4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
1HLUA 4PKGA 1V4TA 3EO3A 2QWPA 3LDPA 1NGIA 4BVOA 2P9PB 4CD1A 1CZAN 4BRHA 5CE3A 1NGFA 2A42A 4AM6A 3MCPA 5AR0A 3I8BA 3DJCA 3OHRA 5E26A 5BN8A 2V7ZA 4H0TB 4CZHA 3QICA 3LM2A 4IO8A 2VCPA 3FFKB 4BG8A 3LDQA 1Z05A 3FR0A 4BR0A 1DGKN 1NGBA 4JHDB 3O8MA 3F9MA 1NMDA 1WOQA 1ATRA 2VYPA 2GELA 3VPZA 3CQYA 3H1QA 5AZJA 1LCUA 3O4WA 1XQSC 4WYBA 4BRGA 1NGEA 3CJ1A 1SZ2A 2F9TA 3EN9A 2CGLA 3BF3A 3VGMA 3U9DA 2Q36A 3O1BA 3H3NO 3VOVA 3HBTA 3QMLA 4EHUA 2GEMA 5AFUH 2E1ZA 4WQ5C 5AQQA 5BPNA 2A3ZA 2E2OA 3R8EA 5EXWA 2ZWHA 4CZMA 2QWLA 4H5NA 5F0XA 4BR7A 4C23A 2Q97A 4HWIA 1NGDA 2D0OA 4I6MA 1QHAA 4BC3A 4BC5A 4B1UB 3FGUA 4DHYA 1G99A 2YI1A 4K41A 3M6GA 4MO5A 2I7PA 3EKUA 3BP8A 3MN6A 2ASPA 2FSNA 2IIRA 4MLHA 2P9KB 5EVZA 1DEJA 4K43A 1U6ZA 1X9JA 3FZHA 2D4WA 2A5XA 3FZMA 1KAXA 3GOIA 1QQOA 2QM1A 4DB3A 4MLEA 3AY9A 4IJAA 2CH5A 3FE1A 3VEWA 3S41A 4H03B 3G25A 1T6DA 3CHWA 3HM8A 1QQNA 4BR4A 3O1WA 1ZXOA 4H5WA 4ISFA 5AQLA 1BOTO 3GG4A 3M3ZA 1GLFO 3ENHA 2E1YA 4BGBA 4BRLA 1HKGA 4BRQA 3RSEA 5AZIB 1SAZA 1XC3A 3UKUA 3D2FB 1HUXA 4FOEA 1H1VA 3H6EA 5FPMA 4BC2A 4F9OA 1JCGA 2V7YA 5AQNA 5KPZA 2P9IB 5F2RA 4FWKA 4FPBA 1QZ6A 2PBDA 1GLCG 2FLOA 2FF6A 4JD2B 4BC4A 5BRHA 5AQWA 4FO0A 2P9LB 1C0GA 3IDHA 1OKJA 1R59O 2P9UA 3O5BA 4CZKA 1ZC6A 1KAYA 3CJ9A 2YHXA 3CJBA 5AQJA 3UKRA 3ZX3A 4BRMA 1RFQA 3W3DA 4B1YB 3LL3A 4FWLA 5LY3A 5JLHA 1ESVA 4XH1A 2IVPA 5EOYA 2H3GX 1K8KB 3HTVA 2FXUA 3EKSA 3IFRA 2QWQA 3H3OB 5AQYA 2D1KA 5BREA 3BUZB 3BF1A 1X3MA 3D2EA 1BA1A 5AFUA 3CJ7A 3IMXA 4CZGA 1GLJO 1TUYA 3WXLA 3QDKA 3VERA 2BUPA 4QS7A 1JCEA 4PKIA 3KHYA 4H5RA 2UYTA 4XEIA 4H0YB 1TYQA 2Q2RA 3FZKA 1T44A 1NBWA 2YHYA 4GNIA 5KPTA 1BU6O 3VEVA 3ZEUB 3U8XA 4H0OA 2CGKA 2QWOA 4CBUA 4B1ZA 3O80A 4QS8A 3UE5A 2ASMA 1NM1A 1U2VB 2E2QA 3CJCA 3ENOA 3MMVA 4Y0WA 3EL2A 4PL7A 3CQXA 2W41A 1BWFO 4H0XB 4H0VB 4CJ7A 1MWKA 3O6WA 3O08A 3WT0A 1XUPO 5ADXH 4K42A 1KXPA 4FL9A 