3V9SA

Crystal structure of rnase t in complex with a product ssdna (aac) with one mg in the active site
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 63
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9sA00
4AHTA 3IG1A 1A5XA 1S1VA 2KTQA 3HVTA 5SZTA 4OKKA 1TK0A 3V1QA 1BQMA 3CM5A 4CGHA 1JLGA 2E6MA 4M3RA 3OYAA 3V9ZA 3AA3A 4Q0BA 3S9HA 1I3AA 1B9FA 4MFBA 4DS5A 3AVJA 3ZSWA 1W0HA 2YKNA 3RR7A 3PY8A 4BACA 4CF8A 1VSLA 3ZT3A 1VSFA 4CFBA 2OZSA 4B3OA 3ZT4A 1UOCA 1HYVA 1RBUA 2QKBA 1VSIA 2YNHA 4CJ4A 3U6FA 3EY1A 3NH1A 3HVRA 5DMRA 4DSKA 2KQ2A 3C6UA 3THVA 2D5RA 1U47A 4KHNA 4NYNA 2X6NA 4E19A 4KHQA 4YNQA 3OYMA 4BDZA 2BE2A 4DQRA 1KLNA 4AHVA 4CGFA 4KHSA 4FM1A 1IG9A 4F3TA 3NH2A 3H08A 1Q8IA 3VQ9A 3OYFA 1IKVA 1RILA 5CYMA 1VSEA 1S5JA 1WSFA 1Y97A 3DLRA 3QERA 5C25A 1HYSA 2F8TA 3QEVA 1JKHA 2NUBA 3CYMA 4FLVA 1NK8A 4CESA 4B9NA 4ID5A 1O1WA 4DFMA 4CIEA 4N41A 4Z0UA 4XIUA 1IKWA 1NK0A 4B9LA 3A2FA 3V9UA 2QK9A 4CECA 3I0SA 1RBVA 4CJSA 1VSMA 1TV6A 3L3VA 3HPOA 3C95A 1BGXT 3EYZA 4HHTA 5J2MA 1Q9XA 3VA0A 1RBSA 3CG7A 3OYGA 4CF9A 3LZIA 3SZ2A 2P51A 5HP1A 3U3YA 1RTHA 2IC3A 4AHRA 5HBMA 4E1MA 3SUOA 4M41A 3VQEA 1F21A 1RBRA 1BIUA 2HB5A 1X9SA 1ZBUA 4PQUA 3NF9A 2W42A 3DRSA 3HT3A 2WOMA 2A1SA 3HPGA 1BIZA 4KTWA 2DFHA 2EHGA 4RW9A 3K58A 4DFJA 3TAPA 1NK5A 2PYJA 3DLBA 3TAEA 3MEGA 4CCHA 5KRSA 2HNYA 1L3SA 3U3GA 3AVIA 2FBXA 3V1OA 4M42A 1TKTA 1B9DA 3LP0A 4W5OA 4DQIA 3VQPA 1VK0A 4CJPA 3OYCA 2HNZA 1XC9A 4CJEA 3K5NA 4HVJA 4FK2A 3SQ2A 2IAJA 4CJUA 3AVKA 1EXQA 1JXBA 1IKYA 4UQGA 3PV8A 3HP9A 1X9WA 4J2EA 1KVCA 4NYFA 3OYNA 4LSNA 1RT2A 4AH9A 4CJWA 4DF4A 2Y1JA 4ELUA 1S1UA 1S9GA 3S3OA 4B8AB 1QE1A 3AO1A 5KI6A 3KJVA 2OA8A 4FLUA 1L3TA 4EZ9A 4FZYA 4F8RA 1HMVA 4M3YA 3NFAA 2OPPA 2RN2A 4CEFA 4ZTJA 3OYKA 3JSMA 4CGIA 5KGXA 1QSLA 4FJ9A 1QHTA 4Z4FA 4LY7A 1JLAA 3LZJA 3QIPA 2PZSA 5FRNA 5EU7A 5HROA 3HO1A 3CM6A 2GUIA 2QKKA 3S3NA 3CFRA 4H8KA 3V6DA 1UAXA 3SYZA 3D45A 2D0CA 4FLYA 3BGRA 4KKOA 1R0AA 2KZMA 3B6PA 4CEOA 1DTTA 5HRRA 5I42A 2XHBA 5SWMA 1JLFA 3PX0A 3ZT0A 1S1XA 5I3UA 4ELTA 3LANA 4I2QA 1BL3A 3VQ5A 3T1AA 3NCIA 5HLFA 4CJRA 2XY6A 3AVBA 4DSJA 