5HRRA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125s mutations complexed with gsk0002
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNSVKAACWWAGIKQEGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/inhibitor
total genus 52
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrrA00
1SL0A 4Z4CA 4JS5A 1RTDA 1TV6A 4DF8A 1VSJA 4W5OA 3HK2A 1C1BA 1X1PA 4J2DA 3LWMA 5HRPA 3L2QA 1SKSA 4M41A 3NE6A 4E3SA 4CJSA 1BCMA 4B9TA 4AHCA 1Q8IA 1TL3A 2IDOA 2XHBA 3TABA 1JL1A 1G15A 3SV3A 3RR7A 4DWIA 4KHNA 1NK7A 3O3HA 1RNHA 2PZSA 4FLUA 1C1CA 2E4LA 2E6LA 3AVKA 4O44A 3ZSZA 4N56A 4FW2A 5KGXA 4Y1CA 1KVAA 4KHWA 1GOCA 1BI4B 4CF2A 4JS4A 1YTUA 3VQ9A 4CJTA 4M3XA 1KVBA 2RF2A 3V1RA 3ZT0A 5I3UA 1KTQA 4CFDA 4E1NA 1T05A 4JRQA 4CGGA 1LWEA 1CZBA 1RT2A 5HP1A 4CFAA 5KRTA 4BE1A 3MECA 1ZBIA 2FBTA 4W5NA 4W5QA 4FLYA 3AVGA 3ZSWA 1ZBUA 4AHTA 4B9LA 2Y1JA 2BGGA 1SUQA 4PWDA 3OYHA 1KCFA 1LWCA 2I5JA 4CIGA 4CK3A 4IFVA 3OYLA 4F3OA 3F9KA 3V9WA 4CGDA 2HHXA 4N76A 1L3TA 4RW4A 3TI0A 3KK1A 2VG7A 4I9QA 2IOCA 4E7IA 3BDPA 1T8EA 5J1EA 4CEEA 4UQGA 4FM1A 2KTQA 2HNYA 3E01A 4FJLA 3ZSRA 1IKXA 3KKRA 2D0CA 1NKBA 3LP0A 4FZXC 4NYFA 4OPJA 4W5TA 4FJKA 2O4IA 3S3NA 4DFPA 1S9EA 3K5OA 2HHUA 4I2QA 4CJKA 4F2RA 4G1QA 3SQ4A 2X6SA 1VRTA 2XRIA 1RDBA 1TK8A 1J5OA 4QAGA 1RT7A 3AO1A 3DM2A 4LH5A 4CJEA 4KHYA 3LANA 2VWJA 3A2FA 3WNGA 4M3RA 1HYVA 3SUQA 3ZSQA 1QSLA 4CCHA 3HP9A 4CHYA 1J53A 3KD5E 4FJJA 3SQ1A 3ZT1A 4MFBA 1XHZA 1WLJA 4OKKA 3EYZA 4K8ZA 3EY1A 3LPUA 3CYMA 3JYTA 4DMNA 1B9FA 4DU4A 3KKSA 1S1TA 4DQSA 3TR8A 1R0AA 4KHUA 2F8TA 4DTRA 1I3AA 2JGUA 3TAEA 3K2PA 4FLXA 4IFYA 1D9DA 2OA8A 1YVUA 4DTOA 1RT3A 1BIZA 3I0RA 4E19A 3VQEA 3DOLA 2A1SA 1BIUA 1TGOA 3SUPA 4Z4GA 1WSJA 