2XY8A

Paramagnetic-based nmr structure of the complex between the n- terminal epsilon domain and the theta domain of the dna polymerase iii
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
b'RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein-Protein Haddocking Using Exclusively Pseudocontact Shifts.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE III SUBUNIT EPSILON
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 53
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2xy8A00
1QSSA 3U3YA 3LZIA 4I7FA 3S3OA 4ELUA 1RT2A 3TAEA 4W5TA 4DU1A 3DRRA 1KFSA 4M42A 4B8AB 4Z4HA 3AV9A 4DTXA 2KZMA 4M3XA 4CIEA 4BE0A 4RW8A 3KLFA 1VSIA 3HPHA 4JRPA 4IG3A 4F3OA 3THVA 1RTJA 1RT1A 4CEFA 1WAFA 4KI6A 5KRTA 3PO4A 2IGIA 1Z26A 3LWLA 4FJHA 3QEXA 3TAPA 1X9SA 3V1QA 4RW7A 1HYZA 4FJGA 3MAQA 2Z1JA 1WSFA 4NCAA 3V6DA 5HRNA 4CGIA 2VG7A 4CESA 2HHQA 3PUFA 4CJTA 3AVLA 1TK5A 4CEAA 2FBVA 3LDSA 1B92A 4CHNA 4HTUA 4DSIA 2E6LA 1YT3A 2Z1IA 2ZQBA 3ZSQA 3A2FA 1C0MA 4FM0A 1KVAA 3U3GA 3VA0A 4C8KA 2YNHA 1JLQA 1C1CA 3DLKA 1DLOA 4XIUA 2P5OA 4PA1A 1S1TA 1S5JA 3C6TA 1RDCA 3SQ0A 4JS4A 4DQRA 1IO2A 3KK3A 2PY5A 5J2NA 4DSEA 1BIUA 3G10A 4F2SA 4HCCA 1ASUA 1LWEA 4KTZA 3AO2A 2YNFA 1VRTA 4DG1A 5C25A 3CFRA 4CEEA 3NFAA 3SQ1A 4E0DA 4KREA 1EETA 5HROA 1X9WA 2A1SA 3KTQA 3AVIA 3OYHA 5FDLA 4BDYA 1VSJA 4CIGA 4IKFA 2YNIA 2P1JA 1IKVA 1BI4B 3AO4A 4FLVA 4Z4FA 4DTNA 2E4LA 4DTPA 1TK8A 3TARA 4FW2A 5I42A 4CK3A 4CJFA 3EYZA 3VQQA 3VQCA 4CGFA 4H8KA 3JYTA 1WNSA 4CHQA 5JS1A 4CGDA 4O0IA 4NYNA 3L2QA 1VSMA 1TAUA 3C6UA 3NF7A 1BGXT 4O44A 3PY8A 4QOZB 5C24A 1VSLA 4NCGA 1A5XA 4CEBA 1D9DA 2DFHA 3F73A 4OPJA 3SNNA 5EU7A 1IKXA 3AVJA 3DI6A 3DOLA 3KIOA 4CF9A 5E41A 4DTSA 2IS3A 3TAFA 4H4OA 4FLZA 1TK0A 3IRXA 