4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
molecule tags Structural protein/protein binding
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
5BRHA 2P9LA 4H5TA 1HLUA 2YCHA 2F9WA 3HI0A 3QFUA 4EAHD 5CE3A 3FZKA 2D0PA 3H1VX 4XH4A 4BR9A 3VOVA 4CZEA 3QICA 4YDUC 3WXKA 2ASOA 3LM9A 1NLVA 4MLEA 4BRMA 2FSJA 2W40A 3R9PA 4FO0A 3VGLA 1SQKA 3FZMA 2IIRA 5AQYA 2YHXA 4DB3A 4FWOA 1DEJA 4BQLA 5AQOA 5E84A 3CIPA 5AR0A 4BRGA 2FF3B 5AQMA 3TPQA 2IVNA 2PBDA 3GE1A 2FXUA 3BF1A 5KQDA 3VETA 1BA0A 3ATVA 1HKCA 3EN9A 5FPMA 3LM2A 3VGKA 3CJAA 3DXKA 4B1ZA 1K8KA 4QS9A 2E1YA 5FPDA 4HWIA 3HM8A 2GWJA 3B8AX 2E2PA 4BRKA 4FL9A 1IJJA 2D0OA 1QQMA 5F1XA 4CI6A 3ZEUB 1ZC6A 2KHOA 3FZLA 3GBTA 1GLLO 2QWNA 5AQNA 3WXJA 3DAWA 3SJHA 4BRFA 3L0QA 5AQGA 5AZJA 4BRNA 5ADXA 2P9IB 3GDQA 4JD2A 4CJ7A 3SLCA 1BG3A 3CJ7A 2HF4A 4BQZA 1GLAG 4H5RA 1MWMA 3UKRB 4BG9A 1TUYA 4FWNA 1JCGA 3BP8A 3D7EO 3U9DA 4BRHA 3GG4A 4FWKA 5BN9A 5BPLA 3ZETA 5B8HA 3A0IX 2ASPA 1EQYA 3C0BA 4BRIA 5BRFA 1Q18A 1NGGA 4BRDA 5AQUA 1DKGD 2P9PA 2J4RA 4IZ9A 3M6GA 4H0TB 4K43A 3WQUA 1TYQA 3QMLA 4GNIA 1X3NA 2HMPA 2QM1A 4DCHA 1CZAN 2P9SA 3D2FB 5F0XA 1BWFO 5EY4A 1ATSA 4I6MA 1JCFA 3UE5A 3CETA 4B1UB 4BR0A 4CZIA 4FSVA 3F9MA 3ZX0A 2QWLA 4BR7A 1SZ2A 4M63C 4BR2A 5AQHA 1R59O 3MDQA 4BC3A 2A42A 3O6WA 3AAQA 3HZ6A 1DGKN 5BREA 3A5NC 4IJAA 3AY9A 1T6CA 4A2AA 2A3ZA 3KHYA 2E2QA 3U4LA 1NGAA 1ZXOA 3O5BA 4BG8A 1NWKA 5AQSA 3ZX3A 2Q97A 2ZWHA 4WQ4A 3R6MA 3HSCA 4KBOA 4BRAA 2P9NB 1KAYA 4IO8A 2FLOA 4RTFD 3HTVA 3CJBA 4YDUA 4CZKA 2GEMA 2IVOA 3MK6A 4JD2B 1BA1A 2ASMA 3W3DA 4PL7A 1LCUA 3IUCA 5KPZA 5TKYA 1E4GT 4WQ4C 3FE1A 4FWLA 5AQWA 3H3OB 2PAVA 3LDQA 5AQZA 4XH5A 1XQSC 3C7NB 3MN6A 2DPNA 4BRQA 3QBWA 2ZGYA 4FOIA 4WYBA 3IMXA 3VEVA 1NGHA 4CD1A 5AZIA 3VENA 2Q31A 2I7PA 1TYQB 3D2EA 3JS6A 4L3QA 4CBWA 2P9SB 3KVGA 3L6QA 3HBTA 1S22A 3VPZA 4CZHA 1TUUA 2YI1A 3MN7A 4BREA 3WEEA 2P9UA 2ZF5O 3FGUA 5EXWA 2P9KB 1LOTB 1NM1A 3ULEA 1U2VA 1T44A 2GUPA 2HF3A 