1RILA

Crystal structure of ribonuclease h from thermus thermophilus hb8 refined at 2.8 angstroms resolution
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
RKRVALFTDGACLGNPGPGGWAALLRFHAHEKLLSGGEACTTNNRMELKAAIEGLKALKEPCEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHTGHPENERVDREARRQAQSQAKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Crystal structure of ribonuclease H from Thermus thermophilus HB8 refined at 2.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 42
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rilA00
1BI4B 3HVRA 4W5OA 1HRHA 3M8QA 5FDLA 4CK1A 1X9SA 4CJVA 4YNQA 4FLVA 2HW3A 1REVA 2OYQA 4QOZB 2X6NA 1HYSA 3QNOA 5CZ2A 3NGYA 2YKNA 5C24A 1KLMA 1UA0A 4FZXC 4PUOA 3AA4A 4FK2A 3V4IA 4NYFA 1TL1A 2WONA 1BIZA 3B6OA 4RW9A 5T7BA 4DU4A 2IDOA 1X1PA 3D45A 2FBVA 4IG3A 5C25A 2IAJA 1VSJA 2PY5A 3KLGA 1TV6A 4CHZA 4E3SA 3HPOA 4B8AB 2G8HA 3KD1E 2Z1HA 4W5QA 1NK0A 1G15A 4OJRA 3ZSVA 1Q9YA 2O4GA 3QEVA 1LW2A 5I3UA 1SKWA 3K2PA 4CHNA 5HROA 1HNVA 3S3NA 1TK8A 4C8KA 3HK2A 3SQ4A 4PQUA 2I5JA 4Z0UA 3HSTB 3NH2A 3K57A 4Z4EA 4DG1A 2E6LA 4DSIA 3OYFA 2JLEA 3PX4A 1QHTA 1NKBA 3U6FA 5JS1A 3T19A 2Z1JA 4CHYA 2OPPA 1WSJA 3KK1A 1VSFA 4NCGA 1C0MA 4OLAA 4DTUA 1QTMA 3WNEA 1QS4A 1HYZA 3OY9A 2HMIA 3BDPA 2KQ2A 3DRSA 2GBZA 1WAFA 3SV3A 4RG8A 4FVMA 1HYVA 1U04A 4Y1CA 1ZBUA 4NCBA 3F73A 3L8BA 4DFPA 4CFCA 4J2AA 3U3YA 1NJYA 1S1WA 1N6QA 4IBNA 3SZ2A 4LSLA 1EP4A 1RBRA 4JS5A 4UQGA 3C94A 1GOBA 2OPQA 1U49A 3NF9A 4DQSA 2HNYA 3V9XA 3ZSQA 3WNHA 3ZSWA 4EP5A 3V1OA 2X74A 3ZT3A 4J2BA 4M3YA 1IG9A 2B5JA 2VWKA 2Y1IA 3SUOA 3DRRA 1ZBIA 1T8EA 1WSHA 4MFBA 4CEQA 3C6TA 4CK2A 4B3OA 4Z4HA 3ISNC 1KFDA 5C42A 1YTUA 3VN5A 4Z4CA 1C0UA 4M3TA 2G8IA 2YV0X 4HUFA 3B6PA 5DK5A 2E4LA 2Z1IA 2R7YA 