3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
2IDOA 1TKTA 3AA2A 3SQ0A 5J1EA 1A5WA 1RT6A 1SL0A 1NKBA 3AO5A 4IFYA 4BE1A 2A1RA 2O4GA 3QLHA 4CECA 2HHQA 3HT3A 1WSGA 1CLQA 4H8KA 4I9QA 3I0SA 3JYTA 3V9WA 4DSEA 2P5GA 2G8VA 1HYSA 4JS5A 1MU2A 3U3GA 1BISA 3AO1A 3RRHA 4FZYA 1IG9A 1QTMA 4CE9A 4JRQA 3QIOA 1T05A 4CFAA 3F73A 4HUEA 4E7IA 4DQSA 1C0MA 4LSLA 1IH7A 1J54A 2VG6A 4CK3A 1BCOA 4UQGA 3KK2A 1C6VA 3SV3A 3QEPA 3SZ2A 1UA1A 1D9FA 3OS2A 1RTIA 4FJKA 4DTPA 4IG3A 3NF7A 4CJFA 2P5OA 2QKKA 4B9SA 4DTOA 1ITGA 1QS4A 3OY9A 4DS4A 1RBVA 4M45A 4CF1A 4CGFA 4J2DA 2ZD1A 4KO0A 3ZSRA 3CM5A 2HVIA 4FM0A 4OKEA 3TAFA 4M3YA 2KFZA 2HB5A 3OYFA 4ZTFA 3HK2A 3WNGA 2AJQA 4E7JA 4PWDA 3A2FA 5HROA 4HCCA 5SZTA 5DK5A 1RTHA 3V4IA 2KW4A 2KTQA 3M8QA 4FZZA 1VSIA 2X6SA 5CZ2A 3D45A 3LDSA 4BWJA 3RMBA 3RMCA 2HVHA 3ZT1A 1JLCA 5KRSA 1N6QA 4AILC 1NK0A 2RKIA 3I0RA 1ZBHA 1ZBLA 3AA4A 3SQ4A 2IS3A 2Z1HA 4Z4HA 3KLFA 3I8DA 1NOYA 2X78A 2G8KA 1T7PA 2ETJA 4AH9A 4DU4A 1IKYA 4NCBA 4AHCA 4CIGA 4NYNA 1KLMA 4FXDA 1YT3A 2P51A 2PY5A 1G15A 4IG0A 4OJRA 1D9DA 3ZSYA 1VSKA 1KFSA 2G8IA 5HP1A 4DLGA 1U4BA 1NKCA 4EP4A 1RDCA 4DSIA 1UOCA 3HPGA 3JSMA 3S3OA 2Y1JA 3OYNA 1C1CA 4Z4GA 1RDBA 1VSHA 1J9AA 3CG7A 3NBPA 3ZCMA 3AO3A 4RW6A 2DFEA 5C25A 4O5BA 3LPUA 3M8SA 3SUQA 1NJXA 3AVIA 3ITHA 3SUNA 3QO9A 1SKRA 4DTUA 3PY8A 3LP3A 1BL3A 4B9VA 2BE2A 4E3SA 4PY5A 3HVRA 4C8MA 1HJRA 1S1WA 4KV8A 1DTTA 4OVLA 3C95A 4HHTA 4DQQA 1FKPA 3LAMA 1HRHA 1HYVA 2X74A 4E1NA 4FYDA 4DQIA 1RT7A 1LAWA 2OYQA 1WSIA 3CYMA 4CJEA 1QSYA 1JL1A 3QIPA 1KRPA 2G8HA 1XWLA 4CESA 3CFRA 2OPRA 3HL8A 4QAGA 5K14A 4BWMA 3NDKA 3K57A 4ZHRA 1RT3A 2YNGA 3K5NA 2F8TA 4IKFA 3MAQA 4FLXA 4F2RA 2PYLA 3LWMA 1VSDA 3VA3A 3DLGA 4M3UA 3NE6A 4CJRA 1X1PA 4KHYA 3OJUA 1RBRA 3S3NA 1SKSA 2OZSA 4DFJA 4K8ZA 2YKNA 3KD1E 3KK3A 1TKDA 1I3AA 2IOCA 3QEVA 5J2NA 4CEZA 1X9MA 2QXFA 3CFPA 1IKVA 2E4LA 1Z26A 1C0UA 3P1GA 4LH4A 4F3TA 1GOAA 1U04A 5KGXA 4N41A 4O4GA 5HBMA 2RF2A 4DTXA 3KLHA 1SKWA 3QEWA 3PX0A 4JLHA 4CHOA 3ZSVA 4KAZA 3L8BA 4CJ5A 1BHLA 1FXXA 1SV5A 4L8RB 1VRUA 4CK1A 2OPPA 3VQBA 3DRRA 2PYJA 