1K8KB

Crystal structure of arp2/3 complex
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
190
structure length
190
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural protein
publication title Crystal Structure of Arp2/3 Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
total genus 51
structure length 190
sequence length 190
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1k8kB02
3MMVA 4EIAA 1GLCG 5BR9A 4WYBA 3R9PA 3ULEA 2IVPA 3VGMA 2P9IB 3MN9A 5AQHA 1H1VA 3O80A 1XC3A 2GTDA 4FWLA 4B1UB 1HKCA 2YHYA 3M6GA 4NO7A 4DQ8A 3ZX0A 4FWRA 3RSEB 2H3GX 3UB5A 4BRQA 1YUWA 3A5NC 4B1YB 1EQYA 1KAYA 5AQKA 3ZX3A 3ID8A 3EL2A 5JLHA 3DJCA 5ADXH 4KBOA 3LM2A 4BC3A 4CZGA 1NGJA 4CJ7A 1HUXA 3LM9A 4A2AA 1JCEA 1E4FT 4M63C 4M7YA 4FWQA 1JCGA 3H6EA 5BPNA 3A0IX 2E20A 2D1KA 3VEWA 3QDKA 1CZAN 5AFUA 5AZJB 2DPNA 3H1VX 3WT0A 4M7XA 5AQZA 4DHYA 5BN8A 2PBDA 3VERA 3GBTA 3GOIA 4O5FA 5CE3A 1GLAG 3AY9A 1NGEA 4H03B 5KPTA 3CJ1A 3EKUA 1P8ZA 1NGDA 2HF3A 4Y0WA 4IXCA 3UE5A 1T6DA 4CZHA 5AZIB 3EKSA 1LOTB 1ZBSA 4B1WB 5FPNA 2P9IA 4BRNA 3O4WA 3CI5A 1DEJA 3A5OC 3VEVA 4IZ9A 4FOIA 4BRIA 1BWFO 3SMPA 2Q0RA 4B1XB 1JCFA 3CJ9A 4H0TB 3MN6A 4AM7A 3SMSA 4XH5A 4H0YB 4IJNA 3B8AX 2A42A 4BVOA 1XQSC 1V4SA 3H45C 1BA1A 4FWPA 3MCPA 3FZHA 4ISFA 2FSNA 2YHXA 3O1WA 1NMDA 4BRKA 1U6ZA 4J8FA 5AZJA 2YCHA 3VGKA 2FF3B 2P9LB 3I8BA 5AQWA 5KQDA 3I33A 4BR0A 4LC9B 4FPBA 3FGUA 3VETA 2F9WA 2AA4A 5BRHA 1T44A 1ATNA 3BF1A 1ZC6A 2QWOA 4A62A 4BRLA 3LDNA 3QB0A 2A3ZA 1GLDG 1C0FA 3WEEB 4FOEA 5AQIA 2P9KB 4BRCA 3CERA 3VPZA 4DCHA 1IJJA 4GNIA 1RFQA 4MO5A 3LDOA 3JS6A 4JHDB 3TU5A 5AQYA 2GELA 3UKUB 3EN9A 4JNEA 3JXUA 3A5LC 3ENOA 4HWIA 2QWQA 1K8KB 2J4RA 2QWNA 1KAXA 1QQOA 4H0PA 1TYQB 4BG8A 3KHYA 2V7ZA 4QS8A 4A2BA 3MK6A 3W3DA 2EWSA 1NGIA 2GWKA 1R59O 5EOYA 4FSVA 3J8AA 4O8KA 1X9JA 5AQQA 4ISGA 3CHWA 3GL1A 4YDUA 1ATSA 5LY3A 3QBXA 3C7NB 1BUPA 3D2FB 4CZLA 5AQSA 3R6MA 5KPZA 3HM8A 5TKYA 3VF4A 1QZ5A 2P9KA 2F9TA 4BVPA 2CGJA 2QWMA 4DB3A 2ASMA 4JHDA 1X3MA 2V51B 5JICA 3BEXA 