The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
b'SRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
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| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
32
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O9U A; 3O9R A; 3O9Q A; 3M5R A; 3P39 A; 3KWI A; 2RHK A; 3L4Q A; 3D6R A; 3OA9 A; 3EE9 A; 4OPA A; 3O9S A; 3O9T A; 3P38 A; 4OPH A; 3EE8 A; 3KWG A; 3RVC A; 3F5T A; 2GX9 A; 2KKZ A; 3P31 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1X9W A; 4CZJ A; 4KH5 A; 3J80 O; 3PO5 A; 3CQY A; 3A5M C; 2Q2R A; 4WF9 L; 4KB1 A; 1TKT A; 1XHX A; 4R5P A; 4M3X A; 5D3G A; 3L3V A; 3AGK A; 2XY8 A; 1JCG A; 1RT6 A; 4CFA A; 3AVJ A; 2E4L A; 3SUN A; 4JHD A; 1K8A O; 1HYV A; 1VQ4 N; 2RKI A; 3OS1 A; 3DWL A; 1ASU A; 3SPZ A; 3SV3 A; 4N56 A; 2YKM A; 4Z4I A; 3CET A; 1UA1 A; 5C12 A; 5I9E B; 4CF2 A; 4WCE L; 4FPA A; 4JKC A; 4CW7 B; 1RDA A; 2OCE A; 1D8Y A; 2OPR A; 1GLL O; 3CJ9 A; 4PUO A; 2O8F B; 1HQE A; 4NO7 A; 5J1E A; 1J53 A; 3SJJ A; 2YHB A; 4FWP A; 1NGE A; 2FSJ A; 3SBG A; 1QZ6 A; 5HRO A; 3GE1 A; 2D5R A; 4CJW A; 3IKM A; 3U9D A; 4YOX A; 1NKC A; 1BCM A; 4OKK A; 3CJ1 A; 3CCU N; 3TWH A; 4ILJ A; 1CZA N; 3WT0 A; 4FJI A; 2O8B A; 3TAP A; 3VGM A; 1S9E A; 4C1N I; 1VSK A; 5J2M A; 1RNH A; 3HVR A; 3JSM A; 1XWL A; 2KHO A; 4HWI A; 4WFN L; 1NJW A; 4DLE A; 3UKR A; 1NJI O; 4H5T A; 3CC4 N; 4ISE A; 1W0H A; 3NAE A; 3O3F A; 1JCE A; 4KHS A; 3KWI A; 4CEC A; 2HNZ A; 1VAZ A; 5F0X A; 1RBV A; 4JI0 K; 2Q0R A; 5M1Q A; 3HM8 A; 4EZ9 A; 5CHI A; 3U8X A; 2P9U A; 1WLJ A; 1C6V A; 3EN9 A; 3OYM A; 4DSE A; 5CY4 A; 2IGI A; 2Q3S A; 4CJF A; 5AZI A; 5K14 A; 1U2V B; 4BRA A; 4BE2 A; 2ZD1 A; 5J2N A; 3SAF A; 1UOC A; 4DSJ A; 2WC9 A; 2BGG A; 4KRF A; 4O8U A; 3H1Q A; 3VEZ A; 4LF6 K; 1U4B A; 1LW2 A; 1RBU A; 4M42 A; 3IRX A; 4BRK A; 4E1M A; 3S9H A; 4CFB A; 1JL1 A; 2IC3 A; 3GDQ A; 3V9X A; 4JRP A; 3PY8 A; 2DFF A; 5E26 A; 5KQ8 A; 3CD6 N; 4DV6 K; 4DSF A; 