3WXLA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase complex with adp, mg2+, and glycerol
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 173
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA01
2BUPA 3O5BA 3EKSA 4BRHA 2QWNA 3CERA 1HKGA 5AQQA 3WEEA 4WQ5C 1LCUA 4BRMA 3U8XA 4DB3A 1P8ZA 5AZJB 3P4IA 5KPZA 5BRDA 2AP1A 2PAVA 3LM9A 3HI0A 1ESVA 4B1XB 1BA1A 3LM2A 5AFUA 1NGEA 1K8KA 5E26A 5I9EB 5AQJA 3MN5A 4AM6A 4QS9A 4BC4A 4J8FA 1YXQA 3QBWA 1GLAG 3DXMA 4GY2B 2V51B 4C23A 3EO3A 2HF3A 4BRCA 4CBUA 3FZLA 1NBWA 3MMVA 2W40A 3VGLA 4BR0A 2EWSA 4H0TB 1NGDA 3ZX2A 3ID8A 2IVPA 4BRIA 2Q0RA 4CZMA 5AQWA 4JN4A 1BG3A 4JHDA 4BRNA 1NGHA 4CZFA 4XH5A 1ZC6A 3FZKA 3CHWA 2P9PB 4CD3A 2GWKA 5AQYA 2P9IB 5EXWA 5JICA 2ASMA 2GELA 4I6MA 4EFHA 4BR7A 1Q18A 5AQHA 1X3MA 3QB0A 1HLUA 2YI1A 3FGUA 3O80A 1QZ5A 1OKJA 3O6WA 4B9QA 1RGIA 3BP8A 3WEEB 2WUSA 3W0LA 5FPEA 5LJWA 1KAZA 1NM1A 2I7PA 2P9LB 5FPNA 1ATRA 3LDLA 5KQDA 2HMPA 3CQYA 2IIRA 3B8AX 3CJ7A 5AQZA 3EN9A 1IJJA 1DEJA 1H1VA 2UYTA 1J6ZA 5ADXA 3LL3A 4B1ZA 3ULEB 3ATUA 1RDWX 3CETA 4LC9B 1HUXA 2FSJA 1YAGA 2HF4A 4B1VA 5AQVA 1MA9B 3M1FA 3LDOA 2YHXA 4IJAA 2VWBA 2IVOA 3CJBA 3A0IX 1NGBA 4FWMA 3CIPA 4PL7A 4CZKA 3WXLA 5BRFA 1BWFO 5EVZA 4E1JA 5F2RA 1X3NA 5KPTA 3A5MC 3MN9A 4PKHA 4FOEA 1KAXA 4WQ4A 1GLBG 5EOYA 2A41A 2HOEA 4FWRA 4BREA 3W3DA 4A61A 3L4IA 3AAQA 1DKGD 1XC3A 3BF1A 4JAXA 4CZJA 3VETA 3GDQA 3DXKA 4M7YA 4BGBA 3VEXA 4BRGA 2P9NA 3R9PA 1ATSA 4DQ8A 3H3NO 5AQUA 5AZJA 3D2EA 4Z94A 2CH6A 4K41A 4NB4A 2YCHA 3OHRA 3S41A 3I33A 4CI6A 1GLDG 3AARA 1LOTB 2GWJA 1QHAA 5BREA 1D4XA 4F9OA 1C0FA 1MWKA 2ZF5O 3VEOA 2AA4A 3EKUA 4H5WA 3DWLA 3JXUA 2YJFA 4FWOA 4RCHA 3H1VX 4M63C 3CJ9A 4EHTA 2ASOA 2CH5A 4CZLA 3VF4A 4BRFA 4FO0A 4HTLA 2V52B 2FSNA 2E1ZA 1GLFO 3D2EB 