2O4GA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 70
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4gA01
5KRTA 4F8RA 1U47A 1F21A 4RG8A 4HUGA 1HNIA 4DFKA 4Y1DA 4DSKA 4NCAA 3RTVA 3VQ4A 3L2UA 2OA8A 3NGYA 5SZTA 1QSLA 4B9UA 4QCLA 1IG9A 4DSFA 2KZMA 5FDLA 4CJFA 1VSFA 1KFSA 3AO2A 4C8NA 3TAGA 3V9ZA 1RCHA 4Q0BA 2W42A 3RR7A 3QO9A 2YNIA 1EP4A 3CFOA 4B8CA 1RBSA 4KO0A 3KLEA 1NJWA 2G8WA 4KHYA 4FW1A 1YT3A 3LWLA 2G8VA 2BGGA 3I0SA 2KW4A 4YFUA 3O3FA 3SUNA 3AVAA 2D5RA 2YNGA 3ZSVA 3EY1A 3VQEA 4CIEA 4CJSA 4B9NA 4M3ZA 2I5JA 4FM1A 2OYQA 3FFIA 4PY5A 3HVTA 1JLAA 2P5OA 2B6AA 2PYLA 3OYLA 3AO4A 4B9LA 1RILA 1CXQA 2XY6A 3NF8A 2FBXA 1WAJA 1L3SA 4CF2A 3OS0A 4KB0A 4Z4GA 3LP0A 1JXEA 3CFPA 3SQ4A 4BDPA 4M42A 3IG1A 1C0MA 1J54A 4CEOA 1WN7A 3VA0A 1NK0A 1J5OA 4KHUA 3ZSRA 4DQRA 2DTUA 1ZBIA 1S9EA 3CM6A 1X1PA 4OJRA 4CJWA 5J1EA 2DY4A 3KD5E 4CJRA 3HVRA 2OPRA 1X9MA 2HHUA 4DU1A 3OYAA 3MXMA 2ETJA 4CHZA 1BIZA 4W5TA 4DSEA 4OKJA 3K57A 5HP1A 4HUFA 1TAUA 4TSXA 3DLRA 4M45A 4PA1A 1X9SA 4EZ6A 2RF2A 3QIOA 4CFBA 2Y1IA 3NF6A 2ITGA 4CHYA 4DFMA 1TKTA 1LWEA 3AVKA 4LH5A 1EKEA 2HMIA 2KTQA 3NH0A 1B9FA 4IKFA 4F2RA 3DM2A 4G1QA 1VSDA 4I9LA 1BCMA 4FJ8A 4E1MA 4PQUA 3HXMA 3WNFA 3WNHA 1WSGA 3LP1A 4HUEA 3DOLA 4DSLA 4AH9A 3V9UA 4W5OA 4FJ5A 4FK2A 3SUOA 3WNEA 4YNQA 3L3UA 3AO3A 3HO1A 4O0IA 4LH4A 4CJ4A 3QEVA 4K8XA 2IOCA 4CGDA 3AVJA 4RW9A 3KLGA 1RDDA 2OPQA 3DYAA 5DMRA 3VQQA 4JRQA 4H8KA 3QERA 1WNSA 4LSNA 1Q9XA 1Y97A 2IGIA 4JS5A 2QKBA 1JL1A 1RBTA 4DQQA 3L2RA 4FZYA 2KFZA 2FC0A 5HRRA 4I2PA 4CJUA 3DMJA 4Z4HA 2F8SA 1LV5A 4FLYA 1U4BA 3UIQA 4FJIA 1KFDA 4B8AB 1C1BA 4F3OA 1EETA 1J9AA 1VK0A 4CJQA 4ZHRA 1NKBA 1L3VA 4Z4IA 4DSIA 3ZT1A 3T19A 4KB1A 2X6NA 4O4GA 4CGHA 4KREA 2QXFA 1WLJA 5FRMA 3TWHA 2KFNA 4CJKA 4J2EA 3L2QA 4FJHA 2X6SA 1XI1A 4KKOA 4OLBA 4E7HA 1SKSA 2KZZA 1SKWA 2VG5A 3MAQA 2ZE2A 3ZSXA 4OPJA 3O3GA 4Q5VA 4R5PA 4DTUA 3OJUA 3RMDA 2GUIA 4DSJA 1JLFA 4LY7A 3HPOA 3M8QA 2F8TA 3OYNA 1IKXA 2G8FA 2Q3SA 4CEAA 5HBMA 1S6PA 1D9DA 1VSIA 4HTUA 4CIFA 1IKVA 4L8RB 3SQ0A 1TAQA 3LANA 2G8HA 3VQCA 3NFAA 3O4NA 2P51A 1LW2A 1RDCA 3NGIA 