4JD2B

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
377
Chain Sequence
QGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIREIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 104
structure length 377
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2B03
1ZXOA 3SMSA 3UKRB 3CJAA 2QWQA 4M7XA 5AQQA 4FWSA 4WYBA 1OKJA 3A0IX 4IXCA 3EKUA 2V7ZA 5AR0A 2P9LB 1DGKN 5BPLA 4H5NA 1XQSC 2P9KB 4A61A 4XH1A 3AAQA 1GLCG 3ATVA 3H6EA 4EHUA 2I7NA 4WQ4C 2Q2RA 3MN9A 5AQFA 2NZTA 4FWNA 2P9UB 2Q97A 1HX1A 5BPMA 3WEEA 1XC3A 5AQRA 2NLXA 3MN7A 1P8ZA 2ZGZA 4BG9A 4EIAA 1TUYA 4FL9A 3D7EO 2A40A 1NWKA 2H3GX 3W3DA 5AQZA 1DEJA 4H03B 3KZBA 1KAZA 3QMLA 4IO8A 3O1WA 4C23A 4BRGA 4MLEA 5AQKA 2HF4A 5E84A 4JHDA 4BRLA 3UKUA 5F2RA 3WT0A 2P9SB 3WEEB 3AARA 4HTLA 1NLVA 3A5NC 3W0LA 4BGBA 4O8KA 3H46O 2P9PA 4RCHA 5BN8A 4B1ZA 1T6DA 1KAYA 4QS9A 4QS8A 3MCPA 3SLCA 1X9JA 4FWKA 4JHDB 3VGMA 1NMDA 5KPZA 4FSVA 3FZLA 1MWKA 3UKUB 3CJ1A 1NGCA 3AAPA 1WOQA 4FWRA 4H0XB 3WXKA 2A5XA 4FPBA 2YI1A 4BC4A 3M3ZA 3R6MA 3LDLA 1NGEA 2Q31A 2WUSA 4B9QA 3DXKA 4NB4A 4A2AA 4PKHA 2QXLA 3VENA 4H5VA 4Y0WA 5BN9A 2V52B 1YAGA 1NGGA 3MN6A 5F1XA 2P9IA 4MO5A 1S22A 1NGHA 4L3QA 3H3NO 3L4IA 2E88A 1BA1A 4FWMA 5ADXH 4CZMA 5FPNA 3CJBA 4EHTA 2OANA 3GE1A 3EKSA 3B8AX 4BRMA 3VOVA 3P4IA 4BR0A 5AFUH 5CE3A 1J6ZA 4MO4A 1T6CA 3BF1A 3FZKA 4WQ5C 3M6GA 5FPDA 3L0QA 4RWTA 3C7NB 3IFRA 3TU5A 4A62A 5JICA 5LJWA 4BR2A 2P9IB 1YVNA 3VEOA 5LJVA 2HMPA 4FWQA 3R9PA 3I8BA 2YJEA 4KBOA 3VEWA 1Z6RA 4AM6A 4BC3A 3SK3A 1LCUA 4MLHA 5AQPA 1Y64A 2Q0UA 3QB0A 4JD2A 5AQMA 5JMVA 3CQXA 3GG4A 4E1JA 5AQIA 2GELA 5AQXA 2A6AA 1BWFO 2IVOA 1HKGA 2VYPA 2PAVA 4PKGA 2A41A 4BRQA 4CZIA 2Q36A 3LDOA 5KPRA 4WQ4A 3CJ7A 4NO7A 3I33A 3IDHA 4ISEA 1V4TA 1GLDG 3QBWA 2W40A 3TPQA 3QDKA 4PL7A 3ULEA 3OHRA 1HKBA 4B1XB 4CZKA 3FZFA 4CZHA 2VCPA 3HTVA 3WXIA 2D4WA 3O08A 4J8FA 1XUPO 4B1WB 2KHOA 4EFHA 4H5TA 1GLLO 3A5MC 1QZ5A 3KHYA 3SMPA 3JS6A 2CGLA 3VF6A 4DQ8A 1TYQA 4H0OA 3CJ9A 4GY2B 4HWIA 2E2NA 