3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule tags Transcription
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
3CQ8A 2A1RA 1TKDA 1BQMA 1JXEA 3RRGA 2EHGA 4CHQA 2Z1GA 3NH2A 3AVKA 3RTVA 2P5OA 4ELUA 2KZZA 3AA2A 4DS5A 4E0DA 4DS4A 4CJLA 4FK2A 2HVHA 1IKWA 4O0JA 4CFBA 3QINA 4BACA 1ASUA 3S3MA 1RILA 1TVRA 1KSPA 3AVBA 1YT3A 3K58A 4I2PA 1NK9A 4G1QA 1WNSA 3NH1A 2OA8A 2P5GA 1S1XA 3TAEA 4IG0A 2HHQA 4PY5A 1JLFA 3P1GA 3V9WA 3VQ4A 3HP6A 3NHGA 2RN2A 1RNHA 3ZSOA 3K59A 3K5OA 4CECA 3VQ8A 3TAGA 4FVMA 1SV5A 2WOMA 3L2UA 4KI6A 4DU4A 3M8PA 1RT1A 3EY1A 4CHOA 3OYHA 3QERA 4W5NA 1CXUA 3OYKA 1KVCA 2ZD1A 2IGIA 3M8SA 3RWUA 3RMCA 3SUPA 3PO4A 4DQQA 1J53A 4IFYA 1BISA 2D5RA 2HVIA 4M3RA 4Z4FA 3SQ4A 5KGXA 3U3YA 3L8BA 2HNZA 1RCHA 5KGWA 5J2MA 3HL8A 3HM9A 4FLTA 3AVCA 1HQUA 1SL0A 1RBSA 1C1BA 4DTMA 4DQRA 1IO2A 4BDYA 3MEGA 3LAKA 3C94A 4DTSA 1NJZA 1HYSA 1MU2A 3VQDA 4AHRA 4E89A 4FK4A 2E6MA 1WSJA 4CHZA 3KKRA 3ZCMA 3EZ5A 4F2RA 3AVFA 3VQ6A 2XY5A 2YNFA 4FJ8A 2OPSA 5J2QA 3SI6A 4JRPA 5CYMA 2HW3A 4NCBA 1KFDA 1X1PA 3SV3A 4ZHRA 1C0TA 2QXFA 4CEBA 3T1AA 1KVAA 2NUBA 2DTUA 1HMVA 3TARA 4KKOA 4KHYA 4CJQA 4FZYA 1SL1A 4FJHA 3L2RA 4DQIA 5T7BA 3U6FA 3K5NA 3KLIA 4J2DA 1IKXA 4F3OA 1TK5A 3KK2A 2XY8A 3G10A 1N6QA 3NAEA 1ZBLA 3L3VA 4OKEA 1JLBA 5KRTA 4JS4A 4CIFA 3E01A 2YKNA 1SKSA 1NKEA 2VWKA 4GW6A 3ZT2A 4W5QA 2KQ2A 4B9VA 4FLZA 4M3UA 3VA3A 4OLBA 4KHSA 3KLHA 3OYFA 3AA3A 1NJYA 4ELTA 1RTIA 4F2SA 3F73A 1QSYA 1S5JA 2HB5A 2ZQBA 2DFFA 1REVA 4DQSA 3SJJA 2YHBA 1XHZA 1KFSA 4CF8A 5FRMA 1HQEA 3PX0A 1VSIA 1T03A 4ID1A 1X9WA 4BE1A 1NK7A 4KFBA 3ITHA 4RW8A 4J2AA 4CFAA 3NF7A 3V9SA 3VA0A 1U04A 2G8IA 5HRSA 1VSHA 4NCGA 4KB0A 3V9XA 4DSFA 4HCBA 2E6LA 3HYFA 4CEFA 4KPYA 1WN7A 3QIPA 4F8RA 3NFAA 1B9DA 3CFOA 1TKTA 4CJPA 3TI0A 3BDPA 2RPIA 3HJFA 3NF6A 3C95A 1T05A 4OGCA 4EP4A 4CJFA 4CEAA 4E1MA 4FZXC 4I7FA 1CZ9A 4CF9A 1KVBA 1UOCA 3B6PA 4MQ3A 4F3TA 4M3TA 3TWHA 1LW2A 1BHLA 3P5JA 4H4MA 3AVAA 3AO1A 3KJVA 1KLMA 3DRRA 1HJRA 3ASMA 4DSEA 2OYQA 3AVMA 3ZSWA 4Z4CA 1KTQA 3IAYA 4GVMA 3HVTA 1DLOA 3L2QA 3MAQA 1VSKA 2I5JA 4FM1A 4FLXA 3SPYA 