3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
3LANA 4AHVA 3PY8A 5HRSA 1KVCA 2X78A 1JLGA 1W0HA 3K58A 2HHXA 4O4GA 1C6VA 3LAMA 4DG1A 4B9VA 3U3GA 4CJ5A 1A5VA 1KTQA 3NH0A 3SYZA 2XO7A 2Z1IA 2OPSA 1XHXA 4W5TA 3ASMA 4FJIA 4L8RB 3AVGA 4NCAA 1JL2A 4CJPA 2R7YA 2RKIA 2YNGA 2P5GA 4E0DA 3RMDA 4JLHA 2GV9A 4OGCA 1UAXA 4JS5A 3VQ4A 4CGHA 4E7IA 3QO9A 3SV4A 1U47A 1QSYA 4MQ3A 3NBPA 4FLXA 5KGXA 3VA3A 3WNEA 5FDLA 1G15A 3TWHA 1KFSA 1MU2A 2F8SA 3L2RA 1WLJA 2HHWA 3AVLA 3NFAA 4O5BA 1LV5A 2OZMA 4M45A 4N56A 2XHBA 2W42A 2XY7A 1NOZA 3SQ0A 4BWJA 3ZT0A 4HUEA 4Y1DA 1K6YA 1T03A 4KTQA 1YT3A 4DFJA 1YVUA 4DTSA 3OVNA 4KPYA 4BDYA 3DM2A 2NUBA 1HNVA 3AVBA 1TK8A 4CFBA 2VWJA 3SV3A 3DI6A 4CJSA 4N41A 3VQ8A 4DS5A 1N6QA 3DLGA 1BI4B 4OLBA 3VQ5A 3ZT4A 3TAFA 2KZMA 3JSMA 3HXMA 1RBRA 4CEOA 3C94A 3TABA 4CECA 3SQ1A 4DSLA 3AVFA 3OYLA 1TKDA 3U3YA 1RT4A 1RBTA 2EHGA 3AO3A 3VQPA 4CGFA 4CJEA 2B5JA 4CHOA 3AO4A 4BE2A 3NF9A 4DFPA 5KI6A 4CFAA 3ZT2A 4DTUA 4EZ6A 3LP3A 4CJ3A 4DSIA 4N76A 1SKWA 2BGGA 4CIGA 3KTQA 3KK3A 5HLFA 3P5JA 3AVHA 2G8UA 3HVRA 4KREA 4FLUA 3PUFA 3O4QA 3VQAA 2E6LA 2GBZA 4F3OA 1LWEA 3NF8A 4Z4FA 3OYEA 4DQPA 3S3MA 4DWIA 3K5LA 3I8DA 4TSXA 1JLBA 4KO0A 4CJWA 4C8NA 4B08A 2HNZA 1QHTA 1RDCA 3P1GA 5HRPA 1LWCA 1VSFA 2OPQA 4I9LA 4HTUA 2PYJA 1VSIA 1JLAA 1SUQA 1Y97A 2QXFA 2A1SA 1S1TA 4FJGA 4IKFA 1BGXT 1RBUA 3AO2A 2ZE2A 1S5JA 4AHRA 3NGIA 4DQRA 3SUPA 3SJJA 1DLOA 1A5XA 1RCHA 3D45A 3M8PA 3V1OA 2E4LA 4CEDA 4DQSA 3TAGA 4M3TA 3AA5X 3F9KA 4DSEA 4QAGA 4K8XA 3F73A 4RW8A 3LWMA 1D8YA 4DTOA 1SL1A 4FLYA 1EKEA 2YHAA 4UQGA 3MXJA 4ZTFA 1VRUA 3ZT3A 4W5RA 3DLHA 2VG7A 4QOZB 4HVJA 2JLEA 5HRNA 2G8HA 1GOAA 4J2AA 3MEDA 4J2EA 3TAPA 2HVHA 1RDAA 3B6PA 2KFNA 4CHYA 3OYKA 4DU4A 4CGDA 3O3FA 1ZYQA 4FLTA 2B4JA 1KSPA 3AVKA 4FJ8A 3VA0A 4FJ7A 3K5MA 3TAEA 1GOBA 5KTQA 3QETA 2KTQA 1BHLA 4FJHA 4FJKA 5FROA 4F4KA 2FBTA 5K14A 5KRTA 4FLWA 3MAQA 4F8RA 3G10A 3NF6A 4OKKA 4HUGA 4C8LA 3ZSOA 4DTNA 5FRMA 1LAWA 4FXDA 4ELUA 3DRRA 1NK8A 3VQ7A 3PX4A 4N5SA 2YNHA 5HRRA 1UWBA 5J2QA 3T3FA 3LP2A 3TR8A 2WOMA 1ZBFA 4RG8A 3L2VA 1BISA 4DFKA 