2R7YA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RNA (5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
publication title Selenium Derivatized RNA/DNA Hybrid in complex with RNase H CATALYTIC DOMAIN MUTANT D132N
rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 38
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-09-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2r7yA00
3S3MA 3MEDA 2HNYA 1NJZA 4AHCA 3K59A 1VRUA 1LV5A 4Z4IA 2KFNA 3QLHA 1SKSA 5C42A 4B9TA 1RDDA 1G15A 4AHRA 3CM5A 4RW8A 1HYSA 1RDBA 1HYZA 3NH2A 4DLGA 4CJPA 3HL8A 4NCGA 3QNOA 4HCCA 1RNHA 3M8RA 2EX3A 3D45A 2HVIA 4DU1A 4DU4A 4QCLA 4CEFA 1WSJA 4CF2A 3HYFA 3OYCA 4F8RA 4FZXC 1WN7A 1SV5A 3UIQA 4CEZA 2PYJA 4CGHA 4OLAA 3OS0A 5E41A 3V1QA 5JS1A 4LH4A 1X1PA 2IOCA 4ELVA 2A1SA 1NOZA 4N56A 3SQ1A 2YKNA 3IAYA 4E0DA 2YHBA 1CLQA 3LP0A 1L5UA 3QINA 1RT1A 4DSIA 2HMIA 4YFUA 4FK0A 3VQPA 3HXMA 1TVRA 3CFOA 4BWMA 2IC3A 4ZTFA 3KD5E 4J2AA 5SWMA 3RMDA 3DRSA 4IKFA 2IGIA 3D0PA 2B5JA 1L3UA 3V9WA 4CHPA 1I3AA 2OYQA 1N6QA 4ELUA 1KCFA 3ZSZA 4CJUA 1FXXA 3OYNA 4RG8A 3PO4A 3QESA 4KTWA 3L2VA 4G1QA 3AVAA 4O44A 1ITGA 3VQCA 3VA0A 1TL1A 1CXQA 1BCOA 4KKOA 1C6VA 4DTUA 2G8IA 1WSGA 4E1MA 2P51A 3ZT0A 1ZBIA 5J2NA 3SNNA 4FJXA 1JXBA 1J9AA 3ITHA 4HUGA 3TAPA 4CJQA 1UA1A 4F2SA 2XY7A 3AVNA 1IKYA 2X6NA 3RMBA 1UWBA 4F3OA 3TAEA 4OVLA 4CJSA 4L8RB 4BDPA 4KRFA 4HHTA 1Q9XA 2X6SA 5K14A 3AA3A 1EETA 2FBYA 3QIOA 2Y1JA 1S9GA 4B9NA 3L2QA 1UAXA 4FJ9A 4W5OA 4FM1A 1I39A 3LANA 1IH7A 4NYNA 1IKWA 2D0CA 4DTRA 3S3OA 1ASUA 3KTQA 4DFMA 1LWFA 4AH9A 4E1NA 3WNGA 1BIUA 3VQQA 1JLFA 1TKXA 4YNQA 3TAGA 1RBUA 1TAUA 4GMJB 1KFDA 2OPSA 3DOLA 4Z4FA 3DI6A 1HJRA 3AO5A 4IFVA 4CE9A 3KK2A 4ZTJA 4KI4A 3FFIA 3TAFA 4FCYA 