2FBVA 1NK4A 1ZBHA 1C6VA 2ETJA 3VQ5A 4L8RB 3DI6A 1LAVA 4W5TA 3VQ7A 3KD1E 4HUFA 4O4GA 3NDKA 5KI6A 1XHXA 4N5SA 1FXXA 1U49A 1XC9A 4LY7A 3OJUA 4NYNA 4DF4A 4DQPA 4OPJA 1NK8A 3P83D 3O3GA 1J54A 2YKMA 1RBRA 4PA1A 3L2WA 3SV4A 4AHVA 4W5OA 1GOBA 4DFPA 1CXQA 3SUQA 3V9UA 4DSLA 3SUNA 4KTZA 1C0UA 4DTOA 1U45A 3V6DA 4FJIA 2JLEA 2Y1JA 1B92A 3RMAA 4JRQA 2G8KA 3HPGA 4DU1A 4Q0BA 5CZ1A 3ISNC 1D9FA 2Q3SA 3VQBA 3VN5A 1LW0A 3O3HA 3SCXA 4EZ6A 4N41A 3KIOA 3M8RA 4ID5A 3TAQA 2QKBA 4PQUA 5JS1A 2O4IA 1JL1A 3VQPA 1L3SA 4DTJA 1S9EA 4ICLA 4WE1A 4BE2A 4AHUA 4UQGA 1RDDA 2D0BA 4HVJA 3TAPA 5DMRA 4AHTA 4CJSA 1EX4A 4KO0A 2FBXA 4IFVA 4CESA 2YNIA 4RW9A 4N47A 4CFDA 4E7KA 4CF2A 4DTUA 2OZSA 5HRNA 3FFIA 4LSNA 1EP4A 3QEIA 3SNNA 1QSLA 3DYAA 3IRXA 3K57A 1RDAA 1IH7A 3B6OA 1IG9A 4CEQA 4KREA 4Y1CA 1D9DA 3TAFA 5I3UA 3HP9A 1EKEA 4CIGA 4CGIA 3D0PA 4ELVA 2BANA 1FK9A 1WSIA 3KK3A 2F96A 2OZMA 1QQCA 2JGUA 4YNQA 4CEEA 4JS5A 2GV9A 3SPZA 1KRPA 2DFHA 2FBYA 3AVJA 4LSLA 3CM5A 3DMJA 3DLKA 4E19A 4M3YA 1ASWA 1RDCA 1YVUA 2VG7A 4DTXA 1FKPA 2Z1HA 5SZTA 3VQ9A 3VQCA 2HMIA 4DSJA 4EP5A 4CEDA 4CF1A 2DY4A 3LWLA 4LH5A 1U4BA 5FROA 4FJJA 3DM2A 3OJSA 3MXIA 1JLQA 3I0RA 4FK0A 3PX4A 1NJWA 1B9FA 3OS1A 3V81A 3MXMA 2KW4A 4H4OA 3CG7A 1O1WA 3BGRA 3LP3A 4CJVA 4N76A 4NCAA 2RF2A 2HHXA 4PUOA 4CK3A 3ZT3A 4QAGA 4E1NA 4E7HA 1RBTA 3HPHA 2ZE2A 4CERA 3K2PA 3LALA 1LAWA 3ULDA 4HHTA 3ZSZA 4FLVA 2KZMA 3MEDA 3H08A 4FJNA 2YNHA 4HCCA 3KLGA 2GUIA 1VSMA 4B9MA 4CHYA 2YNGA 4RG8A 1I3AA 3RR8A 1SKWA 4OVLA 2KFZA 3AVLA 4BDZA 1TL3A 3IG1A 4RW6A 4E7IA 3QEWA 3SQ0A 1U48A 4FJMA 4Z4GA 1SUQA 3ZT1A 3AVNA 2G8VA 4B9NA 4BWJA 4M45A 2YHAA 1HPZA 5SWMA 3DOKA 4CGFA 4I2QA 1JLEA 4IDKA 3OYGA 3QNOA 1EXQA 5C25A 3LZJA 1NK5A 3AA5X 2IC3A 1BIZA 1JXBA 3LP1A 3ZSQA 4EZ9A 3ZSRA 4NYFA 1TK8A 4C8KA 2E4LA 1C0MA 1VSJA 1RBUA 4JLHA 3PX6A 4IKFA 4DFMA 3TANA 4B8CA 1BI4A 4HUEA 3NE6A 4DTPA 3MEEA 4HTUA 2PYJA 3V1OA 1RT6A 4Z4IA 3DOLA 2D0AA 3PY8A 1BL3A 3WNFA 4DTNA 2Y1IA 2HNDA 1WLJA 1R0AA 4AHCA 2PZSA 1CZBA 2OPRA 3LANA 4CJKA 3CM6A 3LAMA 3LP2A 3QESA 2XY6A 1Q9XA 4FJGA 2HHVA 1GOAA 1S1TA 1QTMA 1EETA 3DLEA 3NF9A 