3O9UA

Effector domain of influenza a/pr/8/34 ns1
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Nonstructural protein 1
publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus
total genus 32
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3o9uA00
3EE8A 3P38A 3KWIA 2GX9A 3O9RA 3F5TA 2RHKA 3M5RA 2KKZA 3RVCA 3O9SA 3D6RA 3EE9A 3L4QA 4OPAA 3P31A 4OPHA 3KWGA 3P39A 3O9TA 3O9UA 3OA9A 3O9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EE8A 2XO7A 1WAJA 1HMVA 3BZCA 3DLKA 3LANA 3NGYA 2O8BA 4I6MA 1VK0A 3O9RA 4DCHA 3MCPA 3HPGA 2UUBK 2FBVA 2JGUA 2DFEA 1W97L 4JD2A 3LPUA 4BRHA 2F8SA 3E1YA 2O8BB 4KHPK 3WXJA 3K5LA 5CY4A 3SMSA 1IKWA 4DTRA 4JD2B 5AQZA 3U8XA 3AVHA 1J53A 1L3UA 3M8SA 2PYLA 5JMVA 4BE2A 4CGJA 4CJ7A 3LP1A 1HQEA 3L2QA 2OPQA 3AVBA 3SCXA 3KHYA 3HRGA 3VEVA 3S9HA 2D0PA 4ZTJA 1ILYA 4DHYA 1NGGA 2DFFA 1T6CA 2NUBA 3F9KA 4DSEA 4WFAL 4DQIA 1MU2A 2B4JA 4Z4CA 2Z1JA 3WNHA 1GLFO 1HKGA 1TK0A 4B9NA 1N36K 4LF8K 4CHPA 5E26A 3AVCA 2Q3SA 4H4MA 5EU7A 3H1QA 2A42A 1SUQA 3L3VA 1QQCA 1WUAA 3BDPA 2HW3A 2PFUA 3T19A 3T69A 3TAMA 3FZHA 3HM8A 3QFUA 2G8FA 4DF8A 4CVNE 2GV9A 4B9TA 1BOTO 3NGZA 1B9FA 3MK6A 5AZIA 4ELTA 3CQ8A 3IRXA 4DV7K 1ZBIA 2O8CB 4CK1A 3NF7A 4FXDA 1HNVA 1N34K 4OGCA 3LP3A 4FOEA 4IOXA 1T3VA 4B1VA 3V9WA 3TAPA 4BRQA 2A5XA 3CJCA 1EETA 4B9VA 4MO5A 1EQYA 1QZ5A 1SKWA 2W40A 4FL9A 4OPJA 4F3TA 1M1KO 3VQ8A 1RILA 3FFIA 4JKEA 1YIJN 4AHUA 1U2VA 4IG0A 1RDWX 4B8CA 1RBSA 4Z4GA 1VSHA 2QWPA 2R7YA 1VQ8N 3FZLA 2GUPA 3AVJA 3VOVA 2NRVA 3CERA 2IC3A 3SUPA 4LSNA 3DLLL 1U2VB 1KAXA 5LMUK 4EHUA 4LFBK 4CGIA 5LJVA 3EY1A 4AHRA 3ZCMA 1RTJA 2QXLA 4U7BA 1TVRA 2AA4A 1ZBUA 5FDLA 2FSNA 1YF5L 2CGLA 4N5SA 3KLGA 4IDHA 2XY6A 3U9DA 1EXQA 3LWMA 2EHGA 3VEXA 1R0AA 3AVGA 1KD1O 1JCFA 4E3SA 5AQUA 3CIPA 4CBXA 4BE1A 1NU0A 2QWNA 2OPPA 4H5WA 3QEPA 3IAYA 1U4BA 1J6ZA 4HTLA 2WUSA 3HOSA 1VHXA 4KHQA 3PIOL 3OYAA 1XUPO 3PY8A 2Q97A 2BE2A 2RPIA 3FZMA 1K73O 2CH5A 3TTCA 3LZJA 4FLTA 4KH5A 4BRDA 1VSKA 3F73A 3SQ2A 4N47A 1QVFM 2A6AA 2QTDA 1KVAA 1ESVA 5BR8K 