2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
4FK0A 1FK9A 3KKRA 4HTUA 2VG6A 3K58A 1NKEA 2PZSA 3HSTB 4BE2A 3AVMA 1KRPA 4F2SA 4FK2A 2F8TA 4FYDA 3S3OA 5K14A 1TAUA 5T7BA 3AA2A 5DK5A 4KHNA 3LWLA 3SV4A 3VQDA 1LWCA 3DRPA 5KTQA 1SL0A 4FLTA 3HPOA 1QSSA 4LSNA 3QEXA 4J2AA 3DM2A 3OVNA 3L8BA 4BWMA 1BI4B 4CGHA 3LZJA 4KTZA 1KSPA 3KKSA 2PYLA 4FJ8A 3D45A 3ZSZA 1CLQA 5DMRA 4DSJA 4I9QA 3VQEA 3V1OA 4CK1A 3LP0A 4E1MA 3KIOA 1ZYQA 1VSKA 3ITHA 4HUGA 4OVLA 4WE1A 3L2VA 3TWHA 4EZ6A 1JLQA 1YTUA 4F4KA 1S5JA 4O0JA 4Y1CA 4DQRA 4CJUA 1ZBFA 3NH0A 4B3OA 5C42A 1KVAA 4CJKA 3FFIA 1EX4A 4DTMA 2HHVA 1RBTA 3L2UA 2B6AA 3F73A 2YKNA 4ZHRA 1ZBIA 1TGOA 3ZSYA 3AVAA 2OZMA 3QIPA 2I5JA 3V9ZA 1BCOA 2YNIA 2KQ2A 3ZSVA 3I0RA 3OJUA 4OLBA 2IGIA 1JLAA 3O4QA 4KI4A 3PX0A 3T3FA 2HW3A 3WNEA 3QESA 4CCHA 1RNHA 1TKDA 4CFDA 3HXMA 4DSEA 2W42A 1YVUA 1BQMA 4CK3A 4CFCA 4CHNA 3OYBA 1TK8A 4M3ZA 3DMJA 1JLEA 3VQ8A 1NJZA 1B9FA 3AVBA 4RW9A 3O3FA 1QQCA 1C1AA 1Z25A 3B6OA 4FJMA 3L3UA 4LSLA 4C8OA 3RRGA 3LZIA 4DF4A 4E0DA 3WNHA 4C8KA 2HNZA 4DFJA 1HJRA 1T05A 3G0ZA 3EZ5A 3PO5A 4I2PA 1VSIA 4RW7A 3V6DA 4FJKA 1GOBA 3DLRA 5CZ2A 4C8MA 4EP4A 4O5BA 5J2NA 4M3UA 5CYQA 3OY9A 5I42A 1X9WA 2D5RA 3VQ5A 3V4IA 3OYFA 3QNOA 3ZT0A 1X9MA 4F8RA 4OKEA 4CJFA 1I3AA 3DI6A 3IS9A 3NGYA 3TABA 4IG3A 3ZSOA 4N5SA 2G8IA 4KRFA 2HHWA 5KRSA 4CJRA 4M3TA 3ZSXA 3DRRA 4M41A 1IKXA 1U45A 4FJ7A 1CXUA 1U4BA 1BI4A 3ZCMA 3M8RA 4E7KA 2YHBA 1HQUA 4MFBA 4M3RA 4R5PA 3U3YA 4CF1A 4NYNA 3LP3A 1J53A 3M8SA 1N6QA 1LAWA 1X1PA 4CHZA 1XI1A 1N5YA 2HNYA 1W0HA 2IDOA 4HCBA 5JS2A 1RTJA 1RTIA 4HUFA 4DU4A 1TK5A 3KK2A 4HHTA 2P5OA 2XO7A 1BGXT 1I39A 2XY5A 1D8YA 4KHWA 3SZ2A 4DQPA 2G8KA 3NHGA 4FJ9A 4FJ5A 4Z4FA 1ASUA 3VQ9A 4CJWA 2HHXA 3SV3A 4CECA 4CESA 2G8VA 1EETA 2IAJA 1C0UA 4CJ4A 3MECA 3C6UA 4AH9A 2X6NA 2YNGA 3CG7A 4H4MA 4B08A 4CF2A 1J9AA 1U49A 2AJQA 4CJLA 2Q3SA 3KK3A 4KKOA 4PUOA 3AVLA 4CHYA 3EYZA 3BDPA 4DWIA 1JLBA 3NE6A 1UAXA 3KLFA 4KPYA 2HVIA 4DSKA 4OPJA 1FKOA 3NGIA 3SQ1A 1JLFA 4C8LA 3OYJA 3TAEA 1C0MA 1CXQA 3ZSWA 4ELVA 4DTOA 4E7JA 2YKMA 4AHCA 1RTHA 1RDBA 3LPTA 