4CEZA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cezA00
3VA3A 3T3FA 1U48A 4CHOA 4BDYA 4E7HA 2X78A 4DTUA 1TL3A 3IRXA 4KO0A 1EKEA 4MFBA 1W9HA 3L3UA 4CJQA 4RW7A 3HP6A 4DQQA 3K58A 3LZJA 3SUNA 2GUIA 2AJQA 2D0BA 4K8XA 2DFFA 4O4GA 3SV4A 4E89A 1HYZA 4E7KA 4Y1CA 3PX4A 1LWCA 3HL8A 4C8KA 1VSLA 4IBNA 4QCLA 1VSJA 5FRMA 1NJXA 2O4GA 3ZSRA 5K14A 1C0MA 4KPYA 4Z4CA 1S9GA 2FBVA 4DSLA 1RBUA 4DMNA 4IDKA 2HNYA 3NF6A 2DTUA 3NF7A 1ZBFA 3S3NA 1RT2A 3O3GA 5DMRA 1WSHA 4AHSA 3LZIA 2G8KA 4J2BA 4DTPA 4CGDA 3TI0A 1LWFA 4B8CA 3TAPA 2OPRA 3HSTB 4HTUA 4CIGA 3VQBA 3SI6A 4LSLA 3CG7A 4R5PA 3CFRA 4OLAA 2LSNA 4DG1A 3AVIA 3T19A 4KKOA 3MXJA 3ZCMA 4HVJA 1KVAA 3KLHA 1S9EA 3ISNC 4CJPA 1BHLA 3P83D 1U49A 3SUPA 4CEZA 4WE1A 1BQNA 4W5OA 1NKBA 4HCCA 1HQEA 5SWMA 3OYDA 4JRQA 4ELVA 4MQ3A 3EY1A 2HHUA 2ZE2A 1ITGA 2VWKA 5E41A 5J2NA 3RRGA 3C6TA 4CEQA 4DTJA 4M3YA 2DY4A 4OJRA 1N5YA 3AV9A 4B9TA 3BGRA 2HHXA 4M3TA 3NF9A 1F21A 2G8WA 2X6SA 4ZHRA 4J2AA 3TAEA 1D9DA 4N76A 1RTIA 2ITGA 3D45A 2FBYA 4IG3A 1XWLA 1HRHA 4CGFA 4OPKA 1QS4A 4KHQA 1NOZA 3HJFA 3K57A 2BDPA 3SZ2A 1BISA 4OKKA 3I0SA 3K59A 1T8EA 3OYCA 3ULDA 4B9UA 3AA5X 2XHBA 3RRHA 3TABA 1TK0A 3DLEA 3QLHA 1KRPA 1Z25A 1X1PA 3VQ4A 4J2EA 1BI4B 4W5RA 1QE1A 1NK8A 4CEOA 4M3XA 5FDLA 1D8YA 4PUOA 2F96A 3HPHA 4FK0A 2X74A 1K6YA 1QTMA 4W5TA 1N6QA 4KTQA 4N47A 3NH1A 1NK7A 2YHBA 4CF8A 4DSFA 3DRRA 1UWBA 4ZTFA 4DFJA 4DTXA 2OYQA 4Z4FA 4FLWA 1VSIA 1NJZA 3VQ8A 3DLRA 3DI6A 1J54A 3WNFA 3KIOA 3C6UA 2YHAA 3AVFA 3WNHA 3AA3A 3QERA 3HP9A 4CFDA 1KFSA 4O5BA 4F3OA 1VSHA 4CJWA 3OJSA 3AO3A 4DU4A 4CIEA 3LPTA 2KZZA 2Z1HA 3SJJA 1TKDA 1T7PA 3LP2A 1CXQA 3HT3A 1LAWA 4DSIA 2KTQA 4NCBA 4CJSA 4M3ZA 4CF9A 4DSEA 1XI1A 4N5SA 2HNZA 1ZBLA 4I9QA 5HLFA 1J5OA 3V4IA 1MU2A 1Y97A 1U04A 1RTHA 2P1JA 3QINA 1Q9XA 1RT4A 1YT3A 4M3WA 4NCGA 4OVLA 3KD1E 1KLMA 1RDBA 1S1XA 3P5JA 3SUQA 4ID5A 3MEEA 1KLNA 2QKKA 1S1TA 1UAXA 1Q9YA 4KB1A 4NCAA 3ALYA 4E7IA 1YTUA 4BWJA 3QIOA 1UA0A 4FJHA 4E1MA 4KI4A 1JXBA 1G15A 1VSMA 4BWMA 1FKOA 2HNDA 2JLEA 3L3VA 4H8KA 1WLJA 3MXMA 3S3MA 4Y1DA 3K5LA 3TAQA 4CJTA 3SQ0A 5DK5A 