3WNHA

Cyclic hexapeptide pkzdnv in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
137
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 48
structure length 137
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnhA00
1WAFA 4KFBA 1NK4A 3O4QA 4M3RA 4O4GA 4CHPA 4GW6A 3QERA 1TKDA 1NK0A 1D9DA 3U3GA 4CEEA 1T05A 5FROA 4M3XA 5JS2A 4JLHA 1HYVA 4DQPA 2YKMA 3SYZA 3TAFA 3LAMA 4AHRA 4FK4A 1HNVA 1Z25A 1D5AA 3A2FA 1LV5A 1JL1A 3HVTA 2VWKA 3E01A 1RT6A 1EX4A 1RT7A 2OPPA 4FM1A 2P51A 3MXIA 4K8XA 2YHBA 4CEZA 4CJRA 3OYJA 3VQQA 3V9XA 1EKEA 3ZT0A 4Y1DA 4Y1CA 3SUPA 4CGIA 3V9WA 2F8SA 3CFOA 4E7HA 1RILA 1U04A 4FXDA 3LDSA 2KTQA 4FM0A 3SQ1A 3TWHA 4CEFA 1TK5A 3K57A 4F4KA 1TK8A 2GUIA 1UAXA 3DLEA 2BANA 4BDPA 3NH2A 4E0DA 3EZ5A 2QKKA 1TGOA 2RKIA 3DYAA 3NBPA 4CGDA 3O3FA 1HYZA 2B4JA 3M8SA 3SI6A 3RRGA 3H08A 2ZE2A 3HM9A 2XY8A 3PY8A 4B9LA 4CEDA 3QEVA 4IKFA 3VQDA 4CJEA 1JLGA 4UQGA 1RCHA 4CHZA 4RW7A 1IKYA 3U3YA 1RDBA 1WSEA 3I0SA 4CGGA 1RTDA 3OY9A 4BDZA 2XRIA 4HCCA 3VQEA 1WNSA 5KRSA 4CESA 1ITGA 4DTNA 1IKVA 2HHTA 3SPYA 3HK2A 3ZT3A 4FJNA 3SUOA 1BIZA 1RNHA 4GMJB 2ZQBA 3VQ7A 1I39A 2OPQA 4FVMA 3K5MA 1HQEA 1QTMA 3AO1A 3QETA 4OGEA 1RT5A 3AA5X 1JLAA 1LWCA 4CF1A 1S1UA 3B6PA 5CZ2A 1TV6A 2RPIA 1WSGA 2JLEA 4DU4A 4CJTA 1SV5A 5KRTA 4BE1A 3HSTB 3V9UA 1BI4A 4E89A 4CF2A 3L3UA 3THVA 3LZJA 3P83D 2FBTA 1RBRA 4I2QA 4DG1A 3QEWA 1XI1A 1X9MA 2PY5A 3PX4A 1NK6A 2WONA 4E7KA 3B6OA 1QSYA 4AHVA 4HHTA 2G8HA 3LPTA 3G10A 3V4IA 2D0BA 2G8KA 4FJJA 4BE2A 1D9FA 2GV9A 4CFCA 1X9WA 4CERA 4FJXA 1VSIA 4KHYA 1WSFA 2ITGA 5HRNA 2EX3A 3VQ6A 4IDKA 4JS5A 2G8VA 2FC0A 3HVRA 1YT3A 4Z0UA 4H4OA 4DU1A 2G8IA 2FBXA 1Q9XA 3KTQA 3LANA 4HCBA 1UA0A 4Z4GA 1CLQA 2IS3A 1S5JA 3OYLA 3KK2A 4BWMA 4EP4A 3CM5A 1BHLA 4KI6A 2DFEA 2KQ2A 4DTOA 3RMBA 4H4MA 3ZCMA 4AHCA 1K6YA 1S6PA 3ASMA 3DM2A 3OYIA 1UA1A 4FCYA 3L3VA 5KGXA 2ZD1A 3DLBA 4YFUA 4R5PA 3OYGA 2QKBA 2KZMA 4DSLA 3SCXA 3K5OA 1NOZA 3QNNA 4B08A 4N56A 1C0UA 1LWFA 2KW4A 2Z1IA 5HRPA 4DMNA 1D8YA 4KV8A 4Q0BA 4CIFA 3HXMA 3SPZA 3G0ZA 4CF8A 4NCBA 4FJ9A 4KAZA 4CEAA 3AVIA 2A1SA 3AVNA 3LP0A 4JRPA 2YNHA 3SJJA 4LH5A 4IG3A 4CE9A 