4B8AB

Structure of yeast not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
278
structure length
252
Chain Sequence
MFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae s288c
molecule tags Transcription/hydrolase
total genus 81
structure length 252
sequence length 278
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8aB00
4M3ZA 3LZIA 3SPYA 1X9WA 4LH4A 1YTUA 2BGGA 3LPUA 1WSJA 2IDOA 1ZBLA 2QKKA 4KI6A 3RMDA 4FLTA 3AA5X 4CF1A 3K58A 2G8WA 1SKRA 3MECA 4F8RA 2FBYA 2WOMA 1Y97A 4C8NA 1WNSA 4KI4A 3NAEA 1CLQA 1L3UA 4H4OA 1WLJA 1S1XA 4FLXA 4FJKA 4BDZA 3OYLA 1DLOA 2HVHA 4FJGA 1R0AA 3L8BA 3CG7A 1WSHA 4NYFA 1NK7A 4ELVA 1C1CA 3JSMA 2KTQA 3OYJA 4O0IA 2OYQA 3OJSA 4CJVA 3OYAA 1HYVA 5SZTA 2BDPA 3LALA 3QESA 2HNYA 4HCBA 2E6MA 5FROA 3V6DA 1RTHA 3L2QA 4F2RA 3TAQA 1C1AA 4CF2A 3PX4A 3THVA 4DQPA 2HHWA 2G8UA 2G8KA 3F73A 3HL8A 4CEDA 4IDKA 1JLCA 3HSTB 3T19A 3AVJA 1D9DA 1VSMA 4G1QA 3PX6A 4DTNA 3AVNA 3KLIA 5E41A 1KTQA 2OPPA 2WONA 4AHVA 3WNFA 3V9SA 3SQ1A 4KB0A 2AJQA 1EETA 4DMNA 4M3UA 3C6TA 4Q0BA 3NH1A 2IS3A 1ZBUA 3LDSA 3AVAA 4ID5A 3M8RA 3TAFA 3NF7A 3K2PA 4Z4GA 3HM9A 4FLZA 4CHQA 1TKTA 4W5TA 2G8HA 4KKOA 3QETA 3OVNA 4M45A 4E1NA 2OPQA 3OS1A 5DMRA 1JLBA 4GMJB 3OS0A 4DTXA 3L3UA 3QEXA 1RTDA 4F2SA 4I9LA 3ZSZA 5HRPA 3CM5A 2HVIA 4O44A 3ZSVA 4F4KA 3NH2A 3NHGA 2O4IA 3IRXA 2D5RA 3SI6A 3KIOA 2YKMA 1FK9A 3O4QA 2G8VA 3NF9A 4CJTA 1LW0A 3LPTA 1HQUA 1KVAA 3P5JA 5C42A 3O3GA 3SUNA 1T03A 3RWUA 4E7KA 4O55A 3AO2A 4BWJA 4AHUA 3U3GA 3K5NA 4B9VA 1O1WA 1VSJA 1C6VA 4OJRA 4DLGA 3AO1A 3T1AA 1CZBA 4FCYA 4FLVA 3VQAA 4ZTFA 1SKWA 4HUEA 4B9UA 2QK9A 3D45A 3DI6A 3OYIA 4DG1A 4W5RA 1ASWA 4RW6A 4HHTA 4ELTA 3AA4A 3AVGA 4M3RA 4I2QA 3V9WA 1L3TA 3NBPA 4OGCA 