2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
3SI6A 3AVAA 3SZ2A 2RPIA 4AHVA 3ZSVA 4DG1A 1BHLA 2VG5A 1D8YA 4DQPA 2QK9A 4H4MA 1IKXA 1WAFA 5HRSA 2ETJA 3BDPA 1U49A 5KI6A 1LAWA 2VG7A 3LWMA 4W5NA 4IDKA 1LAVA 4BDYA 5CY4A 3DRRA 4IBNA 4HTUA 5J2QA 1C1BA 3K5MA 3OYFA 2ATQA 3NF6A 4C8OA 1KVAA 1SKRA 4AHCA 3KJVA 1T7PA 4CGHA 1VSHA 1UWBA 3LZIA 3SQ0A 1SKSA 1IG9A 2P51A 2AJQA 4EP4A 1LWFA 2G8VA 4DSLA 1G15A 5C25A 3VQCA 4FM1A 3OYLA 4E7LA 1A5XA 3P83D 3P1GA 3TWHA 2R7YA 1RCHA 1HYZA 3HL8A 3MEGA 3F73A 4CERA 1RBSA 1SV5A 1HQEA 4ZTFA 4DSFA 3VA0A 1IKVA 1TL3A 3CG7A 3S9HA 5DK5A 3KLFA 1RT6A 4Y1CA 2G8FA 1J9AA 3RR8A 3VQBA 3SQ1A 4OVLA 1KLMA 1BI4A 4GW6A 4FXDA 3ZT2A 4FJ9A 3LDSA 1QSYA 1S1WA 3DLHA 4DQSA 2X78A 3DMJA 1HYVA 4NCGA 1QTMA 3VQDA 4NYFA 4FLWA 2EHGA 1R0AA 4AHSA 3VN5A 1TL1A 4KB0A 3H08A 3C6UA 1FKOA 3IS9A 3RMDA 1UAXA 3ZSWA 3KLIA 4CFDA 1REVA 2VWKA 5FDLA 2HB5A 4CJKA 4E7HA 3AA3A 3SUOA 1NJWA 2PZSA 3NH0A 4J2AA 3NF8A 4MQ3A 4KV8A 5J1EA 3F9KA 3SQ2A 3RRGA 1WAJA 4F3TA 3V4IA 2X6NA 3NE6A 4FJJA 1CLQA 4KHYA 2PY5A 4JS5A 3RWUA 3V9SA 1Q9YA 4C8NA 3SJJA 3SUQA 3ZT4A 3PV8A 4FK4A 1KVBA 4CEZA 2XRIA 2FBYA 1VSMA 3HXMA 3VQPA 2IAJA 3DOKA 4HCCA 1T05A 4Z4GA 2HHVA 2YHAA 4DU4A 4W5TA 3K58A 1KCFA 4BE1A 1NK8A 4FW1A 4CHOA 3DYAA 4F8RA 4CJUA 4Z4CA 1IKYA 4KAZA 1J53A 4CJSA 3L2WA 4E7IA 3MXMA 4E19A 4CCHA 4O0IA 4DQQA 3CFOA 4FJMA 3AVBA 2Q3SA 1EXQA 4Z4HA 4ID5A 3L8BA 1X9SA 3EY1A 1RBTA 1X1PA 4KKOA 2EX3A 4H4OA 5I3UA 5KTQA 4E3SA 3LWLA 4ZTJA 3HPGA 4ID1A 5KRTA 3O3HA 1ZBHA 2QXFA 4RW6A 3DLKA 1FK9A 1L5UA 4CK3A 3V9XA 4O44A 3MAQA 3NGIA 4FK2A 4FCYA 4OPJA 3VQAA 2KW4A 4O5BA 1CZ9A 1JL1A 1EETA 4J2EA 1BCMA 4CK1A 4RG8A 5J2PA 3AO3A 1VK0A 3CYMA 3WNGA 3JYTA 1JXEA 5SZTA 1WSGA 4YFUA 4ELUA 1IO2A 3OY9A 2HNZA 1NJYA 3HYFA 4I9LA 3CM5A 1DTTA 3I8DA 2BDPA 4IKFA 4KHWA 3LPTA 1QSLA 3KK3A 4DSEA 1T8EA 1BIUA 1NKBA 4GVMA 1S1VA 4N76A 4O55A 3NH1A 1BGXT 3OYNA 1BI4B 3MXJA 4DTSA 3LAMA 1D9FA 2OZSA 1VSEA 5KGWA 2XY6A 3HP6A 4CEAA 1Z25A 4DFKA 4FJGA 4EZ6A 4M3RA 3JSMA 1WSEA 3E01A 1C6VA 3DLEA 1EKEA 1RT5A 4QAGA 4UQGA 3RRHA 1B9FA 2P5GA 1HQUA 2F8TA 