The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F4V K; 4V19 S; 4LF6 K; 4DR4 K; 4DV1 K; 5LMN K; 4JI3 K; 5IT9 O; 4YY3 K; 4X64 K; 4CW7 B; 4GKK K; 2HHH K; 1HNW K; 4JI7 K; 3JAM O; 4DUY K; 1IBL K; 3T1H K; 4DR1 K; 4JI2 K; 4AQY K; 1HNX K; 4JYA K; 4K0K K; 3T1Y K; 2VQF K; 4OX9 K; 5BR8 K; 4B3R K; 5IWA K; 4DV6 K; 5FLX O; 4X62 K; 4LF7 K; 4CVN E; 4LF5 K; 1XNQ K; 1XNR K; 4LF8 K; 4DR6 K; 4DR3 K; 4NXN K; 4X66 K; 3OTO K; 4LFA K; 4JI5 K; 4B3M K; 2UXD K; 2VQE K; 4JI0 K; 1HNZ K; 4KHP K; 4B3T K; 4DR7 K; 4LFC K; 4JI1 K; 4JI6 K; 1J5E K; 1IBM K; 1N33 K; 4GKJ K; 4DV2 K; 4DV4 K; 5AJ3 K; 4B3S K; 4DV7 K; 4DR2 K; 1HR0 K; 3J81 O; 1XMO K; 4NXM K; 2UU9 K; 2E5L K; 4X65 K; 2UXB K; 5A2Q O; 4DV3 K; 2UUA K; 2UUB K; 4JI8 K; 4LFB K; 1FJG K; 4LF9 K; 2ZM6 K; 4DV5 K; 1XMQ K; 4YHH K; 5LL6 Z; 2UXC K; 4DV0 K; 3J7A P; 3J7Y P; 1N34 K; 1N36 K; 1IBK K; 3J80 O; 1I94 K; 4JV5 K; 1N32 K; 4LF4 K; 5LMU K; 2UUC K; 4JI4 K; 4DR5 K; 4DUZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PBD A; 1VQP N; 4F4K A; 4EAH D; 3VQ9 A; 4PL7 A; 4DR4 K; 3MED A; 4OPA A; 5SWM A; 4CJ3 A; 3VMF B; 2ZD1 A; 2FF3 B; 4OJR A; 3M8R A; 4IOA L; 4M41 A; 3OA9 A; 4PA1 A; 1ATR A; 2OTJ N; 3JAM O; 2HHT A; 1LW2 A; 4CZJ A; 3KK3 A; 3M1F A; 1HLU A; 4JYA K; 2E20 A; 4JKH A; 5EXW A; 1UAX A; 5AQX A; 4FJN A; 3VQ6 A; 5FLX O; 2P1J A; 1U49 A; 1WUA A; 3H46 O; 3D2F A; 2V7Y A; 3SCX A; 3EKS A; 4KHQ A; 5HOO A; 4HTU A; 1QSL A; 1WOQ A; 4OKK A; 3O4W A; 5AQM A; 4CK2 A; 4BAC A; 4EZ9 A; 1B92 A; 3EZ5 A; 1JCE A; 3C0B A; 3BY5 A; 2Q0U A; 2Q0R A; 5KGX A; 1YJ9 N; 4CIE A; 1TKX A; 4RW4 A; 2P9K A; 5FRM A; 3L3U A; 4EIA A; 4IOX A; 3I0R A; 4CBU A; 4W5R A; 1RT6 A; 1DTT A; 4DSF A; 2CGL A; 3WQU A; 3SAG A; 5JLF A; 1YTU A; 3PO4 A; 4RG8 A; 3TTD A; 1WAF A; 2QEX N; 4I2Q A; 3AVG A; 1JXB A; 2JWL A; 5I42 A; 1U48 A; 4CGI A; 3NCI A; 2YHX A; 1LW0 A; 3B8A X; 1WSH A; 4U7B A; 3T1A A; 5AQI A; 3G25 A; 4FW2 A; 4FWN A; 1VQK