3V9SA

Crystal structure of rnase t in complex with a product ssdna (aac) with one mg in the active site
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 63
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9sA00
4Z4FA 3KLFA 4GVMA 1XHZA 3SQ0A 4CIEA 4HCBA 1C1CA 1S1TA 4JLHA 1EETA 4CIFA 1TKDA 4C8LA 2Z1GA 1WSHA 4B9MA 3IAYA 3I0RA 4CJ3A 5K14A 3VQBA 4KB0A 5C24A 2KFNA 1KVAA 3TAPA 1LV5A 4CEEA 2Y1JA 1ZBFA 4PY5A 4FJ8A 1IG9A 4ICLA 1RDAA 3QESA 3OYFA 3K58A 1L3VA 3HL8A 2HNZA 4AHUA 3QINA 1UA0A 3ZSRA 1GOCA 2IC3A 2YNIA 1BL3A 2KW4A 4O4GA 3U3GA 3KD5E 3VA3A 4G1QA 3PY8A 5FRMA 4BDYA 4DFJA 3SUOA 3BGRA 4KI6A 1L5UA 3LAKA 1NJWA 4PWDA 1CZ9A 2X78A 1VSJA 3HYFA 3DLKA 1RT4A 3NGYA 1WLJA 3QLHA 3L2RA 2PZSA 1RCHA 4FK0A 5JS2A 4DTPA 4E19A 3SV4A 4CEQA 5CZ1A 2HHXA 5D3GA 1KVBA 4JRPA 3S3NA 2ATQA 4CK2A 4DTJA 1LW0A 1ASUA 3OS1A 3MXMA 4EZ9A 5HBMA 4OPKA 4FJIA 2R7YA 2O4IA 3ZT3A 1VSEA 4W5RA 3AO2A 3PUFA 4E1MA 1X9WA 1F21A 1RDBA 5FDLA 4Y1DA 3G0ZA 1L3SA 1JLGA 1QSSA 3VQQA 1BIUA 3EZ5A 2AJQA 1TV6A 4GW6A 3O3GA 1TK0A 3MAQA 3P1GA 5J2NA 2OZSA 1WSGA 1IH7A 3L3UA 3LZJA 1B9FA 3K2PA 5EU7A 1RBTA 1C1AA 3AVLA 3E01A 5HRNA 3DLBA 3KIOA 4CHPA 1RTHA 3QIPA 3BDPA 2RN2A 1A5WA 1Z26A 2Q3SA 1YTUA 4CJSA 3M8RA 3U6FA 2ZQBA 1HMVA 3PO5A 2EX3A 4FYDA 4CK1A 4KB1A 3K5LA 1WAFA 2ETJA 1BQMA 4FLYA 4Z4GA 2HHQA 3VQ4A 4EZ6A 3SQ4A 3RR8A 1LWEA 1BGXT 3C95A 3NF7A 2F8SA 2YHBA 3NCIA 4FW2A 3VQ8A 4W5TA 4E7JA 4CCHA 3M8PA 1IKYA 1U47A 4BDZA 1C0UA 3DM2A 1NJXA 3WNFA 4J2EA 5CYMA 3QNNA 3B6OA 3D0PA 4FM0A 4FZZA 4RW9A 1VSHA 4DLEA 4QCLA 1TAQA 3QEWA 4KV8A 1WN7A 2YKNA 4M3WA 1NK4A 5KI6A 3SYZA 4DQSA 1U04A 4FJNA 1TKTA 4OKKA 3ZSQA 3LP0A 3HM9A 3SV3A 3SCXA 3NGZA 1TKZA 1SV5A 2QXFA 4BDPA 4FLVA 1BCOA 4E0DA 3AVNA 3ITHA 2OA8A 4AHCA 4KTQA 1VRTA 3O3FA 4CJFA 4M41A 4I2QA 4B8AB 4ZHRA 4KHSA 1S1UA 3TWHA 2IOCA 3VQ5A 4CESA 4DTOA 1T05A 2KTQA 2FBXA 1A5XA 3D45A 3WNEA 2Z1HA 1U48A 1RDCA 3IRXA 4DQQA 4E7KA 1YVUA 2YNGA 2KZZA 1XWLA 3TANA 3C6TA 1C6VA 1RBUA 2G8WA 3RMBA 4DG1A 4B3OA 1D9DA 3NH0A 4DQIA 1DTTA 4OGCA 4E7LA 1S9EA 3T1AA 3OYKA 3OJSA 3ULDA 1HYZA 3AVCA 4N56A 3ZT2A 4FJJA 2A1RA 4CF1A 3F73A 1LWCA 