4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
molecule tags Structural protein/protein binding
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
4BRCA 2YJEA 2GUPA 2D1KA 4BRNA 1S3XA 3M3ZA 1HKGA 1P8ZA 1JCGA 3MN5A 2P9UA 3L0QA 4M7XA 5JMVA 3EO3A 1D4XA 3GL1A 4BREA 4H5NA 4BRQA 3HSCA 1XC3A 4H0PA 2A41A 4WQ5A 3JXUA 1GLDG 2YCHA 5KPZA 4FL9A 3CHWA 1NGGA 4ISFA 3WXKA 4CD1A 4CBXA 4CJ7A 3DWLA 2CGKA 5AQXA 1JCEA 1DEJA 3O8MA 3D2FA 3LDNA 4I6MB 3VETA 4BR7A 4BR2A 3SMSA 4NO7A 3CQXA 5BRHA 1GLJO 2BTFA 4DB3A 5EX5A 1YUWA 5CE3A 2P9NA 2IVPA 2P9KB 4H0TB 1Q18A 2FF3B 4BG8A 3HZ6A 1BG3A 5LJWA 2D0OA 3CETA 3QB0A 5F0XA 2EWSA 3MCPA 4FWQA 2E2OA 3A5OC 3H46O 1JCFA 3H45C 2YI1A 4XEIA 3LM9A 3SK3A 5FPMA 3QICA 4B1XB 4FPBA 3HM8A 4K41A 5BREA 5JLHA 1E4GT 4QS8A 2FSKA 4BROA 4CZMA 3MN7A 1NGAA 4XH1A 1BO5O 4FWKA 5BPLA 5LJVA 2A40A 5BR9A 1GLFO 4CBWA 2P9SB 3BUZB 3EZWA 2IVOA 3KVGA 4O8KA 4QS9A 3S41A 1LOTB 1V4TA 3QDKA 1NGFA 2QWNA 5AZIB 1T6CA 4M7YA 5AQTA 4PKHA 3R8EA 1GLCG 1V4SA 5AFUA 3AY9A 4BGAA 3WQTA 3GE1A 5AQNA 1HPMA 1HJOA 2PBDA 4FWLA 3O5BA 1Z6RA 5FPDA 4MO5A 4GY2B 3EN9A 3VPZA 2QXLA 1IG8A 4EAHD 3O80A 1EQYA 5KQDA 3DJCA 2ZF5O 4B1YB 3P4IA 4YDUA 3BEXA 4I6MA 2P9IB 2I7NA 1ATRA 5F1XA 1R59O 4CBUA 4BRLA 3ATVA 3EKSA 4IJNA 1MWKA 3O4WA 4PKGA 2P9LB 3UKUB 4IZ9A 2VYPA 2FSNA 3CJAA 5AZJB 3AAPA 2A5XA 2PAVA 1BDGA 4RCHA 3A8YA 3A5MC 3BF1A 3U4LA 5EXWA 3CJBA 1NGJA 4BR9A 2Q97A 2Q36A 3CJ7A 2QM1A 2ZGYA 3W0LA 3O1WA 1C0GA 1XUPO 3VOVA 3R9PA 4H0VB 3LDOA 4BR5A 3DXMB 5KPTA 3CERA 5BPMA 5AQPA 4CZJA 2Q2RA 4FWPA 1NBWA 5AQHA 3SLCA 1MWMA 2P9SA 3L6QA 3WEEB 1KXPA 1Z05A 3VEWA 2ITMA 1LCUA 3H6EA 3W3DA 5AZIA 5AQIA 4FO0A 2AP1A 3HBTA 2YHXA 2E88A 3JS6A 3ATUA 2D0PA 3MK6A 1QQNA 4FWRA 5AFUH 3ZEUA 1XQSC 1OKJA 3L4IA 4B9QA 2V7YA 3BF3A 5B8HA 1RFQA 2HMPA 2IVNA 3MN6A 2FF6A 4BVOA 1NGHA 2D4WA 3CIPA 3U9DA 4H5WA 2P9IA 5AQWA 5FPEA 1DKGD 3O1BA 1HLUA 1ATNA 1BA1A 2P9LA 3MN9A 3UKUA 3QBWA 3ZETB 2W40A 4H5RA 1QQMA 4GNIA 4O5FA 