1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
1SL2A 3WNGA 4CGIA 3AA3A 3AO1A 1ZYQA 4M3XA 1QE1A 1NK8A 3PX0A 4LSLA 1NKEA 4I9LA 3C6UA 3WNHA 4CJRA 4FK4A 3L3VA 3H08A 2ZQBA 3AVFA 4LH4A 3QEVA 1NJZA 3HJFA 4JS5A 3IS9A 4BWJA 3SUNA 3NH2A 1Z25A 4CIGA 1RCHA 3AA2A 2Q3SA 3ZSYA 3ZT2A 1ZBLA 2Z1GA 3AVHA 3QO9A 4OKEA 4PQUA 1CXUA 4F3OA 3QEWA 3OS0A 4RW9A 4DTJA 3DRRA 1GOCA 3OY9A 1HQEA 4DQSA 4ZTFA 1N5YA 2DFHA 5J2MA 2D0CA 2IS3A 3ISNC 2HHQA 1TAQA 3MEGA 4DG1A 3CQ8A 3EY1A 2VG5A 5DK5A 1T7PA 2BANA 4B8CA 4M3UA 3VQBA 2AJQA 1LWFA 1CZBA 3OYAA 4F2SA 3AA4A 3DLKA 1JLFA 4JLHA 1X9MA 3ASMA 4KTWA 2WOMA 4KV8A 2QXFA 3VQ4A 4FCYA 5J2PA 3S3NA 4FJ5A 4W5RA 3CYMA 1JLQA 1S1WA 1ASUA 1NK4A 4KHNA 3AVGA 3DMJA 4IFYA 4CFAA 3V9WA 3MXMA 3RWUA 3O3FA 3QLHA 3VQ8A 4AHSA 4M42A 1S6PA 3TI0A 3L8BA 5FRNA 3L2WA 3NDKA 3NCIA 3KTQA 5D3GA 2KQ2A 1VSHA 2F96A 1RBUA 4CHQA 2QKKA 4N47A 2X6NA 4F3TA 2OPRA 3L2RA 2PYJA 1BIUA 2OPPA 3OYFA 1CLQA 4O55A 4FLZA 3TAEA 3AV9A 3SQ0A 1Z26A 3ZT4A 4CJ4A 4PWDA 4DU4A 3DLRA 4BACA 1JXBA 4AHRA 4FLWA 3SUPA 1XI1A 1HYSA 4CJWA 2VG7A 4CJPA 3V9XA 3SYZA 1RTHA 2D0BA 1RILA 3BGRA 2B6AA 4C8MA 3MAQA 1NK5A 1KVAA 2EHGA 3RMAA 3ZT3A 3HK2A 2PY5A 3VQQA 3KLGA 2I5JA 1J9AA 1RDDA 3M8QA 1NJWA 3D45A 3DM2A 4J2AA 1VSJA 3OYCA 1YVUA 3TR8A 3F73A 1NOYA 4HUEA 2G8WA 1ZBIA 2Z1HA 1TK8A 4RG8A 2B4JA 3U3GA 1I3AA 3QNOA 4CEZA 1A5VA 1RT3A 1BQNA 4BE1A 2Y1IA 4KB0A 4CESA 4XIUA 1L5UA 4B08A 3I0RA 4MQ3A 1HYZA 2ZE2A 4O0IA 1EKEA 3SUOA 4WE1A 1DTQA 4AHVA 3I0SA 1WSEA 1TVRA 3AVLA 3HXMA 1SL0A 3KLHA 1ASVA 3AVKA 3SV3A 4FLXA 1VRTA 2A1RA 4F8RA 4J2DA 4FJXA 4OLAA 4C8LA 4W5OA 3KLEA 3ITHA 1JLBA 4OLBA 4OGEA 4DFMA 4CF0A 3CM5A 3SPYA 1FK9A 4CJVA 4FJNA 2NUBA 1KCFA 3EZ5A 1LWEA 5KI6A 4M3WA 3O4QA 1RT7A 4IG0A 3T19A 2OA8A 3V1OA 4DSFA 4FJHA 3LWLA 2GV9A 4FM2A 4EZ6A 4CJLA 1IG9A 3JSMA 4CJFA 4Z4FA 4DSLA 3NF8A 3VA0A 4E7HA 3VQDA 3QEXA 2XY5A 3HYFA 4HCBA 4DSEA 2IDOA 4N41A 1TKXA 4FW1A 2RN2A 4EP4A 1RTIA 2PZSA 1TK0A 4KO0A 4BWMA 4FZZA 3QNNA 3AVMA 1DLOA 1TKZA 4CK1A 4JS4A 4Z4HA 3U6FA 3LP3A 5HLFA 4GMJB 3DLBA 1RDAA 1HPZA 4LY7A 4W5QA 3KIOA 1VSMA 2VG6A 