4K42A 4CJ7A 5AQPA 3HTVA 4IZ9A 2E2OA 4K43A 4ISGA 3UE5A 1BO5O 5BPNA 4FWSA 1YUWA 2J4RA 1ZXOA 5EY4A 3C7NB 2P9UB 4WQ4C 3VGMA 4MO4A 3WXKA 2E88A 4BRDA 4H0OA 3GL1A 3QDKA 2BTFA 4A62A 3RSEB 1XQSC 3KHYA 3G25A 3I8BA 4BC3A 4XEIA 5AQNA 3SLCA 1GLCG 5AR0A 3QFPA 4BRKA 1GLEG 3HSCA 3VEWA 5B8HA 4H0VB 1QQMA 4BRPA 4BQZA 1NGIA 2E2PA 2FF3B 3DXKB 3U9DA 2D4WA 4FWLA 3MN6A 3GG4A 2D0PA 1V4TA 1C0GA 2P9NB 4MLHA 4FL9A 3R8EA 3UKRA 3LDPA 2P9UA 1QQOA 1BOTO 2F9TA 4BRQA 1KAYA 3R6MA 2PBDA 3CQXA 4CBXA 1TUYA 2QWPA 4H0XB 5BN9A 3ULEA 5F1XA 3C0BA 4NO7A 4H0PA 5AZIA 3MCPA 5LJVA 4BROA 1WUAA 5AQSA 1NGCA 5AFUH 4CZGA 3HZ6A 4CZHA 3VOVA 4WQ5A 3U4LA 4M7XA 4QS7A 4PKGA 2E20A 5E84A 4H0YB 4CBWA 3O08A 3CJCA 2FXUA 2Q31A 5AQOA 2QWRA 3EL2A 1MDUB 1SAZA 3AY9A 2Q0UA 2QWQA 2D0OA 2QW9A 3MN7A 3ZETB 4ISFA 3SMSA 4YDUA 5F0XA 1U6ZA 2P9SA 2W41A 4BR9A 5BN8A 2DPNA 4ISEA 4L3QA 3CJAA 4A2AA 4CD1A 3QFUA 5EX5A 4BR4A 3RSEA 4XH4A 2I7NA 2ZGZA 2V7YA 3TU5A 1HPMA 3H45C 3HM8A 2CGKA 2QWMA 2Q1NA 2A6AA 3QICA 2NLXA 3DAWA 2GTDA 3O4WA 2E1YA 1TYQA 5BRHA 1HJOA 1WOQA 2CGJA 4JD2B 5TKYA 4PKIA 4CZIA 3HBTA 3UB5A 3ZETA 4IXCA 2KHOA 4FSVA 5AQFA 3CI5A 5LY3A 3UKRB 4BR2A 2ASPA 5AQMA 2P9SB 4H5TA 3MK6A 1RFQA 1EQYA 1ATNA 1NLVA 3WT0A 4H5RA 3ENOA 3D7EO 5ADXH 2YHYA 4BG8A 1E4FT 2NRHA 3WUHA 1BU6O 2IVNA 4FWPA 5BPLA 4IWVA 3UKUB 4XH1A 1IG8A 1Y64A 4BVOA 1U2VB 1T6DA 2ZWHA 4K25A 2F9WA 4IO8A 1Z6RA 3DJCA 4RTFD 3FR0A 4EIAA 2ZGYA 5AQRA 3ZEUA 1GLLO 5AQXA 4FWKA 1MWMA 3BF3A 4FOIA 1SQKA 3VEZA 3CJ1A 4DCHA 2A5XA 1BUPA 4BC5A 2P9PA 5JLHA 3H6EA 1R59O 2P9IA 3VF6A 2Q36A 1NGFA 1G99A 1T6CA 1NGAA 4O5FA 3GE1A 2YHWA 1V4SA 4KBOA 3QBXA 4MO5A 5FPDA 3VGKA 3A5OC 1NMDA 1CZAN 3M6GA 5JLFA 4FPBA 5KPRA 3H1QA 3WQUA 4JD2A 4EAHD 1GLJO 1S22A 3LDQA 3JS6A 1NGGA 4BRAA 2P9LA 4GNIA 5AQIA 3BUZB 