3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule tags Transcription
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
1O1WA 4M42A 3PO4A 1WSHA 4KFBA 4J2DA 1Y97A 3AO4A 4DMNA 5FROA 4CEAA 1SL2A 1XHXA 2OA8A 3QEPA 4I2QA 2DTUA 4FM2A 3PO5A 2HNZA 3HSTB 3ZSYA 4C8MA 4M41A 1IKYA 3K2PA 3KLFA 4DSKA 1NKCA 1DTTA 1KVCA 5CY4A 2KFZA 3V9UA 1S1UA 3HL8A 4DF4A 3I0SA 1IG9A 3KJVA 2G8IA 4OVLA 1QE1A 1KFDA 2BE2A 3L3UA 4Z4IA 1REVA 4E3SA 3HVTA 3OYNA 3MECA 4CF9A 1J9AA 3AO2A 3IRXA 3KKSA 1DTQA 1BIUA 4M3WA 3V9ZA 4CJUA 4M3ZA 4CJQA 3L2WA 5HRRA 4LSNA 1WSEA 3QEWA 3LDSA 5J1EA 3AVGA 4B9NA 1FKPA 3T1AA 1W0HA 5HRSA 1T05A 3LAKA 1XC9A 1ZBIA 4F2RA 4CESA 5JS1A 1NJWA 2XRIA 2YKNA 1RT4A 4IBNA 3VQ6A 4E7HA 2P5OA 3VQ5A 3NGYA 4KKOA 4HUEA 1RBTA 1I3AA 3NHGA 3ZSQA 4H8KA 4W5TA 1JLEA 2RKIA 4HUFA 4DU4A 3MXIA 1L5UA 2HHWA 4KO0A 3AO3A 3DRPA 2PYLA 1LWCA 5JS2A 3OYIA 2DFHA 3VN5A 1RNHA 4ZHRA 1CXQA 3KD5E 2GUIA 2IOCA 4FLXA 5CYMA 3PY8A 4CF2A 5T7BA 3EYZA 3K5LA 1NOZA 1TK8A 4XIUA 4CJ5A 1KCFA 3MEEA 3L8BA 1NKEA 3MAQA 3S3OA 4FVMA 2HHUA 3DRRA 2ATQA 4IKFA 4KTQA 3KLIA 3K57A 4JRQA 3MEGA 2FBVA 1L3TA 2P5GA 1TKDA 4PUOA 3OJUA 1Q9XA 2D0AA 3VQ9A 3BGRA 4FJHA 3A2FA 4E1MA 1RCHA 3NF6A 1Z26A 3SUNA 1RILA 1R0AA 3KKRA 1WNSA 4GVMA 4CGHA 3TAQA 4I7FA 1VSHA 5C42A 3OS2A 3KK1A 1TVRA 4WE1A 1HYVA 4CECA 3EY1A 3KTQA 4KB0A 1A5XA 1GOAA 2I5JA 4MQ3A 1Q9YA 2VG5A 2PYJA 4F3OA 3NF8A 3PUFA 4CIGA 3NAEA 3DOKA 1TKXA 4AH9A 1QQCA 3LALA 3P1GA 3SYZA 2OZMA 1S9GA 1WSGA 2W42A 3NBPA 1X1PA 1GOCA 1S1TA 4CFDA 4CHYA 3U3YA 3QEIA 4BWMA 4RW6A 5J2NA 3U6FA 2XY5A 1KRPA 2QK9A 4OKJA 3OYDA 3AV9A 4B9LA 4O4GA 4AHSA 2RPIA 1NOYA 3RMDA 1QSSA 2O4IA 3SQ0A 1TK5A 1BL3A 4CEFA 1EKEA 1FK9A 4CHPA 4FYDA 1VSDA 3DMJA 4FW1A 3QIPA 3LZJA 4FZZA 4N76A 4AHRA 4HTUA 1SKRA 4F3TA 1KLMA 3MXJA 1NJZA 2EHGA 4CGJA 3QO9A 3C6TA 3L2VA 4OGEA 4CJRA 5HROA 4CJTA 3IS9A 4NCGA 4DS5A 4HCBA 3V1QA 