1VSEA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, low mg concentration form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vseA00
4CJKA 2NUBA 4LD0A 1UA1A 1SL1A 4FJXA 2G8FA 5HRNA 3TAPA 3ASMA 5DMRA 3O4QA 4CHZA 3C6TA 3SYZA 4CJPA 5HP1A 3KKRA 3WNEA 4N5SA 3HL8A 3PV8A 2HNZA 4CFAA 3RRGA 1TAUA 3DLHA 4E7IA 2A1SA 4G1QA 4AHSA 4DTPA 3S3OA 1LW0A 3OYNA 4O55A 1XWLA 2QKKA 1QHTA 2YHAA 1RT4A 1VSIA 1TK5A 3E01A 5HLFA 3K58A 1C0MA 3K57A 3S3MA 4F2SA 1RBSA 3K5OA 4O0JA 4DSKA 1LWCA 5I42A 3AA2A 3HO1A 1RDAA 1RCHA 2ZQBA 1DLOA 1QQCA 4QAGA 4C8MA 3A2FA 1NOZA 4KAZA 4FJ5A 1K6YA 3SJJA 3ZCMA 4OKJA 4DU4A 2YNHA 3L2VA 4J2BA 4F3TA 4CFDA 2BE2A 1RT1A 5KTQA 4CERA 1TK8A 2QKBA 1S1XA 4DTSA 1F21A 4B8AB 3UIQA 3LPTA 3AO1A 1IO2A 1ASWA 1VSDA 1KVAA 3DI6A 3SQ0A 4M42A 1NJXA 4M3UA 1HYSA 1S1WA 1S9GA 3DLRA 4DU3A 1DTTA 3AVGA 1RT7A 3V9XA 5JS1A 3M8QA 3QEVA 3IRXA 2G8KA 3MEDA 3O4NA 3LZJA 3AV9A 3QIPA 3K5NA 4KHSA 1VRUA 2YV0X 1NKEA 1U48A 1YT3A 5CY4A 2F8TA 4DQQA 4I9QA 1FXXA 1IH7A 3NGZA 3V1QA 4HCCA 2E4LA 1X1PA 4Z4CA 3RMDA 4O4GA 4OPJA 1CLQA 1KSPA 1RDDA 3KK1A 3SUQA 2FC0A 3MXIA 1KLNA 1QS4A 1HMVA 4W5RA 2HHQA 1BCOA 1TGOA 3EZ5A 1LAVA 4CEQA 3QNOA 3THVA 1RTDA 4PQUA 4QOZB 4FYDA 4H4MA 3KTQA 2O4IA 1WSHA 3VQPA 2Q3SA 3KKSA 3L2RA 2XY5A 3NE6A 3QEIA 3AO3A 3CFRA 3CM6A 4M45A 1NK6A 1WN7A 3HPHA 1S6PA 1TKDA 5HRRA 4PY5A 2JGUA 3SPZA 3LALA 4IFYA 4E19A 5T7BA 3VQ8A 1NJYA 1NK8A 3LANA 4DTXA 1SUQA 1Q8IA 3D0PA 4F4KA 3AVLA 4CJSA 3S3NA 4FXDA 4M41A 1LWEA 1HNVA 3TARA 3VQ9A 2G8HA 4CJ3A 1ZBUA 3CG7A 4CEOA 4O44A 1IKVA 1I3AA 2KTQA 4DFMA 4DLGA 1U4BA 3V81A 2KFZA 4I2QA 3IAYA 4LY7A 4CJEA 2FBXA 1QE1A 5KGWA 4B8CA 4J2DA 3DOLA 2JLEA 3NH1A 3M8RA 3TI0A 4B9LA 4HTUA 4H4OA 1WAFA 4AHCA 2RKIA 1BI4A 3NH0A 4DQRA 3KK2A 4CGFA 3SUPA 4O0IA 3U3GA 1BISA 2Y1IA 2IS3A 1HYZA 4E1NA 4CGHA 3MXJA 1GOAA 4KV8A 2YHBA 2KZMA 1GOCA 1JKHA 1WAJA 3MAQA 3VN5A 2G8UA 4FJ7A 4RW6A 3MECA 2YNGA 3C6UA 3NFAA 4CJUA 1CZ9A 4HVJA 3I8DA 2EHGA 4FJ8A 1WSJA 4B9UA 1MU2A 1XC9A 2E6LA 1HJRA 2I5JA 4OPKA 1S1VA 1JL2A 4DFPA 5C25A 3V4IA 1TVRA 1JLQA 3SQ2A 1LWFA 1KLMA 4O5BA 3OYEA 4W5TA 4CJQA 1A5WA 3DRRA 