UE5A 3G0ZA 3DLLL 3MXIA 4NXMK 3V9ZA 2ASMA 3DAWA 4J2AA 1BCMA 2NRXA 3PLAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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