3GBTA

Crystal structure of gluconate kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Gluconate kinase
publication title The crystal structure of gluconate kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
source organism Lactobacillus acidophilus
molecule tags Transferase
total genus 149
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2009-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gbtA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gbtA02
3FZFA 1TYQA 3FZHA 1T6CA 4ISEA 2P9LA 4RWTA 3ZETB 2Q36A 3SMSA 1NLVA 3D2EA 3H6EA 4IXCA 4BR9A 3C7NA 4B1UB 2Q0RA 2A5XA 5JICA 4B1XB 3RSEB 4B1YB 3WQUA 3ZX0A 2I7PA 3KHYA 3AARA 4KBOA 4QS7A 3ULEA 2IIRA 3M6GA 3HSCA 4CZLA 2P9LB 1D4XA 2IVNA 5AQIA 3LM2A 3MN9A 1T6DA 2CGKA 3GG4A 4NO7A 4CZEA 1IG8A 3VETA 4E1JA 5BPLA 2E88A 2ITMA 5AQUA 3H1VX 5JLHA 2ASPA 3VEOA 3LDOA 3H1QA 3VEVA 4H0PA 4BRFA 1NGBA 1RGIA 4EFHA 5AQMA 3ULEB 4BRMA 1J6ZA 2ASOA 3VGKA 5AQFA 3M3ZA 1RFQA 4JHDA 1X9JA 1U2VB 2E1YA 4H0YB 3UE5A 3VGLA 4AM6A 3WEEA 1NGAA 2F9WA 3EN9A 4CZJA 3ZX2A 3HZ6A 4XH5A 5LJWA 3VGMA 4MLHA 1JCFA 1E4GT 4DCHA 2BUPA 4K43A 4EHTA 4BG8A 3W3DA 1YVNA 4BC4A 1S3XA 5FPDA 4IWVA 3BF1A 1BA0A 2V7YA 3A8YA 4WQ4A 2D0PA 4CBWA 2YCHA 5F1XA 1GLFO 1K8KB 3QFPA 4FL9A 4H5RA 3FZLA 2KHOA 1MWKA 3VF6A 1ATNA 1V4TA 4H5TA 4M63C 3JS6A 2ASMA 3A5OC 3FR0A 1QZ6A 3AAQA 2FSNA 5AFUH 3CJ9A 4WQ5C 3SJHA 4PL8A 1BUPA 1BU6O 2GTDA 3JXUA 3LDLA 3O80A 4FWOA 5AQYA 4XH1A 1NGIA 2VCPA 4K41A 3VEWA 2GELA 3ENOA 3J8AA 1OKJA 2H3GX 5KQDA 1SZ2A 5KPTA 5F2RA 2UYTA 3A5NC 3VEYA 3ENHA 2QWRA 3CJ1A 3MN7A 4H5WA 4CZMA 1KXPA 4YDUC 4HWIA 2A3ZA 3F9MA 3BP8A 5E84A 5LY3A 2A42A 4BRDA 5I9EB 1LCUA 4FWMA 4ISGA 1LOTB 3HTVA 1NWKA 2QWNA 4FSVA 2FLOA 3VF2A 3R6MA 4IZ9A 2Q1NA 3ZETA 3IDHA 5BN9A 4CI6A 4CBUA 4GNIA 1G99A 3FZMA 1Z05A 1ATSA 4PL7A 3MMVA 5AQZA 2I7NA 5KPRA 1XUPO 2V52B 2GUPA 4IO8A 2A40A 2QWOA 4XEIA 3RSEA 2FF3B 4C23A 3ATVA 1DGKN 4FWRA 4CD1A 4BGAA 4BRAA 3WXJA 3D2FA 4A2BA 3LM9A 4BC3A 3HBTA 2CH6A 3GL1A 3IUCA 5AQGA 3FE1A 2CH5A 5AZIA 2GEMA 2VYPA 2P9PB 