4CEZA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cezA00
3QESA 1ASWA 2D0AA 5DMRA 4C8KA 3IS9A 2KTQA 3V1RA 1JLQA 1VK0A 3AA4A 1WSIA 4CERA 3HPGA 2WOMA 4O0IA 2KFNA 1BL3A 1ZBIA 4CEZA 3TI0A 3C94A 4CJQA 2FBVA 2RN2A 3KKRA 3QO9A 4KAZA 3K5OA 3AVMA 1VSKA 1NKCA 1SUQA 2BANA 1C0UA 4KKOA 4CJFA 4ZTFA 2PYJA 1BGXT 4FLWA 1TV6A 4CHQA 1SL0A 2HHTA 1W9HA 4AHCA 2G8VA 1NOYA 4AHSA 1SKRA 1WSGA 4CJPA 1VSJA 1U47A 2EHGA 4Z4HA 3AVBA 3LPTA 4FLUA 2FBTA 3LDSA 3SV3A 2QXFA 4FJLA 2VG5A 1D9DA 2HB5A 4CGFA 3PV8A 3V9ZA 1BIUA 3LAMA 4DTOA 1IKVA 4J2AA 3IAYA 1HQEA 2B6AA 1S9EA 3SCXA 1RDAA 1NOZA 3QIPA 1BISA 4CJ5A 4F8RA 3U3YA 1QQCA 1X9WA 1ZBUA 3SQ4A 4E7KA 5CY4A 1IG9A 3L2RA 4YNQA 3LALA 4UQGA 4Y1CA 5I42A 1N6QA 1S5JA 1J54A 4LY7A 4CF2A 3VN5A 1UA0A 4BDZA 3AVKA 3V1QA 3OYEA 3KD1E 4K8XA 3PY8A 1IKXA 5KRSA 4O0JA 4CEOA 3HXMA 4DQPA 1G15A 3QIOA 5HBMA 3ZCMA 4FJJA 3RMDA 4AH9A 2IGIA 3IG1A 3MEGA 4DU4A 3RR7A 1ASVA 3VQ8A 1NK7A 3M8SA 5SZTA 1A5VA 1WNSA 5SWMA 4M3RA 3L2UA 4JRQA 4J2EA 2O4IA 1VRTA 3VQ4A 4L8RB 2Y1JA 3KK3A 1XHXA 3VQDA 2X6NA 3QETA 2E4LA 2P1JA 3B6PA 3AV9A 1DTTA 1U45A 4W5NA 2BE2A 1ASUA 1GOCA 4Z4FA 1I39A 3PUFA 5D3GA 2G8UA 2BGGA 1NK5A 1Q8IA 2G8FA 2ETJA 1B9FA 3V9WA 3PO5A 2QKBA 4CJVA 1C6VA 3L2QA 3HM9A 3EZ5A 3QEPA 1JLBA 4N47A 2HNZA 2IOCA 3KLGA 3NGIA 4DWIA 4KTZA 3DYAA 4ZHRA 4HHTA 1D8YA 4F4KA 1RT5A 4F2SA 4CF9A 4IG3A 4EP4A 4OPJA 1LAWA 3CQ8A 4HUEA 1DLOA 1U04A 4FJ9A 2IAJA 3UIQA 1BCMA 1LAVA 3O4NA 1GOBA 2ATQA 1NK6A 3DRSA 4B8AB 3SZ2A 3TAGA 5CZ2A 3HP6A 5FRMA 4AHRA 3RWUA 2VG6A 4FJGA 1RT7A 1RT6A 1TVRA 1U48A 1TKTA 4B8CA 2RF2A 3VQ6A 1JL2A 2DFEA 3I8DA 3AVCA 1ZBFA 3KLHA 3T3FA 4G1QA 1KCFA 4JLHA 5K14A 2ZD1A 4Z4EA 3HK2A 4KRFA 4BWJA 4CJ3A 3SQ1A 4ICLA 3L8BA 1ZBLA 1TKDA 4B3OA 1HJRA 3KLFA 4KI6A 4PQUA 1TKXA 1TAQA 3G0ZA 5E41A 3AA3A 4DTXA 4KHQA 4AHVA 3LZIA 3TWHA 1J9AA 1BCOA 4H4OA 3WNEA 3SPYA 3CM5A 2FBXA 3ZT0A 4W5OA 1L3VA 2O4GA 4IDKA 4B9UA 4DTMA 4CEDA 2XY8A 3SQ0A 5CYMA 3P5JA 5HRNA 4Z0UA 3SUQA 3CM6A 3OYKA 1NJWA 2IDOA 2YKNA 4HTUA 4DLGA 3LP3A 1MU2A 4CF8A 2JGUA 1UOCA 4FLZA 4DU3A 2OPRA 4CJLA 3NH1A 2G8WA 3DOLA 2GBZA 