1K8KB

Crystal structure of arp2/3 complex
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
190
structure length
190
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
publication title Crystal Structure of Arp2/3 Complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 51
structure length 190
sequence length 190
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1k8kB02
3J8AA 1JCEA 2UYTA 2ZF5O 1H1VA 3CHWA 5BREA 2CGJA 3ZX2A 2V7ZA 5KPRA 2HF4A 4H0TB 5KQ8A 3ENHA 1KAYA 3WT0A 5JMVA 5AQQA 1NGGA 4A62A 2IVNA 3LDPA 4BRMA 2DPNA 2HOEA 2GEMA 3IMXA 4CZGA 3FZFA 4GY2B 1X3NA 3FZKA 3BEXA 3LM2A 4EHUA 2VWBA 3M1FA 1BOTO 2NRHA 2I7NA 3JXUA 3MN6A 2FSKA 1TYQA 2H3GX 3QBXA 4IZ9A 4B1XB 3WEEB 3I8BA 3VGLA 3CETA 3UE5A 3EL2A 4CZEA 2QWNA 3SK3A 2AP1A 4BR4A 2F9TA 3FE1A 4CD1A 2V51B 5AQZA 5AQHA 1GLLO 4CZFA 1NGFA 3H3OB 3IDHA 4FPBA 1KAXA 4FWPA 3EKUA 4WQ4C 4FWOA 2A3ZA 1EQYA 3F9MA 3QDKA 3MK6A 3HSCA 5AQXA 3O5BA 4GNIA 4BRPA 2IIRA 4K41A 3VF4A 4DCHA 1SZ2A 3VF6A 3ATUA 1K8KA 4FOIA 4CI6A 1BA0A 1GLBG 5AR0A 3SMSA 2E88A 1CZAN 3M3ZA 2EWSA 4IWVA 3L4IA 3ZX0A 1GLEG 2FXUA 4YDUC 4RTFD 4BVPA 3R6MA 5ELZA 3SMPA 3GE1A 4CZMA 2Q1NA 4BR9A 4EAHD 5ADXH 1JCFA 4FWKA 3BP8A 4K43A 4CBUA 3IUCA 1MWKA 2PBDA 5JICA 1ZXOA 1HPMA 2NLXA 4FWSA 5AQLA 2J4RA 5BPMA 4B9QA 1C0FA 2CGKA 3TPQA 2NZTA 3FLCO 3LDOA 2P9PB 5AQOA 4HWIA 1BDGA 4O8KA 1X3MA 2AA4A 3MMVA 2VCPA 2E1ZA 2FSNA 3U9DA 2ASMA 1BWFO 2P9IA 4JHDA 1R59O 2Q36A 2P9NA 2A41A 4ISGA 1WOQA 1RGIA 3MN7A 5AQJA 3ATVA 2ZGZA 1IJJA 1X9JA 4IO8A 1WUAA 3D2EB 3W3DA 1IG8A 5AQWA 3ZEUB 3WUHA 4H03B 4JD2B 4KBOA 2YJEA 5BRFA 2IVPA 2QM1A 3QB0A 3GOIA 3C0BA 5CE3A 3HI0A 3FFKB 2E1YA 2P9UA 4JHDB 4IJAA 4M7YA 4EFHA 4B1ZA 5F1XA 3EKSA 5AZJB 5AFUA 2OANA 3SJHA 4H0XB 4BC5A 3VEOA 2WUSA 3O08A 4BC2A 5EXWA 3O4WA 3O80A 3WXJA 5F2RA 1DGKN 1P8ZA 1NGIA 3ZETA 1DKGD 3ULEA 3C7NA 3BF1A 4FWNA 4EIAA 4CJ7A 3P4IA 2QWPA 4F9OA 2E2NA 1C0GA 1TUYA 3UB5A 3VEZA 4MO4A 4O5FA 1QQMA 2P9LA 1YUWA 3A5MC 1GLFO 1BUPA 1QZ6A 4NO7A 4A2BA 4A61A 5E84A 3DXKA 4I6MA 