4BRMA 5AZJA 5AQQA 3QBXA 1MA9B 1U2VA 4BG9A 5AQMA 3J8AA 2GEMA 3VEZA 5LY3A 4BR0A 3SMPA 3I33A 3VEOA 3O08A 3GBTA 4PL7A 1TYQB 4H03B 4BRGA 3QFPA 4BR4A 5BPNA 3DXMA 3AARA 4M63C 3UKRA 3IFRA 3VEYA 4JD2B 3I8BA 2QWPA 3WEEA 3FZLA 3LL3A 1KAZA 3IMXA 4MLHA 4ISEA 4BC3A 5BRDA 4FSVA 2V51B 1S22A 4AM7A 1WUAA 1HKBA 2UYTA 2CH6A 2FLOA 2ZGZA 5E84A 4BRIA 2E2QA 3VF2A 3H1QA 4FWMA 1GLBG 2Q0RA 4CZLA 3ZEUB 2VWBA 1ZBSA 1ESVA 2Q0UA 5AQJA 5ADXA 5BN8A 4IJAA 2P9PA 2A42A 1YXQA 3DXKB 4IXCA 3G25A 3BP8A 3WXLA 1GLLO 3RSEA 3WQUA 3ZETA 1C0FA 1T44A 3HTVA 1GLEG 4CZIA 3VF4A 4B1WB 4K43A 3H3NO 4DQ8A 3CJ9A 2DPNA 1J6ZA 2ASOA 3VERA 1ZXOA 1KAYA 1U2VB 1BU6O 3D7EO 2ASPA 3FZKA 2CGJA 4PL8A 1BOTO 1TYQA 2F9WA 2GWJA 3ULEB 1U6ZA 1YVNA 2WUSA 5BN9A 4LC9B 3TPQA 4JD2A 5AQZA 4CZKA 4XH5A 5JLFA 4ISGA 3FLCO 3A5LC 3UKRB 4IWVA 5AQRA 5AQUA 4CZFA 2A3ZA 3VGLA 2GTDA 4H5TA 3TU5A 4EHTA 2YJFA 3UB5A 4BC2A 4BRKA 3IDHA 4H5VA 2AA4A 3QFUA 5AQOA 1CZAN 1SZ2A 1QQOA 4K25A 4A2AA 3CQYA 4CZHA 3CI5A 5JICA 4J8FA 3GDQA 5AQKA 4JNEA 2E2PA 3DXKA 1H1VA 4HTLA 1RGIA 3EKUA 4BRPA 4CZEA 4PKIA 1K8KB 2KHOA 2P9PB 4H0YB 2BUPA 5AQSA 2E20A 1BA0A 1KAXA 3C0BA 3R6MA 2NRHA 1NGDA 5AQGA 4A62A 3CJ1A 1MDUB 1ATSA 3O6WA 3LDQA 3RSEB 4BRFA 5F2RA 5AQFA 4CZGA 1NGIA 1TUYA 4FOEA 4B1VA 3FZMA 1WOQA 3VF6A 3EL2A 2ZWHA 2F9TA 3C7NB 1YAGA 3U8XA 5I9EB 5KPRA 4DCHA 1QZ6A 3FZFA 3ULEA 4L3QA 2NLXA 4B1ZA 2QW9A 4XH4A 4JHDB 2V7ZA 5ELZA 1BUPA 2QWLA 4A2BA 3FGUA 3KHYA 2GELA 4WQ4C 2E1ZA 2E2NA 5EOYA 3LDPA 4BC4A 2V52B 4K42A 2I7PA 4IO8A 4DHYA 4MO4A 4JN4A 2NZTA 2VCPA 1RDWX 3GG4A 4H0OA 4C23A 2CH5A 1NGEA 4EHUA 1NM1A 2OANA 3WUHA 1HUXA 4BRHA 2W41A 3VGKA 1NLVA 4WQ5C 1DGKN 2J4RA 2Q31A 3SJHA 3ZX2A 3ENOA 4WYBA 3WT0A 4AM6A 2Q1NA 1T6DA 4CD3A 1E4FT 1GLAG 4H0XB 5AQYA 1NMDA 3D2EA 3FZHA 2ASMA 4FWOA 1G99A 3MMVA 1K8KA 1X3MA 2QWMA 4FWSA 4BVPA 1TUUA 2GWKA 3VESA 3CJCA 3A5NC 5E26A 2FXUA 4F9OA 2CGLA 1Y64A 3B8AX 3FE1A 4HWIA 3ZX0A 1HKCA 3VGMA 5EY4A 4FWNA 3H1VX 5EVZA 3C7NA 3M6GA 4NB4A 