The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| total genus |
19
|
| structure length |
74
|
| sequence length |
74
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PFU A; 2JWK A; 2JWL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CG7 A; 4OVL A; 3LAK A; 3WXM B; 2ASM A; 2D0A A; 3DLH A; 1BA1 A; 2QM1 A; 2AA4 A; 4R5P A; 3S9H A; 1VSJ A; 4BDY A; 4FYD A; 5C24 A; 1WBD A; 4FWL A; 2YHY A; 2Z1I A; 3OHR A; 3TSP A; 5KI6 A; 5AQT A; 3KK7 A; 4V19 S; 2BUP A; 5KQ8 A; 1XMO K; 1L3U A; 5AQU A; 1GLJ O; 1I3A A; 4BR2 A; 3LP3 A; 3V9Z A; 3SBG A; 2XY6 A; 1X9J A; 4FLU A; 4HUG A; 4RCH A; 5AQL A; 5AQN A; 3GE1 A; 3IS9 A; 3QIP A; 3CCS N; 2W6K A; 2P9K B; 3ITH A; 4J2B A; 4FZZ A; 1D4X A; 1S1W A; 3R6M A; 2FBT A; 1I94 K; 3D2F A; 4BDP A; 4GKJ K; 2LSN A; 3DLR A; 5BPN A; 4H03 B; 3CM5 A; 3D2F B; 2ITG A; 3OYJ A; 4M3Y A; 3EKU A; 4AHV A; 5LJV A; 3CQX A; 1RT6 A; 1GOA A; 1TKT A; 3AAP A; 4I2Q A; 1K9M O; 2HVI A; 3G25 A; 3NE6 A; 1BOT O; 4ILJ A; 5AQP A; 4ELU A; 4KTW A; 4CHY A; 1GLD G; 2O8F A; 3AAR A; 2PFU A; 2NRW A; 3MX5 A; 3W0L A; 1P8Z A; 4BRD A; 2IAJ A; 2YJF A; 2ITM A; 2O8F B; 3V1Q A; 3ZT4 A; 4FJG A; 2PY5 A; 1YF5 L; 3ENO A; 1GLC G; 2JWK A; 4ISG A; 3SMS A; 3NGY A; 3L6Q A; 1YAG A; 3K9K A; 1G99 A; 4C8L A; 3CMA N; 1VRU A; 4DWI A; 3HZ6 A; 2NZT A; 4BRQ A; 4CZG A; 4O0I A; 3L2Q A; 1C1B A; 4JRQ A; 5F2R A; 3T1Y K; 1ZYQ A; 4H8K A; 1T05 A; 3JXU A; 4Q0B A; 3NFA A; 3ZET A; 3K5N A; 3MAQ A; 1D8Y A; 4FJK A; 4O0J A; 2OTJ N; 3T3F A; 1VQP N; 3ZET B; 4BR4 A; 5IWA K; 4GVM A; 4RW7 A; 1WBB A; 3P38 A; 3KLI A; 2HHS A; 3KKR A; 3CC4 N; 1C0G A; 2YNI A; 1E4F T; 1L3T A; 3QEV A; 1J5E K; 3LZJ A; 2KTQ A; 3A2F A; 4O8U A; 4DR6 K; 1HNV A; 1Z6R A; 3NVK A; 4KBO A; 1HQE A; 1LAV A; 4YOX A; 1GOB A; 1D9F A; 1IG9 A; 4KB0 A; 4FZY A; 1BWF O; 5AQS A; 3SK3 A; 3A0I X; 3N4P A; 2IVP A; 1CZB A; 1BI4 A; 4BR7 A; 4B1Z A; 4X64 K; 2NRX A; 3RMD A; 4C1N I; 1O1W A; 3HPG A; 1TK8 A; 1BI4 B; 3BY5 A; 4M45 A; 3SPZ A; 3VOV A; 4JS4 A; 4I7F A; 4J2A A; 3CCM N; 4IJN A; 4MFB A; 5AQV A; 3GOI A; 4HHT A; 3ULD A; 3ZEU A; 1N8R O; 2OZS A; 1N32 K; 3HBT A; 4JKH A; 1QVG M; 4QS8 A; 3CET A; 3L2V A; 5KQD A; 