5HRRA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125s mutations complexed with gsk0002
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
b'CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNSVKAACWWAGIKQEGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/inhibitor
total genus 52
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrrA00
3DOLA 4BDZA 4Z4HA 1UWBA 1A5VA 4CHQA 1ASVA 3OYAA 1W9HA 3QEIA 2Z1JA 1CXQA 4ICLA 3WNEA 1L3SA 1L3UA 4J2AA 2HHXA 2DTUA 3TI0A 4OLAA 1S1UA 4RW4A 2RPIA 3CFRA 1C0TA 1VRUA 4FM1A 4LH5A 2GBZA 1VSLA 5HRRA 1NKBA 1KRPA 5C24A 1XC9A 3ALYA 1S1WA 1C0UA 2P5GA 4M3RA 1ZBIA 2VWKA 1HYSA 2JGUA 4E89A 2IC3A 2D5RA 1JXEA 1IO2A 3SUPA 2QKBA 3VQEA 3U3GA 1S1VA 3WNGA 4W5TA 3V9SA 2WONA 1ZBLA 3VQPA 4ELTA 4QOZB 4DSJA 1C1AA 1RT3A 4FJJA 1ZBUA 5JS2A 3HP9A 2FBYA 1U48A 3KLHA 2XY6A 1ZYQA 2QKKA 4B3OA 3HK2A 1U49A 3KIOA 3LZJA 1NJWA 4KI6A 1I3AA 2O4GA 3E01A 4CEZA 4DFPA 3DM2A 2F96A 3F9KA 2G8KA 3G0ZA 4FJNA 4KB1A 3OYHA 1TL1A 3O3GA 3NE6A 3F73A 1D8YA 5KI6A 4AHCA 2HNYA 3IS9A 4CJSA 3S3MA 2HHUA 1TKXA 3D45A 4CE9A 4KREA 4CGDA 4IG3A 4O5BA 1IKVA 3O4NA 1TGOA 3MAQA 3OYIA 4CEFA 3QEXA 3RMCA 4KHUA 3NAEA 4M45A 3NH2A 1Z26A 2RF2A 4IG0A 4N47A 3RRGA 4Z4IA 2X6SA 3AO3A 1K6YA 2F8SA 4DSIA 2YNFA 1IKWA 2PY5A 3IAYA 1RT7A 4AH9A 1DLOA 2VG7A 3TWHA 4FJ7A 4KHSA 3NF6A 4I2PA 3TARA 4NYFA 4AHUA 2HNDA 2RKIA 4KO0A 4B9UA 1HYZA 1TKZA 2AJQA 4O0JA 4FLVA 1RDCA 1IKYA 1BIUA 4DMNA 3QESA 1XHZA 3OS0A 1UA1A 3LP1A 3VQ6A 4CCHA 1YT3A 4LH4A 3L2WA 3AA4A 4OLBA 5D3GA 3DRPA 2KW4A 2G8HA 4KTZA 1KLNA 1NKCA 1NJXA 3CFOA 2FBVA 1NOZA 3V9UA 4CHZA 2WOMA 4W5NA 4M3WA 1SV5A 3AVKA 3HPOA 4DLGA 2HVHA 4DWIA 2QK9A 2X74A 1T03A 3M8SA 1NK0A 5J2PA 4DQRA 4L8RB 3NH0A 3L2VA 