1D8YA 4DTXA 4FJMA 3NH0A 2YHBA 4OPJA 1VSFA 4CIEA 3SCXA 4M3RA 3NGIA 5CZ2A 3HSTB 3PV8A 4MFBA 3KKRA 4O44A 4CHNA 3RMCA 1QQCA 1TKDA 4FYDA 4W5TA 3DI6A 3E01A 2HVIA 2WONA 1GOBA 3LZJA 3TABA 1VRUA 2FBTA 4OKKA 1BGXT 4CK3A 4DS5A 2P5GA 3OYDA 1FXXA 5C24A 4CFBA 4CEQA 1JLEA 1D9DA 3KKSA 1KTQA 1S1VA 4RW6A 3IRXA 3QIPA 1LWCA 5KGWA 4CHZA 4CEDA 1RBSA 4UQGA 4F4KA 5FDLA 1D9FA 3KLFA 4KTQA 1WSIA 2P1JA 4FM0A 4AHTA 3NHGA 1I39A 3HPOA 1SV5A 3DOKA 4E7KA 3NF7A 3TARA 4DF4A 4ELTA 2F8SA 4RW4A 1BI4B 3D0PA 4B9TA 2OYQA 3F9KA 3T1AA 1VSDA 2Y1JA 2G8UA 3DLHA 2HNDA 3OYBA 4HVJA 1B9FA 5HRPA 1QS4A 3K5MA 4DU3A 4HCCA 4FJLA 1KVCA 2HHTA 4ELVA 4Y1CA 1JLGA 1KSPA 4YFUA 1QSLA 4M45A 3HO1A 2XY8A 1J54A 2IC3A 1RT4A 4LH5A 4CEOA 1S1XA 1VK0A 3LAKA 1DTTA 1TKTA 5HROA 4CEEA 3OYEA 3AVCA 3LP0A 1QHTA 1UWBA 3TAPA 4ZTJA 4BE2A 1L3VA 2FBVA 3LP2A 4FJ8A 1A5XA 1U48A 2QK9A 4CJ5A 3MXIA 2G8KA 2ITGA 4M41A 2KFNA 3RTVA 4KHWA 1WAJA 5KRSA 3TAGA 2OZMA 2RPIA 3HT3A 3TAFA 4KHUA 1BI4A 3G10A 1TL3A 3V81A 3SPZA 3AO2A 4Z0UA 4CGDA 4CHOA 3S3MA 4FK2A 5KTQA 2O4IA 3KLIA 2YNGA 4CEBA 1CZ9A 2YHAA 4E1NA 1S9EA 1NJXA 4CGHA 1TAUA 4AH9A 1U04A 2ETJA 1VSLA 4FLVA 4K8XA 3V4IA 3WNEA 3OS2A 3NF6A 1Q9XA 1REVA 2YV0X 3HVTA 1SL1A 1L3SA 4CF9A 3ALYA 1U47A 2G8IA 2D5RA 3OJSA 2X78A 2DFFA 4E19A 2HNYA 3KK1A 3NBPA 2JLEA 1T03A 1ASWA 1WNSA 2KW4A 3PUFA 4ID1A 5C25A 4FZYA 1ZBFA 4GW6A 3M8PA 4TSXA 5DMRA 5JS1A 1IKXA 1VSKA 1WSGA 3NFAA 4JRQA 3QERA 3AO5A 3TAQA 4J2EA 1WN7A 5KRTA 4FLYA 5EU7A 5SWMA 2KTQA 1O1WA 3V6DA 4H8KA 1JL1A 4B9NA 4FZXC 4FLTA 4E7LA 1C0TA 5FRMA 4N76A 1W0HA 4B9MA 3IG1A 1NOZA 3OVNA 1LW2A 4CE9A 4F2RA 4CF2A 4BDZA 4FJ7A 4DTOA 4O4GA 4CJSA 1T8EA 4RW7A 1WSFA 3TAMA 4CECA 2HHWA 4DSKA 4KI4A 4J2BA 3RRHA 4FJKA 1JL2A 3LZIA 3TWHA 5I42A 4H4MA 3ZSRA 1IO2A 3VQCA 1HMVA 4E0DA 2BGGA 2BDPA 4QAGA 4CF8A 4AILC 3HPGA 5E41A 2Z1JA 3NH1A 1JKHA 1UA0A 3PX4A 3NE6A 3P5JA 3KD1E 1L3TA 4CJQA 4CEAA 4FJIA 5J2QA 2KZMA 1WSJA 1XWLA 3VQ9A 3I8DA 1J53A 1TL1A 2GUIA 3CM6A 3K2PA 3HP6A 3CFPA 1LV5A 4HUFA 1KRPA 3KD5E 4PA1A 4CF1A 4CHPA 4PUOA 4KRFA 3PY8A 1C1CA 3G0ZA 3O3GA 1KLNA 4KAZA 3HPHA 