4KAZA

Crystal structure of rnase t in complex with a y structured dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 206
sequence length 206
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4kazA00
4JRPA 1SUQA 3DI6A 2OZMA 4N76A 1BI4A 3ZSOA 3OY9A 5FROA 3NBPA 3SJJA 4KB1A 2D0BA 1RTHA 4FJ5A 1TK8A 2D0AA 3QINA 5CY4A 4DF8A 4HUFA 3LP0A 3MXJA 4F3OA 3HVTA 4F8RA 4OPKA 3QIOA 1ITGA 1VSFA 3AVKA 4WE1A 4ICLA 3KD5E 3F9KA 1UAXA 4MFBA 4DMNA 3NH0A 1BGXT 4NCBA 1SKWA 2HHUA 1X9MA 4G1QA 1TVRA 4DTSA 4OJRA 1QSLA 4CEDA 4KRFA 1WNSA 1TKZA 3P83D 4CE9A 3JYTA 2XY7A 5CYMA 2KZMA 4EZ6A 1TAUA 1RDAA 3HM9A 4DFJA 3NHGA 1QQCA 1VSDA 2WONA 1BQMA 3QEVA 3LP1A 4ELUA 3ZSYA 1FKOA 4CF1A 4Z4CA 3O3HA 4FM1A 2HHSA 3ULDA 1RBSA 4FLTA 4DSJA 1TKDA 4BWJA 2HHQA 4KHSA 4E7HA 5DK5A 4KB0A 2IS3A 3AO3A 4FXDA 5T7BA 3V9XA 4E7JA 1TKXA 1JL1A 3LANA 3SUOA 1U45A 3S3OA 4I9QA 1KRPA 2F8TA 4B08A 3V9ZA 4DS5A 1Z26A 2G8UA 4CGJA 3ALYA 1S9EA 4FJIA 4BWMA 3RR8A 4BACA 1RDBA 4K8ZA 3ZSQA 1CXQA 2JGUA 2ETJA 1TAQA 1YTAA 1B9DA 1LW0A 4I7FA 1I39A 2FC0A 4ZTFA 2IDOA 3O3GA 4Q5VA 4N47A 4O0JA 4KHQA 4RW9A 4RW6A 1ZBUA 1VSMA 2O4GA 1HQUA 1NK7A 3ZSZA 1GOCA 4GVMA 1IKXA 4CJKA 3VQQA 3NE6A 4KREA 3SI6A 3AA2A 1XHXA 2FBYA 4QOZB 2GBZA 3P5JA 2EHGA 3DOLA 4CIGA 3K5LA 1QE1A 3D0PA 1VSEA 2VG6A 5HBMA 4JS4A 3OVNA 3VA0A 5J2QA 3FFIA 3EY1A 4B9NA 2GUIA 3AVAA 1VSJA 2NUBA 1WSFA 3AVHA 3HP6A 3D45A 1Q8IA 4RW4A 4DSEA 1NOZA 4CHYA 3RMBA 3SUPA 3O3FA 3PY8A 1D9FA 4N56A 2W42A 4CF9A 1BIUA 3VQCA 4CGIA 1D8YA 2HHXA 4CJ4A 4KHUA 1RT7A 1HJRA 4H4OA 1XHZA 2G8HA 3K5MA 3SYZA 1Q9XA 3DRSA 1EP4A 1QSSA 1NK6A 1S1XA 3HPGA 3U6FA 3VQ5A 3DMJA 5C25A 2DFFA 3K58A 3TAQA 2PYLA 3DRPA 4LH5A 1C6VA 2KQ2A 3AVBA 3CFOA 2KFNA 4FYDA 4CECA 4B8AB 3T1AA 3HK2A 1HQEA 4M3TA 1C1BA 3LWMA 3U3YA 4EP4A 3ASMA 3VQ6A 3HJFA 4K8XA 1RBTA 2BE2A 2D5RA 2E6MA 3PX4A 4AHVA 2DTUA 1TK0A 2IAJA 1RBUA 4DTNA 1RTDA 4W5RA 3M8RA 1HRHA 1QSYA 3KKRA 5C24A 3I0RA 1NK8A 3ZT0A 3HL8A 4HUEA 1BCOA 4M45A 3WNFA 4CJEA 3AO5A 5KTQA 1Q9YA 2VG5A 1RT4A 5J1EA 4QCLA 4CJVA 3V6DA 3SCXA 2X78A 3NGIA 1WN7A 3KIOA 4H4MA 1JLQA 4F3TA 4FLZA 1JLCA 3CM5A 3TR8A 1NKCA 4CHQA 4IKFA 