1YJNN

Crystal structure of clindamycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yjnN00
1VQLN 1S72N 3CXCM 3CMAN 4UY8O 3CD6N 3CCRN 1VQ4N 5JVGL 3OW2M 1VQ8N 1M90O 1VQPN 1NJIO 1VQMN 3CCEN 3CC7N 3CPWM 3PIPL 1Q81O 1K73O 1VQ9N 4WFNL 1KQSM 1VQ5N 5GAEP 3CCMN 1JJ2M 1VQON 2ZJQL 1QVFM 3G6EN 1W2BM 2QA4N 1YITN 5HL7L 1N8RO 3CCJN 5DM6L 1YIJN 1KD1O 4IOAL 4WFBL 5GADP 1KC8O 5GAHP 4WCEL 1VQ6N 4IO9L 3CMEN 5JVHL 1YI2N 2OTJN 3J7ZO 1VQ7N 5H1SQ 4IOCL 4WF9L 5DM7L 3I55N 1YJWN 1YJNN 1OVYA 3DLLL 2QEXN 1YJ9N 2ZJRL 3CCVN 3CCLN 3G71N 3I56N 3PIOL 1ILYA 3CCUN 3CF5L 3CC4N 1YHQN 1Q86O 4WFAL 3CCSN 3G4SN 2ZJPL 4U67L 1K9MO 1M1KO 1QVGM 3CCQN 1Q7YO 5MLCQ 1K8AO 2OTLN 1VQNN 3CC2N 1Q82O 1VQKN 5GAGP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NYFA 4CGGA 4B9VA 2OZMA 4N41A 2IOCA 5AQTA 2PFUA 4Z0UA 3NMUA 4LF6K 3WXMB 2IC3A 3ZT3A 3A2FA 3QETA 1P8ZA 3VEZA 2B4JA 2CGKA 3ZX0A 4B9SA 1S1WA 3CM5A 1Q81O 4FLZA 3EZWA 4WYBA 3N4QA 2G8WA 1RNHA 1UWBA 3NF7A 3ZT4A 4OLBA 4EAHD 2HHTA 3KWIA 3D2FB 3SV3A 3VA0A 1Z05A 1LWFA 1MU2A 1RFQA 1CXQA 2FBTA 4L8RB 4GV6A 3I8BA 3CPEA 3DXKB 1HMVA 4OO1J 1NK0A 4K0KK 1QZ6A 4IDHA 2JGUA 1LAVA 4C8LA 3ZETA 1T6DA 3AO5A 3T19A 1RT1A 4FLVA 1VQ7N 1NOZA 3HOTA 2IS3A 2DFEA 1OH7A 4FOIA 4DSFA 3OVNA 4CIEA 4DUZK 1NJXA 2D1KA 3MXMA 3AA5X 2IAJA 3GE1A 3L2WA 5T7BA 4FWSA 4CEAA 2RE2A 3V6DA 4FXDA 4FWNA 3G71N 4DKWA 1J9AA 1ILYA 2Z1JA 1C1AA 3ENHA 4LSLA 1WAJA 5KTQA 4JKGA 3B6OA 3CCSN 2V7YA 3V81A 1WBDA 1KRPA 3K57A 1CXUA 3P38A 4E0DA 2FSJA 4A61A 4CGFA 4JD2B 3F9KA 2Q31A 5I42A 3GG4A 3QIPA 3JXUA 1GLCG 1NGIA 4CZHA 3HPOA 5KQDA 4IJNA 5F0XA 3LP1A 4N5SA 3AVNA 4CJ3A 1U48A 3SPZA 2OPSA 2VWJA 3QESA 1NK9A 3VQ5A 4DR4K 1SL2A 4B9QA 1ZYQA 3RVCA 4FM1A 4J2AA 3FGUA 3M6GA 3OYAA 3P4IA 2HF3A 2V52B 3C6UA 3BGRA 3ULDA 2KLAA 5F2RA 1TK5A 5AZJB 3O9UA 1XC3A 4H0TB 3QDKA 1X1PA 2QWQA 5AQUA 4O5FA 4BE1A 3TAQA 3K5MA 2QWRA 3FZHA 2D0PA 3TSPA 2GEMA 1HYZA 1YITN 3AO2A 2YI1A 1BI4A 4JLHA 3MN9A 2X6NA 1REVA 3O3HA 4E1NA 4IOAL 2KFNA 1J5OA 4WCEL 2ZQBA 1C0UA 4CJWA 4M3XA 3LAKA 1EX4A 3J7ZO 2NRZA 1NK5A 4CEDA 1RDCA 3VTHA 3ZSOA 