2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
4KHYA 2B4JA 3HP9A 2ZD1A 4I7FA 3B6PA 1C0MA 3MEGA 1VSMA 4JRQA 4CJTA 1D8YA 4FJMA 4B9NA 1KVCA 1WNSA 2HHQA 4C8OA 4CEOA 3AVFA 2QXFA 3CFOA 3K57A 4KI6A 1L3UA 4DWIA 4KPYA 4GMJB 3F73A 3RMCA 4H4MA 1TGOA 2FBXA 3AO4A 1QTMA 4CJ3A 1B9DA 1ZBFA 4CJ5A 1A5WA 4B9SA 2OPRA 3NF9A 3AVMA 1VSIA 3G10A 4FLWA 3ZT2A 1XHZA 3L3VA 1RTJA 1J53A 3FFIA 2GV9A 3HVTA 4NYNA 3T19A 4CF9A 4BDZA 3KD1E 4CIGA 1WSJA 3AVAA 4KI4A 4M3UA 3OYKA 4FJ5A 4CEEA 1NJYA 2HVHA 2OA8A 4FLZA 4F4KA 4B08A 4QOZB 4CHYA 3ZSRA 3L2WA 1UA1A 1TL1A 3DLHA 1JLGA 4IBNA 2OPSA 3ZSVA 3KK1A 1IO2A 1BHLA 1RDAA 2HB5A 2XRIA 4E7IA 4KFBA 2BE2A 3KIOA 4N76A 1W0HA 2IAJA 2DY4A 4FVMA 1LWFA 3OYDA 1RTHA 3DI6A 3LAKA 3LANA 5D3GA 4DTXA 3ZSQA 3OS1A 4FJNA 3VQDA 4FZXC 4KTZA 1SKRA 4Z4EA 2PZSA 1TKXA 1IKVA 1VRTA 1W9HA 3DYAA 3OYLA 3DLGA 4HCBA 4LH5A 1UA0A 4KREA 3L8BA 4CF0A 4ID1A 1JLCA 1C1AA 5J2QA 3HYFA 3QERA 3O4QA 3ZSWA 1WLJA 3I0RA 3LALA 4JLHA 4AH9A 4AHVA 5KTQA 4CHOA 1BISA 1JXBA 4KKOA 4FCYA 3V9ZA 2PYJA 4KTQA 3OYCA 3LPUA 4O4GA 4LH4A 1TK0A 4DSKA 1L3VA 1QSSA 1QE1A 4FM2A 4DTUA 4AHRA 1A5XA 1D9DA 1CZ9A 3ZT4A 3D45A 1QSYA 3NCIA 1YVUA 3TR8A 2VG7A 1L5UA 3PX0A 4E7HA 1NK8A 2YKNA 3PV8A 2Z1HA 2DTUA 2LSNA 2PYLA 1UWBA 3CG7A 1C0UA 2I5JA 5EU7A 4AILC 2X6NA 1U04A 1T8EA 2WOMA 1KFSA 2G8HA 4HCCA 3NF6A 2OZSA 3CYMA 4PUOA 3NF7A 2FBYA 2QKBA 2X74A 4OKEA 1CXQA 1ZBHA 1SL1A 2KFNA 3PUFA 1F21A 3L2VA 3RRHA 3LWLA 3RRGA 1RT5A 1S1TA 1J9AA 4G1QA 3QEWA 1WAFA 5K14A 3RMBA 4N5SA 4ELVA 1WSHA 4CK2A 1IKWA 1DTQA 1I39A 1REVA 4CECA 5SZTA 1RT4A 3K5MA 1RDCA 3VA0A 1QSLA 1B9FA 4EZ6A 4W5NA 1LW0A 3T1AA 3VQAA 3LP0A 4AHUA 3K58A 3RR8A 2E6MA 3DM2A 1VRUA 4NYFA 4DS4A 3AVLA 4DF4A 2JLEA 4B9LA 4KO0A 2G8UA 3S3OA 2D5RA 1NK9A 4HVJA 3K5OA 3VQ8A 1X9WA 3G0ZA 2RF2A 1JLAA 3NH2A 3OJSA 4FJHA 4DTRA 5I42A 4E1NA 4CGGA 4FLXA 4DS5A 3LPTA 3VQCA 3CQ8A 3AVBA 3AO5A 1WSGA 1RBTA 