2DTUA 1SL1A 1JXBA 3LAMA 4NYNA 4DQRA 4CJRA 3OYFA 5D3GA 3VQAA 2YNHA 5KGWA 1VSDA 5HBMA 2KFNA 3HT3A 1CZ9A 3OS2A 2KW4A 4KHSA 2R7YA 3V9SA 1C0TA 2FBYA 3G0ZA 3P5JA 2P5OA 4PA1A 1HYZA 4FM0A 1U48A 3SPZA 1LAWA 3KLEA 4CGHA 3OYEA 1L3SA 4CJUA 4FM2A 4DTXA 4DTNA 1ASWA 3V81A 1XHXA 4B9MA 4KI4A 4FJGA 2KQ2A 1ASUA 3NF8A 4I2PA 1QQCA 2RKIA 4B9NA 4KTQA 1W0HA 1QS4A 3AVIA 4O0IA 2ZD1A 3OYIA 1S1UA 3K58A 4C8MA 2X78A 1SV5A 3L2UA 4DTUA 3PX0A 1T03A 2F8SA 3AVCA 3I8DA 4DTPA 1C0MA 3C94A 3ZSVA 4LSLA 4ZHRA 3HYFA 2D5RA 4R5PA 4E7LA 1JLEA 3OYAA 4CJVA 1C6VA 4IG3A 1MU2A 4E7JA 4CJPA 4FZZA 2OYQA 1JLQA 3K5MA 1IKVA 5CZ2A 4E0DA 3ASMA 3TAMA 4CECA 4DS4A 2QKKA 3HVTA 3TARA 1KRPA 1CXQA 1KFSA 3L3VA 3RRGA 3MXJA 4KAZA 1Z26A 2AJQA 1HQUA 3V1QA 3NH1A 1IH7A 3AVHA 1HNVA 1XWLA 3WNFA 2D0AA 3NH2A 3VQDA 3SUNA 3K5LA 1VSMA 1BQMA 2YKMA 4FCYA 4EZ9A 1QE1A 1BL3A 1RILA 5K14A 3SZ2A 4AILC 4CEOA 1JXEA 1S1XA 1RBVA 3LPTA 4CE9A 4CGJA 4OLBA 4CGFA 4IDKA 4CJQA 5KTQA 3RMDA 1KSPA 2YNFA 1Q9YA 1L3UA 3DRRA 3C95A 4FW1A 4C8LA 4FXDA 5SZTA 1JLFA 1FK9A 1U49A 2BANA 4EP5A 4LSNA 3TAFA 2WOMA 2JLEA 3CFPA 1UA0A 1YTAA 3LALA 3F73A 2OZMA 2YNIA 3QEPA 3S9HA 4FJ9A 3HVRA 3DLHA 3V4IA 4KO0A 3THVA 4IKFA 4OKEA 3HP6A 1RBRA 3L2WA 1TAQA 2YHBA 5JS1A 1S1WA 1T7PA 2OPRA 3DMJA 3VQ5A 3QIOA 5J2QA 4CJ3A 4CJLA 1TKDA 1LW2A 3SQ0A 1VSIA 4YFUA 1SL2A 2XO7A 3OJSA 1KFDA 4B9UA 1FKOA 4OGEA 3NCIA 4DSIA 1JLGA 1FKPA 3IS9A 4HTUA 2IGIA 3AA5X 2FC0A 3C6UA 3NBPA 2XY6A 2G8KA 2D0BA 3QIPA 3VQ7A 3MXMA 1D9FA 1RT6A 2IAJA 5J2MA 3HO1A 4M3WA 3C6TA 3NHGA 3ZT4A 4JRPA 3TAPA 2KFZA 1WSEA 3MEGA 3NH0A 1HPZA 4BWMA 3TAQA 1X9SA 1Y97A 3AVLA 4RW7A 4KTZA 1YT3A 2Q3SA 1CXUA 1EETA 2DFFA 1NJZA 4OKJA 1VSEA 4M45A 3U3YA 4Y1DA 3CG7A 2ETJA 4IBNA 4DU1A 