2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
3AA3A 3LPUA 4I9QA 3K5NA 4OGCA 4H8KA 2HB5A 1HNIA 4FW1A 3KLHA 1RBVA 4GW6A 4C8NA 1C6VA 1HNVA 1B9FA 1LAVA 4B8CA 1XI1A 3DM2A 4HTUA 3VQ6A 4ELTA 3PUFA 4JRQA 4FZXC 1JLAA 1SL0A 3QIOA 4IFVA 3T3FA 2RKIA 4Z4HA 4DQIA 4CGHA 1B9DA 4KI6A 3LWLA 4FJMA 4LH4A 1ZYQA 4BDPA 4CJFA 3PV8A 4CEAA 3ITHA 2F96A 3TI0A 3F9KA 1WLJA 3D45A 2OPSA 2A1RA 3LPTA 3NF9A 4F2SA 1ZBFA 3OJSA 4DFMA 3TAFA 1KVAA 3QESA 4AH9A 4AHTA 3DRRA 1IO2A 5CZ2A 5SWMA 3CFOA 3AO5A 3L2VA 3FFIA 1YVUA 4R5PA 2PZSA 1RT5A 3C95A 2VWJA 4RW9A 4CJPA 2XY8A 1HJRA 3DYAA 3TARA 2G8FA 2G8WA 4B9VA 3EZ5A 1DTTA 4HUGA 2HHUA 1TGOA 3V9ZA 5KGXA 1NKBA 1ITGA 2OZSA 3WNEA 4FM2A 4FJ7A 4OKKA 3QINA 3OVNA 4KTZA 2QK9A 4KPYA 2ATQA 2YKMA 5J2QA 4KAZA 3E01A 2JGUA 4F8RA 3M8PA 3ZCMA 5EU7A 3DLKA 4B08A 4FLVA 4DS4A 4M42A 2IGIA 3I0SA 5HRSA 1C0TA 1UAXA 1S1VA 2X6SA 3WNHA 4M45A 4CF9A 4NYFA 3T1AA 3V9XA 3K5LA 1X9SA 1NKCA 1NK6A 2HHSA 2GUIA 1LWFA 5KGWA 4DTRA 4CJKA 3SUNA 3QEVA 1VSMA 2D0AA 3AVJA 4WE1A 1LWEA 1T7PA 4O0JA 4UQGA 4J2BA 1ASUA 2HHQA 3HVTA 1JLBA 4ID1A 2QKKA 4EZ6A 2HNDA 4FJ9A 1EP4A 4CK1A 3HO1A 1NJYA 4DQSA 3ZT4A 2FC0A 3ZT0A 3L2RA 4JS5A 3SNNA 2KZMA 1C0UA 1RBTA 1RILA 3OYNA 1EKEA 3HXMA 1L5UA 4H4OA 1WSFA 4HVJA 1QSSA 3KK1A 3U3GA 4N76A 2I5JA 1EETA 3ZT3A 4JRPA 4FJJA 4CJWA 3RMBA 1BQNA 1VSFA 3L2WA 3HT3A 4DU1A 3S3OA 3RWUA 4FVMA 3S9HA 1XWLA 5KRTA 4FLXA 4K8ZA 2HVHA 3PX4A 1CXUA 5DMRA 1LAWA 3O3HA 3LWMA 1QSYA 2F8SA 1J9AA 4KTQA 3QEXA 3NH1A 3LP1A 2GV9A 1Q9YA 4E3SA 3SI6A 4B9NA 3VQPA 1WN7A 1W0HA 4DSEA 1S6QA 4FLUA 3ZSRA 3SV4A 3K57A 3B6PA 1WSEA 1TV6A 4LY7A 5J2MA 4E0DA 3DRPA 4F3OA 3HSTB 4LD0A 4Q5VA 4HCBA 4AILC 4CIGA 4ZTJA 4DSLA 2DFHA 5I3UA 4EZ9A 4FJKA 3BDPA 5FDLA 4B9UA 4CERA 4E7KA 5JS1A 1RBSA 4FLTA 3VQ7A 3THVA 1Q9XA 5C24A 1RTIA 3OYIA 1BCMA 4W5QA 5J2NA 2PYLA 3SZ2A 1CXQA 1LWCA 4FCYA 4QCLA 1KLNA 3KLIA 1T03A 4DTOA 3VQAA 4F2RA 1L3TA 4BDYA 2IOCA 2P51A 3OYEA 4BDZA 4PQUA 1VSHA 5HRPA 3MXIA 3OYMA 1JLFA 3QEIA 3NCIA 1T05A 1W9HA 4JS4A 4Z4FA 3LZJA 2Q3SA 4CJLA 2R7YA 3G10A 3RRGA 1BI4B 4OPKA 3OY9A 1NJZA 3V1OA 4CJVA 