4JD2B

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
377
Chain Sequence
QGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIREIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 104
structure length 377
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2B03
3BEXA 1NGJA 2D0PA 3L6QA 3ZETA 4BR4A 2QWLA 2FF3B 1QQMA 2CH5A 3DWLA 4DQ8A 1ESVA 1RFQA 4CZGA 4DB3A 2HMPA 3LDOA 1HJOA 5ADXH 3CQXA 1HUXA 3GG4A 3C7NB 3IMXA 2E88A 2P9NA 3MMVA 4JD2A 5KQDA 2QWMA 2P9PB 1U2VB 4H0XB 3VGMA 1HKCA 4IZ9A 3ATVA 2AP1A 3MCPA 2YI1A 5JLHA 3O4WA 4DCHA 4H0VB 2F9WA 2GTDA 2A6AA 2FSNA 4FWOA 5E84A 3FFKB 2I7PA 4HWIA 5AR0A 3VEWA 4PKIA 1TYQA 3GBTA 2E2OA 1GLBG 1NWKA 5AQZA 2P9UB 1IG8A 3BUZB 5AQSA 3UB5A 2P9KA 4H0TB 3TPQA 2YJFA 3JXUA 3QICA 4H03B 4CZMA 1X9JA 4ISFA 5AQUA 2E1ZA 2ZWHA 3VOVA 5F1XA 1C0FA 3CQYA 5AQQA 4CZFA 5AQLA 4CZEA 3FGUA 4O8KA 4YDUC 3AARA 4BVPA 5BPNA 3ZETB 4WQ5C 1NGEA 4PL7A 4XH1A 4H5RA 3CJ7A 3H45C 1BOTO 3ZX0A 3F9MA 3L4IA 3UKRB 4B1XB 5EY4A 3MK6A 4Z94A 4MO5A 1X3NA 3FZMA 4JHDA 1BWFO 3VEYA 4JD2B 3FE1A 3M3ZA 1ZBSA 2E8AA 4I6MB 4A62A 4CZIA 1NLVA 4BRNA 3LDQA 2QW9A 4CBUA 4BREA 4FPAA 2Q0RA 4O5FA 1GLEG 5AQFA 1RGIA 3D7EO 2QWNA 4BRPA 1P8ZA 1WOQA 1QZ6A 5FPNA 4K25A 4EHTA 2A41A 1GLAG 4AM6A 1XQSC 2FSKA 4MLEA 4JNEA 2ASMA 4BC5A 3H6EA 2IVOA 1BU6O 1DGKN 1MA9B 2P9KB 3IFRA 5FPDA 1RDWX 2NRHA 3OHRA 1MWKA 3A5NC 5BR9A 4WQ4C 4MO4A 1EQYA 4BRAA 3HSCA 3MN5A 3FZFA 3CHWA 5EX5A 1NBWA 1NM1A 3MN7A 4BRGA 5EVZA 3KVGA 4EIAA 1ZC6A 3A5LC 4GY2B 5AQJA 3BF3A 1SAZA 3U4LA 3TU5A 5AFUA 3O08A 3BF1A 4A2AA 2E20A 4FSVA 1JCGA 4JHDB 1V4TA 4BRKA 3DXMB 3A5MC 1DKGD 4B1ZA 1C0GA 2ZGZA 4EFHA 1LOTB 3KZBA 3WQTA 1MDUB 3A5OC 1Q18A 3QFPA 3D2FB 3VERA 3AAPA 4M7XA 4CI6A 4AM7A 4FWMA 5JICA 3CETA 3QBWA 3WEEA 3QMLA 3VEVA 3ZX2A 4BG8A 3GDQA 2V7ZA 1S3XA 3VGLA 3MN6A 