3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transcription
source organism Xenotropic mulv-related virus
publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
1B9DA 4CK2A 1KVCA 1NOZA 4WE1A 3QEVA 5C25A 3K2PA 3QNNA 3EY1A 3SZ2A 3SQ2A 1B9FA 1YT3A 4FLXA 1RT2A 4BACA 4RG8A 3IG1A 3VQEA 4BDZA 3T1AA 4K8XA 2OZMA 2X6SA 3CYMA 4EP4A 2YNGA 4OPJA 1QSSA 4FJJA 4DG1A 2KFZA 2BDPA 4Z4CA 4DTJA 3S9HA 2DFHA 3KKRA 4HCBA 1C0MA 1KLMA 3SYZA 1QTMA 3IAYA 3ZSRA 4DSIA 4O55A 3OJSA 4B08A 4YFUA 3NGZA 4CJ4A 4B9TA 3NF7A 4RW7A 1HNVA 2FBVA 2QK9A 4I9LA 4EZ9A 3SI6A 4CHNA 3OJUA 4IG3A 2XY5A 3CG7A 4IFVA 4KV8A 4ID1A 1QHTA 1LAWA 4H4OA 4FJNA 4DQRA 1HJRA 2VWKA 2YHBA 4CHZA 2HNYA 1C1AA 3DM2A 3DYAA 5J2QA 1N5YA 4KHQA 4PY5A 4CEFA 4BDYA 4W5RA 1FKPA 3NF6A 3VQQA 3SUNA 4LD0A 3KD1E 4DTOA 4B8AB 2E4LA 1WSEA 3NH0A 4DLEA 2JGUA 4RW4A 4HHTA 3PX4A 1RDAA 1TVRA 2P5OA 2YHAA 1S1VA 3I8DA 1NKEA 3K57A 3VQPA 3C94A 1Z25A 2HB5A 4B9MA 4EP5A 3QEPA 1ZBIA 4E7LA 2DTUA 3AVCA 4E7JA 4OKEA 2Y1IA 3QLHA 1BIUA 3MEEA 4W5QA 3VQBA 3BGRA 4KO0A 2XY7A 3MAQA 1TL1A 3I0RA 3S3OA 1SKSA 5KRTA 4DTXA 4R5PA 4E3SA 3NAEA 4CECA 3HL8A 5CYMA 2WOMA 1JLBA 1NK5A 3NH2A 1L3TA 5HRPA 4ID5A 1DLOA 3OYLA 3LWMA 4FJGA 4HUGA 1REVA 4N5SA 3K5LA 2ZD1A 1VSIA 3TAPA 3H08A 3CFPA 3TAMA 3SQ4A 4KB1A 1F21A 3K5OA 4FLVA 3TAGA 1NJXA 3RMDA 3CQ8A 4AILC 2YNHA 1VSKA 1FK9A 3MEGA 5KRSA 3RMAA 3QEXA 4FW2A 4FK0A 1RILA 1EX4A 4CGFA 4CIEA 1VRUA 2ETJA 5E41A 5KGXA 4F8RA 4CHPA 4HCCA 4UQGA 3HT3A 4F2SA 1TKXA 4ZHRA 4FZZA 4K8ZA 3DMJA 3LANA 1KCFA 1KVAA 1LWCA 2Z1JA 3ZSZA 1A5WA 3OY9A 4BE2A 2NUBA 2KZZA 3U3YA 1KTQA 2D0CA 1XHZA 2HHUA 3C6TA 5C24A 4M3WA 3U3GA 1TKTA 1KRPA 2DY4A 2G8FA 1C1BA 2E6LA 1ASVA 3SJJA 3MXIA 1QSLA 1JKHA 4CGJA 5I3UA 2RKIA 5D3GA 3PX6A 3AVIA 3L3VA 3WNGA 3NDKA 4DFKA 4CIGA 4BDPA 4LSLA 4KHYA 3K58A 4J2AA 3F73A 1VSJA 1S9GA 1NOYA 3HP9A 4CGHA 1U47A 2RF2A 1KFDA 3HP6A 3JSMA 4DFMA 3QIOA 5K14A 2A1SA 2WONA 4AHRA 4CFBA 3NGIA 3L2UA 3L8BA 2QXFA 5CY4A 1Q9YA 3ITHA 4E1NA 5J2MA 2HHWA 1BCMA 3ZT3A 4QAGA 3EZ5A 4DSFA 3F9KA 1D9DA 4FJHA 4CF9A 2VG7A 3TAEA 1RNHA 4C8MA 4Q5VA 1S1WA 4CJFA 2AJQA 3DLRA 2OPRA 