3VENA

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
571
structure length
571
Chain Sequence
HMRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERLTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTSFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTKDLRH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
molecule tags Transferase
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
total genus 201
structure length 571
sequence length 571
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3venA01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3venA02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3venA03
2GTDA 1BG3A 1GLEG 3O80A 3H45C 2OANA 4BRDA 2Q1NA 1CZAN 1P8ZA 3IUCA 5KQDA 5EY4A 2P9LB 1YVNA 1S3XA 2FSNA 3UKUA 4FPBA 5AQWA 4EAHD 2ZGYA 3FE1A 5JLFA 2W40A 3VGLA 1GLDG 4XEIA 4H0VB 4CZJA 4AM6A 1BDGA 1KAYA 5ADXA 4Y0WA 5AQJA 3VEYA 2CH6A 5AQZA 3ZX3A 1NGEA 1HX1A 4CJ7A 3O1WA 3VEXA 5FPDA 3GBTA 3GE1A 3FFKB 3VERA 3DJCA 4CD1A 1GLJO 1NGDA 4BR9A 5BREA 4PL7A 2V51B 3EN9A 4FWRA 1Q18A 1S22A 2FSJA 1JCFA 5AQTA 1HLUA 1YUWA 3HM8A 1BA1A 1BUPA 1XUPO 1HKBA 1NGGA 1T6DA 3WEEB 1C0GA 2FXUA 2D0OA 3VENA 4B1VA 1ZC6A 2Q0RA 5AZJA 3O08A 4H5RA 4BC3A 4QS8A 3MCPA 3CI5A 1TYQA 3CIPA 3TSQA 1GLAG 1ZBSA 2EWSA 3VEVA 1NGAA 3ULEB 4CBUA 1U2VB 2I7NA 2ASPA 2CGJA 5AQQA 1E4FT 1SZ2A 3LDNA 4PKIA 5JLHA 3LM9A 3JS6A 1ZXOA 2P9UA 3VOVA 4CZKA 3G25A 3WXIA 3LL3A 3H1VX 4A62A 3ID8A 3SLCA 2Q36A 4B9QA 5BR9A 4I6MA 4JNEA 3UKRB 1NGCA 1RFQA 2Q97A 1TUUA 1JCGA 5KPTA 3QFPA 5BN9A 4NO7A 2UYTA 3FZKA 3H1QA 3U4LA 3ZX2A 4O8KA 3M1FA 4CZIA 3R9PA 4BRFA 5AFUA 1NWKA 4WQ4C 3H6EA 4JD2A 2E1YA 2CGLA 4ISGA 4BR0A 3O4WA 2E20A 2GWJA 2QWRA 4H0YB 4MO5A 2A6AA 5EOYA 4BQZA 2P9SB 1U6ZA 4E1JA 4ISEA 4JHDB 5AZIA 2AP1A 4PKHA 3CJAA 2IVOA 1MDUB 1XC3A 2J4RA 2ITMA 3SK3A 2V52B 2YHYA 5F0XA 3AARA 1T44A 2Q0UA 4BR4A 3QFUA 3VEOA 3VETA 3EKUA 