1VK0A 3S9HA 3AA2A 4DTNA 4CHNA 3V1QA 4M45A 4DFMA 3V81A 2OPQA 3NBPA 2VWKA 4DQSA 3U6FA 5C42A 5E41A 1MU2A 1Q9XA 5KRTA 4M3WA 3DLBA 3MEEA 4FK2A 3QNOA 4PY5A 1NJWA 4Y1CA 3TAGA 3TI0A 1D9FA 2R7YA 4I2QA 2FBVA 1KFDA 3H08A 4M41A 3QESA 4BE1A 1JLQA 3AVCA 3HL8A 3OYFA 3I8DA 2YHAA 4CFAA 2W42A 3LP1A 2XHBA 5J2NA 1XC9A 4CJFA 2HHUA 1GOAA 4IG0A 3K5LA 1ASVA 4FLTA 3VQ6A 3SQ1A 4IFVA 1NKCA 4M3XA 3SV4A 4DTMA 2P1JA 4RG8A 3OYBA 2HNDA 1RBSA 3SCXA 2ETJA 4DFPA 1R0AA 1CLQA 3C6UA 3ALYA 3VQ5A 1BGXT 2XY6A 4ZTJA 1NK4A 1NK0A 4ELUA 1ZYQA 1J54A 1KRPA 3LZJA 4B9TA 4E0DA 5DMRA 4KHNA 1C1BA 4CE9A 4L8RB 1BI4A 1C1CA 1TV6A 3O3FA 5I3UA 4CEDA 4KHQA 3NGZA 3KK3A 4RW7A 3DMJA 5FRNA 4CJSA 4CJUA 2KZMA 2G8KA 1JLFA 3SV3A 2YNHA 3SQ2A 2RPIA 2Y1IA 4PWDA 4B9VA 3OVNA 1RT2A 1WSIA 3VQ7A 3O3HA 3ZSYA 3VQEA 2Z1IA 4M3ZA 1TK8A 1RILA 2F8SA 2KFZA 1WN7A 2ZQBA 4CJLA 5C24A 4W5RA 4O0JA 4E89A 1HQUA 1VSFA 3ZT3A 1KVAA 4BE2A 3QNNA 3KLFA 2VG5A 4M3RA 3TWHA 4HUFA 2YKMA 1NKEA 3MECA 3MEDA 1CXUA 4AHSA 1EXQA 4DQRA 2G8WA 4FLYA 2P5OA 4IKFA 3ZCMA 4I9QA 1VSJA 2VG6A 1RT6A 3TARA 2D0CA 5J2MA 4HUGA 5CYMA 1BIZA 2O4IA 4FJ7A 4FM1A 1DTTA 3A2FA 4QAGA 4FXDA 4E7KA 1HYSA 2RKIA 3QLHA 1KSPA 3IS9A 3HPGA 2DFFA 4FJGA 4CFCA 3LZIA 4DSLA 1S1UA 1WAJA 4Z4HA 2B6AA 4RW6A 4CEZA 1IG9A 2HVIA 1RBVA 4B9MA 4AHCA 1CZBA 1I3AA 4CFDA 1LWCA 4DTPA 2HHSA 4O55A 1NJZA 3TANA 3AA5X 2YV0X 1FXXA 4DU3A 1RTDA 3S3MA 1HNVA 3NDKA 4OLAA 4Z0UA 3U3GA 3AVGA 3WNGA 5J2PA 1XI1A 3MXJA 3KLEA 4RW8A 3LP2A 4CEBA 3M8QA 1QHTA 3TAEA 5FROA 3HT3A 4E3SA 1FK9A 3HPHA 1HPZA 1EX4A 3NFAA 3ZSZA 3JSMA 3SPYA 3SYZA 3SUNA 1N5YA 1NK7A 4DQPA 5KI6A 3HVRA 3QETA 4KRFA 1RTIA 3AA3A 4I9LA 4KHSA 3M8SA 4EP4A 4B8CA 1N6QA 1RDBA 3AVHA 4CGJA 4OPKA 1X9SA 3OYMA 5HLFA 1HYZA 4N47A 1B92A 4LD0A 3HSTB 3LAMA 4BWMA 4Q5VA 4DSFA 2QK9A 4CF8A 3PY8A 3WNEA 1RT7A 2IDOA 2JGUA 3O4NA 1LW2A 1HNIA 3O3GA 3JYTA 2RN2A 1JLBA 1Q9YA 1ZBIA 3V9SA 2DFEA 