The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
SRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| total genus |
32
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O9U A; 3M5R A; 3P38 A; 3EE8 A; 4OPA A; 3D6R A; 3O9S A; 3RVC A; 3O9R A; 2RHK A; 3P39 A; 2GX9 A; 3OA9 A; 3KWG A; 3EE9 A; 3O9T A; 3KWI A; 3L4Q A; 3O9Q A; 2KKZ A; 3F5T A; 4OPH A; 3P31 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OPK A; 5AJ3 K; 4BE0 A; 1VQK N; 4JKF A; 3AO4 A; 4L3Q A; 4FLW A; 4M41 A; 1RDU A; 1FXX A; 3WXJ A; 4BQL A; 1BO5 O; 5AFU H; 1L3V A; 2P9K A; 5AQP A; 5BRD A; 3QEI A; 2XY8 A; 3CFR A; 1JLF A; 4YOV A; 2VG5 A; 4DR2 K; 2G8I A; 1VQ7 N; 2Z1I A; 3VTI A; 1NK5 A; 4KBO A; 2GWK A; 4I2P A; 4WQ5 A; 4M63 C; 1L3U A; 3LDS A; 3MMV A; 1EKE A; 4FK2 A; 5J2M A; 4E1M A; 1BCO A; 4GV9 A; 3A5L C; 1KAX A; 4JI3 K; 4Q0B A; 2HBL A; 2D0P A; 3DRR A; 5KRS A; 3WNG A; 3K9K A; 4CIG A; 1DTT A; 2QA4 N; 1N8R O; 4WFA L; 1VQN N; 3VQ8 A; 2QM1 A; 2O4G A; 4YDU C; 3QIC A; 3J7Y P; 4QS8 A; 3MCP A; 4YOW A; 1S1T A; 4LH4 A; 3WXK A; 4BC3 A; 3HOS A; 1SUQ A; 4O4G A; 3LDO A; 2UU9 K; 2FXU A; 2NRR A; 1ATR A; 3THX B; 5FDL A; 4CEF A; 2Q1N A; 1BOT O; 3VGL A; 1JJ2 M; 1NJY A; 5AQU A; 2D0C A; 4NXN K; 4PY5 A; 1BI4 A; 3PO5 A; 3R6M A; 4JKH A; 5ADX A; 3CQX A; 5M1F A; 1E3M A; 3DAW A; 3NAE A; 3ZLJ A; 1X1P A; 3CCE N; 2GWJ A; 3OYD A; 3O08 A; 3VA3 A; 1RDA A; 1BHL A; 3LDQ A; 1NM1 A; 4FJ5 A; 1VSH A; 1ATS A; 2VG6 A; 1J54 A; 4CD3 A; 4DU3 A; 5AQO A; 2FBV A; 4E1N A; 4JI6 K; 1C0M A; 1VQ6 N; 4CJ3 A; 5ADX H; 1ASV A; 2XY6 A; 3M3Z A; 4JNE A; 3D45 A; 5AR0 A; 1GLF O; 3JS6 A; 3H45 C; 4E7J A; 2PYJ A; 5HRS A; 3O9S A; 4EFH A; 4C8K A; 4FZX C; 4B9L A; 4FXD A; 3KJV A; 1NGD A; 3FLC O; 3TTC A; 4DR1 K; 5H1S Q; 4H0Y B; 2VWB A; 3A5M C; 2XHB A; 5FPD A; 3MAQ A; 1BGX T; 5GAH P; 4B9N A; 4DR4 K; 4DQI A; 3D7E O; 4CK1 A; 4DR7 K; 1Z26 A; 1OVY A; 4EP5 A; 3DM2 A; 1RDW X; 2DFF A; 4I9Q A; 5FRO A; 4DSL A; 2WUS A; 1XI1 A; 