1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
b'SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
2KW4A 1FKPA 1RDBA 1RT7A 1FKOA 2HMIA 3MXJA 1S9EA 5T7BA 4OPKA 4DU1A 1K6YA 2VG6A 4HVJA 1TL3A 3HP6A 1RDAA 4PQUA 3C6TA 2HNZA 1NJYA 1EP4A 4DU4A 4KAZA 4AHSA 4AHUA 4I7FA 3RMAA 4N41A 4CEAA 2P5GA 3SQ4A 1KLMA 4CFCA 2HNYA 2HHUA 4BDZA 1YTUA 1NK5A 1IG9A 1Q8IA 3DI6A 4RG8A 1WAJA 1GOAA 5CY4A 4CF8A 3LDSA 4FLTA 3U6FA 1XHZA 5HRSA 2IAJA 2X6SA 3SNNA 2G8KA 4FJ9A 4CK2A 3RMBA 3ITHA 4JRPA 3OVNA 3AA5X 3HPOA 3L2QA 3TAPA 4KB0A 3FFIA 4W5OA 3RMCA 1TKDA 3V9SA 3OS2A 2IGIA 1VSDA 3I0RA 4YFUA 4C8KA 4FZZA 3WNGA 3K5LA 3WNEA 4ZHRA 2ETJA 3OYLA 1RTJA 3S3OA 4B9TA 4M3UA 4W5TA 3KKRA 4CEBA 3VN5A 2QXFA 4N47A 1ZBHA 2VWJA 3O4QA 4UQGA 4IBNA 2F96A 3NAEA 4M3ZA 3AVHA 1ZBUA 1KCFA 3OYEA 1IKVA 3NH0A 4KHSA 4I2QA 4M41A 3VQ4A 3OJUA 5D3GA 4OVLA 3HXMA 1HMVA 1IKWA 1JKHA 4Q0BA 2HVHA 3QERA 4E7KA 1XI1A 1X9MA 3V1QA 2HHWA 4WE1A 2O4GA 2G8WA 3LZIA 3RR7A 2G8HA 4CEEA 4QOZB 4M3XA 3SQ1A 4EP5A 4FLYA 1LW2A 4CIFA 3QNNA 3VQDA 4B8CA 4H4MA 1T03A 3PX0A 3VA0A 3NDKA 4CJKA 3TAEA 2E6MA 2JLEA 3DM2A 4F3OA 4E0DA 4BWMA 3K59A 1VRUA 1C0MA 3A2FA 3PUFA 3WNHA 4KI6A 4FW1A 5CZ2A 3RRHA 2GBZA 2BGGA 1QQCA 3VQ8A 4IKFA 4FJ7A 1L5UA 4ZTFA 1N5YA 4DSIA 2HHXA 4CHZA 3CFPA 3KD1E 3SI6A 2QKBA 1S6QA 1RBVA 2LSNA 1L3UA 4DTOA 1RT3A 3CQ8A 4ICLA 4H8KA 3VQQA 4FLXA 1NK4A 4KHUA 1S1TA 1RT2A 4E89A 1RT4A 3HT3A 1U45A 5FRNA 2Y1IA 5KRSA 3NH1A 2G8UA 4CHOA 2RN2A 3RR8A 2KTQA 3KIOA 4ID5A 4E19A 4E7LA 3TAFA 4GW6A 3THVA 4QAGA 3ZT1A 1VK0A 2ZQBA 4RW6A 5HP1A 4C8OA 2BDPA 2HHQA 4M42A 2X78A 3V1RA 3O3FA 4DSKA 1RILA 3B6PA 3SPZA 1TVRA 3SUOA 1Q9XA 4GMJB 1UA1A 4JS4A 3MEDA 3LANA 3NHGA 3VQEA 1A5XA 2PY5A 2ITGA 3ZT2A 3HJFA 1EX4A 3ALYA 3QINA 4KHNA 2YHAA 1YT3A 2Z1HA 3G10A 4CHQA 2G8FA 3LP0A 3ZSVA 2IOCA 1HYZA 4Z4GA 3TR8A 3EZ5A 1RBRA 2FC0A 1X1PA 4KTZA 2Z1IA 4KB1A 4CJUA 1WSHA 4OKJA 1BCMA 4KV8A 4CIEA 1BGXT 3SQ0A 1VSFA 4PA1A 3K5NA 3VA3A 4DQSA 3K5MA 1GOBA 3NBPA 3DLBA 4KO0A 4DQIA 3L8BA 3QEIA 3KD5E 2FBYA 4K8ZA 3TI0A 2IC3A 3TARA 3C95A 2W42A 1QSLA 4OLAA 2P1JA 2D0AA 1JLAA 1RNHA 2HVIA 