1RILA

Crystal structure of ribonuclease h from thermus thermophilus hb8 refined at 2.8 angstroms resolution
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
RKRVALFTDGACLGNPGPGGWAALLRFHAHEKLLSGGEACTTNNRMELKAAIEGLKALKEPCEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHTGHPENERVDREARRQAQSQAKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of ribonuclease H from Thermus thermophilus HB8 refined at 2.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 42
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rilA00
3VQAA 3MECA 3PY8A 1JL2A 4FM1A 1ZBFA 2ZE2A 4CFAA 3OS1A 3TAMA 3DYAA 1D5AA 3CG7A 3DLEA 2KFZA 1VSKA 4CF8A 4DLEA 4DS5A 4CGHA 1KVCA 1SL1A 4KAZA 4FK0A 4BDYA 4CHPA 3SQ2A 4CIGA 4CGIA 3O3FA 1LWCA 3QNNA 2DTUA 4CEDA 4ZHRA 3NH2A 4PWDA 1K6YA 1S6PA 2QXFA 3HO1A 1TKXA 1F21A 1JL1A 4DMNA 3ITHA 2HNZA 4GMJB 1TGOA 3VQ8A 1VSDA 3B6PA 3AVBA 4B9MA 3VQ9A 5FRNA 1S9GA 5CZ1A 5KRTA 4CGFA 1BQNA 4CJLA 3DLKA 3QO9A 5J2QA 3ZSVA 1TAQA 4Y1CA 2XO7A 1WSJA 3HT3A 1Q9YA 4HCBA 4GVMA 4DTSA 3P83D 4F8RA 3MXMA 5FRMA 1RCHA 4Z4FA 2EX3A 2OPPA 3O4NA 1VRUA 1JLFA 3HP9A 1SUQA 5FROA 1N5YA 4JRPA 1UWBA 1NKEA 4QOZB 1EP4A 1SKSA 3TANA 1XI1A 4FM2A 4CJ5A 3WNEA 1KVBA 1RTJA 1WAJA 4Z0UA 4CJRA 4DSEA 3U3YA 3MAQA 4KFBA 3LZJA 4FK4A 1VSMA 1NK6A 4NCGA 3V9SA 4RW4A 3KJVA 4B8CA 2OA8A 1HYZA 5HROA 3HXMA 4HUFA 2D0CA 1RBTA 2B5JA 3LAMA 3NE6A 4IG3A 3RMDA 4E7KA 2G8VA 3U3GA 1ZYQA 2GUIA 5HP1A 3PX4A 1GOCA 3SUPA 4W5OA 3SYZA 5J1EA 4HTUA 4CJEA 5HBMA 4FJIA 3D45A 3BDPA 4CF9A 3L8BA 3AVLA 3IG1A 4E1MA 2YKMA 2D0AA 3HJFA 1IO2A 1BCMA 1BCOA 3LP3A 4ZTFA 1HNIA 1BQMA 3KLHA 1A5XA 3NGZA 3KLGA 1NK0A 2QK9A 4G1QA 1EETA 1U48A 1SKWA 3C6UA 3ZSQA 2O4GA 1FK9A 4CJQA 4LH4A 3SUNA 3P1GA 3V9UA 4DTRA 2XY7A 4IKFA 2KZMA 4AH9A 