1A5XA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5xA00
2X74A 1RTDA 4KHWA 1Z25A 4FJJA 4PY5A 3ZSWA 3PV8A 3RMBA 1WSEA 1ASUA 3ZT1A 5C25A 4BDPA 2OPQA 4CECA 1I39A 3ZSOA 3AO1A 3RMAA 4KHQA 5KGWA 3DLRA 1TAQA 5JS2A 3K58A 3OYFA 4E7JA 3ZSQA 4GW6A 1HNVA 3V1QA 4CJEA 3HSTB 1YT3A 1C1BA 5J1EA 3OJSA 4E3SA 2HHXA 2WONA 3SPZA 3IG1A 4DWIA 4M3UA 3FFIA 4CJLA 4IG0A 1D9FA 2IAJA 2BGGA 4CHOA 3KLHA 4FK2A 5KRSA 4M41A 1LW0A 1SKRA 3OVNA 3RMCA 4OPJA 3THVA 4E7IA 1D5AA 1XHZA 1ZBUA 4CFBA 1QQCA 5CZ1A 5D3GA 2IOCA 2Z1GA 3AVAA 4WE1A 3TAFA 1KSPA 4FXDA 3IAYA 4E7KA 1BCMA 3VQ8A 2HW3A 4CF0A 2DTUA 1UOCA 3ZT0A 2VWJA 1R0AA 3NF7A 3AVGA 4C8NA 1TL1A 1VSHA 1WSFA 5FDLA 4CERA 5K14A 4CIFA 4FLVA 4NYNA 1RCHA 2YNGA 1JL2A 1A5WA 3LP3A 1BQNA 4E7LA 3MXIA 1N6QA 1TAUA 4DF8A 2Y1IA 3O4NA 4Z4EA 4DTRA 3K5OA 4CK2A 1IKVA 4B8CA 1SV5A 5CYQA 3QETA 3VQPA 5HP1A 1C0UA 1U49A 2OA8A 3P5JA 3ZCMA 3AA4A 4FJ5A 3DM2A 1NK4A 4FZYA 1CXUA 2RPIA 3O3FA 3AVLA 3QESA 3HVRA 3F9KA 1EETA 1LWEA 3AA2A 4QCLA 1LWCA 3QEVA 1U47A 4FJHA 5HRPA 2LSNA 4DSIA 3OYCA 4CF8A 3SJJA 4ZHRA 3K5LA 1T8EA 1S6QA 1SL2A 3RWUA 4DSLA 4DTPA 2VG6A 2XRIA 1QHTA 1NJXA 4DTMA 1EXQA 2D5RA 1TL3A 3HO1A 1TKDA 2KZZA 1JLFA 4Z0UA 4CEDA 3OYAA 4EP4A 1ZBFA 4O0JA 3U3YA 4K8ZA 4RW4A 1RDBA 3QINA 4CIEA 3G0ZA 3VN5A 1RNHA 2KFNA 1T05A 1RBVA 3C6TA 1WSIA 1TK0A 3ZSZA 3SUPA 3LPUA 2R7YA 5E41A 3CFPA 1C0TA 1LW2A 3V6DA 1HMVA 4HVJA 3F73A 1HYSA 1IO2A 1JLBA 2F96A 4CE9A 1NOYA 4KHYA 2YNFA 4M42A 4R5PA 2YNHA 4FJ8A 1KVAA 1J9AA 1BISA 3PX0A 1HQUA 2ZE2A 5KI6A 3JYTA 3RR8A 4KV8A 4KHSA 3SZ2A 4E1MA 5T7BA 1S1UA 4Z4GA 3VQEA 2FBXA 3SNNA 2A1RA 1KTQA 2IGIA 3NAEA 3C6UA 3DLKA 1NK8A 4KB1A 2YKMA 4Y1DA 4FM0A 2YHAA 1Z26A 4F2RA 1KCFA 1HQEA 3AVKA 1RBRA 4O44A 2HVHA 1L3UA 3OYIA 3VA0A 4RG8A 1HNIA 3VQAA 1SKWA 1WSJA 4RW8A 1Q8IA 3TAMA 3DLHA 1C0MA 4IBNA 3KTQA 4RW6A 4O55A 4NYFA 4CGGA 2P5GA 1JLCA 3DRRA 3ZSVA 1N5YA 3TAGA 2IC3A 3S3NA 5CY4A 3NGZA 3U3GA 1QS4A 1IG9A 1U4BA 3K5MA 4FJGA 1RDCA 3HL8A 4E89A 3DLGA 4DG1A 2OZMA 4HCCA 2G8VA 5EU7A 1B9FA 4AHVA 3PX4A 1DTQA 4FW1A 4O4GA 3ZT3A 4CJSA 3KK1A 1YTUA 3HT3A 1DTTA 2I5JA 