1F21A 4DLEA 4O4GA 4Z0UA 1C1BA 3TI0A 3DRSA 3SPYA 4O0IA 1JLGA 5J2QA 4OGCA 4FLWA 5FRNA 2B5JA 3VQBA 1EXQA 4DG1A 4DU1A 4FJNA 5CZ1A 3HT3A 1HYSA 5CYMA 4OKKA 1XC9A 2D0AA 1IG9A 4ELTA 4W5TA 2XHBA 1RILA 4N76A 1JL1A 1S6QA 3CFRA 3TAGA 2JGUA 2HHSA 4DQQA 4CEOA 3NBPA 2OPSA 4BE0A 2P1JA 3L3VA 4IFVA 2YNFA 1HRHA 3P5JA 4J2EA 2IC3A 3ISNC 2B4JA 4OJRA 1UWBA 1WSFA 2ETJA 4DU3A 3RMDA 3MAQA 1UA0A 1VSLA 2E4LA 1A5VA 4F3OA 4AHTA 3QETA 2FBXA 2FBYA 5HRSA 4DTUA 3RMAA 4B9NA 1NK0A 1VSFA 1WAJA 3ZSQA 1REVA 2D0CA 3K59A 2VG5A 3KTQA 4C8NA 4FM1A 4RW6A 4DQSA 4FLYA 4FM0A 4FJIA 1VRTA 4CHOA 4LH4A 3ALYA 5D3GA 3VQAA 4JS5A 5FRMA 1TVRA 2O4IA 1BIZA 4J2DA 5SZTA 1KLNA 3VQQA 4AHUA 3VQCA 1KTQA 4HUEA 2YV0X 3L2RA 3V9WA 3LDSA 3SUQA 1BQNA 1SL2A 3O3HA 2Z1JA 2FBVA 2OPQA 4DMNA 3O4NA 3T1AA 1TAQA 2A1SA 4CEQA 4CGJA 2WOMA 4CJTA 5KGXA 1S9EA 4DTSA 1RTDA 4KB1A 2G8FA 3AO1A 3SUPA 4FVMA 4FXDA 5FROA 3QEPA 4M3WA 3OYNA 1VRUA 2RPIA 1WSGA 1SKSA 4Q5VA 2X78A 3CFOA 3JSMA 1VSEA 2KW4A 3MXIA 2VWKA 3V9SA 1RBUA 2Y1IA 4ID5A 3CFPA 3ULDA 4MQ3A 1ZBHA 4K8XA 4RG8A 1UOCA 3CM6A 3CM5A 3G10A 4FCYA 1Q9XA 2XY7A 3NF7A 4CGGA 2ZE2A 4HVJA 2ATQA 4J2BA 4DS5A 1HQEA 1S1WA 4B9LA 3ZT4A 3RTVA 1NOYA 1RT3A 4EZ9A 3C95A 3DLKA 3VQPA 4DSIA 2HNDA 4CJ3A 4CHQA 4O44A 4B8CA 1JKHA 3HVTA 3IRXA 2OPRA 5J1EA 4CF8A 2X6SA 1GOCA 3WNFA 5SWMA 3VN5A 3DOKA 1HPZA 2E6LA 4CEBA 3KK1A 3K5MA 4RW4A 4BDZA 4FJJA 3HYFA 4KHUA 1W9HA 4CEDA 4W5NA 4DSLA 4EP5A 1VSMA 1HNIA 1D9DA 4CFBA 3OYHA 1RT1A 1BIUA 1SUQA 3DYAA 5HRNA 1T03A 2IS3A 3O3GA 3MEDA 2DFHA 4Z4EA 3OS2A 3QEVA 1SKWA 4Z4HA 4QAGA 2Z1GA 3PX4A 4KTQA 2F8SA 1SL1A 2BE2A 4KO0A 3CYMA 3LANA 4CGFA 4CF9A 4B9MA 2X74A 3SCXA 3OYGA 1T8EA 1S6PA 3KLIA 1RDDA 4B9TA 4FLXA 1IKVA 1NOZA 4L8RB 2BANA 2A1RA 5I3UA 1RDAA 4DS4A 1IH7A 4CGIA 1IKYA 4N47A 4IFYA 1S1VA 1U47A 3KLEA 1WSJA 3AO4A 4ICLA 4CEZA 4KHSA 1RBRA 3QLHA 3DLBA 2OZSA 3HP6A 3A2FA 1C1CA 1B9DA 1XHXA 2QK9A 4PQUA 4JRQA 3OS1A 1RCHA 3KD1E 1U48A 2P5GA 4FW2A 2KTQA 3TAQA 4CJ5A 3AVHA 4KFBA 4AILC 2XY8A 1CZBA 3V1RA 1BCMA 1CZ9A 3PO4A 4TSXA 1NJWA 1NKBA 1S1TA 3TAMA 4FZYA 4E7LA 3THVA 3SQ4A 3K5NA 