The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
215
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sequence length |
646
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structure length |
646
|
Chain Sequence |
QIVPDAATCPACLAEMNTPGERRYRYPFINCTHCGPRFTIIRAMPYDRPFTVMAAFPLCPACDKEYRDPLDRRFHAQPVACPECGPYLEWVSHGEHAEQEAALQAAIAQLKMGNIVAIKGIGGFHLACDARNSNAVATLRARKHRPAKPLAVMLPVADGLPDAARQLLTTPAAPIVLVDKKYVPELCDDIAPGLNEVGVMLPANPLQHLLLQELQCPLVMTSGNLSGKPPAISNEQALEDLQGIADGFLIHNRDIVQRMDDSVVRESGEMLRRSRGYVPDALALPPGFKNVPPVLCLGADLKNTFCLVRGEQVVLSQHLGDLSDDGIQTQWREALRLMQNIYNFTPQYVVHDAHPGYVSCQWASEMNLPTQTVLHHHAHAAACLAEHQWPLDGGDVIALTLDGIGMGENGALWGGECLRVNYRECEHLGGLPAVALPGGDLAAKQPWRNLLAQCLRFVPEWQNYPETASVAAANWSVLARAIERGINAPLASSCGRLFDAVAAALGCAPATLSYEGEAACALEALAASCDGVTHPVTMPRVDNQLDLATFWQQWLNWQAPVNQRAWAFHDALAQGFAALMREQATMRGITTLVFSGGVIHNRLLRARLAHYLADFTLLFPQSLPAGDGGLSLGQGVIAAARWLAGE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Hydrogenase Maturation Protein HypF with Reaction Intermediates Shows Two Active Sites.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transcriptional regulatory protein
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
215
|
| structure length |
646
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| sequence length |
646
|
| ec nomenclature |
ec
2.1.3.-: |
| pdb deposition date | 2011-09-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01300 | Sua5_yciO_yrdC | Telomere recombination |
| A | PF07503 | zf-HYPF | HypF finger |
| A | PF17788 | HypF_C | HypF Kae1-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Translation Initiation Factor IF3 | Translation Initiation Factor IF3 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | DHBP synthase | DHBP synthase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VEZ A; 3VER A; 3VEX A; 3TSP A; 3TTF A; 3VEN A; 3TSQ A; 3TSU A; 3VF2 A; 3VF4 A; 3VTH A; 3VEW A; 3VEO A; 3TTD A; 3VET A; 3TTC A; 3VES A; 3VTI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OZM