3WNHA

Cyclic hexapeptide pkzdnv in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
137
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Viral protein/peptide
total genus 48
structure length 137
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnhA00
4M45A 1LWCA 4Z0UA 3SQ0A 3AO3A 3ASMA 3LWLA 4I9QA 4O0JA 4HCBA 4J2EA 2DTUA 1LW2A 1KSPA 3AVMA 3ZSVA 4JLHA 3OJUA 4DSFA 5CY4A 3ZT4A 4JRQA 4H8KA 1C0MA 1J53A 1DTQA 1LW0A 4FLZA 4DQSA 4FJKA 2HHSA 1C6VA 3NH2A 3KD1E 4F4KA 4DTJA 4QAGA 1CZ9A 3V1RA 3SCXA 3TR8A 3SZ2A 3TAPA 4N5SA 5KRTA 4RW4A 3V9ZA 2OPSA 3LPTA 3NDKA 3NE6A 1BCOA 4CK1A 4FW1A 4ELVA 4ELUA 2B6AA 4BDPA 2HHUA 4FYDA 1RBTA 1QS4A 4HTUA 5C24A 3SPYA 1NK7A 4B9UA 3M8QA 3EZ5A 4H4MA 5HBMA 2XO7A 4FJLA 4Q0BA 1NK8A 4B08A 4OLBA 2OZMA 4CGGA 2KFNA 1S1UA 4O4GA 4Z4CA 1O1WA 1Q8IA 3AVCA 2BDPA 4KB0A 1S1WA 3ALYA 4CFCA 3OS2A 1HYVA 5KI6A 3P1GA 4DTSA 3TAMA 3O4NA 3RMBA 3CM5A 4KFBA 3VQ4A 4F8RA 4FM2A 1RT1A 2HHXA 2QKKA 1K6YA 3JSMA 2JLEA 1TGOA 4F2RA 4LH5A 2E6MA 1X1PA 4AHRA 2HNDA 1NK0A 4N47A 3SQ1A 4DF8A 1UOCA 4CEAA 3KK2A 3DLBA 4B9TA 3ZT3A 4Z4EA 1ASWA 4DTUA 5HROA 5T7BA 5KRSA 4OGEA 3T19A 2RPIA 1KVAA 4GW6A 4CJTA 4DSIA 3O3FA 3NF9A 4IG0A 4JS4A 2RN2A 3MEGA 4CFBA 3DYAA 4N41A 5D3GA 4MFBA 1WSHA 3SQ2A 4CJKA 4O44A 1YTAA 4LSLA 4AHUA 3RMCA 2F8TA 3MXMA 1BL3A 3PO5A 4Z4IA 2B4JA 2PY5A 3DLHA 4FJGA 4EP5A 3SQ4A 2G8HA 1IKXA 3AVHA 1EP4A 4CEQA 1A5VA 3HL8A 4FJJA 1RDDA 1ITGA 3DLKA 2XHBA 4DMNA 3V6DA 4FVMA 3C6UA 3LWMA 4DFMA 4FXDA 1S1TA 3QINA 1S6QA 4OVLA 5C25A 3LP1A 3VQPA 4KTQA 2LSNA 1RBUA 3VQBA 4PA1A 4DQIA 3ISNC 4FCYA 1UA1A 4IBNA 4ID1A 4J2BA 3I8DA 4O0IA 1BQNA 1QHTA 1ASVA 3O3GA 3OJSA 4TSXA 1X9SA 2FC0A 1JLAA 3KKRA 1JLEA 4B9VA 4KHQA 2AJQA 3CFRA 1IKVA 1IKYA 1VSEA 1RDAA 1XWLA 3HVRA 3QEWA 1RDCA 1HQUA 1TKZA 3OS0A 4F3OA 4KREA 4CK3A 2FBTA 3OYNA 5CYQA 3U3GA 1C1BA 3HVTA 4CJSA 4CGHA 3OYMA 3L2RA 1C1CA 3QLHA 2G8VA 4EZ6A 2WONA 4CIGA 3TWHA 2Z1GA 4E1NA 2KTQA 1VRUA 1BIUA 4AHCA 4HUFA 4FJHA 1WSFA 2E6LA 3CYMA 4CJ3A 1X9MA 1KRPA 4M3ZA 3HSTB 1A5WA 1IH7A 2P51A 3LZJA 3OYAA 2DFHA 2YHAA 4HUEA 1U4BA 4DQPA 1NJYA 1NK9A 3TABA 4DG1A 2YNGA 2VWJA 1NKEA 3AVNA 1NJZA 