2O4GA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
b'GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 70
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4gA01
4BACA 4OGEA 5SWMA 3ZSZA 4DFJA 1XC9A 2HHTA 3TAMA 4AHVA 3HP9A 4LH5A 1ZBLA 2KZMA 2KW4A 3OYEA 3AVBA 1REVA 4AILC 2P1JA 3O4NA 4CJFA 4M3YA 2Y1IA 1FK9A 3NCIA 5FRMA 1NJWA 2A1SA 4DLGA 1KVBA 4CHOA 4KB0A 1VSHA 2G8VA 5CZ2A 4HCBA 4DTPA 1NK0A 4HVJA 1RT1A 4CFDA 4NCAA 1XHXA 4RW4A 4BE2A 1RDAA 4IG0A 3HSTB 4CESA 4HCCA 1RDDA 4KTWA 4I9LA 3KIOA 1RTHA 2B4JA 3HM9A 3SQ0A 3SQ1A 4FLTA 3CFRA 2XHBA 1HRHA 4B9MA 3EYZA 1J53A 3QERA 4DG1A 2IOCA 3OYNA 3HXMA 5C25A 2QKKA 4PWDA 3VQ9A 4PUOA 3SUQA 2DY4A 3RWUA 5J2NA 3MXIA 4KHNA 3TAFA 1JLFA 1HMVA 4HUGA 4KI6A 3ZT4A 1Q8IA 3QIOA 4FLYA 4DSEA 3OYJA 1S1XA 3T1AA 3L8BA 3SUOA 1NJXA 1LV5A 4QCLA 2A1RA 4E7LA 3H08A 2ATQA 1C1BA 3QLHA 4CJ5A 1FKPA 4Z4IA 1WSFA 3HL8A 3T19A 1HYZA 1HQUA 3AVHA 3VQDA 3L3UA 4I7FA 4FZZA 4DQIA 4F4KA 2KZZA 1NJZA 4FLWA 3AVLA 5HRNA 4FYDA 4EZ9A 1FKOA 4Z4FA 4IFVA 3OY9A 3DM2A 4E7KA 1S1TA 2IAJA 4IBNA 1UA1A 3NFAA 3S3MA 1WSIA 1YVUA 2BDPA 1ZBIA 1Z26A 3AO2A 1Q9YA 4PQUA 3SUPA 4W5RA 2IC3A 3L3VA 4FJJA 4J2AA 1D9DA 3NE6A 2I5JA 3VQ7A 3K58A 3UIQA 4RW6A 2HNZA 2PY5A 3D0PA 3ASMA 3ZSXA 4FLXA 2YHAA 3V9WA 4DTRA 1D9FA 1ASWA 2YNHA 4FK2A 1S1WA 3SPYA 3QEVA 1BI4B 4RG8A 3HPGA 5CYQA 1X9SA 1N6QA 2F8TA 3NDKA 1HPZA 2ETJA 2VG6A 1TL3A 3DLKA 4W5OA 4E7JA 2G8UA 2X78A 1JXEA 1S6QA 4I2PA 1RDBA 4KTZA 4C8LA 4RW9A 3C6TA 1WAFA 3VQ4A 1T7PA 1FXXA 5I42A 1EKEA 3PX6A 4CHZA 1NK4A 4H4MA 1W9HA 2ZQBA 5KGWA 4OPJA 3SJJA 2OZSA 2IS3A 4CJEA 4CE9A 3BDPA 4UQGA 3OJUA 3SZ2A 1VSJA 2Z1HA 5EU7A 5HP1A 1CXUA 4E89A 1NK6A 1JKHA 1U04A 2D0AA 1O1WA 1JL1A 1QS4A 4E1NA 4FM0A 3VQ8A 4J2EA 3VQEA 2E6LA 3SNNA 1CZ9A 1ASVA 4CCHA 4H8KA 4CERA 1W0HA 3AO4A 4DTJA 2P51A 3ALYA 2IDOA 3AO1A 2LSNA 3NF8A 3WNFA 4DTOA 3V81A 4IG3A 3KJVA 1NK9A 1XI1A 4FJ8A 3PUFA 5J1EA 2HMIA 4OJRA 3B6OA 1XHZA 2ZE2A 5HRSA 3CYMA 1EP4A 3VQCA 1RT7A 3RR8A 2YHBA 3AA3A 3SCXA 4DWIA 4FJ7A 1S1VA 1LAVA 5J2QA 4B8AB 4CGDA 1C1AA 3KK2A 4M3UA 1JLAA 2X6SA 4E7IA 3DRSA 4CEDA 1QSYA 4O0JA 3WNEA 2BANA 