The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
Human tRNA(Lys3)(UUU) Is Pre-Structured by Natural Modifications for Cognate and Wobble Codon Binding through Keto-Enol Tautomerism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
30
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| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNW K; 4DUY K; 2ZM6 K; 3J80 O; 4NXN K; 4LF9 K; 4LF6 K; 2F4V K; 5IWA K; 4V19 S; 4LFC K; 4JI5 K; 1N36 K; 1XMO K; 2UUC K; 3J7A P; 4LFA K; 4DR1 K; 4DV0 K; 1I94 K; 1HNX K; 5LMN K; 3JAM O; 4DV2 K; 1IBM K; 4DV3 K; 5FLX O; 2HHH K; 4JI4 K; 4DV6 K; 5BR8 K; 4GKJ K; 3OTO K; 4B3M K; 1IBK K; 2VQE K; 4LF7 K; 3T1Y K; 3T1H K; 4DR7 K; 4X66 K; 4JI1 K; 3J81 O; 2UUB K; 1N33 K; 1XMQ K; 5IT9 O; 4X65 K; 4GKK K; 4X64 K; 4DR5 K; 4YY3 K; 4JI8 K; 2UU9 K; 4LF4 K; 4CVN E; 1N34 K; 4LF8 K; 2UXC K; 4DUZ K; 4LF5 K; 1HNZ K; 4X62 K; 1XNQ K; 4K0K K; 4DR3 K; 2UXD K; 1HR0 K; 4JI6 K; 4JI3 K; 5AJ3 K; 2UUA K; 4KHP K; 5A2Q O; 4DR2 K; 4B3S K; 4NXM K; 5LMU K; 4DV4 K; 4DV7 K; 2E5L K; 4JI2 K; 4JYA K; 3J7Y P; 4CW7 B; 4JI7 K; 4DV5 K; 4DR4 K; 4B3R K; 4DR6 K; 1FJG K; 2VQF K; 4JV5 K; 1IBL K; 1XNR K; 4DV1 K; 5LL6 Z; 1J5E K; 4B3T K; 4LFB K; 2UXB K; 4YHH K; 1N32 K; 4JI0 K; 4OX9 K; 4AQY K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P9N A; 4DFK A; 1QHT A; 1XHZ A; 2O8C B; 3HT3 A; 1XUP O; 3EL2 A; 3WXL A; 4CZE A; 1A5V A; 2ZM6 K; 3EE8 A; 1KAX A; 4V19 S; 1BDG A; 1O13 A; 3QBW A; 2QKK A; 3O5B A; 2A6A A; 1KSP A; 1J53 A; 5DM7 L; 1BG3 A; 3SK3 A; 2YHA A; 2P5G A; 2O8C A; 3DOL A; 2D0A A; 4KHQ A; 4A2B A; 2G8I A; 4OPA A; 5AQW A; 1O1W A; 4IFY A; 5EU7 A; 1MU2 A; 3O08 A; 1LOT B; 5KPZ A; 1CZB A; 1IBK K; 4ID5 A; 1NK0 A; 1BHL A; 3WNF A; 1MWK A; 1KD1 O; 3OS2 A; 3CF5 L; 3OYE A; 3G71 N; 3J81 O; 4HUE A; 4DQS A; 2YHB A; 4JS5 A; 4IG3 A; 2OPR A; 1CXU A; 4B3O A; 4FJ5 A; 1YVN A; 5B8H A; 3VGM A; 1SAZ A; 3QNO A; 3PV8 A; 1M1K O; 1NG9 A; 1HJO A; 2E2O A; 4JKF A; 2HND A; 2HHS A; 4GV9 A; 