1GLFO

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 168
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO01
3FZLA 5AQNA 5EXWA 4CD3A 4C23A 4Z94A 2FSKA 3MN7A 1V4TA 2IVPA 3JXUA 4BGBA 4AM6A 1ATNA 2E2PA 3CJ7A 2ZWHA 5AQOA 5BREA 3O08A 4RCHA 5BPNA 4CBUA 2HMPA 2D1KA 3QDKA 4H0YB 3BEXA 3DAWA 4B1VA 3WEEB 3TPQA 3WEEA 3ZX2A 3D7EO 1D4XA 4BRDA 3CETA 3VF4A 4H5WA 4FWSA 3FFKB 2CGJA 2P9IB 2P9IA 4BRAA 2HF4A 5JLFA 3EN9A 4BC2A 2IVOA 4BRHA 4HTLA 3O80A 2GWKA 3VENA 3VGKA 2QWOA 2AP1A 3H1QA 3QFUA 4YDUC 2A3ZA 4O8KA 2Q36A 4EAHD 3O1WA 1QZ6A 3VESA 2FSJA 3LDQA 4FWMA 3A5NC 3DJCA 4JHDB 4ISFA 2A5XA 4JHDA 4IO8A 1RGIA 3R9PA 3VEOA 5JICA 2UYTA 3EL2A 3M6GA 1GLCG 5AR0A 1GLAG 5AQRA 4K25A 2QWMA 1NWKA 4FL9A 3M3ZA 2E2QA 3CJAA 3VEVA 3VGMA 4YDUA 4JN4A 3LDOA 2A41A 3B8AX 1BOTO 2P9UB 4H0TB 2P9UA 3O6WA 5FPNA 4BR4A 4EHUA 4DQ8A 1JCGA 2GELA 3BP8A 1SZ2A 2CH5A 1NGDA 4DHYA 2A6AA 3CERA 4BRGA 2CGLA 1T44A 3MDQA 4QS8A 5AQKA 3VETA 2OANA 4BRQA 3VEWA 3TU5A 4CI6A 5BPMA 2P9PB 1BA0A 2P9PA 1NGBA 4CZHA 1BG3A 2E88A 3A5LC 1E4GT 3MN9A 1TUYA 3FE1A 3ZX3A 1ESVA 2BUPA 5F2RA 3EKUA 3H1VX 1IG8A 3GE1A 2A42A 2HF3A 2J4RA 4B1ZA 1HPMA 4BC3A 2ASPA 4BRKA 1HJOA 2E2NA 2ZGYA 4XH1A 3HTVA 1NGFA 3D2FB 3D2FA 1NGEA 3J8AA 5AFUA 2CGKA 1MDUB 5JLHA 4BG8A 3I8BA 1U2VB 1U2VA 4NB4A 1SAZA 4BQLA 5AQIA 1BA1A 1GLFO 1C0FA 3HSCA 4GNIA 5AQWA 4WQ4C 4H0OA 3VPZA 3U9DA 3HM8A 4BR2A 1GLJO 2Q1NA 2ZGZA 5AQGA 1GLLO 4FWPA 3JS6A 1G99A 5BRDA 3D2EB 5AQHA 1MWMA 3D2EA 3I33A 4IWVA 5LJWA 4CD1A 2E8AA 3WXJA 4B1UB 1BO5O 2YJFA 4BQZA 3LM2A 1CZAN 2DPNA 3SMSA 4WQ4A 5AQSA 3S41A 1GLBG 3MCPA 3O1BA 5E84A 2F9TA 2QWLA 1JCEA 4CZIA 3RSEB 4BRLA 1LOTB 2YHWA 3RSEA 1HX1A 3W0LA 5KQDA 4PKHA 4H03B 4CZJA 2FXUA 5ADXA 4IXCA 5FPDA 3FZKA 1NM1A 2VWBA 1YVNA 3H6EA 1DGKN 4M7YA 2BTFA 2Q0UA 3UKRB 3VF6A 3UKRA 5BPLA 5AQXA 3AAPA 1Y64A 2IIRA 3VOVA 2F9WA 4B9QA 4KBOA 4B1WB 3L6QA 4HWIA 4B1YB 4H5VA 5AFUH 3W3DA 1ATSA 1BWFO 3ENOA 5E26A 1XC3A 1QHAA 2P9KB 4A2BA 