1RILA

Crystal structure of ribonuclease h from thermus thermophilus hb8 refined at 2.8 angstroms resolution
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
RKRVALFTDGACLGNPGPGGWAALLRFHAHEKLLSGGEACTTNNRMELKAAIEGLKALKEPCEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHTGHPENERVDREARRQAQSQAKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of ribonuclease H from Thermus thermophilus HB8 refined at 2.8 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 42
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rilA00
1S5JA 2Z1HA 3CFOA 3ZSYA 5JS2A 1LWCA 2VG5A 4ID1A 3NH0A 1U48A 4FLWA 1Q9XA 5CZ2A 3SUOA 1EX4A 4CGHA 3RR8A 4B9MA 1ZYQA 3P5JA 4DTXA 4FK0A 1BGXT 4W5QA 4M3UA 4M3YA 3VQAA 4FJMA 1HQUA 1C1BA 3NFAA 3OYDA 4AHUA 1JXEA 1S9EA 1SL1A 2F8TA 3WNFA 3QEWA 4CEDA 4C8MA 1NKCA 3DYAA 1WNSA 3V9UA 2QKBA 4QCLA 1QS4A 3RTVA 3HVTA 4KAZA 3AO2A 5DMRA 1U45A 1RDAA 1DTTA 3AVAA 4I7FA 4NYNA 3MXJA 1QHTA 2E6MA 2ETJA 5CY4A 4CHYA 5HRSA 1NK0A 4Y1CA 2EHGA 2HHXA 1LW0A 1ZBUA 4FK4A 4DF8A 2WOMA 4CFDA 1NK6A 4B3OA 4LH4A 4DLEA 1FKPA 3OS1A 3NCIA 4ZTJA 4KHUA 1D9FA 3AVJA 4HCCA 4CIEA 4FXDA 2FC0A 4TSXA 3VN5A 4W5RA 3NGYA 3I0RA 3G10A 3KJVA 4CGDA 3VQCA 1LW2A 4CEOA 3CG7A 2FBXA 1W9HA 2VWKA 1RBTA 3K5MA 3PO5A 3EZ5A 1RDBA 3DOKA 3NGZA 4KV8A 3SCXA 1TKDA 5HRPA 1TV6A 3S3MA 1BI4A 3PUFA 4FVMA 4BE1A 3OYBA 4OGEA 4DQIA 3QO9A 1EP4A 2DFHA 3LP0A 3DLHA 2HVIA 4KRFA 4G1QA 3VA0A 4KKOA 4ELTA 3NBPA 3ZSWA 1A5WA 3SQ1A 1LWFA 1LV5A 2IOCA 4RW8A 4YNQA 3SNNA 1U49A 2IDOA 5D3GA 3DI6A 4AH9A 4EZ9A 1DLOA 4FJXA 3VQ4A 3AVKA 3UIQA 2JLEA 1JLCA 4NCGA 4CFCA 4CJFA 5I3UA 4KB1A 3KKSA 1JLGA 3WNGA 4DS5A 3HSTB 1KCFA 1YVUA 3LPTA 3OY9A 2R7YA 1I39A 1KFDA 1TKXA 4CEZA 4M3ZA 4CF9A 4MQ3A 2Q3SA 1S9GA 1TK5A 2PY5A 1HNVA 5KI6A 