3TAEA 1VRTA 2IOCA 3S9HA 3RMDA 3K5MA 4M3UA 3OYLA 3H08A 3M8RA 2HHWA 3RWUA 3O4QA 4FM1A 3LALA 4BE1A 4CESA 3KJVA 4NCAA 3LAKA 3VQ5A 2R7YA 1ZBHA 4CHZA 1HNVA 2EHGA 3AV9A 3QEVA 1RTDA 2X6NA 4KI4A 2PYJA 3DLRA 3DRPA 2BE2A 4Y1CA 3ZSYA 2ZD1A 1RTIA 1NOYA 2X78A 3O3HA 4BACA 1VSDA 2ZE2A 4CE9A 4CJLA 4DU3A 1I3AA 4OKKA 1FK9A 1WSGA 4OLAA 4FLYA 2IAJA 3PV8A 1TVRA 3AA3A 3NF8A 3NF7A 2QK9A 1FXXA 4JRPA 4C8LA 4FJ8A 1MU2A 4RW9A 3IAYA 1KVCA 4DFJA 4ELTA 3VQ6A 4KHUA 4CJUA 4FLVA 1TK8A 1RTJA 5KGXA 4RG8A 3MAQA 3V4IA 2G8WA 2OA8A 2Z1JA 1VSKA 3ZCMA 2Y1IA 3AVGA 3C95A 4B8CA 1KLNA 3VN5A 3FFIA 1N6QA 4LSNA 3V9UA 1ASUA 3KTQA 1WN7A 4CJPA 1BHLA 2ATQA 4CGJA 4L8RB 1TAQA 3AA2A 1L5UA 1Q9YA 3NAEA 4KO0A 3NHGA 2JGUA 1IG9A 3AO5A 2HMIA 3OYGA 3HK2A 4B3OA 2KQ2A 2ZQBA 2IS3A 3IG1A 2KZZA 1DTTA 1F21A 1G15A 3OYCA 3B6OA 1S9EA 4KTWA 3HYFA 3KK3A 4W5OA 1DLOA 1UAXA 4FJ7A 2HHQA 4CJVA 4DS4A 5HLFA 1B9DA 4B8AB 5J1EA 3L3UA 4CHNA 1VSLA 3AVFA 2RF2A 1Y97A 3K5NA 4E3SA 3AO4A 4DU4A 3QETA 3NGYA 3C94A 3OY9A 1LWFA 4FM0A 3CM6A 2VWKA 5C42A 5EU7A 4DTXA 2XY6A 5HP1A 1RILA 4FJ9A 1TV6A 4FZXC 3OVNA 4Z4GA 3KKSA 3F9KA 4HUGA 1TK5A 1W9HA 2XY7A 1WLJA 4OKJA 3V9SA 1BGXT 1SKWA 3I0RA 1NK5A 3QO9A 3JYTA 4DS5A 2PZSA 4CHOA 3SNNA 1ZBIA 5SWMA 2VG5A 4FLWA 1VSJA 3UIQA 3QEXA 3PY8A 5I42A 2OPPA 2NUBA 5K14A 3SUOA 1NKBA 4W5NA 4BDZA 4QCLA 2XRIA 3K5OA 2G8IA 3ZT1A 1SL2A 3AO2A 3SV3A 3TAFA 4K8ZA 4CFAA 1WSIA 1UA0A 1RBVA 4RW8A 1ZBUA 4HHTA 2KFZA 2OPRA 2X6SA 3P83D 5FROA 4CHPA 4CHYA 5HRRA 3PUFA 3KIOA 2IGIA 4ZHRA 4JS5A 3D0PA 4DFPA 4PUOA 4EP4A 1HQEA 4K8XA 1NOZA 1S1VA 1C1AA 1X9WA 3LP2A 1RT4A 3SI6A 4E19A 5JS2A 3VQCA 2FBXA 3AVJA 5CZ1A 1Z26A 3V1QA 4DQQA 4FJXA 4CEDA 4E0DA 1HMVA 3L2VA 4DSLA 2HHTA 1GOCA 4CF0A 4DTRA 3K5LA 1QTMA 2OYQA 3HT3A 3TAQA 1VSMA 4AH9A 4OPKA 4J2AA 1T8EA 1QSYA 1CXQA 1XHZA 1Q9XA 3QEPA 1KFDA 1KVBA 2FBYA 3KK1A 4CCHA 1BCMA 3LDSA 1KLMA 5FDLA 3OYIA 1NK4A 1RT3A 4KB1A 5HRNA 4J2DA 3CFOA 3K2PA 2YKMA 3G0ZA 3NF6A 4DLEA 3ZT2A 4FJNA 4GMJB 1NJWA 3M8SA 3LP0A 2HW3A 3M8PA 1RT5A 3HXMA 2GBZA 4FLTA 4CJRA 3L3VA 2KW4A 4OPJA 1LV5A 3RR7A 1U49A 1FKPA 4N76A 2OPQA 5E41A 1JLGA 3IS9A 2VG7A 2G8KA 2BGGA 2ETJA 2B5JA 