1QS4A 4JS4A 4CIEA 4KB0A 3LPUA 4ZTFA 5E41A 4E89A 4FJLA 2OPPA 5J2PA 1ASWA 3KD5E 2KZZA 4FLVA 1IKWA 4CEFA 4CE9A 1L3VA 4B9UA 4CEAA 1S9GA 4AHRA 4M3YA 3U6FA 3LP1A 4CERA 4H4OA 3NFAA 4FLZA 4E3SA 1Y97A 2ZQBA 3LAKA 4DTNA 4I9LA 4PY5A 2RF2A 3K57A 1NJXA 1L3SA 2HVHA 4LY7A 4BDYA 4F3TA 2EHGA 3AVKA 4H8KA 4KTWA 3NH2A 3S9HA 5CY4A 1IO2A 3TARA 3QEWA 4F2RA 2QKKA 1JLCA 2DFEA 2NUBA 3ZT3A 3RR8A 4GW6A 4CJEA 3NAEA 1ASVA 1NK9A 3JYTA 3RWUA 2RKIA 1BISA 2R7YA 4ZTJA 3LALA 4KHYA 4FLUA 2HHUA 1FKPA 1LAVA 1L5UA 1O1WA 1NK5A 5EU7A 1R0AA 3IG1A 3WNGA 1VK0A 3AO2A 3H08A 3OYMA 2KFNA 3KJVA 3V9UA 2YNHA 1WSIA 4CJSA 1KVBA 1BHLA 1NK4A 1QSLA 4OPKA 3AVFA 5HP1A 4BACA 2LSNA 1DLOA 3SQ2A 3I0SA 4CEEA 2O4GA 1SV5A 3NF6A 3LAMA 2P51A 2Z1HA 4UQGA 4AHSA 3HM9A 1UA1A 4FZZA 4CJVA 3OYCA 3NCIA 2VWJA 3NF9A 4E7IA 4FZXC 2Y1JA 1RT6A 3VQ7A 1D5AA 2ITGA 3QIOA 1TL3A 1QHTA 1WNSA 1VSHA 4BWJA 3PY8A 4N41A 3B6PA 5C24A 4M42A 3AVGA 4LD0A 1NK7A 4O55A 3DOLA 3ASMA 2PYJA 4KREA 1DTTA 4IBNA 1EKEA 3AV9A 4G1QA 3PUFA 1RT7A 1TKTA 4RW8A 4CFAA 1RT4A 2Z1IA 3SPZA 3AA5X 3C6TA 1JXEA 2D0BA 4YNQA 1J54A 4FJXA 3K5LA 4DFPA 4B9VA 3OYIA 4JLHA 1D9FA 1HMVA 1RDCA 1HYZA 4M45A 4CJQA 3HPGA 1TKXA 3AA3A 4W5OA 3SJJA 4KI6A 4CGDA 4Z4IA 1QSYA 5KGWA 2ZD1A 4KAZA 3AVNA 3V1QA 1NK6A 2F96A 1TKZA 3OYEA 3HL8A 1KVCA 1WAFA 3RMCA 1KLMA 3AVCA 4I7FA 3SQ0A 3MXMA 4OKJA 2QKBA 4W5QA 1RT5A 3VQ6A 4IKFA 4DLGA 2JLEA 4Z4GA 4E19A 2HHQA 4FJHA 4M3XA 3TR8A 1RBSA 1KFDA 1RBVA 4IG0A 1LWFA 3VA3A 3SI6A 1ZBUA 1T7PA 1QTMA 1MU2A 3D0PA 4Z4CA 4CK2A 4B9SA 3S3NA 3HO1A 4QOZB 3IAYA 1HNVA 3HK2A 4NYFA 2G8HA 3OYLA 4LH5A 3V9XA 3QINA 4I2QA 1DTQA 2EX3A 1C6VA 4CHPA 3UIQA 5C25A 4YFUA 4W5RA 4DTPA 1HYVA 3RRHA 3U3GA 5HBMA 2YHAA 2XY6A 1WN7A 4FW1A 3AVJA 1ITGA 1A5WA 1QE1A 2WONA 3KLHA 1TL1A 4QCLA 3OYDA 2KFZA 3KLGA 1S1UA 4DQIA 1NK8A 3HP9A 2GUIA 3RR7A 4K8ZA 1B92A 1JL2A 4FK4A 3OS0A 3DLHA 2GBZA 1LV5A 3F9KA 3MEGA 4B8AB 1NJYA 4DTJA 2BDPA 4NCGA 3L2QA 1XWLA 1TV6A 3NDKA 1K6YA 2HB5A 3P83D 3P1GA 5FDLA 4NCBA 3ZT2A 3NF8A 3QERA 1WLJA 3SUOA 3E01A 2GV9A 3QO9A 3MXJA 1KCFA 1X9SA 3QNNA 4XIUA 3LP2A 3K5OA 4AHVA 