3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule tags Transcription
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
5FRNA 3C6UA 3ZSRA 3OYDA 3KLGA 2VWJA 3QLHA 2YKNA 4G1QA 4DTXA 4OPKA 4E1MA 4ID5A 4TSXA 4KHUA 3DLEA 1LAVA 3KLFA 4DTJA 3QEPA 3PX0A 1XHZA 1S1XA 2PY5A 3K5NA 4DQSA 1ZBIA 3VQ5A 1YTUA 3HJFA 2EHGA 2NUBA 3IG1A 4CGJA 4C8LA 4H8KA 3V6DA 1L3TA 4UQGA 4N47A 4OVLA 4ELTA 3F73A 5EU7A 4OKEA 1U45A 4BE2A 5HROA 1IKYA 4M3TA 4IKFA 1DLOA 4Y1CA 2DFFA 1RT1A 3QEVA 3SUQA 3MEEA 3EZ5A 1ASWA 3L3VA 4CJKA 1HYZA 3K57A 1NK8A 4DQIA 3L2VA 3KD5E 3SQ0A 1S6PA 4I2PA 4M45A 2BE2A 3DRRA 4E7HA 3BDPA 3I0SA 3D45A 3ZSVA 4CHOA 3KK1A 5SZTA 2IAJA 4IG3A 3QEWA 1ZYQA 4CJ3A 4DG1A 4FZZA 2Z1HA 3VQEA 3SI6A 4FJXA 3QINA 3PUFA 3AVGA 3AVBA 4CHYA 4KHWA 3D0PA 2HVHA 3KJVA 1UOCA 3OYBA 4CERA 3QNNA 1WN7A 4Q5VA 4FM1A 4W5NA 3AO5A 4FJMA 1TK8A 1BI4A 3AO1A 3MEGA 2YNHA 4DQRA 3AVIA 1NOYA 1TGOA 4LY7A 4KRFA 4CE9A 3AVNA 1IH7A 2OPSA 5KRTA 4B3OA 3SCXA 4AHTA 4PY5A 3V9WA 2FBTA 2KW4A 1RDAA 4DFMA 4KB0A 4FK0A 2WONA 1HQEA 1DTQA 1VK0A 3OYGA 2RKIA 1JL2A 3NGIA 4F3TA 1JLGA 2XY8A 1S1VA 4DSJA 4KI6A 4QOZB 1SKSA 5KGWA 4E7KA 4DU3A 3LPTA 4Z4HA 3B6PA 4IDKA 3ALYA 4K8XA 2IDOA 1JL1A 3TARA 4CFDA 4YNQA 1KSPA 4W5OA 4FLWA 1BCMA 1IKXA 4DSKA 3AA5X 1L3VA 1QSSA 4KREA 2Y1IA 4XIUA 4CGGA 3SUNA 2HVIA 2KFNA 4DFPA 1D8YA 1BIZA 3OJUA 1YVUA 4KI4A 1WSIA 2FBXA 3C95A 4MQ3A 1YTAA 4CFCA 4FK4A 4PQUA 4PWDA 1RT5A 4OLAA 4E7LA 2HHXA 5JS2A 3S3OA 3VQBA 3L3UA 2D5RA 1TV6A 3I0RA 1CXQA 3OYJA 3SJJA 4FW1A 4FLYA 1FKOA 3P1GA 4W5TA 4ELVA 1VSLA 4DQQA 4FZYA 2RN2A 1JXEA 4JS4A 2F96A 2VG5A 3WNGA 3NF6A 3NH2A 1VSHA 4HHTA 4HTUA 4KHQA 1EX4A 1C6VA 3DOLA 5CZ1A 1VSJA 3MECA 1QHTA 4KHSA 3AA4A 3HSTB 3HK2A 4M3ZA 4CEZA 4FM2A 2IOCA 3OYEA 4HVJA 1QS4A 3ZSYA 3QESA 3VQ6A 3NH0A 4E3SA 1Z25A 3RRHA 2OA8A 4CIFA 4FLXA 4N5SA 4Z4IA 3VQ9A 2PYJA 1WNSA 1NK9A 3MAQA 1RNHA 1Y97A 1QSLA 2G8UA 1RTJA 1JXBA 3V9SA 4CFBA 4B9TA 4J2EA 4FJ9A 4CK1A 5J2MA 1QE1A 2XHBA 4LH4A 3PO5A 4M3UA 3NDKA 3ZT1A 3TWHA 4Z4GA 3IAYA 2O4GA 2VG6A 4HCBA 4E1NA 3K5OA 1XC9A 1GOCA 4B9MA 4JRQA 4CECA 3QEIA 3K2PA 2A1SA 4DF8A 1VSIA 