3LAKA 4CIGA 4CJ4A 2QKKA 1VSMA 3SI6A 3PY8A 3KJVA 1JLGA 1VSDA 4DSFA 1X9MA 4CGJA 3OJUA 2Y1JA 4FLXA 4E7HA 4CCHA 3MEDA 3MXMA 3MECA 3AVJA 4DLGA 3U6FA 3G10A 4FJ7A 3HXMA 4AHCA 4N56A 4CJQA 2G8UA 2KZMA 4CGFA 4OKJA 4EZ9A 3QIOA 1K6YA 3M8SA 3SUNA 3S9HA 4F4KA 3NGYA 2F8SA 4DTSA 4DTXA 4FW2A 2QKBA 4C8LA 1GOCA 3DRPA 1TVRA 2A1SA 4RW9A 3LZIA 1RBUA 3MEEA 4DTNA 4KO0A 4IG3A 3L3UA 3SYZA 3OY9A 4DTJA 1TV6A 1KRPA 4F8RA 3AVNA 4BACA 4CEAA 3WNEA 4KI4A 1RDAA 3NH1A 3P83D 1ZBIA 1HYZA 1YVUA 4BWJA 3OYNA 4CF9A 3KLIA 3V81A 4BE2A 4FJ9A 3LALA 3CG7A 5HRNA 3KLGA 3E01A 3IRXA 4I9LA 1NK0A 3RRGA 4B9TA 3OYJA 4ELVA 3AO3A 4XIUA 3HYFA 3ZT2A 1O1WA 1BQMA 1SUQA 4J2BA 2HHQA 1S1TA 2NUBA 5HROA 3I0SA 1U48A 2B4JA 3M8RA 5J2PA 3H08A 4YNQA 3HVTA 1J5OA 3V9ZA 1ZBHA 2P51A 3K57A 3AO4A 5HRRA 2XO7A 4C8OA 1JL1A 4OJRA 4B3OA 4OGCA 1JKHA 2RF2A 3AO5A 4CF2A 5HRSA 4KTQA 1ITGA 2YV0X 4ID5A 4JS5A 3V4IA 3I8DA 2BE2A 4FCYA 3VQ5A 5SZTA 3SV3A 3NGIA 4HHTA 3AVHA 1XC9A 1LWFA 1HPZA 1TKTA 2FBTA 3V9WA 4KB0A 4J2DA 3V9XA 1NK9A 1ASVA 4B08A 1VSKA 3ULDA 3PUFA 4K8XA 5C42A 3ASMA 4Z4CA 1FKPA 5KTQA 1B9DA 1RBSA 4FM2A 3OYHA 3L2WA 2OZSA 3OYKA 5I42A 4CGHA 2HMIA 2HNDA 3TI0A 4DQQA 1EX4A 1VSEA 1C6VA 3L3VA 3AO2A 1S9GA 3D45A 2PZSA 3TR8A 4UQGA 4AHUA 3OYDA 1D9DA 4Z4FA 1NKBA 1BCOA 4CHYA 1U04A 4FYDA 4Y1CA 3O4QA 1WNSA 3S3MA 1XWLA 4JRPA 3AV9A 4DFJA 2KFZA 3SCXA 4CFCA 4FK4A 3OYEA 1Q9XA 4FJMA 4HUGA 4KHUA 3V9UA 1D8YA 3NF9A 1DLOA 4LSNA 3HJFA 1HYVA 1RILA 4Z4IA 4DS5A 3PO4A 4OLAA 2BDPA 1JXBA 1VK0A 3CYMA 4EZ6A 4Q0BA 4FLZA 1JLAA 4W5NA 1UA1A 1WAFA 3NF6A 4QAGA 4KKOA 3NBPA 2XHBA 4CHPA 4B9MA 4CK3A 3WNHA 4FJIA 2Z1IA 1S1WA 4ZTFA 5DK5A 1HRHA 2HHUA 1FK9A 4ELTA 3D0PA 3DMJA 1RTJA 5SWMA 3ISNC 3QEXA 3LPTA 3M8PA 2EX3A 2O4GA 1I3AA 3NHGA 4DQPA 1Q9YA 2VG5A 1BGXT 4LD0A 2PYLA 3MEGA 2GUIA 3WNFA 1MU2A 1TK8A 2D0CA 4GVMA 4PWDA 2E6LA 2OPPA 3K2PA 4CJVA 4FLTA 1S1XA 1W0HA 4H4OA 3RRHA 2VWKA 4N76A 1NJZA 4DSJA 1SKSA 3HPHA 1RT1A 3NH2A 4M45A 3TAEA 3TAQA 1CLQA 2GBZA 1WN7A 2RKIA 4OGEA 4N47A 3OS0A 3MAQA 1QSSA 3WNGA 4I9QA 4KHNA 4FZZA 4CK1A 4DSKA 1IH7A 4M3TA 4CJPA 3L2QA 2FBVA 