3TU5A 3VEVA 2E20A 5BN8A 4CZHA 4K42A 3D7EO 4CBWA 3CI5A 2D4WA 2QWOA 5TKYA 3VETA 3DXMA 3GL1A 4BGAA 4H0VB 4K25A 5AQFA 5AQSA 1GLJO 4FWQA 3AAPA 3EN9A 3ULEB 5LJWA 3CJ9A 4BRKA 5AQVA 3H46O 3QICA 4B1UB 2YHYA 2YHWA 3IFRA 3EO3A 5AQUA 1D4XA 4C23A 1E4FT 1NWKA 3LM9A 2ZWHA 3A5NC 2P9LB 2GUPA 3DWLA 1SQKA 2GWJA 3LDLA 4BR0A 2QWQA 4M63C 3VGMA 1KAZA 4BVOA 1KXPA 1BG3A 4H5VA 1TYQB 4IXCA 4AM6A 2YI1A 5AQGA 3ID8A 4BR7A 5AQTA 3HZ6A 4WQ5C 5LJVA 4FSVA 3RSEA 4JAXA 3VGKA 5EX5A 5JLHA 4QS9A 4DHYA 2D0PA 4H0YB 2P9SA 4HTLA 4BR5A 4WQ4A 4BQLA 4BRNA 1QZ5A 5AQMA 3GDQA 5FPDA 3GBTA 4PL8A 5E26A 1BA1A 4FL9A 4CZKA 2KHOA 3W0LA 3AARA 3HM8A 4WQ5A 3UKRA 3HTVA 1J6ZA 3FZMA 5ADXA 3BF3A 1K8KB 2Q0RA 2QW9A 4Y0WA 2HMPA 2V52B 3A5LC 1NGEA 4YDUA 4BR2A 5F0XA 5I9EB 3L0QA 3CJBA 2E8AA 2D0OA 3VEWA 2F9WA 1U2VA 3BUZB 4FO0A 1Y64A 1RFQA 3CQYA 2P9SB 2QWMA 3O1WA 4CZIA 3MDQA 4DQ8A 2GTDA 2ITMA 3S41A 3VPZA 1XQSC 2Q0UA 2IVOA 4QS8A 3LDQA 5AZIA 4DB3A 2ASPA 2CGLA 4H5TA 4PKHA 4FPAA 5BPLA 1T6DA 4BRHA 2Q31A 3UKRB 3OHRA 1NGBA 1XC3A 2QWLA 1YXQA 4WYBA 3D2FA 4CZJA 3WXKA 1MA9B 4B1YB 4BG8A 3VERA 2P9KA 2FF6A 3VESA 4MO5A 3WQUA 2GWKA 5FPMA 5KQDA 2BTFA 3I33A 3MCPA 4FOEA 1NM1A 4BRLA 3VEYA 1HKGA 2P9IB 3H1VX 4PKGA 3AY9A 4H5WA 4CZLA 1NGAA 3WXLA 4PL7A 2P9NB 1T44A 4BRFA 4BRCA 1U6ZA 1LOTB 2HF3A 2VYPA 3CJ7A 4MLHA 1YVNA 4QS7A 2E2OA 5EY4A 5AQKA 1TUUA 2D1KA 2FSJA 3KZBA 1S3XA 4XEIA 3WQTA 1QQOA 4IJNA 3QFUA 3A5OC 5BPNA 4MLEA 4BROA 3WEEA 1BO5O 2P9UB 4NB4A 3H6EA 4H5NA 1HKCA 4FWRA 1V4TA 3U8XA 4BGBA 4H5RA 2GELA 3CQXA 3HBTA 3VEXA 2Q2RA 1HJOA 4BQZA 1OKJA 3ZETB 4B1VA 3UKUA 3C7NB 4BRGA 5B8HA 5JLFA 4M7XA 1LCUA 3O1BA 4RWTA 4A2AA 2A5XA 2ZGYA 3LL3A 4AM7A 3CJAA 2CH5A 1GLDG 2W41A 1NLVA 5FPEA 2W40A 3DXKB 4L3QA 4I6MB 1QQNA 2QWRA 3CJCA 3QBWA 3KHYA 4RCHA 5KPZA 1NBWA 1HKBA 2QXLA 1SAZA 1Z6RA 3DXMB 5AQPA 1GLCG 5FPNA 3ZX3A 3MN5A 1G99A 2I7PA 3R8EA 3QFPA 4BRQA 3UKUB 4H0PA 1XUPO 3GG4A 2A6AA 4BRIA 4BRAA 5AQIA 1Q18A 2A40A 4BREA 3VENA 3FZLA 1ATSA 3VOVA 3AAQA 3CIPA 2E2QA 4Z94A 3SLCA 2A42A 5AQYA 3FR0A 