2XY8A

Paramagnetic-based nmr structure of the complex between the n- terminal epsilon domain and the theta domain of the dna polymerase iii
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA POLYMERASE III SUBUNIT EPSILON
publication title Protein-Protein Haddocking Using Exclusively Pseudocontact Shifts.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 53
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2xy8A00
4IG0A 2OZSA 4DU3A 1Z25A 3QNNA 3QESA 4JS5A 3SUNA 5C25A 4I9QA 3AVMA 4HVJA 4BWMA 3BGRA 4EZ6A 1WLJA 4CJKA 4CFCA 1EP4A 1B9DA 2E6LA 4E7IA 1RT6A 5K14A 3SCXA 4FJXA 4KHSA 3ZSZA 1IKVA 3MEDA 3VQ9A 2D0AA 1CZ9A 2HHXA 2IDOA 4B8CA 4PY5A 1S1XA 3IS9A 1YTAA 2LSNA 4Y1DA 5DK5A 1IKXA 1UOCA 4AHSA 1SL1A 3AVKA 5J1EA 3K58A 4JS4A 3VQ4A 4DQRA 1S1VA 4KB0A 4RW9A 5CYQA 4PWDA 1ZBFA 4CJRA 4KHUA 3TABA 4CEZA 4OKJA 3LDSA 3CFOA 1VSHA 3QETA 2O4GA 2ETJA 4KFBA 4FM0A 3CM6A 3S3MA 1SKSA 1Z26A 4KB1A 5HLFA 4B08A 1ZBHA 1VSDA 4CF0A 3RR7A 4E1NA 3AO2A 1RDDA 1KRPA 1XC9A 3FFIA 1DTTA 3OS2A 3ZT3A 4C8NA 3DOLA 1C6VA 5HROA 2KZZA 4FJ9A 4DF4A 5SZTA 3V9UA 2HHWA 4F4KA 1LWEA 1HYVA 1RBVA 4DQPA 5I42A 3QO9A 4E7JA 3TAGA 5D3GA 1S1WA 3HT3A 5FRMA 3KKSA 4DTJA 4CGFA 3AVCA 4KV8A 4DSIA 4I2QA 1BI4B 1U45A 1JLQA 3SJJA 2ZQBA 4OGCA 1HNIA 4FJHA 2FBYA 4ZHRA 3M8RA 3TARA 4HUGA 3DLGA 4DTXA 3V9XA 3LPTA 1F21A 1Q9XA 5C42A 2Z1IA 1NJZA 3CFRA 2KW4A 4CJVA 4CIEA 4OPKA 1YVUA 1TK5A 3V4IA 2X78A 4CEBA 4ICLA 3SUPA 1LWCA 1WN7A 1NKBA 4QOZB 1KFDA 3QIPA 3B6PA 1L3UA 3LP1A 4KTZA 4YNQA 1RBTA 1ASUA 2Q3SA 3ALYA 1ZBUA 3ITHA 4ZTJA 2G8VA 4KAZA 3RR8A 4DLEA 1RTIA 3AVLA 4B8AB 3HPHA 1NOZA 3NH2A 3DLRA 4L8RB 4DTRA 4B9LA 3O4QA 4CJ5A 1QHTA 4O44A 1D5AA 1QS4A 4H8KA 3OYBA 1LV5A 5FROA 5HRPA 1JXEA 4CEQA 1N6QA 