1A5XA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5xA00
3AVLA 1TKTA 3SYZA 3RR8A 3AVGA 4DTNA 2XY5A 1U49A 3PO4A 1L3TA 1JLFA 3S3NA 1SUQA 3AO2A 3KTQA 4L8RB 3VQBA 3PX4A 1UA1A 1RBTA 3JYTA 4KREA 2OZMA 4RG8A 3RMAA 4EP4A 3LP0A 3DRRA 3DLKA 3P1GA 4CJQA 3VQ4A 1S1WA 4AILC 4B08A 3VN5A 3JSMA 3OYCA 3NE6A 4KI6A 3HL8A 4FJ9A 5E41A 2QXFA 4Z4HA 2FC0A 4B8AB 3LZIA 4E7IA 3VQCA 4OLBA 4E3SA 2HHVA 4GW6A 1YT3A 1T8EA 2HMIA 2OA8A 3SQ4A 4KHWA 3C6TA 1NKBA 1QHTA 4CEZA 3OS1A 2HVHA 3K5NA 3ZCMA 3ZSZA 3V1QA 4DG1A 4FJ8A 4M3RA 4DU3A 1SKSA 2HHUA 1C0MA 4N56A 1SL0A 1N5YA 1D9DA 3CYMA 3ZSVA 1QSYA 2FBXA 2OYQA 3KJVA 5I42A 1VSKA 4KB1A 1TKXA 1S9GA 4W5NA 2Y1JA 1VSLA 1KLMA 3AVAA 2JLEA 4AH9A 4AHRA 4ZTJA 2DTUA 4CJFA 4RW8A 1RDCA 3VA3A 4OLAA 1KVBA 1U45A 3NFAA 1GOAA 3HPOA 1FK9A 2EHGA 3AVJA 3ZSXA 4CHPA 4CIFA 2BDPA 4BE2A 2IGIA 2HHQA 2DFEA 3QLHA 1BIZA 4MQ3A 4YNQA 3PV8A 3AVCA 1RBSA 3THVA 3C94A 1XC9A 1Q9XA 4PWDA 2KTQA 4DFJA 1KTQA 3OY9A 4FLVA 4PY5A 4LSNA 1WSGA 2OPPA 3IS9A 1TAQA 2ITGA 2ZQBA 4R5PA 4CCHA 3TR8A 1TL3A 1U4BA 3V9ZA 2I5JA 3L3VA 4BE1A 4KAZA 4HUEA 3SV4A 3IRXA 4FLXA 1LAWA 4B9VA 4H4OA 3TAGA 1RCHA 2OZSA 4EP5A 2HHTA 1LV5A 4ID5A 4Q5VA 4CFDA 2BE2A 4BDZA 3S3MA 3D45A 1WAFA 4DFKA 3ASMA 5KGWA 1X9WA 3PX6A 4CF2A 3HP6A 3SNNA 2BANA 4ZTFA 4KI4A 2O4IA 4H8KA 2B4JA 3F9KA 4F4KA 3SPZA 3SUOA 3NGZA 4O4GA 3A2FA 2R7YA 4CJRA 1VSFA 1VSDA 3DOKA 4CEEA 1A5WA 3QEVA 1EXQA 4E7KA 3IAYA 4AHSA 4DTPA 3NF7A 1EETA 1S9EA 4DTUA 3K5MA 3AO5A 4DQPA 1HNVA 4OGEA 1Z26A 4J2DA 3HVRA 1TKDA 3AO4A 3ULDA 1DLOA 4DTOA 1QE1A 3KLEA 4FM1A 3QEWA 3DLBA 1L3VA 3OYIA 4PQUA 4KFBA 3SV3A 3AVBA 2ATQA 3M8RA 4CJWA 1CZBA 5HRSA 2X6NA 1NJXA 1HYSA 3RMBA 1BI4B 1BCMA 4CEQA 2XHBA 4CJ5A 4PUOA 2KZZA 2FBTA 1UOCA 4B3OA 3E01A 3S9HA 4HUGA 1HMVA 1R0AA 1JLAA 2VG7A 1S1UA 3O4QA 1ZBLA 4DQIA 4CGHA 4RW4A 4O0JA 4FM0A 1SV5A 2EX3A 2F8SA 1NKEA 4J2BA 3L2UA 3DLEA 2D5RA 1NK5A 4DTXA 4WE1A 3KIOA 1JL1A 4M3YA 2X74A 2HB5A 2GV9A 4M3TA 3VQQA 2QKKA 1QQCA 2ETJA 3L8BA 3PY8A 3CG7A 4TSXA 1RT5A 2Y1IA 1S6QA 3K2PA 2E6LA 3DLRA 3K58A 1U04A 4DFMA 1U48A 4PA1A 4RW6A 3OVNA 1VRUA 4AHCA 