3VETA

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz in complex with tobramycin, carbamoyl phosphate and adp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
567
structure length
567
Chain Sequence
HMRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERLTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTSFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
molecule tags Transferase/antibiotic
total genus 192
structure length 567
sequence length 567
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vetA01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vetA02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3vetA03
5AQWA 3IFRA 3WQUA 1E4GT 4CZMA 4C23A 5LY3A 2A6AA 1C0GA 5AQJA 1ZXOA 3L6QA 5FPDA 1H1VA 1BA0A 2FF6A 5JLFA 3CJBA 3O1WA 4AM6A 2AA4A 3AAPA 2V7ZA 3UKUB 4H5VA 1WOQA 4FSVA 3QMLA 4H0VB 4DB3A 4FO0A 2QWRA 4BR4A 1X3MA 1DKGD 1ATRA 2P9KB 5B8HA 4FWOA 4H5RA 3GL1A 1BA1A 3LDPA 4B9QA 3ULEB 3O80A 4Z94A 2P9SB 4BR5A 1QZ6A 3TPQA 2NLXA 3W0LA 1E4FT 3CI5A 5AQIA 2YJFA 3EKUA 1KAYA 3ZETA 2P9PB 4QS7A 4PL8A 3RSEA 5AZIB 2P9UA 4CJ7A 1D4XA 4FWQA 3CQYA 1YVNA 2QW9A 3C0BA 2YJEA 3LDLA 3UE5A 5BR9A 2HF4A 3VF4A 2J4RA 5ADXA 4IJNA 4JNEA 4JD2B 2KHOA 3HBTA 5BRFA 4BR0A 1HLUA 3H46O 4MO4A 1ZBSA 5EX5A 2YHYA 1JCFA 3R9PA 3H1QA 4B1UB 5AQSA 2V52B 2Q36A 4WYBA 5EY4A 5KQDA 3VEXA 5KPTA 1T6DA 2P9NB 4NO7A 1IG8A 4BC5A 4XH5A 5BPNA 3W3DA 3FZMA 5AQFA 3VF6A 2QWLA 4YDUA 1OKJA 4BGBA 5AFUA 1ATSA 3M6GA 3KVGA 2A40A 2F9WA 3HTVA 4Y0WA 4A61A 1RDWX 2E8AA 1WUAA 4NB4A 3FGUA 4ISEA 1CZAN 3ATUA 4LC9B 5AQZA 3A0IX 4H0OA 4EFHA 2D4WA 4K41A 2FSJA 3BEXA 3CERA 3H45C 3I33A 5E84A 1V4SA 4EIAA 2P9LA 2YCHA 4DHYA 1LCUA 2V7YA 4ISFA 2UYTA 2W40A 3CJAA 4BRIA 3UKUA 4CD1A 3A8YA 1KXPA 1EQYA 3O6WA 3LL3A 2GEMA 3VGLA 3WQTA 2YHWA 4MLEA 2P9KA 4MO5A 2ZGYA 4HTLA 3FLCO 2IVOA 5AR0A 5BN8A 2D0OA 1K8KB 2VCPA 4FPAA 1NGIA 3ULEA 2BUPA 