4LH5A 4FLWA 2LSNA 2JGUA 4H4OA 3ZT4A 2D0CA 1L3TA 4KHQA 1VSKA 3SZ2A 4Z4IA 4KHWA 4FM1A 1ZBIA 1S6PA 1VSLA 4OJRA 4B9UA 3RR7A 4RW7A 3QO9A 4CJLA 5HP1A 1FK9A 3PV8A 4CEFA 4W5QA 2VG6A 3OYEA 3SNNA 4DLGA 4ZTFA 2GUIA 4FJXA 1UAXA 3O4NA 4KTWA 3ZSVA 4E89A 4F2RA 1JLCA 3SPZA 4NCAA 4KKOA 4IFYA 4DSFA 1HPZA 4HVJA 1CXQA 1JLQA 3VN5A 3AA4A 3AO4A 2YKMA 1DTQA 2WOMA 5DMRA 2RKIA 1S1WA 5HRRA 3ZSXA 3O3HA 3AO1A 1IKXA 2HNYA 2X74A 3L2UA 1T8EA 4DQRA 3K5NA 2IS3A 2BE2A 1CZBA 1EXQA 4YNQA 3V4IA 2HVHA 3AA5X 1QSLA 3T3FA 4BACA 3AA2A 4UQGA 1TVRA 3AVIA 5KRTA 1KTQA 4DS5A 4FJGA 1KVCA 3NBPA 3OYDA 1U49A 4CEDA 2ZD1A 1KFSA 3RWUA 2OPPA 5SWMA 3HPOA 1L3UA 4B9VA 4ZTJA 2GV9A 3VQ6A 2DFEA 3S3OA 2Z1IA 2XY6A 4CECA 4CJVA 4CF9A 4FLZA 1XI1A 3C6UA 4FZYA 3QEXA 1NJZA 1S1VA 1S5JA 2OPRA 1BIZA 3OYLA 2HVIA 4B08A 2HHUA 2D5RA 4RW4A 4C8NA 5J2QA 5KRSA 1VSFA 4CJEA 4CJ4A 4PQUA 4O55A 4CFAA 3OYAA 3LDSA 3JSMA 1RT7A 3SQ1A 1QQCA 4CEAA 4KI4A 2DTUA 4FLTA 1RDDA 4CGIA 4F4KA 1FXXA 3MEEA 3DRPA 1TAUA 1Z25A 3OYJA 2PY5A 2YNFA 1NOYA 5FRNA 4BE0A 4FK2A 1T7PA 4CK3A 4CF8A 2FBVA 1NK6A 1IKWA 1ASWA 1BI4A 1LW2A 3OVNA 2G8HA 1UA1A 1B92A 3V1QA 3OS2A 3QNOA 1S1XA 4CFCA 3HP6A 4B8CA 3VQCA 1HJRA 4FZXC 2BANA 2W42A 1RT5A 1U45A 2XO7A 4DSJA 4DSIA 4KRFA 4CJTA 4Z0UA 5CZ2A 1Q9YA 3U3YA 3NE6A 5J2PA 4L8RB 1VSDA 3LP3A 4NCBA 4DFMA 4KAZA 1I39A 4DMNA 3OYBA 1NJYA 2QKKA 4K8XA 3HO1A 1EP4A 3SUPA 2B6AA 3LALA 1JL2A 4OKEA 5KGXA 2OPQA 1CXUA 4M3XA 4OLAA 3SQ2A 5I42A 1S9GA 4KFBA 3S9HA 4NCGA 2HB5A 3P83D 4CGJA 3LWLA 1W9HA 3K57A 1SL1A 4KHUA 3DYAA 4Z4CA 3OYIA 4Y1CA 1JLAA 4O44A 1NK7A 3NFAA 1JXEA 1GOBA 1QS4A 4CJQA 3HVRA 3RMDA 1LAWA 1MU2A 4KHNA 2G8IA 3HK2A 4Q5VA 3P5JA 1IO2A 1YTAA 3LANA 4CGGA 3HP9A 1Q9XA 3ZSYA 3AO5A 3ZSOA 1X9MA 4FJMA 4DTNA 1ZYQA 1TK8A 4LSNA 4I9LA 1UWBA 1T03A 1SKSA 4Z4HA 4E3SA 4DF8A 2X6SA 1N5YA 3HXMA 1SKRA 4FJKA 4MQ3A 2IGIA 3OYHA 4C8KA 2G8FA 1BI4B 1DLOA 1JLEA 4HHTA 3PX0A 4DFPA 4N47A 3V6DA 3TAGA 2HMIA 1VSIA 3DLRA 1TL3A 4IG0A 4FJ9A 5FROA 4HCCA 1HYSA 3KK2A 1QHTA 3DOLA 3QERA 3V1OA 4I9QA 3ZCMA 3QEPA 4KO0A 5DK5A 1VSMA 3CQ8A 2DFFA 2E6MA 3LAMA 4HTUA 3AVKA 4E1NA 4DTUA 3LPUA 4M3TA 3B6PA 2RPIA 