1TGOA 3K5OA 4FLYA 1BCMA 2Z1HA 3NGYA 1D5AA 4Z4HA 1C0MA 3QEVA 3S9HA 3O4QA 3TI0A 4UQGA 2G8KA 3IS9A 5FDLA 4CJTA 1VSLA 3LP3A 4CIGA 2R7YA 3AO1A 4J2DA 1J54A 5KGXA 3KJVA 4DS4A 3HJFA 2VG6A 2IDOA 1BL3A 2D0AA 1HQUA 3VQ4A 3RR7A 4M3TA 1TKZA 4E7HA 1BIZA 3AVIA 5FROA 3OYDA 3MECA 4CEAA 3F73A 2HVHA 4I2PA 3ASMA 3VQBA 4BDZA 2ETJA 1FK9A 1HNVA 4CJ3A 3G10A 4BWJA 5HRNA 3MAQA 4FJ8A 4KHSA 2HHQA 3U3YA 4B9LA 2OA8A 4LY7A 4N76A 3SPZA 4PUOA 4KPYA 3AA2A 4OPJA 2G8WA 4Z4GA 2X74A 1VSKA 4B08A 4DTMA 1HNIA 3AVCA 3P83D 3I0RA 5J1EA 3V9XA 3DLRA 2Y1IA 4DF8A 4HTUA 2QKBA 4M45A 2RF2A 3RMCA 1EX4A 2F8TA 1U45A 3L2WA 2KQ2A 2RKIA 4QAGA 4H8KA 4CEBA 4M3UA 1KVAA 3JSMA 2WOMA 5HP1A 5T7BA 4HUFA 1TKTA 4O5BA 4J2BA 2Z1GA 3IG1A 4EZ6A 4DFJA 4KI6A 1ZBFA 3VN5A 1DTTA 3ZSVA 1WLJA 2OPQA 3PX6A 1YTUA 2KTQA 1BI4A 2HHVA 4PQUA 3O3GA 4AILC 1FKPA 3LWLA 3KLEA 2ITGA 3TAQA 3CG7A 4LSNA 4CHNA 3K57A 3HP9A 1T7PA 3V9UA 3V9SA 5FRNA 1B9DA 4CJWA 1JL2A 3ISNC 3P1GA 4FJ7A 3PUFA 2XO7A 3RRGA 3K5NA 3TR8A 4W5RA 3SUQA 4FVMA 4C8OA 4FXDA 4CK1A 1BGXT 2HNDA 1LAVA 4XIUA 3OYHA 2XY5A 1NK4A 3DMJA 1VSJA 4AHUA 2ZE2A 3V6DA 1XC9A 4FZYA 2KFZA 1D9DA 3LZIA 2QXFA 2KW4A 3M8PA 1T8EA 3IRXA 3SUPA 4FJGA 3LP1A 2BDPA 1UA0A 1L3TA 2F96A 3OS1A 3NCIA 3TWHA 4CEOA 1RBRA 3OYAA 1HMVA 4Z4EA 3S3NA 1LWCA 3HPGA 1U49A 1VSMA 1R0AA 4FLWA 3SQ4A 4CFDA 3NFAA 3K58A 1C0TA 3AA5X 2G8UA 1WSEA 1WSIA 3PY8A 1S9EA 3B6OA 3K5LA 4OGEA 1QE1A 3OYJA 3OY9A 4M3ZA 4FW2A 1W9HA 1TAQA 3AVJA 4OGCA 3OYEA 3L2UA 1ASVA 2E6MA 4TSXA 3KK1A 1JLGA 1J5OA 1WAJA 1RBSA 3NF9A 4O55A 3VQ9A 4AHVA 2BANA 3SZ2A 2Z1IA 5CYQA 3L2RA 3VQ5A 4FJMA 1D8YA 3H08A 4E7KA 4FM2A 4CESA 3JYTA 1S1UA 4CJRA 2GV9A 3O3FA 4KREA 4PWDA 1VSDA 3QO9A 3C95A 3K2PA 4FLVA 1GOBA 1VSIA 1DLOA 4CGIA 2A1RA 2EHGA 