2XRIA 3MEEA 4IG3A 3OYDA 1IKYA 4OKEA 1BHLA 4IDKA 1QE1A 4DFMA 4BACA 4B8AB 3OYAA 2B5JA 1KFSA 1RDDA 3DOLA 1UWBA 3LWLA 3HM9A 4FJ5A 5FRMA 1EXQA 3KLGA 4CGGA 3SPYA 4E7HA 3JYTA 1S1UA 4OPJA 3RTVA 3AA4A 1RBTA 4DLEA 4ELVA 2OPPA 1HQEA 4C8NA 2VG7A 3AA3A 2E4LA 5CZ1A 4DS4A 3DRPA 1VSKA 5HRNA 3RRGA 4CEQA 4OLBA 1BQMA 2YKMA 4LSLA 1QHTA 4OKKA 4CJ3A 3LPUA 3QETA 4Y1DA 3MXMA 1WNSA 4NYFA 3L2RA 4CHPA 1RTIA 2DTUA 4BWJA 3V4IA 4FJIA 4DTMA 4DQPA 3DLGA 4CGFA 5HRRA 2WOMA 2DY4A 4CJEA 2D0BA 4CJPA 4CEZA 4E7IA 2HB5A 4Z4HA 3V6DA 4FJGA 1WLJA 2A1RA 3AVCA 1VRTA 3QEXA 1CZ9A 3KLIA 4FJLA 1WSFA 3DLRA 4AH9A 1CXQA 5CYQA 3KLHA 1NKCA 3L2VA 1C1CA 4W5QA 3T19A 1CZBA 4CJSA 3NGYA 2R7YA 4DTJA 1LAVA 2NUBA 1ASUA 4FW2A 3ZSQA 3SUPA 2OA8A 4J2DA 3NH2A 3OS0A 1EKEA 1XHXA 3AVLA 3QESA 3LP3A 1XWLA 3TAGA 3HL8A 2RF2A 1VSLA 4FCYA 1BISA 3HPGA 4IFYA 3T1AA 1HNVA 3HPHA 2GV9A 3VQBA 4N76A 3U3GA 4FXDA 2JGUA 1TKZA 4AHCA 3M8QA 2OPQA 1NOZA 4LH4A 4OGEA 3OYIA 3OJSA 2QKKA 4CFAA 4C8LA 4BE1A 3LALA 2BE2A 4DTNA 4I2PA 4K8XA 1Y97A 2OYQA 3K57A 5EU7A 1RDCA 1UAXA 3I0SA 4LSNA 3KKSA 3RWUA 4E3SA 3D45A 1NK6A 3LWMA 2Q3SA 5FROA 1L3SA 1TAUA 2OZMA 1REVA 3OYHA 4CJ5A 1TV6A 1JLEA 1UOCA 2YNHA 3CM6A 3QO9A 3VQ5A 3MAQA 3ULDA 1NK7A 1BL3A 4KTQA 2Z1JA 3NF6A 1DTQA 4MFBA 3ZSOA 3KLEA 1NOYA 3E01A 3L3UA 1RBUA 1A5WA 1Z25A 2FBVA 4CGHA 4FLWA 4DFKA 1X9WA 1SL0A 3HVTA 3TANA 1NJXA 4KTWA 2YNGA 3LP2A 2DFEA 4CJTA 4M45A 4Z4EA 4QCLA 1B9FA 2I5JA 2F8TA 1I39A 1RBSA 1WSGA 4EZ6A 1ASVA 3ZSRA 4M3TA 3IRXA 4O0JA 1HPZA 4Z4FA 3DRSA 3K58A 4H4OA 2KQ2A 1DLOA 3P5JA 3V81A 1RT6A 4CJWA 2YV0X 4DMNA 2EX3A 1BIZA 3K5OA 2YNFA 3OYJA 3DLEA 3NF7A 3TAQA 4O0IA 2RPIA 1TGOA 5DK5A 4BE0A 4FM2A 3DOKA 4Z0UA 3L3VA 3DYAA 1CLQA 3MECA 3MEGA 3S9HA 4DWIA 1B9DA 1S1XA 1VSIA 3AVFA 1A5VA 1J9AA 4GVMA 4KKOA 5KTQA 1RT1A 1UA0A 3KTQA 1FK9A 1S5JA 3DLKA 4F8RA 1BI4B 3TAMA 3CYMA 4FJKA 1LAWA 3AVAA 2P51A 3P1GA 1ASWA 3AVJA 4KFBA 4OGCA 4CGIA 4AILC 1RCHA 3NE6A 4RW8A 3AA2A 4CF0A 3O3GA 4HUGA 3OYKA 3PX4A 3F9KA 4KHYA 1JL1A 1EETA 4LY7A 4M3YA 2OPRA 4CERA 3G0ZA 3ZSZA 1S6PA 1WAFA 3VQAA 1KRPA 2PYJA 4CGJA 1ZBFA 2IS3A 1B92A 