3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
b'AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
2OPRA 1JLGA 2LSNA 3OYCA 2Y1IA 3TANA 1BI4B 4M45A 3CYMA 4N47A 1HQUA 4WE1A 4M3UA 1S5JA 3HL8A 3VQ8A 1BGXT 3CFPA 3C94A 2RN2A 4OKKA 3RMBA 3ZCMA 1HYZA 3AVFA 4CF1A 1NJXA 4AHVA 1RTJA 1UA0A 4CIGA 3PY8A 4DS5A 2G8VA 3WNEA 3AA4A 1RDAA 5SZTA 4ELTA 1JXBA 5KRTA 4I7FA 4LH5A 3RR8A 3QINA 1EXQA 5DMRA 1HNVA 4FJXA 1LV5A 2KZMA 1LAWA 1U45A 3DI6A 3NGIA 1TK5A 4OLBA 3LPTA 3QETA 3S3MA 4KTQA 4RG8A 3NGYA 2ZD1A 4N56A 4AHTA 1NK7A 4FK4A 5SWMA 3V9UA 4W5TA 4CEOA 4DTSA 3NCIA 3V9ZA 3V9XA 4DU1A 3T1AA 2EHGA 4Z4EA 4RW8A 3L8BA 3KLHA 2VWKA 3OYKA 2A1RA 4OLAA 2G8HA 2JLEA 4CJUA 4N41A 4BWJA 1RT2A 4BDPA 4I9QA 2FBXA 1B9DA 3OYBA 4E1MA 1WAFA 4ID5A 4CESA 2FBVA 3ITHA 4ID1A 4I9LA 2ETJA 4CGDA 1VSFA 3CQ8A 1TK0A 3OYMA 1FK9A 2OZSA 4DQIA 2X74A 4CK3A 1Q9XA 3NF7A 4CHQA 5C25A 2XHBA 3SUNA 1NK5A 4CCHA 3U3YA 1R0AA 3CFOA 1C1AA 3LWMA 3KKRA 2OPSA 3LP1A 1HJRA 4CJ4A 4JRQA 3TAFA 2DFEA 2YHAA 4CGGA 3RWUA 3QESA 4FJKA 4DFKA 1WN7A 1JLQA 1T05A 3DRRA 1W0HA 1WNSA 3VA0A 4EZ9A 3QO9A 4CF2A 3KK1A 2HVHA 1RDBA 4KO0A 4QCLA 1REVA 2FC0A 4CJQA 3V9SA 4F8RA 4CJTA 3T3FA 5J2PA 2F8TA 3QIPA 4N5SA 5KI6A 1T03A 3VA3A 1HQEA 3CM5A 3OYJA 3KLGA 3K5OA 1NKCA 5C24A 3O3GA 2IOCA 1C6VA 1C1BA 3TARA 3NH2A 3DLHA 4EZ6A 1L3UA 4AILC 3F73A 5J2MA 1YVUA 4LY7A 1VSLA 2YNGA 4OKJA 1U47A 4OKEA 3L2UA 3M8PA 4FJMA 2IC3A 1QHTA 3ZSQA 3NH0A 1HNIA 4E7LA 5T7BA 1KTQA 1GOAA 3F9KA 1EX4A 4FJ9A 3IRXA 4CECA 1B9FA 1NK6A 4CE9A 3VN5A 2FBYA 2YNFA 4FLXA 2X78A 2G8WA 1Z26A 4M3WA 1ZBIA 3K2PA 5CZ2A 3AO5A 1WSIA 3DLKA 3L2RA 2VG6A 1IH7A 1RT7A 3HT3A 4CJ3A 4FJLA 4L8RB 4PUOA 4AH9A 2D0BA 3TWHA 2QKKA 4KHQA 2OPPA 3KD1E 2F96A 3HK2A 4DSKA 1TKDA 3FFIA 3NH1A 3O4NA 4J2DA 3VQ5A 4J2AA 3VQPA 4KB1A 3VQCA 4DG1A 3AO3A 2W42A 3VQ9A 3SUQA 3CFRA 4CEBA 2D0CA 3C95A 1VSDA 1WAJA 4DQQA 1GOCA 3HVTA 4OGCA 4DQRA 4DTJA 