2P9KA 4QS9A 4FOIA 5AQTA 1XUPO 5AQFA 1P8ZA 4DCHA 1K8KA 3H45C 4K42A 5BN8A 1QQOA 4K41A 4AM7A 1WUAA 1HKCA 3R6MA 4CZMA 5AQJA 3AY9A 3ENHA 4XH4A 4EFHA 5AZJB 1BDGA 5AZJA 3CIPA 2IVNA 3KVGA 1NLVA 3QB0A 3WXLA 3CI5A 5EOYA 1TUUA 2QM1A 4FWQA 1RFQA 2Q2RA 1BUPA 1BU6O 3U9ZA 4BRFA 3BUZB 4CBWA 4BR7A 4B1XB 3HI0A 2Q0RA 4A61A 5ADXH 2V51B 5BRHA 5AQVA 1R59O 1V4SA 4CZKA 2H3GX 2I7NA 3SLCA 3U4LA 3DXMB 3DXMA 4MLHA 2GTDA 4NO7A 3GG4A 4DB3A 3MK6A 4BVOA 4EIAA 2HOEA 1H1VA 1RDWX 4K43A 3M1FA 2D0OA 5FPEA 1NGAA 3EO3A 3ATVA 2QXLA 3WUHA 4FPBA 4M7XA 3WQTA 4ISEA 3A5MC 5KPZA 5TKYA 5CE3A 2W40A 3C7NB 3C7NA 5KPRA 4BC4A 3VF2A 2EWSA 4FWRA 2WUSA 3VGLA 4JNEA 1NGJA 2QWNA 2E20A 4H0PA 3H3OB 1NGHA 3FLCO 2QWPA 2V52B 1KAXA 3C0BA 5KPTA 2P9NB 2I7PA 2GUPA 2P9NA 1DKGD 5AQQA 2NZTA 3LL3A 3ZEUB 3ZEUA 3G25A 4FPAA 1ZXOA 4QS7A 1KAZA 5F1XA 3SMPA 3AAQA 1KXPA 4CZLA 2E2OA 2NRHA 5FPMA 3O8MA 3H3NO 1KAYA 4EHTA 5I9EB 3FZFA 4A62A 4CJ7A 2QWRA 4H0XB 2VCPA 3VERA 3P4IA 3SJHA 3MN6A 5EY4A 5ELZA 4H5NA 1QQNA 4BR9A 3CJ9A 3FZHA 3MN5A 3CJCA 2ITMA 1QZ5A 5BRFA 3CJ1A 5AQUA 4IJAA 4BRCA 2NLXA 2D4WA 4H5RA 4I6MB 4BVPA 4I6MA 4CZFA 2FF6A 1SQKA 4BGAA 5AQYA 1T6DA 4GY2B 3KZBA 1JCFA 3WXKA 4RWTA 3O5BA 3GOIA 5BN9A 1YUWA 2A40A 2V7YA 1ZBSA 3ZETB 4FSVA 1S3XA 1X9JA 3ZETA 1NGIA 5AQLA 1ZC6A 3O4WA 4BRNA 1NGCA 4PKGA 2GEMA 5KQ8A 3GDQA 1E4FT 1NGGA 4BC5A 3WQUA 3UKUB 3ATUA 3UKUA 4ISGA 2Q97A 3CQXA 3DWLA 1GLEG 3LDNA 1K8KB 3CHWA 1LCUA 3DXKB 3DXKA 2V7ZA 4FWLA 1NBWA 4PL8A 3QBWA 4H5TA 2YHXA 3UB5A 2PBDA 3BF1A 3CQYA 3VEXA 2ASOA 5EX5A 3R8EA 5AZIB 1EQYA 3QBXA 3F9MA 5AZIA 4MO4A 3QFPA 4IZ9A 4WYBA 3H46O 3HZ6A 2YJEA 3A0IX 1X3NA 3LM9A 4XH5A 4BROA 4CZEA 2GWJA 4O5FA 4H0VB 4MLEA 4JD2B 4JD2A 3EZWA 3QMLA 5F0XA 2P9LB 2P9LA 3GL1A 2FF3B 4RTFD 4FO0A 4BG9A 3UE5A 1T6CA 4BRPA 4BREA 2W41A 1MWKA 1IJJA 3A5OC 3ID8A 1C0GA 1TYQB 1Z6RA 3BF3A 1TYQA 3IMXA 4J8FA 1GLDG 3IUCA 4IJNA 1HUXA 1YAGA 3VEZA 4BR0A 5AQMA 1QQMA 2AA4A 2CH6A 4Y0WA 1S22A 1NMDA 4FWNA 