2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
b'MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Chaperone
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
3GL1A 4BR2A 3QMLA 5BREA 1DEJA 2GEMA 4BRKA 5AQFA 2EWSA 3GBTA 3VETA 3HBTA 5FPEA 3QICA 4A62A 2VWBA 3VEYA 3UKRA 3DAWA 3H3NO 3QBWA 2BUPA 3WEEA 2P9PA 1U2VB 4B1WB 4H5RA 3VGLA 3H45C 5BN8A 1NM1A 1TYQA 3IUCA 3EN9A 3SK3A 3DXMA 4XH1A 3VGMA 1T6CA 2D1KA 2W40A 3O8MA 2A42A 1J6ZA 3MDQA 4ISGA 4CZFA 2QW9A 5KPRA 5B8HA 5AR0A 4J8FA 2GTDA 1HLUA 4JN4A 2P9SB 4BGBA 3ZEUB 4CZHA 2CGKA 5AQTA 4JD2A 3RSEB 3FZHA 2E2QA 4DQ8A 3VEOA 3KZBA 4FL9A 3VEXA 1DGKN 2KHOA 1HUXA 2WUSA 3S41A 3C0BA 2I7NA 3MN7A 3FGUA 4MO5A 5BRHA 4CJ7A 3I8BA 1T44A 2A40A 2H3GX 2V51B 3LL3A 3VOVA 3MN5A 1BG3A 4WQ5C 4CBXA 4BREA 4FPBA 5AQHA 3ZX0A 4JHDB 2FF6A 4B1XB 1MA9B 2A41A 2ZGYA 3CQYA 3HM8A 3ZX2A 1Z6RA 5AZIB 2ZGZA 4K43A 4F9OA 1YAGA 3CIPA 2HMPA 4PL8A 3DWLA 1JCFA 1NGGA 1BDGA 3BF3A 3IDHA 5BPLA 2P9KB 4BRIA 3KHYA 4BVOA 4MLHA 3W3DA 5FPMA 4BROA 4IJNA 5AQSA 4WQ4C 1C0FA 3IFRA 2NZTA 3WQTA 2CGJA 2PAVA 1D4XA 3VESA 3A0IX 3MCPA 2F9TA 2P9SA 5F1XA 5EX5A 4EFHA 5EVZA 2A6AA 3DXKA 3U9DA 2FXUA 3GE1A 2ASPA 2YI1A 3J8AA 1GLJO 1KXPA 3WEEB 2NLXA 3WXLA 3FFKB 2P9PB 1Y64A 2Q36A 1QZ6A 3HZ6A 4ISEA 1NGEA 1TYQB 4FWRA 4AM6A 3EKSA 3DXMB 2YHYA 2QM1A 2D4WA 3LDOA 3LM2A 5AFUA 5BPMA 5JLFA 3ATUA 1NGFA 2CGLA 4CZMA 1HKGA 3O80A 1ZC6A 4CZKA 2FSNA 3O1WA 4CD3A 1LOTB 2D0OA 4A2BA 3ID8A 2A3ZA 5KPZA 4BG9A 4H5TA 4PKGA 1T6DA 3WQUA 4BC5A 3LM9A 1QQMA 3VF6A 4BRFA 4FWSA 3A5LC 1IG8A 1XQSC 4BG8A 4M7YA 2FSKA 4Y0WA 2P9UA 1NWKA 2QWLA 1NMDA 3W0LA 1BA0A 3I33A 1SZ2A 4RCHA 1X3NA 2E1ZA 2CH5A 3FZFA 3F9MA 4XEIA 1MWMA 4CZIA 5BR9A 4IXCA 4QS9A 2IIRA 1SAZA 4QS8A 5FPNA 5JMVA 4PKIA 2E1YA 2V52B 3MMVA 3VEZA 1MDUB 5KQDA 4GY2B 3OHRA 3UKUB 4FPAA 3JXUA 4PKHA 1DKGD 4YDUA 4BRMA 5E84A 5E26A 4CI6A 5AQKA 4KBOA 5AQLA 4H5WA 2FF3B 4CZLA 1G99A 1R59O 3GG4A 3DXKB 1QZ5A 3M1FA 5AQPA 5LY3A 4FWMA 1P8ZA 4FWPA 