4CK1A 4IFYA 3NHGA 2Q3SA 4O4GA 4CEOA 4M42A 3AO5A 4ZTFA 1BIZA 3ZSYA 1T05A 4FZXC 1N6QA 3AVAA 4Z4HA 4FVMA 3HPGA 3HVRA 4DU3A 2RPIA 4CESA 3K5NA 3OYGA 3O4NA 3SNNA 3RRHA 1UA1A 4FLYA 2HVHA 2P1JA 3OYNA 4PA1A 1NJZA 4FJXA 1TKZA 2IDOA 3MXJA 4CE9A 2KTQA 1LWFA 3DLEA 5CZ1A 2R7YA 1IKVA 1LW0A 4CJ5A 4DTMA 1J54A 1GOBA 1CLQA 4KRFA 3SQ1A 2YKMA 3RR7A 1RBTA 4RW9A 5CZ2A 4L8RB 1TAQA 1RT6A 3V1RA 3ZSWA 4DTUA 1C6VA 2Z1GA 4KI4A 1IO2A 3TAFA 4EZ6A 2BGGA 1JL2A 3NBPA 5EU7A 4B9SA 1Q8IA 4IBNA 1VSMA 1SL1A 4FJ8A 3O3GA 1TK8A 4KB0A 3KIOA 5HBMA 3AA5X 2P5GA 1WN7A 4CHYA 4Y1CA 3AVHA 3L2WA 4IDKA 1EKEA 2FBXA 3V1QA 4CGGA 4CEDA 3JYTA 1XHXA 3FFIA 2RN2A 4CEBA 1ASWA 5DK5A 5JS2A 3G10A 4M41A 4CJLA 3P83D 3S3MA 3KKSA 3O4QA 3VN5A 3SUPA 3SQ0A 5J1EA 3NCIA 1RDCA 3THVA 1VSFA 1JLFA 3WNHA 4N76A 1VSEA 5FRNA 1NK8A 3VQAA 3ZCMA 1X1PA 1RT1A 3LP0A 5HRNA 4CERA 3SV4A 2F8TA 4DFJA 1HRHA 4E7IA 3PY8A 3HK2A 2HMIA 1SKWA 1EP4A 3AVJA 1BCOA 3LPUA 4I2QA 4BWJA 3TWHA 4BE1A 4DTSA 1U04A 3HPHA 4CJPA 3OYJA 4CJ3A 4DSJA 3V9WA 3PO5A 4DMNA 1TK0A 2A1RA 4M3TA 3AO2A 4B3OA 1ZBLA 4I2PA 2ATQA 1X9SA 2FBYA 4CJVA 1JLGA 4FCYA 3MXMA 4DQSA 2ZE2A 1GOAA 3K59A 1S1XA 1SL2A 1MU2A 3PO4A 2XHBA 1EXQA 2EX3A 2HHTA 3QIPA 4FJ5A 3KK1A 1UAXA 2YV0X 1T8EA 3I0SA 1YTAA 3AA3A 2QKKA 3RMBA 4E19A 1ITGA 4DLGA 3TAQA 4AHTA 1SKRA 4CHOA 3TI0A 4GMJB 1CZ9A 3T3FA 5I42A 1U48A 1WSFA 4DF8A 4Z4FA 4CCHA 2IS3A 2JLEA 4CJSA 4GVMA 2VG6A 1BL3A 3QNOA 3BDPA 3RMCA 4RW8A 5KTQA 3HJFA 1RBUA 4FLUA 3OYKA 1EETA 1NK4A 4AHSA 2HHSA 1D5AA 3LDSA 4DU1A 1I39A 1U4BA 3AO4A 1HYSA 2B6AA 1RTIA 1S6PA 3HSTB 1DTTA 3KJVA 5J2PA 4FJIA 2X74A 2I5JA 4ZTJA 2G8UA 4FJKA 3DI6A 3G0ZA 4FLZA 3D0PA 1WNSA 3ASMA 4TSXA 3M8RA 3O3HA 2F96A 4LH4A 4M3XA 1TKDA 4LH5A 3SPZA 1RT7A 3B6PA 1VRTA 3VQDA 4DQPA 2YKNA 4CJWA 3M8PA 4AH9A 1YTUA 5DMRA 4YNQA 2Y1JA 1BI4A 1K6YA 1SUQA 3DRPA 5KGWA 4M3RA 3ZT1A 4KTQA 1IG9A 3QINA 4NYFA 5C42A 4FZYA 2G8KA 1HMVA 3MEDA 3SCXA 5J2NA 4FK2A 1IKWA 4JS5A 2OZSA 4CEAA 2EHGA 3VQ7A 5FDLA 1NK9A 4M3UA 2G8IA 3ZT2A 1CZBA 2BANA 4OVLA 3OYHA 3CM5A 2HHVA 1HPZA 3U6FA 4FJLA 4KFBA 1QSYA 3VA0A 5JS1A 2XY8A 1RDDA 4PQUA 2HNZA 1JLCA 1ASUA 