1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
4KREA 3PX0A 1IO2A 1O1WA 3PX4A 4G1QA 4CF1A 1WN7A 2RN2A 4DQRA 3S3NA 2G8UA 1HQUA 3QNOA 4I2QA 4YFUA 3TAEA 4BE0A 4J2EA 3SPYA 3OVNA 1HQEA 3AVLA 4K8XA 3OYEA 1F21A 2KW4A 4Z4FA 4DF4A 1TK0A 1WAJA 4PUOA 1VSFA 2O4IA 1NOZA 4O0IA 2ETJA 3LPUA 1BIZA 1ASWA 1CZBA 1LW2A 1WSEA 1GOAA 3H08A 1C6VA 2P51A 1TV6A 4LH5A 1BISA 1JLCA 2KFZA 2ZE2A 4FK0A 4DFPA 3AVFA 3O4QA 4LY7A 3TR8A 1W9HA 4M42A 4CEBA 4FZYA 2FC0A 3KKRA 4KTWA 3HM9A 2XRIA 3L3VA 4DTUA 1S9GA 1WSIA 3DMJA 4KHYA 2KFNA 3O3GA 3FFIA 4R5PA 4OLAA 5I42A 2FBYA 1EX4A 3SQ2A 3LP0A 4DTPA 1JXEA 3D0PA 3RMBA 3AA5X 1HMVA 2Z1HA 4O4GA 5I3UA 4CEDA 3IRXA 2YNFA 3O3FA 3OS2A 5D3GA 4CJFA 5FDLA 1DTQA 4AILC 2OPSA 2OZSA 2HHSA 4BDZA 2HNZA 1B9DA 3TAQA 3LANA 2OPQA 3V1RA 2HMIA 5CYMA 1KVAA 1JL1A 1LW0A 3VQAA 4CEQA 4HCCA 1BL3A 3NGZA 3LP2A 3QETA 1SKRA 3CQ8A 1KFSA 1U4BA 4K8ZA 4CF8A 3K5MA 3ZT2A 2BGGA 4PY5A 3HP6A 1L5UA 1Z25A 4IDKA 3SI6A 4DQPA 3OYCA 1UWBA 5CYQA 2XY8A 3ZSQA 1RDBA 4Z0UA 3CFOA 3O4NA 3M8RA 1XHZA 1JKHA 4CIFA 4KHNA 2KTQA 4IBNA 4DQQA 2IOCA 3I0RA 4CGDA 3HXMA 5JS1A 1WSJA 2IC3A 4NYFA 1RTHA 4OGEA 3JSMA 1S1TA 1HJRA 1VSKA 1Q9YA 2I5JA 5CZ2A 5KTQA 3PO4A 3RRGA 4FJ7A 2PYLA 4DSJA 1C1CA 2VWKA 4AHUA 4M3WA 3CG7A 3NF7A 4O0JA 1XC9A 3SCXA 4IFVA 1Q8IA 4E89A 3VA3A 5KRSA 1HNVA 3NGIA 3AVHA 4DTNA 1SUQA 3PX6A 3AVBA 3K5OA 4BDYA 1ZBLA 3NH2A 4HCBA 1ASVA 1X9WA 2ATQA 5HROA 3V9UA 3DRRA 5KRTA 2GV9A 4ICLA 5DK5A 3VQBA 3VQDA 2DTUA 4ELTA 1RILA 1NJZA 1LAWA 4NYNA 5K14A 4C8LA 1QS4A 3OYIA 4C8MA 2BANA 4GVMA 3C95A 4ID1A 3V9ZA 4DU3A 4F8RA 1VRUA 1QTMA 4BWJA 3VQ6A 5HRPA 4ELVA 1VSDA 1YT3A 4CJVA 3K5NA 4DSIA 3QINA 4E19A 3V1OA 4AHCA 1C1AA 4KKOA 4FCYA 1NKEA 3NF9A 1XWLA 4KHUA 3KLGA 3SQ0A 4ZTFA 3RR8A 2YHBA 4RW8A 2HVHA 3CYMA 2FBXA 3DLRA 1RDCA 4DTSA 1WSHA 3VQQA 1L3TA 1TKXA 3DLKA 4FVMA 4O5BA 4RW6A 4CEAA 1NK6A 1HYSA 3AVIA 3OYHA 4KFBA 5HRNA 4PA1A 3L2WA 3AVJA 4CFBA 3LAKA 4CERA 1S9EA 3K5LA 1IG9A 2G8HA 1RBRA 2LSNA 1QSYA 1B9FA 4CHNA 5JS2A 4KAZA 4B9LA 4ELUA 4BE1A 1L3SA 1SV5A 3L2VA 4FJXA 1IKVA 4FK4A 4KB1A 3AVAA 4KV8A 2F96A 4AHSA 