3NHGA 1TKDA 4CFBA 1EKEA 4M3XA 2PZSA 3LAMA 3O3GA 4FYDA 4R5PA 1RT2A 4DTJA 4DS4A 4DS5A 3MXIA 4DSLA 4QAGA 3QEWA 4HUEA 4JRPA 2FC0A 4FM0A 4B9UA 1LWCA 2HNZA 3DRPA 1C6VA 5CYMA 1TGOA 1KVCA 4OKEA 4HCCA 1Z25A 3QERA 4OKJA 4B9TA 3CFRA 1Z26A 1BISA 1C1CA 1U47A 4OPJA 3I8DA 3E01A 4Z4FA 1ASVA 1VSEA 3PV8A 4FJ9A 2QKBA 4FJ5A 1RNHA 4DLGA 4LH5A 1U45A 4FJJA 1NK4A 4BACA 4IFVA 4FJXA 5D3GA 4KREA 1L3TA 3K5MA 4DSFA 3CQ8A 1SUQA 1L3SA 4I9QA 1VK0A 3OYKA 4E0DA 5HRNA 2HHWA 2G8WA 4LH4A 3HT3A 4CEAA 4CFDA 2HHTA 2IS3A 4OLBA 3G0ZA 2G8UA 4KI6A 2KW4A 3VQAA 4AHTA 3OYLA 4ELUA 4KTQA 2YNHA 4CESA 3SPYA 4CJLA 4FCYA 3RR8A 1RCHA 2EX3A 4TSXA 1Q9XA 4CGHA 3RMBA 1HPZA 2YHBA 1HNIA 1RDDA 4DTRA 3AVMA 4O4GA 1U4BA 3QLHA 4FM1A 5HBMA 5DMRA 1XHZA 1SL1A 1TKXA 1T03A 3RRGA 4O44A 4KHWA 3SQ2A 1BCOA 1S5JA 1BCMA 3THVA 3PUFA 3OS1A 1ASWA 3ZCMA 5HRSA 3V9WA 4ID1A 4DTPA 2XY7A 2PYLA 4E7HA 1SKRA 4CEZA 2YHAA 5CYQA 1S1UA 3SUNA 4CJTA 4DU1A 1TKZA 4IG0A 1RT6A 1RBTA 4CF9A 4FW2A 4DSEA 2XY8A 4N5SA 3RTVA 1A5WA 1KVBA 1RILA 4BE1A 2HHVA 2B6AA 3RWUA 1BGXT 3AVNA 4F2RA 1N5YA 1CZBA 1TL3A 3K5LA 3L3VA 3K5NA 3L2QA 3DLRA 3OYNA 4LSNA 2G8VA 3VQ5A 3L3UA 4BDYA 1I3AA 3TWHA 2RF2A 2GV9A 4CECA 3KJVA 1VSLA 3NGIA 3QEIA 3TAFA 1BQMA 4I2QA 2D0AA 1HMVA 4FJMA 2HHUA 1L3UA 4FJGA 4FJIA 1KLNA 2IGIA 4B08A 2VG5A 1UWBA 4CCHA 3CM6A 3LANA 3IS9A 3OYMA 2PYJA 3AVIA 3DMJA 1RDCA 3AVJA 4DSJA 3OJSA 4OGEA 4Y1DA 3SNNA 3C6UA 4CIFA 3TAQA 1FXXA 3SYZA 1NK9A 4RW4A 4CJRA 1EX4A 2F96A 3FFIA 3KKRA 1WAJA 1A5VA 4CJEA 3S9HA 1KFSA 1NK5A 4ELTA 3CM5A 3P83D 1KRPA 3LDSA 3DOLA 4B9LA 3TAMA 3DM2A 1HJRA 3AVLA 3NDKA 3SUPA 4C8OA 4M3ZA 4ELVA 3LPUA 4FJKA 4AHCA 5E41A 5J2PA 4F3OA 2QK9A 4H8KA 4KV8A 2RPIA 3O4NA 5SWMA 3SCXA 5FROA 1NKCA 4E7LA 3QIPA 2VG6A 4KPYA 4I9LA 3ZT0A 4FJNA 2D0CA 3VQDA 