1EQYA 2E2NA 4B9QA 3EKSA 3ZX3A 2PAVA 3FGUA 1T44A 5BR9A 4FOEA 2A6AA 4A61A 1XC3A 4H0OA 3D2FB 3ID8A 4XH4A 3UB5A 4PKHA 2HOEA 3CI5A 5KQ8A 2FSKA 4JD2B 5AQPA 1U2VA 4FWSA 5AQVA 5AZIB 4BVPA 3UKUB 1JCGA 3GDQA 1HLUA 3CJ7A 2V7ZA 2ZGYA 1ZBSA 2NRHA 1H1VA 1GLAG 3I33A 2PBDA 2GWJA 3L0QA 1CZAN 3H3NO 3EZWA 3O08A 5JLFA 2YI1A 4A62A 1NGDA 3CETA 3L6QA 4L3QA 3WXKA 2BTFA 1S22A 1KAZA 2E2QA 3IMXA 3MN6A 3I8BA 2HF4A 3U4LA 3HM8A 1K8KA 4FWNA 5EXWA 5JMVA 4IJNA 3VPZA 2D0OA 5ADXH 1NMDA 2CGLA 3CQYA 3LL3A 5AQKA 3BEXA 3L4IA 4EAHD 4M7YA 4Y0WA 3UKRB 5B8HA 5AQHA 1ESVA 1NGEA 1Y64A 4BQLA 3CERA 4DHYA 3O5BA 3WUHA 2P9KB 3GBTA 3QBWA 5BREA 1QZ5A 3W0LA 3TPQA 4BR0A 3WXLA 5EX5A 2P9UA 4MO4A 3FLCO 3FZKA 3KVGA 2QWQA 4DQ8A 4LC9B 2FSJA 3O1WA 5EOYA 4BREA 3QFUA 3A5MC 5FPNA 3MK6A 2W40A 4B1WB 2QXLA 3O1BA 3IFRA 2D4WA 4O5FA 3B8AX 3QDKA 4IJAA 1NGCA 5AQRA 2W41A 2P9UB 3VENA 4CZFA 4BRPA 4BRNA 3VEZA 4BRIA 5AQLA 3CHWA 3A0IX 5CE3A 3MDQA 2WUSA 3U8XA 3CQXA 5AFUA 2CGJA 3BUZB 4FWPA 4K25A 4CZGA 3AAPA 2P9SB 2A41A 4I6MB 2FXUA 3GE1A 3P4IA 5BRDA 1SAZA 1GLBG 3U9ZA 2P9IA 3M1FA 4J8FA 3S41A 1DKGD 3CJCA 1WOQA 4K42A 5AQQA 4CZKA 3EKUA 2P9PA 4F9OA 3O8MA 1P8ZA 1ZXOA 4H5VA 3CJAA 4JNEA 1HUXA 3ZEUB 4CBXA 5BN8A 4BRQA 2P9IB 4WYBA 3VESA 1GLJO 1X3MA 1QQNA 2YHYA 4WQ5A 5BPMA 2OANA 1X3NA 1NGGA 4JD2A 2Q0UA 1BWFO 3UKUA 2P9NA 4B1VA 3CJBA 5AQWA 4CD3A 3SLCA 3D7EO 1TUYA 4BRHA 4A2AA 4EHUA 1IJJA 2J4RA 1Z6RA 3FFKB 2P9NB 1MDUB 4BROA 2QWMA 4JN4A 3QMLA 5AQXA 4CZIA 1ATRA 2E2PA 4WQ4C 3O6WA 4M7XA 2VWBA 5EY4A 5F0XA 1E4FT 4EIAA 5TKYA 3UKRA 5AQNA 4BVOA 5FPMA 1YXQA 3DXKB 1Q18A 1NGFA 3DXMB 2P9KA 1TYQB 4FWQA 2NLXA 4H03B 5AQJA 3D2EB 1C0GA 3LDQA 4FWLA 4H5NA 3AY9A 4ISFA 3C7NB 2HF3A 4AM7A 2FF6A 1QQOA 4PKIA 1NM1A 3TU5A 3EL2A 1GLCG 3LDNA 4HTLA 2E8AA 1TUUA 5AQOA 2IVPA 4QS8A 3QBXA 2E2OA 3R8EA 3H45C 4BRLA 2Q2RA 2AA4A 4Z94A 5BRHA 4CZHA 1HKCA 1HPMA 3C0BA 4BRGA 4JAXA 1HX1A 2ZWHA 5ADXA 1BDGA 3QB0A 1HKGA 4FPBA 2DPNA 1NGJA 4RTFD 4BRCA 2V51B 2GWKA 4DB3A 1QQMA 1NGHA 4BC2A 4GY2B 4JHDB 4RCHA 5AQSA 2P9SA 3U9DA 4I6MA 1YUWA 4B1ZA 