The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
19
|
| structure length |
74
|
| sequence length |
74
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PFU A; 2JWL A; 2JWK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DTN A; 4B3R K; 3QEP A; 3OJS A; 4DS5 A; 3TAR A; 1S22 A; 4MO5 A; 1D8Y A; 2CGL A; 2EWS A; 1S6Q A; 4CZJ A; 2HNY A; 4IOC L; 2YV0 X; 2D0P A; 5AQO A; 4XEI A; 3J8A A; 4O55 A; 3TI0 A; 1W2B M; 4CZL A; 4DWI A; 3HT3 A; 4BR0 A; 1OH6 A; 4ILH A; 4CVN E; 3E9O A; 1V4T A; 5MLC Q; 1MDU B; 4CCH A; 2F96 A; 3VQ5 A; 4M63 C; 3EKU A; 5AQG A; 1OH8 A; 3O9Q A; 1D4X A; 3BDP A; 4FJJ A; 4I9Q A; 3DRS A; 2O8D A; 1GOA A; 3TAM A; 3U6F A; 1IBL K; 3P4I A; 3ZET A; 2NRV A; 3IDH A; 2QXL A; 1HPZ A; 2CH6 A; 3NF8 A; 3AO3 A; 5F0X A; 1NMD A; 2E2O A; 3CQ8 A; 3THY A; 1S1T A; 4CD3 A; 3ZSY A; 2QI2 A; 3CCR N; 3AVG A; 3F5T A; 4Z0U A; 3THX A; 1ATS A; 2NLX A; 4OLA A; 3WNG A; 4OPH A; 2Q3S A; 4DTP A; 3AVM A; 1UA0 A; 4FWS A; 2G8W A; 2OTJ N; 2V7Y A; 3BEX A; 3KKS A; 4FM1 A; 3LP0 A; 3OBW A; 2QXF A; 3L3U A; 3WEE B; 1A5V A; 3NH1 A; 3QIN A; 2HHW A; 4DR3 K; 3E9L A; 5BR9 A; 2G8V A; 4IEI A; 4HWI A; 4FK0 A; 1TL3 A; 2E20 A; 1VSD A; 5C25 A; 1KFS A; 4CEC A; 4CE9 A; 1ASV A; 5JVH L; 1K8K A; 5BRD A; 1NBW A; 1EP4 A; 3HL8 A; 4KH4 A; 5JS2 A; 3DOL A; 1Q81 O; 3MWP A; 3CMA N; 4JEP A; 3SV4 A; 1FJG K; 2YI1 A; 1U49 A; 3ZEU B; 4N5S A; 4ELU A; 4RTF D; 1L3V A; 3RVC A; 4Z4F A; 3M8R A; 4FWN A; 5BN8 A; 5J2N A; 1WN7 A; 3VGK A; 1NK0 A; 1VHX A; 5E26 A; 1GLL O; 4EHU A; 1JCF A; 4JHD A; 1NGD A; 2DFE A; 1HNW K; 4PHT X; 3KZB A; 3QEV A; 2QW9 A; 4YOV A; 4ELV A; 3O08 A; 1Q18 A; 4WQ4 A; 4B8A B; 3J7Z O; 3VA3 A; 4CED A; 5IWA K; 2E6L A; 2D4W A; 2BGG A; 3LPU A; 3CJB A; 3KIO A; 3V9S A; 1KFD A; 2E6M A; 4GNI A; 2FSN A; 4IJN A; 1HRH A; 4IEE A; 4B9V A; 1OKJ A; 1QZ5 A; 2RPI A; 1HMV A; 3L0Q A; 4O8U A; 4HCC A; 1W97 L; 4CEQ A; 4DTM A; 3T7Z A; 5FPN A; 2QWN A; 5FPM A; 4B9S A; 4EHT A; 2Z1I A; 1SUQ A; 3OYL A; 4ID1 A; 4BY9 C; 5AZI B; 3T19 A; 4CFD A; 3SBG A; 2QA4 N; 4FJI A; 1VSE A; 1CLQ A; 4YOW A; 1QSS A; 3GG4 A; 3RSE B; 4B1V A; 5GAE P; 2KZM A; 3LDN A; 3E1Y A; 3ZYY X; 2YCH A; 3OYH