1LV5A 2DY4A 1HQUA 1SL2A 4J2DA 5K14A 3K58A 3V81A 4B9NA 1ITGA 3NF6A 2X78A 4Z4GA 3EY1A 1L5UA 4W5TA 1JL2A 1W0HA 3JSMA 1L3VA 5J2NA 4CF1A 3KK3A 3L2UA 4DMNA 1WNSA 3QINA 2RN2A 4FLUA 1SL0A 4M3RA 1NKEA 2ITGA 4HUGA 3ZSOA 2F8TA 4DTNA 3VQQA 3KKSA 4FLZA 3VQ8A 3OYCA 4I7FA 4O0IA 5J2QA 1NOZA 4FJ8A 2KFNA 1YTAA 3ASMA 1RBVA 4IDKA 1JLCA 4KHUA 4LD0A 2O4IA 2YNGA 4K8XA 3PO5A 1B92A 3OJUA 1NJWA 4F3TA 4M42A 1NOYA 4KTZA 3QEPA 5I42A 2YNIA 2QXFA 1NJZA 2FBTA 1UA1A 1VSIA 1RT5A 1WSIA 1S1TA 3AVCA 5KRTA 3V9ZA 4DFKA 4DSKA 2G8FA 3KD5E 4KI4A 4AHVA 1B9DA 4B9VA 3AO4A 2DFHA 4CJ4A 4HTUA 3RMDA 1JLBA 4CJPA 1TAUA 3CG7A 1XHXA 4DTXA 4J2EA 4O55A 3NAEA 3LZJA 1WSFA 1LWEA 2BE2A 5J1EA 2HHSA 2P51A 2XY6A 3AVAA 4AH9A 3SQ1A 3ZSXA 4ZTJA 1NK6A 4CJWA 1RT7A 3V1RA 4CEFA 3OS0A 3VA0A 3ZT1A 5HP1A 3H08A 3SQ0A 4AHSA 1CLQA 4CK3A 4KHNA 3TI0A 4M3WA 1K6YA 3TANA 1LWFA 3OYDA 4CJUA 3OYEA 5HLFA 2YKMA 3OVNA 1ASUA 3WNFA 1TAQA 3BGRA 2HHQA 1BQNA 4CIEA 1JKHA 4AILC 2Y1JA 4O5BA 1RTIA 2KTQA 4KTWA 1RBSA 1T7PA 2KZZA 1WSGA 2Q3SA 4KFBA 4CJ5A 4CF2A 4YFUA 1B9FA 3AVKA 3O3HA 2HVIA 3V1QA 3TR8A 5HRPA 3HVTA 3EYZA 2EHGA 3VQPA 5EU7A 2LSNA 3A2FA 3VQCA 4DF8A 2FBXA 2VG7A 4CE9A 3LAKA 1NJXA 3L2VA 1QQCA 4KB0A 3V9SA 2BDPA 4M3UA 4OKKA 4B9SA 3VQ9A 3QO9A 3EZ5A 1SKSA 4F8RA 3OYBA 4HHTA 1JL1A 4M45A 3HPGA 3VA3A 4FJHA 1O1WA 2A1RA 4O0JA 1LAVA 1YVUA 1J54A 1DTQA 4E89A 4IKFA 3NCIA 3ZT2A 4ICLA 3V6DA 4BWJA 3K5OA 4HVJA 4JRQA 4FZZA 4OPKA 1GOAA 4PY5A 1JXBA 1VSMA 4ID5A 1KTQA 3VQ7A 3ZSRA 3ITHA 3CYMA 4DU3A 4EZ6A 3M8RA 3M8PA 1JLAA 5HRRA 1BI4A 4DWIA 2IC3A 4DQIA 3L2RA 1LAWA 2P5OA 4KRFA 3CFOA 4L8RB 2P5GA 1C1BA 1ZBFA 1S9EA 4C8NA 3RMCA 4FZYA 4CJFA 4QCLA 3K59A 3T3FA 3NH1A 5FRMA 1IKXA 2JGUA 3KLEA 4LY7A 2XY5A 1J5OA 4G1QA 1QSYA 3MEGA 1LW0A 1IH7A 3O4QA 4N47A 3AA5X 1C0TA 