4W5NA 1TVRA 2VWJA 2HNZA 3OYMA 4ID5A 3OYGA 2JGUA 3VQ6A 3EY1A 3U3YA 1L5UA 4KI6A 2Z1JA 1YTUA 4CEQA 3SCXA 1Q9YA 4CJPA 4FJ9A 1ZBIA 3G10A 2A1SA 2KFNA 2HHWA 2HHVA 3NH2A 2GUIA 3SQ1A 1TAUA 3CM6A 4DSFA 3AVGA 4DFKA 2P1JA 5D3GA 1HNIA 1KVAA 2YNIA 3QNOA 4HVJA 1JXBA 1X9SA 4G1QA 1ASWA 1T03A 2HHXA 1NJYA 3KIOA 5KTQA 2B5JA 1JLGA 1RTJA 4DFPA 1TK5A 1CZBA 2G8FA 4QCLA 3OYCA 1KVCA 4M3TA 3DLKA 4M41A 4CJTA 2ITGA 1X9WA 3PO5A 4DWIA 3L3UA 2E6LA 2YHAA 3K5LA 3SJJA 2IAJA 4KHWA 4OKKA 3S3MA 4C8NA 4CF8A 1WSFA 2EX3A 3OS0A 3HP6A 2PZSA 1NJZA 1Q9XA 3WNHA 4CF0A 1VSMA 2KQ2A 4KHQA 2XO7A 4RW9A 3EYZA 3HO1A 5KGWA 2XY7A 4M3ZA 3DLRA 5E41A 5J2QA 4CFDA 1GOBA 1QSLA 4FZXC 3ZSZA 3MEGA 3TI0A 3IRXA 4FJMA 4FM2A 1S1XA 4CFCA 1RT5A 4CJLA 4KTQA 4KKOA 5I42A 3O3FA 4BE2A 3DLHA 1XI1A 3SV4A 3BGRA 1NKEA 1RTDA 2EHGA 3OS1A 3KK1A 1VSLA 1GOCA 4FJGA 4Z4IA 1XC9A 1EXQA 3CFOA 1T8EA 3ASMA 4CEBA 5C24A 4I7FA 2G8WA 3TAEA 4KRFA 4E1MA 3KTQA 4Z4CA 2VG7A 4N56A 1WSHA 1ASVA 4FJJA 1S9GA 1IKXA 3NF9A 4AHTA 4DFMA 4OGCA 2R7YA 1NK5A 1ASUA 4HTUA 3VQQA 4B3OA 1L3TA 1O1WA 3K2PA 4H4MA 1FKOA 4CJWA 2DFFA 3AV9A 4DSKA 4KPYA 1NOZA 5CYQA 3O4NA 4Z0UA 1JXEA 1LWCA 3DLEA 2HNYA 1BIUA 4FLTA 3FFIA 3V1RA 2NUBA 1TGOA 1RDDA 3AA5X 3VQ4A 3LZIA 4M42A 3O4QA 3DOKA 3LZJA 3V9SA 5T7BA 1F21A 3QERA 2Z1GA 1JLQA 4CK2A 4YFUA 1D5AA 3U6FA 4CCHA 4CJKA 3DOLA 3V9XA 2YV0X 4FLUA 3VQCA 1W0HA 5HLFA 3G0ZA 5FRNA 5CYMA 2BANA 3V9UA 4DU1A 4O0IA 1S1VA 1XHZA 2FBXA 1KFDA 4BACA 1DLOA 1WAJA 3KLIA 3QESA 3SYZA 1JLFA 1YTAA 3NFAA 3OVNA 3AVHA 2FC0A 4DF4A 1NJWA 4B9LA 2D5RA 3DI6A 3AO4A 3DM2A 3VQ8A 1IKWA 3M8PA 1TK0A 3HVTA 3LPTA 2D0CA 3NH1A 3V1QA 2XHBA 2HHSA 3RMAA 2DY4A 5SWMA 4FJLA 4C8OA 3AVFA 3KJVA 4JS4A 3HP9A 3DLBA 4I2QA 4HUFA 3ZT2A 3AVMA 3NCIA 3T1AA 3VQAA 3OYAA 2D0BA 1SL2A 3IG1A 4BE0A 3RR8A 4CFBA 5C42A 4DF8A 1QQCA 3TANA 4AHSA 3SUPA 1JL2A 3ZSXA 3OYEA 1RCHA 1JKHA 4BDPA 3LP2A 3KKRA 3HPOA 3C6UA 2VWKA 3SI6A 3NH0A 1SUQA 1VSFA 3L2VA 2YNHA 4F3OA 3VQ9A 1U45A 2B4JA 2ATQA 4AHRA 2IGIA 2F8SA 4W5RA 4RW4A 4N5SA 3LALA 4DTRA 3SUOA 3K5MA 1ZBUA 1RBTA 4KREA 4KTZA 1C1BA 1RDAA 1RT4A 4RG8A 