4BRDA

Legionella pneumophila ntpdase1 q193e crystal form ii, closed, mg amppnp complex
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVEIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 119
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brdA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brdA02
3VERA 5AQLA 1C0FA 4BC4A 4QS9A 4K43A 4JHDB 3R9PA 3DXMB 1S22A 4CZLA 1U2VA 4MLEA 4M7XA 4EAHD 3BF3A 3EL2A 3QMLA 3VENA 4E1JA 1HKGA 5E84A 2D0OA 1Z05A 2VYPA 3EO3A 2P9IB 2DPNA 4BROA 1NGCA 3OHRA 3H3NO 3TPQA 1ZC6A 1RGIA 5FPNA 4IZ9A 1NGGA 2QWRA 1T6DA 3VEXA 2QWPA 4NO7A 4NB4A 3VESA 2EWSA 5EX5A 1TYQA 4HWIA 3HSCA 1JCEA 5TKYA 4MLHA 2P9KA 1YXQA 3H46O 3ZETB 1NGEA 2CGLA 5AQUA 3VEVA 3QB0A 4MO4A 1NGBA 4FOIA 3LDPA 2GEMA 3QFUA 4IJAA 3RSEA 3D2FA 3UB5A 4FSVA 1S3XA 3ZX0A 3IUCA 3MMVA 3GBTA 4PL8A 1NGHA 4H0YB 1LCUA 4QS7A 3UE5A 1NGAA 2ASPA 5KPZA 4CI6A 3QFPA 4H5VA 5AQPA 3DXKA 5AQJA 3W0LA 3WQUA 5KPRA 4K42A 4JHDA 3B8AX 1YVNA 3DXMA 4L3QA 4EIAA 2HOEA 4YDUC 3IFRA 1WUAA 2AA4A 2QWLA 4BQLA 1HKBA 5AQMA 4C23A 2J4RA 4B1ZA 3L6QA 4FWQA 4FO0A 4H03B 4RCHA 2QW9A 4BRQA 1QQMA 1HUXA 2GUPA 4F9OA 5LJVA 2P9IA 2YHXA 5AZIA 1XC3A 4YDUA 4AM6A 2YHYA 3L0QA 2A42A 5BRFA 3FLCO 5E26A 2HF3A 4BGBA 1T44A 4ISFA 4ISGA 3HZ6A 3LDOA 2P9PB 4FWOA 2F9WA 2IVNA 2ZWHA 4BRMA 4FWKA 1HPMA 5AQXA 1GLLO 2F9TA 3QBXA 4CD3A 4Y0WA 3L4IA 4ISEA 1BA1A 3ZETA 3VF4A 3LDQA 5AQYA 3VEWA 4CZEA 1QHAA 2P9LB 5EVZA 5CE3A 2CGJA 1KXPA 1OKJA 3MN9A 2FXUA 3WXJA 4BG8A 4IO8A 2ZGYA 4CZHA 5AQWA 3CJBA 4GNIA 3WXLA 4BC2A 2ITMA 5JLFA 2P9NB 3D2FB 3CJAA 2H3GX 5JLHA 2A3ZA 4DQ8A 3UKRB 3EKSA 2E2QA 3A5OC 1BDGA 1ZBSA 3WEEB 4WQ4C 1BA0A 4BR2A 2FSJA 3GE1A 1ATRA 2E1ZA 2QM1A 3SK3A 3VEOA 3R6MA 2ZGZA 1BWFO 4BC5A 5KPTA 3LDLA 4FOEA 4BRKA 3SJHA 2VWBA 4IJNA 3O80A 4EHTA 5EY4A 1NGFA 4FWSA 4O8KA 3QBWA 4WYBA 3HTVA 4WQ4A 3FFKB 4B1YB 4DB3A 3EN9A 3H1QA 3MN6A 3HBTA 2UYTA 4DHYA 5F2RA 5BREA 3AAQA 2ZF5O 4BC3A 3ATVA 1U6ZA 2P9PA 5AZIB 3A5MC 4BVPA 3M6GA 3MN7A 4WQ5C 5AQIA 3FE1A 1QQOA 