2GTDA

Crystal structure of a type iii pantothenate kinase: insight into the catalysis of an essential coenzyme a biosynthetic enzyme universally distributed in bacteria
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
MDPMYLLVDVGNTHSVFSITEDGKTFRRWRLSTGVFQTEDELFSHLHPLLGDAMREIKGIGVASVVPTQNTVIERFSQKYFHISPIWVKAKNGCVKWNVKNPSEVGADRVANVVAFVKEYGKNGIIIDMGTATTVDLVVNGSYEGGAILPGFFMMVHSLFRGTAKLPLVEVKPADFVVGKDTEENIRLGVVNGSVYALEGIIGRIKEVYGDLPVVLTGGQSKIVKDMIKHEIFDEDLTIKGVYHFCFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Type III Pantothenate Kinase
publication title Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into the Mechanism of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transferase
total genus 78
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2006-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gtdA01
3.30.420.490 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gtdA02
4CD3A 2Q0UA 3WXJA 4FWNA 2J4RA 3BF3A 4FWSA 3WEEB 2V7ZA 2ASPA 1NGHA 2FF6A 3KVGA 3LDPA 4ISGA 2WUSA 1YXQA 4YDUC 3D2EB 2YHXA 4BQLA 2Q0RA 3OHRA 1GLJO 5E84A 1HKCA 4ISEA 5BN9A 1ZC6A 3ENHA 2NZTA 3UKUA 3EZWA 4ISFA 4O5FA 3ID8A 2HOEA 5KPTA 3QB0A 3U8XA 4BC5A 1ATSA 1NM1A 1QQNA 2QWNA 3VEVA 3ULEB 5EX5A 3I33A 3UB5A 2E1YA 3RSEA 4BR4A 3CJBA 3W0LA 3G25A 3D2FB 5FPNA 3JS6A 4B1WB 3A5OC 1KXPA 5JLFA 2HF3A 1Z05A 2A40A 3GDQA 4WQ4C 4BR5A 3UE5A 1RDWX 5LJVA 5CE3A 3O5BA 1Q18A 2IVPA 2YHYA 5ADXA 4FSVA 1MDUB 1NGDA 4PL7A 3ENOA 5AZIA 5JMVA 5AQKA 3H3NO 2FSNA 1ZBSA 4CBXA 3VPZA 1HX1A 2Q97A 4IWVA 2GWJA 3VEWA 1TUYA 4FPAA 4BC3A 2UYTA 4MO4A 1BA1A 1TYQA 1MA9B 1IG8A 3QFUA 4IO8A 1QZ5A 3CHWA 4BC2A 1X3NA 1YUWA 3C7NB 2CH6A 1WUAA 3FLCO 4BRIA 4F9OA 2QWPA 5KQ8A 4H5VA 5AQNA 2GELA 3KZBA 4FWQA 5AQLA 3LDLA 3QBWA 4HWIA 5KPZA 5AQPA 3BP8A 3HBTA 3O1WA 2I7NA 2PBDA 3GG4A 3UKRB 3DXKA 3O4WA 3ZEUB 3FZHA 3MCPA 1CZAN 3L0QA 3CJ7A 4CZHA 1OKJA 2P9PA 1MWKA 3MN7A 2GEMA 4BGBA 3QFPA 4H0OA 3ATVA 1GLEG 4H0TB 4BRAA 1DKGD 4BR2A 1G99A 5ELZA 2P9KB 4QS7A 3ZETB 4C23A 1KAYA 3A0IX 3FZKA 3VGLA 4I6MB 2QWQA 1NGEA 2Q1NA 4BRLA 3MK6A 4H0YB 1QQMA 3WT0A 1HPMA 1DEJA 2HF4A 2P9SB 2P9NB 5ADXH 1C0FA 