1YJNN

Crystal structure of clindamycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yjnN00
4WCEL 1VQMN 4WFBL 5GAEP 3CPWM 1M1KO 3CCVN 2ZJPL 1JJ2M 3CC4N 3CMEN 4WFAL 1VQPN 5DM6L 4UY8O 5HL7L 1VQKN 3CCRN 3G6EN 1VQ9N 4WF9L 5DM7L 1VQ6N 3CMAN 2OTLN 4IOCL 3CD6N 3CCMN 1Q81O 1VQ5N 5MLCQ 3CCEN 1NJIO 1ILYA 1K73O 3DLLL 1N8RO 1YJ9N 4WFNL 3CCSN 3CF5L 1Q82O 1KD1O 1KQSM 1VQNN 1W2BM 3CCJN 5JVHL 1S72N 1M90O 1YIJN 1QVFM 3CC7N 1YHQN 2QEXN 3J7ZO 1VQON 1YI2N 3G71N 1K8AO 1Q86O 2ZJRL 3CCLN 1YJWN 4U67L 2OTJN 4IO9L 1Q7YO 3G4SN 5GAGP 1K9MO 5GAHP 5H1SQ 3CCQN 1YITN 1KC8O 1VQ8N 1OVYA 3I55N 5JVGL 1VQ7N 3CCUN 1VQLN 3PIOL 4IOAL 3OW2M 3I56N 3PIPL 1VQ4N 1YJNN 3CC2N 2QA4N 5GADP 3CXCM 2ZJQL 1QVGM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3ZA 3ZCMA 3F9MA 5GAEP 4OKJA 4JI4K 3V81A 3TANA 1S1UA 3ZSWA 1JJ2M 5AZIB 1YTAA 1NJWA 4JS5A 3RRHA 3CETA 1ATSA 1T7PA 3V1RA 4BRDA 2KZZA 1WOQA 2E6LA 1ZBUA 5AQFA 4CEZA 1HKGA 2YNIA 3LZIA 4JI3K 3CJ1A 3AVKA 4FOEA 1NK7A 3CD6N 2QWPA 4OLBA 1Q8IA 1UAXA 1NWKA 2VG7A 3O80A 4JNEA 4H5WA 3V9XA 4BR7A 4DFMA 1YT3A 1K73O 5FROA 4F4KA 3F2KA 1D9FA 1FW6A 1UWBA 1NJZA 3UKRA 4AHTA 4DTNA 2CH5A 3KKRA 1SQKA 4KHQA 2HHSA 2LSNA 1ATRA 4DR2K 3JAMO 4GW6A 4DR7K 2D0OA 1RDDA 5AQWA 4B3SK 5GIOA 3M1FA 4H5VA 5CE3A 3B6PA 5EX5A 1VSJA 2YX6A 3U3YA 3MWPA 2YHXA 4DV1K 3VGKA 2D1KA 2O4GA 4E7HA 3LDLA 3G4SN 3DXKB 3TAPA 3GG4A 5CZ1A 3VQAA 3O3HA 3CCQN 5B8HA 3ZSQA 5TKWA 4LFAK 4DV6K 3CM6A 1RILA 2E1YA 2IS3A 3SMSA 1LOTB 4E19A 2ZGYA 1X3MA 1NGFA 1VSKA 2XY8A 3L0QA 4HVJA 4EP4A 2KLAA 3KD1E 1BI4A 3WQUA 4CJ7A 2HSTA 3HSCA 3L2QA 3TSPA 4DFKA 1OH7A 4DU1A 4CD1A 1HNIA 3P31A 3KLFA 4FJXA 2HNZA 4B3MK 1JKHA 4FWLA 4DU4A 1X9SA 3C65A 4DR4K 1LWEA 3M8RA 4IDKA 1KCFA 3SBTA 4N76A 3CMEN 1EWRA 3DAWA 4CBXA 4RG8A 1XHZA 5LMNK 2NNWA 2ETJA 3KWIA 4F3OA 3PSFA 1VK0A 3S3OA 2UU9K 4YORA 1IKWA 2ZQBA 3ZSZA 