3HPHA 4GW6A 3S3OA 2P1JA 5HLFA 2HNYA 4Z4IA 3ZT2A 1KTQA 4M3XA 1RDDA 2EHGA 4CIFA 4B3OA 1B9DA 4RW7A 4K8ZA 1NJWA 3A2FA 5FDLA 3WNGA 4FW1A 4OLAA 3MEDA 1TKZA 2ZD1A 3CM6A 4O5BA 5D3GA 2FBVA 1Q9XA 4DTPA 3H08A 4FZYA 2B4JA 3L2RA 3VA0A 3C95A 4ELVA 1UA0A 4FJ5A 2OZSA 1ZBUA 1IKVA 4CK1A 3AA2A 3I0RA 4JS4A 3TAQA 1TV6A 3ZT0A 1WSHA 1T8EA 4RW9A 2DFEA 4CK3A 3VA3A 1HJRA 3K58A 2HHSA 5E41A 1S1XA 3QEWA 3AVGA 4Y1DA 3ZSZA 1BI4A 4KHSA 1Z25A 3M8RA 4BWMA 4O44A 2VG5A 3QINA 1TL1A 5HRSA 4M3YA 1Y97A 5HRPA 2G8KA 4CFBA 4E7IA 1KRPA 3QEPA 4CE9A 4FZZA 4M3RA 1SL0A 1BIUA 3AVIA 1KFSA 4F4KA 3V1QA 4IG0A 4OJRA 4FJJA 1CXUA 4ELTA 3TAGA 3SPZA 4I7FA 2OPSA 1CLQA 1C1BA 2X6SA 3LAKA 4DFJA 3K57A 5KTQA 1NK4A 4CEFA 3NH1A 1IG9A 4LH5A 1VSLA 1TK5A 1QTMA 4FJ9A 5HRRA 1YVUA 4BE0A 2HHUA 4FJMA 1RNHA 1WSIA 4O4GA 3HVRA 5J2MA 4Z4GA 3KK3A 3RR7A 4F2SA 4DFKA 1YT3A 3RR8A 4KHYA 4CJKA 4KHQA 3ASMA 1RBVA 2QKKA 1RT3A 3I8DA 4KTQA 5EU7A 3MEGA 1C0UA 4DF4A 1DTTA 4LD0A 4Z4CA 4OKKA 3K5NA 1A5VA 3CFRA 3PX0A 2BANA 3AVHA 4EP5A 2VWJA 1J5OA 1QSSA 4DQQA 3DRPA 4PQUA 3JYTA 4DTXA 2YHBA 3CYMA 3DLGA 1RTHA 2RN2A 3OYAA 3HM9A 1T05A 1JLCA 3QLHA 1HRHA 1RBUA 2G8UA 4CEZA 1JLEA 1GOAA 1BHLA 2FBTA 1RBRA 4PA1A 3EZ5A 4CERA 1X9WA 2LSNA 1D9DA 3SV3A 4FLVA 1KFDA 3OYBA 1TL3A 3E01A 2QKBA 4B9UA 4Q0BA 4DTUA 1NJZA 2OYQA 3OYGA 2GV9A 1DLOA 2JGUA 2O4IA 1SL2A 5CY4A 1N6QA 3AV9A 1HPZA 3O4QA 3QIPA 3NDKA 3AVFA 3C6TA 2IGIA 3SPYA 3AO5A 4DQRA 3OYEA 4C8KA 1FKPA 3SV4A 3AO3A 3LANA 4OKJA 4CGGA 1JLQA 2G8HA 4FM0A 2BE2A 3LPUA 4DQPA 2WOMA 3VQ4A 4B9LA 4CHNA 1NK8A 3MXJA 4AHCA 3K59A 4BDZA 4I9QA 4RW8A 1IKXA 3OYMA 4CIEA 3FFIA 4BE2A 4LSLA 2IDOA 3KIOA 1XWLA 5CZ2A 1RT7A 1WLJA 4ID1A 4OKEA 3QEVA 1BISA 4LY7A 2X6NA 4KHNA 4PUOA 4OPKA 1BL3A 3MEEA 2NUBA 3AVMA 2W42A 3OYCA 3LDSA 4CEEA 