4XH4A 4PKIA 1NGAA 2NLXA 2FSKA 3H1QA 4EHUA 1IJJA 2FXUA 3M1FA 5BR9A 1YVNA 4NB4A 3CJ9A 3HSCA 1JCEA 2W41A 4JD2A 3WQTA 1ATRA 2FSJA 2QWRA 3O8MA 4IJNA 3B8AX 4FL9A 4DB3A 5BRHA 2Q31A 4B1ZA 4BRCA 3R6MA 2CGKA 4WQ5A 1U2VB 4WYBA 4E1JA 3U9ZA 3VEXA 3O08A 2P9LB 4BRDA 3L6QA 2VCPA 5AZJA 2P9UB 4IZ9A 2H3GX 1QQOA 4FWLA 3CERA 2QXLA 1SAZA 1D4XA 5TKYA 4FWKA 3SLCA 5BREA 2YJEA 4RTFD 1DGKN 4CZEA 4BRQA 4A2AA 3LDOA 3FZFA 4FPBA 4GY2B 2ZGZA 4IJAA 3S41A 4MO5A 3VGMA 4CZFA 1R59O 1S3XA 3P4IA 2GWKA 1BUPA 3L4IA 3UKUB 5BRDA 1KAZA 3M3ZA 3DJCA 4BREA 1K8KB 2ASOA 1BU6O 3WXKA 4JAXA 4K25A 4H0VB 4CZIA 5FPDA 4PL8A 1E4FT 3QDKA 3RSEB 4YDUA 4CBUA 2BUPA 4BR9A 3EL2A 1V4TA 2ZF5O 4CZLA 3EO3A 3FGUA 2FLOA 4A2BA 2YI1A 3AAPA 1GLAG 3F9MA 5EVZA 4EFHA 1NGCA 5AQUA 1NBWA 5EOYA 2NRHA 1EQYA 1LOTB 4B9QA 4BGAA 2P9IA 5FPMA 1P8ZA 4RWTA 1JCFA 1QHAA 3C0BA 3KHYA 4FWRA 3CIPA 4BVOA 1HKGA 1V4SA 3HZ6A 5AQSA 3CETA 4B1YB 3DXMA 5AZIB 5BPMA 3VF4A 4BR0A 1GLFO 3CJ1A 4LC9B 3WQUA 4K42A 2D4WA 2ITMA 3FR0A 4FWMA 5AQXA 4FWOA 4WQ4A 4CZKA 1TYQB 2QW9A 5AQZA 5BN8A 3VESA 2ZGYA 2E88A 2A3ZA 4H03B 4IXCA 4JHDB 1KAXA 1XC3A 3ATUA 3I8BA 1HUXA 1U6ZA 5LY3A 4CJ7A 2CGJA 4EIAA 1C0GA 1NGIA 3H6EA 4L3QA 3ZX2A 5EXWA 3FZMA 2E2PA 3JXUA 4PKHA 1GLCG 1LCUA 4JNEA 5AQIA 5AQYA 5AQWA 3U4LA 3O80A 4BG9A 2A5XA 5AQTA 4H0PA 1BA0A 3GL1A 5AQFA 2QM1A 2P9PB 3VEOA 1BDGA 5AR0A 5JICA 4KBOA 4XH1A 3SK3A 4DCHA 5AQJA 2FF3B 1U2VA 3A5NC 2EWSA 5JLHA 4BRNA 3WEEA 3D7EO 4BROA 2E1ZA 3IDHA 4QS9A 5KPRA 2Q36A 3AARA 1ESVA 2HMPA 4QS8A 3AY9A 1E4GT 3BF1A 3BEXA 3D2EA 2KHOA 4BRPA 2V52B 3A5MC 1S22A 4BR7A 2CGLA 3GBTA 4FOIA 3VERA 4B1XB 5F1XA 2AA4A 2IIRA 3SJHA 2GTDA 3O6WA 3TU5A 1Y64A 4JD2B 5AQGA 2ASMA 4B1VA 4DQ8A 1HKBA 2F9WA 1NGJA 2QWLA 2VYPA 4FO0A 1GLLO 1NMDA 2IVNA 3LDNA 3ULEA 1GLDG 2I7PA 3CQXA 4H5TA 1H1VA 3MN6A 1HLUA 4MLEA 5AQRA 4A61A 4BRGA 3D2FA 3J8AA 4M63C 3FFKB 4K43A 4J8FA 5AQOA 5AZJB 2V51B 2A6AA 1NWKA 3IUCA 3VGKA 1J6ZA 3SMSA 4K41A 4FWPA 3LL3A 4H5RA 2E8AA 3GE1A 4CI6A 5BRFA 1K8KA 2QWMA 3IFRA 4BQZA 3EN9A 3LM2A 3LM9A 5LJWA 5EY4A 2E2OA 3QICA 4CZMA 5I9EB 2D0OA 2CH5A 1ZXOA 3TPQA 3VEZA 4EHTA 3HM8A 4Y0WA 3CI5A 2E2QA 2OANA 1X3MA 1NGBA 2A42A 1TUUA 2GUPA 