2GTDA

Crystal structure of a type iii pantothenate kinase: insight into the catalysis of an essential coenzyme a biosynthetic enzyme universally distributed in bacteria
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
b'MDPMYLLVDVGNTHSVFSITEDGKTFRRWRLSTGVFQTEDELFSHLHPLLGDAMREIKGIGVASVVPTQNTVIERFSQKYFHISPIWVKAKNGCVKWNVKNPSEVGADRVANVVAFVKEYGKNGIIIDMGTATTVDLVVNGSYEGGAILPGFFMMVHSLFRGTAKLPLVEVKPADFVVGKDTEENIRLGVVNGSVYALEGIIGRIKEVYGDLPVVLTGGQSKIVKDMIKHEIFDEDLTIKGVYHFCFG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into the Mechanism of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type III Pantothenate Kinase
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transferase
total genus 78
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2006-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gtdA01
3.30.420.490 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gtdA02
1ZXOA 3TPQA 2V52B 3CHWA 3O1BA 4FOIA 1NGHA 5AQGA 2P9PB 2E2PA 5AQIA 3FZMA 2KHOA 2P9LA 1E4GT 4JD2A 4BR4A 3FR0A 4HTLA 3VENA 1BWFO 4WQ4A 1U2VA 3M1FA 3VGKA 3WQTA 2WUSA 3CETA 1YUWA 3UB5A 5AZIB 2QWLA 3L6QA 4I6MA 4BC2A 1Y64A 4FPBA 3P4IA 4BRKA 4FWLA 3AY9A 2QWNA 1ATRA 4H0YB 4H5TA 2YI1A 1EQYA 1QHAA 2CGJA 2UYTA 3BF1A 5AQNA 5BRFA 3SJHA 4WQ4C 1QQMA 2GWKA 5KPZA 2QWQA 1R59O 3IMXA 3ATVA 4EAHD 3DXMB 4FWRA 1HKGA 2Q0RA 3HBTA 1V4TA 5KPTA 4FSVA 3O6WA 4ISFA 2VWBA 3RSEA 3ZEUA 5TKYA 5JICA 3MK6A 1QQOA 2V51B 3SMPA 3A0IX 1MWKA 3H6EA 5I9EB 2Q2RA 3HSCA 1RGIA 1NGAA 4FWNA 3C7NB 1NMDA 3U4LA 3DAWA 1X3NA 3EL2A 1ZC6A 1CZAN 4K41A 4BC5A 2VCPA 5AR0A 3S41A 3FZFA 4F9OA 3EKUA 3CJCA 3A5MC 4FWPA 1MDUB 3UKUB 2GUPA 2QM1A 3FE1A 3VETA 3R8EA 3WEEB 3UE5A 2E1YA 1WUAA 3AARA 4L3QA 2D4WA 3WUHA 1NGBA 3WQUA 3BUZB 4MLHA 1XQSC 3HI0A 3H46O 4B1ZA 1E4FT 2P9SA 5CE3A 3KVGA 3FFKB 3HTVA 4BRLA 3A5NC 3FZKA 1DKGD 4H03B 5EOYA 2YHWA 3MDQA 1TYQB 4Y0WA 3CJ7A 4B1VA 4GY2B 3SMSA 3VGLA 3GL1A 2ZGYA 3GOIA 4BVPA 4H5NA 1JCFA 3EZWA 4Z94A 1KXPA 5AQTA 3CQXA 2YHYA 5F0XA 4PL7A 2A3ZA 2I7NA 4H0OA 5AQPA 3JS6A 2YJFA 4BR2A 1NGJA 4BGBA 2BTFA 3IFRA 2HMPA 2A40A 2F9TA 5BRHA 1T44A 4CZFA 3QB0A 5LY3A 1K8KA 