2YV0X 3ZT1A 1IKXA 4Y1CA 1NJXA 4CIFA 3SQ2A 5J2PA 3LWLA 3HPHA 3QINA 3ZCMA 2PZSA 2RPIA 1U47A 4I7FA 3LP3A 2FC0A 3OYBA 4HUFA 4E7IA 2P5OA 2YNGA 3NCIA 2RF2A 2GV9A 4E1MA 4E0DA 1IKYA 1TAQA 4Q5VA 1TK5A 4CJQA 3HO1A 3KKRA 1RCHA 3AA3A 4OPKA 4FW2A 1BIZA 1J9AA 1S1WA 1NOYA 2HHXA 2OA8A 4DTJA 2XRIA 4MFBA 2FBXA 3I0SA 3HPOA 3IG1A 4DTRA 1J54A 3VQDA 5HRRA 4CFDA 1VSEA 3NGIA 2ZD1A 4KB1A 2YNIA 1IKVA 1B92A 3DLHA 5CYMA 4M3TA 2E4LA 4DTPA 4LH5A 3DMJA 1D5AA 5DK5A 3RTVA 3HJFA 3VQ6A 4PWDA 4OLAA 4OPJA 1GOAA 3TARA 4FXDA 4DS5A 1X9MA 3DRSA 3ZSWA 3ZT3A 3PX0A 2EX3A 3EZ5A 1L3VA 1ZBFA 3NFAA 2YNFA 4LY7A 3S3OA 4CJWA 1TK8A 1BI4B 1GOBA 3VQEA 4B9NA 4C8MA 3QEWA 4W5QA 3G10A 4IG0A 4R5PA 4FLUA 4CJKA 2JGUA 3TAEA 1KLMA 3TI0A 3SUPA 3M8QA 4FJ9A 3H08A 4GW6A 5FRNA 4AHSA 4B9MA 1UWBA 4CJUA 3T3FA 2Z1GA 4QOZB 4CJLA 1HYSA 2DTUA 3RRGA 4M3YA 4I9QA 1IG9A 3HPGA 1KVBA 1TGOA 4AHRA 2KZZA 3AO3A 2VG7A 1RT7A 1KRPA 1S5JA 3RMCA 2XY8A 4OKKA 1BGXT 1DTTA 1RBUA 1NK0A 1EKEA 4B08A 3KLFA 1ZBHA 1IKWA 4OLBA 5CZ1A 3EYZA 2A1RA 1XC9A 1HNIA 4ICLA 2DY4A 3O3FA 1ZYQA 3KD1E 4FJHA 1KVCA 3VQCA 3KD5E 1U45A 4CJPA 1C0MA 3NDKA 2G8IA 3AVKA 3LANA 1BCMA 4JS4A 5CY4A 4PA1A 1WSEA 1JKHA 2D0CA 3VQPA 3OYCA 3DOLA 1JLQA 5JS2A 3CFPA 4KTQA 3V4IA 5HRSA 2B5JA 3A2FA 1QQCA 3ZSXA 3MEGA 4LSNA 3IS9A 1TAUA 4KRFA 4E89A 3NH0A 3L2WA 1L5UA 2BANA 4CERA 4XIUA 2HHTA 1VSHA 1SL1A 1QSLA 3MAQA 1FXXA 4KAZA 1YT3A 3NGZA 3D0PA 1JXBA 3ZSOA 2F96A 4DS4A 1BHLA 4CJ5A 2PYLA 2XHBA 3K5LA 1NJZA 3FFIA 4LD0A 4E7LA 4Z4EA 1C0UA 1X1PA 3AVBA 3P1GA 1S6QA 4FW1A 3QO9A 4IFVA 4ZHRA 4DWIA 4FJNA 4B3OA 4BWMA 1VSIA 4DTMA 3AVLA 3KK3A 5KGXA 4CHOA 4JRPA 4I2PA 2QXFA 1U48A 2QKBA 3PV8A 2DFEA 3MXJA 4RW8A 3K5MA 2HHUA 3MEDA 3DLGA 3EY1A 4DFPA 1NK8A 4CECA 