2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Chaperone
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
1BA0A 3LDOA 1HJOA 1NBWA 1T6DA 4DHYA 3QFUA 3DJCA 4FO0A 4FPAA 3D2EB 1DEJA 1G99A 3DXMA 3UB5A 5CE3A 3QDKA 1E4FT 2GWJA 4CZMA 3BF3A 4EIAA 4XH4A 3ATVA 3FZLA 3O5BA 4K41A 5AQQA 2W40A 4FWLA 1ATSA 1GLAG 2NLXA 1YUWA 3M3ZA 4BRQA 4PKGA 3CERA 4PL7A 4CJ7A 3D2FA 2D4WA 3A0IX 4QS7A 3MMVA 3MN6A 3QBWA 4BC3A 1Z05A 3L6QA 4H0YB 2NRHA 1HKGA 5FPMA 4O8KA 4B1YB 2IVPA 1YVNA 2E2NA 3FZMA 1H1VA 4MO5A 3WXKA 4BR5A 3G25A 4XH1A 2E8AA 4BC2A 1RDWX 3BF1A 2Q0RA 5LY3A 3GE1A 3O4WA 2QWQA 4M7YA 3UKRB 4A61A 5AQGA 3UKUB 2P9UA 4NO7A 2P9IB 1ZC6A 2QWOA 3VEWA 3EKUA 5ELZA 1ATRA 3VEVA 3LDPA 5EX5A 3VGKA 1Y64A 1NMDA 2HF3A 3A5LC 5AZIB 4BRLA 4BRAA 1D4XA 4DB3A 5FPDA 2P9SB 2A41A 1QZ6A 3ZEUA 1IG8A 2V51B 2F9WA 2I7NA 3MN5A 4A2AA 2WUSA 3R9PA 3VEOA 3VPZA 2P9LA 4BRNA 1SQKA 1WUAA 1T6CA 3H1VX 2PAVA 2ITMA 3DXKB 4H0VB 4MLHA 4MLEA 2P9KA 2QXLA 4HWIA 2A5XA 2HF4A 3WQTA 4BR7A 4I6MB 4LC9B 3SJHA 4BVPA 2CGLA 2Q0UA 3O1BA 4B1VA 3VENA 1KAZA 4H0TB 3ZETB 3GBTA 3ULEA 3MCPA 4WQ4C 5LJWA 3AARA 3ZX0A 1XUPO 1GLCG 4GY2B 1MWKA 5KPTA 2YJEA 1HX1A 4BRIA 3M1FA 1MDUB 5AQXA 3UKRA 5AQFA 1XQSC 1LOTB 5AQJA 1E4GT 4B1XB 3I33A 2ASOA 3CJ7A 4CZIA 4BRHA 4BQZA 1U6ZA 4JN4A 3J8AA 3SMSA 4A2BA 3LDLA 1QQMA 3WEEB 3ENHA 5BR9A 2P9PB 1RGIA 2ZWHA 2F9TA 4BR4A 2YHXA 2A6AA 4AM7A 5ADXH 3FFKB 1NGEA 4DCHA 2YHWA 3L0QA 2DPNA 3BEXA 4CD3A 4CD1A 4FOIA 3D7EO 4CBXA 2GEMA 2GWKA 1KAYA 4K25A 3M6GA 3GL1A 4FSVA 1S22A 1X3MA 3C0BA 3A8YA 1KAXA 3VF4A 4ISFA 3FGUA 4CZKA 2ZGZA 3EKSA 4PKIA 2ASMA 2E2PA 4FWKA 5JICA 4EHTA 4AM6A 3WXLA 4BREA 3VF2A 1C0GA 2OANA 3VETA 5TKYA 5EOYA 2A42A 3ATUA 4FWSA 4QS9A 3O6WA 5AR0A 4WQ5C 5I9EB 2QWLA 1X9JA 4MO4A 3S41A 3VERA 4CZLA 4CBUA 4H0PA 4EFHA 2P9NB 3C7NB 4FWMA 2CH5A 3H1QA 1JCGA 1SZ2A 1DKGD 1ESVA 1IJJA 1HUXA 2IVNA 4FWRA 4QS8A 5BN8A 3EO3A 4H03B 4CBWA 2FF6A 3CIPA 1P8ZA 4JNEA 4YDUC 1TYQB 1NWKA 1Z6RA 