3MXJA 4B08A 3KK3A 3KK2A 2YHBA 4OPKA 3SZ2A 2IS3A 1ASVA 2Z1JA 4O44A 1W9HA 1RTDA 3K58A 4DLEA 2FBYA 1TK8A 1BISA 4OKEA 2HHTA 5HRPA 1U48A 4ID1A 3DRRA 4KFBA 1SV5A 4O0JA 4CEQA 3SNNA 4FJNA 2JLEA 4KV8A 4N56A 3K5OA 3O4QA 1B9DA 4M41A 4B9VA 4F3TA 3VQDA 5HROA 1S1TA 4BDZA 2P1JA 1G15A 1LAWA 1LW0A 3HP9A 3C94A 3VQBA 3K5LA 2HHXA 3VQPA 1YTAA 1BGXT 4KAZA 3ZSYA 4E19A 3P1GA 1A5WA 3TR8A 3V9WA 4FK0A 3DLBA 1QHTA 4BE0A 2X74A 1HQUA 3C6UA 5CZ2A 1RBRA 1ZBUA 4DS4A 3OYBA 5C25A 5JS2A 5T7BA 3KK1A 4DTXA 4AILC 3F9KA 3KLIA 3OYGA 4CEZA 3TARA 1X9WA 3PO5A 1KVCA 4CHPA 4CHNA 2BE2A 4BWMA 4CHQA 4E7JA 5J2NA 4CCHA 4CGJA 3SYZA 4J2BA 2G8KA 2PZSA 4DS5A 4N5SA 3PX6A 3G10A 4FJMA 4CF0A 4I9QA 2HHSA 4FJJA 1WSIA 3AVIA 4CJEA 3SPYA 3LPTA 3ZT3A 1R0AA 3QNNA 4FZXC 3SV4A 3LP2A 3NBPA 3TAMA 3OS1A 4KPYA 1HNVA 3QEIA 4ELTA 1CZBA 2FBTA 4B3OA 2HHQA 2XY5A 2VWKA 3TAQA 1KTQA 4DTOA 4WE1A 3S3NA 3WNGA 3A2FA 4CF8A 3QIPA 3NGZA 4DU4A 1LWFA 4NCGA 3AVBA 4CK3A 4DTNA 1VSKA 3AVMA 4AHVA 3VA3A 1GOCA 3CYMA 3VQ6A 4Z4CA 4BE2A 1L3TA 2Y1JA 3AVGA 1VSLA 4OKKA 3QETA 3NH1A 1HYZA 4CF9A 4FJ7A 1UWBA 3LAKA 4AHRA 1ZYQA 1S9GA 3AA5X 4CGFA 3KTQA 5DK5A 3G0ZA 4HCBA 3D45A 4KHNA 3V1RA 1WSEA 1DLOA 4DTJA 3TABA 4C8OA 4NYNA 4Y1CA 1D9FA 1EXQA 2VWJA 4KI4A 1TV6A 1XHXA 1BI4B 4ELVA 2ZQBA 3T1AA 1N6QA 1VSMA 3P5JA 3NH2A 3NDKA 1BI4A 3CQ8A 4CEBA 3NCIA 2WONA 3QNOA 3DRPA 5C24A 1XHZA 2OZMA 1T8EA 1QE1A 1T03A 1S1VA 4FLVA 3S3MA 3ISNC 1UA1A 2F96A 1TK5A 4CFCA 1QSSA 1WSHA 4QOZB 3ZT0A 1QS4A 1SUQA 3D0PA 1KVBA 3OYKA 1RDBA 1NK4A 4AHCA 1GOBA 1L3UA 4I7FA 5CY4A 4M3TA 1C6VA 3VQ9A 1JLGA 1JLQA 3ZT4A 4DQIA 3TANA 4CHOA 4FVMA 2XHBA 3ULDA 4EZ9A 2E4LA 2R7YA 1JL2A 3TI0A 1JXBA 3MXIA 3OJSA 4BE1A 1NOYA 4DTPA 4KRFA 4F4KA 1ITGA 3OYDA 1J53A 3RRHA 1NKEA 1SKRA 4BWJA 4CGGA 4FZZA 3RR8A 3KD1E 4MQ3A 4C8MA 3KLFA 2B4JA 4CK1A 4DMNA 3IS9A 3HT3A 3SCXA 1HPZA 2HVHA 4KTZA 4DQSA 4FJKA 4CEDA 2A1SA 4IFVA 4M3WA 3MEGA 3SV3A 2Z1GA 2RKIA 3EZ5A 1A5XA 4FYDA 1NJZA 4FLXA 4Z0UA 4DU3A 3PV8A 4PWDA 2GV9A 3EYZA 4N76A 5KTQA 3ASMA 5JS1A 1C0UA 4GW6A 3M8RA 4JS4A 2VG7A 3QEWA 3OY9A 4FXDA 3THVA 5KI6A 1D8YA 4C8KA 1FXXA 1RT4A 