1Q9X A; 2P51 A; 4ZTJ A; 1BQM A; 2YNI A; 2O8B B; 3JYT A; 4JI8 K; 2WFB A; 1YIJ N; 2X74 A; 3MN6 A; 3MDQ A; 3R3L A; 4A61 A; 1OH8 A; 1Y64 A; 3QFU A; 3UB5 A; 1ASW A; 4NO7 A; 4PA1 A; 3MXM A; 1VSM A; 3V9Z A; 1NBW A; 1OH6 A; 3NF9 A; 3CCJ N; 1Q86 O; 4BRC A; 3THV A; 3V1Q A; 4C8L A; 4MDA A; 4BR7 A; 1T3V A; 3DWL A; 4AHV A; 4FOE A; 4F2R A; 1XWL A; 3SZ2 A; 2FSK A; 4CGJ A; 4PKG A; 5AQT A; 2WTU A; 4ELT A; 1HYV A; 3OW2 M; 1NG9 A; 3HZ6 A; 3K57 A; 3UKU A; 4DV1 K; 4MFB A; 3K58 A; 1BDG A; 3HM8 A; 2IDO A; 3CFO A; 5JS1 A; 2IGI A; 1T03 A; 1NGG A; 4ID1 A; 3O8M A; 4JHD B; 4JS5 A; 2KHO A; 4DFM A; 3P38 A; 3IAY A; 3AVG A; 3AO1 A; 1RBV A; 4FZY A; 1TV6 A; 4FCY A; 3ZSR A; 3QEV A; 2NLX A; 2YNF A; 3D2E B; 4LFC K; 4YDU A; 1J53 A; 1WSH A; 3J7Z O; 3S9H A; 5FRN A; 4CJQ A; 4KHN A; 1ZBF A; 2F96 A; 3CCL N; 3QEX A; 1JLQ A; 4JKB A; 2YI1 A; 4J2D A; 1MU2 A; 2IIR A; 2P9L B; 5CYM A; 1QHA A; 2HHW A; 1IBK K; 3U3Y A; 3TTF A; 4CK3 A; 3SV4 A; 4W5T A; 3S3M A; 2NRV A; 2FSJ A; 3AY9 A; 4BE2 A; 3VA0 A; 4CJV A; 1TK0 A; 3EYZ A; 4GVM A; 4A5A A; 1P8Z A; 1L3S A; 2P9N B; 1C1C A; 3AVH A; 4UY8 O; 4CZI A; 4KHW A; 4WYB A; 1HPZ A; 3HYF A; 4BRI A; 1UWB A; 1DKG D; 1QE1 A; 3TAP A; 4N41 A; 1FJG K; 1KLM A; 4IDH A; 4B9U A; 4FL9 A; 5HBM A; 4JRP A; 4CHQ A; 3R1X A; 4HTL A; 5C2D A; 3T7Z A; 3C6U A; 3G0Z A; 4M7Y A; 1WNS A; 3I0R A; 2V7Y A; 5GIO A; 1DT9 A; 3CYM A; 3TR8 A; 4CF2 A; 4DQQ A; 4W5N A; 1KVB A; 1IKX A; 1XMQ K; 3SMP A; 5AQW A; 3F9M A; 3SQ0 A; 2UXD K; 4CBU A; 1G15 A; 2KZM A; 4DG1 A; 2O8C A; 3C7N A; 3E66 A; 4DF8 A; 4DMN A; 3AVN A; 3KLI A; 4F8R A; 5LMU K; 3LZI A; 4KHS A; 3L2V A; 4EHT A; 2ITG A; 3AVI A; 3ZSW A; 1LAW A; 4DUZ K; 3C0B A; 3WXI A; 4IO9 L; 1YXQ A; 3AA2 A; 2OAN A; 2OPP A; 3V1O A; 5KTQ A; 2NUB A; 2HHV A; 4EZ6 A; 2BE2 A; 5EU7 A; 4M3X A; 2VQF K; 4OJR A; 2UXC K; 5KRT A; 3VQ6 A; 3PUF A; 3ULD A; 2VQE K; 3OS1 A; 2CGL A; 4FLZ A; 1S9E A; 4CJF A; 1SS6 A; 1YVU A; 4ISG A; 2EX3 A; 4BQZ A; 3P1G