1RILA

Crystal structure of ribonuclease h from thermus thermophilus hb8 refined at 2.8 angstroms resolution
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
RKRVALFTDGACLGNPGPGGWAALLRFHAHEKLLSGGEACTTNNRMELKAAIEGLKALKEPCEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHTGHPENERVDREARRQAQSQAKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Crystal structure of ribonuclease H from Thermus thermophilus HB8 refined at 2.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
total genus 42
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rilA00
3NF6A 1EP4A 1TL3A 2X74A 1RTHA 3VA3A 3PY8A 4DTMA 2EHGA 5I3UA 4CEEA 1Q9YA 1L3SA 4E7KA 3LP2A 3TAPA 3KD1E 3I8DA 3RWUA 3NFAA 1VRUA 1LV5A 1T03A 4B9SA 4XIUA 3M8PA 3L2UA 1NJZA 4QOZB 2FBYA 5J1EA 3NHGA 3TABA 4HTUA 2O4GA 4PA1A 3S3MA 3DLHA 1RBUA 3T1AA 3VQ6A 2ZD1A 4AHTA 1X9MA 1O1WA 4KTWA 3S9HA 3RR7A 2PYLA 2X78A 3LP3A 4KTZA 3KKSA 1RT7A 4HUGA 4DTPA 4C8OA 5KI6A 2NUBA 1N6QA 1EKEA 1WNSA 3HVTA 2G8UA 2OZMA 4DFJA 4PUOA 1J54A 4O0JA 1LWFA 2D0CA 3VQ8A 1ITGA 4IG3A 2HVIA 4DLGA 4FK2A 3M8SA 1FK9A 4KFBA 4E19A 5KRSA 3NH2A 3AVNA 1UA0A 3D45A 4M41A 4HHTA 4AHCA 4F2RA 3HT3A 3AVAA 3OS2A 1IKXA 4DMNA 4HVJA 3RRHA 4L8RB 3VQQA 4FZXC 2ETJA 4DG1A 2JLEA 4ZHRA 3V9UA 2GUIA 3NGIA 1Z26A 3EYZA 2VG5A 3AO1A 3DOKA 4N76A 3LPTA 3IAYA 4KV8A 3KLGA 3QINA 3DRSA 1YTUA 1XC9A 4N47A 2F96A 3L2QA 1TVRA 5CZ2A 5J2MA 1BIZA 3AA4A 4CJRA 4IDKA 4Z4EA 4FJMA 3TAGA 4B9VA 4DSKA 3HO1A 1BI4A 1CXQA 3DRPA 4W5NA 2KFZA 1KFSA 3DOLA 3ITHA 1JXEA 2VG6A 4LH4A 4N56A 3V9ZA 3QEIA 1K6YA 4AHRA 4Y1CA 3OYNA 5HLFA 2G8HA 1HMVA 2VWJA 4Q5VA 4JS4A 3AVIA 3DMJA 4W5RA 3KK3A 2AJQA 3HP6A 3U6FA 3S3NA 3OYJA 1ZYQA 4Z4FA 1ZBHA 1ASUA 1RTIA 2VWKA 4MFBA 3KLHA 1NJWA 3AA3A 3ZSQA 2HVHA 2G8VA 3RMCA 