4IFYA 3AA4A 3S3OA 1NK5A 1VSEA 4GW6A 4KI4A 1UAXA 1DTTA 4KHWA 4FYDA 4EP5A 1L3VA 4FLVA 4C8NA 3CFPA 2DFHA 2A1RA 2Z1JA 3KD5E 1QE1A 4DMNA 3OYDA 1N6QA 3NGYA 2G8FA 3ZSVA 3OYAA 4M45A 1NKBA 1A5WA 5CY4A 5HBMA 3KLIA 1N5YA 3AVGA 3HL8A 3RWUA 1KLMA 3WNEA 4E1MA 3E01A 1I39A 5KGWA 2OYQA 2EHGA 4FLZA 3ASMA 1IKWA 2VG7A 2G8IA 2RF2A 4NCAA 1VSLA 3MECA 4J2AA 4DSKA 2XHBA 1JXBA 3KD1E 4FW1A 3QLHA 3KKSA 1FKPA 2JLEA 1DLOA 1W0HA 3T1AA 5C25A 3AO4A 1SL2A 4NCBA 4M3ZA 3QO9A 3ZT0A 1JLFA 1IKXA 2YKNA 3MEEA 4W5RA 3QERA 2EX3A 3V6DA 4CFCA 4M3RA 4QAGA 1D8YA 1S1WA 3OY9A 1VRTA 3SV4A 1HYVA 3LP3A 4B8AB 3SUQA 2DY4A 3AO3A 1EP4A 3QIOA 1RBVA 2Z1IA 4H8KA 4HUEA 3TAGA 1NK8A 1RDDA 4FK2A 3VQ4A 5J1EA 5J2NA 2X6NA 4OKKA 3TAMA 4FJ9A 4B9VA 3AVKA 4RW9A 1NK0A 2HNYA 4KTQA 1S1XA 1QSLA 3VQ5A 2DFFA 1HRHA 3WNFA 1JL2A 2E6MA 4JLHA 3SQ1A 4KPYA 1KVBA 4CEZA 3VN5A 2F8SA 1WSGA 3HT3A 4CEEA 4FLXA 3ISNC 4HUGA 4FM0A 4KRFA 2G8WA 4DFMA 1ZBIA 3NBPA 3LAMA 4RW7A 3JYTA 4DU4A 3SJJA 2NUBA 2ZQBA 4CHPA 3AVNA 3K57A 4CJ3A 2ITGA 4DSLA 2OZMA 4CF2A 1L3UA 4BDPA 4FJJA 1CLQA 2DFEA 4E3SA 3HK2A 4TSXA 1KLNA 2QKKA 1NOYA 4QCLA 1Q9XA 1EKEA 1T8EA 2Y1IA 4W5QA 4B9SA 3OYJA 3F73A 2HW3A 2IGIA 3LZJA 4LD0A 4CE9A 3HSTB 1HYZA 3ITHA 5J2MA 4E0DA 3HPOA 1ASUA 1X9SA 1SL0A 1S6QA 1RTIA 3HPHA 4E1NA 1NJWA 1D5AA 1RBTA 4OKEA 4FJ5A 4KB0A 1LWCA 2JGUA 4WE1A 3IG1A 1WLJA 1RT6A 5SWMA 4Z4HA 3I8DA 3MEGA 3QEXA 1R0AA 2P1JA 3AO5A 3OYKA 2YV0X 4B8CA 3LWLA 2KZMA 1U04A 4OJRA 3DOLA 4CJ5A 4C8KA 1VSIA 1TKZA 1T05A 3UIQA 4HVJA 2R7YA 2D5RA 2YNIA 3KIOA 3VQ8A 4AHTA 3NDKA 3U6FA 2BDPA 3KTQA 4DU1A 4FW2A 3SQ4A 3M8PA 4CGJA 3P5JA 4CGFA 3KK1A 4CIGA 2XY6A 1UOCA 4B9UA 3DLGA 4DSEA 1LAVA 3C6UA 3KLFA 5HRRA 2Y1JA 1TK8A 2RPIA 1YVUA 4KHQA 4EZ9A 1J54A 3RMDA 1JLEA 3SYZA 2X74A 4OVLA 4CJLA 4Z4CA 3V81A 4BE2A 2YNHA 4W5OA 3QEWA 1TK5A 2X6SA 4DTXA 2OPRA 3AA3A 3WNGA 3AVCA 1C0TA 3WNHA 4DSFA 1I3AA 1RT3A 3KJVA 4CJEA 1C0MA 1SKWA 3P83D 4J2BA 1JLQA 1BGXT 3TI0A 3QEVA 1NJXA 3TWHA 4CF0A 4IKFA 4CK3A 2BE2A 4FJHA 1S1UA 1J5OA 4W5NA 3SPZA 4KHSA 1C0UA 2YKMA 4N5SA 4CJWA 4B08A 3OYFA 2AJQA 4AHVA 4DTRA 3L8BA 