2HMPA 3JS6A 1KAXA 2E2NA 3TSUA 3DXMB 3O1BA 4B1ZA 3I8BA 2P9PA 1GLDG 1U2VB 5AZIA 4B1WB 4PKGA 1YAGA 3A5LC 4BC3A 3SJHA 1HJOA 4CZKA 3WXKA 5LJVA 1T44A 2V51B 1ZC6A 5F1XA 3H1VX 4WQ5C 3VF2A 4BRPA 4JD2A 1SQKA 3HSCA 3MN9A 3IUCA 1TYQA 3VESA 3SLCA 1NM1A 5BRDA 3FR0A 1TUUA 1IJJA 1HKGA 3BP8A 5BPLA 2CH5A 3EL2A 4A62A 4EAHD 2I7NA 3LM2A 4FWKA 4FWRA 3BF3A 3H3OB 3O5BA 1ESVA 3EO3A 3AARA 2P9NA 5AQPA 1XQSC 1RGIA 2CGLA 2ZWHA 1G99A 2GUPA 3VOVA 3CQXA 3R6MA 5FPEA 4BRAA 5TKYA 4GNIA 3ENHA 3IDHA 5LJWA 2A41A 5JMVA 1MWMA 1NGBA 1SAZA 3SMSA 3U8XA 2Q31A 3SMPA 3QBXA 3MDQA 1HKBA 5AQNA 2QXLA 3MN6A 3D7EO 4IXCA 1QHAA 3U4LA 1DEJA 1KAZA 3EZWA 5F2RA 2HOEA 4A2BA 3DAWA 1Z6RA 4CZLA 4FWLA 5CE3A 4BC2A 2ASMA 1S3XA 4BG9A 3MN7A 3ZX3A 2FF3B 1LOTB 4PL7A 3O8MA 4IO8A 4O5FA 2P9IB 2Q0UA 4B1YB 4KBOA 5I9EB 3WXJA 1JCEA 3TSPA 4BRHA 3DXMA 4XH1A 1HUXA 1DGKN 4QS9A 1U2VA 5FPNA 3U9ZA 4BRNA 3ATVA 2E2PA 5JLHA 3VEWA 2QM1A 4RWTA 4RCHA 4BR2A 4BRCA 4FOIA 4CZGA 3TTFA 4PKIA 1NGGA 4BGAA 3VTHA 4BR7A 2FSKA 3J8AA 2CGJA 2IVPA 4H5WA 4IWVA 4FL9A 3AY9A 3C7NB 4FOEA 4CI6A 5EVZA 3QB0A 5AQGA 3QICA 3O08A 4F9OA 1HKCA 2PBDA 2FSNA 1P8ZA 1X9JA 3CJCA 5KPRA 1BU6O 1MDUB 4BC4A 3FZFA 4FWMA 4JAXA 1MWKA 5AQOA 3D2EB 3BUZB 3ID8A 1BOTO 4XEIA 3ZX2A 4BG8A 3DXKB 3WT0A 5AQHA 2CGKA 2YI1A 3FFKB 5ADXH 4PKHA 1GLCG 4BVOA 2Q1NA 3OHRA 2P9SA 1HPMA 1TUYA 2A5XA 3FZHA 1NGCA 3A5MC 3CJ9A 1QZ5A 3TSQA 3LDQA 1GLAG 4H0TB 2QWQA 2CH6A 2A3ZA 2A42A 4B1VA 4XH4A 4DCHA 5AQYA 4CZJA 4BRQA 2P9IA 3UKRB 4YDUC 2Q97A 5AFUH 4H0XB 1R59O 4BREA 2DPNA 4K42A 1GLBG 3ZX0A 4CBXA 3QDKA 4DQ8A 4BRMA 4M7YA 2D0PA 3CIPA 3WEEB 3WXIA 2GTDA 4K43A 4H03B 4FPBA 5AQRA 1NGEA 4H0YB 1GLEG 3CJ1A 3B8AX 5BN9A 3SK3A 4BQLA 3VEVA 4RTFD 2OANA 1U6ZA 3VEZA 1C0FA 3GOIA 5AZJB 1T6CA 3C7NA 3M1FA 2ASPA 5FPMA 1BO5O 1GLJO 3VEYA 3F9MA 1XUPO 4CZFA 2Q0RA 3GE1A 4H5NA 3TU5A 1BWFO 1GLLO 2EWSA 3BF1A 3GG4A 5BPMA 2P9LB 1QQOA 1BUPA 3FZLA 3VGKA 4FWPA 4HWIA 