2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Chaperone
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
5AQPA 3VENA 4WQ5A 3M3ZA 3DAWA 3SMPA 3CJCA 5KPTA 4EIAA 3WXLA 4CZHA 4BVOA 2D4WA 4H0OA 1S22A 5F1XA 3FFKB 3R6MA 2CH6A 3R8EA 3O4WA 4BRAA 5BRDA 2D1KA 3ZX0A 4H0VB 3QFUA 3A5OC 3CJ9A 4XH4A 5AQVA 4BRHA 4WYBA 3FZHA 3A8YA 5AZJA 3M1FA 1J6ZA 2QM1A 3HM8A 5LJVA 3KVGA 1QQNA 4BR5A 1U2VA 2HMPA 1R59O 3AAQA 5CE3A 5AZIA 3ENOA 3WEEA 3HI0A 3CJ1A 1GLLO 1NGFA 1KAXA 3CJ7A 4A61A 2Q0UA 3QFPA 4BRQA 3VERA 2AA4A 2KHOA 3H3OB 5ELZA 3L4IA 4K43A 4XH1A 4H0TB 4H5RA 3WT0A 4PKHA 4BR0A 2W40A 5BRHA 5JLFA 3LDQA 3AAPA 4BROA 4F9OA 5KQDA 3VEYA 3GBTA 3U4LA 2P9IB 3VF6A 1NMDA 2UYTA 2V52B 3LM2A 3RSEB 2A3ZA 5AZJB 2GUPA 4FWQA 3KZBA 1WUAA 3H1VX 4QS8A 1NLVA 1WOQA 2A6AA 2CH5A 3WEEB 1HKBA 4IJAA 4FWKA 1NGCA 2I7NA 1BO5O 4YDUC 4CZKA 3O8MA 5AZIB 3CJBA 5ADXH 5BPLA 1T44A 1G99A 3H1QA 3UKRB 2QWNA 3HSCA 1YVNA 2A41A 3C0BA 1DKGD 4XEIA 2GEMA 3C7NA 3QMLA 3GE1A 2NLXA 2D0OA 3VETA 4BGBA 4IO8A 2IVPA 4KBOA 1T6DA 3U9ZA 1E4FT 3ATVA 4NO7A 2VWBA 2P9IA 4FPAA 4MO5A 1YAGA 3IDHA 4WQ5C 3SLCA 4WQ4C 4MLEA 3DXMA 3L0QA 4CBUA 1Q18A 4BG9A 1HJOA 1KXPA 3TU5A 3MDQA 4BC4A 5E26A 1QHAA 4CZFA 4CI6A 4CZLA 4FO0A 1X3NA 2Q97A 2DPNA 2GWJA 1U6ZA 3QDKA 4J8FA 4BRIA 3UKRA 4B1XB 3I33A 3VGKA 5LY3A 2A5XA 3TPQA 3FGUA 1JCGA 3BF1A 3VEWA 3WUHA 4K41A 3U8XA 3LDLA 4IJNA 1NGDA 2QWMA 3DJCA 4FWMA 4EHUA 2FSNA 2QWOA 2E1ZA 2P9UB 5AFUA 4A2BA 1CZAN 2YJEA 4H5TA 5EVZA 4LC9B 2FXUA 5BPNA 4ISGA 5F2RA 4EAHD 3DXKB 5AQQA 3JS6A 1ZC6A 2P9SB 5JICA 1IG8A 2FSKA 4C23A 1BOTO 2QW9A 4JNEA 3A0IX 3ATUA 4H0XB 3I8BA 4IXCA 3IMXA 5AQMA 2Q36A 5B8HA 4M7XA 1EQYA 3EZWA 1GLFO 4B9QA 4BRNA 3MCPA 1V4TA 5TKYA 3VOVA 4FOEA 2P9LB 5AQNA 5FPDA 3U9DA 2PBDA 4BR4A 1HKCA 4XH5A 2ZF5O 5JMVA 4BC3A 3DXKA 3O6WA 3MN6A 1U2VB 4B1YB 2P9SA 3IFRA 5AQHA 1NGAA 3FR0A 4H0PA 3EN9A 4DB3A 3MN7A 3VGMA 4FWLA 1KAYA 1LCUA 2VCPA 4JN4A 3FZKA 5FPMA 1ATRA 3FZFA 2YI1A 3P4IA 