4OGEA 2B5JA 3OYDA 3HYFA 2XY8A 5FROA 1Z26A 3KLEA 4DSEA 4IDKA 2Z1IA 3V1RA 1LV5A 1IKXA 1BGXT 2OPSA 2VWKA 4FCYA 4KTWA 5SZTA 3VQ6A 4E7HA 4H8KA 4FW2A 3CM5A 1HQEA 2OZMA 3OVNA 1JL1A 4GMJB 4LH4A 3LP0A 3T1AA 1X9MA 4B9NA 3BGRA 5FDLA 1HYVA 3G10A 1Q9XA 1I39A 5KI6A 1QTMA 2WONA 1KTQA 2R7YA 3MEGA 4M3ZA 2BGGA 3ITHA 2KQ2A 1RILA 2D0AA 3VQDA 1ZYQA 4PA1A 2FBVA 4CGDA 2DY4A 3KIOA 2FBTA 5E41A 3CFOA 4YNQA 3OYIA 1L3TA 4FLYA 4DTUA 1NKBA 2Z1JA 3AVFA 3F9KA 2W42A 2HNDA 2ITGA 3P1GA 2DFFA 1J54A 3PO5A 4KI6A 2PY5A 4M3WA 4FZZA 3SUNA 4IBNA 3SUOA 1B9DA 4FLUA 3VQ5A 4CFBA 2GUIA 4M3RA 3M8PA 5JS2A 3U3YA 1ZBLA 4DF8A 3ZSXA 2OPPA 2QXFA 3I0RA 3DRPA 3MEEA 3P5JA 2HVIA 4CCHA 2F8SA 3KD1E 1CXUA 1ITGA 4UQGA 4C8LA 3ZSOA 3AVIA 1WNSA 3S9HA 3KLFA 3OYJA 4CJWA 4FJIA 4FJ9A 4OLBA 4NCBA 3L2UA 1WLJA 4DTOA 3OYCA 1L3UA 2QK9A 3OJSA 4FJKA 1W0HA 3EY1A 4HUEA 3NGYA 3NF9A 3T3FA 1HNIA 2HHSA 2ZE2A 1UWBA 3DLKA 1TKTA 4DSLA 1QSLA 4Y1DA 1U04A 3SZ2A 2PZSA 4KO0A 4FJMA 2DTUA 3V9SA 1FK9A 4LSNA 3HVRA 3PX6A 5KRSA 3O3GA 4DTJA 4AHVA 4DSJA 1EXQA 3CQ8A 4Q5VA 4BE1A 1T7PA 3DYAA 1YVUA 4KKOA 4E7JA 1KFSA 3DLEA 2ETJA 4OJRA 4M3YA 4HUFA 2X6NA 3ALYA 1VSLA 5DK5A 3DLGA 5EU7A 4CHPA 1GOBA 4DQSA 1VK0A 1N5YA 4DMNA 4EZ9A 4W5OA 5J2QA 1XI1A 1JXEA 3VQ7A 3TWHA 4HCBA 1JLFA 3ZT4A 4RW8A 3HPOA 3ZT3A 1G15A 3WNHA 4CHOA 5I3UA 1R0AA 1RBVA 2HHUA 1SL0A 4B9SA 5SWMA 1SKWA 3AA5X 4Z4IA 3OYMA 4CIEA 4Z4FA 1SKSA 2KW4A 4EZ6A 4F8RA 2Z1HA 1RT6A 3TAEA 3NF7A 4FVMA 4GW6A 2B4JA 2D0BA 3OYLA 3P83D 3V9UA 1ASVA 1X9WA 4KB0A 4C8OA 1RDCA 4CF1A 4CK1A 3WNGA 2XRIA 4FM1A 3QERA 4F3OA 4K8ZA 4OGCA 4HUGA 4FM2A 4RW7A 4CHNA 4NCAA 1EKEA 5CZ1A 2RF2A 1KFDA 5C24A 3DM2A 1KCFA 1VRTA 2FBYA 3NDKA 3SNNA 1C0TA 3T19A 4E1MA 5J2MA 3RMBA 4DWIA 1RT2A 2PYJA 5KRTA 3KJVA 4ELUA 2IOCA 3HP6A 3LZIA 4K8XA 3OS2A 1EP4A 4C8KA 3OY9A 3HK2A 4FK0A 1S6QA 4NYFA 2BANA 3PY8A 4EP5A 3ZSQA 4M3TA 1YTUA 1BQMA 4FLTA 5CYQA 1BIUA 1RTHA 3VQQA 3NH2A 3HP9A 1TL3A 4CGIA 4N76A 3OYAA 2YNIA 4E7KA 1TKXA 2VG6A 3VQAA 3OS1A 3ZT2A 3PX0A 4J2AA 4CGJA 3VA0A 4AILC 3SPYA 4KHQA 4CF8A 4Q0BA 4M3XA 1UAXA 4Z4HA 4DS4A 3G0ZA 3K5LA 4ELVA 1SL2A 2HHXA 4B9VA 