4J2AA 3SUQA 1HMVA 1VSHA 3VN5A 1IKYA 1UAXA 1K6YA 3AVLA 3LP3A 2ATQA 4KTWA 3ZT2A 2LSNA 4DTRA 1NKCA 1VRUA 1NOZA 1GOAA 2HNDA 1B92A 1BHLA 2ZD1A 3V1OA 3PX4A 1KRPA 4C8LA 2HHWA 3HP6A 2PY5A 4EP4A 4KI6A 2DFHA 2RPIA 1JLCA 1S1UA 3CG7A 4NYFA 4FW2A 4CJPA 3OYCA 3NHGA 3T3FA 3AA3A 3QEXA 4FLWA 3DOKA 2G8UA 1TGOA 4E7LA 3MEDA 1SL0A 1NJXA 1ZBLA 3E01A 3C95A 3OYHA 3NAEA 2O4GA 3MEEA 3DLEA 1FK9A 1VSJA 3S3OA 2OZSA 3PO4A 4OVLA 4F2SA 1RTJA 3U3GA 4Z4EA 3VQ7A 4W5RA 4CESA 3V4IA 3CFRA 1SL1A 3OYJA 4M3XA 1QQCA 1U49A 4ZTJA 4DFPA 2QK9A 4AHTA 3ZSQA 1RDAA 3S9HA 4N41A 1UOCA 1ZBFA 2YKNA 1RT7A 4ELUA 3KKRA 5J2MA 1WSFA 3PX0A 2A1RA 3BGRA 1EX4A 4O5BA 3H08A 3HPGA 1QSYA 3HPHA 3ZSWA 2NUBA 3L2VA 3HK2A 1RTHA 2RN2A 1RT5A 3MECA 3AA4A 3L3VA 3LWMA 3SJJA 5K14A 4CJTA 3QESA 3AVFA 4ZTFA 3P83D 2EX3A 2YNFA 3DLKA 3ITHA 1CXUA 4IBNA 1U45A 1BL3A 3SI6A 1NK9A 1L5UA 4M3UA 4CGIA 2D0BA 4N47A 4CIGA 1XC9A 4B9MA 3KLHA 3LDSA 1BCOA 3VQ5A 1O1WA 1KVAA 2EHGA 1MU2A 2IAJA 2HVIA 1KCFA 2KQ2A 1I39A 2HHVA 1REVA 2JGUA 1TL3A 3QINA 4RW4A 3VQAA 3U6FA 1RBUA 1Z26A 3ALYA 2OPPA 2IDOA 1IKWA 1VRTA 5KRSA 3JYTA 3K5NA 4K8ZA 1S1WA 1D5AA 5C42A 3LPUA 4ICLA 4HCCA 2D0AA 3AA2A 1HYVA 3C6TA 2YV0X 1IO2A 2D0CA 1BIUA 4E89A 4BDYA 4J2DA 4W5QA 2E6LA 1KLNA 4CJLA 4PUOA 4M3YA 1HJRA 3DRSA 3TAFA 3DI6A 3V9SA 2QKKA 3ZCMA 1HYSA 4KTQA 1HQEA 3K2PA 2Z1IA 4CFAA 4GVMA 3K59A 4FM0A 4JLHA 2FBVA 5SWMA 3V81A 3U3YA 4DF8A 2XRIA 4KHQA 4H4OA 1C1CA 3AO5A 3HYFA 4CF1A 2YNHA 2VG6A 2Z1HA 4FM2A 1RT3A 2B5JA 4HVJA 2YHAA 1WAFA 4AHSA 3RMCA 4RW6A 4FLUA 3V6DA 1Q9YA 5I3UA 3RWUA 3HJFA 4M3RA 1C0TA 3QLHA 1RTIA 5CYMA 4E7IA 1RBVA 4DFJA 4E0DA 4CJVA 3OS2A 3TAEA 4FJLA 5FRNA 1TL1A 1BQNA 1LAVA 2XY7A 4FK4A 5FROA 3RMBA 3LZIA 1BQMA 3PUFA 1A5VA 3OYIA 1NJYA 2AJQA 3HL8A 1ASWA 1S5JA 4DTSA 1TKDA 1JLBA 3CM5A 3OYFA 4DF4A 1U04A 3IRXA 1T05A 4B9SA 2G8IA 3NE6A 3BDPA 4B9TA 1W0HA 3HM9A 5E41A 1FKPA 4NCBA 2P5GA 4DG1A 4CFDA 4QAGA 4CEFA 3F73A 3O3HA 1KSPA 4IG3A 4FLTA 4O55A 3B6PA 4BACA 3NF9A 4DLGA 2XO7A 2XY8A 4OGCA 4KHSA 4HHTA 2O4IA 4JRPA 3SQ2A 2PYJA 1Q8IA 3ZSOA 3KJVA 4FJ9A 5HRNA 3RMAA 1CLQA 1NK8A 3AVHA 1ZBHA 4E1NA 