4JD2B

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
377
Chain Sequence
QGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIREIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
total genus 104
structure length 377
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2B03
2ZWHA 5AQJA 1NWKA 3VESA 2P9PB 4Z94A 2Q0UA 5LY3A 3BF1A 2F9WA 3H3OB 1J6ZA 2IVPA 3H45C 5JLFA 1OKJA 3VOVA 1QQMA 1E4FT 2QWOA 4BRGA 4XH4A 4H0OA 4FL9A 4PKHA 2W41A 3LM9A 5AR0A 1QZ5A 3GDQA 4QS7A 2QWPA 5F1XA 3CIPA 3ULEB 5KPRA 3DAWA 1KAYA 3FZFA 5AFUH 1KAZA 4BC3A 5KPZA 1S3XA 4O5FA 3QMLA 2E2OA 2I7PA 3D2EB 3DXMB 4O8KA 2VCPA 1NGAA 5LJVA 4BREA 4A61A 3FLCO 2QW9A 5TKYA 2QWMA 4BRMA 3CQYA 3BUZB 2DPNA 4H5NA 1ATNA 2E8AA 1Z05A 2FLOA 3EO3A 4FWPA 1ZBSA 4H5VA 4A2AA 3L0QA 3HBTA 5AQXA 5AZJB 3CETA 3WQTA 1C0FA 1X3NA 3R8EA 1X3MA 2FF3B 3TPQA 3H6EA 3VGMA 2P9LB 3RSEA 3LL3A 1BA1A 3A8YA 3KZBA 4L3QA 2QWLA 4A62A 4K42A 1YXQA 2D0PA 4H5TA 4BQLA 4BRPA 2A42A 1S22A 5FPNA 4JAXA 5AQYA 1D4XA 4IJAA 3ZETA 2E2QA 2YI1A 2J4RA 3BEXA 3G25A 4FWNA 2QWRA 1ATSA 3QBXA 3WXIA 1MDUB 3UKRA 2D0OA 3FZHA 5AQTA 3DWLA 3MN6A 3VF6A 4BRDA 3VPZA 2CGLA 2KHOA 3A5OC 3GE1A 5EY4A 1QHAA 1NMDA 3F9MA 3FZKA 2GWJA 3ENOA 4BRIA 3ID8A 3FE1A 4BRFA 2A3ZA 2YHYA 2E2PA 4FSVA 1U2VA 4M63C 3EKUA 3GG4A 3H1QA 2W40A 2Q97A 4IXCA 4A2BA 4FO0A 4CZMA 3LDNA 1NBWA 3ZX3A 3I8BA 1T44A 1EQYA 3VEYA 3H3NO 1IG8A 4KBOA 4BR2A 1BUPA 2P9KA 2YCHA 1MWMA 2E88A 1QZ6A 4H0TB 3ENHA 1YAGA 4FWLA 1TUYA 5KPTA 3AAPA 1HKCA 1JCGA 4EIAA 3A5MC 3MMVA 1XC3A 2BUPA 2Q36A 5BPNA 1HJOA 3VEXA 1IJJA 5AQWA 1T6DA 2A5XA 1GLEG 4K25A 3WXLA 2FXUA 5KQDA 3RSEB 3UB5A 4B1XB 1SQKA 3U9ZA 4ISGA 3LM2A 2ASOA 2YJFA 5BRFA 1H1VA 3WEEA 2QWNA 3ZETB 1HPMA 5AQGA 2IVOA 3VERA 4CZLA 1NGHA 4BQZA 3VEWA 3VF2A 2NLXA 3WXKA 3UKRB 2D1KA 3QBWA 1NGGA 1BWFO 1X9JA 3A5NC 3GOIA 2Q0RA 3MK6A 4WQ5C 4MO4A 4WQ5A 1KAXA 3VGKA 4FWRA 4RTFD 3C7NA 3SK3A 1XQSC 4EHTA 5I9EB 2GWKA 4F9OA 1BU6O 4BGBA 1GLFO 3EL2A 3QICA 4PKIA 5LJWA 4H03B 3H1VX 1NGEA 4B1ZA 