3AO3A 4CJTA 4FLTA 3VA3A 1D5AA 3MXMA 1N6QA 4N5SA 2PY5A 3TR8A 3AVCA 5HRNA 4I7FA 1RT3A 4KHUA 4OGCA 1L5UA 1X9MA 3SUNA 4FLWA 4CJKA 3OYHA 4OKJA 1ZBFA 3K5MA 3HYFA 3WNFA 1VRTA 4DFPA 1NOYA 5KRTA 2G8KA 4HCBA 2YHBA 4AHCA 4IFYA 1S1WA 3K5OA 4C8NA 4CJLA 1HNIA 3M8PA 3DRPA 3ZT2A 5CY4A 3NGZA 3S3MA 1B92A 1BISA 4KTZA 3VQ6A 4KB0A 3TABA 4QOZB 4F2SA 3MECA 1RCHA 1J5OA 3PX4A 2HHXA 1ITGA 3WNEA 1BCMA 3QETA 1CXQA 1EP4A 4RW4A 3NE6A 4C8LA 1QS4A 2VG7A 1LW0A 4CHZA 2HW3A 3AVFA 3OYEA 3HP6A 2EX3A 2IOCA 4DU1A 3NGYA 3K59A 3OYIA 4DMNA 1GOBA 1KTQA 4F2RA 4FW1A 4CHOA 1RTJA 2GV9A 3OJUA 4DTRA 1LV5A 2E6LA 3UIQA 4KPYA 1J54A 4M3UA 2VWKA 4OPKA 4CEZA 4QAGA 4FJKA 3VQQA 4C8KA 4BE2A 1WSIA 2OZMA 1HPZA 2RKIA 1FK9A 3MXIA 5J2QA 1G15A 1RT1A 2B5JA 1JLEA 1WSGA 4H4MA 3NHGA 3SPZA 4CJFA 1CXUA 1SV5A 3HL8A 4DTSA 4EZ6A 4B9TA 5CZ2A 1TK8A 2HHSA 2VG6A 3MEDA 3LP1A 1SKSA 2A1RA 4O55A 3CQ8A 3KLIA 3OY9A 4HTUA 4BWJA 1C0MA 4IG3A 3O4NA 4DTMA 1C0TA 3SUPA 4B9MA 2E4LA 4CF0A 4PY5A 1WSHA 3RTVA 4BDYA 3P83D 4EP4A 4RW6A 2HVHA 1T05A 3WNGA 4IBNA 1GOCA 2KW4A 4FJIA 4KB1A 1Q9YA 1Z25A 4RW7A 1DTQA 2XY8A 4M45A 4FJGA 4CHYA 4G1QA 1YVUA 3B6OA 3LP3A 3VQ8A 1ASWA 1Z26A 1ASVA 5J1EA 3JYTA 4Z4EA 4OLAA 1XHXA 4KHYA 3DYAA 1TVRA 3RMBA 3LP2A 3T3FA 4FXDA 3G0ZA 4B9SA 4NCGA 3PUFA 5C24A 3VN5A 2XY5A 3MEEA 3OYJA 1KFSA 2BDPA 1XI1A 3RMDA 3NF8A 1ZBHA 3DI6A 2HVIA 2HHVA 1BQNA 2D0AA 2I5JA 4DTPA 4FVMA 4DG1A 3HPHA 5J2NA 3LPUA 2Z1HA 1SL1A 1SKRA 2HHUA 3M8SA 2OYQA 3DM2A 3TANA 1BI4A 3V9WA 4W5NA 2ZQBA 4FJJA 3QINA 2G8UA 3M8RA 2WONA 1LW2A 4CFDA 3BDPA 4KI4A 5D3GA 1CZ9A 1W9HA 3DOLA 2ITGA 1LAVA 4I9LA 4BWMA 3DRRA 3LAMA 4L8RB 3O3HA 3AA2A 1NJXA 1LAWA 1LWCA 4DTNA 1TL3A 3TARA 1BCOA 4K8ZA 4ICLA 3SV3A 3K57A 3RMAA 1SKWA 3KLEA 1KSPA 2VG5A 2X74A 3F9KA 3OS0A 3C6TA 1YT3A 1U49A 4B9VA 4KI6A 4PUOA 1KVAA 1C1AA 1FKOA 4HUFA 3OS2A 2FBYA 2FBTA 3DLKA 3FFIA 3V1RA 3OJSA 3TWHA 2PYLA 3QIOA 4OVLA 3OYDA 3QNOA 4MQ3A 4CHNA 3VQCA 3TI0A 4DSIA 3O3FA 4YFUA 4H4OA 3SNNA 3V81A 3AVHA 2G8HA 3AV9A 1U4BA 4DU3A 1K6YA 3AVAA 4E7KA 1C1CA 4DTOA 2O4IA 1EKEA 4RW8A 3TAGA 1IKXA 1RT6A 2IGIA 1EETA 4CGDA 4IG0A 4Z4CA 2DFEA 2D0BA 1QSYA 4FZXC 