1X1P A; 1BL3 A; 4IO9 L; 3V9U A; 4DR4 K; 2I7N A; 4FW1 A; 1U45 A; 1Z25 A; 1W2B M; 3ATU A; 1WOQ A; 2YNH A; 2E20 A; 3OYD A; 4IJN A; 4DTR A; 1EWR A; 4CI6 A; 3NCI A; 4AQY K; 4B1W B; 4NXM K; 1CXQ A; 3MWT A; 4KKO A; 3VQ4 A; 4B1X B; 1OKJ A; 4JNE A; 3DLB A; 2O8C B; 4FZZ A; 2F8S A; 2D4W A; 3RMB A; 4CIF A; 2UUA K; 4DQ8 A; 3VA0 A; 5LL6 Z; 4CCH A; 5AQY A; 3MN9 A; 3VEW A; 4B3T K; 3CPW M; 1K8K B; 4FSV A; 2FXU A; 3NH0 A; 1XC9 A; 2Q97 A; 4MDB A; 3NH2 A; 1ZBU A; 3I0R A; 2GTD A; 3P38 A; 5BN8 A; 4NCG A; 1NK4 A; 1ITG A; 2ETJ A; 4ILH A; 2E1Z A; 4QS8 A; 1ATN A; 2F7T A; 3V1Q A; 4BAC A; 1EET A; 1HRH A; 4BWM A; 1VSL A; 4KB0 A; 4BWJ A; 4H5V A; 5SWM A; 3AAQ A; 3LPT A; 4JKB A; 4MLH A; 1HYZ A; 1D9F A; 4FVU A; 1HJR A; 3AGR A; 4GY2 B; 4N47 A; 5CR4 A; 1RFQ A; 1T05 A; 4FWO A; 4JD2 A; 4F4K A; 3WXJ A; 5HRS A; 2NRZ A; 2HVI A; 1J6Z A; 4B1V A; 3L2W A; 3G6E N; 5JVH L; 4FYD A; 3DLR A; 4NCA A; 3WNE A; 5FPE A; 4DFP A; 4F3O A; 3L2V A; 1GLE G; 2F4V K; 4E1J A; 4DSI A; 3MK6 A; 5DM6 L; 2JGU A; 2ZWH A; 4CJR A; 1A5V A; 4BQL A; 3T19 A; 4FLT A; 1X9S A; 1RTD A; 2A42 A; 2QWR A; 1I94 K; 2IAJ A; 2KZM A; 4ELT A; 5LJV A; 4GVM A; 2HMP A; 3L6Q A; 4EFH A; 1ZC6 A; 4IO8 A; 2HMI A; 2E6M A; 3GOI A; 2NLX A; 1LAV A; 3HTV A; 4GVE A; 3SZ2 A; 1UA0 A; 4FJ9 A; 4CZG A; 3AVB A; 4K0K K; 5DM7 L; 2VWK A; 3M8P A; 4BDZ A; 1QSL A; 1GOA A; 1JXB A; 1VRU A; 3CMA N; 5FDL A; 1C0G A; 3D2E B; 1ZXO A; 5EY4 A; 3SAH A; 1WSE A; 3DLG A; 2YJF A; 2KW4 A; 1N8R O; 3T7Z A; 3CC7 N; 3MXI A; 4KTQ A; 5F2R A; 4NLC A; 2HBM A; 3TR8 A; 3VQ8 A; 1I39 A; 3SYZ A; 3VQD A; 3LWM A; 5JVG L; 4GNI A; 5CYM A; 1IO2 A; 3E66 A; 2Q1N A; 4I2P A; 2G8W A; 3QER A; 4M41 A; 2HHS A; 3SQ4 A; 4CJK A; 3PIO L; 4H03 B; 1S6Q A; 2GBZ A; 4GW6 A; 1O13 A; 1LWC A; 5KQD A; 4YFU A; 4JRQ A; 3AO2 A; 2ZQB A; 4FWS A; 3QEX A; 1HNI A; 5BRD A; 3K9J A; 3O08 A; 4M3W A; 1C0T A; 2YHY A; 3DLE A; 3E9P A; 3CCV N; 3QEP A; 1NK8 A; 2WOM A; 4WQ5 C; 4CBX A; 1UAX A; 3BP8 A; 4CES A; 5F1X A; 4H0O