1GLFO

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 168
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO01
4FOIA 1HUXA 1X9JA 4DQ8A 4BRHA 1ATRA 1XC3A 3FFKB 3OHRA 1LOTB 2P9SB 4GNIA 2WUSA 3R8EA 2FSKA 3IUCA 5AQVA 5KPRA 2P9UA 3FZLA 1JCEA 3LDNA 3SK3A 5JMVA 3G25A 2Q0UA 1BWFO 4O8KA 4BRDA 1LCUA 3D2EA 4QS7A 4CZIA 1BU6O 4CBUA 1QQNA 2P9SA 2ZGZA 4H0YB 2V52B 1ATSA 4MO5A 2EWSA 1ZC6A 4H5WA 2NZTA 3IMXA 5FPDA 2YJEA 3ZX3A 3CJ9A 1BA1A 3FZKA 3ID8A 1T44A 1X3NA 2UYTA 3W3DA 3LM9A 2QWMA 3TU5A 1KXPA 3W0LA 4I6MB 5AQYA 4H5TA 4FPAA 2ITMA 3DJCA 1T6CA 4RCHA 1DEJA 5AQFA 5AQTA 3VGLA 2F9TA 3KHYA 2I7NA 1P8ZA 2CGKA 4WYBA 4E1JA 5FPNA 3SMSA 5AQKA 3ZETB 4CZEA 4RTFD 2BUPA 3LL3A 5AZIA 1KAYA 3QFUA 3L0QA 2E8AA 4O5FA 4BG9A 5AQWA 4EFHA 3AAPA 2P9KB 4H0OA 5BN8A 1YVNA 5BPLA 4BRMA 1NM1A 3O6WA 2IVNA 3ZETA 1NGHA 4BRCA 5FPMA 3ATVA 3D2FA 4FWMA 4HTLA 4XH4A 3VGKA 2D0OA 3ATUA 2HOEA 1BOTO 3O8MA 4BVPA 2D4WA 3U8XA 5KQDA 3VETA 3AARA 4GY2B 5TKYA 1H1VA 4A61A 1HKCA 5BRDA 4AM7A 1U6ZA 2ZF5O 3P4IA 3H1VX 3ULEB 5AQIA 5BRHA 5ADXA 4A2BA 2A40A 4CD1A 3UB5A 3VESA 3VEVA 4CZMA 3R9PA 4BRPA 3WXLA 4JD2B 2IVPA 3FE1A 4FWLA 5EX5A 5AFUH 2E1ZA 1RGIA 2VYPA 2E2QA 3VF6A 3O08A 5BN9A 3UKUA 5KPTA 4BRNA 3H46O 3A0IX 3ULEA 3FZFA 1NGGA 3A5OC 3A8YA 1ZBSA 4BRQA 3ENOA 3ZX2A 2QWPA 2Q97A 4JD2A 4FWNA 3IFRA 4JHDA 2IIRA 3KZBA 3WT0A 3GG4A 4NB4A 1SQKA 3ENHA 2FLOA 4BC2A 1WUAA 2A41A 4H03B 4B1XB 4RWTA 3H45C 2YHYA 4BR7A 3CJAA 3CQXA 1NMDA 3DXKB 3WQUA 5F1XA 3H6EA 5KQ8A 4B1ZA 2FF6A 4BR0A 1HPMA 5BPMA 4BR9A 4CZHA 3VEXA 5CE3A 2Q31A 4BC5A 2H3GX 5LJVA 4BC3A 3D2EB 3S41A 3DXKA 3EO3A 4PKGA 4QS8A 1V4SA 3BF1A 1TUYA 3O1BA 2DPNA 3QBWA 3H3OB 3WEEA 2YHWA 4EHUA 4YDUA 3O1WA 3TPQA 5I9EB 2V51B 3M3ZA 4Z94A 3WXJA 3EKUA 3LDLA 2V7ZA 3EKSA 5BRFA 4BQZA 4XH5A 2A6AA 4BRAA 4JAXA 2HF3A 3WUHA 1HKGA 3LDOA 4H5NA 4LC9B 4L3QA 3U9ZA 1QZ6A 3BEXA 2ASMA 3GBTA 4DHYA 4B1WB 3CETA 5AZIB 1YAGA 5AQPA 3J8AA 5AQNA 2ASOA 1S22A 3O5BA 4C23A 1BDGA 