2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
2QXFA 4RW6A 3HPOA 3I0SA 1Z25A 4HUFA 4CGFA 3U3YA 4DU4A 2W42A 3JYTA 1HPZA 1S1WA 3M8PA 3RTVA 3KJVA 4BDYA 1SKWA 2DTUA 4PQUA 1JXEA 3T19A 1LWCA 1CZBA 3IRXA 5DK5A 3ZT2A 3TABA 2JGUA 3HM9A 1ITGA 1Q8IA 3HVRA 3EY1A 4C8KA 4FK0A 4DMNA 4CJ3A 1RT2A 2X6SA 5KI6A 3MECA 4CJFA 4CJSA 1K6YA 1KSPA 3L2RA 4Z4GA 3VQ6A 1R0AA 1JLCA 2OZMA 4F3TA 1B92A 2QKKA 4BWMA 3OYIA 2IC3A 3AVNA 2HW3A 2PYLA 1ZBHA 4JS5A 4OJRA 1RTDA 1JL1A 5SWMA 1BL3A 1JLAA 1T03A 2VG6A 1T05A 4PY5A 3KK2A 3TR8A 2YNFA 1HJRA 3SV3A 1VK0A 3HP9A 4CESA 3VQDA 3K5NA 4JRPA 4BDPA 1C1BA 1KFDA 1WSHA 4CJ5A 1Y97A 3L2VA 4FLYA 4FJKA 1C0TA 1S6QA 1UA1A 4Z4FA 4RW8A 3K57A 3TARA 4HCBA 3DLGA 4FJLA 2X6NA 2QK9A 1WNSA 4CJKA 3KLGA 4CJUA 2FBYA 4OKEA 3AVJA 3CM6A 1L3SA 3KD5E 1FXXA 4DQSA 1EETA 3LWMA 1IKXA 2XY5A 4B9MA 3AVIA 3DLBA 3DOKA 3AVFA 4NYFA 5EU7A 1YT3A 3ZSXA 4CFAA 5HRPA 3BDPA 3L2QA 2G8IA 4CHPA 2YKNA 1U45A 1KRPA 1S1TA 5C24A 4KHQA 1WSFA 4BWJA 1VRTA 4IFYA 3ZSOA 1X9WA 5KGXA 4KPYA 4CJRA 4DF8A 2JLEA 4CGDA 4CFCA 3VQBA 4YNQA 4FW2A 4N41A 4CHNA 3SPYA 2QKBA 3P1GA 1G15A 4O5BA 1C0MA 5HBMA 1C0UA 3WNHA 4CEOA 3OYFA 3EYZA 2G8HA 4FJNA 3SQ2A 1UOCA 2BANA 3V81A 1U47A 3MEEA 2KW4A 3C6UA 5CZ1A 4DU3A 3S9HA 4AHUA 4OKKA 3OYCA 4M3UA 4DQPA 4DFPA 3AVAA 1FKPA 1KVCA 3O4QA 4TSXA 3OYKA 1I39A 1WSGA 2IDOA 3ITHA 3KKRA 3NH1A 3O3FA 1J53A 4NCBA 1RT5A 3QO9A 2VG5A 3DM2A 3CG7A 3ZSYA 1I3AA 4CEBA 4DTRA 1NJYA 4B9UA 4RW7A 4QAGA 4FCYA 4CJEA 1SV5A 4Z0UA 3NH2A 1SL2A 3T1AA 1QSYA 4CEDA 3I8DA 1TGOA 3LAMA 1RBSA 3LZJA 5I42A 4B9SA 1IKWA 2NUBA 3SI6A 3RR8A 4FK2A 4FZXC 3C94A 1YTUA 5C25A 2KFZA 3OY9A 2RKIA 2VG7A 3OYAA 4W5NA 1W0HA 3ZT1A 3SUQA 4BDZA 4CJQA 4FJ8A 5SZTA 5C42A 4FLUA 4C8LA 4KI6A 1EX4A 1QS4A 5CZ2A 3S3NA 4IBNA 4EZ6A 1JKHA 4ID5A 4DS5A 4DWIA 4CEFA 1IKYA 3KD1E 1GOCA 4CF2A 4E1MA 3V4IA 1U49A 1LAVA 1S9GA 2ETJA 3NF9A 4W5TA 4DSJA 4J2EA 2OZSA 1RBRA 2F8TA 1RTHA 3TI0A 3THVA 3ZT4A 4E7HA 4CE9A 4B8AB 5KGWA 3BGRA 3PX6A 1TKDA 2PYJA 2HVIA 1L3TA 3WNGA 4LD0A 1UAXA 1RNHA 1D9FA 4I2PA 2PZSA 4FXDA 2GV9A 3LP1A 3MEDA 1XI1A 3QEPA 3LPUA 