4Q0BA 1CZ9A 4CIGA 1D8YA 4E7JA 2G8KA 2NUBA 2Z1GA 3DLKA 3HPHA 3MXJA 1TK5A 1JLQA 3ZT4A 2DFEA 4E1NA 2A1SA 3MEDA 4GMJB 2OA8A 3PO4A 3QEXA 4MQ3A 4NCAA 4KHYA 3NF7A 1BIUA 3O3FA 3TARA 1X9WA 3V9UA 3NE6A 3DLEA 3LP2A 3QESA 1GOCA 3LP3A 3M8SA 3S3OA 1QSSA 3DI6A 2IOCA 2ETJA 3I0RA 3HP6A 4B9MA 4CEOA 3MECA 1UOCA 4DQRA 2F8SA 1Q8IA 3P1GA 1A5XA 4W5RA 1TVRA 3HP9A 3SV4A 4RW8A 1ZYQA 5KI6A 4GVMA 1T05A 4EZ9A 3U3GA 4FK0A 4GW6A 1XWLA 3L2WA 1DLOA 3I0SA 1I39A 1S6QA 3SI6A 1RT3A 1KSPA 3KIOA 3DYAA 3IG1A 4CGJA 1UAXA 4DLEA 3ZSZA 3PX0A 4JLHA 1RT4A 3F9KA 2D5RA 4KO0A 4OGCA 2OZSA 1RT1A 1MU2A 1X9MA 3OYIA 3RRHA 3NGZA 1JLEA 4CF8A 4E19A 4DTOA 3C95A 1RTDA 2HB5A 3LPTA 4DF4A 3HJFA 3KLIA 1IKVA 3AO2A 2VWJA 4KB1A 3JYTA 3MXMA 3AA2A 2BANA 3IAYA 1RTHA 4ZHRA 2BGGA 2YNFA 3G10A 5KGWA 4FXDA 4E7KA 1C1AA 4EP4A 4CFAA 4CGIA 3QIOA 3MEEA 1IKWA 2DTUA 2ZD1A 1XC9A 2GUIA 5J2MA 3LALA 3QETA 1IKYA 4IFYA 4KHSA 3PY8A 4KKOA 5CZ1A 3KLHA 4ZTFA 1BHLA 4AHUA 3UIQA 2OPRA 4HCBA 1VRTA 4DFMA 3AVHA 1JLFA 2ZE2A 4DTMA 4BE0A 4E1MA 1D9DA 4N41A 3AVBA 4CJKA 4FLYA 4CGDA 2XO7A 4FJ7A 3DLBA 3RR7A 3RMAA 1S1XA 4C8MA 2RKIA 3ALYA 3SUQA 3T1AA 4KHQA 1W9HA 2QKKA 1WLJA 4DTSA 1QSLA 1EETA 2HNDA 3DOKA 5FRNA 1FKPA 1EXQA 4N56A 2D0BA 1CXUA 4CHQA 3OS2A 2W42A 4BDPA 3OYAA 3HM9A 4BWMA 3TAPA 1FK9A 1D5AA 4H4OA 1J9AA 4CGGA 1S6PA 3AVGA 1WSEA 2X6SA 2AJQA 4I2PA 4CHOA 2OPSA 3DLGA 3AV9A 4CJSA 3ULDA 1Y97A 3TAEA 3OYHA 3MAQA 1DTTA 1JLGA 4JS4A 3PX6A 4CEEA 1U48A 2B4JA 2DFFA 5JS2A 5KTQA 1ZBLA 4F4KA 2WOMA 4H4MA 4CF0A 1S1VA 4W5NA 1BL3A 3KK2A 4NYNA 3AO3A 3D0PA 4Z4IA 1RDAA 3NBPA 4DQQA 4C8LA 3OYJA 3TABA 4OVLA 1RDBA 1F21A 1CXQA 3OYGA 3IRXA 4FK4A 3AO1A 3NFAA 5SZTA 1NK8A 5KGXA 4FLWA 2P1JA 3AVFA 3NF8A 2XHBA 4N76A 3SJJA 2HVHA 1QE1A 4B8CA 3QNNA 1TKTA 1VSHA 3HO1A 1R0AA 