1QZ6A 3ULEB 2P9NA 4BC2A 2W41A 3BUZB 4FOIA 4BQLA 3VEZA 3VEVA 1ATNA 3A5LC 4CJ7A 3HM8A 5AQNA 4YDUC 1BOTO 3VGLA 4IJAA 2A42A 2GTDA 3VF4A 1C0GA 1TYQB 3QFPA 4PL8A 4BROA 4JNEA 2F9WA 3EO3A 2D0PA 3BP8A 1V4SA 2YHYA 4BRCA 2FXUA 2FSNA 1SQKA 3MDQA 2IVPA 3WUHA 2P9NB 4BC5A 4FOEA 3LDPA 3O1BA 1K8KA 1RGIA 3J8AA 4K25A 2DPNA 3FZHA 1NGFA 2ASMA 2E1YA 3DXMA 3VERA 1DKGD 4IJNA 3O4WA 2P9PB 3FR0A 4BRHA 1LOTB 4BR4A 4XEIA 1SZ2A 2FSKA 3QBXA 1ATRA 1IJJA 4BGAA 1RDWX 4LC9B 4ISGA 3VEXA 2HF3A 3RSEA 2AP1A 2D1KA 4B1VA 2GWJA 4CD3A 1EQYA 3ZEUA 2E1ZA 3ENHA 1NGBA 5FPMA 3HZ6A 4CBWA 1ESVA 4K43A 1K8KB 1GLEG 4BREA 5BREA 3LDNA 3DXMB 4JN4A 3DXKB 2PBDA 1E4FT 2ZGYA 2ZWHA 3ATUA 5B8HA 4BVOA 2J4RA 4BVPA 4QS7A 4WQ5A 5KPTA 4PKIA 3WQUA 5AQUA 3QFUA 5AQWA 1NM1A 3VPZA 3DWLA 5AQOA 3VESA 1ZBSA 4CZJA 3CETA 3O5BA 5AQYA 3RSEB 4BRAA 3U9ZA 4ISFA 1MA9B 3QICA 3CI5A 3LDQA 3ZEUB 4BRPA 2D0OA 1NGIA 3DAWA 3ZETA 3CHWA 1X3MA 3EN9A 3ID8A 3O6WA 4B1YB 1YXQA 3MK6A 2I7PA 1ATSA 1H1VA 3GBTA 2ASPA 3VEYA 3UE5A 3UKRA 1JCEA 3FE1A 3IUCA 1ZC6A 1HUXA 1CZAN 5AQJA 1HKCA 2FLOA 1GLFO 3O8MA 4FO0A 3U9DA 3H1QA 4BR9A 4BR5A 3BEXA 4CBXA 5AQGA 1MDUB 1D4XA 2EWSA 2UYTA 3H3OB 4K41A 5BPNA 1JCFA 2GUPA 3ZETB 4IWVA 5EOYA 1E4GT 3VF2A 3A8YA 2QWPA 4XH4A 5JLHA 3DJCA 3MN5A 3FFKB 2F9TA 1HLUA 2QWOA 3ZX0A 5AQLA 2E2PA 2FSJA 2FF6A 4JD2B 4XH5A 4CZEA 3CIPA 2FF3B 2CGKA 1HPMA 5KQ8A 3U4LA 2V7YA 3FGUA 4I6MA 2CGJA 2E2OA 4F9OA 3CJCA 4AM7A 1R59O 5AQSA 1RFQA 4CBUA 3AY9A 2GEMA 5BRHA 4BRKA 1YUWA 1HJOA 2P9SA 3ZX3A 3HBTA 3WXLA 1S3XA 3SJHA 3L6QA 5BR9A 3VGKA 5AZJA 1WUAA 1U6ZA 5AZIA 5EVZA 1BDGA 5EY4A 1G99A 2QWMA 1QHAA 4BRNA 4YDUA 3UB5A 4H5WA 1KXPA 2HOEA 2CH6A 5FPEA 4GNIA 1BO5O 1BA0A 3D2FA 2QWLA 4I6MB 2YHXA 3H1VX 4IZ9A 4K42A 5LY3A 3C0BA 4CI6A 3IMXA 4DB3A 5F0XA 2GWKA 5TKYA 5AQTA 2Q1NA 4FWPA 4M63C 4CZGA 3MMVA 3LM9A 2BTFA 5AZJB 1NGJA 1BUPA 1GLBG 5AZIB 4BR7A 5EX5A 4BRFA 5ADXA 3FLCO 3HI0A 3CERA 2ZF5O 4M7YA 2NRHA 4RTFD 3S41A 4CZLA 3H45C 1MWMA 1NGAA 5AQVA 4A2BA 3GL1A 5ELZA 4DCHA 