1DKGD 1GLFO 3FLCO 1QHAA 3KHYA 1KAZA 5FPMA 2HF4A 4AM7A 4CD3A 2P9KB 3AAPA 4HTLA 2HMPA 4IWVA 1GLCG 2YJFA 3MN7A 1QQOA 2P9SA 2VCPA 4BRPA 5KPZA 4FL9A 3DXMB 4BRIA 3VF6A 5AQOA 2BTFA 3EL2A 1NMDA 4J8FA 4YDUA 2E2PA 3O1BA 1BO5O 3A5OC 3SJHA 2GUPA 1BU6O 4FSVA 3ULEA 3A0IX 2FLOA 3DAWA 3SMSA 5LJVA 5EVZA 5TKYA 3MN5A 3L4IA 5EXWA 2P9PA 5AZJB 4B1YB 4BRQA 4IZ9A 4H5VA 3ATVA 4BR7A 3GOIA 1YAGA 1ATSA 3TTCA 1TUYA 3MDQA 1YXQA 1RDWX 2QM1A 2W41A 2A3ZA 2E2NA 5AQHA 4XH5A 2A42A 1EQYA 4BRGA 5AQRA 3QBWA 3C7NB 5BRDA 1NGFA 2DPNA 4H03B 3KZBA 1SQKA 3CJ1A 2NLXA 3QICA 5EX5A 3AY9A 3HSCA 3TSPA 1HJOA 2E88A 3U8XA 1U2VA 3EO3A 1R59O 2YJEA 4B1ZA 4CZLA 2ZGZA 1DEJA 5KQ8A 3I8BA 1KXPA 2ZF5O 2A5XA 3UE5A 3D2FA 4CZMA 1Z6RA 3CJBA 4HWIA 3QB0A 3UB5A 3WEEA 3GG4A 2YCHA 2P9LA 3EKSA 2P9NA 2D0PA 5I9EB 4FOIA 5AQSA 1NBWA 4DQ8A 3A5MC 3L0QA 2YHXA 4BRHA 3HI0A 3TPQA 3DXMA 2E2OA 3WQUA 3ENOA 3WXJA 2P9UB 2QXLA 5AQVA 3LDPA 2GWKA 1MWKA 3BP8A 4FWSA 3H3NO 5AQFA 1ATRA 4DB3A 1BA0A 5LJWA 3FZHA 1Y64A 3H3OB 4WQ5A 4BG8A 1J6ZA 3O6WA 2P9PB 3W3DA 2ZWHA 3LDQA 1K8KA 2E8AA 3BF3A 3D2EA 4DCHA 1GLBG 3VPZA 1T6CA 4FWKA 4A61A 1NLVA 1ESVA 4EHTA 1KAXA 4JAXA 2QWLA 3IDHA 3R6MA 4A2BA 4BR2A 3BUZB 2P9KA 5AQKA 3BEXA 5AR0A 4FWMA 2IVNA 2Q31A 5KPRA 2FF6A 1IJJA 3C0BA 3D7EO 2PBDA 4BC5A 2WUSA 4EIAA 4BG9A 2Q2RA 4Z94A 5AQGA 4B1WB 4BGBA 4NB4A 3DXKA 3S41A 2I7PA 3FZMA 3ZX0A 1C0FA 1X9JA 1RGIA 4O5FA 4H5TA 1H1VA 1LOTB 5JICA 3ENHA 4H5WA 3CERA 4RTFD 3LDOA 3TTDA 3VEZA 3M3ZA 2NZTA 3C7NA 4XH1A 5BPMA 3SMPA 1QZ5A 1HKCA 5ADXH 1HKGA 2P9IB 5AQLA 4IJAA 5FPNA 4FWPA 4CZEA 2CH5A 3ZETA 4FWNA 2E2QA 2ASOA 1HPMA 4ISFA 4CBWA 4M7XA 5AQYA 5CE3A 3I33A 3A5LC 5B8HA 4A2AA 2F9WA 3MK6A 3ZEUA 4BRAA 1NGJA 5AQNA 4K25A 1NGHA 4B1UB 5AQXA 4FOEA 3U9ZA 5FPEA 1QQNA 3GL1A 2FF3B 4CZHA 3QMLA 4YDUC 4CBXA 4RCHA 4JN4A 4LC9B 4BRNA 5E84A 3FZFA 1G99A 2KHOA 4EFHA 4CZFA 3TU5A 4QS7A 2QWQA 2QWMA 3VF4A 4IXCA 2IIRA 2V7YA 3CJ7A 