3AV9A 1KTQA 1VSFA 3B6OA 2BGGA 2IS3A 1L3TA 3CFRA 5HRRA 1X9MA 4E0DA 3ZSOA 4C8MA 1WN7A 3K2PA 1KRPA 3PO4A 1NK5A 2LSNA 4M3UA 5J2MA 4Q0BA 3WNEA 1RT3A 2XY7A 3DI6A 2HNDA 1SL0A 4DTXA 3VQ8A 4CGIA 1JL2A 2DY4A 3SQ4A 2ZD1A 2WONA 4BDZA 1C1AA 4FJIA 2E4LA 5FRMA 3AVLA 3NF7A 4JRPA 4CFAA 3LP2A 1TAQA 4EZ9A 3HSTB 1ZBLA 4YNQA 4BWJA 4E1MA 4O0JA 1YTAA 4CF2A 4DTPA 1EP4A 4B9LA 4FYDA 2RF2A 3L3VA 4CE9A 2YNHA 2XHBA 1C0MA 2FC0A 3HVRA 4DTRA 4FJ7A 3KLHA 4NCBA 4CF1A 4FJXA 1KLNA 3C6TA 2IC3A 3QEIA 2RN2A 3QLHA 2XY5A 5HROA 1NKEA 4IFYA 4KTWA 1WSIA 3OYEA 1GOAA 3LPUA 4I7FA 3TANA 2YV0X 1RDBA 4TSXA 2WOMA 4M41A 4CEBA 3DM2A 4OGCA 2XO7A 4BACA 4DTOA 3S3NA 4ICLA 3SUPA 5C42A 1DLOA 1RBUA 2FBXA 2Z1HA 2DFEA 4NYNA 2O4GA 2HHWA 5CYQA 4HHTA 4DFPA 4QOZB 3OVNA 4LH4A 4OLAA 2HW3A 4CEFA 1XHXA 1JLCA 3AVKA 1QE1A 1EX4A 2XY8A 5SWMA 2Y1IA 5HP1A 2DTUA 4HUEA 1RDDA 3T1AA 1BQNA 4BE2A 3SV3A 4CJLA 3U6FA 4J2BA 4KTZA 4N41A 3KLGA 4ELVA 2NUBA 4M3ZA 2OPRA 3VQ7A 2KZZA 1D9DA 1ASVA 1KVCA 3RR7A 1XC9A 1QHTA 1S6PA 3VQ6A 4ZHRA 4DSKA 4ELTA 1Q9XA 3AVNA 1NJZA 3V1QA 1KFDA 1S9GA 5KGXA 2Y1JA 4KI6A 4CGFA 1NK0A 3OYBA 2HVIA 4B3OA 4N5SA 3SUNA 2QKKA 1RT7A 4OJRA 3HM9A 4CJ5A 4F4KA 3K57A 4C8KA 4CJTA 5C24A 4CEEA 4DFMA 2F8SA 3B6PA 3K5NA 3L2UA 3NF9A 3O4QA 3OYMA 2BANA 2YKMA 4N56A 3V81A 3KK1A 3K59A 3ZSRA 3QINA 4Y1DA 1JLFA 1TKXA 5HLFA 4M3YA 3TI0A 4JRQA 1TKZA 1RDAA 4WE1A 2JGUA 3HVTA 3LP3A 3M8PA 4AHUA 1VSKA 2YNGA 4CJVA 3O3FA 1RTJA 3OYCA 5T7BA 3NFAA 3A2FA 4DTMA 3SCXA 1UA1A 3MECA 2FBVA 4FJLA 4IG3A 3LALA 2D0BA 3I0SA 1NK4A 4GMJB 1NOYA 4K8XA 4PA1A 3DLGA 4DLEA 3V9WA 4AILC 4CJPA 1QSSA 3AA2A 3SYZA 4FZZA 3ZT0A 1JLGA 3THVA 2YKNA 2A1SA 4CF9A 4KHUA 4FLUA 4PUOA 1TV6A 4F2SA 4W5RA 3AO5A 1YTUA 3OYGA 4N47A 2QKBA 5HRNA 2D0AA 4CJEA 4DS5A 3V6DA 1HRHA 3BGRA 4FZXC 3G10A 4HCBA 2GUIA 3ZSYA 4FLYA 3KKSA 1TK5A 1RNHA 1KSPA 4DSJA 1VSLA 1VRUA 4CF8A 1LW0A 5HBMA 4JLHA 4W5OA 2DFFA 3VQ4A 4O4GA 3ISNC 4DTUA 3U3YA 1W9HA 4CHYA 3PX0A 1JLQA 2P5OA 1HYSA 4B9UA 4FM2A 4CFCA 1L3VA 1J5OA 5CYMA 3QETA 2PYLA 4PY5A 4CEQA 4E7KA 3ALYA 4F2RA 1U45A 5CZ2A 5DMRA 3VQEA 3TAMA 2B6AA 