5C25A 4DSKA 3ZT4A 4KHNA 4I9LA 4CEDA 3QEIA 4KB0A 4AHTA 3OJSA 2FC0A 1S6QA 3KLIA 3VQEA 3ALYA 3M8SA 3AO2A 4I7FA 3NGIA 3SUNA 1X9MA 3F9KA 4B3OA 1RDAA 1S1VA 3MEEA 4GVMA 1RTHA 3O3HA 4DQIA 4DG1A 3VQ6A 3WNEA 1SL2A 2BE2A 1SL1A 1CZBA 4FJ5A 1S5JA 1SKRA 4H4MA 4KHYA 1JL1A 3OJUA 2KZMA 4CGFA 4EP4A 4AHSA 5J2MA 4BDYA 4FM0A 1VSEA 3TAMA 1HRHA 1QS4A 1O1WA 3LDSA 1NKEA 4JRPA 3KD1E 1LW2A 3T1AA 4CGDA 1D9FA 4F3TA 4EZ9A 3DOKA 3OYMA 1XWLA 3AVBA 1RTJA 5J2PA 4E89A 3EZ5A 4KO0A 5I3UA 1KTQA 4E19A 2W42A 3PX4A 1ASWA 2WONA 3ZSQA 4H4OA 4CFBA 2XHBA 2FBVA 5EU7A 3SV4A 1VK0A 3G0ZA 4I2QA 3V1OA 1TK5A 3WNHA 4CGGA 3HPOA 3HT3A 4K8XA 4DF4A 1QTMA 4CK3A 4DFPA 4FJJA 1IKXA 4RW7A 4RW4A 2GUIA 5SZTA 4M3XA 2OPRA 1REVA 5JS2A 3V4IA 2IS3A 4DSLA 4HCBA 2VWKA 2LSNA 4MFBA 5CYMA 1DTQA 1GOCA 4CF8A 1U4BA 3SV3A 1ZYQA 2OZSA 2HW3A 3HVTA 3MEGA 1WAFA 4FW1A 4N47A 4CFAA 3EY1A 2HHTA 1RBTA 2XY8A 1GOAA 3OS2A 4C8KA 2YV0X 1KFSA 3AVHA 3THVA 1VSHA 4M3RA 3LAKA 3KKSA 1C1BA 4CJVA 3DLKA 3LALA 4QOZB 1ZBLA 2YNIA 3AVFA 3SI6A 4O0JA 4DQPA 4DMNA 1JXEA 4IDKA 3OYKA 4FLXA 4OKJA 3RTVA 3DLHA 3MXJA 1MU2A 4GW6A 2DFFA 4C8NA 1LWEA 4O0IA 1KSPA 1KRPA 2AJQA 1RDCA 1YTAA 3KIOA 3RWUA 4CFCA 4CGJA 4B8CA 3LZJA 1U04A 3OYFA 4DTSA 1N5YA 3AO4A 4C8LA 4KHWA 1XHXA 4PA1A 1Q8IA 3SUOA 4CHYA 4FJKA 3A2FA 5CZ1A 3CM6A 1RBVA 4JS5A 4CCHA 2G8VA 5HRPA 4CHQA 4DTOA 4CF1A 2OPPA 3B6PA 4I9QA 5FRMA 3ZT3A 4DTNA 3V81A 2YNFA 3OYGA 3AA4A 2ATQA 3M8QA 4W5TA 5KRSA 1RT3A 4RW9A 3QEXA 3LWMA 3ZSRA 4NCAA 3PV8A 4CJFA 4PY5A 3DM2A 3KK3A 4Z0UA 2HB5A 1KLMA 4MQ3A 4E3SA 3DLBA 1LW0A 5HLFA 4ID5A 3U6FA 3ZSOA 3AV9A 4BACA 2P5OA 3NH0A 1BHLA 3TABA 1HPZA 4M3YA 3E01A 3KLHA 1RTIA 3NBPA 1IKVA 1RT4A 3ZSXA 3CQ8A 3NF6A 2OZMA 3RR8A 3K5MA 4Y1CA 3DRRA 3KKRA 2F8SA 3NAEA 1RT2A 