3PX4A 1IG8A 4JI1K 5F1XA 1N33K 4CEOA 5C24A 4YFUA 4FM0A 1B9DA 4DV3K 3K5MA 1QSSA 1N36K 3VGMA 3CHWA 5AZIA 2OANA 4CZFA 3SQ4A 3K2PA 1HJOA 3K9JA 4FCYA 3CQXA 2H3GX 3OJUA 3OHRA 4PWDA 3A5LC 3N4PA 4CJKA 4HTUA 4MLHA 4A5AA 3SJJA 3M8QA 3O1BA 5EY4A 2JWKA 3HZ6A 2XHBA 2UUCK 1QVFM 2FBVA 4CK3A 3MDQA 4G1QA 1L3SA 5AZJB 1VSEA 3SLCA 3THWB 3ZSRA 4CF1A 3P4IA 3LAMA 2O8BB 4NO7A 1CZ9A 2Y1JA 1RCHA 1RFQA 4QOZB 1U04A 1VSFA 1WAFA 5AR0A 3EKSA 4CCHA 3JSMA 2E2PA 4FZXC 1RTHA 2ASOA 1C0GA 2VWKA 4N56A 1HNZK 2FSNA 3ATUA 4C1NK 4HHTA 2KKZA 3OYLA 4GV3A 4DQIA 1LV5A 1SKSA 3D2EB 4LSNA 1NU0A 1VQ8N 4HUEA 4RW9A 4CGIA 4LF5K 3SQ1A 3OW2M 2CGLA 2IGIA 3AVCA 5KI6A 4Z4FA 1LWFA 3CC2N 1MA9B 4OKEA 4CF0A 3R1XA 4CF2A 2BH1A 3HM8A 3MK6A 1QVGM 3MAQA 1SL1A 2HF4A 2G8HA 3ZSXA 3MEGA 4C8LA 4DV2K 5HP1A 1QZ6A 2O8DB 4M7YA 5FRNA 4B9SA 1VSHA 4B9LA 4ZHRA 4WFBL 3Q7BA 5M1PA 3KLGA 1BO5O 4BRPA 1TGOA 2D0AA 1CLQA 1SKRA 4ISFA 3WXKA 1S1XA 3PLAA 2ITMA 4DTPA 4DHYA 5DM6L 5ADXH 3LM2A 5BPNA 2IDOA 3K58A 3G0ZA 5SZTA 1EETA 4BACA 3TPQA 1NKBA 1QQNA 3DOKA 5AJ3K 3FZFA 1S22A 3L3VA 4XH5A 5BRHA 4H0OA 3OVNA 1JCGA 3HSTB 5JS2A 4CE9A 1RDUA 2NUBA 2DY4A 5BPMA 5M1QA 4JKCA 4O4GA 2UUAK 2BE2A 1Q82O 4XH4A 3O3FA 1TL3A 5KTQA 3HPOA 4DV5K 4AM7A 3HO1A 1RNHA 4JKAA 1JLEA 4CGFA 1X9MA 3TTCA 1E4GT 1IBKK 2HBKA 2HB5A 3BUZB 3KVGA 2A1SA 3VTHA 1OH6A 4DKWA 1IO2A 1SS6A 4DF4A 2NRRA 3THXB 3J7AP 3DOLA 2Z1JA 3ZSVA 3I8DA 3ZX3A 4U67L 3T69A 1YTUA 2OPQA 4BR2A 3HVRA 1TK5A 3J7YP 4NB4A 3CPEA 2F4VK 5H1SQ 3O3GA 1YITN 3SYZA 1S6PA 2QM1A 2YJEA 3L2WA 1JL1A 2YHBA 2NRVA 3KK7A 3O4WA 3NH1A 2VCPA 4KKOA 5AQIA 5J2MA 3E9PA 2VG5A 4KH5A 4QCLA 1YJNN 3NF7A 2O8EB 1TK8A 1CZBA 2YI1A 2O8BA 4FK4A 4X66K 1C1BA 3CJ9A 5ADXA 4FPBA 3JS6A 3ALYA 3D6RA 1NOZA 3P1GA 4F3TA 1QTMA 5C12A 1U2VA 2Q31A 1NMDA 4ZTJA 4J2BA 5K14A 4IFYA 3F5TA 3VQEA 3VQ6A 4KREA 1IBMK 4DSIA 4LH5A 1E4FT 4OX9K 