4UY8O

Molecular basis for the ribosome functioning as a l-tryptophan sensor - cryo-em structure of a tnac stalled e.coli ribosome
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
DKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Molecular Basis for the Ribosome Functioning as an L-Tryptophan Sensor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
total genus 33
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4uy8O00
1QVFM 1KD1O 1Q81O 1KQSM 2ZJPL 5DM6L 3CCRN 3CC4N 3CD6N 2QEXN 1QVGM 1Q7YO 1M1KO 4WFAL 3CC7N 4UY8O 1YI2N 3CCVN 3CCQN 1VQKN 3CPWM 4WFBL 3PIPL 1K73O 4IO9L 1YHQN 1OVYA 1K8AO 1S72N 4WF9L 1KC8O 1VQPN 1VQLN 5H1SQ 5GAHP 5GAGP 1N8RO 1M90O 3CCUN 3CCJN 2QA4N 3CCMN 1K9MO 4WCEL 3CXCM 1VQ7N 3J7ZO 5GAEP 1NJIO 1VQ5N 3DLLL 5HL7L 3CC2N 1VQ9N 5JVGL 1W2BM 5GADP 3I56N 1YITN 1VQON 4IOCL 1ILYA 2OTJN 3CF5L 1VQMN 2ZJRL 1Q86O 1YIJN 1VQ6N 1YJ9N 1YJWN 4WFNL 3CCLN 3I55N 1JJ2M 3G4SN 3CCSN 2ZJQL 1VQ4N 4IOAL 3CCEN 3OW2M 3G71N 1Q82O 3G6EN 1VQNN 3PIOL 5DM7L 3CMAN 3CMEN 5JVHL 2OTLN 4U67L 5MLCQ 1YJNN 1VQ8N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N47A 4CZFA 1NK7A 4EHTA 3NDKA 2GELA 3LDOA 5DM6L 4WE1A 3A5NC 1C0FA 1OH6A 3OJSA 2QXFA 4ICLA 3DRSA 1HRHA 4DV3K 1T44A 1P90A 4KHUA 2X6SA 1S22A 3MXIA 2BDPA 4FLZA 1ZBUA 2P9UA 1D4XA 1YHQN 1HMVA 3OYDA 2UUCK 1WNSA 1VQLN 4M45A 4FWNA 4MDAA 4DS5A 1RT4A 1EO1A 4RW4A 4CJQA 5CE3A 4JNEA 3O4QA 3QESA 2VWBA 4G1QA 3HOSA 4YOTA 4FLYA 3BZCA 3L2QA 3HPOA 3VTIA 1HPMA 3KVGA 3OYMA 3IFRA 4JI1K 3VF6A 2PFUA 4B1ZA 4QS8A 4CJRA 1RILA 4BACA 4OLBA 2IS3A 4YHHK 3P31A 4TSXA 5AZJB 1BOTO 4CZKA 3H3NO 2D0PA 3F5TA 4DTJA 2QWMA 2OANA 1HQUA 4FVMA 4H0TB 1VSHA 3WNGA 1KAZA 1OH8A 1QQNA 1EKEA 4KPYA 2A42A 4F4KA 1N33K 1HUXA 3G10A 4E3SA 4JD2A 3PO5A 2KTQA 5EX5A 4DV5K 1BA0A 3SQ1A 4CHOA 3TAQA 2YJEA 4DF4A 1QHTA 2P9LA 2PZSA 4B9NA 1JLAA 3ID6A 1ZBSA 3SMSA 4IFYA 3SAGA 2VG5A 4IOXA 4JKEA 4DFPA 4CJ7A 3KLIA 3LDPA 3OBWA 3T1HK 5AQPA 