2O4GA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 70
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4gA01
2XRIA 1NKCA 1S1WA 1C0MA 3V9XA 1CLQA 2FBVA 5J2QA 2P5GA 3PO5A 4LH5A 4FK2A 2OZMA 4KFBA 4FJ5A 1VSHA 5HBMA 4E1MA 1WSJA 1NJWA 4FJMA 1FK9A 1TV6A 4CJ4A 4YFUA 4CF1A 1ZBIA 5KGWA 5FROA 3QINA 4IFVA 3EYZA 2G8HA 1C1BA 4IG0A 3PY8A 4M42A 5D3GA 3HM9A 1W0HA 4CJKA 4DTUA 4CK1A 3SZ2A 4E1NA 3DRRA 3P5JA 1S5JA 3RRGA 4HCBA 2W42A 1QE1A 3P1GA 3HYFA 1RT1A 3V9UA 4FLZA 1LW2A 3IG1A 4B9UA 3C95A 4DTNA 2OPPA 1IO2A 1JLEA 3TR8A 1Q8IA 4DSIA 3AA4A 3BDPA 3K58A 4DQPA 3B6PA 4ZTFA 4CFAA 3NH1A 4E7JA 3V6DA 1DTQA 4E7LA 2HW3A 4ZTJA 4KHYA 1BHLA 4N76A 3I8DA 3QEIA 3MEGA 2Z1GA 4I9LA 3KJVA 2PYLA 3VQQA 4DTSA 2PZSA 1NKBA 4HVJA 3HPOA 3K5NA 3KIOA 3ASMA 4OPJA 2Y1JA 4FW2A 3AVKA 3AVJA 4O5BA 1XI1A 4FM1A 4CECA 4DSLA 1S1UA 4Z0UA 3DMJA 2G8IA 1A5VA 4I2QA 1YTUA 1VSKA 3OVNA 2LSNA 4RW4A 4O0IA 4W5RA 2KQ2A 5K14A 1MU2A 1VRUA 3T19A 4AHRA 3S3NA 5HP1A 4OLAA 1B92A 4CJRA 3K57A 5SZTA 3VA0A 5I3UA 2IC3A 5JS2A 3LZJA 3RR8A 4DSFA 5CZ1A 1KVAA 1RBUA 4PA1A 3AVHA 4ID5A 5C42A 1LAWA 4LD0A 4N56A 4W5TA 4EZ6A 4FZZA 4JLHA 2A1SA 1JLFA 3MXMA 2VWJA 1QSYA 1YT3A 5CYQA 1TL1A 1JLBA 2XY7A 1WSIA 4F3OA 3T1AA 1LWEA 4I2PA 3OYBA 3C6TA 3QETA 4HUFA 2Y1IA 1RT5A 4AHUA 4Z4HA 4CHQA 1NOYA 3VQBA 4EP4A 1EX4A 3LZIA 3K5OA 3T3FA 4BE2A 3OYIA 5FRMA 1L5UA 4Q0BA 3K5LA 1X1PA 2G8WA 4QCLA 4GW6A 1TKDA 2DTUA 2EX3A 4FJLA 4DLGA 2GBZA 1RBSA 3S3MA 3M8SA 1RT7A 2Z1JA 3DLRA 2GV9A 2WOMA 2G8UA 2HNYA 3JYTA 1JL2A 3NGZA 4XIUA 3MEEA 3P83D 4CJEA 3MAQA 4ICLA 3EY1A 4DFMA 3TAFA 1KFSA 4Z4FA 1NJZA 3AVMA 2HHTA 1LW0A 3LPUA 3S9HA 4K8ZA 3PUFA 1VSIA 4C8LA 1A5XA 4CGHA 1G15A 4CGFA 4FJNA 4QOZB 1WNSA 4OGEA 4FJXA 3D45A 1TK0A 3OS2A 4B3OA 4CEAA 4CEEA 3L2RA 3OYHA 2QXFA 2OPRA 3DLGA 4H4MA 3K59A 4E7KA 4DMNA 1FKPA 3HP6A 1C1CA 5KGXA 1NK7A 3CFOA 4GVMA 4KAZA 4BDZA 3CG7A 1TL3A 3L3VA 4DTPA 4C8NA 3VQ8A 4AHSA 2VG6A 4B9NA 1JXEA 4IG3A 4FZYA 3DLEA 4KV8A 4Z4IA 1S9EA 1RDCA 2F96A 4Q5VA 2BE2A 3OYKA 1SKSA 1T05A 1ITGA 1VSDA 3L3UA 4FW1A 3OJSA 4FJIA 1UA0A 1A5WA 4KO0A 1C0UA 1IH7A 3AO1A 4OKKA 3DYAA 