1RT7A 2HW3A 3S9HA 4CEZA 3OYEA 1ZYQA 1JLBA 5DMRA 4DU1A 4BE2A 4DSIA 2A1SA 2LSNA 1NK4A 3C94A 1IKXA 3IAYA 4CEEA 3NGIA 1C0UA 3SZ2A 4FJIA 3O3GA 4PWDA 2WOMA 1TAQA 4CFBA 3KK3A 2HVHA 2WONA 3LP3A 3SCXA 3HO1A 1BIZA 3TAGA 2HHXA 2VWJA 4CEDA 1HPZA 2IC3A 3OY9A 3KD1E 2HHSA 2HHVA 4DFPA 3HP9A 3ZSVA 3QINA 3VQAA 3ZT4A 4NCAA 1T7PA 3HK2A 2DFFA 4CFAA 1VK0A 1JLCA 3VQBA 4FK4A 1JLQA 1RBSA 2RN2A 1BI4A 3IG1A 2IS3A 2X6NA 1WN7A 3ZCMA 4I2PA 2Y1JA 1K6YA 3AVKA 3L3VA 3VQPA 4LY7A 4Z4HA 4ZTFA 1EP4A 3NH2A 3ULDA 2YNHA 5KRTA 3VA3A 4DFKA 3DLBA 1QSYA 1VSJA 4AHTA 4KTWA 3SUPA 1TAUA 3KK2A 1FXXA 1U45A 4ZTJA 2D5RA 3QERA 3JYTA 2XY7A 2KFNA 3HYFA 2FBYA 2Y1IA 4ELTA 3O3HA 1L3SA 4DSFA 4DWIA 5D3GA 4CF8A 3DLKA 3RTVA 1L3VA 4BE1A 1RTHA 3HM9A 1C1BA 4LH4A 3DLEA 4ICLA 3ZSZA 1JXEA 2P1JA 4RW7A 1B92A 1BQMA 1Q8IA 4C8NA 3SV3A 4CK3A 3UIQA 2B5JA 4FJMA 3VQQA 4W5NA 1BISA 1QTMA 1KSPA 4DLEA 4FCYA 4F2SA 1S1XA 2XO7A 4CJPA 1RBVA 3SUQA 1UAXA 1NK6A 4B9VA 1BCOA 5C24A 4B08A 3TWHA 3V9WA 3DI6A 1VSEA 4O0IA 3OS0A 4B9MA 3AVIA 1VRTA 2QXFA 2HNYA 2F96A 3LANA 3ITHA 3TR8A 2JGUA 2OZSA 4N5SA 2E6MA 3PX0A 1YTUA 4UQGA 3JSMA 1WSFA 4DTPA 4PA1A 3DM2A 1CLQA 1UOCA 1S1VA 1J54A 3CM5A 1HNVA 2XY8A 2PY5A 4C8LA 4C8OA 1BQNA 3HPGA 1TKZA 3LP1A 3HPHA 3OVNA 4IFYA 3O3FA 1FKOA 4OJRA 2XHBA 4DF8A 1U49A 4FJKA 5HRPA 1VSKA 2FBTA 3OYFA 3S3MA 2KZMA 5SZTA 3TAEA 2Z1GA 4FJ5A 4IFVA 4G1QA 4Z0UA 3HVRA 3OJSA 4J2AA 1LW0A 3HPOA 1HYSA 4F8RA 1S1WA 1TV6A 4KHSA 3G10A 4OKKA 5I42A 4Z4EA 4CF0A 1RDDA 4KHUA 2HMIA 3B6PA 3H08A 5KGXA 3DLRA 4IG3A 5E41A 4E7LA 3ALYA 2E4LA 1XWLA 1TL3A 3DLGA 4CHZA 2GBZA 1XHZA 4AHUA 4CJSA 4DLGA 1IO2A 3OYGA 1VSLA 3F73A 4W5OA 4B9SA 3D0PA 4CJFA 3OYAA 3V81A 4LD0A 4KHQA 1D5AA 4LH5A 3LPUA 3K58A 4K8ZA 4CGDA 4DFMA 4HHTA 2BDPA 4FJ7A 2BGGA 2Z1IA 4RW4A 4L8RB 4M3XA 4GMJB 3OYMA 4DSEA 4CERA 4OPKA 5J2MA 4ID1A 1Z25A 3VQDA 3CQ8A 4B9TA 4JS5A 1BHLA 5CZ2A 4E19A 