3AVBA 3KLIA 4RW6A 3QERA 5KTQA 4FJ5A 1U45A 4E7KA 1TKDA 1NKCA 3NH0A 1RDBA 1JL1A 1WAJA 5FRNA 2HB5A 3HO1A 3VA0A 4DU1A 1J9AA 1HJRA 1YVUA 1J54A 2XY8A 2HHVA 3DOKA 3SV4A 2GUIA 4CJEA 1JLQA 3IRXA 2F8SA 2IDOA 3T1AA 3OYHA 1GOAA 4LH4A 3VQ8A 4CEBA 4CGFA 4DF4A 3RR8A 5J2PA 1REVA 3MXIA 4BE0A 2Y1JA 4AILC 1J5OA 3WNEA 4OKEA 1R0AA 3U6FA 4DSKA 1ZYQA 4CEOA 5HRPA 5J2MA 1BQMA 4E1MA 3T3FA 4N56A 1TL1A 2HNYA 4CERA 3ZSQA 3OYEA 3VQQA 4B9MA 4O55A 4KAZA 4M3TA 1XC9A 1KTQA 2IC3A 4OJRA 1NK6A 3OYFA 3S3MA 3VQEA 1VSIA 1HNIA 3LPUA 4LD0A 1CLQA 3KLHA 2PYLA 3QESA 4DSJA 4M42A 1CZBA 3VQDA 3CQ8A 3HPOA 4W5RA 4IDKA 3WNFA 4XIUA 3NFAA 3ZSXA 3SYZA 4IKFA 3NH1A 4FJIA 3QEIA 3EY1A 4CJFA 2D0CA 2OZSA 1LWEA 4UQGA 3DLEA 3VA3A 3DLGA 2HVHA 1HPZA 1TKXA 2YNHA 4CEFA 3LANA 4CEEA 4CECA 4Z4HA 5CZ2A 4BWMA 4E7LA 4CF1A 3B6PA 3THVA 2Z1HA 1JLCA 4LY7A 4BDYA 3L2QA 1ZBLA 1RNHA 2FBVA 3NBPA 1KCFA 3HPGA 3PX6A 1D9DA 1RTHA 1YT3A 4YNQA 4CF9A 1L3UA 1YTUA 1T05A 4PWDA 3LP3A 4CEZA 4M3XA 1L3SA 3RRHA 2YV0X 3NGIA 3G10A 4AHSA 2D5RA 1SUQA 4ICLA 4W5QA 4FZYA 4G1QA 1CXUA 3V9WA 1WAFA 4AHVA 3SUQA 4CF2A 3QNOA 2GV9A 3RMAA 3E01A 1T03A 2YNFA 1TKTA 3AVLA 1QE1A 4KHYA 2A1SA 4B9NA 1LAVA 2P1JA 2RKIA 5I3UA 4F2SA 4FZZA 2YNIA 4ID5A 1L3TA 1A5XA 4KHSA 4F3TA 2G8UA 4CJ4A 3RRGA 1TK0A 1L3VA 4C8OA 3WNGA 3RTVA 2QKBA 1W0HA 4KTZA 4I2PA 1RBSA 4CK2A 2Q3SA 1HYSA 4B9LA 1TL3A 4Q5VA 4I2QA 3ITHA 4IFVA 4NYFA 4CFDA 3PX4A 4CJQA 4PY5A 2O4IA 1N5YA 5HRSA 1VK0A 1I39A 2O4GA 3LZIA 1VSFA 1QQCA 3OYJA 1QSSA 1BIZA 2D0AA 4C8KA 1RBRA 3ZSZA 2E4LA 5SZTA 3I0SA 4FK4A 4NYNA 3L2UA 3AVKA 4DQRA 3BGRA 2I5JA 4DLGA 4B9SA 3A2FA 2P5OA 3AA5X 4RW7A 1UWBA 4KKOA 4E7HA 1U47A 3HP6A 3KLFA 3DRRA 1BI4A 1JKHA 3TANA 2BANA 3QNNA 2KZMA 3ZT0A 1IKWA 4FK0A 1BI4B 4GVMA 1IO2A 3AVIA 4OGCA 4ZTJA 1SKRA 1D9FA 4CJ5A 3OS1A 3KD5E 3S3OA 4R5PA 1HYZA 1S5JA 4DFKA 1XI1A 5JS1A 4Z4FA 4BWJA 3ZSRA 4DTNA 4NCGA 3AA4A 3MEEA 1KFSA 3DMJA 3VQAA 1RT2A 2HVIA 1JXEA 2VG6A 4CGDA 4HCCA 3SPZA 5J2NA 1SKSA 2ITGA 3HPHA 3MECA 3P5JA 4M3YA 3HJFA 3F73A 4BE2A 1JLBA 3NCIA 3WNHA 1QSLA 3K57A 4EZ9A 1LAWA 4KI6A 2YKNA 4O5BA 3HP9A 3MXJA 3KLEA 3K58A 2WOMA 1D8YA 2DY4A 2X74A 4CHQA 4KHNA 