2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Chaperone
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
2A3ZA 2J4RA 4M7YA 1RGIA 2FXUA 1GLJO 2YJFA 1K8KB 3O08A 4XH4A 2F9TA 3O80A 2E88A 2ZF5O 4H0XB 4YDUA 4BRQA 4MLEA 2KHOA 3L6QA 4H5WA 1HLUA 4JD2B 4ISGA 1JCFA 4DHYA 2IVNA 2P9LB 5AQUA 2I7NA 4JN4A 1ZC6A 4CZHA 4BRFA 4KBOA 1WOQA 5EVZA 3FZLA 5F1XA 1RFQA 4XEIA 1XC3A 3CI5A 2Q31A 3DJCA 5F0XA 3BF3A 4FWMA 4PL8A 4A62A 2AP1A 2VWBA 1YUWA 4CZFA 2CGKA 3CIPA 3DXMB 3UKRB 4H0YB 1ATSA 2Q1NA 3TU5A 1TUUA 5BPMA 2YCHA 2Q36A 3ATUA 4RCHA 1QZ5A 4CI6A 2D4WA 1KAXA 3KHYA 3UB5A 2FF3B 3VF6A 5AFUH 3AY9A 5AQGA 1NMDA 3WQUA 2UYTA 4H0PA 4FOIA 2CH6A 3ULEA 4CZIA 1NGAA 3FGUA 3MMVA 2QWOA 3CJ1A 4I6MB 4BG8A 5AZIA 3WXKA 3L4IA 2P9UB 5BN8A 2P9PA 4FO0A 1MA9B 4K43A 3LDOA 4BQZA 1RDWX 3R9PA 1NWKA 5EX5A 4Z94A 1IJJA 3LM9A 3BP8A 5AZIB 3MN6A 2FSKA 4CJ7A 3FZKA 1LOTB 4B1VA 1NGBA 5AQKA 2HMPA 3BUZB 4BRNA 3A8YA 2FSNA 3DWLA 3M3ZA 2V7ZA 2QWMA 4RWTA 5FPDA 3C7NB 2FLOA 1ZBSA 5EOYA 3J8AA 4JAXA 5EXWA 3VPZA 2W41A 4BRMA 4IJNA 3WQTA 3OHRA 5AQFA 2ZGZA 2H3GX 5ADXH 1Z05A 4MLHA 4BG9A 2QM1A 3CHWA 2VYPA 3A5NC 3MN9A 5AQLA 4BRIA 3DAWA 1GLAG 4NB4A 5TKYA 4DQ8A 2QXLA 4JHDA 5FPEA 4FPBA 3U9ZA 3VF2A 4WYBA 4CBXA 1J6ZA 2GWKA 2Q0UA 4JD2A 3D2FA 4EHTA 4BC5A 1C0GA 3CJ7A 1R59O 1BDGA 5EY4A 4DB3A 5E84A 2QW9A 3H46O 5F2RA 4K41A 3CETA 2HF4A 3SMPA 1HKBA 3D2EA 4PL7A 2PAVA 3AAQA 4BQLA 5AQTA 4BRGA 3AAPA 3QICA 1GLEG 4ISFA 4BRHA 1U2VB 3EZWA 3S41A 1NGDA 4GNIA 2BUPA 4HWIA 4CBUA 2HF3A 2IVPA 2DPNA 2NLXA 4FWLA 4M7XA 4B1WB 4BGBA 5LY3A 3C7NA 3WXJA 5CE3A 1NBWA 3DXMA 3A5MC 2YJEA 3BF1A 1V4SA 3M1FA 5BPLA 1TYQA 1DKGD 2P9IB 2HOEA 3VEVA 4FWOA 3FR0A 4J8FA 4BR4A 2GELA 1GLLO 2P9UA 1QHAA 3WT0A 1NM1A 3LL3A 1KAZA 4AM6A 1SZ2A 1BUPA 2P9LA 3VEYA 2YI1A 4BRCA 2I7PA 1QQOA 4Y0WA 2OANA 1ATNA 1Y64A 4IJAA 3HZ6A 1OKJA 3RSEB 1S3XA 2P9KA 1EQYA 3O8MA 5AQWA 2EWSA 1U2VA 5AQHA 1KXPA 3M6GA 4H0OA 1QQMA 4BRKA 5AQZA 5AR0A 5JICA 4EAHD 