3GBTA

Crystal structure of gluconate kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Gluconate kinase
publication title The crystal structure of gluconate kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
source organism Lactobacillus acidophilus
molecule tags Transferase
total genus 149
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2009-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gbtA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gbtA02
1D4XA 3VEXA 1OKJA 4AM7A 4BROA 4CZGA 4A62A 2A41A 2E2PA 3QICA 1QQNA 1GLAG 1SAZA 2FSNA 4JNEA 5F0XA 4JN4A 2Q36A 2V52B 2P9SA 3DJCA 3P4IA 5AQWA 2QWNA 3D2FA 4IJAA 2A3ZA 2Q0RA 2YCHA 3D2EB 2E8AA 4YDUC 3SJHA 4BRHA 3ULEA 3CETA 1BG3A 3GE1A 2P9IA 5FPEA 5EX5A 4HWIA 4I6MB 4H5WA 2P9PB 3H45C 2GEMA 4AM6A 4BRPA 1MA9B 2IIRA 3DXMB 2QWOA 3O80A 1BWFO 5AQXA 1HX1A 4H0OA 2NRHA 2YJFA 2VYPA 3FE1A 1Y64A 3MN6A 4IJNA 3VEWA 3A8YA 2ITMA 4H0XB 4BRIA 4ISEA 5AQMA 3OHRA 3FFKB 4FPBA 3EZWA 2P9LA 4CD1A 1QHAA 2IVPA 3I33A 3CJBA 2YHYA 3JS6A 4DQ8A 3VENA 4NB4A 2WUSA 3J8AA 1K8KB 3AY9A 4BREA 4BR0A 5KPZA 5AQHA 2P9NB 4CZIA 3CI5A 3UB5A 4LC9B 3LM9A 2CGLA 4BC2A 2IVOA 3LDOA 3QFPA 3WXLA 5AQQA 3O4WA 3IMXA 3D7EO 3R9PA 3LL3A 2A42A 1NGEA 1HKCA 1V4SA 2ZGZA 5BN9A 1BOTO 1WUAA 3FLCO 1NGIA 3MN7A 3A0IX 4CZKA 4BVOA 4Z94A 5B8HA 3VEVA 2V7YA 4A2BA 3SMPA 3VF2A 5AQVA 2V7ZA 2P9UA 4JHDB 4IWVA 2CGKA 3EN9A 4H03B 2QM1A 3O08A 2J4RA 3MN5A 2QWPA 3BUZB 4RTFD 1C0GA 3SLCA 1P8ZA 1GLLO 3WEEA 4FOEA 4K25A 2D4WA 3U9ZA 1T44A 3F9MA 3G25A 3VGMA 1U2VB 3ZEUA 1BO5O 2F9WA 4FWRA 3RSEB 1V4TA 4ISFA 3MK6A 5JLFA 4BRKA 3CJAA 3FZLA 3DXKA 4BRLA 3WT0A 4FWQA 5ADXA 4H5VA 3ID8A 1ATNA 2HF4A 5AR0A 4H5NA 1T6CA 4BR7A 5BRDA 5AZJA 1NGJA 1BDGA 4H0YB 4WQ4C 2EWSA 1MWMA 2QWLA 3CQYA 3WXKA 3QDKA 2HF3A 2Q2RA 5AQYA 4BRMA 4M7YA 1YVNA 3M6GA 5EY4A 3UKUA 3VESA 3BF1A 1BA0A 4B1XB 4FWLA 2YJEA 2OANA 1MWKA 1YUWA 3BP8A 4ISGA 4L3QA 5AQFA 5BREA 2QW9A 4BR9A 2E2OA 3L4IA 5LY3A 2P9SB 3JXUA 4K41A 4DHYA 3HM8A 3D2FB 3H1VX 1LOTB 1SQKA 2V51B 3UKRA 4JD2A 1R59O 1T6DA 