1HYZA 4DSLA 3V1QA 2XO7A 1L3VA 3VQBA 1TL1A 3KK3A 3HP9A 3TAPA 3OS2A 4DFMA 1CZ9A 1C6VA 4FM2A 4W5OA 4FCYA 3NAEA 3V4IA 4KHYA 3SQ0A 3VQQA 3IAYA 4E7LA 4DSJA 3E01A 1Y97A 4OPJA 2YHAA 4DMNA 3V81A 1S1XA 2BGGA 4JS4A 1WN7A 4CJQA 4JRQA 1DTQA 3NGIA 4I9QA 4H8KA 3OYAA 2X6SA 3AVMA 2WONA 2YHBA 3K2PA 3M8QA 2RPIA 4IDKA 1SKWA 1T7PA 4C8OA 2GUIA 4O4GA 2OYQA 1YTAA 5FRMA 3O3HA 3DRRA 2O4GA 3RR7A 2Z1JA 4CGGA 4BDZA 2A1SA 3KTQA 4DFJA 4Z4GA 3HJFA 3L3VA 4E7KA 2RN2A 2IGIA 2Z1GA 3AO4A 4LH5A 1SL0A 5SWMA 2G8FA 4B9TA 3C6TA 3IS9A 2OZSA 2W42A 1Q9YA 4AHRA 1YTUA 2QK9A 3L2WA 1S1UA 3MECA 3LP2A 2D0CA 4EP5A 5KRSA 3RRHA 4B8AB 5FDLA 4CF8A 3OJSA 1TKTA 4HHTA 2HHQA 4F8RA 1JL2A 4XIUA 4GMJB 4Z4EA 1CZBA 4RW7A 4M3XA 1L5UA 2OPRA 3KLFA 3NE6A 4KB0A 3ULDA 1TAUA 3HXMA 3VQ5A 4DSKA 3AVNA 4BE2A 3T3FA 1J54A 4N47A 4CHZA 3D45A 4CK3A 5HRNA 3LWLA 3OYEA 2RKIA 1U04A 2X74A 4HTUA 1ZBLA 4E7HA 3OVNA 4J2BA 1O1WA 2YKNA 3ZSZA 4FZXC 4IG3A 5J2NA 4I2QA 1ZBIA 3RWUA 3C94A 3MEDA 2ZQBA 2HHWA 3VQEA 4FJ7A 5KGXA 4JLHA 5FRNA 4O44A 1KTQA 4FK2A 1GOAA 3SQ4A 3P1GA 4B08A 1BIZA 1JLQA 4CF2A 4E1NA 1S1TA 2HNZA 3KIOA 3IRXA 4AHTA 2IS3A 3K5OA 3CQ8A 4FJ5A 4O0IA 2GV9A 1B9DA 4BWMA 4CHPA 1HYVA 3C6UA 4Z4CA 3CFRA 3ALYA 4N56A 1KVBA 2Z1IA 3U3GA 3ZCMA 4FJJA 4KHSA 2F8SA 1RT2A 2ZE2A 2VWJA 4LSNA 4JS5A 3I8DA 4C8NA 4CF0A 2B5JA 3OJUA 5J2MA 1KLNA 1C0MA 2BE2A 5DK5A 1S6PA 4DG1A 2G8UA 4BDPA 4FLTA 4L8RB 1N6QA 1RCHA 2F96A 3V1OA 3SPZA 1RTDA 3LP1A 1Z26A 3HYFA 3SUQA 1SUQA 1NKBA 3AA3A 1RBRA 1VSLA 4EZ6A 2KFNA 3M8PA 1X9SA 4DTRA 5J1EA 4PUOA 1QQCA 3DLRA 4DSFA 1ZBFA 3TAGA 4MFBA 3KLIA 2QKKA 4CJ3A 2GBZA 3KLHA 4CCHA 4I9LA 1GOCA 2RF2A 1VK0A 3A2FA 3TAEA 2PZSA 5K14A 3ITHA 4KI4A 4CJVA 2P51A 4HVJA 2E4LA 2FBTA 4CEFA 3KD5E 4QAGA 3SZ2A 1NOYA 1KVAA 4CJPA 4CK2A 3SI6A 1XHZA 