1QVFM

Structure of a deacylated trna minihelix bound to the e site of the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qvfM00
4UY8O 3J7ZO 1VQ5N 1Q7YO 1QVGM 3CCRN 5DM6L 3CCLN 1N8RO 1OVYA 1VQ9N 2OTLN 5GAGP 4WFBL 1VQLN 2ZJQL 3CCEN 1YHQN 1Q82O 3I56N 1M1KO 1Q81O 4WF9L 1KC8O 1VQ7N 1K8AO 1VQ6N 4IOCL 3CC7N 2QA4N 1Q86O 1YITN 3CCMN 5GADP 5DM7L 1NJIO 1QVFM 3PIPL 1VQ8N 1ILYA 3CCQN 3CMAN 1K73O 2QEXN 5H1SQ 2ZJRL 3I55N 3G4SN 1VQNN 2OTJN 1VQKN 1YIJN 2ZJPL 1VQ4N 4WCEL 3CMEN 1YI2N 4WFNL 4IOAL 3DLLL 3PIOL 3G6EN 1VQMN 3CPWM 1KQSM 1YJ9N 3CF5L 3OW2M 3CCUN 3CXCM 5HL7L 4IO9L 1K9MO 4WFAL 1YJWN 5GAHP 1VQPN 1YJNN 1VQON 3CCSN 3CC2N 1S72N 5MLCQ 5GAEP 5JVHL 1KD1O 3G71N 3CCVN 1W2BM 4U67L 1M90O 3CCJN 5JVGL 3CC4N 1JJ2M 3CD6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HP6A 2X6NA 3AARA 1IKWA 2ZGYA 5ADXA 3C7NB 3ZT0A 3VQ7A 2P9PB 5SWMA 1SKWA 2NRTA 3AVBA 4BQLA 5AQNA 5AQWA 4BRNA 3SI6A 4KRFA 3VQPA 1NJXA 1N36K 3OYEA 4FW2A 1Q82O 4NO7A 3MEEA 5KPRA 1WAFA 3ZSOA 3V4IA 3EKUA 2Y1JA 1C1BA 1EP4A 1E4FT 2QWNA 3ZSRA 1TKTA 1GLAG 4H5TA 3RR7A 1TYQA 3NFAA 5AQUA 1BQMA 3OYLA 3NGZA 2FBTA 3OJUA 3KD5E 4FWSA 1ZBIA 3N4PA 4EAHD 1NBWA 3OY9A 4KHSA 5AQZA 3FZMA 3QBXA 3WXIA 2PBDA 1WLJA 5FLXO 2F4VK 4OLBA 4JK8A 4E3SA 1NLVA 2DY4A 2XO7A 4FJ9A 1CLQA 3L4QA 1BIUA 3V1RA 4KB0A 1YTAA 4IOAL 4LFBK 3H45C 3MMVA 1ASWA 1HJOA 3P38A 4DTMA 3FGUA 3AVNA 4JI0K 3ENHA 3VTIA 1SL2A 3AA5X 3V81A 3SNNA 4DV2K 2FSJA 2Z1GA 4M3RA 1C1AA 3TAMA 4NXMK 4BC3A 3L0QA 5AQVA 1JCGA 1Z05A 1WBBA 4BR7A 2QM1A 1RFQA 4B3TK 2A41A 3MN7A 4CJSA 3PLAA 4FJNA 2O4GA 4CEFA 2NRRA 1WSGA 3KK7A 4FJKA 2HBMA 1YT3A 1JL2A 4QS7A 4DV3K 3AV9A 3LDLA 4CE9A 2P9NA 2XY7A 3IG1A 3VGMA 1KFSA 1HYVA 4CJQA 3EL2A 1RCHA 4AILC 1HYSA 3ISNC 4DTOA 1NMDA 2OTLN 3OS2A 3QINA 3L2UA 5A2QO 1CXQA 3I0RA 4Z4CA 4JI4K 4MDBA 5LJVA 2O8BA 3O1BA 4KI6A 2VYPA 2G8IA 3K57A 4GKKK 3OYJA 5M1FA 1QVFM 3SMSA 1FXXA 