4H03B 2AP1A 1GLLO 1RGIA 4O8KA 4EHTA 3CERA 4FWOA 3SLCA 1KAYA 4BR4A 3D2FA 1E4FT 5BPNA 2QWMA 2E2NA 1QQOA 1SQKA 3WXKA 4FWNA 1QHAA 5AQZA 4BRHA 3EO3A 3VGKA 2YHWA 5ADXH 3C7NA 1NGDA 1EQYA 1WOQA 2A5XA 2HF4A 5AQYA 5AQXA 1KAXA 2CH6A 2NRHA 5AQUA 1WUAA 2GWKA 3SJHA 3VEVA 3SMPA 1Q18A 3MN9A 3LDPA 4H0YB 3TU5A 1X9JA 4FWKA 4DCHA 3VEWA 1XUPO 4H0OA 4BRNA 5AQRA 4M63C 4NO7A 4RTFD 2V7YA 3GDQA 3UKUA 2VYPA 3A5OC 1NLVA 4IZ9A 3ZETB 5LJVA 5CE3A 1BUPA 4L3QA 1HJOA 3EL2A 3R6MA 3ULEA 2ZWHA 2Q97A 2P9UB 3CJ9A 3GOIA 3LDQA 2YJFA 2HF3A 4BRDA 1NBWA 2GWJA 4RWTA 1NGCA 3CJ7A 1S3XA 3FZLA 2FSJA 3U8XA 5AQVA 3HI0A 2ITMA 3CQXA 3U4LA 1H1VA 1LCUA 2YJEA 4EIAA 1ATNA 4BVPA 1E4GT 3ENHA 4QS7A 4E1JA 5KQ8A 4BRGA 1RDWX 3TPQA 2PBDA 3A8YA 4DHYA 3FZMA 5FPDA 2IVPA 5ADXA 4FWQA 3WUHA 1CZAN 4HWIA 2E88A 4IJAA 3HSCA 1BO5O 1YVNA 5LJWA 3O6WA 4K41A 3BP8A 4BR7A 4K25A 2IVOA 4XH5A 3WXJA 4CD1A 4DB3A 3AY9A 3O08A 4B1VA 3D2EA 2OANA 2ZF5O 2P9LA 1GLEG 4H5VA 4BRPA 4I6MB 4WYBA 4B1YB 1HX1A 3H3OB 2GUPA 1GLBG 2I7PA 3BUZB 4EHUA 3L0QA 4BQLA 4A2AA 3D7EO 2QXLA 3ZETA 2FLOA 2J4RA 2Q0RA 3D2FB 1KAZA 1U6ZA 5JLHA 2E20A 1NGBA 2QWQA 1HKBA 4C23A 5F0XA 4FWLA 3H1VX 4B1UB 4YDUC 3C7NB 5AQWA 3U9ZA 3LDNA 4H0XB 4MO4A 3M6GA 3CETA 1NGHA 3P4IA 4EAHD 4H0PA 3H46O 3QDKA 2GELA 2HOEA 3CHWA 3EZWA 2YCHA 1GLAG 3JS6A 1ATSA 2F9WA 2P9NA 1NGAA 2E8AA 4GNIA 5AQNA 4HTLA 3BEXA 3IMXA 1IJJA 4ISFA 5I9EB 3FZKA 1Z05A 3VF2A 4BR9A 1OKJA 3CI5A 5AFUH 3ULEB 3A5MC 4AM7A 2Q0UA 4BGAA 2E2OA 4I6MA 5AZJA 3WT0A 2QWOA 2V7ZA 5F2RA 1V4SA 1TUUA 1S22A 1XC3A 4K42A 3MN6A 1MWKA 4BR5A 4LC9B 4A61A 1BA1A 4Z94A 3KVGA 1BOTO 4BQZA 1K8KA 1YUWA 3CJ1A 4O5FA 5AQMA 2QWPA 2P9IA 2UYTA 1ZXOA 2Q1NA 3QFPA 4H5NA 4BRQA 3A5NC 3DJCA 4H0TB 4JAXA 4CBUA 5KPTA 3D2EB 5EXWA 4BRLA 2P9LB 4B9QA 4IWVA 4B1ZA 1JCEA 3LDLA 4JNEA 1ZBSA 3QBXA 1HKCA 2ASOA 1RFQA 2AA4A 3G25A 5BRFA 4FOEA 4PL7A 4NB4A 4BC3A 3AAQA 1U2VA 3FR0A 4FO0A 4H0VB 3B8AX 3QB0A 2VCPA 4CZJA 1BU6O 3CJCA 5AQIA 3VF4A 3ZX3A 1GLCG 3VPZA 1NGJA 