The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LL6 Z; 4DR3 K; 4LFA K; 4B3T K; 1N32 K; 4GKK K; 4JI2 K; 4DV4 K; 4DV6 K; 4DUY K; 1XMQ K; 4LF7 K; 4AQY K; 5BR8 K; 5LMN K; 5IT9 O; 4DV7 K; 4DR5 K; 4LF9 K; 4X65 K; 4JI3 K; 4DV0 K; 4GKJ K; 1IBK K; 2UXD K; 4YY3 K; 4JI4 K; 2E5L K; 3T1H K; 4JI7 K; 4LF8 K; 1J5E K; 4JI1 K; 5LMU K; 1IBL K; 4LFC K; 4DR6 K; 4X64 K; 2F4V K; 4DV1 K; 3J7A P; 2UUA K; 4LF5 K; 4NXN K; 4K0K K; 3J80 O; 3T1Y K; 1HR0 K; 1N33 K; 1HNZ K; 2VQE K; 4LFB K; 4DR1 K; 3J7Y P; 4KHP K; 3J81 O; 2UXB K; 4LF6 K; 1N34 K; 4DUZ K; 4X62 K; 1XNQ K; 1FJG K; 4B3R K; 1XMO K; 2UUB K; 4JI0 K; 4CW7 B; 2VQF K; 1XNR K; 5AJ3 K; 4V19 S; 1IBM K; 4DR7 K; 1HNW K; 4DV5 K; 3OTO K; 4JV5 K; 1N36 K; 4DR2 K; 4JI6 K; 2UU9 K; 4X66 K; 4YHH K; 4JYA K; 1I94 K; 4B3S K; 4OX9 K; 4NXM K; 4B3M K; 2ZM6 K; 5FLX O; 1HNX K; 4CVN E; 3JAM O; 4DV2 K; 4JI8 K; 5IWA K; 2UXC K; 4JI5 K; 4LF4 K; 4DR4 K; 2UUC K; 2HHH K; 4DV3 K; 5A2Q O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2O8E A; 1OVQ A; 3BP8 A; 1WOQ A; 1HYV A; 1T6D A; 3DRR A; 4OKK A; 2Y1J A; 5BN8 A; 4JLH A; 2YNH A; 1ZYQ A; 1IG9 A; 1NJX A; 4CK3 A; 3MWP A; 2QWQ A; 4CJR A; 4FLT A; 1NGH A; 4DV4 K; 2QKB A; 2PBD A; 2X6N A; 2P9U B; 4JD2 B; 2HHU A; 2OPR A; 4KB0 A; 5AQO A; 2HBK A; 2VWB A; 4LH4 A; 4BRF A; 2YI1 A; 3PX4 A; 1SQK A; 3ZLJ A; 4GKJ K; 3MMV A; 2OAN A; 4CZK A; 1U2V B; 4Z4H A; 4JI4 K; 5KQD A; 2H3G X; 3L8B A; 2A1R A; 5C24 A; 1A5W A; 3U4L A; 4NYN A; 2DFF A; 2FBY A; 4B1Z A; 4OGE A; 4FWQ A; 3WNE A; 1RBR A; 1NJZ A; 1QSY A; 1JCF A; 3F5T A; 4I9Q A; 4CGG A; 2P9L B; 4FL9 A; 3SMP A; 1LOT B; 4IZ9 A; 5I9E B; 4CHY A; 1OH7 A; 4U67 L; 4CZM A; 4B1V A; 2Q0U A; 4KHQ A; 1DKG D; 1VQ9 N; 4AIL C; 1RT7 A; 5AQN A; 4IFV A; 4DUZ K; 5K14 A; 3ZCM A; 3KK2 A; 5AZI A; 4JKH A; 3B6O A; 4DR7 K; 4E1N A; 3AVK A; 2QTD A; 4NLC A; 1YI2 N; 4N41 A; 4CJ5 A; 4OX9 K; 1QSL A; 1BG3 A; 3TAP A; 4BGA A; 1TKD A; 2OZM A; 4GVE