A; 2RE2 A; 3ZSZ A; 4EHU A; 4CJP A; 2FC0 A; 2HMI A; 3ZEU A; 1IH7 A; 4DV6 K; 4H5W A; 2O8F A; 4Y1C A; 1UA0 A; 2ZQB A; 3V81 A; 4BDP A; 5JVG L; 3SQ2 A; 1U2V A; 1WUA A; 4GV3 A; 4Z0U A; 1OKJ A; 1W0H A; 2QK9 A; 4GNI A; 3CJ9 A; 3BDP A; 3OS2 A; 3NH0 A; 5I9E B; 2Z1J A; 4FWN A; 4FVM A; 4OLB A; 4ILG B; 3SV3 A; 3K9J A; 3VQQ A; 4AQY K; 5EX5 A; 4CHN A; 4DSF A; 3DRP A; 4LSL A; 4OGC A; 1ZBU A; 3NBP A; 4CEA A; 4GY2 B; 3FFK B; 5HRP A; 3NH2 A; 3PSI A; 1RBT A; 2W40 A; 2O8E A; 3RMC A; 3H3N O; 2ZM6 K; 4IEI A; 3O1W A; 4CZG A; 3OYF A; 1VQO N; 4KB1 A; 4BRG A; 1F21 A; 1R59 O; 5M1K A; 4DV3 K; 4EP4 A; 1FKO A; 1QHT A; 5SZT A; 3ZSX A; 1WSI A; 3HOT A; 1SKW A; 4FW1 A; 1SL1 A; 3OJU A; 4FJN A; 2FLO A; 4DTU A; 3O5B A; 2E2Q A; 1J6Z A; 3MN9 A; 3DYA A; 4FPB A; 5E26 A; 4DQR A; 5FRM A; 4KRF A; 2KFZ A; 4FM0 A; 4CJR A; 2A5X A; 4CZL A; 3KK3 A; 3QML A; 3HVR A; 3VF4 A; 3MN5 A; 3AVL A; 3H3O B; 3J8A A; 1G99 A; 4KI4 A; 4I9L A; 2P9U B; 4JKG A; 5KQD A; 1LW0 A; 5C25 A; 2IVN A; 3FE1 A; 4OLA A; 3QES A; 3A2F A; 1K8K B; 3LP0 A; 3PSF A; 2RF2 A; 2OZS A; 4TSX A; 5GAE P; 2HOE A; 3O1B A; 1RT2 A; 2OCE A; 1X9M A; 3ZX3 A; 3AO3 A; 3WEE B; 3KLF A; 4DTX A; 4DB3 A; 4DSE A; 4JK8 A; 1RBU A; 5F0X A; 4B1U B; 5BPL A; 2LSN A; 1GLA G; 4OPA A; 1CZ9 A; 5E41 A; 3L2W A; 2YX6 A; 3CHW A; 4DTO A; 4MQ3 A; 5JLF A; 5HRO A; 2Y1J A; 1CLQ A; 4BRL A; 2NRX A; 5AQZ A; 3G25 A; 4N5S A; 3DMJ A; 3L4Q A; 3WXL A; 4AM7 A; 4M7X A; 3LAK A; 1ESV A; 3MK6 A; 5J1E A; 4BRM A; 1Q18 A; 2NRW A; 3RRH A; 1HNX K; 3DI6 A; 1VQ4 N; 4DR3 K; 4FWP A; 2BDP A; 2Q36 A; 2ZE2 A; 3KVG A; 3O4Q A; 4U7B A; 2Y1I A; 4IBN A; 4PL8 A; 4OX9 K; 2GV9 A; 3ENH A; 1BA0 A; 4BRD A; 4CHZ A; 3EEQ A; 1JL1 A; 4GMJ B; 1VHX A; 4CJ4 A; 3BZK A; 4EIA A; 3VEX A; 3J7A P; 3TAM A; 3TU5 A; 4Z4I A; 3O3H A; 1U49 A; 3AAP A; 5CZ1 A; 2P9I B; 4FPA A; 3M5R A; 3M8P A; 3I55 N; 3MXI A; 4G1Q A; 1IBL K; 4H5T A; 1BIU A; 3T3F A; 2IVO A; 1KAZ A; 3TSP A; 4IEE A; 1Y97 A; 3MEG A; 3AVJ A; 1WSJ A; 5AQS A; 2OA8 A; 4C23 A; 1WB9 A; 3THW A; 4G9Z A; 5AZI B; 4BC4 A; 2J4R A; 1S1U A; 2KZZ A; 1BG3 A; 4A2A A; 3CJC A; 5EOY A; 2FBY A; 3NGZ A; 1YJW N; 3CF5 L; 3AVA A; 4CJ5 A; 1RGI A; 4JKA A; 1WSG A; 4CHY A; 3KLG A; 3CG7 A; 2CH5 A; 4NYF A; 4LF6 K; 3V1R A; 3OYE A; 3ZYY X; 3AA3 A; 2QW9 A; 4PL7 A; 4X64 K; 3G10 A; 1NLV A; 3LP1 A; 2RKI A; 4CEB A; 3E9P A; 4LSN A; 1RDD A; 2CGJ A; 4E7H A; 3AVB A; 3OYL A; 2QTD A; 1U04 A; 1RTI A; 4AIL C; 5EVZ A; 3V9X A; 1XC3 A; 5C10 A; 2W6L A; 2P9P B; 2V7Z A; 2YHX A; 3TTD A; 3PO4 A; 1TK8 A; 1CXQ A; 3OS0 A; 2B4J A; 1YT3 A; 2YKM A; 3GL1 A; 3U3G A; 3QEP A; 4F2S A; 4I6M A; 4IOX A; 4X65 K; 4CD1 A; 3HPG A; 3RSE B; 1VSI A; 3ZSY A; 4B9T A; 4FYD A; 3BP8 A; 5DM7 L; 4IFE A; 2A42 A; 2RN2 A; 3QDK A; 5HOO A; 3VOV A; 4H4O A; 2JLE A; 1EX4 A; 1IBM K; 4KRE A; 1TUU A; 1YTU A; 3U6F A; 1XHZ A; 3M8S A; 5C15 A; 4A5B A; 4B8A B; 2DY4 A; 1GOC A; 2ETJ A; 4BRA A; 1Z05 A; 4NYN A; 4CJT A; 4CHP A; 3BUZ B; 4Z4C A; 3DJC A; 4CGD A; 3OYN A; 4KTW A; 2B5J A; 1RT6 A; 5BN8 A; 5D3G A; 4XH1 A; 1LAV A; 4HUE A; 1HKG A; 4HUF A; 4F3O A; 1IKW A; 3UKR B; 4CJU A; 4LF5 K; 2F8S A; 2GBZ A; 4JI7 K; 4NCA A; 4CBW A; 5KI6 A; 5HRN A; 5CR4 A; 3KWI A; 5FPM A; 1N36 K; 3LZJ A; 4CE9 A; 1NKB A; 4FWQ A; 4QCL A; 1EO1 A; 2OTL N; 3KK2 A; 4IKF A; 4Z4E A; 2HF4 A; 4FK0 A; 4FWL A; 5HLF A; 3DLL L; 4K41 A; 5DMR A; 4FWO A; 2OZM A; 3K5L A; 1J9A A; 2GEM A; 3CCM N; 4Q5V A; 3VEO A; 2HHQ A; 2QEX N; 4DLG A; 3B8A X; 4AHC A; 4CGG A; 2YV0 X; 5AQI A; 4H0V B; 1T05 A; 3MX5 A; 1DGK N; 3VEZ A; 3E01 A; 4KB0 A; 4FJH A; 4LD0 A; 1W2B M; 1UAX A; 1S72 N; 4A62 A; 1S1X A; 4BC2 A; 3DXM B; 3THX A; 1GLD G; 1HLU A; 4K25 A; 2ZJP L; 4JD2 B; 5CZ2 A; 4FLV A; 2WC9 A; 1QQN A; 5AQK A; 4LH5 A; 3NDK A; 4H8K A; 2YHB A; 1NMN A; 5AQN A; 5IT9 O; 1S1W A; 3JAM O; 3D6R A; 2ZWH A; 4DU1 A; 4QAG A; 1D9D A; 1NK4 A; 1NWK A; 3AGR A; 3OYB A; 4JRQ A; 4FJ8 A; 3OBW A; 3HJF A; 4BE1 A; 1RCH A; 3A0I X; 5M1P A; 2W42 