2HBK A; 5BN8 A; 2B5J A; 1VSM A; 3VEX A; 3THX B; 3ZCM A; 1W9H A; 4KTZ A; 5LY3 A; 2QWR A; 2V7Z A; 1BOT O; 2V52 B; 3VEW A; 3HPH A; 1K6Y A; 4H5N A; 1QQO A; 3ATU A; 3AVK A; 1C6V A; 4BRI A; 3QIC A; 1RBS A; 3NE6 A; 4DV4 K; 3CPE A; 1NU0 A; 4GY2 B; 3THX A; 4JI7 K; 3SUN A; 3CG7 A; 3AV9 A; 5E84 A; 4DR6 K; 3QML A; 2F9W A; 3DM2 A; 2ZD1 A; 3NAE A; 1CLQ A; 4IOA L; 3CPW M; 3UIQ A; 4CHN A; 5JS2 A; 4YDU A; 4M3X A; 4B3T K; 5JLH A; 3K5L A; 1P8Z A; 3CCJ N; 2HMP A; 4JKB A; 5GIN A; 3VES A; 1VQ4 N; 3S3O A; 3O6W A; 5CR4 A; 3AAP A; 1X3N A; 3GE1 A; 1VQ5 N; 3TAN A; 1D4X A; 4BDZ A; 2Q2R A; 1E4F T; 3MX5 A; 3SUQ A; 4YNQ A; 4CJS A; 5KGW A; 4DLG A; 3V4I A; 3VQ9 A; 4C8O A; 3I8D A; 1QTM A; 1VSE A; 3M3Z A; 4CZI A; 2DTU A; 4BC5 A; 1QS4 A; 5DK5 A; 2D5R A; 2X6N A; 3ZSQ A; 3CJA A; 1VSJ A; 2ZGY A; 3DI6 A; 4BRO A; 3QEW A; 4H4O A; 4DTR A; 3OYN A; 3CCU N; 3RMC A; 3R9P A; 4DWI A; 3M8P A; 1Y64 A; 2QTD A; 4KAZ A; 4FWL A; 1JJ2 M; 3KZB A; 3VQQ A; 4DR7 K; 4B1Y B; 1S1T A; 4OPJ A; 3CFO A; 3VF6 A; 3E1Y A; 1NK4 A; 2ZQB A; 5M1N A; 4ICL A; 1HKG A; 3PIP L; 1TYQ B; 3QDK A; 1X9S A; 3NH1 A; 1WSH A; 4E7K A; 1ZYQ A; 4X64 K; 3NH2 A; 1LW2 A; 1SV5 A; 4YY3 K; 3V1O A; 3V9Z A; 4O55 A; 2KTQ A; 5J1E A; 4CEF A; 3ZEU B; 2HF3 A; 4FSV A; 3ZET B; 4A2A A; 4DHY A; 4OKE A; 1TKZ A; 3HTV A; 2I7N A; 3NGY A; 4CF0 A; 4MLE A; 2QWO A; 4IO8 A; 1TYQ A; 5LMU K; 5BRE A; 2FLO A; 1UOC A; 3TSU A; 2G8W A; 3VQ4 A; 1XC3 A; 4CJQ A; 3QLH A; 3ZEU A; 3ZET A; 1QZ5 A; 1RT5 A; 3T7Z A; 4WQ5 C; 1TL3 A; 1RBT A; 1KC8 O; 1XNR K; 2W41 A; 3EKS A; 1JLA A; 1N5Y A; 1T8E A; 1KLM A; 2KZM A; 3QEX A; 3SV4 A; 2FSK A; 2HHV A; 4CJV A; 4ILG B; 4FWN A; 4IO9 L; 2GEM A; 2YNI A; 4LY7 A; 3TU5 A; 5M1F A; 1WSG A; 4CF9 A; 4W5O A; 1JLC A; 4Z94 A; 2QEX N; 4FJ7 A; 5GIP A; 3P1G A; 2Y1J A; 3D2F B; 1NJI O; 1ZBI A; 4PQU A; 5FRM A; 4DFM A; 4N47 A; 1S1V A; 3QEP A; 4FWP A; 1SZ2 A; 4WFA L; 4PKI A; 1WSF A; 3AY9 A; 4JNE A; 3ZT3 A; 3GL1 A; 3SAH A; 1TGO A; 1LAW A; 1WAJ A; 4DV6 K; 5FPN A; 