1NGD | Genus

Total Genus 120

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	378
structure length	378
Chain Sequence	GPAVGIDLGTTYSCVGVFQHGKVEIIANDQGNRTTPSYVAFTDTERLIGDAAKNQVAMNPTNTVFDAKRLIGRRFDDAVVQSDMKHWPFMVVNDAGRPKVQVEYKGETKSFYPEEVSSMVLTKMKEIAEAYLGKTVTNAVVTVPAYFNDSQRQATKDAGTIAGLNVLRIINEPTAAAIAYGLDKKVGAERNVLIFDLGGGTFNVSILTIEDGIFEVKSTAGDTHLGGEDFDNRMVNHFIAEFKRKHKKDISENKRAVRRLRTACERAKRTLSSSTQASIEIDSLYEGIDFYTSITRARFEELNADLFRGTLDPVEKALRDAKLDKSQIHDIVLVGGSTRIPKIQKLLQDFFNGKELNKSINPDEAVAYGAAVQAAILS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural basis of the 70-kilodalton heat shock cognate protein ATP hydrolytic activity. II. Structure of the active site with ADP or ATP bound to wild type and mutant ATPase fragment. pubmed rcsb
molecule keywords	HEAT-SHOCK COGNATE 70 kD PROTEIN
molecule tags	Hydrolase(acting on acid anhydrides)
source organism	Bos taurus
total genus	120
structure length	378
sequence length	378
ec nomenclature	ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date	1994-05-17

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.30.30	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Defensin A-like	Defensin A-like	1ngdA02
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	1ngdA01
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	1ngdA03
3.90.640.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Actin; Chain A, domain 4	Actin; Chain A, domain 4	1ngdA04

1GLAG 3VEZA 2CGLA 2V52B 4BRFA 4IJAA 2CGKA 1NGCA 1H1VA 4RCHA 2E8AA 2HF4A 3R6MA 5B8HA 4IO8A 5AQQA 3WQUA 2Q0UA 3LDQA 4WQ4C 2QWMA 1BA1A 3I8BA 3ZETB 1TUYA 4DHYA 2P9PA 1MWMA 3VETA 2FXUA 3EKSA 5AQWA 1NGGA 1HJOA 3ULEA 4ISFA 2E2QA 2E2OA 3AARA 2E1ZA 1NLVA 1C0GA 4JN4A 5F1XA 3WXIA 4FWLA 3DXKA 5BREA 2CH5A 3R9PA 1X3MA 1HKBA 5JLHA 1NGFA 3GBTA 4M7XA 3DAWA 3VEXA 4HWIA 3HTVA 3S41A 1GLLO 4XEIA 1YUWA 4BC2A 3QB0A 4FWNA 1BDGA 5LJVA 1S3XA 3BP8A 4I6MA 3UB5A 4BQZA 2VYPA 4CZLA 1QQNA 2GWJA 2QWNA 3M6GA 3VF4A 2BUPA 1ATNA 3CJ9A 5EVZA 2P9UA 1KAXA 4FOIA 1NGJA 