2YHYA 4IO8A 2AP1A 4H0OA 4JHDA 5AFUH 3U8XA 3A5NC 1BUPA 4JD2B 4ISGA 3WUHA 1K8KA 1RFQA 5AZJA 3H45C 1SAZA 3HZ6A 3FR0A 2VCPA 3EL2A 4BRMA 3WT0A 3CJ1A 3H6EA 4E1JA 4H5WA 3MK6A 1TUYA 1QQNA 2E88A 3HSCA 4K42A 4WYBA 1MA9B 2UYTA 3U9DA 3QICA 5JMVA 4KBOA 4IJNA 2E1ZA 4H5VA 3TPQA 3VEYA 2GUPA 1HLUA 5AQZA 1HKCA 3IUCA 1Q18A 5AQPA 1NGHA 3D2EA 2VWBA 4HTLA 2FSKA 4FL9A 1U2VB 3RSEB 3U9ZA 1T44A 1NGIA 3FLCO 4BG8A 3OHRA 5E26A 3LL3A 4FWNA 4IWVA 3VOVA 4FWQA 3UE5A 2E20A 3QFPA 1BOTO 3CI5A 4BR2A 5F0XA 2D1KA 1QHAA 2CGJA 3LM9A 1R59O 5ADXA 4Y0WA 2QWMA 3DXMB 3ZX3A 4BRDA 2P9NA 4BC4A 2VYPA 1NGJA 3FZHA 3IDHA 3GG4A 1NGGA 4J8FA 3O1WA 1WOQA 1ZXOA 3O08A 1XC3A 1DGKN 3A5OC 2V52B 1MWMA 2V7YA 2PBDA 3AAPA 3A5MC 4IJAA 3D2FB 5AQWA 5AQHA 2Q1NA 3UKUA 3O8MA 2P9IA 1NGBA 4JD2A 2YJFA 1NGAA 3O80A 4FOEA 3CJAA 2A40A 3VEXA 3VGLA 5AQSA 3HI0A 2ASPA 5AZIA 3QBXA 1C0FA 4BQLA 2P9SA 3CETA 1BG3A 3B8AX 1CZAN 3W0LA 4BG9A 5BRHA 3DWLA 1NGCA 2QWPA 3KVGA 5F1XA 4BROA 4NB4A 1QQOA 2GELA 3VEZA 5AQVA 1BA1A 5KQDA 1GLBG 2ZGYA 4M7XA 5AFUA 5BN9A 4FWPA 4H5TA 3AAQA 1GLDG 5FPEA 2QWRA 3DXKA 1ATNA 4RCHA 3ZEUB 5AQTA 2GTDA 4BR9A 3TU5A 4BC5A 3EN9A 4I6MA 5AQLA 3R8EA 2P9LB 3JXUA 2AA4A 5AQKA 3VGMA 3CQYA 3R6MA 4BGBA 3I8BA 3JS6A 1OKJA 5FPNA 1YXQA 1NM1A 4FPBA 3ZETA 1BO5O 1V4SA 2Q97A 2NZTA 5AQNA 4EAHD 2P9KB 3SMPA 1NGFA 1NLVA 2IIRA 3IMXA 2H3GX 2QM1A 4B1UB 5E84A 5KQ8A 2KHOA 3WXIA 3ID8A 3CHWA 2V7ZA 3KHYA 3IFRA 5BPNA 3AY9A 3H3OB 3WXJA 2A3ZA 4BRPA 4BVOA 4BR0A 1V4TA 3SLCA 3VESA 4BRKA 3WEEA 4O5FA 2QW9A 3ULEB 3BP8A 3VF6A 4BRGA 2P9PA 1HPMA 3SK3A 5KPZA 1NGDA 1LCUA 1JCFA 3EZWA 3GOIA 4M63C 5EY4A 5F2RA 3CJCA 2QWNA 4BGAA 3BUZB 4WQ4A 2FXUA 2E2QA 3GDQA 2FLOA 4ISEA 3LDNA 2J4RA 4H5RA 5AQUA 3WQUA 1BU6O 2Q31A 5EXWA 4EHUA 3HTVA 2HOEA 5AQIA 3H46O 3HBTA 4F9OA 4XH5A 2W41A 3FZFA 2BTFA 2E1YA 4K43A 3MN9A 5EVZA 5B8HA 1QZ5A 2D0PA 3MN7A 4H0XB 4PL8A 3DAWA 5AQYA 4CI6A 5BPMA 5BRDA 1HKBA 1GLJO 5AQRA 4FWOA 2I7PA 1S3XA 4CZGA 3FE1A 1EQYA 