1NWKA 2HF4A 3DAWA 3HI0A 2P9UB 1IJJA 1QHAA 4CI6A 1BWFO 4BRDA 4BC5A 5FPNA 2QWQA 1NGCA 3IUCA 2E1YA 4FPAA 4KBOA 3VEXA 4BQZA 4JHDA 1ZC6A 3ID8A 1X3NA 3M1FA 4BQLA 4Z94A 4E1JA 1SAZA 3LM2A 3GOIA 3VENA 2YHYA 3ZX3A 4BGBA 2P9KA 3QMLA 4Y0WA 3D2FB 2E8AA 2FSJA 4EIAA 1HX1A 2QWRA 3ENHA 3A0IX 4A61A 5BRFA 3F9MA 3KZBA 3LDLA 4RTFD 3FR0A 5TKYA 2P9NB 4MLEA 4JAXA 3WXIA 2YHWA 1SQKA 3WXJA 4B1UB 3U9ZA 1X9JA 4QS7A 2QWOA 4EFHA 3UE5A 3AAQA 4BRAA 2H3GX 4FOIA 3OHRA 3VEVA 2HOEA 3FFKB 5AR0A 5ADXH 4RWTA 4YDUC 2A6AA 5AQVA 1NGBA 3MDQA 3D2EB 5AQLA 1QZ5A 2IIRA 2HF3A 3H3OB 4WQ4A 5KQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRCA 2YJEA 4DU4A 1O1WA 2D1KA 2FBYA 1JCGA 3MN5A 4X62K 3F73A 2P9UA 1WN7A 3AVCA 4KH6A 2C1GA 5JMVA 3CQ8A 3LALA 4CJPA 4H5NA 4H0PA 5C24A 2KKZA 4WQ5A 4CFAA 1GLDG 2YCHA 5KPZA 4E7KA 4CECA 4DR7K 3WXKA 5KGXA 1ZBHA 3J81O 5AQXA 1JCEA 1LW0A 3O8MA 4FW2A 3K0SA 3SMSA 5BRHA 3AV9A 1GLJO 4DB3A 1A5WA 2P9KB 2P9NA 3RMCA 1Q18A 2FF3B 4FLTA 3CETA 5F0XA 4O4GA 2HBKA 3OW2M 3TTDA 1N33K 4DQQA 3PIOL 4OX9K 3SNNA 4XEIA 3SK3A 3QINA 4FPBA 4KPYA 2EX3A 5BREA 2VQEK 1N36K 3MN7A 3CCMN 1XHXA 3MECA 5BPLA 3ASMA 4ILGB 3T1AA 3KK1A 2YKNA 2W42A 2QXFA 2A40A 1VQLN 1VQNN 3CMAN 2P9SB 1RDDA 3KVGA 2IVOA 4O0JA 4QS9A 1V4TA 4PKHA 4FCYA 1YITN 3HSTB 4E7JA 1KD1O 3AY9A 2OPSA 2PY5A 1C1BA 3AVAA 3T69A 5BR8K 3C95A 1KFDA 1HJOA 4FWLA 1L3SA 1Z6RA 4CJFA 2G8WA 1IG8A 1TVRA 1J54A 4YOXA 3WXMB 1EQYA 5KQDA 4BE0A 2VWKA 3HPGA 4YDUA 2P9IB 5J1EA 2E5LK 1ATRA 1LW2A 4DR4K 3ZT0A 1R59O 1HNZK 3ATVA 1KC8O 4PKGA 2FSNA 4CEDA 4Q5VA 3AAPA 2A5XA 1BDGA 4K8XA 2KW4A 4CF0A 3AVMA 4CJUA 4LF5K 4KH4A 3A5MC 3U4LA 1ZBLA 2Q97A 2HMIA 3OYGA 4FLUA 2HHHK 1IKYA 3NMUA 3OYJA 3FFIA 3HVTA 3TAPA 1XUPO 1HNWK 3R9PA 1N5YA 3LDOA 4Z4FA 3DXMB 4Z4IA 1S72N 5BPMA 5AQPA 4FWPA 1NBWA 3RRHA 2P9SA 3L6QA 1IH7A 3W3DA 3RVCA 4J2EA 3VTHA 2AP1A 3HBTA 1RCHA 4M3ZA 3I0RA 2HNDA 3VQCA 1QVFM 5GAHP 3ZEUA 1NJXA 3HM9A 2F8SA 3DLLL 2E6MA 3BF3A 1U04A 4C8LA 1RFQA 2JGUA 