1E4FT 2A6AA 4BRKA 1BDGA 4WQ4A 3BEXA 4RWTA 2CGJA 3VGLA 3VEOA 4DCHA 3MN5A 3QFPA 3P4IA 4PL8A 5ELZA 4FWQA 5AZJB 4A2AA 2EWSA 1D4XA 1ZBSA 5EY4A 4QS9A 5FPNA 5AQKA 4XH4A 3MDQA 3LM9A 4BQZA 3IUCA 5AQXA 3CI5A 5AQPA 2W40A 4E1JA 4IJNA 2QWNA 4HTLA 2A40A 2VWBA 3AAPA 1YXQA 3U9ZA 3CETA 1DKGD 2CH6A 3C7NA 2NLXA 5LJVA 2YJEA 3CJAA 1MA9B 4I6MB 3VETA 1BUPA 3LDOA 2P9KA 3SMPA 1NLVA 4BRPA 3VF4A 1BA0A 4XH5A 2E88A 2GUPA 4H0PA 3ZETA 2Q1NA 1P8ZA 3EZWA 1QZ5A 5I9EB 1ATNA 2P9SB 1GLAG 2HMPA 2FSJA 2PAVA 4ISGA 1YUWA 3DXKB 5JLFA 1HKCA 4O8KA 3VF2A 2GWJA 4IZ9A 3DXMA 1S3XA 1S22A 1MWMA 3FZLA 2NZTA 3VEXA 5AQSA 1KAZA 3A8YA 4NB4A 3CIPA 3U4LA 3WEEB 4FOIA 3GBTA 4IWVA 3L4IA 1GLBG 5AQVA 3KVGA 5AZIA 1BO5O 3LDNA 3RSEB 3UB5A 4A2BA 1NWKA 1HKBA 5E84A 4CI6A 4BR2A 4JNEA 1RGIA 3A5MC 2Q0UA 3KZBA 4PKHA 5BPLA 4YDUA 2HOEA 2P9NB 1JCFA 1BG3A 5AQHA 3C0BA 5ADXA 4H5VA 2IVOA 4CZEA 5BPMA 4LC9B 1NGHA 4M63C 2Q0RA 3H45C 3VESA 1E4GT 1Y64A 5AQIA 1Z6RA 1K8KA 2I7NA 3A5LC 3AARA 4BQLA 2ZGYA 4FWOA 3VENA 3FLCO 3QFUA 4RCHA 2QXLA 5JMVA 3ULEB 1NGJA 2F9WA 3D2EB 3VEZA 4EHTA 1NGCA 4WQ4C 5FPEA 2P9PA 2V51B 5AQTA 4BRFA 5BN9A 3SK3A 2ZF5O 1YVNA 4M7XA 4FWNA 4JN4A 3MK6A 3L6QA 5TKYA 3R6MA 5BRDA 4IXCA 4CD3A 4MO4A 3HSCA 4CZLA 1TYQB 3L0QA 4Z94A 3A5NC 3ZEUA 4JHDA 4H5TA 3H46O 2J4RA 5AQGA 2YJFA 3ID8A 3MN7A 5F1XA 1GLDG 3WXIA 2HF4A 5AQRA 3WQTA 1U2VA 3D7EO 4J8FA 2FF3B 3VEYA 5AQUA 1HJOA 2QW9A 2WUSA 4ISEA 1GLEG 3WQUA 1ATSA 1SQKA 3GE1A 3WUHA 4BR5A 2E20A 1X3NA 2KHOA 3A5OC 4A62A 1IG8A 2QWRA 1TUUA 4FWSA 4BGAA 4NO7A 3VF6A 3J8AA 3WXKA 3W0LA 4FWPA 3M1FA 4EFHA 5AQZA 4BROA 3JS6A 3WXJA 4A61A 5B8HA 5BRFA 4BRAA 3QBXA 1HX1A 5AQFA 4L3QA 1IJJA 2D0PA 4FPAA 3QB0A 3HI0A 3LDLA 3I33A 3ATVA 3VGKA 3SJHA 1RDWX 2DPNA 5KQ8A 2YHWA 4RTFD 3HZ6A 1YAGA 3ZX2A 3DAWA 5FPDA 4B9QA 3C7NB 4BRIA 4AM7A 4CBWA 5AQOA 3QBWA 3SMSA 4EIAA 1HPMA 2HF3A 1EQYA 2QWMA 2ITMA 2P9SA 1T6CA 2V52B 5EX5A 4B1XB 5AQMA 5KQDA 3DXKA 2GWKA 4YDUC 4BG9A 3ZETB 