2O4GA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 70
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4gA01
1YTUA 4FYDA 3SV3A 4CGDA 3LP1A 4OKKA 5CZ2A 4DTRA 4N76A 1REVA 2DFEA 5DMRA 3T19A 3M8RA 3VN5A 3SUNA 4OJRA 4OLAA 3TABA 4KTZA 1S1VA 1NK7A 2YKNA 3PV8A 3NF9A 1T8EA 3I0SA 2IGIA 1CXUA 2E4LA 4LD0A 3HL8A 3OYMA 4AHCA 4IFVA 5FDLA 2VWJA 4KHWA 4DQRA 3TAPA 5FRNA 3MXJA 4KAZA 4FLTA 3RMCA 2G8VA 3V9XA 4RW6A 4CE9A 4CHPA 1Q9XA 1VRTA 4YNQA 3CFPA 1GOCA 1VSLA 1TKTA 1UAXA 1D9DA 4B9VA 1TVRA 3HP9A 4RW9A 2YNHA 4DQQA 1FK9A 3LDSA 3KKRA 1KVCA 4DTNA 1IG9A 4CJKA 3KK3A 1KSPA 1WSEA 1S1TA 1IKYA 3LP3A 5FROA 3V1RA 3OYLA 4FM0A 2O4IA 1N6QA 1BHLA 3RMAA 4AHUA 1IKXA 1TAQA 2A1SA 3OYJA 1NJZA 3K57A 1BCMA 3TI0A 3AA5X 3OYEA 4CERA 4RW7A 4DFKA 1RT5A 4N56A 1DTQA 4Z4IA 1W0HA 3KLHA 4E19A 1X9WA 3CFOA 4M41A 1NOZA 2YKMA 4H4MA 3TR8A 4DU4A 4DSIA 3HPOA 1B9FA 2IOCA 3K2PA 3M8SA 2RPIA 4DFPA 1SL1A 1VRUA 3AVJA 4CJWA 1NK5A 2P5OA 3QEWA 4M3TA 3SYZA 1J5OA 3S3MA 2XY7A 2FBTA 3ZSQA 4JRQA 3HPHA 4M42A 3OYIA 4BE2A 3VQ5A 4CECA 4O4GA 3OYBA 3KD5E 4CEFA 1U49A 4PQUA 1NJYA 3LP0A 3SUQA 3HT3A 3V81A 1O1WA 4F8RA 3TWHA 3DOKA 2ATQA 4GVMA 4W5QA 1L3UA 4ID1A 2JLEA 4CJ4A 1WSHA 4CF2A 5K14A 3V6DA 3PX0A 4LSLA 4B9NA 4QOZB 2HMIA 3AA4A 4BE1A 3SUOA 1KLNA 3BDPA 5KRTA 3ZSOA 4B9LA 2X6NA 3OS0A 4Z4GA 3VQ6A 4CIFA 2HHTA 2VWKA 1BI4B 4FJ5A 1U4BA 3SUPA 5J2NA 1RT4A 4IFYA 3ZSWA 4L8RB 2FBXA 3P1GA 1LWFA 1RBTA 1RTJA 5CYQA 4CHZA 1KVBA 2R7YA 1L5UA 4BDPA 3LWMA 3F73A 4KB1A 1S9EA 1HQUA 2Q3SA 3U6FA 3KD1E 4KB0A 2ETJA 1QE1A 4PWDA 3L2VA 1J53A 4TSXA 4DTXA 3NGYA 4H4OA 4CEOA 3C95A 3HSTB 5SZTA 5J2MA 3DRSA 4CJ3A 1NJXA 4J2EA 4OPJA 3QIPA 3HM9A 4FVMA 3UIQA 4E7HA 1JLCA 4Z4FA 1VSEA 2DTUA 1LW2A 1WAFA 4HUFA 1U48A 1DTTA 2Z1GA 2FC0A 2GUIA 4KREA 3SI6A 2HVHA 1ASWA 2ITGA 3KTQA 4OKEA 4BACA 3AO3A 4ICLA 3ULDA 4HTUA 1TKDA 5HP1A 2XY5A 4RG8A 3ZT0A 4O0IA 1RT3A 4DLGA 5KRSA 3QESA 3VQBA 2I5JA 3AA2A 3E01A 5KGXA 3NH0A 3LZIA 3QEPA 1S6PA 4FK0A 3I8DA 4O55A 4KHYA 4KHSA 4UQGA 1TKXA 4FJHA 4IDKA 2F96A 2RKIA 3LAKA 2HB5A 4DU1A 3QEVA 4CF0A 4KI4A 4BWJA 4FZYA 1JL2A 3QEXA 4G1QA 1MU2A 