3NH1A

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (tagg) with two mg in the active site
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
NAQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 59
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh1A00
2G8IA 1HQEA 2PZSA 3L2VA 1RCHA 3NH0A 4B9LA 4BDYA 4FJ9A 3U3YA 4CFDA 1T8EA 5FRNA 2P5OA 2YNHA 4CEBA 3RMBA 1YTAA 4FVMA 3VQPA 3RR7A 1VSFA 1KRPA 4I7FA 4N5SA 3QEXA 1SKWA 3AV9A 4CHQA 4DTPA 4KHYA 4HUFA 5HRRA 4GW6A 1UA0A 2R7YA 3V1QA 1BIUA 4B08A 3ZSYA 2BANA 2D5RA 5CYQA 4JRQA 4KHUA 5CYMA 5J2PA 5DMRA 4FLTA 1TK0A 4CEAA 3AA3A 4DTUA 3ZT0A 2IAJA 2B4JA 3AVAA 1SL1A 2BDPA 4F2RA 2IDOA 1D5AA 2F96A 4CEFA 2Y1JA 1REVA 2E6LA 2GBZA 3CYMA 5HRNA 4B9VA 1Z25A 1S1XA 3ASMA 4ELVA 1CZBA 2G8FA 4NCAA 2ETJA 4W5NA 1T03A 4O44A 1W0HA 1WSEA 1HMVA 4NCGA 2D0BA 3AVNA 5KI6A 4FJ8A 1F21A 4CFCA 4Z0UA 4OGEA 3WNEA 4CIFA 4M3WA 3ZT2A 5KRTA 4HUGA 2VWJA 3LAKA 3LP0A 3V4IA 5KGXA 3DMJA 3ZCMA 2OZSA 4B9UA 3V9WA 3AVHA 3C95A 4I2QA 4RW9A 4W5QA 3SJJA 3NF6A 4FZZA 4E89A 5KTQA 2KZMA 4FW2A 1NKEA 1RBRA 3TAEA 2W42A 3SUPA 4PY5A 1N5YA 2HHSA 2YKMA 3DI6A 2VG7A 4CGJA 2VWKA 3I0RA 4OJRA 3LAMA 4DS4A 4RW7A 3U6FA 4NYFA 2D0AA 3SYZA 4FJ5A 3KKSA 1S1WA 3TAPA 2QKBA 3A2FA 3OS2A 1QSLA 3TR8A 4C8MA 5D3GA 3M8SA 1SUQA 4CK2A 4LH4A 2YV0X 3NH2A 4E7LA 4DTRA 4F4KA 2P1JA 4H8KA 4B8CA 3QEVA 3QEPA 4N41A 3LZIA 3SQ4A 1DTTA 1VSLA 3L3VA 4CJEA 4RW4A 4W5OA 3ZSQA 4OKJA 4FJHA 1ASUA 1KVCA 5SWMA 4DSKA 3VQEA 3ZT3A 1Y97A 3V1OA 4CEQA 3SZ2A 1UA1A 3KKRA 3VQ5A 4Y1DA 3K58A 3OYEA 2E4LA 4C8NA 1T7PA 4FJXA 4Z4IA 1BIZA 1ZBUA 2ZQBA 1EETA 1KSPA 1BCOA 1KFDA 4M3TA 1VRUA 1N6QA 1UAXA 4DSEA 3PY8A 1DLOA 1RBTA 2Z1HA 3AO2A 3MEEA 4J2EA 1J9AA 2BGGA 1LWFA 3OS1A 1C6VA 3K5OA 1SKSA 3L2WA 3AA2A 2LSNA 4FW1A 4RG8A 2D0CA 1HPZA 4Y1CA 1HRHA 3LZJA 1JLBA 5T7BA 4DG1A 3TAFA 3SUQA 2PYJA 2X6SA 3B6OA 2GUIA 4DU4A 4IG3A 4KKOA 4CGGA 3UIQA 1NOZA 4CJPA 1U45A 4M3ZA 3SUOA 4K8ZA 4CJUA 4FLWA 1CZ9A 2RN2A 2Z1IA 1NKBA 1GOBA 3KLIA 3VQCA 2XY8A 2VG6A 4HHTA 4KFBA 1C0TA 4CJ5A 1I3AA 3QLHA 1JL2A 3WNFA 1LW0A 1RTDA 1QSYA 1S1VA 4CHNA 2F8TA 1LWEA 4DLEA 3SV3A 3NF7A 4KTWA 4FZYA 1LWCA 