3WNGA 1DLOA 1SL0A 3LWLA 3PV8A 1T8EA 1L3UA 4OPJA 3WNEA 4ELUA 2OPQA 2VG6A 1HJRA 1LAVA 3D45A 4J2EA 3FFIA 1RT6A 2X6SA 3V4IA 3V6DA 4J2BA 4NYFA 2F8TA 5KTQA 1LAWA 4DTOA 1D9DA 3NFAA 5KGWA 5C25A 1ZBUA 3OYKA 3CM6A 3AA5X 2G8WA 4DTNA 1JL2A 4FLUA 4DTXA 1QSLA 3TI0A 1KVAA 2YNGA 3ASMA 4BDZA 1LWFA 4DTJA 1U48A 3HJFA 1TL1A 4DQIA 4Q0BA 2ETJA 3TABA 3CYMA 3ISNC 1HQUA 2JLEA 3DRSA 1HRHA 3K5OA 3I0RA 3MXMA 4OLAA 1VSFA 3QETA 1EXQA 4DSLA 4FZXC 1T03A 3O4QA 4CK2A 3CFRA 2G8UA 1HYZA 4FJXA 3RMAA 1J53A 2B6AA 1IH7A 1RDCA 3CFPA 4I9LA 4KRFA 5I3UA 2HVIA 3HXMA 1TGOA 1WSJA 2YV0X 5CZ1A 3M8SA 1NK7A 1RDBA 4DTUA 4CEOA 2YHAA 3TAMA 3ZSXA 4FW2A 2Q3SA 3U3GA 2R7YA 4CHNA 4KREA 1EETA 3RR8A 4KHYA 3QEXA 3QNOA 3SJJA 3P83D 4CJLA 4EZ6A 2IDOA 1I39A 3NH0A 3SQ4A 4CGGA 3QLHA 1SL1A 4CJKA 4H4MA 1C6VA 1RT3A 4CCHA 4CHOA 3ZT3A 3RRHA 1JLAA 4FM0A 2ITGA 4NCBA 3AA2A 3RMCA 4B8AB 3NCIA 3VA0A 5HLFA 2DFEA 3M8QA 3AVLA 1U47A 3SNNA 3OYHA 1VSMA 3TANA 1TK0A 4CIEA 4HCCA 4M3TA 2X74A 1IKVA 4O5BA 1W9HA 1MU2A 1IKWA 3PX6A 1NK5A 4K8XA 4FLVA 3RRGA 2EX3A 4PY5A 4AILC 1YVUA 5HP1A 1JLGA 5SWMA 4N56A 2OPPA 4BE0A 3C6UA 4QOZB 4YNQA 4FJJA 2VWKA 4KI4A 4JLHA 3SQ2A 4Z4CA 4E7JA 4I9QA 3LAMA 5FRNA 1BI4B 4O55A 2QKBA 4DTSA 5CYQA 3VQ4A 4EP5A 3QNNA 5FRMA 4KV8A 3NF9A 5EU7A 5HRNA 2YHBA 4EP4A 1ASWA 1RTDA 4DQPA 2G8HA 1HQEA 3M8PA 4LSLA 1VSIA 1RBUA 1B9FA 4CGFA 1BCMA 3OYLA 3KLHA 3KLGA 1NK9A 1SKWA 3RR7A 2KZZA 1X9MA 4CJEA 1NK8A 1UA1A 3V9SA 1D9FA 3SV4A 1RTIA 1N6QA 2HNDA 3NGZA 4Y1CA 3ZT0A 4CEBA 2Z1HA 3AVMA 1RT5A 2BANA 2G8KA 2ZE2A 4CK1A 2XY6A 2B4JA 1G15A 4DSJA 4RG8A 1JLFA 3LP2A 4CJWA 1NKBA 3SPYA 1ITGA 5KRSA 3AO1A 4ELVA 1JL1A 1WAJA 1LV5A 3AO5A 4W5RA 3AVBA 2NUBA 4YFUA 4C8KA 3OS1A 4KB1A 4AHCA 1HMVA 2OPSA 4MFBA 4M45A 4BACA 4GW6A 1WAFA 3VQ7A 4KPYA 4FLWA 4O0JA 4E1NA 3ZSRA 3AVJA 1ZBFA 2IGIA 1LWEA 4KTZA 2OPRA 1RBRA 3DOLA 1RT1A 1CZBA 1HNIA 3O4NA 4FLZA 4M3UA 