3WNHA

Cyclic hexapeptide pkzdnv in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
137
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 48
structure length 137
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnhA00
4E7JA 4B3OA 2I5JA 3EY1A 2HMIA 3LP1A 1VK0A 2YKNA 3LPTA 2KFNA 1C0MA 1BIZA 4ZTJA 2HHWA 4CJEA 3MEEA 4DMNA 3VA3A 4DTMA 4FJHA 4IKFA 1TAUA 2O4IA 3ZSWA 1VSMA 4IG3A 1CZ9A 3DLEA 3HT3A 1EETA 4FW2A 2P51A 3ITHA 3MAQA 4KHUA 4KTWA 3ALYA 3HYFA 3CM5A 4OGEA 4FK4A 2JLEA 3OYCA 1L3UA 1D5AA 1DLOA 5FROA 5J2PA 3AO4A 4AHVA 4IDKA 3OVNA 4FM0A 1KVCA 4HHTA 4JS4A 1BL3A 1N6QA 3AA3A 3SQ2A 3RTVA 1VSKA 4YNQA 1VSEA 4F8RA 1VSFA 5HRPA 4M3YA 4DS4A 1DTTA 3OS2A 4Q5VA 1NOYA 4HCBA 4LD0A 4CHZA 4AHCA 1J53A 4DTUA 4TSXA 3AVNA 1XWLA 4B8AB 3OY9A 4OJRA 5C42A 3K57A 4DFKA 1DTQA 4MFBA 2X6NA 1QQCA 1BCMA 3KK3A 3V9SA 1U47A 1JL1A 1VSHA 3AV9A 4O44A 4CHNA 2IOCA 5KRSA 4GW6A 4CECA 3NCIA 3ZSRA 1ITGA 1TAQA 4AHUA 2DFHA 3FFIA 3ZSXA 3MXMA 1RTDA 4FJGA 1WSEA 4CEEA 1QS4A 3NFAA 3TAGA 3HK2A 4E1MA 4ICLA 3QIOA 4BWMA 3CM6A 1QE1A 3V1OA 3ISNC 1ZBUA 3P83D 1NKCA 2PY5A 1YT3A 5FDLA 2Z1HA 4E7HA 4CF0A 3S9HA 2PYLA 4DTSA 2YKMA 3HPOA 1WLJA 3QEPA 1ZBLA 3VQQA 3LP0A 3BGRA 1C1CA 3KKRA 3VQCA 1WAJA 2DFFA 4DQRA 3SPYA 3DLBA 1Z26A 1L3VA 4B9SA 4ELTA 5CZ1A 3NDKA 1X9SA 2LSNA 5CYMA 3AVFA 4HUEA 1KRPA 2A1SA 1RT3A 3TABA 1RDBA 4Z4EA 5J2NA 3VN5A 3TWHA 2KZMA 1S1VA 5DMRA 2KZZA 3SPZA 4CJUA 3WNEA 4KO0A 4AHRA 3AVAA 3NGYA 2HHUA 1TKDA 1IKVA 4NYNA 1RDAA 1SKWA 4F3TA 4M3TA 5FRMA 3V1RA 5I3UA 1BISA 3RR7A 1IKWA 3RWUA 4CGGA 3K5MA 2XRIA 4I9QA 1LW2A 3AO2A 2WONA 1S6PA 1JLFA 4B9UA 1EX4A 3NF6A 4KI6A 2G8KA 4I2QA 1JXBA 3PO5A 3LP3A 1FKPA 4RW4A 4E7IA 3QLHA 4NCGA 2OPQA 5K14A 4BE1A 1RNHA 1VRTA 5KGXA 4DTRA 2BE2A 2IAJA 3E01A 4IG0A 4LSNA 3KKSA 1YTUA 1JKHA 4FLZA 4FJLA 1I3AA 3OJUA 1RBVA 1ZBIA 1KCFA 4CGFA 5I42A 4BE0A 1T7PA 4N47A 4KAZA 3AO5A 2O4GA 3DLRA 3DMJA 1JLBA 4Z0UA 4CF8A 2RN2A 4W5QA 4Y1CA 3U6FA 2G8WA 1R0AA 4CJTA 4DSEA 2X78A 2OZMA 2NUBA 3LAMA 5KRTA 2D5RA 2IC3A 3T1AA 3QETA 4OPKA 4HTUA 3TARA 1KLMA 3OYNA 4DLEA 2Q3SA 3AVIA 2GBZA 3NF7A 4FW1A 4G1QA 2E4LA 2HVIA 3TI0A 3QESA 