1GOAA 3LZIA 4DLEA 1SKWA 4CHNA 1C0MA 4LY7A 4NYFA 3SI6A 4BDPA 3ZT3A 4DSEA 2HHUA 3O4QA 4RW8A 4CJWA 4CF2A 3JYTA 2E4LA 4M3TA 4ZTJA 4AHVA 1QTMA 3KKRA 4CHPA 1BHLA 3IS9A 1QHTA 4IFVA 2FBVA 5FRNA 4ID1A 2XO7A 3T19A 4FJGA 1HJRA 1LAWA 4CFAA 3M8RA 2W42A 1HRHA 4DTOA 1R0AA 4CJ3A 2OA8A 4DS5A 4PY5A 3LANA 1JLBA 3KTQA 2YV0X 4ZTFA 4YNQA 4E7IA 2YNGA 1EXQA 2YHBA 3WNEA 4DTJA 1Q8IA 3O3FA 3ZSVA 5D3GA 4I2QA 2YKNA 4OKKA 3V9SA 4DTSA 3NH0A 3KK1A 3SQ2A 3OYAA 3L2RA 3K58A 4CJFA 4DQPA 4HCCA 1C0UA 3AVLA 1W9HA 3L3UA 4EP5A 4K8XA 1NJYA 1BQMA 1LWEA 3DYAA 2ZE2A 1HYSA 2XY7A 1NK9A 1S5JA 5EU7A 4CJTA 3OYBA 4B9TA 3OS1A 4C8KA 1X1PA 3AO5A 1D8YA 4CK3A 3KLEA 3P1GA 1NJXA 4FM2A 2HNZA 2KQ2A 1JLCA 1JLFA 1LW0A 2IS3A 1C1AA 3OYLA 4AHUA 2IAJA 1BCMA 4CEAA 4CGIA 3OYFA 2DTUA 2E6MA 3C6TA 1X9SA 2HHTA 1ZBUA 3ISNC 3MEGA 2DFFA 4M3YA 1U47A 4FLUA 1Q9XA 4CFDA 1NOZA 1NK5A 3KLIA 2KW4A 3IG1A 3OYDA 1RDCA 4O4GA 4BE0A 5FROA 5J2PA 1YTAA 4KTQA 2HW3A 4CJLA 3MXIA 1SUQA 3AA5X 3AA2A 1I3AA 2A1RA 4Y1DA 1XI1A 1NKEA 2RF2A 3K59A 5HRSA 4DTNA 1VK0A 2Q3SA 3VQ4A 3ZT0A 1D9FA 1U04A 3F73A 4M3WA 1SKRA 4CE9A 2RKIA 4OKEA 3OJUA 3M8QA 4MQ3A 3HPHA 1BQNA 5I42A 4JS5A 3U3YA 4FYDA 1S1VA 2E6LA 2OPRA 4CERA 4F8RA 4E1NA 1J9AA 3QNNA 3E01A 1HNVA 4H4MA 3ZSOA 1VSLA 1TAUA 3L2VA 3MAQA 4PWDA 4KO0A 1FXXA 3I0SA 1SL0A 2ZQBA 2PY5A 4FJNA 3KLFA 4FJIA 4KRFA 3AO3A 4J2AA 1NKCA 3NE6A 3BDPA 1HQUA 3D0PA 4OLBA 1IKVA 3CQ8A 4C8MA 1L3TA 3TAFA 1HNIA 4OPJA 1UAXA 5CYQA 4DFKA 1IG9A 4DQIA 1UOCA 4I7FA 2B4JA 4OLAA 3DLKA 1CZBA 2HHSA 3ZSRA 3LDSA 4UQGA 4CF0A 4E89A 3AO2A 2WONA 3SQ4A 2QKKA 4AH9A 4CFBA 1KVAA 4OKJA 1RT3A 4FLZA 4DTUA 3QESA 1BISA 2HMIA 2BANA 3ZSZA 3L8BA 3LPUA 1WSHA 2G8WA 3H08A 4IBNA 4Z4IA 1RT6A 4KB1A 3QNOA 3K5MA 1Y97A 2X6NA 2Z1JA 3VQDA 4CJVA 1S6QA 3CYMA 3PO5A 3RMAA 