2Y1JA 2Y1IA 2KFNA 1UAXA 3VA3A 3VQ8A 4DSFA 4ELUA 2HHQA 5T7BA 1L3SA 5EU7A 2BE2A 5KRSA 4K8XA 4W5NA 3VQQA 4H8KA 4FJ8A 4KV8A 1RTJA 3F9KA 1TKXA 3KJVA 3DLRA 4OGEA 2ETJA 3KTQA 3V9UA 1Z26A 1WSGA 2RKIA 4NCBA 1VRUA 2YNHA 4CFAA 3DRRA 3OYNA 4PQUA 4CEBA 3L3VA 3ZSRA 4Z4HA 3OYKA 4FJ7A 3M8PA 3QEVA 3SZ2A 1Q9XA 3LP0A 2OPSA 3MEEA 4CK2A 1JLGA 2I5JA 4B9TA 2KW4A 1NOZA 3LZJA 4FK2A 1NJWA 4DFKA 4FLYA 1WN7A 3C94A 4KHYA 4CJRA 1DTQA 3OYDA 3OYEA 1RBRA 4KFBA 4DU3A 3CFOA 3I8DA 1VRTA 2YHBA 1NK4A 4FJLA 1WSIA 1VSDA 3RR8A 3ITHA 1RT4A 3AA2A 1RNHA 3C6UA 4CHYA 4N76A 5J2NA 3TABA 4Y1DA 1D8YA 4MQ3A 3ZT0A 3CM6A 2G8FA 3O3HA 4DQSA 4PUOA 3SQ4A 2XY5A 2Z1IA 2XO7A 1TKDA 4C8KA 4KHNA 3QEIA 4GVMA 1RDCA 3ZT4A 4DU1A 1BCOA 2B6AA 3O4NA 5C24A 2P51A 4AILC 4LSLA 4WE1A 2P5GA 1WAJA 4M42A 5JS1A 4DF4A 4DSKA 1RILA 1RBSA 5KRTA 3SUQA 1TL3A 4CF0A 4FJIA 4IFYA 3HT3A 1CZ9A 4CK3A 3QNOA 1HMVA 1S1VA 5CZ2A 4FYDA 3G0ZA 4CF9A 3M8SA 3RMAA 2NUBA 2ATQA 1NK5A 1N5YA 1VK0A 4CHZA 3AVIA 1ZBIA 2DFHA 1LWFA 1TVRA 4B8AB 1S1UA 4CGJA 4BE0A 4J2AA 1Q8IA 5HRNA 1LWCA 3V1QA 3QERA 1W9HA 4RW9A 4UQGA 4BE2A 4DTUA 4CEOA 4Z0UA 3DLKA 5C25A 3OJUA 1CXUA 2A1SA 2VG6A 4CJEA 3PO5A 1RDBA 3AVCA 3ISNC 3P83D 4H4MA 4FZXC 1W0HA 3NGYA 2XY6A 4DSIA 4Z4IA 1XHXA 3TAGA 5HP1A 3TAMA 1Q9YA 4CJ4A 1BQNA 4ZTJA 4AH9A 1RT2A 4BE1A 4OVLA 3ULDA 2XY7A 2ZE2A 1G15A 4B9SA 4CFCA 1LAVA 3V9XA 3KLEA 2VWJA 5HLFA 4CE9A 1QHTA 2X6NA 3L2RA 4CHPA 4J2EA 1EP4A 1TV6A 3AV9A 4Z4CA 4DLEA 3HVRA 4KHUA 4E3SA 2B4JA 4HVJA 3VQ9A 4CCHA 1T8EA 2D0BA 4KO0A 3U3YA 4FJMA 4KHSA 5J1EA 3DLEA 2PYJA 4CGHA 3DRPA 1LV5A 4KTWA 5KI6A 1YVUA 2Q3SA 2RN2A 4DQIA 3ASMA 3LP1A 3OYFA 3UIQA 3PO4A 1BIUA 1SL2A 3QIPA 3S9HA 2HW3A 3OY9A 3U6FA 1TKZA 3V1OA 1KLNA 1FKOA 4OKJA 3AVHA 3LAMA 