1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
4E7KA 1SKWA 4RW6A 4K8XA 5J2NA 4AILC 1T8EA 4KTWA 4DQSA 4KI6A 3VQQA 4M3YA 4Y1CA 4CJWA 4CJFA 4FJHA 3S3OA 4N56A 3T19A 3ULDA 4DLGA 4MQ3A 1JKHA 1S1UA 4EP5A 4CJRA 5KGWA 4KTZA 4OJRA 3O3GA 3OYEA 5D3GA 1JLQA 4AHSA 3FFIA 4FM1A 1QE1A 2Z1HA 4KKOA 4CJEA 1IKXA 4DF4A 1EKEA 3PX6A 2ETJA 3LPTA 1TK8A 4CHPA 1REVA 3AVLA 1U04A 1UAXA 2G8HA 3VQ5A 4FM2A 4FZYA 4KRFA 3K2PA 2RF2A 4E0DA 3AVBA 1SL0A 1ITGA 1ZBLA 5HRNA 5KRTA 3OYIA 3TAFA 3V9WA 3DLHA 2HHVA 4CEZA 5C24A 4DU1A 4DFPA 3I8DA 3AO1A 2HNZA 3HL8A 1TKDA 3KK2A 4B3OA 3DLGA 4ID5A 2P1JA 3IS9A 5FROA 3KD1E 3M8QA 3DRPA 4AHTA 3K5MA 4KHUA 3MEDA 2HVIA 1JLAA 4Z4HA 4DTPA 2DFFA 3ASMA 4OPKA 3I0SA 3HVRA 1NKCA 3RWUA 3DOKA 4YFUA 3BGRA 3DRSA 4CHZA 5CYQA 3QESA 3V4IA 4OLAA 2P5OA 4HVJA 4E7HA 1YT3A 1IKWA 2RPIA 3QO9A 4B9TA 2F96A 4J2DA 1RNHA 2IGIA 1BQNA 4CIFA 1J5OA 4CHYA 2GV9A 1RBVA 4CJ4A 4LH4A 4Z4EA 4EZ6A 1RTHA 3CFRA 1GOBA 4F8RA 3VQ7A 3L2UA 2G8WA 3AVJA 3AA5X 3MEGA 3O3FA 3RMAA 4AHRA 4KHWA 5J2QA 1U47A 2Z1GA 2JGUA 1SKRA 4RG8A 4CFAA 4AHCA 1UA0A 4M42A 4RW7A 1LWEA 4I9QA 4KHNA 3SUQA 4NCAA 4G1QA 1RDBA 3KTQA 1VSEA 3T3FA 4FXDA 3NF8A 3OS0A 3HM9A 1KCFA 4LSLA 4KB1A 4FW2A 4FLUA 4DTNA 3QEIA 3SCXA 3NGYA 2YKMA 4CIGA 1C0TA 4FVMA 4DFJA 1KFDA 2YHBA 3L2QA 3TAPA 3LPUA 3AVAA 1ZBHA 3HK2A 1QTMA 3AVKA 1VSHA 4DTJA 4EZ9A 2IC3A 5CY4A 1LAWA 3ZT2A 1NKBA 3TAMA 1RT2A 2P51A 1BCOA 3V1QA 4DSIA 2Q3SA 4OKEA 3ZSRA 2YNGA 4LH5A 3VQCA 4CK3A 2FBYA 3OS2A 1FXXA 1TL3A 4UQGA 3PX0A 4ID1A 4F2SA 1VSIA 2YHAA 4K8ZA 4CF1A 3IAYA 2OPQA 4CF0A 3RMDA 1NK8A 4J2AA 3AO3A 3ZT3A 1VRTA 1KFSA 5CYMA 1NK6A 3U3GA 4CGIA 4FJJA 4B8CA 3OYCA 3F73A 3RRGA 4CF2A 4CGFA 1UOCA 3LANA 4WE1A 1BL3A 3QEWA 2PYLA 1LWCA 4M45A 4JS4A 3ZSOA 1KVBA 4E19A 3KKSA 4FLYA 3C94A 1L3SA 1ZBIA 3DOLA 1RDCA 1JL1A 3QIOA 4C8LA 4AHUA 3QIPA 1HYSA 1S9EA 3TI0A 4OPJA 2HHWA 2VWKA 1KLNA 4I2QA 1DTTA 1YVUA 1QSSA 4KTQA 3M8RA 3WNHA 2X6SA 4RW8A 3WNFA 3AO4A 4DTMA 1W0HA 1S1WA 2YV0X 2XRIA 3LZIA 2XHBA 5J2MA 1SL2A 3PO5A 4L8RB 4DMNA 4IBNA 3ZCMA 5CZ1A 4BWMA 3NF9A 5EU7A 1RDAA 4ZTFA 1NJWA 1C0UA 