The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
SRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
32
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L4Q A; 3M5R A; 3O9S A; 3O9U A; 3OA9 A; 3KWI A; 3KWG A; 3EE9 A; 2GX9 A; 4OPA A; 4OPH A; 2RHK A; 3EE8 A; 3F5T A; 3O9Q A; 3O9T A; 2KKZ A; 3P31 A; 3RVC A; 3O9R A; 3D6R A; 3P38 A; 3P39 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YHY A; 5BPN A; 3CQ8 A; 2ZGY A; 2QA4 N; 4EAH D; 1BCO A; 2ASM A; 4JS5 A; 5AR0 A; 2O4G A; 2XO7 A; 2XHB A; 1HPM A; 4O55 A; 2Q97 A; 4LH5 A; 3KK1 A; 4OLA A; 4CJR A; 4FWK A; 4LH4 A; 3ATV A; 3IS9 A; 5J1E A; 1BA1 A; 5DM6 L; 4AM6 A; 4DS5 A; 1D8Y A; 3BZK A; 5JVG L; 1QTM A; 4E7H A; 1S1X A; 3FE1 A; 4MQ3 A; 3E9L A; 4NXM K; 1U2V A; 4FJ9 A; 4K25 A; 1ZBS A; 4HUE A; 2XY7 A; 3CPW M; 3SMS A; 2P5O A; 4IDK A; 3KLG A; 4W5T A; 2D0O A; 2W6K A; 4LF6 K; 3LP0 A; 1S1W A; 2D5R A; 4CF2 A; 1HQU A; 2WC9 A; 3L0Q A; 2D1K A; 1VSK A; 1JLF A; 4JKB A; 4FW2 A; 4DKW A; 4BRD A; 2OPS A; 3NBP A; 4OKK A; 3FZM A; 4GVM A; 1VRU A; 1LAW A; 3CPE A; 4I7F A; 4A57 A; 2RF2 A; 4DV5 K; 3NVM A; 3TI0 A; 4KHP K; 1KSP A; 3SAH A; 1TGO A; 1GLL O; 4CZG A; 4AQY K; 2HB5 A; 4FJK A; 3L2R A; 3SZ2 A; 2IDO A; 2A42 A; 3GL1 A; 5JLH A; 2CH6 A; 1I39 A; 2RPI A; 5JMV A; 4FJJ A; 1T03 A; 3IUC A; 3LAK A; 4BVP A; 3VQ4 A; 4B3T K; 1RGI A; 1ASV A; 4CEQ A; 1NM1 A; 3MX5 A; 4CBX A; 3K57 A; 1W7A A; 4PKI A; 2ZJQ L; 1K6Y A; 4Y0W A; 3SPY A; 4GW6 A; 3MAQ A; 3F9K A; 4FLU A; 3DLG A; 4AIL C; 4CFC A; 4BGB A; 3PIO L; 3NGY A; 1G15 A; 4LC9 B; 3C7N B; 3CIP A; 4CEZ A; 2JLE A; 3WEE B; 5IT9 O; 3DRS A; 1VQP N; 1WSH A; 3QEW A; 2QK9 A; 2XY5 A; 1GOB A; 3THY B; 4B3O A; 4K0K K; 1O1W A; 2NRH A; 4HWI A; 5BRH A; 3VA0 A; 4PY5 A; 3DMJ A; 2BH1 A; 5AQV A; 1X9S A; 5AQU A; 2UYT A; 3QIC A; 4W5O A; 4CZH A; 1C0F A; 3AA3 A; 1J54 A; 1S1T A; 1LW0 A; 1ZC6 A; 4B1W B; 4OGE A; 2UUA K; 1G99 A; 4ISG A; 1VQ4 N; 4EZ6 A; 3C6A A; 3QBX A; 3OA9 A; 3HRG