4ELVA 4OKEA 3QLHA 3S3MA 2HHQA 5HP1A 1LWEA 4FLVA 1FKPA 4ZTJA 4PQUA 4HUFA 4KRFA 1ASWA 1CXQA 1HNIA 4NCAA 3KLGA 2VWJA 4O55A 1KFDA 1S9EA 3SUNA 1KSPA 3C94A 2ETJA 4FJHA 1IKXA 1F21A 3M8QA 3NGYA 3TAGA 4FM2A 2YNGA 5CYMA 4DFJA 1ZBFA 4C8NA 4PUOA 4DLEA 1Z26A 3ZSVA 3HJFA 1C1BA 2P5OA 1QSSA 3TAMA 1TKXA 4AHSA 4KTZA 2OZMA 3CFPA 3OVNA 3DMJA 3DRPA 3V81A 1NKCA 2B5JA 2XY6A 1LW2A 1KLMA 3DLKA 4C8KA 1YTUA 3TAQA 4PY5A 3RRHA 1IKWA 2IDOA 2VG6A 1IO2A 3AA4A 3HPHA 1UOCA 4CJ4A 5J2MA 1VSKA 3T1AA 4C8OA 1MU2A 4KHWA 4O44A 2BE2A 3ZSYA 1HJRA 1GOAA 1VK0A 3WNEA 3ZT4A 4Z4EA 4F3OA 2HVIA 1IG9A 3NHGA 2XY7A 4DQIA 4E7LA 1QE1A 4M41A 1CXUA 2WOMA 4L8RB 2HHUA 1W9HA 3OJUA 3UIQA 1LW0A 4RW9A 4KHSA 4I2PA 3LAKA 1WAJA 1C1CA 1JLFA 1NK9A 3CYMA 2OPSA 3VN5A 2PYLA 2NUBA 2OYQA 1NK7A 1ZBHA 4CEQA 1RT3A 3HL8A 1BI4B 5DK5A 4FLUA 5HRSA 3AVKA 1GOBA 2Y1JA 4Z4CA 3KJVA 1JLEA 2X74A 3VA3A 1ZBUA 3KLHA 3OYCA 1BQNA 2RF2A 4QAGA 2HNZA 3M8RA 3L2WA 5HROA 1U48A 1Q9YA 2O4IA 4DSEA 1S1VA 1NKEA 2B6AA 3KLEA 4B8CA 2HHWA 3DLGA 4J2AA 5J1EA 3LP2A 2DTUA 3MEEA 5E41A 4LSLA 1S1TA 4FK0A 2G8WA 3HYFA 1J5OA 3C6TA 1FXXA 2YV0X 4JS4A 2P5GA 3TAEA 1A5XA 4M3TA 1ZBIA 1KTQA 1RBSA 3ISNC 4E7JA 2YKNA 3BGRA 1VSDA 4OKJA 4B8AB 4CEBA 3LWMA 4M3ZA 3KIOA 4KKOA 4B9NA 3PX0A 4DSKA 3HPGA 3AA3A 3F9KA 4O5BA 3ULDA 4DFKA 4DQRA 3AO3A 3EYZA 4CHNA 4XIUA 2G8UA 1A5WA 3PO4A 4QOZB 3LALA 1TAQA 2G8FA 4N5SA 2XHBA 2IAJA 4CIGA 1WSHA 3K2PA 4DS4A 3NF8A 2XY5A 2Y1IA 4KHUA 4CJFA 4M45A 1RBVA 3SUQA 1NJWA 3RR7A 3DRRA 1VSHA 5K14A 4ZHRA 1KVAA 1BCOA 1XHXA 1JLCA 1J53A 3TAPA 1CZ9A 4EZ9A 1BCMA 1N6QA 4MQ3A 4ID1A 3KK1A 4IFVA 2IOCA 1WLJA 4EP5A 3KKRA 4FLXA 4HVJA 3ZSRA 4FZZA 4EZ6A 5T7BA 4W5RA 4FLZA 3S3OA 1U4BA 2IGIA 1T7PA 2W42A 3L8BA 1KVBA 4W5OA 1LAWA 4B9VA 4IBNA 4O0JA 3PX6A 1VSJA 3OYMA 2YNIA 4CHOA 1XWLA 3ZSOA 1B9FA 3LP1A 1SUQA 4KTWA 4KO0A 1NKBA 3NH1A 3OYKA 3PO5A 3KLFA 3MEDA 1S1XA 3ITHA 1IH7A 2LSNA 2VG5A 4Z4IA 1EETA 3MXMA 4J2EA 3HT3A 4HUEA 4FJLA 5FRMA 4ICLA 1JLQA 3C95A 1RT2A 3OYBA 4CJLA 1GOCA 4FW1A 3FFIA 4DSJA 4M42A 5I42A 4KI4A 4DTPA 4DSFA 3DLRA 4BWJA 3T19A 4B9SA 1Q8IA 3M8PA 1DTTA 5C24A 1U47A 3IAYA 4KREA 4TSXA 1TKZA 4CJUA 