4K41A 4FJHA 3CG7A 1LW2A 4CHPA 2UXDK 3TTDA 1RBRA 2QWNA 1JL2A 3IMXA 3V6DA 1DT9A 3VESA 4IFEA 1NGGA 4JD2B 4FLVA 2YHWA 1U47A 2RF2A 3VA0A 2UYTA 3I0RA 3O9QA 2OPSA 2O8DA 5FPNA 1RTIA 5AQLA 3H08A 4H4OA 3AVHA 4Y1CA 3NF9A 3OS2A 3I8BA 3ZEUB 3HM9A 3O9RA 5AQYA 3TAMA 3WEEB 3ENOA 1S72N 4PY5A 4M3UA 1TL1A 2FBXA 4CZLA 2X6SA 1YXQA 4ELUA 1S1WA 4BC4A 4IFVA 4PKHA 3VQQA 2IC3A 2P9LA 1YI2N 2XRIA 4B9MA 3G71N 4X62K 1EX4A 5DK5A 3H46O 3ZT2A 3KLEA 2F9WA 3ATVA 2KHOA 2OTJN 1TK0A 4DTOA 3TAFA 2HVIA 3FFKB 1RDCA 4BG9A 2ZM6K 3QFUA 4JV5K 2A40A 3BP8A 2E4LA 2D5RA 3CFRA 1RBVA 3CFPA 3C6HA 3R6MA 2GX9A 3K5NA 4CFBA 1KFDA 1JLAA 3LPTA 4CHNA 1VQ4N 2E2NA 4HWIA 2QA4N 3M8PA 1HPZA 1QHAA 3THXA 2RPIA 4BC3A 5EU7A 4JHDA 3O4QA 2HW3A 1C6VA 1EO1A 1L5UA 1NJXA 2W40A 4GY2B 4E3SA 1NGAA 2YKMA 3VQ9A 4L3QA 4E7JA 2QXFA 4BVOA 4JN4A 1HRHA 4A61A 3S3NA 1KRPA 3CI5A 1YVUA 4DLGA 2O8EA 5GINA 2GBZA 4CZMA 1C0MA 3GOIA 1HLUA 3OYMA 3QLHA 4BRKA 2O8FB 4BREA 2QKKA 2HBLA 3V9SA 4FW2A 3VQDA 3TWHA 1VSLA 3AGKA 4OKKA 3CJ7A 1TKDA 3DWLA 3O8MA 2Z1GA 3CYMA 3CCEN 1NJIO 4TSXA 1S3XA 5AQHA 1QHTA 4FO0A 4HUGA 5CHIA 1WB9A 4DTMA 1A5XA 4I7FA 3SQ0A 3H1QA 1ASVA 3U9DA 4YNQA 4KH4A 4CEQA 1A5WA 2GWJA 4JK8A 2D4WA 3IFRA 4XEIA 4JD2A 1YIJN 2XY6A 3VPZA 2NRTA 3SUPA 2XY7A 4CHYA 1Q9YA 1NK6A 4WQ4C 4B8AB 2B4JA 3T1YK 3TSUA 2AA4A 4DMNA 1XC3A 4B1WB 3ZEUA 3KD5E 4CFDA 1Q7YO 2DFEA 5BR8K 3WEEA 3DXMA 5JS1A 4CK1A 3OA9A 4CERA 2A5XA 3LP3A 5LJWA 5F0XA 1OVYA 2YKNA 3DLRA 3QIOA 2VYPA 5AQVA 1S9EA 3OS1A 4ID5A 1U45A 2P9SB 2FC0A 3HT3A 2GUIA 5M1NA 2AJQA 3JXUA 1DTTA 4FOIA 1O1WA 5GADP 3EKUA 1GLEG 3B8AX 4BQLA 4Q0BA 4CEAA 3MN6A 3MXMA 5HBMA 3AO5A 4DR5K 1J6ZA 3PV8A 1GLBG 4PUOA 3DMJA 2KTQA 4JI0K 1KVAA 2F8TA 4C23A 2KFZA 4CEEA 2GTDA 3NBPA 2NRXA 4DV0K 4DTJA 4EFHA 4CK2A 4A57A 3K57A 1NKEA 1GLFO 3IAYA 4KO0A 3CCRN 4JRPA 4Z4GA 3T1AA 1ASUA 1TUYA 2BANA 4KB1A 3CMAN 4M3XA 