1JCEA 1BA0A 5AZIB 2QXLA 3BEXA 3C7NA 1ZBSA 2P9KB 2GUPA 4FWNA 4EHUA 3U9ZA 3D2FB 3A5LC 3FE1A 5BPMA 1QQNA 3WXIA 1JCFA 2E8AA 1S3XA 3A8YA 2YJEA 3MDQA 4JHDB 4PL8A 5AQKA 4B1UB 3VESA 4HWIA 2A3ZA 2QM1A 4BVPA 3VERA 3VENA 1SZ2A 5FPMA 4DHYA 1NGJA 4BQLA 1E4GT 3TPQA 3UKUA 3O1BA 2E2NA 5AQGA 1U2VA 3L0QA 4FWQA 2D1KA 2NZTA 3GOIA 3ATVA 4FPAA 5AQTA 3VEVA 3QMLA 4H03B 5CE3A 1Z05A 3SK3A 2FLOA 4BC2A 3ZX0A 3VPZA 2VCPA 5AQLA 3ZEUB 3FLCO 3WQTA 2P9KA 3ENHA 4YDUC 3L6QA 4AM7A 4JNEA 2QWLA 3GBTA 2OANA 3IMXA 4A2BA 3KZBA 4BG9A 4BR5A 2V7ZA 2ITMA 2A40A 1BDGA 4H5NA 1QZ6A 3FFKB 4Y0WA 3VF2A 4QS8A 3FZHA 3A5NC 1HKBA 3IFRA 1T44A 3F9MA 3IDHA 3H46O 3DXMB 2Q97A 2QWOA 3KVGA 3EZWA 1TYQB 4MLEA 4BRLA 1TUUA 1JCGA 2A42A 5BR9A 4B1WB 5KQ8A 3ZX3A 3AAPA 3LDNA 1HX1A 1KXPA 3M3ZA 2Q2RA 3SJHA 4BGAA 4RWTA 3FZMA 3IUCA 3H3OB 3WXJA 2H3GX 2E2QA 1XUPO 5JMVA 4B1YB 1X9JA 4H5VA 4O8KA 3D2FA 4WYBA 2FSKA 1NWKA 1DGKN 3O1WA 2CGLA 2FF6A 2GEMA 1HKCA 4I6MB 3O8MA 1K8KB 2VYPA 3SMPA 5ELZA 4CZEA 3VEYA 4IJNA 1YVNA 3J8AA 3FZFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YTAA 4FJKA 4CJKA 4JRQA 3VMFB 4RG8A 2VWJA 4KB0A 2IS3A 3VQAA 3WEEA 5KGXA 1NJWA 1FKOA 3KD1E 1RTJA 1EWQA 4BRMA 1NKCA 3TTCA 4ELUA 5AZJB 3P4IA 4Z4FA 4OPJA 1HNXK 4Z0UA 4CJ4A 3SQ4A 1VQ9N 1TAUA 1ESVA 1N6QA 3LM2A 1NGEA 2GV9A 5E26A 3MECA 3MN5A 4BC4A 4QOZB 1YXQA 4E89A 3MWPA 1VQON 3C6AA 3O9SA 3NH1A 3MMVA 2OPQA 2FBYA 2HHSA 3ZX2A 5HL7L 2IVPA 3EE9A 4LF9K 5AJ3K 4BRIA 1N32K 4KTZA 4KPYA 2O8CA 1BG3A 5KTQA 4CZFA 1C1BA 2P9PB 5FDLA 4N47A 3TSQA 3K0SA 1O1WA 2P9IB 5EXWA 5M1PA 4DR6K 1SV5A 2HSTA 3HYFA 4I6MA 4JK7A 4DUYK 1X3MA 3BZKA 2YI1A 2YNGA 4TSXA 3L2UA 1QZ5A 1Z25A 4CK3A 1OKJA 4CEFA 3O3FA 4DFJA 4B9QA 1RT6A 3PIPL 2HBJA 2PYLA 4GV6A 2OPSA 5LJWA 4Y1DA 4O4GA 1ATRA 3U3YA 3MXMA 5GINA 1HNVA 