3NH1A

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (tagg) with two mg in the active site
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
NAQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 59
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh1A00
1BCOA 1S1WA 5J2QA 4N47A 1RILA 1JXBA 4W5OA 1RT4A 4CJFA 4DTMA 3QEVA 3VA0A 3NF6A 3S9HA 1HPZA 2GUIA 2D0CA 4AHSA 1UA0A 4FM2A 1NKCA 1VRUA 4Y1CA 3KK2A 1N5YA 1T8EA 1IKXA 4M41A 1KLMA 3CG7A 4F4KA 4FJGA 1KCFA 5J2NA 4CK1A 3RWUA 3L8BA 3H08A 2KW4A 2VG7A 4GMJB 4BDPA 1ASWA 1RDAA 1NK0A 4ELTA 4K8ZA 3ALYA 3T19A 5C25A 3NGZA 2WOMA 1RT2A 1HNIA 3OYJA 1ZYQA 1I39A 2D5RA 3AVCA 1ASVA 3DLKA 3HPHA 2W42A 3NF7A 4DWIA 4DSJA 1HQUA 3VQQA 1JLAA 4W5RA 2G8VA 3ZSRA 1F21A 3V1OA 3TWHA 3O4NA 2HNZA 5KRTA 1TGOA 3OS0A 1LWEA 3K57A 3WNFA 1ITGA 4Z4CA 4DLEA 3T3FA 4FJMA 4M3XA 2ATQA 3K5NA 2PY5A 1WSGA 4OKJA 3AA2A 4KI4A 1QSSA 2VWKA 1GOAA 3TAGA 4FLWA 2XY6A 3SV4A 3RR7A 2X78A 4CHQA 3TAEA 1IKYA 3ZSYA 3L2RA 1RT5A 4ID1A 3AVBA 2OPSA 4ICLA 5HRSA 2VG6A 1HNVA 4C8MA 3AA4A 1DTQA 2PZSA 3OJUA 4CE9A 4DG1A 2PYJA 4AHUA 5C42A 4Z4GA 4O5BA 3K2PA 5KRSA 2G8FA 2QK9A 4FCYA 1U4BA 4LH5A 1A5WA 2HMIA 3AA5X 3VQDA 1WSIA 2DFEA 3DLRA 4FJNA 3TANA 4CESA 5CZ2A 4M3RA 3KLIA 3QLHA 4KKOA 1VSFA 1IKVA 1IH7A 1LW2A 4CJ5A 2X74A 4RW9A 3WNHA 3SNNA 1W0HA 1SL2A 2HHXA 3OYBA 3L2UA 1JLBA 3QEWA 2G8KA 1KTQA 1NK9A 4C8LA 1RBVA 4FXDA 4CF1A 4PWDA 1ZBFA 3SQ0A 2DY4A 1XHZA 3HXMA 4J2BA 3AVKA 3P5JA 4FJHA 5D3GA 4CEQA 3WNEA 4DQSA 3O4QA 2XY7A 1Q9YA 4J2AA 4CEEA 3T1AA 2PYLA 2ITGA 4FJ7A 4DFPA 2P1JA 1LW0A 3ULDA 2P5GA 3NCIA 4B8CA 3C6TA 3TAMA 4Z0UA 4E7JA 2KTQA 3QEPA 3L2VA 2OPRA 3DOLA 3QERA 3L3UA 3ZCMA 3ASMA 2QXFA 1UWBA 4E1MA 4DLGA 4CF9A 3K5LA 4Z4EA 3F9KA 5HLFA 4CFBA 3OYHA 3KK1A 1B92A 5CY4A 1TKZA 3M8RA 1BIZA 4BDZA 1NK8A 3AO4A 1JLGA 4FJLA 2KFNA 3ZSWA 2Y1JA 3OYCA 3ZSXA 2I5JA 3LANA 5DMRA 1GOCA 1O1WA 2QKKA 3WNGA 3V6DA 4M3WA 3NF9A 1EETA 1XHXA 4FJ5A 3DOKA 1J54A 1NK7A 1RT3A 1VSLA 2G8HA 1IKWA 1HMVA 2JLEA 4RG8A 3CFOA 5CYMA 4FZYA 3U3GA 1U47A 4KTWA 3ZT2A 1TAUA 3NDKA 1EKEA 3EZ5A 2G8UA 4KHNA 3SV3A 1SL1A 3VQ7A 4CCHA 1SUQA 4XIUA 4O0JA 3KJVA 1X9SA 