1HNIA 4W5TA 4CGHA 4BACA 3THVA 2XHBA 2G8VA 1WLJA 3AA4A 3AVLA 3LPUA 2XY7A 2YHBA 3O3GA 4CF8A 3L2UA 2FC0A 4BE0A 2RF2A 4H4MA 1WSHA 1TK8A 5HLFA 3MXIA 3NGZA 1BQNA 4KI6A 2OPRA 3KLEA 3K2PA 2X6NA 3RMAA 4FK4A 1YTUA 3HPHA 3NAEA 1JLAA 4QCLA 1D9FA 4F3TA 2I5JA 2ZD1A 1WN7A 4LD0A 2X74A 1HJRA 5JS2A 4DTXA 1IKVA 1L3VA 4KB1A 3M8QA 2KW4A 2FBXA 4N47A 4FM2A 2PYLA 3NBPA 2BE2A 5CZ1A 2Z1JA 1B9FA 1C1CA 2Z1GA 4B9NA 3V6DA 3QETA 4E7IA 4DSJA 4FJLA 5I3UA 1QTMA 1NJWA 1NK6A 3P1GA 4CGDA 3HPOA 3RRGA 3EY1A 3U3GA 3VQBA 2HNZA 2OPSA 4AHVA 2G8WA 4AHRA 4G1QA 3OYAA 3VQ8A 1SKRA 3OYFA 3MECA 1O1WA 3MEGA 3PV8A 1Q8IA 1RT4A 4CJKA 3KTQA 3ZSXA 4EZ9A 1RBSA 1X9SA 3AVCA 2EHGA 2G8HA 1JKHA 1QQCA 1IKYA 1HNVA 4LSLA 2HHXA 1TKZA 3NF8A 5E41A 4BE1A 1X9MA 3DYAA 1GOCA 3O3FA 4DFJA 2VG5A 3I0SA 3KLFA 3QNOA 5FRMA 4KREA 3NH1A 3QEIA 4DTSA 3TABA 4F2SA 3D0PA 1J54A 3DLKA 3VQDA 1UOCA 4LSNA 4IG0A 1D8YA 3WNGA 5JS1A 3F9KA 3DLRA 3QIOA 3B6PA 3P83D 4M3RA 2KZZA 3K5LA 2QKKA 3DLHA 4DTMA 1GOAA 5SZTA 1U4BA 1KCFA 5FDLA 1ZBFA 4KTZA 4CHYA 3OYKA 3AA5X 1NJYA 4ID5A 3KLHA 4KHQA 1U04A 4Z4EA 3KD1E 4YNQA 4N56A 1JXEA 3ZT1A 4K8XA 4OKKA 4Z4CA 1C0MA 4HUEA 1RTJA 4CJTA 4JLHA 4CF1A 3JSMA 1JLEA 3ZT4A 4HCBA 1QSSA 4KRFA 1C1BA 2IS3A 3AVMA 1WAFA 1IG9A 4FJKA 2HHQA 3VA0A 3DLGA 4DFPA 1XHZA 1L3SA 4OPKA 4DFKA 3VQAA 5EU7A 1IH7A 1EXQA 1FKPA 1ZBIA 4FCYA 4CJSA 4E3SA 4H4OA 4HCCA 3OYNA 3AVKA 4UQGA 3TAQA 2HHVA 3SPZA 3HP9A 3QESA 4CFBA 5FROA 4LH5A 3ZSVA 4ZHRA 3H08A 4KHWA 3KD5E 4CJ3A 4FJ7A 4CGFA 3VQQA 3BDPA 3DRSA 4IFYA 4OKEA 4B3OA 2HW3A 4CEOA 3QIPA 4C8OA 4FK2A 2XY5A 1RT1A 4ELUA 4CJWA 4FYDA 3HT3A 3M8PA 4EP4A 3BGRA 4GVMA 4DQQA 3LDSA 1RNHA 1RT3A 1VSIA 1WAJA 2YKNA 4CJ4A 3CQ8A 1SL0A 4DSIA 1BHLA 3TWHA 1NK9A 4QOZB 3PX0A 1LV5A 1ZBLA 4FJIA 4Q0BA 3AVGA 4CEZA 3RTVA 2HHWA 4AHCA 4FJGA 3AVFA 1RDCA 3QINA 4CIGA 1FKOA 3P5JA 3L8BA 4CEDA 1NK8A 2F8SA 3C94A 4BDZA 3AO1A 3O4QA 4DFMA 4PQUA 1RBVA 4MQ3A 3VN5A 1K6YA 4O0JA 3OJSA 5J2MA 1RDAA 1XC9A 1TL1A 3EZ5A 1WNSA 3ISNC 3NFAA 4OVLA 1WSJA 3SUNA 4FLZA 4CJFA 5J2NA 5KGWA 4BWJA 4O5BA 3S3OA 3ZSWA 1VSHA 2O4IA 3G0ZA 4DTJA 4CF0A 3RMCA 3TANA 3SPYA 1ZBHA 3L3UA 1KVBA 3L2QA 3KK3A 3NGYA 