3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule tags Transcription
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
3B6PA 3T1AA 1U47A 4CHNA 3VQ9A 2BANA 1JL2A 2FC0A 4OGCA 4CGHA 4ZHRA 3LP2A 3S3NA 4H4OA 3KD1E 3AVHA 4CK3A 3KLHA 1WLJA 1I3AA 3ZT2A 3H08A 1BGXT 5CZ1A 4AHTA 5KRSA 1A5XA 1BQMA 1LW0A 1WAJA 1VSIA 3V9XA 1J5OA 1UA1A 1YVUA 3TAMA 4AHCA 4M3WA 4OLBA 4Z4EA 3IS9A 2F8SA 1QSLA 1ZYQA 1BHLA 4BACA 4C8KA 4I7FA 4FLXA 4W5QA 4F3OA 3LP0A 2RF2A 1KVCA 4FJ9A 1EXQA 3QEPA 2G8HA 4ZTJA 3AVMA 4Z0UA 4MFBA 3M8SA 4GMJB 4F4KA 2KZMA 1DTQA 4F3TA 1VSKA 4CE9A 1CXUA 1D5AA 2YNHA 3AVGA 1TVRA 4B8AB 4B9MA 5FRMA 3NBPA 3OYLA 1KVAA 1RT7A 1S1WA 4ZTFA 2IAJA 4KB1A 4M3TA 1JLEA 3ZSRA 3LPUA 3OYAA 4DTNA 4M3ZA 1HYSA 2RN2A 3V1OA 2DTUA 1BI4A 2P51A 2I5JA 3QINA 3DM2A 4H8KA 4KTQA 2VG5A 1EKEA 2EX3A 3AVAA 1JLGA 4O44A 3U3YA 3HP9A 1BL3A 1QQCA 1RTIA 1VSLA 2HB5A 1S9EA 2HNDA 3AA3A 4AHUA 5T7BA 1NK6A 4DS4A 1C6VA 4N56A 3AO5A 3NF7A 1ASUA 3VQCA 4DTPA 3AO4A 3QETA 3K57A 4K8XA 1XHXA 1T03A 1S6PA 4CJEA 1KRPA 1HNVA 1WSEA 2XY8A 4LH5A 1S6QA 3V9WA 4CJWA 3I8DA 1U4BA 3SUPA 2XY7A 1TK8A 5FRNA 3ZCMA 4DTJA 4Q0BA 5J2PA 1KFDA 3P5JA 3ZT4A 1HMVA 3QIOA 4E1MA 4FM2A 4M3RA 2GUIA 3O4QA 2FBYA 5C24A 4CJPA 4HUFA 2OA8A 3V1QA 5HROA 4EZ9A 3LANA 1QHTA 2OPQA 3AVKA 4DFJA 4CHPA 4FLYA 2OZSA 1TAQA 1YT3A 5DMRA 3OYMA 4E7KA 3LDSA 3V81A 4B9SA 3VQ4A 5E41A 5CYMA 4CJ5A 3HJFA 1MU2A 2G8VA 3SUOA 3FFIA 2OZMA 4FK0A 4QOZB 1IKYA 4IFYA 1QSYA 4K8ZA 3CG7A 2B4JA 1VSDA 1JLAA 1FKOA 2B6AA 1KSPA 3UIQA 1HYVA 1CZ9A 1ASWA 3K58A 4AHSA 2HHVA 2OPRA 4C8NA 3LZIA 2OPSA 3ZT1A 4DLGA 1RBUA 4J2AA 2KFNA 4NCBA 1JL1A 1NK0A 4JS4A 1HRHA 1Y97A 1RCHA 3TAEA 3TAFA 3ZSQA 1F21A 3C94A 3PV8A 3KD5E 3OS1A 3ULDA 3NF9A 4KO0A 3RTVA 1SKRA 1RDDA 2HHTA 3ALYA 1CZBA 1IKWA 4AHVA 4N47A 3KLFA 4DTUA 3K5MA 4E7LA 3U6FA 3V9UA 4FK2A 3QERA 5CZ2A 4CF2A 3SPYA 1WN7A 1RT1A 3CYMA 1FKPA 3V1RA 3K5NA 4FM1A 3SQ4A 3ISNC 1J53A 1NK7A 2Y1IA 2HVIA 4KHUA 3OYHA 4DTOA 4KHSA 2ATQA 2F8TA 4DSLA 1BI4B 2ETJA 1VSFA 3RR7A 5JS1A 3QEXA 1S1TA 3OVNA 4YFUA 4AH9A 4KI6A 2P1JA 4CF9A 2HHWA 4CGJA 1JXEA 4OKKA 2DY4A 1ZBLA 