1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
4W5QA 3OYLA 3P1GA 5C42A 4CEDA 1JXEA 3VQ7A 2FC0A 4H4OA 3HPOA 3ZT3A 4DTRA 1ASWA 4DS5A 3SQ0A 3SPZA 2PY5A 3O4NA 4FM2A 5HROA 4OKEA 1HMVA 4QCLA 2G8FA 3OJUA 4DF4A 1S9EA 2RF2A 2G8HA 3QESA 1JLEA 3O3FA 1L3SA 1TVRA 4O4GA 1NK5A 4GVMA 5J2MA 4Z4EA 4Q0BA 3VQAA 3AA5X 4CEBA 1JLQA 3ZT2A 4M3RA 1RTHA 5J2NA 2XHBA 3PY8A 1BGXT 3L3VA 4B9MA 1RT1A 3V1QA 1EXQA 1NK7A 1KSPA 1HYVA 4FJIA 2YKMA 3S3NA 1WSHA 4TSXA 4NCGA 4CHNA 1RTDA 1YVUA 4CECA 1QHTA 1T03A 2DFHA 3LPUA 5K14A 4CF1A 4Z4CA 5HRPA 1WSJA 2FBVA 4O0JA 3KK2A 5KTQA 3LP2A 3FFIA 3U6FA 1D9FA 3ZSQA 1NJWA 3CFPA 1UA1A 1J54A 2XY8A 4CFBA 4FJLA 3TAQA 3ITHA 3ZSZA 4BE0A 4FW1A 3OYKA 4ID5A 1HNVA 2IOCA 1C0TA 1FKPA 4DU1A 3CM6A 1NK0A 2ZE2A 3VQ8A 5SZTA 1L3VA 4CE9A 2E6MA 1EX4A 2YNFA 1JLFA 2YNGA 1GOBA 2HW3A 2DTUA 3KK3A 2ZQBA 4CEAA 3AV9A 3OY9A 4F3TA 1C1CA 4OVLA 3RRHA 4C8OA 4BDZA 1BCOA 2YHAA 4LSLA 3ZCMA 4KB1A 3K5MA 3AVMA 4DFPA 1X9WA 3SQ4A 3HJFA 3HPGA 4B9NA 1UA0A 3IS9A 4FXDA 4DF8A 3NH1A 1LWCA 1A5WA 2IDOA 4CGIA 3QO9A 4BE2A 1Z26A 1YTUA 4E1MA 3ASMA 4FCYA 1K6YA 1ASVA 1S1VA 4CEZA 4FLTA 3SUQA 3DLHA 2OYQA 3QEVA 4QOZB 2HHWA 5HRSA 4I9QA 5J1EA 3OVNA 3KD5E 1BHLA 4CJTA 5J2PA 4FJ9A 4DTJA 4E89A 3OJSA 3KLHA 1SL0A 3KK1A 2PYJA 1WSEA 4OJRA 4AHCA 4ZHRA 4IG0A 4CF9A 3LWMA 4EP5A 4DTPA 4CK1A 4AHTA 1TL1A 4W5RA 3KD1E 3DLKA 1IG9A 4KHWA 1Z25A 3UIQA 2EX3A 2GV9A 1JLBA 4BWJA 4AHUA 3T19A 1SKWA 4J2DA 1MU2A 1RT7A 3NDKA 1D5AA 1RBVA 2BE2A 4IBNA 4CK3A 1EKEA 3C6UA 1YT3A 1U47A 1J5OA 4CJQA 4ELTA 4CEFA 4RW4A 4CGGA 3AVIA 1X1PA 4IFYA 5HLFA 3AA2A 2XY6A 1ZBFA 3AO1A 1FK9A 3VQDA 4B9VA 4PUOA 5D3GA 3M8RA 3NGYA 3C94A 3LZJA 1L3TA 1HNIA 4KTZA 4CHOA 3O3HA 1TKXA 4CGJA 4E1NA 4B08A 4N56A 1KVAA 2G8WA 2HB5A 4FJXA 3S3OA 1XI1A 4J2AA 3SPYA 4OLBA 3NF6A 3LWLA 1SKRA 3VQ6A 2HHQA 3C6TA 4DTSA 3L8BA 1BCMA 3I0SA 1N5YA 4FVMA 1NJYA 4KO0A 4DFJA 3RMBA 2XO7A 1S1XA 1RBUA 1VSLA 3T1AA 4WE1A 2DFEA 4YNQA 3TARA 4B9LA 4LH5A 1LWFA 1RT3A 1ITGA 4DTXA 3T3FA 4B3OA 3AVCA 3K2PA 3TR8A 2F8TA 2FBTA 2KZMA 1HQEA 4CJEA 4PA1A 3AA3A 3DRSA 1U48A 4J2EA 3HYFA 3EZ5A 