1VSEA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, low mg concentration form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vseA00
3NH2A 1FK9A 4OVLA 5FRNA 4LD0A 4O0IA 3KLGA 1U04A 4Z4GA 4CJ5A 3HVTA 4CGGA 1KCFA 1FKOA 5J1EA 4CEFA 1UWBA 1L3VA 1JKHA 3AVCA 4E19A 4CHNA 4M3YA 2E6MA 4FLXA 3VQ6A 3KLEA 3U3YA 3SJJA 4JS4A 3BGRA 4FM0A 2HHXA 1JLFA 1HQUA 4G1QA 4JRQA 2XY8A 4CEDA 1QS4A 1EETA 4K8ZA 1C0TA 1SV5A 4I2QA 3VQCA 1C1BA 5CZ2A 3NE6A 1X9SA 3BDPA 1RBSA 3ZCMA 3SUOA 4B9TA 2GUIA 3ZT4A 2Z1GA 3VQPA 5CYMA 1UA0A 3RRHA 1QSSA 3ZT1A 4CESA 4FJLA 3CFPA 4M42A 3IAYA 3HPOA 1YTAA 1WAFA 2IGIA 1SL0A 4XIUA 5J2MA 1VSEA 3HYFA 4N56A 4DQRA 4CJLA 2I5JA 3HT3A 1BQMA 4M41A 3V1RA 3T3FA 3AO1A 2HNZA 3DYAA 3TABA 3HK2A 1UOCA 3VQBA 2GBZA 4KTWA 3NF9A 4KHUA 2BANA 1RCHA 3S9HA 1Q8IA 2B6AA 3ZSQA 3C94A 1BIUA 2D0CA 4QAGA 4CEBA 4Q5VA 3V1OA 4B9MA 3G0ZA 5EU7A 1YTUA 4N47A 4Y1CA 1T03A 1NK9A 4I7FA 2KTQA 4OPKA 3PO5A 4FJ7A 4KI6A 4LH4A 3TAQA 4IBNA 3HP9A 5FDLA 3VQEA 4FYDA 2DY4A 2O4GA 3MAQA 1HPZA 2HVIA 2QKBA 4OLAA 4OKKA 1GOAA 5CZ1A 1G15A 2G8UA 3U3GA 1TL1A 4WE1A 3KK3A 5HP1A 3OYCA 3QEWA 4Z0UA 4CFCA 1GOBA 1VSJA 5CYQA 3ULDA 4ELUA 4FJIA 1QE1A 3P5JA 3K5NA 3L8BA 3NHGA 3SNNA 1I3AA 1J54A 4E1NA 2P5OA 4CFAA 1LW0A 2QKKA 2OA8A 2VG5A 1NOZA 2G8HA 2DFHA 4LSNA 3O4QA 1L3UA 4B3OA 4CGIA 1QQCA 2OZSA 5HLFA 4ID1A 1RT2A 1IH7A 4M3RA 3OYFA 3OYHA 1NKCA 3SPZA 1IKYA 1LW2A 3VN5A 4FM1A 3VQ4A 4Z4FA 3F9KA 3L2VA 3TANA 1U47A 4ICLA 3OY9A 1KFDA 1CLQA 3QEVA 3LP0A 3O3HA 1NKBA 4ZTFA 2WOMA 5SZTA 2G8IA 1NK6A 1VSMA 3CFRA 3M8PA 3AVHA 4OGCA 3HL8A 2EHGA 4CJFA 1S1WA 2NUBA 3NH1A 4J2EA 1FXXA 4EZ6A 3M8RA 4CK2A 4BACA 4FJXA 4JLHA 4KHSA 1XHXA 4W5RA 1SL1A 1BIZA 2XRIA 3K58A 5FRMA 2OZMA 3C6UA 1WSJA 4FW2A 1DLOA 1EX4A 1ASUA 1BL3A 1HNIA 1TAQA 3LAMA 3KJVA 4FJ9A 4O0JA 1C0UA 2FBTA 4HCCA 3VQDA 2B5JA 1VSFA 3PX0A 2G8WA 3AA2A 1KVAA 2YKNA 4HUGA 4C8MA 1MU2A 1IO2A 3RR8A 1BHLA 3SUPA 3FFIA 4M45A 1FKPA 4CJKA 4KPYA 2FBXA 2DFEA 1WNSA 1RDBA 3IG1A 4DMNA 1ZBFA 2R7YA 4QOZB 1TGOA 4IG3A 3LAKA 4B08A 3SPYA 4OKJA 2JGUA 4CJPA 1CXUA 1VRTA 3QLHA 2A1SA 1S6QA 2YNGA 4GW6A 4H4OA 4CJQA 