A; 3VEY A; 3QO9 A; 1B92 A; 3K9J A; 3QEV A; 3L2U A; 1WSF A; 2P9P B; 3I33 A; 2QKK A; 1S5J A; 3HM9 A; 4CD3 A; 1DTQ A; 4EHU A; 3K58 A; 1TKX A; 1X9M A; 4BC3 A; 4RW9 A; 2EWS A; 1XWL A; 1I3A A; 3SNN A; 3P1G A; 4FVM A; 1GLE G; 3TAB A; 1ZBL A; 4UY8 O; 2A5X A; 4BRM A; 3EY1 A; 2OYQ A; 3VEN A; 1T3V A; 1CLQ A; 3ULE A; 4ID5 A; 3ZET A; 3P4I A; 3HP9 A; 3T1Y K; 4KI4 A; 4CHO A; 1U45 A; 4CF1 A; 4IEI A; 2GV9 A; 3ZT3 A; 3U6F A; 3OS2 A; 3CD6 N; 5F0X A; 3P38 A; 1HPZ A; 3J7A P; 5HRN A; 2OPQ A; 1HQE A; 1KLM A; 4E7L A; 4DFJ A; 2QEX N; 3MXJ A; 4BRN A; 4B3R K; 3S41 A; 4OX9 K; 4DR4 K; 4A62 A; 1ZBI A; 3AVH A; 4CGF A; 3I8B A; 3VQ6 A; 3ZX3 A; 1YAG A; 4EP4 A; 5H1S Q; 2A1R A; 3O3H A; 3G71 N; 1KLN A; 3O4W A; 3V9Z A; 5HOO A; 3T1A A; 4I6M B; 4DV6 K; 2HBK A; 3WUH A; 3B6P A; 3D2E B; 3ZSO A; 3G6E N; 3VQ7 A; 1RBR A; 3CCU N; 2HF4 A; 2D4W A; 1JLQ A; 4FK2 A; 3VEZ A; 3V81 A; 3G4S N; 1KVC A; 1EO1 A; 3CFP A; 5M1F A; 5J2N A; 3O4Q A; 1NGC A; 2ZD1 A; 4JNE A; 4JD2 B; 3CI5 A; 2E6L A; 3J8A A; 1XI1 A; 1BUP A; 4A2B A; 3SUQ A; 2WTU A; 4DTJ A; 2FSK A; 4B1Z A; 3TAG A; 2DPN A; 3ZSX A; 1Q18 A; 3O1W A; 4KB0 A; 1Q81 O; 4JKD A; 2W40 A; 1UAX A; 3FGU A; 1N5Y A; 2QWM A; 1BDG A; 5M1O A; 5LJV A; 4CJ4 A; 4DTR A; 3SJJ A; 3CJC A; 1RBV A; 2E88 A; 3I0R A; 4CCH A; 1M1K O; 1JLB A; 3NCI A; 2BE2 A; 4KI6 A; 1DKG D; 3SUP A; 4QS9 A; 4KTQ A; 3VQ5 A; 5C10 A; 3OHR A; 4CER A; 2PBD A; 4CZE A; 1C0M A; 5KPZ A; 1RTJ A; 2YHX A; 3AAP A; 2Q0U A; 4HVJ A; 3R8E A; 4H0X B; 2OPP A; 4JI5 K; 3F2K A; 1NOZ A; 4B08 A; 4ZTJ A; 1W9H A; 1BI4 B; 4YOV A; 3AA5 X; 1K8K B; 2D0A A; 1NGI A; 2VWB A; 3VQP A; 4CJ5 A; 4XH5 A; 1R0A A; 4X65 K; 3I0S A; 1HYZ A; 4DR2 K; 4B8C A; 3WNF A; 3AVJ A; 4FSV A; 1JKH A; 1WSI A; 3DWL A; 4BQZ A; 5JVH L; 3KTQ A; 4BRG A; 3U9Z A; 5HP1 A; 2P9N B; 4FOE A; 4FW1 A; 1ATR A; 4DR3 K; 3DXK A; 4DSF A; 4C8O A; 5HBM A; 4FCY A; 4O5B A; 1Y64 A; 3OYM A; 3M8Q A; 2QKB A; 4NLC A; 4X64 K; 3PIP L; 3AVA A; 2WUS A; 