3KLEA 4O0IA 2EX3A 2HHUA 3WNEA 1WSGA 4DFJA 5KTQA 4RW4A 1NKCA 1UAXA 3U3GA 3T3FA 4KI4A 1D5AA 4OKJA 2PY5A 3SZ2A 1GOCA 4HUGA 4DLEA 3AO3A 2X6NA 1RBVA 3OS0A 1X9MA 2XRIA 1NKBA 4DLGA 2OPQA 2X74A 4E3SA 1ZBIA 2HNYA 1RT7A 1A5XA 4B9TA 4E7LA 3LPUA 1VSEA 3TABA 4CJEA 2VWJA 2F8TA 4CJRA 1HYVA 3TAMA 4DSKA 1Q8IA 5J1EA 2F8SA 1VSDA 1S6QA 4DTRA 3AO4A 4CHPA 2IAJA 3CFRA 4E7JA 3SYZA 1RTHA 2X6SA 3C6UA 1HNIA 4OGEA 1Z25A 2FC0A 3KLFA 3L2VA 3JYTA 1SKRA 3SQ1A 3C6TA 1BCMA 1ZBFA 3QO9A 3K5LA 1LWFA 2DFEA 3S3OA 4DMNA 3HXMA 5HLFA 4OLAA 2PYLA 4M3WA 3AV9A 3ZT0A 4TSXA 3QEXA 1TK0A 3DLBA 2IDOA 4AHSA 5E41A 2A1SA 4CJTA 3OYAA 4Z4EA 1QS4A 3RRHA 1L3UA 1KLNA 4CGGA 1NOYA 4C8LA 3HSTB 3T19A 5JS2A 1C1AA 1QSSA 2LSNA 1T7PA 4FXDA 4AH9A 1JLGA 2Z1IA 3OYNA 4CJ3A 4CJUA 4FM0A 3THVA 4K8XA 4KHUA 3VQQA 5J2NA 3AVGA 4RW7A 1IKYA 4CE9A 3LDSA 2G8WA 4KB1A 1VRTA 1A5WA 1VSFA 4FCYA 3KD5E 4OJRA 3WNHA 4CGJA 4B3OA 1WSFA 5CZ2A 2X78A 1S1VA 4OPKA 1TV6A 1VSLA 4FJXA 4J2EA 2P1JA 1RT3A 3NH0A 1QE1A 5HBMA 4Y1DA 3RMDA 1TGOA 4BE0A 4DG1A 2G8HA 4FJ5A 4FW1A 4BDPA 3K5MA 4DU3A 4CHNA 1JL2A 4CGHA 5C42A 4FJ7A 5HRPA 3F9KA 2VG5A 1S6PA 3ZT4A 1NK6A 1CLQA 1HRHA 1I39A 3LPTA 4H8KA 3I8DA 1LV5A 1ITGA 3DLHA 2B6AA 4QCLA 1BGXT 4YFUA 5D3GA 1JLAA 2RKIA 4O55A 1JLCA 3QIOA 3RR7A 1RTJA 4R5PA 4C8MA 2QKKA 2KFNA 3AVIA 1DTQA 4CGDA 1XWLA 3DRPA 3S3NA 4Q5VA 1NJXA 5HRRA 4DWIA 4W5RA 4KHNA 1RT4A 1S1UA 1ZBUA 3PO5A 2XO7A 1TAQA 4LD0A 3SQ2A 4KTWA 1G15A 1RDBA 1L5UA 1BCOA 2WONA 4FJLA 3D45A 3O4QA 3O4NA 4FJ9A 3OYMA 4IBNA 2P51A 4KRFA 2FBTA 1K6YA 4GMJB 3JSMA 4B08A 3AO2A 3LP0A 4FM2A 1HYZA 3S9HA 1TAUA 1JKHA 3I0SA 4Z0UA 4CIEA 3NCIA 4MFBA 4CFCA 3OYJA 2HHSA 5I42A 2IOCA 3DRSA 2GBZA 4CJ5A 1T8EA 4C8OA 3V1RA 4CK1A 4FYDA 1J9AA 3V4IA 2AJQA 4B9SA 3NBPA 3NGYA 3IS9A 2W42A 3OYBA 1NOZA 3WNGA 3PV8A 3AO5A 3QEPA 1BQNA 4J2BA 2HHTA 3UIQA 1QHTA 1ASVA 1L3VA 1BI4B 3A2FA 2ATQA 3QEVA 1W0HA 3V9ZA 1XI1A 3OVNA 1HNVA 2QK9A 1C1CA 5CY4A 3OS2A 1VRUA 4O5BA 3NGZA 4FZZA 3MXJA 2XY7A 2B4JA 4DF8A 3O3FA 3HK2A 4FLWA 5J2PA 3HO1A 4FLYA 2VG6A 2YV0X 4OKKA 4FLUA 5HROA 4KAZA 3OYCA 3DLGA 4LH4A 3TR8A 2BGGA 2HHWA 3ALYA 