1XHZA 4NYNA 3SI6A 3DOKA 2D0CA 2B5JA 4FK0A 1RBSA 4TSXA 3RMAA 3LWMA 3HP6A 4FW2A 4RG8A 2D5RA 1G15A 1J5OA 1IG9A 4AHVA 4C8KA 1ZBIA 3HJFA 3NCIA 3V1OA 1C1BA 3IG1A 4DSFA 3RMBA 3RWUA 1HPZA 1RTHA 3AV9A 3V9SA 4KRFA 4ELVA 1B92A 3VQ7A 4C8OA 2BGGA 3OYKA 2E6MA 1VSFA 3LALA 1KLMA 1C0UA 2FC0A 4ID5A 4DU4A 1JXBA 1L3SA 5HRRA 1ZYQA 3HSTB 4FLXA 3PY8A 4KKOA 2XHBA 3C95A 4OLBA 4HCBA 3QERA 3AO3A 3NBPA 3K5NA 2O4IA 3QINA 4DS5A 1QE1A 3VQ8A 4M3YA 4K8XA 3DRRA 2OPQA 3LWLA 2XY7A 3HPGA 3TAEA 3PV8A 3THVA 1TK0A 4CJTA 4FJGA 3CQ8A 1RTJA 4B3OA 4FJNA 3G0ZA 2QKKA 3VA3A 2EX3A 4CJUA 1QSLA 4O4GA 2HHVA 5SWMA 4FK4A 2Y1IA 3LP3A 4CK2A 4DSLA 4BDYA 3RRHA 3OYHA 3O3HA 4F3OA 1VSKA 3DI6A 5J2NA 1ZBLA 4M3TA 4MQ3A 4UQGA 3LZJA 3HL8A 1HMVA 4B9TA 4Z4IA 2FBVA 3QEWA 3HVRA 2P51A 4YFUA 1C1AA 2D0BA 4RW6A 3SQ4A 1TVRA 2YV0X 3AVNA 4JLHA 4DQSA 3RTVA 3ZT1A 4N41A 1WAFA 2RF2A 5KRTA 1R0AA 1KCFA 4O0JA 3TAFA 3OYFA 1S9GA 4RW8A 3DRSA 2XY8A 3NF7A 4CJPA 3DRPA 4J2EA 3KIOA 4Z4GA 1NKEA 2OPSA 2AJQA 1TV6A 4H4MA 5KGWA 5T7BA 3LAKA 3TR8A 4E3SA 4Q5VA 2GBZA 4DFJA 4CCHA 4KHQA 4M3ZA 3ZSQA 3OYAA 5E41A 3AO4A 3EY1A 1HJRA 4O0IA 3DMJA 1RT7A 2G8WA 1CXUA 1U4BA 3H08A 1JL1A 5KRSA 3OYLA 3S9HA 3TAQA 2PYLA 4HCCA 3OVNA 3ZT4A 4M42A 4CEOA 2DFEA 4I7FA 3WNEA 1JLEA 4CGGA 1KFSA 3T1AA 4XIUA 4IBNA 1VRTA 1U04A 4J2DA 4E89A 4RW4A 3NGZA 3HP9A 4KHNA 3VQQA 4M3RA 2PYJA 3MAQA 3SYZA 4FZXC 2XY6A 3LP2A 3K5MA 4Y1CA 1TAUA 1A5WA 1RCHA 3VQEA 5JS2A 4ID1A 2RPIA 3JYTA 2HNYA 4FLTA 4CIFA 4CF1A 3ZT2A 4F2RA 4FJJA 3AVGA 1IH7A 4I9LA 4CJ3A 4OPJA 1LAVA 4W5NA 2HNDA 3KD5E 4LSNA 2B6AA 1TKDA 2HVHA 3TAMA 4Z4FA 2BE2A 2HNZA 1NJXA 4KTWA 3L2QA 1JLBA 4GMJB 4IFVA 1KTQA 3OYNA 2KQ2A 1NK5A 1D8YA 2DY4A 4KHWA 2NUBA 4FLYA 1XHXA 3HK2A 3V9ZA 3OJUA 1WNSA 3ISNC 3NFAA 