4CHQA 3TANA 1YTAA 1TGOA 4R5PA 3LPTA 3P83D 4EZ6A 1VSEA 3DLEA 2KFZA 4KFBA 2HNDA 3KKRA 4DSKA 2YV0X 2XO7A 4CJTA 2QKBA 3V4IA 2OA8A 1L3TA 1BGXT 4KAZA 3OYIA 1T8EA 4AHSA 4GMJB 4DSFA 2HNYA 4KV8A 3CFOA 1VRUA 3VA0A 5HBMA 2E4LA 1TK8A 1TVRA 3O3GA 3SI6A 3HP6A 3ZSQA 4KHQA 3QEPA 3MAQA 4CHYA 1VRTA 4FW2A 3QEWA 4B9UA 4W5NA 3TAPA 5FROA 4DS5A 1JLGA 3SYZA 4C8KA 4CFCA 1WSHA 4FCYA 3VQPA 1IKYA 4CHPA 3C94A 1J9AA 3OYKA 1IG9A 3HPHA 3P1GA 1KCFA 3L2VA 2G8FA 1WN7A 4HHTA 4DSJA 4CGGA 3L2QA 3S3OA 2VWKA 1B9FA 4FK0A 4J2BA 3MEDA 3DYAA 3VA3A 5JS1A 4IDKA 3SPZA 4FLUA 3NHGA 3BGRA 4KRFA 4B08A 4Z4GA 4CGHA 4CFAA 5DMRA 2QK9A 1BCMA 1DTTA 3F9KA 4WE1A 3DLHA 3LP2A 3K2PA 1WLJA 1JXBA 4H4OA 3JYTA 3I0SA 2FBYA 3HPOA 5C42A 2E6MA 2O4GA 3LP1A 4BDZA 1NK5A 4K8XA 4KHSA 3M8RA 1TK5A 4FJKA 1SL0A 4FXDA 3B6PA 4CK1A 4W5TA 1GOCA 1RBVA 4M3RA 1BQMA 4ZTFA 2KQ2A 4O44A 4DTNA 2G8IA 4IFYA 4LY7A 2AJQA 2RN2A 3DLBA 4DTSA 3OYBA 3CM6A 3L2WA 4DSLA 4FJLA 1VSFA 4DU1A 4DFKA 3IG1A 1HNVA 1RNHA 4KO0A 3QETA 4KTQA 3L2RA 3S9HA 1LW0A 4DF4A 4AHTA 2RKIA 3NAEA 1TKXA 4DQQA 1N5YA 1ZBHA 1RT3A 3HVRA 1VSMA 1U48A 2PYLA 4FM1A 2XY7A 3SUNA 3ZSRA 1WSJA 2FC0A 4FLVA 2JLEA 4M41A 1L3SA 3LZIA 3E01A 2WOMA 4CK2A 4CEBA 4XIUA 4HTUA 1YTUA 1RCHA 3NGYA 3QESA 4O5BA 4AHCA 2BE2A 1SKWA 4OPKA 1RILA 4FK4A 4CFBA 4HUEA 2X74A 4M3XA 1BCOA 3IRXA 4AHRA 4Z4EA 1TAUA 1S5JA 4JRQA 3T3FA 1RBTA 3V1RA 4JS4A 3PX4A 3VN5A 1KSPA 3VQAA 1B9DA 3ULDA 1KRPA 3KKSA 3QIPA 4CJVA 2YKMA 4KI4A 5J2MA 4BWJA 2F96A 4M3TA 4B9TA 1Z25A 3DLGA 3QEXA 2HW3A 3AA5X 3KTQA 3NGZA 3OS2A 3WNHA 4FJ9A 3KLEA 1KFDA 2Z1GA 2P5OA 2DFFA 3ZSYA 4N41A 1SUQA 2YNFA 2PZSA 3VQ5A 2HHUA 3RMDA 4YFUA 4CIGA 1RT2A 2VWJA 1ITGA 1VK0A 3AVIA 4QAGA 3NH0A 4E0DA 1SL2A 2KFNA 4L8RB 4CF1A 3SQ4A 1ASUA 1VSDA 3LWMA 2O4IA 1EX4A 1RBSA 1KVAA 5HRRA 3K59A 3S3NA 3NF9A 1GOBA 1RT6A 3DOLA 4O4GA 2X6NA 3K5NA 3NGIA 4G1QA 3TAEA 2DFHA 4EP4A 1SKSA 3OYDA 1IKXA 4B9NA 4BDPA 4NCBA 4M3ZA 3ZCMA 2B5JA 4KHYA 4OLAA 3AVJA 3RMBA 3TI0A 3AVNA 3LANA 1A5XA 4MQ3A 2HHQA 1JL2A 3RMAA 3DRRA 2FBXA 2YKNA 2KTQA 5KRSA 1L3UA 3HO1A 1VSIA 5JS2A 3DOKA 3KD1E 3CFPA 1S1UA 4JS5A 5CZ1A 2VG7A 1BHLA 