2A6AA 4MLEA 4RTFD 4WQ4A 2ASOA 2NZTA 2OANA 5AQJA 2E1YA 2YHYA 2CH6A 4WQ5C 2P9PB 1V4SA 5AZJA 3JXUA 1K8KA 2FLOA 3FFKB 3GDQA 4BRIA 4CD3A 4B1XB 3ULEB 3A5LC 2DPNA 4ISGA 2FF3B 1U2VA 5FPMA 1IG8A 1Y64A 4IWVA 3B8AX 3MMVA 1BA0A 3R8EA 5KPTA 3C0BA 4FWSA 3CQXA 3A5OC 3CQYA 1BG3A 1LCUA 5ADXA 3DXKB 4M7YA 3FLCO 4BRKA 3WXKA 4L3QA 1KXPA 3AAQA 2P9IA 5BN9A 4K41A 2Q97A 4LC9B 1NGIA 1GLDG 3ZX3A 4MO5A 2QWLA 4H5NA 4BC5A 4CBXA 5I9EB 1YVNA 1ATSA 3VERA 1RGIA 3ID8A 3UE5A 4CZFA 4FO0A 5JLFA 2P9UB 1T44A 4H5RA 3MN9A 4H0XB 5BPLA 4FWRA 4A2AA 3FE1A 3LDNA 4H0OA 3VOVA 4WQ5A 2A40A 2QWRA 1K8KB 2E20A 5AR0A 3VEVA 3LDPA 2YJFA 3FZHA 4BRLA 4IJNA 1WOQA 1U2VB 3VGLA 3AAPA 2BTFA 5AQGA 5BRHA 1HKCA 5FPNA 3A0IX 3U9ZA 4KBOA 3A8YA 5TKYA 1OKJA 2J4RA 3FZKA 3G25A 3M1FA 3IUCA 3H46O 3OHRA 4DB3A 1BWFO 1QQMA 4H5TA 2P9IB 2P9SA 4H03B 3LL3A 4JD2A 2HMPA 3QFPA 3SJHA 1NBWA 3UKRA 1J6ZA 2ASPA 4WYBA 2D0PA 3CIPA 4BGAA 4BC3A 2FSKA 1HKGA 2F9WA 4XH4A 1DEJA 3BEXA 3U9DA 4BRDA 4JAXA 1TYQB 4BRGA 4BRHA 1NGHA 5E26A 4GNIA 5AQUA 2IIRA 1E4GT 2VWBA 3GG4A 1G99A 3J8AA 4MO4A 4FOEA 1NGAA 1ESVA 3CJBA 3LM2A 1S22A 3FZLA 3FZFA 1Z05A 3H3OB 4PL8A 4PKIA 4CBUA 3U8XA 3SMSA 3ZX0A 5KQDA 3IDHA 1NGBA 3O1WA 5AZIB 3VGMA 1HLUA 4NB4A 4BREA 3ZX2A 1ZBSA 2YJEA 5ELZA 2V51B 1RDWX 2QXLA 2QM1A 3P4IA 2I7PA 2F9TA 1HX1A 2P9SB 3WQTA 3RSEA 5AQSA 3CJ7A 5AQIA 1HUXA 4JD2B 5EX5A 5LJWA 4QS9A 4FWMA 3UKRB 2GELA 4B1VA 4BG8A 5E84A 4ISEA 3DXMA 5AQLA 2QWPA 3O8MA 4B1UB 4EHUA 3WT0A 1SQKA 3EL2A 4IZ9A 5AQKA 1Z6RA 2FSNA 1QZ5A 4BRCA 3MN5A 3ENOA 1GLEG 3CETA 3D2FA 5KPRA 4EAHD 4EHTA 1ATRA 5KQ8A 3AY9A 2E2PA 5AQFA 2W41A 3O80A 3GL1A 1HPMA 2ITMA 2WUSA 4HTLA 1NGDA 2FSJA 4B1WB 4CJ7A 3EO3A 2ZF5O 4AM6A 3CERA 2KHOA 2HOEA 1NMDA 4JNEA 3O4WA 5FPDA 1MA9B 4FL9A 4CBWA 2H3GX 2W40A 3HI0A 3VEWA 4XH5A 3CI5A 4I6MB 4B1YB 4H5WA 2EWSA 4BRMA 3ENHA 4F9OA 1SZ2A 2VCPA 3HBTA 2P9NA 3RSEB 3C7NA 3KVGA 3UKUA 1LOTB 2GUPA 4JHDA 1E4FT 5AQRA 1GLBG 4CZIA 3QBWA 4NO7A 5AZJB 4FWKA 3BUZB 5AFUH 3HZ6A 3L6QA 5AQPA 3ZETA 2ZGYA 3JS6A 5BN8A 4DCHA 3D2FB 4FWPA 5BRFA 5ADXH 2Q31A 3VF2A 4J8FA 1TUUA 3L4IA 1D4XA 