1RILA

Crystal structure of ribonuclease h from thermus thermophilus hb8 refined at 2.8 angstroms resolution
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
RKRVALFTDGACLGNPGPGGWAALLRFHAHEKLLSGGEACTTNNRMELKAAIEGLKALKEPCEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHTGHPENERVDREARRQAQSQAKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Crystal structure of ribonuclease H from Thermus thermophilus HB8 refined at 2.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
total genus 42
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rilA00
2KTQA 1XHZA 3NGYA 1IKXA 4FLVA 1TKXA 1GOAA 4ZHRA 4DF8A 1SL0A 4N41A 4CEEA 4E7IA 1BIZA 1WLJA 2YNHA 3AVMA 2HHSA 4RW9A 1NK5A 4CHOA 3WNEA 4N5SA 1IKYA 3SQ1A 2XY8A 3F9KA 3RR8A 3ZSOA 3KD1E 2E6MA 5J2QA 2YNGA 2JGUA 3QIPA 4CF1A 3NF7A 3AVIA 2YV0X 4IG0A 4OLBA 3SQ0A 1RILA 4C8OA 4BDZA 3KKSA 4AHRA 4CEDA 1ZYQA 3HVTA 2G8IA 1HQUA 1TK8A 4DSLA 4FJIA 4FCYA 4F2SA 1WSGA 1HPZA 1NK8A 3NCIA 4KTQA 1X1PA 3VQPA 1O1WA 5HRRA 4AHSA 3HYFA 3CFRA 1JLBA 2G8VA 3OY9A 3LANA 1XI1A 4ELVA 4DWIA 1Z25A 1QTMA 1HQEA 2D0CA 2DFFA 3RR7A 2Z1IA 1UOCA 3MEEA 3SUNA 4GMJB 4MQ3A 4FM0A 3P5JA 4CESA 1QSLA 4G1QA 4CJ5A 5KTQA 3HVRA 4H4MA 4PQUA 1TV6A 2D0BA 3OYDA 4PUOA 3VQQA 4DQRA 1TKTA 4B3OA 2F96A 4CJKA 1J53A 3RMAA 5CZ2A 4E1MA 2HHVA 3IS9A 3EZ5A 1T8EA 4CGDA 3HSTB 1TK0A 3DLBA 3AA5X 2X74A 3MEDA 4AH9A 3THVA 1TKZA 4DTXA 1BISA 3HP9A 5JS1A 2RN2A 1KVAA 3QO9A 2ITGA 1KRPA 1RT6A 3EY1A 4RW6A 1RCHA 4CEZA 3AVNA 4J2BA 2IGIA 3OS0A 3KLIA 3OS1A 4W5RA 3SNNA 3S3NA 1ZBHA 1C0TA 1D9DA 3TABA 1RBVA 1HNVA 1EKEA 4KFBA 2G8FA 2RPIA 4RW7A 3LP3A 1EXQA 4MFBA 3QEPA 2G8UA 5J1EA 1YVUA 3M8RA 1J54A 4B9SA 3LP2A 1X9WA 1RTJA 1I39A 1U47A 1L3UA 4W5TA 1D8YA 4E89A 1HYZA 1NOZA 2BGGA 1UA1A 3VQ6A 