3V9SA

Crystal structure of rnase t in complex with a product ssdna (aac) with one mg in the active site
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 63
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9sA00
1ZBUA 3TAEA 4ICLA 5SZTA 3ZSRA 3EYZA 4B9TA 1UWBA 3DOLA 3QEVA 1DTTA 3OS1A 1ASWA 2Z1HA 3L3VA 4CIFA 2FBYA 5J2QA 4QCLA 2HVIA 3PV8A 1WN7A 2IAJA 2A1SA 1RDCA 3NF7A 3QLHA 4XIUA 3HP6A 3HT3A 1C0UA 3SV4A 4W5QA 4CESA 2XY7A 1QHTA 1KVCA 5HBMA 4CJVA 1XWLA 4BWMA 3PO5A 4DS5A 4IBNA 3VQQA 1BL3A 4FK2A 3ZSZA 1NJYA 4QOZB 3CYMA 3LAKA 3S3MA 1N5YA 2LSNA 3T1AA 3QEXA 2YHBA 4J2AA 2DFHA 1CZ9A 3LALA 2RF2A 3OYBA 3V81A 1JL1A 1HNIA 4IG3A 3NGZA 4DQQA 1XHZA 4EZ9A 1ZBFA 3DRPA 4M3ZA 3LPUA 1ASVA 4IG0A 1S5JA 4DSIA 4YNQA 4HCCA 1DLOA 1TAUA 1RT7A 1TVRA 3RTVA 3IG1A 3ITHA 3O4QA 3EY1A 2G8HA 2DFEA 4N56A 1S1UA 3K5OA 1VSLA 2GV9A 3MXIA 4AILC 2BANA 4FVMA 1QSYA 3O3GA 3DLBA 3NE6A 4CJEA 4EP5A 4CF1A 4M45A 4Z4CA 4HTUA 3HJFA 4NYFA 3AVGA 1HQUA 2RKIA 3C95A 1VSHA 3D0PA 3O4NA 4I2PA 1VSKA 2VWKA 4RG8A 4FLTA 1CXUA 2Z1GA 3TAFA 4NCAA 2ATQA 4M3TA 1BISA 5E41A 3MAQA 2EX3A 2XRIA 4FJ7A 1Q9XA 1X9MA 4NCBA 1S9GA 3AVLA 2GUIA 1FKPA 3VA0A 2X6NA 4DQIA 3NGIA 1SKWA 1HYZA 3OYLA 1LWEA 1TL3A 4R5PA 3ZT0A 3HK2A 1D5AA 1G15A 4HUFA 4KKOA 4KHSA 4B3OA 4DG1A 4AHSA 3OYJA 1ITGA 5J2NA 1EKEA 3H08A 3LZIA 1LAWA 4E1MA 4DTSA 2IC3A 5C42A 3QINA 4BDZA 3SUQA 3SPZA 1SKRA 4KHWA 3LP1A 1JLCA 1B9FA 4RW8A 1L3SA 1S1TA 3VQ5A 3DLGA 1RT1A 3M8SA 4F2SA 3QO9A 4FLXA 5J2PA 3KJVA 3RMCA 1B9DA 4CHNA 4E1NA 4F3OA 4BDYA 4DSEA 4B9VA 1KLNA 2F8SA 4KI6A 1EETA 4AHCA 1A5VA 4ZTJA 1BCOA 3ZSWA 3HVRA 3RRHA 4E7KA 1WSEA 4G1QA 2AJQA 3IRXA 2HNZA 4FCYA 4KHUA 3SYZA 3AA5X 2DY4A 4CK1A 3AA3A 1SL1A 2G8KA 3VQ9A 3E01A 4N5SA 1C1CA 3LWMA 3AVAA 3KLIA 3MEEA 4FLYA 2KZZA 1NK9A 2W42A 4Z4HA 3MECA 3AVKA 3TAQA 1LV5A 2KFNA 2D0BA 3O3FA 2QXFA 3JYTA 3OYFA 5CYQA 4KPYA 4FJGA 4OGCA 1WSGA 1RT2A 3VQPA 1LW0A 1HPZA 2HHXA 5KGWA 3RMBA 3V9UA 4DQRA 4CHQA 4JLHA 3K58A 4FXDA 1RDDA 4B9LA 2YHAA 3LDSA 1I3AA 1KFDA 3LZJA 2HHWA 4OKKA 4E7HA 4DS4A 3CM5A 3SNNA 4Z0UA 4DSLA 3V9SA 2DTUA 3TWHA 3AO5A 5KRSA 5I3UA 2HVHA 2G8FA 1ZYQA 