3UIQA 4OGCA 1D5AA 3SPZA 1VRUA 2OPQA 1RT3A 4M3ZA 4DS4A 2BANA 4CJUA 3S3MA 4FVMA 5JS1A 1CZ9A 3VQ4A 1SL2A 3SNNA 4OKKA 3NF6A 5KGWA 1A5WA 2DFHA 4IFVA 1U04A 4OPJA 3HPOA 4HCBA 4RG8A 1R0AA 1NJZA 2Z1JA 4EZ9A 3VQDA 2GV9A 2X6SA 3OJUA 2IGIA 4DTOA 4KI6A 2YNGA 3V4IA 3C95A 2YNHA 4CEEA 1LW2A 3L2VA 5FDLA 1A5VA 2JLEA 1NJWA 1S6PA 4DU4A 2G8WA 4OKJA 2E4LA 4IDKA 3TI0A 1S1TA 1UWBA 3DLHA 4FK4A 1X9WA 1IKWA 3QLHA 2HW3A 2BGGA 1DTTA 4B3OA 4UQGA 4C8MA 4C8LA 4DSIA 4Z4FA 4IFYA 3RMDA 1TK5A 4BE1A 4I2QA 3SZ2A 2AJQA 4E1MA 3O4NA 3AVCA 4CHZA 1ZBIA 5HRPA 1RNHA 4NCGA 4CGDA 1QHTA 3WNGA 4HUGA 5J2NA 3V1OA 4E19A 4B9LA 4FM0A 1O1WA 1TGOA 5HRSA 1S9GA 1C1CA 1CXUA 5HRNA 3SV3A 2G8VA 2YHAA 4CCHA 3HT3A 3A2FA 1BI4B 4TSXA 3SPYA 1BHLA 3EYZA 3KLIA 2F8SA 1YVUA 1U49A 5J2PA 1RDDA 4FJ8A 4KHYA 1UOCA 1KSPA 5HLFA 4NYFA 1U4BA 1WAJA 2YNFA 1NK9A 4DF4A 1FXXA 3SQ0A 3RWUA 2PZSA 1S6QA 3V9WA 4F2RA 4HVJA 5HRRA 2EX3A 2FBTA 5K14A 4N41A 3V9SA 4RW7A 4JS5A 3PX0A 3NH1A 2HNYA 3M8QA 3OYKA 3QNOA 3OYNA 4Z4GA 3HSTB 3TAPA 3K5OA 1G15A 3ZSRA 2ZQBA 1IKYA 3AV9A 1RBRA 4FW2A 4IBNA 4ID5A 1B92A 3AO2A 4CHOA 4FJMA 3ZCMA 1Y97A 2ZE2A 3G0ZA 1ASVA 3QEXA 3TAMA 1S1WA 3K59A 4I2PA 3I0SA 3LZJA 1VSIA 2E6LA 3K2PA 1HYZA 1RTIA 3OYFA 3MAQA 1KCFA 1UA1A 4DSFA 3C6UA 1KFDA 1VSHA 4KO0A 3SV4A 1XI1A 2XRIA 4FLWA 3BDPA 4J2DA 3NGYA 3HXMA 2KZZA 1T7PA 3IG1A 3RR7A 3OYBA 4BE0A 4E3SA 4ELTA 1REVA 3QETA 2YNIA 4DSLA 1SKSA 1J53A 1RT6A 4AHCA 2A1RA 4PY5A 5DMRA 1HNIA 2B4JA 3U3GA 3NF8A 3KK1A 1BISA 1KTQA 3KKSA 3C94A 3ZSXA 4CEFA 4DFMA 1IG9A 3RRGA 1ZBHA 2P51A 3RMCA 4F4KA 4CGFA 2FBVA 4CJSA 2Z1IA 1ASWA 1VK0A 2OPPA 3ZT1A 3SUQA 3AA5X 4PUOA 2VG7A 1C0TA 2OA8A 5CYQA 5KRSA 3L2UA 1SV5A 3V9UA 1GOBA 1EKEA 2XY5A 2DY4A 1DTQA 1YT3A 4Z4HA 1NJXA 4CF2A 1JLAA 4Q0BA 4KV8A 4B9UA 1U47A 3HYFA 4IG3A 3QEIA 3ZSWA 1SL1A 3P1GA 4KTWA 4FW1A 4KI4A 1J9AA 3DRRA 1NKBA 4Z4IA 4FZYA 4M3XA 4O44A 3PV8A 3DLGA 1LV5A 3OYDA 2ITGA 3V1QA 4BDZA 3ZSVA 1LWCA 4AILC 4DTUA 3QESA 3VQ9A 4CGGA 3L3VA 4FK0A 1LWEA 3L8BA 4MQ3A 4FJ7A 4L8RB 2IOCA 4N5SA 1WLJA 2HNDA 3G10A 4ELVA 4ZHRA 2OYQA 3L2RA 3ZT3A 3NH2A 4FLYA 1EETA 4FJNA 3T3FA 4DQPA 3QERA 3TANA 