4Z4CA 2A1SA 1HQEA 3CYMA 1X9SA 1WLJA 2DFEA 3ASMA 3LZIA 4CJLA 3ZSRA 3MAQA 1TAQA 4CHZA 3V9ZA 3ULDA 1BCOA 1LAWA 4HHTA 2KFNA 4B9VA 3WNEA 4FM0A 3DI6A 2G8WA 3K2PA 3RMBA 2BGGA 3CM5A 1HNIA 3K5MA 1S1UA 3PY8A 1C1AA 4CK2A 4DS4A 1EXQA 1TAUA 4FJ9A 3TAFA 3PV8A 4KHYA 1BCMA 3KIOA 5K14A 4CEZA 4AILC 2Y1IA 1KFSA 4EP5A 3O3GA 1BIZA 3DLHA 3RMCA 3VQEA 1QTMA 4E0DA 3V1OA 3VQ4A 3AVGA 4CIFA 3OYMA 3KK3A 2XRIA 4KHUA 4Y1CA 1LW2A 4M3TA 1TK8A 1KCFA 3SV4A 4CIGA 1RDBA 3VQCA 4KTZA 4CK3A 5J2NA 4AHVA 1CLQA 4W5OA 1TKTA 1CXQA 1KTQA 2F96A 3WNFA 3ZT3A 1IO2A 3SNNA 2G8VA 3TWHA 4NCAA 3E01A 1O1WA 2ZD1A 3NH0A 4EZ9A 3DOLA 3D45A 3G0ZA 5KTQA 1GOAA 2FBTA 2HVHA 4CGIA 4KHWA 4RW9A 3A2FA 3HXMA 1CZ9A 3NBPA 5CYMA 3M8RA 2Z1JA 1BQNA 1ZBFA 1HYVA 3ISNC 4E19A 3OYNA 3B6OA 3SUNA 1L3UA 1IKVA 4O44A 4CK1A 2P5OA 3C95A 4PWDA 2WOMA 2ZQBA 3IS9A 1ASUA 1BI4B 2XO7A 1B9DA 3H08A 1NJWA 1NKCA 2HNYA 4E89A 1L3VA 2FBVA 2RF2A 3SJJA 4E7KA 1KLNA 3LP3A 4K8ZA 3L3VA 2PY5A 3OS0A 3TAMA 4HUEA 4DU1A 3NCIA 3MXIA 3IAYA 4F3OA 4CF1A 1NK8A 3VQAA 3CFOA 4W5QA 4CF0A 4DSLA 1ASWA 3QIPA 4CJPA 1QE1A 1RT3A 1VSDA 4DQIA 1JLBA 3DLEA 3HT3A 4OLBA 4B08A 4YFUA 4CIEA 4MQ3A 3VA3A 2VWJA 2OPPA 4GW6A 1N6QA 1J54A 4KTWA 1N5YA 4ID1A 4QOZB 1VSKA 1T7PA 1NOZA 2ITGA 1JLFA 4CCHA 3OS1A 4B9LA 4I9LA 1NKEA 3VQ9A 3RMDA 2FC0A 3S3OA 4OKJA 1RBVA 3TAEA 4CECA 4ZTJA 1JLGA 3MEGA 1WAFA 5JS2A 1U48A 4PA1A 1TVRA 2IOCA 3UIQA 1RT6A 1NK9A 3DRPA 4LH5A 4OPJA 4FJXA 2B5JA 1BISA 1Z26A 3PUFA 1TV6A 4CF9A 2YHAA 3OYDA 3OJUA 3KK1A 4IFVA 1EP4A 1JLEA 4OGEA 4CGJA 3KLHA 1C6VA 4GVMA 3ZSQA 2ATQA 2R7YA 4KAZA 1S1XA 4FW1A 4FZZA 3SUPA 3LWLA 4FM2A 4FLVA 2P51A 3NF7A 2HNDA 3K5OA 3QINA 4N56A 1SL1A 4IG3A 2KTQA 3AA2A 4ZTFA 2VWKA 3PX4A 1F21A 3NGYA 1HYZA 1TKZA 4B8CA 1RT1A 4J2BA 2GUIA 3L8BA 5I3UA 3LAKA 3DLRA 2XY6A 5JS1A 2DFFA 3AVBA 1T8EA 1BI4A 2RN2A 4O4GA 1A5VA 1KVAA 2O4GA 2OPRA 4FLTA 2OPQA 1VSMA 3VQQA 3DLKA 1HMVA 4DFMA 3TAQA 1D5AA 1WSJA 5J1EA 5T7BA 4M42A 2YV0X 3VN5A 4KFBA 3ZSWA 3V9UA 1Q9YA 3QNOA 1S9EA 4F2SA 2XHBA 4DTMA 4Z4EA 3AVKA 3TAPA 2IS3A 2DY4A 2P1JA 1Q9XA 4FM1A 1RCHA 2X74A 3ZT0A 1J5OA 