3EE8A 3VEXA 4DV0K 4RWTA 5AR0A 1QQCA 3EEQA 2ETJA 5I3UA 1U49A 4FOIA 2GEMA 5LMUK 3I55N 4YHHK 3QIPA 4DLEA 2O8DB 4RW8A 4BRHA 1KLMA 4BDYA 3HSTB 3WNGA 1VSJA 3WXLA 1NWKA 4FWNA 4DV6K 3AVFA 1E3MA 1JLGA 4GVEA 3SUOA 4JS5A 4W5RA 3LP3A 2QW9A 3OW2M 1P90A 4H4OA 4FL9A 2Q0RA 5FDLA 1VSIA 2ITGA 3O6WA 1J9AA 2VGMA 3VQ6A 1NGHA 3QEXA 2O4IA 5JVHL 1LWCA 4KHQA 4KHUA 2F8TA 2F9WA 3QEIA 4CGIA 4KTQA 4BVOA 1S9GA 3SMPA 1UOCA 4FJ7A 3P39A 3T69A 2E6LA 5GIPA 3M8RA 3HOSA 4LH4A 3WXJA 1TL1A 5FPEA 3OYCA 1OVQA 2V51B 4JKGB 4DUYK 4DR4K 1C1CA 3AGKA 4JD2B 1QVGM 4CJTA 2Y1IA 1U6ZA 1D9FA 1OH7A 4MO4A 2HHUA 3O9TA 3DXMB 1TK8A 2KTQA 4DS4A 3VGLA 1KSPA 1NOYA 2HMPA 3MCAB 3P5JA 3I56N 5CYQA 5BRHA 1T05A 1JLAA 3KLHA 1VSLA 3VN5A 2HHTA 4EP5A 3AAQA 3AVMA 4RCHA 3PO4A 3NH2A 2OPRA 4M41A 4BRGA 1Q86O 2QI2A 3RMCA 2A5XA 1N33K 3A0IX 4AHVA 2UUBK 1T03A 1BISA 4AM7A 2WFBA 5KTQA 1T3VA 4B8AB 3QB0A 4JKEA 2FC0A 3PX4A 3TAGA 3A8YA 3GBTA 3MAQA 1D8YA 1I3AA 4FVUA 2HNYA 4DTSA 4Z4FA 3ZSZA 2G8WA 1KFDA 3NE6A 5CE3A 3KLGA 3MK6A 1UAXA 4BREA 4NLBA 3CMEN 4LC9B 3VQ8A 3CJBA 1NGIA 3E1YA 3UKUA 1R59O 5B8HA 4TSXA 4KV8A 4M3XA 3H6EA 1OH8A 3K58A 3O3HA 4MDAA 3PUFA 3L8BA 4K42A 4YY3K 2X6SA 3RTVA 3SYZA 3HJFA 4DQQA 1Q9YA 2OPSA 5AQOA 4FM2A 2PFUA 1Q8IA 3ZT1A 2YNIA 1J5OA 4BRIA 3DXKA 4CEZA 5E26A 2VWBA 2FF6A 1S1XA 1VAZA 4FPAA 5CY4A 1YVNA 1D9DA 4J2AA 4B1YB 1W9HA 4BC4A 5KPZA 3LALA 3O4WA 4K25A 4DQPA 1JJ2M 2FBVA 2CH6A 3O4QA 3VA3A 3WQUA 4F4KA 4KPYA 2E88A 2W40A 3VESA 4V19S 1VSFA 1X9WA 1JL1A 1SL0A 5JS1A 2Z1JA 2HOEA 4B9QA 1NGFA 2VG7A 1HKBA 1N8RO 2I7NA 5LJWA 5AQTA 3TSUA 1TAQA 4X65K 4FK4A 3CETA 3CCEN 3KVGA 1GLBG 2ZE2A 2E20A 4QAGA 4B9NA 3BUZB 4CJFA 1X3NA 4Q5VA 5C25A 3ZT3A 1X3MA 3U4LA 4DR5K 4BQZA 1C0UA 2XRIA 3SPYA 1NU0A 4HVJA 3DLKA 3O1WA 3IUCA 2P9KB 4C23A 2YKNA 4M7YA 1MA9B 4JHDA 1LWFA 3E9OA 4E1NA 1EETA 3H3OB 3TR8A 3S3MA 3O9UA 3VQ5A 5M1QA 1K8KA 4O5BA 1QZ5A 2YCHA 3EE9A 