5ELZA 5EOYA 4XH4A 1YXQA 3CJAA 5AQGA 1X3MA 2Q31A 3HTVA 5TKYA 5BN9A 4BC4A 4WQ5A 4MLEA 2P9NB 3CJBA 3H6EA 3ZEUA 2D0PA 1GLDG 2IVNA 3RSEA 4CBWA 3H1QA 5AQQA 4IO8A 4FOIA 1ESVA 5AQOA 1C0GA 1V4TA 3UKRB 2Q2RA 3L4IA 3R9PA 3UE5A 4CZGA 3L6QA 3ENOA 5BRDA 2BTFA 2E2PA 3EKUA 5AQJA 3M3ZA 3MK6A 3R8EA 4WQ4A 5AZJB 4BRCA 3BF1A 3QFUA 2YHXA 2W41A 3AARA 2QWRA 1JCGA 2QWNA 4JHDA 1ATRA 5EY4A 1GLFO 1HPMA 3O4WA 3ATVA 4FSVA 3UB5A 3AAPA 3FE1A 3FLCO 4CZEA 1TUYA 2DPNA 5AZIA 3VENA 1NGIA 1BWFO 1QQNA 3O1BA 4BR0A 1K8KB 4M7XA 2P9KA 3O5BA 4BRAA 3SMSA 3VERA 5JICA 4BC2A 2P9IB 4JD2B 2ASMA 3WXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHTA 2E6MA 3LP1A 4CCHA 4DV0K 2HHSA 1TL1A 4KV8A 1KQSM 1A5XA 4PHTX 3SPZA 4I2QA 3G71N 2G8KA 3VETA 4RW4A 4AF1A 1KRPA 4Z0UA 2DTUA 2O8BB 5C24A 3QICA 4DV6K 3HPHA 4CGFA 4NXNK 3WEEA 3H3NO 4KHYA 3VQQA 5KTQA 4HUGA 1IBKK 2YNHA 5BN8A 4DTOA 4R79A 1REVA 3D6RA 4FLYA 3AVCA 2W40A 3O8MA 4ISGA 2FBXA 2R7YA 3HOSA 3ISNC 5HRRA 1NK8A 3LALA 1VRTA 4DTPA 4WE1A 1HLUA 4DLEA 1WN7A 3RRGA 4BGBA 2CGKA 4Q5VA 4GVMA 3SAHA 3RSEB 2IC3A 3DM2A 3K9KA 4W5OA 1JLCA 5LMNK 4FJXA 4PWDA 3OS0A 2WUSA 4FZXC 3MN7A 4MO5A 3KLEA 5J1EA 1RDCA 3TAMA 2H3GX 2BDPA 1BG3A 4CBXA 4FPBA 4C8LA 3LAMA 3LAKA 2D0CA 1D8YA 4BACA 2A41A 5GINA 2ZGYA 4E7HA 5FLXO 2ZGZA 3AA4A 4K43A 2P5GA 1J54A 2HMPA 1XNRK 2O8FB 3DWLA 2BE2A 5BPLA 3PY8A 2W6KA 4I2PA 1TKDA 2OPPA 1WBBA 1NU0A 1C0FA 3M8QA 1D4XA 3A0IX 3MCPA 5EX5A 4JI4K 2RHKA 2A6AA 3JYTA 4U67L 3GE1A 1OVQA 3SCXA 5FRMA 4RW9A 1Q86O 3CC7N 4FYDA 4DSKA 4A57A 4FJLA 4CGIA 1WSIA 3CCJN 3WXLA 5KRTA 1TK8A 3AVAA 3ZT2A 4BDPA 1RBSA 1S72N 4FWRA 3OS2A 4AM6A 2O8DA 4CJTA 3SUQA 4OLAA 4AHUA 3TSQA 1RBUA 5JLFA 1W2BM 2QKBA 1HKGA 4ELTA 3LPTA 3O80A 1ZC6A 3T19A 4CD3A 3HT3A 4A2BA 3ID8A 4JKFA 4PKGA 2RKIA 5M1QA 3VQDA 3LM9A 1EWQA 2Z1GA 4DQIA 4CJ5A 3SZ2A 2VGNA 4FWSA 1A5VA 4WCEL 3D45A 4DR4K 4JLHA 4KHQA 4HTUA 2O8EA 1NWKA 1NMDA 1X9MA 4CHZA 4XEIA 3EY1A 4F3OA 3V1RA 1CLQA 1MWMA 1BIUA 3RVCA 5BR9A 