1GOBA 1JLFA 4Z4HA 4NCBA 1RTDA 3RRGA 1NJWA 1TL1A 3THVA 3ZT3A 3FFIA 4FW1A 4DU4A 3VQEA 4CF8A 5C24A 4C8NA 4CHOA 2HHQA 3NH2A 3OYDA 2VG5A 3LALA 1UA1A 4CGDA 3OYLA 3VQ4A 2KZZA 2YHAA 3MEEA 3LP3A 2BE2A 3TR8A 4CIGA 3OS1A 1J5OA 3L3VA 3QO9A 3VQ5A 4FM0A 2O4IA 4Y1DA 3QNNA 3TAFA 4CFCA 3P83D 3VQ6A 4CHYA 2IS3A 1D9FA 3PX4A 2XY8A 1CXUA 1BGXT 5T7BA 1RBSA 4B9VA 2B4JA 3SPZA 2G8WA 5HP1A 5FRNA 4OPKA 4O4GA 2DFFA 4PY5A 4AHTA 1C1CA 1XI1A 3ITHA 4FYDA 4IG3A 2G8IA 4OGCA 2IC3A 3OY9A 3DRPA 4CJSA 1L5UA 3AVMA 2Z1GA 3M8PA 1D9DA 3LAMA 1NOYA 2HVIA 1RT6A 4ZHRA 2O4GA 2XO7A 4HTUA 1VSHA 4CJLA 5KTQA 4CECA 3KKRA 1TVRA 3VQ9A 3AVLA 4I7FA 3VQAA 4CGIA 3AVNA 1KFSA 4HCCA 1RT7A 1JLCA 4RW7A 2E6MA 4J2EA 1BI4A 3NH1A 4OLBA 2B5JA 4KFBA 1NKEA 2HHSA 2YNIA 4W5QA 3K58A 5HRPA 1DTTA 3JYTA 3CYMA 4AILC 1ZBUA 1S1VA 4B8AB 3OYAA 1IG9A 4M3YA 3AV9A 4CFAA 3HSTB 1NJYA 1VSIA 3DLHA 5DK5A 4FZZA 4W5NA 3MEDA 2OYQA 4H4OA 4FJ8A 3SJJA 4CK3A 3F73A 1QSLA 2OA8A 3VQBA 3C94A 4B9SA 4IBNA 2XRIA 3LPTA 1KLNA 1C0UA 4LSLA 1Z25A 4NCGA 4CHZA 4CJ3A 4NCAA 2BANA 4W5TA 1B9FA 1RCHA 4HCBA 4B3OA 4E7KA 3PO4A 4KB0A 4PUOA 3QIPA 2YKNA 3RMDA 1X9WA 2E4LA 4CEBA 2OZMA 4CEDA 4Q0BA 1U04A 1I3AA 1NOZA 3KKSA 1C6VA 4BACA 2Y1IA 1FXXA 3RMCA 4M3ZA 1RT1A 4FJKA 3CM5A 4J2DA 1NK6A 1CZ9A 4Q5VA 3IS9A 4JS4A 4N41A 3I0RA 1C0MA 4DQRA 1U48A 1WSFA 1RTJA 2ZE2A 1A5XA 3U3YA 2DTUA 2A1RA 2JGUA 1YT3A 3V9SA 1U49A 3VQPA 1CLQA 2Q3SA 2YHBA 1BQMA 4DFJA 2OZSA 4KHWA 3SCXA 3AVGA 5SZTA 1C0TA 1VSMA 4CF2A 4IG0A 4QOZB 2F96A 2KFZA 3ISNC 1RBRA 4KREA 1IO2A 2FBXA 1ZBHA 1K6YA 4N56A 4CEAA 4FVMA 3MXIA 3LP1A 3M8QA 4MFBA 3V9ZA 3DRSA 3QINA 1ASUA 1WNSA 3MAQA 4KTZA 3AVIA 1RDCA 5J1EA 3CFPA 3RMBA 4ZTFA 1S1UA 4OPJA 4DS5A 4EP5A 4DSFA 1LWFA 2EX3A 4CJEA 3C6UA 4IFYA 1L3UA 3DLBA 4DTUA 2YV0X 1HQEA 3AVJA 1UOCA 3K59A 3AO2A 1UAXA 5KGWA 3OYNA 3A2FA 3U6FA 1BIUA 3HM9A 3PX6A 4FK2A 1BI4B 2HHUA 4JRQA 4KI6A 1L3SA 4FZXC 4FLXA 1WSEA 1YTUA 4DF8A 4ELVA 1S9GA 4CIFA 4FW2A 3HP6A 2NUBA 4CJWA 4DTNA 1T03A 4FLYA 4FJJA 2FBYA 4NYNA 1NK4A 1YTAA 1EP4A 4Z4FA 1G15A 1HYZA 3HK2A 4DQPA 5K14A 1D5AA 3KIOA 3V9UA 1J53A 3PX0A 3AA3A 4RW4A 3RTVA 3ZT0A 3HT3A 4KV8A 5HROA 3HP9A 