2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Chaperone
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
1HJOA 3QB0A 4YDUC 3O8MA 1LCUA 1X9JA 1JCFA 2PAVA 1RGIA 3O1WA 3FZHA 2AA4A 2BTFA 2YHYA 1X3MA 3WEEB 2YI1A 3D2FB 3UE5A 4B9QA 4O8KA 3GE1A 4NO7A 4B1WB 3F9MA 5F1XA 1BWFO 1QQMA 3DXMB 3CJCA 3FZMA 1C0GA 4BRNA 2QW9A 4BROA 4BR2A 2A3ZA 5BRFA 5FPMA 4H5TA 2QM1A 3LDOA 2Q31A 1BO5O 2FF6A 4HWIA 4IO8A 5ADXA 4FSVA 1E4FT 4EHUA 3DAWA 2P9IB 3AAQA 2YCHA 2ZGZA 4FPAA 4FWKA 2E20A 2CGJA 5KQ8A 4K43A 5AQJA 5B8HA 3MMVA 2ZGYA 2QWOA 1BDGA 4H0VB 3MDQA 3CIPA 2J4RA 3UKRB 1LOTB 4B1XB 3DXKA 5KPRA 3CJ1A 1JCGA 3A5OC 3CJAA 4KBOA 4PL7A 5LJVA 3FE1A 5LY3A 2QWNA 3BUZB 5AQYA 3VF4A 3H46O 4BRDA 3OHRA 1NGJA 5AZIA 4J8FA 1P8ZA 4QS9A 1V4SA 2ZWHA 4LC9B 3U9DA 1TUUA 5JLHA 3LDLA 4WQ5C 1HLUA 5AQPA 4BR0A 2GWJA 1ESVA 3ENOA 3KHYA 3MN9A 2V51B 4GY2B 2HF3A 1QQNA 3O4WA 3VOVA 5AQXA 4JD2A 1DKGD 5AZJB 5FPDA 3MN6A 2V7ZA 1NGDA 1QZ6A 3CQYA 3GOIA 4BRQA 3VEYA 4BRIA 3WXKA 4CZEA 2F9WA 3AARA 4IZ9A 1HPMA 2YJEA 5AQMA 2V52B 2CGLA 3QBWA 1GLJO 5BRDA 2QWMA 4MLEA 4H5VA 1U6ZA 4CI6A 3KZBA 4CZGA 4FWQA 5AQTA 2P9SA 3SLCA 3FFKB 4B1VA 3U9ZA 3I33A 1TUYA 4FL9A 1J6ZA 1GLFO 4DCHA 5AFUA 3CJ7A 1ZC6A 4BRMA 1H1VA 3CQXA 5FPEA 4FWNA 3UB5A 3FGUA 4JN4A 3M6GA 4A2AA 4XEIA 3WQTA 3TPQA 3QBXA 2W41A 2Q1NA 3MN7A 4Z94A 3RSEB 1ATRA 4FOIA 3O5BA 5AQHA 4CBUA 3HSCA 3HZ6A 5AQIA 2FLOA 3O6WA 4AM7A 3QICA 2CH6A 3HTVA 5EVZA 4JD2B 5AQVA 5AQZA 3ULEA 4BRGA 5BPLA 4WQ4A 3L4IA 5EOYA 3ZEUA 3B8AX 4I6MA 3LDQA 4MLHA 3LDPA 1IJJA 3CERA 3VGMA 2H3GX 3WXJA 4BGAA 2NZTA 4CZMA 1NWKA 3IFRA 2D4WA 1CZAN 1DEJA 2AP1A 4H5WA 4C23A 4BRFA 3VF2A 1K8KA 1YAGA 4H0YB 4BC2A 4EHTA 5BN9A 1BU6O 5AZJA 4BRPA 2NLXA 3VEOA 2YHXA 3W0LA 4BR5A 3A5NC 3ZX0A 3I8BA 1GLBG 4H5RA 4A61A 5EX5A 3IDHA 2P9SB 4Y0WA 3TU5A 2FXUA 3BEXA 4WYBA 1ATSA 1WOQA 2E8AA 1QZ5A 3LM9A 1TYQA 2ZF5O 3D2EB 4M7YA 1S3XA 4XH1A 1ZXOA 5CE3A 4CBXA 4BG8A 1YVNA 3CHWA 1NM1A 3VGLA 4ISGA 3ATVA 