4JAXA 2ZGZA 1QQMA 3DWLA 4WQ5A 2E2NA 1V4SA 4KBOA 3A0IX 4O5FA 4BRNA 4M7YA 3B8AX 4BRCA 2A41A 3WEEA 3D2FA 1Q18A 5JICA 3DXMB 2AA4A 2Q31A 4FWRA 4BREA 2E8AA 5KPRA 1C0FA 2P9IA 4CZFA 3UKUB 1GLLO 2E2PA 4B1VA 4JD2A 1LOTB 3ATUA 2P9LA 2NRHA 3CERA 4DQ8A 4EAHD 5BR9A 3TPQA 3FZFA 2GTDA 3JXUA 4GY2B 2P9UB 1WUAA 3H1VX 4CBXA 3MN9A 4K25A 3R9PA 4FWMA 2P9NA 3UKRB 2OANA 3GL1A 4B1WB 2IVNA 2BTFA 2AP1A 4CZIA 4CZJA 3SLCA 1J6ZA 4BR9A 3GDQA 4BRDA 2ASOA 5LJWA 3TU5A 4BVPA 1MDUB 3AAQA 4FSVA 3ZX0A 2YCHA 1NGAA 2FSKA 3ULEA 1NGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HLUA 4Z4GA 5CZ1A 4PKGA 2W00A 4W5NA 1OVQA 4N56A 1BISA 1VQ9N 2KFNA 3LDPA 1NGIA 4BVOA 4DV7K 4GKKK 4DTMA 1TKXA 4KV8A 4E7IA 5E26A 5BN8A 2V7ZA 3HXMA 3QICA 3C65A 4IO8A 5GIPA 2PYJA 4O0IA 2ETJA 3T1AA 2VCPA 2Y1IA 5FLXO 3FR0A 3CC2N 4OX9K 4ZHRA 1NGBA 3O8MA 5FRNA 3AVLA 3LAMA 4E3SA 3CCMN 4FZZA 4FYDA 4FJJA 2WC9A 3VQ7A 1LCUA 1NGEA 5I3UA 1RNHA 1SZ2A 4RG8A 3RRGA 3VGMA 1B9FA 4Z4HA 3ZCMA 3C6AA 2OPPA 3AA3A 3VOVA 1A5WA 3QMLA 4EHUA 2GEMA 1RDAA 2E2OA 4IBNA 1S6PA 3WNFA 5SZTA 5F0XA 2AJQA 3P1GA 1EO1A 4C23A 2Q97A 4HWIA 4NCGA 3OYCA 4R79A 2PZSA 3FGUA 1G99A 1VK0A 4CE9A 3DM2A 4DS5A 3EKUA 2ASPA 3VQAA 2IIRA 2FBYA 5EVZA 1DEJA 1VSMA 4K43A 3TSQA 3O9QA 1X9JA 3FZHA 3SV4A 1TK5A 4NLBA 2D4WA 5C12A 4E7JA 2A5XA 1KAXA 1HYVA 4JKGA 3OA9A 4BE7B 4BE0A 3KTQA 4AQYK 3V9WA 2BGGA 1RT1A 1A5XA 3KLIA 4LF8K 3O1WA 1ZXOA 4JI6K 4H5WA 4J2BA 4ISFA 4GMJB 1QSSA 1HMVA 2X6NA 4BRLA 3G6EN 1JKHA 1HKGA 3MX5A 2G8VA 3S3MA 3UKUA 2DTUA 1HUXA 4DV5K 4BC2A 3H6EA 3O3HA 3U6FA 2KTQA 1JCGA 2RHKA 4OPHA 3HT3A 5CZ2A 5F2RA 5LL6Z 2PBDA 4LFAK 4CHYA 4B3RK 1GLCG 2FLOA 5BR8K 3DRSA 4LY7A 2P9LB 2YNFA 1YI2N 1OKJA 4CZKA 3KIOA 3F73A 1KTQA 5AQJA 4OJRA 3SI6A 1RTJA 1RFQA 3LL3A 2QXFA 5EOYA 2A1SA 3VQ8A 3NH1A 3CC4N 4YY3K 1WNSA 2I5JA 3LPUA 4X65K 5AQYA 4FJ7A 3OTOK 5BREA 3O4NA 4CEDA 3HP6A 1VQMN 3ITHA 4FLZA 4CERA 2ITGA 3AV9A 2F96A 4CZGA 1ZYQA 4C8LA 4QS7A 