2E1ZA 3GBTA 3IFRA 3L4IA 1Q18A 1OKJA 3FR0A 4CBXA 3HBTA 5BR9A 2FSNA 2FLOA 1ATRA 2VYPA 2YCHA 4WQ5C 3VEYA 3WT0A 3KHYA 2P9SB 3FZMA 5LJVA 2P9SA 5AQZA 4MO5A 2KHOA 3ULEB 4F9OA 3ULEA 5JMVA 3FGUA 1MA9B 3SK3A 4BRMA 1X3MA 1U6ZA 3CJBA 4BRIA 3AARA 3LDLA 4LC9B 2E1YA 4A2AA 3LDPA 2YHYA 4BR5A 2QW9A 2YI1A 4JAXA 4PKIA 5EVZA 4WQ5A 2ASMA 3IDHA 3A8YA 5LY3A 3EKSA 3WXIA 4M63C 1HKGA 2Q31A 4E1JA 3ZX0A 1WOQA 1YXQA 4L3QA 2PAVA 5AQPA 4CZGA 2D0PA 1XQSC 2ZF5O 3MMVA 4FWOA 4XEIA 1HKBA 1Z05A 4FOEA 3U8XA 1HLUA 1J6ZA 3OHRA 5B8HA 1DEJA 4FWKA 3QICA 2QWQA 4PL7A 3L0QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M41A 3FZLA 3NFAA 5T7BA 4DR1K 1HNXK 5EXWA 4C23A 2FSKA 2IVPA 4AILC 3D6RA 1NKCA 1I39A 1ATNA 3ZSOA 2YNIA 3LPUA 5J2MA 3O08A 4CBUA 4DQSA 3CETA 2OTJN 3DLHA 1RBUA 4KFBA 3VF4A 3C65A 4R5PA 3AVGA 4FWSA 5C15A 3QLHA 1RBTA 3M8QA 2GWKA 3VENA 2QWOA 2OPSA 4MFBA 3A2FA 3VQAA 4FLVA 4YOXA 3OYNA 1YHQN 2A3ZA 4TSXA 2OPPA 2Q36A 3VESA 3LDQA 4FWMA 4JHDB 1K8AO 4JHDA 4IO8A 3KK2A 1Q86O 2VGNA 1VSHA 3ZT2A 4DQQA 2BE2A 3NH1A 5LL6Z 1SUQA 1S5JA 4JV5K 4L8RB 3RRGA 1RTHA 3DRRA 5SWMA 4FK0A 4BDZA 1N32K 2A41A 4OJRA 4FZYA 3O6WA 4GKJK 4EHUA 1N8RO 3NGZA 4DHYA 4DV7K 1HPZA 4OX9K 3K58A 4BRGA 1T44A 3MDQA 4BRQA 5BPMA 3VTHA 4CF2A 4CZHA 3QERA 2NRRA 3ZT3A 3HRGA 4M3RA 2E88A 3QEVA 3N4QA 3A5LC 1E4GT 4O8UA 3EZ5A 4KHQA 4Z4GA 1N36K 3HPGA 4K0KK 1J9AA 4KB1A 4CK1A 2AJQA 1HPMA 4DFJA 2YNFA 2RKIA 3OY9A 3C6UA 1HJOA 1RCHA 4OGEA 3RR8A 3D2FB 3MX2A 3D2FA 4OO1J 2CGKA 3U3YA 1U2VB 1U2VA 4KHPK 1T7PA 4CEOA 3I56N 3AVCA 1C0FA 3HSCA 4KH4A 4DV4K 4DTSA 4FJ7A 5AQWA 4WQ4C 3VQ6A 1TKTA 5JVGL 4BE2A 3V1QA 3DRPA 4CF1A 3U9DA 1QE1A 3I0RA 3JS6A 4CFBA 3E1YA 5BRDA 3I33A 3AO4A 4CD1A 3QINA 4B1UB 3KTQA 2ZJPL 1IKYA 2DPNA 3S41A 3MCPA 3O1BA 1RDUA 2F9TA 2QWLA 4FW2A 1JCEA 4CVNE 3RSEB 3RSEA 4F3OA 4DFKA 4OLAA 5ADXA 4IXCA 5FPDA 3FZKA 3MWPA 3JSMA 4CK2A 4KTWA 5HRPA 1L5UA 2BTFA 4HUFA 4LF8K 3I0SA 1E3MA 2KZMA 1D9DA 2B5JA 3K5NA 5BPLA 5AQXA 