3L3UA 4FYDA 3QO9A 1JL1A 4WE1A 3KJVA 1TK5A 3VQQA 1RT3A 3DLEA 3PX6A 4FJIA 3PX4A 3RMAA 4ICLA 4CGIA 2HMIA 3C95A 4RW9A 4DSJA 4Y1DA 4EP5A 3AVJA 3VN5A 2Z1GA 2Y1JA 4H4OA 3NH0A 3SZ2A 1U48A 3IAYA 3OYGA 4FZZA 2GBZA 4CHQA 3RWUA 4DG1A 4E7LA 2KZZA 1C6VA 1XHXA 2EHGA 1U49A 3SQ0A 3OYHA 2DFHA 4KB0A 1HMVA 1YTAA 1TKTA 1HYVA 3EYZA 1NJXA 4F3OA 3V9UA 1XWLA 4FJ8A 5KGXA 4O44A 3CM5A 4CEQA 4DQQA 3AA4A 4BWJA 4FJJA 4IG3A 4MQ3A 3S3NA 1HRHA 4KV8A 4C8MA 1KLNA 4DSIA 3L2RA 1NOYA 4FJKA 5HRRA 4CEAA 3B6OA 4ZHRA 4CCHA 2XY8A 1S9EA 3KK2A 1A5VA 1KLMA 4I2PA 1X9MA 4CGDA 4M3TA 3OYAA 1T7PA 5CZ2A 1LWEA 3I0SA 4CJWA 4CGHA 3T3FA 1J5OA 4W5OA 4W5QA 1S6PA 3SQ4A 3SPZA 1HJRA 1NK6A 3DLKA 4O5BA 2YHBA 3OYJA 2HHXA 2BDPA 4KHUA 3AO2A 3HM9A 3C94A 3ZT1A 4E1MA 3OS2A 3IRXA 4DTSA 1JLEA 2ITGA 2XY7A 4C8LA 3KKRA 3QEXA 3KD5E 4CJVA 4DLEA 3TAFA 1EETA 4FW1A 2F8TA 3DOLA 3NE6A 1SUQA 4KTWA 2QKKA 4HUEA 4N41A 3NAEA 4MFBA 3ZT0A 4J2BA 4DU1A 4FK0A 3L2QA 3P1GA 2OPPA 4M3YA 3F9KA 3HP6A 2G8FA 2IC3A 4F3TA 4XIUA 1IH7A 4DMNA 3KLHA 2A1RA 1S1VA 4BE0A 4CF1A 4CHPA 5HRSA 1ITGA 3SJJA 1T03A 1LV5A 4C8KA 4Z4IA 4CJRA 4DTJA 4K8XA 1L3SA 3SUQA 1ASWA 2B5JA 2EX3A 3TAMA 3VQ4A 5KGWA 3OY9A 3LWMA 1S1WA 3K59A 4DFJA 3KTQA 4JS4A 4HTUA 4OJRA 1U47A 1Q8IA 1LAVA 3QEVA 3EZ5A 3E01A 5CYQA 4OGCA 1S9GA 1FKPA 2O4GA 4CF2A 2P51A 4OKJA 3OS0A 3OYIA 2IOCA 3QEIA 4KAZA 2ATQA 2IS3A 2ZE2A 3LDSA 3TABA 4TSXA 1SKSA 4F2RA 3KKSA 1TAQA 1L3TA 1BQNA 3NGIA 4CIEA 4DFKA 4NCAA 1G15A 3LP3A 3NH1A 4JRPA 2HHVA 3KLIA 3V1OA 3ASMA 4DQIA 1U45A 1QS4A 1JXEA 3VQBA 3HXMA 2HNYA 2NUBA 3IG1A 4YFUA 3RTVA 1BCMA 1UOCA 1HQEA 1SL0A 2PY5A 4FJLA 1RCHA 1K6YA 2Z1JA 3AO3A 1UAXA 1RNHA 4GVMA 5HRPA 5T7BA 3CFRA 3D0PA 4DLGA 1RBRA 3AO1A 4CFBA 4CIFA 4OPJA 4OLBA 2X78A 1JKHA 5HROA 4B8AB 3V1RA 4BDYA 4CHZA 4ID5A 3ULDA 4KHWA 5FRMA 1SKWA 3V6DA 2OZMA 1D5AA 3MAQA 3BDPA 4CK3A 3DLRA 2F96A 4Z4CA 2XY5A 4J2AA 4NCGA 2HW3A 1VSLA 