2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Salmonella typhimurium
publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
3DXMB 3C0BA 3VF4A 3H45C 1SQKA 3S41A 5FPEA 1R59O 3IMXA 3CJ9A 2ZF5O 4YDUA 4B1WB 4AM6A 1NGJA 3ZX3A 4E1JA 3A5MC 2QWQA 2FSKA 1BUPA 3CJ7A 3UKUB 3GG4A 4CZHA 4K42A 3VOVA 1OKJA 3UKRA 3EL2A 4IXCA 4BRMA 3ID8A 5E26A 1XUPO 1BOTO 3W3DA 3O08A 3LDQA 4BRNA 2W40A 3LL3A 3CJ1A 3LDNA 3FZLA 4CZIA 1GLJO 3VEWA 3WXKA 5BPNA 3VEOA 4CD1A 4BRKA 1NGFA 4H0TB 4C23A 3VEXA 1DEJA 3SMSA 1C0FA 3HM8A 5AQNA 4BQZA 5AQVA 4PKIA 2A40A 3ATVA 5EOYA 4PKHA 4MLHA 1MA9B 2V7YA 3WUHA 3RSEB 4FWRA 1XC3A 3CI5A 2EWSA 3UB5A 2OANA 5AQRA 1ESVA 2ZGZA 3J8AA 1KAYA 3UE5A 2GTDA 2YHXA 2A41A 1HLUA 2QWPA 4CZLA 2QXLA 5FPNA 3A5OC 1IJJA 3LM9A 4F9OA 1Y64A 4MO5A 4JAXA 1U2VB 3FE1A 5TKYA 4H03B 1QHAA 3WEEA 5JICA 2P9NB 4JHDA 3A5LC 1G99A 3B8AX 2ASMA 2V52B 1NGIA 4CD3A 1HKBA 3QICA 3ENOA 3WXLA 1WOQA 4FO0A 5EX5A 3D2FB 3ZEUB 1J6ZA 2VCPA 3R9PA 4EFHA 4O8KA 3GOIA 1WUAA 4FWNA 3VEVA 3G25A 3GBTA 1LCUA 1BDGA 3U4LA 4FPAA 3MN5A 1NGGA 2IVNA 5AQGA 4KBOA 5JLHA 4RWTA 4JNEA 3R8EA 4BRGA 2F9WA 5ADXH 5AFUH 3KHYA 3QBXA 1K8KB 1HKCA 2E2QA 2UYTA 2E88A 1NM1A 2P9PB 1LOTB 1GLEG 4NB4A 3CETA 1HUXA 3CJAA 4H5WA 1YXQA 3A0IX 2A42A 4DHYA 3FZHA 3MN9A 1X3MA 1ZC6A 3DAWA 3L6QA 4FL9A 5KPTA 4QS9A 2Q31A 3BEXA 5AQZA 1SAZA 1HPMA 2BUPA 3AARA 4H0OA 3M3ZA 1TYQA 1ATNA 4ISFA 1RDWX 3UKRB 1S3XA 1DKGD 1MWKA 4DQ8A 3VERA 1QQOA 4IWVA 1Z05A 2E1ZA 5AR0A 4FWQA 3VEZA 3CQXA 3LDLA 3CERA 1BO5O 4L3QA 4BRIA 5FPDA 3IDHA 1NGAA 1X9JA 2IIRA 4FOIA 5BN9A 2A5XA 3HTVA 4H5TA 4WQ4C 3H6EA 3HZ6A 4A2AA 3AAPA 4JD2A 5AQUA 2I7PA 4B1VA 2GWJA 5ELZA 4BRCA 3O80A 4M7YA 2HF3A 2D0OA 1HX1A 2AA4A 3FZKA 1JCFA 3H3OB 4I6MA 2VWBA 3CIPA 3MMVA 2GELA 4ISEA 2NLXA 3QMLA 5AZIA 3GDQA 3SLCA 3VENA 3BUZB 5BRHA 2E20A 5LJVA 4DCHA 3KVGA 1MWMA 4LC9B 2HOEA 4IJAA 1GLAG 2GWKA 3WEEB 3QFPA 3VPZA 4JHDB 2QWNA 3I33A 2WUSA 1T6CA 4HTLA 3DXMA 4PL8A 3QFUA 2FLOA 3WXIA 