3QFUA 3ZX2A 1DKGD 3UKUA 1C0GA 2P9PB 2V7YA 4CI6A 3WQUA 5JMVA 3ZEUA 2CH5A 4FWOA 4WQ4A 4BC4A 4CZIA 5BRDA 3MN7A 4FWKA 4JAXA 4XH4A 1K8KA 2FSJA 2A40A 4NB4A 5KQ8A 3W0LA 3VEZA 4QS9A 1G99A 3QBWA 3GDQA 5ELZA 3IDHA 4CZJA 4F9OA 4GY2B 1ESVA 5LJVA 1NGAA 3F9MA 3VF2A 2IIRA 4BR2A 4H5WA 4CZKA 1NGGA 3O08A 4BRMA 3HBTA 1NBWA 5AR0A 3D2FA 1J6ZA 2A6AA 2HMPA 2ZGYA 2P9UB 5JLFA 3FZFA 3UKRB 3RSEA 1BG3A 1BU6O 3MN5A 5EVZA 4JD2B 4IJAA 4BG9A 5BREA 2VWBA 4E1JA 5AQOA 4FWMA 3VGLA 1QZ6A 5FPEA 3BUZB 4EFHA 1IG8A 1YAGA 3SJHA 2P9SB 3U9DA 1V4TA 1TUUA 5AQJA 1BOTO 1OKJA 2BUPA 2ZWHA 1RDWX 1NGFA 1HKBA 1MWMA 1LCUA 2NLXA 3P4IA 4IO8A 4PL8A 3CJBA 4CZMA 5F1XA 4H0OA 5BPMA 3EO3A 5AQNA 4H5TA 4BR9A 3D7EO 4FL9A 3R8EA 3D2EB 4AM6A 3ZETB 4RCHA 4L3QA 4C23A 3G25A 5AZIA 2ASPA 1NGBA 2E1ZA 2Q97A 5EX5A 4XH1A 4WQ5C 4YDUC 2D0OA 4H0XB 1GLJO 2P9NB 2IVOA 3QICA 3A5MC 4K25A 1E4GT 3ULEB 1MDUB 2VCPA 2KHOA 3VEXA 4CBXA 4A61A 3TPQA 3AAQA 1BDGA 5BRFA 2I7NA 2E2OA 1SZ2A 5E26A 2W40A 3HSCA 3KVGA 2YJEA 3O1BA 4H0VB 4EHTA 1HJOA 2NRHA 3U9ZA 3ENHA 2CH6A 3M3ZA 4H5RA 4QS7A 2E1YA 2P9SA 3ATUA 5KPRA 1WUAA 4EAHD 1DGKN 1Y64A 2E88A 1BA0A 3A8YA 3WQTA 2NZTA 5EXWA 4WQ4C 3CQYA 1HPMA 1ZXOA 4BROA 1MA9B 3OHRA 3QFPA 2P9LA 2ZF5O 3IFRA 3LDQA 1QHAA 4BR4A 4WQ5A 1NWKA 2ITMA 4CZEA 1GLBG 4CBWA 3CJ7A 3D2EA 3S41A 2QWPA 3ZETA 3FE1A 1Z05A 2IVNA 2OANA 2FF6A 3FZLA 2QW9A 3WEEA 4H5VA 2HOEA 1GLFO 1ATRA 4I6MB 2AP1A 5AQVA 3DAWA 5FPDA 2P9NA 2UYTA 4HTLA 2D0PA 4BQZA 4FO0A 5AQPA 3FR0A 1NGHA 3WXJA 3DXMB 2FSKA 1GLEG 5F2RA 2E2QA 3VENA 1HX1A 4ISEA 1BO5O 3U8XA 4FWNA 3O5BA 3O8MA 2FLOA 2Q2RA 4CD1A 3LL3A 4JN4A 4RWTA 1TYQA 5E84A 2WUSA 3LDLA 5I9EB 2YHWA 4RTFD 2ASOA 3FZMA 3O6WA 4H5NA 3KZBA 4BR5A 1RGIA 4FWSA 3MDQA 1MWKA 2GUPA 1T6CA 4BRHA 1NM1A 3HI0A 3L4IA 2Q36A 4B1VA 2GWJA 1YXQA 3CIPA 2QM1A 5AQMA 2QWRA 5AQRA 1HKGA 2VYPA 1U2VB 2E8AA 3C7NA 4BRAA 4BREA 1NLVA 2QXLA 2Q0UA 2CGKA 1QQNA 4BGAA 4B9QA 3VF6A 4K41A 2Q31A 3CJAA 3QMLA 4MO4A 4CBUA 4I6MA 4K43A 2V52B 4BRDA 5AQTA 4FPAA 3H3OB 1WOQA 3EZWA 3CQXA 3CETA 5EY4A 5F0XA 