1X3NA 4RWTA 1X9JA 3LDLA 2HF3A 4FWQA 4PKGA 4B1ZA 4YDUC 3I33A 1YXQA 2A42A 3KHYA 1NGEA 4BRQA 2Q0RA 5EOYA 4BRAA 4DQ8A 1ZXOA 3WXJA 3LDOA 1CZAN 4BC4A 2Q2RA 2IVOA 4K43A 5JICA 1BOTO 3TU5A 3UKUB 1YAGA 2P9NB 3C7NB 4B9QA 3FGUA 1BO5O 3DJCA 3VGKA 1MWKA 4JHDB 2ZWHA 3MK6A 3QMLA 5AQTA 3WEEA 2GTDA 1EQYA 4H0VB 5CE3A 3WXLA 4PKHA 5AQNA 5EY4A 3CHWA 5AQXA 3SK3A 2YHWA 4FPAA 4BGBA 2ZGZA 2YCHA 2D0OA 3EN9A 3DWLA 1BUPA 3H45C 4BR0A 3H1VX 3ZEUA 5KPZA 5BRDA 1XC3A 1QQOA 2E2NA 5AQOA 3IMXA 1IJJA 4H0TB 4M63C 4Z94A 1T6CA 4BRPA 3MCPA 2NRHA 3QFUA 5AQVA 1T6DA 2Q36A 3FZMA 3VENA 4BRNA 1NM1A 4CZEA 3W0LA 2IVPA 4BR4A 4BG9A 4YDUA 1R59O 2GWKA 3O1BA 3VEYA 4XH1A 4FWOA 4K42A 2A41A 3CJ1A 2QWQA 5AQZA 4BR2A 4E1JA 3D2EA 3EKUA 3F9MA 2AP1A 5BR9A 3EZWA 4MLHA 3FR0A 1C0FA 2NLXA 1DKGD 1JCGA 5BPMA 3D7EO 3GOIA 1KAYA 4BR5A 2YI1A 3WEEB 3BF3A 3LM9A 3U4LA 1NWKA 2IVNA 4BROA 5F0XA 4QS7A 4CZGA 5F2RA 1GLCG 4O8KA 3KZBA 3ATUA 5AQMA 4BR9A 4H0YB 3VF6A 3A5MC 2AA4A 3ZEUB 4BVPA 5AQYA 3H6EA 4Y0WA 3VESA 2PBDA 3O5BA 3VEOA 3GE1A 2UYTA 4AM7A 1JCEA 2CGJA 2P9LA 5AQHA 3IFRA 3L0QA 2P9KA 1XUPO 3A5NC 3SLCA 3H3NO 4K25A 2D4WA 5AFUA 1RFQA 1GLJO 4BQLA 5EXWA 3HM8A 4CI6A 3WUHA 4BVOA 2E88A 1QZ6A 1Q18A 2QW9A 2PAVA 2Q1NA 2A5XA 1V4TA 4BR7A 4PL7A 4A2BA 3O08A 3QDKA 3ATVA 1KAZA 3D2EB 1MDUB 2I7NA 3DXMB 4CZHA 1BU6O 2A3ZA 4H0PA 3W3DA 2D1KA 3MN7A 4H5VA 1GLFO 4FPBA 4CD1A 4CZMA 1XQSC 4A61A 4CZKA 3TPQA 5FPEA 1JCFA 4C23A 4O5FA 3O6WA 3SMPA 3M3ZA 1ZC6A 3MDQA 1TYQA 3HSCA 2ASMA 5LY3A 1DGKN 4IXCA 1SAZA 3MN6A 2V7YA 2V7ZA 4A62A 1WUAA 2P9LB 3H1QA 1QHAA 2GEMA 2P9KB 3VPZA 4GY2B 2FF6A 2QWOA 3CJCA 4EFHA 4FSVA 3QBXA 3QICA 4QS8A 2YHXA 3BF1A 3CJAA 5BPNA 4EIAA 1U6ZA 4CZJA 5JMVA 5AZIA 1P8ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1GLAG 2CGLA 2V52B 4A5BA 1Y97A 4B9VA 4BRFA 3ZT4A 1S72N 4RW4A 4UAEF 2E8AA 2HF4A 3R6MA 1N36K 4IO8A 4PHTX 2OPRA 2Q0UA 3DM2A 2QWMA 2FC0A 1UGLA 4CGFA 4E1MA 1B7DA 3T1AA 2A1RA 2P9PA 4DSLA 1MWMA 3AO3A 2ATQA 3MXJA 1S1TA 3EKSA 2G8WA 1ZYWA 4ISFA 1BIZA 1FJGK 4DTRA 2JGUA 3L2UA 2E1ZA 4X65K 4C8OA 1BCMA 3SPZA 3WXIA 3DXKA 