4BQLA 3J8AA 4FWLA 4PL8A 3TSUA 4BRMA 3RSEB 2A41A 4KBOA 4H0XB 2ASMA 3DXKB 4RWTA 3MMVA 2QWPA 3ZEUB 4FWOA 1K8KB 3HTVA 5AQMA 3WT0A 3DWLA 2YHWA 3W0LA 2NRHA 3CETA 3VGKA 3O5BA 2GELA 2A40A 5AQPA 4BVPA 2HF3A 4IJNA 3ZETB 3CQYA 3L6QA 1MWMA 2GEMA 3KVGA 4F9OA 3QDKA 4WQ4A 3UKUB 4FWQA 3EZWA 4L3QA 4M63C 4GNIA 1GLLO 4BR5A 3WXLA 3FZLA 4M7YA 4BREA 3CHWA 2YI1A 3CJ9A 2P9IA 4I6MB 3UKRA 2IVPA 3H46O 5BRHA 3R8EA 3P4IA 3D2EB 1X3MA 4H0OA 3WUHA 3CQXA 1Z05A 4JHDA 5AZIB 5F1XA 2H3GX 3IFRA 3ATUA 4H0TB 2E1ZA 3VEWA 2VYPA 4FO0A 1LCUA 1NM1A 2PAVA 1V4SA 4H0PA 4BGAA 3MN9A 5BPLA 1DGKN 1WUAA 3LM2A 2AA4A 4BVOA 2V7ZA 4JD2B 1IG8A 4MLHA 3RSEA 3M6GA 3F9MA 3BF1A 5BPNA 4K42A 2BUPA 3B8AX 3QBXA 5AQUA 3JXUA 4C23A 2F9TA 4WQ5C 2QWNA 4QS9A 4H5NA 4MO4A 3AAQA 3MN6A 3O8MA 1MA9B 1V4TA 4BRKA 4PKGA 1SAZA 2VWBA 5AQIA 2D4WA 3CJCA 1NGIA 4BRLA 3U9DA 4CZGA 3LDLA 3VF2A 4XH4A 3IMXA 5BN8A 4EHUA 3FGUA 2P9NB 2D1KA 5LY3A 4B1XB 1BOTO 4CI6A 1OKJA 3WQTA 2FSKA 3GDQA 1TYQB 4WYBA 5F2RA 5ELZA 1JCEA 1X3NA 5BRFA 4MLEA 3VESA 1XQSC 4BRCA 3A8YA 3HBTA 2QWOA 1QZ6A 4BC4A 5E26A 4BROA 1NGBA 1D4XA 2CGKA 1E4GT 5AFUH 2QW9A 4FPAA 1ATNA 1QQMA 3A5NC 4IO8A 3OHRA 3D2FB 3TTFA 4BC2A 4GY2B 3FR0A 1WOQA 5JMVA 3HZ6A 4DHYA 4K41A 1HUXA 3WXKA 4K43A 3VGMA 1BWFO 3VTHA 2HOEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK0A 4R79A 4C8MA 4DTXA 4BRDA 1CZAN 2O8EB 1BHLA 4CJPA 5EY4A 1WNSA 2HNDA 3UKUA 1N32K 2PYJA 4F3OA 4OGCA 5JLFA 2HHXA 4B3TK 4E1BA 4B3OA 1K6YA 4MDBA 5AQJA 3LZIA 2CH6A 1ZYQA 1HX1A 4CJ7A 2DFHA 3FFKB 4FM0A 1RT4A 4M42A 1RBSA 4FJLA 3T3FA 2V51B 3NGYA 4B8CA 3OA9A 1JCFA 4BWMA 1S72N 4B3RK 3SNNA 2G8KA 1NGGA 1X9SA 4CGJA 1JL1A 3LRJA 5AZJA 3O08A 1SKSA 4H5RA 1CZBA 3KLFA 3NF8A 3P1GA 3RRGA 1GLAG 2JLEA 2DY4A 1NGAA 3ZT3A 4DR6K 4KHPK 3AVAA 3QEWA 2NRTA 4PKIA 2YKNA 5JLHA 1U04A 3DRPA 3VQCA 3JYTA 3LM9A 3JS6A 1VQON 4LFBK 2P9UA 3HXMA 3HM9A 2HBMA 3TI0A 1YI2N 1QTMA 1J53A 3F9KA 4CJ4A 