5FROA 1XNRK 4CF8A 1L3UA 2G8FA 3V9XA 4O5BA 1Z26A 4B9QA 2E6MA 3BP8A 2Z1HA 5BN8A 3NFAA 4DQRA 3LPUA 3TWHA 5CY4A 5E84A 5FRNA 4DU4A 4LF5K 3UKRA 3C6HA 3WNHA 1NWKA 4BGAA 3S3OA 4BQZA 4QAGA 3V81A 1TK5A 1VSLA 2YHXA 4DU3A 1NK8A 3H45C 3SBGA 3AVHA 4BRCA 4DV2K 5CYMA 2YHWA 4QS9A 2QA4N 1NJZA 2YHYA 4C1NI 1SUQA 3LAKA 1U2VB 3RMDA 1IG8A 1ASWA 4AHRA 3O9SA 4HUFA 4FYDA 1W0HA 3DWLA 5JVGL 4AILC 4GVMA 4B9TA 4LF7K 4B3MK 5LMUK 3OYFA 2HF4A 3CYMA 4FK0A 1ESVA 2RHKA 3NF7A 4FWPA 3DJCA 4CHQA 4CZEA 3ZX0A 4ILJA 4GMJB 1Q86O 4EP5A 2ASOA 1K6YA 2P9KA 2Q0UA 3TAGA 3MXMA 4F2SA 1GOCA 4H5TA 4J8FA 4DFMA 1YJWN 3SUNA 4C23A 2X74A 5AQSA 5M1OA 1HKBA 1VSDA 3HPGA 3ZETB 5KTQA 4MO5A 2ZE2A 1NNEA 1C1CA 3SI6A 1K8KA 4O8UA 4FJIA 3AVLA 1RNHA 3ULDA 4BDYA 4FLVA 3U3YA 5KPTA 4FZYA 3MX5A 3O8MA 4CIGA 3VGMA 4NXMK 4I9QA 5AQRA 2XY5A 1UOCA 4H0OA 5MLCQ 5EXWA 1C1AA 3S9HA 3KHYA 1J5EK 2PYLA 4IG0A 2A40A 2KKZA 4DQSA 3BUZB 1U45A 3K2PA 5KQDA 2D4WA 3FR0A 4FZXC 1FK9A 1ZBFA 1G15A 4B3SK 1A5WA 1YI2N 1KTQA 3GBTA 3CCQN 3LDLA 3ZLJA 4QOZB 1KAYA 3VQBA 2V7ZA 4ID1A 4BG9A 3DLGA 4DUYK 1CLQA 2IDOA 1SKWA 3MEGA 4AHTA 1HNWK 1OKJA 4NLCA 1VSJA 3CERA 3O9RA 4OO1J 1U4BA 4M3RA 3A2FA 3DXMB 4FWMA 4LF8K 4C1NK 2XRIA 4Q5VA 5KGWA 2P51A 3AVFA 4L3QA 1SZ2A 3NF9A 5KRTA 4QCLA 3WEEA 3D2FA 3H1VX 2Q36A 3K9JA 4KKOA 4BRGA 2PAVA 4GY2B 4BC4A 1ASUA 1EWQA 1YIJN 4OPJA 3ASMA 1JKHA 2ITGA 2WTUA 3KKRA 3AA5X 2GUIA 4M3YA 4CZHA 3NMUA 3B6PA 2YKNA 3OS1A 2VQFK 3P4IA 5M1PA 1LAWA 4BDPA 3TSUA 4KREA 2O8FA 5DK5A 4B9UA 4N76A 3O9QA 4MO4A 1JCEA 5BPLA 1LW2A 4I2QA 4E89A 4DWIA 3ZSXA 3NH0A 4NYFA 4DV1K 3U4LA 1NU0A 3CMEN 3QEPA 4BR7A 3MN9A 1L5UA 4NO7A 5BRFA 4R79A 2E1ZA 2KZZA 1NK4A 4PKGA 4L8RB 3SCXA 4E0DA 1CXQA 1BISA 5FPNA 3HP9A 2NRTA 3QFPA 5KPRA 4H8KA 2AA4A 4YOUA 5CZ1A 3VQ8A 3QETA 1I3AA 3TPQA 2BTFA 4BRNA 4KB1A 1LWEA 3TSQA 2UU9K 3VQ6A 1L3SA 3D7EO 3LANA 2BUPA 4WFAL 4EZ9A 5JLFA 1VQKN 1RFQA 1U48A 4LF6K 4WFBL 3P83D 3T69A 2HHTA 3I0RA 2QI2A 1TV6A 1K8AO 4IDHA 