4KAZA

Crystal structure of rnase t in complex with a y structured dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 61
structure length 206
sequence length 206
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4kazA00
3U3GA 1BGXT 3C6TA 3HPOA 3RWUA 3ZSWA 4FLWA 4FK2A 1GOAA 2X6SA 4O0IA 4DFKA 5FRNA 1NOYA 4EZ6A 4FZZA 4FLZA 5HRSA 4FJ8A 2X74A 1NK6A 4W5QA 4N76A 4DQSA 4QCLA 1TK8A 4CECA 1IKYA 1C1AA 3K58A 4DTNA 2G8KA 3ASMA 1KFDA 3SPYA 3HT3A 2JGUA 3SV4A 4G1QA 3WNHA 4CERA 4B9LA 3OVNA 4RW9A 4E7KA 1C6VA 1RT3A 1KLMA 2KW4A 1KTQA 3AVHA 4CGGA 3LWLA 3CM6A 4E19A 1QSSA 1D9FA 4J2BA 1RDDA 3TAPA 2XO7A 2ATQA 2G8WA 4N41A 4AHCA 4C8MA 3L3UA 4DLEA 4M3XA 1A5WA 2Z1IA 1VSEA 3K2PA 3C95A 1BCOA 2B6AA 4CHNA 1SL0A 2DFFA 1CZBA 3O3FA 1HYZA 4DTUA 1T7PA 3HSTB 3AVMA 5J2PA 3VQ4A 1RCHA 1BI4B 1VSMA 2OPQA 4GMJB 4CF8A 4FJ5A 3P83D 4M3ZA 3CFPA 1RBTA 2VG7A 4B08A 4EZ9A 3P1GA 2O4GA 3AO4A 1JL1A 1A5VA 4EP5A 1HQEA 3SQ2A 1TV6A 3SNNA 1S5JA 1JLEA 5HP1A 1I3AA 1RBVA 1YTUA 1X9SA 4CK1A 2FBXA 3I8DA 3JSMA 1S9EA 1TK5A 1TVRA 4FLVA 1F21A 1ZYQA 4BE2A 1WSJA 1ASWA 3HPHA 2BDPA 4B9UA 4B3OA 1GOBA 1DTQA 1XHZA 3CYMA 3PUFA 4B9MA 3HO1A 2KZZA 2HVHA 3THVA 1WSIA 3O4QA 3DYAA 2DTUA 1JLAA 3ZT2A 3KK3A 3DLHA 4CJPA 3TABA 3AA3A 3SPZA 5I3UA 3HJFA 4DQIA 2E6MA 2XY8A 4Z4GA 3PV8A 1EX4A 2OPSA 4CF1A 3NHGA 1CXQA 1BIZA 1ZBUA 3KLIA 4HVJA 4Z4CA 4N5SA 3V4IA 1KVBA 2Q3SA 3IS9A 3LAKA 3JYTA 2P5OA 3HP9A 1VSJA 3OYNA 1LW2A 3DRRA 4NCGA 4KHWA 4AILC 1VSLA 1FKPA 2HVIA 1T8EA 3SV3A 3AA2A 3L2VA 3ZSQA 2WONA 4FCYA 3PO5A 3L3VA 2YV0X 5FROA 2OPRA 4CJLA 4M41A 3TAGA 4C8OA 1TL3A 4CF9A 3TWHA 5J1EA 1I39A 2YHBA 4CJEA 1C0TA 4J2AA 2Y1IA 5C42A 1ZBFA 3NGYA 2WOMA 4I2PA 1VSIA 4DF8A 1Q9YA 3OYIA 4KO0A 2IAJA 1CZ9A 3S9HA 2QKKA 3QO9A 3NH2A 1QS4A 4FJXA 2D5RA 1HYVA 1ZBHA 1Z26A 5CY4A 4IFVA 1RT6A 5DMRA 4XIUA 1YTAA 4BE1A 4CHYA 3VQBA 3SQ1A 2DFHA 3OJUA 1Q9XA 3WNEA 2R7YA 2O4IA 2HW3A 3AVFA 3OYDA 4ZTFA 2QXFA 4J2EA 5DK5A 2XHBA 3K59A 4DQRA 4E7JA 1X9MA 3KKSA 4RW8A 3NF8A 3MXJA 2VWKA 3NAEA 5JS1A 4DMNA 2A1RA 3L2QA 3MXIA 2RN2A 3QLHA 4Y1CA 3V9UA 1KVAA 1QE1A 1GOCA 3RMBA 4CEAA 2BE2A 2Y1JA 5HRNA 1UAXA 4DQQA 