3VESA 2YJEA 2QWOA 2W41A 5F0XA 3ZEUB 1NGCA 5LY3A 5FPEA 5AZIA 1QZ5A 3HZ6A 3VENA 1NMDA 4RTFD 3VPZA 3UKUB 3VEZA 5AQKA 2P9SA 2CGKA 4A61A 4CBWA 2D4WA 2P9IA 3C0BA 3WXIA 3EL2A 2GUPA 4K41A 2P9LB 2GEMA 5AQHA 3EN9A 4FWRA 4CZJA 3U8XA 4PL8A 4BQLA 3H1VX 4CBXA 4JN4A 4M7YA 5BN9A 4BR2A 5KPTA 4BRDA 4XH4A 4CD1A 4H0YB 1KAZA 2QXLA 1ATNA 3O80A 5AQGA 3ID8A 4H5NA 5AQMA 5LJWA 5BRDA 4K43A 2FLOA 1HKBA 2ZGYA 3BP8A 2DPNA 4GNIA 3GOIA 3CJCA 4FPBA 4B1WB 1V4SA 1D4XA 2H3GX 5BN8A 3DJCA 2CGLA 4QS7A 2GWJA 3WXJA 1XUPO 3D2EA 4H5WA 5ADXA 5EXWA 2NLXA 4JAXA 4M63C 4IXCA 4H5VA 2V51B 3VEOA 3WXLA 2HF4A 4EHUA 5BRHA 2BUPA 3QBXA 4RWTA 5AQRA 2P9NB 1QHAA 3L0QA 5AZIB 2PBDA 1J6ZA 4BR5A 2Q31A 5B8HA 1G99A 4B9QA 1GLCG 2FSJA 3R9PA 3SMPA 1NGIA 3O6WA 3I33A 3QB0A 3FR0A 1S22A 4CJ7A 1DEJA 2CGJA 4XEIA 1BO5O 2D1KA 1TYQB 2IIRA 3CJBA 3LM9A 3RSEA 1BA1A 5CE3A 1XC3A 2I7NA 4IO8A 4J8FA 1YUWA 2Q0UA 2Q36A 4WYBA 1TUYA 1WUAA 2VCPA 3O1BA 3W0LA 3CJ1A 4FOIA 5AQWA 3LDNA 3ENOA 5AQTA 1CZAN 2EWSA 1Y64A 4F9OA 5BPLA 4BRIA 4BGAA 1GLFO 5AQPA 3I8BA 3S41A 3EKSA 2QWQA 3H46O 4FO0A 2QWPA 3R8EA 3CI5A 3A0IX 2J4RA 4BC2A 4BC3A 4B1VA 3ZX3A 5JLFA 5LJVA 3VF4A 4IJAA 4K42A 4CZKA 3LL3A 2P9PA 1GLLO 5KPZA 2A5XA 3AAQA 4H0PA 3EO3A 1NGBA 2A3ZA 3H3OB 4BVOA 3VETA 2E2PA 4BRHA 4CZHA 3O5BA 1JCFA 4MLHA 2GWKA 2HF3A 3HI0A 1NGAA 1NGGA 2P9UA 5AQYA 3CIPA 2W40A 4RCHA 1NGDA 1X3MA 3AY9A 3SJHA 2V7YA 2Q97A 3O1WA 4BRCA 3J8AA 2BTFA 4IWVA 2F9TA 5AQVA 1BDGA 4NO7A 4KBOA 4BROA 3QFUA 4BR7A 1KAYA 4FWSA 3WQUA 4NB4A 3IUCA 3B8AX 3CJAA 4FWLA 2PAVA 5F2RA 3UE5A 5BRFA 1QQNA 5E26A 3UKRA 3KHYA 3CERA 3HM8A 5I9EB 4QS9A 5EOYA 1U6ZA 2D0OA 2KHOA 1SQKA 3VF2A 2WUSA 4I6MA 4LC9B 1K8KA 3EKUA 1E4FT 1SZ2A 2Q2RA 3HTVA 4BR0A 3LDLA 1BA0A 3FZKA 2VYPA 1GLJO 4BQZA 3SK3A 3VEXA 1T6CA 1YAGA 4QS8A 3ULEA 3WEEB 3H1QA 5AQXA 2OANA 2V52B 