4FK0A 1TL3A 1JLFA 3L2UA 5T7BA 1HQUA 1SV5A 3ZSRA 3MXIA 3PO5A 4J2BA 1IKYA 3KJVA 4E7HA 4PWDA 4M3YA 1VK0A 2HNDA 3AVNA 5J2NA 2Z1JA 1QQCA 3L2QA 1TKXA 3LPUA 4ICLA 2HW3A 2XRIA 2D5RA 4IG3A 1JXBA 1WSHA 4DLGA 1RBVA 3WNGA 4FZYA 3DMJA 1XWLA 4Z4CA 2OPPA 4JS4A 1RT5A 1SL2A 4FJMA 1SL0A 4DFMA 2DFEA 1GOCA 3DLBA 4QCLA 2XY5A 3HO1A 4CEFA 1RBSA 3TARA 3KLHA 3WNHA 4CF9A 4I7FA 4F2RA 1WSJA 4DU3A 3QEWA 1S9GA 2ITGA 4G1QA 1T05A 1JXEA 2RPIA 3MEGA 1C0UA 3WNFA 5C42A 3RMAA 4WE1A 2OYQA 4KHWA 1S1VA 1RTJA 1D5AA 1UOCA 2A1RA 1NKBA 1S9EA 1RT7A 5DMRA 3V1QA 1KFDA 1WAFA 2X74A 3RR7A 3VQQA 4CEAA 2KFZA 1RDBA 4CJUA 1BCMA 4CJRA 5HBMA 1D9DA 3OYDA 4NYNA 3V1RA 4OKJA 5CYQA 1TAQA 5SZTA 4KHUA 2GUIA 4DQQA 1L3SA 3NGZA 3UIQA 4CGIA 4FM1A 2QK9A 4F3TA 2FBYA 3S3OA 1NK0A 4M3XA 1NK9A 4IFVA 4CEEA 3NH2A 1ITGA 4Z0UA 1L3VA 3AVMA 4OPJA 3VQBA 1VSJA 3K5OA 3O3HA 4AILC 4J2DA 5DK5A 3RMCA 3AA2A 4B9TA 5C24A 1QE1A 1JLEA 3SQ2A 1SKSA 4CK2A 2F96A 1TGOA 3T1AA 1J9AA 1RILA 1VRTA 5J2PA 3V6DA 2G8IA 4B9NA 3HJFA 4DS4A 2KW4A 4BACA 4ID1A 1BQNA 2HB5A 3V4IA 2P51A 3LAKA 1B9FA 3NHGA 3VQ9A 3AV9A 1B92A 1S1XA 2IC3A 4CF2A 3OS1A 4FVMA 2FC0A 4FW2A 1C0TA 3OY9A 4FYDA 1UA0A 4R5PA 1UA1A 1EETA 3SUQA 4DF4A 3RWUA 4PY5A 3MXMA 3DLRA 4GMJB 1TVRA 5CY4A 4E19A 3NE6A 2KQ2A 1CXUA 3HL8A 2D0BA 3M8QA 4AH9A 3OYNA 3V9WA 4CEZA 1T8EA 3ISNC 3LDSA 1QSLA 3L2WA 1NK5A 3OYHA 4K8ZA 4CEQA 4AHSA 4M3WA 1ZBHA 2HHVA 2BE2A 4CESA 3PV8A 1U45A 3PX0A 3AA3A 2VG6A 1I39A 1VSMA 3LZJA 1KVBA 2F8TA 2LSNA 4RW4A 4DTPA 1C1AA 3C6UA 4CJ4A 3DYAA 3MEEA 4E89A 1WAJA 2PY5A 4B9SA 4CHPA 3RTVA 2VWKA 5I42A 1TL1A 4DU1A 3OYMA 4M3UA 2KZZA 3TAQA 4FJXA 1LAVA 1FKOA 4Y1CA 4W5QA 4FW1A 5HP1A 5JS1A 3O3GA 1S1UA 3QERA 3L3UA 4CK1A 3KLEA 3THVA 3ZT1A 1VSDA 3I0RA 2QKBA 2YKMA 4PA1A 2X6NA 1C1CA 3OYCA 1XC9A 3RRHA 3NAEA 2IS3A 1ASVA 4M3RA 4I2PA 1NK7A 3DRSA 4CIFA 3I0SA 1XI1A 2OPRA 4OLAA 4H8KA 4E3SA 3V9SA 3KK2A 4FZXC 4PQUA 3K2PA 4CJTA 4JRPA 3QNNA 1U4BA 3ZSZA 2B6AA 4BE1A 4DMNA 4AHTA 1SKRA 1HMVA 3AVCA 1TKTA 4AHCA 4BDZA 1D9FA 1X9WA 3JYTA 1O1WA 3RR8A 4DSJA 3CYMA 3CG7A 3OJSA 3PO4A 1RNHA 4CJKA 3KKSA 1DTQA 