3IDHA 4IWVA 4H5WA 4LC9B 3VOVA 4FL9A 1CZAN 1TUUA 5AQQA 3F9MA 1ZXOA 4B1UB 4XH1A 2V7YA 2E2OA 3A5LC 3GG4A 2P9LA 4WQ5A 2GTDA 3AAPA 4FPAA 1NGDA 3I8BA 4M7YA 4GY2B 4EHUA 4AM7A 2Q0RA 1GLFO 5AR0A 2GWJA 2P9NA 2AP1A 2P9UB 3MN5A 3W3DA 1V4SA 4BRGA 1SAZA 2P9SB 1XUPO 3FZMA 1NMDA 3UKRA 4H0VB 1GLDG 4JNEA 1NBWA 3CQXA 3WEEA 3R8EA 4BRFA 4A62A 2YI1A 4BRAA 2E88A 5I9EB 3J8AA 4Z94A 3KHYA 2FSKA 4I6MB 1Z6RA 3VGLA 5FPDA 1DGKN 5AQOA 3SMPA 4FWRA 2FF6A 4H5RA 2A41A 4PKHA 3D2EB 1E4FT 4M63C 5EXWA 2A5XA 1ESVA 4K25A 3FGUA 3VF2A 2ASOA 3H3OB 3O5BA 3IMXA 4CBWA 2W40A 1T6CA 1ATNA 3MCPA 5AQVA 2D1KA 2CH5A 5AFUH 3C0BA 1BU6O 5ELZA 1HJOA 3VEYA 1KAYA 1HKCA 3SMSA 5BPMA 2V51B 4H5NA 3LDNA 5JMVA 3LL3A 4BQZA 3KZBA 3EKUA 2E20A 1MDUB 4DCHA 1YAGA 2IIRA 1NM1A 2QWNA 4CZMA 3U9ZA 3WQTA 2Q97A 2IVPA 4A2AA 3ZX2A 3G25A 3FZFA 1BOTO 2P9UA 4CBUA 4CD1A 3A5NC 1HLUA 2P9SA 2OANA 3H45C 3MK6A 4BRCA 2A40A 3HM8A 1QZ5A 4BR7A 4KBOA 3VGKA 5ADXH 3MDQA 2BUPA 4FWLA 1WOQA 1Y64A 4I6MA 1X3NA 4BREA 1V4TA 3LM2A 5AFUA 4BGAA 1JCFA 5AZJA 2FSNA 1ATSA 2NLXA 1NGJA 5AQGA 3ULEB 3WXIA 1XQSC 2ASMA 3SLCA 4A2BA 3C7NB 1NGIA 4CZIA 1BUPA 3DWLA 3D2EA 2IVOA 5BN9A 1JCGA 3VGMA 3FZKA 3ATUA 5BRHA 3TU5A 1BO5O 5FPMA 4CZFA 4FWMA 1GLAG 3WT0A 3I33A 5F0XA 4B9QA 4BRNA 2FF3B 4FPBA 2E1YA 5ADXA 1GLCG 3GOIA 2KHOA 4RTFD 4H0XB 4B1XB 5LJWA 1K8KB 2Q1NA 1RFQA 2E8AA 1RDWX 5AQSA 3VF6A 5AQFA 1EQYA 1NWKA 5BN8A 3CJ7A 1P8ZA 2YCHA 4BR0A 4O5FA 4XH5A 4BG9A 1SQKA 2QWQA 4J8FA 1J6ZA 5AQKA 3WXKA 3O1BA 4CZGA 1IG8A 4BRPA 3FZHA 1QZ6A 3FR0A 1GLJO 4H0PA 4JN4A 2QWOA 2Q31A 1NLVA 3A8YA 3AARA 3LM9A 3O1WA 2NRHA 3O8MA 4XH4A 3UKUB 3VETA 3M3ZA 5AQRA 1HX1A 1Q18A 4PL7A 2HF4A 1KAZA 4FWPA 1IJJA 3ZX3A 3ULEA 3DJCA 2NZTA 2GELA 3ID8A 2QXLA 3C7NA 3CIPA 1G99A 3CJ9A 5AZJB 3QDKA 4CZJA 1SZ2A 3O6WA 1TUYA 5KQDA 1C0GA 4PKIA 3KVGA 4H0OA 2CGKA 5EOYA 5BRDA 5AQNA 4BRDA 4PKGA 4HTLA 3ZEUB 4JD2B 5FPEA 1H1VA 1BG3A 1K8KA 1YUWA 2Q2RA 4CBXA 2HMPA 3GDQA 4B1VA 2VCPA 1TYQB 2W41A 2YJEA 4H0TB 4CJ7A 5BPLA 4BR5A 4JAXA 2PAVA 3U8XA 3CQYA 