2GV9 A; 3RVC A; 3WNG A; 3ZX2 A; 1IV0 A; 1VK0 A; 3O08 A; 3FFI A; 4K0K K; 1QE1 A; 1OH6 A; 5DM7 L; 3CQY A; 3VF6 A; 3VES A; 3M8R A; 4KPY A; 4MDB A; 5BN9 A; 3C95 A; 4FJN A; 3P1G A; 5GAH P; 4IO9 L; 5F1X A; 3DOL A; 2F4V K; 1Q81 O; 5I9E B; 4A2B A; 4BG8 A; 2UUA K; 1NGJ A; 4B3M K; 4PL8 A; 1NGD A; 5B8H A; 1RTI A; 4AHT A; 2W40 A; 3D6R A; 2WBN A; 1QQN A; 1C0F A; 3EKS A; 3NBP A; 4KO0 A; 2P5G A; 3G6E N; 2PAV A; 2KFN A; 1VQO N; 3E01 A; 2HHQ A; 4KV8 A; 3FZK A; 4E1M A; 3AVA A; 1C0M A; 5ADX H; 2RKI A; 1QSS A; 4W5N A; 3M5R A; 2YJE A; 4CEQ A; 2FXU A; 4JKG A; 4DTJ A; 2F8T A; 3ISN C; 2P9S B; 2YHA A; 3TAG A; 1ZBF A; 1KVA A; 3KLG A; 4IXC A; 3CCE N; 2NNW A; 1L5U A; 2WOM A; 1TGO A; 2OTL N; 1HR0 K; 4BRC A; 4YOT A; 4CGI A; 3TAM A; 3CD6 N; 1BGX T; 4E7L A; 4CZE A; 1SS6 A; 4JAX A; 2QWR A; 1DGK N; 1KAZ A; 5EY4 A; 4O55 A; 4BWM A; 5I42 A; 4CW7 B; 1RT5 A; 3AVF A; 4CF0 A; 2W42 A; 3A5N C; 4JKB A; 1LCU A; 1RTD A; 2HBL A; 3O9R A; 4LY7 A; 1VHX A; 3MWP A; 1WSF A; 2XO7 A; 2P9L A; 1TK5 A; 1A5V A; 4FVM A; 3HJF A; 1SZ2 A; 4FOI A; 1WB9 A; 4C8K A; 3IRX A; 4F3O A; 2P9L B; 3MED A; 2Q1N A; 4NYF A; 3DM2 A; 5GIP A; 2O8B B; 3TPQ A; 4M3Z A; 4NYN A; 3O4N A; 4DR4 K; 2QWN A; 4DF4 A; 3NH1 A; 4O5B A; 3WQT A; 3AGR A; 4Z4C A; 1NGB A; 2OPP A; 5KPR A; 1WSE A; 3DLL L; 1D5A A; 4C8M A; 4GMJ B; 4C1N K; 3VQ6 A; 3S3M A; 3VGK A; 2RHK A; 3LWL A; 1IO2 A; 4DG1 A; 5HBM A; 5HLF A; 3RSE B; 3DOK A; 1WUA A; 4FM0 A; 4FCY A; 2KKZ A; 4DR3 K; 4PHT X; 4JEP A; 4DMN A; 3QNN A; 3H46 O; 3MMV A; 3WEE A; 2E2P A; 4IOA L; 2A5X A; 1GLF O; 2GX9 A; 4K43 A; 4DF8 A; 1RIL A; 3WEE B; 1SKR A; 3JS6 A; 3MN7 A; 4NCG A; 4JI3 K; 3OYD A; 1NGG A; 4DTU A; 3CER A; 1TUY A; 4FK4 A; 3R3L A; 5AQQ A; 2HHW A; 3PY8 A; 3U3G A; 3U6F A; 4LFA K; 3EL2 A; 4CEC A; 2Q36 A; 5CYQ A; 2E20 A; 4N76 A; 1ESV A; 3GDQ A; 3H3O B; 4KTZ A; 4RWT A; 1VQM N; 5J1E A; 1ZBS A; 1W9H A; 1TL1 A; 4OPA A; 1IBK K; 4F8R A; 3M8Q A; 4BRK A; 3OS2 A; 4YY3 K; 1QQO A; 5DMR A; 1NKB A; 4WYB A; 3SUQ A; 4CZJ A; 1IBM K; 5AQJ A; 1HKC A; 3DYA A; 3I56 N; 3O8M A; 5FPN A; 1Q9Y A; 1EWR A; 2KFZ A; 2P9P B; 1HJR A; 5JVG L; 3NDK A; 2XY8 A; 1REV A; 3O6W A; 1VSI A; 3H08 