4DTMA 1J5OA 3MECA 4FJHA 3DYAA 5J2PA 1W9HA 2YKMA 1J53A 3AO2A 4WE1A 3VQEA 3PV8A 1WSEA 4R5PA 4C8LA 1YVUA 2HHUA 4ICLA 5HRSA 4NCGA 3BDPA 2QK9A 3QNNA 1I39A 3VQDA 1VRTA 4FK0A 1WLJA 1KTQA 2B6AA 1KSPA 4F2SA 4PQUA 4QOZB 2ZE2A 3MEDA 3PO4A 1IO2A 5JS2A 4LD0A 3AA3A 4DU3A 3HPHA 4RW7A 4B8CA 2W42A 4KHUA 3T3FA 1CZ9A 4CIEA 3P83D 3NAEA 2HMIA 4KHSA 1RT1A 4CEOA 1JLAA 4OGEA 3LWLA 1TL3A 3F9KA 4MFBA 3DMJA 3V1OA 4CHQA 4EZ6A 2RN2A 4CGIA 3NGIA 3CQ8A 1TK8A 4IDKA 4O44A 3AVAA 4DLEA 4OLAA 4CGGA 4DQRA 3TR8A 3D0PA 2GV9A 1VK0A 4CF2A 4GVMA 4HCBA 3TARA 1U47A 4B9UA 1EETA 3LANA 1A5VA 4IBNA 4ID1A 1FK9A 4FJ7A 2XY8A 3NF8A 4FM1A 3AVJA 3RMDA 4CJ4A 4LY7A 1HNVA 2E6MA 3DRSA 5FRMA 1RBUA 4CGJA 1U49A 4EP5A 4N76A 4CIFA 4FJ8A 4HUGA 5I3UA 3ZT0A 1TAQA 4J2EA 4FK4A 2YNFA 1B92A 4W5QA 3RTVA 3ZT4A 3LP1A 4FK2A 1Y97A 1JLEA 3OYLA 3TABA 1CXUA 4CJVA 4Q5VA 4Q0BA 1REVA 5KI6A 4K8XA 1RBSA 1WAFA 4DTSA 3DRPA 3MEEA 4FVMA 3V81A 3ULDA 3SPZA 3AVNA 2WONA 2BGGA 4E89A 4FLVA 3KLGA 3VQ7A 2WOMA 4PA1A 3QETA 4FCYA 4GW6A 4KTWA 3WNFA 3O3GA 3SPYA 3QEXA 3V6DA 1LW2A 1XHXA 4DG1A 3OYDA 1D8YA 3NGYA 4Y1DA 4BDZA 1L3SA 4GMJB 4DSJA 4B9TA 4LSNA 4RW8A 4Y1CA 4B9NA 1VSJA 2BDPA 4C8KA 4ELVA 4J2AA 4H4OA 3MXMA 4OPKA 4I2PA 3OYHA 4KB1A 3TAQA 1L3UA 3AVKA 4YNQA 3RWUA 2ZQBA 3L2UA 1QSSA 3S9HA 5DMRA 3VA0A 4E7HA 3LAKA 5CY4A 2X6NA 3NGZA 4NCAA 5CZ1A 3PUFA 4DQPA 3TAMA 1C0TA 4CJ3A 4FLZA 2HNDA 4F8RA 3MXIA 3ZSOA 4BDYA 2OA8A 1UA0A 2OPSA 4B9MA 1C1AA 3WNEA 4ELUA 1Q8IA 1VSEA 2IC3A 1ZBFA 3L2QA 3H08A 3O3HA 4CJSA 4OLBA 2XY5A 1B9FA 1LWEA 1NK4A 1KCFA 4N47A 3RR7A 4KI4A 3T19A 4OKJA 1N5YA 4CEFA 2FBTA 3KLEA 3UIQA 4E7KA 4FW2A 4CEEA 3HXMA 2DFHA 1LW0A 1HQUA 2F96A 3AVBA 5FDLA 3SQ2A 3KKSA 2KZMA 1TKXA 5EU7A 1LWFA 1L3VA 3QINA 3RRGA 4CHZA 4XIUA 5JS1A 3MXJA 4E19A 4M3XA 3SNNA 1UWBA 2DTUA 1HYZA 4CJUA 4CHNA 4OPJA 4CGDA 3ISNC 4DSLA 4DMNA 3P5JA 3ZSQA 4I9LA 3VQPA 4ZTJA 2Q3SA 2HHTA 4AHUA 1B9DA 1WN7A 3VQ5A 4FJXA 1BGXT 4DTNA 4CHYA 3TWHA 3HJFA 3E01A 2Z1IA 4W5TA 3AVCA 3LP0A 3OJSA 1HPZA 3OYJA 1NK7A 2G8UA 2XY6A 4FJNA 4CHPA 5KRTA 3NHGA 1NK8A 4TSXA 4DS5A 2FBYA 3ZT3A 4W5OA 