1RBTA 3VQQA 3ZCMA 3AA3A 2X78A 4XIUA 3QNNA 3QEVA 1KFSA 1B9DA 4LSNA 4IKFA 2KFNA 3RR7A 4CGHA 3SQ2A 2NUBA 5FRMA 1LW0A 1SKWA 3VQ8A 1RBSA 3ZT1A 3DYAA 2XHBA 4HTUA 1IKXA 3QINA 5DMRA 3M8RA 1VSMA 1F21A 4MQ3A 3T1AA 1RBUA 3LDSA 4LD0A 4BWMA 4DFJA 1RCHA 2ETJA 2VG5A 2P51A 2HHWA 3HXMA 1RDAA 2OPSA 3AVHA 2HHSA 4YFUA 1Q8IA 2HHTA 5HROA 3C95A 3DI6A 3IG1A 4CJPA 2W42A 4LSLA 4CJTA 1HQEA 4I7FA 3NGZA 3RR8A 3SCXA 5FDLA 2D0CA 4W5QA 1KLMA 2FC0A 4FLTA 3TAGA 1XI1A 1SL0A 3C6TA 2GV9A 1T05A 1NOYA 4FLXA 3AVBA 3TAEA 1RTJA 3ZSYA 1LV5A 1QTMA 1JLFA 4CECA 3C94A 3HT3A 1BIZA 3KKRA 2VG6A 4H8KA 3P1GA 4C8MA 3VQ5A 1REVA 2Y1IA 1VSDA 3SUNA 3K5LA 1HNVA 4CEDA 3S3NA 4N5SA 4CEOA 2OZMA 4M42A 4DSFA 4OPJA 2Z1GA 1X9MA 2XO7A 3KK1A 5KRSA 3THVA 2YNIA 3DRRA 4Q5VA 4FJHA 4FK4A 3B6OA 2YKMA 2YV0X 2OPRA 1LWCA 1BISA 4ZHRA 2ZD1A 1WNSA 3RRHA 4QCLA 3NF9A 4PUOA 3OJSA 3ZSQA 3SZ2A 1YTAA 1T7PA 1VK0A 4CIGA 3HVTA 3FFIA 5SWMA 5HP1A 4H4OA 4Q0BA 5KTQA 3MEDA 1RBVA 1S1TA 1S1XA 4CJWA 1NK5A 1Q9XA 3K5OA 4CGFA 3HYFA 4KV8A 2A1SA 4CK1A 3HSTB 5KGXA 4JLHA 4DF8A 3OYNA 4FXDA 3OYDA 4DTJA 4CHPA 3VA3A 1SL2A 3TAMA 1RTIA 3SYZA 5E41A 1VSIA 2YHBA 3MEGA 3L2UA 4Z4EA 1Y97A 1C0MA 3AA5X 3TR8A 3VQCA 5C25A 4CJUA 4CHYA 1QE1A 4CEBA 4DQQA 1WLJA 4CJEA 2YHAA 1NJYA 1NK8A 3RMBA 1X9SA 1SKSA 1EX4A 1RT1A 4Z4GA 3SQ0A 4H4MA 3AVNA 4CF8A 5J2NA 1NK9A 1BGXT 4RW6A 5CYMA 3HVRA 3ZT2A 3QIOA 3AV9A 3T19A 3OYFA 3K59A 4E1MA 4R5PA 3V9XA 4PQUA 4OKJA 1WN7A 4HHTA 5I3UA 3DLBA 2DFFA 4ID5A 1A5WA 2B5JA 4BDYA 3AVAA 4DTOA 4NCGA 3QETA 2G8WA 4KHQA 4FW1A 3MXIA 4F2RA 3AVIA 4GVMA 1VSHA 1QSLA 1JLGA 4Y1DA 4CK3A 1HNIA 3OVNA 3ZSRA 3AVCA 3AO5A 2OA8A 1KFDA 4B9TA 2IS3A 1U45A 1SUQA 4DFKA 3RTVA 3LP3A 4MFBA 2EHGA 4FVMA 4DS4A 2ZQBA 3B6PA 3SQ4A 2OZSA 