4E1MA 3V81A 2Y1JA 4KHQA 4OGEA 1W9HA 1JL1A 3AVIA 5CZ1A 5EU7A 4O0JA 3BDPA 1VSLA 2JGUA 3CFOA 4GW6A 2YKNA 3NH1A 3QEVA 1WN7A 1RTDA 3KKRA 3KD5E 1S1WA 1DTTA 2ZQBA 3NF7A 3PX6A 3V9ZA 1NK4A 4HCCA 3M8SA 3D0PA 4H4MA 2P5OA 5JS2A 1IH7A 4BE0A 2RF2A 3QEPA 4FLVA 4CJFA 1FK9A 1A5WA 1FXXA 1ZBLA 1IKXA 4CCHA 1XHZA 1QSSA 1IKWA 2VG5A 3TANA 1TK5A 2QKKA 1EP4A 2RN2A 2D0AA 4KKOA 3ZSXA 4KHYA 4CF1A 3P83D 1FKPA 4CJQA 1TV6A 2YNIA 3DRPA 1CXQA 4B3OA 1RTIA 1QS4A 4ZHRA 4DSKA 3AVJA 4DLEA 3DOLA 4Z4GA 3G0ZA 4CFDA 5FRNA 4CJVA 1LW0A 5I3UA 3VQEA 2YV0X 1T7PA 5SWMA 2PZSA 4W5OA 3QLHA 3DLEA 5J1EA 1HJRA 1L3UA 3K57A 1HPZA 3HT3A 3SPZA 1NJWA 2YHBA 1C1BA 3NCIA 1KLNA 4KI4A 2E6MA 1YTAA 1TAUA 3ZCMA 1J54A 2Z1GA 4FCYA 1NKEA 3CQ8A 3SUNA 1RT3A 1ASWA 2OZSA 4I2QA 4LH4A 4Q5VA 2HHTA 1BIUA 4ELVA 3HPHA 1HYSA 3T19A 3QIPA 4CIEA 4FK4A 3KK1A 4FJ9A 3CM6A 1VSKA 4CGJA 1S6PA 2HHSA 4M42A 1RDDA 1J53A 1WSFA 2FBVA 2PYLA 3HVTA 4ZTJA 4DQIA 3NGYA 3QINA 4EP5A 3QEXA 4KI6A 3H08A 3EYZA 3IAYA 4BWMA 1BIZA 1NJXA 1Q9YA 3A2FA 1KCFA 4CE9A 1HQEA 4Z4HA 4LSLA 2OA8A 3RRGA 3HK2A 4NCGA 4EP4A 3KLFA 2HMIA 4FK2A 4NCBA 4NYFA 3HP6A 2O4GA 4CHZA 3ZSVA 3EY1A 4FJNA 4F2SA 3CFPA 4YFUA 3CFRA 3C6TA 2BDPA 4Q0BA 3QEIA 1U48A 3SZ2A 4KHNA 4CGGA 4IG0A 3QIOA 3L3VA 2IAJA 3BGRA 4RW6A 3VQ6A 3RMBA 4KB0A 1TKZA 4CERA 3IS9A 2ATQA 2WONA 1BQMA 3AVAA 3SI6A 1B9DA 4KAZA 4DF8A 3NDKA 3FFIA 4B8CA 2Z1HA 1Q9XA 1NOYA 4CFCA 1VSHA 3OJUA 2I5JA 1KVAA 4H4OA 1NJYA 1YTUA 1HYVA 4O55A 5KGWA 3QNOA 2O4IA 3DLKA 2IOCA 4DTMA 1X1PA 3C95A 4B9MA 3LALA 4KFBA 4B8AB 3ZSWA 3OYAA 3EZ5A 4KTWA 1X9SA 1N5YA 3OS2A 1HYZA 1F21A 3AO1A 4CF8A 3SQ4A 4LH5A 2Q3SA 3LPTA 1C0MA 1CZBA 4KV8A 2XY6A 3OYIA 4KRFA 1J5OA 3OYGA 2P1JA 1ZBUA 3HP9A 1L3TA 1NKCA 4LY7A 2BANA 4GVMA 2D0CA 4C8KA 3ZSQA 1BCOA 4DSFA 2YNFA 2DY4A 1NJZA 4LSNA 3IG1A 3VQDA 1REVA 4HUFA 1WSIA 4E1NA 2XY8A 3K5NA 4B9UA 1WNSA 3VQCA 4E7LA 2HNYA 4DTRA 4Z4EA 4FLZA 3LWLA 3HPOA 1BI4A 1RT1A 3HSTB 4LD0A 4FZZA 4IFYA 4BDPA 3ITHA 4OPKA 2IGIA 1RT6A 4MFBA 3SUOA 4C8OA 3KLGA 4CF0A 1HRHA 2Y1IA 3E01A 4OJRA 3OYFA 2HHUA 1RTHA 3ULDA 3LP0A 4I9QA 3V9XA 3B6OA 