3QNNA 1PVYA 4DTSA 2KKZA 4M45A 2QTDA 2VG5A 3QFPA 4BE2A 4NO7A 2UYTA 1VRTA 3ZSQA 1IH7A 4MQ3A 3ZX2A 3SQ4A 2HHUA 4A57A 4DV0K 2O8BA 4BWJA 2CGLA 5KTQA 1HYZA 3SQ2A 2QWRA 4GW6A 3SQ1A 3PSIA 4BQZA 4WFBL 1UA1A 2AP1A 1FKOA 3CXCM 5K14A 1XC3A 2RKIA 4FJJA 3KK3A 3MCAB 2ITMA 4ILHA 2V52B 5GAEP 1YVUA 3AARA 4DFMA 3SZ2A 2Q0UA 4DSIA 1XMOK 4FYDA 5FLXO 4PQUA 4E1NA 4DQPA 2P9KB 3MN7A 5KPZA 2HHVA 1K4IA 4KI4A 1FXXA 4B9SA 4QCLA 2GUPA 3ULEA 1REVA 3DAWA 2FBYA 5LJVA 5EVZA 1N36K 5AZJB 2P5GA 1R0AA 3RMDA 4BRQA 4IZ9A 2VG7A 1O1WA 4XIUA 4BR7A 1TK8A 4KH5A 2IDOA 1ATSA 3TTCA 3ZSXA 2QEXN 1TAUA 1RDWX 2W41A 1NNEA 2YV0X 3N4QA 4O44A 3SUNA 1S1TA 3C7NB 3M8QA 4HCBA 5C2FA 5BR8K 4H03B 4EP4A 4JLHA 3SBGA 3QICA 3SV4A 1U2VA 2Q3SA 1LWFA 3VQPA 2YJEA 2EX3A 3LZJA 3V9UA 5KQ8A 4M3TA 2ZF5O 3I8DA 3E01A 4CZMA 4J2DA 4HWIA 1KQSM 1VAZA 5EU7A 2OZSA 4DLGA 2OTLN 4O0IA 4NCAA 2P9LA 3OYFA 3L2UA 4FOIA 2HW3A 1S9EA 1M1KO 1BCOA 4DSEA 1UOCA 3HI0A 3TPQA 3WNGA 4DSKA 2WOMA 3WQUA 3DLGA 1SNNA 1C1CA 3OTOK 3NAEA 4DQRA 3N4PA 3CC7N 1N8RO 4FWSA 4LSLA 4JI3K 3FZHA 4WQ5A 1XHXA 1RCHA 1D8YA 3O6WA 4DFKA 2G8WA 2UXDK 2E8AA 3D2EA 2NNWA 3KLEA 3PX6A 1HNVA 2QWLA 1KK9A 3O9TA 5CYQA 4LF6K 2IVNA 1TKZA 2Q31A 4JI5K 3V1QA 3IKMA 3D7EO 4BC5A 2WUSA 1IBKK 3V6DA 3OW2M 4J2BA 5CZ1A 5AQGA 4BGBA 1YT3A 4N5SA 4GV9A 1EWQA 2ZM6K 2I7PA 2O8CB 4O5FA 4DV2K 4M3UA 1NK6A 4YOUA 3AO4A 4KH4A 3ENHA 4YOYA 1NOZA 4RTFD 3TWHA 3QERA 4V19S 2NZTA 4XH1A 1S1VA 3C65A 4CEBA 4CK1A 2D0CA 3OS0A 3C95A 2P9IB 4B3SK 4IJAA 2BE2A 5FPNA 4CZEA 2CH5A 3F73A 1VQMN 4GVEA 3ZSYA 3CCLN 1L3SA 1JCUA 3O9UA 1U49A 5FDLA 3I33A 5B8HA 1TV6A 3G0ZA 3VMFB 3MK6A 4JKAA 3ZEUA 4BRAA 3QEPA 5LMNK 1KVBA 4YOWA 4GKJK 3VQQA 4FFJA 1X1PA 4CBXA 2NRWA 3LPUA 3DI6A 3SAHA 1K9MO 2HHSA 3QLHA 4OJRA 4C8NA 1JL2A 1IV0A 4CZFA 4CJKA 2RE2A 3AA4A 4DTOA 4IEEA 3NDKA 2QWMA 3K5NA 3LP3A 4UY8O 1EKEA 4BQLA 1S6PA 4LFAK 4K0KK 2O8DB 4FJXA 1W9HA 2O8CA 1RBRA 3MMVA 1EETA 