3EZWA 4J8FA 2BUPA 4E1JA 2PAVA 2V7YA 2P9PA 1RDWX 3LDNA 1NGCA 3FZHA 3RSEB 1GLAG 3KVGA 3O6WA 1ESVA 1NGJA 2E2PA 4H0OA 3WXIA 3JS6A 5BRDA 4BC3A 4B1WB 4XH4A 3DJCA 1QHAA 4XH5A 5BRHA 2YHXA 1Z05A 1ZBSA 3A8YA 2Q97A 3U9ZA 1NMDA 2CH6A 4BG9A 4FWMA 3DAWA 5AQNA 3D2EA 1DEJA 4CD3A 1HUXA 5KPTA 2FLOA 3B8AX 3M6GA 1MDUB 2YCHA 2YJFA 3CERA 5EOYA 3ZEUA 1NGHA 3L6QA 4JD2A 3U4LA 3R9PA 1ATNA 3H3NO 4PKIA 3CJ1A 3ENOA 4BC4A 1NGDA 1U2VB 5AZJA 4LC9B 2ASOA 4JNEA 1HLUA 5EVZA 1HX1A 3H45C 3O8MA 4EHTA 1ATRA 4FWLA 5AQRA 1V4SA 3MN9A 4ISEA 5AZIB 4CBXA 2FF3B 5AFUH 1MWMA 3D2FB 4ISFA 1BU6O 1S22A 1T6CA 4XH1A 1JCGA 3FGUA 2P9KB 3VF2A 3G25A 5LY3A 3QMLA 4BRDA 1ZC6A 4JN4A 1E4GT 3A0IX 1YAGA 3H1QA 5BN9A 5BR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HVHA 1NK8A 2UYTA 2ZF5O 2QKKA 5FDLA 4YNQA 5KPRA 3HJFA 2HF4A 5KQ8A 1N34K 4CK1A 3L8BA 1XMOK 5AQQA 1NGGA 4BRMA 2DPNA 2HOEA 4OPKA 2AJQA 1WAFA 3IMXA 4CZGA 2PZSA 4GY2B 3LM2A 3BEXA 3O9QA 4Q0BA 2NRHA 2OYQA 4NYNA 4WE1A 3FFIA 4O55A 4DQIA 3DOLA 2G8IA 2QWNA 1VK0A 4BR4A 2F9TA 4CEOA 3O3HA 3G6EN 4CCHA 1GLLO 3SNNA 4DTOA 3EKUA 2VG5A 3SV3A 3MK6A 1LWFA 1FKPA 4I9LA 4X62K 1OVYA 4JRPA 1BA0A 5AR0A 3AVAA 4BE7B 3AO1A 3ZX0A 4CJTA 4OX9K 4CJ4A 1Y97A 3V1OA 5GIOA 1S72N 3LAMA 4AHSA 4F8RA 2HVIA 1BISA 4M3YA 2NRVA 4NCGA 2I5JA 1Q9YA 5AQLA 1P90A 4KH6A 4N47A 4BWMA 4LF6K 2J4RA 3ITHA 5CYMA 1MU2A 4A59A 1ZBFA 1HNXK 2NRTA 2CGKA 3G10A 4FJXA 3ZSYA 2NZTA 2O8BB 1LWCA 2YKMA 3AO2A 3THYA 2O8FA 3C6AA 4O8KA 4L8RB 2O4IA 4JHDA 3RRGA 1DTTA 1R59O 2Q36A 2WOMA 1U47A 5D3GA 5CZ1A 4ISGA 1WOQA 2HBLA 1VQON 5AQJA 3DLKA 1N6QA 1IJJA 2W42A 1HYVA 3TABA 4JD2B 5BRFA 3CC7N 4W5TA 2IVPA 2ZE2A 2E1YA 4JHDB 4KHNA 4JKFA 2WFBA 5AFUA 2OANA 1NKBA 3MCAB 3OS0A 1DT9A 1WAJA 1RBSA 4WFNL 3O80A 4X64K 2BGGA 1NGIA 2GX9A 1NJYA 4GV3A 1ASUA 2FBXA 1HR0K 4RW6A 4BE1A 4B9NA 3BF1A 4AQYK 2QWPA 3UB5A 5HRRA 1S9GA 1SUQA 3THXB 1BUPA 1YJWN 4A61A 5E84A 4AHTA 4CGDA 3KLGA 1RDBA 4DQQA 3CF5L 3ZT2A 2D4WA 4CJ3A 5DK5A 3GL1A 1QQCA 4K25A 4K8ZA 1JJ2M 3AAPA 1REVA 3EN9A 3H46O 4B1UB 