3NF8A 2QKBA 1YT3A 4DG1A 3K59A 1NK0A 1FKOA 5SZTA 3SPYA 4KTWA 3VQ8A 4CESA 5C42A 2Z1JA 3AV9A 3AVNA 4DFPA 4KHYA 1C0MA 1N6QA 2YNGA 1NK5A 1KVBA 3ISNC 3PO4A 4CHPA 3QETA 3NGIA 1TKTA 2OPPA 3DLGA 1VSDA 3AO3A 4RG8A 3VQ9A 1QSLA 2P5OA 3VN5A 4FK0A 1Q8IA 2KQ2A 3KK2A 4IG0A 3SUPA 3CM6A 3NF7A 5CZ1A 3AVIA 1ZBLA 2OYQA 4FZZA 4KI4A 5HBMA 3ZT1A 2PY5A 2ITGA 1RT6A 3NAEA 1BIUA 2O4GA 2G8UA 3HJFA 4FZYA 2FBXA 3AVHA 1I3AA 3TAPA 4G1QA 5FRMA 3EY1A 4FLWA 4LSLA 4DQPA 1C1CA 3V1RA 3NE6A 4FM1A 3DLHA 4O4GA 2OZMA 3VQBA 2G8HA 2HHTA 1BQMA 1DLOA 3DLBA 1QQCA 4CHQA 3SPZA 1JKHA 2YHAA 4FW2A 4J2EA 4B9SA 3OYBA 3TWHA 1XHXA 2LSNA 5KRSA 2FBVA 1D8YA 1J53A 3VA0A 3ALYA 4ELVA 1T8EA 2KFNA 1VSEA 1WNSA 4EP4A 3L2UA 1YTAA 4CJQA 4DTXA 1CZ9A 4CIEA 4E7IA 3LZIA 5FRNA 3AVFA 3OS0A 1HMVA 1HYZA 3OS2A 1WAFA 5KTQA 1VSLA 2EX3A 1SKWA 4CCHA 3PY8A 4CJRA 2HHXA 4C8MA 3MXMA 1LW0A 2G8KA 2DY4A 2BE2A 4DQQA 1KRPA 2DTUA 3T19A 4CJSA 1JLCA 1ASWA 1KFDA 1C1AA 4E1MA 4M3ZA 4I2QA 4IBNA 4CGGA 4DS5A 1RTDA 4DWIA 4CF8A 4M3XA 3NFAA 3NHGA 4DU3A 1VRUA 3AVGA 4E89A 1G15A 3ZSOA 1B92A 4KREA 3HP6A 2JLEA 1NOZA 4N47A 2G8VA 4NCAA 3K58A 2FBYA 3V4IA 3CFPA 1A5WA 1RDDA 4DMNA 3ASMA 4CECA 4BE0A 3JYTA 1S9GA 4CIFA 1QHTA 4QAGA 1U49A 3VQQA 1JL1A 4OGEA 5JS2A 3PX0A 4FJ8A 1R0AA 3NH0A 3VQ4A 2A1SA 4PWDA 1U04A 4AHSA 1I39A 1L3UA 1JLQA 1NK4A 4YNQA 1GOAA 4Z0UA 5J1EA 3O3GA 3OYGA 3TAGA 1SKSA 1S1UA 4PY5A 1TL3A 4OKJA 1RT4A 4KFBA 3RR8A 3C6TA 2XY6A 4OLAA 3L3UA 3V9WA 1BL3A 4RW7A 1ZBUA 1KLMA 2IS3A 1F21A 4OKEA 4OLBA 3DLRA 3MEGA 2GBZA 1VRTA 3DMJA 4CHZA 4O5BA 1XHZA 3KIOA 1X9MA 3WNGA 3SUOA 1RT7A 1TL1A 3C6UA 2WONA 2E6LA 2ZQBA 3DOLA 5KI6A 1ZBHA 4Z4CA 3OYCA 4DTSA 4HUFA 4LH5A 4DQRA 4FJGA 3K5OA 2YV0X 3VQ5A 3VA3A 3U3YA 3RMAA 2Z1GA 5HP1A 5CYQA 4DSIA 4KHNA 4M41A 4M3WA 3KLGA 3L3VA 4FK2A 3AA2A 4AHVA 4FK4A 1NKEA 1Y97A 1VSJA 2BANA 4FLYA 2G8IA 4W5NA 2XY5A 4W5RA 3KLEA 3KKSA 4CHYA 1RTJA 1RTHA 5K14A 5DK5A 4EP5A 4ZHRA 4NCBA 2HVIA 4DF4A 1FXXA 1EX4A 3LP3A 3CQ8A 4KKOA 4DF8A 3ZSVA 4I2PA 3CYMA 4CGDA 3AVKA 2P1JA 4AHRA 1TVRA 4FJNA 4Z4EA 4O44A 4HHTA 1RT3A 4CK3A 1S9EA 3BGRA 4KHWA 