1U45A 5SZTA 1L5UA 1VRTA 3OYFA 1HPZA 3OS1A 2OZSA 4FK2A 4QCLA 4JRQA 1C0MA 3HPOA 4W5QA 4FLTA 4DTJA 1U49A 4KPYA 2QK9A 3MXJA 1ZBLA 2P1JA 3SNNA 1B92A 3D45A 1O1WA 4O0IA 1NOYA 1VSMA 1JLBA 3AO5A 2F8TA 3RMAA 2VG7A 3VQPA 1SKWA 1HYSA 1TAUA 1ASUA 4YNQA 4DTRA 4OGCA 4M3YA 1NJZA 3RWUA 2EHGA 3AVLA 2Z1HA 3P1GA 3AVJA 4DTUA 3OYDA 2E6MA 5HRRA 2A1RA 4FJMA 4F3TA 3OYAA 5D3GA 4F2RA 3OYHA 3NGZA 3QIOA 2PZSA 1BL3A 1HQUA 3KLIA 4CFBA 4F2SA 3NGIA 5I3UA 2RN2A 3SV3A 2DFHA 1JL2A 3QNOA 4B3OA 3AVHA 3O4NA 2HHXA 1J9AA 3WNGA 3S3NA 4FJKA 1VSEA 4Q5VA 4DF8A 3VQ9A 4OPJA 1A5VA 3L2VA 1S6QA 1RDAA 5HBMA 4CJSA 4CGHA 3DOKA 4CECA 3SQ4A 3ALYA 1RTHA 1C6VA 4RW6A 4FLYA 3RMDA 3L2QA 4ZTFA 1C1AA 3AVFA 1WN7A 4CFDA 1TVRA 1QS4A 5C42A 3D0PA 4LH4A 5J2QA 4CK1A 1BISA 3JSMA 1LAVA 3V1OA 1REVA 4DQSA 1SKRA 1G15A 4BDYA 2R7YA 1JKHA 3VA0A 3V9ZA 2FBVA 4PA1A 1T8EA 4CK3A 3DI6A 2I5JA 1KRPA 3BDPA 4KTQA 3V9SA 1SL2A 4CHYA 3VQ8A 4OJRA 2AJQA 2HHSA 3CQ8A 4DS5A 4W5NA 2HNYA 3HP9A 4IG0A 4B9UA 3LP3A 5CYQA 3TARA 4AHTA 2HVHA 4LY7A 4FJ5A 1VSLA 5HLFA 4CCHA 1TKTA 2HB5A 4M3UA 4I9QA 3QO9A 4CJ3A 4FZXC 1SL0A 3ZT1A 3V1RA 3HP6A 3L2RA 3CFRA 4Z4HA 1RBUA 1N5YA 4LSNA 1T03A 4CIEA 3ZSXA 4OLBA 1BIUA 2KFNA 3LZIA 1YTAA 1C0TA 2HNDA 4W5TA 3K59A 3IS9A 1FKOA 4LD0A 3NE6A 1X9SA 1B9DA 2IC3A 1NK5A 1YVUA 4OPKA 1L3VA 1KCFA 3OS2A 5KI6A 1DTQA 3RR8A 4RG8A 2X78A 4FJ8A 3NF6A 4DF4A 4BACA 1JXBA 3AVCA 4RW8A 4DSIA 3K58A 4J2DA 3LWLA 2QXFA 4N47A 5DMRA 2OPRA 4C8MA 3MAQA 3NFAA 1EXQA 3KKSA 4WE1A 3SQ2A 4MFBA 1KLNA 1RT1A 4G1QA 5SWMA 3QEPA 4DLGA 1HRHA 3ZSZA 1RDCA 2BDPA 4FJGA 1QHTA 2O4GA 1RTJA 1S1WA 4CJQA 1Y97A 4CF9A 3QEIA 3O3GA 4N76A 4ELTA 4M3WA 3AO4A 1I3AA 1VRUA 4I9LA 5KTQA 1XC9A 4CJ5A 1SKSA 4F8RA 1UWBA 4KB1A 1RTIA 1QQCA 5CZ1A 3NH0A 1ZYQA 3VQ5A 3F73A 2HMIA 3CG7A 3VQCA 4DWIA 3MECA 4AH9A 2Z1JA 4ELUA 4CHQA 4DTSA 4FLWA 4H8KA 3LPUA 4CJWA 4HUGA 3PV8A 1RDDA 1L3TA 4NYFA 3WNHA 4CFAA 1KVCA 3ZSWA 2ATQA 3TANA 4FJIA 3T3FA 3RMCA 4DTMA 3QEXA 4DTXA 4KB0A 4CJVA 3QESA 4FW2A 1RBTA 1TK0A 1S9GA 2JGUA 5FDLA 5KGWA 4Z4FA 2HW3A 1TL1A 3KD1E 4J2BA 2X6NA 3I0RA 3MEGA 1L3UA 3IG1A 4RW4A 2BGGA 3RTVA 2FBYA 3QINA 3NDKA 3IRXA 