4BDPA 4KB1A 2F96A 1A5VA 3PX6A 1WSHA 4UQGA 1A5XA 1QSLA 1W9HA 4CGHA 3HXMA 4I9LA 2E6LA 3M8QA 4FLWA 3L2QA 4B9LA 2BDPA 4O55A 1IKXA 4CIFA 3LDSA 4M42A 3DRRA 3SQ4A 4F3OA 4FJ7A 3OYHA 2B4JA 5D3GA 1HNIA 3RR8A 2KW4A 4HUGA 2F8SA 5CY4A 4I2PA 1Q9YA 1JLGA 1BI4A 1NK7A 1MU2A 4CFCA 3NGIA 1IH7A 4ZTFA 3KLHA 2YNHA 4E7LA 3V1QA 4R5PA 3QERA 3QEVA 2G8FA 3I0SA 1HQEA 3ZT4A 3UIQA 4AH9A 4CHPA 1A5WA 3SUPA 4EP4A 2G8UA 1TVRA 3DYAA 3V9UA 1TKTA 4CK2A 3ZSZA 1RBSA 3NF8A 1L3SA 3HO1A 3SI6A 3CYMA 4CJRA 4KREA 1RT7A 4Y1DA 2OYQA 4DLGA 4FLYA 2BGGA 2YHBA 3SYZA 2D0AA 4M3RA 3TAFA 3HJFA 1UWBA 4CEZA 4CEBA 1HRHA 2AJQA 2OPRA 1LWFA 4I7FA 2R7YA 1K6YA 3PO4A 1Q8IA 1NKEA 4M3WA 3I0RA 4CEFA 1NK4A 1EKEA 4DU3A 3ASMA 3AVBA 4CHYA 2HHSA 3MXJA 2HHTA 1U4BA 4FZYA 4FZXC 4DFPA 2FBYA 1XHXA 3G0ZA 2Z1IA 4DS5A 1TL3A 3AVHA 3HP9A 1U45A 1JLEA 2HHQA 4JS5A 3B6PA 2XY7A 4KTZA 1QSYA 4EZ6A 3OYJA 3RMDA 2FBTA 4FXDA 3VQAA 3PV8A 1XI1A 4CF1A 4N5SA 2G8VA 4OLBA 5HP1A 5DK5A 5HRNA 4B9VA 2HB5A 3NBPA 2VG7A 1BI4B 4IFYA 3L2VA 3K58A 2E6MA 5HLFA 3KD1E 1C1AA 3D0PA 1ZBHA 2OA8A 5EU7A 3IRXA 4JRQA 1D9DA 3AVKA 1G15A 1WNSA 2QKBA 4FCYA 4DQQA 3A2FA 3SUOA 4ELUA 5CYQA 2XHBA 4QCLA 4O4GA 3T19A 3KIOA 4RW7A 5KGWA 2W42A 5J2MA 2XY8A 4E0DA 1RT4A 3TANA 4RG8A 3S3OA 1LV5A 4FZZA 1HQUA 4FVMA 3KK1A 3OS1A 3LPUA 3NHGA 1T8EA 4Z4HA 2IDOA 4B9MA 5FRNA 3O4NA 3WNHA 1TGOA 5SZTA 2ITGA 4DTPA 2X6SA 3QEWA 4Z4FA 4F2RA 3HPGA 1FK9A 4NYFA 3SJJA 2RF2A 3IG1A 4GMJB 3LALA 5JS2A 1QSSA 3TAQA 4OVLA 3KTQA 3L2WA 3V6DA 2HNYA 2YV0X 2Z1JA 3K2PA 3O4QA 3M8RA 4DFMA 3SUQA 3OYGA 3L8BA 3SUNA 1FKOA 1ASUA 3OS0A 4MQ3A 4RW8A 1FXXA 4N76A 3V81A 2VG6A 3HL8A 3V9WA 4JLHA 3AA2A 3RMCA 3ZSOA 1NK6A 1JLCA 4DU4A 4EP5A 3VQ9A 4M45A 4IBNA 2Y1IA 4KPYA 3VQ6A 3AA4A 3NH1A 2Y1JA 4J2AA 3K5OA 1S1TA 5C24A 3K5NA 3DOLA 4F4KA 4AHSA 3RMAA 3KLEA 1NJWA 4FK0A 3L2UA 3VQDA 3SV3A 4FJ9A 1BQNA 2EHGA 1BIUA 4FJNA 4CEOA 1KFDA 2DTUA 2VG5A 3CFOA 3ZSQA 4CJKA 3U3YA 1YTAA 4AHTA 3NH2A 1SKSA 3C6TA 2OZSA 1C6VA 1JL2A 4Z4CA 3QNOA 4CJLA 4Z4GA 2ATQA 4C8KA 2B5JA 4IFVA 4CK1A 4CK3A 1D9FA 5HRSA 1BQMA 1RILA 4HVJA 4PUOA 3OYMA 4DWIA 4Q0BA 2D0BA 4CHOA 3AO1A 4H8KA 4CJVA 1TV6A 4CFAA 