3WXLA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase complex with adp, mg2+, and glycerol
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 173
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA01
3H46O 4B1WB 1ZBSA 2ZGZA 1MWMA 3U9ZA 3OHRA 1X3MA 1NGGA 3ZX3A 1YAGA 2CGJA 1Z05A 4BREA 3ZEUA 1NGHA 5AQLA 4XEIA 1V4TA 4IO8A 4Y0WA 3CJ9A 2BUPA 3VGLA 3ATUA 4BRFA 1QZ6A 2QWOA 1J6ZA 3M3ZA 3O08A 3LDNA 1U2VB 2FXUA 4ISGA 5KQDA 4O8KA 1ESVA 3VEWA 2YCHA 1T6CA 3WXKA 2D1KA 4CZHA 4H0VB 3CQYA 3BUZB 4BC2A 5JLHA 1HKCA 3WQUA 4BQLA 5KPTA 4FSVA 1GLBG 4H03B 1T6DA 3AY9A 5EY4A 3SJHA 4B1ZA 5LJWA 4XH5A 1ZC6A 1EQYA 3A5MC 4PKHA 1NWKA 2A3ZA 2I7PA 4WQ4A 4BRNA 4GNIA 4FL9A 1JCFA 5JMVA 5KQ8A 2P9PA 2HF4A 4MO5A 4PL8A 1QHAA 2WUSA 2W41A 3QFPA 4EAHD 3UB5A 4BR2A 5TKYA 3JXUA 4CZIA 3ZEUB 2PAVA 4RWTA 5BPNA 3HSCA 1BU6O 2H3GX 3FZFA 2EWSA 2A6AA 4BRHA 1JCEA 2Q36A 4Z94A 5ADXH 3IUCA 1XUPO 3WEEA 4CI6A 5AR0A 4MO4A 1MA9B 1QQNA 2I7NA 2YI1A 4JHDA 5FPEA 3SMSA 3FZMA 3SLCA 5BREA 4M63C 4H0TB 1E4GT 3S41A 4FOEA 2P9UA 4KBOA 5BRHA 3I33A 3M1FA 4J8FA 2HMPA 4GY2B 2QM1A 4NO7A 4FPAA 4BRQA 3HI0A 1BUPA 4JNEA 3A5LC 3HM8A 1X3NA 1TYQA 3MCPA 2VYPA 3MN7A 3VEYA 1BA1A 1BO5O 4BR0A 1KAYA 3AAPA 2DPNA 3GL1A 2QWMA 2HF3A 2VCPA 4A61A 3UKRA 3P4IA 1T44A 3WXIA 1NM1A 2E2OA 3LDPA 5FPDA 2FSNA 2IVOA 1SZ2A 4I6MA 4K43A 4BC4A 2V52B 1BWFO 4K42A 2E8AA 3WEEB 3VEOA 4AM7A 3VF6A 4EHTA 3A0IX 4BRIA 3I8BA 1G99A 4CBXA 3HZ6A 1K8KA 4DCHA 2CH5A 5AQZA 2P9UB 2D0OA 2F9TA 3EN9A 3A5NC 3DAWA 2QWPA 3QB0A 3ZX2A 1GLLO 4IJAA 3B8AX 4BRGA 1NGFA 1NGAA 2F9WA 3U9DA 5JICA 4CZFA 1C0FA 4QS8A 5AQRA 5AZJA 3FR0A 1LCUA 2FLOA 2V7ZA 2D0PA 3WXLA 4K25A 4HTLA 1TYQB 4BG8A 4B1XB 2ZGYA 3GOIA 3MN5A 3FLCO 4A2BA 3VESA 1NBWA 4BGBA 2YHWA 1H1VA 3CJ1A 2ITMA 5AFUA 5CE3A 2YJEA 4FWPA 5ELZA 3UKRB 1NMDA 2CGKA 5ADXA 1XQSC 3VOVA 3EZWA 3LDLA 3QDKA 1BA0A 1NGIA 3DXMA 4EFHA 3ZETA 4CD3A 4LC9B 3VGKA 5AQUA 4L3QA 4YDUC 2BTFA 3C7NA 3DJCA 1LOTB 1TUUA 3O6WA 1K8KB 4K41A 4H0XB 