1EO1A 2P9LB 4FLUA 1N32K 2OTJN 1VQKN 2P9IA 3LDPA 5JLFA 3DWLA 3TAPA 2Z1IA 2VG6A 3CHWA 2HBJA 4Z4GA 3MX5A 5AZIA 3G6EN 1KQSM 5BPMA 3NVKA 3IS9A 1NJYA 2ZD1A 2VGNA 3V9UA 2BE2A 1RT2A 3SJJA 4AHSA 3SZ2A 4DF8A 4DSLA 1L3TA 3QERA 1BI4A 4DTNA 3BY5A 4CF8A 4JAXA 2E6MA 4DB3A 4M63C 3MEDA 4R79A 3T1AA 2E1YA 4KHWA 1TVRA 4FLXA 4DWIA 1Y97A 2D0PA 2LSNA 4UQGA 3OYBA 1M90O 2W6KA 4CGFA 3CCJN 4DSKA 3TAEA 2X78A 5JVGL 4DV1K 4JI7K 4BRDA 1LAWA 4B1ZA 2QK9A 2RKIA 5BN9A 4CW7B 1JLBA 3AVLA 1WSJA 3V9SA 5BPNA 2WC9A 4M45A 4ZTFA 4JI8K 1UA0A 3L3UA 3TWHA 3BZCA 4FWOA 4X64K 2BGGA 4JKBA 2HMIA 2O8EA 4CHOA 4E7LA 2BH1A 3L2WA 3OTOK 4OGEA 1U04A 2E8AA 2HHSA 5JLHA 4CJRA 3NAEA 4IOCL 3IDHA 5J2QA 1YAGA 3U9ZA 2XHBA 5IT9O 4JEPA 2RPIA 4I2PA 4KHPK 3E9LA 3KWGA 4KH6A 1C0MA 4ELTA 1S22A 4IEIA 4OVLA 4CGDA 4LF5K 3NBPA 4CGJA 2KHOA 2PAVA 1T8EA 3IFRA 2WOMA 1BU6O 1NMNA 3AVAA 2J4RA 4E7JA 1Q18A 3IKMA 5FRMA 4MO5A 1XWLA 1VQ4N 2G8UA 1DTQA 3THWA 1RBUA 4Z94A 2YHYA 4BRPA 3H3NO 4M3TA 2PYLA 4DQIA 1C0TA 3O9SA 5AQMA 3SV3A 2P9SA 4CZMA 1XUPO 3QEPA 3CXCM 1GLDG 3OBYA 3EKSA 2O8FB 5KPTA 1MU2A 4JKCA 2W41A 4CEQA 1SKRA 2P5OA 4LFCK 2FLOA 4DTJA 3L4IA 3CJCA 1VQPN 2AA4A 4GV3A 4CJ4A 1DLOA 1OKJA 1O1WA 2WTUA 1KD1O 3TTFA 3ZETB 3GG4A 4CJ5A 1SS6A 4W5QA 1YUWA 4AM6A 2DFHA 5CZ1A 4FLTA 2GWKA 3NDKA 1QE1A 4KTWA 2F8SA 2NZTA 2YHBA 4AHRA 4A5BA 1A5WA 1NK9A 4KO0A 1V4SA 2GBZA 3O4NA 4DFPA 2Q2RA 3V9XA 4CESA 5GAGP 1VQLN 4FM0A 5AQYA 4A2AA 1IBKK 3LAKA 4DMNA 3J81O 4B9UA 4W5NA 4QS8A 3F5TA 3PV8A 3LDNA 2Q1NA 1YITN 4EFHA 4F3TA 4BWJA 5FPDA 4QCLA 3SK3A 1KVBA 5ELZA 2VWKA 1RTDA 3K0SA 5I42A 2B5JA 3QDKA 3W3DA 1ASVA 3QFPA 1VSEA 4DU1A 1GOAA 2F9TA 2CGLA 4O0IA 3AO2A 3LP0A 2HVIA 4N5SA 1JLFA 4O8UA 3G4SN 1D4XA 4E1JA 1LCUA 1KVAA 4CJPA 2UU9K 2UXDK 3BF3A 1S1WA 4B3RK 2PYJA 3FZFA 1RTJA 3SAGA 3UKRA 1RDDA 3A5OC 3RWUA 3PIOL 1IKYA 4CJKA 4JV5K 4B1WB 5AQIA 3R9PA 1QQMA 5AQGA 1B92A 3R6MA 4JRPA 