5EU7A 3ZSYA 3G0ZA 4CJWA 5KRSA 1ZYQA 1WSEA 5FDLA 4CK2A 1LWCA 3QNNA 4K8ZA 4M3ZA 1NK0A 1TKXA 4F4KA 4M42A 4M3XA 3OYIA 3KKSA 3ZSVA 2G8FA 5CYQA 4B8AB 1VK0A 1A5VA 4KHQA 3HPOA 1WAFA 1YTUA 3NGIA 1WSHA 2D0CA 4CCHA 1DTTA 1U47A 1Y97A 5DK5A 4ZTJA 3OYDA 1UA0A 4B9LA 4IG3A 4O44A 3OYEA 1S1WA 3AVHA 3M8QA 3ZSXA 3EYZA 3OYLA 4AILC 1D8YA 4PWDA 3HVRA 4FJKA 1S9GA 2KTQA 3QLHA 3OY9A 3CYMA 3VQAA 2Z1JA 3KTQA 2OPPA 4ZTFA 3PUFA 2O4GA 1Z26A 4DFKA 4DSIA 5FRNA 4I9QA 3QETA 4XIUA 1BIUA 1Q9YA 5K14A 1YTAA 1UWBA 2G8UA 2ITGA 3MECA 1IKVA 1TL1A 3RMBA 1X9SA 3SUOA 1SL2A 1J5OA 4I9LA 3NF8A 2R7YA 4CF0A 1RTDA 4FW2A 4C8NA 3CFPA 1N5YA 3VQEA 3LZIA 4B9UA 2B5JA 1KCFA 3V1QA 3DLRA 4BWMA 1WAJA 3KK1A 5HP1A 3HT3A 4CJ4A 2BE2A 4QOZB 1LWEA 1W9HA 1RT2A 3AA4A 3L3UA 4CEOA 4Z4HA 4CEZA 2XHBA 1TKZA 1FKOA 1UA1A 4KV8A 4KHWA 1F21A 2IS3A 5C24A 1RT5A 4KTQA 2BDPA 4N56A 3LWMA 4M41A 1L3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A1RA 3VEVA 4WQ5C 4BVOA 4CHQA 2Z1GA 3AVKA 2P5OA 2KZZA 4IOXA 3C6HA 4BRCA 4E0DA 4CJLA 3GDQA 1XNQK 4CZLA 3J7ZO 2P5GA 3NH1A 3QBWA 1W7AA 3V9WA 3HP6A 2O8BB 1RNHA 1KAXA 1SV5A 3EZWA 3M8PA 3OYHA 3H3NO 4W5NA 2IGIA 4NXMK 1NGDA 4IFYA 3U8XA 2HVIA 4B3SK 3WXLA 4F9OA 4RWTA 2FSNA 3FLCO 3BF1A 4EHUA 5M1NA 4ISGA 2QA4N 4DTMA 4BDYA 3LAKA 1FW6A 1HYSA 4AHRA 3VQDA 4E89A 3CETA 5GIOA 2E6MA 3EZ5A 4CHZA 4F2RA 3AVFA 3CJBA 2D1KA 3VQ6A 2XY5A 4JNEA 5J2QA 3BP8A 3H1VX 3SV3A 3OBWA 4CEBA 3JAMO 1KVAA 2DTUA 4KKOA 5TKYA 3HRGA 4DHYA 3MN6A 3LDOA 4J2DA 3GE1A 4F3OA 1RGIA 4CZMA 3G4SN 1ZBLA 4JS4A 1JLBA 1FJGK 1SKSA 2VWKA 4GW6A 1NGHA 1GLLO 3AA3A 1RTIA 3O5BA 3F73A 1QSYA 2ZQBA 2DFFA 2KKZA 4DR3K 4DR5K 1X9WA 4CD3A 4KFBA 3TSPA 1VSHA 4NCGA 1N34K 4A61A 3BUZB 2P9KA 3E66A 4B1UB 3CFOA 3SAHA 4CJPA 4NXNK 4QS7A 5F0XA 3HJFA 4FZXC 2W41A 1VQKN 1CZ9A 3B6PA 4MQ3A 1OVQA 3TWHA 1LW2A 4H5WA 3GOIA 2E20A 1HJRA 2ZWHA 2OYQA 1WOQA 4I6MB 1KTQA 3HVTA 3MAQA 5M1FA 1VSKA 1NK4A 3VQ5A 4GV6A 4L8RB 3DI6A 1RDWX 1LAVA 3VQ7A 3E1YA 2GWKA 5AQTA 2HSTA 4K43A 4N5SA 2YHWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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