2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
b'EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
2WOMA 4CF8A 4DTJA 3S3OA 2PY5A 3ALYA 1RBRA 3ISNC 3JSMA 4NCBA 1WSJA 4DTOA 3DOKA 1TKXA 1TL1A 3AA5X 3VQ9A 4CIEA 2KW4A 4E19A 3V9XA 1NK0A 4KREA 5FROA 3WNFA 4FZXC 3ASMA 1EKEA 4KV8A 3F9KA 4C8LA 4MFBA 4EP4A 1YTAA 4DQIA 3DI6A 3T1AA 4FVMA 3LP0A 4E7LA 1JXEA 4FLWA 1IO2A 1RNHA 3QIOA 3V81A 1Z26A 1TAQA 5HRSA 5T7BA 4KI4A 1A5XA 1WN7A 4CJQA 1BIZA 4NYFA 1TKDA 1KLMA 3KK2A 4BWJA 4WE1A 4CEBA 4ELUA 3T19A 4M3WA 1ZYQA 3AVFA 3IS9A 2ZE2A 4DLGA 2D0AA 2HHWA 1VSDA 4GMJB 2FBYA 3SNNA 4Y1DA 1JLFA 4N47A 3I0RA 4MQ3A 1X9MA 5JS1A 3RRHA 3M8QA 3LPTA 5CZ2A 1NK5A 4DG1A 4BE2A 3KLEA 1QTMA 5CYQA 4CFBA 1BI4A 4AILC 3HXMA 1L3SA 4DQPA 3LDSA 2HHTA 5CZ1A 4O0IA 3VQBA 4B8AB 4JS5A 4OLBA 2DTUA 1WSHA 4RW6A 4Z4CA 3FFIA 4DF8A 4AH9A 4GVMA 1EP4A 3ZSWA 4Z4FA 1C6VA 1W0HA 3SUQA 1WNSA 3D45A 3I0SA 1ASVA 3DRPA 3QNOA 3TAMA 1VSKA 4DTRA 4OKKA 1LAVA 2FBTA 3QINA 4CJFA 4CK3A 4KO0A 2QK9A 1D5AA 4CK2A 4HCBA 1NKBA 1J9AA 1S1XA 1NK4A 4OKJA 3AVJA 4HUGA 4H8KA 1HQEA 1S1WA 1ZBFA 4KAZA 2HHQA 3OYEA 4DTMA 4CJUA 5J1EA 3SV3A 1NJXA 1SL0A 1RT2A 3S9HA 3RRGA 3HO1A 4M41A 4W5QA 3AO2A 1LAWA 4FM2A 4NYNA 2IDOA 1VRTA 4RW8A 2Y1JA 4FK2A 1RCHA 3K5OA 3RTVA 3PUFA 4ELTA 3AVHA 1TK8A 3OYHA 2KTQA 1UWBA 1HNVA 3NHGA 4M3UA 1Q9XA 2HW3A 4DMNA 2Z1GA 4M3RA 4DTXA 3DM2A 3WNGA 3ZT4A 3KLGA 2ZD1A 1X1PA 4KRFA 3SPZA 3K59A 1JLGA 4FLZA 2DY4A 4CECA 2I5JA 3LP2A 4CHNA 3QEPA 4DSIA 3HP9A 2QKBA 1NKCA 3RMAA 4IDKA 4M3ZA 3QEVA 4XIUA 3RR7A 1VSLA 4AHRA 3H08A 4DS5A 5SWMA 4FJIA 3TARA 3TAQA 4CGIA 1QSLA 1ITGA 4QAGA 4KHSA 2QXFA 4FLUA 4CFDA 2VG7A 2YKMA 4DQQA 1U48A 3KTQA 1LWEA 1BQMA 2YNHA 4ZTJA 3OVNA 1I39A 4DFJA 3SQ2A 3TAEA 4FW2A 2BANA 4K8XA 1DTTA 2E6LA 3O3GA 1HYZA 1WSGA 1F21A 3V1RA 3SI6A 3TAPA 3WNEA 3K2PA 4CEOA 2P5OA 3AA3A 4OVLA 1Z25A 3HVTA 2KFNA 1B92A 4C8OA 4FJ5A 4FJ7A 3KK1A 3KD5E 1K6YA 1U47A 4HUEA 4OGCA 2DFFA 4CEEA 3V9ZA 2HHVA 3DLKA 1RDBA 4KTWA 4KHNA 3CG7A 1ASWA 3OS2A 1N5YA 1Q9YA 1JLQA 1NK8A 3T3FA 1TKZA 4CJKA 3KIOA 4CHQA 2X78A 3K5LA 1RBSA 2FBVA 5KRSA 1JL1A 3HSTB 