3OYAA 5HP1A 3VN5A 4CK2A 2PYJA 4W5TA 3TARA 5CZ2A 1RBVA 4CJ3A 4LSNA 1NJYA 4FCYA 1ZYQA 4AHRA 3MECA 2QXFA 4M42A 1RCHA 4KFBA 1IO2A 3QIPA 4FLUA 4PWDA 3PUFA 1RT2A 4E7LA 2WOMA 3LPTA 4E7KA 4E1NA 2BDPA 2P1JA 4AHSA 5D3GA 4AHTA 4CFBA 1B9FA 1RT5A 1ASUA 2F96A 3TAGA 1NOYA 1WSHA 1JXBA 1QS4A 2B6AA 3OYHA 3ZT2A 4R5PA 4GW6A 1T05A 3LDSA 4FLXA 1L3UA 4CJFA 4O55A 1MU2A 2ATQA 3ZT4A 4W5OA 4M3WA 5JS2A 3CM6A 4DQSA 4Z0UA 4KPYA 3VQAA 1W0HA 3NDKA 2KTQA 3OS0A 3NF9A 4CJQA 2PY5A 3VQPA 2A1SA 2RPIA 5SZTA 1LAVA 3LPUA 4DTJA 3L2WA 2YV0X 3HVRA 1NKEA 1LAWA 2YKMA 3AVMA 1U48A 1X9SA 4CJ5A 4DSKA 4J2AA 3HO1A 4OLAA 3E01A 4QAGA 3OYEA 4CJLA 4PA1A 4M3RA 3OS1A 3QEPA 1BCMA 1C0MA 3AVJA 1JLBA 3AVFA 3AO4A 3OYLA 1I3AA 2G8IA 4CF0A 4E7IA 4FJJA 1Z25A 4CEQA 3KD1E 1X1PA 4C8OA 4FJ9A 4CIFA 1IKVA 1C0UA 4B9VA 4CJWA 1C1AA 4CFDA 3CFPA 1K6YA 3KLGA 4LD0A 3TABA 1NK5A 3IAYA 3MXIA 4FZXC 4YFUA 4CK3A 1XC9A 1HYSA 3LAKA 3NGZA 1VRTA 3PX6A 1KVAA 5KRTA 3M8PA 1JL2A 3VQ7A 3DM2A 3VA3A 4DU3A 2G8FA 4FJGA 4KHWA 1JXEA 3IS9A 3B6OA 3MXMA 1NK4A 4F2SA 1S1VA 1J54A 3DLEA 3LALA 2Q3SA 3L2QA 4DLEA 2HVIA 3L3UA 2YHBA 1JKHA 2HMIA 1RT1A 4BDPA 2I5JA 4W5QA 1DLOA 2D0CA 4CEAA 2Y1JA 3DLRA 1VSKA 2X74A 5C42A 4ID1A 4Z4EA 4J2EA 3BGRA 4FZZA 3MEGA 4E0DA 1J5OA 1W9HA 4CJRA 5KGXA 4PQUA 1YTUA 2OPRA 1CLQA 4O5BA 2R7YA 2HHTA 2HHVA 3NAEA 3AA3A 1TL3A 4Y1CA 5SWMA 3THVA 1F21A 1S1UA 3C6TA 4E89A 4CHPA 4YNQA 4CEOA 4DFKA 2XHBA 4DQIA 5EU7A 4KAZA 4H8KA 3AVGA 3HPHA 4CFAA 2RN2A 4CEZA 4W5NA 2XO7A 3CYMA 4CEBA 4CIEA 4JLHA 4XIUA 4KHNA 1RDCA 3K57A 4O0IA 2KFZA 3DLBA 3TAFA 4OLBA 2LSNA 3OS2A 1XWLA 3OYJA 1EX4A 1T03A 3B6PA 3AA4A 2HB5A 3LZIA 3DOKA 4KTZA 4ZTJA 2P5GA 1EXQA 1IH7A 1JLEA 3NFAA 3SQ2A 1TV6A 3T19A 4BDYA 1UA0A 3MEEA 3O4QA 4DLGA 3V1RA 4FJKA 4DFPA 3EZ5A 5I42A 4NYNA 1L3VA 4CGHA 1KLMA 2X6NA 1HPZA 4B9TA 1GOAA 3OYMA 1WSEA 4EP5A 3S9HA 1KFSA 4C8KA 4FJLA 3VQEA 4DTPA 2HHWA 3SUNA 3ITHA 3VQBA 3OYIA 5I3UA 2RKIA 3LWLA 4HTUA 1FK9A 2Z1HA 3WNHA 5FRNA 2OZSA 2QK9A 4CJTA 3JSMA 4OVLA 3K5NA 4M41A 1BL3A 3F73A 3AO1A 2ZD1A 3KLFA 1WSGA 1KLNA 1ZBLA 4KKOA 5KI6A 1SKRA 1FKPA 4C8NA 4CK1A 4DQQA 4DTRA 3RTVA 2Z1GA 4M3UA 4GMJB 