4CIGA 4BWMA 1BQMA 4KHQA 4B08A 4CHZA 4FK0A 1TAUA 5JS2A 4FLZA 3WNFA 1ASUA 1VSDA 3TAQA 1CXUA 1NK7A 4CESA 3AVJA 4H8KA 3T19A 3CM6A 3L2VA 2YHBA 3ITHA 4LH5A 3OS2A 3O4NA 3D0PA 3SNNA 1C0UA 3O3GA 2B4JA 3NBPA 1I39A 1QS4A 2VWJA 4Z4IA 3TR8A 1JLAA 2KFZA 3TAFA 5K14A 2KFNA 3OJUA 1JLEA 2IDOA 2IGIA 1ASWA 1B9DA 3VA3A 1RILA 3PUFA 1BL3A 4CEOA 3NGZA 5KRSA 2JLEA 3TABA 4LSNA 4B9SA 3IAYA 3OYAA 4CHNA 4CIEA 2X74A 3RMBA 3TAPA 3M8QA 4M3XA 3EYZA 1XI1A 4DSIA 4DQRA 3D45A 3KD5E 4Z4EA 5J2NA 3VQQA 3AO4A 4CJWA 3MEDA 3L2RA 2Z1JA 1N5YA 4FJHA 4HUGA 2OA8A 3AVHA 1J54A 4E1NA 3ZT3A 3QEVA 1MU2A 4KO0A 4E89A 3OYJA 4DLGA 3AVFA 3HJFA 3EZ5A 3P5JA 4RW7A 1NOZA 3FFIA 1JKHA 3AA4A 4CJQA 3VQ9A 4FZYA 4B9NA 4OLBA 1IH7A 1NK6A 4CJ4A 2ZE2A 4CGGA 3IG1A 3OS1A 3L2QA 3OJSA 3G0ZA 3WNHA 2ZQBA 3HP9A 2KQ2A 3MXIA 1W0HA 2KTQA 1D5AA 3KD1E 1CZBA 1A5VA 3L3UA 4I2QA 3RTVA 4CK2A 2OPPA 2B5JA 3U3GA 4DS4A 4OKJA 4LSLA 4DU1A 4DF8A 1S9EA 1XWLA 4OKKA 4AHTA 4OPKA 4FLVA 2P1JA 4M3WA 4FJ8A 2D5RA 3QEPA 1I3AA 2ITGA 4FVMA 5E41A 3ZSQA 3UIQA 2PYJA 2HHUA 4QCLA 3TAEA 4B9VA 4KB1A 2D0CA 4DF4A 2HMIA 4CF0A 3QEWA 3ZSXA 3V9ZA 1N6QA 2G8WA 5HRPA 1GOCA 1RBVA 3PX4A 3QO9A 4B9MA 4B9TA 3I0RA 4BDPA 4CJFA 3IRXA 2G8KA 3RMAA 4I9QA 4HVJA 1Z26A 3OS0A 4B8CA 3KLEA 2E6MA 4KHNA 3DLRA 1IKWA 3LP0A 2HHXA 3ASMA 2YNFA 2HHSA 1FXXA 1U4BA 3CQ8A 4K8ZA 2O4IA 1YT3A 3HT3A 3QEXA 4XIUA 1HPZA 5JS1A 4RW8A 3SV4A 4PWDA 4J2DA 4F3OA 4CFBA 1SUQA 3DRPA 1ZBIA 1JLBA 2BE2A 3HPOA 2OYQA 4Z0UA 3QESA 4Z4FA 4RW9A 1VSJA 1HNVA 3ZSZA 4AHRA 1LV5A 1O1WA 3DLBA 3OYHA 5D3GA 3OYIA 1GOBA 4FJNA 4AH9A 2G8UA 4Q5VA 2I5JA 4NCAA 4RW4A 3RMCA 2Z1IA 4KFBA 2HVHA 4KHSA 1NKCA 2GV9A 1S1XA 1K6YA 4G1QA 1S5JA 2X6SA 3QNNA 3PO5A 2VG6A 3SPZA 1L3SA 3NDKA 1NJXA 4LD0A 4FLTA 2OZMA 1F21A 4W5QA 1RT2A 1BISA 1KFSA 3ZCMA 3AVMA 3MEEA 3AO2A 1WSHA 4MFBA 4EP5A 4IG0A 4DMNA 3LZJA 4KRFA 3KIOA 3QIOA 3VQ5A 3NH2A 4DFJA 2DFHA 4DTNA 1RTHA 1WNSA 1Y97A 4FLXA 3K5OA 3S3MA 5EU7A 4DTJA 3TAGA 4CECA 1TK8A 4IFVA 1NK9A 3HK2A 4KI4A 4BE0A 3NHGA 4KREA 3C94A 1DTQA 3C95A 4FJKA 1BIZA 1L3UA 1C1CA 4CJRA 3V9UA 1HMVA 1SL2A 1BCOA 1Q8IA 