3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
3V81A 4CF8A 3AO4A 4LH5A 1S6QA 3VQDA 4E1MA 3BDPA 1QHTA 5JS2A 5J2MA 3ZT4A 3HYFA 4DG1A 4CHYA 2XY6A 5HRPA 2XHBA 4M41A 1JLGA 1RT1A 1S9EA 2PZSA 1D8YA 5K14A 3NCIA 3HVRA 3VN5A 3SUQA 1SKSA 4F4KA 2OA8A 4FJXA 3DRPA 3SI6A 4Z4IA 2HW3A 2E6LA 4RW9A 4CJRA 3HPOA 1LWCA 1WSGA 4B3OA 1KFDA 1VSFA 4B9VA 1JL2A 4DWIA 3LPUA 2EX3A 4ID5A 4N5SA 4CJQA 4DTRA 3KK3A 3QESA 1NJWA 4M3YA 4AHTA 1NKEA 4CGJA 4FJIA 3T19A 4OGCA 3AVJA 3U6FA 3SQ0A 1NK0A 2VG5A 2FBTA 1C0UA 4GMJB 4CJWA 1J53A 1RDDA 1ASUA 4CGIA 3HT3A 4PWDA 4KAZA 1ITGA 1HQEA 2FBVA 3KKSA 3NF9A 3V9XA 2FBYA 3OYLA 4O5BA 4KI4A 3NGZA 4NCAA 1CZ9A 2JLEA 3I0SA 1SL1A 3ALYA 4AHRA 3OYMA 2PYLA 3VA3A 4IKFA 1NOZA 1WAFA 4CJPA 1C1BA 2IGIA 1SKRA 4KHUA 4KHQA 5KI6A 1L3TA 3DLHA 2OYQA 1C0TA 3QLHA 1WSFA 1C6VA 4CGHA 3V9UA 4IG3A 4DTPA 4EP5A 3DOLA 4FLXA 4KREA 5CZ1A 3VQ6A 1MU2A 1REVA 3PO5A 1RT6A 2Q3SA 3H08A 1L3SA 3EYZA 4E7IA 5C25A 1TL3A 3SQ1A 3F9KA 4B9LA 1HYVA 5CYQA 2A1RA 2G8IA 3WNGA 5FDLA 3SYZA 2FC0A 1U4BA 3RWUA 3TABA 4FJMA 2KFZA 3KIOA 3DLRA 1DLOA 1TGOA 2RPIA 4N47A 1RBUA 3NDKA 2IAJA 4KHYA 4ID1A 4ZTFA 4OLAA 2OPQA 3AO5A 4I7FA 4LY7A 3AA5X 4CF0A 1LV5A 4OKKA 4B9TA 2Y1JA 2YV0X 4IDKA 3OS0A 1WSJA 5C24A 1IO2A 1RBVA 3TAGA 3G10A 1VSIA 1SKWA 3K5NA 2IS3A 1L3UA 1A5WA 4FJKA 4FJ5A 4Z4FA 5SZTA 2HNZA 4IBNA 4Y1CA 2HVHA 1TK8A 2VG6A 4FZYA 4Q0BA 1NJXA 4CK2A 3AVCA 1WSEA 3PV8A 1WAJA 3WNEA 4AHVA 1S5JA 4KKOA 4BWMA 1S1VA 4PQUA 5HBMA 4CFAA 4CHOA 3PX0A 3LWLA 1QQCA 3NFAA 1WN7A 4E3SA 1HPZA 2VWKA 3S3NA 3NF6A 4B08A 1X9SA 3EZ5A 4I2QA 4DFMA 4N56A 3TAMA 4CEQA 4CIFA 3LZIA 3LP3A 3O3FA 4DTNA 3U3YA 2Z1JA 1JLCA 1BI4A 4W5TA 1XI1A 4DSLA 3HP6A 4JS5A 3DM2A 3PUFA 3O3HA 4FYDA 3D45A 4FW1A 2YKMA 3CYMA 1HMVA 4DF8A 4KHNA 2DTUA 1J54A 4OJRA 3VQ4A 3HL8A 1N5YA 4AILC 3K5LA 4N76A 3ITHA 3HJFA 1S6PA 3B6PA 2RKIA 4O55A 4FJJA 3CFOA 2QK9A 1C1AA 1NK8A 3L2WA 1XWLA 4M3TA 3OYBA 3ZT3A 3DLEA 3S9HA 2EHGA 3K58A 4DLGA 3SUPA 1BQNA 2GV9A 1TL1A 3AVGA 3P5JA 3OYHA 3SUOA 5HROA 4B9MA 4M3WA 4OKJA 3SPYA 2BGGA 4BACA 3RMCA 1D9DA 2LSNA 5DK5A 1TKTA 3I8DA 3D0PA 