3SJJA 1A5VA 2FBVA 3WNEA 4JS5A 4B9LA 1A5WA 2EHGA 2ITGA 1MU2A 1ITGA 4RW7A 4HUGA 1RBVA 5FDLA 4QCLA 1B9FA 2Z1JA 2E6LA 3SV3A 1NKBA 4Z4FA 1RT1A 1WSFA 1XI1A 2F8TA 1YTAA 1B9DA 1REVA 1RT6A 4BDPA 2OZSA 4J2BA 1RBTA 3HVTA 3LP2A 4EZ9A 1J53A 4FLWA 2HHVA 3AVMA 1U4BA 1T05A 2KQ2A 4FJJA 4CEQA 4AHCA 1BISA 3SV4A 2KFZA 4KHWA 1UA1A 1KCFA 1S9GA 5I42A 4J2DA 3V81A 1TL1A 4IG3A 3VA0A 4YFUA 4IKFA 1C1BA 2X6SA 2Z1HA 1HPZA 4EP4A 3LWMA 2R7YA 5HROA 1QTMA 4FZYA 2D0AA 4EZ6A 1RDAA 3IAYA 4JRQA 4M3WA 4FJ5A 4M3XA 3QNNA 2IOCA 3TANA 4KHQA 2HHSA 5KGWA 1RDDA 3QIOA 1EX4A 4KTZA 1NJYA 1NKCA 2HMIA 2OZMA 3HP9A 3CQ8A 3C95A 4OKEA 2X78A 4CEEA 3TR8A 3JYTA 3HP6A 3OYHA 2W42A 3L2VA 3I0RA 4CJSA 4N56A 3MXMA 4FZZA 1JL2A 1U04A 3KLHA 1SL0A 3SYZA 4FVMA 2IGIA 3WNGA 4B8CA 3OS2A 1RTIA 4DSEA 1T7PA 2LSNA 1JXEA 1XHZA 2YHAA 3ZT2A 4E19A 2HB5A 4DTSA 2DFFA 3S3NA 2YKNA 1I3AA 3KK1A 3SNNA 2VG5A 1RT3A 2IAJA 4YNQA 1FKPA 4DFMA 1SV5A 4CGGA 4CHNA 1S6PA 3HYFA 1LWEA 3VN5A 3DLBA 1ASVA 4K8ZA 3KK2A 4M41A 1UA0A 3AO4A 3VQBA 3WNHA 1KSPA 3TAPA 2VWKA 5KTQA 3RR7A 3OYMA 4FM1A 5HBMA 3L2UA 1HJRA 1HNVA 1JL1A 5SWMA 4L8RB 3RMBA 3E01A 3QEPA 3QLHA 3HK2A 3NF8A 3S3MA 1SUQA 4PY5A 3AVFA 1SKSA 1QE1A 3KKSA 4JLHA 4NCGA 5K14A 3CFRA 3V9ZA 2PY5A 1HYZA 4ID1A 4E7JA 4HCCA 4CGDA 2F8SA 1ASUA 1BQMA 4DQQA 1C0TA 4QAGA 4C8LA 3DYAA 1N6QA 3DM2A 4CJ3A 4W5OA 3B6OA 4FK0A 4BDYA 1EXQA 2P1JA 4DSLA 1S9EA 1JLAA 4F3TA 3ZSQA 3RRHA 1IH7A 1GOCA 5I3UA 3SPZA 4BACA 3VQ7A 4O5BA 1BI4A 4IBNA 4O0JA 3LAKA 1F21A 5J2QA 3ALYA 4CJFA 3BGRA 1X9SA 1NK6A 4KPYA 1A5XA 1K6YA 3PUFA 1HQEA 1WAFA 4CEAA 1NK9A 4DFJA 4TSXA 1VSLA 1KFDA 4DSJA 4CGFA 1CXQA 2GUIA 4RG8A 1TK0A 1Z25A 1VSFA 3B6PA 3VQ4A 3V1RA 3BDPA 1BL3A 3AO5A 4FK4A 1RT5A 1KFSA 1QS4A 4CGIA 