3DLKA 3DLHA 4H0XB 3CG7A 4DS4A 1SAZA 4IJAA 1S9EA 4YOWA 4KRFA 2P1JA 4OGEA 5GAGP 4M3UA 1IO2A 1NGIA 3OS0A 4Y1CA 1LWCA 3LM2A 1IBLK 4Y0WA 3EE8A 3H08A 3LP2A 1S1TA 2HHSA 3ZT1A 1P8ZA 4NCBA 2FF6A 1NLVA 3THYA 3J7ZO 4M3TA 2JGUA 2Q97A 3ENHA 4BREA 2WONA 3VF4A 3EKSA 3FZMA 4PL8A 2FSJA 3T3FA 2D0AA 4W5OA 4EIAA 1NGCA 5ADXH 3C6TA 4JI5K 3E1YA 3HM8A 2HMPA 1ILYA 1U2VA 5HOOA 2P9PB 2UXCK 3WT0A 2WOMA 4FJJA 4Z4FA 3B6OA 1NK5A 2HHUA 2IVPA 3N4PA 5M1KA 2YV0X 4KFBA 4BWMA 3EZ5A 2P9IB 1MWMA 1HLUA 1WBBA 1DTQA 2IVOA 5F0XA 3VERA 1NGHA 3RSEB 1S1XA 3MX2A 4MLEA 4YOXA 2HOEA 1IKWA 1NJWA 1NK6A 2KZMA 1C0TA 5AQYA 4FJHA 1RTIA 1Q82O 4H4OA 3DI6A 3KLFA 3S41A 1KLNA 3LPTA 3MK6A 2P9PA 1X9SA 5FPMA 4K25A 3L2WA 3WQTA 4Z0UA 4YNQA 3AVMA 4FM1A 4CZLA 1HNZK 1LV5A 4KHQA 3U6FA 1VAZA 4PA1A 3C6AA 5HP1A 4OJRA 4CZGA 1FXXA 1XC9A 4DFJA 4F8RA 3OYJA 3CD6N 2ITMA 1BHLA 2HBJA 3SK3A 5AR0A 3ZT3A 2QXLA 4AF1A 3O3FA 1RDCA 1JXBA 3ITHA 3UKUA 2A3ZA 2O8DA 4DSFA 2IIRA 4RW7A 1J53A 3ATUA 3ZT2A 2QWRA 3CJBA 1KC8O 3M8RA 2HVHA 4FPBA 4AHUA 4A2AA 1NGFA 5HRNA 3ZT0A 4DSJA 3WXIA 3H3OB 4BROA 3CCUN 4O8KA 3CFRA 3BDPA 3T7ZA 2A6AA 4WCEL 2Z1JA 1XC3A 2WFBA 1ZXOA 3QDKA 4FPAA 2Y1JA 4CHYA 5M1QA 4OX9K 3TAFA 1BQMA 4LF4K 1RBTA 1L3TA 4FVUA 5FPEA 3LDNA 3TAMA 4KO0A 3C94A 1GLFO 1VQON 4IOCL 4DG1A 3DYAA 1IG9A 1XQSC 4KHYA 4FM0A 3DXMA 1VQMN 2UUBK 4CEAA 1N34K 1KVBA 3VEZA 3OYKA 3MCPA 3K5OA 3KTQA 1YJ9N 2GWJA 2KFZA 3CFOA 3ZCMA 3IS9A 3OYGA 1HJOA 4ISEA 5D3GA 3A5MC 3QB0A 1LAVA 3EL2A 4CBUA 3NGIA 5M1NA 3CCEN 1B9FA 2HHXA 4OKKA 1T3VA 3OYAA 2W40A 3FZFA 3A5LC 2IVNA 1FJGK 3PIOL 3RR7A 5AZIB 3OYEA 4JHDA 4CI6A 3V9UA 3NCIA 1IKXA 4ELTA 3U9DA 1NKEA 3LL3A 1OVQA 3KIOA 1IKYA 2OA8A 3SZ2A 3E66A 2HHWA 3HP6A 1ASVA 4YOVA 3JSMA 2FSKA 3WQUA 4XH1A 4A2BA 4YFUA 4KAZA 3CC7N 4FJGA 1BIUA 1TKXA 4OLAA 2A41A 5EY4A 5IT9O 3VEYA 4CGDA 4FJ5A 1KFSA 3M8PA 4AH9A 5HRSA 3HZ6A 2DPNA 5AQKA 2ZWHA 4M7XA 4K8ZA 1VRTA 3L6QA 1VSFA 4ELVA 4RW8A 1N8RO 3MECA 3O1BA 5BR8K 3D0PA 3AO5A 