1MDUB

Crystal structure of the chicken actin trimer complexed with human gelsolin segment 1 (gs-1)
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
360
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords gelsolin precursor
publication title Structure of an F-actin trimer disrupted by gelsolin and implications for the mechanism of severing
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Structural protein
total genus 113
structure length 360
sequence length 369
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1mduB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1mduB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1mduB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1mduB04
3C7NB 2A40A 1CZAN 4H5NA 1T6DA 1P8ZA 3CETA 5BREA 2J4RA 1BDGA 4PKGA 5ADXA 5ADXH 4QS7A 5AQRA 5BN8A 1JCFA 3MMVA 5AQWA 4FWNA 2A3ZA 3L4IA 3ZETA 1BWFO 3HBTA 2HF4A 3CJAA 3QDKA 4BRHA 2ZWHA 4CD3A 1NGEA 2FSJA 3FGUA 2BTFA 4H03B 5AQZA 3WEEB 5AQPA 3A8YA 2VWBA 3A5OC 4H0XB 3VF6A 3SLCA 3ZX0A 5AZJA 3ZX3A 4BRLA 1MA9B 3BEXA 2ASOA 5AR0A 4CZHA 4XH4A 1SQKA 3EL2A 3UKUB 2P9PA 4BRPA 4BGAA 3FZMA 5AQSA 4O8KA 3QFUA 3DXKA 2E20A 2V52B 4BGBA 4MLEA 3UE5A 2Q0RA 4GNIA 4BR9A 3H1VX 1BA0A 3MDQA 4CZLA 1BA1A 2IVNA 3O5BA 3VGLA 3MN5A 4FWSA 4HTLA 2GWJA 1QQMA 2Q2RA 3U8XA 2H3GX 2P9SB 3GOIA 4FWMA 2P9KB 2QM1A 2KHOA 4I6MA 4L3QA 2I7NA 3I33A 1C0GA 1ATRA 1ESVA 1GLDG 2ITMA 2D0PA 5F1XA 4RWTA 1MDUB 3C7NA 3FFKB 4B9QA 1DKGD 3JS6A 2Q97A 4KBOA 3SMSA 3FZKA 3B8AX 3RSEB 4C23A 1QZ5A 1D4XA 3LL3A 5AQKA 1NGFA 1XC3A 3WXIA 4JD2B 4ISEA 3GL1A 3L6QA 1H1VA 3M1FA 3DXMB 3QFPA 4FWKA 1NGIA 4CZEA 5JMVA 4IXCA 2FSNA 5LY3A 4EAHD 2I7PA 3WEEA 1BOTO 3ATVA 1NBWA 3M6GA 4BRAA 2VYPA 4RTFD 1NGBA 4Y0WA 1KAXA 3QBXA 1XUPO 4H5TA 1G99A 4EIAA 3VENA 2IVOA 2YHXA 4FWPA 5AQUA 1NLVA 1BUPA 5AQMA 4NB4A 3UKUA 4A2AA 1YAGA 5BPMA 3C0BA 5BR9A 4DB3A 4EHTA 4BRKA 