1LAWA 3HXMA 5J2MA 4FJXA 3K5OA 4CF8A 1NKEA 2IC3A 4CEZA 2HNDA 4EP5A 1QSSA 1I39A 1IO2A 3K59A 1S1TA 3MXIA 5D3GA 4O4GA 4CEFA 4E7HA 3SUOA 3KLGA 3CYMA 2O4GA 4CESA 4CIEA 4RW4A 1XWLA 3K57A 4CK1A 1HRHA 4F3OA 4NCAA 1UOCA 2FBTA 3DOKA 4N5SA 1JLFA 4NYNA 3ZSYA 1QSYA 4N47A 2JLEA 4FM2A 3PY8A 4C8OA 4DF8A 1J5OA 4DTOA 4CIGA 3NF6A 3OYGA 5FRMA 4CFBA 1U49A 1D9FA 1VSKA 3SCXA 2KZMA 1LW2A 4DU4A 1JLEA 2X74A 2HNZA 4KREA 4AHTA 3SQ0A 4N41A 4HTUA 4DQRA 5CYQA 4FM0A 3VQ5A 3TWHA 3NE6A 2OPRA 2GBZA 2ZQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BGGA 1X9WA 4LH4A 1IJJA 3LPUA 1WSJA 2IDOA 4KI6A 1BG3A 3W3DA 4CF1A 1DGKN 4B1YB 2WOMA 4C8NA 1XMOK 4JI0K 4KI4A 3NAEA 3D6RA 1S1XA 3OBWA 4IXCA 2HVHA 1E4FT 1WSHA 5AQLA 4ELVA 2Q2RA 4LF5K 3JSMA 4O0IA 5MLCQ 4H0TB 4CJVA 3EE9A 3VEYA 2E6MA 3V6DA 4CBWA 1RTHA 4JK9A 1XQSC 3O4WA 2G8UA 1VHXA 3H46O 5EVZA 5C12A 3PX6A 4G1QA 3AVNA 4GVEA 2WONA 5GIPA 2WTUA 1EETA 4M3UA 3C6TA 4BGBA 3NH1A 3LDSA 1ZBUA 2QEXN 2PBDA 3K2PA 4GKJK 4CW7B 1TKTA 4BVPA 3EKSA 3ENBA 1VQ4N 1RTDA 3ZSZA 3CM5A 2QI2A 3NHGA 2D5RA 3ENOA 5AQOA 3CETA 2G8VA 3NF9A 3VEOA 2OANA 3O3GA 2NNWA 3HSCA 4E7KA 1U2VB 3E9OA 4BWJA 3VGKA 4FLVA 2W6LA 4UY8O 4JKBA 3OYIA 4I6MB 3V9WA 4OGCA 3ZT1A 1IKXA 3MN6A 3THWB 3VF2A 3HPHA 2BH1A 3QINA 3ATVA 1U47A 3LP3A 3OYBA 4HUFA 4HTLA 3RVCA 4CJQA 1RCHA 4FW2A 4XH1A 2AP1A 1J54A 4JKCA 4KB1A 2P9SB 3U4LA 2E4LA 1ATSA 1EWRA 4LH5A 3PLAA 4OLAA 4FXDA 1X9MA 3ZSWA 3ZT3A 1L3VA 1I94K 4AM6A 4C8MA 1H1VA 3TI0A 3SUPA 3H08A 3CCEN 4CJUA 2FF3B 4CJLA 2CH5A 1HYSA 3VTIA 3HPGA 2KZZA 4AHRA 3AO3A 4A62A 1S5JA 3RMCA 1IBMK 2ITMA 3L6QA 4B08A 3KLFA 3DLLL 3EYZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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