1MDUB

Crystal structure of the chicken actin trimer complexed with human gelsolin segment 1 (gs-1)
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an F-actin trimer disrupted by gelsolin and implications for the mechanism of severing
pubmed doi rcsb
molecule keywords gelsolin precursor
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 360
sequence length 369
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1mduB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1mduB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1mduB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1mduB04
3A5LC 1HLUA 2VCPA 3SMPA 4BRHA 2D0PA 5AR0A 5AQKA 4PKIA 3LDQA 2CGKA 2QW9A 2IVPA 3QFUA 3ZX3A 5F1XA 3RSEA 2D4WA 4CZFA 2BUPA 3CJAA 1NGCA 3W0LA 3IMXA 3L0QA 4BC3A 3FLCO 3BEXA 4MLHA 2I7NA 2ZGZA 2H3GX 4XH1A 1NGIA 4BRIA 3VESA 4L3QA 3CJ9A 3A5MC 1GLJO 2ASOA 2Q31A 1RFQA 2FSNA 3FZFA 3FE1A 3GL1A 1D4XA 1G99A 1U6ZA 3FZMA 1GLDG 4YDUA 4BC4A 5KPRA 2AP1A 2ZWHA 4A2BA 4BR4A 4FO0A 3WQUA 1BG3A 3HBTA 5KQ8A 4NO7A 2FSKA 2P9PB 4E1JA 5ELZA 5B8HA 3KHYA 2QXLA 3HM8A 4BR0A 5AQMA 4BRQA 3MN5A 3G25A 1T6CA 4BC5A 1TYQB 4BVOA 3LDOA 1KAYA 1R59O 3HTVA 3F9MA 5AQYA 1YUWA 3UE5A 3M1FA 3U4LA 4BQLA 5BRHA 2FXUA 4MLEA 2P9UA 3BF3A 4B1WB 4CZLA 3DXMB 5AQNA 2Q36A 3AY9A 1KXPA 3WQTA 4H0XB 5E84A 1E4FT 2WUSA 3VEVA 3FFKB 1MWMA 4B9QA 1BO5O 3O1BA 3MN6A 1NGFA 2P9SB 4A62A 1HX1A 4BRKA 4BRAA 4QS7A 5LY3A 4H5VA 1K8KB 5AQPA 3C0BA 5FPDA 4H0VB 4JHDB 3UKUB 4M7YA 1TYQA 3CHWA 4M63C 2V51B 3ATVA 4FPBA 4Z94A 1HKGA 1QQOA 3GBTA 3EO3A 4FWPA 1BWFO 4ISFA 1DGKN 2P9NB 3LDLA 3LDPA 4CD1A 3D2FB 3O6WA 4O5FA 2A3ZA 1J6ZA 4BR5A 2NRHA 4B1XB 1BA0A 4BRLA 3LDNA 3WEEB 3QBXA 3TU5A 3UKRB 2P9SA 3H1VX 1YAGA 4CBWA 1EQYA 1K8KA 3CJCA 4H5NA 3R8EA 3UKUA 2E2QA 3EN9A 4QS9A 5JLFA 3VOVA 1U2VB 4JNEA 3WXLA 3DWLA 3U8XA 4H5RA 4RWTA 1TUUA 1HKCA 1X9JA 4IJNA 1V4SA 4DB3A 2OANA 4WYBA 5EOYA 4CZIA 1RDWX 3VF6A 2YJFA 2P9NA 5BREA 3CJ7A 3D2FA 4FOIA 1WUAA 4BRFA 1S3XA 3EKUA 4IWVA 3ENOA 1Z05A 1NGAA 2A6AA 4BRDA 4CJ7A 3WEEA 2NZTA 4K43A 3H3NO 3UKRA 2NLXA 