3V81A 3QEPA 1KRPA 4KTWA 1NKEA 4CFDA 1RILA 1BIZA 4B9SA 1HPZA 1FXXA 4CEEA 4FJ8A 4CFAA 3NF9A 3L2VA 2PYLA 1RDDA 4B9UA 1ZBUA 3SYZA 1SL1A 4CGIA 1KVAA 5FDLA 3RRHA 1I39A 3QEVA 3AVKA 1YTAA 3LAMA 1TKXA 1ASVA 4IBNA 1N5YA 3V1OA 4GVMA 4CHYA 3SUPA 1UAXA 4BDYA 5FRNA 3WNHA 3SV4A 4TSXA 4DFPA 3SPZA 3HPOA 2VWJA 1RT6A 3K5MA 3V1RA 4YFUA 4DTXA 3OS2A 3RR7A 2GBZA 3DLRA 2OZMA 3RTVA 4DU4A 4FJGA 1QQCA 4H8KA 3THVA 2QKBA 1KCFA 3ZSZA 3NHGA 4FLTA 5KRSA 2A1SA 4O55A 1IKYA 3AVLA 1NK4A 2KFNA 4FZXC 4H4MA 2P5GA 3DLGA 4K8ZA 2HNDA 1XI1A 3KLIA 4KHYA 1JLFA 2HNZA 1RT1A 4KHUA 1IKWA 1TAUA 1KLMA 3RRGA 2HB5A 3QERA 3DMJA 4W5QA 3ZT2A 2G8FA 5HBMA 1VSKA 3SQ1A 3MXMA 3DLEA 2XY7A 1TGOA 4RW4A 2G8IA 2HW3A 1S1XA 2EX3A 1ZYQA 4CHPA 3I8DA 4CEFA 1JL2A 3NAEA 4DFJA 4R5PA 5D3GA 3S3NA 2Z1HA 1X1PA 4CJ5A 4EP4A 3AA2A 1Q9YA 1MU2A 4KFBA 3LALA 1C0MA 4FM1A 3SPYA 2VG7A 3QIOA 1NJWA 4KREA 1DLOA 1Y97A 3PX4A 2Z1JA 2HNYA 3TAGA 1TL3A 1NK9A 4W5RA 4LSNA 3L2WA 2HHTA 1S9EA 2E6MA 3OJUA 4HTUA 4F2SA 5I42A 3DM2A 3DLBA 4FJHA 1RBTA 4Z4FA 4FLWA 1QSYA 4OVLA 4B8CA 3SCXA 4ICLA 5K14A 1TK8A 4CHOA 4FK2A 4KI6A 2BGGA 3AVJA 3H08A 3ZSWA 4PWDA 4FXDA 2YKNA 4GMJB 1JLBA 4JS5A 1D9FA 4NCGA 3RMDA 1UWBA 3D0PA 4KPYA 3AVNA 3EYZA 1BISA 1Z25A 5I3UA 3AVAA 4KKOA 3ALYA 1ASWA 3ZSVA 4DMNA 4RW6A 4DF4A 3V9WA 1XHZA 3AO4A 1GOBA 4DLEA 1VK0A 4O4GA 4ELVA 4B9TA 1BHLA 2Z1IA 1JLAA 1VSJA 4M3ZA 4FW2A 4GW6A 1LW2A 4CHZA 1KSPA 1CXUA 1LWEA 1VSEA 3LPUA 2B5JA 4KTZA 3EZ5A 4IDKA 4CEZA 2R7YA 4DF8A 2YHBA 5JS2A 3T19A 1EKEA 3TAEA 2GV9A 3DRSA 3QLHA 1W9HA 2HHUA 1XHXA 4KHWA 4O0IA 3KKSA 4JLHA 1NOZA 2PY5A 2XY5A 4PY5A 1S1TA 4IG0A 3OYAA 2RPIA 3SJJA 4OGEA 3K59A 3RMAA 4HVJA 5CYQA 4HUEA 1ITGA 3DYAA 3QEWA 4BE2A 3TAQA 1JKHA 2HHWA 4FJJA 4Z0UA 4CJLA 4FYDA 1S1WA 3EY1A 4B3OA 2B6AA 3M8QA 1RTHA 3IS9A 5CYMA 4W5NA 4KHSA 4FLVA 4CJPA 3HVRA 1BCMA 2P1JA 3U3GA 3RMCA 2WONA 4HUGA 3KK3A 1RNHA 1TKZA 3AVMA 1RBVA 3TI0A 1J5OA 