2KQ2A 4JLHA 3MAQA 4FJMA 3DOLA 4I7FA 3EY1A 4DTRA 3VQ6A 3ZSRA 3L3UA 4QOZB 3MECA 1VK0A 1UWBA 3OJSA 1TL1A 3K57A 1UAXA 3LWLA 3OS2A 4CEBA 1HQEA 3TAQA 4M3WA 3KLGA 3HPGA 4O0IA 3KK3A 1HJRA 3G0ZA 4IFVA 4CIEA 3OYBA 2D0AA 4KTZA 4DU1A 1LW0A 1RT1A 5HBMA 3TARA 3AVKA 3CFRA 4CGJA 2HNZA 3NF8A 3KK2A 2YV0X 2YNGA 4E89A 1B9DA 4ID1A 3ZT4A 4W5QA 2RPIA 1U47A 2PY5A 4KHUA 1C1BA 4E7LA 4F2RA 1DTTA 1ZBUA 4IDKA 4N5SA 1S1XA 4DTSA 3O3GA 1HPZA 2DFHA 3OJUA 5SWMA 2Q3SA 4O44A 4H4MA 4CEAA 1RT4A 1QTMA 4DS5A 4Z4EA 4KPYA 3UIQA 1O1WA 3O3HA 4I9LA 4DTMA 3TI0A 4M3UA 4C8LA 1ZYQA 2P51A 3U6FA 1RT6A 2B6AA 1WSFA 2VG5A 4CK1A 3L2VA 3K5OA 2O4GA 4DS4A 2XRIA 1NJWA 3OYKA 5J2QA 3SJJA 1S6PA 1IO2A 1WSIA 1NJZA 1VSHA 4CF1A 4BWMA 4BWJA 4F8RA 4KKOA 2YNHA 4JS5A 4DSJA 5FRMA 3RRHA 4Z0UA 2XY6A 1CXQA 2G8HA 4QCLA 4OKEA 1QS4A 3HYFA 3OYGA 3CQ8A 3ITHA 3VQPA 3O4NA 4ELTA 3C6UA 5FRNA 2F8TA 3LANA 1JLEA 1Z25A 2F96A 5T7BA 5C25A 5KTQA 1JLBA 1KCFA 2RN2A 1N6QA 1IKYA 4FLTA 4Y1CA 5HLFA 3CM6A 1MU2A 3NH1A 3V81A 1CZ9A 3KKRA 3KKSA 3I0SA 4FJ7A 3VQAA 4J2AA 4KHYA 4CJPA 2PZSA 3DYAA 3ZSYA 1RBUA 3V1RA 2HNYA 3AO3A 3TWHA 4B9MA 4CE9A 3V9WA 4NCAA 4F3TA 2XO7A 1X9MA 4LD0A 3CM5A 4B9NA 1RDBA 3K59A 4CFBA 2P1JA 4ZHRA 2XY7A 3LDSA 2BGGA 3SUPA 1JKHA 5HROA 3AVNA 2XY8A 1RT3A 4E1MA 4FK2A 1SKWA 4CF8A 1YTUA 1VSJA 1WSHA 3NGIA 3SPYA 4FCYA 2Z1JA 2YKMA 2KZMA 1EP4A 4LH5A 4CGIA 3LALA 3BDPA 3WNFA 3AA4A 3SI6A 1VSMA 1GOBA 4LY7A 4CGGA 4CEFA 3OYEA 1KRPA 1ZBFA 3HP9A 1XWLA 3EZ5A 2JGUA 4OGCA 4W5OA 1KVCA 3P5JA 4HUFA 2P5GA 5KGXA 4K8ZA 1LAVA 1KFDA 4YFUA 4NCGA 4F2SA 3NHGA 1TK5A 3AVIA 1HYZA 1C1AA 2FBVA 4KRFA 2HHWA 3RRGA 1NK8A 3HM9A 4C8KA 2HHSA 2X6SA 3RMCA 3PO5A 3AA5X 1ZBIA 1L3SA 4W5RA 4AHVA 4BACA 4CGFA 4CJSA 4GMJB 3L2QA 1F21A 1HRHA 2Z1GA 3NGYA 1I39A 4RW7A 1NJYA 1RNHA 1IKXA 4DSKA 4DQRA 3OYFA 1NK9A 1J9AA 3LPUA 1TV6A 3U3YA 3DM2A 2VWKA 5JS2A 3ZSWA 4OKKA 3HVTA 4HTUA 1HQUA 4DLEA 4FJNA 4FLUA 4DF4A 3M8QA 5HP1A 4B9UA 1RILA 3MXJA 1S5JA 4LSLA 4DQSA 1KLNA 5J2MA 1NK7A 4FJLA 2KFNA 2PYJA 2G8IA 1B9FA 1S1VA 2YHBA 3LP2A 1I3AA 5EU7A 3F73A 1BIUA 1T05A 4QAGA 4CEOA 1NK6A 