1MDUB

Crystal structure of the chicken actin trimer complexed with human gelsolin segment 1 (gs-1)
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
360
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an F-actin trimer disrupted by gelsolin and implications for the mechanism of severing
pubmed doi rcsb
molecule keywords gelsolin precursor
source organism Homo sapiens
molecule tags Structural protein
total genus 113
structure length 360
sequence length 369
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1mduB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1mduB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1mduB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1mduB04
4H0PA 3LL3A 3IFRA 1JCFA 3EL2A 1KXPA 1NMDA 4B9QA 5JLHA 1OKJA 5KQ8A 2UYTA 2GTDA 5BPNA 5LJWA 4DCHA 2VWBA 3OHRA 5BRDA 2VYPA 3HTVA 1IJJA 2YCHA 4JNEA 3FZLA 3W3DA 2Q2RA 3QB0A 2A42A 3A8YA 1XQSC 4BR5A 4BC2A 3VGKA 4FWQA 1QQOA 5BREA 4FWKA 2HOEA 1JCEA 2QW9A 1ATNA 2V51B 5KPRA 3R8EA 5EVZA 3H1VX 1SQKA 4AM6A 4WYBA 4BRPA 4EIAA 4ISFA 5AQLA 1MWKA 4QS7A 3CQYA 3VEVA 1T44A 3ZEUA 2P9KA 3VF2A 3C0BA 1QZ5A 3H3NO 1BA0A 2ASOA 1JCGA 3FFKB 4FSVA 4EAHD 3UB5A 1U6ZA 4IJAA 1WUAA 3VEXA 4BROA 3CJ7A 3H3OB 3SMPA 4C23A 2FF6A 3JXUA 3O4WA 5AQFA 3MN6A 4BR4A 5AZIB 3CJ1A 3EKSA 1GLFO 4EHTA 2YHYA 2P9NA 3UKRB 1NGJA 4H5TA 4BC3A 3CI5A 3A5MC 1NGGA 2E2QA 3IDHA 3M3ZA 1RDWX 3O8MA 5AQJA 3GG4A 4B1VA 4CZFA 3FZHA 5JICA 3WXKA 5LY3A 4B1XB 4BRIA 2IIRA 4EFHA 2PAVA 1DKGD 3FR0A 4B1UB 4CD1A 4DHYA 3BF3A 3VENA 1ZBSA 1IG8A 5AZJA 3ZETA 2P9KB 3D2FB 5FPEA 2Q36A 3MCPA 4MLHA 4BRHA 4BR9A 3EO3A 3R6MA 3VEYA 5AQPA 4BGBA 5E26A 3VESA 2QXLA 1HX1A 3MMVA 4B1ZA 2D0PA 1NWKA 5AQMA 5FPDA 3AAPA 3O1BA 2E1ZA 2FXUA 4H03B 4JAXA 2P9NB 3LDNA 5AQOA 3WXJA 2A40A 1S3XA 4M7XA 1V4SA 3VF6A 3JS6A 3LDQA 3WEEA 1MA9B 2YHWA 2CGKA 1QQMA 4HWIA 3R9PA 4FWNA 4BREA 1NM1A 3WQUA 3A5OC 2CH6A 3DXKB 4FWSA 1KAZA 4BR7A 1NGFA 3J8AA 4FWMA 5FPNA 2P9IA 4FWRA 5AQZA 3FE1A 3L0QA 1C0GA 5AQYA 1TYQB 5AQWA 1XUPO 4BG8A 4K25A 1Q18A 4BC5A 1NGDA 3SK3A 1MWMA 4BVOA 1HKGA 4GNIA 4YDUC 4JD2B 