4KAZA

Crystal structure of rnase t in complex with a y structured dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 61
structure length 206
sequence length 206
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4kazA00
4FJJA 3WNFA 3OS1A 3DLGA 3K2PA 3OJUA 3NE6A 4RW7A 4CCHA 3KD1E 1S9GA 3DM2A 1RT4A 3HPGA 2QKKA 3OYHA 2YKMA 1FKOA 4ZTFA 1RT2A 4LD0A 3HO1A 3TAPA 4DQSA 3AA4A 1ASUA 1LWEA 2D0CA 4GW6A 2PY5A 4C8OA 1IH7A 2DFEA 4CFDA 4DTNA 2O4IA 1EP4A 1QS4A 4Q0BA 4NYNA 4DS5A 3PUFA 4E7HA 3SUNA 1HJRA 2KZZA 4CHZA 4BACA 1SUQA 2RN2A 2OYQA 1IKYA 5HROA 3TAQA 4KAZA 1NK8A 3PO4A 1B9DA 1O1WA 1EX4A 3NFAA 4QOZB 4KB1A 1VK0A 4ELVA 3HM9A 1U49A 4E1MA 2ZD1A 2BGGA 1TL3A 1A5XA 4OVLA 2R7YA 4M3XA 4CJTA 4M3ZA 4C8MA 3OYIA 3LAMA 4M3YA 2IGIA 4OLAA 4CJFA 3RWUA 3AO1A 4H4MA 3LP0A 4I2QA 3NH0A 3L2RA 4B9NA 4BDYA 3LP1A 3L8BA 4NCGA 3QIOA 3RMBA 2PZSA 4NCBA 3U3GA 2X78A 3L2VA 2DY4A 3MEGA 4BDZA 4ZTJA 1Y97A 4DTMA 3LANA 3VQ6A 3OY9A 3AA3A 3F73A 2G8WA 1FK9A 4Z4IA 2YHAA 4OGEA 2YNGA 3OYJA 1LW0A 3CFOA 3D0PA 3LALA 4KTWA 2Z1IA 3ALYA 1JL1A 4BE1A 3IAYA 3AVIA 3L3UA 2D0BA 3DLKA 3SQ4A 5I3UA 4CFBA 1FKPA 3A2FA 4B3OA 3C6UA 3V1OA 2A1RA 4DTOA 1UA1A 3P1GA 3KLGA 2PYLA 4KB0A 1ZBUA 2FBYA 1DLOA 2ZE2A 4FJGA 4CJKA 1BGXT 3WNEA 2IS3A 4FJIA 1VSDA 3T19A 2IDOA 3AVBA 3O3GA 1GOAA 1RTJA 3HVRA 4Y1DA 5FDLA 1B9FA 1HMVA 4N47A 4CECA 1JLCA 1RBUA 1VSEA 4DTUA 3TAGA 3VQEA 3RR8A 2P5GA 4FXDA 1XHZA 3OYLA 4CFAA 3ZSXA 4CEEA 4CE9A 1X1PA 3AVLA 2X74A 3LZIA 1J9AA 5J2PA 1KRPA 3U6FA 3UIQA 4CHYA 3OS2A 1Q8IA 3AVCA 2Y1JA 1SL1A 1SKSA 4BWJA 4MQ3A 1RTHA 3L2QA 5KTQA 3AVJA 3CFPA 3IS9A 4CJEA 2KTQA 2HHUA 3AVHA 3NH2A 3SZ2A 3M8QA 1LV5A 1TKDA 3AVMA 4DTXA 3ZSYA 3OYGA 2OPRA 4YNQA 1WLJA 3AVNA 1QHTA 2LSNA 4EP4A 1S1WA 2Q3SA 4QCLA 2VG6A 3KJVA 4E7IA 1GOCA 3SV4A 2XY6A 1ZYQA 4W5OA 4FZXC 5D3GA 4ZHRA 4OPKA 4DU1A 3SUOA 3EZ5A 1LWFA 3V4IA 4FLYA 3ZSWA 4Q5VA 3V9WA 4AHVA 1RBTA 1U45A 2G8FA 1HQUA 4J2EA 4JRQA 1WAJA 1CLQA 3PX4A 3DLHA 4F4KA 1I3AA 1YTUA 4K8ZA 4O0IA 1WSGA 2Z1GA 2XY8A 3ULDA 4DF8A 3NF9A 2KFZA 5HRRA 4IDKA 4DFJA 3HP9A 2DFHA 3HPHA 3AO4A 1BI4A 2HNZA 4CEAA 4F8RA 1IKVA 4AHTA 4CEFA 1LW2A 