3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule tags Transcription
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
1C0TA 2D5RA 3B6OA 4CJSA 4OPKA 2HHWA 4BWJA 4FJNA 3OY9A 1NK0A 2HHVA 4ZTJA 2B5JA 3SJJA 3B6PA 1C0UA 1HMVA 1IH7A 1NKBA 5CZ2A 2RPIA 5CZ1A 4HTUA 5HP1A 3TARA 4KREA 5CYMA 4DFMA 3LPUA 3OYEA 4IKFA 3U3GA 5HROA 2YNHA 4K8ZA 1HJRA 4CERA 1YT3A 2A1RA 1HNVA 2VG6A 2VWKA 4UQGA 1D9DA 1LAVA 3QLHA 3OYLA 5KTQA 1BCOA 1QSLA 4OGEA 3HVTA 2DFFA 3QO9A 3DM2A 4CIFA 3H08A 1TGOA 1T03A 1JL1A 1RT5A 1RT3A 3SUPA 4C8NA 5HRRA 3PX4A 3KKRA 1RBVA 3SPZA 4KHSA 3NFAA 3OYCA 3V9UA 4BACA 1RTIA 3QINA 2KZMA 4FK0A 4ELVA 4IDKA 3AVIA 3K5LA 4M45A 2F96A 1J5OA 1JL2A 4B3OA 5KGWA 1U04A 2X6SA 4N41A 3TAGA 2HMIA 3L8BA 5KI6A 4KPYA 1GOCA 5C42A 1Z26A 3DI6A 4GMJB 4CGHA 4CJTA 1YTUA 2KTQA 5JS2A 4CGIA 2FBXA 4H8KA 1KVAA 3K5OA 4DLGA 3OS1A 4DQQA 1SL2A 3CM6A 4FYDA 1FKPA 2HHXA 1J9AA 4CHZA 4CF9A 1RILA 1TKXA 3OYAA 1JLGA 3AO4A 3QETA 1W9HA 3MECA 3M8RA 2DFEA 4CEEA 1RTJA 2DTUA 4CJFA 2HHQA 3RMDA 3WNGA 3HPOA 3VQBA 1KLMA 4DFKA 4HUEA 1NK7A 1X9SA 4H4MA 1KVCA 4RG8A 1QQCA 1QSYA 3CFRA 1Q8IA 3TAFA 3VQQA 4AHRA 4W5QA 2YHBA 1TKDA 1RT7A 3T19A 3TAMA 4E3SA 4DTPA 2QK9A 3VQ6A 3VQPA 1L3TA 4OVLA 3RR7A 3OYMA 2HVHA 3PUFA 4BDPA 1JXEA 1HYSA 1ASUA 1ZBFA 2OPPA 4CF0A 2F8SA 3VQAA 3SI6A 4Q0BA 4MFBA 1S1WA 4FLWA 4B9UA 1A5WA 2RN2A 3CQ8A 1JLBA 3V6DA 3KD1E 1QS4A 1QHTA 3CM5A 3QNOA 1S1UA 3P83D 4CHYA 1WAFA 3AVMA 4ZTFA 1NK8A 1KFSA 4DTSA 2HW3A 4RW6A 4FJMA 1T8EA 4YNQA 3AVCA 3KD5E 2G8KA 1J53A 1VSJA 1NK9A 2KFZA 4DTJA 2Q3SA 1KTQA 3SNNA 2JGUA 3VQ5A 3AA4A 3I8DA 3PY8A 4CEQA 3ZSXA 1SL1A 3NH2A 1NKCA 4CEAA 2KZZA 5DK5A 3SCXA 3OYGA 1TK8A 2D0BA 5HBMA 4DLEA 2NUBA 3SUNA 1U48A 5FROA 1L3VA 4J2AA 4IG0A 4AHVA 4CIGA 4E7KA 3AV9A 4FJXA 3OS0A 1F21A 4DSJA 1WSHA 3LAMA 3WNFA 3PO4A 2HHTA 2VG5A 4TSXA 3IG1A 4CEOA 1EETA 3ZSRA 5HLFA 4FLVA 2XRIA 1ZYQA 4KRFA 3LANA 1C1BA 1RT4A 4C8LA 4HVJA 3V9XA 2KW4A 4OPJA 3BDPA 3VQ8A 3ZSWA 1WAJA 4FJGA 3E01A 3KLHA 1NK6A 1C1CA 2VG7A 1NK5A 3MXMA 1BIUA 2B6AA 4CGJA 1QSSA 4LY7A 3TWHA 1EP4A 1KLNA 3QIOA 2G8HA 1RDAA 3ASMA 4O0JA 5HRNA 