5AFUA 3D2FB 1KAXA 1NGDA 3EZWA 3WXJA 5I9EB 4FPAA 3D2EA 5KQDA 2E8AA 4CD1A 2YHWA 2V51B 4BRIA 1QQOA 1BG3A 1X3NA 3GDQA 3ZX2A 4BRDA 3F9MA 4H0TB 3FZMA 2AA4A 4JAXA 2CH5A 3KVGA 4EAHD 1BU6O 1T44A 3VETA 2QWRA 3ENOA 1QQNA 2QW9A 1NBWA 2A3ZA 1Q18A 4BG8A 5AQHA 3BF3A 3D2EB 1C0FA 1IG8A 2E20A 3C7NA 3CQYA 3LL3A 3O80A 5JLFA 4Z94A 1GLAG 3A5OC 2BUPA 2E2QA 4H0VB 2YJFA 2QM1A 2YCHA 5BRFA 3HSCA 2IVNA 2ITMA 1U2VA 1Z05A 3R8EA 1GLJO 1SAZA 4FWOA 2QWNA 3EL2A 1QQMA 5EXWA 3M1FA 2ASOA 4CZFA 4B1UB 4FWLA 1JCGA 3U8XA 3G25A 3GOIA 2VWBA 3LM2A 4H0YB 5BRDA 3WQTA 4BQZA 4H0PA 2P9LA 2P9KA 5E26A 2IIRA 3JXUA 2Q0RA 1U2VB 2P9UA 1TUUA 4O5FA 4DHYA 4H5RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KFBA 3OYDA 3CJAA 1YI2N 1VAZA 2QWQA 3KTQA 3M8SA 1OVYA 4O0JA 4WYBA 3BDPA 1VQKN 4OJRA 4E1MA 1YVUA 4C8KA 2P9LB 5BPLA 4XH1A 1GLCG 4EHUA 3C94A 1WAJA 3AVCA 4ID5A 4LD0A 3TAEA 1EO1A 4WQ4C 2Q2RA 4LSLA 1S1VA 3VQ5A 2WBNA 2Q97A 5BPMA 1HYSA 4IO9L 1L5UA 3I55N 4OGEA 4RG8A 2IAJA 3AA5X 3G10A 3M8PA 5AQZA 4H03B 2VQFK 1KAZA 2VGMA 4IO8A 3KLEA 2ZD1A 3U3YA 5AQKA 4OO1J 1W7AA 3CYGA 3L3VA 4JHDA 4RW8A 5AJ3K 4YOTA 1YJWN 3HPHA 4UQGA 4IFEA 4CEOA 1KD1O 3MXIA 4HTLA 4DQIA 1EP4A 3E01A 1VQ5N 3M5RA 1QSYA 4E7IA 1J5OA 3DRRA 1TK5A 2XY6A 3MCAB 2YV0X 3KK1A 4QS8A 3CC2N 2OZSA 4JHDB 3RTVA 1VSIA 3FZLA 4KHUA 4FWRA 4AHVA 4DU4A 2A5XA 1NOZA 4BC4A 3E1YA 4JKBA 1NNEA 1IBLK 2Q31A 3IS9A 4FK2A 3C95A 3VQ8A 1OH6A 3SQ1A 1O1WA 4PKHA 3RVCA 5I3UA 4H5VA 4FZZA 3K58A 1X9WA 1NGGA 3MN6A 3LAMA 4YY3K 1WSIA 1S22A 4YHHK 3TABA 3SV3A 4BDPA 4JKFA 2E88A 4RW7A 1YHQN 4CZMA 5FPNA 4F8RA 4EHTA 5GAGP 4Q5VA 5CE3A 4E0DA 1J6ZA 1VSHA 3WNEA 3BF1A 4OX9K 4WQ5C 4AHRA 5FPDA 1S1WA 1RT5A 2NRZA 3M8QA 1C6VA 3TU5A 5JICA 3NF9A 5KRSA 4JI7K 3CYMA 2PYJA 4JS5A 3LP0A 4FWQA 2YJEA 4WFAL 4KBOA 3SK3A 1VQNN 5CY4A 2NRRA 2F7TA 4JD2A 2VQEK 3O9SA 1RDDA 2IVOA 2C1GA 1HKGA 2PAVA 4PKGA 2A41A 4JI8K 2Q36A 4OKEA 4WQ4A 3ZT4A 2P1JA 1K8AO 4NO7A 4JI2K 4WE1A 1T03A 1N5YA 1V4TA 3QBWA 1NK7A 2W40A 2RKIA 3TARA 4M3UA 4KB0A 