N; 2QK9 A; 2NRW A; 2ASO A; 2DTU A; 4DTM A; 1EX4 A; 4FJ5 A; 1B9D A; 2O8C A; 2KTQ A; 1TKZ A; 3WEE B; 3IMX A; 3DXM A; 1KTQ A; 5CR4 A; 1IBK K; 4AHT A; 3NH0 A; 4BRO A; 4FJM A; 3K5N A; 1VQ9 N; 3QB0 A; 4DLE A; 5ELZ A; 4CD1 A; 3V6D A; 4JK9 A; 2G8I A; 3PIP L; 4LH5 A; 4JLH A; 3PIO L; 1LWC A; 3WUH A; 4Q0B A; 3CFR A; 3A5M C; 4CJQ A; 3SZ2 A; 5BR9 A; 2IIR A; 1R59 O; 1HMV A; 1IG8 A; 2QTD A; 1P90 A; 5DM6 L; 3T1H K; 3HPG A; 1CZA N; 1TK0 A; 2D4W A; 4AHV A; 3IKM A; 1HNX K; 1ASU A; 3DLB A; 3HVT A; 1OH5 A; 3DLK A; 3QBX A; 2J4R A; 4C8K A; 3R6M A; 2JGU A; 3ZCM A; 4DTN A; 2QI2 A; 3H1V X; 2OAN A; 3QNN A; 4CHQ A; 1TK5 A; 1KAZ A; 1NJI O; 1BA1 A; 4KAZ A; 1OH6 A; 1KVA A; 5EY4 A; 2Z1I A; 4JAX A; 3ENB A; 3O8M A; 3SV3 A; 1SAZ A; 3G6E N; 2W41 A; 1EP4 A; 1VSE A; 2B5J A; 2GTD A; 4FO0 A; 4B3T K; 4JI6 K; 3VGM A; 2CH6 A; 3VTH A; 3UE5 A; 1BG3 A; 4JRQ A; 2WBN A; 1BI4 B; 3HP6 A; 4KFB A; 2NNW A; 3DOK A; 4B1X B; 1S1W A; 1SQK A; 3LPT A; 4U67 L; 4RW8 A; 4JKE A; 1NK6 A; 1NWK A; 1T6D A; 4BDP A; 3FZK A; 1TVR A; 3SBG A; 4WQ5 A; 3ZSV A; 4FZY A; 4JD2 A; 3BF1 A; 2CGJ A; 4JI8 K; 3M8S A; 3W3D A; 4ILH A; 3AVF A; 4YOT A; 4DV5 K; 2BDP A; 2P9S B; 1S9E A; 3KKS A; 1K73 O; 3AO1 A; 3OYB A; 5J2Q A; 4H4O A; 1YJW N; 1SL0 A; 3RMB A; 4F2R A; 4AHC A; 2OZS A; 1U45 A; 3TAF A; 4FWM A; 3ZYY X; 2FBY A; 3NF9 A; 4A5A A; 3AA3 A; 3SUN A; 2Q97 A; 4FWR A; 1QVG M; 2DFH A; 4GMJ B; 3B6O A; 3F73 A; 3I0S A; 5F2R A; 5LMN K; 3NHG A; 3PX0 A; 2FBX A; 2A6A A; 2QWM A; 3KLI A; 2PAV A; 2UYT A; 4IO8 A; 5KPT A; 3CJ9 A; 3NFA A; 4IG0 A; 2QW9 A; 3QIC A; 1RDA A; 1RT5 A; 3H3O B; 2VGM A; 2QXL A; 3G0Z A; 4DFP A; 5F1X A; 2EWS A; 4OGE A; 1Z6R A; 3HSC A; 3DXK A; 4KI6 A; 4HUE A; 4PUO A; 4CK3 A; 1TKD A; 4DR3 K; 1O13 A; 3E1Y A; 1VSJ A; 1WSJ A; 3CJ7 A; 5EVZ A; 2HOE A; 1CXU A; 3CC7 N; 3GDQ A; 4ILG B; 4K42 A; 3NF7 A; 1C1A A; 4BRH A; 4FPB A; 3O9T A; 4ZTF A; 1K6Y A; 3D7E O; 3VQ4 A; 1EKE A; 4CGH A; 4KHS