4B8AB

Structure of yeast not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
278
structure length
252
Chain Sequence
MFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription/hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae s288c
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
total genus 81
structure length 252
sequence length 278
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8aB00
2YNFA 2OPRA 3RMDA 4FZZA 3OYLA 2OPPA 2VG6A 3UIQA 1TAQA 3O4QA 4KHWA 1KVBA 3O3HA 4NCAA 1CZ9A 3G10A 3JSMA 1HQUA 3HJFA 4W5RA 1LW2A 2EHGA 3I0RA 3T3FA 1T03A 1S6PA 4Y1CA 3QLHA 3L2UA 4FLTA 4CJ4A 4DMNA 2OPQA 4FLYA 1BISA 4F8RA 1J53A 3ZSQA 5SZTA 1BL3A 3DI6A 3BDPA 3OVNA 1WN7A 3L8BA 1I3AA 4O5BA 2P5GA 1YTAA 1NK0A 4CK1A 3LWLA 2W42A 3K59A 4CEQA 1JLQA 4HUEA 1HYSA 4DTXA 3VQQA 3KK2A 1NOYA 2GUIA 5HP1A 4MQ3A 4OKKA 3OYJA 4DTJA 3SQ4A 4I7FA 3SQ0A 2O4IA 4CJLA 3NGYA 1ZBIA 1RNHA 1RTDA 4KHYA 1Q9XA 2YNGA 1U4BA 1RDBA 4CHNA 3JYTA 4CGHA 2P1JA 4B9SA 3ZSOA 1SL2A 1Z26A 1SKSA 4B9NA 1D9DA 4CJEA 5HROA 1JXEA 3TAFA 4RW9A 1KCFA 2A1SA 4KTZA 1S1VA 3EZ5A 1RTJA 4ID5A 1FKOA 1JXBA 2DFFA 3LANA 4AHVA 4AHTA 3HXMA 3NCIA 3QEVA 4OKEA 3KK1A 2XY7A 2KTQA 1HQEA 3ZCMA 4CIGA 2KQ2A 4LSLA 3VQ9A 3VN5A 4KKOA 3L2VA 1KLMA 1TK5A 1TK8A 4DSJA 3ZSVA 2G8IA 3LAMA 3VQPA 4BDYA 4BE2A 3TABA 2B5JA 2HNDA 4CFAA 3HPHA 4E7JA 1NK8A 4OGCA 3PX0A 4KPYA 3AO2A 4IDKA 3C6UA 4BWJA 2DY4A 4MFBA 2FBXA 3IS9A 3T19A 3RMCA 3OYFA 4M3YA 4PWDA 1LAWA 4CF2A 3CG7A 1VK0A 3CFPA 2PYJA 3NF6A 1IG9A 4CJRA 3EY1A 3LZJA 3NE6A 1JLFA 4NYNA 4DU4A 3TANA 1NK4A 4J2BA 4LH5A 1X9MA 4FJGA 1RDAA 4CHZA 3DMJA 3V1QA 5CYMA 4JRPA 4Z4EA 4OVLA 4OJRA 1G15A 1NK9A 5KRTA 2X6NA 5J1EA 1JL2A 4BDPA 4KTQA 3U3GA 3HK2A 1VSJA 2E4LA 1EXQA 