4OGCA 4QOZB 2IOCA 1KVCA 4DSJA 1CLQA 3HPOA 1LWFA 4FK4A 2VG7A 1BI4B 1WN7A 3TAGA 2B6AA 3O4NA 3SUPA 3O3HA 1YTUA 4ICLA 3K58A 3RTVA 3LP0A 3P5JA 4O0JA 2HHTA 1YTAA 1VSMA 3MEEA 1CXUA 4IFVA 4NYNA 2O4IA 4OKKA 1RBSA 2FBVA 4XIUA 5FRNA 3ISNC 3HO1A 2IS3A 1TK0A 3E01A 4NCGA 1J53A 3S3NA 5KI6A 1C1CA 1KSPA 5JS2A 1ZBUA 3L2VA 4JS5A 4HUGA 2XY7A 1WAJA 4O55A 2FBXA 4CJLA 4FJXA 1QHTA 4CJKA 4PWDA 4LY7A 3HSTB 2RN2A 1XC9A 3CFPA 4FM0A 1W9HA 3SQ2A 1L3UA 2HB5A 3V9ZA 1QQCA 2EX3A 3S9HA 1TK5A 2E4LA 4W5TA 4E1NA 3U3YA 3OYFA 3TABA 4IKFA 3HT3A 4IDKA 3SQ4A 3WNEA 3VQEA 1HMVA 3DLRA 3SYZA 3SI6A 2YKNA 1C6VA 3KLFA 3OYHA 4DQQA 4M3TA 3NH2A 1LW0A 4DQIA 3DYAA 4O4GA 3M8PA 4CJUA 4W5RA 1UWBA 3TARA 2KZMA 3SUOA 3VQ6A 4QCLA 3RMCA 4DTOA 1XI1A 1NK7A 1KRPA 4CEFA 1LAVA 3H08A 4FW1A 3I0RA 3KLIA 2R7YA 4E7LA 4IG0A 3TWHA 2HHXA 4DG1A 4DTUA 4OKJA 3LP3A 3PUFA 4FJNA 3NAEA 4M3UA 1A5XA 1A5VA 2HVHA 3QLHA 1I39A 1NK4A 1HPZA 2KZZA 4CFCA 1BCMA 2QK9A 3AVIA 1HQEA 1LV5A 1L5UA 2OA8A 3TR8A 3C6TA 4KB0A 3KLHA 3AO2A 4FJMA 4KREA 4ZTJA 1RBTA 4HUFA 3NE6A 2KQ2A 1QSYA 3HP9A 1BGXT 1UA1A 3B6OA 3NFAA 4CK1A 1T03A 4FZXC 3PO4A 4GW6A 4B8AB 4KHQA 1BI4A 4DU4A 1Z26A 1U49A 3G10A 4DSFA 1IKYA 4CGGA 2HHUA 3AVGA 2D5RA 1TAUA 4DWIA 1O1WA 1EX4A 1Y97A 3L2WA 2QKKA 1DTQA 3ZT0A 3OYAA 4DQPA 3ZSQA 4PA1A 3OJSA 4BE2A 2OPPA 2BE2A 1FK9A 4BE1A 1HJRA 2PZSA 4H4MA 3OJUA 2VG5A 5KRSA 3CG7A 1S1TA 4O44A 4Z4IA 4B9NA 1X9MA 1VSJA 4CEDA 3AVNA 1JLCA 3OYBA 4KPYA 1D8YA 2XY5A 4FZZA 4O5BA 3KD5E 4BDZA 4B9MA 3AA4A 2F8TA 1WSIA 3V9SA 2A1RA 1L3TA 3P83D 1SKSA 3NBPA 3VQ9A 1S6PA 3PV8A 1K6YA 4FK2A 4C8OA 4CJSA 5KTQA 3QEVA 3B6PA 2Y1IA 4OGEA 3AV9A 4FJ8A 4BE0A 4BDYA 1LW2A 1VSKA 1SUQA 2RKIA 5J1EA 3F9KA 3SPYA 1IH7A 1J9AA 1GOAA 3V6DA 4HCBA 3WNGA 4LSNA 3KK1A 1NK0A 3AVHA 3NDKA 4HCCA 5FRMA 1TVRA 3IG1A 4BWJA 2LSNA 3TAQA 1WNSA 3NGZA 3OYMA 4Z4GA 5C42A 1BQMA 5HP1A 3RR7A 3DLKA 4DLEA 3V1RA 4FLXA 3HJFA 3DRRA 1Q8IA 2FC0A 3OVNA 1JL2A 3LAMA 1JLBA 1MU2A 3L3VA 1RBRA 5K14A 2DFHA 2GUIA 3V81A 3K5LA 4MFBA 4BACA 1N6QA 4QAGA 4Q5VA 4I7FA 4J2EA 3KLGA 3CM5A 1WSEA 1D9FA 3ALYA 4FK0A 4I2PA 3ZT1A 