3NF8A 5KRSA 4Z4EA 1RBTA 4B9MA 1NK4A 2P51A 3HVRA 3KLEA 4B8CA 4KB1A 1EKEA 1C6VA 1SKSA 3I0SA 3DLGA 2BANA 4PA1A 4AH9A 3NDKA 1TKZA 3TR8A 4JS5A 3F9KA 4B9VA 5FRNA 1IKVA 4QAGA 1WLJA 3O4NA 3ZSZA 3KK1A 3SZ2A 2YV0X 4Z4CA 3OJSA 1QTMA 4W5RA 3LP3A 4FLXA 4AHUA 3D0PA 1A5XA 4BDYA 1LAWA 5E41A 3JYTA 2Y1JA 4NYFA 4B9LA 1RTDA 3VN5A 2IC3A 1CLQA 4BDZA 1KRPA 4OKKA 1HYZA 3ZSVA 1TAUA 3CYMA 1TK5A 1Z25A 3AO2A 4CJRA 1I3AA 4DF8A 4Z4IA 2BE2A 4CHNA 3S3OA 3VA3A 2FBVA 5HRSA 1LWFA 1NJYA 3PO5A 3AVNA 1JLCA 4R5PA 5D3GA 4LSLA 3MXJA 1VSFA 3DOKA 4FM1A 4Z4GA 4C8KA 2W42A 3JSMA 2YHAA 1BI4B 2ZQBA 4LD0A 3RTVA 4E0DA 1L3SA 4Z0UA 4KKOA 3ZT4A 3OYKA 4CHQA 5EU7A 4EP5A 3LWLA 3HM9A 1R0AA 4NCAA 1ZBHA 2X78A 4K8XA 5J2NA 1D9FA 4Y1CA 3L2UA 3QNNA 1SUQA 2FBYA 2XY6A 2OA8A 2B4JA 4Y1DA 3ZCMA 4DTRA 3NGIA 4N56A 4PQUA 2EX3A 4OLAA 1RT2A 1RT1A 1RBUA 1ZBUA 2GUIA 2QXFA 4KAZA 3DMJA 4CEFA 2O4GA 2XHBA 4WE1A 2XY7A 1S9EA 4Q5VA 4DU3A 4DQIA 1WSEA 4I9LA 4CJPA 1DTTA 3QEVA 4O5BA 2GV9A 5KRTA 3QIPA 3NF9A 3PV8A 2G8VA 4FJIA 1S1VA 1TKTA 1WSJA 2IOCA 4FJLA 5SZTA 4KHNA 3HJFA 1HPZA 4FVMA 4FJ9A 4CHPA 3NCIA 3SV3A 4E7IA 3V1OA 3ZSOA 1D5AA 3OYFA 4JRPA 1B9DA 5J2QA 2F8TA 2KFNA 1L5UA 4GVMA 2R7YA 4E7JA 1U47A 2Z1JA 3QEIA 2Y1IA 3A2FA 2IAJA 3PX6A 1N5YA 1IG9A 4FJ5A 3LALA 1XHZA 3HSTB 2HVIA 3S3NA 1ASWA 1J54A 3O3HA 4BE0A 4FM0A 2PY5A 3V1QA 1BGXT 3QESA 4RW4A 4DFJA 4N76A 1BQMA 2E4LA 1FKOA 3V9SA 4NCBA 3VQ9A 4FZZA 1L3UA 5FRMA 1KSPA 2YNFA 4DSKA 1UAXA 4CK2A 2AJQA 1HYVA 2YNIA 3SQ2A 3KJVA 1FK9A 3KIOA 4EZ9A 3ITHA 1BCMA 3SQ1A 1I39A 4IFVA 2QKBA 4CHOA 1B92A 2P5OA 4I2PA 3HK2A 4HCCA 1X9WA 2IDOA 1RT6A 3O4QA 1EX4A 4W5NA 2OYQA 3LP0A 4DSIA 1UWBA 4RW8A 4CGGA 3NF6A 4DMNA 5SWMA 3VQCA 1HQUA 3V1RA 1S1XA 4I7FA 4Z4FA 3ISNC 5HRPA 1VRUA 3NGYA 3OYHA 1VRTA 4CJVA 3ALYA 3LZJA 2ETJA 1UOCA 1GOBA 1SL0A 3NF7A 3L3VA 3S9HA 3HP9A 3TAEA 1U49A 2ATQA 2QKKA 3LPTA 4BE1A 3LAKA 4FLTA 2DY4A 3CG7A 4L8RB 1WNSA 3T3FA 1S9GA 3EZ5A 1XI1A 4PY5A 4KI6A 1GOAA 4CEBA 3NAEA 3NBPA 1CZ9A 3VQ7A 1VSHA 3K2PA 1SKRA 1RDBA 3MEGA 3ZT0A 4CEZA 3NGZA 4DQPA 4DTOA 1BHLA 3MAQA 3OYDA 3KKSA 2HHSA 3M8PA 1JLFA 3T1AA 4DTUA 1REVA 