4KV8A 1C0TA 3PX6A 2HMIA 3C94A 1JXBA 3SYZA 3SUNA 1S1XA 4NCAA 3AO3A 5HRPA 4DSFA 3AO5A 4DTXA 3NH1A 1U04A 3ZSRA 3TANA 3S3MA 1LW2A 3QEIA 3I8DA 4OGEA 2XRIA 3M8PA 3OYAA 3OJSA 4FM2A 3AVIA 3BGRA 5HRRA 4DF8A 3HJFA 1ZBLA 4PA1A 1YTAA 1L3UA 3LWMA 2KZMA 5JS1A 4GVMA 1Q9YA 5KRTA 2DTUA 3NGZA 2DFFA 1BL3A 2BGGA 3TAPA 2RN2A 3L2WA 3ZT1A 5KI6A 3PV8A 4HCCA 5J2MA 1LWEA 2OYQA 1A5XA 3SNNA 3AA4A 2HHTA 1KFSA 1VSJA 2QXFA 4BE1A 1J5OA 4GMJB 2FBTA 1RT2A 3T19A 1EP4A 3HVRA 4Y1DA 1NKCA 4CF0A 4CIGA 3VA0A 3V81A 3M8QA 1L3TA 1Z26A 4IDKA 3DLEA 1FXXA 2VG7A 3MEEA 4DFMA 4DTRA 4KHQA 3EY1A 1SKRA 3VQ4A 4JRPA 2DY4A 1VSDA 3TAFA 1WSHA 4CIFA 5HROA 2OA8A 1GOAA 2E6MA 4N56A 5HLFA 4FJGA 2G8WA 4ID1A 1WSEA 3OYKA 2PY5A 4PWDA 3K2PA 3RMBA 3CQ8A 1XHZA 1LW0A 1G15A 2G8UA 2FC0A 4CJPA 4E1NA 3DLGA 4BDPA 4ELUA 2IOCA 1Q8IA 4DFKA 4E7HA 4OLAA 1TK0A 3HPHA 1YT3A 4Q0BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HBJA 4KBOA 3JS6A 3VEOA 4HTUA 4FYDA 5K14A 3A0IX 3SV4A 3VQDA 4JI3K 1LWCA 2JWLA 4JKEA 3SAFA 2GWKA 3O6WA 4GY2B 3OVNA 3L8BA 4BWMA 1BI4B 3LZJA 4XH5A 2FSJA 2WUSA 3O8MA 4X66K 2ZM6K 3ZSZA 3O1BA 3V1OA 2P9PA 3ZLJA 1M90O 4HUGA 4OVLA 3ZETB 5BR9A 5EXWA 4DR5K 4LFCK 5HOOA 5FPNA 4K42A 4B3OA 1NMDA 4CJKA 2VQFK 1CZAN 1RBTA 3QIPA 2I5JA 3QBWA 2NRHA 1JLAA 1P8ZA 2YCHA 3PX0A 1JCGA 3VEVA 2HW3A 2IIRA 4CFDA 3E66A 3HXMA 2W42A 4CHNA 5AQUA 3C65A 3KHYA 4DFJA 3J81O 3CQXA 4JKGA 3UB5A 1K8KB 5AQFA 3TSQA 3V6DA 1X9WA 1ATNA 3ATUA 3SJHA 3ZT0A 3AGRA 5EX5A 4N5SA 3QFUA 4CJRA 4M3TA 1FJGK 4FJ7A 4FPBA 2J4RA 3MWPA 4M3RA 1NGAA 3LP3A 1J53A 5AQYA 1W0HA 4H0VB 1RTJA 5AQTA 4BRDA 1TK5A 2W41A 3IFRA 3KK2A 1NBWA 1BG3A 5CR4A 3SZ2A 4CJWA 2G8VA 4BRFA 3MECA 2YNGA 3CG7A 4H4MA 2BUPA 3HSCA 3TSUA 1U49A 4CJLA 2RHKA 2Q3SA 4PUOA 4B1XB 2HVIA 3NGIA 1JLFA 3F2KA 1C0MA 1CXQA 2QI2A 4FWPA 1RDBA 3LPTA 3RSEA 3TI0A 4YORA 3I56N 5J2QA 3CD6N 4DU1A 4JKAA 4W5TA 4YOUA 3UKUA 1RILA 4N76A 3NBPA 2P1JA 3OBWA 3L3VA 4BRQA 3H46O 2YNFA 5HL7L 3P5JA 4RCHA 4DU3A 4KREA 3HZ6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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