3DM2A 3FFKB 1UWBA 3D2FB 4CEFA 3EY1A 3CM6A 4AHVA 1L3VA 4C8LA 4DU1A 1TYQB 4CJWA 1EP4A 4BRKA 3DLRA 4DR7K 3IMXA 4DUZK 1HYVA 4Z94A 4FLUA 1VQ9N 3SV4A 5BREA 2P9LB 4B1WB 3V1RA 4BE2A 4AHSA 3SQ2A 4FL9A 3O9TA 1TKDA 2YI1A 3THWA 2IOCA 2OPSA 4AM7A 4EZ6A 4I6MA 1RTHA 4B8CA 3DLBA 3TARA 3G25A 1T7PA 2OPQA 1IKVA 3IG1A 3MN5A 3VTHA 4H5NA 4CGGA 5J2MA 3T19A 3O9UA 4FLWA 4RW9A 1ATSA 3D6RA 4DR1K 2HMIA 1REVA 3R9PA 5C2FA 3RVCA 4B8AB 2W41A 1WAFA 3VGKA 1A5VA 3J81O 4DTUA 2Q3SA 2YNFA 4DR2K 1HNXK 2ASMA 4FWKA 1DLOA 4CERA 1BG3A 1JLGA 1RT7A 1RDDA 3RMAA 4JKCA 4PKHA 1NK9A 3KLEA 4V19S 4H5WA 3HXMA 1T05A 3AAPA 1BIZA 3OYIA 2G8UA 4A59A 3OVNA 2YJFA 4O5FA 4PUOA 2JWKA 2YHBA 3HSTB 3SUOA 4Y1DA 3M3ZA 2YKMA 5KRSA 1BL3A 3SYZA 1DT9A 1LCUA 4FZZA 1OVYA 1C6VA 4JI4K 4DFKA 3BGRA 4CJLA 5T7BA 3IRXA 5TKWA 3V6DA 4BRMA 1BGXT 3ZEUB 5E41A 5GAHP 1RDUA 3ISNC 2UXDK 3OY9A 2HHHK 1HYZA 3L0QA 4M7YA 5LL6Z 4E7LA 4BR2A 2UXBK 4DB3A 4W5TA 3NAEA 1JLCA 4BC3A 4EAHD 1NGBA 3AA3A 4JKFA 4CGIA 5I42A 1W2BM 4LSLA 2HBLA 3CJ9A 3OS2A 1GOBA 3HBTA 1YITN 2X6NA 4JS5A 4CCHA 1HYSA 4CJFA 3RSEA 1EWRA 2B6AA 2AJQA 2W42A 1CZAN 5ADXA 3KKSA 4JI8K 2D5RA 3C0BA 1JLQA 4AM6A 4HUGA 3MCAB 5AQXA 4XH5A 2VYPA 4K42A 2P5OA 1QS4A 1D8YA 2GX9A 1JLBA 2QTDA 3U9ZA 3AVIA 1Z05A 3O3GA 3NGYA 3DOLA 4RCHA 1W7AA 1WUAA 3SUQA 1QQCA 2Z1IA 3PUFA 4ILGB 2Q0RA 1TGOA 4U7BA 4JLHA 2Q2RA 2ZQBA 3CIPA 3LP1A 4CFBA 3HTVA 3RRHA 4CFAA 3VQ4A 4GV3A 1VSIA 1TK0A 1SL0A 3PLAA 1BDGA 5LMNK 5CHIA 3VQQA 4JRPA 1O1WA 4B3TK 4BWJA 1YJNN 3KK7A 1QVFM 3VEVA 3OYNA 2D0CA 3SNNA 3K5MA 1BWFO 3CI5A 3HPHA 4CJ5A 4O4GA 5ELZA 2QEXN 3P5JA 1M1KO 4CJEA 1GOAA 3PX6A 4Z4CA 3LWMA 4ZHRA 3NH2A 1ITGA 1K73O 1RT1A 4ILHA 1GLDG 3C95A 4ID5A 4YDUC 1QQOA 3JAMO 4RG8A 2GTDA 1VQPN 2NZTA 5BPNA 1HJRA 3WNFA 1RT5A 4CECA 5J2NA 4ISFA 4YY3K 1X9JA 2FBVA 4MFBA 1Q9YA 4CHPA 3AAQA 3ZSQA 4NYNA 3C6UA 4LSNA 5AQJA 4CHNA 4YORA 2QK9A 2NRVA 2FC0A 1IBMK 1TUUA 4DR4K 1BA1A 2F9TA 2OTJN 1IH7A 2P9SB 4DR6K 2DY4A 4FK2A 4CGJA 