1NK8A 1NJWA 4Z4CA 3VQEA 4W5OA 1UWBA 1ASVA 5KTQA 4B9VA 4N76A 1C0UA 1RT6A 5SWMA 1YTUA 3VQDA 3ZSYA 4CEAA 4CGIA 3QO9A 3SQ1A 1CLQA 2HMIA 4I9QA 3LP1A 3OYJA 3KKRA 3NGZA 1QTMA 3E01A 1RDBA 3QESA 5I3UA 1KLNA 1QS4A 4DTSA 1N6QA 3RMAA 5KI6A 4DWIA 3LWLA 4F2SA 3ZT3A 4FZXC 4BWMA 4CJ3A 1SKWA 1Z26A 3AO3A 3CM6A 1IKXA 3LAKA 4XIUA 1KFSA 2G8IA 1XC9A 1SL1A 4FW1A 4CFAA 3OY9A 1NK5A 1TKTA 3OYBA 2Z1HA 3NCIA 3TAPA 2HW3A 2YHAA 5CY4A 2ZE2A 4IDKA 4OKJA 4CEQA 4DF8A 1GOCA 4FLTA 3HPOA 1GOAA 3JYTA 1EETA 4N41A 3SNNA 2YHBA 2G8KA 1X1PA 3PY8A 3OYNA 3QEIA 3KK1A 1QE1A 4DLEA 1J54A 4JRPA 4KAZA 4OKEA 2ZD1A 3VQ7A 3LAMA 1ZBFA 4DFMA 4B9TA 4DSJA 4FJGA 3PX0A 5C25A 2QKBA 2FBTA 4E7IA 1ZBUA 5FROA 1VSMA 4DQQA 4DG1A 2YNIA 2B5JA 1UOCA 3AA4A 3TWHA 1U45A 1NKCA 3PUFA 3CFOA 3DLHA 1HNIA 3O4NA 1KLMA 3HVRA 4CEBA 4HCCA 3T3FA 4CFCA 4JLHA 3RMDA 4B9LA 1QSSA 2G8UA 3NGIA 1TL1A 2X6SA 4J2DA 1L3SA 2VG6A 1TAUA 2YV0X 4RW8A 3D0PA 1WAFA 4HHTA 2VWKA 3DI6A 4ICLA 4KKOA 1L3VA 4Y1DA 2HHUA 2P5OA 3A2FA 3CM5A 2FBVA 3IG1A 3HL8A 4CESA 3KK2A 3V9ZA 3RMBA 4FJIA 2NUBA 2HHQA 1U49A 4Z4IA 4ELTA 4Z4GA 3PO4A 3MECA 4CJQA 3DRRA 4RG8A 4B9UA 4E0DA 2D0AA 2A1RA 4KHWA 1LAWA 3KK3A 3AVBA 4DQSA 1WSFA 1RILA 3KTQA 3HO1A 4FM0A 4BDYA 3PX6A 3RMCA 4M3XA 1LV5A 4DSFA 3I0SA 4I2QA 2GBZA 2O4IA 1XWLA 4FLVA 3HK2A 1G15A 3AO2A 1SUQA 3ITHA 4KTWA 4HVJA 4OPJA 1HJRA 4RW7A 4W5RA 1T8EA 4B08A 1S5JA 1TKZA 1NKEA 4C8OA 1LWCA 1VRUA 1J9AA 4M3UA 3DLEA 1YTAA 3EY1A 1LWFA 4CERA 3AV9A 3ZSOA 3AVFA 3QNNA 3V4IA 3NH1A 1BCMA 4O0IA 1W0HA 1U04A 4KFBA 2PYLA 4CECA 1NOZA 4ELVA 4CF0A 3F73A 3ZSVA 3L2VA 3S3OA 4BE1A 4NYFA 1TK5A 4M41A 1DTTA 2XY6A 1IKVA 5HRPA 4Z4FA 1JLCA 3OS2A 3ZT0A 5J1EA 1BIZA 4EP5A 3MAQA 4FJXA 4NYNA 3VQBA 4CHYA 4M45A 4ELUA 1SL2A 3DLGA 4FJMA 3L2UA 2O4GA 4FZZA 3SZ2A 4IKFA 1W9HA 4JRQA 4KTZA 3DOLA 3ZSZA 4FJHA 3VQQA 3QIPA 3HT3A 2HVHA 3MEDA 2BDPA 4CEFA 4CFDA 5K14A 4DTRA 3TANA 4DSKA 4W5TA 2DFHA 2DFEA 2P5GA 4FJNA 1WSIA 3DLBA 2ZQBA 3K59A 3PO5A 4DTXA 3DRSA 3OS0A 3B6OA 5J2MA 2E6MA 1ZBIA 4FCYA 1NK4A 3MEEA 2X74A 3HVTA 2PY5A 2RKIA 3SYZA 4KV8A 4DFKA 4CJFA 3SPZA 1XI1A 2G8WA 4DQPA 1LAVA 3K2PA 