3MAQA 1Q8IA 1UWBA 3AVGA 3AA5X 4O5BA 1UOCA 3PY8A 3HO1A 4N76A 2DFFA 2G8VA 4KTZA 1BI4B 1VSEA 3QIPA 3TARA 4RW6A 3CM6A 4E19A 1R0AA 4F2SA 1ITGA 1ZBHA 3F73A 1X1PA 2JGUA 4DTSA 3OS0A 2XRIA 4HUFA 3OYGA 4PY5A 4M3RA 3G0ZA 4CJTA 4DU1A 2O4IA 1VSFA 3AVBA 4UQGA 1QSYA 3KK2A 3O4NA 4CJWA 2KW4A 4OGCA 1U4BA 3H08A 2P1JA 4DTUA 2KZZA 1WSGA 3L3UA 4Q5VA 1X9WA 2EX3A 1D9DA 4YFUA 3EY1A 3EYZA 4CESA 3KLEA 3SV4A 1N5YA 5CZ1A 5FROA 3S3NA 4WE1A 3OYIA 2DTUA 1TAQA 3VQ9A 3ZSRA 2Y1IA 4OPKA 1WSIA 3HPHA 3NF9A 3O3GA 1RT3A 2I5JA 2HHVA 1T03A 3D0PA 4M3TA 1S6QA 2KQ2A 4B8CA 3B6OA 4DTOA 4ELVA 3PO4A 1RBSA 3CM5A 1HPZA 3SV3A 3OYMA 3TANA 1TL3A 3AO3A 3THVA 4CFBA 3RRGA 4E89A 3AA2A 3F9KA 3RMDA 1BCMA 5KGWA 4CFAA 4J2DA 3IG1A 3OYCA 2OPPA 4OJRA 3L2UA 1UA1A 3VQ7A 3TR8A 3OYLA 1KRPA 3HM9A 3U3YA 4IBNA 3TAMA 4DQRA 1VSMA 1SKRA 5JS1A 1RILA 4DLGA 5HBMA 4LD0A 1XI1A 1RBVA 1KFSA 4Z4IA 4CJ4A 2FBYA 1IO2A 3T19A 1RTIA 3K57A 4BACA 4FLYA 2KFZA 4KTQA 4W5NA 3VQDA 1J9AA 3QESA 2IAJA 4HCBA 4KI6A 4ZTFA 4DTPA 1IKVA 1NK4A 4KTWA 5HROA 1VSIA 4CEEA 4FJIA 4CIGA 4FJNA 3HVRA 1WLJA 1WAJA 3LWMA 4OLAA 4CJ5A 1KSPA 3DRPA 2XY7A 2YNIA 4F3OA 5KTQA 2Y1JA 1TK0A 1HRHA 1RTJA 4M42A 2KZMA 4CEBA 3L2QA 1RNHA 3QEIA 2VG6A 1NK5A 2NUBA 2OZMA 3ZT1A 5J2PA 1BISA 4PWDA 3BDPA 3QNNA 2BANA 1EXQA 2D0AA 4Z4HA 4J2AA 3V6DA 2OPSA 4HUGA 3DLKA 4DQQA 4PA1A 3HT3A 1B92A 3O3FA 1C1AA 1HNIA 3LANA 1SKSA 1NK9A 4NYFA 2VG7A 4Y1DA 1NJZA 5SZTA 3VQPA 2FBVA 3V9SA 4ICLA 4LY7A 3LDSA 2G8IA 4B9VA 4AHVA 3RMBA 4DQPA 1HQEA 3AO5A 2XY6A 4F4KA 1U47A 3PX0A 1RT7A 3MEEA 4KHQA 1JLAA 4DTNA 3V9WA 1HMVA 4H4MA 3KK1A 4K8XA 1RT4A 1I3AA 3ZT4A 3TABA 1WSFA 3VQ8A 5KRTA 4ZHRA 3NH2A 2HHSA 1BCOA 1IG9A 2HNYA 4KO0A 1JLEA 2OA8A 4OKEA 3DLEA 2HB5A 4CGJA 3HP6A 2PYJA 3NH1A 3V1RA 4CHOA 3OYHA 4O0JA 4CEAA 