3D0PA 3P83D 3VQ8A 3NAEA 3PUFA 4MFBA 3KLFA 4FLZA 4DSIA 1K6YA 4FJHA 5J1EA 4Z4IA 4FJXA 3QERA 1XI1A 2D0CA 2AJQA 4DQQA 4KB0A 4RW9A 3LWMA 3ZT3A 4B9TA 4ELVA 4JS4A 4J2EA 3ALYA 1JLQA 3WNHA 1X9SA 3T3FA 2WOMA 3TAEA 3LPTA 4M41A 1BL3A 3U3GA 3DI6A 4Z4GA 3SCXA 3RR7A 1HYVA 3M8PA 3V9UA 3KD1E 1RBRA 3OYHA 1ASVA 4BDYA 4N47A 3CFOA 4DLGA 4LH4A 4C8MA 1XHZA 1VSEA 3AO1A 3NH0A 4M42A 4KHSA 4CJ3A 1D9FA 1YVUA 3NH2A 3LAMA 1VRTA 1IKWA 4CHOA 1A5VA 5HRRA 3L2WA 4C8OA 4KTWA 4FJ5A 3DLGA 1L5UA 4OPJA 3DRSA 4CGDA 4KHNA 1WN7A 4CK2A 4E7JA 4Y1DA 4CJVA 2QKBA 1IKVA 4CJTA 4HVJA 3TAPA 1C6VA 3SUQA 3QEPA 4I2QA 4BE0A 1KSPA 4FK0A 4CF9A 1BQMA 5J2NA 4OPKA 2W42A 5I3UA 3LP1A 4AHUA 4CJKA 5K14A 5KRTA 3SQ1A 1LWEA 4I9QA 3M8SA 2ZE2A 1NK0A 4FM2A 5FDLA 2X78A 4O5BA 1BHLA 3QNNA 1J5OA 3K5LA 3HO1A 3HJFA 2NUBA 2OPRA 1RT2A 3LP3A 3IG1A 2IS3A 4UQGA 2OPQA 2HVIA 3B6PA 4G1QA 1ASUA 1LWCA 4FW2A 4O55A 3QNOA 4NCBA 4NYNA 1BCOA 1WNSA 4FLYA 1NK4A 1ITGA 1VSIA 2G8WA 4B9LA 3HK2A 5JS1A 1CLQA 2Z1IA 1NOYA 1T7PA 4JRQA 4CJUA 3V6DA 2B5JA 2G8UA 4FZYA 3ZT1A 4FVMA 2KFZA 1BISA 3QIOA 4Q0BA 1S1TA 4CESA 4DWIA 5C24A 1X1PA 3KD5E 4ELUA 2GUIA 1RDAA 3B6OA 3KLIA 2YHAA 3NF6A 1WSEA 3VQ7A 1Y97A 1JXEA 4DFPA 4FZZA 1BI4A 1REVA 5FROA 1IG9A 4IKFA 3AA3A 5CY4A 1SL1A 4EZ9A 4OJRA 4NYFA 4DSLA 2WONA 1RT7A 4F3OA 1B92A 3OYDA 4FXDA 4FYDA 2VG6A 1W0HA 3SQ0A 3L2RA 4CFAA 3OYLA 3NF9A 3OYAA 1TK0A 1Q9YA 2PYLA 3RTVA 3CFPA 3OYJA 3AV9A 3HPHA 2OPSA 3ZT2A 2HW3A 2VWJA 4CIGA 1J54A 3V9XA 4HCBA 3C95A 4FK4A 1TKZA 3V9SA 2E6MA 4CJLA 2G8KA 4KHQA 1A5XA 3VQEA 3AVFA 3NDKA 1TVRA 4DU4A 1Q8IA 3QESA 4K8XA 3I0RA 2P5OA 4EZ6A 2A1RA 4M3XA 4E19A 4Z4FA 5CZ2A 2G8VA 1KFSA 3S3OA 3QEIA 3VQ5A 4CHYA 1W9HA 3MEGA 1JLGA 2HHXA 4KO0A 4Z4CA 1CXUA 3MXMA 4FJGA 1JXBA 3MXIA 1FKPA 3V4IA 3OS0A 3DMJA 4CEDA 4DSEA 3LAKA 1FKOA 4FZXC 1C0UA 4M45A 3VQDA 1BGXT 3O3FA 4KTQA 1ASWA 1WSJA 3G10A 4C8NA 4GVMA 3I8DA 4ICLA 4FJIA 3RMDA 3QO9A 1IH7A 1JLCA 3WNEA 4W5TA 1C0TA 1HNIA 2D0BA 1FXXA 4FW1A 4AHTA 1T03A 1YTAA 2QK9A 1L3UA 1NOZA 4IG3A 4CJEA 4OKJA 3ISNC 2HNDA 3NCIA 3QEXA 3VA0A 4CERA 3MEEA 5C42A 5KI6A 4IG0A 3TAFA 