3LALA 4FYDA 2HW3A 3MECA 3LP0A 4MFBA 2OA8A 4DSJA 4DTJA 1VK0A 2NUBA 2ZD1A 1IKYA 1IKWA 1BIZA 4BE2A 4CEBA 1YTUA 2EHGA 4E1NA 5I42A 3MXJA 4B9MA 4ELUA 4F3TA 1XC9A 2F8TA 3VQDA 4CFDA 2O4IA 1J54A 3HVRA 3F73A 3KK3A 4KHSA 1ZBIA 1UWBA 2HNYA 4CHNA 3O3FA 4AHCA 4CEQA 4CJ4A 1C1BA 2FBTA 3AO1A 3RRHA 1J5OA 3SCXA 1RDBA 3KJVA 1REVA 4N41A 3KKRA 3PX6A 1HRHA 2VWKA 2XO7A 4PUOA 1VSIA 1BGXT 3IG1A 3SJJA 1JL2A 4FXDA 2YNIA 1NOYA 3KTQA 2RN2A 1SKRA 4B9LA 3MEEA 3P83D 4DSFA 5HROA 2ETJA 1N5YA 3SQ2A 1TKDA 3AVBA 4Z4IA 2OPQA 3L2QA 3U6FA 4RW8A 1WSIA 2D0CA 3MEDA 3SV3A 2ZE2A 1WSGA 1WAJA 1L3SA 2XHBA 2XRIA 4GMJB 4CJUA 1HYVA 3RTVA 3SYZA 4BWJA 3M8RA 3AVLA 4B9TA 2D5RA 3P1GA 4CFAA 3OYKA 3TAEA 3AA5X 3LDSA 4ICLA 1U48A 1RDAA 4CEFA 3H08A 4AHUA 1IKXA 4IG3A 1BI4A 2HNZA 3ZSWA 3EYZA 2RPIA 3LAMA 4ID5A 4Y1CA 1TAUA 3S3NA 1D5AA 2HMIA 3QO9A 4N5SA 3OS1A 1EXQA 3QERA 1TK0A 2BGGA 4CFCA 4FJ5A 4CJ3A 3RMCA 3DLEA 4KB1A 1SV5A 4M3UA 4BE1A 1Z25A 3ZT2A 3QIPA 2E6MA 3KD1E 5C25A 3WNFA 4IKFA 4E7LA 3M8SA 1GOCA 3O4NA 4E7HA 1S1WA 1RBUA 4NCGA 3ZSZA 2Y1IA 2BDPA 3V6DA 2AJQA 3V81A 1HQUA 3C94A 3NH2A 2DFEA 1FK9A 4CEZA 3S3MA 4FJHA 1UOCA 4F4KA 3A2FA 3NDKA 3K2PA 4FM0A 4KHUA 4DTPA 1TK5A 2YKNA 3HK2A 3TAMA 2VG5A 1L3VA 4E19A 3D0PA 5HRRA 2QXFA 1HQEA 4CE9A 3OYHA 1NJXA 3L8BA 3TR8A 3ZSYA 3DOKA 4CJ5A 1NK8A 3OYDA 1NK9A 1UA0A 1IG9A 5D3GA 4I7FA 1K6YA 1SL1A 4FJIA 1VSKA 4HCCA 3DRSA 2W42A 4CF2A 1TKZA 4B8AB 3G0ZA 4DLGA 3LANA 4DTNA 1TAQA 3JSMA 4DTMA 2OPRA 2RF2A 4TSXA 1JLGA 4RW4A 3NGYA 4YFUA 3HPOA 3V9SA 4DFKA 3SQ0A 1NK7A 2PYJA 3NF6A 4W5OA 4H4MA 4O0IA 4KB0A 4Z4GA 1DTQA 3V9UA 2HHVA 2HHWA 4CJEA 3MAQA 3IAYA 3DI6A 4CK2A 1BISA 2VG7A 4CGJA 4CF1A 3RR7A 3UIQA 2DFFA 1QE1A 2B4JA 4M3RA 1KCFA 3ULDA 4KHQA 3HL8A 1JLEA 4CF0A 5HLFA 4LSNA 1D9FA 3AO2A 5T7BA 2KW4A 3AVAA 4K8XA 1RCHA 1IKVA 3CM5A 4O55A 4OJRA 3IS9A 3QLHA 4CEDA 4I9LA 2Z1IA 4W5TA 1QS4A 3VQEA 3AO4A 3TANA 4GVMA 3P5JA 3HYFA 3OYJA 1S5JA 1KVCA 3K5MA 4PA1A 2YHBA 3VQCA 3OJUA 3HP9A 4ZTFA 1D9DA 2WOMA 1RT1A 1GOBA 1TK8A 3KD5E 3AVCA 4J2AA 4CGFA 4QOZB 4KRFA 1UA1A 2IDOA 1WSHA 3AA4A 4BACA 3TABA 1RDCA 