2E6MA 3L3VA 1YTUA 3OYAA 2BANA 4CFCA 3SQ4A 4F2SA 4W5OA 3V1QA 5C42A 1RBSA 4Z4EA 4B9SA 4RG8A 3OYCA 4CEZA 4BDYA 2KQ2A 2G8VA 3OS2A 4UQGA 3V9ZA 1BCOA 2KZMA 3LP2A 3OVNA 1N6QA 1WSHA 3KKRA 2QXFA 4ICLA 4CEFA 4HTUA 1YVUA 3OJUA 3HO1A 4CK1A 1DTTA 4YNQA 3KK1A 4RW7A 2HHQA 1YT3A 1NKBA 1KCFA 4CF9A 1GOCA 1S1UA 3IRXA 5DMRA 3KD1E 4F3TA 2DFFA 5E41A 2HHTA 4CJTA 3M8SA 1JLEA 3QNOA 3TI0A 4KHSA 3E01A 3LP1A 3O4QA 4NCGA 3RMDA 1HJRA 4DFJA 4DSJA 1QTMA 4M45A 3L2QA 3PO4A 4FJ8A 2GBZA 3QINA 4FZXC 1KTQA 1VSHA 4C8MA 3V1RA 4OPKA 3OYNA 1SL2A 1IKWA 3QIPA 4KO0A 4CEDA 3SZ2A 4E19A 4FVMA 2KFNA 1S1TA 2OZMA 4CEEA 4J2BA 3CG7A 3LDSA 5SWMA 4O0IA 2KW4A 3UIQA 1HQUA 3HSTB 4CEOA 4FJNA 4CEAA 5KTQA 3ZSRA 1A5XA 4KFBA 5KGWA 3L8BA 1XHZA 3ZSWA 4CJ4A 2YKNA 4HUFA 2Y1IA 2P5OA 4I2PA 5KGXA 1IG9A 4O0JA 4FM1A 1CZBA 1ZBIA 1F21A 4EZ9A 2ZD1A 1EX4A 3ASMA 2PYJA 1YTAA 4CJ3A 4W5NA 3ZT1A 1HNIA 3SPZA 3AV9A 4DSKA 1U47A 1BQMA 3LZJA 4C8LA 4J2EA 4DSEA 4CFBA 1NOYA 3ZSVA 3V9SA 4FK4A 4E7KA 3PX4A 4DMNA 4OLBA 4C8OA 3AO2A 1TVRA 4I9QA 3IG1A 4E7HA 3QERA 3HP9A 1LW0A 1QS4A 3BGRA 4DTOA 4CIEA 3SV3A 2G8FA 5I3UA 1CXQA 4AH9A 2FBXA 4I9LA 3MEGA 1RT4A 4CJLA 2X6NA 3OYDA 2HHWA 2YNFA 4DS5A 3TR8A 3NGYA 3NH0A 3OYGA 1A5VA 4YFUA 4L8RB 4BDZA 3KK2A 4DQSA 1ZBUA 1LAWA 1FXXA 2JGUA 2OPSA 4ZHRA 1JLQA 3ZT0A 2RN2A 4FJLA 3T3FA 1NK7A 2ZE2A 1SUQA 1LW2A 1FKPA 1VSKA 3KLGA 1IKVA 4B8AB 1D5AA 3WNHA 1NKCA 1BIUA 1U04A 4AHUA 3DRSA 1KLNA 1Y97A 3P1GA 3QIOA 4H8KA 4FLYA 1S1XA 5J2NA 4KB0A 3HM9A 1BGXT 3TAFA 4DTSA 2VG7A 1RTJA 2B6AA 4NYFA 3CM6A 3O3GA 4DFPA 3LAMA 4MQ3A 2XY7A 3VQQA 4DU4A 4FK0A 5HP1A 1TAUA 3ISNC 4M3ZA 4RW8A 1RILA 4M3RA 4PUOA 3TWHA 3M8RA 2ETJA 4DU3A 4CIGA 2RF2A 4JS4A 3U3GA 1C0MA 1S1WA 1BHLA 1W0HA 4CERA 3HPGA 1TK0A 1RNHA 4F8RA 2P51A 3V6DA 4ELVA 4K8ZA 1LWFA 3AVAA 1Q9YA 4DQQA 3V9WA 1KVAA 3AO3A 3DMJA 4FM0A 1RTDA 3OYKA 3F73A 2HHXA 2D0BA 1T8EA 4BWJA 4FLWA 2DFEA 4QOZB 5FRNA 4M42A 1CXUA 3SJJA 1TKXA 1IKYA 4ELTA 1EP4A 4FJHA 4M3XA 1ZBHA 1JKHA 3TANA 2P5GA 1DTQA 4FJ9A 1EKEA 3A2FA 4CFDA 3L2VA 3EY1A 2G8WA 4O44A 4G1QA 4OPJA 3TAEA 2D0AA 2P1JA 3WNFA 3THVA 