4CHQA 3ZT1A 3AA5X 1UA0A 4FJ5A 4M42A 2A1RA 1RBRA 1VRTA 1TKTA 1S6QA 3DRSA 3LANA 3V1RA 4CEDA 1U48A 3SPYA 1SL1A 2YNIA 5I42A 3AVCA 1TGOA 1XHZA 1SKWA 3CFPA 3KK2A 4JS4A 4M45A 3HPHA 4CJ3A 4CGJA 1U47A 3DOLA 3QIPA 1ZYQA 1RTDA 1TK0A 1ITGA 1FKPA 1WSFA 3M8SA 3PX6A 4CIFA 1LWEA 1A5WA 4I2PA 3NGYA 1HJRA 4DU3A 4L8RB 2G8IA 1U04A 2KZMA 4FW2A 4OGEA 4KTQA 3TARA 3S3OA 2E6LA 5FRNA 1C0TA 1QQCA 1UOCA 3OYDA 2HHTA 2Z1GA 4CHPA 4E7JA 1T03A 4C8LA 3V1OA 2FBTA 2W42A 1LW2A 3M8RA 1HNIA 1RTIA 2HNYA 4B8AB 1RT1A 3NCIA 5CZ1A 3AVIA 3KKRA 1TKDA 1CXQA 3KTQA 3NAEA 3K5LA 4PQUA 2HHQA 1JXBA 1S1TA 4LY7A 3PY8A 5FROA 2G8HA 1RT4A 3LAKA 1YVUA 1S1UA 4DQIA 1B92A 1TVRA 2OPSA 3AVGA 3LP1A 1VSIA 2OPQA 4DWIA 4KPYA 2F96A 1LWCA 1RDCA 1ZBFA 3QNOA 1ZBUA 1X9WA 4R5PA 4M3TA 4FM0A 1WLJA 3OYKA 4HUFA 2RKIA 3HO1A 2GBZA 4OKEA 2IOCA 3ULDA 3AO1A 3T3FA 1WSJA 3QERA 4CGDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQYA 3CJBA 1BHLA 4FWSA 2P9KA 4H4MA 4JK8A 2ZF5O 5C2DA 3PIPL 1LAWA 4DR1K 4W5NA 3DRRA 4HTUA 3DLLL 1C1BA 2ATQA 3C65A 2O8CA 3VGKA 4AHCA 4CGHA 4BRNA 2NZTA 1SKSA 1LWFA 4A62A 4MLEA 3OYLA 3P1GA 3TWHA 3HL8A 2ZGYA 3FZFA 4H5TA 1IKVA 5DK5A 3J7ZO 4K25A 1RT6A 1O13A 1J9AA 3VQBA 3DJCA 5FPEA 4A5BA 3AAQA 1BI4A 4FJ9A 3LDSA 1GLCG 4DV1K 1Q18A 4IXCA 2F9TA 3I55N 1R0AA 2W40A 3MN9A 4KB0A 4NXNK 1P8ZA 3IS9A 3RMDA 1UAXA 3KLIA 1REVA 4E7HA 5M1OA 2HB5A 1NJWA 2PZSA 3CIPA 3WEEB 3SQ2A 4JI4K 3CQYA 3VEVA 2RE2A 4WFBL 3R6MA 3NE6A 4FJJA 2CH5A 2PY5A 3V9SA 4C8NA 1YAGA 4DCHA 1VSMA 2IAJA 4Z4GA 3ENOA 1N36K 4W5TA 3MN7A 4CHOA 3U8XA 1VQ9N 5FPDA 4Z4CA 5M1KA 5AR0A 4KAZA 1J53A 4CJSA 1T6CA 3MXMA 3NVMA 4DV2K 2GWJA 1TYQB 2VGNA 4O0IA 4JKEA 4JKFA 4CJ7A 4KKOA 2EX3A 5KRTA 1K8KA 1ZBHA 3QDKA 3CETA 2WFBA 3DLKA 1FK9A 4DR7K 4O44A 3O9UA 2KW4A 3L4QA 4RG8A 3K0SA 3A5NC 1WSGA 2HBKA 3OY9A 4FOIA 3QB0A 2HNZA 1KAYA 4DSEA 1BIUA 4FOEA 3IUCA 3NH1A 1D9FA 2QWNA 4CBWA 3TTCA 4DFKA 4EZ6A 3E01A 3DLEA 1EKEA 5GADP 4UQGA 3RRHA 1HQUA 3VGLA 2F8TA 2BGGA 5HRRA 3ZSOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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