4CESA 4EP5A 1TL1A 2WOMA 3NDKA 2Y1IA 4LY7A 4F4KA 4FM1A 3A2FA 4JRPA 4FJ8A 1IH7A 4KTQA 4F2RA 3C6TA 1Z25A 4KKOA 1T05A 3MXMA 3RMBA 3HK2A 1G15A 3NBPA 2YNGA 4CIGA 4B9TA 3V4IA 3AVMA 4C8NA 3NHGA 3FFIA 1RDAA 3V9SA 4AILC 4BE0A 4PY5A 1DLOA 4FJKA 1S1WA 2IS3A 2HHWA 1RBUA 1W9HA 3B6OA 3S9HA 1CZ9A 3OYGA 2HHSA 2PYLA 1YVUA 4KHNA 2HHUA 4CGGA 2E6MA 4DF4A 1LAVA 1WSGA 3VQEA 5HRNA 1VSIA 5KGWA 3NH1A 4CJPA 1C0TA 4CJQA 1ZYQA 3RWUA 3NH2A 4ELVA 4C8OA 3AO2A 4R5PA 4FCYA 1IKVA 4C8KA 2QKBA 2QXFA 1HPZA 3DM2A 3THVA 2YV0X 3LZJA 1NOYA 4JS4A 4M3UA 1VSKA 3HP6A 3AVNA 1BGXT 3OYNA 3DLRA 3KLGA 3V1QA 4J2AA 2PYJA 4OLBA 4EP4A 3JSMA 1I3AA 1Q9YA 2G8KA 2OPRA 4CJSA 3OJUA 3K5OA 4DS5A 3SPZA 4DLEA 4DWIA 3B6PA 4DG1A 1S1XA 3EZ5A 1R0AA 2XRIA 3L2RA 2HNZA 4B9UA 2XY6A 1WLJA 3K59A 3P5JA 4CGFA 5KTQA 4O5BA 1B9DA 3PUFA 1KFSA 2OPSA 4O0JA 2FBVA 4CJEA 3D0PA 3BGRA 3DLBA 4CGHA 4KFBA 1TAUA 3TAEA 4E1NA 1YT3A 1BL3A 4FLVA 4W5RA 4FZXC 4CJLA 1CZBA 3M8PA 1HYVA 1ZBFA 3H08A 3SQ2A 4AHVA 4Z4CA 1NK4A 3RRGA 1EX4A 1SKRA 4M3WA 4B8CA 4KV8A 3AVCA 4ID5A 2Z1JA 1HMVA 1SUQA 1CXQA 5HLFA 4ZTJA 1RBRA 3ZSZA 1C0MA 1S1UA 3TAMA 2G8UA 2G8IA 3NFAA 4CEEA 2Y1JA 3ZSYA 3HYFA 2QKKA 4M45A 3DLKA 4Z4HA 4DTUA 4IKFA 4DSEA 1WSIA 4M3XA 3SQ1A 1A5WA 5DK5A 4CHOA 4FXDA 1WNSA 1NK9A 4CEQA 3C6UA 3SQ4A 3ZT1A 1JKHA 4FJGA 4YFUA 2ZQBA 3OYDA 1N5YA 5JS1A 4E7IA 3G0ZA 4C8MA 2RF2A 3U3YA 4ZTFA 1HNIA 3V1OA 3ZT4A 3VQ4A 1RTDA 4N47A 3VQDA 4DSKA 1UOCA 3DLEA 4KHQA 1VSDA 3D45A 1XHZA 4CGJA 3LAMA 1KLMA 3CYMA 3AV9A 4I7FA 3HJFA 3ZT2A 4NYFA 3NF8A 5JS2A 3MEEA 3VQQA 1L3VA 3AO1A 3HPGA 4IBNA 3T3FA 4CF1A 2G8WA 3QINA 2X78A 4QAGA 5CYMA 3AO4A 4DTMA 1VSMA 3L8BA 3CG7A 4KHUA 4RW4A 3AVKA 1XWLA 4AHSA 3L3UA 3QIOA 3CFRA 5I42A 2G8HA 3IS9A 4F3OA 3VQAA 2O4GA 4DF8A 4IG3A 3P83D 4CIEA 1VSFA 1U45A 3OS2A 1L3SA 1SL0A 4JS5A 4IG0A 1KRPA 4J2BA 1QQCA 4J2DA 4M3YA 5FRMA 1Y97A 3U3GA 3NAEA 2OZSA 2VG6A 1HYZA 4MQ3A 3OYAA 2F8TA 4DS4A 3RRHA 4CK1A 4PUOA 1RT7A 3QO9A 1RDDA 1FKOA 3QERA 4B8AB 2HHQA 1EKEA 4FJMA 1C6VA 3CQ8A 3AVBA 5SWMA 4CEAA 2BGGA 2XO7A 1SV5A 1NK0A 3L2QA 4I9QA 3DRRA 3O4NA 4DTOA 1B92A 3KLFA 3VQCA 4FW2A 