1MU2A 4CIFA 5BN9A 4LF8K 3R3LA 2YJFA 3UKUA 4CFAA 2DFHA 4J2AA 3IDHA 5JMVA 4QAGA 4E7IA 4KHYA 3QETA 3CCSN 3A5MC 3AVMA 2R7YA 4Z4EA 1D5AA 1IJJA 1W2BM 3OJSA 1ITGA 4KAZA 3SPYA 2RKIA 2VWJA 3SV4A 3ITHA 3LP1A 2O8FA 3VERA 4QS7A 4MDBA 3HTVA 1WLJA 3J7ZO 1VQON 1BDGA 4IWVA 4EP5A 4QS8A 4O55A 2FBTA 3WNGA 2Q0RA 2P51A 2OZSA 3LALA 3SV3A 2Q3SA 2NZTA 1HUXA 1Z25A 4WQ4A 3LAKA 4H0TB 4YOWA 4DSLA 3VMFB 3NAEA 3DLBA 2QWRA 4OPHA 1N6QA 5JICA 3VQCA 3LDOA 3VEWA 3NGYA 1CXUA 1T6DA 3T19A 1SUQA 1RDBA 1QSYA 3CXCM 1TV6A 1RT6A 4KI6A 1FKOA 2PFUA 3C6AA 2E2OA 1LCUA 3AARA 3S3MA 4JS4A 1GOCA 3AY9A 5LJVA 4FLTA 1W9HA 1RBUA 3NCIA 2OCEA 2UXCK 3L4QA 2BGGA 3VQ4A 1RDAA 1JLBA 1SL0A 4AF1A 3K0SA 4WFAL 5DMRA 5E84A 1S6QA 5AFUH 1N5YA 5A2QO 2J4RA 3S41A 3PO5A 2IVNA 1IG9A 3VQ8A 1QQOA 4NXNK 3C6TA 4GVMA 4JI2K 2WONA 3OYCA 1BG3A 3WNHA 3WNFA 4AHUA 1CXQA 3HL8A 1ZC6A 2D0CA 3P83D 1HKCA 3OYAA 5BN8A 1RT5A 1J5EK 1W97L 2Q2RA 4DSKA 3H3OB 1GLCG 4M42A 3LDQA 4C8OA 4NYNA 4EIAA 2DFFA 1HYVA 5IT9O 1KVCA 1RGIA 2EX3A 1B9FA 2GUPA 3A5OC 3D2FA 2E8AA 5E41A 5EXWA 4K43A 3OYBA 3QEXA 1BUPA 1V4TA 1KVBA 5KPTA 4DWIA 1GLAG 4K8ZA 3DRSA 2DTUA 4W5RA 5FPMA 2F7TA 3NHGA 5JLFA 1D4XA 3NGIA 4B3OA 2B6AA 2JWLA 2I7PA 3BY5A 3D45A 3WXIA 4FJ8A 1UA0A 4E1NA 4RTFD 3ENBA 3M8SA 1UOCA 2ZD1A 2YCHA 4CZJA 2GV9A 3NVMA 3TARA 2F8SA 4KTWA 3K5OA 4JK9A 4CJWA 5CY4A 3H3NO 2HHVA 2CH6A 4G9ZA 1L3VA 2FSJA 3FZMA 4V19S 4IBNA 1Q18A 4RW8A 3OYEA 4RW4A 3RWUA 4FZZA 1G15A 1REVA 1T44A 4BE2A 1DGKN 4E89A 2VWBA 5HRPA 1NM1A 2P9NB 4NLBA 1KAZA 3D7EO 5M1OA 4CW7B 5CYQA 2RHKA 4CEBA 4KRFA 1XHXA 4AHCA 1ZBIA 3CC4N 4CHQA 1RBSA 5EVZA 3OYKA 4FWSA 4YOUA 2NRWA 1ATNA 2W6LA 4MO5A 3AVIA 5M1FA 1YAGA 3THYB 4FWPA 1JXBA 3MCPA 2E20A 2W42A 3P38A 1G99A 3DXKA 4DUYK 5C0YA 4JAXA 2PYJA 4ISEA 4NCBA 1FKPA 1BIUA 4IEEA 2HF3A 4CBWA 4RW7A 4FW1A 3NE6A 3DM2A 1N8RO 3TAQA 1XMOK 4EHUA 4BGBA 