4CZH A; 3AA3 A; 3VQP A; 3D2F A; 5J2Q A; 2FSN A; 1RDD A; 3V1Q A; 5F0X A; 3OYJ A; 3SUO A; 5C24 A; 3DLB A; 2UUB K; 1NOZ A; 2A41 A; 3QES A; 1XMQ K; 3F9M A; 1HJR A; 4TSX A; 4CHP A; 4PHT X; 3B6O A; 4EFH A; 4E89 A; 4O0I A; 3VA0 A; 2X74 A; 3O8M A; 4MDB A; 3L2R A; 3TAG A; 1EKE A; 3SJJ A; 2ZF5 O; 3L2Q A; 1D9F A; 4LF8 K; 5C12 A; 4ZHR A; 3OYG A; 1GLF O; 4RW9 A; 2HBJ A; 1T7P A; 1ZBH A; 3V9U A; 4CJK A; 4LF5 K; 1W0H A; 2BTF A; 4X62 K; 1XNQ K; 5AQQ A; 4RTF D; 4FJN A; 5HOO A; 4K0K K; 4MQ3 A; 4QS7 A; 5JVH L; 3TAR A; 3H3N O; 3ID8 A; 3HI0 A; 3TAF A; 3VQ5 A; 4FL9 A; 3SCX A; 1IKX A; 4W5N A; 5GAD P; 3CCS N; 3WT0 A; 4GMJ B; 4KBO A; 4LH5 A; 3BZC A; 4K43 A; 4NO7 A; 5ADX A; 3M6G A; 5AQT A; 4DR4 K; 2IDO A; 4FCY A; 1W97 L; 5CYQ A; 3LAK A; 1KFS A; 3J8A A; 2IOC A; 3OJS A; 2X6S A; 3G10 A; 3KK7 A; 4FWS A; 4KO0 A; 4CZF A; 4C8M A; 4A61 A; 4YOT A; 1TUY A; 3HK2 A; 1KVA A; 2VWJ A; 3MEG A; 4CES A; 4CJW A; 4CGF A; 3MXM A; 4KHU A; 3P39 A; 2VYP A; 2OCE A; 3I0R A; 1X3M A; 4DG1 A; 4BC3 A; 2GV9 A; 4PUO A; 3TTD A; 4Y0W A; 3QIN A; 3CCV N; 5F2R A; 4BRG A; 4RW8 A; 1NGG A; 4DV2 K; 2HHH K; 1TKD A; 1VRU A; 3S9H A; 4JRP A; 4BAC A; 3AAR A; 3AO2 A; 4A59 A; 3ZT0 A; 4J2A A; 4CJ5 A; 1NMN A; 3DRS A; 2KW4 A; 5BRF A; 1HPZ A; 2ATQ A; 1VAZ A; 5SZT A; 4IXC A; 3CCQ N; 3ENO A; 1JLB A; 1YI2 N; 2B6A A; 4FM2 A; 4Z0U A; 3KK1 A; 3QIP A; 3MCA B; 2HMI A; 3ID6 A; 4H5W A; 3A5L C; 2NRZ A; 2VG6 A; 2AJQ A; 3SQ2 A; 3U8X A; 3ZSV A; 1U45 A; 4I9L A; 3SMS A; 3C94 A; 3CFP A; 4K8Z A; 4JRQ A; 5AZJ B; 4RW4 A; 2FBV A; 4DU1 A; 2P1J A; 5JVG L; 4PKG A; 3BF1 A; 3VEV A; 1HUX A; 3DLL L; 4IZ9 A; 3OYM A; 1YT3 A; 1CZA N; 4CEZ A; 2G8H A; 3L0Q A; 4YOR A; 4YOX A; 3LWM A; 2IGI A; 4CGG A; 4C1N K; 3HYF A; 1KLN A; 4JYA K; 5TKW A; 4CEC A; 5GAE P; 3O4W A; 4DV5 K; 3SUP A; 3VER A; 1NGB A; 1FJG K; 3DRR A; 5AZJ A; 2HHX A; 2CGJ A; 3AO4 A; 5BN9 A; 3G25 A; 3HO1 A; 1GLD G; 1EWQ A; 2PAV A; 1WAF A; 2LSN A; 4JN4 A; 4ILH A; 4B9M A; 4H0T B; 1VQN N; 2BUP A; 2I7P A; 