A; 3LZJ A; 4DSF A; 3O3G A; 3QIP A; 5M1P A; 2P9L A; 3KLG A; 3KLF A; 5KPR A; 3CCS N; 3VMF B; 4YDU C; 1RTH A; 4FO0 A; 4J2E A; 3CF5 L; 1U04 A; 4IZ9 A; 4G9Z A; 4KTW A; 3CD6 N; 4OO1 J; 2UXB K; 3AGR A; 3MAQ A; 3DRR A; 4CJP A; 1DKG D; 3HJF A; 3VEY A; 1HUX A; 1KD1 O; 4FOI A; 2YNH A; 1XWL A; 2O8F A; 4DLG A; 4ZTJ A; 1Q7Y O; 4WF9 L; 5D3G A; 1C1C A; 4R5P A; 4CZM A; 2OZS A; 2W42 A; 1VSK A; 5BRH A; 5TKY A; 3K57 A; 1YJ9 N; 1XMO K; 3O9S A; 1D9D A; 4B9U A; 4QCL A; 3H08 A; 3OYB A; 4DV1 K; 3R1X A; 4K8X A; 2P9I B; 4U67 L; 4RW8 A; 4QS7 A; 3L4I A; 4F2S A; 1NGJ A; 4PL7 A; 4C8K A; 2WUS A; 1FKO A; 4CGD A; 5AQS A; 3CXC M; 2KKZ A; 4FJ8 A; 4CHN A; 3SAG A; 2I5J A; 1QQO A; 1NJW A; 4DR7 K; 3U3G A; 3KWI A; 1U2V A; 1KSP A; 4CJF A; 2HHV A; 4EP5 A; 1XI1 A; 2J4R A; 3NDK A; 4A57 A; 3J80 O; 2E2N A; 3MK6 A; 3F9M A; 1T3V A; 4JV5 K; 3DXM A; 3R6M A; 5CZ2 A; 2A1R A; 1KC8 O; 2VWK A; 3VQ7 A; 3VQ4 A; 4N76 A; 3EE8 A; 3KLH A; 4DU4 A; 2KLA A; 1FKP A; 3A5M C; 4XH4 A; 4KRF A; 1JJ2 M; 2VYP A; 1EO1 A; 3AA4 A; 2GV9 A; 3RTV A; 5I3U A; 3TAQ A; 2O8E A; 2QKB A; 3LWM A; 1ZBU A; 3ZT0 A; 3T69 A; 4DTR A; 4DR6 K; 3I0S A; 3MN9 A; 5C42 A; 3SAF A; 4A61 A; 4E7H A; 1VQ6 N; 1QQM A; 4O0I A; 2OPS A; 1TVR A; 1U4B A; 4JKC A; 2NRT A; 4JKF A; 3HM8 A; 4F3T A; 1VSJ A; 2QKK A; 4DMN A; 1FW6 A; 4CJ3 A; 1RT5 A; 4OPK A; 3ITH A; 1T03 A; 4IFV A; 4K43 A; 5EOY A; 5KPT A; 3CJA A; 4W5N A; 3SLC A; 4CF8 A; 3K5L A; 2DY4 A; 3HVR A; 3CFP A; 2CGJ A; 3CC4 N; 1H1V A; 1XMQ K; 2P9S B; 3A8Y A; 1ZC6 A; 5AQN A; 2BDP A; 1D5A A; 4NYF A; 4C8L A; 3DAW A; 4Z94 A; 2A41 A; 4CJU A; 2I7P A; 3DMJ A; 4CEB A; 3NH0 A; 3KD1 E; 3AVI A; 3QBX A; 5C0Y A; 5KQD A; 4HUF A; 5AQQ A; 2VGN A; 2F8T A; 3BP8 A; 3ZSQ A; 4MFB A; 3CM6 A; 3VES A; 3QER A; 3KLE A; 1ATN A; 2KQ2 A; 3HP6 A; 2BH1 A; 1S1X A; 3WXL A; 3SQ4 A; 4AHV A; 3OYN A; 3H6E A; 4BRN A; 1BI4 A; 2RHK A; 3EY1 A; 3JSM A; 3NHG A; 2HBK A; 3QNN A; 4J8F A; 1SS6 A; 1GLC G; 1SL0 A; 3BF3 A; 3FE1 A; 4A5A A; 5CYQ A; 4KB1 A; 3A5L C; 5EU7 A; 3H3N O; 2GTD A; 4AM7 A; 4LF4 K; 4OKJ A; 3O3H A; 3OY9 A; 4B1Y B; 1OVQ A; 4ISG A; 2Q0R A; 4M3X A; 3L2W A; 1YHQ N; 3VQ8 A; 1X9M A; 4I2P A; 4HTU