3WEEB 1JCEA 1C0FA 3H46O 2ZF5O 2QWPA 5AZJA 3VOVA 2YHWA 5E26A 4MLEA 3H3OB 3GOIA 3VF4A 2YJEA 4BG9A 4BRKA 2Q31A 1U6ZA 1R59O 4BR5A 3CIPA 4FOIA 4PKGA 4FO0A 3VERA 4NB4A 2NZTA 1KAXA 3DAWA 5BRFA 5BPNA 4BR7A 3ZEUA 4O8KA 1QHAA 3HI0A 5FPEA 1GLEG 1MWMA 1WUAA 1BO5O 5AR0A 1SQKA 5AZJB 1HJOA 5AQTA 3WQTA 4BGBA 5LJVA 4MO5A 3WT0A 1MA9B 2ZGZA 4BR2A 4QS9A 1GLDG 2IVOA 2AP1A 4H0VB 1RDWX 3SK3A 4BQZA 4BC5A 1BG3A 1XQSC 4BR4A 1DEJA 2D1KA 2E20A 2QM1A 3EO3A 5EVZA 2Q97A 4FWKA 4FPAA 3R9PA 3VEXA 3MN5A 1YAGA 1NBWA 3LDPA 3OHRA 3O4WA 1GLLO 2E1ZA 3A5LC 5ELZA 3WXIA 1BA1A 1BOTO 1KAYA 2QWLA 3SMPA 4H0XB 2F9TA 5KPZA 4CJ7A 1V4SA 3MCPA 2EWSA 2YHXA 3DWLA 3DJCA 3G25A 2YJFA 3KZBA 4H0TB 2QW9A 3QICA 1HKBA 3DXKA 2HMPA 1ZC6A 3BF3A 3ATUA 3DXMA 4YDUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FZFA 4ISEA 4RWTA 2O4IA 2WBNA 1IO2A 2Z1GA 1DTTA 3KD5E 5DMRA 5GAEP 5DK5A 3HO1A 3RSEB 3ZX0A 2I7PA 3OYNA 3AVHA 3AARA 4EZ9A 2IIRA 3M6GA 3KK1A 1D4XA 3DLEA 5AQIA 2CGKA 3GG4A 4CZEA 3L2VA 4O4GA 4PHTX 3CCUN 3NE6A 5C0YA 3H1VX 4LF7K 4A59A 3VEOA 4YOWA 2HHVA 4H0PA 4BRFA 5E41A 3DYAA 1RGIA 3RR8A 1XMQK 1LW2A 3RMBA 4DU1A 2PY5A 2E1YA 3WEEA 4DFJA 1GOAA 2F9WA 4CZJA 1C1AA 3OYBA 3THWA 1E4GT 3CPEA 5JVHL 1YJNN 4IOXA 5MLCQ 1IBKK 4B3RK 1X9WA 4IWVA 2V7YA 4BACA 4AH9A 5TKWA 3U3YA 2YCHA 2QI2A 1M90O 1QSSA 2GBZA 4H5RA 1OVYA 3FZLA 3LPTA 1MWKA 3TAEA 4J2DA 1ATNA 3OYEA 4DU4A 1N5YA 4CIEA 5AJ3K 4FLTA 3AV9A 5SWMA 5A2QO 2RKIA 5M1QA 1QZ6A 3THVA 2FSNA 1NNEA 2JWLA 5HLFA 4L8RB 3CJ9A 4WQ5C 3SJHA 4B9VA 4H8KA 1BIUA 1BU6O 3E9PA 3LDLA 4CF1A 5AQYA 1BQMA 3NGIA 4I9LA 2VCPA 4HUEA 1VQPN 2HBLA 3ENOA 1WSIA 2G8UA 3ALYA 1LWCA 4AQYK 3IKMA 1IKWA 2DFFA 3MN7A 4YDUC 4OGCA 3CC4N 4JYAK 1QE1A 4CFBA 1RTHA 3F9MA 3VQ6A 1NJWA 4YNQA 4FJGA 2P1JA 1D5AA 1LOTB 5K14A 2QWNA 3SNNA 2FLOA 4DS5A 3K5MA 3V1QA 5J2MA 4CK1A 4CBUA 4GNIA 3OYAA 4M3YA 1TKTA 3ASMA 3MMVA 5AQZA 4NCBA 4DV2K 3SBTA 2NRTA 4FCYA 1S6PA 3L2QA 3AVBA 2FF3B 4JRQA 1DGKN 1QQCA 3M8PA 3WXJA 2HBKA 4JS5A 1I39A 4CJSA 3S9HA 3VQDA 4M3TA 2VYPA 2P9PB 4FK4A 2PAVA 4N76A 2YV0X 