1YJNN

Crystal structure of clindamycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yjnN00
3G71N 3PIPL 2ZJPL 4WCEL 4WF9L 1M90O 3CCVN 3CMAN 3CPWM 3CCEN 5MLCQ 1ILYA 3CC7N 5GAGP 1VQLN 1M1KO 1VQPN 1S72N 3CCJN 2OTLN 4IOAL 5DM7L 3OW2M 1Q82O 3CC4N 1VQ9N 1VQ5N 1VQ4N 4IOCL 1YJ9N 1KD1O 1QVGM 2QA4N 5HL7L 3CD6N 5GADP 3PIOL 1YJWN 1JJ2M 3CCRN 1VQ8N 1QVFM 5GAEP 5JVGL 1Q81O 4IO9L 1VQNN 3J7ZO 3I55N 1KQSM 1K8AO 1VQ7N 3CCUN 2OTJN 1YIJN 3CCSN 2QEXN 3CC2N 3CF5L 1NJIO 1YI2N 3I56N 1K9MO 3CCLN 3CMEN 1VQ6N 1Q86O 1VQMN 4U67L 4WFAL 1W2BM 1Q7YO 5DM6L 3CCMN 3DLLL 4UY8O 1KC8O 2ZJRL 3G4SN 5H1SQ 1YITN 3G6EN 1OVYA 2ZJQL 1VQON 4WFNL 1YJNN 1VQKN 1YHQN 5JVHL 3CXCM 1N8RO 5GAHP 4WFBL 1K73O 3CCQN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E41A 2GUIA 1VHXA 3ZCMA 3E01A 3NGZA 3OS2A 1T44A 4OO1J 3LWMA 4BR4A 3VEWA 2PY5A 1WSIA 2P9LA 3SUQA 1S1WA 1NGAA 4HUFA 2ZGYA 4CEEA 4FJJA 3O6WA 4KH6A 2Q3SA 1S6PA 2W6KA 4MO5A 1XC3A 2ZD1A 3SAFA 3IDHA 1M1KO 1MWMA 3SPZA 3CCJN 3RSEB 2BE2A 4Z4IA 4CJWA 1U48A 2P51A 1GLEG 3THXB 4B1WB 4BR0A 2HBJA 2RKIA 4IG3A 1X9SA 2O8CB 4DFPA 3K0SA 1E4FT 2QI2A 1IKYA 4FK2A 1NG9A 1CXUA 3TAQA 4FLXA 5A2QO 3WXLA 4FK0A 4BE2A 1Q81O 3DYAA 1BO5O 2BGGA 1VQ7N 5BRDA 4DQRA 4RTFD 4E1MA 1TUYA 3V81A 2PBDA 1BU6O 2GBZA 1QTMA 1NK4A 1NJIO 3RWUA 3ZX0A 4CZFA 2YHYA 3P39A 4OLBA 4LFBK 1HNVA 4DSEA 4TSXA 1TKTA 2OZSA 2P9NA 3H1VX 2NRVA 4XH5A 5JICA 1RT7A 1IBMK 2OANA 2AP1A 1DLOA 3TTDA 3TAGA 3MN5A 1HNXK 4ELUA 3ZSXA 1BA0A 2O8DB 4DSLA 3HPOA 2UYTA 3EE9A 3G4SN 1UWBA 1XI1A 4HUGA 2FF3B 5J1EA 3PLAA 3H46O 4FWRA 4ISFA 3CQYA 4DR3K 2QK9A 4DR2K 2Q97A 1ASUA 5I9EB 5JVHL 4EZ6A 4A61A 1CZ9A 5F1XA 4H8KA 4OJRA 4A57A 1KFSA 5F0XA 2A40A 3JYTA 4N5SA 4CECA 2Q2RA 4JK7A 3VPZA 3LAKA 3ZSQA 1ITGA 4BC5A 1J5OA 3OS0A 3CETA 1NM1A 1WSJA 1P90A 2IC3A 1WB9A 5LMNK 1DTTA 1K6YA 3NMUA 4I2QA 3LWLA 2QXFA 1J6ZA 5HRSA 1FK9A 4DU4A 1BL3A 4N47A 3P31A 4M3WA 2YJFA 3M6GA 3OW2M 4H4OA 4KTWA 2ZWHA 4KH5A 4DFMA 3DJCA 1BI4B 3BY5A 2WC9A 3LANA 3AV9A 1TAUA 3VEVA 2DY4A 4OPHA 4BVOA 5KQDA 4GY2B 3WNEA 3WEEB 3QEWA 4PUOA 3DOKA 1XQSC 