A; 1S72 N; 4PQU A; 3MN6 A; 4H0Y B; 4FW2 A; 4BE0 A; 1EO1 A; 1J5E K; 2ZJR L; 3NVK A; 1VQP N; 3HP6 A; 2BAN A; 1BQM A; 2VYP A; 4IXC A; 3DOL A; 3TSQ A; 3HOS A; 2RHK A; 5BPL A; 2JLE A; 5BRF A; 3U4L A; 1ZBI A; 1RT4 A; 1P8Z A; 4O8K A; 3IMX A; 4B1U B; 2D0B A; 3F5T A; 2VG7 A; 4IDK A; 4AHU A; 1RCH A; 3P83 D; 4HUE A; 1JCF A; 3A0I X; 2QTD A; 1KAZ A; 4CK1 A; 2O8E B; 4DQP A; 1T3V A; 1U2V A; 3ITH A; 1RDW X; 1OVY A; 3VF6 A; 3KHY A; 1TK0 A; 3HPG A; 1Y97 A; 1QTM A; 4RG8 A; 3TAB A; 1S3X A; 2ZGZ A; 4BVP A; 1E4F T; 1HNV A; 3D2F B; 1XHZ A; 4FJN A; 3O6W A; 3V9S A; 1TL1 A; 4ZTF A; 2KKZ A; 3ZSX A; 1QVG M; 2Z1G A; 1W97 L; 2NUB A; 4DR7 K; 3F2K A; 1OVQ A; 1JKH A; 2G8F A; 3BGR A; 4IG0 A; 3QIP A; 1GLC G; 2KLA A; 4CJU A; 2O8D B; 3MN7 A; 3CCL N; 4BDP A; 1OH6 A; 2UUC K; 3KK7 A; 1J9A A; 4JAX A; 5IT9 O; 1BHL A; 3O3G A; 1IKY A; 5M1O A; 2H3G X; 4LH4 A; 3L2U A; 4B8A B; 4L8R B; 4C23 A; 3SV4 A; 1VQL N; 1XMO K; 2G8H A; 4GV9 A; 2VGN A; 4MO4 A; 3TTC A; 1NK6 A; 5ADX H; 1JLA A; 3TI0 A; 2O8C A; 5JS2 A; 1NK7 A; 2BE2 A; 1FXX A; 2G8U A; 1WNS A; 4OGC A; 3V1R A; 3JXU A; 5LJW A; 3CJB A; 3QEV A; 4YNQ A; 4I9Q A; 3OBW A; 1RDC A; 4RW8 A; 1G15 A; 4CZL A; 1Q9Y A; 2P9N B; 5C2F A; 4CED A; 1K8K A; 4DTS A; 5AQL A; 4CGJ A; 1Q18 A; 3HVT A; 1WSG A; 3CI5 A; 2IVP A; 4BRC A; 4KHP K; 1BWF O; 3SCX A; 1Z26 A; 4LD0 A; 2QKB A; 4BC2 A; 1QSS A; 3AA4 A; 1BUP A; 1S5J A; 3G0Z A; 3PX0 A; 4B3R K; 1MA9 B; 4OLA A; 4DU1 A; 4Y1D A; 4LFC K; 3JYT A; 4I9L A; 5JLF A; 3RTV A; 4DU4 A; 1KSP A; 3SUQ A; 3MX5 A; 1DEJ A; 1NGJ A; 3OYI A; 2X78 A; 4M7X A; 5EXW A; 3HBT A; 4V19 S; 3VQC A; 3LZI A; 4RW9 A; 3VER A; 5C42 A; 4W5R A; 4LC9 B; 3M8S A; 5M1N A; 1SUQ A; 4M45 A; 4CF1 A; 3SQ2 A; 4DTO A; 4J2E A; 1TV6 A; 1T7P A; 4RTF D; 4UY8 O; 1RIL A; 4CFC A; 2CH5 A; 5KPR A; 4DV7 K; 3BY5 A; 3W0L A; 3AA5 X; 3AVG A; 1VQN N; 3C94 A; 1XMQ K; 4GV3 A; 3ZSQ A; 3MMV A; 4OJR A; 1BG3 A; 1NGI A; 3N4P A; 4C8K A; 4CGG A; 2ASP A; 3CM6 A; 1RT1 A; 2HHT A; 1K6Y