3AVBA 1FKOA 2ZE2A 4O5BA 4B8AB 3MXIA 5CYMA 3LAKA 1ASUA 3VQAA 3V1RA 4CGGA 1BI4A 3AVGA 4LH5A 3KK2A 1T03A 3VQ8A 3K58A 3NH2A 3SQ2A 3SI6A 3CFPA 4LD0A 3K57A 3AO2A 1ZBUA 3KKRA 4OGCA 4W5OA 1CLQA 1L3VA 4B9UA 1HMVA 4KHNA 4FLXA 5FRMA 2Z1HA 3KLGA 1BIUA 1RT1A 4DFJA 4DF4A 1XWLA 2QKKA 3CM6A 4KREA 1JLFA 3TWHA 2FBXA 1QSYA 4FJXA 4M45A 3VQ7A 1R0AA 1YT3A 2HHQA 1JKHA 3NF9A 2G8WA 1CXQA 4FW2A 1WSIA 4CEOA 3KK3A 1Q8IA 2YNFA 4CGFA 3LWLA 4LY7A 3VQDA 3WNGA 4FJHA 5KRSA 3OYEA 1RNHA 3OYAA 4FJMA 1A5XA 3ULDA 4F8RA 4FJGA 1EX4A 2OZSA 1QS4A 1LV5A 4PWDA 1S1WA 2W42A 3L3UA 3MAQA 2P5OA 2QKBA 4PY5A 4M3YA 2WONA 1IKVA 3KLHA 5DMRA 1C1AA 5HROA 3QLHA 1D5AA 1BCMA 2D5RA 3V9UA 3C6UA 4E7HA 1ITGA 1TL1A 1SL1A 1NKEA 4B9LA 4CF8A 3KD5E 3AO4A 3O4QA 3SUPA 4CK1A 3LPTA 4M41A 3DLKA 3HPGA 4HUFA 4KPYA 4M42A 4Y1DA 5FDLA 1KVCA 4KHSA 4CJVA 1S1TA 3RRHA 1TGOA 2KZMA 1TL3A 1WAJA 1LAVA 4LH4A 4Y1CA 3VQ9A 5I3UA 1Q9XA 1SKRA 1JL2A 3AVKA 4KB1A 4JS4A 2XY5A 3PX0A 4M3WA 4JS5A 1S1VA 3O3FA 4LSLA 3LWMA 4FM1A 4W5QA 3T1AA 1HNIA 2YKMA 3LALA 3TAFA 3KLEA 4M3XA 3CYMA 3VQ4A 3NFAA 4CJSA 3V9ZA 2B5JA 1LWFA 3DM2A 3TAMA 3SUQA 4BACA 3LPUA 3RMCA 4JLHA 1JL1A 3VQ5A 2PZSA 2EX3A 4FK4A 4DU1A 3TANA 4OJRA 4DS4A 1A5WA 3K2PA 1G15A 4B9VA 3H08A 3P1GA 4KHWA 3JSMA 1VSDA 4KV8A 3SV3A 4K8XA 1NJWA 1B9DA 3NH1A 1D9FA 3HXMA 2G8HA 1C1BA 2Z1JA 1IO2A 1UWBA 2X6SA 1RT4A 3AVLA 4FVMA 4EP5A 1UAXA 1NK6A 2GBZA 3WNHA 3F73A 1RBSA 4O0JA 3MEGA 1VSFA 1N5YA 2BDPA 1SKSA 4FK2A 4ZTJA 2ZD1A 3AO5A 4HVJA 3NBPA 1KFSA 4CK2A 1ZBIA 1S6PA 1KFDA 3ISNC 3OYLA 4FLWA 3QINA 2HVIA 3V81A 3DRRA 3AVFA 4Q5VA 2IC3A 2ZQBA 3T19A 3ZSWA 3CM5A 1IH7A 2BANA 4YNQA 3QNNA 3RMDA 4I9QA 4FJNA 4CFCA 3L2WA 2VG5A 4I2PA 4CERA 3OYNA 4DTNA 4DTPA 3SUOA 3HPOA 4HTUA 2HHUA 1A5VA 3ASMA 4CEQA 3QEVA 1MU2A 3HP6A 3S3MA 