3HJFA 2Z1JA 3CG7A 3K5NA 4CHNA 3I0RA 2RF2A 4F3TA 2FC0A 2YNFA 1LAVA 3VQDA 3I8DA 3CQ8A 4WE1A 4E7JA 4E0DA 1X9WA 1RBVA 2X6SA 3KK2A 3NDKA 3QLHA 4DF4A 4KFBA 4JLHA 1N6QA 3PX0A 4AHUA 3M8SA 3O4NA 4I9QA 4FLVA 3C95A 3NH1A 1WNSA 4Z4HA 4RW9A 1TGOA 1HNVA 1C0MA 1WSHA 4PQUA 3WNHA 4CEZA 1LAWA 3VQCA 1WN7A 2ETJA 4RW6A 1CXUA 3QEVA 2OZMA 1S1UA 4CGFA 1W9HA 1NOYA 3B6PA 1QSLA 5KI6A 3TARA 1EETA 3KLFA 4DSLA 1ZBFA 4EP5A 3HT3A 1K6YA 1B92A 4RW4A 3K59A 1RNHA 1YT3A 4FM2A 1IG9A 1ASWA 1NKEA 4KKOA 1Q9XA 3K5OA 4KHWA 3MEEA 4KHSA 4ICLA 3AVKA 5KGXA 1U47A 1KFDA 2BDPA 1IKWA 1RT6A 1X9SA 2VG7A 3V6DA 3QEWA 4KHQA 4FJ5A 1BIZA 4CF1A 3OYEA 1W0HA 1RDDA 2RPIA 3F9KA 4XIUA 3PV8A 3RMDA 2IOCA 4OGCA 1BHLA 3KK1A 3NHGA 5DK5A 4PA1A 4DQPA 1KSPA 5KGWA 4Z4FA 3KD5E 2F96A 1HYSA 3SQ1A 4CIFA 3EYZA 2OPQA 1HNIA 3VQ8A 4CJSA 3OYNA 4AHRA 5J2QA 3DMJA 4KRFA 4CESA 1FXXA 3SI6A 1Q9YA 5C25A 1BL3A 2EX3A 2B6AA 3M8RA 4DSFA 1C6VA 1HYVA 3E01A 5KRSA 4LY7A 2Z1HA 2KFNA 1MU2A 1J5OA 1TL1A 1RT7A 1Z25A 1JLFA 4LH5A 4DU4A 2XY7A 3SCXA 4CJWA 3OJSA 4E7LA 1L3TA 1A5WA 1I39A 4CHOA 4OPJA 3TWHA 3IG1A 1TV6A 1T05A 4IKFA 4ELTA 3ZSZA 4CJ5A 4IG3A 3KK3A 1EXQA 4ID5A 1VSFA 1JLEA 3CM6A 3NGIA 4DQQA 4CJPA 2E4LA 2D0AA 1RBSA 3AO3A 3DRRA 4HUEA 2PYJA 3ZCMA 3AVGA 4M3RA 4E7KA 3SJJA 4KHUA 4PWDA 2XRIA 3L2WA 4F3OA 1NJXA 1WSEA 3SV3A 4GMJB 4B9LA 2D5RA 4F2RA 4M3TA 4FK2A 4KTQA 4H4OA 1EKEA 1KTQA 1RT1A 2IC3A 3BGRA 1NOZA 3VQPA 3KKRA 1XC9A 4AHSA 4FJ9A 1NK0A 4CHQA 4W5TA 3SUQA 3VQ7A 1JLGA 3U3YA 2HNDA 3VQAA 1NKBA 1S1VA 4DSJA 2YV0X 4FZYA 2GBZA 3HXMA 1NK9A 4B9SA 1L3SA 4M3WA 4DQIA 3L3VA 3V81A 4FLXA 5EU7A 2WOMA 3NAEA 1HRHA 2A1SA 1ITGA 4CGHA 5KRTA 2BANA 3K5LA 4J2AA 1LWCA 4O44A 4C8NA 2W42A 4YFUA 3SUPA 1CXQA 4J2DA 4TSXA 1A5VA 1SL0A 3H08A 4B9UA 1JLQA 1F21A 3KKSA 2HNYA 4AHCA 4E89A 1JXEA 1DTQA 1XHXA 3LAKA 5CYQA 1RBRA 3WNGA 3D45A 3ZSOA 1KVAA 1S9EA 4CJ3A 3LPTA 4MFBA 3AO2A 4NYFA 1R0AA 3MAQA 2OPSA 1T8EA 4CK3A 2VG5A 1N5YA 1S5JA 3DRPA 3LP2A 3V9ZA 4CJRA 5J1EA 1SL2A 4KPYA 2QKBA 1YVUA 5I42A 2E6MA 4G1QA 4PY5A 3THVA 1BISA 2G8KA 4FJXA 1C0UA 2JGUA 3C6TA 1RDAA 4R5PA 4DFKA 3LPUA 1C1AA 3VQ5A 4CGGA 2HB5A 1RTDA 4BWMA 3ZSVA 