3P5JA 3OJUA 2FC0A 4E7JA 3SJJA 1VSFA 3KD1E 2OPQA 3VQEA 3SUOA 1CXQA 2XY6A 4BACA 4MFBA 1JKHA 1Z26A 3ZSWA 2F96A 3ZSYA 3NAEA 3KKRA 4WE1A 1REVA 4CHZA 5KI6A 3IAYA 1S6QA 5KRSA 4FLZA 4L8RB 4HVJA 1S1WA 3LP1A 4CK2A 4B9VA 4C8LA 1LWEA 1XC9A 1C0MA 2YV0X 1EXQA 1C6VA 3LP2A 4H4OA 1T7PA 3AVJA 3LPTA 1UA1A 4C8NA 1NJYA 4KHWA 1VSEA 2RKIA 2X78A 2XY5A 4B8AB 3TABA 4DQIA 3OS0A 2X74A 4KI6A 4AHUA 5T7BA 1TK8A 3ZSRA 1NK7A 2WONA 3V9XA 3RMAA 4N76A 4CEOA 1EKEA 2P51A 1S1UA 4LSNA 1DTQA 1SKRA 4FJNA 3G10A 3L2VA 2A1RA 5C25A 2Y1JA 4QCLA 3DLRA 1U04A 4KO0A 4M3TA 4ICLA 5KGWA 3OS2A 4FJGA 3F73A 1U4BA 4CJPA 4FJKA 3OY9A 1JXBA 1LAWA 1CZBA 1WSEA 4DTOA 3TAFA 3KTQA 2JLEA 1KLMA 4IFVA 3M8PA 4J2DA 3KD5E 4BE1A 3NBPA 1U49A 1T03A 4AHTA 4OLBA 1C1CA 4K8XA 3OYLA 5DMRA 1TKTA 4DSFA 4KV8A 1IH7A 3TI0A 2F8SA 1NKCA 4EP4A 4OGEA 3D0PA 3AVNA 3G0ZA 4FVMA 3VQ7A 3QNOA 3NF9A 4ELUA 4I2PA 1KSPA 4FJHA 3VQ6A 3PO4A 1RDAA 1S1VA 1NJXA 1ZBHA 3V9WA 1CZ9A 4CF2A 2YKNA 1LWFA 4IDKA 4JLHA 1MU2A 4KTZA 3OYHA 1LAVA 4J2AA 2G8FA 4FW2A 3ZCMA 5C42A 1C1AA 2HB5A 2XY8A 3VQQA 2KW4A 3AO2A 4Q5VA 4E7LA 4DTNA 1D8YA 3DLBA 1KLNA 3EYZA 1FKOA 3RWUA 3K5MA 3AA3A 3DM2A 3SI6A 4CJTA 3RRHA 3LWLA 3KLEA 4KHUA 3M8QA 3VQBA 3ZSOA 1S1TA 3K2PA 2G8WA 1BI4B 3ISNC 4OPJA 4I2QA 3V6DA 4HHTA 4M3WA 4M41A 4IFYA 3RMCA 4O0JA 2DFHA 2KZZA 4I9LA 3OJSA 4N56A 1LV5A 4N5SA 1RDBA 2B6AA 1FXXA 4CJVA 3VN5A 4CJSA 3T19A 1RTIA 4E89A 3NF7A 2DY4A 1NK5A 4DTJA 4BWJA 1KVAA 4CHOA 3DLHA 1QHTA 3K5LA 3ZT3A 1RT5A 4TSXA 1U45A 3IRXA 1Q8IA 4FLWA 3QESA 2BDPA 1RDCA 1VK0A 4DF8A 3AA4A 2Z1GA 3WNHA 3QETA 4DU3A 2PYJA 4DQSA 2XRIA 2DFFA 4EZ6A 4CJWA 2VG6A 4M45A 2E4LA 2OPRA 4H8KA 4FZXC 3RMBA 4M42A 4O55A 1XHXA 2FBXA 2RF2A 3AA5X 3SZ2A 1TKDA 3OYDA 4DLGA 3V4IA 3LALA 1VSIA 2Q3SA 5SWMA 4Z4EA 3K5OA 1ASVA 