3L2WA 4L8RB 3S3NA 3LPTA 3SZ2A 3AV9A 2EHGA 3QEWA 2RKIA 4CCHA 4IG0A 4E1MA 5J2QA 1T7PA 4CE9A 4BE2A 4DQRA 5K14A 4DTXA 4N56A 3HVRA 1WSIA 4W5RA 4FZYA 2G8VA 4IFVA 4CJ4A 4NCGA 3SV3A 1W9HA 5JS2A 3ZCMA 1L3TA 2VWKA 4FK0A 1JXEA 2XHBA 3IAYA 1QTMA 4HUFA 1S1WA 2IDOA 1SV5A 1U4BA 4TSXA 3ZSXA 5KI6A 5KGXA 1N6QA 4B9UA 1JLGA 3EY1A 4PUOA 3QLHA 4DSJA 5HRPA 1NKBA 1TAQA 4AHVA 1XC9A 4B9MA 4HUEA 3SJJA 5C42A 2KFNA 3L2UA 2B4JA 2GUIA 4OJRA 1J5OA 3CFRA 4RW4A 3OYGA 3NF8A 1TKXA 3NFAA 1NK8A 3BDPA 1IH7A 2HHSA 4O44A 3SQ2A 4CEDA 4CIGA 3OYMA 4CK1A 4Z4CA 4DS5A 4LH5A 1LWEA 1NK0A 3C94A 3VQ9A 4ID1A 3AO3A 3QEVA 4JLHA 3VQ7A 1BQNA 4AHRA 1WN7A 5KRTA 5SWMA 4BDYA 3PO4A 2QK9A 1TK0A 4DTSA 4FJMA 2OPSA 4BDPA 1O1WA 3T3FA 1BCOA 1HJRA 4CK3A 3JSMA 2KZMA 1C1BA 1NK9A 4DF8A 4CF2A 4EP4A 4E1NA 1BIUA 3M8SA 1QS4A 4FJHA 1J53A 2YHBA 1KTQA 3AVIA 4FLZA 4DU3A 2O4IA 1TKTA 3D0PA 4O55A 2ZE2A 1BI4A 3KLFA 1D5AA 4DFJA 2A1SA 4MQ3A 4RW9A 4Q5VA 2Y1JA 1QSSA 1L3VA 3OYNA 3AVMA 3EYZA 1T8EA 4PY5A 4CF9A 3SV4A 1RTDA 3ZSYA 3NGIA 1HRHA 4R5PA 3QEPA 1KSPA 5FDLA 3QNOA 3AO5A 1HYSA 1LWFA 5I3UA 1D9DA 3M8PA 1HNIA 4CESA 4CEFA 4EZ9A 1TL1A 3SCXA 4CECA 3B6OA 1Z26A 1RT5A 2ATQA 4FM1A 2XY6A 3V9UA 3CG7A 3OYFA 1RTHA 3RMDA 4DLGA 1S9GA 2BANA 1IKXA 4DSFA 4DTPA 4FK4A 4CGDA 2HHVA 1X9SA 3V9XA 3HO1A 4FLVA 5I42A 1JXBA 1U47A 5CYMA 1HQUA 1CXUA 1I3AA 3ASMA 3NF9A 3V1OA 4XIUA 3DLHA 1IO2A 4B9LA 4HCBA 4FJXA 1D8YA 1YVUA 1SL1A 3LAKA 1VSEA 1J54A 4CF1A 3AO4A 3HYFA 2XO7A 3WNFA 3ZT4A 4DG1A 2PZSA 2XY8A 5SZTA 1SUQA 2OZSA 2HW3A 2DFHA 3F73A 4FJNA 3M8RA 2PYLA 4CJVA 3C6UA 5DMRA 2D5RA 4CJLA 4NYNA 2XY7A 4FK2A 2AJQA 4W5NA 3ZT0A 4J2EA 1VSJA 4DTUA 1NJWA 1WSJA 4B9SA 1ITGA 5KGWA 1JLQA 4M3RA 1HYVA 1U04A 1C0TA 5J2NA 1R0AA 4DFPA 3AO1A 3P83D 4ELUA 5HLFA 2X6NA 4O4GA 4N5SA 3PO5A 4I9QA 5C25A 3ZT3A 2VG5A 3DRRA 1LW0A 3TWHA 4E7JA 3AVNA 5JS1A 1G15A 1KVAA 4B9VA 2B6AA 2FBTA 3HSTB 3CM5A 3LAMA 1SKRA 2YKNA 3O4NA 4B9NA 3SYZA 1KVBA 1WSEA 4FJJA 3V9ZA 2F8SA 5HROA 1FXXA 1C6VA 3ISNC 3PX6A 5J1EA 4G1QA 3HP9A 2P5OA 4HCCA 4KHQA 1ZBLA 2YNIA 3KK2A 3OYCA 5C24A 4PWDA 3K2PA 1U48A 3KJVA 3SUNA 4FYDA 4M3WA 