5BREA 1YJNN 4Z0UA 1NGFA 4LF8K 2PYJA 3Q7BA 4DSEA 2HNZA 3VEXA 3G0ZA 3S41A 3VQ9A 1GLLO 3OYFA 1BISA 2LSNA 4IOXA 1VQ5N 3CCLN 3THWA 5LJVA 2QKBA 1D8YA 1S6PA 3MX2A 2VYPA 4CZLA 3M6GA 2I61A 3MXMA 1NGJA 2A6AA 5C24A 3S3OA 3NH1A 3JSMA 4OLBA 3U3YA 4WQ5C 3F2KA 2P9PB 1REVA 3JXUA 3SAHA 1BK8A 4AHTA 3GDQA 1X1PA 3A5LC 4B9SA 3L56A 2D0BA 3AO4A 1U4BA 3OW2M 4CHYA 3B8AX 4Y1DA 3NVMA 3CQYA 1WSEA 3DXKB 3BY5A 4M7YA 3MX5A 1BMRA 3OS0A 5KRTA 4KFBA 2M8BB 1UWBA 1T7AA 2NY9X 1POIA 2QWLA 1NKEA 4F2SA 3THWB 1W7AA 1ATSA 4CEZA 2Q3SA 5HL7L 1RGIA 4K8ZA 4CZFA 3R1XA 4FO0A 4FJ7A 2N69A 3OYBA 4HCCA 4CHPA 5BPLA 4FWRA 3VOVA 4HUFA 3CCUN 2KZZA 1MYNA 4DV2K 1YVUA 3C6AA 4BRLA 4IJNA 4CJEA 4CESA 1NPIA 4FJIA 4ILHA 2BTFA 5BRHA 5FPNA 4DTPA 1JLBA 4GVEA 4M42A 4O55A 1OH5A 1I3AA 3FZKA 3EY1A 3G25A 3ZSZA 1JZAA 3M8SA 4FK4A 4KTWA 4NXNK 1Q8IA 1NMNA 2WBNA 5HP1A 5KI6A 3C95A 5J2QA 3SJHA 4XJXA 4UY8O 1QQCA 3MEGA 3ASMA 1YITN 1C0MA 4JKDA 3TAQA 4BC3A 4OKJA 3PX4A 2F9WA 3NGIA 1DEJA 3OYMA 4FJ5A 4UQGA 4BRDA 3L2RA 3VTIA 4I2PA 4CF8A 4OX9K 4A59A 4F3OA 3GG4A 3J8AA 2UXDK 1NGAA 3CJBA 1SN1A 1S22A 3AVNA 2JDQD 1VSHA 2HHQA 2O8CA 3CPEA 5FLXO 1T7PA 4E7KA 4LFAK 3IG1A 3O1WA 1U48A 3P1GA 1HLUA 1J53A 3OJUA 5ELZA 2OA8A 5JVHL 1JZBA 4CJ5A 1C6VA 2V51B 4ID1A 4EZ9A 2I7PA 1WWNA 2HBJA 5AQIA 1HUXA 5EX5A 4OPHA 3LPUA 4B1VA 1S1WA 3QEXA 4N76A 3AVLA 1ZU3A 3PUFA 1N32K 1RTDA 3KWIA 3O8MA 4DV6K 2IC3A 4ZHRA 5CZ1A 4BE2A 4WE1A 2FSNA 1QS4A 1M1KO 4DR6K 1VQPN 2O8DA 4M3RA 5KPRA 3DMJA 2W41A 3OBWA 2E2FA 1J5EK 2D5RA 1B9FA 5IT9O 1A5WA 2ZF5O 2O8CB 3B6OA 4JI7K 2HOEA 2DTUA 1NMDA 4CEBA 4I2QA 4NYNA 3SYZA 3HI0A 3NF8A 2OZMA 3ENHA 3AVHA 1VSIA 1SZ2A 1TV6A 2NRTA 1C55A 2P9NA 4FM0A 4DQQA 3VQ4A 4JV5K 2WC9A 1JXEA 2KGQA 1GLBG 3QBWA 4CF1A 3O9TA 1L3TA 3WNFA 1RT7A 3BUZB 3HPGA 2KLAA 2HBLA 3L6QA 3ZETA 1HRHA 1OH8A 2VG7A 3ZLJA 4CGGA 1VK0A 5HROA 4Z4EA 3F9KA 2O8DB 4MFBA 1X9WA 3VQDA 1XRSB 1U45A 4JS4A 3B6PA 2MBKA 1VQON 4RWTA 2HF3A 4IFVA 4PKGA 4B1ZA 3DI6A 4FZZA 3L2QA 3LALA 4HE7A 3THYA 4KHQA 1ZXOA 3WXJA 3LDOA 4BC4A 4CK3A 3O4QA 3K0SA 1ASVA 1U04A 4FM2A 2P9NB 3V9SA 3KD1E 