4IXCA 1RFQA 2GEMA 5AQMA 1DGKN 5JLHA 2QWQA 4BREA 5BR9A 1S3XA 3HTVA 3I8BA 1GLFO 3D2FB 1MWKA 3FGUA 4H5RA 4CZJA 2Q1NA 4K42A 1BA0A 2D1KA 1GLBG 2YCHA 2FSJA 1NGAA 4IJAA 4A62A 3MMVA 3JXUA 4YDUC 4FWRA 1Y64A 3EL2A 5AQRA 3CIPA 4IJNA 4CBWA 3UE5A 5LY3A 4H5VA 2ZWHA 4DB3A 3HBTA 3CJ7A 1TYQA 2FSNA 2J4RA 4EAHD 1DKGD 1GLAG 3FLCO 2QW9A 2D0PA 4BROA 3UKUB 1QQOA 1HX1A 4CBXA 5AZJA 3WXIA 3D7EO 4FWSA 3MK6A 2ASPA 5AFUA 5FPEA 1MDUB 2QM1A 4BR4A 4ISFA 1X3MA 4WQ4C 2E20A 4JHDB 4QS9A 1NGCA 3HI0A 2VCPA 3DAWA 3VPZA 4FWPA 4BG8A 2GWJA 2Q0RA 3UKRB 3DXMA 3L4IA 2W41A 1GLDG 3O80A 4K25A 4B1VA 3A5NC 2VWBA 4MO4A 5AQUA 3GDQA 1OKJA 4DCHA 1K8KA 2QWOA 4PL8A 5AQZA 4M7YA 4XH1A 1NGFA 1NWKA 3HM8A 4K41A 1GLEG 3I33A 3UKRA 1E4GT 2E88A 1MWMA 1NLVA 2V7YA 5E84A 3SLCA 4CD3A 3QDKA 2AP1A 4H0VB 2YJFA 3C0BA 1U2VB 1E4FT 2A42A 4BRGA 2P9NA 1NGDA 4ISGA 3CHWA 3WEEB 1Z6RA 5EXWA 2FXUA 2P9LA 2KHOA 3WXKA 4BC4A 1ESVA 3WQTA 1IG8A 2P9IA 3FZMA 3GOIA 4IWVA 1G99A 4PKIA 3MCPA 3KVGA 3A5LC 4BQLA 4CZKA 1Z05A 1WOQA 1U2VA 4FWOA 4KBOA 1SAZA 4IO8A 5EOYA 3SMPA 4B1YB 3MN7A 1NGEA 4FWQA 1ZXOA 2QXLA 1IJJA 3VEYA 4WQ5C 3QFPA 2HMPA 2FF3B 3ZEUA 3F9MA 3FZHA 3U4LA 2I7PA 3QMLA 3VF2A 1BO5O 3M1FA 3O4WA 1J6ZA 5EY4A 3VEZA 5AQSA 4BR5A 3QB0A 2GELA 2Q2RA 2CGLA 4FOEA 3BUZB 1C0FA 3MN6A 3H3NO 3ZX0A 4B9QA 2Q36A 5EVZA 5AR0A 4JN4A 1TUUA 2E2OA 4CJ7A 1GLCG 4BR2A 1D4XA 1ATNA 2W40A 3AY9A 4BGBA 4ISEA 1GLJO 3JS6A 4WQ4A 3VF4A 3C7NB 4Y0WA 1NBWA 2CH6A 3CJ1A 3DWLA 1TYQB 5JLFA 4H0XB 2GWKA 3GL1A 3VGMA 3HSCA 3HZ6A 3IDHA 4H0PA 4H0TB 5AZJB 2GTDA 3C7NA 1HLUA 4CZGA 3QBXA 2BTFA 4CI6A 2YI1A 3EN9A 3AAQA 5AQHA 3RSEB 2E2PA 3QICA 2HF4A 3M6GA 3CQYA 4I6MA 5ELZA 4FSVA 5AQQA 1HJOA 5AQGA 1XQSC 2NRHA 4FPBA 4XEIA 1GLLO 3DXMB 1NGJA 4FL9A 1QZ5A 3VOVA 3A5MC 1BG3A 2F9WA 3GE1A 1JCGA 2E2NA 4MLHA 3RSEA 1BUPA 1CZAN 1K8KB 3VEWA 3CI5A 3U9DA 3MN5A 2ZGYA 1YXQA 5F2RA 4M7XA 3VERA 2E1YA 3VENA 2P9KA 2P9PB 3EZWA 1QHAA 3MDQA 4HWIA 4WQ5A 3H1QA 4EHTA 1EQYA 2CGJA 