2VG5 A; 3DXK B; 3CJ7 A; 3F9K A; 3V9X A; 2P9U B; 1RDC A; 4BRD A; 3E9P A; 2V51 B; 3CCR N; 2XY6 A; 3CM5 A; 1NMD A; 4R79 A; 2H3G X; 3LM2 A; 2A42 A; 3OYF A; 4CBU A; 1HYZ A; 4B9T A; 1GLE G; 1WN7 A; 2P9U A; 3MWP A; 4L3Q A; 4BVP A; 2JLE A; 4HUG A; 3RRG A; 1VSH A; 2ASP A; 3O80 A; 1S3X A; 4EAH D; 4BE2 A; 1W2B M; 3AA4 A; 4H0X B; 4FJK A; 4FJ8 A; 1J54 A; 3R3L A; 4QAG A; 4QCL A; 1OH5 A; 3OYB A; 2KFZ A; 4FVM A; 3GDQ A; 2E6L A; 3T69 A; 3L2U A; 3LAM A; 1RT6 A; 2QWN A; 3CJ1 A; 4H0O A; 1K73 O; 3AVL A; 4CVN E; 1RBR A; 3UKR B; 3NCI A; 4OGE A; 3ZSR A; 1RFQ A; 2X78 A; 2DPN A; 4W5R A; 3K59 A; 4DTX A; 4O0J A; 3P4I A; 1C0F A; 4BR4 A; 2FBX A; 4CGJ A; 3CJ9 A; 4HCB A; 4C1N I; 4M3W A; 4FLW A; 2Z1I A; 3OBY A; 4CK2 A; 3KHY A; 2E8A A; 4DV7 K; 3UKR A; 3HZ6 A; 1H1V A; 4CF1 A; 1UAX A; 4WQ4 A; 2PYL A; 2VWB A; 1VSF A; 4B9V A; 3OJU A; 1VRT A; 3PX0 A; 4XH1 A; 1VK0 A; 3SMP A; 3AA2 A; 4DS5 A; 3GG4 A; 2YX6 A; 5BPL A; 5HLF A; 4EZ9 A; 3QFU A; 4FW2 A; 1TVR A; 3AVF A; 1X1P A; 3R1X A; 3O9Q A; 3VQD A; 1DT9 A; 1NGH A; 4CZG A; 4NB4 A; 4AQY K; 2JGU A; 4PY5 A; 4Z4G A; 3VQE A; 1JXE A; 3QFP A; 3HJF A; 1TK8 A; 2YNG A; 3DYA A; 4HTL A; 3AVA A; 5HRR A; 5SWM A; 3ALY A; 4CED A; 2RHK A; 4FW1 A; 2HHT A; 1LW0 A; 1UWB A; 1QE1 A; 3ASM A; 3BF3 A; 3MN7 A; 1NGD A; 1B9F A; 1Q9Y A; 1XI1 A; 1W7A A; 1Q86 O; 1MWM A; 1TAQ A; 2VG7 A; 4FWO A; 3F5T A; 4K8X A; 1RCH A; 2E4L A; 3S41 A; 1GLB G; 3ZSW A; 1NGE A; 3UE5 A; 1BIS A; 1RGI A; 4FZX C; 3MAQ A; 1WBD A; 5JS1 A; 1N33 K; 4B1U B; 1RT3 A; 2ZJR L; 4CZL A; 1NGF A; 4JD2 B; 3HXM A; 2W6K A; 2NNW A; 4F3T A; 2QKB A; 5KQ8 A; 3LDP A; 1A5W A; 1OH7 A; 1TK0 A; 3KD5 E; 3LDL A; 4CGH A; 3P83 D; 5AQJ A; 1EET A; 5AQN A; 3SZ2 A; 1DEJ A; 4PWD A; 4HWI A; 3KLH A; 3FGU A; 4JKG B; 1JKH A; 4CHO A; 4B3S K; 2RF2 A; 3L6Q A; 4E0D A; 2D4W A; 4CZM A; 3IUC A; 3EN9 A; 1DGK N; 4C8N A; 5T7B A; 4CIG A; 2GUP A; 3A8Y A; 3AGK A; 5GAG P; 5JIC A; 2KKZ A; 3HVT A; 3QIO A; 1Z05 A; 4JKH A; 3PIO L; 1XC9 A; 1YHQ N; 4FJX A; 