4FJNA 3K58A 4CJ3A 4EP5A 4HVJA 1SL1A 1IKVA 3QIPA 3KKSA 4JS4A 1NJXA 4PA1A 1YT3A 3VQ5A 2EX3A 5CZ1A 3T1AA 4BE1A 1EX4A 4FM0A 3D0PA 2OZMA 4KI6A 2HB5A 3THVA 4Z4GA 4Y1DA 3LWMA 3P83D 3HO1A 3HYFA 3LALA 3ZSYA 1GOBA 2G8VA 1LWFA 4JRQA 2IDOA 1EP4A 2HHQA 3TR8A 3OS0A 3I0SA 1QSYA 3NH0A 1UA0A 1QSLA 2XO7A 1RBVA 2HHXA 1K6YA 1RILA 2B4JA 3RRHA 3RRGA 4CHOA 3VQDA 1B9DA 1BIZA 2Z1HA 3ASMA 3MECA 3VQ4A 4FM2A 4B9VA 1UA1A 4HCBA 4PY5A 4XIUA 4J2DA 4DFPA 3ZSXA 4BE0A 4DQSA 1RT1A 5C42A 3L2RA 1VSHA 3VQEA 1C1AA 3SCXA 5FROA 2KFZA 1U49A 3K5OA 4I2PA 4F3OA 1BHLA 4E1NA 1KFDA 4F4KA 3P1GA 2R7YA 5DMRA 5HLFA 1RBUA 4DSFA 5KI6A 3DYAA 3QINA 4KHSA 1UWBA 3L2WA 4Q5VA 1T05A 4QCLA 1U04A 3IRXA 4FW2A 4B9LA 1S1TA 1RBTA 2QKKA 4KB1A 1S1WA 4CK3A 2ZQBA 4KI4A 5EU7A 3DLHA 1C1CA 3U3YA 1DLOA 3HP6A 3DLKA 3OJSA 3NHGA 1D8YA 2HHVA 4FK4A 3DRRA 1HYZA 1KVCA 4R5PA 3KD1E 2XY6A 5FDLA 1B9FA 3TAPA 1FK9A 3TARA 1F21A 3AVJA 3AVLA 4M3WA 3SJJA 3A2FA 3WNFA 4ZHRA 4C8OA 4JS5A 4I9QA 4DU1A 5KGXA 3SI6A 4DQPA 3MXJA 3ZT0A 3VQBA 1J5OA 2QXFA 4FM1A 1L5UA 3F73A 1EETA 2IS3A 1S9EA 1IH7A 3QNOA 2JGUA 1WSFA 4LD0A 3KTQA 3RTVA 4CF1A 4J2AA 1BGXT 2KZMA 3RMBA 1J9AA 2KFNA 3O4NA 1S6QA 1SV5A 1HPZA 3AO4A 1Q8IA 3CYMA 3ZSRA 4F2RA 1WSGA 2YHBA 4IG3A 3OYDA 3EYZA 3AO5A 3AVAA 4FJ9A 4B3OA 2XY8A 3OS2A 4NCBA 3K5NA 5KGWA 4DFKA 3AA4A 4BWMA 1ITGA 3SQ2A 1VSKA 1FKPA 4FXDA 3PUFA 1W0HA 5KTQA 3DLGA 2NUBA 1SL0A 1Y97A 3B6OA 3KLFA 1BCOA 4HCCA 3AVBA 4FYDA 2Z1GA 1QS4A 1VRTA 2YNHA 1U48A 1XWLA 4CEDA 4DU3A 3QNNA 1BQNA 2VG7A 4YFUA 2KZZA 2ZD1A 1BQMA 4IBNA 4OPKA 4LH4A 3QEXA 3V81A 1T8EA 1RTIA 4CE9A 2HVHA 1VSLA 3K2PA 5CZ2A 4KREA 3AVKA 3ZT2A 1RBRA 1Q9YA 1JLAA 1WNSA 2I5JA 4M41A 3TAMA 3QO9A 4CF8A 1HYVA 4CJQA 4CHPA 4CJUA 1L3SA 4CF0A 2RF2A 3RR7A 4DSIA 