4RW9A 1GOAA 4HCBA 3DLRA 1W0HA 2P1JA 3QEWA 3V81A 2ITGA 4OPKA 3DLKA 4KB0A 4I2QA 4DTNA 1VSKA 1MU2A 3NDKA 4CGGA 4CHOA 3OS1A 5SZTA 4CF1A 4IFVA 3TAPA 4B9LA 2IAJA 5KGWA 4F3OA 2QXFA 2PZSA 4HUEA 4B9VA 3NF8A 3LWMA 4CK2A 4JRQA 1S9EA 4N76A 3V6DA 3O3FA 3SUQA 1NK4A 2RN2A 4FCYA 4K8ZA 3OYLA 1KVCA 3CM6A 1HJRA 3NFAA 3KLFA 2XY7A 1FKPA 2HVIA 3TANA 1RNHA 1CXUA 3MECA 3KJVA 3EYZA 2VWJA 2G8FA 1VSEA 4FJLA 5FROA 4M3YA 2HW3A 4FM2A 1NJZA 4ELVA 2HB5A 3I0RA 3LAMA 4FLUA 4PA1A 4DS5A 4FZZA 1EXQA 4CF9A 3AO1A 2DY4A 4RW8A 4KKOA 1RTHA 4J2EA 3MXJA 4BWJA 1WSGA 1QHTA 3L2QA 1G15A 4FLZA 3AO2A 3H08A 4AHVA 3K57A 4CJ5A 3AVMA 4CJVA 2HMIA 4I9QA 4KHYA 2KFZA 4GW6A 4CJKA 5HRSA 4OGEA 3V9WA 3PX0A 3SPYA 4CJLA 1TAQA 3WNHA 3SJJA 1LW2A 4JRPA 2GUIA 4DLEA 1WAJA 3DRSA 1KSPA 1L3TA 4AHRA 4K8XA 2R7YA 1RILA 1GOCA 2IGIA 3JSMA 4JS4A 5J2MA 3QIPA 3S9HA 4FJ9A 3ULDA 3NBPA 2XY5A 4FW2A 3HPHA 1T8EA 1SKRA 3BGRA 4E1NA 1X1PA 3D0PA 1B9FA 2E6LA 2OPPA 4YNQA 4BE0A 4CIFA 1N6QA 4KHWA 4DTRA 4M3UA 4E7JA 3NF7A 4CFAA 1TVRA 4DTUA 4Y1CA 1EETA 1JLBA 1GOBA 4UQGA 3OYJA 4GMJB 3KKSA 4Z4CA 5CZ1A 5HRPA 3OYCA 3K5NA 4BE2A 1EKEA 3SPZA 2KTQA 3LANA 3QLHA 1YTUA 3LWLA 3V1RA 4KTWA 4IFYA 3HP6A 1JLCA 3AO4A 4KRFA 3C6UA 3KK2A 4FZXC 4M3ZA 1L5UA 5I42A 4DFMA 5T7BA 3VQ7A 2YNHA 3M8PA 1JLQA 3K5MA 4DU3A 4B9NA 1UA0A 4DQPA 1XHXA 2A1RA 4FJMA 4KHNA 3ZT0A 2DFEA 4QAGA 4J2DA 3EZ5A 4DU4A 1BQMA 3SQ1A 1BI4B 2BDPA 1I39A 4E7LA 4E0DA 1IH7A 4N41A 3HO1A 1BCMA 3VA0A 1QSSA 3MEEA 4E3SA 4B08A 3VQ9A 3VQAA 1ZBHA 5KRTA 3CQ8A 5HRNA 1ZBFA 1BHLA 1ASUA 1S5JA 1UOCA 1XWLA 2HNZA 2IDOA 4HVJA 4EP5A 3KK3A 1U4BA 2JLEA 1NKEA 4HCCA 3SV3A 3AVFA 4CEEA 1TAUA 3UIQA 3ITHA 4AHSA 4DU1A 4C8LA 1YVUA 1JXBA 4F4KA 1UAXA 4E7IA 4O44A 1FXXA 2Q3SA 4E19A 2XRIA 