3IKMA 4HCBA 4BRFA 3IUCA 4B08A 2HNYA 4CJKA 1Q18A 3D2EB 3VA3A 4AQYK 1VQ6N 4O0IA 2KQ2A 2IC3A 4CIEA 3VEXA 1BUPA 2RPIA 3CCLN 5JS1A 3E9PA 1WSIA 4FWLA 5AQVA 3K57A 4JKGA 4IG3A 4G9ZA 1QE1A 4DTSA 3OJUA 4RTFD 1KFDA 4EP4A 5B8HA 3DOKA 2F7TA 3WXKA 4DHYA 1TL1A 2P9UB 2HHQA 3V4IA 3ZETA 2H3GX 1TL3A 4Z4GA 1WN7A 3EO3A 2G8VA 1C0UA 2QWQA 4BGBA 3OYBA 3QBXA 1CXUA 1XMOK 3D45A 2P9NB 1Q81O 2GV9A 3L3UA 4WQ4C 1T6CA 2KW4A 5I9EB 3B8AX 4I2PA 2P5GA 4IEIA 3NF8A 3CC4N 4KTWA 2LSNA 2V52B 1QVGM 1QSSA 4DLGA 1T03A 1Q7YO 4WQ5C 4JN4A 4B9LA 4FJ8A 4UY8O 1U04A 4MQ3A 3CHWA 3R8EA 5LJWA 3ZT4A 3CPWM 1FKPA 3PIPL 3J7YP 4DCHA 2JLEA 5SZTA 4JS4A 4GKKK 5KGXA 4B1XB 4WF9L 3V9SA 3KWGA 1CZ9A 4B1UB 2E2NA 3U3GA 4E1JA 3L2VA 2HBMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4N47 A;  4CZF A;  1NK7 A;  4EHT A;  3NDK A;  2GEL A;  3LDO A;  5DM6 L;  4WE1 A;  3A5N C;  1C0F A;  1OH6 A;  3OJS A;  2QXF A;  4ICL A;  3DRS A;  1HRH A;  4DV3 K;  1T44 A;  1P90 A;  4KHU A;  2X6S A;  1S22 A;  3MXI A;  2BDP A;  4FLZ A;  1ZBU A;  2P9U A;  1D4X A;  1YHQ N;  1HMV A;  3OYD A;  2UUC K;  1WNS A;  1VQL N;  4M45 A;  4FWN A;  4MDA A;  4DS5 A;  1RT4 A;  1EO1 A;  4RW4 A;  4CJQ A;  5CE3 A;  4JNE A;  3O4Q A;  3QES A;  2VWB A;  4G1Q A;  3HOS A;  4YOT A;  4FLY A;  3BZC A;  3L2Q A;  3HPO A;  3VTI A;  1HPM A;  3KVG A;  3OYM A;  3IFR A;  4JI1 K;  3VF6 A;  2PFU A;  4B1Z A;  4QS8 A;  4CJR A;  1RIL A;  4BAC A;  4OLB A;  2IS3 A;  4YHH K;  3P31 A;  4TSX A;  5AZJ B;  1BOT O;  4CZK A;  3H3N O;  2D0P A;  3F5T A;  4DTJ A;  2QWM A;  2OAN A;  1HQU A;  4FVM A;  4H0T B;  1VSH A;  3WNG A;  1KAZ A;  1OH8 A;  1QQN A;  1EKE A;  4KPY A;  2A42 A;  4F4K A;  1N33 K;  1HUX A;  3G10 A;  4E3S A;  4JD2 A;  3PO5 A;  2KTQ A;  5EX5 A;  4DV5 K;  1BA0 A;  3SQ1 A;  4CHO A;  3TAQ A;  2YJE A;  4DF4 A;  1QHT A;  2P9L A;  2PZS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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