3MN9A 4K43A 3SJHA 4A2AA 4CZLA 4BRFA 2NLXA 2QWNA 5ADXH 3LDQA 5F0XA 5AQLA 2P9NB 3L6QA 1C0GA 5AQXA 2P9LB 5AQJA 2P9PA 2A5XA 2P9IB 2OANA 5JICA 1YUWA 1KAZA 4BRIA 3FR0A 1QQMA 1KAXA 4IZ9A 4NO7A 4PKHA 3R6MA 5BREA 1R59O 2GUPA 2PBDA 4PL7A 1MA9B 1JCFA 2QWRA 3VEOA 4B1UB 1Q18A 3ZEUB 5B8HA 3LDPA 4M63C 5KPZA 2YHXA 1T6DA 1NGIA 3LM2A 4BVOA 3CJCA 2IVOA 3BF3A 1SZ2A 3BP8A 4MLEA 4BGAA 4BRLA 1NGBA 2A3ZA 3B8AX 2CH5A 1HKBA 2AA4A 4F9OA 4EIAA 4CZFA 2PAVA 4JNEA 2QWLA 4AM6A 4FWKA 3CJBA 4J8FA 4BRKA 1RDWX 2P9UB 1V4TA 5AQOA 5E26A 3CERA 5LJWA 5BPNA 4FO0A 1XUPO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HUXA 4WE1A 1NK5A 1WBDA 1XI1A 1S1UA 1EKEA 1LOTB 2VGNA 1YHQN 3WNEA 1QHTA 3VQ4A 4LFCK 2WUSA 2RF2A 2FSKA 4KTWA 1L3VA 3LAKA 3LDNA 4FZZA 2W6LA 5JMVA 3OYMA 4AHTA 2Q0UA 1BWFO 3MWTA 1LCUA 2OPRA 3QESA 3PO5A 4CIFA 2P9SA 4FM2A 3DI6A 4MO5A 1ZC6A 5FPDA 3IMXA 3OS2A 3ZSXA 3ZX3A 4FLUA 1X9WA 1VQMN 4KV8A 4N5SA 3FZKA 3L2RA 4M45A 3KTQA 1T44A 1X3NA 4BE0A 4DV1K 1VHXA 4DR2K 1VSKA 2QWMA 2F4VK 2HVHA 5AQYA 4CJSA 4H5TA 3SNNA 1IBKK 5HP1A 1T6CA 5T7BA 4OKJA 1KTQA 5AQTA 2HBJA 3VGLA 1YI2N 1SUQA 5AQKA 4RTFD 1C1CA 1IKYA 3HPOA 4M3UA 4DSLA 1I39A 2E8AA 4DTRA 3MWPA 4CJKA 3SQ4A 3AAPA 1W2BM 3DRSA 1RDDA 1YVNA 1VQON 1OH5A 3J7YP 3MEDA 4FWMA 2HOEA 1BOTO 2RN2A 3O8MA 3JAMO 4KO0A 1LWCA 2HNDA 5KQDA 5BRDA 1TKDA 4WCEL 4FJKA 5C2DA 3VTHA 3KKSA 4OPJA 2ZF5O 4CE9A 3H1VX 3NH1A 4A5BA 5DM7L 2YKNA 2B4JA 1D9FA 4JI0K 2Y1IA 3UB5A 3VESA 3VEVA 1GOCA 1HNZK 2O8EB 3MX5A 1BIUA 5AFUH 5EX5A 3MEEA 1I94K 2VYPA 4R79A 1LWEA 3OYGA 1BIZA 3M8PA 3E66A 3ULEA 5FRMA 1YT3A 3FFIA 1WLJA 4DU4A 4BRQA 4DR1K 2Q97A 4N47A 4JHDA 3CF5L 2VWKA 2VWJA 1TKZA 1LV5A 2KQ2A 4KKOA 4RW4A 5CZ1A 4H03B 2O8BB 2KLAA 2YHYA 4E7IA 4JI5K 2HHVA 1RDUA 4CJ3A 1IBLK 4Z4HA 4KB0A 4G1QA 1LWFA 2RPIA 1JL2A 4BR0A 5BPMA 4BR9A 4FLXA 4DR5K 5BR8K 2Q31A 3PX0A 2H3GX 2ZD1A 4BC3A 3AO3A 3DXKA 3EO3A 4PKGA 1N32K 3O1BA 3WEEA 4JKGB 3TPQA 1VQLN 3M3ZA 3AVNA 3WXJA 1REVA 