1BCOA 2JWKA 2YJFA 4CF8A 4ILJA 5CYMA 1ZYQA 4DB3A 1TUUA 3DI6A 4CCHA 4OKEA 4OKJA 1NGJA 3QERA 4KV8A 3SNNA 3K5OA 1BG3A 4LH5A 4JK8A 3AGRA 4JKDA 3TABA 3THVA 1VQ7N 3CJBA 4A62A 5CZ2A 4CERA 1TK8A 1S1XA 2IGIA 4WCEL 3BF3A 1HNWK 4WF9L 1D9DA 4R5PA 3E9OA 4E7LA 3NVMA 4CEAA 3AO2A 4FLWA 2HBJA 5HBMA 3VERA 2FLOA 1UA0A 1J9AA 5FRNA 3Q7BA 4ISFA 1S1VA 5E41A 1BDGA 4B9SA 3ZX2A 5KTQA 1S3XA 5I9EB 4YFUA 4DTUA 1P90A 3M8QA 2YHWA 1I94K 2F7TA 4LH4A 3CCQN 2QKBA 1MA9B 2IAJA 2Z1HA 2OPSA 2W41A 1IJJA 1RTIA 1IKYA 5AQTA 3CJAA 4XH5A 1T03A 4BRCA 4EIAA 2E5LK 3R1XA 3K57A 1KAZA 3KIOA 3PX0A 1QSLA 4K41A 5F2RA 3EEQA 4YOWA 4OKKA 4C8MA 4K43A 4PKIA 3ZSYA 4X64K 2VG7A 2V52B 3K58A 1GLAG 3DMJA 1YJ9N 4QAGA 4H03B 4M63C 3LWLA 1Q86O 2BGGA 4BC4A 1TKTA 2OA8A 4BRNA 3VQPA 2D0AA 1N32K 4H0XB 2OANA 1RDUA 3NF8A 5KRSA 3CPEA 4CK3A 3K5MA 3O3HA 4GV9A 4RW9A 4BWJA 4V19S 4KPYA 2NZTA 3R3LA 1GLLO 2D0BA 4DR6K 1BGXT 1EP4A 4A5BA 4ELUA 1QS4A 3NDKA 1C1CA 4DFKA 3CFPA 5C42A 4B9LA 5AQSA 3P83D 4BQZA 5M1PA 1XNRK 2HMIA 4OVLA 4BR2A 1BA1A 2A1RA 3VEOA 4PUOA 4FWMA 3HBTA 4H5VA 2ASOA 4M7YA 3SUQA 4H0PA 4MQ3A 4FOIA 1CZAN 4KBOA 4AH9A 1T7PA 4NCAA 4JKHA 4CJUA 5J1EA 3CFRA 2H3GX 2UU9K 2HHWA 1RT7A 2NRTA 1V4SA 1B9DA 2KQ2A 5AQPA 1HX1A 2CGKA 1KQSM 3QMLA 1XHZA 4C8OA 1XWLA 3ULEA 4DTMA 4CF0A 1K6YA 1UAXA 1S1WA 2YI1A 1T05A 3D45A 2E20A 2B5JA 1X3NA 1HNZK 3RMAA 3ULEB 5AQIA 3VGLA 5F0XA 1C1AA 1KAYA 1RDCA 4FJ7A 1LW0A 4CJLA 4FJMA 1MDUB 3G10A 3V9SA 4GW6A 2HHVA 3GE1A 1RCHA 3B6PA 1YHQN 2OZMA 4M42A 3SK3A 3SPYA 2P9KB 1HUXA 1YTAA 3LL3A 5AQKA 2O8FA 2OPRA 3ZSXA 3O9SA 3DWLA 1TAQA 3LAMA 1HLUA 5C2FA 3CCJN 3CCMN 3OYBA 4W5OA 3DLEA 4BREA 1W9HA 4YDUA 3H3OB 3LM9A 3HOTA 3OYIA 3HSCA 3HL8A 4C8NA 3SAFA 3O1BA 2WFBA 1WSEA 3ATVA 3MN9A 4MDAA 1NK5A 4JI3K 3LM2A 3B6OA 3F5TA 3R9PA 4GNIA 3GG4A 4CJKA 4BRIA 1ZBFA 2IVOA 4Z94A 3KLEA 4CZEA 4KTZA 3V9ZA 1JLEA 3O8MA 3SJHA 1L3SA 4KHYA 2X6NA 3WXMB 4KI6A 4A5AA 1CZ9A 3H6EA 4DS5A 5KI6A 3M3ZA 2IVNA 3VQ5A 1LAVA 3OYMA 3FGUA 2YHAA 2VYPA 3V81A 5GIPA 2ZD1A 3O80A 4NB4A 2QA4N 1D8YA 3C65A 1U47A 