1C0TA 3VQ7A 1J6ZA 2O8DA 3ULEB 3CETA 4B9UA 1WB9A 1HUXA 2HF4A 2DFHA 1X9MA 4OVLA 4O55A 3ZT4A 3KWGA 4HVJA 4IJAA 3A0IX 3CIPA 4H8KA 2UUCK 2IOCA 4HUEA 4KHPK 5BRFA 4DTNA 4E1MA 1VRUA 5EVZA 4O44A 4DR1K 3IS9A 4CJ5A 3P83D 3HK2A 3ZSXA 4IBNA 3G4SN 4IEEA 1KAXA 4WQ4A 3BY5A 2ZJQL 1NK9A 4DS4A 2HNZA 2A41A 4DSIA 3SQ1A 3AAQA 1OH7A 3VETA 3DLKA 1SKSA 3VEXA 4KAZA 5C2DA 1ATSA 4DQ8A 5AZJA 3HSTB 3SI6A 1M1KO 3D2EA 4K41A 4ILJA 4E7HA 2FBXA 3I33A 4BE0A 3AARA 3O9QA 1QHAA 5BREA 4B8AB 2DTUA 2HVIA 4F9OA 1MWKA 3VQ5A 4KHYA 3EEQA 4CEOA 1ZBIA 2FBTA 4M42A 4OGEA 3A2FA 4M63C 3CJ9A 2ASOA 2WTUA 3M8SA 3LP2A 3S3OA 4YOVA 3F5TA 3HTVA 2ZQBA 1RBSA 3AO4A 5BPNA 1YJ9N 3P31A 4CHYA 3VQEA 4CJLA 5C25A 5EY4A 2XHBA 4HUGA 3C7NB 1IH7A 1JL2A 3BDPA 3CD6N 3ITHA 3CCLN 1ZBLA 3TARA 3QDKA 4AQYK 3RSEB 4PA1A 3G25A 3D45A 4I9QA 1HJRA 1RTIA 3CM5A 4BRKA 3THWA 5B8HA 3OBWA 4DQIA 3HL8A 3DXKB 2E2PA 4X65K 4FK2A 3MN6A 2D0PA 2P9NB 4H4MA 4MLHA 1ZYQA 3LDPA 2YNFA 4ID5A 1KAYA 4GMJB 3JYTA 5JVHL 4KKOA 4RW8A 4CJTA 1W0HA 1X1PA 3ULEA 4BROA 5LMUK 1EO1A 1NGCA 4N56A 1T7PA 3ISNC 3AO5A 3P1GA 4WQ5A 2O8EB 4QS7A 3HRGA 1SL1A 2YHAA 4CBWA 1TGOA 2Q31A 2OZSA 5AQOA 4C8OA 5HRNA 4FJ7A 3NE6A 1SAZA 4CJWA 3NHGA 2Q0UA 1HNIA 4CF1A 5F0XA 3G0ZA 4FLZA 1NG9A 1SL2A 1FW6A 3OYKA 4FM2A 3AA3A 3T7ZA 1NK4A 5BN8A 2DPNA 2XY6A 3E9LA 3CJAA 1C1CA 3NF9A 3QFUA 3OYNA 4KFBA 4DFPA 3L2RA 4N41A 4OPKA 3ZLJA 5CR4A 2QWMA 5BR8K 4IKFA 5BRHA 1D8YA 4JRPA 3K57A 3ZETA 1W9HA 4DWIA 2E6MA 1ILYA 5LY3A 3UKRB 4BR2A 2ASPA 2Z1JA 2P9SB 4JI8K 3I56N 4B8CA 4RW7A 4C8NA 3O3GA 5ADXH 4DV5K 2HHVA 3L3VA 4LF7K 3M8PA 3CF5L 3MX2A 1VSMA 1BL3A 3E1YA 2VQEK 4IO9L 2ZWHA 4CECA 1HYZA 4CHOA 2IGIA 4EIAA 3KKRA 2ZGYA 3DRSA 3ZEUA 4JS4A 1VHXA 4IOXA 1UA1A 3BF3A 4FOIA 1SQKA 3V9XA 4JLHA 2O8CB 4FJMA 4GVMA 5HLFA 2P9PA 