2Z1GA 5J2NA 4HTUA 4OVLA 4B9TA 5JS1A 1J54A 1X1PA 3NCIA 1NJXA 5C25A 3DLHA 2D0CA 1EP4A 3V1QA 2D5RA 3AO2A 4OKKA 3VQAA 4I7FA 3SV4A 3TABA 4KHNA 2DFFA 3I8DA 1NJYA 3K5NA 4NCGA 4CEOA 3AVBA 3AA2A 3O3HA 3NAEA 1TL3A 3L2UA 1KFSA 2E6LA 4N41A 4CJPA 1WSJA 3TI0A 4FJ7A 4PWDA 3AV9A 4DU3A 3PUFA 3DRSA 3AVAA 3ZSQA 1VSFA 3VQ4A 4OLAA 4ID5A 1BGXT 4E1MA 3OYNA 3DOLA 4E7IA 3WNFA 4CF0A 5FRNA 1JXEA 2E4LA 4E3SA 3P5JA 3JYTA 3AVMA 2YNFA 4CGFA 3SQ0A 3OS0A 3OYEA 4FYDA 4CJKA 3EY1A 2OA8A 2KZZA 3QIPA 4E19A 4E1NA 1BQMA 1WSIA 2F96A 2Q3SA 3KD5E 4KHQA 1FK9A 4GVMA 4B9MA 3HO1A 2DY4A 3VQBA 4AHUA 4BE0A 3NF7A 2KFZA 4NYNA 4IFYA 1W0HA 3C6UA 3ZT2A 1HMVA 3KK3A 3SZ2A 4DFMA 1R0AA 1XHZA 4AILC 1ASVA 3NF9A 4K8ZA 5CY4A 2YHAA 1CZBA 4DQQA 3AVGA 1DLOA 2D0AA 3K5LA 1QSLA 3U6FA 4FZYA 3OJSA 2PYJA 5J2PA 4CGJA 1NK8A 4DFPA 3V6DA 5EU7A 1SL1A 4C8LA 1RT4A 2X6SA 3TR8A 4CK2A 2XO7A 1L3SA 3CM6A 2HHVA 3S9HA 2GBZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WAFA 4O4GA 1EO1A 2E1YA 1YVNA 3TAFA 3Q7BA 2GELA 3VEXA 1HNVA 1Z25A 3E01A 1EX4A 1RT7A 2OPPA 3CI5A 1Y64A 3VEZA 4K8XA 4CJRA 5M1KA 4Y1DA 4Y1CA 4LFAK 3SUPA 4DV0K 4E7HA 1VQON 1RILA 2O8FB 2KTQA 4JKEA 4FM0A 3SQ1A 3TWHA 4CEFA 1TK5A 4BRAA 3DLEA 5JICA 2BANA 4BR2A 4E0DA 2QKKA 1TGOA 2RKIA 4K41A 4B9LA 2D4WA 4CJEA 1VQKN 3D2FB 1WSEA 3QBXA 4BDZA 4FWLA 3VQEA 1VQ7N 1ITGA 3HK2A 4FJNA 1RNHA 3VQ7A 2P9KA 2RHKA 4UY8O 3FR0A 1GLFO 4NXMK 3K5MA 3QETA 1RT5A 1YXQA 3AA5X 3J7ZO 1JLAA 5BPMA 4CF1A 4BY9C 3SAFA 3HRGA 2RPIA 1SV5A 3UKUA 2ZWHA 4DV6K 3V9UA 1JCFA 1BI4A 4E89A 1QQOA 5C12A 3CERA 1QZ6A 3TTCA 2PY5A 4IWVA 4A2AA 4CI6A 5LJWA 1M90O 5GIOA 2GV9A 3RSEB 3ZETA 1HKCA 2JWKA 1YT3A 4Z0UA 4H4OA 1Q9XA 3N4PA 1NGAA 1DEJA 3VMFB 3D2EB 4FWRA 2AP1A 3ASMA 3DM2A 2HOEA 4YOWA 3OYIA 5AQOA 3L3VA 4YFUA 2QKBA 2P9PA 4KH4A 2P9UA 2WC9A 1C0UA 1LWFA 4Q0BA 4KV8A 4NCBA 4CF8A 5B8HA 3VF4A 4KAZA 4BROA 1ILYA 4BRIA 4JRPA 2YNHA 4CZFA 3CC7N 2FSNA 4FLVA 2UUBK 5C10A 3TU5A 1N34K 4KRFA 3CETA 1CXQA 1HNIA 2VWJA 3FE1A 1KSPA 2ETJA 3LL3A 4FJHA 2A42A 4FM2A 2YNGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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