2ZWHA 1IKVA 3KTQA 4W5NA 3L8BA 4JN4A 3C6HA 4BG8A 3LAKA 1JL1A 4YNQA 1Q7YO 3BUZB 3G6EN 4IOCL 3AA5X 3A5OC 3IS9A 2ZM6K 3VQAA 1JJ2M 3CETA 2Q36A 3N4PA 3QLHA 5GAHP 2YNHA 5AQVA 2UYTA 1W7AA 2KLAA 3WNGA 2FBTA 4CIFA 4DV5K 1RT5A 2FC0A 4E1MA 2CH6A 3CXCM 4JKBA 3I55N 4MLHA 4CZHA 4EFHA 2JWLA 4BRFA 3NH0A 4C1NK 4F2SA 1DT9A 4JAXA 4CECA 4FLXA 1Y64A 3D2EA 4I9QA 5AQMA 3KLHA 3K0SA 1ZBSA 2HNYA 3DRPA 1Q8IA 4EP5A 3ULDA 3VEZA 4BWMA 2ZJRL 3AVMA 2Q1NA 1RT4A 3WQUA 4JS5A 3KK7A 3D2EB 2Y1JA 3T7ZA 3QFPA 3VF6A 1X9JA 4BE0A 3V6DA 4EZ6A 3CC4N 1N5YA 4FK0A 2HSTA 1KLMA 4CJ3A 4B08A 3QEXA 4GVMA 5GINA 4CF2A 1J54A 5HRRA 5SWMA 4WE1A 3PX6A 2IS3A 3HVTA 4O0JA 2HF4A 5EVZA 2HVIA 3VTIA 2NRZA 2D1KA 3ID8A 3ENHA 5EOYA 1YJNN 1ATRA 4FWPA 1FKPA 5AQNA 5BPLA 5AQOA 5AQHA 4CJ5A 1QSYA 5LL6Z 4JHDA 3K2PA 4YOTA 1GLEG 1I3AA 3AO4A 3UE5A 2KHOA 2YCHA 3HXMA 1KXPA 1CZBA 2BDPA 1NKBA 2ZGYA 4JHDB 1LOTB 1P8ZA 1ZBHA 3OBYA 3VGKA 4AHCA 1NJYA 3UKUA 4E1NA 1IO2A 4ILHA 4BVPA 4JKFA 2BUPA 2P5GA 2HBKA 2Q0UA 1TV6A 2G8HA 3CHWA 3UKUB 2VQFK 1Q81O 1ASUA 1S22A 3S3NA 3BEXA 2IVPA 2AJQA 1RBUA 3AA3A 4M7XA 1VQKN 3OYJA 1HQUA 4RTFD 3ZYYX 3TSPA 4FJNA 2HBLA 3THYA 4B3TK 3PX4A 2NRXA 1WB9A 3KZBA 5GADP 3MEEA 3DOLA 2I7PA 1GOCA 3NH1A 4BC5A 4I6MB 3EKUA 3THYB 3VETA 4DMNA 1TGOA 5AQWA 4DTPA 4FZYA 5KGWA 2FSKA 4H8KA 5FPMA 4B3OA 4IEIA 3CYMA 3IDHA 4BR9A 3OYCA 1C6VA 1IH7A 4JNEA 3BF1A 4CJVA 3O6WA 4JI1K 4WQ5C 1FXXA 3SUOA 1X9MA 4LF5K 4GMJB 4OJRA 2J4RA 3DRRA 1E3MA 5JICA 4J8FA 4CFDA 3O4WA 1EX4A 3DLGA 4IG3A 5BPMA 4I2PA 5JVHL 2A1SA 4KHWA 4EZ9A 4E19A 1NJXA 3T3FA 1NOZA 1YTUA 4FWSA 1N6QA 1SKSA 1OH7A 4JI4K 2YHYA 3FZFA 4KKOA 3BGRA 4BGBA 3HZ6A 3NGIA 5LY3A 1KLNA 4BRGA 1KFDA 3VF4A 4DSKA 5TKWA 4HTUA 3VN5A 1N8RO 4KO0A 4EAHD 3AVLA 4X65K 4KFBA 4K8ZA 4LD0A 5AZIB 3AGKA 2G8VA 4J2AA 1EO1A 3FR0A 1TKZA 4OX9K 1RT1A 5M1OA 4IEEA 2IDOA 3ZT0A 5HRSA 4WQ4C 3JXUA 3J7YP 3OS1A 4OPAA 3FZKA 4DLEA 3D0PA 1NMDA 1SQKA 2NRRA 4BR4A 2F96A 3CCRN 5CYQA 3KJVA 5C0YA 2QK9A 3ZT3A 3ZEUA 3AVFA 1S5JA 2B6AA 5DM7L 3MX5A 4FJIA 1RBTA 5I3UA 3PUFA 4RW4A 1SL2A 