4RWTA 1J6ZA 2YCHA 3C7NA 3MDQA 2CH6A 5BREA 3FZKA 3CJBA 5JLHA 2CGKA 3KZBA 2D0OA 4DQ8A 4H5NA 1GLFO 5AQMA 5KPRA 2IVOA 3H3NO 4XEIA 3ENOA 3W3DA 4IXCA 4Z94A 4B9QA 3CJ9A 1TYQA 2HMPA 3LDQA 1BDGA 2FF3B 4JAXA 4IZ9A 4B1ZA 2ZF5O 2E2OA 1JCEA 5JLFA 1GLEG 4WQ5A 4RTFD 1TUUA 3QMLA 5LJVA 5BPLA 3HM8A 2FSJA 2Q2RA 2BUPA 4BRFA 2EWSA 4C23A 4B1WB 1X3NA 5AQOA 1ZBSA 3F9MA 4L3QA 4A62A 3CQXA 2P9UB 4CZHA 3QB0A 3U4LA 4JHDB 4GNIA 4CZFA 3L4IA 4YDUA 1BWFO 5BRFA 1GLLO 1K8KB 4BRCA 5AZJB 4CZEA 2FSNA 1KXPA 2YI1A 4PKHA 2Q36A 1YAGA 1U2VA 3RSEA 3P4IA 3ZX2A 4CZJA 3LM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6DA 2B4JA 2O8DB 3DJCA 1RBUA 4JI0K 3CCLN 4B9VA 1N6QA 4M3XA 3HJFA 1J53A 1X9WA 3DOLA 1E4FT 4KH6A 4J2DA 4CGIA 4EIAA 4XH4A 2UUCK 3S3MA 4K8ZA 4B9SA 4FWLA 4HUGA 4CEOA 2NLXA 2OPQA 3M3ZA 4NXMK 3TTFA 4DUZK 3VQDA 2F7TA 4PL7A 4CJ7A 3D2FA 4CW7B 3SUPA 3DM2A 4DUYK 1Z05A 1JL1A 3OJUA 3SI6A 4M3RA 1XC9A 2HNYA 3LALA 2IVPA 3NFAA 1L3UA 3KIOA 2O8FB 1YVNA 2E2NA 3FZMA 4MO5A 3WXKA 1BGXT 3D45A 5LY3A 3GE1A 1KFSA 3HP9A 1S72N 1HR0K 4KHPK 1N32K 4DSIA 1ZC6A 2QWOA 1NK5A 4DU4A 1TKTA 3R1XA 3TANA 1M90O 3VEVA 3LDPA 4BRLA 5FRMA 2OPPA 3A5LC 3KLGA 1VQNN 5FPDA 2P9SB 3IG1A 1HYSA 3ZEUA 3CF5L 4GV6A 5DK5A 2F9WA 2VWKA 3AVMA 4AF1A 4KFBA 4GV3A 4RW4A 4ZTFA 2P9LA 3SQ4A 3P5JA 1SQKA 3MX5A 1NKCA 2P51A 1Z26A 4DFJA 1O13A 2P1JA 3TTDA 3H1VX 2ITMA 4FLXA 1VQ4N 1KRPA 3G71N 3ZCMA 5C10A 4FM0A 4CJPA 2HHSA 2QXLA 3RMBA 3DI6A 2A5XA 3WQTA 4BE0A 4LD0A 4NCGA 3M5RA 4JKAA 4ILHA 4PWDA 2Q0UA 3O1BA 1TKZA 4DV2K 3DLKA 3ZSRA 1KAZA 3V9UA 4R5PA 3AVIA 3HOTA 1C0UA 3ZSVA 4E89A 2DTUA 1OVQA 3GBTA 3ULEA 2O8FA 1FKOA 3AARA 3SPZA 4Z4GA 4JK9A 4Q0BA 2FBXA 3S3NA 2UUBK 1HX1A 4OKEA 4OLAA 2HB5A 3CMAN 5AQJA 1WSFA 4KHNA 3I33A 4NLCA 5GAHP 5CHIA 1HYZA 2HHWA 1HMVA 3ENHA 3KK3A 2HW3A 4DR7K 4M41A 3VQ9A 1CXUA 2ZWHA 2F9TA 4DLEA 3T1AA 4GKJK 1RT7A 4FW1A 2KFNA 4KTZA 2YHWA 4CD3A 4CBXA 3VN5A 1F21A 1R0AA 3TI0A 4B9TA 3LAKA 4HCCA 1TAQA 3TR8A 