3VA3A 4CHQA 4CF8A 1FKOA 4E1MA 1SL0A 1BI4B 1O1WA 3M8QA 4CEQA 4DTNA 1T7PA 1HQUA 1RBVA 4DSKA 1L3VA 1D8YA 5FROA 4CEEA 2E6MA 4CF0A 3AVLA 4OGCA 3KLHA 1KFSA 1Z26A 3NFAA 4KTZA 1JXEA 1ZYQA 1I3AA 5CYQA 3C6UA 2IC3A 3DLHA 4JLHA 1UWBA 3QEIA 2XO7A 4DFPA 4OLBA 2KFNA 3ULDA 1A5VA 1QE1A 3CFOA 3OVNA 3WNFA 3AV9A 3PUFA 3LALA 1RTJA 3PV8A 3VQ4A 1WLJA 3ZSVA 2G8VA 1JLQA 4XIUA 1RDBA 1LW2A 1HYVA 3V4IA 3AA2A 4O0JA 3KD5E 1TL3A 3LWLA 3AVFA 1HQEA 4CF2A 4CJRA 5HP1A 1IKYA 1S9EA 3DLGA 4CJUA 4N47A 4PUOA 2YNFA 1J9AA 1VSHA 4OLAA 3AVMA 1QQCA 3L2RA 3VQ8A 4C8KA 4CGIA 2D0AA 3KLIA 3MECA 4DWIA 3LAKA 4OJRA 4M3YA 4M3ZA 1RBRA 1KVBA 1JLAA 3DOLA 4H8KA 3SPYA 1DTQA 2X6NA 4QCLA 2O4IA 3TANA 1BQMA 3KLGA 4OGEA 4KHWA 4F2RA 4FM0A 2YNIA 4FK4A 4Z4EA 4CGDA 4CJEA 1C1CA 4B9VA 1L5UA 2OPPA 1W0HA 5HROA 1BGXT 1D9FA 3NH1A 1RTHA 4KI6A 4HUFA 1KLNA 4FJMA 4FLWA 3B6OA 3QERA 3DRRA 3ZT4A 4W5NA 5HRSA 1XI1A 2GBZA 3KLEA 4DTPA 4FXDA 4FJ7A 2KZMA 2OPQA 3OYDA 4NCGA 1NK0A 3AVNA 3TR8A 3M8SA 3E01A 4ELTA 3D45A 4FYDA 2P51A 1LV5A 1CXQA 1ZBHA 2FC0A 5SWMA 4KHSA 3V9SA 3P5JA 3RRGA 1UA0A 3OYMA 4G1QA 2G8HA 3L3UA 3QETA 2XY6A 4B9LA 3AVBA 3OYAA 3V81A 1U49A 3NF8A 4HTUA 3V9ZA 4C8LA 2W42A 4DS5A 3K5MA 3AO3A 1XWLA 3KK3A 1CXUA 1WSIA 5SZTA 1NKBA 3V1OA 4E7KA 1TAUA 4MFBA 4DSEA 2KQ2A 3NGYA 3SUQA 1S1UA 3DOKA 3KK2A 4F3TA 1NK6A 3LZIA 4IG0A 3SUOA 2F8SA 2PYJA 4ELUA 3HYFA 1TV6A 4M45A 1J53A 5FRMA 4W5OA 3VQ5A 4F3OA 3V9XA 2Z1HA 1RT5A 4DTRA 4DSLA 4KTWA 4HUEA 3KLFA 4FLTA 4E0DA 4Z4IA 3HM9A 3P1GA 3HXMA 4Q0BA 3V6DA 3OYIA 4LY7A 4NCBA 3QEWA 1WSGA 1NKCA 3HO1A 2IAJA 4CJQA 1YVUA 1RT4A 4OPKA 3OS2A 4QOZB 4JRPA 3HPOA 3UIQA 3CM6A 3LP1A 4KHNA 2D5RA 1VK0A 2HVIA 1HYZA 1IH7A 3OS1A 3OS0A 3PX0A 3SV3A 4FM2A 1RBSA 1L3SA 1UOCA 1SV5A 1JXBA 3O3FA 1G15A 4AHVA 1NJWA 3L2VA 2QKBA 1Q9XA 2DFEA 3OYCA 3QO9A 3EYZA 2PY5A 1NK7A 4FM1A 4O5BA 4CFDA 3IS9A 2GV9A 4AHCA 4NYNA 3VQ9A 4B9UA 4O44A 4OKJA 3VQ6A 4KREA 1QS4A 1JL1A 4FW1A 2VWJA 1X9WA 4CFAA 2BE2A 3ALYA 4BWMA 4JRQA 1C0UA 4Z4GA 4DF4A 1A5XA 1C0TA 1IKXA 1BHLA 3ZSQA 3V9UA 1TK5A 4FJ9A 3VQCA 1Y97A 1WAFA 4CJKA 4IKFA 2LSNA 1VSLA 2GUIA 4C8NA 5HLFA 3AA4A 3CFRA 3NF9A 