4CEAA 4CF9A 1WSJA 3HYFA 3ZSWA 1LAVA 1RILA 4NYFA 4DTJA 1ZYQA 1RNHA 5FROA 4KB0A 4FLWA 5J2MA 3K5OA 4ELTA 3OYBA 3VN5A 4FJ5A 4CJQA 2O4IA 1NK6A 1KLNA 1BI4A 2Y1IA 1TL1A 4AHVA 2OPQA 3PX4A 1BI4B 1EX4A 3HM9A 2VG5A 4FLYA 1QHTA 4KHNA 4JRPA 3B6OA 4F4KA 1S5JA 3EZ5A 5HRPA 3K59A 1S6PA 1TKZA 1LV5A 2QKBA 2HW3A 5HRRA 3L3VA 1CXQA 1K6YA 1BQNA 1DTQA 3IAYA 4CGHA 1TV6A 1KVBA 4Z4EA 3TAPA 4CEDA 1S1UA 1BCMA 4B8AB 4CERA 3AVLA 2GBZA 3QEIA 4E0DA 3HSTB 3THVA 4EZ9A 3TAGA 3L2WA 3OYIA 1R0AA 1UAXA 2D0AA 2JLEA 3M8RA 3OYKA 4B08A 4FJIA 1SL1A 3B6PA 2XRIA 1S6QA 3V9ZA 3PX6A 4Z4FA 1NK9A 1QE1A 1JLBA 4M3WA 1A5XA 4MQ3A 4FW1A 2LSNA 3L2RA 2I5JA 1HMVA 1BIZA 5HRNA 4KFBA 3C6TA 3K58A 2OZMA 1RT2A 3KD5E 3C94A 2FBVA 1BQMA 2YHBA 1EKEA 3ALYA 4O55A 1U48A 1Z25A 4LH5A 4J2BA 4O0JA 1S1TA 2RPIA 4E7LA 1EP4A 1WNSA 1S9EA 1HQEA 4M3RA 2KZZA 4IFVA 4PUOA 3IS9A 3NF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SQ0A 1DKGD 1SL0A 2A1RA 2CH5A 2HHQA 3HT3A 1WSGA 4JS5A 3U3GA 2JWKA 2JWLA 4JRQA 5AQJA 3F73A 2P9LA 1IH7A 4WQ5C 3TTFA 3SAGA 1NK0A 1D8YA 4PQUA 1C6VA 3SZ2A 1RTIA 4IG3A 3NF7A 2QKKA 2VWBA 3OY9A 1RBVA 4M45A 2O8BA 3L6QA 2ZD1A 3CIPA 4KO0A 1E4GT 5JMVA 4FM0A 3CJ1A 3TAFA 4B1ZA 4PL8A 3ATUA 2AJQA 1HKGA 3VEWA 5HROA 3ID6A 2W41A 5SZTA 5DK5A 2NRRA 2X6SA 4AILC 1QQOA 2RKIA 3MN5A 5GAGP 4GY2B 1ZBLA 3AA4A 1BUPA 4CZFA 5FPDA 3MK6A 4DU4A 1IKYA 2QEXN 4CIGA 4FXDA 4OPAA 2NRTA 3ZSYA 1VSKA 2P9PA 3WXLA 4FPAA 3CCSN 1U4BA 1IJJA 3HPGA 4DSIA 3S3OA 3RSEB 3F9MA 1C1CA 3OYNA 1VQNN 4Z4GA 1VQMN 1VSHA 1ATNA 3NBPA 3ZCMA 3M8SA 1NJXA 5C25A 3LPUA 3ITHA 1QQMA 3QO9A 4B9VA 3H1QA 4HHTA 1BA0A 3DLLL 4DQQA 1HRHA 2QWMA 2X74A 3PIPL 1WSIA 3CYMA 1QSYA 1JL1A 2IVNA 3HSCA 1KRPA 1XWLA 1KLNA 4QAGA 4BWMA 3K57A 3SAFA 3K5NA 2F8TA 1N32K 4IKFA 4A2BA 3W0LA 1Q81O 3LWMA 3VA3A 4GV9A 4NB4A 3NE6A 2ZGYA 1SKSA 4K8ZA 2YKNA 5AQUA 4JNEA 2QXLA 3CFPA 5AQGA 3C6HA 5F0XA 4LH4A 1VQKN 1GOAA 4JI4K 1LOTB 4N41A 4O4GA 5HBMA 4JLHA 4CHOA 3L8BA 1BHLA 4H5TA 4L8RB 1VRUA 3IDHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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