4MFBA 4CEBA 3AVGA 3QEIA 4FXDA 1JLFA 4O5BA 1RT6A 2D0AA 4I7FA 4CEOA 3LPTA 4O0IA 1XHXA 4TSXA 3MEGA 1ZBHA 4PA1A 5E41A 4IKFA 4ID5A 4Z4EA 4CHNA 1S6QA 4BWMA 4RG8A 4CFDA 3HT3A 2XHBA 4OLBA 3V81A 2YV0X 1HRHA 1LAVA 3NGIA 4J2AA 4LH4A 5CYQA 4DFKA 1VRUA 1KSPA 4NYFA 2HHSA 3QEVA 3SUNA 1R0AA 2ZE2A 4AHTA 4R5PA 1B9DA 1EKEA 1C0MA 3F9KA 5KTQA 4E7HA 5JS1A 3V9UA 4KREA 4M3RA 4HUEA 3KTQA 3HPHA 3KK3A 1A5VA 3PX4A 3TAFA 1SL0A 2F96A 4B9LA 5HLFA 1FKOA 3L3VA 4W5OA 5HROA 1D5AA 2P5GA 1RBRA 3V9ZA 1VK0A 5HRPA 3A2FA 1C0TA 4DTSA 4AILC 3TAMA 2Y1IA 4KPYA 1N6QA 4DTMA 3OYGA 3ZT0A 4CGHA 2PYLA 3TABA 1WNSA 3MXIA 3K5MA 3AVHA 3ZSWA 3KLEA 3I0SA 3HPGA 3CYMA 3DMJA 2O4GA 4WE1A 2DFHA 2G8KA 4J2DA 4AH9A 3DRSA 1QE1A 4FLXA 1EX4A 3VQPA 4BWJA 4CFBA 3L2VA 2G8UA 3CM6A 4QAGA 4B9NA 4F2SA 3HJFA 2HHTA 4IDKA 1I3AA 3DLGA 3LP1A 1BCMA 3NF8A 3THVA 2B5JA 2BGGA 2F8TA 3KLGA 1ZBUA 4HUGA 2FBTA 3LWMA 3WNGA 3LP2A 4FJ5A 1U4BA 3TR8A 1C1BA 3TAEA 4CGDA 3RMCA 2XY7A 5C25A 5SZTA 3L2QA 1IKVA 1SUQA 3KKSA 4IBNA 2P51A 4ID1A 3AA3A 3AVAA 3NHGA 3RRHA 3UIQA 4AHRA 1KCFA 1TL1A 3QIOA 3FFIA 4N5SA 4CHZA 3L8BA 4XIUA 3NH1A 3MXJA 1QSYA 3DRRA 3TAQA 2JLEA 1HNVA 3NDKA 3K5OA 3KK1A 1NK9A 3M8QA 4FM2A 3IS9A 4DSKA 3RMAA 4F8RA 2HHWA 1KLNA 1HQUA 5I3UA 1QTMA 3G10A 1J9AA 1WSIA 2OYQA 2E4LA 4KHYA 1KFDA 4W5NA 2KQ2A 2HHVA 1XC9A 2FC0A 4KTZA 4CJKA 3OYCA 4E7IA 4DSLA 4Q0BA 4C8MA 2E6LA 3ASMA 1JXBA 1HQEA 1RBVA 1WAJA 2OPSA 3ISNC 2EHGA 3T19A 3NH2A 3V9XA 2OZMA 4JRQA 5T7BA 3I8DA 1RT3A 3HVTA 4B9TA 4CIGA 3LZIA 2X6NA 4CJUA 1X9SA 4PUOA 3H08A 3V1RA 3OY9A 3OYNA 2GBZA 4BE1A 3AVFA 1J5OA 4B9SA 4M3ZA 5KGWA 2IAJA 2HW3A 3TI0A 4LY7A 4M3YA 1NKBA 1RTJA 1Y97A 2XRIA 3KJVA 3OJUA 4YFUA 3KD1E 3DI6A 1W0HA 2YHAA 4AHSA 4H8KA 4DU4A 4DTXA 1RNHA 4J2BA 1WSEA 4GMJB 4BE2A 3DLEA 4DQPA 4ELUA 2KFZA 3VA0A 2BDPA 4LSLA 1UOCA 3SJJA 3AO3A 4DU1A 1K6YA 3QETA 1SKWA 3NF6A 1WSFA 3AVJA 4OVLA 4CJPA 3CFPA 4JS5A 4HUFA 3L2WA 4DS4A 4N76A 2QKBA 3VQDA 1NKEA 3PX6A 1NK0A 3HSTB 4H4MA 3NAEA 1RILA 4CJ5A 4DTRA 4NYNA 4M45A 4FJ7A 2VG5A 2I5JA 5HRSA 4I2PA 4N41A 3EYZA 4DF4A 4IFVA 3VQAA 1FKPA 3EY1A 4F3OA 3RTVA 2P5OA 4CHYA 3JYTA 1TK5A 1RBSA 2QK9A 2ITGA 