4BROA 4BG9A 4B1YB 1U2VB 3W0LA 3D7EO 3IMXA 4DCHA 1HLUA 1XUPO 1Y64A 4NB4A 3MN5A 4RCHA 4HWIA 5AQVA 3CJBA 1ZC6A 3BF3A 2IVNA 4C23A 2FSJA 1GLJO 4GNIA 1NGBA 3L4IA 3SLCA 2P9KB 2V7YA 2E1ZA 5BN8A 2E2NA 5EVZA 3WT0A 3J8AA 2AA4A 2P9UA 1G99A 5AQFA 3H46O 4AM7A 3U8XA 3WXJA 3KHYA 1QQNA 3FR0A 4IJNA 3OHRA 3O08A 1P8ZA 5BPLA 3VENA 3O1BA 4B1UB 1RFQA 2D4WA 5AQPA 2CGJA 3LDLA 5EX5A 4DHYA 4ISFA 4DB3A 2E20A 3M6GA 5EOYA 2VYPA 5AZIA 3B8AX 1BDGA 1SAZA 3MCPA 1TYQA 3M3ZA 3FZMA 4BRAA 4XEIA 5AFUA 4JN4A 4BVPA 2A6AA 4MLHA 4E1JA 2ASMA 2P9IB 3WEEB 3VETA 3ATVA 2E1YA 2AP1A 4LC9B 5AQKA 3M1FA 3QFUA 4BGAA 2WUSA 4CD3A 1RGIA 4DQ8A 2YHWA 1YVNA 4H0PA 4JD2A 1V4TA 1NGDA 5AQHA 2OANA 1MWKA 4B9QA 3C7NB 3JXUA 4K41A 4PL8A 3AY9A 1NLVA 1GLLO 5AQIA 3EN9A 4FOIA 1NGIA 3ZX2A 2HF4A 3O80A 4BC2A 4Y0WA 3DJCA 4H5WA 3KVGA 5F2RA 2V51B 4BC4A 5JMVA 4FWOA 4CZGA 3P4IA 3U4LA 1Z6RA 4EHUA 3LDPA 1ESVA 2HOEA 4CD1A 1WUAA 4BC5A 2H3GX 4RWTA 1V4SA 4JNEA 1Q18A 4BR5A 4CZEA 3IDHA 4M7YA 2HMPA 4IWVA 3UKUA 3FGUA 4CI6A 3AARA 2P9UB 5AQOA 2V7ZA 4XH5A 4H0XB 4MLEA 4BRKA 4NO7A 4FPBA 3TU5A 1BOTO 5BPMA 5ELZA 1NGJA 3R6MA 1GLCG 2QWQA 3A5LC 3QDKA 4IZ9A 1HKGA 3WQUA 2ASPA 2IIRA 1BA0A 5E26A 3HSCA 2P9IA 4MO5A 3O6WA 3HI0A 2FSKA 1NM1A 5JLHA 1QQOA 5AZIB 1NGCA 4H0YB 3ZEUA 4CJ7A 3CJ1A 1TYQB 4BRHA 3CHWA 2P9SA 5ADXA 5FPMA 4FWSA 3C0BA 2Q2RA 2QM1A 3QB0A 3GBTA 4CBWA 2BTFA 3A0IX 4CZKA 1E4GT 4B1WB 3DXKB 4I6MA 2FF6A 2CH5A 4JD2B 2UYTA 4H0VB 3CQXA 5AQUA 3ZX0A 2A40A 3AAQA 2A41A 4FOEA 5EXWA 3O8MA 3VEVA 4BVOA 5AQMA 4M7XA 4BRLA 1LOTB 2GUPA 4BR0A 2VWBA 4WYBA 2GELA 3HTVA 5AQRA 5B8HA 4JHDA 1K8KB 4BR4A 4CZJA 3CJAA 1BO5O 2ZF5O 4CZIA 4J8FA 3VF4A 2ZGZA 4EAHD 4FWMA 1HUXA 2GTDA 2P9NA 4FWQA 2F9TA 4BR7A 1HKBA 2PAVA 4H5RA 1T6CA 2YHXA 1GLAG 5AQZA 5BRHA 2Q1NA 4QS8A 3UKUB 2CGKA 2NRHA 3SJHA 3HZ6A 5BREA 3MN7A 5KQ8A 4QS9A 4EFHA 1DGKN 3D2FB 2QXLA 5BN9A 4PL7A 3I33A 1U6ZA 2FSNA 3VEOA 3CI5A 2P9PA 4ISEA 1HX1A 2V52B 1LCUA 4XH1A 1R59O 3O5BA 1GLBG 4BRCA 5F0XA 3CERA 3IFRA 3DXKA 4CZHA 3O4WA 