3V6DA 4OLBA 4DQIA 3HVTA 1L3VA 4W5QA 4FCYA 2QKBA 1RT4A 1LAVA 1RBSA 3NDKA 4CEZA 4E7KA 4FJ8A 3K5MA 4AHUA 5T7BA 4DWIA 1JLGA 1NK6A 5I42A 4H4OA 3TAGA 3TWHA 2PY5A 4C8KA 4FJIA 2XRIA 1A5VA 3WNGA 1SKRA 4IKFA 1CLQA 1TGOA 4FZXC 4FK0A 2DTUA 3K5LA 5C25A 1RT7A 5DK5A 4HUFA 1NK5A 4Q0BA 3KKRA 4DTPA 3ITHA 1VSMA 2DFEA 3ZSZA 3C6TA 4CHQA 3CFRA 4FJLA 3AVCA 4YNQA 4DFMA 1NJYA 1QTMA 4FJKA 5JS2A 1TL1A 2JLEA 2O4GA 4ELTA 4O0IA 4BACA 3AVHA 1TL3A 3PO5A 4EP4A 1T7PA 3NGIA 2IGIA 4KHUA 1BI4B 1GOCA 4O55A 1JKHA 1UAXA 3D45A 4M3RA 3OYAA 4CEFA 2LSNA 3HVRA 1YVUA 1RT2A 3DLBA 3QEPA 2HNZA 3VQ6A 2HNYA 2OPSA 4N56A 2ATQA 4DQQA 4J2EA 3RR8A 1L3TA 3DLRA 4NYFA 1O1WA 3V9SA 1C6VA 3ZT4A 1WSIA 4CIEA 4FLUA 4DTSA 4AILC 2G8UA 4M42A 3M8RA 4FLZA 4DS4A 4FJMA 2F8TA 1NJZA 1NKEA 2GV9A 4E0DA 1C0TA 1TKZA 4CJKA 3OYGA 4DFJA 2PZSA 4CGFA 1RTHA 2RPIA 1XI1A 3F9KA 1HJRA 1WAFA 3LP0A 4FJJA 1S9GA 4W5NA 4RW7A 2KW4A 4H8KA 5HRSA 1FXXA 3VQAA 4CFCA 4M3ZA 1TKTA 2OA8A 3ZT1A 4DTMA 3AVNA 3LAKA 2F8SA 4ELUA 4GW6A 2B6AA 4CEBA 4KAZA 1W9HA 4Z4IA 1VSIA 3HPGA 2QK9A 3AO3A 2G8KA 1ASVA 4WE1A 3PO4A 3HP9A 4DLEA 2HHWA 3MXMA 1ASUA 3OYIA 3ISNC 4CJVA 1DTQA 3AA3A 3QERA 2HMIA 4M45A 4GVMA 1S1UA 4Z0UA 1ZBUA 2A1RA 4CGDA 4F3TA 1JLEA 4CERA 4CJ5A 2YV0X 3HSTB 4FZYA 1IKYA 1TV6A 1KTQA 1RDCA 1WLJA 4DSLA 3LZIA 3FFIA 3NFAA 3ALYA 3C95A 3LP3A 4CJPA 3NH2A 3KLGA 3QEWA 3SQ1A 4KTWA 2ITGA 5J2MA 4CK2A 2E6LA 1MU2A 2DFHA 4CGGA 4CFDA 5J2NA 5J2PA 2HVIA 1VSDA 1HNIA 3CFOA 1RT5A 3OYMA 3MEDA 4DQRA 4IFYA 4QOZB 2Q3SA 2Y1IA 1ZBFA 3B6PA 4CF9A 4DSKA 4FW1A 1DTTA 4O4GA 4DF8A 2YNIA 2G8HA 3KD5E 4DLGA 4CHYA 3HT3A 4RG8A 3V9UA 4RW8A 4CEAA 1WAJA 4CECA 3QIOA 3H08A 1BCMA 2BANA 4B8CA 1HMVA 3OS1A 4HTUA 1QSSA 4B9TA 3E01A 3NGZA 1JLCA 3DRPA 4DS5A 5K14A 1XHXA 4DF4A 