5HRSA 4KHSA 4CEEA 1VSEA 1WSGA 4CK1A 2FBYA 4DQRA 3RMDA 1C0UA 4AHSA 1JXBA 4PUOA 3KLGA 2KFNA 4E1NA 1G15A 4AHTA 3M8RA 4N76A 2RPIA 3O3HA 1FXXA 4BWMA 3VA3A 4FJMA 4AH9A 3TI0A 1HYZA 2Y1IA 1R0AA 4CESA 1VSKA 5J1EA 2QK9A 3CM6A 3LP1A 3MAQA 4FXDA 1RBUA 4CJVA 4FM0A 4I9LA 4ZTFA 4KV8A 4L8RB 5C24A 2HNYA 2IC3A 4KAZA 3QNNA 2OA8A 3IS9A 4CIEA 5HP1A 1RT2A 1EKEA 4CFAA 2HHUA 1EP4A 2HB5A 4E7JA 4M45A 4CERA 1B9DA 2QXFA 4CHOA 4B9MA 3K59A 4DQIA 1C1AA 4JRPA 1BI4B 4JS5A 4ID1A 1CXUA 3HO1A 3OYHA 1SV5A 2DFEA 3RRHA 4EZ6A 3HL8A 3OS0A 5CZ2A 3S3NA 4AILC 4FLYA 1I39A 4FZXC 1A5XA 4CJLA 2FBVA 3CM5A 4E0DA 4E7HA 2OPQA 1TL3A 3OYDA 4KB0A 3DRPA 2OYQA 4KI4A 4DMNA 1NK7A 3HK2A 1CXQA 3LPTA 3JYTA 2OZMA 4CHZA 4KO0A 1VRTA 4B8AB 4CGIA 1NK4A 1NKCA 2DTUA 3ITHA 2HMIA 2ATQA 3K5NA 3HVTA 1W9HA 4ZTJA 1TVRA 1BISA 3HJFA 5HBMA 2KFZA 1HYVA 3AO5A 2PY5A 3ULDA 3V1RA 2FBTA 3SCXA 3AVBA 1ASWA 3E01A 3LP3A 5C25A 2DFHA 4OLAA 3QO9A 3NE6A 4OGCA 5HRPA 4F3OA 1TKXA 4DU3A 4WE1A 3CFPA 4JS4A 4FLUA 1TKTA 3LWLA 4DWIA 4C8LA 4RW6A 3OY9A 2G8KA 2RKIA 2IGIA 4FM1A 4DF8A 3OYBA 3IG1A 4O4GA 1IKXA 4DQSA 4J2AA 1JLQA 3CG7A 2WONA 2WOMA 3ZSOA 3OYMA 1KLMA 2XY6A 2B6AA 3V9UA 2YHAA 5K14A 2A1RA 3EYZA 5I42A 1RILA 4NYNA 1L3TA 3HXMA 2KQ2A 1TK5A 3VQ6A 3PO5A 5DK5A 2B5JA 3AVIA 4I2PA 4EP5A 1BGXT 3IAYA 2JGUA 4M41A 4E7KA 4HTUA 2XRIA 3F73A 3C6TA 2YNIA 2DY4A 2NUBA 3LP2A 3PX6A 3HVRA 2HVHA 1L3UA 1BCMA 3MXMA 4Z4FA 3CFRA 3OYGA 1BI4A 2P5GA 3TAMA 3HYFA 4MFBA 1L5UA 4M3YA 1QE1A 1VK0A 2HVIA 1IO2A 5J2QA 4FLXA 1XI1A 1S6PA 4E19A 2X78A 2XO7A 3HSTB 5CY4A 4I9QA 3KK1A 3K57A 3SNNA 3KK2A 3V9SA 4OPJA 5KRSA 4DS5A 1S1UA 1NJZA 4IKFA 4FJNA 4OLBA 1RT7A 4B9SA 3DRRA 4CE9A 4W5RA 4ICLA 3T19A 3HP6A 1KTQA 3DM2A 4PA1A 2EX3A 3PO4A 4DTNA 4QAGA 2Q3SA 3S9HA 4TSXA 4DSFA 4DSLA 1RT6A 1WSIA 4J2DA 4CHPA 1TGOA 3G10A 4CF2A 3T1AA 3SQ2A 3SQ1A 3TARA 1NOYA 3DLBA 3OYJA 4Z4GA 1QS4A 2HHTA 1TAQA 4PWDA 1HYSA 4IFVA 1TAUA 1ZYQA 4NCBA 4LY7A 1X1PA 3NF9A 1X9WA 1HQUA 2YNGA 1DTQA 1VSDA 3I8DA 4E1MA 4CJRA 1KVAA 1S1TA 2GV9A 1KLNA 3WNHA 1ASVA 3TAGA 1YT3A 1KFSA 4KHNA 1JL1A 1JLGA 2A1SA 4DTOA 4CF9A 3VQ9A 4ELTA 3SQ0A 3NGIA 1BL3A 3D45A 1EX4A 4YFUA 2AJQA 