2YJFA 3DXMA 2P9PA 2E2PA 2ZGZA 3IUCA 4BR7A 2BTFA 5BPLA 3AAPA 4MLHA 3BP8A 3L6QA 3FFKB 3DXKB 3H46O 4BC5A 2QWLA 5AQGA 4PKGA 3WXIA 4CZFA 1NGCA 1Q18A 4PL7A 5AQLA 3CJCA 1KAZA 2GEMA 3FZKA 3SLCA 4CD3A 4EHUA 4Z94A 2I7PA 2CGLA 2A5XA 3SK3A 3HZ6A 3WUHA 5ADXA 1QQMA 1S3XA 3BF3A 3DWLA 4PKIA 4BRGA 4B1ZA 1U2VA 4MLEA 5FPMA 2W41A 2Q1NA 2P9UA 2A41A 4BRFA 3UKRA 3VEYA 4PKHA 3U4LA 2FXUA 2D4WA 3VESA 4JD2A 3WXLA 1YVNA 3H3NO 1TUYA 4K42A 5AQUA 3WXKA 1D4XA 4XEIA 4IWVA 5LJWA 4BQLA 3LDPA 1XUPO 4BGBA 2HF4A 3L0QA 3GG4A 5B8HA 1SAZA 3HTVA 5AFUH 5AQFA 3VOVA 3ATVA 3VEOA 4BC2A 3DXKA 1SQKA 3FLCO 3AARA 3M1FA 3ZEUB 1KXPA 1X3NA 1HLUA 3GE1A 2YI1A 3C0BA 4BRPA 1S22A 3H1QA 5BN9A 3IMXA 2E2NA 2PAVA 1GLLO 1Z6RA 5AQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TL3A 2GTDA 4Q0BA 4B1UB 3ENBA 4CFAA 1RBRA 3B6PA 5HROA 1W0HA 2QA4N 1BIUA 1YUWA 4B1YB 3G4SN 4N47A 2E5LK 1KQSM 1I3AA 5AQKA 1HRHA 4KBOA 1RT4A 1XMOK 4YOUA 1NGJA 2F96A 3E9LA 1U04A 1E4FT 3NBPA 3OYAA 4M63C 1VRTA 5BPNA 1SKRA 1RNHA 3DI6A 4OPJA 2BDPA 2DPNA 2QKKA 3WT0A 3PSIA 4DU4A 3NFAA 2HBMA 5BN8A 3VERA 2O8BB 3GBTA 3GOIA 5CE3A 3PIOL 1GLAG 2UXBK 1S1TA 4H03B 1ZBLA 3PIPL 3HPOA 4DF8A 3EKUA 3G6EN 3UE5A 4CZHA 5AZIB 1ZBSA 4FLYA 5FPNA 2P9IA 3O4NA 2IC3A 3O4WA 4E89A 3CI5A 1DEJA 1RTHA 4AHSA 1Q9YA 4ELVA 3LALA 1CZBA 5CHIA 1OH7A 1UAXA 4FOIA 4LFAK 1K6YA 3RTVA 4C8NA 4OJRA 1JCFA 3NGIA 5HOOA 1NMNA 2O8CA 1OH8A 3VMFB 4JKFA 4H0YB 2VGMA 1S5JA 1TAUA 3CM6A 3DLGA 1U4BA 3AA5X 3FZHA 4CHQA 3VQ6A 4J8FA 4CJ4A 2YCHA 4FJGA 2FF3B 2P9LB 2ZJQL 5AQWA 4NXNK 2BH1A 3I33A 1OH5A 4FPBA 1XHZA 3M8QA 2F9WA 4B3TK 3BF1A 1EXQA 5FROA 4QOZB 4CF8A 3OJSA 1YIJN 4C8LA 4CHPA 2Q3SA 4BRLA 3P83D 1C0FA 4FLZA 4OO1J 4HCBA 4DCHA 4O8UA 3LDOA 3JS6A 4JI6K 4DFKA 2GELA 1TL1A 2EHGA 2FBYA 2WBNA 4O44A 4I7FA 3EN9A 3JXUA 4FZYA 3DRSA 3ENOA 4HWIA 2QWQA 1SKSA 3DRPA 1L3SA 4CGHA 4E0DA 4YOTA 2KKZA 4OKJA 4BG8A 1BCOA 4B9MA 2A1SA 2AJQA 3K5LA 1X9SA 4JKGB 3W3DA 2EWSA 4M3UA 5EOYA 3ULDA 1GOAA 1X9JA 2YNIA 5AQQA 1RDBA 3CHWA 1WBBA 1ATSA 5I42A 1Z26A 4DTMA 5LY3A 