A; 3GBT A; 1VK0 A; 4WQ5 A; 1IKW A; 3DLH A; 1GLA G; 1WAJ A; 2LSN A; 1NKC A; 2A1S A; 3O3F A; 3LM2 A; 1S1U A; 4EZ9 A; 2FC0 A; 1ASW A; 4CJS A; 2QWL A; 2OPR A; 4OLB A; 3QIC A; 3CCV N; 2KFZ A; 4CFA A; 4E7J A; 4JKH A; 4YOT A; 5AFU H; 5A2Q O; 4CBU A; 3MX5 A; 1VQ4 N; 3CM5 A; 4DF8 A; 1RBU A; 4B1Z A; 1NG9 A; 4QOZ B; 3PO5 A; 3C95 A; 3DJC A; 4Q5V A; 3NF9 A; 5E84 A; 3VQP A; 2GWJ A; 2G8F A; 5GIO A; 1XHZ A; 4KI4 A; 1L3U A; 4ID5 A; 1P90 A; 3SUN A; 4L8R B; 4CGF A; 2F4V K; 3OYF A; 4O5B A; 4JI3 K; 2A3Z A; 3FFK B; 1KVA A; 3VGL A; 1OH5 A; 4OJR A; 3TTD A; 3V1Q A; 2ASP A; 3CCQ N; 5AQT A; 3LDL A; 1FK9 A; 3VF2 A; 3QO9 A; 3WNH A; 4FJ9 A; 2DTU A; 3ENO A; 1UWB A; 4BRP A; 1NGI A; 4LF9 K; 4CJK A; 5FRO A; 1RTJ A; 4M3W A; 1Z25 A; 1NJI O; 2AP1 A; 1U48 A; 3N4Q A; 3M8P A; 3PX0 A; 1IBK K; 4B08 A; 4KV8 A; 4X66 K; 1N5Y A; 1WNS A; 4KHU A; 1TYQ A; 3T1A A; 1KVB A; 1NMN A; 3VET A; 4Q0B A; 2UUA K; 1C0G A; 3TR8 A; 1WSI A; 3WUH A; 4M41 A; 1JL2 A; 1F21 A; 4A62 A; 3I8B A; 2Y1I A; 3M8S A; 3CCE N; 4CES A; 3UB5 A; 1LW0 A; 2D0C A; 2HBJ A; 3AV9 A; 4CJW A; 3OYD A; 3KHY A; 1SAZ A; 3AY9 A; 5FDL A; 4MDA A; 4DU3 A; 1IG9 A; 4BRI A; 3T3F A; 4CFC A; 4FLU A; 2CH5 A; 3VEN A; 4BRK A; 3ATU A; 3O1W A; 3TAN A; 1KAZ A; 3ZSZ A; 1HNZ K; 5AFU A; 3TAF A; 4F4K A; 2NRX A; 3M3Z A; 5C2F A; 1EXQ A; 1RDA A; 3D0P A; 1SL1 A; 1JLF A; 5EVZ A; 1NK8 A; 1HR0 K; 3LDO A; 1SZ2 A; 1T05 A; 1EKE A; 3K59 A; 3IKM A; 1N6Q A; 2ZE2 A; 3HP9 A; 5M1F A; 1XNR K; 1N33 K; 4WQ4 C; 5BR8 K; 4FZZ A; 2NRH A; 4M3Y A; 4MO4 A; 2IC3 A; 3C7N A; 4FJM A; 3DXK B; 2JLE A; 1QTM A; 1IKX A; 4JK8 A; 4OPA A; 3UKU B; 4FZX C; 2F7T A; 2XRI A; 4IOX A; 2YHA A; 3L8B A; 1ZBL A; 1JLA A; 2Q2R A; 1NWK A; 1WAF A; 3UKR B; 2ZGZ A; 1QVF M; 2DFH A; 3FLC O; 2P9P B; 5DM6 L; 3OYE A; 3HM9 A; 2F9W A; 2UUC K; 1YTU A; 3MED A; 4H8K A; 3E01 A; 1RBV A; 3ULE A; 2F8S A; 1EWR A; 3NFA A; 2RN2 A; 3ALY A; 4E89 A; 3TSQ A; 3CJ7 A; 3AVH A; 5AQF A; 3VGM A; 1QSY A; 3K5O A; 2E1Z A; 3K2P A; 2ZGY A; 1KXP A; 3PV8 A; 4CGG A; 3SBT A; 1Q9X A; 3WNF A; 4IFY A; 1G15 A; 3PX4 A; 3LWL A; 4K25 A; 4O44 A; 3ULD A; 5JLH A; 5AQY A; 2VGM A; 4H5W A; 3CI5 A; 4CD1 A; 3DLB