2E2PA 4CZMA 3MK6A 4H5VA 3BF1A 3A0IX 4NB4A 4IJNA 4IXCA 5AQNA 5AR0A 2P9SA 3ENOA 5TKYA 4JN4A 1WOQA 3CQXA 4BRGA 2GWKA 3ENHA 4H5RA 3CJCA 1P8ZA 1KAYA 1NGAA 4E1JA 3H1QA 4H5NA 2V7YA 3KZBA 5ADXA 2KHOA 2CGLA 2E2NA 2AP1A 1G99A 2QWOA 2FSKA 5F1XA 1BWFO 3TPQA 3M1FA 4XH1A 4XH4A 2E8AA 1T6DA 4IO8A 1K8KB 3VOVA 2E2OA 4BVPA 1BOTO 3C7NB 4CD3A 5KQDA 3WUHA 4CBUA 4ISGA 3FZFA 3I33A 1EQYA 2E20A 1YVNA 2GEMA 3D2EB 2YHXA 4I6MB 2YJEA 3CJBA 3GE1A 5AQHA 5AQXA 3RSEA 4YDUA 3BEXA 1SZ2A 2E88A 3F9MA 3CIPA 1HPMA 2A6AA 4CZKA 3DXMA 3AAQA 3VEOA 2P9LA 3BUZB 3HSCA 4H0OA 4RCHA 1GLDG 5E84A 4B1WB 4PKIA 3W0LA 4H0XB 1ZXOA 1RFQA 1GLCG 4MO4A 5KPZA 1Z05A 4RWTA 4BRQA 1U2VA 2V7ZA 4WQ4C 3U9ZA 2OANA 3HI0A 5BN8A 2GELA 1E4FT 1QHAA 4XH5A 5FPMA 2GUPA 5ADXH 3UKUA 2FLOA 4BRNA 3IUCA 4H0VB 4H5WA 1TUYA 3GOIA 2Q1NA 1GLAG 3DAWA 2WUSA 3VEZA 3DJCA 1DGKN 1Y64A 2V52B 3ZEUB 2A5XA 4MLEA 4Z94A 3WXIA 1ESVA 1SAZA 4CZGA 3O80A 1BA1A 4ISEA 2Q0UA 1KAXA 2HMPA 3FZKA 2P9LB 2P9UA 3G25A 3A5NC 1NGBA 4F9OA 2FF3B 4BRAA 1GLLO 1GLBG 4QS8A 1XC3A 2ZF5O 2EWSA 4K41A 2D0OA 1Z6RA 4NO7A 3LDPA 3UKUB 1QZ6A 3MN5A 4PL8A 3ULEA 4WQ4A 5AQQA 4BRFA 4CZLA 1GLEG 3A5LC 4CI6A 4K42A 2H3GX 1R59O 2IVPA 1BDGA 2Q0RA 4O5FA 4H0YB 4H0TB 5AZJB 2NLXA 3WQTA 3ZETB 1HKBA 4BQZA 4CZJA 1DEJA 1GLJO 4PL7A 1HLUA 2NRHA 4BRKA 2AA4A 3VEWA 3TU5A 4CZHA 5BN9A 3KHYA 4BC4A 2E1YA 4PKHA 3QFUA 2HF4A 4LC9B 1HJOA 4PKGA 4FO0A 3GBTA 3ZX3A 3MDQA 3CJAA 4FPAA 5AQSA 1X3NA 3I8BA 3KVGA 3WEEB 1YAGA 3L6QA 3CHWA 1S22A 3EZWA 2QWLA 4L3QA 1CZAN 3BP8A 3WT0A 3LDLA 3QFPA 1D4XA 3O08A 2P9IB 1YUWA 3AY9A 4CBXA 5CE3A 2ASMA 3VGMA 4B1YB 1NLVA 3VF4A 1NGEA 1HKCA 3EKUA 4BQLA 3D7EO 3CJ9A 3HBTA 4FOEA 5AQUA 4EHUA 5B8HA 5AQIA 3WXLA 4DQ8A 2QWMA 5AQRA 2YJFA 4BRCA 1T6CA 4FPBA 1TUUA 2P9SB 5EY4A 2CGJA 5AZIA 2F9WA 4BGAA 2DPNA 2CH5A 5I9EB 3UKRA 1ATSA 3VGLA 5AFUA 5BR9A 3O6WA 4JHDA 2FSNA 3QMLA 1H1VA 3FLCO 2W40A 4Y0WA 4KBOA 1LCUA 4J8FA 3UE5A 2D4WA 5EOYA 4A2AA 3MN9A 3IMXA 3QICA 5BPLA 3AARA 4BRDA 1MDUB 3SLCA 3SMSA 1X3MA 3D2FA 3CERA 4HTLA 4K43A 2VCPA 1HUXA 5F2RA 5ELZA 2QWRA 3S41A 5LJVA 4O8KA 4A2BA 2I7NA 4WQ5C 2PBDA 2ZGZA 2IVOA 