3RMDA 2OPRA 1WN7A 3V6DA 4AILC 3TI0A 3QEPA 1S1TA 2WONA 3KJVA 2XRIA 3LPTA 3PO4A 3MECA 3MEEA 4CEEA 4CJWA 4Q5VA 4ZTJA 1S1UA 4KREA 2Y1IA 3AVAA 3TAMA 2GUIA 3DLGA 4CHYA 4FJHA 3THVA 3G0ZA 3OYFA 3VA0A 3K5OA 3QETA 3OYMA 3L3UA 2W42A 2HMIA 2VG6A 4CFCA 3V9UA 3MXJA 4M45A 3ZSOA 3OYEA 2YNIA 1W0HA 1ZBHA 4PY5A 1C1AA 3NH0A 3HP6A 3M8PA 3SI6A 3K59A 4ICLA 4KB0A 3DOLA 4FLXA 1A5VA 3VQQA 4HUFA 2JGUA 1NK9A 4DQSA 4DFMA 3SUOA 3DLBA 3EY1A 4MFBA 4EZ6A 3HK2A 4DS4A 2QK9A 1KLNA 3PX6A 3VQ9A 2FBYA 3WNFA 3OS0A 1TKDA 1RNHA 4I9LA 3S3MA 2HNDA 2FBXA 2HVIA 1G15A 1QSLA 2YNHA 1QQCA 3QINA 1TK0A 4F2SA 4DQRA 3V1RA 4XIUA 1VK0A 1I3AA 2HNZA 5DK5A 4FLWA 3MXIA 1U49A 3RR8A 3RWUA 4E7JA 3L2UA 2JLEA 3AO3A 4C8MA 3P5JA 4B8CA 1RT4A 1W9HA 4CJPA 3O3GA 3V81A 4LH4A 1TKTA 2Z1IA 3SNNA 4EP4A 1WLJA 1D8YA 2P5GA 2OZSA 1WNSA 1FKOA 4FZZA 2G8IA 3IAYA 3KKSA 3L2WA 4KHUA 4KKOA 2KTQA 4PQUA 5HRNA 1XC9A 3QEWA 4CIEA 4C8NA 3ZSRA 2KZZA 3HO1A 1RILA 3HL8A 3BGRA 3AVFA 1S9GA 3OYJA 1IH7A 1C0UA 5I42A 2HHTA 1D9DA 3U3YA 4L8RB 3KLGA 4DSLA 5KRSA 4KPYA 3DYAA 4HUEA 2G8UA 4G1QA 4W5OA 1KTQA 3ALYA 3V1OA 1QSYA 2X74A 4RW6A 4CJSA 4OKKA 3QNNA 4ELUA 4Z4IA 2KFNA 3HVRA 1SKSA 3TANA 2VWKA 2A1SA 3C95A 4CESA 4E19A 4LY7A 3AVHA 1IO2A 4I2QA 1L5UA 1LW0A 1RDCA 3QNOA 5HRRA 3SCXA 1KVBA 3DRPA 2QKBA 2VG5A 4QAGA 3ZSYA 4CIGA 1TAUA 5CYMA 3OYIA 2R7YA 2ZD1A 1Q9YA 4NYNA 5KRTA 2GBZA 1RBTA 3PV8A 1CXQA 1DLOA 3HPHA 4FLUA 3LP1A 3SYZA 1VSFA 2BDPA 1JL2A 4CF0A 2HHVA 1C0MA 4OGEA 1X9MA 1BQNA 1C1BA 1TK8A 1JLCA 3OYAA 3F73A 4I2PA 4CF2A 3LZIA 1HPZA 4B9SA 2HVHA 3O4QA 3TAGA 4FJKA 4F8RA 3AO5A 4IFVA 1RBSA 3KIOA 3WNHA 4CF8A 4FK4A 3VQCA 3NGIA 1VSJA 4K8XA 3MXMA 3AVGA 4KV8A 1T7PA 5KI6A 1IKWA 5FRNA 1TKZA 1HYZA 1VSIA 3CYMA 1DTTA 3M8QA 5E41A 3TAEA 4DQIA 1VSHA 5HP1A 2DY4A 3G10A 3IRXA 4AH9A 4W5TA 4FJ5A 5FROA 4DU3A 3P83D 3KTQA 1RTIA 4UQGA 2VWJA 3A2FA 4M41A 1CXUA 1S5JA 4DG1A 1BISA 3V9XA 1ZBLA 4CIFA 1B92A 4HCCA 3NAEA 4DLEA 4F3OA 1WAFA 1SV5A 1HJRA 4N5SA 1LAWA 1VRTA 3NF7A 4CGHA 4DQPA 2E4LA 4E7KA 2D0AA 3U3GA 4CFDA 4DWIA 4DTOA 3LAMA 4C8KA 4CCHA 2HHSA 1WAJA 4CJUA 1SUQA 5JS2A 