4FWNA 4PKGA 1U6ZA 3GG4A 4BR0A 4LC9B 1MWMA 1KAYA 3GE1A 4XH5A 3WXLA 3QBWA 4FL9A 3ENOA 3QFPA 5KPRA 3WXIA 3H3OB 4IZ9A 1X3NA 4BREA 4CD3A 3HI0A 3D2FB 4BROA 2NZTA 1GLFO 2V51B 4IWVA 1TUYA 1LCUA 5I9EB 2NRHA 3LDQA 3CJCA 3CJAA 2E1ZA 3SJHA 4GY2B 3VEWA 2E8AA 1BO5O 1YXQA 2IVOA 3MCPA 3A5OC 3ENHA 4EFHA 1MDUB 3I8BA 3LM2A 3LDPA 3D7EO 4FWPA 4MO4A 4O5FA 1ESVA 3H1QA 1DGKN 2QWRA 3VGLA 4O8KA 2YHXA 1V4TA 1DEJA 5JLFA 1X9JA 3G25A 4IXCA 5ELZA 4BRPA 3ZEUA 3EN9A 1MWKA 4FOEA 3D2EB 2A40A 4I6MA 3VERA 3U9DA 2E2QA 1Q18A 3R8EA 5AQXA 2VCPA 4QS7A 5BRFA 2A41A 5AQYA 3H45C 4FWRA 4L3QA 4K42A 4H5NA 3H3NO 3FE1A 5KQ8A 1HKCA 2F9WA 3L0QA 2P9NA 1HUXA 3ZETB 1YAGA 1Z6RA 4BGAA 3GDQA 3CQYA 5JLHA 3CJ9A 4B1YB 1GLBG 3RSEA 4CD1A 1TYQB 3W3DA 5AQJA 3MN7A 3C0BA 4BR7A 4FWQA 2ASOA 2GUPA 5AQVA 1BU6O 2Q0RA 4H5TA 3BEXA 5BRHA 4A2BA 2E20A 1D4XA 4HTLA 3A5LC 3FZFA 1ATRA 4EHUA 3O1BA 4H03B 5BR9A 2Q2RA 2CGJA 3H6EA 3QMLA 5AZJB 3SLCA 3GBTA 4H5RA 2ASMA 4A61A 2FSJA 4AM7A 4CZLA 3GL1A 3CJBA 2PBDA 3UKRA 4B1ZA 3O5BA 4IO8A 2E2OA 3EKSA 4PKIA 2GEMA 2AA4A 4CZMA 5KQDA 3IUCA 3A0IX 1XUPO 1NGJA 2ASPA 1E4FT 1P8ZA 5KPTA 1BOTO 1E4GT 1NGFA 2D0OA 4A2AA 2GWJA 2E2PA 4BRDA 1SQKA 5AQMA 4DCHA 4FWKA 3IMXA 3ZX0A 3DXKB 1IG8A 3FZHA 2QWQA 1WUAA 3WEEB 5BPNA 4B1UB 4CZGA 4FPAA 3VEOA 3IDHA 5KPZA 2YHWA 1CZAN 2E1YA 2WUSA 3EO3A 1YVNA 2QWLA 3VF4A 3O1WA 3ULEB 3FFKB 4QS8A 4CZEA 4E1JA 1T6DA 3ZEUB 3JXUA 3H1VX 2CH5A 4CZKA 4FSVA 1BA1A 2P9SA 1HJOA 2V7YA 1T6CA 3UKUA 4BC2A 4BR2A 5AQSA 1ZXOA 3WUHA 3VEZA 4BC4A 4K25A 4WQ4C 1HKGA 3JS6A 3P4IA 4XH1A 2D1KA 3LDNA 3AARA 3TPQA 4BR9A 3O4WA 3SK3A 1C0FA 3UE5A 3HSCA 2ITMA 2P9SB 3MK6A 3O6WA 4QS9A 3VENA 5ADXA 1T44A 3U8XA 3DXKA 2QWPA 5AQRA 5AQPA 2V52B 3CQXA 4PKHA 5BN9A 4EIAA 1XQSC 3LDLA 3QB0A 3EKUA 5E26A 4F9OA 5LJVA 1NLVA 1HX1A 2QWNA 3VOVA 2GTDA 4H0VB 2A6AA 3VGKA 1JCEA 3B8AX 1HPMA 3VESA 4H5VA 4JHDB 1H1VA 3VEXA 4B9QA 4BVPA 2P9NB 3KZBA 3ZETA 3W0LA 2P9PB 3QBXA 3VETA 1NGCA 4B1XB 3HM8A 2A42A 