3L2UA 1A5VA 3NF7A 4CF1A 1S5JA 2P51A 3ZT2A 4KI6A 4FXDA 2FC0A 2ZD1A 3P5JA 3VQEA 4Z4FA 2IAJA 2KW4A 1SV5A 4M3RA 1C1AA 4OGCA 3AVCA 4DU3A 3THVA 2OYQA 1B9DA 4FLTA 4N41A 3AA3A 4E0DA 2DY4A 1KVBA 2HHTA 1X9WA 3AA4A 3AVFA 4E7IA 4E89A 2YNIA 4Y1DA 4CHQA 4CJ4A 1TKTA 4FM1A 1XI1A 4E7KA 1X9SA 1KFSA 4AHVA 4NYNA 3ZSWA 4CEQA 4H4OA 1S9EA 1QHTA 4IG0A 3K5NA 2HHQA 3L2RA 2YNFA 2G8FA 2X78A 4Z4GA 1VRUA 3OYBA 4FJNA 3V9XA 4O44A 3AVAA 4DQSA 3TAPA 1JKHA 1QS4A 4B8CA 4DQQA 3OYCA 3DYAA 3I8DA 4DG1A 3M8RA 1ZBLA 5J2PA 3SUOA 5K14A 2YKMA 4QCLA 3V1OA 1RDAA 5HBMA 3V1RA 4Q5VA 1UWBA 3WNHA 2KTQA 4B3OA 1D8YA 3LP0A 4QAGA 4CFCA 3VQCA 2RF2A 3TARA 3RWUA 4FJGA 2D0BA 1N5YA 3TAFA 1YT3A 1C0TA 1J5OA 2PZSA 4FZYA 2FBXA 1WSIA 4DTMA 3NDKA 1YTAA 3WNFA 3SQ1A 4CIFA 4OLBA 1JXBA 2GV9A 4TSXA 1KLNA 3E01A 3ZT1A 4ID5A 1ASVA 1C1CA 1U4BA 4F4KA 2E6LA 1WLJA 5KI6A 1CXUA 3K59A 2HB5A 1SKSA 3G0ZA 4CGIA 4W5QA 3F9KA 1NK0A 2G8VA 4RW8A 2O4GA 3VQ8A 2QKKA 4KHWA 3HP6A 3AVNA 4M3YA 4DS4A 3LZIA 1NJYA 1EX4A 3KLEA 3HT3A 3T3FA 3LPTA 2D0CA 3LWMA 1U04A 3T19A 2A1RA 4CJVA 4KAZA 1S6PA 4JRPA 3ZSOA 1F21A 1UA0A 1NJXA 4FK2A 2F8SA 1KTQA 4DQRA 4DFJA 4BDPA 3SI6A 4FJ8A 4PQUA 2VG7A 4B9UA 1GOBA 5J2QA 4EZ9A 4FLYA 3QEVA 3AVHA 5DK5A 3DLHA 4FK0A 1ZBHA 3CFOA 4BWJA 4HVJA 3KIOA 3CG7A 3EZ5A 3K5MA 4BDYA 3S3NA 1RT2A 3C95A 3SPZA 1BGXT 3B6OA 4CE9A 3PX4A 1S6QA 4DTRA 4HUGA 3OYJA 1C0MA 3RMBA 3L2QA 3NE6A 2ZQBA 1SUQA 4JS4A 4OKEA 5FDLA 3QESA 2Z1JA 4FJLA 2KQ2A 3QIOA 3NH1A 3MEDA 1LW2A 4N47A 1A5WA 2AJQA 1ASUA 3BDPA 4IDKA 1RTJA 4KHNA 4R5PA 1CZ9A 4CJ3A 4FJ9A 4RW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC2N 3PO4A 1WSHA 3AO4A 4IEIA 1XHXA 2OA8A 3N4QA 4OPHA 4CD3A 1YJ9N 2HNZA 3AY9A 3K2PA 2ZGZA 1KVCA 5CY4A 3M1FA 3D2FA 3KJVA 1ILYA 3E9PA 3DXKA 2CH6A 3CCMN 3HVTA 2Q2RA 3MECA 1J9AA 1T44A 4M3WA 2P9PB 4BROA 5HOOA 3V9ZA 4M3ZA 4LSNA 1T6DA 3LDSA 3R9PA 3AVGA 2GTDA 