3AO1A 5I3UA 3SQ0A 3V81A 4E7HA 4N5SA 4CJ4A 3HXMA 3DLHA 4F3TA 3L2WA 3WNEA 1IKWA 3LP2A 2ZE2A 4RW7A 4CFCA 3CFPA 1T7PA 2P5GA 4AILC 4CCHA 3HP6A 3SV4A 2PYJA 1VSEA 3RRGA 4O0IA 3QEXA 4EP4A 4HHTA 1LWEA 2JLEA 3ZSYA 4E7LA 4HCBA 4OLBA 1NJXA 2XO7A 5CYQA 2YNGA 2E6LA 1WSGA 4ID1A 4F2SA 3IS9A 3KLFA 2YKNA 3QERA 2HNZA 3OYIA 3DRRA 3DYAA 1KCFA 4CECA 4CGDA 3KTQA 3OJUA 1UA1A 1ZBIA 5J2PA 4KI4A 1NJZA 4N47A 1S6PA 1VSLA 3O3GA 4FLUA 1ASVA 4FW1A 4W5OA 1VSIA 3VQEA 3P1GA 4M42A 3I0RA 3THVA 1RBSA 3L3UA 1ITGA 4FCYA 1NJWA 4M3YA 3KLGA 4CESA 1CZBA 3M8QA 3SUOA 4ZHRA 3SPYA 3WNHA 5JS1A 1BIZA 3OVNA 5FDLA 3LZIA 1RTHA 1G15A 4OKEA 4CK3A 3QEWA 3QEPA 3DRPA 4M3ZA 1C1AA 4DTNA 4O55A 3ZT3A 5J1EA 1S6QA 2HHUA 4FLYA 4FJ8A 2RF2A 4C8OA 4CFDA 3NH1A 4CJWA 2XY8A 2XY5A 3HO1A 4FZXC 3AVBA 5KGXA 1NOZA 3NE6A 3K58A 4KTQA 4DSEA 2X6NA 3K5NA 2E6MA 4LH5A 4CF8A 1BQNA 1C0MA 3KLIA 4JLHA 3OYJA 3U6FA 1NKEA 4J2EA 4M3WA 2Z1HA 3HL8A 4DU1A 4LH4A 4B9TA 4CFAA 1JKHA 4DQRA 4I2QA 1LV5A 3L2QA 3AVKA 2GBZA 3MEEA 3AVJA 4W5TA 1XWLA 2A1SA 2OPSA 2WONA 1HRHA 2G8WA 4M3TA 1DTQA 3NH0A 4FXDA 4OGCA 4KHQA 4CJ5A 1Q9XA 2LSNA 3RMBA 2KQ2A 3K59A 4J2BA 1TL1A 3V9ZA 1VSKA 1YTAA 3S3MA 1IKYA 1EXQA 4B8AB 4FM2A 2ZD1A 3FFIA 4AHCA 4I9QA 4IG3A 4B9SA 3KK2A 2RKIA 3ULDA 3DOLA 1LW0A 3U3YA 4KHYA 3MXIA 1VSDA 4KV8A 1B9FA 5K14A 4F4KA 3DRSA 4B08A 4Z4HA 4O4GA 4DS5A 3C6UA 2BGGA 4ICLA 1ZBLA 4CJ3A 4F2RA 3L2RA 1JLQA 3C95A 1JLEA 1D8YA 2HNYA 1TL3A 4CEDA 4KTZA 4CF2A 4DS4A 5J2MA 3KK3A 1XC9A 3AVGA 3RMCA 2YKMA 3TAPA 4FK2A 4BE2A 3AVAA 1K6YA 2OPQA 4PWDA 1X1PA 4QCLA 3RR8A 2PYLA 4AHTA 3G10A 3UIQA 4OJRA 4O44A 4DU4A 3RWUA 4KHUA 3ZT2A 4DFPA 1O1WA 4CJEA 1KVBA 4DWIA 3AA5X 3TAQA 4NCGA 3M8SA 3AVLA 4E1NA 1FXXA 4DSLA 4CJLA 3K57A 3K5MA 1SKWA 1LWCA 4ELUA 3DLRA 2D0AA 1LW2A 2WOMA 1TAQA 2G8FA 4KB0A 1XHXA 4JS4A 4ID5A 3SQ4A 4NYNA 4RW9A 1IKXA 4IFYA 4CFBA 5DMRA 2G8IA 5CY4A 2BDPA 4FJ7A 4FLZA 3TABA 1MU2A 2ITGA 1X9MA 5C24A 2PZSA 2DFHA 4KO0A 4M3XA 1BL3A 3OYNA 1Q9YA 3HPHA 4QOZB 2VWJA 1RNHA 3ZT1A 3CFOA 4OKJA 4KHWA 3DLBA 2HNDA 1DLOA 4IBNA 3NHGA 1T05A 1N6QA 4PUOA 1RBRA 1BISA 3DLKA 3G0ZA 4DSFA 2G8UA 