1YAGA 2Q2RA 5BPLA 4H5WA 2YJFA 3ZX3A 1BOTO 4NO7A 3R9PA 5KQDA 3EKUA 4HTLA 3C7NA 4BRMA 3R8EA 5F2RA 4A62A 3VF6A 3QMLA 3ZX0A 2ZWHA 1SQKA 5AFUA 5F0XA 1MWMA 3U9DA 3VEYA 4XH5A 3MDQA 3MMVA 4CBWA 4JN4A 1GLBG 3GOIA 4BRFA 4CZJA 4BRKA 3LDQA 3FZLA 3O1BA 3UKRA 2E20A 5FPEA 3ZEUA 4XEIA 2DPNA 3MN9A 4DHYA 3M6GA 1SZ2A 1BWFO 4JHDA 1T6CA 2W40A 2IVOA 5AQMA 2PAVA 3VENA 2P9IB 2VWBA 3DAWA 2P9KA 4AM7A 1HJOA 3AAQA 1NGFA 3BUZB 3ZETA 4M7XA 3DXMB 5BPNA 4I6MA 1T6DA 2AP1A 3IMXA 3VF2A 3CJAA 2V7YA 2QWOA 1JCGA 4WQ5C 4H5NA 2P9SA 2P9NA 4BC4A 4BVPA 1NGGA 3VETA 3DXKB 3HI0A 3H46O 4CZGA 4M7YA 4Z94A 1ATNA 3FE1A 2A41A 3DWLA 2D1KA 5E26A 5AQQA 1Z6RA 1X9JA 2BTFA 1NLVA 3WXLA 5B8HA 1T44A 2F9TA 3W3DA 1BO5O 4FOEA 2D0PA 3QBXA 3MN5A 3H1VX 4CD1A 4B1UB 2P9LA 3A8YA 3HTVA 4MLHA 2YCHA 4H0XB 2E2NA 4EAHD 2P9UA 5AFUH 4BRHA 3EKSA 5AQHA 4PKGA 3SMPA 4RCHA 1BG3A 1QZ6A 1XUPO 3VOVA 3CQYA 1RGIA 2YHWA 3A5LC 1XQSC 3H45C 4O8KA 3CJCA 3WUHA 4BG8A 3WXIA 4AM6A 1RFQA 3H3OB 4GNIA 5AQVA 1WOQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IBMK 1SKSA 4CD3A 3OS2A 4JYAK 3E9LA 2V7ZA 2ASPA 3QESA 4IO9L 4WE1A 1LAWA 3KVGA 3DRPA 2G8KA 1NK6A 4YDUC 1VHXA 4BQLA 2Q0RA 4OJRA 3OHRA 4AHSA 3J7ZO 3CQ8A 2BDPA 1GLJO 1HKCA 2BGGA 1ZC6A 3UKUA 4AHRA 3V9ZA 5H1SQ 5KPTA 3LAKA 2UUCK 2O4IA 4F8RA 4NCBA 1NM1A 3VQ6A 4BDPA 3HPHA 3U3YA 1N33K 1S1XA 2VWKA 3VEVA 2VQFK 3ULEB 5HBMA 2JGUA 2RN2A 2B4JA 3C94A 1S5JA 2IAJA 3A5OC 3BZKA 1FJGK 1Z05A 3V9SA 4BR5A 1RDWX 3HXMA 5DM7L 2YHBA 5ADXA 4FSVA 3G6EN 4AHUA 2OPSA 2OZMA 2FSNA 3AO2A 4I9QA 5C2DA 2F8SA 3VPZA 1T03A 1VQ9N 1HX1A 4PY5A 4M45A 4RW6A 2GWJA 4L8RB 1QVFM 3VEWA 3THWA 3E01A 1TUYA 4MO4A 4JS4A 4FM0A 4KI6A 3QFUA 1QZ5A 1X3NA 1YUWA 4M3RA 4JLHA 4BRIA 2QTDA 2QWPA 5KQ8A 3RR7A 3KZBA 4FWQA 3ZSQA 1NG9A 1EXQA 3C6UA 3QBWA 1IBLK 5KPZA 3SBTA 2FBYA 4CFBA 4AHTA 3SZ2A 1TKDA 4CIFA 3E9OA 3O4WA 3MCPA 1CZAN 3OA9A 3O9SA 1B92A 1OKJA 2GEMA 4H0OA 4KO0A 5ELZA 3AGKA 3ZETB 1KAYA 3A0IX 3K5NA 3TAQA 3B6PA 2RE2A 3MEDA 4H0YB 5LL6Z 4CHZA 3WT0A 4KPYA 3KJVA 1DEJA 2HF4A 4BE1A 1Q9YA 4GVEA 1RDAA 4FW2A 5TKWA 2ZJRL 4CIGA 4PKIA 1NGAA 4GKJK 3H1QA 4EHUA 1QHTA 4JI2K 3CJ9A 1RT5A 2YKMA 1LWFA 4JD2A 2HHVA 2YNFA 2PFUA 