4DLGA 3AA3A 3VQ5A 3VQBA 3KLGA 1NK8A 1RNHA 1VSLA 1J9AA 3M8SA 3KD1E 2EHGA 1SUQA 1S6PA 3VQAA 3MXMA 2P1JA 4DG1A 3TANA 4FK2A 4DMNA 3MXIA 1RILA 4F3TA 1SV5A 4CF2A 4FYDA 3L3UA 1BISA 1NK4A 5I3UA 5J2QA 3U3GA 4E1MA 3NF9A 4LH5A 2VWJA 4FZYA 2YKNA 4KREA 3I0RA 1WSGA 4CECA 1S9EA 2W42A 3SNNA 4FJKA 1J53A 2KTQA 3KK3A 1K6YA 4N56A 2OPPA 3IAYA 4FJ5A 4ELUA 2JLEA 1EKEA 3AVAA 4FCYA 1YTUA 3NAEA 3NDKA 1SKWA 3NF8A 3P83D 3NF6A 3L2WA 4DWIA 4CGIA 3C6TA 4BE2A 2YNGA 5FRNA 3K5LA 4DQIA 3O3FA 1ASWA 1O1WA 3HYFA 1RT5A 4IG3A 4O5BA 4FLZA 1FKPA 2G8UA 4Q0BA 1HYSA 4CHZA 1IKWA 4DTMA 3KTQA 2YNFA 3ZSVA 4WE1A 2HHQA 1FXXA 2QK9A 3DYAA 4N76A 2G8KA 1NK7A 3QEPA 1HQEA 2BANA 3L2UA 1BCMA 2DFFA 1HYZA 4FLVA 1X9MA 4O55A 2A1SA 2VG6A 3ZSWA 3NH1A 1L3VA 4CJSA 4CEEA 4CESA 4CFBA 1BQMA 2X6NA 5KTQA 2E4LA 3AA2A 3HVTA 3L2RA 1LWFA 1ASVA 1RDAA 3MEEA 1U48A 4Z4EA 4DSKA 4FJIA 3LAMA 3OY9A 4G1QA 3OYDA 4DQQA 4DTUA 2G8HA 4NCBA 2IAJA 1FKOA 1BI4A 3VA0A 2HW3A 3RMDA 1IKYA 3KLEA 4DFMA 1GOAA 3OS1A 4OVLA 4EP4A 1Q9YA 1BQNA 1RTDA 1BHLA 4W5QA 4FJMA 4CJ4A 3NH0A 3CFPA 3L8BA 3HPOA 4E0DA 4KI6A 4FZZA 4M3XA 1Q8IA 3EYZA 2ITGA 1NK0A 3OYMA 1L5UA 4KTQA 4FXDA 3MXJA 3A2FA 2B4JA 2QXFA 2RKIA 1C1CA 4M45A 3ULDA 2G8FA 2KZMA 4DTNA 3ASMA 1KVAA 3LP0A 1LW0A 3NGIA 3PUFA 1D9FA 4CGHA 4FJ7A 3K59A 1I3AA 3V6DA 3K2PA 3U3YA 4BACA 3CG7A 2HHUA 3B6OA 4FM2A 4EP5A 3OYIA 4R5PA 1U49A 3KLIA 2GV9A 1QQCA 1VSIA 1NK6A 4NCAA 3U6FA 4AHCA 3KJVA 1KLNA 4RW7A 3WNHA 4FW1A 2OA8A 4B9MA 3KK1A 4CJWA 4KPYA 4FJLA 2X74A 4I2PA 1T8EA 1L3TA 4AHUA 1RT3A 1KSPA 5HP1A 2F8TA 1X9WA 1VRUA 2XRIA 5CZ1A 3SQ2A 2XY5A 2A1RA 1J54A 3VQPA 2OZMA 4PA1A 3KK2A 4B9SA 2FBTA 3SV3A 3QLHA 1SL0A 4J2BA 3OYGA 1CZBA 2YNIA 1W9HA 3K5OA 2R7YA 4BDPA 4E19A 1A5VA 4HHTA 2QKBA 1UA0A 5J2PA 4C8LA 