2OA8A 3OVNA 4CJQA 4NCGA 3NAEA 4W5RA 2YNGA 2FBTA 1QSSA 1L5UA 4Z4EA 3SQ2A 2BE2A 4I7FA 3TAPA 2VWJA 1QE1A 4DU3A 1GOBA 2Q3SA 2I5JA 3SUNA 2YKMA 4OJRA 4NYNA 5HRPA 4O4GA 4DFKA 4BWJA 3SI6A 3HPHA 5DK5A 3L2QA 4ELVA 2XO7A 4FJ8A 1R0AA 2OYQA 4FJLA 3ZT4A 1RTHA 3OYDA 4FJHA 4CGFA 2GBZA 3FFIA 3LPTA 4W5OA 1NOYA 3KTQA 1RDBA 4EZ6A 3VQBA 3CFOA 1NJWA 4HCBA 3KLHA 3QETA 1QSLA 4CEAA 4CEQA 2OPPA 1VSMA 2KQ2A 4CERA 4L8RB 1CZBA 1EXQA 1KSPA 4KHNA 2IOCA 1RNHA 4WE1A 1RT3A 2D5RA 1T7PA 4C8NA 1WSFA 1WAJA 2FC0A 3AVMA 2PZSA 3L8BA 3OY9A 4M3UA 3NF8A 3QEWA 1W9HA 5FDLA 4FM1A 3AA2A 4E19A 2Y1JA 4CHYA 5KI6A 1IKXA 4H4MA 4MQ3A 4TSXA 4CEDA 1TK0A 4I9LA 2ITGA 4JRQA 4BDPA 1JKHA 4DSFA 1BGXT 1RBRA 3I0SA 3L2WA 1RILA 3F73A 3TABA 3VN5A 4Z4GA 4UQGA 3QIOA 2OZSA 4PUOA 2OPSA 4CEOA 1S6PA 4IFYA 4CEEA 3U6FA 2QKKA 1NK8A 1QS4A 1RBSA 3CQ8A 1KRPA 4O44A 2PY5A 2FBVA 4GVMA 4IDKA 4KAZA 3ZT3A 3S3OA 4KFBA 5I42A 3SV3A 2XHBA 3TAGA 3L2RA 5KTQA 4QAGA 1J53A 4E7JA 4N41A 2D0CA 3AO3A 1T03A 3SQ0A 2P5OA 1F21A 4DF8A 2Z1JA 3ISNC 3OS0A 3A2FA 4CHOA 4E0DA 4ZTFA 1NK7A 4F4KA 4Z4IA 5CYMA 4O0JA 3PO4A 3OJSA 4C8OA 2X6SA 4PA1A 2YNIA 4FLUA 2KZMA 1MU2A 3LP0A 3KIOA 1YTAA 4ELTA 4I9QA 1J9AA 5JS1A 2RPIA 1REVA 3P83D 4GW6A 4RW9A 4CJRA 3AVHA 3LP2A 3I8DA 3SZ2A 4PQUA 3IS9A 3WNFA 4B9SA 1NOZA 3VQ8A 1WLJA 1RT5A 4AHVA 3HXMA 4JS4A 4M3RA 2XY6A 3SJJA 5HRRA 4FW2A 3AVJA 3KKRA 1LAVA 4E89A 3KK2A 1HYVA 5HP1A 3RR8A 3AO2A 2P51A 4DLEA 4FM2A 4HUGA 3HL8A 2XY8A 1C6VA 4DU1A 3PX0A 3UIQA 4ZHRA 1HJRA 3V1OA 3AV9A 1JXEA 1WSJA 2B4JA 4B8CA 4O5BA 3U3GA 3AO1A 1IKYA 2B5JA 1TL1A 3NH1A 1A5XA 2PYJA 3DLHA 1YT3A 4KB0A 3V9ZA 3L3UA 4OKEA 5DMRA 3C94A 1DTQA 4CJLA 3OYGA 1L3VA 1GOAA 4FZYA 1C1AA 2E6LA 4CEBA 3IAYA 4KTQA 3K5NA 2ZD1A 5CZ2A 3MXMA 1TGOA 1X9WA 1KFSA 4J2EA 1RT6A 3PUFA 3VQEA 4B8AB 4CJKA 2R7YA 3DLEA 3V4IA 3S3NA 3V9XA 3CG7A 1UOCA 1C1BA 3OYIA 3NBPA 1SL2A 4C8LA 1SL0A 5K14A 2WONA 2VG6A 3WNHA 4N47A 3C6TA 2B6AA 1T8EA 2JGUA 4CEZA 1NKBA 4O0IA 3PY8A 4B9UA 2P1JA 2FBXA 4FM0A 1NK5A 2YNFA 1ZBLA 3QEIA 2PYLA 5JS2A 4F2RA 1BCMA 2G8UA 4KREA 5HRSA 1KLMA 4DF4A 2ETJA 1UA0A 5J2MA 5SWMA 3MEGA 1S6QA 1VSDA 3G0ZA 4ELUA 3OYCA 