A; 1GOA A; 4JK7 A; 3IRX A; 2A41 A; 4FWL A; 3VQ9 A; 4CVN E; 3QIO A; 4YNQ A; 4KTZ A; 1NK9 A; 4FJM A; 1NJY A; 4DR4 K; 4DTU A; 3A0I X; 5LJV A; 1TV6 A; 3M3Z A; 4BRH A; 5GIN A; 3L2W A; 1RDD A; 2F9T A; 2OPS A; 1VQ6 N; 4KI4 A; 2WC9 A; 2ITM A; 2KHO A; 5BR9 A; 4LY7 A; 1KXP A; 1OKJ A; 3BZC A; 3G0Z A; 5AQW A; 4CEA A; 5FPE A; 4C23 A; 3R9P A; 3THV A; 2D5R A; 1RCH A; 4K43 A; 4I6M A; 3U3G A; 4CJW A; 3EY1 A; 5KRS A; 2OTL N; 3DXM A; 4WQ4 A; 3VQ7 A; 3JXU A; 4YY3 K; 2W42 A; 5C10 A; 3N4P A; 3CG7 A; 4JEP A; 2VG5 A; 3H3N O; 2UYT A; 3A5N C; 3SNN A; 1VRT A; 2HBM A; 4NXN K; 2NLX A; 4O5B A; 2B6A A; 5M1Q A; 2D0P A; 1D9D A; 1ATN A; 2A5X A; 1VSJ A; 3LWL A; 4KTQ A; 3ZSY A; 2F7T A; 4B8C A; 2NRV A; 3NE6 A; 4M63 C; 3TAM A; 4KHP K; 1LWF A; 3DLB A; 3N4Q A; 5EVZ A; 1L3T A; 3NBP A; 2X78 A; 5AQJ A; 3D2F A; 4O44 A; 2YNG A; 2KFN A; 3WXI A; 4J2B A; 5EXW A; 3FE1 A; 3AVL A; 3AVF A; 2FLO A; 3HPH A; 4CEB A; 2KLA A; 4X62 K; 3TI0 A; 3OJS A; 3OYD A; 1FJG K; 3EZW A; 4E0D A; 5C2D A; 4FJX A; 4IBN A; 1RTD A; 2BH1 A; 4PWD A; 3DLL L; 1QHA A; 2F8T A; 4CFD A; 5C2F A; 1HPZ A; 2O8C A; 4CZH A; 2YJF A; 4M42 A; 3OYH A; 3OVN A; 1GLL O; 3ATV A; 4MLH A; 5CZ1 A; 1N36 K; 4CZL A; 2KKZ A; 3TAR A; 1UA0 A; 1WB9 A; 4DQ8 A; 1HX1 A; 1GLE G; 3HP6 A; 1LW2 A; 3VMF B; 1BCM A; 4FWS A; 5M1N A; 1GLD G; 4FPA A; 3NH2 A; 5CE3 A; 4KHU A; 1B9F A; 4FSV A; 1K9M O; 3ULE A; 2P9S A; 3AGK A; 3CM5 A; 1KFD A; 1VSH A; 3MEE A; 2HBL A; 3VEZ A; 3H6E A; 1WUA A; 4CJE A; 4JKG A; 3NH1 A; 4J2E A; 4A59 A; 4RW8 A; 1QVG M; 4PUO A; 3O4N A; 1YAG A; 2VG6 A; 3CCV N; 4UY8 O; 3ISN C; 4JHD B; 3IMX A; 3MN7 A; 4JKA A; 1T6C A; 3E9O A; 3LWM A; 3THW B; 4LSL A; 3S3N A; 4F2S A; 3A8Y A; 3CCL N; 3R1X A; 5BRE A; 4M45 A; 2AJQ A; 3VGK A; 2GUI A; 2UXD K; 3O1W A; 3NGI A; 4JAX A; 1BUP A; 3EZ5 A; 3GOI A; 2GX9 A; 4IFY A; 5CZ2 A; 1RT1 A; 4GMJ B; 2ATQ A; 1S1T A; 4K42 A; 4MO4 A; 4CBW A; 3OYI A; 4OKE A; 3RR8 A; 3OYK A; 