3DMJA 4IFYA 3U6FA 1F21A 4OKJA 4B9LA 4AHCA 1BL3A 1S1VA 2HNDA 2LSNA 4CGIA 1S1WA 3OYFA 4FJLA 5HLFA 1FK9A 4EP4A 1NJWA 4B9NA 3AVFA 4FYDA 3L2RA 4DWIA 3VA3A 3NF7A 4FLZA 1QTMA 4FZZA 1BQNA 3CFPA 4JRPA 3TAQA 4IKFA 3V9ZA 4DTJA 3LZJA 4GVMA 1QSSA 4N41A 1K6YA 1NK8A 1VRUA 3LZIA 1LWEA 4ID5A 4M45A 4LSLA 1C0UA 4CIFA 1VSJA 2X78A 3RMCA 1LAVA 3SUNA 2XY8A 1TGOA 4FM1A 1ASUA 2XHBA 3WNHA 3DLBA 1NJXA 3O4QA 4CEQA 3SYZA 2P5GA 1BIUA 1IH7A 3FFIA 1JLBA 1CLQA 3HK2A 1JXBA 4GW6A 4DQSA 4KREA 1A5XA 1XWLA 4QOZB 1D8YA 4M3WA 1B9FA 1W0HA 5C42A 2DY4A 1FKOA 4PQUA 4CHQA 3AVIA 3ZT3A 2YKMA 4CJEA 4DF4A 2PYLA 2IC3A 4FJGA 4B9UA 2ATQA 1WSJA 4R5PA 1BHLA 4DSIA 5CYQA 3K5NA 4DFPA 1VSHA 4FZYA 3TAFA 3K59A 1QE1A 2YNHA 3AVCA 4CF1A 4BE0A 4DFKA 2YNFA 2QXFA 3DOLA 4CHNA 3OYJA 1T05A 4FM0A 3ZSOA 2OPQA 4O55A 3S3OA 4H4OA 3BGRA 3S9HA 3AVLA 5HP1A 1G15A 2P5OA 2HW3A 4KPYA 1D5AA 3L8BA 5J2QA 4N5SA 1WSHA 1SL2A 3LALA 4E3SA 1REVA 3DM2A 4DU4A 1IKWA 1KLMA 3NF8A 1UAXA 3DRSA 4I2PA 3QLHA 3M8SA 3KD1E 3AVHA 4FJ8A 2KTQA 3OYNA 3ZT0A 4CJUA 3TI0A 4CGFA 1TK8A 4FLVA 4CK1A 3MXIA 1T8EA 3ZSVA 2G8HA 1GOBA 1RT6A 3AV9A 3AO1A 1RT1A 2E6LA 3C95A 3SUPA 1J5OA 3QERA 5HRRA 1NOZA 3LAKA 4RW9A 2G8KA 4ELUA 1YT3A 4FJHA 4KHNA 4F3TA 2AJQA 1C1CA 4RG8A 3QEPA 3B6PA 2B4JA 3NHGA 2A1RA 1BQMA 4CERA 3PX6A 1VSKA 2XY5A 3MXMA 4NCAA 2HHUA 1TVRA 3RMAA 1VSDA 2BDPA 2HHTA 1L3UA 3CYMA 2ITGA 4FJ9A 1NK7A 1HYSA 1RTHA 4FLUA 1HJRA 4FW2A 3QEXA 1Z25A 5C24A 3QEVA 1ASWA 4KHWA 2B6AA 1EETA 4NCBA 3ZSXA 3LPUA 4E1MA 3HL8A 2D0BA 4CJLA 4E0DA 3ASMA 4OKKA 1MU2A 4M41A 3T1AA 3WNEA 3HPGA 1CXUA 3QETA 3SQ2A 4K8ZA 3PX4A 4FLXA 4AILC 1RBUA 4J2EA 1LAWA 3JSMA 3V9XA 4CE9A 4OLBA 3PV8A 1RDDA 3LAMA 4RW4A 4IG0A 3ZSQA 1NJYA 4DS4A 2YV0X 5C25A 4CJRA 3SPYA 4C8LA 1WSEA 3VQ6A 4HUEA 1IKYA 4Q0BA 