5HLFA 2E4LA 1U4BA 3IAYA 1XHXA 3NF8A 5J2PA 4KI4A 4DTUA 3AVHA 3DRPA 3TI0A 4DSIA 4C8MA 3A2FA 3VQBA 4FJLA 1KLNA 3PO5A 4KRFA 3DI6A 1C6VA 4DG1A 4PA1A 4FZXC 4KI6A 4OLAA 2VG7A 4KHQA 4RW4A 1GOBA 1IKWA 2QXFA 5DK5A 2X78A 3ZSVA 2O4GA 4Z4FA 1JXEA 1VSMA 4CK3A 4DTMA 3OJSA 1BI4B 4CHPA 1CXUA 1DTTA 1KCFA 4FM2A 3VA3A 4HUEA 2HNZA 1LAWA 1FXXA 4IFVA 3SZ2A 3G0ZA 3OVNA 2GV9A 4E7JA 2VWKA 1FK9A 3AVJA 3L2QA 1N6QA 1SKWA 2XY6A 3DOKA 4CGHA 4HCBA 4CJ4A 4DTOA 5HBMA 1RBRA 2RF2A 2FC0A 2JLEA 2E6LA 4CHNA 4XIUA 3OYBA 3ZSYA 4BE0A 3ZSXA 4IG3A 1VSJA 1C0UA 3AA2A 4FJ5A 1JLQA 4J2AA 1RTDA 3I8DA 1WSEA 2D0AA 3OYCA 1XC9A 2XO7A 4UQGA 4TSXA 4DTSA 5FRNA 3NDKA 4FZYA 3BGRA 2HNYA 4L8RB 1S9EA 2FBTA 3S3OA 3C95A 1BQNA 1JLAA 3C94A 1RBUA 2OYQA 4IKFA 1QE1A 1U45A 1T7PA 1RTIA 4CJFA 2ATQA 1NK7A 4ICLA 3MXJA 3OYIA 2KZZA 2YHAA 3I0RA 3NHGA 3AO1A 3V4IA 2DFEA 1EP4A 3VQEA 4DSEA 4M3UA 1BQMA 1BL3A 4CECA 1WAFA 3U3YA 4KTZA 4FJKA 3P83D 3K5OA 4CF2A 1F21A 4IDKA 4M3RA 1NK4A 4K8ZA 1DTQA 2FBYA 2IS3A 5EU7A 5KI6A 3ITHA 3LZIA 3SJJA 3B6OA 3OYMA 4I7FA 4NYNA 3K5NA 2AJQA 1VSLA 2OZMA 2FBVA 1S6QA 4DFMA 5HRPA 1LWCA 5C25A 3HT3A 3IRXA 1RT7A 4FLUA 1S1XA 1VSHA 1Y97A 3RMBA 3FFIA 4OKKA 4EP4A 4CJLA 1Z26A 3KK1A 4J2DA 1JLEA 4OGEA 2HMIA 3HK2A 4CE9A 4DLEA 2Z1GA 4F4KA 5KGWA 1NJYA 5CYQA 4E19A 1JXBA 1QQCA 4B9TA 4FYDA 1RDCA 1TVRA 2IAJA 5C42A 3O3GA 1U48A 4DQPA 3ZSRA 4F3OA 1WSHA 3M8SA 4CFBA 3SV4A 2YKNA 3VA0A 1X9MA 2HHTA 4CJUA 3UIQA 2EHGA 4R5PA 4EZ9A 2F8TA 4WE1A 1NKCA 1UA0A 4DSKA 4B9MA 1WSJA 3HJFA 4DU3A 3L2RA 4I2QA 4CEBA 1Q9YA 1B92A 3D0PA 4EZ6A 2F8SA 2VG6A 4DU4A 1J5OA 1CZBA 1WSFA 4BDPA 1LWEA 1W9HA 2YHBA 3ZT3A 4M3TA 1I3AA 3V1OA 5JS2A 3M8PA 1HRHA 1BCOA 4KHYA 4FJJA 1KTQA 2P1JA 3JYTA 2XY7A 4B08A 3U6FA 1TKDA 2Y1JA 4ID1A 4AILC 3KLFA 3ZT4A 2HHXA 2BE2A 