1QQNA 3D7EO 3BUZB 4BRHA 1X3MA 3GL1A 2D0PA 2FLOA 5LY3A 5KQ8A 1U2VB 3CETA 3EZWA 2YHWA 1DKGD 1MA9B 2Q0UA 4CZKA 1DEJA 1MWKA 1X9JA 3U4LA 5F1XA 3O4WA 5AQZA 2YJFA 3CJCA 4H5TA 3CJ1A 2PBDA 2A6AA 3FZLA 2WUSA 3UKUA 2E2NA 2QWMA 3VPZA 3JS6A 5AQHA 3CI5A 3P4IA 3HI0A 3CHWA 4BRLA 4A61A 4EFHA 3CERA 2I7PA 3DAWA 3ENOA 1R59O 3M1FA 1GLBG 3S41A 3WUHA 3QICA 2I7NA 1D4XA 4BR9A 5BR9A 2V52B 5B8HA 2E2PA 2P9KB 1MWMA 4BVOA 3JXUA 4BRIA 5JICA 3O08A 4IXCA 3U9DA 1GLEG 3BF1A 3AY9A 3H1VX 2BTFA 5BPNA 1E4GT 3ENHA 2CH6A 3A0IX 4FWNA 3RSEB 4B1WB 3BP8A 4QS8A 4MO5A 2GWKA 5AQTA 3ZEUA 2D4WA 4JD2A 3VEZA 4RWTA 3BEXA 1KAXA 2Q36A 4XEIA 1LOTB 2V7ZA 4K41A 3H6EA 4BR4A 3DXKB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VERA 1WSJA 1YVUA 3ZYYX 1B9FA 4K43A 4JHDB 1S22A 3E01A 2PY5A 4M7XA 4DV5K 3VTIA 3THWB 2YNHA 3EL2A 2IOCA 1KTQA 1L3UA 4KB1A 3HPGA 3VENA 1HKGA 3HRGA 5E84A 2D0OA 4JKAA 2VG7A 5J2QA 3F2KA 4HUEA 3LZJA 3LDSA 3CCJN 1T6DA 2XRIA 3P1GA 2FBXA 4MLHA 2P9KA 1Q81O 2O8CA 4PY5A 3E9LA 5C2DA 2HB5A 3LDPA 3D2FA 1FXXA 4FSVA 3ZX0A 1VRTA 3VQ4A 3WXMB 3GBTA 2FBVA 1LCUA 4QS7A 4BDYA 2HBJA 2ASPA 4CIFA 5KPZA 3QFPA 4H5VA 3V9XA 4O55A 1JLFA 1QVGM 3W0LA 3WQUA 3LPTA 4JLHA 4EP4A 4HVJA 1HKBA 1ILYA 2B4JA 5AQMA 5DK5A 4B1ZA 4RCHA 2YHAA 4BRQA 3OYNA 4KHQA 4F9OA 2YHXA 5AZIA 1XC3A 4KHNA 4CK3A 4PUOA 3L0QA 2DY4A 3J7ZO 1E3MA 4M3WA 2HF3A 4BGBA 4ISFA 3KKRA 3U3YA 4K0KK 1EWQA 1IKVA 4DSIA 4BRMA 1O1WA 2KZZA 5AQXA 1VSEA 3QIOA 1BA1A 4O0JA 5K14A 1LW0A 4CGGA 1EETA 5EVZA 1RT6A 2CGJA 4CGJA 1ASVA 4CJRA 1OKJA 2FXUA 5FROA 4KHSA 3QNNA 4E7KA 3V6DA 4CZHA 4BC2A 2ITMA 1J53A 1W0HA 3AVAA 3NDKA 2F8SA 3PSIA 4HCBA 3K9JA 3SUNA 3UKRB 3PY8A 1S9GA 1BA0A 2RHKA 2ZGZA 3ZT2A 4Y1CA 3O9TA 3D0PA 4M45A 4O8KA 3DLHA 5M1PA 1CXUA 4DB3A 3H1QA 2P5OA 3MN6A 4N56A 3NFAA 4DV2K 2UYTA 4DHYA 5F2RA 2ZF5O 1T8EA 1KFDA 3ISNC 3K5LA 1NOYA 4BVPA 1HMVA 2ZJPL 4I9QA 2ITGA 1K9MO 3SYZA 1NU0A 3HO1A 4CJ5A 1ZBFA 5JS2A 4YHHK 2D0AA 1HQUA 3VQAA 5KGXA 3GG4A 1TKTA 2P9LA 3G0ZA 2FBTA 4GVMA 1YHQN 4O44A 1SL0A 