2HOEA 5C0YA 1C6VA 3VTHA 4IO8A 3VGMA 1JXBA 4U7BA 1HQUA 2OPSA 3WNGA 4Q5VA 3EKUA 2HHVA 1GOBA 3HM9A 5JVGL 3NAEA 1K8AO 3CPEA 1NGCA 3CFOA 3L2UA 3M5RA 3CERA 1KXPA 4CJRA 3HP9A 3O4WA 3O08A 4MDBA 4DTMA 5C42A 3H45C 1RT6A 4F4KA 4B3OA 3F73A 3QEVA 3CCLN 3VF6A 1HLUA 3V9XA 1LAWA 2P9PB 3UIQA 1WLJA 4N41A 1NBWA 4RW8A 5K14A 3GG4A 3VOVA 4IFYA 2CH6A 4G1QA 3L2WA 4DG1A 3FE1A 3LDOA 2E6LA 3FZKA 4JYAK 4FWKA 5HRPA 4IFVA 4DU3A 3H3NO 4OKJA 3VN5A 4FK4A 4JD2A 5HRRA 4FLYA 4I7FA 4I9QA 3CM6A 3HYFA 3OJSA 1OVYA 2E2OA 4A2AA 4DKWA 2KZMA 2E20A 1UA0A 1QHAA 3THYB 4FPBA 4FJHA 3PUFA 4Z94A 3VEZA 1IO2A 4OX9K 1SKSA 2CGKA 1YAGA 4PWDA 4BRNA 3JXUA 4LH5A 3QEXA 4N76A 3LM9A 1C0UA 4N56A 4DV3K 1RTJA 2NRXA 3UKRA 4OGEA 1C1BA 5BN8A 3OYAA 4OPJA 1QQMA 5C12A 4LFCK 1JL1A 3Q7CA 2KQ2A 3VQEA 3HTVA 4BC3A 3V9ZA 2QWRA 3O4NA 3EO3A 4JI0K 3JAMO 3PX6A 2NRRA 3CQXA 5CYMA 3VQ8A 1BDGA 3BF1A 2Q31A 1GOAA 4GMJB 4YOYA 2P9KA 5HL7L 5BPNA 4Y0WA 1RTHA 3DLKA 3QBXA 4DQSA 4HCCA 4CZIA 4FOIA 2E1ZA 3ASMA 2GELA 3OYCA 1KQSM 2F9TA 4JI2K 4B3TK 3SMSA 1L3SA 4KV8A 4FJ7A 3LPTA 1S3XA 1G15A 3O80A 5KPTA 3SJHA 2ETJA 2ZGZA 4C23A 3RRGA 4JV5K 4H5TA 1T7PA 2NLXA 5AQVA 1VQ6N 4B1VA 3QIPA 4JKGA 4AHCA 3I0SA 3L2VA 1RT3A 3AA3A 4W5OA 1XMOK 4BY9C 1D8YA 4PQUA 2ITGA 3NGYA 3OYKA 2PAVA 5M1KA 3IRXA 4IG0A 4FOEA 3QIOA 4H5RA 1ATSA 1QSSA 3IKMA 4H0VB 4K25A 4M41A 4RW9A 2HVHA 2OPRA 3KIOA 4FM0A 2ZJQL 1U4BA 4KRFA 4LF9K 4E1JA 1RT4A 4KI6A 1T6CA 1HUXA 4WFBL 5M1PA 3KVGA 4B08A 3ULEA 4BWJA 3VESA 2AA4A 2WFBA 4MLHA 3WXIA 2E88A 1M90O 1A5WA 4CBUA 3ISNC 3H08A 3NDKA 3SV4A 3TAPA 3CPWM 3VA3A 1ZYQA 2P9SB 4CJ5A 5MLCQ 4HTUA 2BUPA 4IEEA 1WBDA 2Q0RA 2CGJA 5FLXO 2D0PA 4FLVA 4E7LA 4CJ7A 3MWTA 3HSTB 1BWFO 3ZSRA 3CD6N 3EZ5A 3RR7A 1LW2A 1EX4A 1NU0A 2CH5A 3G0ZA 1X9JA 5AZIB 3AVBA 4IXCA 5KI6A 1HR0K 4YDUA 4BC2A 2UXCK 1EP4A 2D1KA 3SYZA 4FWSA 4JN4A 1YIJN 4CHQA 4QAGA 5BPLA 3TARA 4CW7B 2HHXA 1Z05A 1JCEA 5AQWA 3KLEA 4BRAA 4AH9A 4B9QA 3VQ6A 3OS1A 1U2VB 1T03A 1DT9A 4B3MK 1ZBFA 4A5AA 5BREA 2UUBK 2NUBA 5E26A 5HROA 4LF6K 3BEXA 3NF8A 2HF4A 5DM6L 5HBMA 4O5BA 4AHSA 3AVHA 4CI6A 4DV7K 