3I33A 2D0OA 2PAVA 4F9OA 2XY6A 4J2BA 1IG9A 4CK3A 3SPYA 3L2VA 1T3VA 4BRNA 1SKRA 2JLEA 3TSUA 1UAXA 4BRCA 4JI3K 3DLKA 4WFAL 1C0TA 1WOQA 3MX5A 4A57A 3ASMA 2IIRA 1XHZA 4CF8A 3LAMA 1NGEA 4K8XA 1NGGA 4BDYA 4DQSA 2YX6A 3CIPA 3MCAB 3C6AA 4DTOA 3QB0A 3RWUA 2Q0RA 4YY3K 4FM2A 4FJHA 3SQ2A 1JLAA 1CLQA 4CEBA 4AHUA 1JLQA 3QBXA 1KAXA 3J80O 1ZBUA 3C7NB 5DK5A 2HBMA 4TSXA 3GDQA 2Q3SA 1I3AA 3SUOA 3KLEA 5AQRA 4I6MB 1CZ9A 3SZ2A 4JK7A 2O8FA 2DTUA 3THXB 3KWGA 4CZLA 1WSIA 3F9MA 1WBBA 4CCHA 4DQIA 1NJIO 1K8KA 3HTVA 1NLVA 3ULEA 3PIPL 4X64K 3O3GA 4BC5A 3I8DA 3D2EA 4CFCA 4OPJA 1Q18A 1IBKK 1SL0A 1TL1A 1EWQA 5B8HA 4DV1K 2DFHA 3O4NA 5GAEP 3VGLA 4QS9A 5BRDA 4ICLA 1H1VA 1XHXA 3O8MA 4PA1A 2YNHA 3V1QA 4BRLA 4FPAA 3DLRA 4JKDA 2G8HA 3A5OC 4Z4HA 4KTQA 4WFBL 1C0GA 5FRMA 3ZEUA 4MO5A 3AY9A 2HHUA 4GKKK 1TYQB 4M41A 2ITMA 4OPAA 5CZ1A 1G99A 4EZ9A 2PZSA 1FKPA 5AQMA 5AQGA 3V1RA 4C1NK 4DUYK 3FZMA 4GY2B 5BRFA 2QEXN 1RDDA 2NLXA 2A41A 3SV4A 4CEQA 4M7XA 1WSEA 4CJFA 1NGHA 4WQ5C 3SQ4A 5JLHA 5HP1A 4GVMA 3LPTA 1WN7A 2FSKA 5JLFA 3OA9A 4HUFA 3HI0A 3QLHA 3T1HK 4PUOA 1NMNA 4F3TA 3RRGA 2IDOA 5IWAK 3O3FA 3M3ZA 4YOVA 1GLFO 1VHXA 3OBWA 3SLCA 4AHVA 3B8AX 4E7JA 1EP4A 2G8KA 4BR7A 3SJHA 4FK4A 3CJAA 3MDQA 3QEPA 1BO5O 4M7YA 2XRIA 1LWEA 3AV9A 1DEJA 4B9NA 4B3SK 4B9MA 2X78A 1EETA 2YHAA 1ASVA 1KAYA 4CJ7A 4AM7A 4H03B 3KTQA 4LY7A 5CE3A 5AQLA 4JNEA 5M1PA 4CFBA 3UIQA 3VQEA 5JS1A 4CIFA 4PL7A 3CPWM 1RTDA 1A5WA 3DLGA 1VQ9N 3BEXA 5HRSA 1VSKA 5C0YA 3VQPA 2DY4A 4RTFD 3R6MA 1MA9B 2FXUA 4B1XB 2P9PA 4LC9B 2ETJA 3LM2A 1N6QA 4FJMA 4KI4A 1BISA 2NRVA 1XNRK 4YORA 1QSLA 2E2QA 4PQUA 4DSEA 1KD1O 3KLIA 1RT7A 2NNWA 3AARA 3E66A 4PY5A 4KAZA 4BQZA 3PSFA 1YI2N 4ISEA 4ZTJA 3J8AA 2HNDA 3RSEB 5D3GA 4GW6A 3AA4A 4K43A 4O44A 4FWQA 3IRXA 1SZ2A 5FPEA 1JLFA 1NGCA 4KHSA 3BZKA 4YOUA 2NRTA 1P90A 3MN5A 3GBTA 4BVOA 3WT0A 3LP3A 2A1RA 3CJ9A 4Y1DA 4CI6A 1HKGA 4CF2A 1TAUA 5HOOA 5C24A 4BWJA 2UYTA 2FC0A 4JN4A 1EO1A 5E84A 3MEDA 1LOTB 3LDPA 3VESA 2P9LB 1IKWA 1RTJA 1HUXA 3WEEA 1W0HA 3HSTB 5AFUH 1QTMA 2OZSA 4JKEA 4JS5A 3MMVA 4E89A 4DTUA 4KV8A 5BPMA 