4JS5A 1BIUA 2E6LA 4N5SA 3QEXA 3DOKA 1ASVA 3DLRA 3NF6A 1BCMA 5HRSA 4O0JA 3PO5A 3S3OA 3NF7A 2NUBA 1NJZA 4FJLA 3LP3A 2HHWA 3IRXA 1CZ9A 4B8CA 1KVCA 4B9VA 3AA2A 4CJQA 4N76A 1C1CA 2FBVA 4CK2A 3QEIA 2OZSA 3I0SA 2FBXA 4CEOA 5HRPA 4F2SA 2RKIA 3B6OA 4FJHA 4CIGA 3P83D 4FK0A 4OJRA 4JS4A 3BDPA 3OS0A 4FYDA 2FBTA 2HHTA 3NBPA 1IO2A 2YNIA 3VQQA 3OYDA 1SKWA 5CZ1A 4CGDA 3CFRA 3EY1A 2O4GA 5DMRA 3TAFA 3VQBA 2JLEA 4FLTA 4FK4A 5JS1A 4KO0A 2HVHA 4ID1A 2VWJA 1TK0A 4IFYA 4DMNA 4FJ7A 3QETA 4Z4CA 4FM1A 1U4BA 2KZMA 2OPPA 3MXIA 3ZT2A 4NCAA 4FLWA 3QO9A 5K14A 1BQMA 1J53A 1JKHA 2KW4A 3C94A 3JYTA 3LDSA 4KTZA 1QQCA 1RT3A 4CF0A 1BQNA 3DYAA 3KIOA 3QNOA 4CF9A 3V9XA 1ZBLA 1U48A 1KFSA 3MEDA 4B9TA 2HHQA 3S9HA 1KCFA 3ISNC 3HSTB 4FVMA 3PY8A 4CEDA 3HVTA 1TAUA 3RMCA 1XWLA 3NGYA 4CEBA 1S6QA 5J2NA 4OKEA 3O4QA 1REVA 3PX6A 4I2PA 2OA8A 2QK9A 2GV9A 1UOCA 3K58A 3LZJA 4DSEA 4B9MA 3MXMA 2DFFA 1XI1A 1WAFA 3ZSQA 3QNNA 2HMIA 2G8UA 1NJYA 4N56A 3RR7A 3RMAA 4E1NA 4OLBA 5FRNA 3ASMA 2BE2A 1JXBA 2P51A 4OKKA 4CJ4A 2DTUA 4KI6A 2ATQA 4CHPA 1TKTA 1L3UA 3LWLA 2P5OA 3CYMA 4HCCA 2F8SA 1UAXA 4IBNA 3NCIA 3KLIA 1D8YA 3OYKA 4CK1A 3TABA 4FZZA 3OYAA 3L2UA 1TK5A 1QTMA 3QIPA 4GVMA 4O55A 4DFPA 3OYMA 2YKNA 4DTPA 5FRMA 1NJWA 3V9UA 5SWMA 2XO7A 4FJ8A 3RRHA 5J2MA 1NKCA 3HL8A 1TAQA 1C1BA 4FLUA 1T03A 4FLZA 1RCHA 4RW8A 3TI0A 4K8XA 1JL2A 4M41A 1L5UA 4LSNA 3MXJA 3SQ0A 4O4GA 1HYZA 4JRPA 4Z0UA 2EHGA 3VQ4A 4CEQA 4M45A 1HQEA 4EZ6A 2KQ2A 4Z4GA 1J54A 4W5RA 1RDCA 4KHNA 2B5JA 3KLHA 4DTSA 2Y1IA 1VSLA 2YNHA 4I7FA 5SZTA 3OYCA 4DTJA 1Z26A 4DTRA 3QERA 5HP1A 3VA3A 1S1XA 2QXFA 2I5JA 1WSFA 4CFCA 3O3HA 1SKRA 3AO5A 4EZ9A 4FJNA 4N41A 3V1RA 3DLBA 1RT5A 3MECA 3RTVA 1WSJA 3LWMA 3G0ZA 3NF8A 3QESA 1VRUA 3AVAA 3ZT3A 5HRNA 1NK7A 5CYMA 2HHXA 2P1JA 3AA5X 2HHSA 3V9SA 1YTAA 1KLNA 3SPYA 4E3SA 2IAJA 3VQ9A 1X9MA 4Z4EA 3M8PA 4CF2A 3JSMA 4DU3A 4CIEA 1D9FA 5CZ2A 4HUGA 1JLBA 4FM0A 3VA0A 4QAGA 4CF8A 3OYFA 3DOLA 2HVIA 1U04A 4CGIA 3T3FA 3FFIA 2X6NA 4BE2A 2XY5A 3HK2A 2WONA 4DG1A 4I9LA 1L3VA 1D5AA 4FW2A 4CJVA 1C0TA 3HP6A 4KREA 3AVFA 1BCOA 4BE0A 2B4JA 3QINA 4KHYA 4C8LA 4KV8A 3DLEA 3OYBA 1KLMA 