4F2RA 1J9AA 4FLXA 3VQPA 5SZTA 4B9TA 3HPGA 4CCHA 3OYKA 2Z1JA 3AVCA 3ZT1A 3L2UA 4M3UA 2HHQA 4ZTJA 3PX6A 4ID5A 3AO1A 3L2QA 3I0SA 3UIQA 1L5UA 4KREA 4R5PA 2RPIA 4CJ4A 3OYJA 2HHTA 2HNDA 2HVIA 3NCIA 4DWIA 4CFDA 3KLFA 3AVAA 2ITGA 1X9SA 1W0HA 2IS3A 3KK1A 3HL8A 1QE1A 4IBNA 1ASWA 1JLAA 1NOZA 5JS2A 3VQCA 3HSTB 4DFPA 3AVKA 1J54A 1QSLA 1LW2A 3ZT4A 4BDPA 4XIUA 4Z4HA 4DU1A 4HCCA 4DU4A 1WAFA 1L3VA 1J53A 3KKSA 4KI4A 3V9ZA 1RILA 2AJQA 1B9FA 3S9HA 4AILC 4PY5A 2YNFA 4CECA 4NCAA 4W5QA 1NKBA 3CFOA 3BGRA 4FCYA 1HYVA 2PYLA 3L3VA 2OZMA 1ZBIA 2ZQBA 3U6FA 1TVRA 4YFUA 4MQ3A 1JLGA 3NH0A 2Z1IA 3CM5A 4CHQA 3PV8A 3L3UA 2IAJA 3DRRA 1C0TA 1WSFA 1RBSA 4CF1A 2HHVA 4HUGA 3JSMA 3SQ0A 1RT2A 2FBYA 2YHAA 1L3TA 1B92A 3V81A 3DMJA 4H4MA 1X1PA 3LP0A 1RT1A 4J2EA 4YNQA 3T3FA 2IC3A 3RTVA 4FYDA 1S5JA 1S9EA 1KCFA 4FJLA 3T1AA 4RG8A 1RT4A 4CJ3A 5CYMA 1QSYA 2KQ2A 5C24A 3VQ5A 1RT6A 4FJXA 3DI6A 3EY1A 1WNSA 2VWKA 2YNIA 1WSGA 3ULDA 3O3GA 4DSJA 1BGXT 1LW0A 4B9NA 3S3MA 4KB0A 1YTUA 4CGDA 4OVLA 1X9MA 3CFPA 3THVA 1JLBA 4FLYA 3WNFA 3OYIA 2D0BA 4FLUA 3SUQA 3OYNA 3HPOA 2P5GA 1ITGA 4AHRA 4NCBA 4M3ZA 3DRSA 4DG1A 1UAXA 4E3SA 4CJFA 5I42A 2HHXA 3O3HA 4FLTA 2ATQA 4DSIA 3NGYA 4DFMA 5JS1A 1L3UA 1O1WA 3QIOA 3OYFA 4F3TA 4CESA 4E0DA 2F8TA 3MXIA 3SQ4A 4CJUA 3PO5A 4NYFA 1GOBA 2PZSA 1UOCA 3HVTA 3NF8A 3ALYA 3V1RA 3VQDA 4KB1A 4N41A 4CEAA 3M8SA 4KTWA 1BIZA 3HYFA 1HYSA 2HHWA 5HRNA 3TR8A 2P5OA 3LWMA 1JXEA 4B08A 2E6MA 1U47A 4CFCA 3RRGA 1HMVA 1G15A 1EX4A 2E6LA 3IS9A 3KK2A 3DOKA 2VG7A 4E1NA 4FXDA 2KFNA 1TAUA 1W9HA 4CEQA 4C8MA 1VSJA 3SQ1A 4DS4A 4CEBA 2HMIA 4OGCA 3SCXA 3S3NA 1IKYA 3F9KA 4RW6A 5J2PA 5DK5A 2D5RA 4N47A 3ZSXA 2R7YA 2Y1IA 3SNNA 5I3UA 4E7HA 2ETJA 2Z1HA 1SV5A 4J2BA 2KTQA 2IOCA 2G8IA 5KGXA 4UQGA 3V1OA 4W5NA 4CGJA 