3TU5A 4CBWA 1ATNA 2A6AA 4WQ4C 3H1QA 2YJFA 2YHYA 5AQLA 4AM7A 1GLBG 3FLCO 2V7ZA 4BQLA 2P9IA 3O1BA 4WQ5C 3QB0A 4M7XA 2A41A 4BRDA 1BU6O 5JLFA 1GLLO 1DEJA 2P9SA 3ID8A 3DJCA 1GLJO 2W40A 2P9KA 2QW9A 4JHDB 2E1YA 3G25A 4CI6A 4CJ7A 4M63C 1EQYA 5JICA 2ZGZA 4FWOA 2NZTA 2E8AA 4H5VA 1HX1A 4K42A 2GELA 5EVZA 4BR4A 2GUPA 2QWLA 3EO3A 3I8BA 4ISFA 4CZKA 1NGJA 3LDPA 1E4GT 4WYBA 3LDLA 3IFRA 4A62A 4YDUA 3FR0A 2YI1A 2QWPA 4BRGA 1Q18A 4IJAA 3O80A 3RSEA 2D1KA 3FZLA 2GEMA 3AARA 1ATSA 1S3XA 1QQNA 4JN4A 1NMDA 2OANA 4FWQA 4JD2A 4BC3A 1QZ6A 2QWRA 4RCHA 1HPMA 3A0IX 3DXMA 3DWLA 4EHUA 1MWKA 3ATUA 1Z05A 3GE1A 4H5WA 4H0VB 2D0OA 4HWIA 3ENHA 3VEZA 1TYQB 5EY4A 3LM9A 4H0OA 3CERA 3FZHA 5AQXA 1J6ZA 3A5NC 3U4LA 5AZIB 2NLXA 2Q0UA 4CZMA 1GLAG 2P9LB 2EWSA 2ASMA 4A2BA 5AQOA 4PL8A 3SMPA 5AQVA 4CZFA 4CBUA 1HUXA 3H3OB 2FLOA 3CJ7A 1GLFO 3H45C 3IUCA 3KHYA 1GLCG 1K8KB 2QWMA 4MLHA 5BRDA 4DHYA 5KPZA 3HM8A 3AAQA 4FSVA 4PKHA 1U2VB 3GBTA 3QICA 1NWKA 2HF3A 3D2FB 4FPBA 2PBDA 1WUAA 4IZ9A 5AQHA 5TKYA 2QWOA 5CE3A 4M7YA 4LC9B 3VEOA 2ZGYA 1SAZA 4H0TB 3R9PA 2E1ZA 4BRFA 1WOQA 3D2EB 3CJCA 3R6MA 4BRNA 1T44A 4PKIA 4BC2A 4JHDA 5AQTA 3UKRB 1XQSC 2YCHA 3WXKA 2FF6A 1X9JA 2DPNA 3W0LA 1RFQA 3U9DA 3CJBA 2V7YA 4BREA 4BRMA 3BF3A 4XEIA 4XH1A 3ZX2A 4O5FA 3R8EA 2GTDA 5AQGA 4H0YB 2ZF5O 3AAPA 5AZJB 3HZ6A 3P4IA 4K25A 4EFHA 4Z94A 3O6WA 3CIPA 4K41A 1NM1A 1MWMA 5AQFA 2PAVA 1HLUA 3VPZA 3H6EA 3SJHA 1Z6RA 3W3DA 2CGLA 2HMPA 3JXUA 3ZEUB 5AFUA 5EXWA 3GDQA 3CJ1A 5AFUH 4BVOA 4BVPA 4IWVA 3WXJA 1HKCA 2VCPA 1TYQA 4QS8A 4BQZA 5LJWA 5BN9A 4FOIA 1E4FT 5AZIA 2P9LA 3M3ZA 3CI5A 1ZBSA 3QMLA 4B1YB 5AQQA 3KZBA 4AM6A 4JAXA 4B1ZA 1IJJA 2D4WA 4XH5A 5JLHA 1DGKN 2P9UB 3VEYA 1K8KA 2E2PA 2P9NB 1X3NA 3LDNA 2AP1A 3VOVA 1ZXOA 1U2VA 3BUZB 2WUSA 2UYTA 4JNEA 3D2FA 2Q36A 2GWKA 4GY2B 4FWLA 5BRFA 2E2OA 3CHWA 3WUHA 3CJ9A 3VEXA 2AA4A 5AQIA 4B1WB 3D2EA 5F0XA 1HKBA 1TUUA 4QS9A 4H5RA 3UKRA 