4BDYA 4FK4A 3PX6A 4E7JA 3AA5X 3AVKA 1L3SA 4DFKA 4DQQA 1BCMA 3K57A 2OPRA 3QETA 4CF9A 4ELTA 4KFBA 2IC3A 1NJYA 1KSPA 2QK9A 3SZ2A 1VK0A 5C24A 4DU4A 2YNHA 3ZSRA 4BE0A 2A1RA 2RPIA 4CHZA 2KW4A 4CGFA 2G8FA 3A2FA 4H8KA 1VSIA 4UQGA 4DTRA 3RMCA 4IFYA 3AVLA 1QSYA 4CHOA 3DLBA 4IG0A 1B9FA 5KI6A 4NCBA 2G8VA 1TKTA 2P1JA 3AO3A 4FVMA 3DRPA 4FXDA 3SQ0A 3KLIA 1C0MA 3TAEA 5KRTA 4KHYA 1JXBA 4C8OA 3NDKA 3T1AA 1RDAA 4B8CA 3TI0A 4FZXC 2D5RA 3RMDA 3IS9A 4KB1A 4W5NA 1ASWA 2ZD1A 4ID5A 4F2RA 4CECA 1JLGA 2HHTA 4PUOA 5HROA 3HO1A 1NK7A 1X9WA 4Q0BA 3ZSVA 4CJUA 1C1AA 3QNOA 2F96A 1REVA 3SV3A 3MEEA 3OVNA 3LP3A 4OLBA 3VQ9A 2VWJA 2Z1HA 5J2NA 3NH0A 1UA1A 1HRHA 1RBTA 3DI6A 4I9QA 3V4IA 3MEDA 1HNVA 3HVRA 3OYLA 1EP4A 1XWLA 3K59A 4E7IA 3TARA 2IOCA 1T7PA 3VQQA 4FJKA 4CF0A 4KTQA 2DTUA 3MXMA 4DQIA 1NJZA 1TV6A 4FZYA 5JS1A 1Q9XA 5C42A 5JS2A 3QNNA 3OJSA 4DU3A 4M3TA 1LWFA 2EX3A 3OYGA 5J2PA 5HRSA 4AHVA 2AJQA 1XI1A 3RRGA 3NF7A 3C95A 2O4IA 3DM2A 1KFSA 4J2BA 3O3FA 4E7LA 4B9VA 3QO9A 3SCXA 4AHUA 3HPGA 1SKRA 4DSLA 1NK5A 1KLMA 4DQPA 3OYAA 2HW3A 1S9EA 4MQ3A 3LWLA 1ZBUA 3AV9A 3I0RA 1NOYA 4M3ZA 4HCBA 1QTMA 3UIQA 4PY5A 2BE2A 3ALYA 3NBPA 4KHNA 3VA3A 3ZSWA 2VG7A 3NCIA 4FLTA 4B9NA 4CCHA 3SYZA 4FJHA 1HQEA 1HYVA 4KKOA 1RT7A 4N41A 3L3VA 4LSLA 4PWDA 2HHSA 4CEEA 1TK0A 1LWCA 4NYFA 3VQAA 3HSTB 3CG7A 1O1WA 4DTNA 3KIOA 1NK0A 1F21A 4KI4A 1U4BA 2KFZA 3KLHA 3WNFA 1RT6A 2YHBA 1L5UA 4CF1A 1WSFA 4CJ3A 4E1MA 4DSFA 1CXQA 1XHZA 4Z4IA 1WLJA 4TSXA 4C8LA 4HHTA 1NK4A 3JSMA 3ZT0A 4LY7A 3CM5A 3HPHA 1X9MA 3KK1A 1U49A 1SKSA 3KLFA 1LAWA 2X74A 3IRXA 4EP4A 4AH9A 1I39A 5I3UA 1J9AA 4NCGA 3AA3A 3LWMA 1VSHA 4DFPA 3SQ4A 5KGXA 3QERA 2YNFA 3AVNA 3K5OA 4M3WA 3DLGA 5T7BA 3ZSOA 1WN7A 1RBRA 4W5OA 5HRNA 2IS3A 4KAZA 3B6OA 3I0SA 4CFDA 4F2SA 4RW4A 2HHWA 1W0HA 4KO0A 2Y1IA 3I8DA 2XHBA 4FK2A 3VQ8A 2X78A 4AHSA 4B8AB 1RILA 4KV8A 4CF2A 2OPSA 3TAMA 2HHUA 3TR8A 4KHQA 4M3UA 1YVUA 4CHPA 3NGYA 1S1XA 2E4LA 3D0PA 4DU1A 4DTPA 3ITHA 4N76A 3V9ZA 3OYIA 4BDZA 2WONA 4CEQA 5E41A 1NKEA 2D0AA 4IKFA 1RTIA 1EKEA 2Q3SA 4AHTA 1HYZA 1WSEA 1IKXA 4W5QA 3PV8A 2YV0X 1YT3A 4Z4CA 2F8TA 