1BQMA 3ZSRA 1Q9XA 1JLCA 3K5MA 4DQPA 2JLEA 4GMJB 3QEWA 1S5JA 4HVJA 1TV6A 4AHUA 4XIUA 3C6UA 4IBNA 3S3MA 1WSFA 1RTHA 3VQ7A 2KTQA 3VQ4A 4DU1A 3AVJA 3FFIA 4RW8A 3OVNA 4CK3A 3NCIA 1SL2A 4M3XA 1J53A 3SV4A 3QERA 3HM9A 3MEDA 4BDPA 3OJUA 4CJQA 1S9EA 1B92A 3KIOA 4CECA 1D9DA 3CFOA 2DFFA 1VSMA 5HROA 3MXJA 4C8KA 4BE2A 1A5VA 4B9TA 1QHTA 3DOKA 1A5WA 1TKDA 4M42A 1U49A 2HNDA 3OYCA 3ZSZA 1RTIA 1NK0A 3RR8A 3L2RA 3PUFA 4Q5VA 2E6MA 3LWMA 4Z4HA 3PX4A 1FK9A 4O55A 5C42A 1T05A 2IOCA 3KJVA 3NDKA 3IRXA 1Z26A 4DLGA 3V9ZA 1RT5A 1UWBA 4M3UA 3T3FA 1J5OA 4O0IA 2O4GA 4FLVA 3OYLA 1Q9YA 1U48A 4FJJA 3DOLA 4J2BA 1ITGA 2OPPA 1RDDA 1MU2A 4DF4A 1U47A 3LALA 4R5PA 4IDKA 3OYIA 2G8UA 3LANA 3AO4A 1CLQA 1LW2A 1LAVA 3HPGA 1VSJA 3AO3A 3V81A 1YVUA 3RWUA 4F8RA 3V9XA 1XHXA 3NHGA 4KPYA 1RDBA 3ALYA 4CCHA 1JLFA 2P51A 1IKWA 2ITGA 1S9GA 2ZE2A 1LAWA 4FK0A 1NK5A 1XWLA 1NJXA 3SI6A 1S6QA 3O4NA 4KTQA 2YNFA 3DLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BU6O 3ENHA 2QW9A 1HQEA 3O8MA 3MCPA 1NBWA 3QDKA 4BRFA 2P5OA 3RMBA 4CEBA 1YTAA 4FVMA 1Z6RA 3VQPA 1VSFA 3RR7A 4I7FA 4N5SA 3QEXA 4KHYA 5HRRA 3MDQA 4JKEA 3V1QA 4ISGA 2BANA 2D5RA 5CYQA 4JRQA 4KHUA 3PIOL 2O8EB 1TK0A 2HF4A 3AA3A 3ZT0A 1SL1A 3AVAA 4F2RA 5LJWA 2Y1JA 2GBZA 5HRNA 1S1XA 1GLFO 2YHXA 4GY2B 1E3MA 1JCGA 3AVNA 1JCEA 4YOTA 5KQDA 5KRTA 2QI2A 3HOSA 5KGXA 3PSFA 5AQJA 3CD6N 5KTQA 3O08A 5AZIB 1HPMA 2HHSA 3DI6A 1QHAA 4CGJA 3FE1A 1SAZA 2VWKA 4JI4K 4JI8K 2D0AA 3SYZA 3FZFA 3THXA 1QSLA 3M8SA 1J6ZA 2GELA 4BRKA 4OPHA 3L3VA 4OKJA 1E4FT 4FJXA 3VQ5A 4Y1DA 3VETA 4Z4IA 1T7PA 4C8NA 4X66K 4JNEA 1KFDA 2P9SA 1YVNA 4PL8A 4F9OA 1VRUA 1UAXA 1VQMN 4DSEA 3PY8A 3J81O 4YOVA 2Z1HA 3AO2A 3VGLA 3BEXA 1N32K 3C7NB 4Y1CA 4NXMK 1HRHA 5T7BA 2PYJA 4BVOA 4NLBA 2GUIA 3VEZA 4DU4A 4CJPA 1NGJA 3SUOA 3ZEUB 4CJUA 1CZ9A 5FPEA 1NKBA 3VQCA 1W2BM 2P9KA 2VG6A 4KFBA 4BRDA 1LW0A 1S1VA 1LWEA 1M1KO 4KTWA 4FZYA 4H0OA 4U67L 5AQKA 1WLJA 1ZBSA 1VQLN 4CF8A 3UKRB 4B1ZA 5HLFA 3GOIA 3LDQA 5A2QO 3UKUA 4H5TA 1YTUA 4QCLA 3G6EN 3MX5A 4F3TA 3MWPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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