1IBL K; 4KH5 A; 3MEC A; 3O9S A; 2HHV A; 3O9U A; 3DI6 A; 4RW4 A; 5KPR A; 5D3G A; 4ILH A; 5JS1 A; 3PX0 A; 1QE1 A; 1Z05 A; 3TAE A; 4JKA A; 3SAF A; 3BDP A; 1IV0 A; 1VQN N; 4OJR A; 1KTQ A; 4CFD A; 1VQ5 N; 4DFK A; 3CME N; 1RIL A; 3S9H A; 3GOI A; 3SBG A; 1JLE A; 4FJ8 A; 5HRS A; 4GMJ B; 4X62 K; 1VAZ A; 3QB0 A; 4M3T A; 4WFN L; 1HNI A; 4Z4C A; 1ASW A; 3DLH A; 1D9D A; 2ZWH A; 3VQ8 A; 1LOT B; 1BCM A; 3THX B; 3BUZ B; 1BQM A; 2ATQ A; 1HNW K; 1J6Z A; 1N32 K; 2YHA A; 4DF8 A; 3FFK B; 4FJ5 A; 1BHL A; 3EYZ A; 5E26 A; 3O3G A; 1YXQ A; 5C2D A; 3J80 O; 4QAG A; 5LY3 A; 4BC2 A; 4NCA A; 1E4G T; 4H0P A; 1RT1 A; 1NG9 A; 1HNV A; 4AHR A; 4BRC A; 4DTP A; 4O5F A; 4E0D A; 1NWK A; 5AQI A; 4Q0B A; 4CIG A; 1Z26 A; 2BDP A; 4OKE A; 1WSG A; 3NMU A; 4C23 A; 1NGE A; 2NZT A; 3QER A; 1TV6 A; 4Y1D A; 3TTD A; 5TKY A; 1J5E K; 3VQA A; 3SV4 A; 2V52 B; 3ENO A; 4H5V A; 2OTL N; 4I9L A; 5M1N A; 4BR9 A; 4CHZ A; 3O3F A; 1LV5 A; 5FRN A; 2NUB A; 4H0O A; 4CJK A; 4CGD A; 3CCQ N; 4U7B A; 2GBZ A; 3TAN A; 4M3X A; 1REV A; 3K5O A; 4KHU A; 3VEW A; 3IDH A; 4IOA L; 3KD1 E; 4IDH A; 3FZH A; 5GAD P; 2P9I A; 4LSL A; 3SYZ A; 3JXU A; 4ILJ A; 4PL7 A; 4JN4 A; 1BA0 A; 1K8A O; 1VHX A; 2G8V A; 3MN9 A; 3ISN C; 3BEX A; 3QBW A; 4FJG A; 5KPT A; 3OS0 A; 5DM7 L; 3ZX0 A; 2F9W A; 5C25 A; 3ID8 A; 4BAC A; 3SI6 A; 1YJN N; 3OY9 A; 5KGW A; 2DFH A; 4KTZ A; 4FZZ A; 3H3O B; 3TSU A; 2G8F A; 1DTT A; 4DQQ A; 2EX3 A; 4CK3 A; 1WNS A; 1OH6 A; 1TL3 A; 3DYA A; 4A61 A; 3L4Q A; 2PZS A; 1NK6 A; 4FZX C; 2F8T A; 1JJ2 M; 4JI3 K; 2IVN A; 3RSE A; 3L3V A; 4OO1 J; 3AA4 A; 4DQR A; 2W6L A; 1VRT A; 1B9F A; 5KRS A; 2ZQB A; 4JAX A; 5CYM A; 1RDA A; 3CJ1 A; 3KKS A; 1IG8 A; 1W0H A; 3H3N O; 5DK5 A; 1HJR A; 3WQU A; 2HVI A; 1GOC A; 5J2M A; 4BC4 A; 1VQ7 N; 3NFA A; 1WN7 A; 3G25 A; 4DR7 K; 3ZX2 A; 4CD1 A; 2CH5 A; 4IOX A; 4CEB A; 4GKK K; 2ETJ A; 3MN7 A; 3UKU B; 3J7Z O; 4IEE A; 5AQQ A; 1HNZ K; 1WSJ A; 3O9T A; 4EP5 A; 3QET A; 3EO3 A; 