1DGKN 3C0BA 4YDUA 3H45C 4FWNA 1RGIA 2P9KB 3MK6A 5E26A 4QS9A 1Q18A 3U8XA 5I9EB 1IG8A 3ENHA 3M6GA 2CGLA 4BGAA 4WYBA 5AQNA 3QICA 3L4IA 1Z6RA 4FPBA 4IZ9A 5BRDA 3LL3A 5F1XA 3A5OC 4FWMA 4JD2A 3FZLA 3U4LA 1QQMA 3VEVA 3CQXA 4BRMA 5EOYA 4B9QA 5LY3A 3JS6A 1P8ZA 4DQ8A 1R59O 3O4WA 3CHWA 3QBXA 2P9NA 3R9PA 2E20A 4C23A 1GLFO 4IJNA 4CZKA 2A40A 1GLDG 2FSJA 4H0PA 1IJJA 2IIRA 3MDQA 2E2PA 1WOQA 3KVGA 3J8AA 4H0YB 1OKJA 3MN6A 5AQWA 3VF4A 1S22A 3FFKB 5AQVA 3ZETB 2NLXA 1ATNA 4ISFA 2QXLA 3AARA 3HTVA 3C7NB 5KPZA 4JAXA 4EIAA 4HWIA 4BRKA 5BN9A 2ZF5O 5BRFA 4FWOA 4H5WA 1QZ5A 1DKGD 1HUXA 1U6ZA 3SMPA 1SQKA 1HKGA 2UYTA 5BR9A 3EL2A 2P9PB 2QWLA 1NGBA 4IXCA 2P9LA 3GDQA 4ISEA 4B1VA 4CBWA 2NZTA 4B1YB 3H3NO 1HKBA 5AQMA 1TUYA 3A8YA 4B1UB 4XH4A 3G25A 4JD2B 2GWKA 3FE1A 3BP8A 3GE1A 4NB4A 3VENA 2Q31A 3O8MA 4BROA 3D7EO 5AQQA 4BRDA 1KAXA 3GG4A 1YVNA 5LJVA 2P9NB 2QWNA 4DB3A 4BRPA 1NGEA 4JHDB 2E88A 2PBDA 3QMLA 5B8HA 4BRAA 2ASOA 3CJAA 3D2FA 3IFRA 4MLHA 1MDUB 1E4FT 4BVOA 5AQSA 1BDGA 4DHYA 2ASPA 3MMVA 3UKUA 1KAZA 3DXKA 5AQHA 1ATSA 3H1QA 2QWRA 5BN8A 3FGUA 3ATVA 1XC3A 1DEJA 2A5XA 2FSKA 2E2QA 3D2EA 3WUHA 1YUWA 4M7YA 4FWLA 2Q0UA 3VF2A 3WQTA 2V51B 4H5TA 3SK3A 2YHXA 2NRHA 5AQOA 1QQOA 4H5NA 3W0LA 3RSEA 1C0GA 3GBTA 4QS7A 1GLAG 4PL7A 2YHYA 3LDQA 3R6MA 5AQFA 2AA4A 4I6MB 4CJ7A 2Q97A 4CZJA 2FF6A 3BF3A 4FWRA 3WT0A 4CD1A 4E1JA 4A2AA 2AP1A 3D2FB 1HJOA 5E84A 4H5RA 5AQIA 5AQXA 3UKUB 3W3DA 1GLEG 2VWBA 3EKSA 4EHUA 3DXKB 4PKGA 3IMXA 3QFUA 1YXQA 4BR7A 2P9SA 2KHOA 4FWSA 4RTFD 3QBWA 1S3XA 1X9JA 2E1YA 4WQ4C 3D2EB 5AZJB 5F0XA 2V7YA 4FO0A 4MLEA 3VERA 2E2NA 4FWKA 4H0OA 2YJFA 3FZKA 3HBTA 4WQ5C 2GELA 3TPQA 5FPMA 3CI5A 3RSEB 2J4RA 2GWJA 5EX5A 4CZMA 2ZWHA 2QWQA 4WQ5A 4AM6A 2E1ZA 2HOEA 3MN9A 5AQJA 3O80A 5FPNA 4CZLA 3DXMB 5JLFA 2P9IA 4BRLA 4CBUA 3ZX0A 2W40A 3UE5A 3F9MA 5AFUH 3VETA 4H5VA 4BVPA 3LM2A 5EXWA 5BPLA 3BF1A 3H3OB 5AQPA 5AZIA 3H6EA 4BC3A 3CJ7A 3EO3A 4BRCA 1V4SA 1WUAA 4BG9A 1RDWX 5AQYA 3ULEA 4BR5A 3LM9A 