3V9SA

Crystal structure of rnase t in complex with a product ssdna (aac) with one mg in the active site
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 63
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9sA00
2ZE2A 4AHSA 4GVMA 2GUIA 4PA1A 2PZSA 1QE1A 1K6YA 1BCOA 4JLHA 4CHQA 2QK9A 1TK0A 4OJRA 5FRMA 1U45A 1SL1A 3VA3A 4DFMA 1Z25A 3OYDA 4CFBA 4CHOA 3SPZA 4CFCA 4Q0BA 3B6PA 3THVA 2HVHA 2X6SA 1JLBA 1SKWA 1WSJA 4FYDA 3L3VA 3V9SA 4Z4GA 2P5OA 4DQQA 1ZYQA 2GV9A 4LD0A 3HT3A 4DFJA 3HL8A 3NE6A 4CGGA 3K59A 4DS4A 4RW6A 4KFBA 3NGIA 1WSGA 1KFSA 3C94A 3TAEA 4NCBA 1YVUA 5FDLA 3VQEA 4CK1A 1IKVA 1REVA 2VG7A 3DLRA 3ZT2A 2NUBA 3VQ9A 1S5JA 3NHGA 2OPSA 4DU1A 3TAQA 4FVMA 3NAEA 1XHXA 1KTQA 4GW6A 1TKTA 2G8VA 3VQBA 1LV5A 4KI4A 3KLFA 3QNOA 4HVJA 3D0PA 1HNVA 1HRHA 3CFRA 1JLAA 3DLBA 3NH1A 2HNYA 3O3HA 3NDKA 1W0HA 3P83D 3MECA 4QAGA 3VQ7A 4FJHA 4KPYA 4ZTJA 1QQCA 2DFFA 3LP3A 3NF7A 4F3TA 1Q9YA 3LWMA 1LW2A 1BL3A 3CYMA 2I5JA 4Z4EA 5KGXA 1WSFA 3ULDA 2G8WA 4DSKA 4O4GA 4K8ZA 3C6UA 2ETJA 3VQDA 4E7IA 4CF0A 1I3AA 3K5NA 1NK7A 4NCAA 2Z1JA 3DLKA 3AV9A 5HRRA 4DQSA 4C8LA 1IKWA 4ID5A 1HYVA 1NJZA 4E7JA 1L5UA 4CERA 1BCMA 3OS0A 4K8XA 2XO7A 3KLEA 3QETA 2RF2A 4FK2A 3AA2A 5C25A 3EYZA 3HM9A 3BGRA 4JS4A 3S3NA 3UIQA 3OY9A 3SUOA 2B5JA 2OPQA 4FM0A 3RR7A 3RWUA 4BWMA 4HCBA 2EHGA 2X78A 3AVHA 4CJ4A 3OS1A 4CEQA 4FLTA 4CJFA 4OPKA 3ITHA 4BE2A 4IKFA 1NJWA 4CJRA 1UA0A 1FXXA 3QNNA 1ASWA 2X74A 3L2WA 3RMBA 4J2DA 1S1UA 1VSDA 3HPGA 4DMNA 3HSTB 3KKRA 3OS2A 4O0JA 3PV8A 1UA1A 1LWCA 1XI1A 3TAMA 4KI6A 4FLWA 3SPYA 3RMDA 4FJ8A 3OYLA 4M3RA 3VQ6A 4WE1A 1BIZA 4N76A 1L3SA 3CM6A 4CJTA 4DSIA 1HJRA 4CEDA 3VQAA 3LP0A 4O44A 1F21A 1YTAA 3CG7A 1TVRA 3WNHA 4LSLA 1XHZA 3AVGA 4PUOA 4OLBA 1DLOA 3C95A 4LY7A 3WNFA 4KHWA 2QXFA 2HNZA 1KCFA 4BE1A 3HYFA 1HYSA 2DFHA 3DOLA 3LDSA 5JS2A 1ZBIA 4B9NA 3T19A 3AO5A 4CF1A 1Z26A 2WONA 3KLIA 4CEFA 4B08A 1QSSA 3C6TA 2W42A 3AVNA 3K58A 3O4QA 4PQUA 4B8CA 3OYBA 1BQNA 1GOAA 2B4JA 3LALA 3AA5X 2YHAA 4CJ5A 4N56A 5I42A 4Z0UA 1IKYA 3ZSRA 4E89A 5J1EA 1TV6A 4DU4A 4I9LA 3OYNA 3KTQA 2G8KA 2HHXA 4W5QA 4CESA 1VSFA 4FJGA 4FZYA 1QTMA 