4F3OA 4E3SA 3L2VA 1XC9A 4BDPA 1JLCA 3G10A 3OJUA 3V9SA 4BDZA 1S6PA 4R5PA 3OYLA 3LZIA 3NBPA 1CXUA 4DWIA 2OYQA 3NGZA 1LWCA 4I9LA 2GUIA 3AVMA 3ZSZA 3V9WA 5HROA 3V1QA 2RPIA 3C6UA 2ATQA 2D5RA 4DTSA 1JLBA 3RMCA 3BDPA 1TVRA 3D0PA 3B6OA 4DTPA 3SUOA 2OZMA 4K8ZA 3EYZA 4C8KA 1BIUA 1VSEA 2RN2A 5SZTA 4DSKA 3UIQA 2FC0A 4QOZB 4B9SA 1YVUA 4C8MA 4HHTA 4CF0A 4DF4A 1S1UA 3RWUA 3HJFA 3MEDA 4BE0A 3RMBA 2G8VA 2F8TA 2KZMA 3TAFA 3MECA 3RR8A 4CEDA 2LSNA 4O55A 3CFPA 1BCMA 4FJNA 3TWHA 4TSXA 2XO7A 4Q0BA 3V4IA 1L3TA 4N41A 4KHQA 4IKFA 2O4GA 2HVIA 3VQ8A 3LAKA 4DSLA 3DLRA 2IAJA 5HBMA 4FJLA 4DFMA 3VN5A 3HYFA 2XRIA 3HM9A 1UA0A 4YFUA 4BWMA 1QHTA 2E6MA 2VWJA 3LP3A 4FJJA 3HPOA 4DTNA 1IKXA 2X6NA 5C25A 3E01A 1FKPA 3NCIA 3M8PA 1BL3A 5D3GA 4FW1A 5J2PA 3NF6A 4IBNA 1BCOA 1ZBUA 3O3FA 3SZ2A 3DOLA 4CJWA 1WSEA 1SKRA 1C0UA 3VQPA 1RBVA 1GOCA 1QQCA 3OY9A 3OYIA 4CJTA 2EX3A 4M3TA 1S1VA 3B6PA 3S3MA 4CJPA 2ETJA 5JS2A 4CEZA 4KI6A 4RW4A 3PV8A 4Z0UA 3MXJA 4HUFA 2F96A 5HRNA 1EXQA 4LD0A 3OYMA 3U3YA 3PX6A 3O4NA 3S3NA 1J5OA 3VQQA 1QSSA 3ZT2A 3PO4A 1C1AA 3NGYA 1WLJA 3HPGA 2RF2A 4CJ4A 4E7HA 2XY7A 4W5RA 1FKOA 1MU2A 3LALA 2R7YA 3CFOA 3OYFA 1VSJA 3I8DA 1LWFA 3DLGA 4FLYA 1D9DA 5I3UA 1U04A 4F2RA 4J2BA 4RG8A 3DMJA 3NF9A 5CY4A 4CF2A 3M8SA 4FJHA 3U3GA 4FJ9A 3QEXA 4DTUA 3MEGA 4RW9A 3IG1A 4CHZA 2F8SA 5I42A 4Y1CA 3AVCA 1KVCA 4NCGA 3AO3A 4IFVA 1T05A 1N6QA 3AVKA 2G8UA 2D0CA 4JRPA 5C24A 1HRHA 4M3YA 1G15A 1IH7A 1RILA 1SV5A 1ASUA 3DLBA 3NFAA 4CEFA 1U45A 2O4IA 4W5NA 1NK7A 2AJQA 4EZ6A 4H4OA 4CF9A 5HP1A 1S9GA 2B5JA 4N5SA 4E1MA 4FCYA 2KZZA 3AVAA 3ZSOA 4JS4A 4Z4HA 1RTDA 3NH2A 3K58A 4JRQA 3IRXA 1CZ9A 1UOCA 1VSIA 1Y97A 3CFRA 3CQ8A 1ZBLA 2X6SA 4GW6A 2RKIA 4PA1A 1RDCA 4CESA 4CHOA 2WONA 2IS3A 3L2UA 4BDYA 3SQ4A 4PUOA 3QIPA 2ZQBA 3AO1A 4DFPA 3NH1A 1O1WA 4I2PA 1RT5A 3LWMA 2G8IA 4LH5A 4E0DA 2ITGA 4OLAA 3AVLA 3QEWA 4CHPA 1QE1A 2P1JA 2JGUA 3QERA 4I9QA 4KPYA 1R0AA 4DQRA 1BQNA 4Q5VA 3SCXA 1X9WA 3EZ5A 1S5JA 4B8CA 2HB5A 1C0MA 2PYLA 3DLEA 4Z4EA 2Q3SA 4DQSA 4B3OA 3AA4A 4O0JA 3EY1A 3PX4A 1HQUA 1LV5A 3OS1A 4AHVA 4FJ8A 3C94A 3ZT3A 2NUBA 