3ZEUB 3VQDA 4PWDA 1JLFA 1QQMA 3DLRA 1DLOA 1YVUA 3P39A 4O8UA 4CFCA 1QE1A 5FPDA 4Z4IA 3SLCA 4XIUA 1ASVA 1IV0A 1RDBA 4B8AB 1Z6RA 1TL1A 2OYQA 3DRSA 3OYFA 2PY5A 2FXUA 1LWEA 1KVBA 4BVOA 3ZSZA 4M3WA 2FF6A 5KPTA 3CJ1A 3MCAB 4CEQA 1HYVA 3JAMO 5TKYA 4M3RA 1S6PA 2V7ZA 4F9OA 3U6FA 4KHNA 3D2FA 2QWOA 1RTDA 4GV6A 3UB5A 5FLXO 1BI4A 5HP1A 4DTSA 2E1YA 4CZKA 4FK4A 5E84A 4NLBA 3ZSOA 2LSNA 3VMFB 3PIPL 4IJNA 2HB5A 1ATNA 4FVMA 1BUPA 1RNHA 4NYNA 2E6MA 4KHUA 2HHTA 4KHSA 1NGEA 2GWJA 2E4LA 3I33A 4H5RA 4A59A 5KPRA 3MEDA 3CG7A 3TR8A 5AQQA 1QHAA 3R8EA 1ZC6A 1EWRA 2KW4A 1X9SA 1NK6A 3QEWA 1HR0K 3V9XA 3OS2A 1RBVA 3P31A 4XH4A 4BDZA 3KKSA 1A5VA 1NGAA 5AR0A 1NJIO 3CC7N 3DJCA 5AQFA 4FLZA 4IWVA 4IBNA 4JLHA 4CD3A 3LDQA 2UXBK 4CFBA 1GOBA 2WONA 4N41A 1JCEA 5M1QA 1S1UA 4B9QA 4CBUA 3CMAN 4QOZB 4DV2K 4YOUA 2KKZA 1DEJA 4IDKA 2ATQA 2KFNA 2ETJA 1NBWA 4UQGA 4LF4K 2RF2A 4JKGA 4FLVA 4M3XA 3V9UA 3I56N 1S1TA 2P9NA 1JLQA 3AVIA 4DTNA 1QHTA 2VGNA 4O8KA 4C8KA 3VEYA 1TKXA 4B1ZA 3QIOA 4FJKA 3I0SA 4BGAA 1JCGA 2P9NB 1WN7A 2YNGA 2A41A 4DSJA 2HNDA 4DV6K 2XY7A 2Z1GA 4BC2A 4IFEA 4DU4A 4CZGA 4TSXA 2A40A 1LCUA 1ZBLA 5LJWA 3BY5A 4DLGA 1BU6O 2PBDA 1O13A 5EX5A 3SBGA 1XHXA 4AM6A 4B9MA 1RT3A 2G8KA 1S72N 3CCEN 1Z26A 3RMCA 3VENA 4NCGA 5FPEA 5C12A 1JXEA 1NGHA 1HPMA 4HVJA 3FFKB 1VSMA 3A0IX 3I8BA 1NKEA 3J8AA 1L3TA 2QXFA 1VQ6N 5J2MA 5AZJA 2HOEA 4GVEA 3VQBA 4J2EA 3WNEA 1E4FT 3CQXA 3MWPA 2YHBA 1GLJO 2D0OA 3QBWA 3EYZA 5AZJB 1NKCA 4QS7A 1YI2N 3CCLN 1WNSA 4FPAA 3ZT1A 3OYNA 2ZJPL 3RR8A 3EN9A 4CZJA 1LWFA 3C6AA 4FVUA 4NYFA 4FJ5A 3TAEA 2RKIA 1YAGA 1FK9A 3QNOA 3L2UA 4HUGA 3ZT2A 5D3GA 4BDYA 2XHBA 4RCHA 4W5QA 4JI7K 1U6ZA 4EHTA 4J2BA 3NBPA 5I42A 1U48A 4AF1A 4FYDA 1WSIA 3QINA 1H1VA 2O8DA 2GEMA 3VGMA 4E0DA 5EXWA 1VAZA 4CBWA 4OO1J 5M1FA 3O9QA 2P9SA 4N56A 3O4QA 3QDKA 4FSVA 4O5BA 2O8DB 3U3GA 3SQ4A 1TAUA 4YHHK 2QI2A 1NK8A 5BPNA 4B1UB 1T44A 3OBWA 1HJRA 3U9ZA 5AFUH 2P9SB 5HOOA 3CI5A 1QSSA 2E2PA 3WXIA 1Y97A 2VWKA 4KH6A 4ELVA 2F9TA 3O9UA 4E1JA 2O8FB 3P38A 3PSFA 1IBMK 3B8AX 1NMNA 