A; 4W5Q A; 3TI0 A; 4GV9 A; 5AQQ A; 1HKC A; 1W9H A; 3O9T A; 2P1J A; 4FLU A; 2LN3 A; 1PAV A; 4K42 A; 1K4P A; 3PX4 A; 1LWE A; 4CK1 A; 1D9D A; 3D2F A; 1S9E A; 3PO4 A; 5AQS A; 3VQ5 A; 1YJW N; 4FJJ A; 1BCM A; 4QS9 A; 4ISG A; 1REV A; 1I94 K; 3K9K A; 1DGK N; 2E6M A; 1XUP O; 2IC3 A; 4FK2 A; 2KZM A; 1RTD A; 2ASM A; 3OYD A; 1JE3 A; 4GY2 B; 5SWM A; 4W5R A; 3VET A; 3SUN A; 1BOT O; 3L6Q A; 2XHB A; 4BRH A; 4NLB A; 3UIQ A; 5J2Q A; 3ZT1 A; 5BPM A; 3V1O A; 3L3V A; 3KLG A; 5E84 A; 4E19 A; 1QE1 A; 2E2N A; 3AVA A; 3BY5 A; 4CBU A; 4NXN K; 4EZ9 A; 3L2Q A; 1DCJ A; 1FJG K; 1NGD A; 5HRS A; 1VSE A; 3TSQ A; 3AVL A; 5K14 A; 4UY8 O; 2IS3 A; 5FRM A; 3EE8 A; 4IWV A; 4LF7 K; 3TAE A; 3C6H A; 1BG3 A; 4JHD B; 3VQB A; 4MQ3 A; 5CY4 A; 4H0V B; 3L2U A; 1FKP A; 2YJE A; 1X3N A; 2FXU A; 5LY3 A; 2YI1 A; 1YIT N; 4EHT A; 3VQ4 A; 3J7A P; 2Q31 A; 2IGI A; 5HLF A; 4WFB L; 3KK7 A; 1VSF A; 4FJG A; 4LF4 K; 3C7N B; 3O8M A; 3TOE A; 3KK1 A; 5AQH A; 2G8H A; 1XWL A; 3TAF A; 4KHQ A; 3K5O A; 3KZB A; 4NXM K; 3SUO A; 4FJX A; 3MMV A; 4M7Y A; 3DRP A; 3SV4 A; 3ZCM A; 4KH6 A; 4OKK A; 4J2A A; 3OJS A; 4E7I A; 4GNI A; 4DSI A; 3AGK A; 2RPI A; 2NRZ A; 4DFJ A; 4BG9 A; 4CGJ A; 3WQU A; 4CJE A; 4B3M K; 1KAX A; 4JI7 K; 1TK5 A; 4IJA A; 4H5V A; 2HNY A; 4FJ7 A; 4K88 A; 3VER A; 1RBS A; 1S1V A; 4BC2 A; 3NE6 A; 3QNO A; 2BKY X; 1H4Q A; 5HRR A; 4JKE A; 2ITM A; 5JLF A; 3GDQ A; 3O4Q A; 3G6E N; 1SKS A; 4FZY A; 4CED A; 1UA1 A; 1IO2 A; 3TU5 A; 5AQV A; 1RIL A; 4H03 B; 4CVN E; 1Q18 A; 2HBL A; 4FLY A; 4DV5 K; 4DFP A; 1OH5 A; 1KFS A; 5JLH A; 3SAG A; 2KLA A; 3F5T A; 2WOM A; 5JMV A; 4CF0 A; 2A3Z A; 3G71 N; 1NK5 A; 1VQN N; 2RN2 A; 4R79 A; 2JWK A; 1RFQ A; 2P9I A; 1X9W A; 2OPQ A; 3KLI A; 5CZ2 A; 4L8R B; 3M8R A; 1YHQ N; 4BRM A; 4LF6 K; 5M1N A; 5D3G A; 1KLM A; 4RWT A; 2RHK A; 2WTU A; 4J2B A; 3LZJ A; 3DMJ A; 1BIZ A; 2YX6 A; 3A2F A; 4N76 A; 1KVB A; 3QO9 A; 1KRP A; 2O8C B; 3CIP A; 1HNW K; 4CIF A; 2GX9 A; 2HHW A; 2GTC A; 4FBQ A; 4H5T A; 4I7F A; 1HRU A; 3SPZ A; 5AQT A; 2ASO A; 3TAR A; 4FWM A; 5HRP A; 3NGZ A; 2VG5 A; 1BI4 A; 2O8F