3SK3A 4F9OA 3FZFA 2ASPA 5BPNA 4ISGA 2CH6A 4B1UB 4CBXA 2FSKA 4BR0A 2Q1NA 4A61A 3A5MC 5FPEA 1BO5O 3VF2A 3VEVA 2V51B 1NGHA 4CZJA 5KQ8A 1NGGA 5BPLA 3ENOA 1RDWX 3O1WA 3VERA 4BRQA 3O8MA 3H46O 3HSCA 2QWQA 2E2QA 2YHWA 2IVPA 2A42A 3O4WA 4IO8A 3ULEB 1LOTB 3KVGA 4IJNA 4FPAA 4BRCA 3MN6A 3VGMA 1V4SA 3J8AA 2A5XA 2W41A 3ZEUA 5KQDA 3LDOA 5EOYA 1SZ2A 1HKGA 3S41A 2F9WA 3BF1A 3EKSA 1NGDA 3WXLA 5B8HA 5KPRA 5LJVA 3QBWA 4YDUC 2QXLA 3WQTA 3MK6A 1YXQA 3CQXA 1KAZA 2FXUA 1TUYA 2P9IB 2QWNA 5AQYA 4BG8A 5KPTA 2F9TA 3O08A 2CGJA 2FF3B 2BUPA 3HTVA 3WT0A 1RGIA 3D7EO 3WQUA 2CH5A 4BG9A 1S22A 2P9UA 1IG8A 1ZC6A 3OHRA 2P9NA 3ZETB 3EZWA 5E26A 4BC4A 2CGKA 4BROA 5FPDA 2NRHA 3HI0A 2E88A 3LM2A 4B1XB 4NO7A 4CZIA 2E2NA 3FE1A 4K43A 4MO4A 3CQYA 4WQ4A 4BR2A 3MN9A 1HJOA 1C0FA 3MN7A 4B1VA 3U9ZA 1T6CA 1Y64A 1R59O 5FPNA 5BRHA 4WQ5A 5ELZA 3TPQA 1V4TA 4PL7A 1QQOA 2HOEA 5I9EB 4MO5A 3IDHA 2P9PB 4CZGA 4H0PA 3BP8A 4CD1A 4BC5A 1OKJA 3VESA 1NGAA 3DXKB 3LDQA 2YJEA 1KAYA 3AY9A 4DCHA 4J8FA 4FOEA 1JCEA 3L0QA 4FO0A 5E84A 3F9MA 2Q31A 5AQNA 1YUWA 3VGKA 3H3NO 3VF4A 4DQ8A 1LCUA 3DAWA 1QHAA 5AQJA 3EKUA 4BR5A 4E1JA 3MCPA 3ULEA 5FPMA 5F2RA 1KXPA 4BRIA 1NGCA 1BG3A 3GG4A 1GLEG 2IIRA 3IMXA 4FWRA 1JCGA 1U6ZA 1X3MA 4I6MB 1YVNA 5EX5A 3A5LC 4BR7A 3EN9A 4FL9A 3UB5A 3VETA 3VEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H5NA 4DSKA 1P90A 3CETA 1ITGA 4KI6A 4OKJA 3U3YA 4OLBA 5BN8A 1JCFA 5AQWA 5H1SQ 4DR2K 2A3ZA 3L4IA 3ZETA 1BWFO 5KRTA 4Z4GA 4DS5A 1LAVA 4Y1DA 4CEQA 1NGEA 1JL2A 1N36K 3WEEB 1X9WA 4PWDA 3SQ0A 4FK2A 1Q8IA 2E5LK 3SLCA 5AJ3K 4GV9A 3VQ6A 4DLEA 1MA9B 4LSNA 2I5JA 4DUZK 4E7LA 3T69A 2OYQA 2ZJRL 2P9PA 4BRPA 2F8TA 3QETA 3AVGA 3DXKA 1FJGK 1VQ4N 1HNXK 2V52B 4KTZA 2HHQA 4MLEA 4IBNA 4NXNK 3AO5A 4C8KA 4LF9K 1F21A 3C6AA 3SPZA 1TKZA 2OA8A 1BA1A 2IVNA 3VGLA 1NG9A 3TANA 3ASMA 3AO2A 4JEPA 2G8IA 1QQMA 1ZBFA 1JLQA 4FWMA 4FVMA 3BDPA 4X64K 3QEWA 3I33A 