A; 4CZH A; 1N32 K; 3MED A; 4FWN A; 3CQ8 A; 2VQE K; 3LP1 A; 4FVM A; 1YHQ N; 2UXD K; 1I3A A; 2GWJ A; 2ITG A; 1VRT A; 2E1Y A; 4JI2 K; 3QBX A; 3GG4 A; 1DTQ A; 1BI4 B; 1TKD A; 3AVA A; 3SQ0 A; 3NF7 A; 1C0M A; 2NRT A; 3D2E A; 3O3H A; 3THX B; 1U49 A; 1E4G T; 1VQ5 N; 4B1Y B; 4XH4 A; 4C8N A; 3OS0 A; 3DJC A; 3MWP A; 5JIC A; 3LWL A; 4DHY A; 1JLG A; 5M1P A; 4IEE A; 3OYE A; 2YV0 X; 3T1A A; 3T1Y K; 3TAR A; 3D0P A; 1BU6 O; 1NOZ A; 4M7Y A; 5AQI A; 1KLN A; 3ENH A; 1TAQ A; 1IBL K; 2G8V A; 1NKB A; 3RR8 A; 5AQS A; 3UB5 A; 4W5N A; 1FW6 A; 4AHR A; 4YOT A; 3VF2 A; 3G25 A; 2ZF5 O; 5AQV A; 3I55 N; 1DTT A; 1RT3 A; 1A5W A; 4B3S K; 1BCO A; 3C6A A; 3WNG A; 3HPO A; 2YKN A; 4JI6 K; 5HRN A; 3TSU A; 4JYA K; 1BOT O; 4EIA A; 3HK2 A; 5IWA K; 4DTX A; 4DQQ A; 1FK9 A; 2VGM A; 1K9M O; 4EHU A; 2VCP A; 1X9J A; 4E3S A; 1C0F A; 3LM2 A; 2FSN A; 3CJ7 A; 3H6E A; 4BR4 A; 4CJT A; 3F9M A; 1VQK N; 3SUP A; 4AF1 A; 2NRW A; 4U7B A; 5AFU A; 5HRP A; 4PL7 A; 1XNR K; 3FZL A; 4FJX A; 4H5W A; 2ZJQ L; 2V52 B; 3OYF A; 4BG9 A; 2OA8 A; 3WXL A; 3FLC O; 3AVL A; 3VGL A; 3VQE A; 4JS5 A; 2QWM A; 3L4I A; 2RN2 A; 2Y1I A; 4FWL A; 2O8E A; 1EKE A; 4FM1 A; 5H1S Q; 1BDG A; 1RTH A; 1FKO A; 4LF8 K; 4H0V B; 4YOY A; 3WNH A; 2HB5 A; 3KLG A; 3BF3 A; 5KRT A; 4F2R A; 3QIC A; 5FPM A; 4ELV A; 2IVO A; 4JKD A; 1J54 A; 5E41 A; 4LFB K; 1RT2 A; 3E9L A; 4NXN K; 1CZB A; 1YUW A; 4KI4 A; 2QWN A; 4CBU A; 1YT3 A; 4ISG A; 2O8D A; 3OY9 A; 1YI2 N; 4FWQ A; 2V7Z A; 3A5N C; 3TU5 A; 3D6R A; 4DFJ A; 3PLA A; 2BH1 A; 4KFB A; 3GL1 A; 4CJ5 A; 3M8Q A; 5BR8 K; 2VQF K; 3O4Q A; 4KRE A; 1VSF A; 4DTN A; 3O8M A; 5AQG A; 1NK5 A; 5EOY A; 4KHY A; 1NMD A; 2ASO A; 1L5U A; 3OYC A; 4F8R A; 3P39 A; 1SQK A; 4B9N A; 1TYQ B; 1YIT N; 3BEX A; 2P9N A; 1YXQ A; 4HCB A; 3HM9 A; 3A5L C; 2YCH A; 1N36 K; 3WEE B; 3KZB A; 4K43 A; 3KVG A; 1RBR A; 3OJU A; 1OH7 A; 2CGK A; 1N34 K; 4YOR A; 3CC2 N; 3U6F A; 3LAK A; 5HP1 A; 1QQO A; 1VSM A; 1P90 A; 5FRN A; 1KVA A; 1QQC A; 4N76 A; 