4Y0WA 5KRTA 1D8YA 3KK7A 5BREA 4JI8K 2O8FB 1C1CA 3W3DA 5BR9A 4E1MA 3CD6N 2O8DA 3V9WA 1JCGA 4OKJA 4DG1A 3DRSA 4LF8K 3QINA 3WUHA 4DCHA 3P31A 3OW2M 1IKXA 3TAEA 1VQ8N 3ISNC 4EP4A 4Z94A 2P9KA 3SJJA 4CZEA 3CQYA 3WQTA 2A1SA 1L3TA 4W5QA 1XI1A 2KFZA 1FK9A 3ZSQA 1QZ5A 1EWRA 3UKRA 4FSVA 1S22A 4IDKA 1JCEA 1KVAA 2V7ZA 4FVMA 4XH4A 2RHKA 1YTUA 4O0IA 2FBYA 2KHOA 4FW2A 2E5LK 4QS8A 2VG5A 3OTOK 2O4IA 4NCGA 4AHCA 5HL7L 3LM9A 4BRKA 4QCLA 3TWHA 4BVPA 3A0IX 3I0RA 1XC9A 2J4RA 4Y1CA 3CJ7A 5TKWA 1DGKN 5CZ2A 4BG9A 2ASMA 1FKOA 5JVHL 2W42A 3NGYA 3EL2A 2ASOA 1RBSA 4C8KA 4GVEA 3OHRA 1VSDA 1C6VA 4LD0A 2RKIA 3W0LA 1S9GA 2QWPA 3DOLA 5M1OA 3DLLL 4HWIA 1BQNA 4WQ5A 3T69A 2WOMA 4K41A 3VQ4A 3VENA 3VF4A 3I56N 2OYQA 1UOCA 5LJVA 4FO0A 4DF4A 2UUAK 4CHYA 2E20A 1JLCA 2E2NA 5AJ3K 3CJCA 3HM9A 3MCPA 1HLUA 3DJCA 1HRHA 4CGHA 1VK0A 1QVGM 1TKXA 1BCOA 3C0BA 3VETA 3BP8A 4ZTFA 2Q1NA 4EP5A 1W9HA 1NMDA 1K8AO 1GLJO 5CYMA 1TKDA 1WSFA 3C94A 3HM8A 3FR0A 1RGIA 1ESVA 5AQIA 3HK2A 2O8CB 4NLCA 5CY4A 3V9XA 4DTNA 4IO8A 4DQPA 1NGBA 3G10A 1TVRA 4A5BA 4OKEA 1MWMA 3KLHA 1M90O 1DTQA 3UE5A 4FZXC 4HVJA 3A5NC 1C1BA 1WSJA 4JKHA 5HLFA 4JRQA 3CFPA 3DI6A 1U04A 4FCYA 1N34K 1SAZA 4KHUA 4FJNA 4FJJA 2OPPA 3L6QA 5HROA 1N36K 3QBWA 1S3XA 3O6WA 2YHWA 4KB0A 2O8BB 3OYJA 3TARA 3HO1A 3U6FA 5HBMA 1J53A 3KKSA 3CCMN 3ZT0A 2GWKA 2D0AA 2ZJQL 1OVQA 3AVKA 1F21A 4KBOA 3F5TA 5AQQA 1XMQK 3MN7A 5JMVA 4FOEA 5DM6L 4CJEA 1T03A 4JEPA 4LF4K 2E1ZA 4DV0K 2KZZA 3PX6A 2VG7A 3FZFA 4C8NA 2VWKA 2NRRA 3NF6A 4MO4A 4YNQA 4W5RA 1HNZK 3SNNA 2P9SB 4CHZA 4CJVA 4K25A 4FJIA 4G9ZA 4BRIA 4KO0A 1NJWA 3CCLN 2I7PA 2IVOA 4PKGA 3LZIA 2Y1IA 3BDPA 3J7AP 3FE1A 2P9UB 3CCUN 3WNGA 3CF5L 3RMCA 4A59A 3CC4N 3NH2A 3L0QA 4A2BA 5C42A 3KHYA 1D9FA 4U67L 3EY1A 4H0YB 1S1XA 2O4GA 3ZT1A 3WEEB 4JAXA 2HHWA 4CJQA 4NLBA 1M1KO 3RMBA 4KFBA 1SQKA 4XH5A 4DU3A 5BN8A 4CBXA 3VQDA 1OKJA 3OYDA 4DTMA 1WSGA 4HHTA 3N4PA 4BRQA 5GAGP 1NU0A 2AA4A 3IS9A 3LL3A 3CXCM 5M1NA 4FLUA 3RRHA 4XEIA 3G0ZA 3NF8A 4FYDA 5FRNA 3VGMA 4CZFA 1NG9A 5F1XA 3KD1E 3VQCA 3EKSA 5I3UA 3NBPA 5KI6A 2UUBK 2FBVA 