1T05A 3LAKA 3F2KA 4F2RA 1U6ZA 3AGKA 3VQ5A 4HUEA 4PKIA 4HUFA 2YHYA 3MWPA 3JXUA 1LWCA 3OYIA 3VN5A 1CXQA 4JKGA 2IOCA 3ATVA 4XIUA 4CJ5A 3I8BA 3MAQA 1X9JA 3MEGA 1L3TA 3HTVA 2P5GA 4DUZK 1BWFO 5LMNK 3AGRA 3MN6A 4FJHA 4E1MA 1RCHA 2KLAA 4DR3K 4GVMA 4X65K 2UUAK 3I33A 1TVRA 4CI6A 3KTQA 4MQ3A 1YI2N 4H0YB 3W3DA 1IV0A 1TKXA 2E2QA 3E9LA 1HX1A 1QQCA 3SYZA 1S9GA 3NBPA 1S1TA 4RW6A 5J2NA 4DQ8A 4O4GA 4AHSA 1NOYA 1QSSA 4Y0WA 2O4IA 2QM1A 4H0VB 4JD2B 3SQ0A 1TK5A 4FYDA 3DMJA 4FZZA 1BUPA 4CGJA 2P9NB 4JHDB 3U9DA 4IZ9A 4HCBA 4MO5A 3OYEA 5DMRA 4DR1K 3CCUN 4B1ZA 4BE2A 1YITN 4DR2K 2ITMA 3C94A 4LF9K 2PBDA 4PWDA 3LDPA 4FJIA 1BG3A 3WXLA 3SCXA 3CQXA 3TAGA 5DM7L 2HHXA 1K9MO 3G25A 5E26A 4DFPA 3T69A 3VQAA 2HBMA 4NCAA 2UUCK 1K8KA 2DFFA 4CZFA 4WQ5A 1RBSA 1HKBA 3CJ9A 2X6NA 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 4KHW A;  3HP6 A;  3AVN A;  4M3Y A;  4DS4 A;  3LZI A;  1NJY A;  1EX4 A;  3KLE A;  3HT3 A;  3T3F A;  3LPT A;  2D0C A;  3LWM A;  1U04 A;  3T19 A;  2A1R A;  4CJV A;  4KAZ A;  1S6P A;  4JRP A;  3ZSO A;  1F21 A;  1UA0 A;  1NJX A;  4FK2 A;  2F8S A;  1KTQ A;  4DQR A;  4DFJ A;  4BDP A;  3SI6 A;  4FJ8 A;  4PQU A;  2VG7 A;  4B9U A;  1GOB A;  5J2Q A;  4EZ9 A;  4FLY A;  3QEV A;  3AVH A;  5DK5 A;  3DLH A;  4FK0 A;  1ZBH A;  3CFO A;  4BWJ A;  4HVJ A;  3KIO A;  3CG7 A;  3EZ5 A;  3K5M A;  4BDY A;  3S3N A;  1RT2 A;  3C95 A;  3SPZ A;  1BGX T;  3B6O A;  4CE9 A;  3PX4 A;  1S6Q A;  4DTR A;  4HUG A;  3OYJ A;  1C0M A;  3RMB A;  3L2Q A;  3NE6 A;  2ZQB A;  1SUQ A;  4JS4 A;  4OKE A;  5FDL A;  3QES A;  2Z1J A;  4FJL A;  2KQ2 A;  3QIO A;  3NH1 A;  3MED A;  1LW2 A;  4N47 A;  1A5W A;  2AJQ A;  1ASU A;  3BDP A;  4IDK A;  1RTJ A;  4KHN A;  4R5P A;  1CZ9 A;  4CJ3 A;  4FJ9 A;  4RW9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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