3G10A 4LH4A 1JL2A 2O4IA 3AVHA 2YHBA 3F9KA 2Q3SA 2X78A 2E6LA 4KTQA 1RBUA 2LSNA 1XHZA 1WAJA 2B6AA 3NDKA 3F73A 3V9SA 1NJZA 3PO4A 4FJJA 5KRTA 4FJHA 2KZZA 4CF8A 1LW0A 1YTAA 4C8NA 3P5JA 4DSEA 1JXBA 2D0AA 4DSIA 4Y1DA 4AH9A 1VRUA 2A1RA 4NCGA 4CGGA 1A5WA 1U04A 4LY7A 4O0IA 4FLXA 1X9MA 4OLAA 1QQCA 3AA5X 1TL1A 3VQ8A 4OPKA 1B9FA 3U3GA 4ELUA 2FBXA 2G8UA 4LSNA 3LPTA 1ZBLA 4E7LA 4FK4A 2YKMA 5FDLA 4DFJA 1ASVA 4Z4HA 4FLZA 5FRNA 4J2DA 1RT4A 5E41A 1SUQA 1RT7A 4J2AA 1LWEA 4FJGA 3NAEA 4KHSA 3NGIA 5CYQA 1QSSA 3NF8A 2YNGA 4CGHA 2IGIA 4DTJA 5DMRA 4JRQA 4KV8A 4CFBA 4CJTA 4Q5VA 3OYHA 3DRRA 3HVTA 4HCCA 3NF6A 3CFPA 2E4LA 4OGCA 4I7FA 3D0PA 4DTUA 4KREA 1NK4A 2Y1JA 1FKOA 3AV9A 3MXJA 4AHRA 3TANA 1D8YA 4C8MA 3VQ7A 3QESA 2KZMA 3HPHA 4OVLA 4Q0BA 3EZ5A 1NK6A 2D0BA 3HJFA 3O3HA 1U4BA 4KI4A 2HHTA 4FZYA 4DLGA 3QNNA 1VSIA 2HHVA 1S5JA 4W5RA 4B3OA 4M3ZA 1REVA 3K59A 4CJVA 1WSIA 1UA0A 2HNZA 3QEVA 4CERA 3NGZA 3AVCA 4UQGA 3OYGA 4FVMA 4KB1A 4DTXA 2XY8A 3S3MA 3RWUA 2HHXA 3CFRA 4DQRA 2HHWA 4DFKA 3ALYA 4KO0A 2Z1GA 4I2QA 5CY4A 3FFIA 4B9NA 3SQ4A 4E7IA 1SKSA 1TK5A 4DTNA 4RG8A 3OYLA 3SYZA 2G8FA 4M3YA 3CQ8A 4C8OA 4DSFA 4RW4A 3SPZA 3IG1A 3SZ2A 4R5PA 1J9AA 1W9HA 2D5RA 3KKSA 4JLHA 3RRHA 2OYQA 1UWBA 2GBZA 3OS2A 4CJ4A 1RDCA 3ZCMA 4AHSA 3AVLA 3OYJA 4HUGA 3SQ0A 1SKRA 4KHNA 1VSJA 2OPSA 4H4OA 5FRMA 1BQMA 2WONA 3QERA 1S1VA 3VA0A 4K8XA 3HSTB 4KKOA 4JS4A 4QCLA 3QETA 4BE1A 2DFHA 3QEXA 3NFAA 2BE2A 4DF4A 4FLWA 2I5JA 3M8QA 4ZHRA 4CHYA 1RDAA 3M8SA 3V9XA 1LV5A 3AO1A 1GOBA 3LALA 2Z1IA 3C6TA 4E3SA 3SUOA 3SCXA 1QHTA 1ZBUA 3VQ5A 1TKXA 5J2QA 3RRGA 1JLQA 1VSFA 1SL0A 1MU2A 2E6MA 1DLOA 3QIOA 3K58A 3MXMA 4FJMA 3V1QA 1NK5A 4ELTA 3I0RA 3AO2A 5HLFA 4DTPA 4G1QA 4NYNA 1L5UA 2KQ2A 4FJ7A 3QEIA 2ZE2A 4CEAA 1ZBIA 3LANA 1D9DA 1BHLA 1XWLA 4N76A 2HB5A 1S6PA 4CEEA 4CFDA 3PX0A 3RMAA 2HHUA 3OJSA 1VSHA 2EHGA 3VQPA 3V1RA 3KLIA 1NOYA 4GMJB 3LP2A 3ZSVA 4PUOA 4H8KA 1KLMA 4HVJA 5J2PA 4DTOA 4CHOA 3HL8A 3QEWA 4ELVA 4FYDA 3DYAA 2HHQA 4CHQA 3L2UA 4E1NA 4ICLA 3AA3A 1RTIA 3KLFA 3B6PA 4O55A 1RTJA 4N5SA 2BDPA 4EP4A 2G8KA 4M45A 4BE0A 