A; 1TL3 A; 5CY4 A; 1VAZ A; 3R8E A; 4BGB A; 3SK3 A; 1HJR A; 1VQM N; 4CFD A; 3OYJ A; 4Z4G A; 1K9M O; 3DLB A; 2YHA A; 1RTH A; 2DFE A; 3Q7B A; 4DR6 K; 4CED A; 4KPY A; 1S6P A; 3IUC A; 5C12 A; 3O9T A; 4WQ4 C; 2PBD A; 5C0Y A; 3VMF B; 1HJO A; 4QOZ B; 4B3O A; 5BRH A; 2YHY A; 4WFN L; 1QQO A; 1GLB G; 3SJJ A; 1LWC A; 1WSF A; 3N4P A; 3NHG A; 3AVC A; 2BTF A; 4PUO A; 3GE1 A; 4Z94 A; 2O8B A; 1X9W A; 3AO5 A; 3P39 A; 3ENO A; 1D5A A; 1KD1 O; 3SYZ A; 2ASO A; 5I42 A; 3LWM A; 1KRP A; 1LWE A; 3CPE A; 2YCH A; 5A2Q O; 3CCU N; 2DFH A; 4JKD A; 3WNF A; 4YOY A; 3D0P A; 1HKB A; 1SV5 A; 1BCM A; 4LY7 A; 3CMA N; 2IOC A; 3PV8 A; 4V19 S; 3O80 A; 4DV7 K; 3CME N; 4B3S K; 3HPO A; 2FBX A; 1BQN A; 3DLK A; 4C1N K; 3BEX A; 2PYL A; 3U4L A; 2G8U A; 2O4I A; 5KQ8 A; 3VEV A; 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4IFY A; 4CFC A; 3ALY A; 3QNN A; 4DQ8 A; 1GLE G; 4LF4 K; 4QS7 A; 4NXM K; 3QER A; 4FW2 A; 1KVA A; 3I8D A; 4M3Y A; 3CER A; 1NNE A; 4H0X B; 3OHR A; 4YOR A; 4OKE A; 2VGM A; 1EXQ A; 2NRT A; 4K43 A; 4DU4 A; 1HYS A; 4CZJ A; 2ZD1 A; 3CI5 A; 2GEL A; 1RDC A; 4A2B A; 1NGA A; 4KTZ A; 2BGG A; 4YHH K; 2OPS A; 3M8R A; 4IG0 A; 3KK7 A; 5AQX A; 3EN9 A; 1JCG A; 1WLJ A; 4ILJ A; 3VQ7 A; 1YHQ N; 1NKE A; 4O8K A; 2YJE A; 3QB0 A; 3KLH A; 4K8Z A; 3DOL A; 4J8F A; 1SL0 A; 3HO1 A; 2ZGY A; 4B1W B; 4RW8 A; 4BRE A; 5LJW A; 3HP9 A; 4WF9 L; 3RMA A; 1BUP A; 1NMD A; 3QIP A; 5I3U A; 1QVG M; 1RT5 A; 1E4F T; 4GVE A; 1IKY A; 3S3N A; 3CC2 N; 1KAY A; 1KTQ A; 4O0I A; 4ELV A; 3O3G A; 3ID6 A; 3IFR A; 1S22 A; 1QSS A; 3AA5 X; 5TKW A; 1JLC A; 4FLU A; 3AAR A; 3QBX A; 5KPR A; 2E2P A; 1TAQ A; 4A59 A; 2OYQ A; 1XNQ K; 5F1X A; 1JLB A; 3TSQ A; 3LDP A; 1VSF A; 1DLO A; 4HTU A; 5GIP A; 2G8F A; 4K0K K; 1HR0 K; 1KLN A; 1VQ8 N; 4AH9 A; 1VK0 A; 2RHK A; 1KSP A; 1C1A A; 4J2B A; 2QKB A; 4YOT A; 5AZJ B; 1DTQ A; 4HVJ A; 2W41 A; 4H0O A; 3VGM A; 3L3U A; 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