3D2EA 3GDQA 4E1JA 4BVPA 4IZ9A 1RFQA 3H3NO 4WQ4A 1BDGA 3D2FB 4BRLA 1Z05A 4GY2B 2VYPA 1XC3A 4QS8A 1Q18A 1S22A 2E1ZA 3DXKA 1ATNA 1X3NA 2HF3A 4FWSA 3VENA 3A5NC 4CBUA 3ZEUB 4BRGA 3FE1A 1K8KA 2H3GX 1NWKA 1YUWA 5E26A 5AQUA 5AQTA 2E88A 3U9DA 3DJCA 4MLHA 1YXQA 3MMVA 5EXWA 3G25A 3GBTA 3QBWA 2ASOA 4M63C 1NGHA 3VPZA 3QFPA 4A2AA 4CZHA 1NMDA 4I6MB 1NGAA 2VWBA 2QWPA 3UB5A 4BQZA 1Y64A 4JHDB 4CZEA 3DWLA 1QQMA 3HM8A 3UKRA 2BTFA 3S41A 1NLVA 4H0PA 1TYQB 3EKSA 5AQQA 2I7PA 3CJ7A 5ELZA 4K25A 5BRHA 1V4TA 4H5TA 3VEOA 2AP1A 3MCPA 2E2OA 5AQVA 1NBWA 3WXLA 3WEEA 3L0QA 4ISGA 3QFUA 5AQMA 3LM9A 4JN4A 1QQNA 3H6EA 1NGFA 4AM7A 5F0XA 3JXUA 4WQ5A 2E20A 4EHUA 3FZKA 2ITMA 3CHWA 3R8EA 3IMXA 5AZJA 3TTCA 4O8KA 4WQ4C 3LDOA 2WUSA 3WUHA 5JICA 3VETA 3A5OC 1MA9B 3CETA 5KPZA 1NGDA 1BG3A 3KHYA 5AQXA 4IJAA 4BR9A 3TTDA 1JCGA 2GWKA 3VERA 2NZTA 2GWJA 5AQLA 3M3ZA 3VGMA 4CD3A 1SZ2A 1J6ZA 2W41A 2QWOA 3P4IA 2IVNA 4BROA 5BREA 3ZETB 2QWNA 2IIRA 3D2FA 3RSEB 2P9UB 2Q2RA 2E1YA 1GLFO 4BRKA 2ZGZA 2FXUA 2PAVA 3EN9A 3ZEUA 3O4WA 2E2QA 4CZIA 1HX1A 2QWMA 3KZBA 4EHTA 4FWNA 5KQ8A 3HZ6A 3LDNA 3HI0A 2YHXA 3L4IA 1NGJA 4BRFA 2F9TA 2GELA 2FLOA 3MN5A 4L3QA 4I6MA 2D1KA 3ENOA 3AAQA 2NRHA 4M7XA 5AQKA 4JHDA 5EOYA 3MK6A 4B1XB 4J8FA 2ZF5O 4BRDA 4CBWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQWA 1E4GT 1NOZA 2Q3SA 1NK4A 5LY3A 1KFSA 2EX3A 2VGNA 3LRJA 3L6QA 3OYAA 1RT1A 2FF6A 1HMVA 3U3GA 5HRSA 4K8ZA 4JKFA 4H5VA 1Y97A 4RW4A 5GADP 4FSVA 3AA5X 4WF9L 3QMLA 4DB3A 4E7IA 1NG9A 3THWA 2Z1GA 2QWRA 1RILA 4I9LA 1ATRA 3GL1A 1BA1A 3LDPA 3SCXA 3P5JA 2RIUA 1SKSA 1FJGK 4DSLA 3SZ2A 2P9SB 4BR5A 3CCQN 3TPQA 2NLXA 1ZBHA 1S1WA 2YNFA 2YHBA 4DKWA 3RSEA 3CG7A 3QEWA 2GX9A 1W97L 4AHVA 1D4XA 1YVNA 3C0BA 3LDLA 3LDSA 3CMEN 1B9FA 3CD6N 2HF4A 3ZSQA 3BZKA 3K9JA 1K4OA 5ADXA 4JNEA 1O1WA 1A5VA 4P77A 4JD2B 2KHOA 4CGIA 3VQAA 5BRFA 4FK4A 1HLUA 4MO4A 3MIOA 1ZBSA 3H1QA 4RW7A 4CJ4A 