5DMRA 1IKWA 3KD1E 3AVNA 2KQ2A 4DSEA 4KHWA 3WNHA 3TI0A 2HNDA 2HHSA 1RBUA 4DLEA 4FLVA 4EP5A 2A1RA 1A5WA 2QKKA 4I2QA 2IC3A 2XY8A 3VQCA 3AA2A 3MEEA 4UQGA 4I7FA 3MAQA 3PX0A 3LANA 4IFYA 1XHZA 2HMIA 3IAYA 1BGXT 5K14A 2IOCA 1VSMA 2GBZA 3HL8A 3P83D 4J2DA 1KSPA 3SPYA 3DRSA 2G8KA 4CCHA 1L5UA 2XY5A 2VWKA 3ITHA 4OGEA 3LP1A 1KFDA 3AO4A 1RDDA 3KK3A 3DYAA 1S1TA 1KFSA 4CK1A 3QESA 1HYVA 3QLHA 2X74A 2OPSA 4CGHA 2G8FA 4QCLA 1HMVA 2P51A 1S9EA 2DFHA 2Z1JA 3C6TA 4M3XA 3K5NA 3CM6A 4IG0A 4BACA 4OJRA 1IG9A 2YV0X 2BDPA 2BGGA 1C0TA 1L3VA 1VK0A 3LWLA 3TANA 3THVA 1RT1A 3ZT1A 5FRNA 1HPZA 1NOZA 3QO9A 1BISA 1A5VA 4LH4A 4B9NA 4CGJA 5FRMA 1WAFA 4YNQA 1KLNA 2YKNA 4DU4A 3VA3A 4J2EA 4CHYA 2HHUA 3LAMA 3L2QA 1RDAA 2YHBA 1BHLA 1JXBA 1TV6A 4FLTA 4B9TA 4FJKA 4FZZA 1KTQA 3OJSA 4IG3A 4KHUA 1REVA 1Q8IA 4AHSA 2EHGA 3HT3A 4ZHRA 1NJYA 2JLEA 1DLOA 1QSYA 1BI4B 3AVGA 4RW7A 2A1SA 3KLFA 1IKVA 4F3TA 1HYSA 3HP6A 3A2FA 1NJWA 4E1NA 3SUNA 4N76A 1KRPA 3V9UA 4FM0A 4CFCA 2PZSA 1RT3A 4PY5A 3V1OA 4CJRA 3VQDA 4CEQA 3KLHA 5KTQA 3SQ0A 1KVAA 4AHCA 4OPJA 2KFZA 1NK9A 1T8EA 4HTUA 2OPRA 1WSIA 1S6QA 3KLIA 1B9FA 1RTHA 5J2MA 4CF1A 3RMDA 4CIFA 5C42A 2BE2A 1NKEA 3VQ5A 5FDLA 3JYTA 1LW0A 1WAJA 1WSFA 1JLEA 1J53A 3NDKA 3OYGA 2YNFA 3AO5A 1KVBA 2HNYA 3OYBA 4JLHA 4OKEA 3ZT0A 1ZBIA 1X9SA 4KTZA 1L3UA 3MXMA 3NH0A 1IKYA 2B4JA 4ICLA 3L3VA 4M42A 4LSLA 4L8RB 4FJXA 3KKSA 3OYDA 1C1BA 1EETA 3NGIA 3VA0A 2G8HA 3OYAA 3ZSVA 1TAUA 1HJRA 3K5MA 5HRRA 2YNGA 4PQUA 4F2SA 4FM1A 3HPHA 4CJ3A 4F8RA 3KKRA 2OPPA 4E7JA 4HCCA 3LPUA 3NE6A 4FJMA 1I3AA 5J2QA 1DTQA 1D8YA 4B9VA 4FLXA 3MXIA 1SKSA 3P1GA 5EU7A 3OYNA 2FBXA 4LY7A 2OA8A 3L3UA 4DSFA 3QEIA 3QETA 1T03A 4NCAA 3VQEA 2HNZA 2PYJA 3OYJA 3O4QA 5HRPA 3TABA 3ZSXA 4W5OA 4FJGA 5HLFA 2YNIA 5DK5A 4CE9A 1JKHA 5E41A 3TAGA 4B9UA 1TL3A 1VRUA 3DRRA 4KTQA 2Y1IA 3CYMA 4CJ5A 3O3HA 3PO5A 3LZJA 3AVBA 2B6AA 4N56A 2OPQA 1GOBA 3AV9A 4FXDA 1KCFA 3V6DA 2D0BA 4DSJA 3KJVA 1EX4A 1FK9A 2Z1IA 3NF7A 4G1QA 4C8NA 4CGGA 4CJVA 4BE1A 4FZYA 3F73A 1C1CA 1RT6A 3OS0A 1SKWA 3DLHA 1RTIA 3NF8A 2GV9A 3PY8A 4FK4A 3HK2A 1SL2A 3VQ7A 2W42A 4B9LA 