1RT4A 2VG6A 3SI6A 1HJRA 4DTOA 3HJFA 3RMBA 1RBUA 3B6PA 1KLNA 1HYSA 3PUFA 3QIPA 4NCAA 3V9WA 3VA0A 4KB0A 1JLQA 1BI4A 3DOLA 4ZTJA 4OPJA 3SUQA 1VRUA 4L8RB 1X1PA 4O5BA 3RWUA 3AVGA 3OS1A 4DTMA 4DS5A 4JS5A 3SUNA 2P51A 4KRFA 4CIFA 3SQ2A 4DSJA 4RW9A 2HNYA 3PY8A 4AHCA 3RMAA 4CEZA 2ZQBA 3OJUA 2ATQA 1XC9A 2PYLA 3KD5E 4FJGA 2Z1IA 1W9HA 1TKXA 4CFBA 3DLEA 1KVCA 4DSIA 4FW1A 1S1TA 4FZZA 2KQ2A 2OPPA 3DLHA 4CJTA 3LZJA 1SKWA 2BDPA 4B9LA 4BE1A 2OYQA 4OKEA 3THVA 3AA4A 5DMRA 3D45A 2XY5A 4DQSA 4H4MA 3NAEA 4OGEA 2Z1JA 1RTHA 4DLEA 1A5WA 3ZT3A 3AVBA 1RTDA 3DLKA 4DSEA 4CE9A 1B92A 1QHTA 5KGWA 4OJRA 3M8SA 3EYZA 4HUEA 4DS4A 1N6QA 1UAXA 4YFUA 4E0DA 4F8RA 1J5OA 1C1CA 2GV9A 5HRRA 2HMIA 2B4JA 3AVMA 3ZSZA 1RT5A 3OYBA 4AILC 2IDOA 3DMJA 3OYJA 3KTQA 2BGGA 3CFOA 5DK5A 4O55A 3TWHA 4CJWA 4DLGA 1RBVA 3M8QA 4KTZA 3V1QA 1L3TA 2HVHA 3V9SA 3OS0A 1TAUA 1TKZA 4FLZA 3DRRA 3QINA 3LPUA 1BISA 4CJSA 2F8SA 3G10A 3ZSXA 4CHYA 4ZHRA 5KRSA 5C25A 4R5PA 4FLUA 1BQNA 1TK8A 3AO4A 1R0AA 1QSLA 4Z4HA 1WSHA 4PQUA 3AO5A 1Y97A 1IG9A 1TL3A 4I9LA 3KKSA 5J2QA 4DTUA 4KHWA 2KZMA 2Y1JA 4F3OA 1A5XA 4DSKA 1VSDA 4FLWA 3L2UA 3ASMA 3K5LA 1WSGA 2OPQA 3AVIA 4CHQA 3NGZA 4RW7A 3QEIA 4BDPA 1ZBIA 3ZT2A 1LAVA 4FCYA 2G8KA 4GMJB 1S1VA 3HP6A 1TKDA 4C8NA 4GVMA 3DOKA 2RF2A 3T19A 3TAGA 3RR7A 3WNGA 4PA1A 4CK1A 3L3UA 2W42A 3HM9A 4FLVA 3C6TA 3QESA 4F4KA 2PZSA 1IKWA 3OS2A 3EZ5A 1JLBA 4FJ8A 1CZBA 1J53A 3OYNA 4DWIA 3MECA 1JL2A 4CJ4A 2RKIA 1HMVA 2ITGA 3LP2A 1T05A 4W5TA 4LH5A 3NF8A 5HRPA 4HTUA 3MEGA 4E89A 1SUQA 4CGHA 1D8YA 4FJMA 4RW6A 2X6SA 3U6FA 3PO4A 3ZSYA 1RT1A 1SL2A 4DTSA 4E7HA 4O44A 5D3GA 1JLCA 4I2PA 3H08A 2IAJA 3LDSA 4CF8A 4DF4A 4CK3A 4KREA 4N5SA 4QCLA 2ZE2A 2KZZA 2FBYA 3CYMA 1ZYQA 4B9UA 4RW8A 2YKMA 4CIGA 1KTQA 3LALA 3OYDA 1RDDA 4DF8A 3TAFA 1VSLA 3NFAA 5CY4A 3KD1E 4M3XA 4Z4EA 2HHQA 1RTJA 4IDKA 1KRPA 3CM6A 4CJEA 1NJWA 1BGXT 2E6LA 2LSNA 3O3GA 4J2AA 3AVAA 4DTXA 3E01A 1WAJA 4DTJA 2DFFA 1ASVA 2FBVA 5FROA 3WNHA 4CIEA 3L2RA 2PY5A 4BWJA 2PYJA 3WNEA 4RG8A 4FJJA 1U48A 4FJ5A 4CJVA 3K5MA 2FC0A 4NYNA 4E7KA 2XY7A 1LWEA 2ETJA 1JL1A 1RDCA 4EZ9A 4K8XA 2QXFA 