1HLUA 2E2QA 1IJJA 3U9ZA 3EZWA 4BRMA 4A2BA 2E2NA 2NZTA 2VWBA 3U9DA 1JCEA 4YDUA 1HPMA 2IVPA 4CZLA 4WQ5A 4B1YB 4FWNA 1NGFA 2QM1A 3SLCA 3WXKA 1QQOA 4CD3A 3HBTA 2P9SB 4BRFA 1MWMA 4FWKA 3DXKA 4BR9A 2P9IB 2A40A 4L3QA 4HTLA 4FWQA 2YHYA 5AQNA 3M6GA 4BC4A 3H3NO 1Z6RA 3SMSA 5AZJA 2ASOA 3O8MA 5KQ8A 1YXQA 4IJNA 2FF6A 3ATUA 2ASPA 3DXMA 4XH5A 5FPMA 2ITMA 1LCUA 2YHWA 5AFUH 4FOEA 5BREA 1K8KB 3VGKA 3WUHA 5KPRA 1HX1A 4BRQA 2E1YA 2A42A 3JS6A 3FZHA 3D2FA 4ISGA 5TKYA 3G25A 4BGBA 1HKGA 3MN9A 3ULEB 3W3DA 4ISEA 5JMVA 4PKGA 4H5TA 3ENHA 3D2EB 5BPMA 4EAHD 1ATSA 1TUUA 3GE1A 4WQ4A 2AA4A 4DHYA 3C7NA 1H1VA 1KAXA 2HOEA 3ZEUA 1ZXOA 2QWRA 1U2VA 2IVNA 5ELZA 2Q1NA 3UKUA 4BG9A 5AQOA 4FWPA 4Y0WA 3IDHA 3R6MA 1BUPA 3DXKB 2P9LA 1E4GT 3DAWA 3MDQA 4B1UB 1ATRA 3LM2A 3A8YA 4C23A 4FL9A 2GELA 4PKHA 5AZJB 1GLDG 1T44A 3M1FA 1KXPA 2YCHA 3VF6A 3RSEB 2UYTA 2ZF5O 1NGHA 3LDPA 4H0OA 1Z05A 4E1JA 1T6DA 3CJ9A 5AQIA 3P4IA 2FXUA 3GL1A 1YVNA 1OKJA 3FZLA 3WT0A 4BRLA 2YHXA 3FLCO 2CH6A 3QDKA 1BG3A 1R59O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BEXA 2BDPA 2D0PA 3KD5E 4BY9C 3NMUA 4BR4A 4EP5A 2QWLA 4DG1A 4ELTA 2UU9K 2HMPA 4LF8K 3IMXA 1N33K 2A1RA 3OW2M 4DTUA 3MMVA 2P9NA 2I5JA 5KQDA 3NH2A 5EU7A 3VGMA 4OGCA 1S5JA 3MCPA 2YI1A 5JLHA 2Q3SA 4KHYA 3PIPL 1TKXA 4H0VB 4DSLA 1HR0K 5C2DA 2FSNA 5E84A 4FWOA 3I55N 3VEWA 4PKIA 1RT6A 3WNGA 4CF2A 5AQSA 1ASWA 3TPQA 4N41A 2YJFA 4H03B 1RDUA 4FJIA 3CM6A 1NJYA 4ISFA 1TVRA 2KKZA 3CQYA 5AQQA 4CZFA 5AQLA 1RDAA 1TL1A 2KTQA 1LWFA 4WQ5C 4E0DA 1NGEA 4PL7A 4XH1A 4BDYA 3QNNA 1BOTO 3MX2A 4FJXA 1U4BA 3ZX0A 3F9MA 3L4IA 3UKRB 3MK6A 1XC9A 4MO5A 4KHUA 5GADP 1N34K 4KTQA 1ZBSA 4FJ9A 1CXQA 4I6MB 4CZIA 4QOZB 2O8DB 3PSFA 4M3ZA 2QW9A 1VQ5N 4O5FA 5AQFA 5HOOA 4BRPA 4M42A 5FPNA 1ASVA 3F5TA 2E6LA 3VN5A 4EHTA 4PWDA 2F7TA 4AM6A 3KD1E 