A; 2P9I A; 1N33 K; 1BA0 A; 4JKG A; 4H0T B; 4F2S A; 4J2B A; 2KKZ A; 4CEF A; 1HQU A; 3HJF A; 1D4X A; 4BDY A; 3S3M A; 5CZ2 A; 2G8U A; 4Z4H A; 1BHL A; 4CJ5 A; 4DR2 K; 3SJH A; 3WXL A; 4CEZ A; 2Y1J A; 4GW6 A; 1KLN A; 2VWK A; 4X65 K; 4DQS A; 3NMU A; 1RTI A; 5AQZ A; 1U2V B; 4B8A B; 2Q2R A; 1QQN A; 3Q7C A; 1IV0 A; 3O1B A; 3CXC M; 1C0M A; 2ZM6 K; 4DTU A; 4C8L A; 2V52 B; 4M3W A; 1L5U A; 1ZBH A; 1VSL A; 2HBL A; 3KJV A; 5J2N A; 1GOA A; 3CCE N; 3L8B A; 2X74 A; 3IRX A; 4I6M A; 1ATN A; 3K57 A; 3QEV A; 1EET A; 3SUP A; 3PX6 A; 3ZSZ A; 1TAQ A; 4GY2 B; 5C10 A; 3A2F A; 4BE0 A; 5JS1 A; 4DKW A; 3L2U A; 2YHB A; 3SYZ A; 4CZH A; 3THX A; 1GLE G; 3V9Z A; 2NLX A; 5BPL A; 4NCA A; 3MDQ A; 2Q3S A; 3C6T A; 4OLA A; 3O9S A; 2ZJR L; 4YY3 K; 4X64 K; 1GLB G; 2XHB A; 4DSJ A; 3SI6 A; 4MDA A; 4OVL A; 3CCM N; 3BF3 A; 3BZK A; 1G99 A; 3NGZ A; 2P9U A; 2YNI A; 5I3U A; 3CC4 N; 5KQ8 A; 4IDH A; 5HRP A; 1BIZ A; 4DR1 K; 1C6V A; 3N4Q A; 2EHG A; 4FJL A; 4AQY K; 1J9A A; 4FLX A; 4ICL A; 3RSE A; 3SAF A; 4O5F A; 3MX5 A; 4DFK A; 3QEP A; 5HL7 L; 4JK8 A; 4B1Y B; 4KV8 A; 4YOW A; 3PLA A; 2KZM A; 4CHN A; 5AQU A; 2HBM A; 3ZEU A; 3VQC A; 3NDK A; 3N4P A; 4CK1 A; 3KD1 E; 1T7P A; 3WXI A; 4B3O A; 4LSN A; 1KCF A; 3QEW A; 3OS0 A; 3ZX3 A; 2G8F A; 1KD1 O; 1NMN A; 4E1J A; 1TUU A; 3NH1 A; 4HCC A; 4JS5 A; 3ZSY A; 3H3N O; 4DQ8 A; 4FM1 A; 4C8M A; 1YIT N; 3NVM A; 3EY1 A; 4O44 A; 4BRA A; 3OYG A; 2O8F A; 4CGD A; 1CXQ A; 4DV7 K; 3SPZ A; 3LDN A; 4NXM K; 5GIO A; 4FLU A; 3VA3 A; 3OS1 A; 3M3Z A; 2FSN A; 4B9S A; 5AQR A; 3SNN A; 4FLV A; 1NKE A; 5CE3 A; 4I2P A; 3PX4 A; 3PSF A; 3MN9 A; 1V4T A; 5DM7 L; 1RFQ A; 1S3X A; 2FSK A; 4A5B A; 3J7A P; 3DRP A; 4CZI A; 4DMN A; 1N36 K; 4B9N A; 3HI0 A; 4WF9 L; 3VQQ A; 3CPW M; 3FR0 A; 4C8N A; 4R79 A; 1I94 K; 1N32 K; 3WQT A; 4JKF A; 4A61 A; 2F9W A; 4BC5 A; 1NKC A; 3O3G A; 2QWN A; 3LP0 A; 4IFE A; 1L3S A; 2P51 A; 2YJF A; 1TL1 A; 4IOC L; 2OPQ A; 