3AVNA 4DU1A 4CGGA 3SPZA 3LP3A 4CIGA 1WLJA 4CJPA 3TAPA 3SYZA 4DQIA 4CHOA 2KTQA 2D0CA 3NCIA 4Z4EA 3OJUA 1XWLA 3QIOA 3RRHA 4DTMA 3RMAA 4AHVA 2BANA 2JGUA 3DOLA 1ZBLA 2P1JA 1Q9YA 1RT2A 4CGJA 1N6QA 3AVCA 1TK8A 4PUOA 1RTDA 4CIEA 3OYLA 1YTAA 1GOBA 4CF0A 3OS0A 2OZSA 1RTIA 4JRPA 1NJYA 1IKVA 3AVFA 3TANA 4CJSA 3KTQA 2E6MA 1LAVA 4ZHRA 4Z4CA 3SI6A 4B9TA 4CESA 3HT3A 3ZT3A 1WSFA 2NUBA 3OY9A 4CERA 1LWFA 1TK5A 1KVBA 4J2DA 2IOCA 1RTJA 4FVMA 4KI6A 2HHWA 1EKEA 1WN7A 1VRTA 4FCYA 3NH0A 1K6YA 5CYMA 1HRHA 3ZSVA 2HNDA 4CJFA 3TARA 4ELTA 1QQCA 1W9HA 2KZMA 3U3YA 3KD5E 4CF8A 1WSHA 3IAYA 2OPQA 2RF2A 4RW7A 1SL2A 4B9VA 4NCBA 2YNHA 4DF4A 1X9WA 3M8PA 2YNIA 4KHWA 5DK5A 2HHQA 3NE6A 4H4OA 3OYAA 1JLGA 4FK4A 3U3GA 1C6VA 3HL8A 4E89A 2ZE2A 4AHCA 4CGDA 4FM2A 1CXUA 3SUQA 4OLBA 2HHVA 2X78A 1HQUA 4FLYA 3O4QA 2D0AA 1KVCA 3CYMA 3QIPA 2KFNA 4RW6A 3U6FA 4PQUA 2YHBA 3LWMA 3LDSA 2YKMA 2Z1IA 1U04A 1EP4A 1Y97A 3WNEA 3PV8A 4LSLA 3NF7A 4N47A 4EP5A 1BCMA 3LP1A 3OYGA 3LPTA 4NCGA 4BE0A 4ID1A 3ZSZA 1IKXA 4Y1CA 1T03A 3AVGA 4CEBA 1J9AA 1U48A 3C94A 3C6UA 1CXQA 3OYEA 1XHZA 4JRQA 2WONA 1KSPA 1JKHA 1S9GA 5E41A 4KHUA 3LAKA 3TAMA 4HUGA 2F8TA 2RPIA 1RT6A 1XHXA 1Z25A 4DS4A 3CFPA 3QEVA 4IDKA 4B9SA 2OA8A 4CJ5A 1RT4A 1QSLA 1QTMA 1RILA 3PX4A 1HNVA 5EU7A 1VK0A 2HHSA 3E01A 1NK0A 4PY5A 2X6SA 3LALA 1RBRA 1JL1A 4C8MA 4KTQA 3L2WA 4CE9A 4HTUA 3QNNA 1JLQA 1S1XA 3S3OA 1BQMA 5HLFA 1R0AA 4M3TA 4KPYA 3AVLA 3M8QA 4W5OA 4IFYA 4IBNA 3VN5A 1VSJA 4HCCA 1JLAA 2FBYA 4AILC 4M3YA 3MECA 3ZSWA 1VSLA 4DSEA 1B9DA 4FXDA 2YNFA 1S1VA 1IKYA 1Z26A 4OVLA 4IKFA 3AA5X 1JLCA 2A1RA 3ZSQA 1QSSA 3G10A 2XY6A 2G8FA 2B4JA 4DWIA 1GOCA 3QNOA 2QKKA 1BGXT 4KRFA 3KLGA 2DY4A 3TABA 3VQ7A 2XY8A 1J53A 3RMCA 3MXIA 1NK8A 1LV5A 2HHUA 2KW4A 2GUIA 3AO5A 1U49A 3QEXA 3SQ0A 3PX0A 4BE1A 3THVA 1ZBHA 4M41A 4CK3A 3M8RA 4BDYA 1HYZA 3CM6A 1TAUA 1WAJA 3NF8A 2ZD1A 4FK0A 2D5RA 1GOAA 3V9WA 3G0ZA 4PWDA 1HYVA 5HRRA 1LWCA 3CM5A 4N5SA 2FBTA 4E7IA 3MEDA 4KI4A 1T7PA 4N41A 3I0RA 5FRNA 1RT3A 1Q9XA 1XC9A 4CJ3A 4KB0A 1D5AA 4DSKA 1CZBA 5KTQA 4KHSA 3WNFA 4Z4GA 1NK4A 1S6PA 4I7FA 2B6AA 4MFBA 