4B1VA 2QXLA 3UKUA 3D7EO 4FPBA 4BRLA 2BTFA 1T6CA 2AP1A 2YCHA 4HTLA 3ID8A 2I7PA 1MWMA 1XUPO 2E2QA 4A2AA 4H0YB 4PKIA 3HZ6A 3JXUA 2H3GX 4L3QA 3SJHA 1ATNA 1E4GT 3BP8A 3LDNA 3D2FB 3AARA 3CIPA 3VEZA 1RGIA 4CZGA 3LDPA 3ZEUB 2IVNA 4BQZA 1NGGA 3QBXA 3A5LC 4MO4A 5BPMA 5AQGA 3VEVA 5AQWA 2E8AA 4ISFA 3ZETB 3CHWA 4BRCA 3H46O 4FWNA 3R9PA 1X9JA 5AQUA 2P9PA 5BRFA 2D0PA 4BRKA 5FPEA 4CZMA 3BEXA 3CI5A 4BC2A 2ZGYA 3VF4A 4DHYA 5AQXA 5AQKA 1TUUA 2ASOA 2FF6A 1BA1A 3LL3A 1D4XA 5KPZA 5BN8A 4BRGA 2FSJA 1IJJA 1V4SA 2ZGZA 4GNIA 3QICA 4CBXA 3VEOA 4BC5A 1Z6RA 1MWKA 5I9EB 2QWPA 1TYQB 4IZ9A 2E1YA 3HTVA 2EWSA 4PKGA 4H5WA 3UB5A 1QZ6A 2YHXA 3ZETA 4BRMA 4DQ8A 1K8KA 4M7YA 1NM1A 2F9WA 1GLAG 2P9PB 3GDQA 2HF4A 2GWKA 1SQKA 4EFHA 4FL9A 4FWOA 1JCEA 1MDUB 3KHYA 4I6MB 4JHDB 3G25A 4Z94A 5BR9A 4FOIA 5AQIA 4RWTA 4BVPA 3FZMA 3WQTA 4WQ4A 2CGLA 4O8KA 3SK3A 2ASPA 4YDUA 3H6EA 4K42A 4BR2A 1BUPA 1OKJA 2OANA 3O5BA 4HWIA 4CBWA 2ASMA 1XC3A 1BA0A 3VESA 1TYQA 3VEXA 1HPMA 1BWFO 3AY9A 4AM6A 1Z05A 2BUPA 2P9NB 4CZIA 1NGIA 3M6GA 4FSVA 1HUXA 3QBWA 4JHDA 4E1JA 2Q31A 3H3NO 5BN9A 1GLEG 3DXMB 2V7YA 4I6MA 1QQOA 3S41A 1C0FA 2YHWA 3ZX3A 2E2NA 1ESVA 3W3DA 2J4RA 4FWPA 3BUZB 4ISEA 3O1BA 2HOEA 3ENHA 3WXKA 4CZJA 1LOTB 1ATSA 4BGAA 2QWLA 1GLCG 3O80A 1BDGA 2ZWHA 5AQZA 1YUWA 2HF3A 4BRFA 4MLHA 4CZEA 2P9KB 1NGHA 5AFUH 2E2OA 3C7NB 4JAXA 3CETA 1ZBSA 4A62A 2CGKA 2IVOA 2P9NA 3CQXA 3FZLA 3LDOA 3L6QA 4PL8A 4RTFD 2A40A 3CQYA 5AQOA 4BRPA 1C0GA 1GLDG 1ZXOA 5E84A 2QWQA 2ITMA 1Y64A 3HBTA 3W0LA 3GOIA 3A5MC 4QS7A 3ULEA 1RDWX 4BG8A 4NB4A 3BF3A 1QQMA 5KPRA 3MK6A 3MN9A 1S3XA 2FF3B 2Q2RA 4B1UB 2E88A 3VPZA 3OHRA 2P9KA 4M63C 1BU6O 3MN5A 2P9LA 5ADXA 1DGKN 3O08A 3LM9A 5AQFA 3FLCO 5AQSA 1QZ5A 2Q1NA 3IUCA 5AR0A 3GG4A 4FWRA 2NRHA 3D2EA 4K25A 1NBWA 5JLHA 4B1WB 3WXIA 3A5NC 1JCFA 2Q0RA 2VYPA 3H45C 5AQTA 4AM7A 3RSEA 1NWKA 1SZ2A 5AQRA 1BG3A 3DWLA 2A42A 1GLBG 1SAZA 3EKSA 4RCHA 5FPNA 5AQYA 3QB0A 2FLOA 2WUSA 2V51B 3ULEB 