2LSNA 1BQNA 4DV2K 3BGRA 1HYZA 2P9IA 5FPEA 3L2WA 1JLGA 4I2PA 2O8BB 3D6RA 3MN9A 2YNGA 4H5RA 1QQMA 4DTSA 1NK9A 4BE7B 3QETA 5AQMA 4OKKA 1X9SA 2HVIA 2YX6A 4ELUA 4FK0A 4F2SA 1HQEA 2GBZA 4BRGA 2KLAA 1SV5A 3K9JA 4BR4A 5BPNA 3AGKA 3DXMA 3R1XA 4YORA 3UKRA 3K2PA 3Q7BA 4DTMA 3LL3A 4FSVA 4PA1A 1REVA 3DOKA 3S3OA 1RDBA 5KRTA 1K73O 1WUAA 2CH6A 2KFZA 2ZJPL 1FJGK 2ZGZA 1NJIO 5HRSA 5E84A 4E3SA 2NNWA 1KFSA 2O8FB 5SZTA 5CY4A 2Y1JA 3CG7A 2P51A 4CJ3A 4DR2K 5I3UA 5HROA 2VWBA 3VQ6A 2DY4A 5AQJA 5BN8A 1BCMA 4RW8A 2A42A 2KZZA 1YXQA 3K5MA 1W7AA 4CGDA 4B9TA 2O8BA 3RSEA 3A2FA 3HTVA 5C15A 4OVLA 1GLEG 4JS5A 4JS4A 4JV5K 4ID1A 3VF4A 3VMFB 3DM2A 1BHLA 1P90A 3CJ9A 4DTNA 4JKHA 2ASOA 3SJJA 1ZXOA 4GV3A 3G71N 3Q7CA 1ASWA 1VSEA 1VSFA 2G8IA 1SL0A 4NLBA 2GWJA 5BN9A 1X9WA 1QVGM 4JKEA 1GOCA 4BACA 3OYBA 1NOZA 3CCRN 4LY7A 4R5PA 4YOWA 4BDYA 4OPAA 3A5LC 4CJEA 4IWVA 4CZFA 5AQUA 3MX2A 1RTHA 2A3ZA 3HO1A 1Z25A 3LAMA 1FK9A 3BZKA 4GMJB 3MWPA 4DFKA 4BC2A 3M8PA 3TANA 2FBVA 3E9LA 4H5VA 5AQOA 4OO1J 1SZ2A 4CZHA 4J8FA 5AQKA 4NLCA 3OBYA 3NH1A 1RGIA 3NVMA 4GKKK 5CYMA 4BRPA 4CZEA 1K8KB 2KHOA 2C1IA 2E20A 3D45A 3B6OA 4O5BA 4CEZA 1C0MA 2NRHA 5AQGA 3CFRA 3LDQA 4BRFA 3R3LA 4DV1K 1NU0A 4DSJA 4FOEA 3IRXA 3FZMA 4E7IA 5GINA 1YAGA 2HHUA 3AVLA 3QEVA 3AVKA 3QEWA 4DTPA 3L2UA 3QEPA 3S9HA 1NKEA 3MAQA 3L3VA 1IO2A 5HL7L 2WFBA 2O8EB 3KHYA 1C6VA 4R79A 4WQ4C 5JENA 4WFNL 5EOYA 3LDPA 3L2VA 4AHCA 4DR1K 4NCGA 3KK2A 3U3YA 2ATQA 3O3GA 3NGYA 3TTCA 4DTUA 4PUOA 4FK2A 1HUXA 4BRHA 4NXNK 1NLVA 1IBMK 4CK1A 2J4RA 1YTUA 4JKGA 4IOAL 4OKJA 4WYBA 4AM6A 2Q1NA 4RG8A 1GLAG 1OH6A 4CJ4A 5D3GA 1QHTA 3FZHA 2VWJA 1K8KA 1ITGA 4CIGA 4KHNA 5E26A 4CJRA 1S1WA 4LD0A 3FE1A 2PYJA 4HWIA 3ZX0A 4J2DA 3T1YK 3HP6A 4KAZA 4B3TK 2HF4A 2QI2A 4CEFA 2YNHA 1QHAA 4RW4A 3DLKA 2IOCA 2P5OA 1RTJA 1X1PA 2E6LA 3SAGA 1ZC6A 3ID8A 4JI2K 3MEGA 4IFVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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