1ZBFA 5HLFA 2JLEA 2YHAA 2P1JA 3HVTA 3IRXA 1D9DA 1S5JA 1O1WA 4FW2A 2B4JA 4FJGA 4B08A 5HBMA 3OJSA 3P5JA 3MEDA 3LWLA 1SL1A 2G8IA 1BIUA 5J2NA 4DTPA 1KFDA 2X74A 4CJLA 4E7IA 4MFBA 4M3YA 4KFBA 1DTTA 1X9SA 3DLHA 4CF0A 5HRPA 3L2WA 3U3YA 1A5WA 1WAFA 4DSFA 3VA0A 1UA0A 4B8CA 3OYCA 2E6MA 3UIQA 1RT7A 3OS0A 5C42A 4B9VA 1RILA 3LAMA 1TAQA 4HUGA 3DLKA 1ZBUA 1I39A 4KKOA 2XY6A 1U47A 3O3HA 1S1UA 1X1PA 2XRIA 4N56A 2X6SA 4IFVA 1HNVA 4ZHRA 3ZT0A 3SV3A 3OYHA 4Z0UA 4H4OA 3DRPA 4AH9A 4CJPA 2HHVA 2HHUA 3U6FA 2ZE2A 5FRMA 2VG7A 3I8DA 1SKRA 4KPYA 2Y1JA 1VRUA 4O55A 3ZT3A 5KGXA 4EZ6A 4OLBA 2HB5A 2QK9A 3OS1A 2G8KA 4KB1A 1RBVA 2JGUA 3PO4A 2QXFA 1JKHA 2XY7A 4AILC 1T05A 3TAPA 1ASVA 1RT4A 2P51A 2BANA 3QO9A 1U49A 1LW2A 1WSHA 4DTUA 1BISA 1J53A 3OS2A 4DLEA 1QQCA 3ZT2A 4DU1A 4K8ZA 3AO2A 4C8MA 4J2BA 2YNIA 3K59A 2IGIA 1HPZA 3V9UA 3SPZA 4CHNA 3DI6A 2G8WA 3LP3A 3BGRA 4CGFA 5I42A 4CJ5A 2O4IA 1BQNA 3ASMA 1S1TA 5FDLA 1HNIA 4HCCA 3TR8A 4BDYA 2LSNA 3SQ2A 3VQCA 3HPOA 1LWFA 3G0ZA 3TANA 4C8KA 4CF8A 3K58A 1LW0A 4KV8A 4BE1A 1T8EA 4FLVA 3SYZA 2G8HA 1JLFA 1WSJA 4L8RB 3KKRA 1S1WA 3HP9A 4CF9A 4F8RA 1Z26A 4FJ8A 2B5JA 2D0BA 3L2UA 2X6NA 5DK5A 3QEXA 2OPPA 3DYAA 3AVAA 4CEDA 2IS3A 2YHBA 3LP0A 3P83D 4AHCA 2BGGA 4FZXC 4CF1A 1RBSA 2E6LA 3AO4A 2QKKA 2ZD1A 1CZBA 1EETA 4RW4A 4DFKA 3DRSA 1KLMA 3HXMA 3VN5A 3KTQA 4DTRA 4BDPA 1RBRA 1FXXA 4BE0A 3QIPA 3SQ1A 4B9SA 4KHYA 1TL1A 5D3GA 3VA3A 4O0IA 1LWCA 3RWUA 3VQ8A 4CJSA 3SQ4A 2HHTA 1RT2A 3HPGA 3AVMA 3LDSA 1ITGA 2HNZA 2RF2A 2XY5A 4PUOA 3VQPA 1XI1A 3DLRA 4W5RA 3M8SA 1RT6A 3F9KA 3K5LA 4CCHA 4DWIA 3V4IA 2Q3SA 1TAUA 1JLEA 4FJLA 4DSLA 4LH5A 1D5AA 2F8TA 1NK6A 3PX6A 4OJRA 2HNDA 3L8BA 4FCYA 4DTOA 4BDZA 4ZTFA 1EXQA 1NKCA 3LANA 3CQ8A 4CESA 2HHWA 2ITGA 4RW6A 3DMJA 1XWLA 4CJUA 4AHUA 1IKWA 1ASUA 1W0HA 4M41A 3T19A 4DU4A 4FJNA 3NGYA 2GUIA 3HL8A 3OYAA 3AV9A 2WOMA 4F2RA 4CF2A 3V9XA 2HHSA 4GVMA 4RG8A 1KRPA 4BWMA 3VQ4A 3JYTA 4GW6A 2OPQA 3TAFA 4CHZA 1UA1A 4ELUA 4FXDA 1K6YA 3KLIA 4I2QA 4DS4A 1SL2A 4F3OA 3AVHA 3PV8A 2OPRA 1TKTA 4ICLA 3EYZA 3TAEA 4KTQA 2F8SA 4KO0A 4N41A 1L3SA 5FROA 1EP4A 3M8RA 