1VSDA 1FKOA 4CEDA 4XIUA 2KFZA 1RBUA 3AO5A 1KVAA 3HYFA 4E7IA 4FLTA 3WNGA 2FBYA 3VQBA 4DFJA 2E6MA 4RW6A 1D9FA 4F2SA 4FM2A 1RTJA 3HXMA 5CY4A 3P5JA 4PA1A 3VQ4A 3VQ6A 1ZBHA 1YT3A 1IO2A 5KRSA 4M41A 4CJ3A 1JXEA 1VSKA 4Q5VA 3CFPA 2XRIA 3AA3A 2ZQBA 3ZSYA 3LP0A 1NK7A 3TAGA 1TK0A 2OZMA 4KAZA 3LP1A 3NH0A 3VQEA 4FLXA 3KTQA 4K8ZA 3SPZA 3KLFA 3LWMA 4BE2A 4CGFA 1S9GA 1HQEA 2KZMA 1SV5A 4FW1A 1XI1A 2ATQA 1WN7A 4CHPA 4AHRA 4FJLA 2HHXA 4PWDA 4RW7A 1KCFA 4CJQA 4WE1A 3DLHA 4DQPA 4CEBA 3S3MA 3LWLA 3HL8A 1VRUA 4CERA 1J53A 4BDZA 3LZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BI4B 3HVRA 4W5OA 4FZXC 5FDLA 4CK1A 2HW3A 1REVA 1HYSA 4R79A 4GNIA 3NMUA 5CZ2A 2YKNA 1UA0A 3AA4A 4NLBA 4NYFA 3E9PA 3B6OA 3WXMB 2QWOA 2PY5A 1TYQB 3KLGA 4CHZA 2W6LA 2Z1HA 4LF6K 4CHNA 3S3NA 2I5JA 4Z0UA 4Z4EA 2E6LA 3OYFA 3ZLJA 3NVKA 2QXLA 4DV2K 1QTMA 3WNEA 1ATNA 1QS4A 1HYZA 3OY9A 2HMIA 1HKCA 1WAFA 3SV3A 1QQMA 1GLEG 5GAHP 3VOVA 4DFPA 1DGKN 4EHUA 3SZ2A 1X3MA 1EP4A 2F9TA 1RBRA 3QBWA 5AQSA 3ID8A 4CBWA 1LOTB 2FXUA 1IG9A 3SUOA 3DRRA 4OPHA 1ZBIA 1U6ZA 4MFBA 4CEQA 4NB4A 1YTUA 2JWLA 4BRAA 2NRVA 2WFBA 2YV0X 3B6PA 2E4LA 2Z1IA 3NHGA 4CFBA 4IEIA 3LAMA 3D2EA 4DS4A 2A3ZA 5F1XA 3O1WA 2FC0A 5MLCQ 4IZ9A 1BU6O 3ATVA 3HBTA 5BPMA 1Z25A 2D0PA 4OKJA 1U47A 3CIPA 3E01A 3FZFA 1IV0A 2UUCK 2ASOA 5LMNK 4BR2A 4FJ9A 2QKBA 4BACA 3K5MA 1L3SA 1VQ7N 1VK0A 3OYKA 3CCQN 3DAWA 2G8WA 4GKKK 4JKAA 5EVZA 3HSCA 4OLBA 3G0ZA 3WXKA 3MN9A 3OYLA 2YNHA 3SPYA 2O8CB 4CJLA 1Q7YO 3LM9A 1Q9XA 4LF7K 3E9LA 1MDUB 4FOEA 4JKFA 5DMRA 1XHZA 1SL1A 1TKXA 3EE9A 1T03A 3RRGA 2XY7A 2PYLA 3W0LA 3ZCMA 5HRSA 3V9WA 1SKRA 4WFNL 2YHAA 1IG8A 4DU1A 3E9OA 4IG0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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