1RBTA 1VSEA 2QKKA 1VSDA 1Z25A 1WN7A 3QINA 2HNDA 1REVA 3BGRA 3QIOA 3ZCMA 3VN5A 1KLMA 1RT7A 3DMJA 3O4NA 4AHSA 1JLBA 1HNIA 1NK4A 4IBNA 3AVBA 3FFIA 3O3GA 3V9SA 2HMIA 4I2PA 3HSTB 4M3YA 2OA8A 1J9AA 3OS0A 2I5JA 1D5AA 4CFCA 4N5SA 3OYBA 4J2AA 2FBXA 1KLNA 2X6NA 5D3GA 3NHGA 5CY4A 4DQSA 1WSHA 1KVCA 3VQAA 2Y1JA 4KHSA 2G8IA 3NCIA 1S1UA 4CHOA 3H08A 3L3VA 2KTQA 4WE1A 1XWLA 4UQGA 4AHVA 4EP4A 4B9NA 4W5OA 4FM1A 4CGJA 3S3NA 2IC3A 4DSKA 1EX4A 4M45A 1BQMA 2FBYA 4LSLA 4Z4CA 4BACA 3NGIA 3C95A 1BQNA 1ASWA 1MU2A 4RG8A 4RW9A 3HVTA 5KRSA 3JSMA 3D0PA 4DLGA 1X1PA 3OYGA 4FJKA 3L2UA 1NKEA 4FJJA 3AA4A 2OPRA 4O55A 1J54A 1QE1A 5DK5A 3ZT1A 1GOAA 4DF8A 2XY5A 1JLCA 1YVUA 2P51A 3V4IA 4EZ9A 2Q3SA 1LAVA 4AHCA 3RTVA 2XY6A 3SUQA 4CEOA 4KB1A 2OZSA 2HHVA 4GVMA 1QSLA 2ZE2A 4DTOA 1FK9A 4W5QA 3LWMA 1TGOA 1XHXA 5I3UA 1ZBLA 4KHQA 2DFEA 4KHUA 5KGXA 2KQ2A 4C8MA 4C8OA 1FKOA 4K8ZA 1TV6A 4DLEA 4DQQA 2HHXA 3AVCA 3KD5E 2YV0X 4CJ5A 1BL3A 3QEVA 3RR8A 3HL8A 1ZBFA 3SYZA 1VRUA 3HXMA 1QQCA 4J2BA 1JXBA 1TL3A 2HNYA 2X78A 4CJSA 3RMBA 5J2PA 1VSFA 4FZZA 4N76A 4RW6A 3KK1A 4DU4A 1ZBIA 1BCOA 1KTQA 3OYFA 4Z0UA 3EZ5A 4E3SA 4FYDA 3MXJA 1T7PA 2EHGA 3KKRA 3AO1A 1XI1A 3ZSXA 3ZSZA 1IG9A 4W5NA 1EXQA 4LY7A 4OGCA 4KRFA 1RT5A 4MQ3A 4PUOA 1L3TA 3MXMA 3QETA 1UA1A 3TANA 4HUFA 1JLAA 3HM9A 1GOBA 4ELTA 1NJWA 5CZ2A 4KTQA 2OZMA 2DTUA 1GOCA 3ZSOA 4F4KA 4GMJB 4FXDA 1BISA 4OJRA 3OJUA 4FVMA 4DQIA 4Y1DA 4KO0A 3K5MA 5CYMA 2KFNA 4DFKA 4Z4EA 2G8WA 3MEDA 2ITGA 3LPTA 4NYFA 4CJQA 4I9QA 4Q5VA 4CF0A 4CJLA 4KHNA 4M3RA 4FJXA 2YHAA 4CCHA 4F8RA 4M3ZA 4FCYA 4N47A 4ICLA 3OJSA 3NH2A 4CF2A 1LWFA 2G8HA 4PY5A 2AJQA 1LW2A 4H4MA 3O4QA 4PQUA 1QS4A 2A1RA 3NF8A 3SCXA 1SKSA 1YTUA 3F9KA 3S9HA 1S9EA 4O5BA 4CGHA 2JLEA 4FLTA 1NK6A 4HHTA 2GBZA 3RMDA 