2WON A; 1U04 A; 2HBJ A; 3CCS N; 3C95 A; 4IWV A; 4CZE A; 3LDO A; 4ZTJ A; 3VN5 A; 3K58 A; 2G8K A; 1LOT B; 3AVH A; 1WSE A; 3VEV A; 4A2A A; 1RBV A; 3R3L A; 4DV6 K; 2ASM A; 4JN4 A; 5C2D A; 4J2A A; 3BDP A; 4B9L A; 1SKW A; 1NGI A; 1JLF A; 4PL8 A; 1BCM A; 5BRD A; 1VAZ A; 1LWF A; 4GVM A; 1QQC A; 1IJJ A; 4ELT A; 5AQJ A; 3O6W A; 2UXD K; 3U3G A; 3U8X A; 2W40 A; 2VQE K; 3V1R A; 5LJV A; 1ESV A; 4JNE A; 3KWG A; 4LFC K; 3D2F B; 1WSF A; 2JWK A; 1XWL A; 2QWQ A; 3ASM A; 4CEE A; 3G4S N; 4CF9 A; 4WFB L; 3K2P A; 1JXE A; 2VG6 A; 1YF5 L; 2P9K B; 3ATV A; 2ITM A; 4KRE A; 1I3A A; 3IUC A; 3MEG A; 2GX9 A; 4DV3 K; 2HHU A; 2UUB K; 3HTV A; 3O1W A; 4CD3 A; 2KLA A; 1Z26 A; 4O0I A; 3AVC A; 3AVI A; 1EWQ A; 1FXX A; 3M6G A; 5KPR A; 2NRT A; 3F9K A; 3EL2 A; 3KK2 A; 1WBD A; 1NGF A; 4M3X A; 4HUF A; 2HF3 A; 1SL2 A; 4XH1 A; 3T19 A; 2F9T A; 2A40 A; 3AVM A; 3QFP A; 3U3Y A; 4FJ9 A; 3CME N; 5GIP A; 4CBW A; 5CYM A; 4KB1 A; 3EZW A; 3K5L A; 3DLE A; 1NJY A; 3R1X A; 1M1K O; 1FK9 A; 3AVB A; 3FZF A; 4B8C A; 1Q9X A; 5J1E A; 2O8C B; 4DTX A; 1DKG D; 3DXM B; 4HTL A; 4CF1 A; 1NJW A; 2QWO A; 3ENH A; 3KHY A; 3RWU A; 4IO9 L; 2O8B A; 4JI7 K; 4OKJ A; 4AIL C; 1N8R O; 3RRG A; 1D5A A; 2BGG A; 3UIQ A; 1VSH A; 1RTJ A; 2G8V A; 1GLC G; 4RTF D; 4B1W B; 1E4F T; 3DLL L; 3I8D A; 1VSD A; 1DLO A; 3SBT A; 4H5V A; 3CFP A; 5AQQ A; 5C0Y A; 3VGL A; 3RMC A; 5B8H A; 2P5O A; 1J6Z A; 4C23 A; 3I33 A; 1DT9 A; 4NXN K; 3LPU A; 1LWE A; 4AHS A; 4Z4I A; 3K0S A; 3J7Z O; 4KTQ A; 3LAK A; 1TV6 A; 4DTP A; 2YKM A; 4HUG A; 1HNI A; 4E19 A; 1D8Y A; 2OZM A; 1IBM K; 1HX1 A; 4KHU A; 3DLH A; 3HM8 A; 1U6Z A; 4K8X A; 3T69 A; 2GEM A; 3TTC A; 5KPZ A; 4OGC A; 2CGK A; 4BE1 A; 3UKU A; 3GL1 A; 3B6P A; 5ADX H; 1HR0 K; 3LAN A; 3A0I X; 4FWL A; 3P1G A; 4AM7 A; 3W0L A; 3VES A; 2HB5 A; 5HBM A; 2OPR A; 4B1U B; 4DSL A; 4CF8 A; 1BQM A; 1RBR A; 3P4I A; 2FC0 A; 2VG7 A; 2HMI A; 1XMQ K; 3TPQ A; 1NGA A; 3OYL A; 3ZT4 