4DQIA 4CEBA 2G8IA 1JL1A 4CK2A 4YNQA 3U3YA 1XWLA 2QKBA 1WAJA 4CGHA 1SV5A 4N5SA 1B92A 4E1NA 4HTUA 1TK5A 4OLAA 3ZT0A 3JSMA 3VA0A 1VSJA 1VSIA 1TAQA 1J9AA 1U48A 4EZ6A 1VRTA 3KIOA 3M8SA 2G8HA 3P5JA 3SQ4A 2DTUA 3OVNA 4CGFA 4CFDA 3SQ1A 3NH2A 1ZBUA 3NGZA 4BDYA 4DQRA 1NK4A 3NBPA 4B9MA 1YTUA 1RBRA 2VG5A 3TAFA 4ZHRA 1B9DA 3K57A 3TR8A 3E01A 4KHYA 5C42A 4FJNA 1U04A 3MEDA 2KQ2A 3DM2A 1NK8A 3AVLA 3AVMA 1SKSA 1D9DA 1WNSA 4HUGA 2A1RA 3SV4A 3T1AA 4IG3A 1TKDA 1JLQA 3KK3A 4ELUA 3B6OA 1T05A 1RCHA 4FJJA 3BDPA 4DTUA 2XY5A 4FLYA 2OZMA 4KTZA 3ZCMA 4W5OA 3DOKA 1D8YA 4IFVA 3QIOA 4CJWA 4AHRA 4CHNA 3M8RA 4KRFA 4O55A 3DMJA 2YKMA 4E7HA 3AVIA 1D9FA 3QEPA 2VG6A 4I9QA 1BISA 2Q3SA 4AHVA 1Q8IA 1WSHA 3KD1E 3QEIA 2F96A 1RDCA 3L8BA 3QEVA 5E41A 3V1QA 3QEXA 1ASUA 5DK5A 2P51A 4W5TA 5J2NA 4M3XA 3D45A 4CJ3A 3ZSXA 4CCHA 4KAZA 4FJ7A 3QIPA 3S3OA 4M42A 5DMRA 3SZ2A 4IG0A 4M3YA 4RW8A 1L3TA 4CJLA 3T3FA 3O4NA 4FM1A 3IRXA 1EKEA 4DLEA 3NF9A 4CF2A 3U3GA 3HO1A 2HW3A 1XC9A 1X9WA 1WN7A 1TL3A 3HPHA 1VSKA 4M45A 4C8MA 3ZT4A 4AHCA 4BACA 3PX0A 2HMIA 3KJVA 1N6QA 4Z4CA 4KHUA 2RPIA 4DF8A 1BI4B 3OYGA 5I3UA 4DF4A 1GOCA 4DTSA 2IAJA 4ICLA 1UWBA 1A5VA 4CF9A 3V9ZA 4JRPA 3TAGA 4CGIA 4DQPA 1RT6A 3M8PA 4CFAA 1EXQA 5KGWA 5D3GA 2KZZA 4BE0A 2HNDA 4UQGA 4L8RB 4NYNA 3VQ5A 3PO5A 2YV0X 2Z1IA 1RT7A 4E3SA 4J2AA 4DFPA 4PWDA 1KLNA 2DY4A 2A1SA 1RT5A 4KB1A 2OYQA 1EP4A 3ZSQA 4CIFA 3QO9A 3S3MA 4B9UA 4FJ5A 3OJUA 3OYHA 2WOMA 3AO4A 4TSXA 4W5RA 4JS5A 1LAWA 4R5PA 3CM5A 4W5NA 3JYTA 4H4MA 4DG1A 2E6LA 4KKOA 1CXUA 3DLGA 4HUEA 4RW7A 2BGGA 4FJMA 2XY6A 3LAKA 1RBTA 1RDBA 4XIUA 3RMCA 3OYJA 2XY8A 4CIEA 3F9KA 4F2RA 2IGIA 3TI0A 4FK0A 1FKOA 4NYFA 3AO2A 5HP1A 1ZBLA 2HHSA 4CJKA 2OZSA 2Z1HA 1SL2A 3OYCA 3NF6A 3V4IA 4B9TA 4CJSA 3HP6A 3MXJA 4IDKA 1DTTA 1WSEA 2IDOA 5CYMA 4HUFA 2E6MA 4CHZA 2Y1IA 4F3OA 4N41A 3M8QA 3SNNA 1S1TA 1NKEA 3ZSWA 1DTQA 1JKHA 1SUQA 4RW4A 2AJQA 3HVRA 1I39A 2KW4A 1JLFA 4DSFA 3VQPA 3I0SA 4OKKA 4DTJA 1SL0A 5KI6A 5HRPA 1QSYA 3K2PA 4CJPA 4FJLA 2Y1JA 4CHYA 1A5XA 1FKPA 1W9HA 3MEEA 3QLHA 3WNEA 4EP5A 1TL1A 2ITGA 2YNFA 4OGEA 4BWJA 1KRPA 1A5WA 3IAYA 4FK4A 3I8DA 5HRNA 