4DFMA 3SZ2A 1QHTA 3O3FA 1SKWA 3DYAA 4OGEA 2XY5A 1HRHA 1DLOA 2Z1HA 4G1QA 3JSMA 1W9HA 4NYFA 3D45A 4CEFA 4I9LA 4HVJA 1EXQA 4FLZA 4PA1A 5HRNA 1WSJA 4CJPA 3OYEA 1SV5A 4DQQA 3KTQA 3LP2A 2RPIA 3DRRA 4CGJA 4M45A 3HVRA 4ID5A 2FC0A 3L2QA 4L8RB 3NHGA 3QEXA 2BDPA 2P51A 5SWMA 3S3NA 4N5SA 2AJQA 1WSHA 3ZT1A 3I8DA 5I3UA 1U45A 4HHTA 4B9LA 3I0SA 4BWJA 4DU3A 1KVBA 4OLAA 1X1PA 2D0BA 4HUEA 3V9XA 1NKBA 1TKDA 4EZ9A 1VSDA 4F2SA 3CM6A 3OJSA 3IRXA 3B6OA 2ETJA 3DMJA 4KTQA 1BCMA 3ZSOA 4CJKA 4KHQA 2HHVA 1VRTA 1WAJA 4CIEA 2IOCA 5FDLA 1QTMA 4K8XA 2YNGA 4CHPA 3NAEA 3KD1E 2RN2A 2FBTA 2WONA 1RTHA 1SKSA 3AO1A 1LAVA 4F2RA 4KHYA 4B08A 3K5OA 2HB5A 3QESA 4WE1A 4DTSA 3SUNA 3MXJA 3AVFA 4M42A 2KQ2A 3MECA 4BWMA 5JS2A 3VN5A 4DTOA 3LDSA 3TARA 1TK0A 4CK2A 5FRMA 1NJZA 2YNFA 3DI6A 5I42A 4KHSA 3P1GA 3OYMA 4FJXA 1REVA 4CERA 4QCLA 2IAJA 4E1NA 3IG1A 4O44A 1QQCA 4O55A 2HHTA 4AH9A 1EX4A 1NK5A 5HBMA 1RNHA 4MQ3A 5FROA 3BGRA 4OJRA 5E41A 4I2PA 1NJXA 4EZ6A 3KLHA 1Z26A 3HL8A 1MU2A 4TSXA 1S9EA 1S1XA 3OYGA 3K5MA 3D0PA 5KGXA 3TAQA 1KRPA 3EY1A 1T7PA 4FK0A 4Z4IA 4KPYA 4KHUA 2HNYA 2Z1IA 1ZBLA 2X6SA 3G10A 1KVCA 4H4MA 3HVTA 4LY7A 4B9MA 1Y97A 3LWLA 4IFVA 3HPGA 2OPPA 4E3SA 4ZTJA 5J2PA 1QSYA 3KLGA 1Q8IA 1LAWA 4E7HA 2RKIA 3QETA 1QS4A 3CFRA 4DSKA 1VSJA 3DM2A 3ZSVA 1RDBA 4FM1A 4AHVA 1JKHA 1C1AA 2XHBA 4CEOA 4CJVA 4DFKA 3NH0A 2IGIA 3LZJA 1VSKA 2ZD1A 3AO3A 1T05A 4RW6A 4KB1A 1S5JA 2Z1JA 3LAKA 4GW6A 4BDYA 1KVAA 4LD0A 3MEGA 4JLHA 3HPOA 3V1RA 1J9AA 1BQNA 3ZSZA 1HYVA 3B6PA 4AHCA 4F3OA 4DSIA 2LSNA 4CF0A 3KK3A 4FLUA 2P5OA 3M8SA 4FLTA 4BE1A 1C1BA 1L3VA 1HJRA 3SUQA 2KZMA 1S1TA 4YNQA 1TV6A 3IAYA 4KO0A 1X9MA 3SUOA 4CJQA 4M3UA 2B6AA 1RBUA 2DFHA 4DF4A 3OYKA 3RRHA 3DLGA 3VQCA 4DTRA 1JL2A 3NGYA 2VWJA 1TAQA 1WN7A 4CGHA 4DS4A 4OKKA 3TI0A 3BDPA 3RMAA 5HRRA 4CHNA 1TK5A 3PO5A 1TL3A 4E19A 1FK9A 4R5PA 1VSEA 2D0AA 2OPQA 3QIOA 2RF2A 5KI6A 4HUGA 1FKOA 3NF8A 4CGGA 4CJUA 3NBPA 3SI6A 1SL0A 3PY8A 4M3TA 4CJTA 4JRPA 1BHLA 3DLEA 1YVUA 4AHRA 1LV5A 4FJIA 3OVNA 4UQGA 1XC9A 4GVMA 1WLJA 3EYZA 4DTJA 3OYIA 4CGFA 4HUFA 3HO1A 3KD5E 1CZBA 4CJ4A 2HW3A 3SUPA 1HYSA 2IDOA 2F8TA 4OKEA 2HNDA 3MXMA 3NGIA 