4PUOA 2XHBA 1C1BA 4FLWA 4OLAA 4FLVA 3KLIA 1C0UA 2P51A 3WNHA 2RN2A 1TAUA 1IKXA 4ZTJA 4KHQA 3SUNA 1KVAA 4OPJA 1R0AA 4O44A 1KSPA 5CY4A 5HRRA 3CQ8A 1VSFA 3MEGA 3LP2A 4B08A 3O3FA 1WSHA 3OYHA 3SV4A 3KLHA 2BGGA 4JLHA 3AA5X 1LV5A 4B9MA 2WOMA 2OZSA 4FK2A 4RW4A 3LPTA 3AVMA 4B8AB 1X9WA 3VQCA 1ZYQA 4L8RB 2FC0A 4CJSA 3L3VA 4Z4FA 3QETA 5C24A 2OYQA 3TAEA 4HUGA 3DOLA 2VWKA 3LPUA 4CGIA 1QHTA 3MXIA 1UOCA 3PX4A 1KFSA 4OGEA 4CJWA 3QEIA 3NF9A 3PX6A 3KIOA 1J54A 3SPYA 4M3TA 2Z1IA 4ELVA 3M8SA 3DRSA 4EZ6A 1XHZA 1NKBA 3P5JA 4DSEA 1YTUA 1I39A 3AO1A 4IFVA 2FBVA 2YHAA 5SWMA 3V9ZA 4N41A 1U47A 4BDZA 2GBZA 1L3UA 3V1RA 1NOZA 4FVMA 5FRNA 2ETJA 3NF8A 4E19A 1SUQA 1A5XA 3NF7A 1SKWA 4K8ZA 5J2QA 1S5JA 2IC3A 3NAEA 4DTNA 4CESA 3KLEA 3RMAA 3PY8A 3SZ2A 2X6SA 1HRHA 4GMJB 1RCHA 3S3OA 1NK7A 3V4IA 2HHTA 3L2QA 4DTUA 3SNNA 3S3MA 2IAJA 1QQCA 1TKXA 3MEEA 4M3UA 1QE1A 1CZBA 1CXQA 2VG5A 3VA3A 2VWJA 3HL8A 4CCHA 1ZBLA 3IAYA 4F2SA 4I2QA 4NCGA 4C8MA 2F96A 4E7IA 5D3GA 4M3XA 4B9UA 2HW3A 1EKEA 4N47A 3IG1A 2ZE2A 4I9LA 4FJ7A 3ULDA 4CJFA 4IG0A 3AVGA 1RT3A 3DLEA 4ICLA 4W5TA 1S1XA 1TKDA 4E3SA 1NJWA 2FBTA 3C94A 2X78A 3VA0A 2G8WA 3DOKA 4E1MA 3SV3A 1ASWA 4DG1A 3AV9A 1D5AA 2X74A 4OKJA 5FRMA 4FJHA 4C8NA 3SUOA 1TK0A 3VQ7A 2P5OA 1LWCA 1RDDA 3SYZA 1LW0A 3V1OA 4CEOA 4DTOA 2Y1JA 3OYNA 2G8FA 1Z25A 1XC9A 4AHCA 1IO2A 2PYLA 3ZT3A 3S9HA 1NKCA 3PV8A 2AJQA 3NBPA 1RT6A 1X9SA 4ZTFA 3RWUA 5HRNA 1HNVA 2E6MA 4LY7A 4KO0A 3SUPA 1KRPA 5I3UA 3SPZA 1N5YA 4FJ5A 3OYEA 2Z1JA 4PQUA 4Z4HA 2BDPA 1D9FA 1ZBHA 5HRPA 3O3GA 1CXUA 4O0JA 4LSNA 3CM5A 1REVA 5E41A 1TVRA 3AVFA 2XY5A 4RW6A 4N5SA 1KLNA 2HHSA 4AHRA 1JL1A 1VRUA 4Z4CA 3OYBA 1N6QA 4TSXA 2WONA 5HBMA 3WNEA 4CGJA 3K57A 4KHNA 3S3NA 5JS1A 4N76A 3MAQA 3G0ZA 1WSEA 