1T8EA 3K5OA 1EX4A 4O5BA 2FBVA 3DI6A 2YNIA 3VQQA 4OKEA 1RT4A 1QS4A 1VSLA 3LAMA 2O4GA 4AILC 4M41A 4AHTA 1KVAA 3DLEA 3AO3A 3DRRA 3HPOA 3SI6A 1B9FA 2BDPA 1X9SA 1N5YA 2EX3A 4CK3A 3DRSA 3P1GA 4MQ3A 1RTDA 1JLGA 1IG9A 3SQ0A 1TKXA 4I2QA 2GBZA 3HJFA 4M3TA 3OYAA 1BI4A 1TGOA 3NGYA 1LWFA 4DTRA 4OGCA 4C8NA 2YKNA 3ZT3A 2OA8A 4F2SA 3VQ8A 1NK6A 2OPRA 4OPJA 4Y1DA 4DTOA 3U6FA 3QEWA 4M3UA 4DFKA 2D5RA 1L3UA 2D0CA 1NOZA 1UOCA 4DU3A 4CJEA 4E0DA 4KHNA 3NF8A 4YFUA 2KFNA 1Y97A 4IBNA 1VSHA 3ZT1A 3I0RA 2P5GA 1S1WA 2FBYA 2JLEA 3ASMA 4CE9A 4EP4A 4FLVA 3PX6A 4LSNA 3S9HA 2OPPA 2VWJA 3CFPA 3IG1A 4DLGA 4B9SA 1JLEA 4KTQA 1KSPA 1JXEA 4E7LA 4FZZA 3LPUA 1VSEA 1HQEA 3AVCA 3SQ2A 2RN2A 1S9GA 4NCGA 3TARA 3G0ZA 1C1CA 3LP2A 3HXMA 5CY4A 2HHQA 2HHWA 1S1VA 4JRQA 4FM2A 5CZ1A 1T03A 2IC3A 4ZTFA 1RT3A 4FW2A 4DWIA 3QINA 1C0UA 4I7FA 1X9MA 5HBMA 2KZMA 5J2QA 2HHVA 1G15A 2BANA 1EETA 4B9LA 5EU7A 1RILA 1TK8A 3OYKA 4KREA 4PY5A 2R7YA 1VK0A 4H4OA 4ID1A 4CGJA 3F73A 3RTVA 1J5OA 3RR8A 4Q5VA 3NCIA 2XY7A 3H08A 1YT3A 1HMVA 3AVAA 5K14A 4CF8A 2F8TA 4KHSA 1RNHA 1TKZA 4OKJA 2D0BA 4KHQA 4J2BA 4EZ9A 3ZSVA 1Q9XA 5T7BA 4FJKA 1C6VA 1NOYA 3OYIA 4Y1CA 3V81A 4C8OA 1TAUA 1RT2A 3RRHA 1NKBA 2FBTA 3PUFA 2KTQA 1CZ9A 3NFAA 1C1AA 2FBXA 5J2PA 2HHUA 1HYZA 4FJIA 1WAFA 3DLHA 3L2UA 1ZBHA 3V1OA 4OVLA 1IO2A 1VRUA 3V6DA 3OYMA 5JS1A 2HHTA 4I2PA 3AVKA 2XHBA 5HLFA 1KFDA 3K5MA 4B3OA 5HROA 4FLZA 1ZBFA 2ZD1A 2IOCA 1NK0A 3TAPA 2YNGA 3OYEA 3PY8A 2QKKA 3L3UA 1C1BA 3HVTA 1KVCA 4FJ9A 2VWKA 5KRSA 2KFZA 3O3FA 4KV8A 2YHBA 1FK9A 4DS5A 1NJYA 4CECA 3TWHA 4LH4A 3LZIA 4HHTA 4DTMA 1RTJA 4H8KA 3TANA 4FW1A 4M3ZA 1S1XA 3ZSYA 1RBUA 2ZQBA 3V9UA 3HP9A 1GOBA 4O0IA 3L2RA 4G1QA 1HNIA 3KK2A 3DYAA 4CJQA 2PYJA 1LWEA 4CHPA 3ZSZA 4FLUA 1BGXT 3DRPA 3L2QA 1NK5A 1RDDA 1BHLA 1QHTA 4DSJA 4IFYA 1RTHA 3AA4A 3KLHA 3AVBA 1WSIA 1D5AA 3IS9A 1RDAA 3KK1A 1JLCA 3CQ8A 1RTIA 1J53A 3V9WA 1IKXA 1CXQA 3L2VA 1T7PA 2B6AA 4FZXC 1RBVA 1BQMA 4Z4FA 1ITGA 3O3GA 1HPZA 5KRTA 1UAXA 1BIUA 3LWLA 1S6QA 3RMAA 1S6PA 3LANA 4CIGA 1LW0A 3RRGA 4KB0A 2XRIA 4CGDA 5SZTA 4HCCA 4FLXA 1QSLA 1NK9A 4DSEA 3AVJA 5C24A 3V1RA 3EY1A 3AO1A 