3LP3A 3RRHA 1YTAA 1W0HA 1CXQA 1HJRA 1C1BA 3NAEA 5DMRA 1J5OA 2KFZA 4EZ6A 4KB0A 1S6QA 2F8TA 4FJ5A 3WNFA 1S9GA 3OS1A 1T8EA 4G1QA 4CHZA 2FBTA 3KLHA 3M8QA 5HP1A 3NDKA 4CHPA 2XRIA 4HUGA 3M8SA 3D45A 1BCMA 3I0SA 3OYAA 4ZHRA 4KFBA 1A5VA 3KJVA 4JS5A 3TABA 1SL1A 4B9UA 1JXEA 3P83D 4DQPA 2BGGA 4M3WA 1RCHA 5FRNA 2B5JA 4CJKA 4O0JA 4B8CA 1NK8A 3AVMA 3NE6A 3DLBA 2G8VA 2PYLA 1TKZA 3SV3A 3RR7A 3QESA 2HVHA 2HW3A 1JLEA 4ZTFA 3MXIA 2F8SA 3CFPA 4OKJA 3L8BA 5SWMA 4M3UA 4AHTA 3IG1A 2YNGA 3DLEA 2GV9A 1JLFA 3I0RA 4FLUA 4OVLA 3VA3A 1U04A 1D9FA 4B9TA 4J2DA 3KLIA 3DLGA 1CXUA 4FLWA 3PV8A 4KI4A 3V9ZA 3KK2A 1CLQA 3DRPA 4AHRA 4Q0BA 4FJ8A 4DSJA 1SV5A 2OPPA 5SZTA 3KD1E 4KPYA 2FC0A 1KFDA 2VG5A 4FK4A 3NGYA 1ZBUA 1KVBA 4AHUA 4FK0A 3NH1A 2O4IA 3K2PA 1HPZA 3DM2A 3QERA 1U4BA 1C6VA 3CM6A 3QIPA 4DS4A 3RMCA 2KW4A 4B9SA 2KZZA 3VQEA 2OYQA 4K8XA 4CF8A 3OYCA 2DY4A 1W9HA 3BDPA 1DTQA 1IH7A 1ASVA 2RN2A 3AO3A 3ITHA 2ZD1A 4O4GA 1L3VA 3V9XA 4B08A 4FJ9A 4FJMA 2WOMA 2BANA 4KHWA 3O3FA 1ITGA 1WSEA 1K6YA 4LH4A 3TWHA 2E6MA 4IG0A 1JLGA 2OPSA 3M8RA 3HT3A 3V9WA 1L3UA 4FJNA 1I39A 2X74A 4IFYA 4BE2A 2PYJA 1NK7A 1ZBHA 4QCLA 3VQ9A 3CYMA 1Q9XA 4DMNA 3RWUA 1NOYA 2X6SA 4IFVA 3KKSA 3OYJA 2PZSA 4KAZA 3MEEA 1NJZA 4CFBA 5K14A 4CJPA 3V81A 3HPGA 1NK9A 1NJXA 3TAGA 3SUNA 3AVFA 1TKTA 3K5OA 3SPZA 1RTDA 2HHSA 2O4GA 3V9UA 4LSNA 5FRMA 2RKIA 2XY8A 5KI6A 1HYSA 3LALA 1RDDA 3OYIA 3ISNC 1WSIA 2EX3A 2D5RA 3AA5X 5FROA 3ZSWA 1HNVA 4B9MA 1TAQA 4E1NA 4YNQA 1J53A 3L3UA 3G0ZA 3ZSVA 4CEQA 1RBRA 4KTWA 2IAJA 1RILA 3VQBA 1D8YA 1KRPA 4FJIA 3WNEA 4AILC 5HRPA 4FM2A 4HCBA 4C8NA 1RNHA 3M8PA 4DTJA 2QKBA 3PX4A 4LD0A 1C1AA 3QO9A 1FKPA 1RBVA 2ETJA 3HK2A 1CZBA 4M41A 3T19A 1O1WA 1R0AA 1JL2A 4CF1A 2NUBA 2Z1GA 3TI0A 3IAYA 3DYAA 1X9MA 