1T7PA 1GOBA 2XO7A 2F8SA 3AVHA 3LPUA 5EU7A 3F9KA 3QIOA 1BIZA 4E7KA 4GVMA 1X9SA 3AVIA 4E7LA 1WSEA 3D45A 1JLFA 1NOYA 2OYQA 5HBMA 5CYMA 4CJEA 4J2AA 1RT4A 1S1UA 4OGEA 4W5TA 3QEVA 2ZD1A 4FVMA 3CYMA 3ZSOA 3M8QA 1S5JA 3QEXA 3L3VA 1MU2A 1W0HA 1HQUA 1VSJA 1WSFA 3OS0A 3OYCA 1QSYA 3PO5A 4B9VA 3OYEA 3M8PA 4M3UA 2KFNA 1WAJA 3AA5X 4OKEA 4DU1A 3AVJA 1JLAA 3I8DA 3L2VA 2Y1JA 2RN2A 2P5GA 1JLGA 2VG7A 2Z1GA 5FDLA 3VQ6A 4CFAA 4E7HA 3DLEA 4CJFA 4OKKA 4AHRA 5HRSA 4DTSA 4Z4CA 4M3WA 4CIGA 2HHSA 2YHAA 3C6UA 5C24A 3VQDA 4FLWA 2IS3A 1LW2A 4CFDA 3VN5A 4W5RA 3IRXA 4DF8A 2GUIA 4FJ8A 1YT3A 4IDKA 1C0TA 4CJQA 1C0MA 1TKTA 4BE0A 4ELTA 3DLBA 1WSJA 1VSEA 2WONA 4CK1A 1NK9A 3LZIA 2YNHA 4CEFA 3O3GA 4KHYA 1RDCA 4EZ9A 3T19A 4CEDA 4CHYA 2F96A 4Z0UA 3JSMA 1RBRA 1BIUA 4MFBA 4CGDA 3PX6A 3G10A 1NJYA 2JGUA 2ZE2A 3OYJA 1NKCA 2IC3A 4HUEA 4JRQA 1LAWA 4NCGA 4F2SA 1KVBA 3RRGA 1XWLA 1S1TA 3DLKA 4C8MA 3ZSXA 4DFKA 1CLQA 2FBXA 3HO1A 2HB5A 3AVFA 4LSLA 3RMCA 1BGXT 1TAQA 3LANA 5KGXA 4FLUA 4OJRA 1BCOA 2Z1JA 3PO4A 4CHOA 1IO2A 3CM5A 3SV4A 1S6QA 4B9NA 1D9DA 2P5OA 1B9FA 4PQUA 1JLCA 3ZCMA 4CJLA 1FK9A 4N47A 1UWBA 1XI1A 4DSEA 3MECA 2PZSA 1RT1A 3OJSA 1EXQA 3QEIA 1Y97A 3UIQA 4PUOA 1CXQA 4CF8A 2VG5A 3AA4A 3P1GA 1KVCA 4AH9A 1GOCA 3KLFA 3DM2A 1TGOA 2KFZA 1TL1A 2I5JA 4NYFA 4KI4A 4CHPA 1RBUA 3V1RA 3VQCA 3KKRA 1DLOA 1DTQA 1EETA 3PX0A 3TAPA 1WSIA 2VWKA 3NHGA 3WNFA 4BDZA 5JS1A 1VK0A 4BWJA 2G8IA 1WSHA 4M41A 3T3FA 1X1PA 4ZTFA 1EX4A 3NE6A 2IGIA 4DTPA 4CK3A 5HRNA 3SUQA 1TK8A 1VSMA 3DLHA 1A5XA 1ITGA 3P5JA 4FM1A 3WNGA 3TI0A 3SPYA 4LD0A 1TKXA 3SPZA 4K8ZA 3K57A 3ZSRA 4AHTA 4CHNA 2YKMA 2OPRA 1JKHA 4CGJA 4Z4HA 3PX4A 5KI6A 3SQ0A 2X6SA 1HRHA 3SZ2A 4DSJA 3QNOA 4CF9A 5CY4A 3AO1A 4DFPA 4KO0A 3O4NA 5J2MA 