4BE0A 4KRFA 4G9ZA 2F9WA 4B9QA 4KBOA 3L6QA 4HWIA 1WSHA 5AFUH 2OZMA 4M45A 1BWFO 3ENOA 3MXMA 4GW6A 5E26A 4HTUA 4J2DA 4DCHA 2F8TA 3H45C 1QQOA 1LWEA 3LDSA 2X6SA 2Y1JA 2DTUA 3R6MA 4CZMA 4LH4A 2LSNA 1IO2A 4OLBA 3L2RA 5AQJA 3MEEA 3ENHA 3LP2A 1NK6A 1TL1A 4XH4A 3JYTA 3CIPA 2D5RA 2IVNA 1EXQA 1NLVA 3K9KA 5EOYA 3RMCA 3BZKA 3SBGA 4NYFA 1BUPA 3E9LA 1BU6O 1C1AA 5D3GA 2O4GA 1YJNN 1HYZA 3V1OA 4FJ9A 1BCMA 4B1XB 4A61A 2KKZA 1R59O 1NK5A 4CZKA 2H3GX 2NRWA 3DXMB 3DXMA 1T03A 5M1PA 4QCLA 4MLHA 3GG4A 3VQDA 4CHOA 2HOEA 1H1VA 1RDWX 3CF5L 3M8SA 3TANA 1G15A 3WUHA 4M7XA 3WQTA 2HHQA 4F2RA 3G4SN 1TKZA 2W40A 4DKWA 4JK8A 3O9TA 4BC4A 1YI2N 5GIPA 5M1KA 3ZCMA 4DS4A 4EP4A 1NGJA 2QWNA 2X74A 3E9OA 3PIPL 2KW4A 5KPTA 3VQ8A 1DKGD 2WBNA 4WCEL 3PUFA 3CCEN 3CYMA 4Z4EA 3ZT1A 4DQIA 1S72N 3V81A 1DTQA 4GV6A 4FPAA 1S1TA 1KAZA 3N4PA 2E2OA 1JL2A 1KAYA 2E6MA 3FZFA 4A62A 1SKRA 2QWRA 4H0XB 3OYIA 3P4IA 1RT7A 1QQNA 3Q7BA 2YKNA 3CJCA 4FJHA 4CJ4A 5BRFA 4E89A 5C2FA 4CZFA 1GOAA 4CGFA 3K5MA 1YVUA 4JI6K 2HSTA 4RWTA 3O5BA 2IOCA 4JLHA 2V7YA 5HLFA 1IKVA 3HM9A 1HNZK 3M8PA 4IOAL 4BRNA 3WXMB 2GEMA 4JI7K 2QXFA 3GDQA 4Q5VA 3S3NA 4YOYA 4BC5A 3SPZA 2VQFK 2JWLA 2Q97A 4FJJA 3HYFA 1IBKK 3JAMO 3MWTA 5M1FA 3CHWA 4KAZA 5CZ1A 1KC8O 4FWLA 1CLQA 3J80O 1RTIA 3ALYA 1NBWA 2G8WA 3CCMN 2D0AA 3UB5A 5AJ3K 2YNGA 1C0MA 4JS5A 3VEXA 3AVJA 3R8EA 1U49A 2Z1JA 4WYBA 1QQCA 4IZ9A 4JKGB 4JKGA 4NLCA 3L2WA 1I3AA 2PYLA 3ISNC 4M3XA 4IO9L 2KTQA 4JI3K 3HO1A 4O5FA 1TKXA 3EZWA 2P9LB 1U45A 2P9LA 3GL1A 4RTFD 1KFSA 4FO0A 5I3UA 1W97L 1RT1A 3ID8A 1TYQB 1TYQA 4WFBL 3J81O 3IUCA 4IJNA 4CEEA 1HUXA 3HVTA 5K14A 1YAGA 1NJWA 4DV2K 3AO1A 3IS9A 1CXQA 4CEBA 1S9EA 3DLKA 3NF6A 3T1YK 1NMDA 4FWNA 2F96A 1R0AA 4KTQA 3L4IA 3OYHA 1Q18A 1NNEA 3K59A 4X62K 3MXIA 4PWDA 2KZZA 2YCHA 2F8SA 3CD6N 4FLXA 5LJVA 3DI6A 4OPHA 4JKEA 3P83D 3OBWA 1MA9B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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