3VQBA 4KAZA 5KTQA 3AVGA 2BANA 4BDZA 3AA5X 4DTRA 1UOCA 1XWLA 1SKWA 3U6FA 3KLFA 3SZ2A 4E19A 1XC9A 3UIQA 4KV8A 2DFHA 2X6SA 4CF0A 2XRIA 4FLUA 4MQ3A 1QE1A 3VQQA 1SV5A 2KZZA 4E1NA 2X6NA 1T8EA 2Q3SA 1LWFA 5C42A 3V6DA 5HLFA 3AA3A 3V1QA 4CGFA 3HXMA 4JRPA 3BGRA 1QSLA 2HMIA 3M8SA 4DTUA 4CF8A 4FJNA 4FCYA 4OPJA 3QNOA 2DTUA 1C1CA 3ASMA 3C6TA 3TAPA 2OPQA 3MEDA 3SI6A 3AVHA 1U4BA 1TAQA 4DU3A 1L5UA 4FK0A 4Y1CA 4JS4A 1NJZA 3IG1A 2BE2A 4CIEA 1WSJA 1SKSA 4DTOA 4ZTJA 4YNQA 4FW1A 1RCHA 2QXFA 1L3SA 5KGXA 3OYEA 2KTQA 3AO2A 2ZE2A 1BQMA 2HHQA 5HP1A 3PX0A 1CLQA 1J9AA 1NK8A 3ZSXA 4CJEA 2GUIA 3AV9A 4O0JA 4HCCA 1A5WA 4AHRA 4ELUA 1HYVA 3HPHA 4KHNA 4E7HA 5J1EA 1F21A 2AJQA 1S1VA 2RKIA 5HRNA 5E41A 1VRUA 4UQGA 4DLGA 3S9HA 2BDPA 2O4IA 4O5BA 1S6QA 1HRHA 1Q8IA 1VSMA 4IG3A 4LD0A 4BACA 4E7IA 4Q5VA 5J2QA 4CJRA 2VG5A 4C8OA 1ASUA 3DOLA 4N76A 1TVRA 3VQDA 3OYIA 3LZIA 1NKBA 4HCBA 1RT4A 4DWIA 4CEDA 3AVIA 3LWLA 4F3TA 3K58A 4B9MA 1RT3A 2DY4A 3BDPA 1C0UA 1O1WA 4AHUA 4Y1DA 4BWMA 1J53A 3PUFA 3CM6A 3TAMA 4M41A 3B6PA 1X9WA 4DSLA 2IGIA 3KJVA 3VQ6A 2ITGA 4IFYA 3ZT0A 3OJSA 1RTIA 2D0AA 3ZSYA 3L2QA 3QEIA 2XO7A 5HRSA 3IAYA 5JS1A 3LANA 3A2FA 1WSHA 3LP3A 3ZT1A 1WSGA 4CFCA 4B9LA 4E0DA 1HYSA 3HP9A 4CJVA 1DTQA 1U48A 4CIFA 1UA1A 4M3TA 1A5XA 2YNIA 4DSJA 4AHSA 3TR8A 4E3SA 1IG9A 1QTMA 4CJFA 4DS4A 4KI4A 4AHCA 3QEXA 2YNHA 4OPKA 1B92A 2F8SA 3AO1A 2HVIA 2G8UA 3NDKA 3NF8A 4DQPA 4FZZA 2HHSA 3MEGA 4DTPA 3MAQA 2Z1GA 4NCAA 2O4GA 5DK5A 1TV6A 1JXEA 1G15A 3DOKA 1DTTA 1K6YA 1RTDA 4CGHA 1A5VA 1X9SA 3I0RA 1TKTA 3AVCA 1NOYA 1SKRA 4K8XA 1U04A 4Z4HA 3KIOA 4E89A 5CY4A 2OA8A 1LAVA 2XY8A 3OYDA 3P5JA 4NCBA 4EP5A 4H4OA 3OYFA 4E7KA 3P1GA 1IKXA 2IDOA 4C8NA 4BE0A 4FLYA 1J54A 3S3OA 4C8LA 4Z4GA 3V4IA 1KLNA 4M42A 3SQ2A 2HHVA 4FM0A 1RBRA 3VQEA 1VRTA 1BCOA 3WNFA 3JSMA 4XIUA 4M3YA 4NYFA 2KQ2A 1RDCA 3ZSOA 3OVNA 1L3TA 5FRMA 4LSLA 1ZBFA 3WNGA 1WSEA 1S1UA 1X9MA 