2DFEA 4BDYA 3L2UA 3OYGA 2KQ2A 4I2PA 3KD5E 3EY1A 4DFKA 1KFSA 3HP6A 4PUOA 1SL0A 2HB5A 1QSLA 4J2EA 3TARA 1NK7A 4IDKA 1Y97A 4B9UA 1LAVA 3ZSXA 1BHLA 3AVFA 3VQ9A 4BE1A 3V1OA 1WAJA 4CEEA 3LANA 4AH9A 5DMRA 3V9SA 1IKYA 4CGDA 3NF8A 4H4MA 4DSEA 1KLMA 3CFRA 2ATQA 2BANA 1W9HA 1A5XA 3CM6A 1KLNA 1L3VA 4B9NA 1S5JA 3CM5A 3VQ4A 3B6PA 4OVLA 3K59A 4FJLA 2XY5A 2P5OA 3AVMA 1TK5A 2Z1JA 2GV9A 4KTZA 3RTVA 4PQUA 1X9SA 4CJ3A 1B92A 3OYMA 2G8HA 1BIZA 4RW7A 4DQSA 1VSFA 1LV5A 1X1PA 2O4IA 1C1CA 4CJUA 3KLFA 3LWMA 3RR7A 1RT6A 4J2AA 2OPSA 3KD1E 3M8QA 1X9WA 4FM1A 4GMJB 3KLEA 3O3GA 4B9SA 3TABA 2ITGA 1GOAA 4N41A 4F3TA 3VQ7A 4CJKA 4CJRA 1UAXA 3OS1A 3NCIA 1QTMA 5HBMA 3CFOA 3L8BA 1NJWA 1NKCA 4OKKA 1XI1A 4CJFA 3NH0A 3ZSRA 1TGOA 3HM9A 3DLBA 3VA3A 4KI6A 1J53A 4IFVA 4B8AB 1ZBLA 3ALYA 3IS9A 5I3UA 3ITHA 3QNOA 3MXJA 3V1RA 4M3WA 1RDDA 1XHXA 3DLEA 2HHTA 4JLHA 4W5OA 4FJKA 3LP0A 3LZJA 2P1JA 4DF4A 3PX6A 4FZXC 1KVCA 4O0IA 2KW4A 3DI6A 2OYQA 3TAPA 1JLEA 3B6OA 3AA5X 4MFBA 4AHRA 4NCAA 4LH5A 1JXEA 3ZSYA 2IS3A 5CZ2A 4W5QA 3EZ5A 3K5NA 3I0RA 1LAWA 3A2FA 4F3OA 2QXFA 4OLBA 2OPRA 1VRUA 2YHBA 1SL1A 3DOLA 2JGUA 5KGXA 4HUEA 3LAMA 3KK2A 4DU3A 4DTOA 4DFMA 1UA0A 1JLQA 2G8KA 4Q5VA 2X6SA 1RT4A 4AHSA 4ICLA 2YNIA 1L5UA 4CF1A 1YTAA 3DRSA 4TSXA 1NK6A 2VG7A 3BGRA 4HTUA 1RBTA 3KKSA 4ZTJA 4CHNA 3CQ8A 3DOKA 4L8RB 3C94A 2JLEA 5CYMA 3LDSA 4DLEA 1U45A 2HHSA 1RT7A 1A5VA 4LH4A 4FLUA 1IKXA 1KVBA 5J2QA 1BL3A 2G8IA 3ZT4A 2G8WA 4MQ3A 3S3OA 3LWLA 5J2NA 1ASWA 4FLYA 2ETJA 4CFDA 4IKFA 4DU1A 2HHVA 4FK0A 1VSLA 3UIQA 3SPYA 1ZYQA 4H8KA 4B9VA 4OPKA 4DS4A 3SV4A 3QNNA 1EP4A 4E1NA 1QSYA 5FROA 1S9EA 4BDZA 4BE0A 1T7PA 1WLJA 2AJQA 4AHTA 3SUQA 3VQQA 1VSJA 2XY7A 1WSGA 3AVCA 2KTQA 2WOMA 2X6NA 4KFBA 1REVA 4G1QA 4CGIA 2DY4A 3AVBA 1IKWA 4KTWA 4OKEA 2ZD1A 3OYBA 1EKEA 4W5TA 2G8FA 3HP9A 4IFYA 4CEZA 4YFUA 4HCBA 1FXXA 2D0AA 2B6AA 2FBYA 3C95A 3HK2A 2E6MA 4KAZA 2YKNA 3NFAA 1BI4A 2ZQBA 4FLWA 3KKRA 1CZBA 4AILC 4KPYA 1BI4B 3HPGA 4CEBA 4CEOA 3QEIA 5FRNA 2EHGA 2DFHA 3SQ4A 1VRTA 1NKEA 4E0DA 3QLHA 1HJRA 5C24A 3P1GA 1KFDA 4DTUA 3O3HA 3KK3A 2DFFA 4CEQA 