4FK2A 4I7FA 3S9HA 3NH1A 3NF8A 4H4MA 3HYFA 5J2QA 5JS1A 2OZMA 2DY4A 2ATQA 3PX4A 3KD1E 1JLBA 4J2AA 1WAJA 1J9AA 3LPUA 4CGIA 3THVA 4DF4A 2YNFA 2Z1JA 3RMDA 3SPYA 3S3MA 3V9ZA 3AVLA 3RRGA 4KAZA 3TI0A 1REVA 1Q9XA 1UAXA 1KFSA 2W42A 1HYSA 4OPJA 4CEAA 3K5MA 3O4NA 2R7YA 4GMJB 4JS5A 1GOBA 1RT3A 4E7JA 2ETJA 3O3GA 4Y1DA 1HRHA 2FC0A 1VSEA 4N76A 3V1OA 3CYMA 3CG7A 3V1QA 5J2PA 2YV0X 1BGXT 1XHXA 2GV9A 3DOKA 4CIGA 1C0UA 2KZZA 3QNOA 4IBNA 3ZT4A 3C6TA 3HPHA 4FJKA 4O5BA 2G8VA 2PZSA 4OGEA 4AHVA 1TKZA 2YKMA 2ZQBA 4NYNA 3RMBA 5C24A 3E01A 3LZJA 3MXMA 3OY9A 2P5GA 4O44A 5E41A 4DFJA 1C0TA 1HQUA 3RR7A 5J1EA 4NCBA 3AVKA 3VQ7A 1TKDA 4CK2A 4M3XA 3PY8A 4LSLA 3V81A 1B9FA 3ZSOA 4W5QA 3ULDA 4Z4EA 3NFAA 1BCOA 4QCLA 3LP2A 3NBPA 4NCGA 3OYKA 1TL3A 3FFIA 4RW7A 2E4LA 3KKSA 4CHPA 5KTQA 3NHGA 1NK7A 4CHQA 2DTUA 1C0MA 3QIOA 3TAMA 3EY1A 4Q0BA 1JLCA 3A2FA 4ZTJA 3LP1A 3MXJA 4KTZA 3LZIA 1KVCA 4HUEA 1VSKA 4O0JA 4RW8A 3WNFA 3VQQA 3KIOA 5CZ2A 3CFRA 1SKWA 4M3WA 4CJTA 1U4BA 4FYDA 3NCIA 3VQAA 1A5VA 5K14A 3CM6A 1NKEA 3S3NA 1CLQA 5CYQA 3ZSZA 3IS9A 4OKJA 4CEFA 3NF7A 1RCHA 4YFUA 1LV5A 5HP1A 4EZ9A 4LD0A 4R5PA 1NK4A 4J2DA 4CEOA 1QTMA 2FBVA 3RMAA 2GBZA 1CXUA 1ZBLA 3OYLA 2OZSA 3HT3A 1I3AA 3CM5A 4BWJA 1VSFA 4M42A 1RDDA 1RTHA 3CFPA 3O3FA 4F4KA 3T1AA 4LSNA 2IC3A 5T7BA 3OYFA 4DMNA 2HHQA 4NCAA 1NK0A 2G8FA 4NYFA 3V1RA 3AO3A 3LWMA 1TK5A 1RTIA 4FJ7A 4O4GA 3C94A 4FJJA 1D9FA 2XO7A 1VRTA 3NF9A 3T3FA 4FLZA 4FLTA 3G10A 4C8OA 2KTQA 4FJIA 1C1CA 2KFZA 3DLGA 1X9WA 1CZ9A 2EX3A 2P5OA 1WSGA 4DQPA 5HRSA 4E0DA 1TKXA 2I5JA 1A5XA 5KI6A 4CEQA 3NGZA 3DM2A 3L2QA 1SL0A 1FK9A 3WNEA 3VQDA 4B9UA 3SUPA 1KVBA 1KVAA 2DFEA 3ITHA 4Z4CA 1C1AA 4CEBA 3L2RA 3DLBA 4AHSA 3OYIA 1S9GA 3B6OA 4DLGA 1IO2A 4CJVA 4RW9A 3KK3A 2VWKA 4JLHA 1NOZA 3OYNA 3HM9A 4IFYA 1BL3A 3AA3A 4B8AB 3M8PA 4CJFA 5C25A 3RTVA 1KCFA 3AVCA 5HRRA 3WNHA 3KLEA 2QKBA 1TK0A 1QSYA 1WSFA 4C8NA 3O4QA 3ZSWA 3LALA 3QERA 2B6AA 4FVMA 1NJWA 3SV4A 5CY4A 4F2SA 3OVNA 4CGDA 1HJRA 1VSMA 4EP4A 4CJQA 4JRPA 1L3UA 3AA2A 1JLAA 1L5UA 2Z1GA 4IG0A 5CYMA 1S9EA 1F21A 2PYLA 1IKVA 1G15A 1HMVA 4KTWA 3TAQA 4BACA 