4DF4A 3HT3A 3IRXA 3SYZA 4FJJA 3HPGA 3RMAA 4E1MA 1CXQA 4FZYA 2OZSA 4DG1A 4KFBA 3TANA 2HB5A 1BI4A 3D45A 3P5JA 3RRHA 4M3RA 3HYFA 4DQSA 3PX0A 4E89A 1WN7A 4CGFA 5T7BA 4BWMA 1U4BA 3IAYA 4E19A 2Z1IA 3OYBA 3DLEA 1HQEA 3O3FA 3SUQA 1W0HA 3AA2A 1A5VA 1NOYA 2IS3A 4CF1A 3EYZA 2FBTA 2X74A 3AO5A 1JXBA 3BGRA 3ZSQA 4CE9A 1TV6A 4JRQA 4HUFA 3V4IA 1TK0A 2P1JA 4CJUA 3C94A 4FJKA 3V9WA 1WSIA 4HUGA 1KFDA 1S5JA 1U45A 4M41A 4CJQA 3OS2A 4EZ6A 5C25A 3LDSA 2IGIA 4CJKA 1VSMA 3MEDA 4AHSA 4C8MA 1WSFA 3VQDA 4H4OA 3AVHA 2O4IA 3AA3A 3VA0A 3LWMA 2Z1GA 2FC0A 3AVFA 4DTXA 4LSNA 3C6TA 5I42A 4YFUA 1UA0A 4F3OA 4FW2A 3L2VA 1CXUA 3VQ4A 1S1TA 4DTMA 1TVRA 4ELTA 2I5JA 4CIEA 4J2DA 4KTWA 3AO3A 4G1QA 3TI0A 1VK0A 1SV5A 4GW6A 1RDDA 1IO2A 1HNIA 2D0CA 3F73A 4MQ3A 1Y97A 4FJHA 2OPRA 4FK4A 4F8RA 1YVUA 1RCHA 2OZMA 4M3UA 3LP1A 4CK1A 1QE1A 2EHGA 1JLAA 4B9NA 1RDCA 3EY1A 4XIUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJSA 2HHWA 4J8FA 4BWJA 1IV0A 4ZTJA 3SJJA 1IH7A 3HOSA 1U2VA 4IOXA 2RPIA 5CZ1A 4BR4A 5C10A 5HP1A 3TARA 3E1YA 4DFMA 5HROA 1HJRA 4YDUC 1KAYA 1LAVA 4WFNL 3QLHA 5GADP 3OYLA 5KTQA 1QSLA 4OGEA 3HVTA 3H08A 2QWOA 5LMNK 1RT3A 4WQ4A 5HRRA 3PX4A 3KKRA 1BA0A 3V9UA 4H0PA 2KZMA 4IDKA 3K5LA 4M45A 4H0XB 2F96A 1JL2A 2YJEA 4A5AA 2X6SA 4BRPA 3L8BA 3O9UA 5KI6A 5C42A 3DI6A 3FLCO 2ZGYA 3K5OA 4DLGA 5AQXA 4JI5K 3CM6A 4FYDA 4CHZA 4CF9A 1RILA 3OYAA 1K8AO 1Z6RA 1RTJA 2Q31A 2DTUA 2I7PA 3A5LC 3WNGA 4EHTA 2OTJN 5AQIA 4DFKA 4PL7A 4JN4A 3TSUA 4HUEA 1WOQA 2HBLA 3CFRA 4H5TA 4BGBA 3VGLA 3VQQA 2YHBA 1TKDA 4E3SA 3T19A 4DTPA 5AQWA 4OVLA 3OA9A 4BDPA 2QWPA 1U2VB 3VQAA 3SI6A 1X9JA 4MFBA 1S1WA 4FLWA 4CZKA 2NZTA 5AQGA 4DV4K 1JLBA 1NK8A 3QNOA 1S1UA 3P83D 4CHYA 4RW6A 5JLHA 1T8EA 1YI2N 4Z94A 5AZJB 4FWLA 3SJHA 3MX5A 3PY8A 3AA4A 1NKCA 4CVNE 1TK8A 5HBMA 1U48A 1L3VA 5FROA 2VGNA 4E7KA 3CD6N 4B3RK 4DSJA 4JKGA 3VTIA 4CEOA 1YJ9N 3ZSRA 5HLFA 3WEEB 2I7NA 1RT4A 2ZJQL 4CZMA 1JJ2M 4FJGA 3E01A 3KLHA 1NK6A 2ZJRL 4CGJA 3E9OA 1KLNA 1EP4A 2G8HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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