1VK0A 2IS3A 4B1XB 4FJXA 4KPYA 1WSJA 5KRTA 1NJYA 3N4QA 3HOSA 1XWLA 4ELTA 4J8FA 3SV4A 4EFHA 2BE2A 4H5TA 1N33K 3KWGA 1GLLO 1SL0A 1U04A 2KQ2A 3BY5A 3HP6A 4DUYK 1QTMA 1VQON 4ZHRA 3L2UA 3CJ9A 1U47A 4FJMA 3QESA 2P9NA 3BUZB 5C0YA 3AVGA 3DLGA 4CJ7A 1JLGA 2PFUA 4DV4K 1HPZA 4DKWA 2A42A 2GTDA 4WFNL 2JGUA 4PL8A 4BROA 3V6DA 2D0PA 3AVKA 1G15A 1KCFA 2FXUA 2VG5A 3MDQA 2IVPA 4TSXA 2P9NB 3AVJA 4KHYA 1SKRA 2D0CA 3P1GA 1RGIA 3OY9A 3ULDA 3FZHA 1WSEA 4G9ZA 2ASMA 3DXMA 1X1PA 1ZBLA 2P9PB 1JLQA 3G71N 2VWKA 3CCEN 2B6AA 4BGAA 1B9DA 4LC9B 4DSLA 3NAEA 2O4IA 3I56N 2D1KA 4B1VA 3JAMO 2UU9K 1IKYA 3ENHA 5M1QA 4K43A 3LAKA 5CYMA 1U45A 2XRIA 1GLEG 4BREA 2RPIA 3DXMB 2ZGYA 5B8HA 2ZWHA 3LWLA 4BVOA 4QS7A 4WQ5A 3WQUA 5AQUA 3TAFA 5AQWA 1NK8A 1NM1A 2A1SA 3U6FA 3DWLA 4LF9K 4CZJA 1I3AA 2XY7A 3S5TA 3AVAA 4BRAA 3U9ZA 4Z4EA 1C0UA 1MA9B 3CCVN 3KJVA 4FZYA 1VQMN 4DR3K 3ZETA 2X78A 4CHNA 3O3FA 2UXDK 2HHHK 3ITHA 3T3FA 3MK6A 3ZYYX 3DMJA 3DLHA 2ASPA 4KHWA 1JCEA 4N76A 4KHSA 3TAPA 1JLBA 3HVTA 4BR5A 5DM6L 3H1QA 4BR9A 2OPQA 3D0PA 1NG9A 4IBNA 3BEXA 4CBXA 1SKWA 3MAQA 4FK0A 2O8FB 1MDUB 4B3SK 1YJNN 1D4XA 4E7KA 3DYAA 1B92A 3F73A 3KLHA 3ZETB 4C1NI 1HQUA 1U4BA 1T05A 3NVKA 3A8YA 1C1CA 3DJCA 3MN5A 3OS1A 4W5NA 1HLUA 2QWOA 4Y1CA 3ZX0A 3QEXA 4F3OA 4DQSA 4CJSA 2XO7A 3PSIA 1WSGA 3L2QA 5AQSA 4U7BA 3TTDA 1RFQA 3LALA 3AY9A 3NGIA 5BRHA 4DG1A 2D5RA 3MWTA 2ZM6K 2A1RA 3WXLA 1CZ9A 3K9JA 3VGKA 1QVFM 5AZIA 4DFMA 3S3OA 3LZJA 4H5WA 4LFAK 2OA8A 5FPEA 2CH6A 3BZCA 3VQ6A 4OKJA 4E89A 1BO5O 3CCSN 3H1VX 1VRTA 4FM0A 4CI6A 4DB3A 2QK9A 5F0XA 4LF7K 3CG7A 3AVMA 1HNXK 1IBMK 2P5GA 3OTOK 4IKFA 4BY9C 5AZIB 4NYNA 3CERA 4X66K 2HHTA 3LPTA 4CJFA 4A2BA 3GL1A 1MU2A 3J7YP 3WXJA 2ATQA 5GADP 3D2EA 4CD1A 4BECA 3SUNA 3SBGA 2P51A 4BRIA 1QQOA 1BG3A 3DM2A 1RILA 1CLQA 4CGFA 5D3GA 4DV1K 2I5JA 4H0TB 2OTLN 5HBMA 4FW1A 4DSEA 4FVUA 3CFRA 4CEEA 3CXCM 4FXDA 5J2MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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