4CHQA 1C1AA 1G15A 4KO0A 3LWLA 4N76A 3NF7A 2OPSA 4HTUA 4E7IA 4CJPA 3NCIA 4DF8A 1KLMA 4B9LA 2Z1IA 1X9WA 4N41A 5HRPA 4CJ5A 3RRHA 2HNDA 4C8NA 1KTQA 5J2PA 3MXMA 1NK9A 2PY5A 3KKRA 1X9SA 4B9UA 4KI4A 3L2RA 1CXQA 4FYDA 4HUEA 4E3SA 2YNFA 4CF9A 1WSFA 3DI6A 4AH9A 1IG9A 1ASWA 4JRPA 4F2RA 1BISA 4CHOA 2BGGA 2D0AA 3C95A 1WSJA 2XY8A 4R5PA 3HXMA 2VWJA 2ITGA 3SPZA 4DSEA 1RT3A 1VSDA 2HW3A 2HNYA 3DM2A 4CECA 3V9XA 4FJGA 4C8MA 4M41A 5DK5A 5HLFA 4PY5A 1RILA 1U48A 4CK2A 5CZ2A 2XY6A 3T1AA 2OYQA 1RCHA 2OZMA 1IKVA 3RR8A 3ITHA 3OYKA 4ELUA 4J2BA 4O0IA 3SQ1A 3OS1A 4FJLA 2A1SA 1F21A 1RT4A 4PUOA 4M3XA 2HHSA 4F4KA 4LD0A 4H4OA 3OYGA 3AA3A 2QXFA 5SWMA 1N5YA 1RT6A 4CJTA 3QINA 1A5WA 3D45A 3KK3A 4GMJB 1DLOA 2B5JA 3LDSA 4Z4FA 4OLBA 2F8SA 1S9GA 3JYTA 1XHZA 3VQAA 1NK5A 1RT5A 3HYFA 4Y1DA 4M3RA 1RT7A 4N5SA 3HPHA 3CFOA 1NKEA 4PQUA 1ZBFA 4CE9A 3EYZA 3DLEA 4E89A 1TKTA 3CQ8A 3NH0A 4C8KA 3PY8A 2G8KA 2D0BA 2ZD1A 4IG3A 4W5NA 3ZSXA 1CZBA 4ELTA 3SJJA 4CJ3A 1S5JA 4CIEA 3S3MA 3AO5A 3LAKA 1HQUA 4CGJA 3SV4A 2G8VA 2DY4A 4FJ7A 2IDOA 1WSGA 1BIUA 3SZ2A 3NHGA 1FKPA 4JRQA 1WAFA 1QSLA 1SV5A 1S6QA 3KLEA 2G8FA 2YNHA 5C25A 3NH1A 3RMBA 2YNIA 1TGOA 3LWMA 2EHGA 4CEEA 4CCHA 1JXEA 3A2FA 4RW9A 3ZSYA 4CF8A 5HBMA 2OZSA 1VSFA 3VQDA 3PX4A 3L3UA 2P5GA 2BANA 2DFEA 1JLGA 1EETA 4ELVA 1HRHA 4DQRA 2HHQA 1B92A 1EXQA 1TKXA 2ATQA 4W5QA 1D5AA 1VRUA 2ZQBA 4KFBA 3VQPA 3OYJA 1Z25A 5KGXA 3VA0A 2KFNA 1XWLA 3ZT4A 1S1VA 3LP1A 4RW4A 4TSXA 2I5JA 3OYNA 4CEAA 4FLZA 5HROA 3HVTA 3BDPA 3LP2A 3G0ZA 2G8UA 3DLBA 3UIQA 1SL1A 1RTDA 3V1OA 5I42A 2E6MA 1HYZA 3KJVA 3P1GA 3K59A 1KVAA 4CERA 3U6FA 1T7PA 1U45A 3QEPA 2WOMA 3EY1A 1B9FA 4ZHRA 3CYMA 3M8SA 1T05A 3VQ8A 2Z1JA 2W42A 4Z4CA 1GOCA 3SV3A 4NYFA 3K57A 3D0PA 2X78A 1ZYQA 2D0CA 3TANA 4FJ9A 2QKBA 1NJYA 1NJXA 3K5OA 2O4GA 2HMIA 3MXJA 4CGHA 4EP4A 5DMRA 4B9VA 4B08A 4KHYA 2Y1JA 1NOZA 1EP4A 3ZSVA 1NJZA 3KIOA 1Q9YA 3CM6A 3L8BA 4FLWA 4DS4A 1HNVA 3MXIA 2DTUA 4F3TA 3QNNA 3AVCA 2JLEA 4CFDA 4GVMA 3EZ5A 4H8KA 3SUNA 2PYJA 4YNQA 2X74A 4KAZA 1RT1A 2OPRA 4CEBA 4F3OA 4CEQA 1XHXA 1I3AA 2B4JA 2XO7A 3LALA 