4AHVA 4DFMA 4CESA 3L8BA 4FJNA 1TKTA 2X74A 4BDYA 4DU3A 1HQEA 3O4NA 4FLVA 1RTJA 4H4MA 1TK5A 3VA3A 3DLBA 3QEXA 5HRNA 2DFHA 1WSGA 2ZQBA 2ZE2A 4XIUA 3O3GA 4DFKA 2HHTA 5C25A 1RDCA 5CY4A 1KLMA 4WE1A 4DSKA 1O1WA 4RW9A 4CFCA 4F8RA 4DQQA 4KPYA 4FJ8A 2BE2A 3QINA 2HNZA 3NF9A 3SUOA 1HNIA 5FDLA 4CHPA 5FRMA 3KIOA 3AO5A 1HYSA 1ZBHA 4GW6A 1IKWA 2VG5A 3AVNA 1JLAA 3I0SA 4CF0A 3KLFA 4J2BA 2HHQA 2X6NA 3SJJA 3EZ5A 4KV8A 4I9LA 4HHTA 4B9SA 2W42A 1NOZA 2Z1IA 4DLEA 3M8SA 3T3FA 4NCGA 1A5VA 3DLKA 1NOYA 2XY7A 5C24A 3WNEA 3QLHA 1VSFA 3D45A 4N41A 1UAXA 5HRRA 3M8QA 1VSHA 3ZT2A 4CERA 2FBXA 3AVFA 4DG1A 2HW3A 1EXQA 3RMBA 3BGRA 5HLFA 2YV0X 3DLRA 1HJRA 1WAJA 3AV9A 3O4QA 4TSXA 4DLGA 4ELVA 4FK0A 2HVHA 3OYMA 1NK4A 1DTTA 3VN5A 4E1MA 3SCXA 3MEEA 5DK5A 3V1OA 1SKRA 4FJHA 4CIEA 3HM9A 3HL8A 4DTSA 1Z25A 1TKZA 3NGZA 4EZ6A 4CF9A 1TKXA 3DYAA 1NKCA 3AO4A 5J2NA 3D0PA 3V9XA 2HNDA 3NGIA 4E7KA 3QEWA 4GMJB 3QEVA 1NK5A 3AA4A 3AA3A 4EP4A 1HMVA 1S1VA 1VSLA 3HXMA 3SNNA 4H4OA 3VQCA 1IKYA 2HVIA 4M3TA 4HUEA 4BDZA 4FLTA 4CJ5A 3HPHA 2NUBA 1CLQA 1NK6A 1EKEA 4NCBA 1QSSA 4KB0A 3PX6A 2OPPA 1TK0A 4L8RB 2RN2A 1ASVA 4E7HA 3AVMA 3QETA 3NFAA 2HHSA 1U4BA 3B6PA 3RWUA 4FJ7A 1LWFA 1BGXT 1BI4A 3AVJA 4CF8A 4ID1A 1LV5A 1K6YA 4OPKA 1A5XA 3AVBA 4MQ3A 4Q0BA 1TL1A 5T7BA 3RRHA 1RCHA 4PQUA 1U04A 1DLOA 4C8KA 3ISNC 1ITGA 1WSIA 3VQBA 1DTQA 1S6QA 4CEQA 3LWLA 1NK9A 3PO5A 2PYLA 4FJMA 1XC9A 4J2AA 5CZ1A 2XY5A 4C8NA 1EP4A 2YHAA 3VQ4A 3VQQA 3KK2A 1BQNA 1WSFA 3U3GA 2Y1IA 3P83D 3DLGA 4HCBA 2KZZA 4ID5A 2B5JA 3NDKA 3AO2A 4OLAA 1FXXA 1RBUA 5EU7A 1J54A 1J9AA 1UOCA 3L2RA 2RPIA 1JKHA 2P1JA 1RDAA 3VQ8A 4O55A 4CJFA 4CHNA 1XI1A 4CEDA 3CFOA 4OJRA 1D5AA 1WAFA 1ZBLA 4ZTFA 1RDDA 4CHZA 4CF1A 1REVA 