3O3FA 4QS9A 2F8SA 4WFAL 3OVNA 3ZSVA 1NG9A 3EYZA 2E1YA 2V52B 4TSXA 3VEZA 4X66K 4CEDA 5KQDA 1N34K 2NRZA 1DKGD 3O4QA 4BRMA 1DTQA 1R0AA 3NH2A 2KZMA 3LDSA 1VSLA 4OKJA 1QZ5A 4YORA 4DR7K 5DM7L 3NCIA 4OPJA 4H03B 4KI4A 2AP1A 4EHTA 4O8KA 1KAYA 5BPNA 4CK2A 4I9LA 4FLUA 1SQKA 1L3UA 4FWNA 3P5JA 5ADXH 3C7NA 1EQYA 3TAFA 1RTIA 5AQXA 2NRHA 5C10A 3K5NA 5J2PA 4DSEA 4AQYK 4X64K 2UUBK 3SMPA 1U45A 1ILYA 3LDPA 3NF7A 2Y1IA 2WBNA 1XMOK 4DCHA 3VEWA 1D5AA 4HHTA 3RTVA 1IKYA 4M63C 4RTFD 3M8SA 2O8CA 3CCLN 4CEFA 1BUPA 3VQ7A 1HJOA 3MXJA 3CJ9A 1RT4A 1NBWA 1HNWK 1S9EA 3C95A 4RWTA 1NGCA 4OX9K 4LSNA 4KHPK 3HI0A 2ITMA 5CR4A 3CQXA 3AA2A 4EIAA 1LAVA 1ATNA 4YNQA 2HB5A 4BVPA 1OH7A 3QO9A 5GADP 4IKFA 1RDWX 3TPQA 1VQ5N 1SS6A 3A8YA 4GV9A 5FPDA 1JXBA 2IVPA 4FWQA 4DTMA 1YTUA 3SYZA 4NCGA 1YVNA 3O6WA 5AJ3K 4CHQA 4K25A 2IVOA 2VWJA 4CD1A 3AY9A 3NVKA 1RCHA 3HVRA 2OANA 2UXCK 2P9LA 4H5VA 4WYBA 4JI3K 1HX1A 2KW4A 1IH7A 2I7PA 3BUZB 4EHUA 3L0QA 2QXLA 3SI6A 2FLOA 3THYA 1J53A 3JAMO 1U6ZA 1RNHA 4F4KA 1XNQK 5JLHA 3DRRA 1NGBA 3CM6A 2NRRA 2B4JA 3ZYYX 1FKOA 2PYLA 4CIEA 1C1CA 1QSYA 3QEXA 4EAHD 1LWFA 3C65A 4H0PA 2VWKA 4M3XA 4JKAA 2HOEA 3CHWA 3ZSWA 1YF5L 3EZWA 1GLAG 3PSFA 2P9NA 1IBLK 1WSEA 3TTFA 3BEXA 1IKVA 3DLRA 3THWA 2LSNA 3MX5A 5KI6A 3VF2A 4BR9A 5IWAK 3PIPL 4ELVA 1EETA 3CI5A 2IDOA 4AM7A 4E7JA 1NK6A 3QEVA 5AZJA 2E4LA 1NKEA 4DTXA 2DFFA 1SKWA 1TUUA 4KAZA 3KWGA 4FJMA 1S22A 1XC3A 4LC9B 3NGYA 2HBMA 3TI0A 2HW3A 4BE0A 3OYEA 3KVGA 1BOTO 3F73A 4BQZA 4IEEA 3OYIA 4NLBA 1WNSA 4E19A 5AQMA 4GKJK 3L3UA 3ZT1A 5HRSA 3KD1E 4H5NA 3AO4A 4CBUA 3O3HA 3SBGA 3C94A 2XY5A 2XY8A 3AVLA 4IG3A 3H08A 4B9QA 1JCEA 1YT3A 3G25A 1HQUA 2AA4A 4PL7A 2OTJN 4BC3A 4FJKA 1S6QA 3FR0A 3SQ4A 4GKKK 1CZBA 3QB0A 3F9KA 3QERA 4HCBA 1VQNN 4A5AA 3ZX3A 3VPZA 3VQ6A 4JK9A 4H8KA 1YXQA 5AQGA 3KIOA 4NYFA 5TKYA 3OYCA 2I5JA 3EZ5A 4MLEA 2ZM6K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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