2WONA 1DTTA 1HR0K 1VQON 4YHHK 2O8DB 4OKKA 3DLBA 1GLDG 1I39A 5EU7A 4RWTA 1GOBA 1OVQA 1LAWA 3TWHA 3C7NA 3NHGA 2Z1IA 3JS6A 3CM6A 4KBOA 3SMSA 4MQ3A 3LL3A 5AQKA 1XC3A 3SUPA 4ISEA 3L6QA 1H1VA 4X66K 4CZEA 1RT2A 3OYMA 5LMUK 4IXCA 1IBKK 4OO1J 3ATVA 3H08A 3M6GA 4DV6K 1NGBA 4Y0WA 4A5AA 5C2FA 3LZJA 1NLVA 1BUPA 4KPYA 1EO1A 3NBPA 1KQSM 1HPZA 1RDDA 3C0BA 5BR9A 4O44A 5M1KA 3LALA 3NGYA 2IDOA 2NRXA 2A6AA 4WQ4C 3H1QA 1WSIA 4W5NA 3FLCO 2FC0A 3KTQA 4I7FA 4M7XA 4AHSA 4YOTA 1BU6O 3QO9A 1DEJA 3ID8A 2P9KA 1E3MA 4BWMA 1UOCA 4FLVA 3V9UA 5CZ1A 4CJ7A 1EQYA 2ZGZA 2NRVA 1M90O 1TKDA 3IG1A 5C0YA 4H5VA 4K42A 3CCSN 4ISFA 4MDBA 1NGJA 4OJRA 2G8FA 2W42A 4WYBA 3LDLA 3L2QA 5T7BA 3NF6A 3O80A 3RSEA 3V4IA 3AO1A 3K59A 4KRFA 1QQNA 1NMDA 2HBLA 4FWQA 3HYFA 5D3GA 4DWIA 4JS4A 4M3TA 3DXMA 3DWLA 4EP4A 4C1NI 2EX3A 4LFBK 3VQ5A 4FJIA 4H0VB 4CGDA 4HUEA 3IAYA 1QVGM 4JI6K 3LM9A 4KI4A 4GV6A 3CERA 3FZHA 4DR4K 3PUFA 5AQXA 3A5NC 5AZIB 2Q0UA 1KFDA 4YOUA 1HRHA 1D8YA 4CHNA 4PL8A 5HP1A 4KFBA 1SKWA 3H3OB 2FLOA 3IUCA 1Y97A 4B8CA 2QWMA 1K8KB 1RBUA 4J2DA 3KWGA 3OYGA 3HM8A 2BANA 2PZSA 4DS4A 1LW0A 5HOOA 3QERA 3QEXA 1NWKA 3D2FB 2PBDA 1RNHA 1SS6A 3ULDA 4NCAA 3CQ8A 3J7ZO 4LC9B 3VEOA 4DKWA 2ZGYA 3K5NA 3SYZA 1S6QA 3R9PA 1JLAA 4JKGA 3K0SA 3CPWM 4DV2K 4O0JA 4PQUA 3PSFA 4DR6K 4JHDA 1IBLK 3O9TA 2A1RA 1N8RO 2YCHA 4JI1K 3HOTA 4LFCK 2QEXN 3THXB 3O9UA 3W0LA 1QSLA 3CJBA 4O8UA 3OS0A 3RVCA 3BF3A 3ZX2A 3R8EA 3AVKA 4CJWA 4GKKK 2ZF5O 3AAPA 5AZJB 4CJ5A 5M1PA 1FKPA 2XY7A 4DG1A 4K41A 1NM1A 3S3MA 1HLUA 4TSXA 2JWKA 5IWAK 2YV0X 4IO9L 2OTLN 3SJHA 2HMPA 1VSDA 3JXUA 3CMAN 3ZEUB 2F4VK 3GDQA 4BVOA 4BVPA 3NH2A 4Q0BA 2P5OA 4JKAA 4LSLA 1L3UA 4BQZA 3DRSA 5BN9A 4FOIA 3MCAB 2X74A 4CK3A 3KD1E 2O8BB 3TSUA 4CF2A 4KHSA 3T1HK 1BISA 3SQ4A 3L4QA 4JAXA 5JLHA 3TAEA 4PA1A 3OYBA 5SWMA 3NGZA 2R7YA 2X6SA 2P9NB 2WC9A 4AH9A 3CCLN 5HL7L 2AP1A 3VOVA 1ZXOA 4AHUA 4DSIA 3BUZB 4E7IA 4HUGA 