2E1YA 4PL7A 3GE1A 5FPEA 2IIRA 3FR0A 3H1QA 3VPZA 1X3NA 5ADXH 2UYTA 3P4IA 4FWQA 3QB0A 4CBUA 2PBDA 2BTFA 3O08A 4A61A 5BPNA 4H0YB 1U2VA 4FWKA 4JAXA 4PKHA 2A40A 2P9UB 3MK6A 1OKJA 2P9IB 2E1ZA 4BGAA 2CGJA 4BG8A 4WQ5C 3C7NB 5AQTA 4FWOA 4FPAA 2FLOA 2J4RA 2Q0UA 3HZ6A 3TPQA 3U9ZA 1GLBG 1Q18A 5AQJA 4BRPA 1C0GA 5AQWA 2A42A 4H0TB 4RCHA 4BR9A 3SK3A 5AQXA 3WXIA 5JICA 4BRGA 4C23A 3D2EB 4LC9B 5E26A 1NLVA 4H03B 4H5TA 2E2PA 5I9EB 3M6GA 4B1UB 2IVNA 3FZLA 1NGGA 4BREA 1LOTB 2GEMA 2D0OA 2P9KA 1BU6O 3R6MA 3S41A 3FZKA 3BF1A 2P9IA 5AZJA 2GTDA 1C0FA 3SLCA 1ZBSA 2QWMA 5ADXA 2A5XA 5BN9A 3C7NA 1JCGA 3MMVA 4CI6A 3DAWA 3A5NC 4IJAA 2W41A 3VEWA 3ZX2A 3AAPA 3ID8A 2FSJA 2VWBA 3IUCA 2KHOA 2GWKA 4CD3A 3D2EA 4XH5A 3SJHA 2F9TA 2YHXA 3CI5A 1GLAG 4H0PA 4HTLA 2QWLA 2HMPA 4K25A 3VGKA 2CH5A 4DQ8A 5AZIB 2ASPA 4EFHA 4MO5A 2YHWA 3CJBA 4CZJA 1KAZA 4ISGA 2QWNA 5EVZA 2HF3A 4FL9A 3JS6A 5BPLA 2FF6A 4WQ4A 4HWIA 4FWRA 4BQZA 1RGIA 3D7EO 1GLCG 4JD2B 4EHUA 4WQ5A 5AQLA 1NGBA 3WXJA 3L4IA 5LJVA 5BRFA 1ATSA 1JCEA 4B1ZA 3ULEB 3HI0A 4K42A 4K41A 3O1WA 3MDQA 2W40A 2Q0RA 3LM9A 4FWLA 1QHAA 4AM7A 4Y0WA 2GUPA 1GLEG 4KBOA 5AQSA 2DPNA 3LM2A 4EHTA 4CZEA 5AZIA 2E88A 3WXKA 3ZEUB 5BPMA 4H5WA 3QICA 4QS8A 4BVPA 1JCFA 1NMDA 1HKBA 3I8BA 5AQIA 4B1VA 1XUPO 2GWJA 3GG4A 3L6QA 5LJWA 2A41A 3H45C 2Q2RA 4JD2A 4EIAA 2YHYA 5F0XA 3J8AA 4EAHD 1Y64A 4IXCA 3QDKA 5JMVA 4FSVA 4CZGA 3ULEA 3VGLA 2P9KB 3R9PA 1NGHA 2QM1A 2VYPA 4BRCA 2E2NA 4CZHA 4J8FA 3CETA 4CZMA 1P8ZA 1KAXA 4GNIA 3MCPA 4I6MA 4WQ4C 5AZJB 4BGBA 5KQDA 5AQUA 3GOIA 2V7YA 3HSCA 4M7XA 5BN8A 1BDGA 1NBWA 3U9DA 4F9OA 3ZEUA 4ISEA 1YVNA 5CE3A 1V4TA 1NM1A 3MN7A 1GLFO 3VGMA 5AFUH 3ZETA 1HUXA 3VEZA 4B1YB 4XEIA 2E20A 2GELA 3ZX0A 3VETA 5AQGA 5AQZA 1X3MA 4FWSA 3WUHA 3JXUA 1YXQA 2YCHA 4NB4A 5FPNA 2I7PA 3QBWA 1LCUA 3VEYA 2V7ZA 3LL3A 3H46O 4BROA 2V52B 5BR9A 2ASMA 3W3DA 3VF2A 2ITMA 4CBXA 1NGJA 1CZAN 4BRNA 1SQKA 4GY2B 1ZC6A 3CQYA 4IO8A 5F2RA 5AQQA 1NGDA 2AA4A 1BA1A 2QWOA 3ATUA 3CJ1A 3EL2A 1HJOA 2ZF5O 3AARA 3IFRA 2E8AA 3A5OC 3WT0A 5AQRA 2PAVA 1MA9B 5KPTA 1E4GT 2YI1A 1QZ6A 2QWRA 1BOTO 