4BC4A 3UKUA 1WOQA 3FR0A 3O1BA 3CQXA 4CZMA 2QWQA 1JCEA 2A41A 2V51B 5BN8A 2VYPA 2E1ZA 3AAPA 1NGBA 3LDLA 5ELZA 3A5OC 1XC3A 2FSNA 1ZBSA 4Z94A 4DHYA 4ISGA 4FWRA 4H0PA 3LL3A 4J8FA 3OHRA 1BUPA 4K25A 2GWKA 1V4SA 3WXLA 1T6DA 4XH1A 3QDKA 1C0GA 3WUHA 4QS8A 5AQKA 3LDPA 3P4IA 4M7YA 1YAGA 5FPNA 4CBUA 2P9LB 4BRPA 3UB5A 1HUXA 3VEZA 1GLFO 4BC2A 2BUPA 4BRLA 2W41A 2V7ZA 5FPEA 1NBWA 1G99A 1OKJA 5AQXA 4JAXA 5AZIB 3VESA 3ZX2A 4EFHA 4H0YB 4B1XB 4H03B 3TU5A 4H5WA 1YUWA 1NMDA 3R8EA 5JICA 5AQLA 3DXMA 1C0FA 3RSEA 3H46O 1KXPA 2VCPA 2YJFA 2NLXA 3M3ZA 2P9UB 1J6ZA 4K42A 1QHAA 5AQPA 3H1QA 3ULEB 1U2VB 3LDNA 4BC5A 5AQIA 3VEOA 3MCPA 4MO5A 5AFUH 4CZGA 2Q36A 5JMVA 1NGJA 5LJVA 2Q0RA 1HKBA 4K41A 3DXKB 2Q1NA 4EHUA 3QFPA 1K8KB 2ZGZA 4EIAA 1Y64A 1YVNA 3EKUA 3WXIA 1MDUB 5AQRA 2F9TA 4NO7A 4CD3A 3FZHA 2NZTA 3VERA 1QQNA 2CGKA 1HPMA 5LJWA 3LDOA 3WT0A 1BU6O 3MMVA 2FSKA 3QB0A 4MLHA 4DQ8A 4BVOA 2E8AA 5AZJB 2QWMA 1V4TA 1MA9B 2QW9A 5KPTA 3CJ9A 4H0VB 3QBXA 5AQFA 2EWSA 2I7NA 5ADXH 5BRDA 3SMPA 4GY2B 4M7XA 2A6AA 3CI5A 5I9EB 4JN4A 4BRCA 5BR9A 3ZETB 1Z6RA 1QQOA 3IFRA 3VF4A 2P9PB 5AQVA 4PKIA 2FF6A 2IVPA 4JHDA 3DXMB 3G25A 3VF6A 5KQ8A 3JXUA 2D4WA 3VF2A 4ISFA 3L4IA 5E26A 4WQ5C 3VEYA 2Q2RA 3O4WA 3O80A 1HKGA 2P9IA 3AARA 4I6MB 2YJEA 3FFKB 2WUSA 4PKGA 3UKRA 1QZ5A 1X9JA 1XUPO 3EO3A 3ATUA 5JLFA 3A5LC 5F2RA 2GELA 5BPNA 1RDWX 1NGDA 3J8AA 2AA4A 2NRHA 3O8MA 4H0XB 1RFQA 2Q0UA 3A5MC 2HOEA 1GLCG 1BDGA 3MN5A 4RWTA 3D2FA 5EX5A 1HJOA 2YHWA 3CJ1A 3IDHA 4JNEA 5AFUA 4A2BA 4HTLA 2E2NA 4AM7A 4O5FA 4Y0WA 4A61A 1E4FT 1YXQA 2BTFA 3BUZB 2E20A 1D4XA 3DJCA 3BF3A 4CBXA 3VEXA 4EHTA 4B1VA 2E2OA 1Z05A 3WQTA 2QXLA 2QWPA 3CQYA 4B9QA 1GLEG 3U9ZA 3DWLA 3SMSA 5AQQA 4A62A 4E1JA 5LY3A 4BROA 4BVPA 4JHDB 4B1YB 4ISEA 1GLDG 1NGEA 3D2EB 2P9NA 4FPAA 3O1WA 3I8BA 3MN9A 3ENHA 3KZBA 5AQTA 2QWRA 3I33A 1GLBG 5EVZA 1ESVA 3U8XA 3WEEB 1BO5O 5BPMA 1H1VA 2D1KA 3GOIA 2A40A 3UKUB 4PKHA 2V52B 5EOYA 2GTDA 3H3NO 4QS7A 3C7NA 4FWMA 1X3MA 