3PV8A 3ZT1A 4N41A 2HHWA 3OYBA 4H4MA 1X1PA 4FJKA 5EU7A 4F4KA 1JLGA 3NHGA 3VA0A 2IAJA 3DM2A 3L2RA 3QNNA 3LWMA 2PY5A 1ITGA 1REVA 3RRHA 4CEFA 3PO5A 2HNDA 3A2FA 1T7PA 3BGRA 1VK0A 4MQ3A 3ALYA 4FLTA 4PQUA 2G8KA 4CK1A 3ULDA 3S9HA 3ZCMA 3F9KA 4M3UA 1J53A 3AA2A 1G15A 5T7BA 4AHRA 4DTMA 4EP4A 4FZZA 4CK2A 4DQSA 1J9AA 3HP9A 5DMRA 4CESA 4FZXC 1GOCA 3AO2A 1D9DA 4F2SA 2OPPA 1RCHA 3S3MA 1S5JA 4OPJA 4B9TA 1BI4B 1NJYA 4CFAA 3KK3A 1XI1A 4CF9A 4UQGA 2E4LA 3MEDA 1TAQA 4IG0A 3ZSRA 1QQCA 4CGHA 5SZTA 3SV3A 4ZTJA 2QXFA 2X78A 5KI6A 3EYZA 4FM2A 3KK2A 1VSJA 3M8QA 4O44A 4H4OA 1HPZA 1EXQA 4Q5VA 1S1VA 3EZ5A 1TGOA 4FJNA 1ZYQA 3VQ7A 4BWMA 4N76A 4DTJA 1RNHA 4N56A 4E7JA 1D9FA 1ZBUA 1RDAA 3M8SA 4OGCA 1ZBFA 4CGGA 4HTUA 5HP1A 2B4JA 2HB5A 4GMJB 3CFRA 4I2PA 4FLWA 1BI4A 1U48A 3V1QA 1HNIA 1RT2A 2HHVA 1CZ9A 2HHTA 4KI6A 3HO1A 4CHQA 1VSMA 1WSFA 3I0SA 2B6AA 2PZSA 3OJUA 4Z4IA 4EZ6A 3P1GA 4Y1DA 3ZT4A 2IS3A 2FBVA 5CZ1A 1TVRA 3HVTA 3V9XA 4FJGA 3QIPA 1A5XA 4DF8A 1X9MA 1FKOA 3VQEA 3SNNA 1BQMA 3L2QA 1EETA 2D0BA 1NK4A 4Y1CA 1WAFA 3LPTA 2HHXA 3TANA 3CM5A 3DRPA 1UA0A 4C8OA 3T3FA 2F8TA 1KSPA 1RT1A 3OS0A 3RR7A 4HUFA 3OJSA 3ZSYA 1QSSA 2YNGA 4ZHRA 1MU2A 3V4IA 1LV5A 3OYMA 4O55A 3NF6A 1IKYA 1TL3A 4B9NA 3NH1A 3TAFA 1TKDA 3LZIA 3KLHA 4CHOA 3G0ZA 3IAYA 2VG6A 2O4GA 4CJSA 3DLBA 2A1SA 1RBSA 3HYFA 4RW4A 3ZSOA 1LWEA 4FXDA 3V9SA 2VG5A 3QEPA 3B6PA 4CJTA 5HLFA 3LALA 3V9WA 4CJUA 1K6YA 2Z1GA 4DLGA 4OLBA 3NF8A 2Q3SA 4E7LA 3OS1A 4I7FA 3NAEA 3SUOA 1Z26A 1CXUA 2XO7A 2P5GA 3NFAA 3T19A 3TAPA 4F3OA 1KCFA 3AVMA 3NCIA 5KGXA 4Q0BA 2GUIA 1TKTA 4I9LA 4YNQA 4XIUA 3MXIA 4E7HA 4L8RB 2ZD1A 4CHZA 4CJKA 3D45A 1U49A 3AV9A 1C1BA 3SZ2A 2GBZA 1WNSA 4F2RA 3HPGA 4JS4A 1TL1A 4CJPA 3ZSZA 3SUPA 2OA8A 4DG1A 4M3YA 4JRPA 2G8VA 1Y97A 1BCOA 4OKJA 4N47A 1KRPA 1GOBA 4CJ4A 4BACA 1NK7A 4DLEA 4NCGA 3TABA 1IH7A 4ID5A 3L3UA 4FJIA 4E7IA 4F3TA 2D0CA 3DYAA 3LP1A 1RTJA 2B5JA 4CECA 4LSNA 3MAQA 4FM1A 4DS5A 4M3XA 4I9QA 1ZBHA 4B3OA 2KZZA 4FJ8A 2QKBA 2HHUA 3VQPA 1UA1A 3CM6A 2HVIA 3O3HA 1LWFA 5FROA 1FXXA 3HVRA 1RT4A 4CEOA 3THVA 4M41A 3RTVA 4FJMA 