3RR8A 2OYQA 2XRIA 1S5JA 4I7FA 4H4MA 3HVTA 3OYBA 4E7HA 1GOCA 2HNDA 4J2DA 2HHQA 2KW4A 4CIFA 1J5OA 3C95A 3T19A 4RW6A 1RT3A 2ITGA 4CK3A 4DQIA 3OYEA 3IRXA 1VSDA 3DRSA 4NCAA 2IOCA 4E89A 2IGIA 4N41A 1RTDA 4HVJA 1RCHA 4CF1A 2FBTA 4AHUA 4J2BA 3LP3A 1WSHA 3LPTA 3L2QA 3WNEA 5KI6A 4Y1DA 1U45A 1NJYA 1L3UA 4KHUA 1BQNA 3A2FA 4ELVA 4CFCA 1TGOA 3ZSOA 4DQQA 5T7BA 4O0IA 1WSJA 2O4GA 2B5JA 4CJTA 3TABA 2PYLA 3DLBA 2DFFA 4ICLA 1X9MA 2HHXA 2PZSA 3ZSXA 2D0BA 3LP2A 4KKOA 4PWDA 4MQ3A 1ZBUA 1BISA 3LZJA 1KSPA 1R0AA 3AO1A 4CEZA 1W9HA 2B4JA 5HRRA 3AVKA 4N56A 3LAMA 3OYFA 4F4KA 4J2EA 3RWUA 1XC9A 1JLEA 4C8OA 2ZQBA 4DU4A 3AVGA 4BE0A 3QESA 3NE6A 3S3NA 1ZBFA 4KPYA 1S6QA 3KTQA 1FXXA 1LAVA 4KAZA 2OPSA 1T03A 3DLKA 4W5TA 2HW3A 3RTVA 1B92A 4B8CA 4DS4A 2X78A 4OKKA 4B9NA 2G8WA 1LWEA 2VG5A 4JS4A 4Z0UA 4LSNA 3TARA 4I9QA 1S1TA 1HNIA 1WAJA 3ISNC 4GW6A 2OA8A 2Z1IA 3ZT0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FW6A 2QXLA 3K2PA 3CCRN 1B9FA 2ZGZA 4WQ5C 4YOUA 3ZEUA 3VQEA 4BDZA 5AQPA 2OZMA 4B3TK 4EP4A 2KFZA 1QSSA 4DG1A 4NB4A 4JN4A 4Z4CA 2P9KA 1KLMA 1QTMA 3OJSA 4XH4A 4CJ4A 5KQ8A 2NRHA 5ADXH 1HNVA 2FBVA 4A5BA 3SI6A 4JI7K 3CG7A 5AQXA 1OVQA 2VQEK 2QTDA 2VWKA 1GLBG 4DR3K 3ZEUB 1YVNA 3DYAA 1C1AA 5J2QA 4XH1A 1N5YA 3J7AP 4BDYA 3VQQA 4LD0A 3KD1E 2P9KB 4JI1K 4DLEA 1RDAA 2QM1A 3K57A 4IWVA 2HB5A 2DTUA 1BDGA 4W5QA 3VEVA 3BGRA 4KO0A 2XY7A 3MAQA 1TL1A 3I0RA 2F4VK 2HBKA 4CECA 1WOQA 2QWMA 3THXA 1JLBA 4ISEA 3NH2A 4DV4K 3K5LA 1VSIA 1F21A 3MWTA 4FLVA 3CQ8A 4A59A 1VQ4N 4FK0A 3ZX2A 1RILA 1E4GT 1VRUA 2J4RA 2BH1A 4BRDA 1HPMA 3THXB 2KZZA 4AM6A 1XHZA 3TU5A 4DB3A 5C24A 4DV3K 3U3GA 1QHAA 4JI3K 3SJJA 2NRTA 2P9UA 1K8AO 1N33K 4CIGA 3K58A 3F73A 3MN6A 3C6AA 3HP9A 1U47A 1KFDA 3HP6A 4ISGA 3WEEA 3L8BA 1GLFO 2QXFA 1D9DA 4FJHA 3CPEA 3A5NC 3J8AA 3O9SA 2ZJPL 3CXCM 1OH8A 3BZCA 3NHGA 2P9LA 3SJHA 4CEOA 1XQSC 4B1WB 2KLAA 2QI2A 4BRKA 3ZSYA 4FZXC 1Q86O 3AVAA 2E8AA 4WQ4A 3O4NA 3WEEB 4FLYA 3OYNA 4FJXA 3MXJA 1HLUA 1J54A 1CLQA 4KRFA 3IKMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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