A; 3NMU A; 4AIL C; 2XY7 A; 4H03 B; 1BA1 A; 5FPD A; 4FVM A; 4OVL A; 4BC3 A; 1WSE A; 4KI6 A; 2G8H A; 2O8C B; 2JWK A; 4F2R A; 2VWB A; 4GW6 A; 4JI6 K; 1W7A A; 1U47 A; 3VOV A; 3P38 A; 5AQI A; 2ZM6 K; 4B8C A; 3NGZ A; 4BE2 A; 2O8D B; 3D2E A; 4E1J A; 3OYJ A; 4PKH A; 1TK5 A; 4JS4 A; 3ZET B; 3R3L A; 1VSF A; 3FZH A; 3SJJ A; 5KPZ A; 2Z1G A; 3A5O C; 3O9R A; 1NJY A; 3THY B; 4DS4 A; 5AQL A; 4BE0 A; 3FZL A; 1JLG A; 5ELZ A; 3VPZ A; 3CJ1 A; 4NXM K; 4DV0 K; 5J2Q A; 1C1B A; 3MEG A; 5C15 A; 4BRO A; 2OCE A; 3AA3 A; 1J9A A; 4LSL A; 1BA0 A; 4E1M A; 1W9H A; 4AM6 A; 5LMN K; 3SZ2 A; 4IO9 L; 1O13 A; 2VG7 A; 4FVU A; 3OA9 A; 4JKB A; 3PO4 A; 5TKW A; 1XUP O; 5M1N A; 3RRH A; 3D6R A; 4CHZ A; 1DGK N; 1BIZ A; 2XY8 A; 3EO3 A; 1RBS A; 4MLE A; 2YJE A; 1SKR A; 4CZK A; 4BRF A; 3TWH A; 4JN4 A; 2GEM A; 4H0T B; 3ZSW A; 4FJK A; 3AGK A; 3C6U A; 4PKG A; 3IAY A; 5ADX A; 3SQ2 A; 4DQQ A; 2O4G A; 2P9U A; 1K8K B; 4BRH A; 3ZSV A; 2XY5 A; 4B9M A; 1IKV A; 3F9K A; 1HJO A; 4IG3 A; 4BWM A; 4B9Q A; 3P31 A; 2WON A; 5T7B A; 3TU5 A; 3SQ0 A; 2FLO A; 1TKD A; 3C6A A; 4BRE A; 2YHW A; 1VQN N; 1HYV A; 4JS5 A; 5GIN A; 2Z1J A; 4OGE A; 1E4G T; 4BQZ A; 4FZY A; 4JHD B; 4DV6 K; 2HOE A; 4B9T A; 1T7P A; 2E2P A; 5F1X A; 2YNF A; 3ZT2 A; 1UOC A; 2QTD A; 2XHB A; 1IKY A; 1JLB A; 3V9U A; 3LDS A; 5M1Q A; 5FRN A; 2O8B A; 4NO7 A; 3HPO A; 1B9D A; 3HXM A; 3ZEU A; 5AQR A; 3A2F A; 2OZM A; 3W3D A; 1YI2 N; 2NNW A; 1OVY A; 1TK8 A; 3ASM A; 2ITM A; 3ZSO A; 4BRA A; 4DSE A; 1R0A A; 3VQB A; 4X65 K; 3SK3 A; 4CFB A; 1J54 A; 4K41 A; 4KB0 A; 2W41 A; 4QS9 A; 4RWT A; 1S9E A; 3VEW A; 3CCL N; 1NK6 A; 4DV2 K; 3L2Q A; 3PY8 A; 4DFJ A; 1X9W A; 3DLE A; 3H46 O; 1HPM A; 2KW4 A; 3FZM A; 3K0S A; 4FWP A; 3CFR A; 4BG9 A; 5AQJ A; 1K6Y A; 2Y1J A; 2ZJQ L; 1Q86 O; 1B92 A; 5AQV A; 2PBD A; 3VQ6 A; 2Q1N A; 2QWP A; 5FLX O; 5AJ3 K; 1NK9 A; 4EAH D; 4QS8 A; 1RBR A; 4BDY A; 4FYD A; 1GLE G; 1NK5 A; 4NXN K; 3A5N C; 1LWF A; 3RRG A; 3ZT4 A; 3ZT1 A; 3PX6 A; 3HI0 A; 3NGY A; 2D0B A; 2KHO A; 4W5Q A; 1BCM A; 4MQ3 A; 1ZBH A; 4FPA A; 1TV6 A; 2FF3 B; 2P5O A; 2O8F B; 1RBT A; 4IBN A; 4BVO A; 4CEZ A; 3VA0 A; 3CQY A; 4DFP A; 3AVB A; 1KAX