3O4NA 1R59O 1NKCA 1SL2A 1VQNN 2BUPA 1D9DA 2P9PB 1QZ5A 1WNSA 4J2DA 4DLEA 4FLUA 3A2FA 4DSJA 2F96A 2P9IB 5HRRA 5KPZA 2HNYA 3E1YA 4X64K 1I94K 4YDUC 1VHXA 4CGDA 1BGXT 1YUWA 1NK0A 1X1PA 2VG6A 3AVLA 3A8YA 4FM2A 2JGUA 5FRMA 2WUSA 4N47A 3RSEB 1FXXA 1KAYA 5AQZA 1VQLN 4CVNE 4FJNA 3CJAA 3WXJA 3I56N 1EQYA 3A5NC 4ILGB 1ZBSA 5AQPA 4XH1A 2YHAA 1E3MA 4BR9A 1Q9XA 4EZ6A 2ZJQL 4NYFA 4YOXA 4RCHA 1HQUA 1OKJA 3ZT1A 5J2PA 2UXBK 1BHLA 4Z4CA 4CJUA 4NLCA 4CEDA 5BRFA 4AHVA 1T3VA 3TAGA 3VEOA 2VQFK 4EZ9A 2W6KA 3QESA 4DTUA 3AVJA 5AZJA 3AVFA 1F21A 4FL9A 4E7LA 3THWA 4A62A 3AO2A 4M41A 1K6YA 5AQSA 2IOCA 3KZBA 3NH2A 3PY8A 3AV9A 3MXIA 4CJLA 4Z0UA 4BR4A 2QWMA 3G25A 2F9TA 1U4BA 2NRZA 4JKDA 3O9SA 3D2EA 2P9NA 2XY5A 5MLCQ 5C2FA 2HVHA 3T3FA 4NCAA 5KQDA 1ZYQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4UQG A;  3FLC O;  5HRO A;  3UKR B;  1NG9 A;  4PKI A;  4HUF A;  5AQO A;  3NF6 A;  4JYA K;  3VF6 A;  1OVQ A;  3LWM A;  4CJS A;  4Z94 A;  2OTL N;  3GL1 A;  3CCM N;  4IJN A;  3SUO A;  4IZ9 A;  1P90 A;  1WSF A;  3BEX A;  5HRN A;  3IRX A;  1K8K A;  4CGG A;  2RE2 A;  3QIN A;  3O6W A;  3C0B A;  4F2R A;  4K42 A;  2GEL A;  3KKS A;  4WFN L;  4O5B A;  2KFN A;  4CES A;  4DCH A;  1I39 A;  3HVT A;  1TAQ A;  3UIQ A;  4AIL C;  1KFS A;  4FJG A;  4LF6 K;  2A42 A;  4DR6 K;  1VSI A;  3V1Q A;  4OPA A;  3ZT0 A;  4KTQ A;  3FGU A;  1KLN A;  3KLI A;  4F9O A;  4PA1 A;  2ZJR L;  1YVN A;  5FDL A;  4BWM A;  3SNN A;  1DEJ A;  3MN7 A;  3SAG A;  3KK2 A;  1U48 A;  1BCM A;  4FJ9 A;  5AQN A;  2HND A;  1NBW A;  3AA4 A;  4BRC A;  3GBT A;  3F9K A;  3RMC A;  3PO4 A;  1KXP A;  4KHP K;  2E2Q A;  2HMP A;  1Z26 A;  2IVP A;  1BIS A;  3U8X A;  2ASM A;  4W5O A;  1U49 A;  2OYQ A;  3HPG A;  3D2F B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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