3O3HA 3KTQA 4IKFA 1BIUA 1YT3A 4DTMA 2KFZA 2NUBA 1TL1A 5EU7A 4W5OA 1KVCA 3AVBA 4Q0BA 3NBPA 1QS4A 1BL3A 1KFDA 4CHNA 1SL2A 3OYHA 4M3XA 3NE6A 1T7PA 4O44A 3OYNA 1S6PA 2I5JA 3I0SA 4J2EA 1IO2A 4HHTA 1BI4A 3MECA 3SV3A 4I2PA 4I2QA 1NK0A 2E4LA 1FKPA 3LAKA 1VSHA 3O4QA 5CZ1A 3K5LA 4F3OA 1YTUA 4MFBA 2Y1JA 4G1QA 2WOMA 4PQUA 2HHXA 1IKVA 4J2BA 4RW9A 1QSSA 3HSTB 2IAJA 1RT5A 3K57A 1SL0A 2ATQA 3VQ4A 3ZT4A 4QOZB 3E01A 4C8KA 3VQ7A 1JLEA 4FJ5A 4CK1A 1RBSA 1CZBA 3DRPA 4CF9A 3LP2A 3G10A 2ZQBA 4E7JA 2IS3A 3NF6A 5HRRA 3ZT3A 2G8KA 2YV0X 3O3FA 2OYQA 4DSIA 1CZ9A 3L3UA 3OYLA 3PX6A 1WSFA 4DTNA 4DSEA 1KVBA 4FVMA 4B08A 1BQNA 3CG7A 1N6QA 4B9NA 3HPGA 4CFBA 5FROA 1LWCA 2D5RA 4PA1A 4FJIA 3VQAA 1I3AA 3MXIA 2KW4A 3G0ZA 3QNNA 3HP6A 3SUOA 2P51A 1ZBHA 2RF2A 4CERA 3KLEA 3ULDA 3SQ4A 2QK9A 4B8AB 4BE1A 1JLCA 1FKOA 2XY6A 1S9GA 4OJRA 3SQ0A 3NFAA 4F4KA 3MXJA 4CK2A 3NGZA 3KK2A 2P5OA 3KD5E 3OY9A 4Z4IA 3LZJA 4DQSA 1L3VA 2E6LA 4CJSA 5HRPA 3K5NA 3P83D 2PYJA 4DFMA 1D5AA 2FBTA 2JGUA 3M8RA 4HUFA 4DSFA 3C6UA 1NJYA 4CJWA 1SUQA 4NYNA 4LH4A 1HMVA 4Z4CA 1D9DA 3HO1A 1ZBLA 5KGWA 3PO4A 1VSIA 2B4JA 3HYFA 1D8YA 3ISNC 4CJKA 4KRFA 4FJ7A 3HM9A 4FM2A 1CXQA 1EETA 4CEQA 4F2RA 3ZSRA 3PV8A 1EP4A 1C0TA 3D45A 4RW7A 5HROA 4ZHRA 3L3VA 3JYTA 3B6OA 1WLJA 3LP0A 2PZSA 4QAGA 4FLZA 3PO5A 4CEAA 3HJFA 4IFVA 4M3RA 4KB0A 1U49A 4FZYA 3OS0A 2YKMA 3LDSA 4CGJA 1KFSA 5J2NA 4B9VA 3TABA 1LW0A 2DFFA 1JL1A 4C8MA 3OYGA 4ZTFA 1RBUA 3MEEA 3SNNA 3OS1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LSNA 3O80A 4N47A 4BGAA 3TTDA 3WEEB 2Q2RA 4FWPA 3ZCMA 1JCEA 1RTJA 1UA0A 3PY8A 2O8FB 3WNEA 3AA4A 1RDAA 2A5XA 4ELTA 4LH5A 2KLAA 4CZJA 1EXQA 5DMRA 1NGBA 1HNVA 1U45A 4OLBA 3ENHA 4JI2K 4AHTA 4CEOA 3NCIA 3V9ZA 4Z4EA 4DU1A 4RW8A 2VWKA 3VTHA 3UKRB 4JK8A 4N41A 1CZAN 4BWJA 1HUXA 4ID1A 1L3SA 2ETJA 3HZ6A 4ILGB 4BG9A 2IVNA 3PSFA 2X74A 3NF7A 2UUAK 4FPAA 4IJNA 4JI5K 1HLUA 3CFOA 