2QWMA 5BPNA 3DWLA 4DS4A 3IDHA 1NBWA 3AVIA 1TKTA 4DV2K 5DMRA 1Z6RA 3KKRA 3VEXA 2UXBK 4BG8A 1RDAA 2YHYA 2XY5A 1BQMA 3IG1A 1JJ2M 2QKKA 4J2EA 4CVNE 1VQON 4BRAA 5LL6Z 1QVFM 5EXWA 4QOZB 4CGJA 3C95A 4IZ9A 5GINA 3D7EO 3HP6A 4H8KA 3K5NA 3CCJN 2BUPA 3DXMB 4A5AA 3AVHA 3LP2A 3CI5A 3ATUA 3THVA 3BZCA 4IKFA 4WE1A 2O8EB 4MLHA 3THYA 1U2VB 2F96A 1L5UA 5FLXO 2XY7A 4DTPA 4DR2K 5C15A 3CQ8A 2P5OA 4H0XB 5AZIB 5AQZA 1G15A 4NXMK 2PBDA 2YNFA 1LW2A 3AVMA 1RT4A 3E9PA 1V4TA 2P9NB 4OX9K 5BN9A 3HP9A 3B6PA 4BR9A 2VWBA 4CJ4A 2PY5A 3P1GA 5M1KA 2YCHA 4O4GA 5AQJA 1MDUB 3PY8A 1HPZA 3ZSZA 3O9SA 3RR7A 1XWLA 3CYMA 4DR3K 3JS6A 4CE9A 2VQEK 4CERA 1LAWA 1KXPA 2NRXA 2Q0UA 2QK9A 4NO7A 2ATQA 3ZSWA 3H1VX 3VQ7A 2OA8A 1TUYA 1WB9A 3NE6A 3VEOA 3AO1A 1BOTO 4BRHA 1LV5A 3K58A 4ELUA 3D45A 2F4VK 2GUPA 1K73O 1B9FA 4X65K 4H5NA 1KQSM 3EYZA 3O9RA 1U4BA 4ISGA 1RBRA 5KPZA 1VQ5N 4CHQA 1NGJA 4AHTA 1RT6A 3QFUA 4FJ9A 4JS4A 3BUZB 1B9DA 4BR2A 2YKNA 4OPHA 4CF1A 3S3OA 3IMXA 3HRGA 3JYTA 1TGOA 2W6LA 1HJRA 2KW4A 1KVBA 1HQUA 3M8PA 2G8UA 5GADP 3AGRA 3J7YP 1NK7A 2GV9A 3OYHA 3ZSVA 5LMUK 1KTQA 2HB5A 4I2PA 3PUFA 3UB5A 1QS4A 4BQLA 3V9UA 4AM6A 4B3MK 1XNQK 3VQ9A 3RMAA 1OH6A 3GOIA 3A5LC 1YJNN 4CW7B 1FXXA 1YTAA 4KTZA 3NAEA 3SCXA 4GV3A 4DSKA 3HXMA 3PO5A 1U47A 1T44A 4LH4A 3ZETB 2D5RA 1DT9A 1GOBA 4CJPA 2ZGYA 1BUPA 2ZF5O 4CFDA 4FJ5A 1Q9XA 3V9SA 3ZT2A 1NGAA 3ENBA 3D0PA 4CJRA 4H5VA 3QIOA 3K5LA 1LWCA 4CD1A 4FLYA 3FZLA 3M8RA 4JHDA 3QNNA 3L2QA 4KHPK 4DTXA 3HBTA 4QAGA 3HJFA 1NKCA 5ELZA 4DV6K 4JKGB 4JI2K 3R1XA 3G25A 4DV4K 2NRWA 4IFYA 3WXJA 2EWSA 3AVBA 1ZC6A 1VSMA 3L8BA 2VCPA 3VERA 3OYBA 3P39A 4Z4CA 1TK8A 1T8EA 4FK2A 4W5NA 1BA0A 3E9LA 5AQHA 4IFVA 4LFBK 4DLEA 3S3MA 4KHQA 1QSSA 1HNVA 4BROA 3QO9A 3K9KA 4AH9A 4G1QA 1GOCA 1VSHA 3OJSA 2P9IA 1N5YA 4WFNL 4U7BA 2YHBA 4BRDA 4EZ6A 3O1BA 4CECA 2E88A 4HUGA 5AQOA 2E8AA 4N56A 1S6QA 3KZBA 2PYJA 5KGWA 4YHHK 2A42A 2Z1IA 3VOVA 3O4QA 2AJQA 3U3YA 1S9EA 5AQXA 3AVCA 1KC8O 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQL N;  1S72 N;  3CXC M;  3CMA N;  4UY8 O;  3CD6 N;  3CCR N;  1VQ4 