2E1ZA 2A40A 2GEMA 2UYTA 1HKGA 4O5FA 2VYPA 4BREA 3ULEB 1DGKN 4JAXA 3ZEUB 2P9KA 4I6MB 3JS6A 4YDUA 1QQOA 3GDQA 4H0XB 2DPNA 1BUPA 2ASMA 2PBDA 4IWVA 4K42A 3RSEA 1Z05A 3M1FA 1MA9B 5LJWA 1Y64A 4F9OA 3ZETA 4BGBA 4BRAA 4BR7A 2IIRA 1R59O 1T44A 1K8KB 5AQGA 4QS7A 1GLDG 2GELA 3H1QA 1EQYA 3M3ZA 2QXLA 3MK6A 1KXPA 4B1UB 1ZBSA 5JLFA 2Q2RA 2E88A 5AR0A 3SMPA 4ISEA 3VERA 5AQOA 5BN8A 2Q36A 1KAZA 5AQRA 4HTLA 2HOEA 1X3NA 2ASOA 4H0PA 5I9EB 1XC3A 3DWLA 5JICA 3BF3A 3C7NA 1TYQB 3QFPA 3BP8A 3SMSA 5ELZA 3W3DA 4FO0A 1MWMA 3VENA 1BA1A 1NGEA 2Q97A 2VCPA 4PKGA 4BC4A 1KAXA 2HF4A 4IJAA 3EKSA 3FZFA 3WXIA 3QDKA 1Q18A 4FWSA 3UKUB 1S22A 3MN5A 4CBWA 5KPTA 4JHDB 2P9KB 4MO4A 5AQFA 1NLVA 3D2EA 1T6CA 4BC5A 3EL2A 4FWOA 4K25A 1NGAA 1GLLO 2HMPA 4BC3A 3EZWA 3CETA 1V4TA 1IG8A 4CZJA 3FZKA 5F2RA 2QWPA 4A62A 4A2BA 1SAZA 3ZETB 4CZIA 4DHYA 4EFHA 1XUPO 2P9NA 4BG9A 3VEVA 4CZKA 2GWKA 2W40A 1C0FA 1HKCA 3VPZA 1MWKA 3FLCO 3WXLA 5JMVA 1NGGA 4WQ5A 3U8XA 1E4GT 4BRKA 2QWLA 3ENHA 4EIAA 4CZLA 2E2QA 2F9TA 2FSNA 2D0OA 2P9LA 2Q0UA 3LL3A 1XQSC 1OKJA 2WUSA 3AAPA 3QFUA 3O80A 3C7NB 3A5LC 5AQQA 2KHOA 1RFQA 4MO5A 4BVOA 2FF3B 2QWRA 4IXCA 2A42A 2IVPA 4CJ7A 1U2VA 1NGBA 1NMDA 4CD3A 2BUPA 3HBTA 4BRHA 3WQUA 2VWBA 2GUPA 2OANA 5EXWA 2Q0RA 2P9PA 4FWLA 1GLAG 4XH4A 3VEZA 5ADXH 3MCPA 4K41A 4FOEA 5AQSA 2D1KA 4FWPA 2YJFA 4E1JA 4CZFA 3VEWA 1BOTO 2A41A 2E2PA 3EN9A 5E84A 5BRHA 3IUCA 4EAHD 4FWRA 5AQNA 5AQUA 3U4LA 1JCEA 1SQKA 3H6EA 3L6QA 3VF6A 5EY4A 3R8EA 5KQDA 3GG4A 2CGKA 3O1BA 2P9UA 2P9NB 3H45C 4BR4A 3A5MC 3J8AA 3UKUA 3A8YA 4RWTA 4GNIA 1NGFA 2YHWA 1NGHA 3DJCA 4JHDA 4BVPA 5F0XA 3CJ9A 1BG3A 3SJHA 3O08A 4CZHA 2A6AA 4M7XA 2V7YA 3CJBA 4DQ8A 3ID8A 1HUXA 3H3NO 1T6DA 3IMXA 5AQLA 3R6MA 3EO3A 1WUAA 3WUHA 3GL1A 2P9LB 5TKYA 3HI0A 1NBWA 3VETA 5BREA 5FPNA 4AM6A 4B1YB 3ZX3A 3KVGA 1NGIA 3FZLA 3D7EO 2ITMA 3S41A 3JXUA 2ASPA 3G25A 1SZ2A 1U2VB 2IVOA 5BPNA 4FWMA 1MDUB 2E2NA 4H0OA 3ATUA 4WQ4C 5E26A 3VEXA 2QWQA 4H0TB 