1U47A 1NJXA 4B3OA 4F3TA 4B9VA 4JLHA 4FVMA 2G8IA 3SYZA 2OZSA 4HCCA 3T19A 1JL2A 4ZTJA 1I39A 2IC3A 3ZT3A 3U6FA 4I7FA 3H08A 1C1AA 3SV4A 1NK8A 3OVNA 4ICLA 4KKOA 3OY9A 1RT4A 4QOZB 3ZCMA 4HVJA 1LAVA 1BCOA 3PV8A 1QHTA 1WN7A 1UA1A 4CK2A 3RMCA 1RBTA 4HUGA 3O3FA 2HMIA 4ELUA 4B8CA 4FJXA 4M3UA 4KREA 4AHUA 4KI6A 4HUFA 4FLZA 4M42A 1SKWA 1WNSA 1U45A 4BACA 4QCLA 2YKNA 4KRFA 3DLEA 1RTHA 3CFRA 2VG6A 2GBZA 3DRSA 3OYGA 2FBVA 4CHOA 3IG1A 2P5GA 3MEDA 1X9MA 4N47A 3LP3A 4FK4A 2GUIA 4RW6A 5KRSA 3NAEA 2DY4A 4N5SA 4BE2A 4CHQA 4OGCA 3KLGA 3VA0A 1VK0A 1RBSA 3FFIA 4CEZA 3UIQA 3QEIA 3RMAA 3KLIA 3OYKA 3AO3A 3MXIA 4PUOA 3DOKA 1C0UA 2B4JA 3WNHA 3ZSOA 4CK1A 3QESA 3OYJA 2O4GA 3NGYA 4CJ4A 3QERA 1X9WA 2YNGA 3ITHA 4DSFA 3OS0A 3OYNA 2G8UA 4FK2A 2E6MA 3G10A 2Z1HA 2HHWA 1NK0A 1IO2A 1LW0A 3HPGA 3ZSXA 3QO9A 4E89A 5SWMA 2G8FA 1BISA 2G8VA 2PY5A 4M3YA 3SI6A 4DTMA 2BDPA 3DRPA 4KHQA 4NCAA 4LY7A 1Q9XA 4K8XA 4Z4FA 2HHVA 1N5YA 4YNQA 1TAUA 4O0JA 1VSKA 4FYDA 3QNNA 3QNOA 1KLNA 3IAYA 3SQ2A 4Z0UA 3AVAA 3NF6A 4CGIA 3LDSA 2B6AA 3S3OA 2EHGA 3T1AA 1QTMA 4B08A 3ULDA 3V9ZA 1N6QA 2Z1GA 3TANA 4FJ5A 1D8YA 2P51A 5CYQA 1QSYA 4DTJA 1ZBFA 4ELTA 4LD0A 2VWKA 5DMRA 1HRHA 1RT5A 4AH9A 5C42A 2A1RA 3OYDA 4W5RA 4Z4EA 2LSNA 2OPQA 2KZMA 2ITGA 4AHSA 4LH4A 4O4GA 1BHLA 3TWHA 1B92A 3LP1A 4Q5VA 3PUFA 3TAGA 3B6OA 4FLWA 4F2SA 3V9UA 3K57A 3SPYA 3KK3A 3CQ8A 1GOAA 3ALYA 1GOBA 1NJWA 2IS3A 1NJYA 1JLBA 1ZYQA 4Z4IA 3M8PA 4IG0A 5CYMA 1NKEA 4Z4HA 1F21A 3KLHA 4KFBA 4KB1A 3IRXA 3PX4A 2Z1JA 1B9DA 2G8HA 4J2EA 2HB5A 4DSJA 1RT1A 1JLCA 3AA2A 4DQPA 4CEAA 3RR8A 3DI6A 4O5BA 3K5NA 3V6DA 3L3UA 3HSTB 4H8KA 4CEFA 1WSHA 2QXFA 1KVCA 3VQPA 1S9GA 3CM5A 4CIFA 3L2VA 3JSMA 2ATQA 2OPSA 2F96A 2WONA 4KTWA 