4E3SA 2QKKA 1XC9A 4ELTA 1JLCA 2FBYA 3MEEA 3SJJA 2YNFA 4RW6A 1O1WA 2RKIA 3DRRA 3ISNC 1HYZA 4CIEA 3RMAA 4AHTA 4YFUA 3QEVA 1D9FA 1RBVA 1WAJA 4FM0A 4E1NA 4N56A 4FJNA 2P5OA 1RT2A 3AA2A 2YNIA 3O3HA 1WN7A 3G10A 3KLEA 5CYQA 1RTHA 4LSNA 2WONA 4DFPA 3AVNA 4QCLA 2PYLA 2D5RA 1REVA 3OYFA 1LWCA 2Z1JA 2ZE2A 4Y1DA 4FJXA 4DTRA 4ELUA 2PY5A 3V1OA 3OYBA 4IBNA 2A1RA 2X78A 3ZSWA 5KGWA 3JYTA 3V6DA 3I0SA 2KW4A 3OYDA 2R7YA 3KIOA 1HPZA 1ZYQA 3SQ2A 4KTWA 2YV0X 1T03A 4FK0A 2ITGA 4DQIA 3DLBA 4E7HA 1S6QA 1KRPA 3NFAA 2HHSA 4CCHA 4M3UA 4DF8A 3S3OA 3NF8A 5I3UA 3ZSXA 1BHLA 1BQNA 1YT3A 2XY5A 4CFAA 3L3UA 1KLNA 1WSJA 2X74A 1C0TA 4KHYA 4DQQA 1LV5A 4PY5A 1S9GA 1T05A 4OKJA 4FJ7A 1LW0A 3TABA 3NAEA 5HRRA 4FW2A 1VSMA 4RW8A 3MXJA 4N5SA 3K58A 1A5XA 1IKYA 4FW1A 4KFBA 2IS3A 4OVLA 1VSFA 1FKPA 4FZZA 5CZ1A 3NGYA 3DLHA 4OLBA 2XRIA 5KGXA 4KHWA 3P1GA 1SL2A 3DM2A 3IRXA 4AILC 4JS4A 4FCYA 3U6FA 4B9LA 4DSFA 3EYZA 3CFPA 4O5BA 1HNVA 4DS5A 1NK0A 1EX4A 1A5WA 3LANA 2HHVA 2BDPA 4RW7A 3OYIA 4LH4A 5HROA 3DOKA 4RG8A 1WSFA 1WSEA 3OYHA 2F8TA 1L5UA 1XWLA 1QTMA 2GUIA 3OVNA 5HRPA 1RTIA 4FVMA 3ZSQA 3RMCA 3I0RA 4ZTJA 3M8PA 1VRUA 2GV9A 4MFBA 4IFYA 3RMBA 4C8LA 4KHNA 3QNOA 2HHXA 4E0DA 2DTUA 1CLQA 3QERA 3TANA 4CK1A 4PUOA 4M3XA 1RT3A 4W5TA 1TL1A 3DLGA 4CK3A 1HRHA 4FYDA 3DI6A 4O4GA 1VSHA 4EZ9A 2E6LA 3DLEA 1XI1A 3C6UA 3F73A 5FDLA 4CESA 3TAEA 3ZT4A 1HYVA 4W5QA 1T8EA 3OYJA 4XIUA 3NHGA 1SKWA 4DSKA 5J2QA 4NCAA 2Y1IA 1J5OA 4M3WA 1BIZA 2VWKA 1RBUA 3CG7A 1NK4A 1VSLA 4CFBA 1WSHA 4I7FA 1J53A 3WNHA 4CECA 3OYMA 4DSEA 5J2NA 4QAGA 4DTUA 1JXEA 3AVHA 3SV4A 4DFJA 3HT3A 2OZSA 4FJHA 4Z4IA 4GVMA 2D0BA 4Q0BA 4LH5A 3SUPA 5C42A 4CK2A 4M3ZA 1NJZA 1Z25A 3HVRA 3H08A 4F3TA 3VQEA 1JXBA 2DFHA 2XO7A 2HMIA 2YNHA 4CEAA 1TGOA 1Y97A 1KLMA 2EX3A 3HL8A 3TARA 3QEWA 3KKSA 4IKFA 4CJUA 4DTSA 1K6YA 3PX6A 3V4IA 4KHUA 4HVJA 4CFCA 4I2PA 3F9KA 4FK4A 4FLXA 2D0CA 2IC3A 1WAFA 4OKEA 4E7IA 1C1BA 3NBPA 2B4JA 3AVFA 4BWMA 1FK9A 4EP5A 3AO4A 3ZT1A 3VA3A 3AVGA 3MXMA 3C6TA 3ZSRA 2YNGA 4M3YA 4I9QA 3OYNA 3SYZA 3SNNA 1HYSA 4RW4A 3OS0A 4NCGA 2KQ2A 4C8NA 4FJKA 