2P9KB 5AQQA 5AZJB 5AQKA 5AZIA 5E84A 4H5RA 4XEIA 3LM2A 2HOEA 3DXKB 1S3XA 2Q36A 5AQRA 4PKHA 3O5BA 4C23A 3WT0A 3CJAA 2AA4A 3JXUA 4J8FA 2HF4A 4JNEA 3BEXA 4BC4A 1YVNA 4MO4A 1RDWX 1ATNA 3VF4A 1GLCG 3LDQA 3VEYA 2Q1NA 3GDQA 1Q18A 2QWRA 3DXMA 4BQZA 4PKGA 3WXKA 3I33A 3O80A 4DQ8A 4CZGA 3L0QA 2P9IA 1ZBSA 4MLEA 3HZ6A 1BDGA 4KBOA 2YCHA 1BA1A 3D2FA 3MN7A 3QFUA 4XH1A 4BR5A 4CZJA 3VEWA 2CH6A 3WXLA 3C7NA 1J6ZA 3BF3A 4BROA 3AAQA 3J8AA 3LM9A 3A5OC 3FZLA 4FPAA 3KHYA 2P9UA 1X3MA 5BN8A 2IVPA 3ENOA 3MMVA 1ATSA 4FOEA 5AFUH 3R6MA 4BRHA 4A2BA 3VF2A 4JAXA 5FPMA 4CD3A 3DWLA 1GLEG 3WEEA 3GE1A 4EIAA 3U8XA 4QS9A 3D2EB 3H3NO 2D0PA 3B8AX 4A61A 4E1JA 2QWPA 2ZF5O 1T6CA 5AQHA 1GLLO 3BP8A 4XH4A 5JLHA 5AQLA 3GG4A 4BR7A 1NGGA 2P9NA 4PKIA 2QWOA 4H5VA 5AQJA 2E2NA 2W41A 1X9JA 5JMVA 4BR0A 2GEMA 4WQ5A 5FPEA 2QXLA 4FWQA 3WXJA 4CBWA 2ASPA 4BC3A 3MN6A 1V4SA 1DEJA 4BG9A 2EWSA 2P9LB 3G25A 4JD2B 5BPMA 4BGAA 2Q0UA 1JCGA 3O4WA 3QDKA 2NRHA 4RCHA 3VPZA 2J4RA 4BRFA 3VEOA 3ZX0A 4BRCA 4ISEA 3H3OB 2FSKA 3LDNA 5AZJA 5BR9A 4I6MB 4WQ5C 5ADXA 5BPLA 3VEZA 3F9MA 5F2RA 4M7YA 4M63C 2NZTA 2E2OA 3MCPA 3DXKA 4QS8A 3ENHA 3ZETA 3VESA 3CJ9A 5B8HA 4FO0A 4B1UB 2CGKA 3H1QA 4FWSA 5FPDA 1C0FA 2GELA 4FWOA 1S22A 3O1WA 1GLDG 4DHYA 1QZ6A 1XC3A 2V7ZA 2FLOA 2ASMA 2VYPA 1NGCA 5AQVA 4A2AA 2E1ZA 2PBDA 1KAZA 2P9PA 1DGKN 3QMLA 2NLXA 3QBXA 1GLAG 4RWTA 5BREA 2E88A 1TUYA 4BRAA 1P8ZA 2IVNA 4DB3A 4H0PA 3H45C 1Z6RA 5EXWA 1GLBG 2E8AA 4BR9A 5F1XA 2GTDA 3D7EO 1NLVA 5AQFA 5FPNA 3EN9A 3U9ZA 4H0VB 2I7PA 3EKSA 1JCEA 4YDUA 4LC9B 1KAXA 3CJ1A 1MA9B 1HX1A 1BU6O 3A8YA 3CJBA 4RTFD 4CZIA 3M3ZA 2QW9A 5E26A 4IZ9A 5AQXA 4EHUA 3D2EA 4EHTA 3CI5A 4BRNA 3M6GA 4CI6A 3VEVA 1QZ5A 5BRDA 3FLCO 2YJEA 1WOQA 1YXQA 2F9WA 3CQYA 3CERA 3ID8A 3FGUA 4ISGA 4YDUC 4BRQA 3CIPA 4DCHA 1HJOA 2H3GX 4HWIA 1BOTO 4AM6A 3W3DA 2FSJA 1BG3A 5BPNA 1OKJA 3EO3A 3UKRB 4CZHA 2YHXA 3QBWA 4O5FA 3R9PA 5AQWA 2A6AA 2D1KA 1Z05A 3UKUA 4A62A 3VERA 1LOTB 2ZGZA 3U9DA 4BRPA 3VOVA 1LCUA 1NGIA 1HLUA 1K8KB 5AQSA 4QS7A 5LJWA 4H0TB 3W0LA 4IO8A 4BREA 4BG8A 2W40A 4JHDB 4CBXA 1GLJO 3LDLA 5EVZA 3ULEB 3HM8A 3ZX2A 1NGDA 4IJAA 4BVOA 3C0BA 3LL3A 1TYQA 4IXCA 4K42A 1TUUA 