4KKOA 2Q3SA 1L3SA 4AHTA 1RDAA 3AVAA 3SQ4A 3KIOA 5KRTA 1NK0A 4CCHA 1RTHA 1RDBA 4DSJA 5SZTA 4FJ7A 3I0SA 1NKBA 4F2RA 3PO4A 4AHVA 1B9FA 1BHLA 4CIGA 3OYHA 4ELTA 3AA3A 4E1NA 1C0MA 4FLTA 4BE2A 3L3VA 3M8QA 4NCAA 3KTQA 3D45A 4ZTFA 2OA8A 2OPPA 2KFZA 3VQCA 3O3HA 1JLGA 3DLEA 2XRIA 2IOCA 2DTUA 4JRPA 4IFYA 5E41A 3NGZA 3OYJA 2YNIA 4YFUA 4LSNA 2HVHA 3PX6A 3TAEA 5FROA 1VSEA 5CY4A 5HP1A 3DLGA 4Z4EA 1RT2A 1TAQA 1LW2A 3PUFA 2HNDA 3MXMA 1GOCA 3LP0A 1JLCA 1ASVA 4CJTA 4O0IA 3LDSA 2I5JA 4E3SA 2QK9A 3DRSA 1W0HA 4DLGA 3AA4A 3K5LA 3OYKA 3LZJA 1CZ9A 1YTAA 3AO3A 4CJEA 4KB0A 3QEIA 4O55A 4AHCA 4DTJA 1RT5A 4W5NA 1KVBA 2P5GA 4F3TA 4Z0UA 3U3GA 2LSNA 3SPYA 4OPKA 3V1QA 3V9SA 3HPHA 2KW4A 5J2NA 4CJRA 1BGXT 1U04A 1FKPA 4CFDA 4Z4CA 1X9SA 3QESA 3K59A 4JRQA 4CEAA 3L8BA 3OYGA 4BWJA 4J2EA 1S5JA 1HYSA 3L2UA 3RTVA 2DFHA 1HYVA 1L3TA 1QSSA 1KSPA 4FXDA 3TAGA 5D3GA 2B6AA 2XHBA 3V9WA 5K14A 3NGIA 3KJVA 1S1UA 4DMNA 1TK5A 4DQIA 4QOZB 2GUIA 1RBTA 3WNFA 3C6TA 2O4IA 2Y1IA 3T3FA 3HO1A 4CF9A 3ZSQA 4RG8A 4OKEA 4CGIA 3QERA 4CGJA 3DMJA 4AHUA 4DFKA 4DFPA 4I9LA 3S9HA 4OPJA 1NK9A 3TR8A 3DLHA 1REVA 1T05A 1VRTA 1SL2A 4E0DA 3NF6A 1L5UA 3OS2A 4O4GA 4RW8A 1IG9A 4BE1A 3O4NA 2KQ2A 1K6YA 4CJWA 3PV8A 3TAQA 5I42A 4HUGA 4CJ3A 1WN7A 3NH0A 4N76A 3DYAA 1SV5A 1HJRA 3V6DA 1LW0A 1NJZA 3CFOA 4CIEA 3EYZA 1ZBLA 4M3ZA 3RRGA 4KAZA 2HHWA 1J9AA 4DSFA 3MECA 3OJUA 4HCCA 4GW6A 4FJ9A 4CJPA 4ELUA 3ZCMA 1U49A 2OPRA 5C24A 2IDOA 3IG1A 4N56A 1TAUA 1ASWA 4H4OA 3NAEA 3QNOA 3LAMA 3LP1A 5HRNA 4E7KA 4DQQA 4O44A 2RKIA 3DOLA 3SCXA 4FLYA 3BDPA 2VWJA 3HM9A 4BDYA 4HHTA 5J2MA 3B6PA 1NOYA 5T7BA 2PYLA 4Z4GA 3CQ8A 4CIFA 3ZSZA 4DQSA 4H8KA 4BWMA 1DLOA 1RDDA 4FW1A 3HL8A 3OYFA 4KTWA 4CJQA 1VSIA 4Z4IA 1RT3A 4E7LA 4QCLA 2R7YA 1QHTA 2OPSA 4KO0A 3PY8A 2ETJA 