3LZJA 1UWBA 4RW8A 4DFJA 3OJUA 4DF4A 5J2PA 3LP2A 3OS1A 4DS5A 4AHRA 2DFEA 2PYJA 3PY8A 5FRNA 3HJFA 5E41A 3P1GA 4CJWA 1S5JA 4B8AB 4C8OA 3HPOA 5FROA 1A5WA 3RTVA 2QKBA 1VRUA 3VQ6A 1L5UA 3OYCA 2GV9A 4OVLA 1S6PA 3M8RA 5HROA 4RG8A 3S3MA 4BDPA 2G8WA 4GVMA 4DQIA 4CEBA 3KD1E 2QK9A 4PY5A 3CM6A 4DSEA 4FJIA 5HRSA 5I42A 5KI6A 1TVRA 4F4KA 3KTQA 2XY8A 3OYBA 3LZIA 1EX4A 4CFBA 3KJVA 3MAQA 4BE0A 3PO4A 1IG9A 3ZSYA 4DSLA 3LAKA 3NF7A 5JS2A 3K59A 1RTIA 1W9HA 2EX3A 4M3ZA 1L3VA 4FZYA 4BWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SL0A 1RTDA 4U67L 4W5OA 3HK2A 3WXIA 4J2DA 1X3NA 5C10A 3L2QA 2O8DB 5AQKA 1RGIA 3VETA 1BCMA 4B9TA 4AHCA 1Q8IA 2QA4N 2IDOA 3TABA 3RR7A 1G15A 4I6MB 4BRPA 1VQ8N 4RCHA 3ZSZA 4FW2A 4B1XB 4N56A 4GNIA 4Y1CA 4FWPA 1KVAA 2ZM6K 4KHWA 3CQYA 3CMAN 1KVBA 1KTQA 1CZBA 5KRTA 3ENOA 4DV4K 4XH4A 3O9RA 3ZSWA 1ZBUA 2OCEA 2Y1JA 4H03B 4PWDA 3OYHA 1BG3A 1LWCA 2I5JA 4WYBA 3UKRA 4CIGA 3BF1A 3V9WA 1T6DA 4CGDA 4RW4A 5BRDA 2IOCA 2QWPA 2QWLA 1T8EA 5J1EA 4CEEA 2KTQA 3P39A 5B8HA 4FZXC 3KKRA 1N32K 2ZF5O 5BPNA 2O4IA 5AZJB 4OPJA 1R59O 4B3MK 1S9EA 4I2QA 1QQOA 1TK8A 1VRTA 2XRIA 4GVEA 3AO1A 1HKCA 3CJ1A 4KHYA 3A2FA 1NJIO 3ZSQA 3WXKA 4BRNA 3Q7CA 4B3RK 3HOSA 4U7BA 3ZT1A 3OBYA 1VQ5N 4BGAA 4DR1K 3JYTA 3KKSA 4JNEA 1K73O 4DQSA 1D4XA 1ATRA 1NGCA 1BIZA 4E19A 2CGLA 5LMUK 1TGOA 3SUPA 4Z4GA 2DTUA 1VQLN 1SL1A 3LAMA 2ITMA 5AQYA 5D3GA 3QFUA 1OVQA 2KFNA 1XUPO 5AFUA 2PAVA 3V9SA 2FBYA 1HYZA 1OH6A 3Q7BA 1LAWA 4CGHA 3OYEA 4YY3K 4KHPK 4GKKK 3NF8A 4B9NA 1W0HA 1QVGM 1S1UA 1T03A 3AGRA 2X78A 2RE2A 5C15A 3ZSVA 4ZHRA 3I33A 5AQRA 5BR8K 5ADXA 4EIAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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