5EY4A 4BRGA 1H1VA 4IWVA 3LDOA 2ZWHA 4FL9A 3IDHA 4B1XB 3SK3A 3I8BA 4EFHA 5LJVA 4K25A 2V7YA 4CD1A 3GBTA 2P9IB 3ZX3A 4NB4A 2CH5A 4GNIA 1U2VB 3TU5A 2Q97A 4K43A 1GLFO 3D2FB 4BRIA 1G99A 1U6ZA 2P9KA 2A41A 3OHRA 4M7XA 2AP1A 1IG8A 1NGEA 2DPNA 2D0OA 2P9UB 4NO7A 3VEXA 3AAPA 1YAGA 4B9QA 1BO5O 1SQKA 4BRDA 4H5WA 4JN4A 1QQNA 4IJNA 4B1YB 1HKCA 1D4XA 3VF6A 2PAVA 4CZMA 2QWMA 1ESVA 5AQYA 4CJ7A 3DJCA 3WXIA 1C0GA 4CBUA 3QFPA 5AQMA 2E2QA 3O08A 4B1WB 4BQLA 3LDPA 3RSEB 1SAZA 3QICA 3ZEUB 1NM1A 2GWJA 4FWMA 1HKBA 2ITMA 3H1VX 1SZ2A 4XH5A 1XUPO 1MWMA 2A42A 2P9NB 1BUPA 1IJJA 4AM7A 2FXUA 2IIRA 2FSNA 2OANA 4WYBA 1NBWA 3MN9A 1RFQA 5AQUA 1HUXA 2IVOA 2A5XA 1BA0A 5KQDA 5AQZA 5EX5A 3ATUA 5AFUA 2BUPA 3FZHA 3UKRA 3O8MA 5AQOA 5JLFA 2CGLA 2FF3B 1NWKA 4MO5A 4FWKA 2ASOA 4O8KA 4BRMA 3MN5A 4PL8A 3L4IA 1HPMA 1T6DA 5BN9A 2FF6A 2P9SB 4JHDA 4H0XB 5ADXH 3ZETB 4CZEA 1KAYA 2E20A 1NGFA 2Q31A 3SLCA 3ULEA 4CZKA 3KZBA 5ELZA 5KPRA 3A5LC 4CZLA 3IUCA 3VGMA 2HF3A 5KQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKFA 2P5GA 3TPQA 3OVNA 3ZT0A 4FOIA 1WSEA 2E2PA 5AQIA 5HROA 1SV5A 2O8BB 4JD2A 4BR4A 2G8KA 3FR0A 1IBKK 1VQMN 4WQ4A 1U2VA 3VGKA 3NE6A 4CJ4A 1J53A 1YUWA 2QEXN 4DV0K 3WXMB 5AZIB 2QWLA 2UXCK 2JWKA 4I6MA 2QA4N 1Y64A 5GAHP 4FPBA 3P4IA 1RT6A 3AY9A 2QWNA 2YI1A 3M5RA 3TTFA 2Y1JA 3SAFA 1YTUA 3CC4N 5CHIA 4CIFA 2CGJA 5AQNA 2RE2A 4FJ9A 4DSJA 3KTQA 2BH1A 4FLZA 5HRNA 5HRSA 1QQMA 1NNEA 3HJFA 5KPZA 1T8EA 4LFCK 2O4GA 3IMXA 3DXMB 3S3MA 3HBTA 5KPTA 3PO4A 2VWBA 3RMCA 3SCXA 3ZEUA 3MXIA 2V51B 1TL3A 4N76A 1MWKA 4E1MA 5I9EB 4DTPA 1GOBA 3CFPA 2IOCA 4FWNA 4CGGA 3DAWA 1X3NA 5M1OA 3HVTA 4O4GA 1GOCA 3M8QA 1FXXA 4CIEA 4W5TA 2PFUA 5C25A 1IBLK 4ILGB 2D0CA 5FRMA 3FE1A 3R8EA 3WEEB 3UE5A 4JI4K 3WUHA 3AA3A 3WQUA 3IAYA 4YOYA 4KKOA 1XHZA 3H46O 4A5AA 4CW7B 2VWJA 3HTVA 5EU7A 3FZKA 3QNNA 5EOYA 4H03B 2YHWA 3MAQA 3AA2A 3MDQA 3SZ2A 3L2QA 4M3XA 3SMSA 3VGLA 2ZGYA 1RBTA 4WFAL 4CJFA 5KGWA 3LWLA 3G4SN 2OPSA 4KH6A 4Z94A 1KXPA 5AQTA 2VQEK 2O8BA 5M1PA 2A3ZA 2EHGA 3L3VA 4H0OA 2WTUA 1BGXT 3VTHA 1X9SA 1NK8A 5A2QO 1RTIA 2BGGA 5LY3A 1K8KA 2P9KB 1ZBUA 4WE1A 5AQQA 3L2UA 4LF8K 4CHZA 5AZIA 3L2VA 1EWQA 4H5RA 