3ISNC 4RW4A 3VA3A 4DSEA 4Q0BA 2HHTA 4M42A 4E19A 1Z26A 4C8NA 1GOBA 1VSKA 5CZ1A 4Z4FA 3PO5A 1WSFA 1QQCA 4F2SA 3DRPA 1S6QA 3BGRA 5CY4A 5FDLA 2IGIA 2VWJA 4KB1A 3QINA 4FJXA 5HBMA 3V4IA 4DTOA 4N56A 4CJQA 2KTQA 4CJEA 3MXIA 1BI4B 1BL3A 3HJFA 4FK4A 1IKXA 4FLUA 2E4LA 4CJ4A 3NHGA 1ZBUA 5J1EA 4FM0A 3V9WA 4FJ9A 4HHTA 3WNHA 4AHTA 3OYEA 1S1XA 1O1WA 3MXMA 1TVRA 4CGFA 3M8RA 2FC0A 1X1PA 5HRNA 3RMDA 4LSNA 3AVNA 4CERA 2A1SA 3OJUA 1WSEA 1BQMA 5HP1A 5C25A 1VSDA 2WONA 4FLVA 3PO4A 2KQ2A 2D0AA 3DRSA 4UQGA 3NGYA 1RBUA 5SWMA 3HO1A 3QIOA 2HNZA 3AV9A 1Y97A 4LY7A 1YT3A 3TAQA 1RT1A 4BACA 1SL2A 4K8ZA 3RR7A 1NKBA 2E6LA 3P83D 3VQPA 4NCBA 3DRRA 1NOZA 1VSEA 2YNIA 4CEFA 5KRSA 5JS2A 3M8PA 4EZ9A 4QCLA 4DF8A 2YNFA 2OYQA 3SUPA 1VSHA 4GW6A 1S5JA 4ZTFA 3DOKA 1ZBLA 4OVLA 3TAPA 1YTUA 2GUIA 4CK1A 4CESA 1ASUA 3KLGA 3CM6A 4H8KA 4OGEA 3UIQA 4IFYA 3ITHA 1C0TA 2BGGA 1SV5A 1FKOA 4FZYA 1EP4A 3U3YA 4PA1A 3VQ9A 4O0IA 3V9XA 3ZSXA 1TKDA 1LAWA 4FW2A 4ELTA 2G8IA 3EY1A 4JS5A 2G8VA 4PQUA 4LSLA 3K5NA 1TAUA 1TL3A 1NK5A 1KTQA 3OYNA 5DK5A 3AVIA 4CJKA 1GOCA 1BCOA 4E7JA 2HHWA 3THVA 4F8RA 3QIPA 4CJPA 3WNFA 1DLOA 4BDPA 3QEPA 3ZSOA 3K2PA 3CFPA 4R5PA 3SI6A 3L2UA 2KW4A 3SUOA 2XO7A 3HPOA 2X6SA 3SNNA 1Z25A 4DU4A 4J2EA 2FBTA 1U4BA 1BIUA 1T05A 2AJQA 3C6TA 4OKKA 2YNGA 1TKZA 4B9UA 4B3OA 1KVBA 4J2DA 4IDKA 1EKEA 2P5GA 1JL2A 4W5TA 5JS1A 4Z4GA 3NF8A 1IKYA 1KCFA 3P5JA 1RDDA 2BANA 3AVKA 4YNQA 2Q3SA 3HK2A 2D0BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BRFA 4DR1K 4FJMA 5C15A 4C8OA 3AVFA 3O9QA 3K57A 4KPYA 4H4MA 1TGOA 3O5BA 1K9MO 4G9ZA 3AO4A 3S41A 5FPNA 3J80O 3NF9A 2F9TA 1VSIA 3G10A 2D0OA 3L3VA 3FFIA 3T19A 4CF9A 2HVHA 3OYKA 4FJ5A 1J6ZA 2YHXA 3L2WA 1UA1A 4JI5K 5GIPA 3DLHA 4IBNA 3Q7BA 4DV4K 3ZSVA 1IO2A 4E7IA 3OBYA 3HSCA 2GWKA 1Q82O 1MWKA 4DTXA 3ZSQA 1JCEA 3BZCA 4BR7A 1TKXA 2V52B 3AY9A 2IIRA 4CZMA 1UA0A 4JKHA 4CF0A 1JLCA 5J2QA 