1NGJA 3O5BA 4FWQA 3DWLA 1SAZA 2GTDA 3O1WA 2CH6A 2P9SB 4A62A 4O5FA 4BR9A 2FF3B 1HLUA 1CZAN 3CJBA 4CZGA 4CZEA 4PKIA 2Q1NA 3R8EA 1GLJO 3AAQA 3ID8A 4BQZA 1ZXOA 2Q2RA 3KHYA 2Q0RA 1GLCG 3O1BA 1KXPA 3EKUA 1Y64A 4BR4A 1JCGA 4M7XA 2A42A 3CJCA 3H1VX 5EVZA 2IVNA 1U2VA 2D4WA 1D4XA 1BOTO 3L6QA 3VEXA 1NGDA 2QW9A 2P9IB 5KPRA 4RCHA 3VEZA 3TU5A 1RFQA 3KZBA 4XH1A 4BC5A 4FOIA 5AQKA 5AQTA 1ATRA 5AQGA 2GEMA 3CETA 1BG3A 3ENOA 5AZIB 5BPMA 4IWVA 4JN4A 3VPZA 1MWKA 3FZHA 1HPMA 3ULEB 3WXJA 3L0QA 5F2RA 3IDHA 2IVPA 3CIPA 1NLVA 2OANA 2GUPA 3CERA 2P9LB 2A41A 3VGMA 2ASMA 1NGCA 2P9KA 4F9OA 3BEXA 1HX1A 3LDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HP1A 3H46O 4DTNA 4FLZA 1X3MA 3TAPA 2UXBK 2WBNA 1NGGA 1S72N 1Z05A 1TAQA 3TR8A 4Z4EA 5I3UA 3ZEUA 5HRNA 1V4TA 4Y0WA 4CK3A 4BRFA 5KRSA 2JGUA 3ZT0A 3VQEA 4OPKA 3LDNA 5KQDA 2O8FB 3BGRA 5M1KA 1KCFA 4Z4HA 3VEWA 5LMUK 4CEOA 4U67L 1T6CA 1WLJA 4DQPA 4B9VA 3LP1A 1W0HA 2D1KA 3MEDA 4CHQA 4DTSA 5JLHA 3WQUA 4OVLA 1ZBUA 4BQLA 3K58A 3HPOA 3KKSA 3OYNA 4B1ZA 1LW2A 4XH5A 1S1XA 2BE2A 1N34K 4CF0A 2A3ZA 3Q7CA 1JXEA 3OBYA 4BRNA 1IG9A 5GIPA 3SUOA 2FBTA 1JCFA 3NH1A 2P9PA 2W6KA 2O8CA 2D0AA 1QHAA 1N33K 1KLNA 4CCHA 4ILHA 4EAHD 4CFCA 1HNVA 4IO9L 4BDZA 2GBZA 1BHLA 5BPNA 1BU6O 3FZFA 1UA1A 4YOVA 5E41A 4JI3K 1TK8A 5HRPA 4DTMA 1OH8A 2QI2A 5FRMA 3WXMB 2YHAA 3OY9A 3AA2A 3SLCA 2WONA 5BREA 1NK5A 4IG3A 2O8BB 4M63C 4CF9A 3NF8A 1EP4A 2YV0X 4LF7K 4WE1A 4DU4A 2XRIA 3AVJA 3SBGA 2HMPA 5HBMA 1T8EA 1MU2A 4GY2B 4FJHA 1BIZA 4BRQA 3HI0A 3L2VA 4FK0A 1BUPA 4JNEA 2O8EB 5C15A 3MN7A 4OJRA 3LZIA 4N5SA 3CFRA 4IDHA 3OS0A 4G9ZA 3O9QA 3AO5A 3NF6A 2HF3A 2VCPA 3P31A 3C6AA 5HL7L 3P4IA 1T44A 3HP6A 2D0CA 4HVJA 2V52B 4CHZA 3AA5X 1JLAA 2E8AA 4DG1A 3PV8A 3NBPA 1C0TA 1RT4A 4AM7A 3ZSVA 1BCMA 1KLMA 4AHCA 4DR2K 5HLFA 3IKMA 3L4QA 3SBTA 4LF4K 2CH5A 1TV6A 1JLCA 3CCRN 5GINA 4K0KK 2QWPA 4LH4A 3QB0A 3ZX2A 1YIJN 1NKEA 1NGFA 2F9WA 3EE9A 3U9DA 4CZFA 1KVAA 4JYAK 3WXLA 2D0PA 1W7AA 1T7PA 2VG6A 