4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/protein binding
molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
3TU5A 1LCUA 1S3XA 3QB0A 3QMLA 3CJAA 4PKGA 2ITMA 2P9KA 2H3GX 4BRFA 5AQPA 2QW9A 3M3ZA 5AQTA 3QBWA 3C7NA 5BN9A 4BC3A 1NGGA 3VEWA 4FWKA 4NO7A 3VEOA 2YHXA 3QDKA 2W41A 3WXJA 1NGFA 3WXKA 2F9TA 4L3QA 1ATSA 4O8KA 5EY4A 3D2FB 1YXQA 4IXCA 4JD2B 1HLUA 5BRFA 2QWMA 2Q0RA 4FOIA 2A40A 2P9NA 1NM1A 3U9DA 2P9UA 1U2VB 3DWLA 4CBUA 2FXUA 3CI5A 3GBTA 3WQUA 3H3OB 4KBOA 1YUWA 2WUSA 3LM2A 3WXIA 2UYTA 3DXKB 1WUAA 4BC4A 4BRMA 3FFKB 3VEZA 2E20A 4MO5A 3D2EB 2ZWHA 4CD3A 5E84A 4IWVA 1XUPO 3AAPA 5BR9A 4EHTA 3IFRA 2QWLA 3VF6A 3QFPA 1GLBG 3IUCA 4JN4A 1QZ6A 2CH5A 3FGUA 3VESA 4I6MB 4FWLA 1OKJA 4IJAA 3UKUB 4M63C 2FF3B 4B1YB 3EO3A 3W3DA 3ZETB 3ZX0A 3CQXA 3ID8A 3EN9A 5KPZA 4WQ5A 5TKYA 5BPLA 2CGJA 4BR2A 3ZX2A 4E1JA 2VWBA 3EKSA 5AQWA 3GDQA 3WEEB 3VENA 4B1VA 4CZMA 4K25A 1C0FA 1SQKA 4B1WB 2ZGYA 2NRHA 4FPAA 1MDUB 3DXMA 5AQJA 4B1XB 2E2PA 4YDUC 2YHYA 4H0VB 1BA1A 1IJJA 2A6AA 3VF2A 1KXPA 4H5VA 1CZAN 4JHDB 2ZGZA 5EOYA 5E26A 1G99A 1BA0A 4H5RA 4CZKA 4H5TA 4BR7A 3M1FA 4FWRA 1QQNA 3VEVA 1HPMA 4CZJA 1MA9B 3WQTA 3MN5A 3VGKA 2GWJA 1BO5O 3A5OC 2GELA 4BRQA 5I9EB 3M6GA 3EL2A 5AQHA 3WUHA 2CGLA 3HTVA 3VEYA 4DHYA 2V52B 1RGIA 3QFUA 1R59O 3UKRA 4BR5A 4XEIA 2I7PA 5AR0A 3SLCA 2Q1NA 2CGKA 4FSVA 3FZFA 3WT0A 2A42A 1GLEG 1S22A 2P9LA 1EQYA 3O8MA 2PAVA 5F1XA 4HWIA 3FZKA 2ASOA 3RSEA 2IVNA 3SJHA 2BTFA 1WOQA 4FOEA 2FLOA 1DEJA 1NGCA 1MWMA 3IMXA 3CJ1A 3KZBA 2V51B 3VGMA 4BGAA 5AQNA 3W0LA 4BRHA 2D0PA 5ELZA 3LDQA 5AQLA 3A5MC 3R6MA 1BG3A 1GLLO 1V4SA 4WYBA 3A8YA 3TPQA 4BR4A 2E2OA 5KQ8A 2P9SA 2NZTA 1JCGA 3HM8A 3CHWA 5AQUA 1T44A 2A41A 4NB4A 3ZEUA 3B8AX 3A0IX 2FSKA 4CBXA 2QM1A 3U4LA 3O4WA 2YCHA 4BREA 2D4WA 2I7NA 3VPZA 1BOTO 5BRDA 5AQGA 4JNEA 2Q31A 4H0YB 5AQOA 4AM6A 5CE3A 4GNIA 5AQVA 2E1YA 1ATNA 3GG4A 2QWNA 1GLJO 1TYQB 2V7ZA 3L4IA 3HBTA 2ZF5O 3H3NO 5AZIA 2P9PA 3ULEA 