4L3QA 5BPMA 1QHAA 3HM8A 2P9PB 4H5NA 4PKHA 3L0QA 2E2OA 2EWSA 2E1YA 3H1VX 1KAYA 4BRLA 1RDWX 4PKIA 2A5XA 5AQWA 4BR9A 3VGKA 3AY9A 3C0BA 3FR0A 2D0PA 4XH5A 4NB4A 3LDNA 3GBTA 3P4IA 1BA0A 3WEEA 1YXQA 3D2FA 4PL8A 2FSKA 3A0IX 4M63C 1GLCG 1HKBA 2P9UB 3DXMA 1G99A 1NGCA 4BQLA 4ISFA 3R9PA 3WT0A 1YUWA 2I7PA 1GLEG 2CH5A 2I7NA 3QMLA 5KPZA 1Z6RA 3CI5A 4H03B 1HX1A 2NRHA 3EKUA 4RCHA 5AFUH 4DB3A 3DXKB 4JNEA 4IJNA 3LM2A 3VESA 3ZX2A 2P9IA 4RTFD 4FPBA 4CD1A 4BQZA 5BR9A 3H3OB 3BF1A 5AQKA 5AZIB 4QS8A 4B1ZA 1D4XA 2FSJA 3UKRA 2GTDA 3SK3A 2IVNA 4BRCA 1ATNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKSA 3JSMA 1X9JA 1JCFA 1X9WA 1RGIA 1D9FA 2HHQA 4DFJA 4TSXA 3TARA 3WEEB 2YI1A 3SV3A 4DTSA 4NO7A 1U48A 3RMCA 4B1WB 3D45A 1BWFO 3K57A 4Y1CA 2QKKA 3FZMA 4DTXA 2QW9A 1RT7A 4BR2A 3AVCA 1VQKN 3NGYA 1YJNN 3CXCM 3QEXA 4JKDA 2QM1A 2Q31A 1A5XA 2VGMA 1D8YA 4HUGA 4L8RB 4B9MA 2R7YA 1A5VA 4HWIA 2O8EA 2JLEA 4CJVA 3THYB 1RTHA 1K73O 4CJ4A 2OCEA 1VQ8N 4DQSA 1LW0A 4N56A 3L2UA 1IBLK 2E20A 3KD1E 4DR1K 2ZGYA 1EKEA 2E5LK 3UKRB 4CEBA 4B1XB 3DXKA 3CJ1A 1G15A 3CQ8A 4LFAK 1RDUA 2WTUA 3BUZB 2JGUA 1Z25A 3P5JA 4CHNA 2JWKA 1NKBA 2VG6A 1P8ZA 1WNSA 2ZWHA 3BGRA 4LC9B 2YNGA 4BR0A 4NXMK 4X62K 1S72N 3KHYA 3AA3A 3V4IA 1NK8A 3D6RA 4EP5A 4N41A 3LAMA 4YOYA 3EEQA 5AZJB 4DSIA 1HR0K 2P51A 3LZIA 3OBYA 3CQYA 4KO0A 4O44A 5A2QO 5HRNA 1KVBA 3HPGA 1TV6A 1BIZA 3EE8A 3VEYA 4W5RA 3KK3A 3NHGA 4DTRA 3AVBA 1TKXA 3L2WA 4DG1A 3AARA 5AQMA 2CGLA 3QBWA 4W5OA 3ZSQA 2QWMA 3THYA 4CZGA 3M8SA 3FFKB 3ZSVA 3U9ZA 4B1VA 4FL9A 1GLFO 4JKBA 4JKCA 1ZC6A 3CQXA 3UB5A 1X1PA 3FGUA 4CIGA 4A2AA 1W2BM 2BDPA 2WC9A 1NKEA 3VQ4A 2W41A 3JYTA 3CM6A 5AQHA 2HHVA 3E1YA 3WNFA 2ETJA 4AM7A 3VQCA 5EOYA 4I6MA 4E1MA 3LDQA 3LDPA 4JRQA 1IJJA 1NNEA 2XY8A 3VGMA 2H3GX 4O55A 2KKZA 4BGAA 5JVHL 1ZBFA 4KH4A 2E6MA 3K5NA 5CY4A 4BRFA 4FYDA 3CCLN 3HJFA 5AZJA 3HPOA 5HBMA 3VEOA 3MAQA 4BR5A 2BE2A 3V9XA 1N34K 1ZYQA 3ZX0A 3I8BA 3OS1A 5FLXO 1XHZA 