4BC5A 3V9SA 3RR8A 4ZTJA 5HL7L 1MA9B 4DSJA 3KTQA 4Z0UA 3HP9A 4J2DA 3I8DA 5BR9A 4DWIA 5EVZA 4EIAA 1ZC6A 3A5LC 1LWEA 3ZT4A 4YOUA 3TTDA 3CYGA 3TU5A 5AFUA 4JV5K 4DU3A 3O08A 4A2AA 2E20A 3QEXA 5HBMA 1S6PA 4HCCA 3WNHA 2ZGZA 4CJEA 3OYEA 3WQTA 3CD6N 1QSYA 1OH7A 3CCVN 3F9KA 2GUIA 3TARA 3WEEA 4KHWA 4BG8A 3DYAA 4DR2K 4JI4K 1S3XA 3VESA 1RT7A 3HPHA 2G8HA 3VQ7A 4JKEA 3P31A 5DK5A 5AZIA 4ELVA 3DLHA 3THWA 1MU2A 3PUFA 3HSTB 3VEZA 2CGKA 4A61A 1VSHA 4FLXA 3EL2A 3V9UA 4CFBA 4FWRA 4CZJA 1NU0A 4PL8A 4DV0K 3H1VX 4U67L 4JN4A 5I3UA 1VRUA 4M7YA 1O13A 4CGHA 5AQGA 3KLHA 4W5OA 5DM7L 3ID8A 3SPYA 5BRDA 3CQ8A 1UA1A 1U48A 1C1BA 1HKBA 3NH1A 3GOIA 4B1WB 1M1KO 1D4XA 1S1UA 2H3GX 3DJCA 2B5JA 4B8CA 2CGLA 3WXJA 4CJKA 4FJNA 5KI6A 1N32K 4B9VA 4O44A 3C6AA 4JK7A 2V51B 3VEOA 3WXLA 5BRHA 1LV5A 3K5NA 1DLOA 3C6UA 3EEQA 3QBXA 4NLBA 4OPAA 4RWTA 3P5JA 4GV9A 3L0QA 1VHXA 5AZIB 4JRPA 4W5NA 2Q31A 3AVIA 3THWB 1G99A 1ZBLA 3SAGA 3O6WA 2IGIA 3ZSXA 1NJIO 3WNFA 3LANA 1C0UA 3WNEA 3J7YP 3LP0A 5D3GA 4FJ5A 4DTMA 1BCMA 3F73A 1BO5O 4EZ9A 2D1KA 2OZMA 5HLFA 3NGYA 1VSJA 3CJBA 3LM9A 5C10A 5CE3A 1S1WA 3J7ZO 1FJGK 2Q0UA 4FM1A 2RF2A 1NKBA 2VCPA 3W0LA 3CJ1A 4FOIA 4GKJK 3ENOA 4F9OA 4O0IA 4A5AA 5BPLA 1ZBIA 4BGAA 5HRRA 5M1PA 1ASUA 4JKFA 1ZBFA 2J4RA 4BC3A 3ZX3A 5LJVA 1EXQA 4PHTX 3V81A 1QVGM 2P5OA 3OS1A 1LAVA 2IAJA 2GV9A 2P9PA 4Z4EA 3B6OA 4OKJA 2OPSA 4CJ3A 3PX6A 4OLBA 3H3OB 4FLUA 4X62K 3ZSOA 4AHUA 3VQEA 4DTNA 3T1AA 3AV9A 4CJPA 4OPHA 2GBZA 1LWCA 1NGAA 1NK7A 2P9UA 3HVTA 3PX0A 2YNHA 4NCGA 2G8WA 4FLYA 2E6MA 4JKHA 2V7YA 4BRCA 1LW0A 4IWVA 3HXMA 2UXCK 4DR1K 1Q9XA 4BROA 4NO7A 4KBOA 2F8SA 2LSNA 1KAYA 4UY8O 2YKMA 4DV6K 2O8FA 3B8AX 2WFBA 1HYSA 4MDBA 1M90O 3SUQA 3CERA 2G8IA 1J53A 2XHBA 2D0OA 1SQKA 2W42A 3QETA 2WUSA 1NK9A 4WFNL 3T7ZA 4OPJA 4JKCA 3O4NA 1NK4A 3LDLA 1FKOA 