4IJNA 4ISGA 2CGKA 3EZWA 1T6DA 3MN6A 4FWLA 3UKUA 4NO7A 4QS8A 4RTFD 4H5NA 2E1YA 2QWLA 5AQOA 5BPLA 4CZJA 2CH5A 2P9IB 2HF4A 4CJ7A 4CZFA 1V4TA 4WQ5C 4BR0A 3JXUA 4EAHD 1S22A 2E2PA 3TPQA 3H1QA 4FSVA 1TUYA 3VF2A 2D1KA 2Q0UA 2CGJA 3GE1A 1NGHA 3MCPA 5EVZA 4XH4A 3CJBA 3O8MA 3WQUA 5BN8A 2A3ZA 3WXJA 1BWFO 2V51B 2ZWHA 3CQYA 1NGEA 1Q18A 1H1VA 1NMDA 3QBWA 4XH1A 5AQSA 2QW9A 3M1FA 2FF3B 3RSEA 4A2BA 1C0GA 1JCGA 3BF3A 3BF1A 4GY2B 5EXWA 4BRHA 3L0QA 1QZ6A 3ATUA 3O1BA 3SK3A 5JLFA 4BG8A 2IVOA 2Q97A 4BC5A 4BR7A 3U9ZA 5AZJA 3FR0A 3HSCA 4O5FA 4BR9A 1TYQB 2P9KB 4FOEA 4IZ9A 3VGKA 4CBXA 4FWMA 5B8HA 4XH5A 3ZETA 4BVPA 5ADXA 5AQKA 5AFUA 4J8FA 4BRPA 4BC2A 3TU5A 1IG8A 2CGLA 1X3NA 3DXKA 1ZXOA 4B1YB 2P9NA 4BRDA 4BVOA 5AQJA 1V4SA 2YCHA 3DWLA 5BRFA 3FLCO 4BR2A 4WQ4A 4BGBA 4BREA 3DJCA 3WT0A 5AQWA 4Z94A 3QB0A 2W41A 1KXPA 1MDUB 3CHWA 3BP8A 5BREA 4JD2B 5F1XA 3EN9A 1QQMA 4H0PA 4H5RA 1NLVA 3VGMA 3A8YA 2NRHA 5AQQA 1T44A 4CZMA 4B1ZA 5BRDA 4BC3A 5BPMA 3U9DA 3ZX2A 1ATRA 4FWOA 3U8XA 1EQYA 4M63C 5E84A 1K8KA 1ATSA 2ASPA 3OHRA 1KAZA 1NBWA 3GL1A 1Z6RA 4BRQA 2DPNA 5KQ8A 3D2EA 3H1VX 3LDPA 2J4RA 1CZAN 2P9SA 3MDQA 2D4WA 4BG9A 2P9LA 4BR5A 3O1WA 1HKGA 2Q2RA 2YJEA 1XQSC 1YAGA 3ENHA 4EIAA 1JCEA 2QM1A 1GLCG 5AQHA 2YHYA 3ULEA 2FXUA 4PKGA 4BRLA 4BRFA 4BRAA 3EO3A 4HWIA 5KPZA 3C7NA 3AY9A 2D0PA 2P9UA 5LY3A 4DB3A 4WQ5A 3VGLA 2E2NA 3H46O 3FZFA 1ZBSA 4H0YB 3FFKB 2F9TA 2I7NA 5AQMA 2FF6A 2BTFA 4BQLA 4FWPA 4BROA 3MN7A 5F2RA 2PAVA 3VEYA 3FZMA 3O5BA 3O6WA 1E4GT 4YDUC 4CBWA 1NGCA 3LDOA 2CH6A 2VYPA 2Q36A 4H5VA 3VETA 4A61A 2V7ZA 2KHOA 1QQNA 3MK6A 1TUUA 1GLFO 1BG3A 3VESA 4K43A 1QZ5A 2FSJA 4CZEA 4IO8A 3EKSA 2ITMA 4EHTA 3W0LA 5AZJB 2Q0RA 1SZ2A 2PBDA 4RCHA 3P4IA 5KPRA 3CJCA 5JMVA 2E8AA 1P8ZA 3AAQA 3HBTA 5I9EB 5AQXA 3ZETB 3QDKA 3WQTA 4K41A 3EKUA 1DGKN 2ZGYA 3DXKB 2H3GX 4XEIA 1NWKA 5AQPA 4WYBA 3L4IA 4QS7A 5AQTA 4H0VB 1GLLO 4GNIA 1RGIA 2IVPA 2YI1A 5F0XA 2QWOA 3HI0A 3I8BA 1U6ZA 5AQLA 4FPBA 5AQIA 