4DTMA 4FJHA 4TSXA 3K5MA 3AVFA 3G0ZA 3ZT2A 4CECA 4FJNA 3O3HA 3OYHA 3OJSA 4ELTA 4IKFA 4KKOA 3AA4A 3K57A 4DQSA 1X9WA 1T05A 3IAYA 3ZT1A 2W42A 1WSGA 2IGIA 4NCGA 4C8MA 3KLFA 3DMJA 4Y1DA 3QEIA 1NKCA 2G8HA 1C0MA 3QO9A 1BIZA 3ZSWA 1QQCA 3LP3A 1CXQA 3HYFA 1HYSA 4Q0BA 4CJ3A 4W5QA 1VSLA 3U3GA 2RPIA 4CEZA 4C8NA 4LH4A 4JRPA 4DU4A 3LZJA 1WSEA 4QOZB 3K5OA 1S9GA 1UWBA 4JLHA 4E1MA 3PV8A 1NK8A 4DQPA 3QINA 2WONA 4CF8A 4CIEA 5KI6A 3VQBA 5SZTA 4CEFA 5KGXA 3LWLA 4FM2A 4NYFA 1TV6A 4CJSA 4CJWA 1KTQA 5C24A 4DMNA 3HT3A 5DK5A 1TKDA 3U3YA 1QTMA 4C8OA 4O55A 4PY5A 4Z4HA 1IO2A 2GV9A 3A2FA 3AVCA 2NUBA 3C6UA 3V1OA 1KFSA 4KB1A 5FRNA 2HHXA 1Q9XA 3NF7A 3OS0A 4LSLA 5D3GA 1IH7A 1S6PA 4FW1A 2Q3SA 1VSKA 2ZD1A 5K14A 4Q5VA 3OYMA 4N76A 1YT3A 1TK0A 2JGUA 1HQEA 3CQ8A 2EHGA 4DFMA 1NKEA 4RW8A 1ZBUA 3AVMA 2OPRA 4LD0A 3OYCA 3QNNA 1D8YA 3V9UA 4CJRA 5KRTA 1NKBA 1A5VA 3AVGA 4ID5A 3O4QA 3AO5A 4M45A 3RTVA 3DI6A 1J54A 4GVMA 3LDSA 3LAKA 4DTXA 1KVCA 3AA2A 5FDLA 3ZT3A 4AHUA 1X1PA 1LW2A 4OVLA 4KPYA 4CF2A 2HHWA 4B9VA 1SL1A 1U4BA 3KD5E 4M42A 3NF6A 4BE0A 3K5LA 1CLQA 2RF2A 4DQRA 3AV9A 2DFEA 4M3WA 2Z1IA 1WNSA 1LWCA 2DTUA 3HK2A 3P5JA 2ITGA 1TKTA 3LAMA 3G10A 4N47A 4DLEA 4ID1A 1U49A 1SV5A 2EX3A 3ZT0A 3I8DA 1JLCA 4CEEA 4CHNA 1UA0A 1BISA 2PYJA 1U45A 4FZYA 1RBUA 3SV4A 3M8PA 4ZHRA 3DLRA 4CGIA 1JLBA 3MEEA 1RBRA 4FJ5A 3NH1A 3EZ5A 1BIUA 2OPPA 4RW7A 4BWMA 3VQ6A 4BDYA 1EETA 3V9SA 3CG7A 3TARA 1L3VA 4O0IA 4DSIA 3LPUA 3JSMA 3MXMA 5HRPA 1IKVA 3AVKA 4Z0UA 4CJQA 2D5RA 4EP5A 1RTJA 2GBZA 2D0BA 3THVA 4FZXC 1I39A 1I3AA 5KTQA 3PX0A 4ZTJA 1UOCA 2D0CA 4DFPA 3TAQA 4FJGA 3VQQA 2YNGA 3C95A 3F73A 3I0RA 4YNQA 4F2SA 4J2DA 3RRHA 2Z1JA 5HLFA 1G15A 1T03A 4DTUA 3M8QA 1IKWA 3PO5A 2YNIA 3ITHA 1QE1A 2P5GA 3KK3A 4CK3A 4PA1A 1C1CA 5T7BA 3MEGA 1HYVA 4F2RA 4DF8A 1DLOA 1LWEA 4CJKA 1EXQA 1HNIA 1RTIA 3TR8A 1X9MA 2QXFA 1NOYA 2G8KA 4FJMA 3ZSOA 1A5WA 2FBTA 1D5AA 3O3FA 1BQNA 4OKKA 3WNGA 4FLZA 4LSNA 1ZBFA 3AVAA 5CYMA 4CEOA 4I9QA 2F8SA 2GUIA 4GW6A 1QSLA 2OZMA 1C0TA 3OVNA 3OS1A 3V9XA 2VG5A 1LWFA 3KLHA 3SV3A 1B92A 3EY1A 1U47A 4DS4A 4B9LA 1NK7A 4OLBA 4AH9A 4B3OA 1CZBA 