4CCHA 4B3OA 4KI4A 3NAEA 3OYKA 1VRTA 1EETA 3HL8A 3L2WA 3MECA 2HB5A 3TARA 4RW7A 4IG0A 3LALA 3SZ2A 4W5QA 4KHWA 1HQEA 1RDDA 4OGEA 3I0RA 4QAGA 4CESA 2B5JA 3ALYA 4M42A 1JLAA 4CECA 5C25A 3PX0A 4F3OA 4NCAA 3V9WA 4DFMA 2OPPA 1RDAA 3RTVA 3LAKA 4DSJA 5J2QA 5HBMA 3A2FA 3SV3A 4FJ7A 2QK9A 1NK0A 1D5AA 3DLRA 3OS0A 4ELVA 1S1WA 3NBPA 3K57A 1KFDA 1U49A 1NKBA 1KCFA 1KLNA 4K8ZA 2OZSA 3K5LA 1S1XA 3OYIA 2ITGA 3AVKA 1A5WA 1GOBA 2Z1GA 4CGDA 1BCOA 4JLHA 5HRPA 4E7LA 4M3RA 1CXUA 3OYGA 4J2DA 4CEOA 2Z1HA 4IFYA 3V1OA 1S6PA 4E0DA 3VN5A 5KTQA 1IKYA 1TAQA 1RNHA 4CIEA 4KHYA 4F2SA 3VQ7A 2OPQA 1JLQA 4HUFA 2G8FA 1CZ9A 4FLTA 3SUOA 3RR8A 1B9FA 3VQ9A 3VQEA 2HHQA 4FK0A 5HRRA 3EZ5A 4CK2A 4DS4A 3TI0A 2ATQA 3JSMA 3HJFA 1WAJA 1BGXT 3SJJA 3ZT2A 1B9DA 3IRXA 4FJ9A 3VQPA 1F21A 4C8LA 1WAFA 3ZT4A 3OYCA 3AVJA 4OPKA 1NK7A 2HHVA 5DK5A 1A5VA 4CEZA 4W5TA 4FLWA 2X6SA 1C0TA 4OGCA 3SPYA 4CHYA 2FBTA 1NK8A 2F8TA 4FJXA 2YKMA 3HK2A 1FKPA 3NF9A 1SL1A 3DI6A 3K5OA 3T3FA 4DTXA 5C42A 4O44A 1D9DA 2QKBA 3KJVA 1RILA 3LP0A 1LWCA 4YFUA 4M3UA 3QEXA 4M45A 4KAZA 4R5PA 2XY5A 1WLJA 3QEPA 1A5XA 1HPZA 4DU1A 4M3XA 4FJLA 2QXFA 1HYZA 3AVGA 1U4BA 1JKHA 4CGFA 1VSJA 4DSLA 3B6PA 4BDYA 1RCHA 5E41A 1QE1A 4CJ5A 1DTQA 4FM0A 4CEQA 3NF8A 1C1BA 4CGJA 2IC3A 4DF4A 4OVLA 3AVBA 3HP9A 1SV5A 3HXMA 1VSHA 4W5OA 2OPSA 4H8KA 2D0AA 3HPOA 3LWMA 3C94A 4O55A 2P1JA 3K2PA 3MEDA 4KI6A 1S1UA 3VQCA 4RW4A 4CJUA 3TANA 2KZZA 3AVCA 3TAEA 3SYZA 2P51A 4KHSA 3QETA 1KTQA 1MU2A 5T7BA 2O4IA 4B08A 4RW9A 3TAQA 1W0HA 5SZTA 4HCBA 1RBSA 3PX4A 1T8EA 1TV6A 3P83D 3K5NA 2P5GA 1DTTA 4FJ8A 4I2PA 5DMRA 3NDKA 4O5BA 4EP4A 3DLBA 4FJHA 1JLEA 3PX6A 3UIQA 2DY4A 4CHZA 4J2EA 1RTJA 2GBZA 2JGUA 3ZCMA 4E7JA 3EY1A 4KB0A 5KRTA 3LZJA 3ZT1A 3DRRA 3SCXA 4DFPA 2FBXA 5HROA 1UWBA 2B6AA 3NGZA 