4ISEA 3HTVA 4H0TB 3EL2A 1QQNA 3ZX2A 3F9MA 4CBWA 2A5XA 1GLCG 5LJWA 5AQIA 4YDUC 5B8HA 3FZMA 2YHYA 2ZWHA 4WQ5C 3FLCO 4BR5A 3U4LA 5JMVA 1S22A 4MO5A 2CGLA 2ZGYA 3MDQA 3QFUA 4CZJA 5AZJA 2BTFA 1NGGA 5FPMA 3UKUB 3GOIA 4BRAA 4C23A 3MN5A 3R6MA 2IIRA 1BG3A 1SAZA 3ID8A 3SMSA 1X3MA 4WQ5A 5AFUA 1G99A 4RTFD 1QZ6A 4NO7A 5AQNA 1BA0A 5FPNA 3I33A 5AQQA 5BRDA 4FWSA 1JCGA 1BWFO 4M63C 4BC3A 4BVOA 3KVGA 3VGMA 2FF6A 2E2NA 3WEEA 3CERA 5BREA 3QDKA 2Q97A 2P9IA 2D0PA 1GLDG 2W40A 3HBTA 1K8KA 3IFRA 4WQ4A 1NGEA 4JNEA 2P9KB 4BRLA 3ATVA 3ZX3A 1NGHA 1NGIA 5AQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EYZA 4DQQA 2W6LA 4NXMK 1VQ6N 2ZE2A 2YJFA 3CQ8A 1Z25A 4A57A 2ZJPL 1NKCA 5LL6Z 4XH4A 3O80A 4J2EA 4YDUA 3G6EN 3OS2A 1KD1O 4LY7A 3KLHA 1HLUA 3HSTB 3LDSA 4HUGA 5CZ2A 3G10A 4CZHA 3QETA 1WOQA 3FFIA 3Q7CA 5F1XA 2QEXN 3ZSVA 1RFQA 4XEIA 3ZYYX 4LSLA 3OYEA 3PY8A 2X74A 2PFUA 2Q31A 1Q81O 1YT3A 5CR4A 4CJFA 2G8KA 3RR7A 4A62A 4PL8A 3QEXA 1VQ7N 3DXMB 3UKRB 4H0YB 4FCYA 3NF9A 3ATUA 1QZ5A 4CI6A 3QEPA 4Z4IA 1KAXA 4N5SA 1VSKA 1NJYA 2WONA 2FF3B 4BWJA 3I55N 5AFUH 1VQON 1NMDA 1S72N 2O4IA 3HP9A 1RNHA 3ULEA 1S5JA 1XWLA 2OTLN 2QTDA 2YNGA 4PWDA 1K6YA 4BG8A 2RE2A 3L4IA 5BN8A 3TABA 1OH5A 1EWQA 3AV9A 1VHXA 4KO0A 4RW8A 4BQZA 1T7PA 3R9PA 3RRGA 1RDUA 3TAQA 4C1NI 4KTQA 3LM9A 3VQPA 2HNZA 3MN6A 4CJ7A 1D9FA 5TKWA 1NGBA 4CJSA 3BUZB 4BRNA 1BIZA 1VSLA 2QWMA 3J8AA 4JAXA 1JLEA 2YNHA 4GMJB 4JK8A 5C15A 3M8RA 4Z4FA 5C25A 3CXCM 3E66A 4CEBA 4DR3K 4PHTX 1Z05A 4LF8K 1HNWK 4BDYA 2WTUA 4DLGA 5AQLA 2RF2A 4QOZB 4DQ8A 4LFBK 1S1VA 3CCUN 1IO2A 3SPYA 4JD2A 4OO1J 3DLKA 1J53A 4BC5A 4OJRA 3U6FA 1HRHA 1VSJA 4K41A 3ZSYA 4Z0UA 3HVTA 2HF4A 2YHAA 1VQMN 4A59A 4CJ3A 4BQLA 5AQTA 3AAPA 3QICA 3V81A 3C6UA 3BDPA 1NOZA 2YNIA 2XO7A 1GLEG 4U7BA 4YOVA 1BISA 1NGDA 3HPGA 2NLXA 4B1WB 1SL1A 4DV1K 3C7NA 3KLGA 3ZT3A 5CE3A 3SAFA 3R1XA 4CCHA 1HNIA 1DKGD 2P9IB 3OJUA 2HOEA 1VQLN 3VEVA 2GELA 4JKGA 4PA1A 3L2RA 1VRUA 2G8WA 