3ASMA 4ZHRA 1Q8IA 3LP2A 4N5SA 4B9MA 4Q5VA 4K8ZA 2DFFA 4JLHA 4AHRA 4CF9A 1EETA 2HW3A 4B3OA 4Z0UA 4FK2A 3AVAA 2D0BA 2OPQA 2KTQA 2D0AA 1A5XA 2OPPA 3AVIA 2KW4A 1RBVA 5J2PA 2A1RA 1QSYA 1U47A 3OVNA 1UWBA 3PX6A 3MXIA 4CJUA 4FJLA 3NGIA 4I2QA 4E7KA 4DSFA 2PY5A 4F3TA 3HVTA 1C0UA 1ZBUA 3NF6A 3WNFA 4B08A 1BISA 1QSSA 1NK6A 1IKWA 4FLUA 1FKPA 2WONA 5E41A 3RMDA 2VG5A 4E7JA 3OYKA 4DFMA 1UA0A 1BCOA 2HNDA 1HJRA 3ALYA 1IO2A 1D9FA 4ELTA 2PZSA 3TANA 1VK0A 1GOAA 3ISNC 3L2WA 4E1MA 1TV6A 3TARA 3V9UA 3LALA 5C42A 1RT6A 2HHXA 1WAJA 1D8YA 4DSLA 3EY1A 4FJXA 1WN7A 4Q0BA 1J54A 1NJWA 4CFCA 3NE6A 1T03A 3QLHA 3ZSRA 4GW6A 3MAQA 3V9WA 1YTAA 1SKWA 1ZBHA 3VQ7A 1F21A 4E89A 3LPTA 4CFBA 5J2QA 5HRSA 3DMJA 2BDPA 2LSNA 3DI6A 3TAQA 1QTMA 4OPKA 4CHYA 1NK8A 3PO5A 2KZZA 5HBMA 1I39A 2X6SA 2YNIA 4C8LA 4CK2A 4FJ9A 3TAFA 2DFHA 1JLBA 4I2PA 1X9MA 4QCLA 3IRXA 3OJSA 4NCBA 3VQ8A 3VQPA 3ITHA 3QEIA 1CLQA 3WNHA 2YHAA 1KFDA 4RW8A 5J1EA 4B9SA 4HCBA 1EXQA 2RN2A 4FZZA 3ZCMA 3K5LA 3T1AA 1ZBIA 1GOBA 2XY8A 4DTPA 3TAGA 1RTHA 2DY4A 3S3OA 3LPUA 3AA3A 4DTJA 1K6YA 2B6AA 1Z26A 3SNNA 1TL3A 1BIUA 4Y1CA 4W5OA 3O3HA 3PX4A 1WSFA 1XHXA 1NKCA 4KRFA 1HYSA 1LWEA 2E6LA 1JLGA 1LAWA 2KFNA 3SZ2A 1TGOA 4BWMA 4CJTA 2HHVA 4FK4A 1RBSA 2IDOA 1JLQA 1RDCA 3DOLA 4HHTA 3VQ9A 3K5MA 2FBYA 3QNOA 2F8SA 3SCXA 1LW0A 1RT2A 2HNYA 1QS4A 4AH9A 3AVGA 1BQMA 2EHGA 3ZSVA 1JLAA 1FXXA 4OGEA 4CF8A 4CHQA 1NKBA 3G10A 3RR8A 4EZ6A 4K8XA 1TK5A 1ASUA 1NKEA 3M8QA 4CFDA 3OS1A 4H8KA 4E3SA 2BANA 2YHBA 3RTVA 1SKSA 4FJNA 3NF7A 2P51A 3AVFA 3PY8A 1J9AA 4DSJA 4NCAA 3HO1A 3KLIA 3DLGA 5HRRA 3WNGA 4OVLA 4CGIA 2IAJA 2Z1IA 3L2UA 5HROA 1ASVA 1QSLA 4CEZA 3QNNA 2IC3A 4CJ5A 3DRPA 2P1JA 4DTSA 4HUGA 4PA1A 4FLZA 1BIZA 4FM2A 2G8FA 4CCHA 2B4JA 3ZT3A 4HCCA 4KPYA 4KO0A 5C24A 4CJVA 4XIUA 5I3UA 3AVHA 3VA0A 3LANA 3ZSXA 1EP4A 3K58A 4KI6A 5D3GA 1UA1A 4N41A 1RDBA 4LH5A 1VSJA 1TK8A 3MECA 3CM5A 3PO4A 2GV9A 4HUEA 4DQPA 3O3GA 3MEGA 4LSNA 1HNVA 3K5NA 2OYQA 4FLYA 1S9GA 1VSHA 2NUBA 3OY9A 3OYCA 1RTIA 2EX3A 3I0RA 3SPYA 4CJFA 4E0DA 4FLWA 4FW1A 3AVLA 3MEDA 3WNEA 1LV5A 4CFAA 3KIOA 3KJVA 3L3VA 4OGCA 