1IH7A 2YNHA 4Q0BA 1BCOA 4CGIA 3KLFA 2VG6A 1LW2A 3ZSQA 3QEPA 1KFSA 1KTQA 3HPGA 2Z1HA 1CLQA 2B5JA 1NJWA 1U4BA 4N56A 1SL2A 4J2DA 4CHOA 2D0BA 1O1WA 4M3YA 4DFJA 1CZBA 2Y1JA 4CJTA 3I8DA 2KFZA 5CYMA 2KTQA 1HYSA 3OYLA 4HUEA 3B6OA 1MU2A 3O4QA 3OYFA 3AVMA 1JXBA 3HPHA 1U45A 1RBRA 4CEEA 4FLZA 3I0RA 4RW6A 1HPZA 3CFRA 4FJXA 1TKXA 1X9WA 3OYAA 2X6NA 3SQ1A 1WSJA 4DU4A 4C8LA 4L8RB 4JLHA 5J2PA 1KSPA 1ASVA 3QNOA 2X74A 4KO0A 4BWMA 3CG7A 4FJLA 4KV8A 2KZZA 2XY7A 4IDKA 5FROA 3V1QA 4XIUA 5CY4A 2IC3A 4E7JA 4NYNA 1U47A 2P5GA 4B3OA 4CEOA 3NGZA 4C8KA 4MQ3A 4OVLA 1X1PA 5HRNA 2YNFA 3SUQA 1S1XA 4C8OA 4M3TA 3SQ4A 1BHLA 4CFBA 3QEWA 4OPJA 1Z26A 2X78A 3LP2A 4Y1DA 1A5VA 2IAJA 3IRXA 1FKPA 1JXEA 1A5XA 2B6AA 1RT2A 3NBPA 4IFYA 4DTUA 3RMDA 3M8QA 3PO5A 1S1TA 1QTMA 4DLEA 2E4LA 1LV5A 3HM9A 3QNNA 3TAQA 4DSKA 3LAKA 5E41A 1SUQA 1S6PA 3ZSXA 1RNHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9QA 4OGCA 2YJEA 2KKZA 1NGJA 4GW6A 1HNVA 4B8CA 3DM2A 4L3QA 3CCUN 1GLBG 5AQGA 5AQZA 4YOYA 4CGHA 2V7ZA 1OH5A 3LWLA 4FJMA 4LH4A 1ZYQA 1SAZA 3TI0A 3E9PA 5DM7L 5BREA 3LPTA 4OX9K 1ZBFA 3OJSA 3QESA 5CZ2A 3L2VA 1YVUA 5FPMA 1VQMN 2VWJA 3UKUA 2G8FA 5EVZA 3D7EO 4HUGA 2HHUA 1TGOA 5AFUA 3PSIA 5KGXA 3BF3A 2YKMA 4QS7A 4BVOA 3IMXA 3E01A 5J2QA 1XMQK 3M8PA 4KAZA 3CJ7A 3AGRA 3A5MC 4DS4A 5HRSA 1C0TA 4JKCA 3P4IA 3WNHA 1XC3A 4CF9A 1NK6A 3T1AA 3V9XA 4LFAK 5KGWA 3QEVA 4WE1A 1T7PA 2HBJA 4O0JA 2OTJN 3HBTA 4J2BA 2HHQA 4B3MK 4YORA 4H0TB 4IWVA 1QQNA 3SK3A 4JS5A 4RTFD 3I8BA 2WBNA 1RBTA 4NO7A 4YOWA 3BY5A 1WSFA 1MDUB 3E1YA 4BG9A 3MN5A 1VSFA 3RWUA 3S9HA 1OH6A 1XWLA 2HVHA 3LWMA 2F8SA 3NH1A 1YIJN 1BUPA 4GKKK 3H3NO 4B9NA 2E1ZA 1S6QA 4BRMA 3K57A 4C1NI 1TV6A 5J2MA 3R3LA 4F3OA 4LD0A 4HCBA 4AILC 4CIGA 3SBTA 5I3UA 2RHKA 5FDLA 5H1SQ 4E7KA 1RBSA 3VQ7A 3H46O 1RTIA 4W5QA 5J2NA 1LWCA 3KLIA 3TPQA 3L4QA 5KQ8A 4DTOA 3F9MA 4OPAA 3OYEA 4A5AA 3OYMA 3QEIA 2ZGZA 3J7AP 3OY9A 1NJZA 4DG1A 3VGKA 5C42A 4DFPA 4KHYA 2IVPA 4DR6K 4JHDA 3ISNC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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