4ZTFA 4FLUA 1JL2A 1GOBA 1WSEA 2A1RA 1BISA 3NGZA 4IG3A 1ZBFA 3TAGA 1S9GA 1B9FA 2P5GA 4QOZB 1EX4A 5J2QA 5KGWA 1S1XA 3LAMA 2HNZA 4FW2A 2F96A 1SV5A 4KV8A 5DMRA 3KLGA 3VQ9A 3V81A 4CJWA 5CYMA 4KPYA 4E7IA 1T7PA 1S6PA 4WE1A 4M41A 4CF8A 4CGIA 1WSJA 5DK5A 3S3NA 2YHBA 4DTPA 1EETA 3SUPA 4M3WA 3OYKA 1Z25A 1XHXA 4H4OA 4I9LA 3CFPA 4FLXA 4E7JA 2W42A 2QXFA 3DM2A 3V1OA 4E89A 4C8MA 1NJXA 2G8FA 3ZSWA 3BDPA 1U04A 3MEDA 3QIOA 1EKEA 2D0BA 3SJJA 1C0UA 4M3RA 3CG7A 3OYDA 3DRSA 3DOLA 4YFUA 3L8BA 3U3YA 3PO4A 4AHTA 4W5TA 3HM9A 1RT6A 1EXQA 2Z1IA 3ZSOA 3PX0A 1JLFA 2DFEA 1SL0A 4FK2A 3AO1A 3SUNA 1RCHA 4I7FA 4DWIA 3K59A 4C8NA 4DTOA 4IFYA 4KHWA 4KRFA 4MQ3A 4CIFA 3DI6A 3QIPA 1JXBA 1FKOA 1WNSA 3TI0A 1SL1A 4FJMA 2EX3A 3L2WA 3AVAA 4Y1DA 1B92A 1C0TA 3C6TA 2XY5A 3D45A 4HVJA 3EYZA 1U48A 1TAUA 3TARA 5FRMA 3VQ7A 4CIEA 3ULDA 1VSHA 4NCBA 4PQUA 1RT7A 3OYBA 1D5AA 4DSEA 3V9XA 1HRHA 4DTMA 2DFFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M45A 3QMLA 1HKCA 4BC5A 5A2QO 4HCBA 4I9QA 4J2EA 3FE1A 5CY4A 4JRQA 1LW0A 4FPBA 3KD1E 4F4KA 2YCHA 3SCXA 3TAPA 4ELVA 4ELUA 1QS4A 5C24A 1NK7A 4DV3K 5HBMA 4FJLA 1HLUA 1MWMA 2QI2A 3K9KA 5DM7L 3O9RA 2O8FA 3DLLL 4Z4CA 1O1WA 3AVCA 4KB0A 1HYVA 4DTSA 4LF5K 2O8FB 4JI1K 4CZKA 2VGNA 4KFBA 1K6YA 1TGOA 2E6MA 3FZLA 1Q7YO 2HNDA 3GBTA 3SQ1A 2IIRA 3VF2A 4LF7K 5GIOA 4DTUA 5HROA 3E1YA 4OGEA 4DR1K 3MEGA 4JKGA 5AQWA 5M1QA 1BUPA 3FLCO 3LDLA 1W2BM 4JKGB 5KPTA 1BL3A 3PO5A 4Z4IA 5FPEA 3DLHA 3AVHA 4WQ4A 3VEOA 1RDDA 3VESA 1E3MA 2XHBA 3V6DA 4FXDA 4ISGA 4CZFA 4JN4A 3QINA 5FPDA 1S6QA 1W7AA 1YITN 2VCPA 4FCYA 1UA1A 1J5EK 4M7YA 4JI3K 1IKVA 2QWPA 4OO1J 1XC3A 3HVRA 3QEWA 3OS0A 4A62A 4CGHA 1V4TA 4B3TK 3QLHA 1KAYA 4CD1A 5KQ8A 1EQYA 4K41A 4AHCA 4WQ4C 3CYMA 1KRPA 3HSTB 1A5WA 4JHDB 5ELZA 2O8BA 2Q36A 3F2KA 4KBOA 2O8BB 4JYAK 2V7ZA 3AVNA 3LDQA 4F9OA 4CVNE 1FJGK 2HHWA 4H0PA 3M1FA 4K43A 4BE1A 3KJVA 4CZHA 2W6LA 3P31A 2V7YA 3AV9A 1HR0K 2PAVA 3A5OC 4KI4A 2BE2A 4A59A 1NOYA 4BACA 2KLAA 4HTLA 5AFUH 1NGJA 3NF8A 2E20A 2YX6A 3O8MA 4JRPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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