2EWSA 2QWPA 2QWQA 3CIPA 4O8KA 3M3ZA 3O4WA 1HPMA 3H6EA 4BR2A 4MO4A 5JLHA 2P9LB 3VEXA 1SZ2A 1DKGD 3VEOA 4BG9A 4XH4A 1ZXOA 4AM6A 5AFUA 2CGLA 1Z6RA 1DEJA 5FPMA 3O5BA 1ESVA 3VF4A 4RTFD 1QQMA 1SAZA 1XQSC 2P9PA 3H3OB 2IVOA 1TUYA 5EX5A 4JN4A 1MDUB 1XC3A 2F9WA 4BR7A 3I33A 5EXWA 1ATNA 1IJJA 3O8MA 5AQOA 1BUPA 4BC2A 3QMLA 2HF4A 3FGUA 1ATRA 3FZHA 3DJCA 3DXKB 1QQNA 4YDUC 3B8AX 4PL8A 4DHYA 3CERA 3DXMA 3EZWA 5AQHA 2P9LA 3IDHA 3VENA 3BUZB 4I6MB 4CZKA 1NGEA 2HOEA 1S22A 3GDQA 5EY4A 1H1VA 2Q97A 5KPZA 3UB5A 3SMSA 3QFPA 5BRDA 3KVGA 3ENHA 3EKSA 3AAQA 4IZ9A 3RSEB 3CQXA 4A2AA 1T44A 2ZGYA 2CH6A 3KZBA 1NWKA 5TKYA 4JHDA 3ZETB 2FF3B 4BRMA 1T6DA 1GLLO 1WOQA 3O80A 3BP8A 3MN9A 2Q1NA 3A0IX 1MWKA 3A8YA 1QZ5A 3OHRA 4FWNA 4FWMA 4FOEA 3VERA 4PKGA 3DXKA 2E2OA 5AQVA 4H0OA 5AQFA 4DCHA 1IG8A 2YJEA 2D1KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KD5E 3OS2A 3OY9A 4DTOA 4XJXA 4CF2A 3D45A 3NDKA 4BE0A 4Y1DA 1VQPN 3LDQA 3SV4A 3LZJA 2E6LA 3PIOL 3CFPA 2IVPA 4L8RB 4I9LA 3QIOA 3CC4N 4B9TA 4CZFA 2GX9A 4BC3A 1RNHA 3FLCO 3BEXA 2HW3A 1NGIA 4L3QA 4J2EA 2FC0A 2F8SA 1EO1A 2X78A 4FVMA 2BDPA 1G99A 2NRXA 4CHNA 1A5XA 3TI0A 4YDUA 1GLDG 3KD1E 2UXCK 1P90A 2AP1A 1BG3A 3IAYA 5JVHL 4IBNA 4E1JA 2O8EB 1ZBLA 3I55N 5AQMA 3MN5A 3G25A 1SUQA 1T6CA 5FRNA 3HO1A 3OBYA 4FXDA 3HTVA 4B08A 4YOWA 3F9MA 4CF9A 2ZJRL 3VTIA 5BRHA 4OLAA 3OYKA 1YI2N 2P9UA 3BF3A 4CK2A 4U7BA 3DXMB 4LFCK 4PUOA 5AQNA 2ZM6K 4E19A 1KXPA 4B9QA 3O1BA 4DF4A 2D5RA 3HXMA 4DQSA 3G10A 4DLGA 5E41A 4CJ3A 1LWCA 3CFOA 3ZT4A 2KZMA 4K0KK 3V4IA 1A5VA 2LSNA 4JKAA 3P1GA 3CCVN 4M7YA 1XMOK 2QK9A 3CPEA 1HYSA 4IEEA 3D6RA 3AVIA 1HKGA 1S72N 1NOYA 4ZHRA 3Q7BA 4CD1A 2HNYA 3EE9A 3L3VA 3QERA 3QETA 2PYJA 3S3NA 4CJKA 2A3ZA 1J6ZA 4BR5A 2NRHA 1B92A 1BA0A 4Q0BA 4H4MA 3WEEB 3QBXA 2JWLA 4KH6A 2WOMA 3UKRB 5HP1A 3H1VX 1N6QA 3KWIA 3ZYYX 1TL3A 4CBWA 1C0MA 5FRMA 5CZ1A 4H5NA 3LALA 3R8EA 3UKUA 5AJ3K 3VOVA 1LW0A 4PHTX 2OCEA 1RBSA 3DWLA 2Y1IA 3U8XA 3TAQA 1X9JA 4OPKA 4Z0UA 3THYA 4WFBL 4CGHA 1RDWX 1BHLA 1QSSA 4IKFA 2O8FB 3HT3A 4DUZK 4BRFA 1EP4A 3EKUA 3PSIA 3QNNA 1S9GA 