3ZEUB 3JS6A 2P9SB 1WOQA 4HTLA 4CBXA 3S41A 1GLDG 3CJCA 3BP8A 3O1WA 3FZLA 3QFPA 4IO8A 3ULEA 4FPAA 5AQNA 1CZAN 2ZGYA 4I6MB 2NZTA 3SMSA 5AQLA 1K8KA 3UE5A 3VGLA 3L6QA 3SMPA 2ITMA 4AM6A 5FPDA 3D2EA 3DXMA 1SZ2A 5E84A 4CZFA 2EWSA 3MDQA 1DKGD 5AQSA 4WQ4C 4PKGA 4B1VA 5BRDA 4WQ4A 1KXPA 1JCEA 4JHDB 3U9DA 5ADXH 4BRNA 2CH6A 3CJ7A 4K43A 3FFKB 2I7NA 3W3DA 3EKSA 3CJ9A 5FPEA 3LDQA 2P9NB 4BR9A 5AQQA 5CE3A 5JICA 5AZJA 3D2FA 4GY2B 1ZXOA 1C0GA 1BG3A 3VEZA 5BR9A 2PBDA 2GEMA 2P9LA 1ATRA 1TUUA 3R9PA 3ATUA 1YUWA 1RDWX 1JCFA 3EZWA 4FWKA 3WUHA 3LDOA 4YDUC 3HM8A 3MN9A 4BG8A 2YJEA 1DEJA 4YDUA 1NGFA 2Q31A 4BRQA 4CBUA 3IUCA 1MA9B 2HF3A 3GL1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQJA 4Y1DA 2P9PB 3H3OB 3A2FA 3H45C 1OVQA 4X66K 1SKWA 1E4FT 2QWOA 1TAQA 4WFAL 1RT3A 4FM1A 4H0OA 4Z4CA 3CPEA 1CZBA 1KCFA 5CYQA 4X62K 3AVLA 3PIOL 2XY6A 3AVIA 4CHOA 4BE0A 3M5RA 5F1XA 1VQON 3CIPA 4OKEA 3VQ9A 1XHXA 2JLEA 4KAZA 3LAMA 4AHRA 4BC3A 3LALA 5KPZA 4O5FA 4UY8O 2E2OA 2I7PA 2OPSA 4CHYA 4CE9A 4KHWA 4OPAA 3DRSA 1R0AA 4BREA 3LPUA 5TKYA 3V1RA 4DU3A 1UOCA 3R3LA 2O8EB 2E8AA 4FWPA 3NVKA 3RTVA 5A2QO 4M3WA 2O8FB 4DR1K 3CETA 1X3NA 1X3MA 2FF3B 3CCSN 3H6EA 1RDBA 3OS1A 1BA1A 3O9SA 1K6YA 5HBMA 1S1XA 4DR4K 2D0PA 2X78A 4BRPA 3LWMA 2A42A 1S22A 2ZE2A 1NJZA 4JAXA 1D4XA 3U3GA 3LDSA 4DTNA 5GIOA 5C24A 4IKFA 4IFVA 4CHZA 1CXUA 2D0OA 5GAHP 5C0YA 3SZ2A 3KJVA 1EETA 4U67L 3S3NA 2KHOA 3GE1A 1S6PA 2X6NA 1HQEA 3FE1A 2A3ZA 2E2PA 2VQEK 3QESA 4M63C 1YJNN 2D0BA 3NGIA 3GG4A 5CHIA 3H1QA 1BHLA 4NCBA 4KHUA 2IC3A 4ELTA 3AO4A 4M3ZA 3VEYA 1JL1A 4JI0K 4BR2A 1KVAA 2P9KA 2D5RA 1VSFA 1KFSA 3DLGA 1YAGA 4FWLA 1NOYA 1JLCA 4JKDA 2RF2A 2BE2A 4EP4A 4EIAA 4C1NK 1J54A 3V9XA 4DS4A 3K9JA 1HNIA 5JENA 2A5XA 2FXUA 5KQDA 5HRPA 3G0ZA 3RSEB 3UB5A 4B08A 3VTIA 4FZYA 4ISGA 4N5SA 2G8KA 1BIZA 2YJFA 3EE9A 3WEEA 2QWNA 3ZETB 2Z1HA 3C6HA 3G6EN 1DT9A 3VERA 4CEBA 4CZLA 2BGGA 1SL2A 3S3MA 3VF2A 3L8BA 1TK5A 4BACA 2D1KA 1NNEA 4E19A 4WQ5C 3VGKA 4CEAA 1XQSC 4LFCK 2OTJN 