4EIAA 5ADXA 1H1VA 1K8KA 4EHUA 5AQMA 5AQSA 1LOTB 1X3MA 3SMSA 1X9JA 4BG8A 3DAWA 3A5NC 3FR0A 5AZJA 5AQZA 4CJ7A 1NGAA 5BPNA 3BP8A 2YJEA 1NGEA 5F0XA 5AQRA 5LY3A 2P9IB 1RDWX 1NWKA 3R9PA 4PL8A 1YAGA 2J4RA 1HX1A 3J8AA 4LC9B 4BRAA 3KHYA 4YDUA 3BF1A 2VCPA 2BUPA 3CETA 4M7XA 3H1QA 4CD1A 4QS9A 2P9KB 2AA4A 2YHWA 1JCEA 3FZMA 4FWQA 4GY2B 3QBXA 4FWPA 3BEXA 4A2BA 4CZIA 2FSJA 1GLAG 3C7NB 2GWKA 3LDPA 5AFUA 1Z05A 4M7YA 4Y0WA 4QS8A 3ENOA 3A5LC 4XH1A 4H0TB 3EZWA 2D1KA 5BRHA 3FLCO 4PKHA 4CBWA 3MN7A 1GLDG 3C0BA 3HSCA 1Z6RA 2P9NB 1HKBA 2P9UB 2E88A 1KAZA 3IDHA 4HTLA 4DCHA 1E4GT 1P8ZA 4H5NA 4A2AA 4BGBA 2E8AA 3VF4A 3VEXA 4BVPA 4QS7A 3D7EO 2QWPA 1Y64A 1NGDA 3AAQA 1C0GA 4MO4A 3BF3A 1Q18A 5EVZA 3SMPA 3CJ9A 2E2QA 1U6ZA 3D2FA 1NGIA 4JD2A 3MMVA 3JXUA 4PL7A 4H03B 1KAXA 2QWRA 3H6EA 1T6CA 3L0QA 3H1VX 1U2VA 3U8XA 4XH5A 4RTFD 5AQXA 5FPEA 4BRNA 4J8FA 3DXKA 4O5FA 3CJBA 2AP1A 3D2EA 1E4FT 2D0OA 5BN8A 4K42A 4WQ4C 3GOIA 4BRIA 4BC2A 1XC3A 5JICA 3DXMB 2KHOA 4I6MA 5LJWA 3WXLA 1HJOA 2PBDA 3MN6A 4B1ZA 3VERA 4EFHA 3UKUA 2FF6A 4CZEA 4FWMA 4CI6A 3FZLA 2GTDA 3KVGA 3MCPA 3ZETA 4BROA 4ISEA 4A61A 4FO0A 3MN9A 5AQYA 3AARA 3WEEA 1QHAA 4CZGA 3LM9A 2GUPA 2QWQA 3LL3A 2YI1A 4FWNA 2ASMA 3UKRB 1DGKN 1IG8A 3CJCA 4AM7A 1NLVA 4JHDA 1MWKA 1DKGD 1HUXA 2HF3A 4K41A 5EXWA 4F9OA 5B8HA 3I8BA 2F9WA 2IVPA 3ATUA 5ADXH 3CJ7A 2GEMA 5AQKA 4H0OA 4BRLA 2P9LB 3O08A 2EWSA 5AQFA 1NBWA 1HKCA 1BUPA 1QZ5A 3UE5A 3RSEB 4H5WA 4BRGA 4BR0A 5LJVA 3CERA 4B9QA 4PKIA 4RCHA 4DB3A 1XQSC 2VYPA 4MLEA 4CZFA 2Q97A 1ZBSA 2A5XA 2QXLA 4JAXA 1QQOA 4BC5A 5AQIA 3LDLA 4BVOA 4FWSA 1KAYA 3GE1A 1V4TA 2Q2RA 2NLXA 4BR9A 3SK3A 5EX5A 4A62A 4IO8A 3F9MA 4CZLA 4EAHD 3CIPA 3P4IA 5AFUH 2DPNA 2HMPA 2V7YA 3AY9A 2CH6A 1SZ2A 4B1UB 5FPMA 3MDQA 2P9SB 1ZC6A 1SAZA 3O1BA 1ATRA 2W40A 2FSNA 1TUYA 3OHRA 1NGJA 2A3ZA 4DQ8A 3O6WA 3ZEUB 1RFQA 3O5BA 3DJCA 4BRCA 1NGBA 4BRDA 1BU6O 5AQQA 4MLHA 3H45C 4WQ5C 2OANA 1BWFO 1YVNA 5FPDA 5BPMA 3G25A 3GL1A 1BDGA 