4BRDA 2VG7A 2NZTA 4K43A 4JI6K 3AVLA 5I3UA 1DTTA 3K59A 1U4BA 4X66K 1KRPA 2HHHK 5FPEA 4CEBA 5ADXH 2UYTA 5BPNA 4CBUA 3WNEA 4B9VA 2WFBA 1U2VA 5KI6A 4FWKA 2A40A 1F21A 2P9UB 3J80O 2P9IB 4CE9A 1ZYQA 2E1ZA 3DLBA 4B3SK 3DM2A 4BG8A 4M45A 4FWOA 3TTFA 4IG3A 3B6PA 1JKHA 3HZ6A 3KKSA 3U9ZA 5FLXO 5AQJA 3JAMO 1XI1A 4LF6K 3D0PA 4FLWA 4H0TB 1KVBA 5KRSA 5JICA 4C23A 3KLEA 1IBMK 3D2EB 3T19A 2E2PA 2YNHA 4E7KA 5DM7L 4IFEA 2GEMA 5GINA 2DFEA 2YKNA 2C1GA 5DM6L 5C2DA 3FZKA 3ZSQA 4HVJA 1IKXA 3SLCA 4CVNE 2R7YA 3VQAA 2QWMA 5ADXA 3VQ7A 4DTPA 1VQ4N 1RBRA 1CXQA 4CIGA 4IFYA 4BE2A 3THXB 3SV3A 4IJAA 2W41A 5EU7A 2VG6A 3OYDA 4WFAL 3M8QA 2KHOA 1GOBA 3TANA 2E6MA 4JRQA 4DV1K 1IKWA 3OYAA 2JWKA 4DFPA 2CH5A 3MAQA 3NBPA 5AZIB 4J2DA 1OVQA 3O4NA 4DR5K 3PX0A 4ELUA 4DLEA 4ILGB 4CZJA 1EWRA 2OPSA 4ISGA 1QE1A 4QOZB 1EXQA 3SAFA 1VQ8N 2FF6A 4YOVA 3SNNA 4WQ4A 4HWIA 4JS4A 2QXFA 3DLRA 1KVAA 4BQZA 3HPOA 1GLCG 2YNGA 3HPHA 3C6TA 4AHCA 3PY8A 3DYAA 4CEQA 5LJVA 2F7TA 4E7HA 3RR8A 1WBDA 3SUNA 1ATSA 2XRIA 4K42A 4K41A 3N4PA 4AM7A 4LH4A 3E9PA 1WSGA 3OYBA 2DPNA 3V9UA 4BE7B 4B9UA 5M1FA 1L3SA 3ZEUB 3WXKA 5HLFA 2QI2A 3AO1A 2VQFK 1YJ9N 4OKJA 3QICA 4QS8A 4KHYA 1HKBA 4M3YA 1GOCA 3GG4A 3H45C 4JD2A 3SQ1A 4JI2K 1VSEA 2YHYA 4CJRA 5F0XA 2NUBA 3CMEN 3RWUA 4CFCA 1Y64A 1M1KO 4IXCA 3KIOA 3VN5A 3OYJA 3HSTB 4CZGA 3ULEA 5J2PA 3R9PA 2QM1A 1BQNA 4FLVA 4CZHA 4EZ6A 3CETA 4CZMA 4LF9K 2IDOA 3WNHA 1BL3A 3NF9A 4I6MA 3DRRA 4J2AA 4CFDA 1BDGA 1NBWA 2NNWA 4ISEA 3SUQA 3AVNA 1V4TA 4IOCL 2HHXA 4MFBA 1ZBIA 4CGGA 1FKPA 1VQON 3EY1A 4B1YB 4W5QA 5AQGA 4FWSA 3WUHA 3M8RA 4WCEL 1BISA 3U6FA 4KREA 1OH5A 3VEYA 2V7ZA 3H46O 4BROA 2V52B 2ASMA 4Y1CA 4JKGA 4KKOA 4Z4CA 3O9SA 1SQKA 4Z4EA 1WAFA 1ZC6A 3KK7A 3LPTA 4LF7K 2HNDA 1DT9A 3IFRA 1HJOA 3G71N 4B9LA 5MLCQ 5J2NA 1IBLK 2QKBA 3NH0A 2QWRA 4DSKA 4O8UA 3AO4A 4HHTA 3O4WA 1R0AA 4NCGA 4BR2A 2GBZA 5JLHA 2P9LB 4CF0A 3QEXA 1ZXOA 1XNQK 4X62K 2CGLA 4DUYK 1DTQA 2A1RA 3VF4A 1RTJA 3U3YA 4RTFD 1ITGA 1W2BM 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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