2KTQA 1I39A 1A5WA 1X1PA 2DFFA 3NCIA 2IDOA 3TARA 4H4OA 5HRNA 2VG7A 4CIEA 1TKDA 4KV8A 3QIPA 1LWCA 4OVLA 5FRMA 1BIZA 3CM6A 4CGDA 5FRNA 4JS5A 4LD0A 1FK9A 1RBUA 4I2QA 3ZSQA 1VSEA 4CF8A 1T05A 1K6YA 3P5JA 4FK4A 3B6OA 4FJIA 1JLAA 1VSIA 3AVFA 3SPYA 3TI0A 1XC9A 4DQSA 3VQ6A 3K5MA 4DTOA 1Q8IA 3F9KA 4FJKA 3HPOA 4LH5A 5FROA 3DLRA 3TAMA 3QNNA 2EHGA 3RR7A 4FLVA 1RTIA 1JLFA 1HNVA 4LH4A 2JLEA 4IFVA 4KHQA 1S1XA 2D0AA 4DFMA 1Y97A 5T7BA 4FLZA 3DMJA 1BIUA 3HYFA 4W5TA 1L3UA 3HPGA 3AVCA 4CHPA 4DQPA 2HHTA 2QKBA 3VQCA 1O1WA 3PX6A 2O4GA 4CK2A 4FZXC 3ZSYA 2IS3A 1J54A 3D45A 3M8QA 3HSTB 3OYAA 1NJXA 1TK8A 4CJ5A 1NKEA 2OZMA 1VK0A 2YNHA 4DFJA 4KHYA 4Q0BA 4C8KA 4DSKA 1BHLA 3T19A 1JLEA 3VQ4A 1WAFA 1RTDA 1CXQA 4FZZA 1NJZA 1L3TA 4FYDA 1RT4A 2BGGA 3KK3A 1BI4A 1HRHA 1W0HA 2E6MA 2HNDA 4KO0A 3ZSVA 1TKXA 4CFBA 1NK6A 3OYNA 3B6PA 4GMJB 5EU7A 3JSMA 1WSHA 3DYAA 4BACA 3AO4A 5HROA 3DLKA 2HHUA 4DTUA 4KB1A 4FK0A 1VRUA 4OKJA 4DTPA 4M41A 4DWIA 4F8RA 1RBTA 3KKSA 3U3YA 2G8WA 3VQDA 3SQ4A 1ZBIA 1KCFA 4CIGA 3QEPA 1JLQA 4AHTA 3DRSA 4LSLA 4BE2A 4CE9A 1RDAA 3VQAA 2NUBA 2X78A 3NGYA 2QK9A 1SV5A 2HW3A 3WNGA 4DFPA 1YTUA 4DMNA 4E7IA 1GOCA 4B08A 3VQ7A 1KVAA 1TKTA 4RW7A 3ZSOA 4CJ3A 3PX4A 2IGIA 4OGEA 4E7LA 4DTJA 3SUOA 4Y1CA 4CJSA 4CGIA 1S9EA 4FJNA 2O4IA 3ZT2A 3HO1A 2HHSA 4C8MA 4HHTA 1U04A 3SQ1A 4W5NA 1JXBA 1UAXA 2ZE2A 1HQEA 4M3YA 4K8ZA 3M8PA 4ID5A 1HMVA 1U48A 4OPKA 4FW1A 3S9HA 1J5OA 4KI4A 3OS2A 1JLBA 1RBVA 3OYEA 2OPQA 3KLFA 2HMIA 4F3TA 3NDKA 1IO2A 1TAQA 3QNOA 4FJ9A 4AH9A 3DRRA 4FLWA 3M8RA 1VSFA 2VG5A 4CCHA 3HM9A 4BE1A 4HVJA 1C0TA 3NHGA 2F8TA 1XHXA 1TV6A 4M42A 1WSIA 3NH2A 4M3XA 4LY7A 3K2PA 5C25A 4JRPA 1QTMA 3EZ5A 2YKNA 3HVTA 1ZBHA 3TANA 3RRGA 3NFAA 4CGHA 4CF2A 2G8IA 4AHRA 3V1RA 3SUPA 4CFCA 4CJWA 4IKFA 4DTNA 4E3SA 1CLQA 3RMDA 3RMAA 3AA4A 4DLGA 1UA1A 1LW2A 4MFBA 1D9DA 2YV0X 3KLEA 5D3GA 1U45A 1TKZA 1JL2A 3ALYA 4CJFA 2KFZA 4H8KA 1Z25A 3AVBA 3DI6A 1ASUA 3ZSXA 3ULDA 3CFRA 1IKVA 3DOKA 4HUEA 3O3HA 4ID1A 3V1QA 4CFDA 4DTXA 1NK0A 4CECA 4DTMA 3LWLA 1LWFA 3V6DA 4Y1DA 1U49A 3KD5E 1N6QA 4OLAA 4CGJA 1YVUA 3I0RA 3RWUA 3OYKA 5KRTA 4J2BA 4RW4A 3LANA 3P1GA 