1Z26A 3U6FA 4YNQA 1JLQA 5CYMA 4B9LA 4IDKA 4N47A 3OYBA 1CLQA 4PUOA 3SCXA 1IG9A 4FJ5A 4DTJA 5CZ2A 4XIUA 3M8RA 3K59A 4HCBA 2DTUA 5E41A 3S3NA 3S9HA 1Q8IA 4KTZA 4E7KA 3KLIA 4CHNA 3OYJA 5J2MA 1ZBIA 5HROA 4RW9A 3HM9A 1LWFA 1EX4A 1WSGA 3OS0A 1U04A 3L8BA 1VSEA 5KRSA 1BL3A 4CJLA 1R0AA 4FM2A 1KLMA 3DOKA 2G8VA 1IO2A 4CK3A 4DTXA 3SPYA 2X6SA 3SNNA 2DFFA 3TAMA 3V9UA 1RT2A 1CZ9A 4KB1A 4JRQA 5D3GA 2EX3A 2DFHA 2IDOA 2FBXA 1JLCA 1U49A 1LW2A 3LZIA 4FJLA 4OKEA 4HHTA 4O44A 4KHSA 3HYFA 3MECA 4ELTA 2G8KA 1QTMA 1I3AA 3O4NA 4RW7A 2ZD1A 3LP1A 4M41A 3KIOA 4C8MA 4CHQA 4FM0A 1KRPA 4EZ9A 2AJQA 3QESA 4O0IA 4AHUA 1TK0A 3ZSYA 4IBNA 3KD1E 1EXQA 3AO5A 3IRXA 5C25A 2HHQA 1Z25A 1JKHA 4E7JA 2G8FA 4W5NA 3AA4A 4CEBA 4FJJA 2ETJA 4Z4IA 1HNIA 1ASUA 2HVIA 3VN5A 1L5UA 2G8WA 4M3ZA 4ID5A 1IKVA 1NK6A 1WSEA 3ALYA 3HPGA 1S6QA 4OVLA 1X9MA 3TI0A 3CM5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKGA 4R79A 5HRSA 1KVCA 4JN4A 3K58A 1HNXK 3MCAB 4GKJK 2ASMA 3NH0A 1A5VA 1MWMA 2XO7A 1XHXA 2V51B 3BF1A 4NCAA 2RKIA 4E0DA 4JI3K 3G4SN 3E9OA 1YJNN 4FLXA 5JLFA 1MU2A 3Q7CA 1LV5A 2OZMA 3C7NA 2W42A 2XY7A 1WOQA 5KPZA 3ZT0A 4HUEA 4Y1DA 4DFJA 3A5NC 3CCJN 1VQMN 3AVBA 3WT0A 1WB9A 4OLBA 3TAFA 2KZMA 1RBRA 3C94A 3D2EB 3SQ1A 4DSLA 3UKRA 1GLFO 4CGFA 1P8ZA 4BRPA 4BE2A 3TSQA 4DTUA 2FSNA 3W3DA 4CJ3A 3SK3A 5AQIA 4CIGA 5B8HA 3H1QA 1ILYA 3P5JA 3AVHA 3HVRA 4NLBA 3PUFA 4FWQA 2D4WA 1JJ2M 4Z4FA 1K8AO 4RWTA 3OYEA 4DQPA 1JLBA 4DV5K 3ZETA 4K42A 4NB4A 4C8NA 5EOYA 3P1GA 3Q7BA 5BRHA 1GLDG 4FJGA 4IKFA 1BGXT 3NGIA 3SJJA 1RCHA 4A59A 3F9KA 2OCEA 5AQSA 4RW8A 4JEPA 1QZ6A 1E4GT 2YHAA 4CBWA 4BRDA 1NG9A 4ZTFA 2RE2A 3WEEA 4W5RA 4QOZB 4KBOA 1GOAA 4J2EA 4CD1A 2NRHA 3B6PA 4CHYA 3BF3A 3O3FA 2HOEA 5JLHA 4BVOA 1K8KA 4FJHA 5FROA 4F4KA 2FBTA 5K14A 1R59O 4I6MA 4OKKA 3DRRA 1NK8A 3WQUA 3DJCA 4JKBA 2YNHA 1S22A 4QS9A 2WOMA 3THXA 1BISA 4DFKA 1TL3A 1JLFA 1Q86O 1NGDA 1HQUA 3PO5A 1IKYA 3KJVA 4E7HA 4PWDA 5J2NA 2HNDA 3D7EO 3LPUA 4B3SK 4JS4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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