1W97L 4PKIA 3KHYA 4XEIA 2IOCA 2YNHA 2OZSA 4L8RB 3PSFA 4H0YB 3V9SA 1DTQA 1TYQA 4CJWA 2XHBA 1W0HA 3HVRA 4Z4EA 2QA4N 3R3LA 1BU6O 4M3UA 3U8XA 3T69A 2YX6A 4Y1DA 4CBUA 3UE5A 2ASMA 1YITN 1NM1A 2YHBA 1NJXA 2IGIA 2PY5A 3MMVA 4JRQA 4PL7A 4AHVA 3QERA 3CPEA 3DMJA 1KD1O 4H0XB 2OZMA 4H0VB 3MWPA 4FL9A 1E4FT 1VSJA 3BEXA 3THXB 1Q86O 1WSHA 4RWTA 4DCHA 3MN5A 4O8UA 2ZM6K 5ELZA 4FWQA 3L2UA 3CCVN 2O8FB 3K0SA 1L3TA 5EY4A 2QK9A 4QS9A 1BCMA 2P1JA 3IUCA 5AQXA 2HHSA 3O9UA 4JS4A 1RCHA 1SKRA 4IJNA 2QWNA 4CJKA 4DR5K 4HTLA 4NYNA 3SBTA 4BWMA 4KHYA 3K58A 1IKWA 2NLXA 1HQUA 2B5JA 2HVIA 2YJEA 4CJRA 2BANA 3HM9A 4I6MB 4DU3A 1BUPA 2P9KA 3RMBA 4CGFA 3ZT0A 1NLVA 1KC8O 5C42A 4H0PA 5GINA 4HCCA 2Q1NA 3TSPA 1NG9A 3EZWA 1QZ5A 3LZIA 4KPYA 1NK5A 5HRPA 4AF1A 4ISGA 4BE2A 3KK7A 4CFCA 2O8BB 5KRSA 1BIUA 3D6RA 2OA8A 3RR7A 2GWJA 3AVGA 3AO4A 4HHTA 4DQRA 3DXMA 3EY1A 1S3XA 1Z25A 3FZLA 3VEXA 1C1CA 3A8YA 1UWBA 4KB1A 3DLGA 3TAGA 3SQ0A 3KVGA 5AZIA 2QKBA 2E4LA 4FVUA 3KD1E 3PX4A 3IS9A 1U4BA 2RF2A 4BDZA 3KLEA 4QAGA 5E84A 4CI6A 2VG6A 1QHTA 3MEDA 1RGIA 3A5MC 2Q0UA 4FJMA 1K73O 2IVOA 2HBLA 5BPMA 1NGHA 1HRHA 3EEQA 2IAJA 4BQLA 5FROA 3R1XA 3PO5A 2GUIA 5HRNA 1QTMA 1UOCA 1ILYA 1N33K 2Z1IA 3D2EB 1WLJA 3ZT3A 1HNWK 3K5OA 2P9PA 1J9AA 3WXMB 5BN9A 3BY5A 4M7XA 1VQ8N 4JN4A 4BE1A 1T05A 1RILA 4CZLA 2XO7A 5C24A 4YHHK 3A5NC 3ZEUA 4JHDA 5J2PA 2OPQA 1BI4A 3H46O 1IV0A 5AQGA 5F1XA 4B9TA 5AQRA 1GOCA 1U2VA 2BH1A 4Z4IA 3D7EO 4DV6K 4DF4A 1NK8A 1N5YA 4E7HA 2WUSA 5C2DA 1ATSA 4BR5A 1KSPA 2OPSA 1X3NA 2KHOA 4F4KA 2QWRA 3VF6A 1IO2A 3JSMA 3B6PA 3WXKA 3A2FA 4DR1K 4K8ZA 4QCLA 4EFHA 4BROA 3LAKA 3WXJA 4M3WA 3DRPA 3NVKA 1YT3A 3OYMA 3AVAA 3MEEA 4CESA 3QB0A 3HI0A 3KK3A 3VGKA 3V9ZA 3OYFA 3AVCA 4HUGA 4DTUA 1RDWX 2O8CA 5LMNK 4AHCA 1YVUA 4FW1A 4CJ5A 4B9QA 3C7NB 3HRGA 4CBWA 4CEEA 1EETA 2QWMA 5EU7A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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