3QETA 1L3TA 3KLEA 2VG7A 3CM6A 1KCFA 4KTWA 4I9LA 3DYAA 1RCHA 5CZ1A 4CEBA 4WE1A 3NGZA 2HVIA 2OA8A 1S5JA 3KKSA 2AJQA 4BDZA 1JXEA 5C25A 1X9SA 2KQ2A 3IAYA 1SL2A 2OZMA 1BI4A 4W5NA 1HRHA 2Z1HA 3EYZA 4CJRA 1T7PA 4ELUA 1C1BA 1XC9A 1D5AA 3HVRA 1A5VA 4DU3A 3KK2A 3JYTA 4BDYA 5EU7A 3NCIA 1TK0A 1RILA 1WSJA 2BE2A 4NYNA 4M3RA 4LH4A 4O44A 5HRPA 2KZMA 1X1PA 2D0CA 1JL1A 3SV4A 4DFJA 4EZ9A 5T7BA 5CY4A 2XHBA 1XI1A 2KFZA 3IG1A 3AO5A 1KTQA 4Z4EA 2B5JA 1ZBLA 4FJ7A 4MFBA 2W42A 2YNFA 1JLFA 3OYHA 4CEDA 3SQ0A 4FJIA 2QK9A 3C94A 4AHTA 4FLXA 4M3ZA 4DQIA 5KI6A 1U04A 4DMNA 3LWLA 2ZD1A 4CK3A 1S6QA 4NCGA 1BQNA 2JGUA 3DLHA 4GMJB 1TKZA 3O4QA 3SJJA 1RT1A 1RNHA 1JXBA 2D5RA 4OKJA 4W5TA 3O3FA 3HXMA 1QHTA 1LWCA 2X74A 2ZE2A 1C1CA 3V9ZA 1HQEA 3S3NA 4E7LA 3KK1A 1KVAA 3VA3A 4DQSA 3OYFA 4HVJA 4F2SA 4Y1DA 1ITGA 3RR7A 1JLEA 4CHNA 1C1AA 4FJJA 3F9KA 2GBZA 2P5GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FYDA 2WTUA 2QW9A 2YCHA 3SV3A 4OKKA 4N76A 5GAHP 5C2FA 4BG8A 3TABA 4KTZA 4IOCL 3CCRN 2O8CB 4KHWA 3TAPA 1K9MO 4H03B 4KAZA 5TKYA 4CBWA 2G8VA 4CBUA 1Q9XA 3AGKA 1VRTA 1DEJA 1ATNA 4YNQA 3CFPA 4MLHA 1UAXA 4B9VA 3EL2A 1TVRA 3O1WA 4RW9A 1IG9A 5BRHA 3KK3A 3LP3A 1S1TA 1IKYA 4FM0A 3V1RA 1N6QA 3VEXA 4A2BA 4C23A 5KPTA 3HRGA 1QQNA 1TAQA 3HZ6A 1BCMA 3MX5A 4CERA 4RW7A 4DFKA 4N56A 2E2NA 3DWLA 3CFOA 4DU4A 1NM1A 3M8SA 2QWMA 3QFUA 4DFPA 1OVQA 4M3TA 2HBMA 3OYIA 3OYBA 4CECA 3TTFA 1QVGM 1Z05A 2A3ZA 2A40A 3N4QA 5GAGP 4B9QA 4B1VA 3J8AA 4DV2K 3V6DA 5M1QA 1OVYA 1T6CA 4BE1A 1KLNA 5KRTA 3ZSOA 2P9KA 5J2NA 4MDBA 1LWFA 1RTJA 2NRZA 1L5UA 2FLOA 1SAZA 4PWDA 5C12A 4DTXA 2QWNA 3SAHA 3HSTB 3TTDA 2P9UA 5J2MA 1NJXA 4OPJA 1NGBA 3HM9A 5AFUH 1JLCA 3M1FA 1LW2A 1WAFA 5CE3A 2VQEK 1DTTA 2FC0A 4KREA 3SI6A 2O8FA 2HVHA 2ITGA 4PKIA 4BACA 3ULDA 3BUZB 1TKDA 5HP1A 4DLGA 2OANA 5KGXA 3MWTA 1JCGA 2WC9A 3J7YP 4FK0A 4UQGA 1TKXA 4IDKA 3WXLA 3QEVA 4FZYA 1MU2A 3AY9A 3A2FA 4WF9L 3MCAB 1LCUA 1NGFA 4DR2K 3C6TA 1Z25A 3HK2A 5AFUA 3NBPA 2YHWA 3R6MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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