2A1RA 3VQPA 3DLKA 4CW7B 4JV5K 4A2BA 4BGBA 4WFAL 5KGXA 1H1VA 4CEAA 2ITMA 5CE3A 1XMQK 3ZSRA 5SWMA 1HNWK 4DV0K 1FXXA 3NGYA 2ZJRL 3VOVA 4FJXA 2GUIA 1VSEA 3THXB 1LAVA 1NK8A 3PSIA 3DXMA 3HYFA 3OBWA 1VQKN 3VGKA 5AQUA 4YHHK 2YHBA 3DJCA 4KHQA 4K41A 3C0BA 4IFVA 3E9PA 5GAEP 2WOMA 1KC8O 3SQ0A 1RGIA 4E19A 5E26A 4CGGA 4KI6A 4QS9A 3TTCA 5T7BA 3DLGA 1A5VA 3ENHA 3L4IA 3DRRA 4IZ9A 3H08A 4KHPK 4CJFA 3LL3A 1QQMA 3I56N 3CQXA 2E5LK 3P83D 1HQEA 5EOYA 5LY3A 4FM0A 3ZT4A 4CEZA 4JKDA 2R7YA 4DQ8A 3HOSA 5A2QO 3QBXA 1CZ9A 3MAQA 1GOBA 2P9NA 2E20A 2VWKA 5M1NA 3TABA 1VK0A 4KI4A 1C0MA 1KTQA 1OKJA 3MN6A 1S22A 3ZETB 3TTDA 2NLXA 4FW1A 1SL0A 2YKMA 4JKHA 4JAXA 2GX9A 3TAGA 4A57A 5BRFA 2ZF5O 4H5WA 4FK2A 1U6ZA 4DTOA 1XC9A 2RPIA 3VQ9A 3ZT1A 1OH5A 4CJ5A 3VN5A 1DT9A 2P9PB 5C25A 1GOAA 4ISEA 2VG5A 4CBWA 3H3NO 1TUYA 1W97L 4DFPA 1JKHA 3O3FA 3V1RA 4X66K 4CJVA 1M90O 3GE1A 4Z4IA 3KTQA 5IT9O 2HB5A 1RBSA 1KAXA 3GG4A 3KJVA 2QWNA 3NH0A 4CE9A 4FJLA 4B3MK 3K5OA 4MLHA 3IFRA 1IBMK 4BVOA 3RTVA 4JKBA 3SI6A 1N8RO 4CHPA 1JL2A 1C6VA 1NK0A 4K8XA 3NCIA 4CJRA 1ZYQA 1YTUA 4JI4K 1RBVA 2X78A 1ASWA 1KVCA 4CEDA 1RTHA 3WQTA 2V51B 1YJNN 4BACA 3UIQA 2NRXA 3DLBA 3O9RA 4FZXC 1C0GA 4YOWA 4E1NA 4W5NA 2HHHK 5AQFA 3OYJA 5GADP 2G8VA 4CZJA 1NG9A 2FF6A 3BF3A 4FWRA 3HP9A 1N6QA 4CFDA 1QQCA 3C65A 3NGIA 1RDAA 4LH5A 3O3HA 5E84A 1DTTA 4X62K 3HM9A 1W9HA 3THVA 1Q8IA 4HCBA 5J2PA 4EHUA 4LF9K 4RTFD 4IOAL 4BWMA 3D2EB 1KFSA 1RT2A 4DU3A 3I0RA 3HBTA 3T1AA 5CY4A 4WQ5C 4ICLA 4GW6A 4Z4GA 4CGDA 4OPJA 3LP2A 5FPMA 4BE0A 1JJ2M 2GWJA 3M8SA 1RNHA 4WQ5A 2E1ZA 3LP0A 4FJGA 4JI6K 4B9NA 5FPNA 4CZLA 3DXMB 2X74A 4GV3A 3J7AP 3VQ7A 5AFUH 4JKCA 3V6DA 5EXWA 4KB0A 3K5MA 4DQQA 1IBKK 2HBJA 4DUZK 2QEXN 4CEQA 1WUAA 1RDWX 3VQCA 2O4IA 2D5RA 3THWA 3BZKA 3CCMN 3BY5A 3DWLA 1VQNN 2GTDA 3KLEA 4B9MA 4CJEA 3I55N 3MECA 2VQFK 1O1WA 4C1NK 3CJBA 4CZGA 5FROA 1JLGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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