2YNHA 3ZT1A 4CHOA 4K8ZA 4EP4A 3CFOA 3KLHA 3MECA 2G8VA 3AVMA 4M42A 2VWKA 3VQ7A 1J53A 1Q8IA 1D8YA 1ITGA 1JLBA 3ALYA 1BISA 3C94A 3IG1A 3KKRA 3OYMA 4ELTA 4OPJA 2VWJA 1GOAA 1J54A 1REVA 4O0JA 5C42A 3RRGA 4LD0A 4CE9A 1NK8A 1X1PA 3DLHA 2VG7A 1G15A 3SI6A 4CF2A 4IG3A 1LWFA 3KLIA 1BQNA 3PO4A 4QOZB 1HYVA 3MEDA 1RT1A 3VQ9A 4CERA 4EP5A 1ZBLA 1HNIA 4FVMA 3V9WA 2D0BA 4CJRA 2PYJA 1NOZA 2A1SA 2HNDA 3M8SA 2WONA 1SL2A 2FBYA 4CF0A 3CG7A 4AHVA 4CEZA 1D9FA 4FJHA 2KZMA 3ZSZA 4CHQA 2Z1JA 4FK4A 3SUQA 1O1WA 4C8OA 3NF9A 5J1EA 4ELVA 3CM5A 4CGFA 1RTDA 4DWIA 2IDOA 3VQEA 4FLUA 1CLQA 1BHLA 2XY8A 2NUBA 3SPYA 1ASVA 3O4QA 4JS4A 3AV9A 3WNHA 4DSEA 2XY5A 3AVBA 1YT3A 3DOKA 3V9SA 1JL1A 3S3MA 1NK5A 3K59A 5CY4A 1JKHA 4RW8A 3OS0A 1RTIA 5J2MA 1KRPA 4F3TA 2DY4A 1WSJA 3CFRA 4FJLA 1TKXA 4FW1A 3TARA 4OGEA 4FCYA 1RT2A 1NKCA 4CJWA 4OKJA 2B4JA 2P1JA 2RF2A 4DU3A 4M3UA 4RW6A 1KLMA 1TGOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IEEA 4JD2B 4GVMA 1XHZA 1NBWA 4HCBA 1S1TA 1N32K 4JAXA 4B9MA 3I0RA 4BRHA 5I9EB 1ZBFA 2WFBA 5AQXA 2P9KA 3QINA 3H45C 3U3GA 4Z4FA 3O9TA 3PY8A 3SUOA 4M7XA 4KI6A 1L5UA 1CZ9A 3QFUA 3CXCM 4OO1J 4BRAA 5EX5A 3QLHA 3L2RA 2PZSA 1RCHA 3UE5A 4CEQA 4MO4A 1KVBA 4IO9L 3S3NA 3MXMA 4H5TA 3O4WA 2R7YA 4W5RA 1VSEA 3MDQA 2ASPA 4JI1K 5AZIA 1O13A 5LMUK 1VAZA 4K25A 2OZSA 1WSGA 1IH7A 3L3UA 3TSUA 2CGKA 2HMPA 2V52B 1Q18A 5HRNA 3DLBA 1X3NA 5AZJB 3BDPA 3RSEA 3CC4N 2E8AA 4CJSA 3SMSA 2GTDA 1Q82O 4CK1A 3A8YA 4KB1A 1V4TA 1C0GA 1GLDG 4Z4GA 3RVCA 3R1XA 4Z94A 3SAHA 3T69A 1LWEA 3NF7A 2ZGZA 4CCHA 1U47A 4K43A 3NVKA 1C0UA 4A2AA 3M6GA 5CYMA 3QNNA 5HL7L 1TAQA 4WF9L 2YKNA 1NK4A 1TKTA 3HM9A 3NGZA 1SV5A 4QS7A 2ZGYA 5HOOA 1VRTA 4M41A 4I2QA 4AF1A 4BGBA 4BRGA 4KHSA 1R59O 3VQ5A 2W6KA 4CD1A 1RDCA 1K8AO 3WEEA 1RBUA 4JKEA 2OCEA 3H1VX 4CZGA 3UKRA 2NLXA 4E7LA 5KQDA 3FZHA 4DR6K 2Q0UA 4FLWA 3ZT4A 1VSKA 4IFEA 1TYQA 4Z4IA 5FPNA 3CCVN 1S6PA 1VSLA 1BUPA 3RR7A 5DM6L 3DWLA 3OYEA 3DLLL 2NRXA 3E66A 4ZTFA 1TUUA 5E84A 5BN8A 4FJXA 3FR0A 4BQLA 1NGBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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