1VSKA 1UWBA 4DQRA 3KTQA 3S3NA 4Y1CA 2HHVA 4IG0A 5C24A 1NK5A 4DSIA 2F8TA 1RDBA 1BI4B 1DTTA 3ZSRA 3KLEA 4PUOA 3OVNA 4CERA 4FW1A 3G10A 2YHBA 3V1QA 4LSLA 4BDPA 4RG8A 3ITHA 3ZT0A 3QEPA 4ELUA 4CJLA 3NGZA 1KVBA 1QSYA 4FJKA 1GOBA 3AV9A 1NK6A 1RTIA 1SV5A 3CM5A 1VSMA 1WSIA 1TK8A 4LH4A 2G8VA 4CJUA 4W5QA 1CZBA 3DRSA 3SNNA 3TANA 5JS2A 1VSJA 4DLEA 1G15A 3ZT4A 5CY4A 4HVJA 5E41A 4IFVA 3SQ2A 4HCBA 1T7PA 1RILA 1VSIA 1ZBIA 4E19A 2G8IA 1NK4A 1TKZA 1TVRA 1VSHA 2XHBA 4L8RB 3DI6A 4HTUA 3T1AA 1S1TA 3ZT1A 4CGJA 3SPZA 5HLFA 4DSKA 4W5NA 2GUIA 4M3UA 2AJQA 3K57A 2ITGA 1IKXA 4AH9A 5T7BA 4KI4A 3VN5A 4C8KA 4UQGA 4J2BA 3P5JA 1S6PA 1QSSA 2ZQBA 3HPOA 1UA0A 3S3MA 2G8HA 2VWKA 3TAMA 4B08A 3K5MA 4OKJA 4DFMA 4HHTA 1TKXA 4FCYA 1JLAA 3TR8A 4H8KA 2HW3A 3TAEA 4DWIA 1D9DA 4O5BA 5C42A 1QE1A 4AILC 4B8AB 3HYFA 4FJMA 1HPZA 4HUFA 3SYZA 1ZBHA 1VRTA 4DS4A 3RRGA 4M42A 5HBMA 5FROA 3O3FA 4DLGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJJA 3K2PA 3OJUA 3HPGA 5AQHA 4JKGA 4LD0A 3U9ZA 3AAQA 1ASUA 1LWEA 2D0CA 4C8OA 1IH7A 4CFDA 2OTLN 1E3MA 1TYQB 1QS4A 3PIPL 3PUFA 4XEIA 2KZZA 4CHZA 4BACA 1QZ5A 1YITN 1B9DA 1O1WA 3NFAA 4QOZB 5MLCQ 1U49A 4E1MA 4M3ZA 1QVFM 4C8MA 3OYIA 5AQXA 4A5BA 4CJFA 3RWUA 3VETA 4H4MA 4I2QA 3BY5A 3L2RA 3LP1A 2PZSA 4NCBA 2P9SA 3AARA 3FZHA 5HOOA 1SZ2A 2G8WA 2YHAA 1YF5L 3OYJA 3O9RA 2A3ZA 3LALA 4BGBA 2QWPA 1JL1A 3IAYA 3CIPA 4BR5A 4OPHA 4CFBA 5EVZA 2A1RA 4KB0A 1HKGA 2BUPA 4BC4A 4A59A 4B1UB 3AVBA 3O3GA 4LC9B 1YXQA 5FDLA 1Q18A 4CECA 5BRFA 4CFAA 4CEEA 4GNIA 1ESVA 3EO3A 3AY9A 1TUUA 5J2PA 1KRPA 3UIQA 3Q7CA 1SL1A 4K25A 1SKSA 4GY2B 4MQ3A 3CFPA 3AVJA 5GAHP 2F4VK 4CZMA 4JKCA 3OYGA 4EP4A 1QHTA 2A6AA 5JLFA 3P31A 4WFAL 3SUOA 3EZ5A 1LWFA 1HNWK 2HBMA 3LDOA 4Q5VA 1U45A 2G8FA 3DLHA 4JV5K 5LJWA 3O80A 3R6MA 1WSGA 4DF8A 5HRRA 4IDKA 1OH7A 4CHNA 3R3LA 4NXNK 2YNFA 4JKBA 4E0DA 3LM9A 3KK2A 2ITMA 1IBKK 2D0OA 2NRXA 3M8SA 3C95A 4CBWA 4Z4HA 1HNVA 3A5MC 1LAWA 3VEXA 1WN7A 1N34K 1CXUA 2OZMA 4JI2K 3B6PA 5KI6A 4B3SK 1B92A 4FM2A 1YT3A 1IG9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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