2O4IA 4CHNA 1GOBA 1RT7A 4DQRA 2HHTA 1RCHA 3V1QA 1Q8IA 1TAQA 3MAQA 4B3OA 4C8MA 2Z1IA 4DSKA 1J53A 1JLAA 1DLOA 4DSJA 4GMJB 4M3UA 3SPZA 1NK5A 4C8OA 3ZSZA 4KHYA 1CLQA 3V1RA 3NBPA 5KGWA 4CGGA 3VQPA 2QKBA 1C6VA 4B9VA 5KGXA 3VQCA 4FCYA 1L3VA 5KRTA 3ASMA 4M45A 5KTQA 2XY8A 3ZSXA 2VWJA 2Q3SA 4DU1A 5SZTA 4KV8A 2VG5A 4Z0UA 3AO5A 3NGZA 3HVRA 3L2UA 3KK1A 3L2WA 2YNFA 1NJYA 1WNSA 2HHVA 4DTRA 3PX6A 2YNGA 1S1VA 4CK3A 3HM9A 1ZBUA 2GV9A 1JL1A 1TVRA 4O55A 4M41A 2G8HA 3I0RA 2Y1JA 3PO5A 1C1BA 3AVHA 3VQDA 4CK2A 4PWDA 3SYZA 3BDPA 1IO2A 2KQ2A 5CZ2A 1QSSA 4CEDA 4DLGA 3OYNA 4CJRA 1RTDA 1HYVA 1S1UA 3HPGA 4JLHA 1DTTA 1JLFA 1RBRA 4FLXA 2Z1JA 3CM5A 3OYIA 2QK9A 1RT5A 1FKPA 2G8FA 3LP0A 3QETA 3V9UA 4FJXA 1RBTA 1SL1A 4O0JA 4L8RB 1JLBA 3NAEA 1T05A 4F3TA 4E7LA 1JXEA 3HVTA 4CHYA 1NJWA 3PUFA 3ZT2A 1HQUA 5D3GA 4Z4EA 4HUFA 1KFDA 3LANA 3M8QA 3O4QA 4OPJA 4DTSA 4XIUA 3KLFA 4LD0A 1W0HA 4FM1A 3VQEA 1LW2A 4DFMA 1SKRA 2D0CA 4GW6A 3VA0A 2PYJA 3VQ6A 4IFVA 4FLUA 4DQSA 4BDPA 3AVMA 4FLVA 4CHZA 5HRPA 3ITHA 1VSFA 3S3OA 3TAMA 4CFBA 4KB0A 3LALA 3F73A 1BQMA 4ZTJA 4CK1A 4LH5A 2OZSA 4KREA 1J9AA 3NFAA 3ZSOA 3OYMA 3U3YA 2HB5A 1I39A 2PY5A 4DQIA 2HHWA 5CY4A 5HRRA 3ZSVA 4Q0BA 4AH9A 4CERA 2A1RA 1TK8A 1HJRA 5C25A 3DMJA 1CZBA 2OPPA 1NK4A 4AILC 1TAUA 3TARA 4O0IA 3M8RA 1A5WA 1NK9A 2IOCA 4OKJA 3KD5E 2RPIA 1HMVA 5J1EA 4FK2A 3MECA 4IFYA 3F9KA 1CZ9A 3QNOA 3AA4A 1UA1A 3T1AA 1RDCA 4BDZA 4DTOA 4FM2A 4FZXC 1RBSA 1XHXA 4AHTA 4HUEA 1ZYQA 3DLGA 1DTQA 2EHGA 3AVAA 1U45A 1D5AA 1JLEA 4CEFA 3M8PA 5C24A 3JSMA 2BANA 3HK2A 3EYZA 4HCBA 1BIZA 4ID1A 4DTMA 3QEWA 1A5XA 2F8SA 4LSNA 1VRTA 4O44A 4C8NA 4FZZA 2YNHA 4FK4A 1WAJA 5EU7A 1X9WA 4DU3A 4LY7A 2KFNA 1XHZA 3KLIA 3NGYA 4FXDA 4DFKA 1WSJA 1X9SA 2BGGA 1BCMA 3DRPA 4CECA 3HXMA 2YV0X 4RG8A 2HHQA 1FXXA 3OJUA 1S5JA 2PZSA 3LPUA 2XRIA 3A2FA 4CJ3A 4CJLA 4Z4HA 3CFPA 1L3UA 2D0AA 5J2QA 3OYHA 1TKZA 3QEXA 1WN7A 3PV8A 2KZMA 4AHVA 4BE1A 1C0UA 4UQGA 3AA2A 3NCIA 2YNIA 4QOZB 4FYDA 3DYAA 2RKIA 2JGUA 4DLEA 3NH0A 4HHTA 4I2PA 1IKXA 1L3SA 4YFUA 3NE6A 3QIPA 4CJVA 4FVMA 1IH7A 3I8DA 1GOAA 3MEDA 