3OYNA 3LDSA 4DTUA 3CFRA 2YHBA 3CQ8A 4O0IA 1IKVA 3LANA 3QIPA 1EP4A 1U4BA 4FLYA 2BANA 3B6PA 4H8KA 4JLHA 2Z1JA 1I39A 5KGWA 2O4IA 2IGIA 2EHGA 3TABA 1R0AA 1Q8IA 3QERA 2QKKA 1QTMA 1KFDA 1NJXA 4K8ZA 1C6VA 2F96A 4H4MA 3WNGA 3OYDA 3MEDA 2YV0X 4LSNA 3HXMA 4Z4GA 4CHQA 1NOYA 4NCAA 4JS5A 4M3XA 2KQ2A 2RKIA 1B9DA 1JLGA 1DTQA 1NKCA 1BL3A 4LD0A 2YKNA 4CJFA 5C25A 3TAFA 1Q9XA 1XHXA 1FXXA 3ZT0A 4KTWA 2RPIA 3DM2A 4FK0A 4M3WA 3RRGA 3TAPA 3I0RA 3KLFA 2OA8A 4Z4HA 4B8AB 1HRHA 1S6QA 3DI6A 4CJKA 3PX0A 4CGDA 1VRUA 4BDPA 2NUBA 4N47A 1JL1A 3ZSWA 4CK2A 4GMJB 4FJGA 3SZ2A 4FJ7A 4NCBA 2PZSA 2D0CA 1RDDA 1LWEA 1QE1A 3MAQA 3ZSVA 4KRFA 3AA4A 4W5NA 1A5XA 1JXBA 2KW4A 1U04A 2Z1HA 1VSMA 1TV6A 2D5RA 5CZ1A 1NK8A 2I5JA 1SL1A 2ATQA 2OPPA 3NF9A 3DOKA 5CY4A 1KFSA 4Y1DA 4CEQA 2X78A 3OYGA 4FJNA 2OPSA 3SJJA 4DQQA 4F4KA 3L2RA 1BIUA 4DLGA 5CZ2A 3QLHA 4FK2A 4Z0UA 1NK4A 4CJ3A 5FDLA 4IKFA 3VQ4A 1J53A 1RCHA 1KLMA 2HNYA 3V9WA 4BDYA 5T7BA 2G8VA 1KCFA 4DSJA 4HTUA 2LSNA 1RDAA 4I7FA 3HM9A 1BI4A 4M42A 4CERA 2Y1JA 3ZT4A 1BQMA 4DU4A 1KVCA 4DSEA 2G8KA 4O44A 1VSKA 2PYLA 3V9SA 2Q3SA 3LP0A 1RBRA 4RW7A 3LAKA 1REVA 3NGZA 2IAJA 5DMRA 1X9SA 3BDPA 2B6AA 3HT3A 4KAZA 5EU7A 3NHGA 1TAQA 5SWMA 4OKJA 3SQ2A 1LW2A 3SV4A 3WNEA 4BACA 4M3ZA 1ZBIA 2E6LA 1O1WA 3E01A 2XY5A 3LP3A 5CYQA 3K5LA 4RG8A 4GW6A 1WSGA 3DLRA 3SV3A 3PO5A 4EZ9A 1NKBA 4KHQA 4IDKA 3TWHA 2A1RA 3VN5A 3RMCA 5FRMA 3EYZA 3K5NA 2IS3A 3F9KA 4DSFA 3SUNA 4BE1A 1ASUA 1WSIA 3RTVA 3JYTA 4JS4A 3ZT1A 3V4IA 2P1JA 3AVKA 4HUGA 2AJQA 3RR7A 2X6SA 3NF8A 4CEOA 1SL2A 1UOCA 2ITGA 3CG7A 3JSMA 2X6NA 3MEGA 4CHZA 4FJMA 3VQBA 4FYDA 2O4GA 3OYCA 3VA3A 2RN2A 4E3SA 4CJRA 3ZSXA 4E7HA 4KI4A 3D45A 1F21A 4AHSA 3HP9A 4CFAA 4CJ5A 3SQ1A 4C8LA 1CLQA 2DFFA 1NOZA 2IC3A 3D0PA 1RTJA 1RT2A 3DRRA 4CGFA 4KI6A 3LALA 3K57A 1ZYQA 1CZ9A 2QXFA 1TGOA 3RMAA 4CJVA 2ETJA 3M8SA 1KRPA 2P5OA 4HVJA 1LV5A 3V9ZA 4KHSA 2D0BA 4CJ4A 5JS1A 1Y97A 3AVLA 4KHYA 3QIOA 1NJZA 2KFZA 4E0DA 3S9HA 1T05A 1IKYA 3OYBA 4N41A 1UAXA 1VSDA 1RT6A 3DMJA 5C24A 2B5JA 3K58A 4OPJA 1S1WA 1XWLA 4O55A 4MQ3A 1RT5A 1GOAA 4O5BA 1CZBA 