1YIJN 3DWLA 3DXMA 1TYQA 4BC3A 4ISFA 4DFKA 1JLQA 4FJKA 3KK1A 4DCHA 4RTFD 3H45C 5BREA 5J2PA 5BRDA 4IOXA 3CJ7A 4MLEA 5KI6A 4CW7B 3CM5A 3OYJA 4K43A 3VETA 3OBWA 3NH2A 1YVNA 1VSLA 4OKJA 2YHXA 3M8PA 4FJMA 2IC3A 1IV0A 1DEJA 3M6GA 4MDAA 5EVZA 3T1YK 1GOAA 4CZKA 1EX4A 4FJ9A 3RVCA 4ISEA 4CE9A 3VN5A 2YNFA 2X78A 5BRHA 5AQUA 4M3WA 1WSIA 3L2RA 3DLKA 4CJ3A 4AH9A 3TWHA 1TKDA 3WXMB 4JHDA 1N8RO 4XH5A 3OTOK 5BN9A 2YX6A 1GOCA 1JJ2M 3NVKA 3CCVN 1BIZA 5AZJA 1FXXA 4CEEA 3H1VX 4FJ8A 3NF9A 3L2VA 2ZJPL 4CGIA 4CI6A 3EN9A 1I39A 3ATUA 3QEVA 3AVKA 1Q86O 3LAMA 3N4QA 3O8MA 3SMSA 3WNHA 3SV4A 1BUPA 4TSXA 1RT6A 1XNQK 4YFUA 1Q18A 3DLRA 5KQDA 1KAZA 4H5WA 4BR9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LSN A;  3O80 A;  4N47 A;  4BGA A;  3TTD A;  3WEE B;  2Q2R A;  4FWP A;  3ZCM A;  1JCE A;  1RTJ A;  1UA0 A;  3PY8 A;  2O8F B;  3WNE A;  3AA4 A;  1RDA A;  2A5X A;  4ELT A;  4LH5 A;  2KLA A;  4CZJ A;  1EXQ A;  5DMR A;  1NGB A;  1HNV A;  1U45 A;  4OLB A;  3ENH A;  4JI2 K;  4AHT A;  4CEO A;  3NCI A;  3V9Z A;  4Z4E A;  4DU1 A;  4RW8 A;  2VWK A;  3VTH A;  3UKR B;  4JK8 A;  4N41 A;  1CZA N;  4BWJ A;  1HUX A;  4ID1 A;  1L3S A;  2ETJ A;  3HZ6 A;  4ILG B;  4BG9 A;  2IVN A;  3PSF A;  2X74 A;  3NF7 A;  2UUA K;  4FPA A;  4IJN A;  4JI5 K;  1HLU A;  3CFO A;  1YIJ N;  3DWL A;  3DXM A;  1TYQ A;  4BC3 A;  4ISF A;  4DFK A;  1JLQ A;  4FJK A;  3KK1 A;  4DCH A;  4RTF D;  3H45 C;  5BRE A;  5J2P A;  5BRD A;  4IOX A;  3CJ7 A;  4MLE A;  5KI6 A;  4CW7 B;  3CM5 A;  3OYJ A;  4K43 A;  3VET A;  3OBW A;  3NH2 A;  1YVN A;  1VSL A;  4OKJ A;  2YHX A;  3M8P A;  4FJM A;  2IC3 A;  1IV0 A;  1DEJ A;  3M6G A;  4MDA A;  5EVZ A;  3T1Y K;  1GOA A;  4CZK A;  1EX4 A;  4FJ9 A;  3RVC A;  4ISE A;  4CE9 A;  3VN5 A;  2YNF A;  2X78 A;  5BRH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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