3CCJN 4KREA 3QBXA 5GAEP 1TK0A 3IG1A 5KPZA 3HM8A 5MLCQ 3OYIA 3WXMB 2WFBA 4BVPA 2UU9K 2CGJA 4E7LA 4DB3A 2WTUA 4JHDA 1O13A 2NRVA 3HOSA 5JICA 3HP6A 2HHHK 3ZX2A 1WSIA 2V7YA 1NJWA 3WQUA 1CXQA 4JAXA 3WNHA 1VHXA 3VA3A 3VEZA 3PO4A 1NNEA 4B9TA 4IEEA 4ICLA 4CJPA 4LSNA 1YJNN 2O8EB 3L2QA 4DTPA 4GY2B 1ESVA 3WNGA 3G71N 3VF2A 5C0YA 2IIRA 3EYZA 4NLCA 5C12A 4IFYA 3CD6N 1NGGA 3O08A 5KI6A 4DV3K 3D2FA 1J6ZA 3T1YK 5JLFA 3FZFA 3CCVN 4JI0K 3MN5A 5EVZA 4JD2B 4IJAA 4A59A 2VWBA 4E1JA 4FWMA 5CYMA 5FPEA 3VQ5A 3K5NA 4KH5A 5KGWA 4DTSA 4Q5VA 1ZBHA 1IG8A 4JKHA 3VQ8A 4IOCL 1IV0A 3KWIA 4B3MK 5AQJA 1FK9A 4JK7A 1RDWX 1T05A 3TSUA 2OTJN 3RMDA 4IO8A 4Z4GA 2JGUA 3KJVA 4FJ8A 1JLAA 5C10A 2GUIA 4ZHRA 2IS3A 3KWGA 4K8XA 3HPGA 4DQSA 4RCHA 1L3VA 3G25A 4JI5K 3ASMA 2ASPA 4YOWA 4BE2A 3OYBA 4OX9K 2IOCA 1HNIA 4FJHA 4J2AA 4DTOA 4KHYA 3A5MC 3U3YA 2VCPA 2KHOA 3ZT4A 1BDGA 2I7NA 2E2OA 1SZ2A 3P38A 3KVGA 4K8ZA 5K14A 4FM1A 4F4KA 2HBJA 4C8OA 3V9UA 4KHWA 5SWMA 3KLFA 4H4OA 4GV3A 3MXMA 4KHNA 3QINA 1ZYQA 1Y64A 2E88A 3A8YA 4LF8K 2NZTA 4AHUA 3CQYA 1HPMA 1ZXOA 2ZM6K 3PY8A 3OHRA 3QFPA 3LDQA 1WSGA 1NWKA 3C94A 5C15A 3SAGA 2O8DB 4F3TA 4FJJA 4CJSA 1VSMA 2ZJRL 2FF6A 3FZLA 1VSKA 5CY4A 3WEEA 3TANA 4H5VA 4HTUA 2HOEA 3BGRA 3WNEA 5FPDA 5AQVA 2HHSA 3TAGA 4O4GA 2UYTA 4ZTFA 3VTIA 3MXIA 3LZJA 2ITGA 3D6RA 4CF2A 1U49A 2FSKA 5KRSA 5F2RA 4DSIA 4ISEA 1BO5O 4E3SA 1SL1A 1CXUA 4FWNA 4FK2A 2Q2RA 4IOXA 3LL3A 4RWTA 2WUSA 5I9EB 1VK0A 2YHWA 3NF7A 1QE1A 2ASOA 3T1HK 3KZBA 1RGIA 1MWKA 4RW9A 4B1VA 3ZSOA 1Y97A 2GWJA 1YXQA 1NKEA 3VQDA 1C0MA 3ID6A 1L3UA 1OH6A 2VYPA 1U2VB 3LP0A 3J81O 2QXLA 2CGKA 2RN2A 3KLHA 3CCEN 1ZBIA 1WN7A 4O0IA 4GW6A 1W9HA 3SQ0A 4K43A 3LWLA 2V52B 1XHXA 4FPAA 2HNYA 5C2DA 2E4LA 3L8BA 1KLNA 2YJFA 3C6TA 3DXMA 4DV6K 2E2PA 4N76A 3OYDA 3K9JA 3DXKB 3H46O 2QWLA 4IFEA 5AQGA 2DY4A 4DV4K 3SZ2A 1DT9A 1TKDA 3QIPA 4KTZA 3SLCA 5JS2A 4DR1K 4CK1A 1YITN 2FC0A 2FBVA 2W6LA 4CFCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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