3M1FA 3EKSA 3GL1A 4IXCA 4FWPA 3H45C 3ENOA 4MO4A 4IWVA 4BR5A 4B1WB 5AQJA 4H5NA 1ATNA 4RCHA 2YHYA 2UYTA 1WUAA 1KAZA 3EZWA 1NGIA 3BEXA 2CGJA 4XEIA 2A5XA 3CERA 4BR4A 2OANA 1IG8A 3ID8A 4IJNA 2P9KA 1GLJO 4FOEA 2CH5A 4C23A 4CZJA 4FWSA 4H5VA 2CH6A 4NB4A 2AP1A 1RGIA 2E88A 3SK3A 1QZ6A 4PL8A 5JLHA 4BGAA 2VWBA 1BOTO 3FZFA 3CHWA 2QWOA 2ITMA 3S41A 1SAZA 4CZFA 1MWKA 3VGMA 4LC9B 5KPRA 4F9OA 1ATRA 4WQ5A 4H0OA 2H3GX 3O08A 4BGBA 4CZLA 1NGCA 2V7YA 1S3XA 3VEWA 1KAXA 3CJCA 3EL2A 1U6ZA 2CGLA 4FPBA 4O8KA 3A8YA 3H6EA 3ZEUA 3RSEB 1P8ZA 4FWQA 1NGFA 1HX1A 3FLCO 3W0LA 4AM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP0A 5EU7A 3QFUA 3P31A 1EETA 5HROA 2E5LK 3SUNA 2VGNA 4LD0A 4FLZA 5C24A 2W00A 2NNWA 1IKYA 1NK4A 3WXKA 3L8BA 1IG9A 4DTMA 3VGLA 3CG7A 4BE0A 3TR8A 2IIRA 4KB0A 3C94A 1J5OA 2YHXA 4FWOA 1L3SA 4E7HA 5AQOA 1SV5A 3CIPA 2X74A 3SQ1A 2DY4A 1BA0A 2W42A 3EN9A 1Q9YA 2UU9K 3AVCA 3VGKA 3HO1A 4DV6K 5FRNA 4B1ZA 3SBGA 3THVA 1Z26A 1N33K 1A5WA 5FRMA 3C6UA 4DF4A 4WFBL 1J9AA 4IG3A 4BRKA 4DSKA 4FL9A 3D6RA 3VA3A 2NRTA 2Z1IA 3Q7CA 5GAGP 1FXXA 1KVAA 5GADP 4QOZB 1TKXA 1ZBIA 3ZEUB 2KHOA 4CW7B 4BWJA 2FC0A 2OPPA 1ZBUA 1X9WA 4FLVA 5AQGA 2P51A 3K2PA 2P9IB 3GDQA 3SLCA 5HRRA 3CJ7A 4KB1A 1KFDA 1GLAG 4HCBA 2ZJRL 1SUQA 2KQ2A 3UKRB 3ZYYX 4M3ZA 1DT9A 1LV5A 1YITN 3BP8A 3MX5A 1ILYA 3P83D 3PX4A 5BPLA 2QA4N 3A0IX 3HK2A 1IBKK 1S1UA 4BRDA 3RMBA 1EWRA 4OO1J 2GUIA 4PWDA 1JLEA 1TYQA 3QMLA 3G71N 3CFOA 4AF1A 4DU4A 1JL2A 2P9SA 1BWFO 1ATSA 3UE5A 4B1UB 1KSPA 1A5VA 3B6OA 3ZX0A 1JXEA 4M3RA 5CHIA 4LY7A 1SZ2A 3E9OA 3OYDA 3AO3A 5AQHA 3VQ8A 4BE1A 4KTZA 4UY8O 3MDQA 4X66K 3O6WA 3K59A 5BREA 1RDDA 3VQ6A 3AY9A 1T6CA 3KHYA 2E2QA 1RDBA 4F2RA 1NGAA 4AHVA 4IG0A 1IO2A 3HSCA 5FLXO 2G8IA 4DTNA 1U48A 2OTJN 4A5AA 3SBTA 4BEBA 1VSKA 2HMIA 4M42A 2RN2A 1LCUA 4PL7A 4CGJA 1OVYA 4OVLA 1E4GT 2QI2A 4FWLA 2PAVA 1UWBA 4GV6A 1TV6A 1S1XA 3O3FA 2DPNA 3L2WA 4NXNK 1NJYA 1U04A 2ZGYA 4DTSA 3VEVA 4CD1A 2UUCK 3AVKA 4JEPA 