3KLHA 3DLGA 3NF7A 4DTUA 1IH7A 3K2PA 3TAFA 4FM2A 4FZZA 3DMJA 2IS3A 2YKMA 1KRPA 4LSLA 2Y1IA 1KCFA 3AVMA 4F4KA 3RRHA 3SCXA 3KK1A 3MAQA 3P1GA 2HHWA 3OYBA 3KKSA 3ASMA 1KLMA 4KFBA 4LD0A 4J2AA 1N5YA 2ETJA 3LDSA 3SQ0A 4HUGA 3NF6A 4B8CA 1RNHA 4OKEA 2HNDA 4OGEA 4DLEA 2JGUA 4E3SA 1TK5A 1CLQA 2F8SA 3NH0A 1RTDA 2AJQA 3E01A 1J9AA 1VRUA 4CEBA 1YTUA 3LALA 2O4GA 3TAMA 3I8DA 1NKCA 3OS1A 2YV0X 4PA1A 1JL1A 4FJHA 3PO4A 1HQEA 4FCYA 4BE0A 4GMJB 3KLFA 3SJJA 4FW2A 4O0IA 1VSJA 1WAJA 1U48A 3V9XA 3VQ4A 3OYLA 3NBPA 4ZHRA 5KTQA 2X78A 2DFFA 2YHAA 3ZSXA 1EX4A 3QEXA 3SPYA 1D9FA 2G8FA 3RR8A 3AVNA 4KO0A 4O4GA 5CYQA 4CGGA 3O3GA 2RPIA 4FK4A 4OPJA 4ID1A 1HQUA 1RDAA 4ZTFA 3KK3A 4FJMA 4O44A 2FBVA 2OPQA 1D9DA 3IAYA 1U45A 3V4IA 4JS4A 1BHLA 4Y1CA 4M3XA 1HYZA 3ZSVA 1MU2A 4FJ8A 1NK6A 4FJ5A 3L2VA 4O0JA 4AILC 1A5VA 1C1BA 3RWUA 1S6QA 3EZ5A 2FC0A 3ITHA 1WSJA 3VQAA 4Q5VA 1JL2A 4J2BA 4DWIA 3ISNC 4AHUA 3RRGA 2KFNA 1QSSA 3SUQA 2P5GA 4JLHA 1KVBA 3VQDA 3DLEA 3HSTB 2BGGA 4I9QA 5E41A 2G8VA 3SQ1A 1NK9A 3P5JA 1LWEA 4KRFA 4DTJA 4CIFA 2B4JA 1ZYQA 3L2QA 4DQSA 4IFVA 5KGWA 3VQ7A 3DLHA 4E0DA 4F3OA 4FK0A 3L3UA 1L3UA 5FDLA 3TAQA 2HMIA 4CGJA 4HUEA 4DS4A 1RBTA 3CFPA 1WAFA 2B6AA 2ZD1A 1J53A 4KREA 3SV4A 1NKEA 4DF8A 3QEIA 1L3VA 1A5WA 4DLGA 4DTXA 4ELVA 4KV8A 3QLHA 5C42A 2YNFA 1T8EA 3L8BA 4CHQA 1NK4A 3T19A 4I2PA 4B08A 2HHQA 2XO7A 5J2PA 1VSKA 1WSEA 3NAEA 1NJWA 3O4QA 2HHTA 3AVGA 1JLQA 5K14A 4LH4A 1NK7A 1TGOA 3OVNA 4WE1A 4DSLA 3AA4A 4CIGA 1TKXA 3DOKA 1TKZA 3ALYA 3AO4A 2LSNA 4CF1A 3F73A 4FLXA 4E7IA 1T03A 3AA5X 1SL2A 4NCBA 2OPSA 4TSXA 5FROA 4KAZA 1D8YA 4M3TA 4Z4HA 1WN7A 1NJZA 4E1NA 4CK1A 1KFDA 4W5TA 1RT4A 4RG8A 5DK5A 3ULDA 1C6VA 4CEEA 1RDDA 3KIOA 4CF2A 1XWLA 1HRHA 1RTIA 4CHPA 4JRPA 1T7PA 4K8XA 2G8WA 3IS9A 3KKRA 1NJYA 2KFZA 4J2DA 4CK2A 4HCCA 4NCAA 3AVLA 3KLGA 2YNGA 4DFKA 4PWDA 3QESA 4CJ3A 4CK3A 1GOAA 1LWFA 4BE1A 3KTQA 1I39A 5CZ1A 4N47A 1X1PA 2G8IA 2IDOA 1S6PA 2Q3SA 1UA0A 4CJQA 1DLOA 4KHWA 4LH5A 4M3WA 2VWJA 1REVA 4GVMA 4CJVA 2Z1GA 4DSEA 4BDPA 3NDKA 3KD5E 3QNNA 3KD1E 3M8QA 3G10A 4FJLA 2X6SA 1WLJA 2JLEA 3ZSZA 4QCLA 3ZT1A 3KK2A 4E7HA 3L2RA 4CEQA 3AO5A 