1B9DA 1FXXA 4CJEA 1JL2A 4DS4A 5J2NA 1T7PA 4HVJA 4Z4GA 4CGFA 3QNNA 1RT4A 1YT3A 3P5JA 1RBTA 1W9HA 1XHXA 1GOAA 1JLAA 4Z4IA 3AVIA 3VQ6A 4E7KA 1VSFA 3SQ1A 2YHAA 3SJJA 5KGWA 4M45A 1LW2A 4AHUA 2IGIA 2G8WA 4FYDA 5KI6A 3BGRA 4KHYA 4DFKA 3M8RA 4ELVA 4CJLA 3ZSQA 2E4LA 4O5BA 3ZCMA 4ID5A 3OYCA 3NAEA 4F4KA 1TGOA 1XI1A 1UAXA 4AHTA 2VG5A 1XWLA 1VSHA 1SL1A 5CYMA 3VQ4A 3HVRA 4CEAA 1ZBHA 4E7IA 4OPKA 1TK0A 3U6FA 4FK0A 3G0ZA 3L8BA 3SYZA 3ULDA 1CLQA 4O44A 1UA1A 4CGDA 1RT7A 4B9MA 3K57A 1NJZA 4H4MA 2DFEA 3C95A 3L2RA 3TR8A 3ZSYA 3OYKA 4DU3A 1U4BA 4KFBA 4CJSA 1QS4A 3SV4A 2XY6A 1D9FA 2HHXA 4O4GA 1CXQA 1TK5A 2P5GA 2OZSA 5KGXA 3ZSRA 2HVHA 4W5TA 1NOYA 1SUQA 3VQAA 1RTJA 4KB1A 4PWDA 1TKTA 4CERA 1CZBA 1YTUA 4DU1A 4CIGA 3SUPA 2VG6A 5KRTA 4KB0A 4J2AA 3L2WA 1NK6A 4ZTFA 1U49A 4CFAA 4B08A 1HNIA 2XHBA 1J54A 2Z1HA 4ID1A 4KKOA 4E89A 4EZ9A 4LSNA 3CM5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WOMA 4DTJA 3ISNC 2YJEA 2UXCK 2O8FB 1J6ZA 4B3SK 3DOKA 1TL1A 4E19A 3V9XA 1NK0A 3EKUA 4C8LA 3DI6A 4FVMA 3LP0A 4K25A 3U8XA 4FLWA 3P4IA 1RNHA 3QIOA 1TAQA 1X3MA 1YVNA 4BC4A 1WN7A 1TKDA 1KLMA 3KK2A 4B1WB 4ELUA 5CE3A 3SNNA 4A2BA 1JLFA 1X9MA 4CBWA 4MQ3A 3KVGA 2QEXN 3M8QA 1RDUA 1NK5A 4FWSA 4GNIA 4BE2A 3KLEA 5CYQA 3HXMA 2HHTA 3T69A 3VQBA 2ZF5O 3VTHA 3FZHA 1VQNN 3C6AA 4B3RK 4Z4CA 4RW6A 4H5NA 3FFIA 4GVMA 1EP4A 5B8HA 1OVYA 3D45A 1ASVA 3DRPA 3TAMA 4DTRA 2FBTA 4CJFA 3C7NA 3PSFA 3FGUA 4KO0A 4CK2A 1NK4A 2F9TA 4H8KA 4G9ZA 5GIPA 4LF9K 4DR7K 1Q18A 3RRGA 3S9HA 3OHRA 4M41A 4W5QA 4JKGA 4DR1K 4RW8A 4EHTA 4FK2A 2QM1A 4ELTA 3OW2M 1BU6O 3PSIA 3TTCA 1Q9XA 4M3RA 4KHPK 4I6MB 3LM2A 1ATSA 1JLGA 3LP2A 4CHNA 4DSIA 3QEPA 3HP9A 4IDHA 4IDKA 3O1BA 1I94K 4XIUA 3RR7A 4AHRA 4WF9L 4DS5A 5SWMA 5AQUA 1ITGA 4QAGA 4XH5A 2VG7A 2QXLA 2YKMA 2GTDA 1IBKK 3QBXA 5FLXO 3CC4N 2BANA 3ZYYX 1DTTA 2E6LA 1HYZA 4H5TA 3ZX3A 1F21A 3V1RA 3HOSA 3M1FA 1SAZA 5KPZA 4DV4K 3AA3A 4NO7A 2E2OA 1YHQN 1XNQK 3K9KA 3KK1A 3CQYA 4CEEA 2DFFA 3VEVA 1DGKN 1RDBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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