4J2EA 3B6OA 4A61A 1QSLA 1XC3A 1NK6A 3D2FB 4XH4A 5GIPA 4Z4HA 4PKHA 1Q8IA 3B6PA 1JLBA 2HBJA 2RN2A 4JD2B 1NK7A 5AQPA 1NJZA 3MCAB 2O8CA 3SUQA 1X9MA 1HLUA 3CJ7A 4CJVA 3SPYA 2NRHA 5J1EA 2KFNA 2PZSA 5FDLA 4A62A 4L3QA 3WXKA 2BTFA 4AHTA 1L3VA 1S22A 2ZJPL 2JGUA 2E2QA 3F5TA 4DKWA 4DLGA 4KHPK 3LP0A 1ILYA 1NJIO 3L2UA 2HMIA 1VQKN 1K8KA 2ZJRL 2NRZA 1L3TA 4IJNA 3U3GA 2G8KA 4PWDA 4KB1A 1NMDA 4YOXA 3CCEN 2CGLA 5AQKA 4B08A 2BDPA 4JEPA 3CMAN 1HJRA 3PSFA 5GAGP 4B3OA 1EKEA 3K2PA 3ITHA 4DU3A 4DHYA 1JLAA 3WUHA 3GBTA 3QBWA 3W0LA 3TPQA 5C2DA 1QVFM 4JKCA 1UWBA 4ZTJA 3KVGA 2QWQA 4CJQA 3V9ZA 4GKJK 4JI5K 2W40A 1YTUA 2Z1JA 3IFRA 2D4WA 3CCSN 4WF9L 4ZHRA 4FLUA 3B8AX 1N33K 4AHRA 4W5QA 3J81O 4BRPA 5C25A 3SPZA 1ZBUA 4GVEA 3E9LA 1B92A 1RDUA 1S1UA 5CE3A 1HMVA 1RNHA 3LAMA 1NMNA 3HOTA 4C8NA 4KTWA 5M1FA 4BE1A 1RTJA 3QIPA 3U9ZA 3BZKA 4X64K 4OKEA 3KLFA 3L2RA 3CCVN 4FLXA 4BE0A 3RR7A 4WFBL 4FXDA 1DKGD 1KTQA 2IAJA 3VQCA 1Q9XA 1JL1A 3O8MA 3VA0A 4Z4IA 4IDKA 2VQEK 4DR6K 2QA4N 1GOCA 3THXB 4CJUA 5BN8A 2DY4A 5I3UA 3G10A 1X3MA 2YHYA 3LAKA 4FZYA 2O8BA 4FJJA 4N41A 5H1SQ 1XC9A 5BPMA 1F21A 2OANA 2KTQA 3QEXA 3THYB 3UKUA 3E1YA 4ELTA 4CD3A 1VSKA 2B5JA 3HPGA 5LMUK 1NK8A 1FJGK 4ILHA 4UY8O 4M3WA 3DOKA 1IJJA 3QIOA 1IKYA 1WSHA 3C65A 3O4QA 3TAGA 1VQLN 4B8AB 3PSIA 1P90A 2A1SA 3TTFA 2P9NB 4AHVA 3NCIA 4CZIA 4OPHA 5HBMA 4GVMA 1TK0A 2E2PA 4N56A 4W5OA 5J2QA 4O55A 3UKRA 4M3RA 5BR8K 1ZYQA 3DXKB 1Q18A 2P9KA 4CHNA 1L3UA 5AQJA 1RILA 3TANA 4BE2A 4H5NA 2GX9A 1S1XA 2YKMA 3JSMA 3VTHA 4E7KA 2HF3A 4AM7A 4CHZA 1IH7A 3HSTB 3OTOK 3A2FA 3NF8A 2IVPA 4CHOA 1K8AO 3QBXA 3DMJA 3O9QA 5BRHA 4CZHA 3VQPA 4K0KK 3RMCA 3C0BA 4FJ9A 4BRGA 4B8CA 2NRVA 4LD0A 4X62K 1NJYA 1ASVA 4DB3A 3AVKA 1LAVA 3HL8A 2VG7A 4BC2A 4DSLA 1TKDA 3WEEB 3IRXA 1JCEA 4CFAA 3S3MA 1WBDA 4DFKA 1RT2A 4CJKA 3VOVA 4MLEA 4BG9A 2BGGA 3R3LA 1NK5A 4E19A 1HPZA 2HNYA 5C2FA 1XNRK 3IS9A 3CIPA 4LY7A 2PYLA 1VSEA 4FO0A 4NB4A 2NUBA 2NZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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