2RKIA 3AVIA 3DM2A 3V9XA 1IKWA 1BI4A 1VSEA 2FBYA 2D0BA 3L3UA 3I8DA 4E7HA 4CJTA 4DTRA 4C8LA 2YKMA 3LDSA 5KRSA 1B92A 4K8XA 3BGRA 3U6FA 4UQGA 2D0CA 2D5RA 4G1QA 4KB0A 2HHUA 4CFBA 3KK3A 1JLBA 2YKNA 4FJXA 3AA2A 3CM6A 1C0MA 5CYQA 3OY9A 1X1PA 4AH9A 4W5OA 3OJUA 2BE2A 3KJVA 3SUQA 1LWEA 1A5WA 4EZ9A 3VQ8A 4E7LA 1WSJA 3QESA 3V9WA 4E89A 1U45A 3M8QA 4KRFA 3NH1A 3TAQA 4CIFA 1GOAA 3LP1A 4CEEA 3OYKA 2IOCA 4HHTA 4H4MA 4QAGA 2D0AA 1BIUA 3OYCA 3HPOA 4FLXA 4KV8A 3ZSWA 3TI0A 3M8PA 4KFBA 3HM9A 4AHSA 4ID1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X3MA 3OYLA 3E9LA 1TAQA 5EXWA 3ULEB 1BWFO 3O3HA 1W2BM 3QLHA 1BISA 3ZSQA 1WUAA 1BL3A 3DI6A 3W0LA 1ATSA 3RVCA 4CK1A 1XNQK 4L3QA 3VQQA 2GUIA 5HP1A 4DTJA 1IV0A 4MO4A 3A5MC 1NG9A 4IO9L 1MWKA 1BOTO 2QTDA 1Q9XA 2CH6A 2QM1A 3H1QA 3ZX2A 4CHNA 3JYTA 2WUSA 3T1HK 1KAXA 2NRXA 3KK7A 5HROA 1JXEA 3BP8A 4RW9A 1KCFA 2A1SA 4H5WA 5GAEP 4AHVA 4BRAA 4OKEA 1RDUA 1NNEA 1TK8A 1KLMA 4KHPK 1EWQA 2NRZA 3ZSVA 3TABA 2HNDA 4NB4A 2O8EB 3HPHA 2QXLA 4OGCA 3TPQA 1VQPN 4MFBA 2FBXA 1FJGK 3OYFA 3FZHA 1LAWA 5AQYA 1VK0A 3CFPA 3NF6A 4LFCK 4CBUA 3EY1A 3LZJA 5TKWA 4NYNA 5C2DA 3CJ1A 4LH5A 4YDUC 4FJGA 1M90O 1RDAA 4CHZA 4NO7A 2ASOA 4JKDA 1GLLO 4LFBK 3GOIA 5J1EA 1EXQA 4FJNA 4FWNA 4JS4A 4PA1A 2EX3A 3AGKA 4WF9L 5AQUA 4LF7K 4KI6A 2KHOA 2HF4A 3DXKB 4YOXA 3LWMA 1I94K 3BY5A 3P83D 1TYQB 3E9OA 3ZSYA 5AQRA 3TR8A 3OS0A 1UA0A 1RBVA 2PFUA 3ATUA 3UKUB 4JI2K 4CJ7A 3RRGA 4CHOA 4KH4A 5GIOA 1BIZA 3ASMA 4FM2A 1UA1A 4HCBA 4PY5A 5HL7L 4IEEA 2ZJPL 4A2BA 5LMNK 4BRMA 4QS8A 4CBXA 2KFZA 5DM6L 4A2AA 5DMRA 1DKGD 1RBUA 3TSPA 3J7AP 2ZJQL 1BO5O 5TKYA 3LDOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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