2IGIA 3EKUA 1M1KO 2DY4A 3P5JA 4XH5A 4MQ3A 1HKGA 4O55A 2IC3A 2F7TA 4A57A 1UA0A 3T7ZA 1WBBA 4F2RA 3U9ZA 3HT3A 4FLWA 1QVFM 3CETA 2NRRA 3HP6A 1C0MA 5AZIB 1YVUA 4Q0BA 1FKPA 3J8AA 1CXUA 1WSJA 1RFQA 5AQMA 3TTDA 1GLFO 4KHWA 4H5RA 4C1NK 2Q1NA 3DM2A 1BA0A 4HUEA 4FLVA 2FSJA 2KFNA 4IJAA 1JLFA 4FWRA 1S72N 4W5OA 2FBYA 3VN5A 4B9NA 5AQRA 2UUBK 4IJNA 4YNQA 3CCQN 2ETJA 1A5WA 4RW7A 4DB3A 3HBTA 2HHUA 4CFAA 2JLEA 3RTVA 1L5UA 3KIOA 1GLAG 3CPEA 2D0PA 1QQOA 5HROA 5FLXO 3CC2N 4PY5A 1LW0A 4DTJA 3WXIA 2E6LA 2Z1IA 1X3MA 4KH5A 2G8WA 4WQ4C 1EWRA 3JSMA 5JVGL 4FWPA 3VTIA 3RRHA 2W41A 4B1VA 4ID5A 4E7LA 1B9DA 5AQUA 1KVAA 1TK0A 4J2AA 4BDYA 4GKKK 3F73A 1NGFA 1NWKA 4C8LA 4FXDA 4DQSA 2NNWA 4C8NA 1TVRA 3C65A 4CHPA 3VQQA 3OYIA 3QEWA 5E84A 3SLCA 3QDKA 2AP1A 2NUBA 3C0BA 3ZT0A 4B3MK 3EEQA 2QEXN 3PLAA 3KK1A 5EXWA 4IOAL 1SKSA 4FJ5A 4J2DA 5C42A 1G99A 4PKIA 3TSUA 3A5LC 3K9JA 1U2VA 2ZJPL 1SAZA 3SMPA 5EOYA 4CF0A 3CCSN 1VRTA 1IJJA 1IBMK 2HMPA 2FF3B 1VQKN 3F9MA 3C94A 2I7PA 4KREA 2GV9A 1QSLA 3THVA 5EY4A 3VEZA 3QB0A 4TSXA 1J5EK 3S3MA 1KC8O 4FOEA 3BUZB 4Z4IA 4FJGA 3MN6A 4OPAA 4N41A 3ZX0A 1IO2A 3VQ7A 4B9QA 2UXDK 2Q36A 4XIUA 5AR0A 4FM1A 3O3HA 4J2EA 1RT3A 1TUUA 3TARA 1VQ6N 3RMAA 2WTUA 2B6AA 4CW7B 3TAFA 1IKXA 1ATNA 3ZSYA 4BGBA 3D6RA 2HHHK 3C7NB 2WONA 1HYSA 3CJ1A 4JV5K 2XHBA 3CCUN 2GWKA 3GL1A 4IBNA 4ZHRA 3HOTA 2ZJQL 3SAFA 4FJJA 3HZ6A 1ZBUA 1RDBA 3EZ5A 4CZGA 3QBXA 4CI6A 4A5AA 4GMJB 3K5LA 1UWBA 2E2PA 3QICA 4CJPA 1U48A 3CQYA 1NJZA 4F3OA 4FSVA 5AQGA 3NF7A 3OW2M 3OS0A 4U7BA 4YOXA 1JLAA 3OYNA 1JCGA 3RSEA 1CZAN 2W42A 3HO1A 4FW2A 3VERA 2HNYA 4DQQA 3K5NA 3LP3A 1VSMA 3AGRA 3AVKA 4HWIA 4WQ5A 4EHTA 4K43A 1K9MO 4ID1A 2NRVA 4AHVA 4H4MA 4B9MA 2FBXA 3SAHA 2OZMA 5JICA 1YTUA 1KAZA 4E0DA 4DFMA 4NO7A 4CEEA 1R59O 1JL1A 2GUPA 2PBDA 4B9TA 3OYLA 4HHTA 3SAGA 3DLLL 2BDPA 1Q18A 3OS1A 5B8HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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