2P9UA 1NM1A 3LL3A 4AM6A 3VEYA 2I7PA 2P51A 3NF8A 4JKFA 4JKEA 3HZ6A 4HVJA 3M6GA 3S3OA 4CJTA 4O44A 4LF5K 1J5OA 4DS4A 2QI2A 1U6ZA 3GG4A 1Y97A 2OPQA 1IBKK 5JVGL 1T8EA 2JLEA 5HRRA 3WXIA 4HUEA 3SQ0A 4BREA 1I39A 4BROA 3T7ZA 2EHGA 1QSSA 3T19A 1DTTA 1IG9A 5I9EB 4DQIA 2O8EA 3K0SA 3F9KA 4GY2B 3SV3A 4Y1CA 2E8AA 5IWAK 4CIFA 1YXQA 3MCPA 3ENHA 1OVQA 1ZBLA 4FWPA 4AH9A 1JLQA 1ESVA 1TVRA 1U4BA 1RBRA 3OS0A 3L2QA 1DGKN 3VGLA 3NHGA 5AJ3K 2HVHA 4FZXC 4CJKA 1KFSA 4IXCA 5ELZA 3ZEUA 4YFUA 3EN9A 3RRHA 2IOCA 3R8EA 1Q18A 5I3UA 1W0HA 4KAZA 1IKYA 2A41A 1RDBA 1YF5L 2HNYA 4K42A 4H5NA 5D3GA 4B3MK 3NMUA 3AO1A 4FM0A 3LAMA 1HKCA 1NJWA 3ZETB 1YTUA 3PUFA 3G71N 4YORA 2KZZA 2NRTA 1Q9XA 3GDQA 3HP6A 1RDCA 4M41A 3CQYA 4KB1A 3PLAA 4CD1A 3RMCA 4U67L 3MN7A 3C0BA 3VQDA 2NNWA 2O8CA 4IDHA 3AVIA 2Q0RA 4QCLA 3BEXA 2VG5A 2FBVA 1C6VA 3MXIA 3THWB 4WFBL 3A5LC 5C2FA 5AZJB 4JI1K 3SLCA 4DU1A 3M8PA 4DKWA 3THXA 3GL1A 1TGOA 3CJBA 5C42A 4FM2A 3OTOK 4O5BA 4B1ZA 3A2FA 4CE9A 2AA4A 4CZMA 1ASVA 5KQDA 3CC4N 1XUPO 2F7TA 2ASPA 4DQRA 1JL1A 1NGFA 2D0OA 2WBNA 4DTXA 1TAQA 3PO5A 4GVEA 1WAJA 4UQGA 1N8RO 1RTJA 4FWKA 3ZX0A 1NJZA 5BPNA 4HUFA 4FJXA 3I0RA 4E7IA 2YX6A 3WNEA 2BGGA 3MWTA 4GKJK 3NBPA 4CZKA 3LPTA 2V7YA 4BC2A 4WF9L 4BC4A 2DY4A 3O9QA 5C12A 1XMOK 1HYSA 4DSEA 2D1KA 2O8BA 3DLGA 4BR9A 5GAGP 2OYQA 1C0UA 2O8FA 3HSCA 2ITMA 3TTDA 4QS9A 4FJ5A 5AQRA 5AQPA 3LWLA 1XQSC 4CFDA 1NLVA 1HX1A 4LH4A 2QWNA 4WCEL 2A6AA 1W9HA 1S6PA 4BE1A 4CFBA 3B8AX 5E41A 4H5VA 4JHDB 4CK1A 4B9QA 3KK1A 3T1YK 4NCBA 3K5LA 4FJNA 2XY7A 4CECA 3ZETA 3KZBA 3VQ8A 3TANA 4B1XB 2X6SA 4DV4K 2A42A 3ZX2A 5CHIA 4LF9K 5AQIA 5B8HA 3HJFA 4JLHA 4CJPA 2YHYA 2ZWHA 4B3OA 5M1QA 4NYNA 5JMVA 4MO5A 4JKBA 4WFAL 5AZJA 3L2WA 4N47A 3UKUB 1HQEA 3R6MA 1TK0A 1P90A 1SAZA 1X3MA 1G99A 4NO7A 4FW2A 3CD6N 2OZSA 3VA0A 5FRMA 1BA0A 1JLFA 1L3UA 1BWFO 1NK4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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