4O4GA 3T69A 3EZ5A 1L5UA 4FWOA 5AQMA 4MDAA 3DWLA 4RW6A 2UUBK 4M3RA 1GOAA 3Q7CA 4KAZA 4DWIA 5AQPA 1NOYA 5MLCQ 2G8UA 4IJNA 3ZETB 4E1MA 3CQYA 1FJGK 4YNQA 1MWMA 2FBVA 4WQ4A 5HP1A 4L3QA 1KLMA 1GLLO 3WXLA 4M7YA 4BREA 2ETJA 1Q7YO 3B6PA 1ZBLA 2IVPA 3HP6A 3H46O 1J9AA 2WBNA 3R8EA 3E9OA 1X3MA 4H0OA 4P6DA 1KD1O 5AZIB 3DLEA 2E1ZA 2RF2A 1LCUA 1L3UA 1NM1A 2NRZA 3O9SA 3V81A 5E41A 3MN9A 1WBDA 1Q9YA 1YJNN 1HPZA 4ID5A 4JD2B 2IOCA 3E9PA 3RSEA 5BPNA 3VQBA 4I9LA 3ZSRA 3B8AX 5SZTA 3IG1A 2QWNA 4QS9A 2W42A 1HR0K 1MA9B 4IOXA 2O8EA 1VSHA 1JLGA 1TK5A 4KO0A 4OPJA 4AH9A 3QIOA 1U4BA 4NCGA 3O3GA 3U9DA 4DUZK 2OPQA 2OZMA 1C1BA 2D1KA 1BOTO 1JCEA 3J80O 5BRFA 3OS1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3QIN A;  3AA5 X;  1B92 A;  4CF0 A;  3O5B A;  2NRR A;  3THV A;  1QS4 A;  1RDB A;  2HF3 A;  2YKM A;  4CVN E;  2WON A;  3KVG A;  4F9O A;  4KTW A;  1WAJ A;  3HPH A;  3UKU B;  1KSP A;  3BDP A;  4M63 C;  4BR5 A;  3FZL A;  5DMR A;  3G4S N;  2YI1 A;  4ZTJ A;  5GIN A;  4A5A A;  5BRH A;  1TKX A;  1N33 K;  3D2E B;  5F1X A;  1T7P A;  3ATU A;  3VEW A;  5J1E A;  4CK2 A;  4I14 A;  3AVH A;  3THW A;  4H0P A;  3KK7 A;  3MEE A;  4YHH K;  1BCM A;  1DGK N;  3MK5 A;  3LM2 A;  3J7A P;  2HBK A;  2AA4 A;  4BVO A;  1RTH A;  4HUE A;  3CME N;  1IG8 A;  4MLH A;  3CF5 L;  3R1X A;  3M6G A;  2EQA A;  4RW4 A;  3F9M A;  4FJI A;  4IO9 L;  5AQU A;  4C23 A;  1JLE A;  4H5N A;  4MO4 A;  4PKG A;  1D5A A;  3NE6 A;  3RTV A;  4DTJ A;  1RT1 A;  3MWP A;  3SBT A;  2BGG A;  3PX4 A;  3VF2 A;  3M5R A;  5BN8 A;  4UQG A;  3FGU A;  2P9N B;  3LAK A;  1HRU A;  3VQ8 A;  1TKT A;  3PY8 A;  3DRR A;  1OKJ A;  3WQT A;  1TYQ B;  5M1Q A;  3PX0 A;  2JWK A;  4BRC A;  1XQS C;  4CK3 A;  3LP0 A;  1WAF A;  1QZ6 A;  3QEV A;  1WLJ A;  1NGB A;  2CGK A;  3CMA N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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