4EP5A 2YNGA 1NJXA 1N5YA 4I9LA 5DMRA 1B92A 1KTQA 4DTNA 1R0AA 1Q9YA 4B9LA 2HNYA 4CJ4A 3QETA 3JSMA 1X9MA 1BHLA 1N6QA 4WE1A 1Q8IA 1RDBA 3ISNC 1J5OA 4CK3A 3TAGA 4E19A 4FLUA 4CFAA 1WSEA 4KHNA 1RBTA 1NKBA 1BI4B 1J54A 1W9HA 4DSEA 2A1RA 1HYVA 1RTDA 2D0AA 2KQ2A 4CJEA 5SWMA 2BDPA 1NJZA 3SNNA 4FJ5A 4HUFA 1U48A 3ZCMA 4B9NA 4PA1A 2KZMA 3RMCA 1BQMA 1TVRA 1B9DA 3U3GA 4DTSA 5KRSA 2FBYA 1C1BA 1KLNA 1LAWA 3H08A 3HVRA 3SUOA 1NK5A 3M8QA 4DSIA 1LWEA 4OGCA 4M3RA 3OYMA 3NE6A 3TABA 1S6QA 4CGHA 1JLQA 2D0CA 4QAGA 5I3UA 2DFHA 3AVFA 1NJYA 2OYQA 1U04A 1GOAA 4FM0A 3LAKA 3ZSQA 4CIEA 3HP6A 1VSDA 1UWBA 4CJRA 3MXIA 1SV5A 3CFOA 5HRNA 2X78A 4DS5A 1ZBHA 4ID1A 3AVJA 2RPIA 1WLJA 3RR8A 2HMIA 4CEEA 4CJWA 3KLHA 4FJHA 3NAEA 2AJQA 4OKKA 1SUQA 3ZSXA 4DTMA 3KK2A 3SZ2A 4I9QA 1YT3A 4E89A 1RBUA 1IG9A 4Z4FA 1FKPA 3HO1A 2HW3A 1T7PA 1T03A 2Z1IA 4AHRA 1RDCA 1MU2A 1EKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FRNA 3ZSRA 3OYDA 4DR7K 2NZTA 2VWJA 4DTXA 4G1QA 3KHYA 4OPKA 4GVEA 3CI5A 4TSXA 1YJ9N 3DLEA 3LDQA 1NBWA 4FVUA 2PY5A 3K5NA 2ZJRL 5B8HA 3VQ5A 1YTUA 3V6DA 2IIRA 2OTLN 4OKEA 1U45A 3ZEUA 2E1YA 3A8YA 3FR0A 1T6CA 4Y1CA 1RT1A 3SUQA 3EZ5A 3L3VA 3CETA 5C15A 4I2PA 3MCPA 4M45A 5C2FA 4FOEA 4E7HA 1R59O 3ZSVA 1ZYQA 3QEWA 4IG3A 4FZZA 3SI6A 1E3MA 5EXWA 3PUFA 3AVGA 1VQMN 1UOCA 3OYBA 4CERA 3QNNA 1WN7A 1TK8A 3SMPA 2YNHA 4LY7A 5KPTA 3AVNA 2OPSA 5KRTA 4PY5A 2ZGYA 2KW4A 4KB0A 4FK0A 4IXCA 5GAEP 1HQEA 4K43A 3OYGA 2UXCK 2AP1A 4CZEA 3NGIA 4M7YA 2XY8A 4KI6A 1S1VA 4QOZB 3LPTA 4Z4HA 4BRPA 1RGIA 5BPNA 3HOTA 1HNXK 4JI0K 4X64K 4YNQA 1IKXA 4BRHA 1L3VA 4CGGA 4FWSA 4KI4A 2FBXA 4BC5A 4PWDA 4CI6A 4MLEA 4U67L 1KC8O 4OLAA 5JS2A 4RCHA 3S3OA 3I0RA 1HKGA 3SJJA 3KK7A 4CJ7A 4ELVA 4FZYA 2RN2A 3NH2A 3TSPA 1VSHA 4KHQA 4HTUA 1EX4A 4M63C 1QHTA 3HSTB 2A3ZA 1YHQN 1QS4A 4WYBA 3NH0A 5AFUH 2ITMA 4FLXA 1QSLA 1XQSC 3THWA 3L4QA 4A2AA 4UY8O 4EHUA 5BPMA 2VG6A 1VQ9N 4E1NA 1QQOA 5AQLA 4B9MA 4DF8A 3KTQA 4FJGA 4E1JA 3OJSA 3MEDA 1TUYA 3C65A 2X74A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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