4M7XA 1C0FA 3ULEB 4BG8A 1WOQA 1U6ZA 1KAXA 2P9IB 3ATVA 3M1FA 3MMVA 4XH5A 4BR4A 3B8AX 1NGCA 1XC3A 1QQMA 5KQDA 4IO8A 3GL1A 2YHXA 2F9TA 4CZHA 4B1WB 5BPNA 3GG4A 5EOYA 1GLDG 4IXCA 4B1YB 1ZXOA 3EL2A 3A5OC 2D0PA 2E1YA 4CZEA 2P9KA 4JAXA 4CD3A 2A5XA 4Y0WA 2P9LB 3A5LC 1G99A 3BEXA 4H0VB 4GNIA 3QB0A 2GTDA 3ENOA 5E84A 1J6ZA 3HSCA 3HBTA 4BRCA 3W0LA 1RDWX 1ZC6A 5BN8A 2VCPA 2D1KA 4PKIA 2I7PA 5AQIA 4BRAA 2FLOA 1NBWA 5LJWA 4E1JA 4HTLA 3FZMA 5TKYA 4BG9A 4KBOA 2I7NA 2E20A 3AAQA 3U4LA 3CIPA 3HZ6A 3O1BA 3KVGA 2AP1A 4EIAA 5LJVA 4RCHA 4CBUA 3GDQA 4O5FA 3EKUA 3CQXA 2QWRA 5BR9A 3O5BA 2A40A 1HJOA 3L6QA 5FPDA 1S3XA 4BR2A 3SK3A 3TPQA 2P9UB 3VERA 1DGKN 2D0OA 2CH5A 5AQSA 5JLHA 4CZMA 2Q97A 2BUPA 2HOEA 1JCFA 5AFUH 1HLUA 1E4GT 3VOVA 2QWMA 1HUXA 3L0QA 1Z05A 1K8KA 5F2RA 3WEEB 4FSVA 1NGFA 1KAYA 2GWJA 3ZETA 3C7NA 4BQLA 5AQLA 1HPMA 3H1QA 5AQJA 2GELA 3ZEUB 4CBWA 5EVZA 5CE3A 3HI0A 2Q0UA 4H5RA 3BF3A 3EKSA 1QZ5A 3FZHA 3DXKB 3VEZA 4WQ5A 3TU5A 4MO4A 4BC4A 1TYQA 3GBTA 4FWOA 1NMDA 2KHOA 3WXIA 3WQTA 5AZJB 4DCHA 4CI6A 1RGIA 5KPTA 1SZ2A 4QS7A 3HTVA 1DEJA 4GY2B 3VEOA 4EHTA 3FZKA 4B1ZA 2VWBA 3UKUB 1ESVA 3KHYA 4FWSA 2H3GX 5AQTA 3MCPA 3ENHA 2Q31A 1ATSA 4CZFA 1IJJA 1GLJO 1NGGA 3ZX2A 4C23A 5AQUA 4MLHA 5JICA 4QS8A 3O1WA 4BGAA 3LDLA 2A6AA 1GLEG 2W40A 3LDNA 5AZIA 3WXJA 3UKRB 1GLFO 4JD2B 2ZF5O 1TUUA 3FGUA 4WQ4A 4FPAA 3WQUA 3H3NO 3VEYA 2BTFA 4J8FA 1BUPA 3SMSA 1NM1A 3VGLA 4EFHA 3H6EA 3KZBA 1H1VA 1IG8A 5EXWA 4PL8A 1CZAN 5BPMA 4B1VA 2E1ZA 4K42A 3VETA 2P9KB 1NGAA 2E2NA 4FWNA 1BU6O 2GUPA 2NLXA 3QFUA 4H0TB 3LM2A 3U8XA 4CZLA 5AQRA 2FSKA 2ASOA 5FPNA 4BR5A 3CHWA 3VPZA 3W3DA 4EAHD 1NGDA 4YDUA 2YI1A 1GLCG 1MDUB 3AAPA 3CERA 4PKGA 4O8KA 3MN9A 1XUPO 4F9OA 5BRHA 4BRFA 2QWQA 3DWLA 3FZFA 5BPLA 4FO0A 4BC3A 5I9EB 1HKBA 4FWMA 4B1UB 5F1XA 2ZGYA 1GLBG 3O6WA 2FSJA 3D2EA 2PAVA 4BC5A 3A5MC 2IVNA 3IFRA 1TUYA 1QZ6A 4CBXA 4CJ7A 2CH6A 5AQNA 1NGBA 2PBDA 4I6MA 2P9PA 3ZX3A 3O8MA 2NZTA 1Z6RA 4DB3A 1KAZA 5AQGA 4RWTA 3DXMA 1X3NA 4XH1A 3A5NC 4FWKA 3LDQA 5AQKA 5JMVA 3ZX0A 5AQPA 3CJ7A 2E88A 