4ID5A 1SKRA 5KGXA 1TK5A 1SKWA 1FKPA 1WAFA 5C42A 1RTDA 4CCHA 3QEPA 2PYLA 5J2NA 3SI6A 2OPQA 1RT1A 4ICLA 1XC9A 1U4BA 2YNIA 4CGJA 4B9LA 4FJGA 3C6TA 4YNQA 1HRHA 4FW2A 4KTZA 1XHXA 2KFZA 2KZZA 2LSNA 2HHVA 2EX3A 3O4NA 3PO5A 1N6QA 3OS1A 2FBYA 5FROA 1BHLA 4ZHRA 1Q8IA 4Y1DA 5J1EA 3PX6A 4M3TA 2F8TA 3LP1A 1EETA 1NK6A 1U45A 3SUQA 1X9WA 2HHXA 1LAWA 4FXDA 4CHYA 2FC0A 4DU1A 1RDBA 4DFPA 5HRRA 4DTRA 4I9QA 4AHUA 3V9ZA 1RBTA 3V9SA 3VQEA 1FKOA 4DMNA 3UIQA 2HNZA 1ZBHA 2HW3A 1BIZA 5SZTA 2DFEA 2O4GA 5CY4A 4DTMA 2P51A 2YNHA 1KVBA 3MXJA 4LD0A 4E3SA 2DY4A 4DSIA 4DLEA 2HB5A 1IKVA 3DRPA 5I3UA 4O0JA 4B8AB 1C0MA 3LANA 1LW0A 3NGYA 5CYQA 5HBMA 3SJJA 3ZCMA 2E4LA 4IKFA 2BE2A 4N5SA 1BL3A 5JS2A 3SQ2A 3MECA 4EP5A 1R0AA 2XY6A 3MEEA 4IDKA 1BQMA 2GBZA 4NCGA 4FJJA 5HP1A 1C0UA 3P83D 3M8SA 3K58A 1NKCA 4EZ9A 3V1QA 3QETA 1QTMA 2OZSA 4KFBA 4OPKA 2XY7A 2G8VA 1Q9YA 4DF8A 1VSIA 3ULDA 4DQQA 4Z4EA 3AVAA 1BCOA 3LPTA 2DTUA 1HNIA 4E89A 3ZSVA 3TANA 1B92A 1HNVA 1TGOA 4CJ3A 4HHTA 4OVLA 4KHQA 3C95A 5T7BA 4KI6A 4CK2A 4IG3A 3V9UA 3LWMA 4DTPA 3MEDA 1U49A 1BCMA 4NCBA 2RKIA 4OGCA 3RR8A 3VQ6A 4CJTA 4KB1A 2HHUA 3NF9A 3OYGA 1MU2A 3L2QA 3QIOA 4RW8A 3K5LA 2QKBA 3K57A 4E7IA 1QSYA 3RMDA 4QCLA 1WLJA 3QINA 1G15A 1YTAA 3LPUA 4KHSA 3AVBA 3HP9A 4CJKA 3AVIA 3FFIA 4Z4GA 3L3UA 2ATQA 3ZT1A 4R5PA 4C8OA 4FK0A 1S1UA 3AO4A 1W9HA 3K5OA 3M8RA 4E7JA 2G8HA 4C8KA 4FJ9A 1SKSA 3DYAA 3RRGA 3L2UA 3PO4A 1QSSA 4DSJA 3SQ4A 3OJUA 1ITGA 4KKOA 2RF2A 3HL8A 4I7FA 1HQUA 3DLGA 3RR7A 1KFSA 2X6SA 5HRSA 4BDPA 1EXQA 3JYTA 3OYMA 3KJVA 1HJRA 1C6VA 2D0AA 4DLGA 4DQIA 1YT3A 4N56A 3LDSA 3ZSQA 4Q0BA 1S1TA 3EYZA 4L8RB 4B9SA 3B6PA 2R7YA 3OYHA 3ZSOA 3SQ1A 1X9SA 1RT6A 4I2QA 2YKMA 4H4OA 4CEFA 2B5JA 4BDYA 1EP4A 3DRSA 3O3HA 1WSHA 1NK7A 4NCAA 4HUGA 3VQPA 4IBNA 2IGIA 5CZ1A 3C94A 3OYIA 1KLMA 2IOCA 3AVNA 4Q5VA 4B9UA 4AHCA 1X1PA 4NYNA 4I2PA 1RBRA 1CXQA 1Y97A 1GOAA 2W42A 1IKWA 4B3OA 3NGZA 3CFRA 3K59A 1JLAA 1T05A 1NK9A 3B6OA 1BISA 1RT2A 2X74A 1C1BA 4CJEA 4DQRA 1UA1A 3AO3A 4ELUA 1C1AA 4HTUA 3THVA 1K6YA 1A5WA 3OYJA 3IAYA 4KHYA 1B9DA 2A1SA 1VSEA 2YNFA 