3V6DA 1B9DA 3V9UA 4DFMA 2HNDA 2JLEA 3O4NA 1S5JA 4F3TA 2X6NA 3DLRA 3LANA 2XO7A 1T8EA 5K14A 2P5GA 3TAPA 2YNIA 1C6VA 3P83D 4IFVA 4MFBA 4EP5A 1ITGA 3LZIA 1S1UA 4JRPA 1WSIA 1A5VA 4BWMA 3VQ7A 3LP1A 4AHRA 4CJRA 4HUFA 4CERA 1JLAA 3F73A 3S3NA 3S3OA 4C8KA 1S9GA 4FJNA 3NF6A 3AO2A 4FLYA 4E3SA 1BCOA 4B9SA 1K6YA 3OYKA 1DTQA 3MXJA 3OYMA 3CQ8A 3OYEA 4FK0A 3RTVA 4YNQA 2HB5A 4O4GA 4CEOA 3SQ1A 1Z25A 1GOCA 3QEXA 1CZ9A 1DTTA 3QEPA 5I42A 1Q9YA 2HHVA 2XY6A 1JXEA 2RN2A 1N5YA 3MXIA 4BE2A 4ELVA 1ZBHA 3AVFA 1LV5A 3KK2A 3V9XA 1TK5A 2VWKA 4CGDA 3V81A 5KTQA 1U45A 3EY1A 3SV4A 3AVJA 3DRSA 3NGIA 3K2PA 1D5AA 2D0BA 2YHAA 5SWMA 4FM2A 3ISNC 1JLEA 3HXMA 1S6PA 3PX4A 1TVRA 4CEAA 2KFNA 3L2QA 1RT3A 3VQ5A 4DG1A 1NJXA 4DFJA 3QIOA 1NK8A 4HVJA 1RNHA 3LPTA 3KKRA 5HBMA 1EXQA 3P1GA 4CGJA 3S3MA 1VSKA 3JYTA 1ZBLA 1D9DA 1KVBA 1Z26A 1BI4B 4Y1DA 1D9FA 1IKVA 4J2DA 3L2WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I94K 4OVLA 4A59A 4LD0A 4O0IA 3KLGA 1L3VA 4CGGA 3ULEB 4FWKA 1YHQN 4M3YA 4BC3A 2GTDA 3PIOL 4FLXA 3SJJA 2HHXA 3FLCO 1JLFA 1HQUA 3KVGA 4WF9L 4G1QA 4JRQA 2AP1A 1QS4A 1C0TA 3VQCA 3QFUA 3SUOA 3O1BA 1BWFO 1GLDG 2Z1GA 3VQPA 5CYMA 1UA0A 1QSSA 4DQ8A 2NRRA 2F8SA 3G6EN 1YTAA 1WAFA 1SL0A 3U9ZA 1R59O 2I5JA 4ISGA 4M41A 1VQPN 1WBBA 4BR7A 3TABA 2BANA 2UYTA 3ZETB 3GBTA 1Q8IA 3ZSQA 4Z4EA 2D0CA 3O08A 4ILGB 3V1OA 4B9MA 3G0ZA 3CCMN 4OPKA 3R8EA 3CC7N 2E20A 3TAQA 2DY4A 3VQEA 2ITMA 1GOAA 1G15A 3BF3A 4LF9K 3U3GA 1TL1A 4WE1A 2E2QA 1S22A 4CBUA 3QEWA 1NG9A 2OANA 5JMVA 4ELUA 1RFQA 2A5XA 4R79A 4CI6A 2P5OA 1J54A 3E9LA 1VQKN 3HSCA 1LW0A 1EWRA 1Q82O 1NOZA 2G8HA 3O4QA 4CGIA 2OZSA 1IH7A 3OYHA 3OYFA 3CHWA 1IKYA 1ATSA 1SS6A 3F9KA 3OBYA 4ICLA 3OY9A 3FZFA 2WOMA 4JAXA 1NK6A 3KWIA 2FSJA 4B1ZA 4CK2A 4FJXA 1XHXA 2O8FA 2V51B 1SL1A 1BIZA 3K58A 3CJ7A 5M1FA 3MDQA 4FWLA 2QA4N 3VF4A 2P9LA 3TU5A 1KD1O 5ELZA 3AA2A 2YKNA 4HUGA 5BPLA 3K0SA 1MU2A 5BR9A 4DR6K 3SUPA 4M45A 1WNSA 1ZBFA 1QZ6A 4IG3A 3W0LA 3SPYA 4OKJA 2JGUA 1CXUA 1VRTA 3QLHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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