4IO9L 4O8KA 2OYQA 4LF6K 4M3WA 2KKZA 2P9UA 1HMVA 2IGIA 3FZKA 5JMVA 2QKBA 4YFUA 2FF3B 3C65A 3EYZA 3SUNA 3OYHA 1BUPA 2A1SA 3HL8A 4LF7K 2I7PA 2BTFA 1JKHA 4B1XB 3LP1A 1FKPA 4LFAK 1D5AA 2IOCA 5J2MA 2UXCK 4JK7A 2P51A 1LW0A 1TL3A 4GV9A 4BRLA 1Q7YO 3OYIA 2HBKA 5FPMA 1XC9A 3ENBA 4Z4HA 1IG9A 1VQ9N 1NG9A 2PY5A 2D0OA 3WUHA 3GDQA 3LL3A 3CFRA 1EXQA 2YHAA 1IV0A 4E7KA 4ICLA 1VHXA 4F2SA 4BG8A 3ZEUB 1XNRK 1CZ9A 4G1QA 4FSVA 3S9HA 4H0OA 4B3OA 5DMRA 4KFBA 4CZHA 1MWKA 5EOYA 1Z26A 3KLIA 4JI1K 5DM7L 2D0BA 4BR5A 3MX2A 2OCEA 3LZJA 3TI0A 1GOCA 1SAZA 2NUBA 1TK5A 3EN9A 2E2PA 4DSEA 2P5GA 1VK0A 4E1MA 2Q97A 4CBWA 5D3GA 3ZLJA 3CJAA 3ZSWA 3V1QA 1RILA 4DUZK 1NJWA 4H5WA 1BL3A 2YNFA 3NHGA 4FM1A 4CHZA 3P4IA 4CK3A 4KI4A 4RW6A 1SQKA 1SUQA 3ZT2A 4BR4A 3AVIA 1GLLO 4L3QA 3D2FB 3ZT4A 1GLEG 5KI6A 4H0YB 3HM8A 3ENOA 4RG8A 1F21A 4W5OA 1YF5L 3JAMO 4CFBA 1S6PA 1KRPA 1JLCA 4OGCA 2AJQA 4CEBA 4GW6A 3VERA 1HUXA 1ESVA 5C2DA 2KFNA 4EHTA 5BRDA 1YJWN 3RSEA 3ZCMA 3QEWA 3D2EA 1S72N 3BDPA 2VG5A 1NM1A 5MLCQ 2QTDA 3DJCA 3HBTA 3ASMA 2A40A 4JKFA 4MQ3A 1HNWK 3AO1A 2UUCK 1JXBA 5AFUH 3M8SA 4A5AA 4YOYA 3PX6A 1U2VB 4OX9K 4FWLA 5KGXA 2HHXA 3KLFA 3AO5A 3S3NA 4OJRA 1FK9A 5I9EB 4J2DA 1NJZA 4DU4A 4IOXA 3CQYA 4JS4A 3R3LA 4FZZA 2A3ZA 3T19A 2ZJQL 2H3GX 3MXMA 2GTDA 4PWDA 3OYAA 3HT3A 4KHNA 1T6CA 3VOVA 3C7NA 2P9PA 4JKDA 1Q81O 1KC8O 4DSIA 2Q31A 4CF2A 3SPZA 3R1XA 4OKJA 1NK0A 2WONA 4KBOA 3ID8A 5AQLA 4JKHA 3B6PA 2IS3A 2BDPA 4C8MA 4CFDA 3ATVA 1VRTA 5BN8A 3DMJA 3VENA 2ZM6K 3LDSA 1LOTB 4DF4A 1J5EK 2DFFA 3O8MA 3J7YP 1ILYA 1CZAN 2BUPA 3KD1E 2YKMA 3NVMA 5HRPA 1GLJO 3OYKA 3L6QA 3JYTA 4LF9K 1RDAA 3VQEA 1REVA 1LW2A 4N56A 4F2RA 3VEWA 4JN4A 3VQAA 5GIOA 2OPPA 3OYNA 2DPNA 3NCIA 1DEJA 3MDQA 4I6MB 2FBXA 1OH6A 3THYA 2ITMA 1W97L 1W0HA 4MLHA 2P1JA 1B9DA 3DLLL 4Q0BA 2UXBK 5C10A 1HX1A 3GL1A 5LY3A 3MN5A 4B08A 3TTCA 3QEVA 4LSNA 4FJIA 3CYMA 1RT5A 3EO3A 3OYDA 