1YTAA 4B9SA 5K14A 2BGGA 3TAEA 3TARA 3AO4A 4F3OA 5CYQA 1D9FA 1I3AA 4KPYA 4NYNA 3QERA 2A1SA 1WN7A 4FK2A 1QQCA 4JS5A 3HK2A 4E19A 2HVHA 3DOLA 4AHVA 1VSHA 2YNHA 1R0AA 1NOYA 1RTDA 4EZ9A 3NFAA 3OVNA 3C94A 3L2WA 3PUFA 2XHBA 4AHSA 3QEIA 1VRTA 4W5TA 1XHZA 1TK0A 4DSLA 4FJ7A 5J2NA 3NF6A 3HP6A 3B6OA 1QS4A 4O0IA 4CF0A 4JRQA 4W5RA 4HUEA 4DTMA 1NK9A 1L3SA 3NHGA 2I5JA 2HW3A 3CQ8A 4DSKA 2GBZA 2YNGA 3NGIA 3QEXA 1HQUA 3LZIA 3TAPA 1HNVA 1I39A 4KKOA 3KLIA 3TWHA 4KRFA 1A5WA 4CHYA 1HQEA 4C8OA 4FJ8A 4QAGA 2PY5A 1ZBLA 1IKWA 1ASUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQAA 5BR9A 3DLEA 2WBNA 4CF8A 2GUPA 1Q81O 4KAZA 3SQ2A 3G71N 4CIGA 1XMQK 3DWLA 3O3FA 2EWSA 4FWMA 3QNNA 1N33K 3JAMO 2DTUA 2ZGYA 3HI0A 1S6PA 3OHRA 3HO1A 4CD3A 3UB5A 1TGOA 3B6PA 5CR4A 2V7YA 1KAXA 1S9GA 2KLAA 4FSVA 5KRTA 2GTDA 3HT3A 1WSJA 1Q9YA 4HCBA 4JKFA 1NJIO 2A5XA 3P83D 4F8RA 3MXMA 4Z4FA 1RCHA 3L6QA 5F1XA 2ZJRL 2OPPA 1SUQA 3HOSA 3R9PA 1N5YA 4YOWA 4NXMK 1XI1A 4FM2A 1RTJA 1Q86O 2E2OA 3LZJA 1VSMA 4KH5A 4KH6A 3TSUA 1IBKK 4B1WB 5HROA 4HUFA 2B5JA 4C23A 3NE6A 4IJAA 4UY8O 3C6AA 4DR1K 4FJIA 4W5OA 1K8AO 3CMAN 4FL9A 3SBTA 4HTUA 3CD6N 3D45A 3AVLA 4E1MA 3HJFA 1IO2A 1BCOA 1NK0A 1BU6O 1YAGA 2VGMA 3LDLA 1SKWA 4LFBK 3ZSQA 2O4GA 3SUNA 3VF2A 4IKFA 3SBGA 4BC2A 2P1JA 4DCHA 4B1ZA 2EHGA 2Q31A 3AAPA 4CBXA 3WNGA 3MEDA 3CC2N 3CM6A 5D3GA 4BR9A 3D2FB 4FZYA 2A41A 1HR0K 1UA0A 2OZSA 1IKVA 4CK1A 2CGKA 4R79A 1WSHA 4PL7A 3VA3A 4WYBA 5E41A 1GLDG 4KHSA 2FLOA 1E4FT 4BWMA 4O44A 2VG5A 3QINA 3J7ZO 4FO0A 2G8KA 4B1UB 4E7IA 4EAHD 4M3RA 3I55N 3AVIA 4F4KA 4FJJA 3KK7A 3SPZA 1CLQA 3LAKA 2PFUA 1NK4A 3Q7CA 1QTMA 1K9MO 1YJWN 2O8BA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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