4DU3A 3CMEN 2OTJN 4K8ZA 4OKEA 2E6LA 3WNEA 3ZSWA 5DM6L 3WUHA 1NK9A 2DFEA 4CIFA 5C10A 3K9JA 4B3MK 4MDAA 3O3GA 1HYZA 2AA4A 4B1WB 3OJUA 3K5LA 3DLRA 1HKBA 5J1EA 3SQ1A 5BPNA 1K9MO 2CH6A 4PUOA 2Q1NA 3VQDA 2OPQA 2RN2A 2UUCK 3A5MC 1BO5O 3VF2A 3L3VA 2V51B 4CZJA 1KVCA 3CM5A 3AV9A 3EY1A 2PFUA 4IG3A 1RDWX 3O1WA 2B4JA 1WAFA 3L8BA 3QEIA 2HVIA 2B6AA 3HSCA 5FRMA 2E2QA 3O4WA 1JLCA 3AVJA 2WFBA 4YOVA 1LW2A 3TR8A 3KVGA 4FPAA 3LWLA 2W6KA 2HHIA 1RDCA 3KIOA 4DFKA 1T3VA 3F2KA 1GOAA 3LDOA 1HKGA 4DV0K 1S6PA 3EKSA 5KPRA 5LJVA 1C0UA 3QBWA 3WNGA 4U67L 2FXUA 2QWNA 4DTPA 4FJ9A 3VA0A 2QKKA 4FXDA 1S1UA 4CVNE 3D7EO 3NE6A 4FM1A 4BE7B 1BGXT 3T7ZA 3ZETB 2FBTA 3OYNA 4F8RA 1S72N 3RRGA 4RG8A 4CK1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1TKT A;  3WXL A;  5A2Q O;  2KZZ A;  2VWK A;  4YDU C;  2QXL A;  3WQT A;  4KHN A;  1KAZ A;  1TUY A;  1CXU A;  1B9D A;  2JWL A;  3C6T A;  1J5E K;  5KPT A;  1R0A A;  1BQN A;  2BUP A;  3HTV A;  3WT0 A;  1IG9 A;  3RMA A;  4JK7 A;  4BG9 A;  1S22 A;  2IS3 A;  1NK0 A;  4OVL A;  4JK9 A;  3PY8 A;  2P9N A;  3EZW A;  2OPR A;  4C8L A;  2XHB A;  2W6L A;  4Z4H A;  1XNR K;  3V81 A;  4NO7 A;  5KI6 A;  4FJ7 A;  4WQ4 A;  4BR2 A;  3MN9 A;  2D0A A;  4B1V A;  4BAC A;  1J53 A;  1TK0 A;  1R59 O;  3PSI A;  4X62 K;  1XMQ K;  1RT3 A;  1V4T A;  4JS5 A;  1RT6 A;  3S9H A;  4HTU A;  1IV0 A;  4H0P A;  2Y1J A;  4CD1 A;  3S3N A;  5DMR A;  3LP3 A;  3AY9 A;  2YNG A;  3L0Q A;  4KHP K;  4AHT A;  3FFI A;  3KK7 A;  3SAH A;  1QHA A;  1S1V A;  3G4S N;  1D5A A;  4BRI A;  1NGC A;  4WE1 A;  3RMD A;  2Z1J A;  5HRP A;  4DSF A;  1RT4 A;  4CED A;  2P51 A;  2BDP A;  1JCG A;  3DRP A;  4I6M B;  3IS9 A;  1SV5 A;  1KVB A;  4BEB A;  3EN9 A;  3OA9 A;  3UB5 A;  4N56 A;  4B9U A;  3CCU N;  1NKB A;  3S3O A;  1C1C A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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