5BPM A; 1VQ9 N; 4LH4 A; 4C8K A; 5C2F A; 2QM1 A; 4JKG A; 5CZ2 A; 4BRQ A; 1SKS A; 3KTQ A; 1BIU A; 1MA9 B; 4M63 C; 4FK0 A; 2G8U A; 4K42 A; 3CM6 A; 3PSF A; 3GBT A; 5AQI A; 4BRL A; 4M3R A; 2HVH A; 5AFU H; 1K9M O; 3PO5 A; 1ZBS A; 2WON A; 3WNG A; 3TAQ A; 3ZT4 A; 1KQS M; 3A5M C; 1SKR A; 1J9A A; 3J80 O; 3EYZ A; 3MEC A; 4CD1 A; 2XY8 A; 1Z25 A; 3BY5 A; 5K14 A; 3M1F A; 4AHV A; 4CEB A; 4ZTJ A; 5C25 A; 4E1N A; 1UA1 A; 4GVE A; 5GIO A; 3MXJ A; 5AQP A; 3MDQ A; 2GX9 A; 4IDH A; 3K5M A; 3D0P A; 3TAB A; 4ELU A; 2NRH A; 3CJB A; 4KI4 A; 4OPK A; 4B3M K; 4BG8 A; 2WOM A; 3UKU B; 4IFV A; 4MO5 A; 5C2D A; 3V1R A; 3QET A; 4Z4F A; 3BP8 A; 1IKV A; 3I55 N; 3DLG A; 4KH6 A; 2G8F A; 1CXQ A; 3OYC A; 2E2P A; 5FRN A; 3H45 C; 3AVB A; 3QEV A; 3VQ7 A; 1NJX A; 4WFN L; 4EIA A; 2DY4 A; 3EZW A; 3O4N A; 3UKU A; 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4CJU A; 1HLU A; 5IT9 O; 2QWM A; 1C0G A; 4DTM A; 3HM8 A; 3TTF A; 4WE1 A; 3LL3 A; 2P9S A; 1OH6 A; 3VN5 A; 3S3M A; 1YJN N; 3BEX A; 3QER A; 5HL7 L; 5AQR A; 4OKJ A; 2FF6 A; 3NH0 A; 1D9D A; 4CD3 A; 1SS6 A; 1IG8 A; 2CGL A; 1KAZ A; 3V9S A; 4BGA A; 2WUS A; 4GVM A; 3O1B A; 3VTI A; 3MMV A; 1YJW N; 4BRH A; 2E5L K; 3J7Y P; 1BIZ A; 4DSK A; 3OYD A; 1WNS A; 2A3Z A; 4F4K A; 3SLC A; 5HRN A; 3KWG A; 1ATN A; 3G4S N; 3O9U A; 2G8V A; 5H1S Q; 1IKW A; 4CHQ A; 5AQX A; 1VQL N; 1SKW A; 1NKE A; 3CQY A; 3ZX0 A; 3VEN A; 2ZJQ L; 4J2B A; 4IEE A; 4OLB A; 2BAN A; 3BZK A; 4JKA A; 3AO1 A; 4EHU A; 1S6P A; 5CHI A; 3C6U A; 5FPE A; 1NGI A; 1IG9 A; 3AAQ A; 4KFB A; 3M8R A; 2O8D B; 1BO5 O; 3EE9 A; 4B1Z A; 4LF9 K; 4BRK A; 4IDK A; 4FJJ A; 1R59 O; 2Q0U A; 2IC3 A; 1SL2 A; 4CZJ A; 1NK7 A; 1N36 K; 1HYV A; 3WNH A; 1BUP A; 3TAP A; 3S3N A; 4FXD A; 1I3A A; 4XH5 A; 4JK8 A; 2HHQ A; 1BWF O; 4JEP A; 1T6C A; 1K8A O; 1HNV A; 1OH8 A; 3NMU A; 2GWJ A; 5BR8 K; 1IH7 A; 1LWE A; 3VF2 A; 3I8B A; 4W5T A; 1YTU A; 2P5O A; 4GKJ K; 2O8D A; 1TUU A; 3EY1 A; 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