1Z25A 3BGRA 1BI4B 3CFPA 1JLCA 2QK9A 4DFKA 2BGGA 3ZT1A 4BE1A 3AO3A 2PZSA 3QNNA 4NYFA 1VSFA 1YVUA 5CY4A 1NKBA 4FJHA 4KHUA 2E4LA 1QHTA 2VWJA 2YNHA 3NH1A 1JLBA 1WSHA 4DLEA 3SYZA 3T19A 2D5RA 4CF9A 4Q5VA 3ULDA 1JLEA 4FLZA 2P1JA 1RT5A 3DRPA 4CHZA 1RILA 2VG7A 5HRRA 3RRHA 3L3VA 1KLNA 5HRSA 4DSEA 3SCXA 1L3SA 1NJXA 4F2RA 4B9UA 3HPHA 1S1WA 4K8ZA 4N5SA 4JLHA 1KVCA 3CFRA 4FJIA 3DYAA 4KTQA 1UOCA 1RCHA 4DU3A 2XRIA 1KVBA 1S1XA 3DLGA 5CZ2A 4CHOA 4HVJA 3SQ2A 1NK0A 2G8FA 4W5NA 1TKDA 4WE1A 2B4JA 2FBXA 5I42A 2HHXA 1SKWA 4DSFA 2Q3SA 4DQQA 1JLAA 4IFYA 4CECA 4R5PA 1TK8A 4B8AB 1RTDA 4FK4A 2QKKA 1A5WA 4CJ5A 3QERA 1IO2A 2PYLA 4OJRA 3V1RA 4BE0A 1SUQA 2G8HA 5KGWA 3P5JA 1NK7A 4LSLA 4IG3A 3VQ7A 3C6TA 4CJLA 4CJ4A 3C6UA 4E7LA 4DQRA 1XHZA 1T05A 4OKEA 3BDPA 3PO5A 4FYDA 2JGUA 1WSFA 3NHGA 1WNSA 4CERA 4DWIA 4F4KA 3VA3A 3NF8A 3HO1A 4J2EA 1C0UA 4ICLA 3WNFA 1YT3A 1NK9A 1L3VA 5KTQA 5KI6A 4OKKA 3OYLA 3L8BA 3QEPA 4B9MA 4RW6A 3OYBA 2RPIA 3OYIA 3AVMA 1B9FA 1K6YA 3HSTB 1TK0A 2JLEA 3ZSWA 4NCBA 3ZSYA 4DTXA 4Q0BA 1VRTA 4FJNA 1F21A 3VQAA 3TARA 4N41A 2ZD1A 1LAWA 1ZBHA 4FJLA 4E7IA 1FKOA 1TV6A 3O4NA 5HROA 1EP4A 1NK8A 1BQNA 1X9SA 3LAMA 1QSYA 2X78A 3LPUA 2DFHA 3ZCMA 3ZT2A 3QETA 2HHSA 3C94A 3SPYA 5DK5A 4CJEA 4DS5A 2DTUA 3SQ0A 4M42A 2P5GA 1S1TA 1QSLA 4M41A 4O4GA 1BISA 4FLUA 2NUBA 3V9ZA 5D3GA 5J2QA 1J53A 4CEQA 3KLGA 1EKEA 1TL3A 1IG9A 3MXIA 2YNGA 1C1CA 2GBZA 1CZ9A 3HVRA 4OLBA 3I8DA 4KV8A 2VG5A 4KB1A 4LD0A 4CIEA 3T3FA 2PY5A 3L3UA 3MXMA 1BQMA 5HBMA 3CYMA 3QEWA 1ZBUA 2FBTA 3I0SA 3QIPA 4DSJA 3NE6A 2YKMA 3LP2A 5DMRA 4Z4CA 2HHUA 4JRQA 4Y1DA 3PX0A 1A5XA 2DY4A 4JS4A 1T03A 3U3GA 1X9WA 2E6LA 3AVKA 4B9VA 3HM9A 1QQCA 1RT6A 1NOYA 1Y97A 4FLTA 2KZZA 1EXQA 1JLQA 4DQSA 3HK2A 4KFBA 