4H4OA 3ZT0A 2HB5A 2KFZA 1RTHA 3RMAA 3SUQA 4FJHA 3OYJA 3QEVA 5CZ2A 1S1XA 3NBPA 4KKOA 2OYQA 3KKRA 4NYNA 4DTOA 4HHTA 1UOCA 1L3UA 1KSPA 4HTUA 1EKEA 3MEEA 4M3RA 3RTVA 3TI0A 3F73A 2HMIA 4O0JA 4FM1A 1NJXA 1C1BA 3DOLA 3ZSXA 4CEOA 4IKFA 4E0DA 2QK9A 1BIUA 1S1UA 3LANA 3QEIA 1DLOA 4Z4EA 1REVA 4HUGA 1JL2A 4C8KA 3NE6A 5SWMA 1RNHA 4DSJA 4F2SA 4KPYA 1VRTA 2RF2A 4RW6A 1RDCA 1XWLA 2D0AA 1VSDA 4DLGA 2PYLA 4B9SA 2OZSA 2EX3A 3ZT1A 4FW1A 1QSLA 2F8TA 4CIFA 1SV5A 1HQUA 4B9NA 2YHAA 4B8CA 1RT1A 4FLXA 1WSFA 4KHQA 4KRFA 4CJKA 4FLYA 3V6DA 4OGCA 3QESA 3AA4A 3OYFA 1TKDA 1KRPA 3S3NA 1U48A 4WE1A 1LWEA 4CGFA 2X6NA 3NGIA 1W0HA 3VA0A 5CZ1A 1TL1A 3VQCA 4DSLA 4OJRA 4CJ3A 3M8RA 3VQ7A 4HUEA 4KI4A 4CESA 1S1VA 4CJWA 2NUBA 4DSFA 4AH9A 4CEBA 3HVRA 1NK4A 1RBSA 1X9WA 4M3WA 3KTQA 3VQ9A 3ITHA 4CEDA 1RTDA 1S1WA 2LSNA 4NCAA 1FKOA 1WSHA 4ELUA 1IKWA 4I2QA 4ZTJA 3P5JA 4CIEA 1L5UA 4DU3A 1D8YA 2P5GA 3AO3A 4DF4A 3B6OA 4BDZA 3MEDA 4CJTA 4FM2A 1NK7A 4FZYA 4OKEA 3DLBA 4DS5A 4IBNA 4AHVA 4YNQA 1TK0A 2PY5A 3TARA 3KLEA 3S3MA 4KHNA 1HNVA 4M3TA 2IC3A 1B9FA 3OYGA 2YNGA 1ASUA 3LP3A 4OLAA 3O3GA 4JS4A 1HMVA 4DWIA 1NJYA 3FFIA 5HBMA 2ZE2A 2FBTA 4AHRA 1ZBLA 3HPGA 4ID1A 3ZSVA 2IDOA 3LZIA 4ZHRA 1HNIA 3T3FA 4CCHA 4OGEA 1D5AA 4MQ3A 3OYKA 1SUQA 4DSKA 3DRPA 4EP4A 3DMJA 4LY7A 1QTMA 4CJFA 1VSKA 2Z1JA 3LALA 4CE9A 1IG9A 1QQCA 1N6QA 4R5PA 3NDKA 2JLEA 1LW0A 5EU7A 4CIGA 3MAQA 1S9GA 2YKMA 4Z0UA 3L2RA 1RT5A 4CFDA 3M8QA 3VQDA 4FM0A 4FK0A 3AVKA 3V9XA 2QKBA 3BDPA 3SJJA 2KQ2A 3OJSA 4KTWA 1BL3A 3DM2A 5D3GA 4KHSA 5C24A 4BWJA 4PUOA 1WNSA 1RBRA 3PX0A 2G8FA 1VSFA 4KAZA 4C8NA 4LH5A 4CEFA 2ZQBA 3VQ6A 4OKKA 3QIPA 1T05A 4I7FA 4CK3A 1RDBA 3RMDA 2D0BA 3C94A 4IDKA 3ULDA 1QSYA 3NF9A 1TAQA 4CK2A 3CG7A 3D0PA 2F96A 3B6PA 4BE0A 3VQEA 3VQAA 4CEQA 2OA8A 1WN7A 2A1SA 1HRHA 3MECA 4H4MA 3AVNA 1S6PA 4I9LA 1N5YA 3LPTA 4QOZB 2AJQA 1C0MA 4JRPA 4CFAA 1RBUA 1JXEA 4DTXA 1L3TA 1A5XA 3DRSA 4DU1A 2KTQA 2KFNA 4KV8A 1SKSA 3O4NA 1RILA 3SCXA 3LP2A 1NKEA 4GVMA 1U49A 4DFJA 4C8LA 1JKHA 3QERA 4CEEA 3SUOA 3VA3A 4CGDA 4B9TA 4BDPA 5HLFA 3V1OA 3EZ5A 1BISA 3T1AA 4AHSA 5K14A 1WAJA 3SYZA 5KTQA 2DY4A 2E6LA 