1REVA 3F73A 3VQEA 2ATQA 3KLHA 3LWLA 2X78A 4B3OA 1S5JA 2YKNA 3ISNC 3NGIA 2KFNA 2WOMA 3KLIA 4DSFA 4JLHA 3AO4A 1SV5A 4EP4A 1RT3A 4AH9A 1NKCA 1C1AA 1W9HA 2D5RA 4CFCA 3NF8A 1ZBIA 2RN2A 3AA3A 1XHZA 4CHQA 3ZSRA 3DLBA 4CJRA 1BQNA 3ZSWA 2OYQA 4ID5A 1ASUA 3MXMA 1CZBA 1D5AA 3TAMA 5C42A 1S1TA 2OPRA 3IG1A 3NF6A 4BACA 2HNYA 1O1WA 3PUFA 2AJQA 1KVCA 4FM0A 3TAQA 3DOKA 2P5GA 1DTQA 4ICLA 2IDOA 3HSTB 4DF4A 4CK3A 1JLCA 1N6QA 3QETA 5K14A 1NK7A 1B92A 1TKZA 2VWJA 3RR7A 1X9SA 1BHLA 4KTQA 4R5PA 1BIZA 4Z4EA 2IGIA 4KTZA 3LAMA 3V9ZA 4N41A 4BE0A 2OPQA 1L3SA 1T03A 1LW2A 4B9MA 1U49A 3DMJA 1C0UA 1VSJA 2VG5A 4I9LA 3RWUA 1JLEA 1YTAA 1EX4A 3WNFA 1JXBA 4Z0UA 4E7LA 1T8EA 1EETA 3AVHA 4JRQA 1A5VA 1RDBA 2XO7A 2G8IA 4CEZA 4KHUA 4CJLA 1VSFA 4DTRA 2YNFA 4DQPA 4W5NA 2IC3A 4DQIA 4ELTA 1HQUA 2DFEA 4CE9A 1QSSA 4FZYA 1RTJA 4N47A 1S1UA 1WSIA 3L2WA 1C1BA 2P1JA 4RW4A 3SQ4A 1ZBFA 4PUOA 2XY7A 4IKFA 2ZD1A 4IFVA 4I7FA 4OVLA 4CIGA 4NCGA 3O3HA 1U47A 3RTVA 4N56A 1C6VA 1JLBA 3NCIA 3TR8A 3VA3A 3QESA 3SI6A 4MFBA 1RBUA 1UA0A 1RBTA 3L8BA 3OYKA 4JRPA 4CHYA 5J2NA 2KZZA 3PX4A 4XIUA 1D9FA 3L3VA 1Q9YA 4FZXC 3EYZA 4ZTJA 4FJNA 4LH5A 1J53A 3RRHA 1D8YA 5HRSA 5D3GA 3SV4A 4PWDA 4DG1A 4DSIA 2G8VA 4AHRA 1SKRA 4E89A 2A1RA 1NJZA 3AVBA 3QIOA 3LWMA 4OKEA 3VQCA 4BDZA 4KRFA 1WSGA 5J2PA 5CYMA 4J2EA 2G8WA 3I0SA 3ULDA 3TABA 1VSEA 3V9WA 2PYLA 1B9FA 2RPIA 3TANA 1TV6A 3OYFA 4CEFA 4DS5A 3L3UA 4WE1A 1T05A 4KB1A 4KHNA 2E6MA 3PO4A 3ZSYA 4CJ5A 2Z1GA 2X6SA 4E0DA 1JLAA 3QLHA 3QINA 4CJTA 2HB5A 4YFUA 2LSNA 4CGGA 4CEAA 3K5MA 4RG8A 3KD5E 4LSLA 1JLGA 3AVKA 3TAGA 3AVMA 1WSEA 4FK2A 2GBZA 3C95A 4DTMA 4CJFA 1Y97A 3AVCA 3AO2A 4DLEA 1U45A 2F96A 5HBMA 3CYMA 3OS0A 1VSKA 5HROA 4W5QA 3M8SA 2HW3A 2VG7A 3VQ4A 4NYNA 2HMIA 1RNHA 3QO9A 1IKWA 4MQ3A 3V6DA 1ZBHA 3HM9A 4ID1A 5FRMA 1UOCA 2DFHA 4BWJA 4FJLA 1BCMA 3LPUA 4CESA 4DTNA 3AA4A 3RR8A 1J5OA 2OA8A 4I2PA 4Y1CA 4ZTFA 4Z4GA 1L5UA 1XHXA 5J1EA 1J9AA 3U6FA 4KPYA 4CECA 4CEDA 3KK3A 4BWMA 4KHYA 2GV9A 1NJWA 3LDSA 3L2QA 4IG3A 1KVBA 3JSMA 3SV3A 2HVHA 4OLAA 3QEPA 1HPZA 3ZSVA 3AVNA 3LP3A 1IKYA 3NBPA 4CEEA 4CJ4A 3AO5A 4FJHA 