1RFQA 3EL2A 5EOYA 2GTDA 5F0XA 1HLUA 1NGJA 4QS9A 3ZX2A 1P8ZA 5EX5A 3CJAA 3SMSA 4DCHA 4CJ7A 4JD2A 1NGBA 5AQJA 4H5NA 1HKGA 1K8KB 2CGJA 2V7ZA 1HX1A 4H03B 5EXWA 3EKUA 2F9TA 4BRDA 3MMVA 3EO3A 5BREA 4O5FA 3UE5A 3VGLA 4BR9A 4B1ZA 2W41A 3D2EB 3VF2A 2GELA 3WQUA 1X3MA 3D2FA 1TUYA 4GY2B 4CD1A 1XQSC 3F9MA 3B8AX 1YXQA 3WXJA 4FWSA 4BQLA 3ZEUA 2E2PA 4EHTA 2QWRA 1NGEA 3CERA 1DEJA 5AQLA 5EY4A 4BREA 2IIRA 1MA9B 5KQ8A 2E20A 4JD2B 2PAVA 1H1VA 4IWVA 3UKUB 3J8AA 2YHYA 2P9UA 4H5VA 1GLJO 1KAZA 4Y0WA 5LJWA 4BR7A 3GL1A 4PL7A 3FE1A 2YJFA 2NZTA 4CD3A 3O1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHNA 3SMPA 5KPTA 4EIAA 1UOCA 5J2MA 2Z1GA 2WC9A 4FLUA 1S22A 4OKEA 2CH6A 4OGCA 1LW2A 2F7TA 4IEEA 3ZX0A 4CHQA 4MQ3A 1D5AA 4H0VB 3QFUA 4J2DA 3O3FA 5LMNK 3VTIA 4O5BA 4WFBL 4JK8A 1GOBA 4DR2K 1J6ZA 3HM8A 1IKWA 1QQNA 1I39A 1U2VA 4NCAA 4JI8K 1DTTA 3B6PA 1WSIA 3P38A 1J5OA 3K5NA 3E01A 5C2DA 4HUEA 3VERA 2KHOA 4WFAL 1SL1A 2FBXA 3L4IA 2P5OA 4YOVA 4YOWA 3KK7A 4PKHA 2O8CA 2YKNA 5BRHA 4BROA 4F9OA 3PUFA 1D8YA 3AVIA 3IKMA 4CJQA 2QKBA 3CYMA 4IG0A 4FWQA 4QS8A 2A6AA 3WEEB 2CH5A 5GINA 1TV6A 4IJAA 2HBLA 4YDUC 5ADXH 5BPLA 1ZYQA 4DTPA 3H1QA 3UKRB 2QWNA 3R1XA 2X6SA 1XWLA 3PO4A 2EX3A 5C42A 4BGBA 2GEMA 2IVPA 4KBOA 1T6DA 1TAQA 3D45A 2VWBA 3F2KA 3IDHA 4WQ5C 5I42A 3K5OA 3BGRA 3PIPL 3S9HA 4CBUA 4I9QA 3HVTA 1KXPA 2RKIA 4CFBA 3S3OA 3MDQA 4BC4A 1QHAA 4WF9L 3CC4N 3QETA 3SAFA 3O3HA 3PX4A 2Z1JA 3PY8A 1U6ZA 1EP4A 4OKJA 1P90A 3VGKA 3MWPA 3FGUA 3CCVN 1JCGA 3VEWA 2QWMA 3DJCA 4FWMA 2VG5A 1VQPN 2P9UB 3O4NA 4OLAA 3KWGA 4CGFA 4LC9B 3DM2A 4C1NK 5F2RA 4E19A 5AQQA 4M3ZA 4Z4FA 1S1XA 2P9SB 1KD1O 4GKKK 4M3TA 1SL0A 4FJ9A 1HMVA 3A0IX 2KTQA 3I8BA 4IXCA 5AQMA 4DFMA 5C25A 5B8HA 1EQYA 3EZWA 3THYA 3DOLA 3OJUA 2UUBK 1V4TA 4DS5A 1SKRA 2E6LA 2PBDA 4BR4A 1HKCA 4XH5A 5JMVA 4YNQA 2A1RA 3MN6A 2EHGA 4X64K 1VQKN 3P31A 3TSUA 1JKHA 4DR7K 5AQHA 2RE2A 1DTQA 3HSTB 4N5SA 4DB3A 4FM1A 3MN7A 4FWLA 1XI1A 1T3VA 