2Y1IA 3EO3A 5AQUA 1D5AA 4BEBA 4C23A 1E4FT 2ZWHA 4CJWA 1NJWA 2X78A 4IFYA 3LDLA 3T3FA 3VGMA 3OYBA 3PSIA 4BVOA 5JS1A 1KXPA 3NH2A 1TYQB 4LF4K 2IOCA 1EXQA 1ZBLA 4DSEA 4LF9K 4ID1A 1YI2N 1IBMK 4FK4A 3IS9A 4H0YB 1SL0A 4WQ4A 3O3GA 1D9DA 3DLHA 1HNVA 3SUQA 1A5XA 1GOCA 2E4LA 3ZSQA 4DV3K 3DRPA 5IWAK 4KHSA 4OKEA 2ZQBA 4WQ5A 4LY7A 4OPAA 3UKRA 1WSEA 3FZMA 5ADXA 1TL1A 4FJHA 2HMPA 3SI6A 3KK3A 3L0QA 4AHUA 1KD1O 1Z26A 4KAZA 2RPIA 4DFMA 4KTZA 3DI6A 4CZIA 5J2NA 3MDQA 3VTIA 2GTDA 3C6UA 1XQSC 1S1XA 1ILYA 4G9ZA 4YFUA 1WBDA 4DB3A 4LH4A 2CGLA 4FPAA 5BPLA 3S5TA 3VQEA 3SJJA 3UKRB 1QHTA 3OHRA 1NGBA 3CCUN 1XWLA 1Q7YO 4B1YB 1SKSA 5HROA 3SQ4A 1IKYA 3VERA 3KD5E 3VESA 4FJGA 1OH6A 1NK4A 3O9SA 1BCOA 1EP4A 1WSGA 3A2FA 5KQDA 2BTFA 3I33A 3MCPA 1NM1A 3AVHA 4BRLA 1HKGA 3SCXA 3NMUA 3H1VX 1HRHA 2NUBA 4PKGA 5JENA 2G8HA 2P9NB 2NNWA 2JWLA 4YOTA 4BRCA 3AV9A 2HF3A 4FJ8A 4JV5K 4MLHA 4QS7A 2E2OA 1NJZA 2G8VA 5AQKA 3DLRA 4JI4K 4FLZA 1I94K 1TUUA 2D1KA 4DR2K 3RMCA 1S3XA 3T1AA 4HHTA 3I0SA 4IJNA 4A5AA 4CIFA 4BROA 3WNGA 3WEEA 3SAFA 1L3UA 4I2PA 4YOUA 5M1OA 1HKCA 4E89A 2Z1JA 4BGBA 4FLYA 5I3UA 1IKVA 2UUCK 5HRSA 3KK2A 1OKJA 3ZETB 2VGNA 2O8CA 3BZCA 3ZT0A 2B5JA 5B8HA 3C94A 3O1BA 4C8LA 4FYDA 4FJNA 2BDPA 4CGIA 3LL3A 2RF2A 1I3AA 4DV6K 1VQMN 4C1NI 3LP0A 4Y1CA 1VSMA 3DXKB 1U49A 2HNDA 4I6MB 3QBWA 4RCHA 5KPZA 3JYTA 1HKBA 2QXLA 1SAZA 2F4VK 3DXMB 5AQPA 4GKJK 3ZX3A 4DQRA 1NK5A 2O8CB 4IFEA 2I7PA 4BRQA 3QFPA 4H0PA 1XUPO 5C42A 3P83D 4BRAA 1QVGM 3KLHA 1JKHA 5AQIA 4E3SA 1Q18A 4BREA 4CFAA 1RBRA 4DU3A 3SLCA 5AQYA 2HMIA 4E1JA 1DLOA 2PAVA 1RDWX 3LDNA 3VQ9A 3P38A 1GOAA 4JKGA 3KVGA 4IDKA 1ESVA 3LP2A 3V1QA 3WXIA 5CZ2A 3JS6A 5BRDA 4BC3A 5HP1A 2FBVA 2E6MA 4M3ZA 3NGIA 4ZHRA 5BRHA 1RDUA 1Z05A 3LALA 3THVA 5AQNA 3AA5X 4YY3K 4RW7A 3QLHA 3D2EA 4Z4CA 3V9WA 4HUEA 3NVMA 1QTMA 3ZEUA 1JL2A 3VQAA 3KLIA 4F3OA 4YORA 3HVTA 1SL1A 3P31A 1T03A 4JNEA 1QSLA 1WN7A 5EVZA 1QVFM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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