4M3UA 3D2EA 1JLQA 3OJUA 5DMRA 3KVGA 4E7IA 5J2PA 1HQUA 3C6AA 2ZF5O 1NM1A 2HBLA 3ITHA 3ULEA 4BC4A 4CJTA 1RT4A 3OS1A 3OS0A 3M8SA 1RT6A 3FR0A 1HQEA 3O1BA 4CZMA 3DLKA 3E9LA 3DRRA 1NJXA 2YKMA 1JXBA 3AVAA 3ID6A 1JLFA 4X64K 1T7PA 2VYPA 1RCHA 4O44A 3DOKA 1ASWA 2BGGA 3HM9A 3KK3A 1I39A 4JK8A 4FJ8A 1V4SA 1TVRA 3HVTA 4XH1A 5AQKA 4FJMA 2XY7A 2P9LB 3K9KA 5FROA 5C10A 2F8TA 3ULDA 1XI1A 4DLGA 5IWAK 1G99A 2HHVA 3IKMA 3DRSA 4CF9A 2R7YA 3VESA 4H0YB 3RMCA 4H03B 5MLCQ 1ZBHA 4L8RB 4CGFA 4B08A 1C0FA 4JI7K 4KAZA 1XMOK 1ZBFA 3DI6A 5SZTA 3SUPA 5HP1A 1XHXA 4IOCL 4I9LA 1IKWA 3CCJN 1KC8O 3TSPA 5HRNA 4BDPA 3MCPA 3SQ2A 1T05A 1K8AO 4PQUA 3S5TA 1NGJA 4IFEA 5LJVA 4AQYK 5HOOA 4O0JA 4K41A 4JRQA 4I2PA 1S72N 3U6FA 1RT3A 2G8HA 1VSJA 3OS2A 4U7BA 2NZTA 3VERA 4DQRA 2CGKA 4DTUA 3NVMA 1X9MA 4DSEA 3OYBA 3HPOA 3MMVA 2FSKA 1WB9A 4R5PA 5LL6Z 4JYAK 4JI8K 2E8AA 3BGRA 5AZJB 4Q5VA 4BE7B 4LH5A 3EZ5A 2JGUA 1QE1A 3QBXA 2PY5A 4BDZA 1FW6A 3SMPA 3O3HA 4JI2K 4J2BA 4JN4A 1WBBA 3L2QA 5BR9A 3VQEA 2D0AA 3O4NA 3ZT4A 1QQOA 5JVHL 5HLFA 4EZ6A 4PKIA 4IOAL 3DXMB 3JXUA 4KTQA 1FJGK 3VEYA 3O4WA 4RW7A 4JKEA 2P9IA 5M1FA 4I6MB 1SKRA 3ZSQA 1BI4B 3UKRA 4PA1A 3KLHA 4N56A 4FJXA 4LFBK 2XHBA 4DTJA 5JLFA 5F2RA 3DRPA 5DK5A 1XMQK 3TSUA 1LWEA 4FM1A 5E41A 4H0XB 1L3UA 2B4JA 2Q0UA 3A5MC 4CEBA 3V9SA 1GLCG 4CGGA 2VG5A 1BGXT 3AO4A 3RMAA 1VQMN 2PZSA 4ID1A 4N47A 2OTLN 1VQ9N 2G8KA 4A2BA 1YTUA 4O5FA 1J54A 3OYIA 4FM2A 4FXDA 4Y0WA 3SCXA 1E4FT 1YXQA 1N8RO 3TI0A 1CXQA 2KLAA 1RT1A 3BF3A 4FJHA 3KKSA 4B1VA 3WQTA 4NCBA 4CIFA 5KI6A 3TAMA 3CQYA 3HOSA 2QEXN 3QESA 4WFAL 3CMEN 3OYEA 4FLUA 1RNHA 5AQQA 4E1JA 4BROA 4BVPA 4JHDB 4YNQA 1HNZK 3CC4N 1GLDG 1NGEA 2HNYA 3HT3A 4YOUA 3TAQA 3O1WA 1YJNN 5BR8K 3I8BA 1TAUA 1OH8A 5GIPA 3ZSRA 2QWRA 3CQ8A 5JS1A 3KK2A 1HNIA 5GAEP 2A40A 1NG9A 3I0RA 3UKUB 2GTDA 3HOTA 3M1FA 3EKSA 1BQNA 2VWJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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