4FM1A 3SUNA 2Z1IA 1TK8A 4DWIA 4LD0A 3TAMA 4FJJA 3AV9A 3FFIA 1ASWA 4KHQA 1RDBA 1DLOA 3P5JA 3ZSWA 5HRNA 3NH1A 3HVRA 4FCYA 3KD5E 3V1RA 4AHSA 4CFCA 1IO2A 1HYVA 4Z4CA 4FK4A 2HHXA 2KFNA 3KK2A 4DSFA 3C95A 3QO9A 3WNGA 2KZMA 5HP1A 2BDPA 3B6OA 4CF1A 1RT4A 1RT1A 4CF9A 1VSFA 4BDZA 4CJEA 4CHQA 4E7HA 3DM2A 1J53A 4CIFA 4ELTA 3V4IA 3AVMA 3LWLA 1VSDA 1RBTA 3MEEA 1XWLA 1QQCA 4BWMA 1ZBLA 4H4OA 4J2BA 1BL3A 3ZSYA 1TGOA 3QERA 1T7PA 5FRMA 3PUFA 1JLGA 4HUEA 4BE2A 4CJQA 3V81A 2Y1JA 4JRPA 1U45A 3V6DA 4N41A 2XRIA 1GOCA 3CM5A 3SV4A 1LAVA 2P5OA 4CJ4A 4KPYA 4CF8A 4DQQA 4KREA 4DQRA 3OJSA 3THVA 1QSYA 1WSGA 4DSIA 2YNIA 1KVCA 4G1QA 4OJRA 3ASMA 1WSJA 1VSMA 3L3VA 1KSPA 1JXBA 4Q0BA 1VSIA 3NCIA 2WOMA 3ZSXA 3VQBA 1TK0A 1FKOA 3QLHA 1N5YA 3WNHA 1ZBIA 3V9XA 4DU4A 2HHWA 3HSTB 4B8AB 2YHAA 1IH7A 2IGIA 1ASVA 4FVMA 3C6UA 4CGGA 5SWMA 4AILC 4LH5A 4GVMA 2G8KA 1BIUA 2VG7A 4DU3A 4RW6A 2XY6A 1XHZA 3VA0A 3RMDA 1QSSA 4EZ9A 5CZ1A 4QCLA 4F4KA 2PYJA 3KIOA 1TK5A 3OYHA 1WSEA 1WSFA 3SUQA 3QEWA 1KVBA 4Z4GA 4GMJB 3O3HA 3VQAA 4B9MA 4CEBA 4B9LA 3QEVA 5CY4A 3HPGA 4CGHA 1VSKA 3OY9A 1BI4B 2RPIA 3HYFA 3QIOA 2IDOA 5JS1A 1REVA 1ZBFA 2IOCA 3AO4A 4E1MA 4CJKA 1KLMA 2D5RA 2F8SA 2YNHA 4DTRA 4IKFA 4FZZA 4PQUA 3DLEA 4FLYA 5J2NA 3OYMA 1S9GA 2RN2A 2R7YA 1KRPA 4KKOA 3MXMA 1TKZA 1SL2A 1NOYA 4M3ZA 3SQ1A 1JL2A 5KGXA 2A1SA 2LSNA 3BGRA 1L3VA 2FC0A 1T05A 3CFPA 1U48A 3O3GA 3AVFA 2GV9A 1X9WA 4RG8A 4B9NA 1S9EA 4FZYA 4I9LA 4FJ5A 4O0IA 1QS4A 2EX3A 3SNNA 1VSEA 3HM9A 4FJKA 3PV8A 1RBVA 1G15A 3DLGA 4GW6A 2HNYA 4FLVA 1C6VA 4ELUA 5KGWA 1WN7A 4CIGA 2D0BA 1RTDA 4NCGA 4B9UA 3OYEA 3S3OA 2YNFA 2G8IA 4F3TA 3U3GA 2XY8A 3SUPA 4N5SA 4ICLA 4LSNA 2PZSA 1TKTA 2BGGA 3TWHA 1NK6A 3G10A 4ID5A 4CJSA 3OVNA 4EZ6A 1IKWA 3QIPA 3CM6A 3LAMA 1RBRA 4WE1A 4CJPA 