1SKRA 4B9UA 1JL2A 4H4OA 3ZT0A 4DTOA 2HMIA 4OLAA 3HXMA 2DTUA 3SUOA 3V1QA 4JRPA 4IKFA 4CERA 3SQ1A 3ZSYA 1QTMA 1UAXA 2IOCA 4LY7A 3V9WA 1SL2A 5DMRA 4CE9A 4DS4A 4GW6A 1UA1A 3F73A 3D0PA 3C94A 1RDBA 1U47A 1T03A 1T05A 4QAGA 3EZ5A 3V81A 2BDPA 4LH4A 1RT2A 3NGYA 3TWHA 4CEAA 5CZ2A 4BE1A 1N5YA 2HHTA 1I39A 3KLHA 4AILC 2ATQA 1HNVA 4CHQA 3AO5A 2PY5A 2HVIA 1REVA 4HTUA 3MEGA 4F8RA 3BDPA 2WOMA 4IFYA 3S3NA 1BL3A 2DFHA 3AVBA 4N5SA 3HM9A 1QSSA 3I0SA 3S3OA 1NJWA 1TKZA 2YHBA 4QCLA 4HUFA 3E01A 2Z1HA 4W5OA 1TL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OZSA 4DU3A 3IMXA 1XUPO 4UY8O 1EQYA 4G9ZA 3SUNA 2P9NB 4K0KK 4I9QA 4HVJA 1WLJA 1B9DA 4BRPA 5AQTA 3VQ9A 2YHYA 4JD2A 4PY5A 2QWOA 2HSTA 3EL2A 2WBNA 4JS4A 3VQ4A 2KLAA 4PWDA 4DR1K 5B8HA 4KHUA 3FR0A 4FM0A 4AQYK 1SKSA 2QXLA 5HLFA 4MDAA 1ZBHA 1VSDA 2D0PA 4CF0A 3RR7A 3AO2A 1RDDA 3ZT3A 4C8NA 1C6VA 5HROA 4CW7B 1HYVA 3MN5A 5I42A 3VERA 3IKMA 3QO9A 4CZKA 5LMUK 4E7JA 3TAGA 1S1WA 3ULEB 4DV1K 3AVCA 3DJCA 4I2QA 2W6LA 1JLQA 3SMPA 3SJJA 3UKRA 4OGCA 4ZHRA 2YHXA 4HUGA 2UUBK 5EVZA 2W6KA 4DTXA 1F21A 3EEQA 4MO4A 3MWPA 1TK5A 5DM7L 4FPAA 4ICLA 3SUPA 3R1XA 1NKBA 4QOZB 3QIPA 4KTZA 1K8AO 4LFAK 2Q3SA 5C2FA 1RTIA 2BTFA 4PKGA 4B8AB 4GY2B 2KKZA 4B9LA 4L8RB 3VPZA 3CI5A 4BRCA 2A41A 3ZX0A 4LFCK 4H8KA 2V7YA 3OYBA 1N6QA 2W40A 2O8EB 4NYNA 3DOKA 2D0CA 3LM9A 3WEEA 5BREA 4BVOA 3HP6A 4RG8A 3CPWM 1G15A 3HJFA 4AHVA 3SAHA 1WB9A 1C1BA 3B8AX 3AV9A 3V9SA 3VF4A 4DV5K 1IBMK 1B92A 1DKGD 2BGGA 2P9SA 5FPEA 1VSFA 3O9UA 3MN6A 4B1VA 1ZYQA 4BRFA 3HSTB 2NRHA 3C95A 4OLBA 1BA1A 2Q0UA 5F0XA 3K5NA 2E1ZA 3LL3A 1HNWK 4KH5A 1TK0A 2ZJQL 3A0IX 3LDLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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