4NCGA 1TGOA 3SQ2A 1WSHA 3PX4A 3AVIA 3VQ6A 1NK9A 4IG3A 4FJ5A 4E7JA 3O3HA 2W42A 1S9GA 1IO2A 4CEDA 4CF1A 4BDZA 3OYEA 3C6UA 3F9KA 1WSGA 4OGEA 1RTDA 4FXDA 4CCHA 1HQEA 2ITGA 2RPIA 3AA5X 3WNFA 3OJUA 3NHGA 3HSTB 5I42A 1R0AA 1BIUA 2XHBA 1D9DA 1RBRA 1WNSA 4FZYA 4PWDA 4L8RB 5JS2A 2D5RA 3NDKA 3WNHA 1NJZA 1SKSA 1T7PA 1NJYA 4IBNA 3SJJA 1NJXA 2D0CA 1ITGA 3TAGA 3LZJA 2OYQA 1C0MA 1HPZA 3AVLA 4AHRA 2XO7A 3SQ0A 4MQ3A 1VSHA 3KJVA 1JLFA 2VWJA 3AVJA 2WOMA 2IC3A 4YNQA 3L2RA 4B3OA 3VQPA 4FYDA 2E4LA 4DS5A 3L3UA 1D8YA 3TABA 4KB0A 1TV6A 2X78A 4CEEA 3V9SA 3EZ5A 3P1GA 3KLIA 3TARA 1GOBA 3QLHA 3AVCA 4CEOA 4PY5A 3HYFA 5CYQA 2EHGA 4FVMA 4FLUA 2KZZA 3D45A 4WE1A 1L3TA 4CGDA 5KRTA 2XY5A 4F2RA 2G8FA 3MEGA 2YNGA 3M8PA 4I2PA 1JKHA 3HXMA 3OYGA 4FW2A 4DFPA 3MXMA 4KRFA 1FK9A 5HLFA 1O1WA 3NFAA 4PA1A 3EYZA 1C1CA 1RTJA 1C0TA 1X9WA 2IDOA 1REVA 3LWMA 3CFPA 4CJ4A 3OYKA 4E19A 1TKDA 2OPPA 4HUGA 3U3GA 3JSMA 1C1AA 1RDCA 1NOYA 3L3VA 3RRHA 2HNZA 3NGYA 4NCAA 4FJ8A 4CGGA 2Y1JA 2AJQA 2LSNA 3OYFA 2QXFA 1TK0A 4KI4A 1HYZA 2QK9A 1B9DA 1RDAA 3L2QA 3C95A 4JS5A 1KCFA 1Q9YA 3VQ5A 3WNEA 1LWEA 3HP6A 5DK5A 4R5PA 1ZBHA 2F96A 3LP3A 3VQAA 3CQ8A 3QEWA 1IG9A 4LD0A 1RTHA 3VN5A 4KREA 3C6TA 4LH4A 2KTQA 4CEZA 1S1VA 3AA2A 3NH2A 3AVNA 5C42A 1X9SA 3V6DA 2HHXA 1WSJA 3K5OA 4DU4A 1UAXA 4RW9A 2Z1JA 3QEVA 4ID1A 4IFVA 4I9LA 1KTQA 5KGWA 4AILC 3IAYA 2PYJA 3OYIA 2BGGA 1HQUA 3KLEA 3RRGA 4EP4A 3AO1A 4Q5VA 4PUOA 4CK2A 4O4GA 3LPTA 4CJRA 3DLRA 1SV5A 1RBTA 3G0ZA 3VQ8A 5J2NA 4DTMA 1S1UA 2YKNA 2YKMA 1FXXA 5D3GA 2X6NA 4H4MA 2Z1IA 4OLAA 4RW4A 4DU3A 5HRRA 4E3SA 4DU1A 1C1BA 2A1SA 4CJLA 4FLZA 5EU7A 3IRXA 1BISA 3SI6A 3MXJA 4BDPA 4PQUA 1EP4A 4OVLA 3VA0A 1VSJA 2R7YA 3OYCA 3VA3A 2JLEA 4QAGA 4G1QA 3ZSXA 4BE0A 3HPHA 4CJTA 4HTUA 3WNGA 4OPKA 3O3GA 4FK4A 4QCLA 1TKXA 2D0BA 3NF8A 3BGRA 3SUNA 5KGXA 1A5VA 1JLBA 4HUEA 2IGIA 3S9HA 1JLQA 1RT2A 4LSLA 3DOKA 3NAEA 3SV4A 2XRIA 5HP1A 1EX4A 4E89A 4CHQA 4BE2A 1X9MA 4C8LA 3L8BA 4FJKA 4FJ7A 4O5BA 4CIEA 4KHQA 3DYAA 3KIOA 1LW2A 4M3YA 4CIFA 4CJKA 3MXIA 4FJLA 2KFZA 3KLGA 5HRNA 3SCXA 1RT5A 1I39A 1RT3A 5HBMA 3NH0A 3QNOA 