5DMRA 2E4LA 1QSLA 3PX0A 4B9SA 3QETA 2YNFA 3BGRA 3NBPA 1XHXA 1C1CA 1G15A 2IAJA 5CYMA 4DSFA 4BDPA 1RTJA 4E0DA 4N76A 1EKEA 1D8YA 5KRSA 3AVHA 4XIUA 4CJ4A 1TAUA 1D5AA 3QINA 3QIPA 4CECA 2GBZA 2IOCA 2A1SA 3TABA 3SQ2A 3WNGA 3OYNA 5SZTA 1GOCA 3HT3A 3DLHA 4OVLA 1RBVA 1RTDA 1EX4A 1NKCA 4B8CA 1ZBHA 4CFCA 4KV8A 5D3GA 2ZD1A 2DY4A 4CF0A 2KW4A 4DTJA 4N41A 4I2PA 5DK5A 2G8FA 1RDDA 2YNIA 2IC3A 5CYQA 2RF2A 4CHZA 4JRPA 4IBNA 4CHQA 1LWFA 4E7HA 5J2PA 3SZ2A 1WLJA 1WAJA 1TGOA 2YKNA 5CZ1A 1J53A 1DTQA 3VQ9A 4DMNA 4CK3A 2LSNA 1BQNA 1KVAA 5HRPA 3KLHA 5HRNA 3EYZA 2Z1HA 1UA0A 1TK8A 3KK1A 3ZSOA 3MEDA 4CHNA 2IDOA 3ZT0A 2FBYA 3AA2A 3V1OA 4M3ZA 2RKIA 3H08A 4E1NA 4DF8A 3FFIA 1RTHA 3DRPA 3SUNA 3TANA 1SKRA 1QSSA 1SL2A 4FJKA 4HHTA 3T19A 4FJJA 3TAMA 3HSTB 1LW2A 2DFFA 4HCCA 3HXMA 1RTIA 3ZSQA 3RWUA 4IFYA 3AVMA 4FLWA 1JL2A 3LZJA 3OYMA 3T1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVNA 5B8HA 3G25A 3AVLA 1TKTA 1M1KO 3AVGA 2XY5A 1SUQA 4IJNA 4BVPA 4KREA 3VMFB 3LP0A 3DRRA 4CJQA 1E3MA 3QFPA 3FR0A 4KI6A 1VQ8N 4Z4HA 3ATUA 2FC0A 4IOXA 2O8FB 4GW6A 4YOVA 2ZM6K 3PSFA 3C6TA 1YF5L 5AQFA 4X66K 4JI0K 1OH6A 3CYMA 3ZSVA 2FBXA 2V52B 3C65A 3KJVA 4CJ7A 2Y1JA 2E8AA 1VSLA 1KLMA 1IG8A 1QQOA 1YUWA 2DTUA 1OH7A 4BQLA 3ZSXA 2BDPA 4BE2A 1YAGA 3THVA 2KTQA 1KTQA 3OW2M 4PY5A 1KAXA 1RDWX 4CCHA 4YY3K 1U4BA 3L3VA 4KAZA 4HUEA 1LAWA 4B9VA 1NGIA 4EP5A 4ID5A 3UKUB 3LL3A 4DB3A 2BANA 4ZTFA 4K42A 5BR9A 4FSVA 4F4KA 3A2FA 2P9NB 1VQPN 3IMXA 3NF7A 4DTUA 3H1QA 1TKDA 5HL7L 4DTOA 3KLEA 5HOOA 4B9QA 3M1FA 3OYIA 3SV3A 4K43A 3R8EA 5AQRA 4XH5A 5LMNK 1BCMA 2O8EA 2QWOA 4CJ5A 1HMVA 1S1UA 4BC5A 4DQIA 1NKEA 3VTHA 2X74A 1FW6A 4CBXA 2ETJA 1MWKA 3PY8A 4TSXA 3RSEA 3K2PA 3DLRA 1U04A 3FZLA 1O13A 1ZXOA 3MAQA 4FJMA 1NU0A 3ZSRA 4QOZB 3MECA 2P9LB 4E1JA 3OJSA 1TL1A 4O8UA 3QMLA 4FWRA 3VETA 3KLGA 4YORA 1HJRA 1R59O 3QB0A 1GLJO 3NF8A 3MK6A 4ID1A 1U47A 3GBTA 4F2RA 1DTTA 4IDKA 4EFHA 2O8BA 1JCEA 3D2FB 2GELA 4BREA 4ISEA 3CJ7A 3OJUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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