2GWKA 4BRDA 2W41A 5ELZA 5AQZA 4FOIA 3ZETB 3C7NB 4PL7A 1JCGA 3VF4A 4BRGA 4H5TA 3WUHA 2CGJA 5FPMA 4XH4A 1RFQA 2FF6A 1YAGA 4XEIA 4BGBA 3VGKA 4BQZA 1TYQB 2P9NA 3IUCA 3FR0A 3I8BA 2ZWHA 3ATUA 3QMLA 2HMPA 5AFUA 1X9JA 3VF6A 3R8EA 5BRFA 3IDHA 4WYBA 4IZ9A 4NO7A 2UYTA 3CJCA 4WQ5C 3R6MA 1ZBSA 3UE5A 4FL9A 3H3OB 4BRQA 1NWKA 1NLVA 4QS9A 1X3MA 3MDQA 5KPRA 4PKHA 1XQSC 2FXUA 3H46O 4MLEA 5KQ8A 4BVPA 3CJ9A 1EQYA 5AZIB 4JHDA 4B9QA 5ADXH 1YXQA 1NGHA 3LDPA 1BA1A 3CJ1A 1KXPA 5E26A 5AQOA 2Q1NA 4CZJA 1S22A 2ASMA 3M3ZA 4A2AA 2FF3B 4FWPA 2QXLA 1U2VA 1Q18A 3QBXA 3RSEA 1ATRA 4MO5A 4H0PA 2E2QA 2YHWA 3EO3A 1JCEA 4K43A 3AARA 1QQOA 4BRNA 1E4FT 2ASPA 3U9DA 4EHUA 1DKGD 2DPNA 2AA4A 4A61A 1HKGA 3GOIA 3DAWA 3S41A 3QBWA 3C0BA 4M63C 1LCUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BDYA 3PX0A 3MECA 4DSKA 4KB0A 2HHSA 4KTWA 3VQ7A 3V9WA 4R79A 1GLAG 4BDZA 4DU4A 3QLHA 3NF9A 2QWNA 2RKIA 3O9SA 2IC3A 1NJIO 3OYBA 3HJFA 2A3ZA 2YCHA 4DSJA 3ULEA 1B92A 3CD6N 3CETA 1BG3A 4CK1A 5FPEA 4HWIA 4BRPA 2VG6A 1MA9B 3NDKA 2FC0A 3T1HK 2XHBA 1QVFM 2IIRA 1VQKN 4JI1K 1HX1A 4H0OA 4DFPA 1XMQK 2YJFA 3FE1A 3VEWA 3KJVA 4IJNA 4DTOA 2HMIA 1GOCA 3AVNA 4BRIA 3MEEA 3AGKA 4FLZA 3OYIA 1VRTA 3ZSVA 5C24A 1QHAA 2IVPA 5M1NA 3RWUA 1U49A 3PSIA 3SNNA 3CCSN 4X62K 3CCEN 2UXBK 4BDPA 2O8FA 1XHXA 4CZIA 1JL2A 2OPQA 3TWHA 1KD1O 2CGLA 5CZ2A 4FJXA 4YOVA 2QEXN 3AVFA 2IVOA 3WXLA 3NHGA 3O4WA 1NJYA 3R9PA 2A42A 3MN7A 4B9VA 4FJGA 3F2KA 4CZKA 4AF1A 4BVOA 5IT9O 3Q7BA 5JVGL 4A2BA 2OZMA 3SMPA 5AQVA 2HVIA 4ZTFA 2JLEA 4IWVA 3DLLL 4I9QA 2QM1A 4RTFD 3SLCA 1KSPA 2WFBA 4NLCA 4NLBA 2D4WA 3U9ZA 3ZT0A 4IKFA 4FJ5A 3RSEB 2HHTA 1HRHA 4BRKA 3CM6A 2O8DA 3FZLA 2VWJA 2HF4A 4BR7A 1Q9YA 2NRRA 4WQ4C 2EWSA 3K9KA 4M45A 2G8VA 2E4LA 5AQYA 3WXKA 4EZ9A 4DR2K 1W0HA 1EXQA 1VK0A 3ZSYA 1IBLK 4B1XB 2X74A 1KVCA 1MWKA 3BP8A 4B8CA 4L3QA 2ITGA 3M8RA 3L4IA 4K41A 2ZJRL 3D2FB 3H1VX 1LOTB 4JK7A 4PA1A 1SQKA 4C8OA 1T6DA 1C0FA 4CJEA 4FJLA 1WOQA 4OGEA 4Z4CA 5GADP 2P9IB 3MMVA 4XH5A 3TAQA 4BR4A 3B8AX 1N8RO 2I5JA 5KGWA 1QQMA 5KQDA 