1IV0 A; 5GAH P; 4M3Z A; 4DKW A; 4JI4 K; 1KVC A; 4H4M A; 2QK9 A; 2E2N A; 3AA2 A; 4DU3 A; 3FE1 A; 3DI6 A; 3VN5 A; 4FK4 A; 2VWB A; 5AQP A; 1HUX A; 4FLX A; 3FZM A; 3LP2 A; 2VG6 A; 4IKF A; 1B92 A; 2HHU A; 4N5S A; 3HT3 A; 2GEL A; 2FSK A; 3H46 O; 4BRE A; 1D4X A; 4F2S A; 4B9V A; 2BUP A; 1RGI A; 1KAY A; 5CYQ A; 5GAG P; 4YOV A; 1NU0 A; 2QWO A; 4IFE A; 1Q8I A; 2JWK A; 3DXM B; 4YDU A; 1V4T A; 4A5B A; 2E2O A; 2HF3 A; 3KKS A; 3AO3 A; 3PSI A; 1DT9 A; 5FRO A; 2WBN A; 2ATQ A; 4RWT A; 1VQ8 N; 1LAW A; 3CCJ N; 2ASM A; 4CF9 A; 5KTQ A; 4JKG B; 3ATV A; 3VEO A; 1HX1 A; 3QIO A; 3H3N O; 3O9S A; 2P51 A; 1L3T A; 2W42 A; 3F9K A; 3VEV A; 4HUF A; 4JEP A; 4LF7 K; 1EX4 A; 2PY5 A; 3MEE A; 4FOI A; 4FL9 A; 4OPH A; 4E7K A; 2HHH K; 3MXJ A; 1Z6R A; 1S1X A; 2PYJ A; 5C2D A; 1H1V A; 2D1K A; 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3DYA A; 3CCR N; 3VF4 A; 3HSC A; 4RCH A; 4CJQ A; 4B9U A; 5EVZ A; 4Z4C A; 3EY1 A; 1KTQ A; 4CHO A; 1DGK N; 1NGA A; 4W5Q A; 3VGK A; 1HPZ A; 4PHT X; 4JK7 A; 3QDK A; 3B8A X; 5AQF A; 4CHP A; 1BIS A; 3PSF A; 4DV5 K; 5EX5 A; 4PKH A; 5KI6 A; 4FZY A; 3L8B A; 3QLH A; 3LPU A; 2PZS A; 3NF8 A; 5ADX A; 1GLD G; 4IFV A; 2P9L B; 5AQW A; 3DRR A; 2UUB K; 4OPJ A; 2HHW A; 4FM0 A; 1X3M A; 4FOE A; 3WEE A; 1NJX A; 3VQ7 A; 3CF5 L; 4BR5 A; 2FBY A; 3KIO A; 4ZHR A; 3SMS A; 4DSK A; 4CEO A; 4M63 C; 1RDB A; 2XY6 A; 2BDP A; 4IOA L; 2I7P A; 5C0Y A; 1KRP A; 4H8K A; 3RRH A; 2HOE A; 2KZZ A; 4AHT A; 4DV2 K; 2Z1J A; 3OW2 M; 3CCQ N; 2GV9 A; 1IKX A; 3CER A; 1IG8 A; 1LCU A; 2HST A; 4FJ7 A; 2YNF A; 2A1S A; 1TVR A; 3BUZ B; 1S22 A; 1NG9 A; 1KFD A; 3C7N B; 4KI6 A; 4A59 A; 4BC5 A; 1C1C A; 3LAM A; 3G71 N; 4KBO A; 3O1B A; 5BR9 A; 2OTL N; 1NMN A; 3CYM A; 3SAG A; 3MX2 A; 4OX9 K; 2OAN A; 3VET A; 4OVL A; 2OPS A; 1YIJ N; 3VQB A; 3WXI A; 1W7A A; 3K58 A; 3ZT2 A; 3PO4 A; 2UXC K; 1NNE A; 5AQR A; 3U3G A; 3DXM A; 4K42 A; 3OYJ A; 2E5L K; 4FZX C; 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