3MAQA 3PX4A 4E19A 3NH0A 3OJSA 4GMJB 3G10A 2G8FA 2PY5A 4CEAA 3FFIA 3PO4A 4B9VA 3MXMA 4LH5A 4CEEA 3EZ5A 1U4BA 2G8UA 3MXIA 3LZJA 2FC0A 1R0AA 5FROA 1SKRA 1CZBA 2YNHA 3ZSOA 3A2FA 5CYQA 4CEOA 1MU2A 4CJUA 3SUNA 1JXBA 3TABA 4BDPA 4MFBA 2F8SA 4QCLA 2BE2A 3AA3A 4Z4HA 1U47A 3CFOA 3VN5A 1RBSA 1VSMA 3SV3A 3KD5E 2HVIA 4N47A 2X6NA 2P1JA 4RG8A 3KKSA 3SJJA 4ELVA 4J2EA 3VQCA 2D0AA 3OYFA 1NJXA 3K5LA 1IH7A 3ALYA 4DSLA 4CJVA 4AHUA 4DTNA 5CZ2A 5FRNA 3SCXA 4M3WA 3QERA 1C0TA 4QOZB 2HB5A 4DTPA 4Z4IA 2PYLA 5KTQA 1LAVA 1L3VA 3SYZA 4F8RA 1HQUA 3MEGA 2E4LA 1X1PA 4AH9A 3KLGA 1O1WA 1S9EA 5J2MA 1ASVA 2JGUA 4KTWA 4ELTA 3HK2A 1KVBA 4B8AB 4C8KA 4FXDA 2IS3A 4FJXA 1NKCA 5SWMA 1U49A 4E7KA 3ISNC 3SUQA 3SUPA 4F4KA 1KLMA 2Z1GA 3QESA 4KO0A 1JL2A 1RT1A 4RW9A 3AVFA 5HRSA 4BDZA 2ATQA 2RKIA 3WNGA 4E1MA 1CLQA 1WLJA 1J54A 2LSNA 3LPTA 4FCYA 3V9XA 3VQ4A 2O4IA 4DTXA 2DFEA 1C0MA 3LP1A 4CEZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHSA 4JLHA 3AAPA 4OJRA 3C6AA 2VYPA 2UU9K 1Z25A 3OYDA 4CFCA 3B6PA 5ADXA 3L3VA 3GBTA 4Z4GA 2P5OA 3ENOA 4LD0A 4DFJA 3LDQA 4BG8A 3O9TA 3ZETB 1BA1A 3CXCM 2IVOA 1WBBA 1BO5O 3C94A 3TAEA 1YVUA 4BRGA 4Y0WA 4CK1A 3OA9A 1S5JA 1DGKN 3KZBA 2HOEA 3I55N 1VQNN 5BPMA 3VEZA 3VQBA 4KI4A 4HVJA 3D0PA 1HNVA 1HRHA 1MWMA 1JLAA 4JHDB 3SBTA 3CCQN 4QAGA 1YJNN 4GKJK 4DR7K 4ZTJA 4JKHA 3MN9A 3I8BA 1S72N 2ZWHA 1FW6A 3ULDA 4BRIA 2ASOA 2G8WA 4IDHA 4O4GA 5ELZA 1XQSC 4RWTA 3Q7CA 4CF0A 2F4VK 4NCAA 1NGHA 2Z1JA 5LY3A 3DLKA 4C8LA 1IKWA 2JWLA 3AA2A 5C25A 2QWRA 3HM9A 4UY8O 4JS4A 3SUOA 2Q97A 5C10A 2EHGA 1VQON 5CHIA 4CEQA 4FLTA 4OPKA 1NJWA 4CJRA 4MO5A 1UA0A 1JCEA 1K73O 4PKHA 2O8EA 4DMNA 3KKRA 1UA1A 3CCUN 3TAMA 5EX5A 4EAHD 3OBYA 3SPYA 2PBDA 3OYLA 4XH1A 5LMUK 4DSIA 3CG7A 1YTAA 3RVCA 2VCPA 3EKSA 1DLOA 4B1YB 1HYSA 2DFHA 5JS2A 5TKWA 1Z26A 4CEFA 1QSSA 4L3QA 4B8CA 3OYBA 4BREA 3LALA 2O8DA 1Z05A 1X3NA 4N56A 5I42A 5J1EA 2KLAA 4W5QA 2A3ZA 4CESA 3O9UA 2P9LA 3CJAA 1VAZA 4N5SA 1B92A 4E1NA 4HTUA 1VSIA 1TAQA 4EZ6A 4H0PA 3M8SA 2ZM6K 5KQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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