4FJGA 1XHXA 2O4GA 4JLHA 3ZSQA 2YNGA 3HPHA 1GOAA 3DYAA 3KLIA 3NF7A 1LWEA 3ZT2A 5HRNA 4CHQA 1L5UA 1JLAA 1ASWA 1NJYA 3AVIA 1UOCA 3ZCMA 3KJVA 3CQ8A 1TAQA 3MECA 4Y1DA 2F96A 4CGDA 3TAPA 2BE2A 3MXIA 3P83D 4B9NA 4KB1A 3AVKA 4QAGA 1BISA 4CCHA 2VWJA 3DI6A 3K5MA 3QEVA 4AHSA 4OGEA 1RT5A 4CE9A 4XIUA 1JLFA 4Z4CA 4CF2A 2E4LA 1GOBA 3MXJA 4AHCA 1J5OA 5J2QA 1NK9A 3PY8A 3NGIA 2QKBA 4B8CA 4F2RA 4HCBA 5FRMA 3SUNA 2IC3A 5CYMA 1T03A 1NJZA 1SV5A 1U48A 1S9GA 4W5QA 3LWMA 2HHVA 4KTWA 3OYJA 1WLJA 1B9DA 4DTUA 2YNIA 3ZSXA 2BDPA 2ZQBA 4Z0UA 3VQ7A 3VQ5A 4LSNA 3V4IA 2WOMA 3LAKA 1T05A 5KRSA 1LAVA 1UAXA 2X74A 3AA3A 3OYEA 3AA2A 1JXBA 4WE1A 2KTQA 3QETA 3M8PA 3QEPA 1I39A 1NK4A 4H4MA 1VSLA 1ZYQA 4K8XA 3KD5E 1Q9XA 3ZSOA 4B9UA 4E89A 1KVCA 4FLVA 2HMIA 3DLKA 1Z25A 3S3MA 3S3OA 3KLFA 1FKOA 2XY5A 3LPTA 1JLBA 3VQCA 4N41A 2DY4A 3JYTA 1ZBFA 3NHGA 4KPYA 1RT7A 2XRIA 4KHWA 3NH1A 2XY8A 1UWBA 4CESA 1RDCA 4LD0A 5HRRA 3ZSYA 3C95A 3LANA 3C6TA 1BCMA 1Q8IA 3M8QA 5D3GA 3FFIA 4DF4A 4FJ7A 4CF1A 3AVBA 4E7JA 3VQ9A 4JRQA 4TSXA 4DS4A 3VQEA 3G0ZA 5J1EA 3KLEA 1ZBLA 2YNHA 3DLBA 4CJEA 2G8UA 4DQRA 1BI4B 2D5RA 1W9HA 3B6OA 3HK2A 3RTVA 4FZZA 3NE6A 4DFKA 4DTJA 4BE1A 3TARA 2OZSA 3QEWA 3C6UA 2X78A 2IDOA 3I0RA 3SQ2A 3IAYA 4RW6A 1RBTA 4GVMA 4KTZA 1RTIA 2Z1GA 1ASVA 5CZ2A 1KFSA 2OPPA 3DOKA 3LALA 4FM2A 3PX6A 2HNDA 4RW4A 1B92A 3L3UA 5KRTA 4Q5VA 4HUEA 1UA1A 4M3UA 4DLEA 3T1AA 4BE2A 4CHPA 3DRRA 3RMBA 2OPRA 1VK0A 2XO7A 3RR7A 2X6SA 3KLHA 1TKZA 3IS9A 3VA0A 3QEIA 4DSIA 4HUGA 4HVJA 4CJUA 2YHBA 2ITGA 3NF8A 2Z1IA 3CM5A 1J9AA 3HXMA 5J2PA 3VQAA 3OY9A 1VSEA 4IFYA 1QSSA 3OYFA 1VSJA 3RRHA 1IKXA 3L2UA 4CK3A 2G8HA 3AVFA 3VQBA 1G15A 1VSMA 4OKEA 4PA1A 3TAQA 4E0DA 1WNSA 4KI6A 4QCLA 4LSLA 3MAQA 1EETA 1RBRA 4IG0A 3MEDA 4LH4A 4CHZA 4H4OA 3AVMA 2B4JA 3VQ8A 1X9WA 3QEXA 5T7BA 4R5PA 4FLTA 1KSPA 1IH7A 1RCHA 3KTQA 1I3AA 2YHAA 2Z1HA 3O4NA 4DQPA 1B9FA 1T7PA 2F8TA 1RDAA 1NK6A 1TKDA 1U45A 4EZ6A 4CJ5A 4CECA 3SCXA 1KLMA 4FLZA 3OJSA 4CGGA 3RRGA 4DQIA 4J2DA 1X1PA 4FK2A 4CJKA 1NK5A 3ZSZA 4DTXA 5I42A 2F8SA 3C94A 2ATQA 4JRPA 4BDPA 1HYSA 3SV4A 