4FL9A 1BUPA 3RSEB 4CZIA 3LM2A 3U4LA 3O1WA 3H45C 3LM9A 4DB3A 5AQKA 3DXMB 4RTFD 4JHDB 5BPMA 1ATRA 5AQTA 4BRMA 3QBWA 1E4GT 5AQGA 3O5BA 1NGIA 2F9TA 4IWVA 4IZ9A 3U9DA 3FGUA 3H6EA 3FZMA 1X9JA 1NBWA 4BR0A 1U2VB 2HF3A 2ITMA 3DXKA 1ZC6A 2NZTA 2QWNA 5EX5A 2A41A 4GY2B 5EXWA 1BU6O 5AFUH 3H46O 1NGHA 2IVNA 5F0XA 2BTFA 1V4TA 2ZGYA 4BRLA 4BG9A 3ATVA 3ZX0A 5BRFA 4BR2A 1TYQA 1J6ZA 2A3ZA 1C0FA 3VERA 4CZEA 3GL1A 3HZ6A 2QWPA 3ID8A 4WQ5A 2P9PA 2ASPA 4JD2A 3P4IA 2Q97A 3MN7A 1BG3A 4FWOA 3B8AX 4FWPA 2Q31A 2I7PA 3SJHA 3U8XA 2P9UB 2ZWHA 3ZX2A 1YXQA 3CETA 2QWQA 3GDQA 3QDKA 5KPTA 3ATUA 1BO5O 4QS9A 3DWLA 2D1KA 4AM7A 4CJ7A 1QQNA 4XEIA 4FOIA 2BUPA 2FSJA 2QM1A 3LDOA 2GWJA 1RGIA 4A62A 5JLFA 1LOTB 3ULEB 3HM8A 1K8KA 2YI1A 3QBXA 5AQVA 3C7NA 4A61A 4CBWA 5JMVA 3VETA 5BRHA 2J4RA 1NGCA 2W41A 3M6GA 4M7YA 3D2EA 4M63C 3VPZA 2P9PB 4I6MA 4MO5A 4FWLA 3L4IA 3EN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C1BA 1YITN 2ZQBA 3KKRA 3G6EN 3EZ5A 4JI4K 3LP0A 3F73A 2GTDA 1UWBA 3HPGA 3L3VA 4FJHA 2YCHA 2YNFA 2Q2RA 3MXJA 4CCHA 1W9HA 3L2RA 3VGKA 5BREA 4YOXA 1IG9A 3M8PA 2BGGA 4AH9A 1R0AA 3AA4A 4CJFA 5KPRA 3H1VX 4W5OA 4BRPA 2A1SA 1L3VA 3BDPA 4F2SA 2R7YA 3BGRA 4ZHRA 3VQCA 4CVNE 4HCCA 1HJRA 3C0BA 4CHNA 4PQUA 4M42A 2HW3A 3VQ8A 1RDUA 3UB5A 1BGXT 4BROA 4JKHA 3H3OB 1ITGA 2FF6A 3O4WA 5M1QA 3BZCA 3ZSOA 1Q8IA 4EHTA 4IOCL 2YHYA 2O8FA 4H5TA 4BC3A 3TWHA 4DR1K 3TSUA 3GG4A 5HRSA 4LF5K 3KIOA 3O9SA 3CF5L 3VQDA 3OYJA 3B6OA 1HYSA 4CD1A 4DHYA 3VENA 2Y1JA 1IG8A 5AZJA 1T05A 4LFCK 1VQON 3VEYA 3ZLJA 4BGBA 2VG6A 4IFVA 5E26A 4O44A 3MMVA 3CCMN 3D0PA 1BCMA 3IG1A 4CGGA 2HVHA 4CJVA 2XY5A 5AQOA 4FVMA 3VF6A 2O8EA 1MA9B 2JWKA 5CYMA 1L3TA 4HWIA 3SBGA 2HHVA 4Q0BA 4BREA 3WQUA 1SKSA 4BY9C 1LWCA 1NJYA 4FZXC 3DXKB 4KH4A 4FWSA 1BQNA 1NGFA 3J8AA 2JWLA 5FPNA 4W5NA 3S5TA 3FE1A 4Z0UA 1C0GA 5AQYA 3RR7A 2G8UA 1EO1A 3ITHA 1QQCA 1HNIA 4PY5A 5GAGP 1NK4A 1WAFA 4YDUC 3E9LA 4CZMA 4FJJA 1S9GA 4IJNA 1XHZA 4GVEA 3DRSA 1WOQA 3CCLN 3SJJA 1NGAA 3H1QA 4H5NA 5HROA 2V7YA 1Q86O 1J54A 4DLEA 2O8DB 2CGLA 2HHUA 2E2NA 3AO2A 4KHUA 2QWOA 1TV6A 3SUOA 1Q7YO 3J7ZO 3VQ7A 4XH4A 