2W6LA 3NH0A 4IJNA 3PX6A 4FL9A 4BRCA 3AVCA 1SL1A 3SAHA 1YJNN 2P9LB 3V1QA 4HTUA 3CCUN 3PSFA 4C8LA 3AGRA 3RMDA 4FM2A 2UXCK 1UAXA 1FKPA 3PSIA 3K9JA 5HRPA 3LZJA 5TKYA 1KCFA 4CEZA 2WBNA 1YTUA 1FXXA 2YHAA 2IDOA 3S3OA 2FBTA 1WSFA 4DSKA 4A59A 4CJEA 4F4KA 3QEPA 1KQSM 4E3SA 4F2RA 1OVQA 4BWJA 4BWMA 3VGMA 3P4IA 1T3VA 3RMBA 3U6FA 1KAZA 1BIZA 1NNEA 4CHPA 1EETA 3HPOA 3S3NA 2ZQBA 3DJCA 2D0BA 4BREA 2ASOA 4M3XA 4OPKA 2DFHA 4K25A 4H0VB 3LZIA 4H4OA 4LF8K 2W6KA 3RSEB 2QKBA 1HYSA 4JI0K 4ZTJA 2HHWA 1V4TA 2HNDA 4A57A 4OKJA 1KSPA 2X74A 4EFHA 4CHQA 1GOBA 4KI4A 3CC7N 2O8BA 4BGAA 2P9IA 5FPMA 2ZM6K 1VSMA 1QHAA 4M3UA 4AHVA 1J5OA 5M1FA 3OBWA 5AQSA 3SQ4A 5AZIB 1TKXA 3J7YP 1BQNA 2IC3A 4CEOA 3PV8A 1YI2N 3OYDA 4DS4A 5GINA 5AQXA 1N34K 4FWOA 4I7FA 4IXCA 3O9RA 4JHDB 2X6NA 4LF7K 3PLAA 5HOOA 1NGIA 3OW2M 2HHHK 5EXWA 4DQIA 2IS3A 1LCUA 5AQIA 4ILHA 1L3UA 2F8TA 3OYAA 4DU4A 3NGYA 1NK0A 1S1UA 2YNIA 3CMAN 1VSKA 4KHNA 3AVHA 5C42A 4JI3K 3CMEN 3CFPA 2QM1A 2QA4N 2P9PB 3KKSA 5AR0A 1LWEA 1JLGA 4ILJA 4KH4A 1BQMA 5JICA 1NJXA 3A5NC 2EWSA 3WEEA 3D7EO 4JRPA 4B3SK 5GAHP 2HHUA 1A5VA 4KTWA 5KPRA 1CZ9A 3AY9A 4B3OA 1E4GT 3NF7A 3D2EA 3TTFA 4DR6K 2V52B 4BR7A 1VQLN 2O8FB 4JKAA 4Y1CA 2AA4A 2A1RA 1O1WA 2GTDA 4B8AB 3PX0A 1Y64A 5AQGA 2HNZA 4DQ8A 3AVKA 4DQSA 1NGJA 3BZCA 2IVNA 3NHGA 1GLDG 5D3GA 2I7PA 4U7BA 4DU3A 3MN6A 5AQRA 1NK5A 4LF6K 3HT3A 3PY8A 4BRGA 4DSIA 2YNGA 3OYFA 4KHSA 4BE2A 4B08A 3T1HK 5AZJB 2JLEA 4DTXA 1HQUA 3IUCA 3VGKA 1J6ZA 2UXDK 4FWPA 4BQZA 2QWMA 3TSPA 3D0PA 3LM2A 1RT4A 3LM9A 3O4QA 3V4IA 1Q81O 3RTVA 1SL2A 3RRHA 1XHXA 1XMOK 1Q86O 1X3MA 1D9DA 3DYAA 5I3UA 1OVYA 4H5WA 4E19A 3R9PA 3VQCA 5KQDA 4ILGB 4CHNA 3CC2N 3OTOK 2WOMA 5J2PA 3PO4A 5F2RA 3V9WA 3ZX0A 4CHYA 5AFUA 1MWMA 3ASMA 3VEYA 5KGXA 3OYGA 2Y1JA 2FBVA 1W7AA 3OYLA 2G8WA 1GLBG 3OYIA 4CZJA 4YOXA 3OYMA 5FPEA 4FJNA 1YJ9N 2GUIA 3LP3A 3OS0A 3CCJN 3M6GA 4DSFA 3IG1A 4KV8A 2KKZA 3HVTA 2O8DB 2VWBA 3DAWA 2DFEA 1HJOA 3ISNC 5BPNA 2AP1A 3VQ4A 4CK2A 1QTMA 5BR8K 4WQ5C 1SUQA 5IT9O 2PYJA 2X6SA 3HO1A 4M7YA 3T69A 1ATNA 1HPZA 1VAZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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