3ZSVA 1TAQA 4DU3A 4CEQA 2HHSA 4B8CA 2G8WA 3FFIA 4Y1CA 1JLQA 5HROA 2OPSA 4F8RA 4OGCA 4FVMA 1QHTA 3LALA 4BE1A 4K8ZA 4E3SA 1RT5A 3V1QA 3RR7A 3PY8A 4NYNA 3NH2A 1SKRA 4I2QA 3PO4A 4KHWA 1S9EA 4FJIA 2XRIA 1F21A 1NJYA 4F3TA 1DTQA 1MU2A 2B6AA 4N56A 1JLEA 2HHVA 3KLGA 3RRGA 4MFBA 4CJLA 4CJPA 4E19A 3MXJA 4OKEA 3DRPA 4CJ4A 3HJFA 1XWLA 4N5SA 2XY6A 2OPQA 1ZYQA 1RT4A 2XY5A 3RMCA 1UAXA 1QSSA 4CIFA 1RDCA 3U6FA 1L5UA 2OYQA 5I3UA 1Y97A 3CM5A 4CF0A 2FBVA 5CY4A 3AO3A 4E7HA 1KLNA 2HVHA 4ICLA 3TABA 2HB5A 4CGJA 3V9ZA 1R0AA 4ELVA 3QNOA 2Y1JA 1TL1A 1HJRA 4OKJA 3V6DA 1WAJA 4KREA 4F3OA 2BGGA 4CF9A 3OYAA 3SQ2A 4ELUA 1LAWA 3NBPA 1C6VA 4KHUA 3L2UA 3D45A 3KK1A 5J2PA 3TWHA 4HUFA 3ISNC 2R7YA 3KLIA 1J5OA 1GOAA 3HVTA 4Z4CA 3OYFA 1BI4A 3M8SA 4CGFA 3OYLA 3MECA 3TAGA 1BL3A 5E41A 4FJXA 1RTDA 1NOZA 4CEAA 1K6YA 1KLMA 4B9SA 1C0UA 3LP0A 1TKZA 4CJUA 2XY8A 3IS9A 3OYGA 2HVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PL7A 5SWMA 3ZSZA 4AHVA 4JK9A 2Q36A 2HBMA 4AILC 3A5MC 1K9MO 2Y1IA 1FK9A 5FRMA 2A1SA 3ZX3A 5CZ2A 1YHQN 4HCBA 3CQXA 4CD3A 4HVJA 1RT1A 4NCAA 4B3SK 3H3NO 4CESA 1RDDA 1SS6A 1BG3A 1XMOK 3THXB 1GLCG 4FLTA 3KK7A 1HRHA 3EYZA 2DTUA 3OYNA 4PWDA 4AF1A 3VQ9A 3THWB 3RWUA 3QFPA 3TAFA 1VQON 3OYJA 3L8BA 1NJXA 1C1BA 3QLHA 1FKPA 2F7TA 3JS6A 3JAMO 3HTVA 3L3UA 2KZZA 3ZEUA 3RSEB 3AVLA 4JYAK 1NGJA 2A40A 4FYDA 4EZ9A 1RGIA 3CPEA 5GAEP 1YXQA 3OY9A 2NRVA 1W97L 5F1XA 3VTHA 2BDPA 1ZBIA 3AO2A 1Q9YA 4W5RA 2IC3A 1BDGA 2UUAK 4J2AA 3NE6A 2I5JA 3VQ7A 5E84A 1NGCA 4RW6A 2HNZA 5BR9A 2PY5A 3ASMA 1D9FA 3PSIA 4IDHA 2YNHA 3N4QA 1N6QA 3HPGA 1X9SA 4JKEA 3LM2A 4W5OA 3DLKA 4DR6K 4IOAL 1WBBA 4C8LA 5EOYA 3ZX2A 4LF4K 3VQ4A 5M1NA 3THWA 5I42A 2IIRA 3CCRN 4X65K 3CCJN 1W9HA 2ZQBA 5KGWA 4PKHA 4CJEA 1VHXA 3SZ2A 1VSJA 2Z1HA 3ENHA 4A2AA 1NK6A 5AQWA 4CZJA 4E89A 1YJ9N 1U04A 1YUWA 4FSVA 4IZ9A 3VQ8A 5EXWA 3O1BA 3DXKA 1YVNA 4JKDA 4H8KA 3M1FA 3H1QA 3AO1A 3NF8A 4WQ5C 2UXCK 4FJ8A 4DV1K 2HMIA 5J1EA 3ATVA 4OJRA 4ILJA 1IBMK 3VQCA 4FJ7A 1S1VA 1LAVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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