1GLFO

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 168
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO01
3QDKA 3SK3A 3CQYA 3VEWA 4BRKA 1Y64A 1U2VB 4EHTA 2IVOA 2Q31A 3L6QA 4NO7A 4BRMA 4EAHD 3BP8A 4RWTA 2QWQA 4BQLA 3B8AX 4BRPA 1U6ZA 2CGKA 2FF6A 3HI0A 3O1BA 4EHUA 1ESVA 5ADXA 4YDUC 4FSVA 3MN7A 1KAZA 1SQKA 2ZGYA 2P9PB 1NGAA 4WQ4C 5FPMA 4DQ8A 2HF3A 3WEEA 1J6ZA 2CGJA 5BR9A 2I7NA 3UE5A 1GLBG 3O1WA 5AQIA 3BEXA 3H1VX 3MN6A 4BG9A 3C7NA 1Z6RA 3EKSA 3D7EO 4PKGA 5AR0A 3WT0A 5LY3A 3LM2A 3CJ9A 1JCFA 3IMXA 2VCPA 3CHWA 4AM6A 1D4XA 1MA9B 3C0BA 5AQUA 1Q18A 1S3XA 1R59O 3EN9A 3UKRA 3VENA 3CJ7A 1HKBA 2NRHA 3CJAA 4JD2A 4FPBA 4CZMA 5AQHA 5FPNA 4B1UB 4BR7A 1OKJA 4MO5A 1G99A 2GUPA 3IDHA 3ENHA 2A41A 5AQGA 4F9OA 3WEEB 1MWMA 5BPNA 3H45C 4BREA 1HLUA 3DXMA 3ULEA 3IFRA 2EWSA 3VEYA 3VGLA 4BGBA 3C7NB 2Q0RA 4H0VB 2WUSA 2YJFA 5AQQA 3FZFA 4GY2B 4H03B 3FZMA 5FPDA 2D4WA 3M1FA 3HBTA 2FSJA 1XUPO 3M3ZA 1NLVA 1NGDA 4H0OA 3HSCA 4H5VA 4BC5A 2QWNA 3LDLA 4I6MA 3L4IA 3UKRB 3W0LA 5KPRA 4JD2B 3GDQA 4IO8A 1XQSC 3HM8A 4JAXA 3QBXA 2Q0UA 4FWKA 1NGGA 3SMPA 4FWSA 1NGFA 3H1QA 3EL2A 1HPMA 3WXLA 1SZ2A 4FWNA 2A3ZA 3CQXA 2FLOA 3A5MC 5EX5A 2HOEA 3QFPA 1IG8A 3DXMB 3ULEB 2FSNA 4BRFA 2GWKA 1P8ZA 2PBDA 5F2RA 1BA0A 2FF3B 3AAPA 5BPLA 3ZX0A 5JMVA 1GLFO 1RFQA 1V4SA 3DXKA 2I7PA 4BRNA 1ZXOA 4JNEA 4NB4A 4CI6A 1QQMA 2GEMA 4I6MB 5AQYA 4BRIA 4MLHA 5CE3A 4FPAA 3FLCO 4M63C 3WXKA 4A2BA 2H3GX 3ENOA 4J8FA 1NGJA 4CBUA 1TUYA 4CZIA 4CZHA 3LDOA 3R6MA 2QWOA 4ISGA 3AAQA 2E2NA 3A5NC 1BG3A 3QBWA 5AQZA 4BC4A 3ATUA 2ASMA 1GLJO 3ZEUA 1C0FA 4FWLA 4BRQA 3R8EA 4DHYA 1T6CA 2P9IA 1HX1A 4FWOA 3JS6A 4AM7A 5E84A 3DXKB 3O80A 3O6WA 4B9QA 1NWKA 1BA1A 5AQJA 4Y0WA 1KAYA 1JCGA 5KQDA 2PAVA 4MLEA 2GELA 3CIPA 4C23A 2Q2RA 3S41A 4WQ5C 1HKGA 2HF4A 3FZLA 3RSEA 4CJ7A 5ADXH 4FOIA 1BWFO 3GL1A 3ZETA 1KAXA 4CD1A 2CH6A 4DCHA 3LL3A 3EZWA 3D2FA 1HUXA 2P9LA 5BREA 5AQSA 1RGIA 2E2PA 4ISFA 4M7XA 2FSKA 3ZEUB 4PL8A 