1S6QA 1TKXA 2E6LA 4LSNA 4DQIA 3PV8A 2GBZA 1D8YA 4DTPA 3SQ2A 2EHGA 3V81A 4JS5A 3V1QA 3SYZA 4E0DA 3HYFA 1L3TA 3S3MA 3LP0A 4BE0A 1A5VA 2A1SA 3S3OA 1LWCA 3HJFA 4H8KA 5JS1A 4LH4A 4B9TA 2GV9A 1ZBIA 4KRFA 4E89A 3KLEA 1B9DA 3QEIA 3AVAA 1JL1A 4BE2A 4CJRA 3SPYA 4F8RA 1QE1A 2YKMA 4FK4A 3SQ1A 1FKPA 4DSLA 1TKTA 4O0IA 4IDKA 4CFDA 4QAGA 3NFAA 3O3GA 1Q9XA 1KSPA 4RW8A 3G0ZA 4CEZA 1WAFA 1VK0A 3LWMA 3NE6A 1BL3A 4FLVA 3V4IA 4C8KA 4ELUA 4OVLA 1TK8A 4DU1A 3LPUA 4EP4A 3UIQA 2HVHA 1R0AA 1SKRA 4FJ9A 4B9UA 4DSEA 1S6PA 3E01A 3VQ8A 4F3TA 2ZQBA 2F8SA 1JXEA 5EU7A 4I2QA 3TAPA 3OYFA 4DMNA 3KLFA 3PUFA 3RR8A 4YFUA 4N76A 1CXQA 3QNOA 1RBTA 5CZ1A 4KAZA 1JLQA 4E7IA 3L2WA 1KFDA 2X6NA 5CYQA 2BGGA 4PQUA 3CQ8A 3ZSQA 4E7LA 1XWLA 1RTIA 3ZT4A 3O3HA 4C8OA 4I9QA 3VA3A 3SQ4A 4B9NA 3AO5A 1JLEA 3OS2A 2HHWA 3AVHA 4DTXA 4IKFA 5J2MA 3V9WA 3TABA 1N6QA 2YNHA 3LZIA 1BISA 2QKBA 1RDDA 2R7YA 2FBVA 3C95A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BCOA 3CJ9A 3O9QA 4BRFA 1RT4A 3S9HA 4I6MA 2D0CA 3THYA 4AQYK 3O9RA 2KW4A 4GMJB 4BDPA 3VEOA 1ASWA 1WOQA 3CJCA 3CCQN 4ELTA 2BH1A 3ALYA 3T19A 5C25A 3NGZA 1HNIA 1ZYQA 3AVCA 3DLKA 2W42A 3R9PA 3ID6A 1JLAA 5JVGL 1F21A 5EX5A 4DR2K 1LWEA 4FJMA 1ITGA 4IZ9A 3MN5A 2YI1A 3K5NA 2V52B 1WSGA 4KI4A 3SBTA 4WF9L 2VWKA 2D0OA 3TAGA 3VETA 3WEEB 4B3TK 3SV4A 4X64K 2X78A 4CHQA 5GADP 3TAEA 4A62A 4F9OA 3HOSA 2VG6A 3CMAN 2PYJA 1MWKA 4DG1A 3HOTA 3D2EA 3O08A 2G8FA 2HMIA 4LF8K 4L3QA 5AQJA 3AA5X 1IG8A 1WSIA 1WBDA 2GELA 1MWMA 3KLIA 3L6QA 2P9UB 3SNNA 3O1BA 2X74A 4RW9A 4CJ5A 4YOTA 4WQ4A 2G8KA 1NK9A 1XHZA 3WXLA 3HXMA 3P5JA 4FO0A 3WNEA 2XY7A 1Q9YA 4CJ7A 3T1AA 3ZEUA 3VEYA 2ASMA 4FPAA 5FPDA 4E7JA 3DXMB 4BRCA 2OPRA 3DOLA 4V19S 2QXFA 4CF9A 4BC4A 1NWKA 3OA9A 1NGHA 4CFBA 3KK1A 1NK8A 2VGNA 2GEMA 3MX5A 3BZKA 2QKKA 3WNGA 4IXCA 4BRLA 1RT3A 1SZ2A 2G8HA 4B1VA 1HMVA 5CYMA 1IV0A 2A40A 4RTFD 1TAUA 2GWKA 1HX1A 2HF4A 3EZ5A 3LL3A 4XIUA 3J8AA 1GOBA 1JLFA 5AQZA 2AA4A 3VQEA 4CF8A 4H0YB 1C0GA 4WQ4C 1S72N 3IFRA 4LF5K 1LOTB 2KZZA 2YHAA 1BU6O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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