3AV9A 3QEWA 1VSKA 4FK0A 2HW3A 4DS5A 4NCGA 3NE6A 3E01A 3ALYA 1NJXA 5CZ1A 3G10A 4GVMA 4OKJA 1VRUA 3V9XA 4N47A 4FZZA 3VN5A 4FLZA 3K5MA 1WNSA 2WOMA 4CHYA 2HB5A 4Z4HA 3TAPA 3SPZA 1ZBFA 3QIOA 3ZT1A 4C8NA 4B8CA 4C8KA 4Q0BA 4NYFA 2A1SA 3TARA 2X6NA 4CEFA 3AVCA 4KHUA 1YTUA 4FJ8A 4CFAA 5KGXA 4B9NA 3QEXA 2G8KA 2PYJA 4NCBA 4CF0A 3QETA 2DY4A 4OVLA 4DTRA 3L2VA 3RWUA 3ZT2A 1KLMA 5SWMA 2B4JA 3SYZA 4QAGA 2NUBA 4CHZA 1EETA 5HRSA 2A1RA 1SUQA 3CG7A 3ZT0A 1S9GA 3PX4A 2OPQA 2P51A 4IBNA 1C1CA 1VK0A 2PY5A 2KFNA 4C8LA 4CHQA 4ID5A 3DLRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KTQA 3P38A 3F2KA 4N41A 2HHSA 1QQMA 3AVMA 4RW9A 1XMOK 4BRDA 3ZSOA 1OVYA 1GLBG 4BREA 4YDUC 4C8OA 3KKSA 5BR8K 3HVTA 1HQUA 4BROA 1YJWN 4DV2K 3SMPA 4FJIA 4F9OA 1C0GA 1HPZA 3NCIA 2E2PA 3CFRA 3WQUA 2G8VA 3BUZB 4ELVA 2QWOA 3A5OC 1Z25A 3FZMA 3L0QA 1OH5A 1QTMA 4ILGB 1NNEA 1HQEA 3BZCA 5AQZA 4FWPA 3MN5A 1UOCA 3SUNA 5JVGL 4H4MA 1TV6A 4PUOA 1TKTA 2F96A 5AZIB 2HHVA 3VTHA 3HSTB 4OPAA 1TK0A 4DUYK 4DTXA 2RHKA 2P9NB 3THXA 4CEZA 2DPNA 2IGIA 5AQYA 4B1YB 4W5RA 3S3NA 1ZBHA 1RBVA 1HNVA 4IEEA 4KFBA 4RW7A 3EO3A 3L6QA 3M8RA 3L4IA 4JI5K 4B9SA 1U2VB 3LP2A 4W5TA 4X62K 4E89A 2A41A 1QZ6A 1NWKA 2HF4A 4O5BA 4B8AB 3LAKA 4FWLA 2ZM6K 3AVGA 3VF6A 3K58A 3VEYA 1ATRA 4LD0A 3AO2A 3KKRA 4BR0A 1CLQA 3O9RA 1XC3A 1MWMA 1L3VA 4FLXA 4CZMA 1KXPA 4DHYA 2AP1A 1BIUA 1RT1A 4DFJA 3HBTA 3VF2A 3MCAB 4FWRA 4KREA 4FJXA 3ZX2A 2GEMA 2O8DA 1CZAN 3QBXA 5CE3A 1Q8IA 3LWLA 3VQDA 5BRDA 1JJ2M 1RNHA 4PKHA 1EX4A 3GL1A 3BF1A 2W42A 3CF5L 2JWLA 1IKVA 4H5WA 5AQUA 1C1AA 4AM7A 4YOYA 2V51B 1D5AA 5TKYA 5FPNA 3AO4A 2IVPA 3O4QA 4H0TB 3HPGA 3J7ZO 4Y1DA 4GKKK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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