1BA0A 3AVGA 4DQIA 3FZKA 4BQZA 2BGGA 3SUPA 3DRSA 4AHVA 4QS8A 3ULEA 1D9DA 4NYNA 4CJSA 5AQXA 3V1QA 1W97L 2OANA 2V52B 1HLUA 4AQYK 1YJWN 3M8SA 3QINA 3PY8A 4J2BA 3NAEA 3KIOA 1RT3A 2X6SA 4FVUA 3DOKA 3KKRA 1HJRA 4FWNA 1NGFA 3SLCA 3WXKA 3HBTA 2P9SB 3KK7A 4A57A 2P9IB 4AH9A 4HTLA 4FWQA 2HNZA 4DV4K 2YHYA 5AQNA 2AJQA 1Z6RA 3SMSA 3SUNA 4KKOA 5KQ8A 1RTIA 4DV3K 5SWMA 5FPMA 4E1NA 1VSIA 4FOEA 4IKFA 3KWGA 1Q81O 3THYB 4DTPA 3WUHA 4E19A 1BQNA 1KTQA 3ZYYX 2A42A 1VQPN 1JJ2M 3FZHA 3D2FA 4FZXC 4ISGA 2Z1IA 3F2KA 5JS1A 4BGBA 4CCHA 3ULEB 1HNWK 3OTOK 2X74A 2Z1HA 3TAFA 1JLAA 3D2EB 5BPMA 4B9TA 4EAHD 2FBXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TWH A;  1VQ4 N;  4KI6 A;  3JAM O;  4BRF A;  1MWM A;  4BR9 A;  5A2Q O;  1T03 A;  4B3R K;  4E3S A;  1L3U A;  2O8C B;  4U7B A;  3V4I A;  2ITM A;  2ASP A;  4ELU A;  5BR8 K;  1NJZ A;  2NNW A;  3E9L A;  1QQC A;  3VGK A;  4DV7 K;  5KPR A;  5K14 A;  4GKK K;  4BRQ A;  2E1Y A;  1HNV A;  3O9T A;  4FLW A;  4GV6 A;  3RR7 A;  1HKG A;  4ICL A;  2KQ2 A;  3DLE A;  5M1Q A;  2OA8 A;  4GVM A;  3W3D A;  3CFR A;  5JMV A;  4PKG A;  1IO2 A;  2UXB K;  2HW3 A;  3JYT A;  3GE1 A;  1VQM N;  5CZ2 A;  3RMA A;  1HQE A;  4AIL C;  1H1V A;  3LAM A;  5M1O A;  1KAX A;  1NKC A;  3UKU A;  3K58 A;  4M45 A;  4Y0W A;  2VWK A;  3C6H A;  3KKS A;  2ZE2 A;  3QER A;  3OVN A;  2P9L A;  3R3L A;  3MDQ A;  3OYD A;  2FC0 A;  1XMO K;  1UA0 A;  3A8Y A;  5J2N A;  4PKH A;  1EX4 A;  1SKW A;  3HM9 A;  4DLG A;  4IDH A;  4CGG A;  1DTQ A;  4JLH A;  4JKA A;  3RSE B;  1NKE A;  3LDP A;  3AA4 A;  2HHX A;  4H0O A;  1Z05 A;  1T6D A;  2EX3 A;  3EE9 A;  3L2R A;  3CJ9 A;  3I0S A;  2FXU A;  3GL1 A;  2CH6 A;  3CC2 N;  3ZSR A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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