2FSN A; 2IS3 A; 4M63 C; 4CZJ A; 1KAX A; 1HR0 K; 2FXU A; 4KFB A; 4FWL A; 1XMQ K; 3IFR A; 4CES A; 4MDB A; 3PLA A; 5FRO A; 3LAL A; 3HOS A; 5J2P A; 3M8S A; 5AQP A; 5AJ3 K; 1TK8 A; 2YI1 A; 3CC4 N; 1X1P A; 5AQF A; 4IFE A; 1JCF A; 2GWJ A; 3H6E A; 3NF7 A; 4JKG A; 4H5R A; 3OJU A; 3V9S A; 2AJQ A; 1HLU A; 5C42 A; 1IJJ A; 2E2N A; 3E9O A; 4JRQ A; 4YOR A; 3S3M A; 2YKM A; 3M8R A; 2F7T A; 2G8W A; 3OYE A; 2OZM A; 5FPM A; 1L3V A; 3M8P A; 1NGJ A; 5ADX H; 4JI4 K; 4BR7 A; 3I56 N; 4DHY A; 4YY3 K; 2P9K B; 4GV6 A; 5I42 A; 5AZI B; 4ELU A; 4CGH A; 2RKI A; 4FWN A; 1U04 A; 3SJH A; 3NGI A; 3GBT A; 3TAM A; 1EKE A; 4JYA K; 3ZSV A; 1TYQ B; 2Q36 A; 2BUP A; 3HT3 A; 1C0U A; 4DTX A; 3I8D A; 2WFB A; 3ATU A; 3K59 A; 4IJA A; 3K5N A; 3HST B; 1ITG A; 3SBT A; 4DTM A; 5AQJ A; 5AZJ B; 3VQB A; 4CVN E; 4M3R A; 3T69 A; 3SUO A; 4DLE A; 5EY4 A; 4FJH A; 3AAQ A; 3QIP A; 3QLH A; 4B1V A; 1YUW A; 4KAZ A; 1LW2 A; 4O4G A; 1YTA A; 4XH1 A; 4G1Q A; 3Q7B A; 3QES A; 5CZ1 A; 3ZEU B; 2HHU A; 1JLA A; 2P9L A; 1VSH A; 1YJW N; 3T19 A; 4J2B A; 1XMO K; 1RT6 A; 4FWO A; 3SQ0 A; 3UKR A; 1ZBF A; 3CM6 A; 2IC3 A; 5FPN A; 1N33 K; 2QM1 A; 5I9E B; 3IMX A; 1XC3 A; 3LDL A; 3D0P A; 4YNQ A; 4KHS A; 3MWP A; 1HKC A; 1TKZ A; 4O0J A; 1RDU A; 5JIC A; 5GIO A; 5HRO A; 4FPA A; 5BR8 K; 2P9S A; 4DU4 A; 2O8E B; 1U4B A; 4CGJ A; 3DLR A; 5GIP A; 1QSL A; 1RDD A; 3CCS N; 1VQM N; 1WAJ A; 4WQ5 A; 4FK0 A; 3AO5 A; 4FM2 A; 1S9G A; 1QZ6 A; 4RW8 A; 1RT3 A; 2E8A A; 2YNI A; 3E01 A; 3HYF A; 5C24 A; 4FWR A; 4BRA A; 3CHW A; 4LF5 K; 4FWP A; 4F8R A; 1V4S A; 1BU6 O; 5E41 A; 5HL7 L; 4PHT X; 2PY5 A; 3D2F A; 4OLB A; 2YJE A; 4N5S A; 4IOC L; 4PKH A; 1LWC A; 2OPR A; 1WB9 A; 3HVR A; 1L3T A; 3AVL A; 3TTC A; 3CJ7 A; 3PSF A; 1D4X A; 4LD0 A; 2CGK A; 3WNH A; 4AHT A; 3GE1 A; 3CJA A; 1YHQ N; 3PY8 A; 4FLV A; 1OKJ A; 1RBU A; 2FBY A; 4DSJ A; 3A8Y A; 1NMN A; 3M6G A; 3ZSZ A; 3KJV A; 2GEL A; 2NRV A; 3A5O C; 4ZHR A; 2FSJ A; 2HHX A; 2O8D B; 1KVB