A; 2E1Y A; 5E84 A; 4F2S A; 4B1X B; 1JCF A; 4JK8 A; 5EU7 A; 2O8D A; 1UWB A; 5KRT A; 4JHD A; 4A5A A; 1JLF A; 3ZT0 A; 3PV8 A; 3KLH A; 2QWL A; 2OPQ A; 3V9S A; 2QWM A; 4JHD B; 4WQ5 C; 2ZJP L; 1ZBU A; 4CJ5 A; 3LP2 A; 3ZSO A; 2VQE K; 2VGM A; 3L4I A; 5HRR A; 4KH5 A; 1Q9X A; 3PLA A; 5EXW A; 2FBV A; 3ASM A; 3RR7 A; 3CJC A; 2B5J A; 3MK6 A; 2UXD K; 1JJ2 M; 3HT3 A; 3Q7B A; 3L2U A; 4FL9 A; 3CFO A; 4NXM K; 4BE0 A; 3SQ4 A; 1U45 A; 4MO4 A; 4KHY A; 1X1P A; 2GBZ A; 2ZGZ A; 4XH4 A; 3DXK B; 1BDG A; 1IKW A; 2O8C B; 3AVI A; 4CGF A; 4QOZ B; 5HL7 L; 3DRP A; 1QHT A; 4MDA A; 1NGF A; 4WF9 L; 1NK9 A; 4Z4G A; 4KHN A; 3L3V A; 4W5T A; 3JSM A; 3CME N; 1E4G T; 4FVU A; 3K5M A; 5AZI A; 4ID1 A; 3BZC A; 4NO7 A; 4OLA A; 3A8Y A; 4IJA A; 3QML A; 3M8P A; 3J7Z O; 3CYM A; 5FPD A; 3ATV A; 4I2P A; 4IKF A; 1R59 O; 1JLE A; 4H5W A; 3QNO A; 4JYA K; 5EX5 A; 4B9T A; 5JIC A; 1EO1 A; 2FBY A; 1RTJ A; 2X78 A; 2ZF5 O; 1U6Z A; 2JGU A; 4CHO A; 1RFQ A; 4CHZ A; 1NMD A; 3AVK A; 3NF7 A; 3HOS A; 1ATR A; 2I7P A; 4K8Z A; 2Q0U A; 2G8V A; 3MN6 A; 4XIU A; 4E7K A; 3WXI A; 2FSJ A; 4BRL A; 1A5X A; 4BQZ A; 5HRS A; 3UB5 A; 3QEI A; 3LDL A; 1J6Z A; 1KLN A; 2YKM A; 3KKS A; 1BIU A; 2P1J A; 1S1U A; 4MLE A; 4FM1 A; 4JK7 A; 3ZT1 A; 5HOO A; 4E89 A; 3OBW A; 1S1V A; 2EHG A; 4DV6 K; 1RT1 A; 4CBU A; 3PX6 A; 4B3T K; 5FPM A; 2F8S A; 4ID5 A; 1RDB A; 3O3H A; 4FJ5 A; 1HNW K; 3MEG A; 3C6U A; 4K41 A; 1HNX K; 3O5B A; 3C6T A; 3DRS A; 1FKO A; 4KHQ A; 2PZS A; 4LSL A; 4E0D A; 4W5O A; 1VSF A; 5JS2 A; 3AA4 A; 3R8E A; 3WUH A; 3AO1 A; 3DWL A; 3N4Q A; 2KZM A; 3A5L C; 3QFU A; 1U4B A; 2VYP A; 2PYJ A; 4IOC L; 4YHH K; 3ZX3 A; 5EOY A; 4DTP A; 4XH5 A; 1UA0 A; 2EWS A; 3LDO A; 4WE1 A; 1S9E A; 1YTA A; 4CGG A; 5BR9 A; 4BQL A; 4I6M A; 4BC4 A; 1R0A A; 4HTL A; 3BEX A; 1IG8 A; 1KVC A; 3UKR A; 3V1O A; 2NUB A; 2YKN A; 1IKY A; 3O80 A; 4HWI A; 1T44 A; 5BRD A; 5F0X A; 4YNQ A; 3E66 A; 3WNH A; 3ZLJ A; 3B6P A; 3IG1 A; 3AVN A; 4H5R A; 4PKH A; 3TI0 A; 2JLE A; 5M1P A; 5C42 A; 3S3O A; 1NU0 A; 5GAG P; 4Z4E A; 1P90 A; 4N5S A; 5GIO A; 2HBM A; 3V9W A; 3KWG A; 4JI6 K; 2IC3 A; 3C7N A; 3WXJ A; 1T3V A; 2VGN A; 4FWS A; 5FRM A; 3TAQ A; 