1TK0A 1RILA 4M3RA 4B9TA 1C1CA 4MFBA 3KLEA 2IAJA 4IDKA 3RR7A 4KRFA 5KRSA 1A5XA 2D0CA 1VSLA 1ZYQA 3OYBA 3V9WA 2RPIA 1HNVA 5HROA 2HMIA 4FJ5A 4M41A 4F2RA 4DSKA 4Z4IA 5HRNA 5HP1A 4F8RA 1WN7A 3QLHA 4LSLA 4DQQA 1IG9A 5FROA 5HRSA 1NKBA 4FJIA 3KTQA 5J2MA 3LDSA 4BE2A 1IH7A 5D3GA 3DRSA 4E7JA 4O0JA 3NE6A 1EKEA 1KVBA 1VSEA 4CEQA 1NK7A 4KB0A 4HTUA 3OYEA 4CJWA 1LWFA 4DTSA 4M3WA 3V6DA 2YNIA 1NJXA 2YNHA 4L8RB 2F8SA 3K5LA 3PO5A 1FK9A 2EX3A 3L2WA 1BGXT 3U6FA 3AVMA 3ZSZA 3AO5A 4WE1A 4BACA 4IKFA 3HP6A 1WSEA 3AO4A 1DTTA 3LP0A 3T3FA 1RDDA 2P5GA 2B4JA 3AA4A 1HQUA 1RBTA 3HPGA 1HRHA 3AO3A 4DLEA 1XC9A 4I9QA 4IG0A 1QSLA 1HYSA 3TAGA 1DTQA 4DG1A 4N47A 2XY7A 2OA8A 1NK0A 3OVNA 3HK2A 1BIUA 3P83D 3JSMA 2HHSA 3O4NA 3L3UA 5HRRA 1X1PA 1XHXA 4AHTA 3DMJA 3NHGA 3SQ1A 3HYFA 4F4KA 2AJQA 1CXUA 2Z1HA 4AHCA 4XIUA 3HO1A 1YVUA 4M3XA 1TL3A 4H4MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW6A 2YHYA 4DU4A 3RTVA 1S1WA 4M7YA 1OKJA 3HZ6A 1JXEA 4BR7A 3VEVA 3HM9A 3HVRA 1QQMA 3WEEB 4FK0A 3EKSA 5KI6A 5AQMA 4Z4GA 3R1XA 3AGRA 3SBGA 4F3TA 3OYIA 3AVNA 1ZBHA 4JS5A 1RTDA 1T03A 1JLAA 3FZKA 3SMSA 1OH8A 2ZJPL 3DAWA 2YNFA 4JRPA 1C1BA 4CJ5A 1Y97A 1GLJO 1KQSM 3G25A 4J8FA 1UA1A 2E1YA 4RW8A 4Z4FA 3DLGA 2X6NA 2QK9A 3C7NB 3CI5A 2WBNA 3MCAB 5BR9A 4JAXA 3CM6A 3KD5E 4BRAA 3LWMA 1IKXA 1SQKA 3I56N 1GLEG 3DOKA 3AVFA 4FOEA 4CFAA 1YAGA 4CHPA 4LF5K 1GLBG 4DV4K 4BWJA 4A5AA 4LF4K 4IFYA 3ZSOA 1RDWX 4YOXA 2HBMA 4DF8A 1N36K 1Q86O 4N41A 3SPYA 1G15A 5HBMA 2G8HA 4H5TA 1U47A 3MEEA 1T44A 4DU3A 3S9HA 4OKKA 4WYBA 1NGIA 3AVAA 1KVCA 3OYKA 1WSGA 2IDOA 3O3FA 4CZJA 1RT5A 3ZSYA 1NJYA 2Q1NA 2P9IA 4FCYA 1SV5A 5DM7L 5M1KA 1QSYA 4FL9A 3L4IA 3UB5A 4B9SA 4FK2A 1IKWA 4QS9A 2KFZA 3OY9A 3MMVA 3VEWA 3C65A 4BRLA 3LL3A 2ZWHA 4FJ8A 3S3NA 4DV1K 4DWIA 4CEFA 4CF2A 1U49A 2O8EA 3NF9A 3CF5L 5BRHA 3ZX2A 1Q7YO 3CCLN 3IFRA 1W7AA 4B8AB 5KGWA 3PX6A 3VF6A 3CMAN 2QWNA 4BR9A 3I55N 2GV9A 4Z4CA 5JVGL 3VGKA 4JKFA 3FFKB 5HL7L 2DFEA 3BF3A 3MWPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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