1RDDA 3DXKB 3V9XA 1Q81O 2Q36A 4FM1A 4KPYA 3T1AA 3AVAA 3KK3A 3VMFB 4CJ3A 3EY1A 3CJAA 3OYGA 4OPHA 2HF4A 4FZXC 3ISNC 4FVMA 5KGXA 4B9SA 4FJLA 4KHNA 4DWIA 1ATNA 2D0BA 3QEIA 4DV7K 3VEYA 3GDQA 1Q18A 2O8CB 3DXMA 1P90A 5DMRA 4DQ8A 3I33A 3O80A 1VQON 2P9IA 3JAMO 2G8IA 4CECA 1IKYA 1KRPA 1YITN 3V9UA 4G9ZA 3D2FA 3MN7A 4OKKA 4V19S 3WXLA 5BR8K 1UA1A 1ZBIA 4CF0A 4FJ5A 3LM9A 3A5OC 3FZLA 1VSLA 1S72N 2Y1IA 2A1RA 5BN8A 3ZT4A 3OYBA 4U7BA 3MMVA 1ATSA 1FK9A 1VQPN 3HSTB 4BRHA 4LH5A 4A2BA 1RBSA 3WEEA 4JKHA 4DU4A 2F8TA 3GE1A 1S9EA 3KLEA 2RPIA 3D2EB 3H3NO 4W5QA 3VN5A 1HNWK 4CFAA 3BP8A 3EZ5A 5AQLA 3GG4A 2P9NA 4H5VA 3U6FA 3CC2N 5JMVA 4CBWA 2ASPA 4CFDA 4BDPA 4GV9A 2PY5A 3G25A 4KHPK 5LMNK 1JCGA 3SBTA 4DQQA 1JLGA 1NJWA 3QEVA 2ETJA 2WC9A 2RN2A 4KRFA 3MCAB 3ZT1A 4M7YA 3DXKA 1VQ7N 3TAQA 3ZETA 3VESA 1B9DA 4BE2A 4FO0A 4CGDA 2CGKA 4FWSA 5KRSA 2GELA 2HHUA 1S22A 1GLDG 3KWIA 3OS1A 3CMAN 1QZ6A 1XC3A 1TV6A 2ASMA 3ZT3A 5AQVA 4CEAA 2O8CA 1HRHA 1TK5A 4MDBA 1FJGK 1BI4B 1W7AA 3V9WA 4AHVA 3N4QA 4CJUA 1YJNN 1YIJN 1QVFM 2IVNA 4JYAK 1B92A 4DB3A 3H45C 3Q7BA 4OKEA 1VSKA 2ZD1A 3OBWA 4OPAA 2G8FA 2E8AA 4DFJA 4YFUA 4WF9L 5AQFA 5FPNA 4E7KA 2I7PA 1DT9A 4X62K 3NGZA 2XY7A 1JCEA 1SKWA 4YDUA 2P1JA 4JI8K 1HX1A 1C1AA 4AHUA 4CZIA 4YOTA 1X1PA 3HP9A 1JXBA 3L2WA 3D2EA 4DSKA 5LL6Z 4X64K 3M6GA 3VEVA 2WBNA 1I3AA 1QZ5A 2YJEA 1YXQA 2F9WA 3ZSQA 1N33K 3AO1A 1Q9XA 4W5OA 4KB0A 3IKMA 2Z1HA 3THVA 3FGUA 4ISGA 4AHTA 4BRQA 4PQUA 1M90O 5C0YA 1VQKN 1JLCA 3UIQA 1WAFA 4DQSA 1LWFA 5BPNA 1OKJA 1BCOA 2A1SA 4EP5A 4O5FA 3AVBA 4OPKA 2A6AA 1JLFA 2HBKA 4BRPA 3VOVA 4X65K 4DKWA 4CGJA 1SKRA 1NGIA 5AQSA 4KFBA 1G15A 4NXMK 5LJWA 4ID1A 3ENBA 4CJVA 4FCYA 4ELVA 2B4JA 3C6HA 4YOUA 3TTDA 3ULEB 2UUCK 4LF5K 3ZX2A 1Q8IA 4Z4GA 1DTTA 1TUUA 4CJPA 4DTRA 1RDBA 4FL9A 5FLXO 3QETA 5J2QA 3I8BA 4ELUA 1DLOA 5SZTA 2RF2A 4B9MA 2V7YA 4CD1A 1WSFA 3QERA 1BCMA 1EWRA 5K14A 4CHNA 3QEPA 2CH5A 4GNIA 5IWAK 2Q97A 3KWGA 2O4IA 2P51A 4BDZA 3OHRA 1W2BM 1KQSM 4K8ZA 1NGEA 3NDKA 2P9UB 1BO5O 1SQKA 4CHOA 1TGOA 3SAGA 4DV6K 4M42A 1HKCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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