4DSKA 3JSMA 4LSLA 2KQ2A 3VQBA 2RKIA 4KHWA 1WSFA 3HSTB 4AILC 3KLFA 4DSIA 1S9GA 1S5JA 2G8HA 3RRHA 1UA1A 4QAGA 4BDYA 3EYZA 3DM2A 3OYLA 3ULDA 4FJIA 2HNZA 1UOCA 3LP2A 4FM2A 4CFBA 5HRRA 4O0IA 3H08A 4O5BA 5KTQA 1VSIA 3AVJA 4O0JA 2YHAA 1VRUA 4CJQA 1NJZA 1J54A 3PUFA 1UA0A 1LAVA 2X74A 1L3TA 4KHSA 4M3XA 1EXQA 3QEIA 3L3VA 3THVA 2QK9A 3OYEA 3O3FA 2G8IA 3TAMA 4DSLA 4BWJA 3MXIA 4FJKA 3S3MA 1BGXT 2YNGA 1TK0A 4KI4A 1Y97A 4FLUA 3QIPA 3K5LA 4DFJA 2QKKA 3CFRA 3TAEA 2P1JA 4HCCA 1C0UA 2ETJA 2FBVA 4KKOA 3NAEA 1RT5A 2VWJA 1GOBA 2F8TA 1HYSA 5JS1A 3OYDA 1ASVA 4B8CA 4CCHA 4J2BA 4KRFA 2KFZA 1UAXA 1HNVA 4E7KA 2EX3A 2ZD1A 1LWCA 1RCHA 4W5TA 4W5OA 4E19A 3OYIA 1RTIA 4OGCA 1IG9A 1CZBA 1O1WA 4E3SA 3SQ0A 1JLQA 1HJRA 1HMVA 3MECA 1WSIA 1VSDA 1REVA 4DTNA 1Z25A 3VQ5A 5KI6A 3KD5E 1RDDA 4C8OA 4L8RB 3KJVA 3MEGA 3LAKA 3RMBA 2WOMA 4DQIA 4FLVA 1RDCA 3TR8A 2IS3A 2B6AA 2GV9A 3KLIA 3F9KA 3WNFA 1J5OA 1S9EA 4CEDA 4KB0A 4OLAA 4LH4A 3P1GA 1S1XA 3LANA 4DQSA 2YNIA 3KLGA 1HYZA 1X9WA 4PA1A 4CF9A 4YFUA 4J2EA 3LWLA 3CG7A 4CGJA 1GOAA 2GUIA 2PYJA 3LWMA 3CFPA 4BACA 4CE9A 5J2QA 4C8NA 1CXUA 4FJ8A 1LWEA 4DTOA 4ID1A 3AA5X 3VQ8A 1XC9A 3VQEA 2A1RA 3OYKA 3RRGA 4FM1A 3PX4A 2P5OA 5CZ2A 1J9AA 3CQ8A 4NCBA 1ZYQA 1U48A 4ELVA 1WN7A 3M8SA 4DG1A 4ID5A 2XY5A 4NCAA 3IS9A 3SCXA 4FJJA 3ZCMA 4PY5A 1C1BA 5HBMA 1SUQA 4CJ4A 1D8YA 4M3ZA 3DI6A 1CLQA 1WAFA 1RTJA 1BHLA 3NF9A 2HNDA 3LZJA 4J2DA 4LH5A 3QEXA 2HW3A 1VSLA 3F73A 1NOZA 4FYDA 1NK8A 4H4OA 3P5JA 1LAWA 1JLAA 3DRSA 3LZIA 2XO7A 1SKRA 4DU1A 1TKZA 4DTXA 1RBUA 1ZBFA 2RPIA 4QOZB 4CEQA 2DFEA 1VSJA 4FLTA 2XY6A 3AO3A 4OKEA 4PQUA 2VWKA 4N56A 3SNNA 1NK5A 4GVMA 1B92A 4BDZA 2Z1GA 4DF4A 1X9MA 1NKBA 5SWMA 3OYBA 4KV8A 3HPHA 4FJMA 1QHTA 1KSPA 3IAYA 2OPSA 1TL1A 3L2RA 1NK0A 4CJFA 1YVUA 3O3GA 1W0HA 4CJSA 3DRPA 4WE1A 3V9ZA 3HP6A 4KFBA 3OJSA 2HVHA 3SQ1A 4CJ3A 2OPPA 3OYFA 3V4IA 3D45A 4E89A 1RTHA 4CEAA 1L5UA 2JGUA 4W5NA 4CESA 4BE2A 4ZHRA 3V9XA 1U49A 3PX0A 1NJXA 3NGZA 1HYVA 2HHXA 3O3HA 3C95A 3U3GA 1RBRA 3DOKA 1B9FA 4OKKA 1SL2A 3ZSYA 2D0CA 1KLNA 4CERA 2FC0A 3VQPA 4PWDA 4XIUA 1B9DA 1TK8A 1SV5A 3S3NA 3DLHA 3AVLA 4C8MA 1F21A 