1JL1A 4CEFA 2XHBA 2HNDA 4FW1A 1XHXA 5K14A 1SKSA 2OYQA 3LP1A 4LSLA 1S1TA 5CYMA 4BWJA 4DF8A 3ULDA 1C1CA 3NGYA 5JS2A 1QSLA 3CFRA 5FDLA 4CK1A 4TSXA 3CFOA 2BE2A 3G0ZA 4KHUA 1YVUA 4Z0UA 4NCBA 2KTQA 2Y1IA 1L3UA 1J5OA 1NK4A 2DFHA 1TL1A 4Z4HA 4E3SA 4C8NA 1EX4A 3WNFA 3O4NA 2I5JA 4DQSA 1L5UA 4KHNA 1I39A 3SQ0A 1B92A 3TR8A 2DFEA 3F9KA 1UA1A 4CEDA 1WSIA 3PO4A 4FXDA 3AVHA 3V1QA 1CLQA 5C24A 1RT2A 3CG7A 4FLXA 4BACA 1TKXA 3NF7A 1Z25A 4NYNA 4CHOA 3VQ5A 4BE1A 1RT5A 4FW2A 3MXJA 4I9QA 3RMBA 3SPZA 4B8CA 4JRQA 1YT3A 1TKDA 1LW2A 3RRGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EP4A 2X74A 1RTHA 4JKAA 4WQ4A 5AQUA 4DTMA 2ZGZA 2O8EA 4E7KA 4JYAK 4WFAL 3RWUA 3I8DA 1GLLO 3MX2A 4B9SA 2HOEA 3KZBA 2P9PA 3L2UA 3CPWM 3M1FA 5J1EA 3NHGA 1NJZA 2ZD1A 4AHTA 1O1WA 3VENA 2E2OA 4JK8A 3HOSA 4DTPA 1EKEA 3ZYYX 2OZMA 1N8RO 3D2FA 4K25A 1LWFA 1VQ5N 3M8SA 5KRSA 4IJNA 4HHTA 1XMOK 1QVFM 1GLEG 4AHCA 4F2RA 3OS2A 4XH5A 4H0PA 1IG8A 3VQQA 2ETJA 4JD2A 3V9UA 5AR0A 5HL7L 3MWTA 1S3XA 4DR6K 4KBOA 2ZF5O 5FPNA 1NM1A 4FWSA 2F96A 3L2QA 5J2MA 5BRDA 4Z4EA 4FJMA 3TAGA 3O4WA 5AZJA 1SAZA 3HO1A 1KFSA 5AQKA 2HSTA 4LH4A 4BRFA 2P9SA 4N56A 3V9ZA 1K6YA 4AHRA 3OYNA 4Q5VA 4JS4A 3ENBA 4DV2K 3AVIA 2AJQA 4BRHA 4Z4FA 3QDKA 1NJWA 2HVHA 2G8VA 1YHQN 3J7YP 4IWVA 1KXPA 4BDPA 5C15A 5AQTA 4M3TA 4AHVA 5FRNA 1GLCG 4IFVA 3T19A 4FJGA 1HJRA 3HBTA 4CFAA 5AQJA 5AQGA 3M8RA 1Z05A 1JLBA 2CH5A 3P4IA 2YV0X 4E7IA 2YNGA 3WNEA 1Q8IA 4IZ9A 4FWMA 5D3GA 2YKNA 3V9SA 4DTSA 4WQ5A 3OYAA 5AQVA 3L2RA 4CJFA 4BROA 4HCCA 2HBMA 1W9HA 4K8XA 1MDUB 2O8CA 1LWEA 3D7EO 3MN7A 1HYSA 2XY7A 1S5JA 4CJTA 2WUSA 3A5LC 4CK3A 1LW0A 3ATVA 1BCMA 1NMDA 4YOYA 4M3YA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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