1NK0A 3K2PA 3OJUA 4CIFA 4L8RB 5KGXA 3RMAA 3B6PA 3QEXA 3JYTA 3OYHA 4JS4A 4TSXA 3KLGA 1NK5A 1KRPA 4F2RA 4CK2A 1C1CA 4CF9A 4RW9A 1WSFA 4CEBA 1NK9A 3DRSA 4DU1A 3BDPA 3HVTA 4CJVA 1QSYA 4AHUA 2HHVA 4BE2A 3LP2A 4CF2A 1D9DA 1RBRA 4KI4A 3HPGA 1RTIA 1IG9A 4DFJA 3HT3A 4QCLA 3ZSZA 3NAEA 3AVAA 2HHWA 2YKMA 4BDYA 3LAKA 4BDPA 3QNNA 3ZT1A 3C94A 3B6OA 3FFIA 3O3FA 3K59A 1NOYA 3ZT0A 3HJFA 5CZ2A 1S9EA 4KFBA 1BI4B 1VSHA 1VSMA 1HRHA 1BL3A 1CXQA 4IG0A 1FKPA 4FW1A 3TAFA 4JS5A 3SQ1A 4KHWA 1FKOA 4B08A 4CF0A 4B9TA 4FLZA 2HHTA 2EX3A 4FLVA 3QEWA 4AHTA 1L3VA 4ZHRA 3AVJA 4HHTA 4DFKA 2BDPA 3OYGA 2Y1JA 4KREA 4C8NA 2X74A 3D45A 3NHGA 3IS9A 4FJJA 1Z25A 2O4GA 3RMCA 3HXMA 1TL1A 2P5OA 2P51A 3V1OA 4OKKA 3VQBA 2XHBA 1TK0A 2B6AA 4FLXA 2OZSA 1NK4A 1TAQA 4FJGA 3CFPA 3OYBA 5FRNA 4GVMA 1LAWA 1A5XA 2D0CA 3H08A 5HRPA 4FLWA 2IAJA 2XY6A 3SCXA 4FK4A 4E3SA 3LP1A 1RT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V7YA 4CJKA 4MO5A 5C2FA 2QWLA 3ZLJA 3MK6A 3SYZA 3WT0A 4DB3A 3DAWA 2HNZA 4FWRA 4DTPA 4AHSA 2YHAA 4LF5K 4JK7A 5HLFA 4F2SA 3K57A 3K5OA 4B1WB 3HO1A 4C8MA 1QQCA 3E9LA 3A2FA 1KQSM 3THWB 2A40A 3SJJA 4MO4A 2P9UA 1LCUA 4J2BA 3H46O 3O08A 2QKBA 1NGIA 5BRHA 3OTOK 1ASWA 3AO1A 4M42A 1GLCG 1S1WA 4K41A 3QEVA 1YAGA 3QIPA 2YV0X 3VGKA 1X3MA 2E4LA 3IDHA 3LM9A 5M1FA 3RMDA 4O4GA 4OPJA 2QEXN 4H03B 5IWAK 1KLNA 1OVYA 4FWPA 4JHDB 1IV0A 3C7NA 1WSHA 1T3VA 4KHPK 5AQPA 4H5WA 3TSPA 3F9MA 4FWSA 5HRRA 4IEEA 2JGUA 1ATRA 3LANA 4DTXA 1HKGA 1Q8IA 4F4KA 3AVLA 1YUWA 4CJSA 3S3NA 4FXDA 1BUPA 4JN4A 4YY3K 4CZMA 3VQ9A 4CJ3A 3G6EN 1OKJA 1MWMA 3J80O 4DFMA 4I2QA 2FBXA 2F7TA 3M8RA 4B9LA 4J8FA 4AHCA 2RKIA 3HBTA 3NH0A 4JI0K 2HSTA 1M90O 1HYZA 4BC4A 4OX9K 3MXJA 1GOAA 3T7ZA 3ULEB 1GOCA 3MAQA 3VN5A 1VQPN 2A42A 1XUPO 1CZ9A 3O8MA 1K8KB 2EHGA 5AQZA 2E6LA 1HJRA 2P9NB 1JL2A 3SQ2A 1TVRA 4JV5K 2ZF5O 4YOWA 2XY8A 1SZ2A 4DSEA 2GELA 3PSFA 1N33K 3V1RA 5AQLA 2VWKA 3THWA 5SZTA 3OHRA 4GMJB 3LP0A 3T1AA 5GADP 5FDLA 1HYVA 1Q9XA 1I39A 2R7YA 1DKGD 2VQFK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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