1SUQA 3CFOA 4OJRA 4B9UA 4DQPA 3QO9A 3ZCMA 4OLBA 1WNSA 4FM0A 1IO2A 5JS1A 4DQQA 1BI4B 4N56A 3L2UA 2OPRA 1TKDA 3V9SA 4N76A 4Z4IA 3C94A 1JLBA 3MXJA 5JS2A 4EP5A 4E7LA 4W5RA 3LPTA 4FLZA 2P1JA 1XHZA 2QXFA 3L2WA 3LWLA 4CE9A 3LAKA 1QTMA 4FYDA 1CZBA 1HNVA 1FXXA 1RDBA 1U04A 2XRIA 3D0PA 3RMCA 3PO5A 1RT7A 5HRPA 4FJNA 1RDCA 2ZE2A 4CFCA 4DSFA 4Z4GA 3LWMA 2KZZA 1TAUA 1NKBA 2DTUA 3VQBA 1QQCA 1TAQA 1UA1A 3HM9A 4CERA 4IKFA 3QEPA 3QEWA 2DY4A 3ZSOA 3NGIA 4JRQA 1S9EA 1VSHA 1NOZA 4Y1DA 4R5PA 4DU4A 1ASUA 2BANA 2XY7A 4CEAA 1C0UA 3HK2A 3HJFA 1ZBIA 4W5QA 3SQ4A 1JLCA 2ATQA 2YNIA 4JS5A 2Z1IA 4C8MA 1TL1A 3ZSRA 1UWBA 2P5OA 4CEDA 4GW6A 4E89A 4E7JA 1RT5A 3I0RA 4FJXA 5HRSA 1VSDA 1SL0A 1S1TA 1JXEA 2GBZA 3PX6A 2F96A 5FRMA 3ZSYA 1FKPA 1HJRA 3WNHA 4CFAA 4FJ7A 3AO2A 3IRXA 5T7BA 2RF2A 4C8OA 4IDKA 4O5BA 3SI6A 3HXMA 4CJ5A 3K5LA 2R7YA 1ZBLA 4M3ZA 3ZSQA 4AHSA 2Z1JA 4KTQA 1YTAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IG1A 1A5XA 2KTQA 3LDOA 3VF6A 1BUPA 1JLGA 4M3RA 4FWSA 1B9FA 4AM6A 3AVJA 3ZSWA 3PY8A 2YCHA 4B3OA 3ZT4A 4XH5A 2RHKA 3EY1A 4F9OA 1E3MA 3THVA 1U47A 4BQLA 4KHNA 4E19A 3CCLN 5IT9O 2BE2A 5JLHA 5KPZA 3NH2A 3H08A 4BR5A 3E66A 3VQ9A 3U3YA 3FFKB 1VSEA 3W0LA 2E88A 1YHQN 2F8TA 3QEVA 3CYMA 4CIEA 1NK0A 1IKWA 4DV4K 1VQ4N 3V9UA 2QTDA 2QK9A 4CECA 4CJSA 1VSMA 4AQYK 1BGXT 4HHTA 1HLUA 3CG7A 4ILHA 4A5AA 3LZIA 1RTHA 4FPAA 5HBMA 4E1MA 3SUOA 4M41A 5GAHP 1F21A 4H0PA 1ZBUA 3FZMA 5KPTA 3HPGA 3O1WA 3TAPA 3K58A 4DFJA 4JV5K 3TAEA 4G9ZA 2E5LK 1L3SA 3U3GA 4MO5A 3C6HA 4W5OA 4LF9K 4B3RK 1XC9A 3L0QA 1J6ZA 1EXQA 4BQZA 3HP9A 4A57A 4X64K 4NYFA 3OYNA 2NRWA 4DF4A 4AH9A 2WUSA 5HOOA 1S1UA 1S9GA 2P9PA 4B8AB 3UKUA 3AO1A 1L3TA 4FVUA 1E4GT 4CEFA 4FJ9A 2P9NA 2PZSA 2QKKA 2CH6A 3V6DA 1UAXA 2ASOA 3D45A 3KWGA 2YHYA 4JYAK 1R0AA 1NJIO 2KZMA 4GKKK 1JLFA 4NXMK 3KHYA 1RDUA 3VQ5A 4KHPK 3NCIA 2XY6A 3ZEUB 1P8ZA 2D4WA 3AO3A 4DR5K 4FLTA 3VA3A 4DKWA 3AVCA 5LL6Z 1K8KB 1XNQK 1YF5L 4YORA 1ZBFA 3HYFA 3WNFA 3T1YK 4DR6K 4AHCA 1HNXK 4CJLA 3QBXA 3M8PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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