2WONA 1TAQA 1BIZA 4Q0BA 4FJ5A 4FJKA 1HNIA 3MAQA 1NOYA 2GBZA 2VG6A 4OVLA 4CJVA 3VN5A 4I9LA 1JLEA 3THVA 4DTSA 2E6LA 4HHTA 4IFYA 4Z0UA 1B9DA 3ZSWA 4FCYA 3NF6A 4M3ZA 1WSHA 4DU3A 2KW4A 4E1MA 1ASUA 2NUBA 5E41A 3V9UA 2KTQA 3AA2A 3OYLA 2X6NA 1J54A 4KV8A 1L3VA 4KHSA 1ASVA 1VSLA 3O4QA 3SQ0A 4CHNA 4B9SA 3ZSZA 4W5OA 4CJQA 5FDLA 2AJQA 3C6UA 4FLTA 1FKOA 1RTJA 4CESA 4DSKA 2G8IA 1RDDA 4CGDA 2KFZA 4DFKA 4DTXA 1C0MA 3QETA 1VK0A 4DTRA 2ZE2A 3NGIA 4FJIA 2IAJA 1D9DA 3AVMA 2BDPA 3OYDA 1U4BA 1IO2A 1QS4A 4E7JA 1R0AA 1X1PA 1TL1A 4NCBA 1RBUA 5JS1A 1BHLA 3VA3A 1JXBA 1TV6A 1Q9XA 4DFMA 3HP6A 4CEOA 5T7BA 3QNOA 1C1BA 4JLHA 3K5NA 3AVFA 1JLFA 5HRRA 4CFBA 1CZ9A 5SZTA 3JSMA 2FBTA 3MECA 3LZJA 4FLVA 4BDPA 1RTIA 3VQ4A 4M3WA 3OY9A 4N47A 5HRSA 5I3UA 1TKZA 3TAEA 3HPGA 1S1XA 3SNNA 3VQBA 1WLJA 3IRXA 4AHVA 4DS5A 1HYVA 4DSLA 3QERA 3DMJA 3QEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7KA 1SKWA 3A0IX 3FZHA 5AQMA 2VWBA 4AILC 4H0OA 1T8EA 4KTWA 4KI6A 3VQQA 4M3YA 1NJIO 4FJHA 3S3OA 3T19A 4DLGA 1JKHA 4EP5A 4CJRA 4KTZA 3OYEA 2QA4N 3FFIA 4FM1A 2Z1HA 4DF4A 1IKXA 2V7YA 3PX6A 4PKGA 2ETJA 2E2PA 1UAXA 4FZYA 1SL0A 5KRTA 3OYIA 4PL7A 3V9WA 3DLHA 3O9SA 2NRWA 1HKCA 3AO1A 3ZX0A 4K0KK 1JJ2M 2P1JA 3IS9A 5FROA 3VEWA 2P9UB 3M8QA 3ID8A 4KHUA 4FWOA 4JD2B 2HVIA 1C0GA 5GINA 4OPKA 3I0SA 3RWUA 4YFUA 2OANA 1RDWX 5CYQA 4B9TA 1IKWA 2E1YA 4J2DA 3LDNA 5LY3A 4CHYA 2GV9A 5KQDA 3CPEA 1QZ5A 1HNWK 3AA5X 3MEGA 3E66A 3ENBA 4O8UA 2NNWA 3ENOA 3RMAA 1K73O 2JGUA 1SKRA 4B1UB 4CFAA 1MA9B 1UA0A 4M42A 3D2EB 1J5EK 4NCAA 2A6AA 3R6MA 1WBBA 4FXDA 1NU0A 3MWPA 3VEVA 4DTNA 5IT9O 3NGYA 1C0TA 1KFDA 3SMPA 3BF1A 3G4SN 3CCJN 3C65A 1OH5A 1QTMA 2IC3A 5CY4A 1NKBA 1RT2A 2P51A 3HTVA 3V1QA 2Q3SA 4JI4K 2E5LK 1KAYA 4LH5A 3VQCA 4WFBL 4RTFD 1FXXA 1TL3A 5CHIA 3PX0A 4F2SA 1VSIA 2YHAA 4K8ZA 2F4VK 1QVGM 3AO3A 1YUWA 1VQ4N 4BC2A 4EFHA 1MDUB 4BRHA 3THWB 4WE1A 3QEWA 2FLOA 4JKHA 5AFUA 1RDCA 4C8LA 1VQ6N 1SZ2A 1S9EA 4EHTA 2HHWA 2VWKA 3O1BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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