A; 3WT0 A; 1CZB A; 3QFP A; 1CZ9 A; 2CH6 A; 1RT6 A; 4WFA L; 1Q9Y A; 3DLR A; 3DM2 A; 3NFA A; 2GEL A; 2E2P A; 4BQL A; 1BHL A; 5M1O A; 2DPN A; 3LP0 A; 3TAB A; 1VR4 A; 3TAN A; 4JKG A; 2HBM A; 4FW2 A; 3OYA A; 3I8B A; 1NGJ A; 1W2B M; 2HHX A; 2VWJ A; 4IG3 A; 1T05 A; 2UUA K; 3G25 A; 1VQ7 N; 4BC4 A; 5AQY A; 4A2B A; 2A5X A; 2RE2 A; 3U9D A; 4CJ5 A; 3CJC A; 3ZIE A; 2R7Y A; 4K25 A; 3CC4 N; 3OJU A; 4CZF A; 1JLQ A; 3I8D A; 1QZ6 A; 1IKX A; 2G8V A; 1ZBH A; 3QBX A; 3TPQ A; 1ZC6 A; 2ZGZ A; 1YJ9 N; 1KC8 O; 1EWQ A; 1SUQ A; 1IKY A; 3HPO A; 4I6M B; 4OX9 K; 3RMA A; 4YDU A; 2G8K A; 3WNF A; 5AQJ A; 4IFE A; 1YJN N; 3NDK A; 1YVU A; 1NG9 A; 4B9Q A; 5FPN A; 4BGA A; 1RT7 A; 4IFV A; 1NJW A; 3M5R A; 4FWS A; 3SQ4 A; 4JI6 K; 2FBV A; 3LL3 A; 4DWI A; 2P9L A; 3LAM A; 4ISF A; 4KH4 A; 5ADX H; 4KI4 A; 3V6D A; 1BDG A; 3SCX A; 3QER A; 4FBK A; 4A62 A; 3H1Q A; 1Z26 A; 1OKJ A; 3NVK A; 4BWJ A; 3LQU A; 2OTL N; 2Z1I A; 4BRN A; 2D0O A; 3L4I A; 2GV9 A; 3QML A; 3THX A; 1ASW A; 1K9M O; 3GOI A; 3AJE A; 1QSS A; 1VQK N; 3NMU A; 4WQ4 A; 3DOK A; 4BC5 A; 4HVC A; 3Q7B A; 2UXC K; 2Y1J A; 4KB0 A; 4O8U A; 3NF8 A; 2OPR A; 4PKH A; 1WAF A; 1NOZ A; 4PKG A; 4BRO A; 1EET A; 4X66 K; 1V4T A; 3F9K A; 3ZSZ A; 2IVP A; 4DFM A; 2WFB A; 3T1H K; 5J2N A; 4CCH A; 3TAP A; 3NH1 A; 3AVB A; 3ULE A; 4WQ5 C; 3ISN C; 3AA3 A; 4BDP A; 1PVW A; 4C1N K; 2A40 A; 3LDL A; 4RW4 A; 1TUY A; 5AQI A; 4FBW A; 4EO0 A; 5M1K A; 3D2E B; 4PHT X; 5EY4 A; 3KD1 E; 1VQ6 N; 3TAG A; 2HW3 A; 4PKI A; 5KQD A; 3CCU N; 2VG7 A; 5KI6 A; 3MN7 A; 3PY8 A; 3IAL A; 3MWT A; 3WXK A; 4B1W B; 1BIU A; 2CGJ A; 2QXL A; 3QEW A; 4CJU A; 4JKD A; 4PUO A; 4N47 A; 2HMP A; 5AQP A; 3A5N C; 4IEI A; 1QTM A; 2KTQ A; 3LAL A; 4X62 K; 3VQQ A; 4EP5 A; 3UKR B; 2KFN A; 3MEG A; 2HBJ A; 3KLF A; 3NGY A; 3RWU A; 3AAP A; 1KSP A; 3HSC A; 3SI6 A; 2V52 B; 1C1B A; 2AP1 A; 1DEJ A; 1NNE A; 4QAG A; 4YOW A; 3QNN A; 3VOV A; 4O55 A; 3ZEU B; 1O1W A; 1OH6 A; 1P90 A; 3RMD A; 1WSJ A; 3CI5 A; 3VEX A; 2QWN A; 3DXK B; 5GIO A; 1HQU A; 3CJ1 A; 4BR4 A; 4CJ7 A; 3VEO A; 4LFA K; 4AF1 A; 1UDV A; 4LY7 A; 