2YV0 X; 1RT3 A; 4FJI A; 2UYT A; 4DTN A; 4FZX C; 1BQN A; 4CZM A; 4DS4 A; 1EKE A; 1UA1 A; 2BAN A; 3OYK A; 2GWK A; 5E26 A; 3QET A; 4H5T A; 2RN2 A; 4CJR A; 3R9P A; 4CK2 A; 4DR2 K; 3CC7 N; 2V7Y A; 1JLC A; 3M8S A; 1TK0 A; 4C8N A; 1SL2 A; 4B9N A; 4MQ3 A; 4H0Y B; 3DLK A; 2GEM A; 3WNE A; 4CF1 A; 2F7T A; 4GV6 A; 5JLF A; 1S5J A; 1X3M A; 4K8X A; 4NLB A; 1T7P A; 2WFB A; 2UU9 K; 1SKW A; 2ASP A; 1HPZ A; 1IKX A; 3IFR A; 3ID8 A; 3VQC A; 3O1B A; 1K8A O; 1B9F A; 4EIA A; 2A1S A; 2A41 A; 3BDP A; 1GLB G; 4BGA A; 5CE3 A; 2Y1J A; 4B9S A; 4C8O A; 4JLH A; 2ZGY A; 1QZ5 A; 3QIO A; 3DLE A; 3HPH A; 3QLH A; 4A57 A; 3Q7C A; 3THX A; 2XY7 A; 2YI1 A; 4OKJ A; 2CH5 A; 3LDQ A; 1C0U A; 3KLF A; 2QA4 N; 4BR5 A; 3OW2 M; 4LSN A; 1KRP A; 1Q8I A; 4EP5 A; 4KTQ A; 3KWI A; 3OYL A; 4KHW A; 4PWD A; 4Q5V A; 4K25 A; 1HPM A; 4M3R A; 1HUX A; 3HO1 A; 2ZQB A; 3F9M A; 4CEO A; 4QAG A; 3VGL A; 1ZBI A; 2UUB K; 3CIP A; 4Z4H A; 4KHS A; 3NH2 A; 4HUE A; 5CYM A; 1U48 A; 3OYB A; 4X65 K; 4DQQ A; 1U49 A; 2IS3 A; 3AO2 A; 1QSL A; 1EX4 A; 1DTQ A; 3HPO A; 4LF9 K; 4B1W B; 2A42 A; 4IO8 A; 4E19 A; 3DLB A; 2D0B A; 3PIO L; 1GLE G; 2VWK A; 4J2D A; 5EVZ A; 3AVB A; 1T6C A; 4BRI A; 2GTD A; 3OYA A; 4F3T A; 1LOT B; 4FSV A; 4DFP A; 4O44 A; 3M1F A; 4YOU A; 1NJZ A; 3HYF A; 3ZYY X; 4BE1 A; 3ZSX A; 1T6D A; 5D3G A; 2OYQ A; 2E8A A; 2X74 A; 2ZJQ L; 3MCA B; 4CJT A; 4FJH A; 3LL3 A; 3LDP A; 3QBX A; 2GUP A; 4IEI A; 1XMQ K; 2F9T A; 5JS1 A; 5KTQ A; 1VQL N; 4DFJ A; 3CPE A; 2BGG A; 1W0H A; 3NVM A; 1FKP A; 1RT7 A; 3AA5 X; 1RNH A; 4H0T B; 3EN9 A; 4ELV A; 3KVG A; 2Q31 A; 3SI6 A; 4RW9 A; 1SUQ A; 3OYF A; 4CZK A; 5KPZ A; 1TYQ A; 3OY9 A; 4OLB A; 3RMC A; 4Z4F A; 1TYQ B; 1TVR A; 2QKB A; 2Q0R A; 3VN5 A; 4FJ7 A; 4LF8 K; 4FK0 A; 1NGI A; 1CZ9 A; 2KHO A; 1KTQ A; 3AVM A; 3GG4 A; 1ATS A; 3AGK A; 4CJL A; 1RBT A; 2E2Q A; 1NKC A; 1V4S A; 4JRP A; 1NMN A; 4EFH A; 3L4Q A; 3SLC A; 1BIZ A; 3K2P A; 3O3F A; 4DS5 A; 4GV3 A; 1S72 N; 2DPN A; 3HI0 A; 1JXE A; 3LP0 A; 4QS7 A; 1LWF A; 4FLW A; 3ZEU B; 2NRR A; 1SAZ A; 3NAE A; 5FRN A; 5HRN A; 2RE2 A; 4FJM A; 4IDK A; 2FF6 A; 4LH4 A; 4BRA A; 3D2E A; 1Q18 A; 4DQ8 A; 1RT2 A; 2AJQ A; 