4NYFA 4DSFA 2IC3A 1Z26A 3H6EA 3SBTA 1S9EA 2P9IA 1HYSA 4B9VA 1K6YA 1NGFA 2W6KA 1NGAA 2YHWA 1QSSA 2HBLA 2VG6A 3M8QA 1LW0A 3F9KA 1NMDA 5CZ1A 5JLFA 4FPBA 1C0UA 3H1QA 2ZD1A 1NGGA 5HRPA 3BUZB 1VRTA 1BA0A 1ZBSA 3EE8A 3MWTA 1LWEA 5BPMA 1QQNA 3WXIA 3AVGA 5E41A 2O8EA 3WNGA 3MDQA 4BDZA 3LP3A 1NGJA 4KH5A 3UKUA 4BQLA 4N5SA 3ZT3A 2E2NA 5AQGA 1IBLK 1U2VA 2VG5A 4FWQA 2UU9K 3GOIA 1XHZA 3RRHA 2JLEA 1J53A 2FLOA 3ZX0A 4YHHK 2VCPA 4CJPA 5AQLA 2O4GA 2HVHA 4CJQA 3FLCO 3RR8A 1NK8A 3ENHA 3ZT2A 4EZ6A 4CHZA 5HOOA 2QWLA 3IMXA 4BR5A 1XHXA 5HROA 1OH8A 2A40A 3CYMA 1WAJA 4DR5K 3VQ9A 4O8UA 3FZHA 3QEVA 3IFRA 1XWLA 1T44A 3H46O 1DTTA 4NXNK 1S5JA 4MLEA 4BWMA 4C1NK 2PY5A 4JI2K 1NKEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1T8E A;  4BVP A;  4JK8 A;  1FK9 A;  4DHY A;  3PIO L;  1W97 L;  3TPQ A;  4OGC A;  1FXX A;  1GOA A;  2VG7 A;  4PY5 A;  4DQS A;  3ATV A;  3VEV A;  5C42 A;  4DR7 K;  3T1H K;  1Z05 A;  1KLN A;  1RDD A;  3VPZ A;  1NMN A;  2FC0 A;  3WQT A;  3WNF A;  1VSL A;  3AVL A;  4JNE A;  4A2B A;  2DFE A;  2OAN A;  4B3S K;  4BG9 A;  2ITM A;  2VGM A;  1SKW A;  3NMU A;  3WXM B;  2E6L A;  3P5J A;  3UIQ A;  3VF2 A;  4QS8 A;  3B6O A;  3AVN A;  1RBR A;  1S1T A;  1CLQ A;  3C65 A;  3CM6 A;  2DFF A;  1TUU A;  4ZTJ A;  1JCG A;  2HMI A;  1IKX A;  3V81 A;  4E7K A;  4M3X A;  3PLA A;  3ZX3 A;  1WLJ A;  3LDN A;  4DTS A;  1ZBU A;  3LPT A;  4BGA A;  4CF0 A;  3IUC A;  3CC4 N;  4DTM A;  1NJX A;  1EX4 A;  3ENB A;  4DSE A;  3MXJ A;  3P39 A;  2HHQ A;  1VQP N;  4H5V A;  4OX9 K;  4JKB A;  1Q9X A;  1HKC A;  5GAG P;  5J2Q A;  1K8K B;  3NVK A;  2G8I A;  4CZE A;  4FVM A;  3OYF A;  3J8A A;  3T1Y K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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