3E9PA 4DS4A 5TKWA 4O8UA 1RDUA 1Q9YA 3R6MA 5AQFA 4CGFA 2QWMA 5J2PA 4C1NK 4O44A 3VF2A 2OA8A 5SZTA 1NOZA 3K5MA 2VG5A 3W0LA 4BRIA 3FFKB 1JLCA 3TAFA 3L2QA 3NVKA 3VERA 1WN7A 1GOCA 3E9LA 2RN2A 3SI6A 3NH0A 2FSNA 4FW1A 5AQRA 1K73O 4B9VA 4CEDA 4GV9A 4CJQA 4H0OA 4DSKA 3HZ6A 1IBKK 4C8MA 1NGEA 1NGJA 2O8FB 1QHTA 2E2QA 3A0IX 3HI0A 4YORA 4Q0BA 1QSLA 1BHLA 4EHTA 4W5QA 4I9LA 4RW6A 1L3VA 2KZZA 3LALA 1LOTB 5EXWA 1E4GT 5GAGP 4LH4A 2OTLN 4FVMA 4B3RK 2HHUA 2IAJA 3MDQA 1YJ9N 3SQ1A 3KD5E 1C1AA 3O5BA 1VSMA 3DLHA 3TAMA 5AQSA 4X66K 3QMLA 1MWKA 2P5OA 3SJJA 3TAEA 4M63C 4KB0A 4CBXA 4J2DA 3OYBA 3WQTA 4JNEA 4CIEA 3ZSVA 1TK5A 4BGBA 3OYIA 5AQOA 4FVUA 4DV6K 4JHDA 4K43A 4EP5A 5AQYA 1Y97A 1F21A 4CEAA 2VQEK 1IKWA 1WSEA 4BRGA 4KI4A 2RF2A 4Y1CA 1HJRA 3S9HA 1EO1A 1K8KB 4PY5A 3L2RA 1BOTO 4Z4HA 2NRZA 5M1OA 3SBTA 2YHBA 4GKKK 3QLHA 2HMPA 1JKHA 3KKSA 1E3MA 4QS8A 5AJ3K 3EYZA 4DQPA 3PO4A 1LCUA 2G8WA 1YF5L 5AQHA 4UY8O 1WSHA 3HPGA 4LD0A 4MFBA 2A3ZA 1LWCA 1NLVA 3C0BA 3TANA 4I2PA 3S3OA 5GIPA 3B6PA 1U45A 4IOXA 4BRPA 5DMRA 2IVPA 5HRNA 1NK7A 1SKRA 1KAYA 4AF1A 3CXCM 2KW4A 3SQ4A 4JI7K 2FLOA 4CIFA 2UUAK 2RE2A 4H0PA 3TTCA 4GKJK 2VCPA 3WXMB 4HUEA 3P1GA 4CJ4A 1R0AA 4CF8A 3C7NB 1NOYA 4B1ZA 1HNIA 1NNEA 4CEBA 5SWMA 4FL9A 4BR5A 3P5JA 4BG9A 5J2QA 4JRQA 4QCLA 4CJKA 1I94K 3I33A 1HQEA 3OBYA 3MN6A 3R8EA 1CXQA 4EHUA 4NXNK 4JI3K 1QSYA 1HJOA 3ITHA 3AVIA 3AVMA 3THWB 4MLEA 3A2FA 4DV1K 3AA4A 4YDUC 3L4QA 2W40A 4ILGB 3F2KA 3VEXA 2JWKA 5GAEP 3HT3A 4DSIA 2RHKA 4E1NA 3CJAA 4FJKA 4H5WA 3KLHA 3I55N 5M1QA 1XC9A 4DTOA 2QEXN 2JWLA 3NH2A 2W42A 3CF5L 1IG8A 3HM8A 4WQ5A 2O8EA 4E19A 4IJAA 3ZT4A 2A5XA 3U8XA 4AHUA 2W6LA 4LSNA 1KCFA 5I3UA 2YNHA 3MN7A 3WXKA 4QS7A 5M1NA 5AQPA 3K59A 3V1RA 3SLCA 3TTFA 4XH1A 1HYSA 5TKYA 1BCOA 3QB0A 3AVGA 2E5LK 1L5UA 3AO3A 4DV4K 4CJFA 4KPYA 3OVNA 4G9ZA 3NHGA 3GOIA 3D7EO 1S9EA 4BR9A 1TVRA 3SAGA 3TABA 3SBGA 1JLAA 1YJNN 4CEFA 3TSQA 3U9ZA 4CJPA 4DQQA 4K42A 3W3DA 2X6NA 4BQLA 2I7NA 2P9UB 3QFUA 2HVIA 4DTXA 5C15A 3PIPL 2Y1IA 2FF6A 3ZT2A 4FJGA 3C6AA 2Q0UA 3VGKA 4BR7A 2NNWA 2P9IA 4DR6K 3CCVN 