3NGIA 4DF8A 1L3VA 3NF6A 3DM2A 2B5JA 3AO3A 1BL3A 2Z1HA 5HRSA 2YHAA 1RDAA 3KKSA 3KLIA 4RG8A 5CY4A 3QERA 4FYDA 3V1RA 1VSEA 3FFIA 3VQ5A 4W5QA 4E19A 4CFDA 3JSMA 4CCHA 2RN2A 1IKWA 4O4GA 4TSXA 3QO9A 4KTWA 2JLEA 4O0JA 4ELVA 4FJ7A 4KTZA 3LP0A 3OYMA 2I5JA 4DFJA 1U47A 2FBXA 3NGYA 3O3HA 4F3TA 4OGCA 3V1OA 3H08A 5J2MA 2HNZA 2P5OA 2KFZA 2DFEA 3VA3A 1CZ9A 4GMJB 4DLEA 3TAGA 1SL1A 2YNGA 1DLOA 4KREA 5JS1A 2IGIA 4JS4A 4RW8A 2HMIA 4FLWA 1EXQA 1RBVA 4CJWA 1D9FA 4DQRA 1WAFA 4FLXA 3DOKA 3VQ9A 3V4IA 3DI6A 1FKOA 4CGIA 3HVRA 5C24A 5KRSA 1SL0A 1NK9A 1I39A 4C8KA 3O3FA 2P51A 3L8BA 4L8RB 4NCAA 4CJQA 4DTJA 1VSMA 1IG9A 3DLBA 2VWKA 2IDOA 4O44A 4CJTA 3AA2A 3HSTB 4E3SA 1QS4A 2Q3SA 3VQEA 3RTVA 5SWMA 3KLFA 4FLTA 1ASUA 2BDPA 3NBPA 5DMRA 5CZ2A 3LWLA 3QLHA 1J5OA 1ASWA 2OYQA 3OYNA 2DFHA 1FXXA 3KK3A 4M3WA 2PY5A 3ITHA 4UQGA 4LY7A 1TGOA 4DTOA 4B8CA 3DRPA 1ZBUA 4CK2A 3HXMA 2VG7A 3IS9A 3HP9A 4YNQA 3L2QA 3L2VA 4KHQA 3MXJA 4B8AB 1L3SA 4O55A 1HPZA 4CFCA 4CEDA 1NK6A 2HVIA 4B08A 2HHXA 4CHNA 3RWUA 1BIUA 2ETJA 4HHTA 3RMBA 1ZYQA 2QK9A 3F73A 1BQNA 4DQQA 2E4LA 4DSJA 1O1WA 3CQ8A 1TVRA 1RCHA 3NHGA 5HRPA 3VQ6A 4DFKA 2IAJA 1UOCA 4M3ZA 2ITGA 3B6OA 3SNNA 1BISA 4BACA 1NOZA 3NAEA 4FJGA 4MQ3A 3WNGA 4CJLA 3KLEA 4J2AA 4F4KA 3K5MA 3QEWA 4M45A 4F2RA 3SQ1A 4C8OA 2IS3A 5C25A 5KRTA 3VQDA 1TKXA 4DS5A 1TKZA 4E7HA 4CEQA 4OKJA 1I3AA 1RBTA 3SJJA 1ZBFA 2E6LA 3SV3A 3QESA 4FJ9A 2XHBA 2XO7A 3V1QA 4OKEA 2PYJA 3RR7A 3AO4A 4H8KA 3DLHA 3IRXA 4K8XA 3HO1A 1HQEA 1RDBA 4FJHA 3AA3A 4CF9A 1BI4A 2AJQA 5I42A 1EETA 3V9SA 2HVHA 3EZ5A 1J54A 3V81A 1C0TA 1REVA 2R7YA 4BWMA 3TWHA 1DTTA 5J2PA 3TAQA 1SKWA 1KLMA 1VSFA 1KFDA 4FM0A 4F8RA 4BDPA 3BGRA 3VQ4A 4BWJA 2ATQA 2QKBA 4CHZA 3QEPA 1D8YA 2X74A 3AO2A 3KKRA 3NF9A 1ASVA 3I0SA 1QHTA 5HRNA 1N5YA 4B9MA 4J2BA 4QAGA 1U45A 4G1QA 5HROA 1B9FA 1JXBA 3AVBA 3K2PA 3ZT0A 1X9SA 1C1AA 4W5NA 2D0BA 4EZ9A 3ZSXA 3UIQA 3SQ4A 2EHGA 1NJXA 1UAXA 3ZT2A 1SKRA 4DFPA 2O4IA 3LANA 3ISNC 1TAQA 3ZT4A 4F2SA 1KRPA 4E0DA 3AVAA 4CEFA 4M3RA 4JS5A 3SCXA 3DLKA 3KK2A 4KHNA 4CF2A 5KI6A 5FDLA 2O4GA 2F8SA 3RMDA 1RNHA 4LH4A 1RTHA 1UA1A 