4KTZA 4LH5A 3VQ8A 1NJWA 4M3WA 4CIFA 3NDKA 2D0BA 4KAZA 4FZZA 1HQEA 3NGZA 4HUEA 4FK2A 4IG0A 5KRTA 2DFEA 1XI1A 1U48A 1S6PA 3NF7A 1U47A 4CEEA 5C24A 3AVGA 4W5QA 3OVNA 1NJYA 4KHQA 1C1AA 1CXUA 4CF0A 4OPKA 3TANA 4EP5A 2HHWA 1W0HA 3HP6A 2HNZA 1NKCA 1NK6A 1RT7A 1Z26A 4C8MA 4E7JA 1HYVA 4ELTA 4ID1A 1SL0A 4B9SA 3AVLA 4ZHRA 3RMAA 4DTJA 2ZQBA 2B6AA 4BE2A 2XY6A 2Z1JA 3VQDA 2I5JA 4CK2A 1QSSA 2YHAA 3DLEA 3LPTA 1NK5A 2O4IA 4IBNA 3EYZA 1A5VA 2O4GA 3SJJA 2RN2A 4DTPA 3KLFA 2IAJA 1JKHA 1B92A 4CJKA 1Q9YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KK7A 3MEDA 4JI5K 3UKRB 1SKSA 3TSUA 1HYZA 5EXWA 1QQOA 3NVKA 3ATVA 1RNHA 3M8RA 2HBJA 2UUBK 2HVIA 4DU1A 2D1KA 3K9KA 4FWPA 1WN7A 1SV5A 3HOSA 3UB5A 1YHQN 4CEZA 1VQNN 3IMXA 3OS0A 3V1QA 4JI4K 3ZLJA 2A1SA 3SQ1A 3IAYA 5AQWA 2O8BA 1CLQA 4BRNA 1GLFO 1KD1O 3OBYA 2HMIA 3U4LA 3CCLN 2HBMA 3DRSA 5M1NA 5AQYA 2B5JA 3D0PA 1L3UA 3V9WA 4CHPA 3VEYA 2OYQA 1DKGD 2Q36A 3OYNA 1OVQA 4BVPA 4KTWA 5BR9A 4G1QA 5AQQA 3R9PA 4BQLA 4LFBK 1TL1A 1CXQA 4IWVA 2G8IA 2VGMA 4ISEA 1ZBIA 1NGGA 1UA1A 2HBKA 2XY7A 2OTJN 3D2EA 4F3OA 1KXPA 4OVLA 4CJSA 4A2BA 4ISGA 1Q9XA 2X6SA 1N32K 3OBWA 1WUAA 2CH6A 4W5OA 2F9TA 2P9PA 4FVUA 3KTQA 1LWFA 4E1NA 1BIUA 1TAUA 3SBTA 1H1VA 2P9LB 3C7NB 4FCYA 4BREA 3B8AX 4WQ4C 1C0MA 3QEVA 3S9HA 3EN9A 1WBDA 3O4QA 4EHUA 5FDLA 3QFUA 4U7BA 4LF4K 1J54A 5IT9O 4BRGA 2HVHA 3AVIA 3BF1A 4CEAA 3F73A 3CPEA 1XNQK 2A41A 4DHYA 2HHQA 3W0LA 3U3YA 4N76A 5AZJB 5BRDA 4DR1K 1KAYA 3A5MC 4KPYA 3AA2A 4JEPA 1ATRA 5J1EA 1VQ8N 4GV9A 3J80O 2Y1IA 3HBTA 1D4XA 2QKBA 2RF2A 1EX4A 3MN7A 2KQ2A 3E1YA 4MLEA 4FL9A 3I8BA 2Z1GA 3IG1A 3HOTA 1BI4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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