5EU7A 3K57A 1WSIA 1XC9A 3K2PA 1KRPA 1QE1A 1RTHA 3SNNA 2PY5A 3QO9A 4OVLA 4HCCA 3K5OA 3QNNA 1QSLA 3HVTA 1RT3A 1JXEA 4C8NA 1D9FA 4ELUA 4J2AA 4FW2A 4KRFA 4CEBA 4CJSA 4DU1A 1EXQA 2HVIA 1HRHA 1R0AA 4NYNA 2WONA 3NH2A 2R7YA 3CFPA 2O4IA 5FROA 1VRUA 4MFBA 3AO1A 4O4GA 2AJQA 4ZTJA 1O1WA 5HLFA 1X9MA 2QKKA 1KVBA 4FXDA 3NBPA 2KZZA 2I5JA 2G8KA 2HNYA 1BIZA 4W5RA 3OYIA 1CLQA 3CFRA 5JS1A 3AVNA 1TV6A 4FCYA 3AVLA 1BL3A 4GW6A 3OS1A 3K59A 3NAEA 4FLUA 1U49A 1TK5A 2IOCA 1HYZA 1K6YA 4CJFA 2W42A 3AVHA 4HHTA 4C8KA 1VSDA 3MXMA 4Z4GA 2HHSA 1RT2A 2GUIA 4F3OA 2B5JA 3DLGA 1C1CA 3L2RA 1QSYA 3LP0A 4E7LA 4NCBA 4KTQA 3JSMA 4DTMA 3ULDA 4IFVA 2HB5A 3V1OA 1FK9A 1HNVA 4BE0A 1UA0A 1JL1A 2D0CA 4CHNA 4Z4HA 5HRSA 1L3VA 4E1NA 3MEEA 2DFHA 1Z26A 1RDBA 2NUBA 1VRTA 4KV8A 3VQPA 4CGFA 3RMAA 2HHUA 4PY5A 4EP4A 4DSFA 2A1SA 3RR8A 1SL0A 5CY4A 3AA4A 4CJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CF8A 1S6QA 2VYPA 3BDPA 5JS2A 4DG1A 2XY6A 3ZETB 5KPRA 4B3MK 2WBNA 1LWCA 5AQIA 4B3OA 2EX3A 4KHPK 1NKEA 1HLUA 3D2FB 3O8MA 3SQ0A 3U6FA 2W40A 2Q1NA 2IIRA 3JXUA 4CJWA 1J53A 4IO8A 3HT3A 3MCAB 1R59O 4KAZA 1HQEA 1QQMA 2FBYA 3OYLA 4KI4A 3M3ZA 5FLXO 2JLEA 2YHWA 2PYLA 4IKFA 2HBKA 2P9NA 4CJPA 5ADXA 3DLHA 5AQKA 1C0TA 3QLHA 4IG3A 4CZKA 4IZ9A 1REVA 4O8UA 4B1ZA 4RTFD 3BF3A 3U4LA 4CBUA 3TSUA 3WNGA 3SYZA 4BR2A 2D1KA 2KFZA 2RPIA 3J80O 4IEIA 2IAJA 4KHYA 4M7YA 3VOVA 4ZTFA 3FZKA 4I7FA 2QWPA 4CF0A 4A5BA 1LV5A 4B9TA 2YV0X 1WSJA 3TTFA 4JYAK 5EXWA 1VQ9N 3G10A 1VSIA 1ZC6A 3K5NA 1L3UA 4Z4FA 2UXBK 1TK8A 2VG6A 4FZYA 4Q0BA 1XMQK 4FVUA 3BUZB 3WNEA 5HBMA 4CFAA 3NFAA 3BP8A 2BTFA 4XH5A 4N56A 3TAMA 3LP3A 4FOIA 4DTNA 1JLCA 1BI4A 1V4SA 3S41A 3WXJA 4FYDA 1EQYA 3D45A 1TYQA 2NRVA 4OJRA 3VQ4A 2WFBA 3KZBA 3K5LA 3HJFA 2JWKA 4M3TA 3OYBA 3ZT3A 3CETA 3S9HA 2IVNA 2P9LB 4DLGA 5HROA 1TL1A 5M1PA 5AJ3K 4H5VA 3THYA 3RMCA 3VEWA 2ITMA 2LSNA 3D0PA 5C10A 3L3VA 4FPAA 2CH6A 3OYAA 1YITN 2HF4A 4Z4EA 2A5XA 2P9PA 3MDQA 4CEZA 3OS2A 2E5LK 3V9ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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