2P5GA 3AA2A 1RBUA 1RDBA 4CFDA 4CJVA 2LSNA 1Q9YA 2G8FA 4BWMA 3EY1A 4N41A 4ZTJA 4GW6A 3VQ5A 3LP2A 1WSJA 2B4JA 3TAQA 4KKOA 4CGGA 3ZSYA 2IDOA 2VG6A 2BE2A 4B9LA 1HRHA 2QK9A 4CHYA 4Y1CA 5C42A 4BDZA 3SZ2A 3LANA 3ZSRA 1KCFA 2YKNA 1S6PA 4MFBA 1UA0A 1QTMA 4TSXA 1C0TA 3AVGA 2F96A 2RPIA 4HVJA 1WSGA 4EP5A 3K58A 1VSKA 3DRSA 1FXXA 3L2WA 3SUOA 3IS9A 3AO5A 3WNGA 4CJ4A 4CEZA 3L2VA 2HHUA 3I8DA 5T7BA 2HNZA 4N56A 1T03A 4FJLA 1Q8IA 3QNNA 3B6OA 2DFFA 2YKMA 3P5JA 1T05A 3HYFA 2D0BA 3VQ6A 4E7JA 3VQ7A 3OS2A 4BWJA 2HB5A 5J2MA 3PO5A 4E89A 1S1WA 4B9VA 4LH5A 3LAKA 2JGUA 1TVRA 3AVNA 4FLYA 3O3HA 3MECA 5CZ1A 5KGWA 3ASMA 3K57A 2G8KA 4AH9A 4F3TA 4DFJA 2IOCA 4FZXC 1SUQA 4ID1A 3HJFA 3NH0A 4YFUA 1C0UA 4DFPA 2D0AA 4B3OA 5HRSA 3HP6A 3SPYA 4CJUA 1DTTA 4OKKA 4CIFA 3WNHA 3K5LA 1SL2A 4OGEA 2Y1IA 3PX0A 4E1MA 4PWDA 1VSHA 3VQ8A 1NJYA 3V1RA 2YHBA 3HVRA 4I9LA 2VWKA 3T3FA 4CK1A 1TL1A 3SQ2A 4CEDA 4Z4GA 3AVKA 4CFAA 4KV8A 1N5YA 1NOZA 4DS5A 5J2QA 3HPOA 1LV5A 2HHTA 4FW1A 1S1XA 3E01A 3QEIA 2ATQA 3VQPA 4JRQA 5JS2A 2XO7A 4E7HA 1L3SA 1L5UA 1KSPA 2RF2A 3SV4A 4FZYA 4CJWA 3OYEA 4DSFA 4DU3A 4E19A 5KTQA 4E7LA 1RTHA 1EKEA 1A5WA 3ALYA 1Y97A 5HRRA 3QEPA 1HYVA 4KHYA 3CFOA 3RRGA 4OLBA 1EP4A 3MEGA 3KLEA 3K5NA 4OPKA 4HUEA 1QHTA 3ZT0A 2OPQA 4CECA 4DTMA 1XHZA 1U48A 1NKBA 1WAJA 3NGZA 4OKEA 2Z1HA 4IDKA 3AA3A 4FLXA 3ZT2A 1I3AA 3DLHA 3VQ4A 1SKRA 3CQ8A 2GUIA 4ELVA 4CJRA 4M3TA 4DFMA 2BDPA 1VK0A 4JLHA 3OYMA 4E7IA 3DOKA 3SQ4A 3RMAA 2HHWA 2R7YA 4Z4IA 2B6AA 4CE9A 1UWBA 4BDPA 3SI6A 1WLJA 4OLAA 3OYKA 1JL1A 3LAMA 3OYLA 4FK2A 2HVIA 3C94A 3L2RA 3UIQA 3T1AA 3SJJA 3OYNA 3B6PA 1SKWA 1U49A 4F2RA 3HO1A 3TAMA 3NF6A 3NBPA 3OVNA 1U47A 3S3MA 4ID5A 4J2EA 1LW0A 3ZT4A 3PX6A 1BI4A 3LP0A 3ULDA 4L8RB 1HQUA 3KLGA 2XHBA 3QEWA 4FJ7A 