1BI4A 3RTVA 2RPIA 1S6PA 3V9XA 1KSPA 3HPOA 3TAPA 3EY1A 4B9SA 4B9MA 3AVAA 1XHZA 3NCIA 1L3SA 1QSLA 4FJMA 4KB0A 1BQMA 5T7BA 4DTNA 1TK5A 3PO4A 3LWLA 3KK2A 4H4MA 3NH0A 4BDPA 1VSEA 1SKSA 3KTQA 3BGRA 1I3AA 4FJIA 3VQ9A 3KD5E 1HNIA 1QE1A 1JLEA 3NGZA 4ELVA 1SV5A 4FZXC 2P5GA 3HJFA 1NKBA 3VQQA 1JLAA 4IG0A 4CJEA 4FXDA 4CEFA 3PX0A 4CEEA 4CIFA 4DSJA 4Z4CA 2B5JA 2OPSA 1KFSA 2YKMA 1YVUA 1RBRA 2YHAA 3ZT2A 2VWJA 2A1SA 3ITHA 1RDDA 4OKKA 5KI6A 3OS2A 4DS4A 3AVJA 1Q9XA 4LSLA 3HYFA 3VQ5A 3LP0A 1S1XA 4HUFA 4E7LA 4CHYA 4DSIA 3ULDA 4Z4GA 4LD0A 3ZSYA 1L3TA 1D5AA 5JS1A 4NCBA 2HNDA 3HP9A 1IKWA 3DLRA 4O55A 4DMNA 1TK0A 1S1WA 1Q9YA 1X9MA 4DQSA 3TR8A 2XY6A 3QEXA 1HMVA 1TL3A 3O3GA 3NF9A 4CEBA 1VSDA 3SUNA 2G8KA 1GOAA 3K59A 4HCCA 3VQ7A 2KZMA 3L2VA 5HP1A 1KFDA 3PX4A 5C25A 3B6OA 4OJRA 1EXQA 2E6MA 1LWEA 1X9SA 4BE0A 1ZBHA 2KFZA 2HNYA 4NYFA 4W5RA 3M8RA 1JLFA 1S1UA 1CXUA 5EU7A 5J2PA 3VQPA 3MXIA 5C24A 5HLFA 2HVIA 3U3GA 1RCHA 5DK5A 3LP2A 4OGEA 3O4QA 3QLHA 4CGHA 4E89A 3S3NA 3K57A 1VSIA 2X6SA 4CJWA 3E01A 3OYCA 4CJKA 1F21A 1CZ9A 4DFMA 1RT1A 4R5PA 3SPZA 1NK8A 3T19A 4DFKA 3K2PA 4TSXA 1JLGA 3D45A 3ZSVA 3NE6A 3BDPA 4CHOA 3OYLA 4FZYA 3OS1A 3M8QA 4DTPA 4RW9A 1CXQA 1X1PA 1RBSA 3CFOA 4CHNA 4M41A 5FROA 3P83D 4KTQA 3DLKA 3ZSOA 1RTJA 4CEQA 4EZ6A 4BE1A 4PWDA 1RILA 4HCBA 4BE2A 4QOZB 1BI4B 4FJ8A 2QK9A 4KB1A 2OPQA 4I9LA 4BDYA 4FM1A 1HQUA 4OLAA 3ZSZA 4H8KA 1FKOA 4B9VA 4DSLA 2HHUA 4BACA 2Q3SA 1Z26A 3LPUA 2G8IA 4FLYA 2PZSA 3V81A 4KHSA 2YHBA 4CGGA 4ID5A 3LZJA 1QSSA 5HRSA 4C8OA 1UAXA 2JLEA 1B9DA 2I5JA 2Z1IA 4KO0A 3WNGA 3K5MA 1TK8A 3NF6A 2HW3A 1L3UA 3CYMA 4J2DA 3MECA 4GW6A 3QNNA 5FRNA 3T1AA 4FK2A 4HUGA 4M45A 3NF7A 1LWFA 4CE9A 1RDBA 1RNHA 3L2WA 4CGDA 1WLJA 2OPPA 3SI6A 3AO2A 3HSTB 4CFDA 3HPHA 1IO2A 5J2MA 2ZQBA 1C1CA 4M42A 1UA1A 1N5YA 1QS4A 4CJRA 3OJUA 3RRGA 2XY7A 1NJXA 4NYNA 1RT4A 1KVAA 2FC0A 2HVHA 2Z1HA 2OA8A 1NK9A 3HVTA 4K8ZA 1C1AA 4CGJA 4CJ4A 3RRHA 1U4BA 1TAUA 2F96A 3TAFA 3QINA 1EETA 4B08A 5KRTA 3JSMA 4N41A 4AHUA 3HO1A 3ASMA 3L3VA 4KV8A 5KTQA 3LWMA 1EKEA 1JL1A 3DRPA 3KLIA 3AA5X 3LP1A 4O44A 1UWBA 