4FWMA 2P9IB 2CH5A 3BF3A 3TPQA 4FOEA 4IXCA 3GG4A 1BU6O 2A42A 3W3DA 1NBWA 4B1WB 1C0GA 5F0XA 3U9DA 4BR5A 2E88A 4H0PA 3OHRA 4Z94A 4BROA 3KZBA 3L0QA 4FWQA 3D2EA 5AQMA 3RSEB 4CZLA 3CJ1A 3ZETB 3LDQA 2Q36A 4YDUA 3D2FB 5EXWA 1H1VA 5LJWA 2DPNA 2P9LB 1NM1A 1MDUB 4WQ4A 2D0OA 4IJNA 5AFUH 1YAGA 1NGCA 5BN8A 1QZ6A 3MN5A 4H0XB 1DEJA 4RTFD 1RDWX 4O8KA 2A5XA 3A0IX 3MDQA 2YI1A 4B1ZA 4XH5A 1ATRA 2YJEA 2QWRA 4BGAA 4FWPA 3U8XA 2VWBA 4K25A 4QS7A 5F1XA 3D2EB 3J8AA 3CERA 1X9JA 4B1VA 5BRHA 1BUPA 4BR9A 4A62A 2ASOA 4BR2A 3U9ZA 3GOIA 4BR0A 1E4GT 1S22A 3VESA 5JICA 2P9KA 1NGEA 4JHDA 1TUUA 3VGMA 5AQWA 4CBXA 1QZ5A 3A5LC 4H5NA 1T44A 3FFKB 3WQTA 4H5RA 5E26A 4CBWA 4CZJA 1QQOA 3MMVA 1LOTB 3VETA 1ZC6A 1E4FT 1HKCA 2F9WA 3H3NO 4ISEA 1KXPA 3H6EA 2E1YA 2YHXA 3CJBA 4PKIA 3EKUA 4WYBA 4BRGA 3U4LA 5AZIA 3JXUA 3O08A 2ZF5O 2QWMA 4BVOA 3WQUA 3KHYA 1IJJA 1ATNA 3UB5A 4PKHA 5AQPA 4L3QA 3FZHA 2E20A 4CZKA 5KPZA 3CI5A 2P9KB 4JHDB 2V51B 2QWPA 5BN9A 1JCEA 4B1YB 3QB0A 5BRDA 5AQKA 4BRDA 1XC3A 1K8KA 4RCHA 2YHYA 1GLAG 3G25A 1WOQA 1NGHA 2FXUA 3IUCA 4BRHA 4K43A 2P9NA 3SLCA 2D0PA 3VEZA 2NLXA 4GNIA 4PL7A 2AA4A 2P9UA 3VPZA 3KVGA 4H5WA 4BR4A 2E1ZA 2NZTA 4K41A 5ELZA 1CZAN 5AZIB 2Q97A 2YCHA 1WUAA 3DJCA 4BRLA 5I9EB 1LCUA 5AQXA 1NMDA 2E2QA 2ZWHA 2GWJA 3P4IA 3FGUA 1K8KB 3UKUA 4EFHA 4H0YB 4XH1A 4H0TB 3VEXA 3O8MA 1QHAA 2P9NB 4CD3A 2J4RA 4XEIA 3FE1A 3WXIA 5AQOA 2P9UB 3ZX3A 2V52B 2A6AA 4BRAA 5AQNA 2AP1A 4KBOA 5LJVA 3SJHA 4IZ9A 4WQ5A 5B8HA 4HTLA 4CZEA 5JLHA 4HWIA 3VOVA 4IWVA 4JN4A 2QXLA 3VEOA 2P9SA 2IVPA 3HZ6A 4LC9B 4BQZA 5BPMA 3WUHA 3MK6A 1TYQA 3EO3A 3O5BA 4XH4A 5EOYA 5TKYA 3R9PA 3VF2A 3ZX2A 1SAZA 2A40A 4FWRA 1NGBA 2ITMA 3VERA 2ZGZA 2V7ZA 2GTDA 3UKUB 4BVPA 2QM1A 5KQ8A 2HMPA 3LDNA 1YXQA 3MCPA 3ATVA 2ASPA 2Q1NA 1DKGD 1GLCG 2UYTA 3M6GA 1YVNA 3A5OC 3H3OB 3HTVA 3DAWA 3I33A 5AFUA 5AQLA 2F9TA 3A8YA 1GLEG 5AQTA 1ATSA 1BO5O 4A2AA 1X3MA 2VYPA 2IIRA 1MWKA 2P9SB 4O5FA 3GBTA 1BDGA 4BRCA 3O4WA 