4R79A 5GINA 4JLHA 4FM0A 4AH9A 4FJJA 2UXCK 3ULEB 1TK0A 4O8KA 4DSKA 1L3VA 1QE1A 4DTUA 3NCIA 5KQ8A 3VERA 3O1WA 4QS8A 2Z1HA 2DTUA 1UWBA 1XC3A 3CCVN 4AILC 1U04A 3H6EA 2OZSA 1X9JA 4JK7A 4OKEA 1ZBHA 4CI6A 4I6MA 1IJJA 1SL1A 3E9PA 4DUZK 3PUFA 3LWLA 3VOVA 1J9AA 4ELVA 1WSHA 3TTFA 1I39A 1RDCA 5AFUA 3SAHA 1LW0A 1OH8A 1VQMN 4NYFA 2JLEA 2UXBK 4B9QA 2G8UA 4DKWA 3VQ8A 3HI0A 3G0ZA 5JVGL 4CD1A 1JLAA 3NH2A 3OJSA 4FJHA 1FJGK 5I42A 2O8EB 4FLXA 4DS5A 1P90A 1DKGD 3AVBA 1WSGA 3D2FB 3EZWA 5BREA 1VQON 3V81A 3CPEA 4IEIA 4M3WA 3DLBA 3AGKA 3MEEA 3HTVA 2A40A 3TAGA 1NMDA 1D9FA 2R7YA 1VQ8N 1KFDA 3U4LA 4AM7A 4BE1A 3I8DA 1XC9A 4H5TA 2HHUA 4Y0WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5BRF A;  4DR1 K;  4FJM A;  5C15 A;  4C8O A;  3AVF A;  3O9Q A;  3K57 A;  4KPY A;  4H4M A;  1TGO A;  3O5B A;  1K9M O;  4G9Z A;  3AO4 A;  3S41 A;  5FPN A;  3J80 O;  3NF9 A;  2F9T A;  1VSI A;  3G10 A;  2D0O A;  3L3V A;  3FFI A;  3T19 A;  4CF9 A;  2HVH A;  3OYK A;  4FJ5 A;  1J6Z A;  2YHX A;  3L2W A;  1UA1 A;  4JI5 K;  5GIP A;  3DLH A;  4IBN A;  3Q7B A;  4DV4 K;  3ZSV A;  1IO2 A;  4E7I A;  3OBY A;  3HSC A;  2GWK A;  1Q82 O;  1MWK A;  4DTX A;  3ZSQ A;  1JCE A;  3BZC A;  4BR7 A;  1TKX A;  2V52 B;  3AY9 A;  2IIR A;  4CZM A;  1UA0 A;  4JKH A;  4CF0 A;  1JLC A;  5J2Q A;  4R79 A;  5GIN A;  4JLH A;  4FM0 A;  4AH9 A;  4FJJ A;  2UXC K;  3ULE B;  1TK0 A;  4O8K A;  4DSK A;  1L3V A;  1QE1 A;  4DTU A;  3NCI A;  5KQ8 A;  3VER A;  3O1W A;  4QS8 A;  2Z1H A;  2DTU A;  1UWB A;  1XC3 A;  3CCV N;  4AIL C;  1U04 A;  3H6E A;  2OZS A;  1X9J A;  4JK7 A;  4OKE A;  1ZBH A;  4CI6 A;  4I6M A;  1IJJ A;  1SL1 A;  3E9P A;  4DUZ K;  3PUF A;  3LWL A;  3VOV A;  1J9A A;  4ELV A;  1WSH A;  3TTF A;  1I39 A;  1RDC A;  5AFU A;  3SAH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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