5C25 A; 3KHY A; 4IKF A; 1HR0 K; 1BL3 A; 1WSI A; 4DSJ A; 1BQM A; 4BRM A; 4Z4C A; 2XO7 A; 3RMA A; 5T7B A; 4FJ7 A; 3SAH A; 3J7Y P; 1WSE A; 2FBV A; 2JWL A; 3NF6 A; 4BC5 A; 3O5B A; 4YOX A; 1ZBF A; 3C7N A; 4CJ4 A; 3LZJ A; 1RIL A; 3CER A; 1TAU A; 5H1S Q; 3GBT A; 3NVK A; 3AA2 A; 3BF3 A; 3UB5 A; 3O9S A; 4JK8 A; 1VQ4 N; 4H0V B; 1EWQ A; 4CZE A; 1UWB A; 3SPY A; 4CW7 B; 1TK0 A; 3WEE B; 2ASM A; 2VCP A; 3AVI A; 2HHQ A; 4FWN A; 3QEV A; 5M1K A; 2QI2 A; 4DV5 K; 1W97 L; 3LDQ A; 1HJO A; 4Z4E A; 3NF9 A; 3VEY A; 3I55 N; 3LAM A; 2IOC A; 3CJ7 A; 5GIP A; 1LCU A; 4FLU A; 4OGC A; 3SQ0 A; 4B3M K; 5FLX O; 1DTT A; 4CZI A; 3JAM O; 4BR4 A; 1R59 O; 3HZ6 A; 3O3G A; 3K5L A; 1QSS A; 3J8A A; 1KQS M; 3D2E B; 5JVG L; 1VQ7 N; 3C6H A; 4JI5 K; 4LF4 K; 4E7L A; 3Q7C A; 4BRD A; 3CCE N; 4BVO A; 4CES A; 1SUQ A; 1X9M A; 5M1O A; 2ITG A; 4CGI A; 1Z6R A; 2BE2 A; 4F9O A; 1EXQ A; 4FZX C; 4IO8 A; 2GEL A; 3EKS A; 1L3V A; 4DWI A; 4GKK K; 3H1V X; 2KW4 A; 3HI0 A; 3ZSV A; 3FZL A; 4DTX A; 1XMQ K; 2QWN A; 3TSQ A; 5BR8 K; 2P9N A; 1SKW A; 3U8X A; 2HHX A; 1OH6 A; 4RWT A; 3OYB A; 5AQH A; 3MXJ A; 1IBK K; 3RRG A; 3QER A; 1G99 A; 3A5O C; 2ZJQ L; 4FK2 A; 2E5L K; 4W5Q A; 3V9S A; 4YOV A; 4LF8 K; 3QO9 A; 1T7P A; 3KD5 E; 2E2O A; 3M1F A; 3HPO A; 4YOW A; 4O4G A; 4DV1 K; 1JL2 A; 1BI4 A; 1NG9 A; 1N33 K; 4FM1 A; 1NJI O; 4DQQ A; 1EET A; 3WNG A; 4G9Z A; 2W40 A; 4GW6 A; 1HQE A; 4KHS A; 2HOE A; 1NKB A; 3V9W A; 4DS5 A; 1YVN A; 1L5U A; 3ZYY X; 3RSE B; 3PUF A; 1K8K B; 4AHS A; 4C8L A; 4FJN A; 1WNS A; 1KLM A; 1NMN A; 5AQU A; 4MDA A; 3ATU A; 4CEQ A; 3OYJ A; 5AQS A; 3DLR A; 3O9Q A; 2IVP A; 3V6D A; 1C1C A; 4H5V A; 3EKU A; 5FPM A; 3QIC A; 2D0A A; 4CER A; 4W5T A; 1HPM A; 4ICL A; 1K6Y A; 1JXB A; 1ZC6 A; 1KC8 O; 3B6P A; 5BRH A; 3PO5 A; 2WFB A; 3TTD A; 2NZT A; 2Q0R A; 3I56 N; 3SUO A; 5AFU A; 1V4T A; 5HLF A; 1BIZ A; 1KTQ A; 3VA0 A; 1QQN A; 1XHX A; 1BGX T; 1VSE A; 5AZJ B; 2Q1N A; 3P1G A; 