2BUPA 1DGKN 3QMLA 1TYQB 1NGIA 3VGKA 4M7YA 1YUWA 3BUZB 4CZFA 2E8AA 4H5TA 3VEVA 3MN9A 4FO0A 5BRFA 3I8BA 3SMSA 4A61A 3ID8A 2CGLA 5FPEA 3F9MA 2OANA 3QFUA 1GLLO 1X3NA 1Z05A 5KPTA 3BF1A 1EQYA 4QS9A 3GE1A 2W41A 4IJAA 5AZJA 2D1KA 3VF4A 4B1XB 3DWLA 3CJCA 2YHWA 5AQVA 2V7YA 4QS8A 1GLDG 3LDPA 2BTFA 3LM9A 2E2OA 3H46O 3QICA 1U2VA 3VF6A 1ZBSA 4K42A 5EVZA 4BC2A 3WXJA 5JLFA 3FZKA 3TU5A 4MO4A 4FL9A 4EIAA 3FR0A 2KHOA 1HJOA 4BG8A 1BOTO 5AQRA 1T6DA 3AY9A 2P9PA 3CETA 5EY4A 2IVNA 2QW9A 5AZJB 3AARA 4DB3A 1V4TA 4CZGA 1QQNA 5AQFA 4BC3A 2W40A 4E1JA 2QWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QDKA 3SK3A 1XHXA 3VEWA 4BRKA 1Y64A 1EWRA 4DS4A 3M8RA 5JVHL 2QWQA 4I7FA 1Q81O 3B8AX 4BRPA 4OLBA 1WSFA 4ILHA 4Z4IA 1L5UA 3ID6A 1RTHA 1SQKA 2HNDA 3C65A 3OBWA 2ZD1A 4FM1A 4WQ4C 2YKMA 3OYJA 4OKKA 5LMUK 2G8HA 3K0SA 3O1WA 5AQIA 1IKWA 4BG9A 3MN6A 3ZSYA 3D7EO 3WT0A 3IMXA 2VCPA 2PYLA 1FW6A 1D4XA 5KRSA 4KO0A 4JI7K 3IAYA 3VENA 4KPYA 5FPNA 4CHZA 1ITGA 1BIZA 4CJRA 3ENHA 3M8PA 1HLUA 3SPYA 1IBKK 3ULEA 3IFRA 3VEYA 3VGLA 3C7NB 1NNEA 1RT6A 3HJFA 3M3ZA 4JKDA 4LFBK 1NLVA 2NNWA 4EZ6A 4R5PA 3DRRA 1NGDA 3HSCA 3LDLA 3L4IA 4DR5K 4IFVA 4IO8A 1SL1A 3ZSWA 1RT3A 3HM8A 1VSEA 4M45A 4KH5A 4FWSA 3J80O 3CCJN 3EL2A 5FRMA 2G8UA 2GX9A 3A5MC 4LF5K 1N8RO 2DFEA 3QFPA 1D9FA 4FLZA 4DV4K 3DXMB 2FSNA 4GV3A 2PBDA 1NJIO 1BA0A 3LAMA 1FKOA 2FF3B 3AAPA 2RHKA 2HBMA 5BPLA 4K8XA 1TGOA 4OLAA 1RFQA 3EY1A 1V4SA 3DXKA 4C1NI 3VQ6A 1BI4B 4JKCA 3WNFA 1ZXOA 5HP1A 1NK8A 4I6MB 4BRIA 3ASMA 3NF6A 1EXQA 4M63C 1BQMA 4DTOA 2OCEA 3ENOA 4J8FA 3ZSZA 1TUYA 3C6UA 4CZIA 4DQSA 4CZHA 1QE1A 1BCMA 4CF1A 3HPHA 2O8BB 4EZ9A 4HTUA 2O4IA 5M1NA 1ZBLA 3ZEUA 1C0FA 3F73A 5HRNA 1VQON 1T6CA 2FBYA 4B9QA 1XWLA 3KLIA 1BA1A 4Y0WA 3O9RA 1ZBIA 1C6VA 2Q2RA 3QO9A 3AO5A 1TKZA 1YI2N 4JKGA 3FZLA 1TKXA 1JL2A 1VQLN 5HRRA 4DCHA 4BE1A 3EZWA 1BCOA 1OH7A 1QSSA 1DLOA 2P9LA 4CEOA 4JK7A 1RGIA 2KFZA 3MX5A 2KLAA 3VQ8A 4ISFA 3VQ9A 4O55A 2O8FA 