2YHAA 3Q7BA 3KK1A 1T6DA 2BE2A 4IO8A 1K8KB 1BOTO 1FKOA 3CC4N 1HQEA 3CCUN 4CJ5A 2WC9A 4ISGA 3FZFA 3I33A 1EQYA 1T03A 1YVNA 3D2EB 4J2AA 2ZJQL 1ASVA 4I6MB 1RCHA 3CCRN 1BI4A 5T7BA 3CXCM 2UXDK 4YDUA 3I0SA 2E88A 4OPKA 3SAGA 4DQQA 4WFNL 4DTJA 3BUZB 3HSCA 4RCHA 3ZT4A 3ULDA 3O9TA 4LD0A 3AVGA 2GUIA 4B1WB 4MO4A 4AILC 5KPZA 2UUBK 1LAVA 4WQ4C 3VQ9A 2GELA 4NLCA 2QA4N 3ZT1A 5FPMA 3UKUA 4CEBA 4H0VB 4H5WA 4K8XA 1BIZA 3GOIA 4DF4A 2BDPA 2G8KA 4Z94A 1QVGM 3EE9A 1CZ9A 1ESVA 4JI5K 3O80A 1BA1A 4ISEA 3OYBA 3DM2A 5JENA 3HPHA 3L8BA 3A5NC 4FM1A 1J53A 1TK8A 1NGBA 3JYTA 3M8RA 2DTUA 1FKPA 2BANA 3PSFA 1KSPA 1TAUA 4BRAA 1OH5A 1RTDA 2KZZA 4PHTX 3QNOA 2D0OA 4DSEA 3UKUB 3EE8A 3MN5A 4WQ4A 4N56A 3ULEA 4RG8A 4FLZA 4V19S 4M3YA 1NK5A 2KFZA 2FBYA 1R59O 2IVPA 3G10A 1BDGA 3EEQA 3WQTA 1RBVA 4WF9L 4KPYA 4BQZA 3MXMA 1DEJA 1GLJO 1HLUA 2NRZA 5I3UA 3TSQA 1VQMN 3LWMA 2DFFA 3CG7A 3ZYYX 4CZHA 4BC4A 4E1MA 4DR6K 4B8AB 1QE1A 2HF4A 5BR8K 4FXDA 2VWJA 1HJOA 3K0SA 4PKGA 3TSPA 4O5BA 2RN2A 3MX2A 5GAEP 4E7IA 4CF9A 1QS4A 3KVGA 5SZTA 1BHLA 3L6QA 1DTTA 3HVTA 4CEQA 2WBNA 1S22A 3NFAA 4KH6A 3U3YA 5CZ1A 1N36K 3ZT2A 4ILJA 1U49A 3CYMA 1EX4A 3QFPA 1XC9A 2RKIA 3O9RA 5HBMA 4I2PA 1SUQA 1REVA 5CE3A 2ASMA 1YHQN 1RT5A 2G8VA 1SL1A 3VGMA 4JS5A 1HKCA 1JLCA 1T3VA 3CJ9A 1KFSA 4WFAL 4EHUA 4Z4CA 5B8HA 5AQIA 1Y97A 3NGIA 3T1YK 5AQRA 4FW1A 4C8NA 4JV5K 4BRCA 4B3TK 4DFPA 1TUUA 5JVGL 2CGJA 5LMUK 4DV2K 4BWMA 4OPJA 1K73O 3UKRA 3BY5A 4G9ZA 1NOYA 3VGLA 5AFUA 3O6WA 4IBNA 5CYQA 3QMLA 1WSJA 2UU9K 4B9SA 3OYEA 2D4WA 2QI2A 1C1CA 3MN9A 5C24A 3QICA 1NJIO 3AARA 1EWRA 4BRDA 3VQBA 1L3SA 3SV4A 1CXUA 5DMRA 3SLCA 3SMSA 1O1WA 1X3MA 3D2FA 3U6FA 4CHQA 4HTLA 4K43A 4ID1A 2ZM6K 5F2RA 1TVRA 4IFEA 1UA0A 3QO9A 1XHXA 4O8KA 3NAEA 1LV5A 3VA0A 4N41A 4FCYA 1IBKK 1VQ6N 4RW8A 3LM9A 3DXMB 3O3FA 3O3GA 1U04A 5BPMA 2I5JA 4H8KA 1A5VA 4MDAA 1VQ4N 5AQGA 3CCSN 1VSDA 3U9DA 3FZMA 3E9PA 1NBWA 2QWNA 4FJ9A 1N33K 2A41A 3SQ2A 4EP4A 4GY2B 5EXWA 1RNHA 3H46O 3HRGA 4CHZA 4BRLA 3ATVA 4NYNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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