3NF9A 1JLGA 2XY5A 1EX4A 1NK4A 3MEDA 3OYMA 4O55A 4PY5A 4KTWA 4FJJA 1Z26A 5KGXA 4DSJA 3KD1E 4OPJA 2HHVA 1IKWA 4RW6A 3VA3A 2A1RA 4J2DA 1KVBA 4DTRA 4PWDA 3ASMA 1HYSA 1FXXA 4Q5VA 4CGGA 3KLGA 1WNSA 3QERA 1NKCA 4OLBA 4FJMA 4KTZA 5J1EA 4DU4A 2Y1IA 1BQMA 2RN2A 3BDPA 1QQCA 1U4BA 1IH7A 1KTQA 4CEFA 3AVIA 1D9FA 4CF0A 3MXJA 2X74A 3ZCMA 5C24A 1FKOA 4CHZA 3K57A 2ZQBA 2BDPA 4FJXA 4M3WA 2Z1IA 4LSNA 4AHUA 1D8YA 2HNYA 4CJ4A 3WNEA 4BE0A 1RTJA 3THVA 1IG9A 1B92A 4K8XA 3AVNA 2OPRA 3LP3A 1C0MA 4B9MA 3ZT1A 2E4LA 5HLFA 1XI1A 1TK5A 3T3FA 1VRTA 1S1WA 1U47A 3K5LA 1BQNA 1RCHA 3K59A 4N76A 3HP9A 2HB5A 2WOMA 4CFAA 5CZ1A 3OYHA 3L2UA 1X9SA 3OJUA 4EP4A 3BGRA 3SCXA 4CJTA 1Q9YA 3NH0A 3V9WA 2F96A 3G10A 3QESA 4Z4FA 3CFPA 4CF9A 2G8VA 1VSJA 4FJ5A 1S1VA 2P5GA 3L2VA 2HHQA 4CJUA 1BI4B 2KW4A 4CK3A 3C6UA 3DM2A 3KK1A 1EP4A 3LAMA 3NF6A 3TR8A 4CJPA 4YFUA 1SKSA 4KRFA 5CY4A 1SUQA 4B9NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AA4A 1DTTA 3OS1A 1QQNA 3DWLA 2Z1HA 4CIFA 1E4FT 4JI6K 4GNIA 1RDCA 5M1FA 4XIUA 1BA1A 4CJ7A 4JKGB 3P4IA 4FK2A 3ZSZA 2W40A 3CYMA 3S3MA 3L0QA 3QEXA 3VOVA 1CZ9A 3V81A 1HNIA 4IG3A 4EZ9A 4A2BA 2GUPA 4IG0A 4ISFA 1ZXOA 1YITN 4YNQA 3MN7A 3EY1A 2DFEA 2GV9A 3MXIA 1IJJA 4AILC 2O8EA 3NE6A 4HTUA 4BRMA 4FL9A 3HJFA 2V52B 2HBKA 1N8RO 4BR5A 3MK6A 1RFQA 2VWKA 4KBOA 3TSUA 3TAFA 4NCAA 1BISA 3MAQA 4FJ7A 2EX3A 4BC5A 3CF5L 4WYBA 1HNWK 4BROA 1X9MA 2NRZA 3AVLA 1FKPA 2ASMA 3NGIA 1LWEA 4DUYK 3WEEB 3O4WA 1KD1O 1BWFO 1D5AA 4HUFA 4KKOA 4KHSA 4DG1A 4LF4K 2P9KB 3PLAA 1EKEA 3LZIA 1S72N 4E1MA 3VENA 3EZWA 2UXCK 3CETA 2Q31A 2CH5A 2D1KA 1SKRA 3LP1A 1L3SA 3SLCA 5KQDA 4F2SA 1RT1A 4BR9A 1HNXK 5J2PA 3KJVA 3RMCA 4CHNA 4E1NA 4DSEA 1KLNA 1EETA 4AHCA 1BCOA 3BY5A 3A5NC 3D6RA 2AJQA 3IRXA 4FCYA 2F9TA 4CVNE 3AA3A 1BU6O 3BZKA 3FLCO 3VQ9A 4LF9K 4AF1A 3AVAA 1NK9A 4JKFA 5C12A 3AVKA 1LV5A 4DV3K 2KFNA 2QXFA 3IFRA 3L4QA 3AGKA 1WSGA 1LW0A 1HPZA 4CD3A 2HHHK 3QDKA 3I56N 3K58A 1OH6A 3O8MA 4C1NI 4NXNK 1KC8O 4FOIA 4OKKA 1NWKA 3AO5A 5I3UA 1VHXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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