5AQSA 4B9TA 5KQDA 3VEXA 3SQ4A 1T6DA 1QSYA 3RR8A 1NK9A 3AVMA 4CEQA 3THYB 5GAGP 3HOSA 3HSTB 2QWLA 4YDUA 1Q81O 1HNVA 3HTVA 3L2UA 3CC4N 3KIOA 5AQZA 4CGHA 4CECA 4P6PA 3KK7A 2F7TA 4EFHA 2YKNA 4K41A 1VQ5N 3ULDA 3I33A 1KC8O 2RF2A 4CGJA 2V7YA 4JYAK 4V19S 1NK0A 2O8DA 4CD1A 1N32K 3A8YA 4DF8A 1EQYA 3BGRA 2GEMA 1S6PA 4MLEA 3OS0A 1VQPN 4MO5A 2ZGYA 4HTLA 3CQ8A 1K8KB 4FPAA 2BUPA 3JS6A 3NE6A 1Q82O 1KFDA 3L3UA 4B1WB 1J5OA 1N36K 3OVNA 2RN2A 3SJHA 1ZYQA 3LQUA 4LF5K 4KREA 3E1YA 5E41A 3NF9A 3TAGA 1ITGA 1K4IA 4JD2A 3F5TA 1TYQA 2DFHA 1JCUA 1RBSA 2X74A 5KI6A 1K9MO 3RRGA 4E0DA 1BQNA 1S1VA 1RDCA 3FR0A 5M1NA 3BP8A 2CH5A 4G1QA 4A62A 4NCGA 5HRNA 4FWKA 4Y1DA 3BF3A 3O5BA 1TK0A 1WSFA 3NF8A 3EO3A 3SV3A 1L3TA 5AQPA 3OYEA 3THYA 3CQXA 4BWJA 3R6MA 3VQQA 4BRAA 2NRWA 5TKYA 4GNIA 5LJWA 3CFRA 3K5NA 2WBNA 1C1AA 1MWMA 4DFKA 3ZSRA 5C12A 3SMPA 3VQ9A 3QBXA 3MDQA 3G71N 4Z4FA 3QERA 3CCSN 3U4LA 3PX6A 1DLOA 4A2BA 3DAWA 3SUNA 1QVGM 4FWLA 4JV5K 1VQ8N 2ASMA 1PVYA 4KHQA 3MN7A 3AVHA 4EZ9A 4PL7A 3NH0A 2PZSA 1QTMA 3O8MA 4IO8A 4O5FA 3CF5L 3KD1E 2BE2A 1KK9A 3QIPA 4RW9A 3J81O 3TSPA 3OYLA 4XH1A 4BWMA 1DGKN 3VQBA 4QS9A 4CJTA 1RDUA 1TKXA 4BRNA 2E2PA 4DLEA 3SI6A 5JS1A 4RWTA 4OPAA 4DMNA 2HMIA 4BR2A 1XI1A 1GOCA 3HP6A 1RTJA 4GV3A 1VSDA 1NKCA 3HO1A 4O55A 1I39A 4U7BA 1IBKK 4KB1A 2CGJA 2IVPA 4FLYA 4IWVA 1N34K 1VSIA 2QXFA 3C7NB 3M8PA 5A2QO 2KZMA 4N41A 3V6DA 4F9OA 1HKCA 4W5QA 5GINA 2E6MA 4BDZA 4DS4A 4JKHA 3FZFA 4LD0A 4E7HA 1MWKA 4JKAA 3D2EB 3ID8A 3RMCA 3ZX2A 4YOVA 3DMJA 3WT0A 1KSPA 2CGKA 4LFBK 5CY4A 4A5AA 4PKHA 1GLCG 2G8VA 3CC2N 4CJWA 4GKKK 1HPMA 2A5XA 1EP4A 1ASWA 3SAGA 3OYHA 3TSQA 1C0UA 4FW2A 4H0TB 3T7ZA 4C1NK 2A3ZA 3CCEN 4DWIA 3EE9A 4B1VA 4DCHA 5AQYA 4CZJA 4LF4K 4KAZA 1G57A 5AFUH 4H0XB 4BREA 2NRTA 1GLBG 1SL2A 3LPTA 1WLJA 2XRIA 3QDKA 4DV1K 3S3MA 3HVTA 2D0PA 3J80O 5D3GA 4O8UA 1A5WA 3OJUA 3CJ1A 1YJ9N 4B9MA 4X64K 3NGZA 1NJWA 4PUOA 2MX1A 