2DFHA 1TK5A 1JL1A 1RT6A 4DQSA 4DTSA 1D9FA 3AA2A 2KZZA 2YKNA 5EU7A 3TAFA 3P5JA 1RDBA 4Z0UA 1Q9YA 2HHQA 4FJXA 1JL2A 1NK6A 1QQCA 5FRNA 2D0AA 1WSJA 1VSJA 3PX4A 4PWDA 4OGCA 5CYQA 5K14A 3M8QA 3SV4A 3HL8A 4EZ9A 1VRTA 4J2BA 3JYTA 4NCBA 3LALA 1HMVA 1LAVA 5JS1A 4KI4A 1FK9A 4CFBA 3P83D 4CHNA 5CZ2A 3G10A 4WE1A 4CF0A 4CF2A 2ATQA 4DSEA 4M3TA 2O4IA 1C6VA 1LAWA 2B6AA 3VQDA 3PO5A 3L2RA 1X9WA 4FJ5A 3ISNC 4ZTJA 3TABA 4BE1A 2KZMA 4CIEA 3SUOA 3NCIA 4M3XA 4OVLA 4E7KA 3V9ZA 1J9AA 2IOCA 3QNOA 4F2SA 1WSIA 5CY4A 4CGJA 4Z4FA 2HHVA 1RDDA 1TK8A 1BCOA 4PY5A 2FBXA 3NGIA 1JLEA 4ID1A 4HUFA 4FM0A 3QERA 4FK2A 4CEAA 2OYQA 1VSFA 3KTQA 4B9MA 4ZTFA 1WAFA 3DLEA 1DTTA 1S9GA 4EZ6A 3K2PA 3VN5A 1C1CA 1U04A 3L8BA 3HJFA 3V1QA 3NGYA 3LPTA 4M41A 3AVGA 2E6MA 3ZSZA 4FLYA 2G8VA 4KTQA 4O4GA 1WSEA 1J5OA 1ASWA 4DQIA 1KTQA 4G1QA 1BI4A 1RT5A 2D0BA 3K58A 1D9DA 1BQNA 1JLAA 3LP2A 4C8NA 1HPZA 4FLWA 5J2QA 1SL1A 3CYMA 1IG9A 2E4LA 4DTPA 4F3TA 2BANA 2LSNA 1FKOA 3SI6A 3KD5E 3MXMA 4FJGA 4AHTA 4DG1A 2Z1IA 1U47A 1HRHA 4FK0A 3ASMA 4FZYA 1RTDA 4O0IA 3SNNA 1TKTA 3ZSXA 3OS2A 4IBNA 1KVBA 3ZSOA 4DF4A 2ZE2A 4LY7A 3ZT3A 4N56A 3ZT4A 2G8IA 3I8DA 1J53A 1TKDA 3KD1E 4CJ3A 3EY1A 4DTMA 5HLFA 3CM5A 4FJ8A 4ELUA 4EP4A 3OY9A 3QEPA 1RBRA 3ZSWA 1NK7A 4TSXA 3LPUA 3V1OA 3KLEA 3U3YA 1B92A 4CJQA 2B4JA 3A2FA 4C8KA 2XY8A 3HPGA 1WSHA 2BE2A 4IDKA 2Z1HA 3QO9A 3OYBA 3PX6A 3RMDA 1ITGA 3PV8A 5C42A 3DLGA 4O55A 4AILC 4F8RA 4CESA 5J1EA 1BL3A 3I0SA 3NH1A 4DTXA 4KFBA 3V4IA 2PYJA 4OKEA 3PO4A 3IRXA 2KQ2A 2EX3A 3L3VA 4CJFA 1TL3A 4BDPA 3S3OA 1R0AA 1L3VA 3WNFA 1TK0A 1LWFA 4KPYA 1HYVA 4CEQA 2Y1JA 3LAKA 3T3FA 1O1WA 4DSKA 1HQUA 2X6NA 1J54A 1RT4A 4CJ4A 1TV6A 1N5YA 3DOKA 3PUFA 4C8OA 3O4QA 4CGIA 1JKHA 1S6PA 4I9LA 5DK5A 