3CM5A 3RRGA 4N56A 2PYJA 4N47A 3SQ0A 4NYFA 3DOKA 4E89A 2YNIA 4CGIA 2PZSA 5HROA 2HHWA 1FK9A 3QEXA 1SL2A 4AHUA 1L3VA 3HM9A 3C6UA 4CEZA 3KLFA 3AVAA 3M8PA 4O55A 3ZSYA 4CJVA 4W5TA 4KB0A 4DSIA 4FJJA 1NK0A 1LV5A 3ISNC 4KREA 1BCMA 4FW2A 4ELTA 4FJLA 1NJWA 1TKZA 1UWBA 1JLQA 4K8ZA 4RW4A 1BI4A 2VG6A 3AVCA 5CYMA 3I0SA 1RTIA 3ZT4A 4FJ9A 3SI6A 3NH1A 1TKXA 4CF0A 3VN5A 4LSLA 3L2UA 2G8HA 3RR7A 4F3TA 3QNOA 4CHQA 4M3UA 4FXDA 4FLUA 3MEGA 2BGGA 2ITGA 3OYBA 2FC0A 3D45A 1J54A 1LAWA 3G0ZA 3LPUA 4OVLA 4AHTA 3EYZA 4DFPA 3L8BA 3QEWA 2XY5A 3CFOA 4DSEA 1YT3A 4O4GA 1ZBIA 4DFMA 4HCBA 3I0RA 4DU4A 2GV9A 3K5NA 2XY6A 3RR8A 1JLBA 4I9QA 3ZSOA 3EY1A 2Z1GA 2IGIA 1RTJA 4OLBA 3F9KA 2W42A 3KLHA 2HNDA 1NK8A 4M3YA 4JRQA 1XHXA 3DI6A 3TAEA 3NF6A 1Y97A 1Z25A 2YNFA 4IFYA 4CJQA 4OPJA 3OYAA 2YKNA 1VK0A 3RRHA 2HHUA 2FBYA 3OS1A 3OY9A 1KVCA 1RT4A 3LWMA 2I5JA 1WAFA 2VG5A 1KLNA 1IO2A 5KRTA 4KTQA 4FJKA 2KZMA 3AV9A 3HP6A 1WLJA 4E7HA 3VQ5A 3AVLA 2G8UA 4F2RA 1U4BA 5KRSA 1SKRA 1HYSA 3ZSRA 3TAQA 3HK2A 3HVTA 3A2FA 3OS0A 1C1CA 2EHGA 2B4JA 1NOZA 2ZD1A 3AA5X 3IRXA 4M45A 5KGXA 4F8RA 4K8XA 1WSGA 1NK9A 4Y1DA 1B92A 3OS2A 3K5LA 4Z4FA 3HYFA 4JLHA 3NCIA 1VSHA 2B5JA 3VQQA 3NGZA 3QINA 1L3SA 3LP1A 1NK5A 4IG3A 5J2MA 4OPKA 3RMCA 1D9DA 1LWFA 3KD1E 2HNYA 1O1WA 4E7LA 1IKXA 5HRRA 5E41A 1YVUA 4E3SA 3TANA 3L2WA 4KI6A 4PY5A 3KK2A 1EETA 1J5OA 4JS5A 1SKWA 2GBZA 1K6YA 4E1NA 4CF2A 3KJVA 1U47A 3KK1A 5C25A 1HJRA 2P51A 1G15A 1W9HA 4CFCA 4UQGA 4KHYA 1QHTA 5J2NA 1JLFA 3LP0A 3G10A 4FYDA 4CHPA 4KB1A 4DTJA 4W5RA 1ITGA 3DLEA 3QETA 1IKVA 1Q8IA 3IG1A 4F4KA 4Q5VA 5JS2A 3V1RA 2G8IA 5CYQA 2BANA 1J53A 3K57A 4FJGA 4PA1A 1T03A 5FDLA 3AVJA 4CGJA 3LAMA 4DS4A 4Q0BA 3TAFA 1C0UA 4DTRA 2X78A 4NCBA 1IH7A 3QIOA 4GW6A 4E1MA 1U04A 1JLCA 3QEPA 1XC9A 1J9AA 2D0CA 1TAUA 1UA0A 4CFBA 3KIOA 3V1QA 4FJNA 3AVBA 1DTTA 4LD0A 4DTMA 1CXUA 4CJ4A 3PO4A 1LAVA 5KGWA 4CJSA 4BACA 1UA1A 3U3YA 4RW7A 1ASVA 2G8VA 1RT7A 2IS3A 2FBVA 4CJRA 1WSEA 4MFBA 4E7IA 4DTPA 2HHTA 4CJ5A 2Z1HA 3SQ4A 4M42A 3WNGA 3T19A 2HNZA 4DQPA 2RKIA 1MU2A 1EXQA 3K5OA 4IG0A 4FZXC 3LDSA 3SZ2A 4ID5A 3OYLA 3CFRA 3M8SA 1U45A 3K5MA 4FJ7A 