3C7NA 1VQ7N 4YOXA 1GLJO 4FJ9A 1RBUA 4NLBA 3PO5A 3BF1A 4CFDA 4M45A 3FZLA 3VGKA 4FWPA 3D2EA 3HL8A 3TAMA 3D2FB 4BRLA 4DG1A 3LP2A 4QS8A 4C8NA 4B8CA 4E1BA 4CEZA 1X3NA 3P1GA 4FWSA 3VENA 2H3GX 4P6CA 3CYMA 3HP9A 1NWKA 5E26A 3KK1A 3T69A 1X9MA 2E88A 5C15A 2G8WA 3G25A 3GBTA 4FVMA 1NGAA 1WSHA 2HVIA 1HPZA 5J2MA 3UB5A 1YT3A 5GIPA 4JHDB 4CZEA 1QQMA 4CJ3A 2BTFA 3S41A 2JWLA 4DV2K 2QK9A 2KFZA 4H5TA 3VEOA 5CHIA 3AGRA 3WXLA 1VSFA 4ISGA 1RCHA 3QFUA 4JI2K 3OYNA 4CF0A 2OPRA 3H6EA 1XWLA 2QKBA 5F0XA 3JXUA 3PLAA 4WQ5A 2YNGA 3IMXA 3ZSXA 5TKWA 1S5JA 3DOKA 3IS9A 3VETA 2W6KA 5CYQA 4CFAA 3E9OA 1JLEA 4E89A 4FJ8A 5AQLA 2HBMA 3VGMA 3DOLA 4CD3A 2LSNA 1YIJN 2QWOA 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 3SQ0 A;  4B9N A;  4B9L A;  3DLH A;  3FZH A;  4E1M A;  2DY4 A;  2QTD A;  1GLA G;  2WON A;  2CH6 A;  2NUB A;  1XHX A;  3R1X A;  3VQ6 A;  4DV5 K;  3AGK A;  4DTO A;  4BRQ A;  3UKR B;  1FKP A;  1VK0 A;  3TAR A;  4DSI A;  4HCB A;  1KVA A;  1R59 O;  1TK5 A;  2HW3 A;  1T7P A;  4WFN L;  4Z4E A;  4H4O A;  3ENB A;  4OPJ A;  3ZX0 A;  4DR5 K;  1J53 A;  3QEI A;  1LWF A;  1SL1 A;  3CIP A;  4DUY K;  1XNQ K;  3WXI A;  2GTD A;  4H03 B;  4FPB A;  4H0Y B;  3U3Y A;  3B8A X;  2A1R A;  1JLG A;  3SK3 A;  4BQL A;  4Z4G A;  4CVN E;  4DFJ A;  4CJU A;  2OAN A;  1U6Z A;  2WOM A;  1IKW A;  5AZJ B;  3I0R A;  2ASP A;  3SBT A;  3VEY A;  3ASM A;  1HJR A;  2IGI A;  3F9M A;  3AVN A;  4CGF A;  5CZ2 A;  2EWS A;  1TKS A;  1UA0 A;  2P9L B;  3E66 A;  4NCB A;  3TI0 A;  1BUP A;  5GAE P;  4FJL A;  3CCM N;  4KTQ A;  1HNW K;  1Z05 A;  4FYD A;  2E1Z A;  3DXK A;  4P8J A;  3A5N C;  4DTP A;  1QSL A;  1YUW A;  4OO1 J;  3NF6 A;  1SKW A;  3KJV A;  3U9D A;  3T1H K;  3DJC A;  1DT9 A;  1YIT N;  1JXB A;  3I56 N;  2IC3 A;  3SUQ A;  2OTJ N;  3NCI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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