3WNFA 4CERA 1S6QA 5HRNA 3ZT0A 2YKNA 2VWJA 3T3FA 3RMBA 3CFOA 4KREA 3VQ5A 1S9GA 2IAJA 4DTNA 1S5JA 3LALA 3HVRA 2JGUA 5K14A 1L3UA 4GVMA 4BE0A 3VQAA 3HM9A 3SZ2A 1RDCA 3SV4A 4Z4IA 1TV6A 4KPYA 4OJRA 4CFDA 3VA3A 2ZD1A 4CJUA 2Z1IA 3S9HA 3V1RA 3L2VA 3DOLA 4CGGA 1F21A 2VWKA 4W5NA 1SUQA 3OYLA 1XHZA 4DFJA 2G8FA 4Z4CA 3AA5X 4G1QA 4FLUA 4OKJA 1UOCA 2HHSA 2E6LA 4DS4A 4B9VA 1NKBA 3KK3A 1IKYA 4LSNA 4IFVA 4FVMA 2XRIA 3ZSZA 4K8ZA 1NK0A 3NAEA 3P1GA 1JXEA 1IH7A 3BDPA 5CYMA 3OYNA 3QESA 3SNNA 4E1MA 2HMIA 4JRPA 3VQ7A 4FM1A 1RNHA 3VN5A 4CGFA 3OYKA 4DTSA 3U3YA 4DTUA 1J5OA 4CFCA 1RBVA 2OPSA 3KK2A 3CG7A 4NYFA 1UAXA 4C8NA 4QOZB 2XHBA 1LAVA 1YTUA 4O5BA 1RT5A 4CIFA 2XO7A 4DFKA 1HYVA 3DLEA 1KFDA 1JLCA 3ZSXA 1NJYA 4DQPA 3AVJA 3S3OA 1RTJA 3K5NA 1EX4A 1ZBUA 3A2FA 2HVHA 4M3YA 1D5AA 2E6MA 3ZSWA 3QEIA 4PY5A 2P5OA 4DWIA 3LAMA 2FBXA 4M3ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G99A 5GIPA 5EOYA 4JEPA 3D6RA 1NKEA 3G4SN 1BWFO 3CCRN 2ZQBA 3AVFA 4LH4A 2VQEK 2W6KA 1NJZA 3SUNA 4DV7K 4WYBA 3QDKA 1KC8O 4CIGA 1ZBLA 1HR0K 2Q3SA 4XH4A 2Z1GA 4OKEA 4BC5A 3I56N 3OW2M 4RW9A 4DTJA 1VAZA 2V7YA 3DRRA 4KH4A 3OY9A 2E5LK 4K25A 3U4LA 1SS6A 1TAQA 3MEGA 4JKHA 5M1OA 3AARA 3GOIA 5AQSA 3O1BA 5M1KA 5GAEP 4F2SA 4JLHA 1JLFA 4KTWA 2WOMA 3H46O 3ENHA 1S3XA 3CYMA 1S1WA 1ASUA 1NK4A 4KHNA 4IFYA 2UUBK 1HKBA 1S6PA 3VEWA 3QICA 3NCIA 3KTQA 5D3GA 2KQ2A 1VSHA 4GVEA 1RBUA 2UU9K 4BG9A 1WUAA 2X6NA 4F3TA 3GDQA 4BC3A 3VEYA 4O55A 3TAEA 2JWLA 3SQ0A 1Z26A 3D2EA 1S72N 4DU4A 3C7NA 3SUPA 4AHRA 3VENA 1HX1A 2D0BA 2V51B 4O5FA 1KQSM 3MAQA 1NK5A 1KVAA 1NBWA 2HBMA 2WBNA 3HK2A 3PLAA 2I5JA 1NJWA 3D45A 3DM2A 5JLFA 3OYCA 1YVUA 1YJNN 4JN4A 4RG8A 4BRGA 2D1KA 2Y1IA 2QWQA 4LFCK 3Q7BA 1W2BM 4MQ3A 1DTQA 4JKAA 1WSEA 3AVLA 3WUHA 1SL0A 3AVKA 4M7YA 4JYAK 1OH6A 4W5OA 3KLEA 3ITHA 2HOEA 4DFMA 4CJVA 4FJNA 2D0PA 1H1VA 2KHOA 2YHXA 1LWEA 3O4QA 5AFUA 3LWLA 3BF3A 4EZ6A 4CJLA 3F2KA 3P38A 4CJFA 5B8HA 2UUAK 4Z4FA 3O1WA 4E7HA 1OH5A 2XY5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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