4DWIA 4RW7A 4DTMA 1QTMA 2X78A 4CK2A 3QEPA 4FJGA 3V1QA 3V9XA 4UQGA 3ZSZA 1Z25A 3KIOA 3TAPA 2OPSA 4FLZA 4FJXA 4W5NA 1TVRA 2HW3A 2YKMA 4EP5A 3AVNA 4KHWA 1I3AA 1TKZA 3LZJA 1FKOA 1DTTA 1TK0A 1RT2A 4RW8A 2HB5A 5KGXA 4E3SA 4ID5A 3M8PA 4Z4FA 1XWLA 4OLAA 4AHUA 1YTUA 3DLHA 2DFFA 1NK7A 3L2WA 2BDPA 1LWCA 4IG0A 4E7KA 1S1XA 1IH7A 5CZ1A 5J2PA 1UA0A 3SUPA 4LSLA 5HLFA 3IAYA 3AVCA 5J2QA 1NK5A 3SPZA 5CYQA 1T7PA 3KKSA 3AV9A 5KGWA 3I8DA 3B6OA 4GMJB 5EU7A 4CEEA 3JSMA 1CZ9A 3DLGA 4OGEA 4LD0A 1SL2A 3I0RA 1DTQA 1ASUA 1KLMA 3PY8A 1TKXA 2WOMA 1YVUA 4FCYA 1WSJA 2GBZA 4XIUA 3SQ1A 1NK6A 3L8BA 5HRSA 1RT1A 4I2QA 3VQ8A 1S6QA 3K5MA 4DQPA 3OYMA 2E6MA 1JLEA 1JKHA 1RNHA 2HNZA 3HSTB 2IC3A 3LAMA 4H4MA 2BANA 4IFYA 2DFEA 3AO1A 1RT6A 3OVNA 4CERA 3RRGA 4IDKA 3M8SA 1VSEA 3LALA 4CJ3A 4CJ5A 5I42A 5D3GA 4CE9A 4MFBA 1N5YA 2HNYA 4CECA 3NF7A 1C1AA 1HRHA 3OYEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F8RA 2A5XA 4NCAA 2UYTA 5SZTA 1QSLA 4CJFA 3TAGA 1VAZA 1RCHA 2G8WA 3CFOA 4B8CA 1RBSA 3KLEA 4NXMK 5ELZA 4DR7K 2D5RA 3VQEA 4CVNE 4CJSA 3FFIA 2P5OA 3IMXA 4CZHA 2O8DA 4B9LA 3CQXA 2BH1A 2H3GX 3NF8A 4JKAA 4CF2A 3OS0A 2ZJQL 4Z4GA 4BDPA 5AFUA 1BUPA 5JVGL 2HBJA 3BY5A 1X9MA 1BIZA 3DLRA 4DHYA 3ZLJA 2Q2RA 3OBWA 2A6AA 4CFBA 1QQNA 4EZ6A 4O8KA 4C1NK 1LWEA 1OVQA 4MO5A 3DM2A 4G1QA 4FJ8A 2UXCK 4CZMA 3CMEN 4LFAK 3DOLA 5M1QA 2O8BA 3V9UA 1V4SA 4FJ5A 4FK2A 2HOEA 3MN7A 4JKFA 4YNQA 4GVEA 3MCAB 3PSIA 2V7ZA 4YDUA 4JKGB 3HO1A 4O0IA 4LH4A 3QEVA 4K8XA 4CGDA 3E1YA 4JRQA 1VHXA 2HF4A 1ATSA 5AQWA 2JWKA 1WNSA 1GLCG 1K8KA 4JS5A 5LJWA 1RBTA 4DQQA 2FC0A 5HRRA 4I2PA 4Z4HA 5AQGA 1XMQK 2E1YA 1C1BA 1J9AA 4Z4IA 4DSIA 3FFKB 4IO9L 4KB1A 4O4GA 2QXFA 4FJHA 2X6SA 1QVGM 4E7HA 3QB0A 1SKWA 2VG5A 2ZE2A 4Q5VA 1CZAN 2GUIA 1JLFA 3HPOA 4WYBA 1IKXA 3OYNA 5KQ8A 4IOAL 2WTUA 4HTUA 3SQ0A 1TAQA 3R3LA 3VQCA 3NFAA 2P51A 3NGIA 5A2QO 3MN5A 3KK2A 2YHBA 3L4IA 2IVNA 1RTDA 3K58A 2FF3B 1U48A 2UU9K 4B3RK 3T1YK 1SV5A 3O5BA 5AFUH 4CEQA 4FJNA 2JLEA 3J80O 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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