2CH5A 4LH5A 2JLEA 3OYMA 2A42A 4W5NA 5HOOA 1T05A 2E88A 1J5OA 3KZBA 1U47A 4I2QA 3L0QA 5C0YA 4FJIA 3D2EA 5AQMA 3DRPA 1Y97A 1YJNN 3LAKA 3LDQA 2Q36A 4YDUA 3D2FB 3LP3A 3THYB 1NM1A 2XHBA 4HVJA 4CE9A 2OPSA 5GIOA 2P5GA 2HHWA 2KTQA 4H0XB 3ALYA 5FLXO 3G71N 4IG0A 1RDBA 2A5XA 3A0IX 3SAGA 3MDQA 4AF1A 1YITN 4B1ZA 3CYMA 2QA4N 4QOZB 3BZKA 4KHWA 1ATRA 3J7AP 2QWRA 5F1XA 2G8FA 4KREA 1JLFA 1VQNN 4B1VA 3OA9A 2O8DA 3HP6A 3NH1A 3NGYA 2VGMA 1LW2A 4MDBA 4B3RK 2HHTA 3U9ZA 4DR2K 1E4GT 1NOZA 4FK0A 3MWPA 4YORA 3A5LC 3P5JA 2YV0X 1QQOA 1T03A 5T7BA 5J2MA 3SUNA 3D0PA 4AHSA 4AHVA 1HKCA 1O13A 1VQ8N 4PUOA 3BZCA 4ISEA 4E7IA 5DM6L 3CJBA 4DFMA 4PKIA 4WYBA 4BRGA 3KWIA 2QWMA 3WQUA 3KHYA 1K8AO 1TL3A 4DQPA 3KLGA 3TARA 3CI5A 4J2EA 3TI0A 2V51B 3QEWA 5BN9A 2Z1HA 2QKBA 4J2BA 3AVMA 4BRDA 2PYJA 1VSFA 4DSFA 1K8KA 3N4PA 2XO7A 3MWTA 1YJWN 2FXUA 4B9TA 4KHNA 4DQQA 1EX4A 1RDCA 4JK8A 2NLXA 1JLGA 2AA4A 2RE2A 4OKEA 3KVGA 2JWLA 1S1UA 1W9HA 3A2FA 4Y1CA 1OH5A 4OKJA 3OBYA 3WNEA 4HUFA 3PO4A 3OYBA 4FJHA 3HOSA 4DR3K 3ZCMA 4BRLA 3DM2A 4LF8K 2E2QA 1Q9YA 1C1CA 1EKEA 1U45A 4BWJA 3AVIA 2RN2A 3DLBA 3VQEA 1QHAA 2P9NB 3HYFA 4CD3A 3TSUA 3T1HK 2J4RA 1YT3A 5C42A 1VSJA 1S9EA 2P9UB 2YHBA 4ZHRA 4FJLA 4KFBA 1YIJN 3LANA 4O0IA 2V52B 2A6AA 4BRAA 2AP1A 1Q82O 5LJVA 3LPUA 3F9KA 2Y1JA 4BY9C 1VHXA 2WC9A 4A5BA 3CFRA 3AGRA 2UUCK 2W6KA 4CJVA 5BPMA 3WUHA 4CJ3A 1TYQA 3EO3A 4B3OA 3O5BA 4XH4A 5EOYA 1RNHA 3VF2A 1QHTA 2R7YA 4CFDA 2ZGZA 3TAFA 3UKUB 4I9QA 3OYDA 1WAJA 4OPAA 4R79A 2ASPA 1DKGD 3H3OB 3DAWA 3KK2A 5AFUA 4LF7K 4U67L 1GLEG 3CFPA 4OJRA 1ATSA 1BO5O 3ZSQA 2IIRA 4EP4A 4JLHA 3E1YA 1NGIA 2ZM6K 3ULDA 3MN9A 4FO0A 5BRFA 3ID8A 3TABA 4WE1A 3QLHA 2DTUA 3BF1A 1KVBA 3TAEA 4QS9A 4LD0A 1M1KO 1R0AA 4DR7K 1FKPA 1EP4A 3NH0A 1VSIA 5CYMA 3H46O 2AJQA 4F3TA 1N32K 3Q7CA 4BC2A 3VQ7A 5JLFA 4FL9A 1NJWA 4YOXA 2WONA 3L3UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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