3TAMA 4CJUA 4KHUA 2HHQA 4FJMA 4TSXA 1HPZA 1SL1A 2OPPA 5J2QA 3ZT3A 1BQMA 3PX4A 3E01A 4FLTA 1VRUA 1TKTA 3S3OA 3IAYA 1LWCA 5FRMA 1R0AA 2IOCA 3ZCMA 3AVIA 1JLGA 4H8KA 3NF7A 3OYEA 3V9WA 4PWDA 2F8SA 4KTZA 4LH4A 4Z4HA 3U6FA 2HHSA 4L8RB 2HHXA 3V9ZA 2DFEA 4DTSA 3AVGA 3QNNA 3DLRA 3LZJA 1S6QA 4J2DA 3DLGA 5T7BA 1XI1A 3V81A 4W5NA 4OKJA 4PQUA 1TGOA 3NFAA 4CHOA 2XY7A 1NKBA 3SUNA 3HXMA 3AO2A 3AO5A 2VWJA 3UIQA 4CHZA 3ALYA 4KFBA 3NH0A 1CLQA 4HUFA 5HRPA 1B9DA 1FXXA 1S1TA 4LSNA 1BHLA 3OYCA 3SUPA 4Z4IA 1BQNA 2YNHA 1NKCA 4FK4A 3HL8A 5SZTA 3WNFA 2E4LA 3DLKA 4ELVA 4QAGA 2RPIA 3V9SA 3VQ8A 4B8AB 2XRIA 4BWMA 3TR8A 2ETJA 5I42A 2OZMA 3PY8A 2P1JA 4O44A 1JXBA 4W5OA 3CQ8A 2GUIA 3OYHA 4YFUA 1EP4A 4FJIA 5KI6A 1RT2A 1X1PA 1NJZA 3O3HA 3BGRA 4FVMA 1RDAA 1KCFA 3H08A 3KD5E 2HHVA 4RG8A 3OYMA 3PX6A 1KFSA 4ICLA 4BDYA 4B9VA 4CGHA 4HCCA 4F3OA 4DG1A 3MXMA 3KLGA 3AO1A 3ZSZA 4O5BA 3VQPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSQA 4H5VA 1BGXT 3C6TA 4X66K 4FLWA 2X6SA 4IWVA 3KK7A 1MDUB 4FWQA 5FRNA 3EL2A 4UY8O 5HRSA 2X74A 4N76A 4W5QA 1TK8A 3K58A 3VEWA 3SPYA 4JHDA 4YDUA 3ZX3A 3WNHA 5AZJA 3SV4A 5EXWA 4E7KA 2O8EB 3LWLA 4E19A 5A2QO 1YF5L 1RDDA 3S41A 2XO7A 2ATQA 3TAPA 4N41A 4AHCA 4JNEA 3RSEA 4GKJK 4H0PA 1ATSA 4DLEA 4BRPA 2FF6A 2B6AA 1YHQN 4CHNA 1SL0A 1RCHA 1BI4B 4CF8A 5GIPA 3CFPA 4B08A 2O8DA 1GLLO 1YITN 4DR7K 2Q31A 5HP1A 1RBVA 1SQKA 3UE5A 4YOXA 1S9EA 4FLVA 1QQOA 2V7ZA 1ZYQA 2GEMA 4B3SK 3O1WA 4B3OA 1XHZA 2DTUA 1JLAA 3ZT2A 1YUWA 3KK3A 3DLHA 3TABA 5I3UA 2E6MA 4YOTA 1QZ6A 5B8HA 2IVPA 1ZBUA 3KLIA 4N5SA 4HVJA 1BOTO 4H03B 1JCEA 4BRCA 3LAKA 3JYTA 3O9TA 4DR4K 3DRRA 1VQ7N 4AILC 2QEXN 1VSLA 3E66A 1T8EA 3AA2A 3ZX0A 1YJ9N 4FCYA 3PO5A 3L3VA 2YV0X 3TAGA 3O6WA 4PL8A 3R8EA 2WOMA 4FVUA 1VSIA 1J6ZA 4DF8A 2IAJA 3S9HA 3NH2A 4BRKA 1QS4A 2ZWHA 1ZBHA 3MX5A 1RT6A 1SS6A 4XIUA 3SQ1A 2DFHA 1Q9XA 3WNEA 3JXUA 2HW3A 4BREA 4J2EA 3DXMA 4E7JA 1VQKN 4DMNA 2RN2A 4Y1CA 2EWSA 4MDBA 1QE1A 5C2FA 3LDLA 5AQTA 4DQQA 4H4OA 3ZT0A 3QB0A 2HB5A 5GAGP 3SAFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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