3ZSVA 4W5OA 4DSLA 4E7HA 3BDPA 4B9SA 1QS4A 1CZBA 3L3UA 5HBMA 3KLGA 4NCAA 3VQ4A 1KCFA 1WSFA 2PYLA 1Z25A 1A5XA 4NYNA 4CJRA 3CG7A 4CERA 4B8AB 3U6FA 3AVJA 3DMJA 4RG8A 3OYMA 2G8UA 1CLQA 3KLIA 4BACA 2F8TA 2FBTA 3LP0A 3DLHA 1LWEA 4W5RA 4FJKA 4CFCA 3OYEA 3OYGA 3NHGA 2I5JA 3TAQA 3PY8A 4FYDA 1QSYA 1KVAA 3CFPA 2P5OA 4B8CA 2BGGA 4OKKA 2OPQA 4OJRA 1DTQA 4HUGA 1RT2A 3OYKA 1D5AA 4JS5A 3VQBA 3OJUA 1EP4A 3LZIA 4FJIA 1C1BA 3AVLA 4KAZA 4CFDA 3O3HA 3RMAA 1S6QA 2YNGA 4RW7A 1CZ9A 3RWUA 3HM9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V7ZA 4BDZA 3O5BA 1W9HA 1IG8A 5LMNK 3QEIA 1CXQA 4BQLA 1L3UA 1YHQN 4O5FA 4IOXA 1C0TA 2A42A 3WXKA 2GBZA 1VSLA 5HRRA 2O8DB 1ZBIA 5AJ3K 3EZWA 4MLEA 2IC3A 2D5RA 1IO2A 2UXDK 3U3GA 5AFUA 3ID6A 1S1VA 3WNGA 1ZBLA 4JI8K 1RT3A 3KLHA 1ZYQA 3PSFA 5F2RA 3PIOL 1NJWA 3LZJA 1FJGK 3CCUN 3RSEB 4CEZA 4FJNA 3F9KA 2G8KA 5HOOA 5FPMA 1M1KO 2PBDA 5KI6A 2HNYA 3S3MA 4QS8A 4JK9A 3C7NB 4U7BA 2NZTA 5EOYA 3RMCA 4H0PA 4KHUA 2F9WA 4Z4IA 3AO3A 4DSIA 1IKWA 1RT7A 5EX5A 3NF6A 5KQ8A 3A8YA 3QESA 1RDCA 1IKYA 3OS0A 3ENHA 2D4WA 3LP1A 3L2WA 5AQYA 1GLBG 3CFOA 2FBVA 1NOZA 2P9LB 4W5NA 2NLXA 4M3WA 4CVNE 3HPOA 1T03A 1QQMA 5J2PA 4L8RB 3VERA 3L2VA 5AR0A 3CJ9A 3HSCA 4LSNA 5TKYA 2NUBA 4LFCK 5FRMA 4H0VB 1RBSA 3M3ZA 4CBXA 3IDHA 3PSIA 3ZT1A 2XHBA 1IKXA 1RDUA 3M8RA 5FRNA 1VSMA 4JEPA 1RBUA 4MO4A 4GV3A 1VQMN 3EO3A 3BZCA 4GNIA 2P51A 3HXMA 2OPSA 1IBMK 2HHTA 1Q8IA 3IMXA 1SZ2A 3A5MC 2HF3A 3QFUA 4CJPA 4LSLA 4CJTA 5BR8K 3CIPA 3C7NA 3VESA 2D0CA 3C6TA 2GV9A 1T05A 1NGAA 4AF1A 1NOYA 3TAEA 1QTMA 1RTJA 3MX2A 1LV5A 1JLFA 1S3XA 3G4SN 3U4LA 1C0FA 3DAWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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