2IIR A; 1DTQ A; 1BO5 O; 4O8U A; 3SZ2 A; 3LDO A; 1XHZ A; 4DU3 A; 1QHT A; 1RDC A; 5FRM A; 3SBT A; 3ZSW A; 1NKE A; 1L3U A; 3QNN A; 4BR9 A; 1RFQ A; 1RBS A; 3KD1 E; 3DM2 A; 1Y64 A; 4IOC L; 1UAX A; 3EL2 A; 1UA1 A; 5ADX H; 2NRX A; 4FLW A; 3JSM A; 3L2Q A; 4BR0 A; 4GV9 A; 2O8F A; 3NFA A; 4ELU A; 2GEM A; 2KZZ A; 3VQB A; 3P4I A; 4F8R A; 2WTU A; 4FWR A; 2O8D B; 2XRI A; 4DV0 K; 1QQO A; 2BGG A; 2RE2 A; 3AVG A; 2E1Z A; 3VER A; 3OY9 A; 3AAP A; 3CPW M; 1WBD A; 2FSN A; 5F2R A; 1B92 A; 1SL2 A; 2P9I A; 2F4V K; 2WON A; 2YV0 X; 2DPN A; 2NRT A; 3TAE A; 5KPZ A; 4OPH A; 3QES A; 3H1Q A; 4DQS A; 1X3N A; 3LL3 A; 1IKV A; 4M3R A; 4FJ9 A; 1Z26 A; 1LAW A; 3GE1 A; 4A2B A; 1IKX A; 3L2U A; 3FZH A; 3CCJ N; 3L6Q A; 1H1V A; 1VQ8 N; 4LF6 K; 4WF9 L; 5E26 A; 2LSN A; 3P83 D; 5AQV A; 2E4L A; 5KRT A; 1Q81 O; 1W7A A; 4BE0 A; 3HTV A; 4O5F A; 4B3R K; 3CJ9 A; 4DTS A; 4LD0 A; 5TKY A; 4PA1 A; 5M1F A; 1TL1 A; 3VF2 A; 4JV5 K; 1E3M A; 5CHI A; 1DT9 A; 2P51 A; 4JI6 K; 3VET A; 5BPM A; 4PKG A; 5CY4 A; 3SJJ A; 3CD6 N; 3CJB A; 2QEX N; 2GV9 A; 2B5J A; 3MN9 A; 1P8Z A; 2VGN A; 1KSP A; 4MFB A; 5FRN A; 4HUG A; 4E7J A; 4B9L A; 4DF8 A; 4DG1 A; 4PKH A; 5IWA K; 4FLV A; 2YKN A; 3SJH A; 4Z4G A; 2IDO A; 1LV5 A; 1QE1 A; 3BDP A; 1J54 A; 1X9J A; 3SAG A; 2UUC K; 4CGD A; 3CCR N; 1C0M A; 2KQ2 A; 2RPI A; 1MWK A; 4FWK A; 3NMU A; 3U3Y A; 1J6Z A; 1QQC A; 2IS3 A; 2P9K B; 4FLX A; 3THY A; 3WXJ A; 1JLB A; 4LF7 K; 1KLN A; 3LP1 A; 2WUS A; 3ENB A; 4BRG A; 4HTU A; 2WBN A; 3U6F A; 4CF2 A; 4JI3 K; 1HNI A; 1GOC A; 3THX A; 2PYL A; 2CGJ A; 1ZBI A; 5AFU H; 3AO5 A; 3G6E N; 3OJU A; 2OCE A; 4FJH A; 3VEV A; 3CM6 A; 4CZJ A; 1NGC A; 1U47 A; 2B4J A; 3PIP L; 4JI1 K; 4M7X A; 5LMU K; 3VQ4 A; 3FZM A; 2NRZ A; 5ELZ A; 4XH4 A; 1VSM A; 3J80 O; 3FR0 A; 4ISE A; 3TPQ A; 3VQ5 A; 3BEX A; 1YJN N; 3EE8 A; 2HHT A; 3AGR A; 1O1W A; 4RW6 A; 5KPR A; 4BR7 A; 4CGH A; 1W2B M; 3EYZ A; 1WSG A; 3S9H A; 5AQX A; 5BRF