4ELUA 4BRKA 4ILJA 3O9QA 5E84A 1YJNN 3WXMB 3VQ9A 4BR0A 5KRSA 1QSSA 5GAEP 4EZ9A 4PUOA 3MEGA 3ZSXA 5F1XA 3AVCA 1I94K 2FSKA 4KH4A 4Y1DA 1O13A 4H5NA 1W2BM 3U8XA 1QHTA 4OPKA 1JLEA 1MDUB 5AQQA 3N4QA 3MCPA 4KAZA 3J8AA 3CD6N 1BO5O 1HKCA 1NGBA 3FZHA 4K0KK 3G25A 4HHTA 2A42A 4JI3K 3FE1A 4QS9A 3ULEB 3KK1A 2QKKA 4H0VB 3DI6A 4CJ3A 2IC3A 1BHLA 2D5RA 4FLVA 3T7ZA 4ZHRA 1M1KO 1BIZA 3E9PA 4CHNA 3EY1A 4F9OA 1N6QA 1K6YA 3B6OA 2E4LA 3CQXA 3CFOA 3M8QA 3K5MA 3OYMA 5C2FA 2DTUA 1N34K 2P9SB 3D0PA 3SAHA 4RW7A 3K9KA 5AZJA 3WT0A 1HNZK 1VSHA 3VEOA 4B1UB 4BY9C 1NGJA 4CEEA 3RMAA 3SQ4A 4YORA 3Q7CA 5AJ3K 1L3SA 3VQ4A 2ZJRL 5J1EA 4FJGA 3CQ8A 4M42A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HP6 A;  2X6N A;  3AAR A;  1IKW A;  2ZGY A;  5ADX A;  3C7N B;  3ZT0 A;  3VQ7 A;  2P9P B;  5SWM A;  1SKW A;  2NRT A;  3AVB A;  4BQL A;  5AQN A;  5AQW A;  4BRN A;  3SI6 A;  4KRF A;  3VQP A;  1NJX A;  1N36 K;  3OYE A;  4FW2 A;  1Q82 O;  4NO7 A;  3MEE A;  5KPR A;  1WAF A;  3ZSO A;  3V4I A;  3EKU A;  2Y1J A;  1C1B A;  1EP4 A;  1E4F T;  2QWN A;  3ZSR A;  1TKT A;  1GLA G;  4H5T A;  3RR7 A;  1TYQ A;  3NFA A;  5AQU A;  1BQM A;  3OYL A;  3NGZ A;  2FBT A;  3OJU A;  3KD5 E;  4FWS A;  1ZBI A;  3N4P A;  4EAH D;  1NBW A;  3OY9 A;  4KHS A;  5AQZ A;  3FZM A;  3QBX A;  3WXI A;  2PBD A;  1WLJ A;  5FLX O;  2F4V K;  4OLB A;  4JK8 A;  4E3S A;  1NLV A;  2DY4 A;  2XO7 A;  4FJ9 A;  1CLQ A;  3L4Q A;  1BIU A;  3V1R A;  4KB0 A;  1YTA A;  4IOA L;  4LFB K;  3H45 C;  3MMV A;  1ASW A;  1HJO A;  3P38 A;  4DTM A;  3FGU A;  3AVN A;  4JI0 K;  3ENH A;  3VTI A;  1SL2 A;  3AA5 X;  3V81 A;  3SNN A;  4DV2 K;  2FSJ A;  2Z1G A;  4M3R A;  1C1A A;  3TAM A;  4NXM K;  4BC3 A;  3L0Q A;  5AQV A;  1JCG A;  1Z05 A;  1WBB A;  4BR7 A;  2QM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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