2EX3A 4CEZA 1FJGK 4M3UA 4IJAA 3NCIA 4BC3A 1JL2A 3CC2N 5CR4A 2F8TA 3DM2A 2PZSA 4IFYA 4CGGA 1GOAA 4ZHRA 5KQ8A 4JRQA 4FCYA 3K59A 1MWKA 4M3YA 4CD1A 4GY2B 1LWCA 3OW2M 1YT3A 5BRFA 3BP8A 4R79A 1V4TA 4DUYK 4HHTA 3IKMA 1NGDA 2HHHK 4BACA 2KFZA 2Q2RA 4FLYA 3CFOA 3MEGA 4WYBA 2D5RA 3RMDA 2DY4A 5HRNA 4BR7A 3NF6A 3IMXA 2QWRA 1UA1A 3SQ0A 3TSUA 3HT3A 3CJ9A 2BANA 4DR7K 3TWHA 1ASWA 2HMPA 1W2BM 3A5LC 2ASPA 3MAQA 1C0MA 3ITHA 4AM7A 1YXQA 1RFQA 3KVGA 4Q0BA 5HL7L 1YVNA 5FPNA 4CEBA 3JSMA 1VQPN 4B3RK 4JKAA 3P1GA 4RW7A 4LF6K 4KRFA 1S6QA 1Q9XA 2P5OA 4CJEA 2VQEK 3E66A 4Y1DA 1NWKA 3DOKA 4GKJK 5AQXA 3O9TA 3DXMA 3TARA 2W6LA 1XQSC 4JI5K 4FJXA 1HKCA 1FKOA 1KCFA 3NHGA 4CGFA 1BWFO 1SZ2A 3F9MA 3OYEA 3MWTA 3VQ7A 3THXA 4F3OA 1F21A 4Z4FA 2YV0X 3C6TA 4H0OA 4AQYK 2CGJA 3S3MA 2P9PA 1WBBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EE8 A;  2XO7 A;  1WAJ A;  1HMV A;  3BZC A;  3DLK A;  3LAN A;  3NGY A;  2O8B A;  4I6M A;  1VK0 A;  3O9R A;  4DCH A;  3MCP A;  3HPG A;  2UUB K;  2FBV A;  2JGU A;  2DFE A;  1W97 L;  4JD2 A;  3LPU A;  4BRH A;  2F8S A;  3E1Y A;  2O8B B;  4KHP K;  3WXJ A;  3K5L A;  5CY4 A;  3SMS A;  1IKW A;  4DTR A;  4JD2 B;  5AQZ A;  3U8X A;  3AVH A;  1J53 A;  1L3U A;  3M8S A;  2PYL A;  5JMV A;  4BE2 A;  4CGJ A;  4CJ7 A;  3LP1 A;  1HQE A;  3L2Q A;  2OPQ A;  3AVB A;  3SCX A;  3KHY A;  3HRG A;  3VEV A;  3S9H A;  2D0P A;  4ZTJ A;  1ILY A;  4DHY A;  1NGG A;  2DFF A;  1T6C A;  2NUB A;  3F9K A;  4DSE A;  4WFA L;  4DQI A;  1MU2 A;  2B4J A;  4Z4C A;  2Z1J A;  3WNH A;  1GLF O;  1HKG A;  1TK0 A;  4B9N A;  1N36 K;  4LF8 K;  4CHP A;  5E26 A;  3AVC A;  2Q3S A;  4H4M A;  5EU7 A;  3H1Q A;  2A42 A;  1SUQ A;  3L3V A;  1QQC A;  1WUA A;  3BDP A;  2HW3 A;  2PFU A;  3T19 A;  3T69 A;  3TAM A;  3FZH A;  3HM8 A;  3QFU A;  2G8F A;  4DF8 A;  4CVN E;  2GV9 A;  4B9T A;  1BOT O;  3NGZ A;  1B9F A;  3MK6 A;  5AZI A;  4ELT A;  3CQ8 A;  3IRX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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