4DLEA 4FLVA 2NUBA 3V9SA 1RDCA 4E19A 4C8MA 4B9NA 3KJVA 3S9HA 3MEDA 1T7PA 3A2FA 3VQAA 3TAMA 4FJ5A 4N76A 4IFVA 3KK1A 3K5NA 4ID1A 5J1EA 3AVLA 3RR8A 3FFIA 1EP4A 4GMJB 4DQRA 3S3MA 1W0HA 2F8SA 3OYAA 2DFFA 3CFRA 1U49A 3O3FA 2XHBA 2VG7A 3MAQA 4DTJA 2OYQA 3ZT3A 4OGCA 4KI4A 4J2BA 2OZMA 3WNFA 4CIGA 1R0AA 1CZBA 3C95A 4Q5VA 5JS2A 4E7JA 3NDKA 1SL1A 4DU1A 2AJQA 4CF0A 2P51A 4DG1A 4JS5A 1ITGA 1S1VA 1KVCA 3ALYA 3AO5A 3D0PA 2Z1GA 3VQBA 4DF4A 3NH2A 4KREA 1LW2A 3OY9A 1KTQA 2HHQA 1RBTA 1QSYA 4I2QA 3AO1A 3AO3A 3AVIA 3DMJA 4CJSA 3VQCA 4OPKA 1RTDA 2HHWA 2KZZA 1C0MA 4M3TA 4CGIA 3V9UA 4CHZA 4F3OA 4CF1A 1DTQA 1QHTA 1FXXA 1JKHA 1YTAA 4CHPA 3OJSA 4WE1A 4KPYA 3TAQA 1B92A 4FM2A 4CJTA 2LSNA 3LAKA 1NJYA 2W42A 3SUOA 2DY4A 4B9TA 4FLTA 4E1MA 1YTUA 4MQ3A 4PA1A 1KVBA 4JRPA 3THVA 1TKZA 2G8HA 3OYGA 4F2RA 3VA0A 1NKEA 1IH7A 3K5LA 3QEIA 1S1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DKGD 3QESA 5DMRA 3IS9A 1NGHA 3UKUB 2YHYA 1VK0A 1WSIA 2FLOA 2WOMA 4O0IA 3WXJA 2KFNA 4GV6A 2FBVA 2RN2A 3ULEA 3K5OA 3EE9A 1VSKA 1NKCA 1SUQA 2BANA 4KKOA 2PYJA 4FLWA 5LL6Z 1TV6A 2P9IA 3I55N 2O8BB 1SKRA 5EY4A 1VSJA 1U47A 4Z4HA 3J7YP 1YITN 3EE8A 2HB5A 3V9ZA 3LAMA 4DTOA 4BC4A 5KPRA 1RDAA 1NOZA 4OPAA 4CW7B 1X9WA 1ZBUA 3BY5A 3ID8A 2A40A 3MN5A 4Y1CA 4YNQA 4BRDA 5JVGL 1UA0A 3R8EA 4BDZA 3PY8A 3MMVA 1IKXA 1KD1O 4LF5K 3WT0A 3QIOA 5TKYA 4H0PA 3VTHA 1P90A 3DWLA 3VQ8A 3M8SA 2NRRA 5SWMA 3E9PA 4J2EA 1N34K 4L8RB 1W7AA 3TU5A 4H5RA 4FWQA 3UKUA 5F1XA 1DTTA 4H0OA 4BR4A 4Z4FA 1GOCA 3WXLA 1NMNA 2G8UA 2BGGA 2A42A 3PO5A 1X3NA 1T3VA 4N47A 3E1YA 3GDQA 1HUXA 4DWIA 1D8YA 4F4KA 1RT5A 2O8BA 4CF9A 4H5TA 4EP4A 1LAWA 4CZFA 3HOTA 4HUEA 1DLOA 1BCMA 5BPLA 1LAVA 2ATQA 1NK6A 4IDHA 4B8AB 2GTDA 3U4LA 5CZ2A 4AHRA 4JV5K 1RT6A 3OW2M 3LDOA 4EAHD 1ZBFA 2P9LA 1KCFA 3E9LA 5K14A 2ZD1A 2WC9A 4BWJA 4CJ3A 4B3OA 3ZETB 4KI6A 2GWJA 3DLLL 4DTXA 2KKZA 3Q7BA 4B3TK 4W5OA 4AM7A 3VESA 1K73O 2ZJQL 2HF4A 3SQ0A 1V4SA 3LP3A 4DU3A 5BPNA 2F9WA 4X66K 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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