1TL1A 3HP9A 4CESA 4FM2A 1S5JA 4RW8A 4LY7A 3WNEA 4I9LA 3OYGA 3SQ4A 1HYVA 2XY8A 1QTMA 2RF2A 1CZBA 4AHUA 3TWHA 4DWIA 2O4IA 1JLFA 2G8KA 4HHTA 1A5XA 2QKBA 2FBXA 1HMVA 3OYCA 1T8EA 1ZBFA 5FRMA 3RMAA 4BE2A 4IG0A 4FLVA 3KK3A 2QKKA 3QNNA 3MEDA 3LP3A 4DG1A 2HVHA 1RILA 1KVBA 1L5UA 3CQ8A 1WSIA 4CF8A 4FK2A 3NF7A 1LWFA 3AVNA 2Y1IA 4NCAA 3V81A 4CHNA 4CFCA 3AVIA 3PO4A 3KJVA 1BQNA 3LP2A 4FJHA 4DU1A 1TKTA 4OGEA 1N6QA 4B9MA 4B9SA 4HCCA 3RRHA 2IC3A 3LAMA 4AH9A 3IRXA 3DYAA 4JRQA 3H08A 1D9DA 2XY6A 1L3TA 4FJXA 5CZ1A 3OJSA 3CFRA 3TAEA 3SQ1A 2P5OA 2B5JA 1KVCA 4B8CA 1L3SA 5HROA 3S3NA 1N5YA 3AVLA 1WAFA 3CG7A 3VQ8A 4KTQA 1HNVA 1WSJA 2DFEA 2VWJA 2VWKA 1NK0A 3KLHA 3DLKA 4O4GA 3KK2A 1SL0A 3PO5A 2HNZA 3I8DA 4CJPA 3ISNC 4DTMA 3QO9A 1JLGA 3KTQA 2KW4A 4LH4A 4Y1DA 3KLEA 5J2MA 1BIZA 2YKNA 4DTXA 1RTJA 3M8SA 1VSLA 3QEWA 4CERA 4DQRA 2OPSA 4OKEA 4M3YA 5E41A 3NCIA 4LSLA 4J2BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWSA 1SUQA 3SJJA 2D4WA 4FWKA 3A8YA 3KVGA 4EIAA 3LP0A 1HNWK 3MXJA 4F3OA 2BUPA 3LDLA 3GE1A 3QIOA 1VSFA 3MX2A 2WBNA 4MFBA 2NRZA 1BGXT 3CCLN 3IFRA 2HHUA 1NNEA 1QSLA 4KRFA 4FSVA 1TKZA 5GIOA 1DT9A 1TAUA 4X64K 2CGKA 2WC9A 5I9EB 3WQUA 3TTDA 4DFJA 1QQCA 3VEYA 4BROA 3PIOL 3CJ9A 4CF1A 3ULDA 5AQWA 2HHQA 1ZXOA 4E7HA 5DK5A 1QZ5A 2IVPA 2IS3A 4EHTA 3FZHA 1U45A 1JL1A 4I9QA 3V9ZA 2GX9A 1S9EA 3JXUA 4BACA 5ELZA 2ETJA 2IDOA 1GLBG 3CQYA 4KHQA 2HBJA 3A5LC 4RW9A 2O4GA 1HQUA 1IKXA 4CJKA 3VQQA 4DV4K 2FLOA 2FBYA 4QOZB 2GBZA 4CIGA 4LF4K 1CZAN 3D0PA 4Y0WA 1U2VA 4DQ8A 3HP6A 3VMFB 3CJCA 1Q8IA 4CGIA 4UY8O 4KHUA 1RT7A 4YHHK 5AQLA 1XHZA 3SYZA 1S1XA 4DV3K 3HPGA 5C25A 2OTLN 4JKCA 3DRPA 3ZYYX 2KQ2A 2EWSA 4BC5A 3HK2A 3U3YA 3HOTA 3LWMA 3HJFA 1EWRA 1RBTA 2BE2A 3DXMB 2DTUA 1TK0A 4W5RA 1HRHA 5FPDA 1NK8A 5F0XA 3HL8A 4M45A 2P9NB 2VG5A 3MCAB 5J1EA 1ATNA 3WT0A 2V51B 4DR5K 3SCXA 1K9MO 3NGIA 3E9LA 3KWGA 4FLZA 4F3TA 5AQSA 3TR8A 1NKCA 4BRCA 4IKFA 2QWLA 4OGCA 4FOIA 2CGJA 4DS4A 2BANA 3S3MA 5JS1A 3SNNA 3NMUA 2DFHA 4JKAA 4OPJA 3HPOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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