4CJTA 1FKOA 3AVIA 4M3YA 2XY8A 2HNZA 3QIPA 4N5SA 3TWHA 3BDPA 4Z4HA 4NCBA 4KREA 2HHWA 1TKXA 2XY6A 3RMDA 5HLFA 1CXQA 4JRQA 4DMNA 3NE6A 3L2RA 2E4LA 1GOBA 2D0BA 4CJ5A 3OS2A 4F2SA 2PY5A 5FRMA 2HVIA 2FC0A 1RT5A 3VQBA 1F21A 4ELUA 1CZ9A 2W42A 1RTHA 3JSMA 1UWBA 4FVMA 4M3ZA 2B5JA 1NK5A 4E19A 3KIOA 4I7FA 3TANA 4CEFA 1BIUA 5J2MA 4M3XA 4CESA 4M3RA 1NOZA 1S6PA 2IDOA 5KRTA 4I2QA 3OYLA 3L2VA 3PO5A 1WSHA 1L3TA 4LY7A 3VQDA 1T03A 3LP1A 1RTIA 2F8TA 4O5BA 4FJNA 4BWMA 3SUOA 4C8KA 1G15A 3T3FA 3T1AA 4NCGA 3QEWA 1NJYA 2QK9A 4QOZB 4DQRA 1TKZA 3SQ0A 1RT2A 2RN2A 4ID1A 4CJWA 2X78A 4HUFA 4DFPA 4B9LA 3VQ6A 1J54A 4LSLA 5JS1A 4CHQA 4KRFA 3AA3A 3HPOA 1QE1A 1C1AA 3VQCA 4W5RA 3LP2A 4PA1A 4EP5A 3NDKA 2Z1HA 4C8MA 4CFAA 1VSIA 3QO9A 3QEPA 4CHZA 2HNYA 3SQ1A 1L3SA 3T19A 4JS4A 3QERA 1S1VA 2Q3SA 3EYZA 3DYAA 4FJXA 2PYJA 4DU4A 3SQ2A 1RT3A 4DQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X74A 4R79A 4JHDA 4PY5A 3RMBA 4JHDB 2DPNA 3ENHA 3P39A 3DLRA 2CGJA 1YJNN 5JS2A 2YJEA 4GW6A 4DR1K 3HSTB 1YT3A 1C1BA 3SMPA 3OJSA 4E3SA 2HHXA 1KAZA 4CJLA 2IAJA 3KLHA 4FK2A 3VEVA 3NMUA 1YUWA 3OVNA 4C1NI 2NNWA 1ZBUA 1KQSM 5D3GA 4H0PA 4IOXA 4FXDA 5AZJA 4C23A 3L4IA 3CMEN 1BCMA 3VQ8A 4LFAK 5AZJB 1SAZA 1UOCA 3ZT0A 4AF1A 4C8NA 4CIFA 4K25A 4NYNA 4E7LA 1JL2A 3CC2N 2F9WA 4LF8K 4DTRA 4CK2A 1BA0A 3PSFA 1U49A 3WXKA 3ZCMA 1NK4A 1W7AA 1CXUA 4BRLA 3TU5A 1H1VA 1BUPA 3QEVA 1U47A 4A61A 5HRPA 2LSNA 3OYCA 1R59O 3VEWA 4IEEA 1TL3A 3HO1A 1NNEA 4CEDA 4B3MK 1ZBFA 4CD3A 4BRFA 4K8ZA 5KPZA 4CIEA 3R6MA 1RNHA 1WSIA 4DR3K 3CFPA 3FGUA 1M90O 4DCHA 4FWRA 1QQOA 3F73A 1NMNA 4HWIA 4CE9A 2YNFA 4R5PA 1NGDA 3ENBA 4FJ8A 1J9AA 1K8AO 1HNZK 4LFBK 3HOTA 4KV8A 5T7BA 3GBTA 4DUZK 2FBXA 2IGIA 3NAEA 3DLKA 4KB1A 4X62K 5C10A 3VA0A 1NGJA 1HNIA 1SKWA 1VQMN 3DLHA 4IBNA 5AQUA 4O55A 1T6DA 1QVFM 1EWRA 2E1ZA 5GADP 5CY4A 3NGZA 3LDPA 1IG9A 2UU9K 3I56N 4F9OA 4E89A 5EOYA 1B9FA 1IBKK 4AHVA 4CJSA 3ZT3A 3CPEA 4CIGA 2QKKA 4O8KA 1XC3A 2CGKA 5CHIA 1JLGA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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