4QCL A; 3NGZ A; 1LW2 A; 3D2E B; 3U4L A; 1SV5 A; 1TKD A; 5BR8 K; 3K5L A; 1QS4 A; 4FO0 A; 3CCJ N; 4H0P A; 1TUU A; 3K0S A; 1WAF A; 5CR4 A; 4JD2 A; 4B3S K; 2V52 B; 2GWJ A; 1W7A A; 1KQS M; 3VEX A; 4AH9 A; 2BH1 A; 3SNN A; 4IBN A; 4B1V A; 3T7Z A; 5I3U A; 4EZ9 A; 4ZHR A; 3A5O C; 2YHB A; 4A61 A; 1NK0 A; 4DTM A; 1YHQ N; 4FK2 A; 1RDC A; 1CXU A; 2W41 A; 3DI6 A; 3B8A X; 3V1R A; 4X66 K; 3ZCM A; 2NLX A; 5H1S Q; 4JKG B; 2D0O A; 3ZT3 A; 3THW A; 3MCP A; 1WSH A; 3EE9 A; 3TAB A; 5FRO A; 3SQ0 A; 3EZW A; 3K58 A; 2BDP A; 3THW B; 5AQX A; 5AFU A; 1T8E A; 5C0Y A; 4CEE A; 4CF9 A; 3HP9 A; 4FW2 A; 2GUI A; 3BF1 A; 4DSK A; 4OPH A; 4LF7 K; 3OYI A; 5M1O A; 1ZXO A; 3I8B A; 4FXD A; 3HL8 A; 4DSJ A; 4EHU A; 3EE8 A; 4DFK A; 2A40 A; 5BRF A; 2R7Y A; 3VF4 A; 3S3N A; 1LW0 A; 4H0O A; 2YHW A; 1U04 A; 4DB3 A; 1KAX A; 4MLH A; 4FLY A; 3O9U A; 2HNY A; 5GAE P; 2E2N A; 1EET A; 3KIO A; 1YTU A; 3OA9 A; 5CZ1 A; 4DR7 K; 4Z4I A; 4HVJ A; 4FLX A; 5M1F A; 3EEQ A; 4CZF A; 4X62 K; 1SL0 A; 4FPB A; 2BE2 A; 1VQ4 N; 4L8R B; 2A3Z A; 1XI1 A; 3C6A A; 3NMU A; 3MEE A; 1VSM A; 4CBW A; 3PIP L; 4F2R A; 3CC2 N; 4G9Z A; 2RPI A; 1O13 A; 4NCB A; 3ZT2 A; 3HXM A; 4CED A; 4DQI A; 2D0P A; 2G8F A; 1TL3 A; 2HNZ A; 2HB5 A; 4IWV A; 1RBS A; 2HHH K; 3ID6 A; 1YXQ A; 3JYT A; 3PO4 A; 5TKY A; 5KGW A; 1J5O A; 3VQP A; 3QDK A; 4FWQ A; 1SL1 A; 1ASV A; 2D4W A; 1HYZ A; 4DQP A; 1IH7 A; 1W2B M; 1NWK A; 3QIN A; 4A2A A; 2HVH A; 5J2N A; 2YNG A; 4BE2 A; 3LM9 A; 4CE9 A; 1KXP A; 1WNS A; 1JCE A; 4CJF A; 3FFK B; 3D7E O; 4BRF A; 3KK1 A; 4DUY K; 3QEW A; 1Y64 A; 5HRP A; 1JLG A; 2QKK A; 4CJU A; 5ADX A; 1HNI A; 4LFB K; 5AR0 A; 3SAG A; 4YOV A; 1HYV A; 3ENB A; 3LPU A; 4R79 A; 1YVU A; 3TU5 A; 4EHT A; 1N6Q A; 1S3X A; 4E7H A; 1QVF M; 3LAN A; 4JI1 K; 1NG9 A; 1TV6 A; 1X9M A; 2O8D B; 3G0Z A; 4CJK A; 1OVQ A; 1KLM A; 3K57 A; 4ISF A; 3WT0 A; 3QIC A; 4CK3 A; 5AQO A; 3UKU A; 2ETJ A; 1DKG D; 3O9Q A; 1M1K O; 1QQC A; 4JKD A; 1C0T A; 5T7B A; 4M7Y A; 3HP6 A; 3VQA A; 4CHN A; 1J53 A; 4DSI A; 4RG8 A; 3AA3 A; 4U7B A; 3DAW A; 2E1Z A; 2J4R A; 4PL7 A; 4CEB A; 3L2W A; 3P31 A; 2A6A A; 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