4YOUA 1C0MA 3GG4A 5HRPA 4DTNA 2YNGA 3O4NA 1HYVA 1HR0K 4G1QA 2D0PA 4JAXA 2A5XA 2E6MA 4J2BA 4H0VB 5T7BA 3J7YP 3ENOA 4G9ZA 2GV9A 4YFUA 4E0DA 4HCBA 3ZT2A 2D0AA 4DQSA 2QKKA 1LAVA 3F73A 3CC7N 4IOXA 4BG9A 3MX2A 3MCAB 2KW4A 4FZXC 4FVUA 3O1BA 1J54A 5CYMA 5J2MA 1VHXA 2F96A 2OYQA 2Q3SA 4O5FA 3EKUA 2QWRA 1I39A 3CMAN 2IDOA 3IRXA 3L6QA 2G8WA 3VQPA 4BR2A 2P9UB 3VERA 5C12A 3SCXA 5JLHA 2Q97A 1YTAA 1JCFA 5HOOA 3K5LA 4I9LA 1Z05A 1KFDA 1FW6A 3BZCA 4DV0K 4CHZA 2RPIA 4UQGA 3ZETA 3LZJA 4I7FA 1S72N 5AQLA 1HPMA 1RILA 3VQ8A 1OVQA 4JYAK 1WLJA 4BE0A 3HI0A 4CJVA 4BE1A 4H5RA 3EKSA 3DXKB 3DM2A 3TU5A 4WQ5A 2QI2A 4OKJA 4BC4A 1Y97A 3OW2M 1M90O 5FLXO 1IKYA 3O3HA 3KLIA 5KPTA 1FK9A 1SZ2A 2FBTA 2XY7A 4L8RB 4GY2B 4JK9A 4EHTA 4CIEA 1SS6A 1NK6A 3ENHA 3PX6A 4O8UA 3MAQA 3EE9A 3OY9A 1IJJA 3V6DA 5KGXA 5AQUA 5JICA 1BISA 4LF9K 3DOLA 3LDNA 4H4MA 3AA4A 5AZIA 3K5NA 3OJUA 3WQUA 3H3NO 4FW1A 4O0JA 3H08A 3ZT4A 2UUAK 4CCHA 1KRPA 4NYFA 5EXWA 3VQ6A 2PYLA 3PUFA 4B1VA 3HK2A 4FXDA 1RT6A 1X1PA 2P9KB 1DLOA 5KRTA 3P1GA 4M42A 4YOWA 3S9HA 4CF8A 2A1RA 2O8BA 3EZ5A 2EHGA 3WNFA 1S1VA 2GUPA 1KVBA 3KTQA 3RMDA 5AQRA 4O55A 4CJLA 1F21A 2ASOA 3CHWA 1KVAA 4YDUA 1T03A 1T7PA 4OLBA 1MDUB 5BRHA 1BI4B 4JKAA 1JJ2M 3MN9A 1XUPO 3V1QA 4CJTA 2QWQA 4B9UA 1RNHA 3FZFA 4NCBA 1XI1A 4BC3A 4CJQA 4KI6A 4FJMA 1OVYA 4DFJA 3QO9A 2NNWA 3AA3A 4DLEA 5D3GA 3AVMA 4CIFA 2PAVA 4CJ7A 1ASUA 2Z1GA 1JLBA 4IFYA 1HPZA 3AA2A 1NKCA 3VQ9A 2NZTA 4CK3A 4RW7A 3RR8A 3PIPL 4OPKA 2HB5A 3NMUA 4XH1A 3VA3A 1QTMA 5AQKA 3RRGA 3TANA 1JKHA 3TR8A 5FRMA 1BIZA 5C42A 5AQPA 5EU7A 4JS4A 5FDLA 3QEPA 4N41A 4PL7A 4KTQA 3TAEA 3L2UA 3WUHA 2CGJA 3AVIA 1BGXT 1VSDA 2HHVA 2NRWA 4BGBA 3VGKA 1TYQB 4UY8O 3TSUA 4R5PA 3KK3A 3ATUA 3O9UA 1ASWA 1QSLA 1LWCA 1TKTA 1JXBA 3QIOA 1T8EA 4WYBA 4DSEA 1KLMA 4NO7A 1IH7A 2KFZA 4DV3K 4IDKA 4FL9A 3UE5A 1HYZA 3U3GA 4FLVA 1C1AA 1NWKA 1LV5A 3MDQA 3AVGA 2YX6A 5GAEP 3NF8A 4BVPA 3HOTA 4QAGA 3CJ9A 1BIUA 3IS9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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