A; 4CJ4 A; 3O4Q A; 4IFE A; 2IVN A; 2V51 B; 3QIO A; 4MDB A; 4DR4 K; 2B4J A; 4E3S A; 1EET A; 4BRC A; 3OJU A; 1YTA A; 2DPN A; 4CGJ A; 1SKW A; 3VN5 A; 3PLA A; 4WQ5 C; 4CJT A; 1QS4 A; 5B8H A; 1Z26 A; 3NVM A; 2GEL A; 4RG8 A; 3THW B; 4FLT A; 4OKK A; 4FSV A; 3HPG A; 3EKS A; 1HKC A; 1VSH A; 2NZT A; 3O4W A; 2ZJP L; 4OPJ A; 2HBM A; 2HND A; 4Y1D A; 2GWK A; 4WFA L; 5CY4 A; 2FBX A; 3CER A; 1A5X A; 1DTT A; 2YX6 A; 1JL1 A; 2FBT A; 1NOY A; 4CIG A; 5HL7 L; 1NNE A; 3RR7 A; 1HKB A; 3MN5 A; 2HB5 A; 3G0Z A; 4CHY A; 4WFB L; 3WT0 A; 1U6Z A; 4JI1 K; 3OYM A; 3F2K A; 2VG6 A; 1XC9 A; 3IS9 A; 5HRS A; 1X3M A; 3DXM B; 2HNZ A; 1FXX A; 3S3O A; 1NKB A; 2Z1H A; 1QSL A; 5AZJ A; 5JS1 A; 1A5W A; 4FCY A; 4LF7 K; 3MDQ A; 2EHG A; 1JXB A; 2QWR A; 1HLU A; 3AA5 X; 4HCB A; 5JLF A; 1GLB G; 1K8A O; 4JI7 K; 2HHH K; 4CGI A; 4AQY K; 4NYN A; 2PAV A; 3OYA A; 3MN7 A; 3LP2 A; 4H0V B; 3B8A X; 2QK9 A; 3LM9 A; 2O8E B; 2FBY A; 4DB3 A; 4E19 A; 5C10 A; 3RMC A; 4YNQ A; 5JVG L; 2W6L A; 3H1V X; 4B1W B; 4W5O A; 1KLN A; 4GKK K; 3TAP A; 4FK2 A; 1NGA A; 2UU9 K; 4X62 K; 3JS6 A; 5BPL A; 1Q8I A; 4PWD A; 1M90 O; 2QWQ A; 5AQH A; 2P9N A; 2VQF K; 4U7B A; 4TSX A; 4YOX A; 1T6C A; 3IFR A; 1K9M O; 4GV3 A; 3IMX A; 4CBW A; 1LAW A; 4LF8 K; 3SPZ A; 1BG3 A; 3AA2 A; 3SPY A; 3DM2 A; 4AHS A; 4CK3 A; 1BO5 O; 1QVG M; 5KGW A; 4B3S K; 1N36 K; 2UXC K; 2ITG A; 1IH7 A; 3NF6 A; 4LY7 A; 2Q31 A; 4DQS A; 1VSL A; 4RCH A; 4N47 A; 1L3S A; 2Q97 A; 1XQS C; 3MX2 A; 3VQE A; 4AF1 A; 2W6K A; 4CGH A; 4C23 A; 2HMI A; 3P1G A; 3Q7C A; 3S3N A; 4JRQ A; 5DK5 A; 3OTO K; 1ESV A; 4B3T K; 4IO8 A; 1MU2 A; 2RKI A; 4QAG A; 3UE5 A; 5KGX A; 1BI4 B; 2BE2 A; 4FWK A; 4JI2 K; 4E7L A; 5FRM A; 1JLQ A; 1SQK A; 3HTV A; 1YVN A; 3O9U A; 1RFQ A; 3W0L A; 4EZ6 A; 4PUO A; 2P1J A; 4DV3 K; 3VQD A; 4JKG A; 4ILJ A; 3IUC A; 4KFB A; 4BAC A; 2UYT A; 2X78 A; 1WSG A; 2P9K A; 3ENB A; 3AAQ A; 4B1U B; 1RDW X; 3AVK A; 3L6Q A; 1E3M A; 4NCA A; 2X74 A; 4CBX A; 3MCP A; 4CF9 A; 2IAJ A; 1CXU A; 3NAE A; 2YKM A; 1N8R O; 3SMS A; 1HX1 A; 4BC2 A; 1Q82 O; 3O4N A; 4FLY A; 1U45 A; 2VQE K; 4DSJ A; 1LW2 A; 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