N;  5JVG L;  3OW2 M;  1VQ8 N;  1M90 O;  1VQP N;  1NJI O;  1VQM N;  3CCE N;  3CC7 N;  3CPW M;  3PIP L;  1Q81 O;  1K73 O;  1VQ9 N;  4WFN L;  1KQS M;  1VQ5 N;  5GAE P;  3CCM N;  1JJ2 M;  1VQO N;  2ZJQ L;  1QVF M;  3G6E N;  1W2B M;  2QA4 N;  1YIT N;  5HL7 L;  1N8R O;  3CCJ N;  5DM6 L;  1YIJ N;  1KD1 O;  4IOA L;  4WFB L;  5GAD P;  1KC8 O;  5GAH P;  4WCE L;  1VQ6 N;  4IO9 L;  3CME N;  5JVH L;  1YI2 N;  2OTJ N;  3J7Z O;  1VQ7 N;  5H1S Q;  4IOC L;  4WF9 L;  5DM7 L;  3I55 N;  1YJW N;  1YJN N;  1OVY A;  3DLL L;  2QEX N;  1YJ9 N;  2ZJR L;  3CCV N;  3CCL N;  3G71 N;  3I56 N;  3PIO L;  1ILY A;  3CCU N;  3CF5 L;  3CC4 N;  1YHQ N;  1Q86 O;  4WFA L;  3CCS N;  3G4S N;  2ZJP L;  4U67 L;  1K9M O;  1M1K O;  1QVG M;  3CCQ N;  1Q7Y O;  5MLC Q;  1K8A O;  2OTL N;  1VQN N;  3CC2 N;  1Q82 O;  1VQK N;  5GAG P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NYF A;  4CGG A;  4B9V A;  2OZM A;  4N41 A;  2IOC A;  5AQT A;  2PFU A;  4Z0U A;  3NMU A;  4LF6 K;  3WXM B;  2IC3 A;  3ZT3 A;  3A2F A;  3QET A;  1P8Z A;  3VEZ A;  2B4J A;  2CGK A;  3ZX0 A;  4B9S A;  1S1W A;  3CM5 A;  1Q81 O;  4FLZ A;  3EZW A;  4WYB A;  3N4Q A;  2G8W A;  1RNH A;  1UWB A;  3NF7 A;  3ZT4 A;  4OLB A;  4EAH D;  2HHT A;  3KWI A;  3D2F B;  3SV3 A;  3VA0 A;  1Z05 A;  1LWF A;  1MU2 A;  1RFQ A;  1CXQ A;  2FBT A;  4L8R B;  4GV6 A;  3I8B A;  3CPE A;  3DXK B;  1HMV A;  4OO1 J;  1NK0 A;  4K0K K;  1QZ6 A;  4IDH A;  2JGU A;  1LAV A;  4C8L A;  3ZET A;  1T6D A;  3AO5 A;  3T19 A;  1RT1 A;  4FLV A;  1VQ7 N;  1NOZ A;  3HOT A;  2IS3 A;  2DFE A;  1OH7 A;  4FOI A;  4DSF A;  3OVN A;  4CIE A;  4DUZ K;  1NJX A;  2D1K A;  3MXM A;  3AA5 X;  2IAJ A;  3GE1 A;  3L2W A;  5T7B A;  4FWS A;  4CEA A;  2RE2 A;  3V6D A;  4FXD A;  4FWN A;  3G71 N;  4DKW A;  1J9A A;  1ILY A;  2Z1J A;  1C1A A;  3ENH A;  4LSL A;  1WAJ A;  5KTQ A;  4JKG A;  3B6O A;  3CCS N;  2V7Y A;  3V81 A;  1WBD A;  1KRP A;  3K57 A;  1CXU A;  3P38 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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