2IVOA 3LDNA 5AZIB 3U9ZA 2P9PB 3ULEB 1J6ZA 1K8KB 1ESVA 4C23A 3LDOA 4ISFA 1T6DA 3VGLA 4RWTA 4XH4A 4Z94A 3CQYA 1X3NA 5FPNA 3L6QA 4BRPA 5AZJB 5KQDA 3FZHA 2YJFA 3VETA 3ENHA 1QQMA 1D4XA 4BQLA 5JLFA 5BREA 2ASPA 4WQ4A 3HI0A 4H0PA 4K43A 2QWOA 3UB5A 1NGHA 1TYQA 4BRKA 3O80A 3EKUA 2HF4A 3BUZB 5JLHA 3FE1A 4IJNA 1GLCG 3H46O 1HKGA 4FL9A 4ISGA 4H0XB 3HZ6A 3I33A 3JS6A 1JCFA 5F2RA 2HOEA 2Q36A 4FWOA 5KPRA 3QICA 3S41A 4BG9A 1GLFO 5JMVA 1ZXOA 3ATVA 4BQZA 3VOVA 2P9IA 3R8EA 2Q0UA 4IZ9A 3O1WA 2IIRA 3MK6A 2E1ZA 3ZX3A 4FPBA 2E2NA 4CZHA 5KPTA 1NMDA 1TUUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC7N 1HJRA 3CJAA 4ELUA 1M90O 4W5NA 4BRFA 5MLCQ 3M3ZA 1XHZA 5CZ1A 2O8CA 2HBJA 4JRPA 1NK9A 4BEBA 1RT7A 3VQEA 3WXKA 3AO1A 2F9TA 3D2FB 1YXQA 3TAFA 4GKJK 1LWEA 4KTQA 4DTUA 5BRFA 3Q7CA 2ZJQL 2Q0RA 1CXQA 5C2FA 4FLVA 3NFAA 1WSJA 2P9UA 3K0SA 1SV5A 2VQEK 1N34K 1YUWA 3S5TA 2RHKA 1RT1A 1NJZA 3FFKB 1BIUA 4MO5A 3D2EB 3KIOA 1QSLA 5E84A 1XUPO 3AVFA 5BR9A 4DU1A 4B9TA 3IFRA 1SUQA 4O0IA 3E9OA 3VQQA 1T05A 4JN4A 2CH5A 3FGUA 3V1QA 2ITGA 3EE9A 4CJRA 2G8VA 3L3UA 5M1PA 2ZM6K 4MDAA 4CEBA 3HYFA 4LSLA 3W3DA 4LF5K 4WFNL 3EN9A 3U3YA 5KPZA 1WSFA 2CGJA 1C1BA 3ZX2A 4E1JA 4DV7K 3EKSA 3GDQA 3WEEB 1XNRK 1YIJN 1X9MA 1VSJA 4CJQA 1C0FA 4PY5A 4JI5K 2ZGYA 2FBTA 4DQSA 1SL2A 2A6AA 1CLQA 3HJFA 4JHDB 4JK8A 2G8IA 5EOYA 1MU2A 1G99A 1BA0A 4H5TA 1X9WA 1NJIO 4BR7A 1QQNA 3VEVA 2KZMA 1MA9B 4FJHA 5FROA 4E1NA 3SCXA 4YHHK 3A5OC 1NJYA 2GELA 4BRQA 5I9EB 5HOOA 4F3OA 3PSFA 4DUZK 2V52B 1RGIA 5C10A 4X65K 2HBLA 4FK0A 4BR5A 4XEIA 2R7YA 4ZHRA 2I7PA 2CGKA 4CK2A 4KH6A 1WSGA 4N5SA 2GV9A 2A42A 5LMNK 4DR2K 3VQAA 1VSIA 3E01A 1N36K 4AHRA 2VWJA 1S72N 3ZLJA 4IDKA 3SJHA 2PY5A 2VG6A 2FLOA 4DSLA 1DEJA 1NGCA 1MWMA 1ZBUA 3KZBA 4C8KA 3WXMB 4JKBA 5AQNA 5I42A 1J9AA 2HHIA 4DTJA 5ELZA 3LDQA 2G8WA 4EP5A 3MECA 2ZJRL 5AQLA 4F4KA 1VHXA 4CGFA 3RRHA 4HCCA 4IOCL 4LF7K 3VQBA 1BG3A 4R79A 1JLCA 3HO1A 4NXNK 1N8RO 4BR4A 2E2OA 