2Q0RA 3Q7BA 1GLFO 2WOMA 1FKPA 1JLAA 2NRRA 4KTQA 5GADP 3W3DA 4BRGA 1R0AA 3OYFA 3OYBA 3FZMA 4H0VB 1GLDG 3THYB 5CY4A 1NBWA 4JS5A 3WEEA 4M3YA 4BRFA 4AH9A 1VSKA 3J8AA 3KHYA 4CEQA 2FSKA 1FW6A 2OCEA 4X65K 4JYAK 3OBWA 2GBZA 3PIOL 4YOVA 1HNVA 4FM0A 3L4QA 4FWRA 4H5RA 4PKHA 3OW2M 2HHVA 2QEXN 4LFAK 2VG6A 3V9WA 1RBUA 2BGGA 3VQ6A 1OH8A 3FGUA 4CEBA 4CF0A 3QEXA 1NKCA 4KH4A 3KD5E 3H3OB 3LP2A 4FLVA 3SI6A 4N41A 3IMXA 3KWIA 1KC8O 4IKFA 1WAJA 3MCPA 5AQVA 2OTJN 2GV9A 1T03A 1BU6O 3VEYA 1HKCA 4KTWA 3KTQA 3EKUA 4FLZA 3SV4A 1MDUB 3OYAA 2QWNA 3U9ZA 3WQTA 3CPEA 4JV5K 4NXMK 3QERA 4KH6A 3LWMA 3VQQA 1HNZK 4BACA 4NYFA 3MK6A 1CZBA 1JLBA 2YV0X 4BRCA 2HHSA 1SKRA 4BR7A 1OH6A 2VGMA 4KBOA 2ETJA 3HL8A 5ADXH 3OYHA 4FJKA 1D8YA 4DTMA 2F4VK 1VSFA 1WSEA 4CJEA 1NK9A 1Y64A 3SJJA 3AVJA 1YJNN 1X3NA 2ZE2A 5A2QO 4BREA 4LSNA 4FJHA 4BGAA 1RTJA 5AZJA 5C42A 3M8QA 3WXIA 4JKGB 2HSTA 3LWLA 4KB0A 3D6RA 3CCEN 3SLCA 4YOYA 3AO3A 4CZIA 1BUPA 1CZ9A 1P90A 4B9VA 2UXBK 5BN9A 1JCGA 2G8HA 4DU1A 3P38A 3K9KA 4Z4IA 3CCUN 4CZFA 3VQ8A 2IGIA 4B9NA 3IG1A 3AA4A 1Z25A 3RMDA 4CCHA 4FPBA 3RR7A 1NJZA 4H0XB 5LJWA 3OYKA 3NF8A 3O3FA 1ZBIA 3E66A 5AQFA 4DLEA 1NWKA 5BN8A 3ITHA 1JXBA 4BR0A 1KVAA 2NRVA 3OYJA 1SQKA 1RT2A 4J8FA 1J6ZA 1QSLA 1HNIA 4HCCA 3O1BA 3VQ5A 1O13A 3TAFA 3L2UA 3CC4N 3UKUB 3O1WA 4C1NI 2NRHA 4N76A 3MWPA 4W5NA 4W5QA 1HX1A 1JJ2M 1RBRA 4RW7A 3ULEA 3CIPA 4QOZB 1S1TA 5C10A 3G4SN 4I7FA 4GMJB 2OPQA 4X62K 3B6PA 4CZJA 3JYTA 1WBDA 3O6WA 1TUYA 2NRTA 4H0OA 2CGKA 5EOYA 4Q5VA 5BRDA 5AQNA 4DQPA 1J5OA 3AO2A 4FVMA 4CBXA 4OGEA 2HW3A 2VCPA 1TYQB 2XY6A 2YJEA 1TK8A 1D9FA 4BR5A 2BDPA 1S9EA 1X3MA 3GL1A 3MXJA 5LY3A 4FLXA 4Q0BA 3HSTB 1W7AA 1S1VA 2Q0UA 3L2RA 3HT3A 1Y97A 2Z1GA 1DEJA 1MWKA 1X9JA 5F1XA 4CJVA 5CZ1A 5AQZA 2YJFA 3CJCA 2OZMA 2AJQA 4JKFA 4CEEA 2HMIA 2PBDA 4FJNA 4CJQA 4CEZA 3T3FA 3ZCMA 4CJPA 2UUCK 1OVQA 4OPHA 3QESA 1GLBG 5KRTA 3M8SA 1DLOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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