1TK5A 3HT3A 3G6EN 3V1RA 3OYKA 1RDBA 3O3GA 3QEVA 2YI1A 4B1VA 3CG7A 1T6CA 1TVRA 2YCHA 3TANA 2I7PA 1MWMA 1HPZA 3C6HA 4CFCA 2E2QA 3RR8A 1S9GA 4YOXA 1RCHA 3AVLA 4C8NA 4BWJA 3SJHA 1ZBIA 2H3GX 4L3QA 3D2FB 3SQ4A 4KTZA 3F9KA 3CIPA 4NCGA 4CGGA 1KCFA 1HYVA 3LDPA 5DMRA 4IOCL 1DLOA 2O8FB 1RDDA 3J7AP 3QBXA 1N6QA 3L2UA 1NK0A 3VEVA 1RDUA 4HVJA 4JS5A 3OS1A 3RVCA 4BRCA 3K5LA 3R9PA 2QTDA 3OYJA 1VSJA 4CZMA 4FLTA 5K14A 3G4SN 2ZGYA 4A59A 4DHYA 3CMAN 5HLFA 1SL2A 1TUUA 4FJIA 4CFAA 3NFAA 1TL3A 5KPZA 3AVFA 4CJSA 4YOTA 5BN8A 3I55N 1IJJA 2ZGZA 4M3RA 3L2VA 4ILJA 1XC9A 3QICA 3THWB 2O8DA 1Z6RA 3ZCMA 1VQ5N 4DV0K 4DV7K 4IZ9A 4PHTX 2EWSA 3M8RA 4PKGA 4CK2A 2G8FA 1X9WA 4OPKA 5IWAK 4DQ8A 1A5VA 4JI0K 4M7YA 4M41A 4B8AB 2XO7A 1SQKA 1WSHA 2KZMA 4I6MB 3LZIA 4Z94A 3Q7BA 1SKWA 4DSJA 3ZT1A 4BVPA 3FZMA 2ZQBA 3CCRN 1IKVA 3TWHA 4JI7K 4O8KA 3SK3A 3T3FA 3NVMA 3L2WA 3RMBA 1R0AA 3OJSA 4KHSA 2ASPA 4K42A 4B08A 3DLKA 3HO1A 2F96A 1BA0A 4DTUA 3I0RA 4AM6A 1W7AA 2BUPA 4CZIA 3AVKA 3SQ0A 3NH1A 4DQRA 4DSLA 4JHDA 3O9SA 3OYBA 3H08A 5FLXO 3HM9A 3DXMB 1QQOA 1KRPA 1IBMK 5CR4A 1D9DA 1JLBA 3E9OA 3BUZB 4BDYA 3OYCA 4KRFA 4AHSA 4JKBA 3ALYA 4HUGA 3CFPA 2HOEA 1VQ6N 1LOTB 3DLLL 3TABA 2NRRA 2ZWHA 5AQZA 2HF3A 2E4LA 4OVLA 1K6YA 3C7NB 4O55A 2WTUA 4JAXA 3SJJA 2P9NA 3HPGA 4ZTJA 2G8KA 1A5WA 4LFAK 2IAJA 3IAYA 2VWKA 4DFPA 1C0GA 1WBDA 1GLDG 5E84A 2QWQA 2ITMA 2OPPA 3U3YA 3GOIA 3A5MC 3J7ZO 1BI4A 4ZTFA 1NK9A 3ULEA 3A2FA 1C1BA 4BG8A 4LH5A 2E88A 1BIZA 3MN5A 3TSPA 4DMNA 1DGKN 3ZSQA 3DRPA 1NOZA 3LALA 3G0ZA 1ZBUA 4ELVA 4F2RA 4I2QA 3AO3A 2HNYA 3M8SA 4K25A 3LPTA 4DV3K 3KK2A 3SAHA 4EZ6A 1SZ2A 5AQRA 3DWLA 3EE9A 4CEAA 1SAZA 3MECA 3QB0A 2WUSA 5JVHL 3K58A 3CM5A 3OYEA 4GKJK 1J54A 1WSGA 3CJAA 4AHRA 4QCLA 4DCHA 2RHKA 4CJ7A 3OW2M 1TL1A 2CGJA 2XY5A 1S1WA 4BRDA 4OX9K 3MMVA 4JI4K 4CHYA 3UE5A 3VGLA 2HHTA 1NK6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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