A; 3GOI A; 1T6C A; 1ZBL A; 3CJC A; 2UXC K; 3AAQ A; 3SUQ A; 4M63 C; 4JD2 B; 1VQ8 N; 2PY5 A; 3CMA N; 4CEC A; 5AQN A; 1HKG A; 4RW6 A; 4FLT A; 4OPK A; 3CHW A; 4PKI A; 3S3O A; 4CZK A; 3CPE A; 2QWR A; 2ZQB A; 4Y0W A; 3TSU A; 1YI2 N; 4FLW A; 2ZGZ A; 1NOZ A; 4UQG A; 4DQQ A; 4LF6 K; 1BDG A; 1E3M A; 4MLE A; 1Y64 A; 4IZ9 A; 1LV5 A; 2ZE2 A; 1VRT A; 1GOB A; 5TKW A; 4E1N A; 3HL8 A; 3PV8 A; 5JIC A; 4CGJ A; 3HVR A; 3SLC A; 4CF2 A; 3DYA A; 1BIS A; 2VQF K; 2D5R A; 5IWA K; 1GLA G; 2OYQ A; 1WLJ A; 3AVK A; 1M90 O; 4B1V A; 3LP3 A; 1HPM A; 3HP9 A; 4GNI A; 2X6S A; 2P9L A; 3OJS A; 1VSK A; 4Z4F A; 1XNR K; 4LF8 K; 4KHN A; 5FPM A; 2D0O A; 1SUQ A; 4BRM A; 4EP5 A; 1SZ2 A; 4HWI A; 4EFH A; 3WNH A; 4Z0U A; 3QET A; 3JXU A; 4ZHR A; 3LWM A; 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3LM2 A; 4XIU A; 2HF4 A; 3VEX A; 3T1Y K; 4OX9 K; 5M1P A; 2Z1J A; 4XH4 A; 3UB5 A; 4G1Q A; 3CET A; 4LF5 K; 2H3G X; 4FSV A; 5LJW A; 1QSY A; 5KGW A; 3DI6 A; 3VQ5 A; 5E41 A; 4OKE A; 1NJX A; 3WNF A; 4B3M K; 4EZ6 A; 3RSE B; 4H0O A; 2KQ2 A; 3IDH A; 2BH1 A; 3NGY A; 3DWL A; 2G8W A; 4KHP K; 4AM6 A; 4CJT A; 4JI1 K; 1C0T A; 3AV9 A; 3ZEU B; 3VOV A; 4GKJ K; 4DTS A; 4O8K A; 2NZT A; 1VQ7 N; 1QHA A; 5AQS A; 1YXQ A; 5AQY A; 3VQD A; 1KFD A; 2V51 B; 5EX5 A; 4DCH A; 1S1U A; 1NNE A; 1X9J A; 2WC9 A; 4BE2 A; 3S3N A; 3NBP A; 3OYA A; 5KTQ A; 4N47 A; 1JL2 A; 1XQS C; 5A2Q O; 4LFB K; 2O8D A; 4BRP A; 3I56 N; 2YX6 A; 1VQ6 N; 1FJG K; 3VF6 A; 1KQS M; 4ELV A; 5SZT A; 2QKK A; 1U47 A; 4B9U A; 4DFJ A; 1V4S A; 2O8F B; 4FJ8 A; 1BU6 O; 3ITH A; 4CIG A; 1RCH A; 5CHI A; 4AHU A; 3I55 N; 2QA4 N; 2I7N A; 4JHD A; 3KLF A; 2O8E A; 4KO0 A; 4MLH A; 3SQ4 A; 3L3V A; 2PYJ A; 4DSI A; 3FLC O; 1ZBF A; 5LMU K; 3LDS A; 2D0B A; 3KZB A; 2QM1 A; 4CFA A; 3HOT A; 4CF0 A; 1YHQ N; 1S1V A; 4W5N A; 4E7K A; 2XY8 A; 4BDZ A; 1C1C A; 4FJX A; 1NGC A; 3KK1 A; 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