3WNHA 2OPSA 1WSGA 1RDDA 4NYNA 3AV9A 3SUNA 1SV5A 4WE1A 3VQAA 5T7BA 1SUQA 2DFFA 2RKIA 3SUOA 3KD1E 4ELUA 4KKOA 4CEZA 1UWBA 3OYCA 1HMVA 3TI0A 4CHYA 3PX6A 3D0PA 4FJKA 1NKEA 4NYFA 3L2UA 2YKNA 4R5PA 3NH2A 3KK1A 3VQPA 3SQ2A 1HJRA 1T8EA 4AHTA 3HPGA 3ZT1A 4OPKA 3OYDA 3SUPA 3ZSYA 4DU4A 1BCOA 3VQCA 4AH9A 1S1TA 2X6NA 5J2NA 1BIZA 3HPHA 4LSNA 1KTQA 2VG5A 3LAMA 3F9KA 4M3UA 4DG1A 2G8VA 4DQSA 3TAEA 2XY5A 3A2FA 3OYFA 1D9DA 1X9MA 2KZZA 4DU3A 1L3UA 3KLHA 4B9LA 3NFAA 3DRSA 4OJRA 2G8KA 3ULDA 4KB1A 1U4BA 4RW9A 3ZSOA 4CEOA 4Y1DA 4HUEA 1F21A 4DTRA 4FZXC 4J2EA 4CJUA 1TKTA 3HVTA 4CJVA 3SV4A 1S6QA 4CIFA 1NK5A 3CFRA 3V9ZA 3PO4A 3AVIA 4M3XA 1L3TA 1HYSA 2BGGA 4FJ8A 3ZCMA 3LP2A 4FLVA 1KCFA 3SPYA 3NDKA 3OS1A 2HB5A 2FC0A 3HK2A 4FLUA 3ZSRA 1KLNA 3OYJA 1HNIA 4CHPA 2YV0X 4CFBA 5J1EA 3O3GA 1WSEA 4FJJA 3ALYA 4DTXA 1YVUA 3O4NA 3HJFA 2ZQBA 1BI4B 4I9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S1WA 2FBVA 1HPMA 4LH5A 4KFBA 4E1MA 5HBMA 4JV5K 3U9ZA 3THWB 2HF4A 3CQXA 4CK1A 3RSEB 4FWKA 4H03B 4HCBA 1EO1A 2W42A 4JKGB 1RT1A 4M63C 3C95A 3GDQA 4DR6K 3TR8A 4BG8A 4DSIA 3A8YA 3BDPA 4PHTX 3CCEN 4CFAA 3NH1A 3THXA 4E7JA 4A59A 1NGAA 4FSVA 3VEOA 4ZTJA 4KHYA 2A41A 3I8DA 4I9LA 3DLLL 2YX6A 3UKUA 2PZSA 1K73O 1NKBA 3HPOA 2A5XA 1VQNN 4FM1A 3SK3A 4B3RK 2YJFA 3U4LA 2G8IA 1A5VA 4EAHD 4I2QA 5FPEA 4W5RA 3GG4A 2KQ2A 5K14A 3T19A 2O8DB 4OLAA 5SZTA 5AQWA 5JS2A 2VYPA 1S3XA 2HOEA 1RBUA 3AVHA 4EZ6A 4DCHA 4FZZA 4B1YB 3MXMA 2VWJA 1NBWA 1QSYA 1WSIA 3OYBA 1RT5A 4AHUA 4Z4HA 4JKDA 2PFUA 4A62A 2IIRA 2O8BA 1L5UA 1X1PA 2DTUA 5AQLA 3FZHA 4DLGA 2CGJA 4JI7K 3JYTA 5EX5A 3NGZA 2NRWA 4DUZK 3TAFA 5AQPA 1LW0A 3FZKA 4K8ZA 5BPMA 1KAXA 2BUPA 3PUFA 4CGFA 4OGEA 1K8KB 4FJXA 3FR0A 1TK0A 4CEAA 3L2RA 3OYHA 1NGEA 3ULEB 4H4MA 3K59A 3FE1A 4BRFA 3R3LA 4DQ8A 4BDZA 2Q97A 1K9MO 4B9NA 4IG3A 4FZYA 1NGGA 5AQTA 1OKJA 4FW1A 3OJSA 3T69A 4WQ5A 3OHRA 3MX2A 2W6KA 3K9JA 1JCGA 3TSUA 3SPZA 4DQIA 4DR2K 4MDAA 3ATUA 2D0CA 2P9SA 3OJUA 3RRHA 2P9UA 2P9LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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