4J2E A; 5GAG P; 4RW6 A; 4H0O A; 3L2R A; 4ILJ A; 3CPW M; 4B9V A; 4ELV A; 5DMR A; 4M3U A; 3CFR A; 1U45 A; 4EAH D; 4U67 L; 3EKS A; 3HOS A; 1NGE A; 3RSE B; 2QW9 A; 1HLU A; 3L8B A; 4F4K A; 2FLO A; 1TKS A; 2BTF A; 4TSX A; 3H3O B; 1ASU A; 3WBM A; 4E89 A; 1IKV A; 2V7Y A; 4FO0 A; 5JS2 A; 3VQ7 A; 4DLE A; 4CHP A; 2ASP A; 4IDH A; 1NGI A; 4JD2 B; 3CJB A; 4CHQ A; 4DQ8 A; 1JLE A; 2Q0U A; 3CFP A; 1XC9 A; 1D8Y A; 4DTS A; 4MO5 A; 1RBT A; 2P51 A; 4YOV A; 1C0M A; 3MXI A; 1GLD G; 1P8Z A; 3V9S A; 3FZH A; 4JK8 A; 4BR5 A; 3VEY A; 1TYQ B; 3GE1 A; 1IV0 A; 3L3U A; 4NO7 A; 3FZK A; 1EQY A; 2XO7 A; 4DQI A; 4CFC A; 1S8E A; 4DMN A; 1S9G A; 3LAK A; 3OBY A; 1KVC A; 4JN4 A; 1HX1 A; 2Q97 A; 5CHI A; 4DR4 K; 2P9K A; 1Y64 A; 1HR0 K; 4M3Z A; 3V81 A; 2F7T A; 2LSN A; 2GEM A; 4DR6 K; 2H3G X; 3M8Q A; 5M1Q A; 2P9P B; 2LXR A; 2ZF5 O; 4JLH A; 1C0G A; 3O9R A; 1L5U A; 2IAJ A; 1UAX A; 1WSG A; 2VWB A; 3CQ8 A; 1EX4 A; 4FWR A; 4BE1 A; 4CJL A; 3H46 O; 2I5J A; 3LDN A; 4JKB A; 3N4P A; 4FJL A; 2CGL A; 3R1X A; 2A6A A; 4BRI A; 3P4I A; 4RCH A; 4N41 A; 4B9U A; 4FJ5 A; 4E1J A; 3CJ9 A; 5TKY A; 3LDS A; 4JRQ A; 3BZC A; 5GIP A; 4C8O A; 3ID8 A; 3ATU A; 3VA3 A; 1MU2 A; 1F21 A; 4JI8 K; 2IDO A; 1IH7 A; 3CC7 N; 3IFR A; 2VQE K; 1NKB A; 1TL1 A; 3BEX A; 3THW B; 3ZT2 A; 4KHW A; 1ZBI A; 3CJA A; 4CW7 B; 1NOY A; 4DV2 K; 4JK9 A; 5KPZ A; 4BRG A; 5I42 A; 4MO4 A; 4FVU A; 1GLC G; 1H1V A; 2EHG A; 4LF5 K; 4M63 C; 2RF2 A; 1NGB A; 3MN9 A; 2P9S B; 3SBG A; 3K5L A; 4BDZ A; 1I3A A; 5C15 A; 4F3O A; 3CHW A; 3AVH A; 4NCX A; 2P9N A; 2NLX A; 4K86 A; 1YXQ A; 3K0S A; 4O44 A; 1S1W A; 2Q2R A; 2G8W A; 1LW0 A; 1II7 A; 3NGI A; 4FZZ A; 2KHO A; 2P5G A; 1X9S A; 4FWQ A; 2ATQ A; 5FDL A; 3LWL A; 2Q3V A; 1NJI O; 2UU9 K; 2XRI A; 3B6O A; 1BU6 O; 1JXB A; 3CD6 N; 4BQZ A; 5AQZ A; 1S6P A; 1K6Y A; 2HF4 A; 4I6M A; 4RW8 A; 4XH4 A; 3KVG A; 3ALY A; 3SNN A; 1G15 A; 5CZ1 A; 4B1Z A; 3BF1 A; 3OYE A; 1U48 A; 4CER A; 2DFH A; 4C8N A; 4CF2 A; 3PX0 A; 3KJV A; 2P9U B; 3SLC A; 1IEZ A; 3WUH A; 4EFH A; 1VK0 A; 1YIJ N; 3HST B; 3IUC A; 1SZ2 A; 3ENH A; 4M3R A; 1KFD