5J1EA 1TKXA 3NF9A 3CG7A 1B9DA 1IKYA 1HQEA 1TKDA 1RT6A 1UOCA 1JKHA 4DTRA 1S1VA 3OYDA 3DLRA 3LP1A 3QNOA 1SL0A 4DF4A 1U45A 2WONA 3AVAA 3CM5A 4R5PA 4C8LA 2VWJA 1RT4A 3TR8A 1RBSA 3OY9A 4BE1A 3QLHA 5CYQA 2W42A 3U6FA 3LPUA 3SUPA 4CJ3A 1NK5A 1RT3A 4CK2A 1RTIA 1CZ9A 1N6QA 2D0CA 2QXFA 1IKWA 4QAGA 3ZT3A 3AVHA 1ZYQA 1F21A 4RW4A 3V1OA 1HMVA 1QSYA 3VQDA 5HLFA 5HBMA 4CERA 4CJEA 4E7KA 1XC9A 4I2QA 2XY7A 4DWIA 3LZJA 1B9FA 2G8UA 3K59A 1LWCA 3P1GA 3HP9A 1UAXA 1LAWA 1NK0A 4W5RA 1NKCA 4NCBA 1RDAA 4DTUA 1BHLA 1G15A 1BIZA 4DSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7FA 4OX9K 4ELUA 2KLAA 1RT2A 3TAEA 4DU1A 4M42A 3DRRA 4FWLA 4Z4HA 2KZMA 3ZETB 4M3XA 3KLFA 1VSIA 3ENBA 3J81O 4CEFA 4KI6A 1EQYA 3LWLA 1Z26A 3DXMA 1G99A 3MAQA 1WSFA 5AQMA 3AVLA 2HSTA 3GE1A 4BQZA 4HTUA 2E6LA 4H5RA 1YXQA 2KKZA 3ZSQA 3Q7BA 4DR7K 3U3GA 4C8KA 1C1CA 1OKJA 4I6MB 4DUYK 5AQJA 2P5OA 3TTCA 2D0OA 4C23A 1NBWA 3C6TA 1QQOA 1BIUA 3AO2A 2YNFA 3C0BA 4DG1A 5C25A 4MDBA 4CEEA 3NFAA 4BGAA 2QWPA 2O8FB 1EETA 1X9WA 2A1SA 3KTQA 3AVIA 4BDYA 1BI4B 3O9UA 3CC2N 1MA9B 4CK3A 3EYZA 3OBYA 4H8KA 3JYTA 1WNSA 5JS1A 1TAUA 4O44A 1KXPA 2Q2RA 5C24A 3R3LA 3F73A 4KH5A 5EU7A 1IKXA 5ADXA 1NGBA 3KIOA 3DI6A 3MCPA 5E41A 4DTSA 2P9PB 3HM8A 3ID6A 2KHOA 2QKKA 5F2RA 1HPMA 4JEPA 3O1WA 4ILGB 3BGRA 3QIOA 3ZCMA 1RT7A 3O4NA 4GNIA 1HNIA 1NK4A 3O3GA 4LF7K 2QWOA 3HSTB 1YHQN 2GWKA 4YOTA 2CGJA 2FBXA 1WSHA 5BPMA 4KHSA 2NZTA 4IO8A 1YJWN 2KTQA 4W5OA 4CGJA 2O8CA 2DPNA 4BC3A 5JICA 1BQMA 2D1KA 4Z4CA 4BACA 4RG8A 4RW9A 4FWOA 3CCQN 5KRSA 4DLGA 3CJ9A 3MMVA 4O55A 5DK5A 1QE1A 1GOAA 2FLOA 4DF8A 2O8EB 2P51A 4DR2K 1LAVA 3GL1A 3SUQA 4CEOA 2P9SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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