2XY5A 1S1VA 2WONA 1F21A 4CEOA 1ZBIA 4F2RA 2KFZA 2D0CA 4CJRA 3LP1A 3OYBA 4O5BA 3HK2A 1JLFA 2FBXA 3CFOA 1JLCA 1W0HA 4KRFA 3KK3A 3O3HA 3H08A 2Z1GA 1KVCA 4B3OA 3DMJA 4FVMA 2ZD1A 3NGZA 3TABA 4KHWA 4Z4IA 4DTRA 1DTTA 1YTAA 1VSMA 4NCBA 3KK1A 1Q9YA 4J2AA 4C8MA 3PV8A 2HHTA 4KI4A 4DQQA 4CJQA 1LWCA 3SUQA 4I9LA 1LV5A 4ZTJA 4CFBA 1QSYA 4YNQA 1SKSA 1GOCA 2DFFA 1MU2A 4JRQA 5J2PA 3S3MA 4DF4A 1D9FA 1JL2A 4NCAA 3QIPA 1NKEA 4DSEA 4FJ8A 4CFDA 3OY9A 3V9WA 2G8IA 2E6LA 3MXIA 3VQPA 3PY8A 5J2MA 4F3TA 4Y1CA 3QIOA 3ZSWA 4F2SA 3VQCA 3IG1A 4AHTA 4CJFA 4FZXC 5E41A 4JS5A 3OS1A 1ZYQA 3NCIA 2HNDA 3AVGA 5HBMA 3I8DA 1KLNA 2KZZA 4CHNA 4B08A 3AO2A 4FLUA 1U49A 4LD0A 4KREA 1NJZA 4ELTA 1T05A 1TK8A 1VSHA 3IS9A 3LZJA 4RW7A 1TK5A 1C0UA 3U3YA 2X74A 4J2BA 1KFDA 4FM0A 1JLBA 3UIQA 4KPYA 4F4KA 3AVKA 3AVBA 4HHTA 1SL2A 4HTUA 4CHYA 1SKWA 4DSLA 3VQ6A 1C1AA 3BGRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDBA 3NVMA 5EY4A 2HMIA 3MXJA 1S9EA 3HOTA 1RDAA 3C6TA 2HNZA 4DU4A 4O8KA 4DR2K 4AHUA 4N41A 4CEAA 1EWRA 1KAZA 4CFCA 1FJGK 2HNYA 1NK5A 1Q8IA 4CZEA 1GOAA 1G99A 5HRSA 4FJ9A 4HTLA 3CPWM 2O8DA 4CK2A 3E9OA 4FWQA 3RMBA 4K41A 1VQ7N 2KHOA 3L2QA 4IEEA 3TU5A 3RMCA 4GKKK 2HF3A 1YIJN 1Z6RA 1W7AA 4ZHRA 5EOYA 1OH8A 3OYLA 1RTJA 4B9TA 4CEBA 3VN5A 3AVHA 4GV3A 4DV1K 1IKVA 2CGJA 4M41A 3O1WA 5D3GA 4J8FA 1IKWA 3QERA 4E7KA 2P9KB 2HHWA 4WE1A 2G8WA 3RR7A 5IWAK 4M3XA 3FE1A 5KPZA 4EP5A 4QS8A 3QNNA 3VQDA 4B8CA 3U9ZA 3PX0A 3DM2A 3CERA 5B8HA 3K9JA 4QS7A 3RRHA 1KAYA 2BGGA 4JKDA 5FPDA 1YVNA 3I56N 2P9LA 1T3VA 4ZTFA 1N5YA 2HHXA 3P38A 3KD1E 2QKBA 5C15A 2GTDA 4B9QA 1S1TA 5FPEA 1BO5O 1RT2A 1RT4A 3NH1A 4H5TA 3GDQA 2RN2A 3RR8A 2W41A 5C0YA 3AGKA 4E7LA 4GW6A 5F1XA 3THVA 2Q2RA 4M42A 2X78A 4DSKA 2E2OA 4ISFA 4GMJB 4JS4A 2GX9A 4FOEA 1XUPO 2P9IB 3J7AP 4IDHA 2BH1A 4YOUA 4BRIA 2G8FA 3B8AX 3QFUA 3QBWA 3TR8A 1RBRA 2FC0A 5IT9O 2ZF5O 4KH4A 2YCHA 4KV8A 4PA1A 3K5NA 4DQSA 3D2EA 1GOBA 3DLBA 3OBYA 2DPNA 4K8ZA 3TI0A 4LFBK 3ENBA 2IC3A 3AY9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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