3M8QA 3SUQA 3TAQA 2QKKA 2YNFA 4O55A 4OJRA 4DQRA 2DFFA 1KVBA 3O3FA 2HNYA 2WONA 4HCBA 1A5WA 1S1XA 4KPYA 4FJJA 1D9FA 1B92A 2BE2A 1BQNA 1RNHA 4F8RA 3LALA 2JGUA 3SV3A 3S3MA 1IH7A 2KQ2A 4Y1CA 3L2WA 4CF8A 4DSIA 1TL3A 3CFRA 4DQIA 4GW6A 2FBXA 3ASMA 3TI0A 1BCOA 4O0JA 3K5LA 4E7HA 1SL0A 4KHNA 2VG7A 4CHOA 5SZTA 4EZ6A 4B8CA 1RBSA 3I0RA 4N5SA 2IOCA 3P83D 1VRTA 3KKSA 4J2EA 4UQGA 2Z1GA 4GVMA 4DF4A 4CJVA 3THVA 1RT4A 2KW4A 4TSXA 1L5UA 1RBVA 4DMNA 3RR8A 3DRPA 4CGFA 3T19A 1K6YA 2HHSA 2E6LA 4CFBA 4LSNA 4M42A 4CJSA 3ZSWA 5FDLA 3DMJA 4CK1A 4Z4HA 1N5YA 4B9NA 4J2BA 1XHZA 1B9FA 4ID5A 4CJUA 4IG0A 3DLKA 1CXQA 2Q3SA 4CHZA 4KHYA 5J2QA 2GV9A 3G10A 3M8RA 3OJSA 3HPGA 1T05A 5HRSA 4DSEA 1UA0A 3OYDA 1JXBA 1L3UA 1NKBA 4CIGA 4RW6A 4BWJA 1Z25A 1VK0A 2PZSA 3TR8A 3BDPA 1Q8IA 1U48A 4C8MA 1Q9XA 4LY7A 3NE6A 3RWUA 2IS3A 4W5NA 1DLOA 3HM9A 4E1NA 4FLWA 1VSEA 3NF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T1AA 3NMUA 2HF3A 3BF3A 4CGHA 4ZHRA 2HMPA 2I7NA 3LP2A 4BGBA 3J81O 4IOAL 3KLHA 1WLJA 4AHTA 3ZT2A 3M8RA 4FPAA 1VSIA 1J5OA 1UA1A 2OTLN 3A5LC 3IS9A 2F8SA 1ATSA 5LJVA 4C8KA 4I7FA 4FLXA 5M1QA 1EXQA 2NRXA 3AVMA 4MFBA 4GMJB 1DTQA 1D5AA 1YF5L 4ZTFA 1RT7A 4M3TA 1X3MA 2ZJPL 2NNWA 2P51A 4G9ZA 5GAHP 5IWAK 3QINA 3IMXA 5B8HA 1BL3A 2HB5A 4RTFD 1VSLA 1S9EA 2HNDA 3AO5A 4DTPA 5AQJA 4YDUA 3THXA 1HNVA 4YOXA 1WSEA 3D6RA 3H1VX 4CJWA 1TK8A 4DTJA 3ZT4A 3UKRA 2O8DB 4H0XB 3TTFA 5AQWA 1XNQK 1YJNN 2OA8A 4EZ9A 1Q18A 3T69A 1QHTA 4OX9K 2OPQA 3AVKA 5LL6Z 4YORA 1TAQA 1YT3A 3VQ4A 1OH5A 2QWRA 4H5RA 4BR4A 5E41A 3U8XA 3HJFA 2OZMA 1QQMA 3TSPA 5HL7L 1QSYA 2B4JA 1KSPA 1HYVA 4JD2A 3IUCA 3QBXA 3ZT1A 4J2AA 2KFNA 4KBOA 4JS4A 1HRHA 1Y97A 1Q81O 5JVGL 3C94A 3PV8A 4B1VA 3KD5E 2QWOA 2VYPA 3RTVA 3LDLA 1CZBA 3QDKA 3A5MC 1OKJA 3W3DA 4DTUA 2NRVA 3V9UA 2QEXN 4FOIA 5CZ2A 1VQON 3G6EN 4FM1A 1J53A 5C2DA 4PL7A 4DTOA 4KHSA 1QQNA 1VSFA 3VF4A 2F7TA 3OVNA 4U7BA 4YFUA 4KI6A 3SAHA 1JXEA 1ZBLA 3J7ZO 1NK8A 4H5WA 1ASVA 1X9JA 4CEAA 3GDQA 3LP1A 2E2PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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