1QSYA 4FLWA 2P9SA 4ID5A 4PHTX 2KW4A 4DTOA 3RR7A 4NB4A 4CHOA 1BQNA 3A0IX 3B8AX 4GVMA 2HNYA 3U4LA 2D4WA 3VQ4A 4FLTA 2NUBA 3CMEN 2IGIA 5BRDA 1BOTO 5AQGA 3AVNA 4JNEA 3KJVA 5AQVA 1I3AA 2W00A 1ATNA 3GG4A 1TYQB 1TK0A 3AVCA 4DTNA 3NHGA 4EIAA 5ADXA 4GKKK 4FM0A 1EKEA 1K8KA 4FJMA 1LOTB 4BECA 5AZJA 1BISA 3MAQA 1ASVA 1VSKA 3BP8A 2YJEA 5JS1A 5LY3A 1P90A 2NNWA 1B9FA 4KHUA 1YAGA 4RG8A 1D9FA 3V9XA 4DTPA 1WB9A 3J8AA 4LC9B 1KSPA 4YDUA 3R3LA 2BUPA 4CEOA 1L5UA 4E7IA 2YKMA 2O8EB 4O8UA 1J54A 2P9KB 3O3GA 3FZMA 4JI1K 3QIOA 3TAQA 3CFRA 3PX4A 3BEXA 4CZIA 2YHBA 3SJJA 3OA9A 2FSJA 4OGEA 3C65A 2KKZA 4M7YA 4LF9K 1FW6A 1IBKK 4KKOA 2P5OA 1UA1A 1OH6A 3MN7A 3THYB 3JYTA 1ZBLA 1NNEA 3NF6A 3C0BA 1Z6RA 3ZT0A 2VGMA 4M45A 2F8TA 3CM6A 3VF4A 4CFBA 2B4JA 4BVPA 2F4VK 3D7EO 1NGDA 5J2NA 4CHQA 3DM2A 3BF3A 2E2QA 3D2FA 4FCYA 3SAFA 2KZZA 4H03B 4YOWA 3L0QA 3H1VX 1WSIA 3SI6A 1L3SA 3LWMA 5HRNA 1Q9YA 1G15A 4J8FA 4CEFA 4O5FA 4O44A 1W2BM 3D2EA 4EZ6A 1E4FT 4CJ3A 4M3TA 1DTQA 4Y1CA 1S9GA 3VQ8A 4BRIA 4BC2A 1QQCA 5JICA 3DXMB 4I9QA 3DOKA 5C25A 3AO5A 5LJWA 3KD1E 4KH4A 4NYFA 1HJOA 3WXLA 2FF6A 3D6RA 2UU9K 3K9JA 4GW6A 4BY9C 4ZTFA 4B9SA 1YJWN 1VSFA 3EY1A 1RBRA 3MN9A 3WEEA 3OS2A 4KO0A 1QHAA 2GUPA 3JAMO 1K8AO 1U04A 4RW8A 3SBGA 3UKRB 2OPPA 1VAZA 3WNHA 4DFPA 4BDPA 3KKSA 1IG8A 5CHIA 3UIQA 3HP9A 4JHDA 1MWKA 3THXB 3KKRA 4YFUA 1T03A 2G8KA 2F9WA 4CHNA 1SKSA 4H0OA 3OS1A 4EZ9A 3DRSA 4FW2A 1KC8O 5AQFA 1NBWA 1HKCA 4RW9A 1VQ5N 4LFAK 3T1YK 2PYJA 1WBDA 4CEDA 3NE6A 3QEIA 4H5WA 4E1MA 3TANA 3ALYA 5LJVA 5M1KA 3DLKA 4PKIA 4F2RA 3IAYA 4MLEA 3K59A 3AO2A 2A5XA 3MX2A 4PUOA 4JAXA 4JI6K 1WN7A 3NF8A 4AHSA 4YY3K 3O3HA 2G8UA 1KAYA 4ICLA 2NLXA 3LZIA 3SK3A 2E4LA 1NK0A 4G1QA 2EX3A 5J1EA 2OPRA 2UXBK 1SZ2A 3HVTA 4HVJA 3IKMA 3OW2M 3L2VA 3O1BA 1ATRA 1C0MA 4CEQA 3M8SA 5SWMA 4KHNA 1TKXA 3O6WA 3J80O 5M1OA 4BRCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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