4OPKA 3U3YA 4CJQA 1QHTA 1SL1A 1RBUA 4CGIA 1RT5A 2WONA 1TAUA 4M3TA 3B6OA 1NK9A 3VQCA 1YTUA 3QESA 1BIUA 3RMAA 1YTAA 3NE6A 4DQIA 2RKIA 3OYGA 1KVCA 3U3GA 3ZSXA 1U45A 5E41A 1T03A 4Z4EA 1CXQA 2FBTA 3K2PA 3C94A 1BHLA 1XHXA 3IS9A 2XY5A 4FJLA 1SKSA 4J2DA 4JRQA 5J2QA 5C42A 4QOZB 1BQNA 3BDPA 1S6PA 3K59A 5FRMA 3DLEA 4HHTA 3MXJA 4FLUA 4CJRA 2XY7A 3QEIA 4B9MA 3DI6A 4DFJA 3HJFA 4CHYA 4DTOA 4LSLA 1JLBA 2W42A 4W5TA 4E7KA 1JLAA 3G10A 4AH9A 4Z4GA 2QK9A 5HRSA 3L2UA 4MFBA 2PYJA 2D0AA 4CFDA 1FK9A 4RG8A 3ZT3A 3SUNA 1B92A 4IG3A 4FLYA 3KLEA 4LH4A 3DLHA 2KQ2A 3PUFA 1VSHA 5C24A 3VQ9A 3ZSWA 3OYLA 3K58A 5J2PA 4DFKA 3PY8A 4PWDA 3AO1A 4KO0A 2HHQA 2E6LA 4CCHA 3RMCA 1RTDA 1BCMA 4DWIA 3MXMA 1KTQA 2P5OA 3C6TA 2WOMA 4JS5A 1KFDA 1NKCA 5FRNA 4DS4A 4KTZA 1A5VA 2IDOA 3TARA 3NH0A 3OYNA 3EY1A 1RT7A 3DOKA 3DRSA 4CIEA 3LDSA 2VWJA 1U47A 2YHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IMXA 3WXKA 3VF4A 1XMOK 4G1QA 3S3NA 2RN2A 3FE1A 3TAEA 4J2EA 4O5FA 2ZJRL 4LFCK 4K8XA 1VSFA 3LPUA 3WUHA 1GOAA 4YDUA 1BISA 1JLCA 2ZE2A 4FK0A 3AVFA 3TR8A 2Q0RA 4A2BA 4G9ZA 4ISEA 4IOXA 3J7AP 1S9GA 3FR0A 4OLAA 5BPMA 1WOQA 1X3NA 3CQYA 2UUCK 3ENBA 1T6CA 1NGEA 3GG4A 5I3UA 2V51B 3IRXA 2YNFA 2OPSA 2HNZA 1B9DA 5BREA 1LOTB 5CYMA 1BO5O 1LW0A 3UKRB 3VQAA 4CEQA 4YOYA 1KFSA 4Y0WA 1YJNN 3FZFA 4BRHA 3CMAN 4IDKA 2F7TA 1RDBA 3CFOA 4BC4A 2KTQA 2VYPA 3CD6N 5JS1A 4GV3A 3HXMA 2Q31A 4OGEA 3JSMA 1Q9YA 3PO4A 2I5JA 5CZ2A 3C6AA 2VWKA 3CG7A 1XC9A 2O8EB 2P9PA 3QB0A 4E89A 3AVHA 4YOUA 1SUQA 4BDYA 3QFPA 1JCEA 4NXNK 2CGJA 2F9WA 2I7NA 2ZWHA 2GV9A 3VQBA 2DTUA 2BH1A 3J80O 1NNEA 1NJZA 1LAWA 1IG8A 4C8MA 4MO4A 4YOWA 4IOAL 1YAGA 1K73O 1XWLA 2OANA 3RR8A 3VQQA 4RW6A 5AQNA 4CZFA 1HYSA 2O8CB 4LF6K 4PA1A 1C0GA 3U9DA 1IG9A 1S9EA 3K5LA 2PFUA 5AQYA 1B9FA 3UE5A 4JKCA 1NGJA 5C2FA 1MDUB 2F9TA 1NK5A 3S3OA 4JKAA 3CCVN 1U6ZA 4FYDA 1DGKN 4EP5A 1L3VA 2UXBK 1XNQK 1VQ6N 4DMNA 5GIOA 3OYDA 3QDKA 4BRGA 4HWIA 1NKBA 4CBWA 5AQKA 1A5WA 5CY4A 4GV6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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