1UAXA 3E1YA 4IBNA 3MN9A 2FSKA 3DM2A 3RMBA 5I42A 2IGIA 4R79A 4IZ9A 4JLHA 4DTNA 2GX9A 1NJWA 2OZMA 3NF6A 3HOTA 3U3GA 4B9UA 4OLAA 4DF8A 4DV5K 2ATQA 4CJVA 2XO7A 3K5NA 4E7KA 3M8RA 2D0OA 4CGGA 3AY9A 3KD1E 2WBNA 4CFDA 1VQ5N 1B9FA 1S6QA 2EHGA 1RDDA 1WUAA 1SAZA 3U6FA 2QA4N 5GADP 4CD3A 1RTIA 1QZ6A 4BDPA 2WONA 5CHIA 3UKUB 4OKKA 4K8XA 4HWIA 1BQMA 5FPMA 3QNOA 2CGLA 2NRTA 4IO9L 1V4TA 1MU2A 3CJBA 3FZMA 3IFRA 3HO1A 3CCUN 1RBUA 3QICA 5KQ8A 5EOYA 1D9DA 4FM1A 3MEEA 3DWLA 4CF9A 4DTPA 2QWOA 4O4GA 2D5RA 5AQKA 1K9MO 2G8UA 1NMDA 1BGXT 4EFHA 1JL2A 4KTQA 2V52B 1NJXA 3ZT1A 3LP3A 3MEDA 4FZXC 3SAHA 4IDKA 3AO2A 4KHUA 4CZGA 3TI0A 3SNNA 5J2MA 1BG3A 4CZJA 4CJLA 3VQ7A 3OBWA 2DTUA 4KBOA 4PHTX 2YHWA 5E84A 4C8OA 3MMVA 2Z1JA 4Z4CA 4R5PA 4M42A 3AVNA 3FFIA 3I8BA 1T8EA 1SUQA 1I3AA 2GWKA 4NYFA 3IUCA 1BQNA 1VAZA 4Z4FA 1VSLA 3VQBA 3MXIA 1XHZA 4W5TA 2EWSA 3ID6A 4ILJA 1B92A 1L3TA 2HHTA 4CGDA 4FZYA 4FLTA 3AVKA 2DFFA 3D2EA 2ASOA 3KHYA 3KKRA 5AZJB 3C7NA 3QDKA 4EZ9A 5AQLA 3DXKB 3KJVA 2Z1HA 3VQ5A 1J9AA 4AHVA 1Q18A 2HNZA 1LWFA 4J2EA 3OJUA 3QEPA 4F2RA 1L3UA 3I0RA 4M7XA 3F9MA 3CC4N 1TYQB 3HP6A 2X74A 3DOLA 4RCHA 3MECA 3K9JA 1QQNA 1YTUA 3A5NC 4IDHA 3MCPA 4CJ3A 2ASMA 4BRHA 2KHOA 4PKIA 4FLWA 2V51B 3C65A 3LP0A 2PZSA 3D0PA 4CK3A 4GV3A 5AQJA 2E2PA 2X78A 5M1FA 4KHQA 1C0FA 1IH7A 2GV9A 5JLHA 3EZWA 1S1XA 4XIUA 3RSEA 3DLEA 4WQ5C 4BROA 3THXA 3BZKA 2A41A 5EVZA 5JMVA 4CZEA 1YI2N 2O8CA 2E1YA 4AM7A 1KVBA 3I56N 2R7YA 4L8RB 4CZHA 3TR8A 3A5MC 3EKSA 1KSPA 3KWIA 1RDAA 2YKNA 3HSCA 5FRNA 1IKXA 4CK2A 2VG7A 3VQPA 3T3FA 2G8KA 4JAXA 3NVMA 4BG8A 3DXMB 4BRMA 2D0AA 3KLGA 3LAMA 5KTQA 5BPMA 3CJ7A 3CM5A 2VWJA 3CJ9A 2O8BB 3O9TA 3AVCA 4CJSA 3BGRA 4NCBA 2FBVA 4BGAA 4PKHA 3HVRA 4E3SA 1NK0A 4K8ZA 1Z6RA 3ZLJA 3SPYA 3C95A 3CCQN 4NCAA 1DTQA 1W9HA 2O8DA 1TKDA 1NGGA 1NK6A 4WF9L 3DRPA 3AO1A 2FBTA 1EQYA 4B9TA 4ZHRA 1TV6A 4W5RA 1JLQA 2KLAA 4JK9A 3GE1A 1U04A 4A62A 4DLEA 2DFEA 5HOOA 4DV2K 4DFKA 4KTZA 1N34K 3OYGA 3RVCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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