4EHTA 1BQNA 4LF8K 1X9SA 3T7ZA 3QEVA 4FK2A 1NGEA 3VQ4A 3D7EO 3M8SA 1KVBA 3IMXA 4FLUA 1HLUA 1J5EK 4DV6K 1NK6A 1X1PA 2G8FA 3MN5A 3CJBA 4HUFA 3MEEA 3BF3A 4H4OA 4XIUA 2FSJA 3NVMA 2W42A 4N56A 4GNIA 4CGFA 3SLCA 4BWMA 4YOYA 2V7YA 1BQMA 1WN7A 4JI4K 3T19A 4B9TA 4OVLA 2P51A 2NRRA 4CFBA 4LFAK 2P9UA 1GOCA 4AM7A 3KHYA 1QQNA 3OHRA 4JKHA 1WAJA 1P8ZA 2R7YA 5KI6A 1HNZK 3OTOK 1RFQA 3ALYA 4LY7A 4PA1A 2QK9A 4CEDA 2VYPA 1ASWA 5AZIA 5SWMA 1SAZA 4PQUA 2HVIA 1TYQA 5HL7L 4BVPA 4E1JA 3NE6A 2P9IB 3OW2M 2P5GA 4FJ8A 3CCQN 3ATVA 4IOCL 3TSQA 3OYBA 3RR7A 2YHAA 4Z0UA 3ZT4A 5LMNK 1N32K 3I56N 1YVNA 3AA5X 4H0PA 4JD2A 2IAJA 1NGDA 3MXMA 2OANA 3C95A 1BCOA 4K41A 3AY9A 3ZT2A 3CMAN 3SCXA 1NJYA 4DSFA 1I3AA 3ZX2A 5GIPA 3ZT3A 2HF4A 4BC2A 3K5LA 1EWQA 4H5WA 4JI2K 1VQ4N 5F2RA 4BC4A 4ELUA 1FKPA 4CZGA 3KK1A 4DQPA 1VHXA 4EHUA 2VG6A 4MDBA 2NRWA 3LDPA 1XNRK 1QSLA 3ZSYA 1LWFA 2H3GX 4RWTA 1Q18A 1A5WA 1LWEA 1VSDA 4IWVA 3C65A 3AARA 5AQOA 4K8XA 2V7ZA 4H0XB 4MLEA 2KQ2A 1U47A 1QTMA 3RR8A 3BDPA 5ELZA 2QWQA 3QDKA 1ZYQA 1HKGA 2ASPA 4E0DA 2IIRA 4CF0A 4F2RA 4GV9A 1SKSA 5LMUK 1XI1A 4B9NA 4IDHA 4B8AB 3SAGA 2HB5A 3F9KA 4H0YB 1LAWA 3BGRA 3DOLA 4CJ7A 3CJ1A 4C8LA 4BRHA 1VAZA 2P9SA 3F5TA 1RDUA 3Q7CA 3JAMO 3QB0A 5C15A 2HHSA 2BTFA 3A0IX 4W5OA 5I42A 2QI2A 4CZKA 2E6MA 2A1SA 5D3GA 5GAEP 2UXDK 3P38A 3D0PA 4L8RB 5I3UA 1N6QA 1QE1A 3D6RA 4H0VB 4KHPK 3CQXA 3HP9A 3SYZA 4BVOA 4JKCA 4JKGB 4JK7A 4M7XA 2GUPA 4Q0BA 4HHTA 5B8HA 4KTQA 1VQ9N 1QVFM 1K8KB 4RW7A 4BR4A 3FFIA 3AV9A 3VF4A 3TAQA 2ZGZA 3DOKA 4F8RA 4KB0A 2GTDA 4FJLA 1OH5A 3ITHA 1HRHA 1VSKA 3QEWA 3QIOA 4BR7A 3U6FA 1HKBA 1NKEA 3KWGA 3ULDA 1GLAG 5AQZA 2NNWA 3AGRA 2F8SA 3HRGA 4QS8A 3UKUB 2CGKA 3SJHA 3O9TA 2FBXA 3SBGA 1I39A 1J9AA 4EFHA 3D2FB 4RW9A 2UUCK 4I2PA 1LW0A 3DLKA 3I33A 2OPRA 1RBRA 1U4BA 4JEPA 1IBLK 1Q86O 4XH1A 3F2KA 3QINA 4BRCA 3MWPA 3CD6N 4IO9L 4IOXA 3THWA 1NK5A 4CVNE 2HNZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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