4B9QA 1BA0A 3KZBA 3H3NO 5LJWA 5AQFA 4H0XB 4BGAA 4MLEA 3F9MA 4M7XA 4EHUA 3IFRA 4CZGA 2P9IA 1U2VA 3A5NC 4AM7A 2NZTA 5BR9A 3R6MA 2ASOA 4B1XB 1YUWA 1NGDA 2AP1A 4K25A 4BR4A 4JN4A 1YVNA 2YJFA 4FWSA 3FGUA 3M6GA 3JS6A 5CE3A 4FWKA 3ZX0A 3D2FA 1BA1A 5AQYA 3ZEUA 3SMPA 1NGBA 1KAXA 2GEMA 2E2OA 4MO4A 4BC4A 3D2EB 2QWMA 1HJOA 4Y0WA 2P9SB 2YHWA 3LM2A 5EY4A 1RFQA 2P9LB 4CI6A 5FPMA 1BU6O 3D7EO 4I6MB 3ULEB 4A62A 1GLBG 5AZIB 1E4FT 2GUPA 1GLDG 2HMPA 3C7NB 2P9KA 2P9UB 2FSNA 4B1UB 2Q1NA 2A6AA 2P9PA 3VF6A 4CBUA 4CZKA 4PL7A 5KQDA 1D4XA 2QWRA 3O4WA 3SJHA 3IUCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C0BA 1IKWA 3S41A 1R59O 3IMXA 4N41A 2ZF5O 2Q3SA 4DR5K 4IFYA 3AVKA 4AM6A 3ZX3A 2QWQA 1X9SA 2FSKA 4K42A 4KPYA 4F8RA 3UKRA 4KO0A 4IXCA 5E26A 1C0MA 3U3GA 3W3DA 3OYLA 1JLQA 4N5SA 3O08A 1HNVA 3LDQA 4BRNA 3LL3A 3OJSA 4CEOA 1YT3A 3QEPA 4G9ZA 5JS1A 2ZJPL 1TV6A 1WNSA 1HQUA 4DSFA 4E1NA 4CD1A 4BRKA 2R7YA 3TABA 3RRGA 4CFAA 4IG3A 3J81O 4CVNE 5AQNA 3BY5A 1MA9B 3WUHA 1SKRA 2JWKA 2EWSA 1IH7A 4J2EA 2IGIA 4FM2A 4KHUA 5AQRA 4GV6A 3AVJA 2ZGZA 1KAYA 2YNFA 4YY3K 5HROA 4AHUA 4DV6K 2Y1IA 1KVCA 3HVTA 2QWPA 4CZLA 3K0SA 2KLAA 4ELTA 4DR4K 4F9OA 1HPZA 3OYIA 3FE1A 4AHVA 4H03B 2HNZA 3A5LC 1ZYQA 2P5GA 2HHHK 4FZXC 3VA3A 1NGIA 3O3HA 4CD3A 1BHLA 2QA4N 3ENOA 5EX5A 4I7FA 3D2FB 3EYZA 1J6ZA 3LP1A 4DTXA 3V9UA 3GOIA 1WUAA 4Z4HA 3G25A 5CZ2A 1LCUA 4BACA 3MWTA 1N36K 1NGGA 5TKWA 4CF9A 4N76A 4BRGA 2F9WA 3KTQA 4JK7A 3K5NA 4IDKA 3LZJA 2E2QA 2QTDA 1GLEG 4JI7K 1VSJA 4LH5A 2OPQA 3A0IX 2A42A 3AA3A 3QEIA 1X3MA 1ZC6A 4QS9A 3NF7A 3L8BA 3C6AA 3HXMA 1WLJA 1W97L 2BUPA 5M1NA 3M3ZA 3AGKA 1TVRA 1RDWX 2UXDK 3A2FA 3TAQA 1VQ7N 3E9OA 2PYLA 3VERA 3CCMN 1WBDA 2AJQA 3ZCMA 2E1ZA 2BE2A 5AR0A 3CQXA 3LDLA 3V9ZA 4CHZA 1TK8A 3ZT1A 3RRHA 4A59A 4WFBL 3AVCA 4F3OA 3H6EA 3I56N 2NRTA 3T7ZA 3LP2A 2D5RA 2I7PA 4CJWA 2GWJA 4M7YA 1VQPN 3TWHA 2D0OA 4BE2A 5C42A 1QVFM 3QNOA 2VWBA 1RT6A 3K5LA 3CFPA 5BRHA 3GDQA 4DS4A 3VENA 