A; 4Z94 A; 4N47 A; 4M7X A; 1UOC A; 5CR4 A; 2IVP A; 3VEX A; 2UXC K; 5KI6 A; 4O0I A; 3VOV A; 2VGN A; 4DSE A; 4EZ9 A; 2P51 A; 4BWM A; 3HOT A; 1RT5 A; 2HMI A; 2XY6 A; 4O44 A; 1I94 K; 3LP1 A; 1D9F A; 3FZL A; 5DMR A; 3KIO A; 4KHN A; 4Y1C A; 4MLE A; 4FZY A; 2QWN A; 4CED A; 5EX5 A; 4CIF A; 3DXM A; 4CHP A; 3MWT A; 4DCH A; 1QQM A; 2YHW A; 2D0P A; 2YHB A; 1T7P A; 4FXD A; 5AQW A; 1Q86 O; 2XRI A; 2QXL A; 4BR0 A; 5GIN A; 4FJM A; 2O8C B; 4HCC A; 4RCH A; 1J53 A; 3KWI A; 4LFC K; 2A41 A; 1XNQ K; 4CF0 A; 2X78 A; 3AV9 A; 4M3Z A; 3O4N A; 1L5U A; 3ID6 A; 5IWA K; 3B6O A; 3E66 A; 3C95 A; 4W5Q A; 4BRK A; 1A5X A; 4FJX A; 5GAE P; 1NGA A; 2OCE A; 1SAZ A; 2Q2R A; 1VQ8 N; 1ATN A; 4KHW A; 4E89 A; 1VSI A; 4CHN A; 2FBT A; 3U3Y A; 4B9Q A; 4CJS A; 4H0T B; 3TSQ A; 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2HHW A; 4X66 K; 3WEE A; 3LDN A; 2QWL A; 2Z1I A; 3AO2 A; 3O9R A; 2O8B A; 4FL9 A; 4C1N I; 4KPY A; 4ISF A; 3THY A; 2RN2 A; 3MEE A; 2Q1N A; 3HPO A; 3LAN A; 3CER A; 5HLF A; 2YNH A; 2QW9 A; 3U9D A; 4CHY A; 2VG5 A; 4E7K A; 1RDW X; 1NGG A; 1TUY A; 4B9T A; 3IG1 A; 3EE8 A; 3QNO A; 2A40 A; 1RBS A; 4WQ5 C; 1YJ9 N; 3DOL A; 4C8K A; 3QDK A; 3RVC A; 5KQ8 A; 4C8L A; 3AGR A; 3O5B A; 4MO4 A; 3D6R A; 3VA3 A; 1JLC A; 5T7B A; 3OYG A; 2P9P A; 4BGA A; 3ULD A; 1NLV A; 3AY9 A; 5AQY A; 5FLX O; 3VTI A; 1HYV A; 3PUF A; 2RHK A; 2WBN A; 1BWF O; 2QXF A; 2V51 B; 1X9W A; 1VQ9 N; 2HHT A; 5BPL A; 3MMV A; 4CJE A; 1V4T A; 1HX1 A; 3A2F A; 4JK9 A; 3V9X A; 3UE5 A; 5J2Q A; 1S1V A; 3HJF A; 4FK4 A; 4BRP A; 1K73 O; 3N4Q A; 3O08 A; 5EXW A; 3PX6 A; 4F3O A; 4W5R A; 3WNG A; 2NRX A; 4DMN A; 3NVK A; 1GOA A; 3WXJ A; 1NK5 A; 1VSL A; 2E20 A; 4PL8 A; 3DLL L; 3OTO K; 2X74 A; 3CFR A; 3OW2 M; 4F2R A; 3THW B; 3VN5 A; 3CG7 A; 3PSI A; 4DU1 A; 2O8F B; 3K5L A; 5FPE A; 3V9U A; 3TAR A; 1T6C A; 1DGK N; 3VF6 A; 4IG3 A; 3FZK A; 5AQZ A; 2KFN A; 1RCH A; 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