2O8BB 5CR4A 3IDHA 4MFBA 4GMJB 4IG3A 4M41A 4Y0WA 4BE0A 1L5UA 4WYBA 3NF8A 2E8AA 2NRWA 4WE1A 5AJ3K 4FM1A 1S5JA 1EWRA 4N76A 1ZXOA 4DU1A 3LPTA 3VQ9A 1B9FA 4DUYK 1BI4A 3VGLA 4ISGA 5DM7L 1U47A 4DTUA 1NK6A 3NH0A 3QNOA 2UYTA 3VQQA 1HKGA 2ATQA 4BREA 3ULEB 3M8RA 4A5AA 3J80O 4OGCA 4FM0A 2P9KA 1NJXA 4JI3K 3V6DA 1QQOA 3GDQA 4H0XB 1S9EA 1BUPA 4X64K 1SV5A 4K42A 4YOXA 1NJIO 4FXDA 1VSLA 2KFZA 2Z1GA 4HCCA 4BR7A 2IIRA 1SKWA 1T44A 1K8KB 5HRRA 4QS7A 3IS9A 3WNEA 1HJRA 3H1QA 5M1OA 4HUEA 3M3ZA 2RPIA 2IAJA 4B1UB 5JLFA 3F73A 5AR0A 4ISEA 3VERA 5BN8A 5J2PA 1J54A 1W0HA 5AQRA 2IC3A 2I5JA 3TTCA 4V19S 1B92A 4JLHA 5I9EB 1KC8O 1XC3A 3NF7A 3AVMA 4ID5A 3SMSA 5ELZA 2RE2A 3RRGA 3CPWM 1NGEA 4DKWA 4B9UA 3LANA 4PKGA 1XMQK 2O8BA 3SPZA 1RBUA 2HF4A 1TKTA 3UKUB 3MN5A 5KPTA 1LV5A 4FWOA 3ZT4A 4JS4A 3U3YA 3UIQA 4OGEA 1IG8A 1VQNN 2NRXA 4A62A 3CMAN 4IKFA 4A2BA 1SAZA 1UOCA 2KLAA 4AHVA 2QTDA 4JV5K 4CZKA 1KCFA 1C0FA 1VSHA 4NLCA 3VPZA 3DLLL 4X65K 1MWKA 3AO4A 4GVEA 2DFHA 1E4GT 4CGJA 3BZKA 4ZHRA 4LF8K 2WONA 4BACA 1Q82O 2FSNA 2D0OA 2Q0UA 3H08A 4G1QA 3MXIA 3PX6A 4JI6K 3MXJA 2KHOA 4DLGA 1RFQA 4FVMA 3O9SA 4FLWA 1IG9A 1NMDA 5EU7A 3HBTA 3EZ5A 1IKYA 4IFEA 4BWJA 4CHQA 2Z1HA 5ADXH 3MCPA 1OH5A 5AQSA 2YJFA 4DR2K 1BOTO 4B3MK 2EX3A 3EN9A 5J2MA 1JCEA 1SQKA 1FJGK 3MXMA 4E1NA 4B3RK 2ZM6K 5KQDA 5TKWA 3V9WA 4AF1A 2P9UA 4PY5A 1NK5A 2WBNA 3E66A 3UKUA 1QSSA 4ILGB 1WSHA 3G6EN 4CZHA 1HUXA 5HL7L 4GV9A 3CM5A 3IMXA 3OYHA 4Z4FA 3WUHA 3ZT1A 2ZJRL 3OVNA 4CGGA 5TKYA 1RTJA 3HI0A 1QTMA 1NBWA 1XHXA 3HRGA 4KHNA 1CLQA 2HNDA 3SV4A 2PYJA 2ZE2A 3D7EO 3RRHA 3MEEA 1DTQA 3L3VA 1MDUB 4HVJA 3ATUA 3VEXA 4E7HA 3MEGA 2QWQA 4H0TB 3ZSXA 1HYVA 5BPMA 3ENBA 4PKHA 4I9QA 4YOWA 5J2QA 4NLBA 3SI6A 2E1YA 1KAYA 1O13A 4BRLA 3TTDA 1RBTA 2D0CA 2D0AA 3G4SN 4RW4A 3CPEA 4HUFA 2D0PA 1I94K 4DWIA 3GBTA 3P4IA 4AHSA 3OYDA 4FJJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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