1JLQA 1C0TA 1SKWA 1NOYA 5FRNA 2RN2A 4QAGA 1B92A 1YVUA 1VK0A 1BIUA 3DRSA 1RTJA 3L8BA 1RDDA 5JS2A 4DF8A 3ZT1A 3RMDA 2OA8A 3H08A 3OYBA 4KI6A 2F8TA 3NDKA 3FFIA 3AVJA 1B9FA 3TR8A 1IG9A 1RBVA 3PX0A 4OGEA 3IS9A 3KK3A 3AVCA 3LWLA 3IAYA 2YKNA 3VQAA 2ZD1A 4F2SA 3DM2A 4B9MA 4EZ9A 4KHUA 1U4BA 1ASWA 3RR8A 2WONA 2XY5A 2B4JA 2Y1IA 3C95A 3QO9A 4FJMA 3L2RA 3RMBA 2HVHA 3B6PA 4RW9A 3OS1A 4B9LA 2VG6A 2HVIA 4CJUA 2IGIA 4CCHA 2OZMA 2GBZA 4BE2A 3B6OA 2DFHA 4E1NA 3K2PA 5KRSA 4FLYA 2D5RA 3DLHA 4M42A 3V6DA 1SV5A 4NYFA 1WSEA 2A1SA 2ETJA 4H4MA 1YTAA 1BL3A 4RW4A 3HYFA 2YKMA 1ASUA 3LAKA 3SQ1A 2P5OA 2PYLA 4E0DA 2W42A 2R7YA 1WSIA 2FBXA 4G1QA 1L5UA 3TAFA 4KAZA 3RR7A 4FJLA 4FJKA 4FJGA 4KHSA 3NGIA 1IKVA 1NK0A 4H4OA 5HP1A 1NKEA 4I7FA 3ZSQA 2DFEA 3DLKA 4CEBA 1CXUA 5CYMA 4RW8A 3VQQA 4CF1A 3OYEA 2XO7A 3HPOA 4B08A 5I42A 1RNHA 4KTWA 4DF4A 4CFAA 4DS5A 1KVCA 5CYQA 1S6PA 3S9HA 5CZ1A 4CGJA 4CGHA 2G8IA 2IC3A 1S6QA 1VSDA 3LP3A 3SPYA 3QEIA 4ICLA 4JS4A 1GOCA 4BE0A 3RTVA 1IKWA 1HNVA 2IDOA 4FJ9A 4OGCA 3L2VA 3VQ9A 4PY5A 4E7JA 4DTNA 2B5JA 4C8LA 3HO1A 1HYSA 3OYFA 4CIFA 4EZ6A 4PA1A 3MXIA 4FJNA 3SCXA 2Z1GA 4FW1A 3RMAA 4E3SA 2QXFA 3U6FA 2HMIA 4YNQA 2HHSA 3VQ5A 3EZ5A 3O4NA 3L2QA 3K5OA 1KTQA 1A5VA 3K5NA 4FM0A 3AVKA 3V9ZA 3JYTA 3P1GA 5J2MA 4J2DA 1EX4A 3ZSWA 4AHRA 3AVGA 4DS4A 1KSPA 4DWIA 4F4KA 2VG7A 3MEGA 1TK5A 4JS5A 4TSXA 1HNIA 5JS1A 2HW3A 3NH2A 4BACA 3O3FA 3KLEA 5T7BA 1B9DA 3U3GA 4CHPA 4JRPA 1LAVA 3PY8A 4F2RA 1C1AA 4DFPA 1LV5A 1FK9A 3PO4A 1D9FA 4DQPA 3TAGA 3OYAA 5J2PA 5HRSA 2RF2A 4N41A 4Z4GA 4CGIA 5C42A 1WAFA 1VRUA 2G8VA 4K8ZA 2X6NA 2IAJA 2NUBA 4NYNA 3V9XA 3LWMA 3O3HA 3QEPA 1REVA 4ELTA 3KKSA 4IKFA 1RT6A 1WSFA 1UOCA 3CFOA 4B9NA 4PQUA 1I3AA 3ZT3A 1JLCA 1HPZA 1EXQA 3V1OA 1JLGA 4CESA 1RDAA 3IG1A 2P5GA 4FZYA 4W5NA 3E01A 3D0PA 3V81A 4KFBA 1L3TA 4B9SA 2FBTA 2BE2A 1WSGA 3KJVA 3M8SA 3G0ZA 4FLTA 1JKHA 1T03A 2E6MA 4EP4A 4LH4A 2FC0A 4Q5VA 3UIQA 1LWEA 4CJ5A 1RILA 3NHGA 3CYMA 3CQ8A 3RMCA 1VSKA 3ZSYA 2B6AA 1SUQA 3AVNA 2KFZA 4AHUA 4EP5A 4FJ8A 3NF8A 1LW0A 4GVMA 4B8AB 5HROA 1S1WA 1TKXA 3AVLA 4CEEA 3K5MA 