5JS2A 3A8YA 1WB9A 5JICA 5M1PA 1HNXK 4OJRA 2OANA 4NYNA 4M3WA 4CJVA 1ZBUA 3F73A 3RWUA 4FWSA 4QS9A 2KW4A 4CZLA 4J2EA 3AVGA 2VWJA 3NVMA 2DFEA 3EEQA 1ILYA 3RMCA 1REVA 1JCGA 4DQRA 3VMFB 3PX4A 1EETA 2IVNA 4FWRA 2FF6A 4YDUC 4BE2A 3V9SA 1K9MO 4MDAA 3V1OA 3RRHA 4ELTA 4KHUA 1C6VA 5M1OA 4KB1A 2OPRA 3HZ6A 2VCPA 3WT0A 4AQYK 4J2AA 2GV9A 2OPSA 1BHLA 1JLCA 4K42A 5GINA 4RW9A 4CJTA 3QICA 5JMVA 4IJNA 1ASVA 3VEYA 2GUPA 5AQPA 2VWBA 4ELVA 2QK9A 5E41A 1RBVA 1B92A 3RSEB 3U9ZA 1T44A 1LAVA 3O3FA 3CG7A 4E7HA 2A1RA 5E26A 4E1MA 4FWNA 3O3GA 1QHAA 3LM9A 2O8BA 4KH5A 4NLBA 3HSTB 3G6EN 1LAWA 3QIPA 3ZX3A 1FXXA 4J8FA 3O1WA 3SUQA 1D5AA 1BL3A 2V52B 4CJEA 4YHHK 4Z0UA 3TABA 2V7YA 3A5MC 4E7IA 3AVNA 3VQ4A 2RPIA 3KD1E 2OCEA 2P9IA 3NVKA 3NF8A 1NGAA 4JI2K 3G10A 4FOEA 1VRTA 3T19A 2ASPA 4CEQA 3WNFA 3J80O 4BACA 4LF6K 1BG3A 4Z4FA 2UXCK 3THXB 4KKOA 3C95A 4MDBA 4BG9A 4JI7K 1NGCA 3KVGA 5GIOA 4OPAA 4CJRA 3SCXA 3J7AP 4NB4A 4X64K 4LFCK 5AQVA 4IDHA 1EKEA 4OGCA 1QHTA 1IO2A 1VQ9N 3JSMA 4QAGA 3S9HA 1DTTA 5BN9A 4FWPA 4Q5VA 3AAQA 1UA1A 3PSIA 3RMAA 4XIUA 2KQ2A 1U4BA 1TL1A 2X6NA 1TV6A 4JKGA 4HTUA 3TU5A 2ZE2A 4BC5A 3KKRA 3EN9A 4I6MA 5AQLA 2F8SA 4CF1A 3TARA 3JXUA 5CZ1A 3NGIA 4FYDA 3N4QA 2X74A 2FBVA 3I8BA 1KLMA 5FPNA 1HQEA 3THWB 1YXQA 1NM1A 3QINA 1LWCA 3ZETA 4A5BA 3THYB 1C1CA 4DFKA 3IMXA 2HBKA 2H3GX 5E84A 3ID8A 5J2NA 3KHYA 2NRZA 1YT3A 3WXJA 2A3ZA 3OYDA 1VQPN 3TAPA 4CJKA 4MFBA 4DFMA 4ILJA 3AO3A 3DRRA 3WEEA 4O5FA 2QW9A 3BP8A 4BRGA 2P9PA 2A1SA 4IG3A 3VQ6A 3AA4A 3CJCA 1J9AA 3NHGA 2QWNA 3AA3A 2E2QA 3MX2A 4CJFA 4FJ8A 3OYAA 4DU3A 2UXBK 2KZMA 4JLHA 5AQUA 4RW6A 1KD1O 1FJGK 4CGFA 5AQIA 1YJ9N 4CGJA 3HBTA 1RTIA 2BTFA 4Y1CA 3HOSA 4CFDA 5B8HA 1QZ5A 1RILA 5BPMA 3TAGA 4C1NK 4DR6K 4LFBK 1RT1A 1SL2A 1C0TA 5BRDA 4KI6A 2VG5A 3DLRA 4N5SA 2I7PA 4CZGA 4FZZA 4RWTA 2Q3SA 2CH6A 3FZKA 3CJBA 2CGKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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