A; 3NHG A; 3LPU A; 1K8K A; 2D0C A; 1NJY A; 3CFO A; 1SL0 A; 2PYL A; 1TK0 A; 1NGH A; 3ZYY X; 3CPE A; 1PVY A; 2QKB A; 2EH1 A; 4CEB A; 1TAU A; 5C24 A; 3FGU A; 4CHZ A; 4KB1 A; 2QA4 N; 1D4X A; 3U3G A; 4F2R A; 4GKJ K; 1ILY A; 1HMV A; 1VSL A; 3ID6 A; 4AHT A; 1TKX A; 3AAQ A; 1T8E A; 4PL8 A; 5DM7 L; 3VQD A; 4ELU A; 3VQ8 A; 2GWJ A; 4JS4 A; 4E7H A; 4KAZ A; 1BWF O; 3L0Q A; 3O08 A; 4YOY A; 3EKU A; 3C65 A; 2O8B B; 4KTQ A; 4E7J A; 5BN9 A; 3MED A; 3ZIG A; 3OYL A; 3NVM A; 3I33 A; 4BAC A; 3M1F A; 3KK3 A; 1DTQ A; 2NNW A; 4N56 A; 3TTD A; 1Q7Y O; 5LMU K; 2EQA A; 3VA0 A; 4B3S K; 3HP6 A; 3S3N A; 1KAY A; 4WI1 A; 3VEN A; 1KTQ A; 1NFH A; 3UKU A; 4FYD A; 4CZK A; 2EWS A; 3ZT0 A; 3ENB A; 4YOX A; 4XIU A; 3DLH A; 4A5A A; 3AO1 A; 3DSC A; 1J9A A; 3J81 O; 3CXC M; 4B1V A; 1N8R O; 3OBW A; 2OZS A; 3O80 A; 5FRN A; 1GLF O; 4F3T A; 1QZ5 A; 4AHS A; 3HXM A; 2Q3S A; 1V4S A; 3QLH A; 2NRT A; 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1OH8 A; 1IJJ A; 4AHR A; 1SAZ A; 1U4B A; 3ZLJ A; 2KKZ A; 1JCF A; 1NWK A; 1C1C A; 2YNH A; 1N5Y A; 1J5E K; 1HYZ A; 4O5B A; 4ILH A; 1JLB A; 1TV6 A; 1ATN A; 3CQX A; 3LDP A; 4DTX A; 4ICL A; 3DAW A; 3C6A A; 3SMP A; 3TAQ A; 3NF9 A; 2JWL A; 5AFU A; 1GOB A; 4OGE A; 4PL7 A; 3SYZ A; 1WBD A; 4GV6 A; 4FPA A; 4JAX A; 5AZJ B; 1RGI A; 5LJV A; 1SL1 A; 3HI0 A; 2UUC K; 4CF1 A; 1D9F A; 4DR5 K; 5FRO A; 4IKF A; 1DLO A; 1C6V A; 2UYT A; 4CFA A; 5JVH L; 4G1Q A; 5M1P A; 4B8A B; 1HPZ A; 2YHB A; 3V4I A; 3MEC A; 1TVR A; 4ILG B; 4PA1 A; 3DI6 A; 4M41 A; 4NCB A; 4LH4 A; 3SPY A; 4UQG A; 4BE2 A; 1T03 A; 3LPT A; 4H5W A; 4H5N A; 3H45 C; 3J8A A; 2HF3 A; 3VGL A; 1QQM A; 1BQM A; 3K57 A; 2HHU A; 2JLE A; 4K8X A; 3ITH A; 5KQ8 A; 1IBL K; 1KQS M; 4CJV A; 2FBX A; 5DM6 L; 2YNI A; 4MDB A; 3T69 A; 5H1S Q; 2OAN A; 3AA2 A; 2HND A; 3ASM A; 1XNQ K; 2F9W A; 3O4W A; 5IWA K; 5LL6 Z; 3PIO L; 1NJ1 A; 4K8Z A; 3F2K A; 3EZW A; 3QIN A; 4J8F A; 1DT9 A; 4YOR A; 2QXF A; 1HYS A; 5HRO A; 3D2F B; 1NK9 A; 1A5V A; 1K4O A; 4HTL A; 3WXJ A; 3TTF A; 2I7P A; 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