1SL2A 1ZBIA 1KCFA 3SUOA 4M3RA 1TKTA 4OKEA 3QESA 3SQ4A 2OPQA 3WNEA 1JL2A 3C94A 4CE9A 4E19A 3OYLA 2G8UA 4KHNA 4KTZA 3LAMA 3AVBA 4I9LA 1RT3A 3OS2A 3OVNA 1QHTA 4IG0A 3AO2A 3KK2A 4RW6A 1Z26A 3CM6A 2P51A 3OYJA 3SNNA 4FJIA 4FJJA 4CJEA 1ZBHA 3VN5A 1SKSA 2IS3A 3ZT0A 3ZT4A 3KLGA 4Z4IA 1BCOA 3TWHA 4W5QA 3LDSA 1R0AA 4CFCA 5KI6A 1C1CA 4AHCA 3OS0A 5HBMA 1SL0A 4CF0A 3DOLA 3QNNA 1TGOA 5FROA 4OLBA 4CJFA 3SV3A 2XY6A 3TANA 3RWUA 3THVA 2I5JA 4HUGA 1BGXT 4FJ5A 3OYKA 1ASVA 3DOKA 1IKYA 2E6LA 3G10A 4CEAA 4ELUA 3KKRA 3KTQA 1EETA 1O1WA 2EX3A 1VSEA 1EP4A 1U47A 1NKCA 1TL1A 1X9MA 1KVBA 1RT1A 1QSYA 2ZQBA 4CJKA 1QQCA 1XC9A 4CHQA 2WOMA 2XY7A 2E4LA 4FW2A 3VQ7A 4CJ4A 1BI4A 2KW4A 3V9SA 2OPSA 3OY9A 4CF2A 3QEVA 1NK6A 5I3UA 3AO1A 4F8RA 4I2QA 3WNGA 1QSLA 3DLBA 4KHWA 2ATQA 3OYGA 3AO4A 3V9WA 4FLZA 4KRFA 5HRNA 4FJ7A 3LP1A 3SQ2A 4N56A 1TV6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T3FA 1U48A 4E7HA 3R9PA 1EKEA 4MFBA 3HP6A 4RW7A 4A5BA 3LZJA 5JMVA 4O4GA 4E7KA 1QVFM 2JWKA 3CPEA 1ZXOA 4QCLA 5FRMA 1NJXA 4B3MK 3ZSRA 4BG9A 4LFBK 5K14A 4CD3A 4DV3K 1NLVA 4IDKA 1NG9A 3LZIA 5DMRA 4DTPA 1LWFA 2E2NA 4OO1J 4CIGA 3CG7A 3HBTA 4KKOA 3MXJA 5AQXA 1KVAA 4FSVA 4XH4A 3ISNC 4CJPA 3P83D 4WE1A 5AQFA 4W5OA 1HQEA 3OYDA 3I55N 3O9RA 2HHUA 3CQYA 3C6TA 4M3YA 2HHXA 4M3TA 2NRHA 1F21A 3CD6N 2G8WA 3BUZB 1ESVA 4N76A 2ITGA 3D45A 2ASOA 3K0SA 1XWLA 1HRHA 4CGFA 4OPKA 1QS4A 1MWKA 1NOZA 1BISA 3AA5X 3RRHA 3QLHA 1S72N 1Z25A 3VQ4A 3MCPA 2KKZA 4PUOA 3HPHA 3J8AA 4FK0A 4JKGA 1K6YA 1NGFA 1QTMA 4CBXA 1NK7A 4YOVA 2RE2A 4H5RA 3FFKB 5M1PA 4DFJA 2VYPA 1YJNN 1W7AA 3VQ8A 3C6UA 3AA3A 3H3NO 4O8KA 4BR9A 5F2RA 4CJWA 3OJSA 4DU4A 3HT3A 4NCBA 4CJSA 2ZJRL 1ZBLA 2HNZA 4I9QA 4MDBA 2UXCK 4GY2B 1KAXA 3V4IA 1RTHA 1Q9XA 2QEXN 4BRHA 1KLMA 2QKKA 1S1TA 1YTUA 4K43A 2VGNA 4FJHA 5AJ3K 1FKOA 3L3VA 3VF4A 1BUPA 3S3MA 3TAQA 2O4IA 1RT7A 4DQRA 4DV4K 1TAQA 4B3OA 1JLAA 4DSJA 5AQKA 4M3UA 5GAGP 4C8OA 3PSIA 3ULEA 3NBPA 5KGWA 3K9KA 1MDUB 3T1HK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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