3NH2A 4JRPA 4OLAA 3CM5A 4PWDA 3CFOA 4FLZA 3QEXA 4BWMA 3OS1A 3I8DA 3HVTA 4M3UA 1TK5A 1EETA 1JKHA 4DSIA 4FM1A 1BIZA 4FZYA 3H08A 4B9UA 1JLAA 1ZBUA 4YFUA 3SUPA 4FW2A 3AVJA 3KLIA 4HHTA 3VQEA 4OGCA 3AO2A 3L2VA 3AVNA 3KLEA 4ZTFA 1GOCA 3NBPA 1BI4B 3NFAA 5HBMA 1NK6A 4DSKA 1U45A 4E7LA 4R5PA 2OPQA 1XHZA 2HHXA 4FLVA 1L3UA 1QS4A 4Y1CA 4ELVA 4F2RA 2XY7A 2OZMA 4J2BA 4KHNA 2BGGA 3B6OA 5I3UA 3VQ5A 1HYSA 4CHPA 3QEIA 4NYFA 2P51A 3AVBA 2WOMA 1TL3A 1YTAA 3PUFA 4B9TA 4E7IA 2B4JA 4FZXC 4N76A 4M3TA 3DLEA 4AHRA 1S6PA 3ULDA 4CJLA 4DTNA 4Z4FA 1UWBA 4DMNA 3NE6A 3AO4A 5J2QA 1IKXA 4M3YA 1J9AA 1T8EA 3OYHA 4HCBA 3NCIA 1VSEA 4DTMA 4KTQA 1WSFA 4AHVA 3KKRA 1LAVA 1N6QA 1RDBA 3VQPA 4RW9A 4JRQA 3ISNC 4RW8A 3OS2A 4DFKA 3HSTB 3L2QA 2Z1GA 4FJJA 2VG7A 4ID1A 4KFBA 3IG1A 1QSSA 4FM0A 4OPKA 4IG3A 5KGXA 3PX4A 1NKEA 1HQUA 2F8SA 2HHUA 4FJ8A 1B9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0YB 1JJ2M 1RFQA 3OYLA 5C42A 4GVEA 3VQ7A 2FC0A 4H4OA 4BC5A 4A59A 3SPZA 2A42A 4FM2A 5AQWA 2Q0RA 2RHKA 4QCLA 3QB0A 2I7NA 2Q36A 2RF2A 1JLEA 3O3FA 1L3SA 4JKCA 5JVHL 5J2MA 3AA5X 4CEBA 1JLQA 2WTUA 4M3RA 4B9MA 1BGXT 1NK7A 2IVOA 1HYVA 3VEYA 4TSXA 4CHNA 1T03A 3LPUA 5K14A 2P9SA 3KK2A 3U6FA 5KTQA 3LP2A 3UB5A 5ELZA 1NJWA 1HR0K 3CFPA 4DCHA 3TAQA 4ID5A 3ZX0A 1C0TA 2QEXN 1NK0A 2NRRA 1RDUA 5EXWA 4DUZK 3O8MA 4BRMA 4DV6K 1GOBA 4GV3A 2ZQBA 1J6ZA 4CEAA 4WQ4A 4F3TA 3VENA 1BCOA 3U4LA 4RCHA 3AVMA 1X9WA 3B8AX 3HPGA 3IS9A 4FXDA 4DF8A 4CGIA 5KPRA 4CZGA 2FSKA 1ASVA 3TSQA 2D0OA 5J1EA 1MWMA 3KD5E 2I7PA 5AZIB 4FJ9A 4E89A 4I6MB 3KLHA 3KK1A 4DTPA 4CK1A 3CXCM 1XC3A 4WQ5C 3DLKA 3T1YK 3VGLA 3HOTA 4KHWA 3UIQA 4BWJA 4AHUA 1MU2A 3C6UA 1YT3A 4CJQA 4CEFA 2E2NA 1K8KB 1Q7YO 5IT9O 1X1PA 4IFYA 2XY6A 3AO1A 1FK9A 1M1KO 2O8DA 3C94A 1L3TA 1HNIA 4OX9K 5C0YA 4CHOA 1TKXA 4J2AA 3SPYA 5JICA 3CIPA 3VQ6A 3C6TA 4CI6A 4DTSA 3L8BA 3I0SA 1N5YA 1X3MA 2EWSA 4WE1A 3FZHA 3M6GA 4CJ7A 4YNQA 3PLAA 2O8CA 1RT3A 3C6HA 3N4QA 1C0FA 3R3LA 4KBOA 1NGDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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