4KFBA 2ZD1A 1KVCA 3NF6A 3TWHA 1RT5A 3KLGA 4F2RA 4W5TA 3NDKA 3MEGA 1UA0A 3ZT2A 1WAFA 4CECA 1VRTA 2HVHA 4CJKA 2YNGA 3LP3A 2X6NA 3OYKA 4AHSA 5T7BA 1L3TA 1ASVA 4B9SA 4DSEA 3AA4A 4Z0UA 1J53A 1NKEA 1JLFA 5CYMA 4C8KA 3DLGA 4Z4FA 3QIOA 1RDCA 5E41A 3QNOA 4E7JA 2D5RA 3HPOA 5EU7A 3K5LA 4DTMA 4FJKA 2DFEA 1A5VA 4FW1A 3I0SA 4IFVA 4CJSA 1EKEA 3L2VA 1SV5A 1CXQA 3K58A 2G8WA 3SJJA 1QSLA 1FXXA 3QINA 3P83D 1JKHA 1TKZA 1XHXA 4OVLA 4BDYA 3JYTA 4BWJA 4E7IA 3M8RA 1X9MA 1L3SA 2HMIA 1C0TA 3ISNC 1XC9A 3KKRA 1IKXA 1JL1A 5I42A 4DU3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z1HA 5JS2A 4AM7A 2O8FB 4FLWA 3SUOA 4CGHA 3RR8A 4DTXA 3VQAA 1GLLO 3QEWA 4H0XB 3DYAA 2DPNA 2QKBA 1QS4A 4B1XB 1L3SA 1DTTA 4DQSA 1D8YA 5HL7L 4YOXA 3VEVA 3ATVA 1HR0K 2NRVA 3VPZA 3MN9A 1LW0A 1ZBUA 4FK4A 4DF8A 4CFDA 3QDKA 4A62A 1MA9B 5AQRA 3MN5A 2FBXA 5BPMA 1RDBA 1TV6A 2VGMA 3PUFA 4BE1A 4DR6K 2P9UB 3QO9A 1EP4A 2DFHA 4KKOA 3W0LA 4FL9A 2IOCA 1U49A 3SNNA 2IDOA 2NNWA 4CD3A 1MWMA 3CCLN 4EZ9A 1DLOA 5I9EB 3AVKA 4IOCL 4JK9A 1JLGA 4CBUA 3LPTA 4BRDA 5C12A 1KFDA 1TKXA 4BRLA 2Q3SA 1HNVA 1HYZA 3VQBA 2HMPA 3TAPA 1CZ9A 4FM2A 3K9JA 3NAEA 4KHYA 4E7LA 1X9JA 3VTHA 4DMNA 2BGGA 4JRQA 3FGUA 2X6SA 2WONA 3K2PA 3M8QA 3O9UA 1SKWA 1T7PA 3DXMB 2OYQA 3O3HA 4HWIA 4DFJA 5DM7L 1NWKA 2QK9A 3IS9A 1Q9YA 2OANA 4AHRA 1KQSM 3G25A 4CZLA 1S3XA 2D0CA 3LP2A 4B8AB 4HHTA 2QWPA 4F8RA 4GMJB 4DR4K 1CZBA 3KWGA 1TAUA 5GAEP 4DSKA 4BR4A 3AVNA 4BE2A 4PKGA 3CXCM 4IOXA 2X74A 3NVMA 5C2DA 2CGLA 1O1WA 5LJVA 4FZXC 4IO9L 4IG3A 5J2NA 4A2BA 3RWUA 3J8AA 4FJ7A 2E2PA 1YXQA 4FK2A 1GOAA 3SQ4A 3HI0A 4XH5A 4CF2A 4DR3K 1S1TA 2YHYA 4OPAA 3PSIA 4FJ5A 4O0IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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