2E20A 3KVGA 4MQ3A 4LC9B 4JI0K 4DS5A 3WEEB 4AQYK 1F21A 3L3UA 1YI2N 2A1RA 4LSNA 4JHDB 4CGJA 3LZIA 4KREA 4HTLA 3LDSA 5C2FA 3PX6A 1Q81O 3ZSYA 4DR3K 5EU7A 3F2KA 5DK5A 1Q9YA 3WXIA 4B3TK 2CGKA 3EZWA 1T6DA 2O8EB 4Z4IA 2KZMA 1NKBA 3AA2A 5JVGL 1LW2A 3VQ7A 3M8PA 2HF4A 4CZFA 4FVMA 4FK0A 3OBWA 3SQ1A 4F3TA 4EAHD 5C25A 3VF2A 2ETJA 2Q0UA 4B9SA 1BI4A 2HNYA 3ZYYX 4XH4A 4I9QA 2O8CA 3O8MA 3WQUA 1NJWA 4CJSA 1TGOA 4CEQA 4B3SK 4YORA 2ZWHA 2V51B 1J53A 3CQYA 1NGEA 5AQSA 1Q18A 3MCAB 1RT5A 5C15A 1HQEA 2ZM6K 1JCGA 4KB0A 4BRHA 5M1OA 4A57A 2GV9A 4DV1K 1VQKN 1TL3A 1TYQB 4IBNA 4IZ9A 4DSKA 3SQ4A 2KW4A 3MXMA 3VTHA 4BC2A 1IG8A 1X3NA 4JK9A 1EO1A 1HYZA 2P9NA 1RT7A 4B1YB 4CJVA 4F4KA 3VMFB 3I55N 4IOCL 1UA1A 3DWLA 4PWDA 3O9UA 5J2QA 4HTUA 4BR2A 4WQ4A 4DFKA 2UXBK 4Q5VA 5AQWA 3QESA 3DLHA 4FLYA 1Q8IA 1ZBHA 3O4QA 3AVMA 1QQMA 3CG7A 3HO1A 3KWIA 4H0PA 4H5RA 3OYDA 3VGMA 3A8YA 5AQQA 4BC3A 1GOAA 3VQEA 3ZX2A 4CK1A 3U3YA 3S3NA 5M1KA 2ASPA 3OHRA 1XHXA 4GVEA 1QS4A 4ID5A 1CXUA 2J4RA 1CZAN 4CJLA 1Z26A 4NLCA 4BR5A 5LMUK 4FLUA 2RKIA 2YJEA 2HMIA 1WSEA 2QM1A 4J2BA 3AVAA 5AQHA 4BRLA 3TAEA 3QLHA 4BRAA 3RWUA 1VSKA 4HWIA 2D0PA 2P9UA 3ULDA 1JLAA 3VGLA 4CHOA 3HPGA 4C8MA 1JJ2M 5AQMA 1EWRA 4DV3K 2BTFA 4Q0BA 3D45A 1IKVA 3VEYA 3CC7N 2G8IA 4KH6A 1WAFA 4JLHA 1FKPA 1HNWK 4DFMA 1LAVA 4CIGA 1I94K 1IO2A 3VA0A 1NGCA 3LDOA 4E1MA 2VYPA 1ASWA 1QQNA 5LL6Z 1TUUA 3I8DA 2FSJA 2XY8A 4IO8A 4EHTA 4CFCA 1LAWA 4X62K 1JL1A 1YJ9N 1NKEA 5K14A 3P4IA 4CEBA 3AO3A 3CJCA 4NCGA 1VQ8N 3AAQA 3HBTA 4HUEA 2OCEA 1QVGM 5HL7L 3DLRA 4M41A 4K41A 1UA0A 3EKUA 2NRZA 3DM2A 3DXKB 2H3GX 4XEIA 1K73O 4B9MA 2ATQA 4QS7A 1VHXA 3KLIA 4OLBA 1GLLO 5C24A 3VQPA 3KKSA 3NGYA 3KWGA 4RW4A 3NH0A 4JS5A 1U6ZA 2RF2A 4O55A 1ITGA 4YNQA 1YJNN 3AA4A 5AQFA 4FLXA 4MLEA 1KSPA 3F5TA 4B3MK 3CF5L 4EHUA 1EWQA 4CE9A 4CZGA 4DR1K 2P9IA 1X1PA 1NK6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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