A; 2PY5 A; 4B9T A; 3V9X A; 2YHW A; 4BR5 A; 3DOL A; 2JLE A; 2V7Z A; 2FSK A; 4E3S A; 3AVB A; 3SQ2 A; 5EU7 A; 2Q31 A; 4F3T A; 4AHU A; 1RDU A; 2ZE2 A; 4M7Y A; 1NU0 A; 3F73 A; 1XNQ K; 4E89 A; 3QNO A; 1TK8 A; 4QS9 A; 3O4Q A; 4CED A; 4V19 S; 3DLK A; 1BA1 A; 1QZ5 A; 3CC2 N; 1LWE A; 3AVC A; 3NDK A; 3OW2 M; 4PHT X; 2O4G A; 3KKR A; 3KKS A; 1I94 K; 4IDH A; 2JWK A; 3KLH A; 3VGL A; 3HK2 A; 1HRH A; 3D7E O; 5GAE P; 3ALY A; 4CI6 A; 3MX2 A; 4BRP A; 2Q97 A; 4IG3 A; 4JKF A; 1HQU A; 4F3O A; 4B1U B; 3G4S N; 4A62 A; 4CFC A; 4KRE A; 2QWR A; 2E2N A; 3L2V A; 4Q0B A; 2G8V A; 4CD3 A; 1ASW A; 3O4W A; 1ZBH A; 2X6S A; 2VWK A; 4DKW A; 2ASP A; 4DHY A; 5HRO A; 1U04 A; 3PO4 A; 2AA4 A; 5GAH P; 3ZSO A; 3V4I A; 3AVH A; 4CEF A; 1C0T A; 1S5J A; 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4DV3 K; 4CIG A; 4OPA A; 1NWK A; 4LC9 B; 4CF1 A; 1NBW A; 1HJR A; 1J5O A; 4CJQ A; 1NGB A; 4RTF D; 1HYS A; 3HOS A; 1WAJ A; 2YNI A; 2EWS A; 2HHW A; 2KTQ A; 3VEN A; 1VQO N; 1J53 A; 3E01 A; 4E7H A; 1C0U A; 4DLG A; 1Q9Y A; 4B1W B; 3ZEU B; 3VTH A; 3OYL A; 1EKE A; 2VYP A; 1TVR A; 4CEC A; 4CHP A; 3LM2 A; 3AA5 X; 3EEQ A; 1Q86 O; 1NK4 A; 3LDP A; 2QWM A; 1TGO A; 5JS1 A; 3LDL A; 3DI6 A; 2GTD A; 4JNE A; 1HMV A; 3PY8 A; 4J2D A; 1C6V A; 3LP3 A; 4DU1 A; 4CF9 A; 3J7A P; 3HP9 A; 2Q36 A; 3LPT A; 4K0K K; 3BUZ B; 4KTW A; 3LP2 A; 1QQM A; 3UE5 A; 3SK3 A; 1RT5 A; 1RGI A; 2HVH A; 3TAN A; 4CJ7 A; 3QET A; 1X1P A; 3OYC A; 3QEX A; 4CK1 A; 3B8A X; 2O8E B; 1GLJ O; 1ITG A; 4MDB A; 3VQD A; 1S22 A; 2HB5 A; 3D45 A; 5AQY A; 4B9S A; 1FKP A; 4FJK A; 4IWV A; 3KLG A; 4BE2 A; 3CYM A; 4CHN A; 1NK8 A; 2RN2 A; 4BG9 A; 3NHG A; 4EIA A; 3K57 A; 3VPZ A; 4I2Q A; 3VQC A; 4ELV A; 3K5O A; 3DXK A; 4K25 A; 4FW2 A; 3E66 A; 4FK0 A; 5AQL A; 1D4X A; 1NGD A; 1JLE A; 3K5M A; 4HUE A; 3DLE A; 4JRQ A; 4WQ5 C; 1VQP N; 3P38 A; 4DFP A; 2BAN A; 1RTH A; 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