1JXEA 3VQ7A 1S6QA 4KTQA 4W5RA 4N41A 4CGIA 1EP4A 1KFSA 2HHVA 3AVGA 3VA0A 4OKJA 3C94A 3AVMA 1TK5A 1RT6A 1QTMA 4CIEA 4H4MA 3SV4A 3VQ4A 4CJPA 3G10A 5J1EA 1IKYA 1LW0A 1CXQA 3NH0A 3QNNA 3KK2A 4FLXA 1BCOA 4LY7A 3DLKA 1ASWA 1KVAA 3DLGA 3I8DA 3NE6A 1N5YA 3WNGA 5E41A 4B9TA 4B08A 3K59A 1SL0A 3ZSVA 3AVCA 3ZT3A 4CJWA 4RW6A 5T7BA 4K8XA 3C6UA 4M41A 3L3UA 1T03A 3BDPA 3SZ2A 1RBTA 4CIGA 1NK9A 2P5GA 1TKXA 5HROA 1I39A 1KTQA 2YNFA 3ZT2A 2ZE2A 4RW9A 1U04A 1C0TA 4DF8A 4CGDA 3ZT1A 3EZ5A 2KTQA 4OPJA 4FJ5A 3ZT0A 4DQPA 1KVBA 3B6OA 4B9NA 4KHNA 1SL1A 4KHQA 4FJXA 3TAPA 4E1NA 3OYAA 1NJYA 4CFDA 3PY8A 4EZ9A 4Z4IA 3HM9A 3MEDA 3JYTA 2QXFA 4CJ5A 1HPZA 1XHZA 1T05A 3QINA 1RT2A 4DTJA 4M3UA 1WSGA 3HVRA 4CF2A 4K8ZA 3HVTA 4DSFA 4F2SA 3QO9A 4CHQA 4FK2A 1Q9XA 1S1WA 2ZQBA 2FBXA 1GOCA 4KHYA 2DY4A 2IGIA 1X1PA 1RT1A 2BANA 1S1UA 4JRPA 3M8PA 4HUFA 2PZSA 4C8LA 4DSJA 1WSJA 1IO2A 3T3FA 5C25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B3OA 3JXUA 3E9LA 1C0MA 4ZTJA 2HHWA 3H1QA 4H5TA 1QZ6A 4JKBA 3RSEA 5AQJA 4DMNA 4BY9C 1X3NA 3KZBA 3ZSWA 4CBXA 1SS6A 1EETA 4FW2A 3SMPA 3ALYA 3HYFA 2GX9A 4H0XB 3DAWA 1D5AA 3R1XA 1QVGM 3PIOL 4YNQA 4FVUA 1JCGA 4GY2B 4ILHA 1U6ZA 1NOYA 1D4XA 4B8AB 3OY9A 3HOSA 4DFKA 1DTQA 1QQCA 1BCMA 4A57A 4H5VA 1U47A 1JL1A 3SLCA 2IOCA 1XQSC 3ZETA 4B3SK 3DXKB 1ITGA 1TAQA 1XUPO 2DFHA 3MXMA 1VQPN 4ICLA 4BWMA 3FR0A 5TKYA 3V1OA 5AQIA 1HKBA 3P83D 4IOAL 2F9WA 1YT3A 2FXUA 2Z1HA 4E7HA 2CGKA 1NBWA 3HPOA 3LP0A 1WAJA 4BC5A 4DB3A 3CC4N 5J2NA 1TYQA 1NG9A 4AHRA 3NGYA 1IKVA 4BRAA 1QVFM 5KQ8A 3HM8A 1BISA 4WYBA 1LW2A 3MCAB 2QTDA 1EX4A 3NF6A 2D0PA 4I2QA 2DPNA 2V7ZA 3PO5A 3A5NC 1FKPA 4RW4A 3QLHA 5K14A 2OPQA 1VRTA 5KGXA 4DTRA 2IAJA 4IG0A 1BU6O 3KKSA 2VGNA 4XH4A 4FJLA 4B1ZA 3VMFB 2UXCK 4QS9A 5I42A 3KWIA 4N47A 2OCEA 5F1XA 4KAZA 3AO5A 2YHWA 3KVGA 2O4GA 4CF8A 4Y1CA 3H6EA 4CJTA 2W6KA 4BQLA 3QETA 2IC3A 4H0YB 4FW1A 2GBZA 2E4LA 2HVIA 4EFHA 4KB1A 4FSVA 1A5XA 4CGHA 4I9LA 4FOEA 3L2QA 4GKKK 2BDPA 2Q36A 2W41A 2B4JA 1JLGA 1HR0K 4PHTX 5C2DA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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