3FGUA 4V19S 2VWKA 3QMLA 1SV5A 3V9WA 4W5RA 1Q9YA 3KK3A 2BH1A 4JKCA 3C65A 5M1FA 1NOYA 1LQHA 3R3LA 3VQ6A 1BUPA 4J2DA 3H45C 3H1VX 5CYQA 5KPZA 5BRDA 1FKPA 2UXCK 5HRPA 4H0TB 1PTXA 3PV8A 4Z94A 2DFFA 3KK1A 2PYLA 4B8CA 4YOXA 3VENA 4KHPK 4BE7B 5T7BA 4CZEA 3QI7A 3F5TA 4YY3K 2HW3A 4BR4A 3LWMA 2PY5A 2D0AA 4YDUA 4DR1K 1YTUA 4BWJA 3GKUA 1R59O 3AVKA 4B9NA 3VEYA 1FXXA 4FWOA 3THYB 2UU9K 2QWQA 4QAGA 1GOAA 4E1JA 3NH2A 3S9HA 3KD5E 2AP1A 4RW9A 5D3GA 5HRRA 3PSFA 1F21A 3FR0A 1C0FA 1DKGD 1KAYA 4FLTA 4AILC 4IFEA 3LM9A 4KKOA 1SUQA 1LQQA 1IKYA 4QS7A 5F2RA 1GLCG 4O8KA 3KZBA 4BR9A 4CEQA 3JYTA 2Z1IA 4IBNA 5AQYA 2KQ2A 2WFBA 1N33K 2UYTA 5AQHA 4ILGB 2P9KA 2D4WA 3P83D 5AFUA 1EXQA 4FLYA 1KVCA 3ZCMA 4DQPA 5EXWA 3HM8A 2X6NA 3PO5A 1YT3A 1QSSA 4CF9A 1Q18A 2QW9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GLA G;  2CGL A;  2V52 B;  4A5B A;  1Y97 A;  4B9V A;  4BRF A;  3ZT4 A;  1S72 N;  4RW4 A;  4UAE F;  2E8A A;  2HF4 A;  3R6M A;  1N36 K;  4IO8 A;  4PHT X;  2OPR A;  2Q0U A;  3DM2 A;  2QWM A;  2FC0 A;  1UGL A;  4CGF A;  4E1M A;  1B7D A;  3T1A A;  2A1R A;  2P9P A;  4DSL A;  1MWM A;  3AO3 A;  2ATQ A;  3MXJ A;  1S1T A;  3EKS A;  2G8W A;  1ZYW A;  4ISF A;  1BIZ A;  1FJG K;  4DTR A;  2JGU A;  3L2U A;  2E1Z A;  4X65 K;  4C8O A;  1BCM A;  3SPZ A;  3WXI A;  3DXK A;  5BRE A;  1YJN N;  4Z0U A;  1NGF A;  4LF8 K;  2PYJ A;  3Q7B A;  4DSE A;  2HNZ A;  3VEX A;  3G0Z A;  3S41 A;  3VQ9 A;  1GLL O;  3OYF A;  1BIS A;  2LSN A;  4IOX A;  1VQ5 N;  3CCL N;  3THW A;  5LJV A;  2QKB A;  1D8Y A;  1S6P A;  3MX2 A;  2VYP A;  4CZL A;  3M6G A;  2I61 A;  3MXM A;  1NGJ A;  2A6A A;  5C24 A;  3S3O A;  3NH1 A;  3JSM A;  4OLB A;  3U3Y A;  4WQ5 C;  3F2K A;  2P9P B;  1REV A;  3JXU A;  3SAH A;  1BK8 A;  4AHT A;  3GDQ A;  1X1P A;  3A5L C;  4B9S A;  3L56 A;  2D0B A;  3AO4 A;  1U4B A;  3OW2 M;  4CHY A;  3B8A X;  4Y1D A;  3NVM A;  3CQY A; 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1NGDA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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