5JICA

Staphylococcus aureus type ii pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
272
structure length
269
Chain Sequence
KVGIDAGGTLIKIVQEQRTFKTELTKNIDQVVEWLNQQQIEKLCLTGGNAGVIAENINIPAQIFVEFDAASQGLGILLKEQGHDLADYIFANVGTGTSLHYFDGQSQRRVGGIGTGGGMIQGLGYLLSQITDYKQLTDMAQHGDRNTIDLKVRHIYKDTEPPIPGDLTAANFGHVLHHLDADFTPSNKLAAVIGVVGEVVTTMAITVAREFKTENIVYIGSSFHNNALLRKVVEDYTVLRGCKPYYVENGAFSGAIGALYLEKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Type II pantothenate kinase
publication title Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus (strain mw2)
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 95
structure length 269
sequence length 272
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03630 Fumble Fumble
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA01
1HKBA 2V52B 3ATUA 3A5LC 4M7YA 3H46O 4BRPA 1ZC6A 3ZETB 2ASPA 3H45C 2QWRA 3ENHA 3O80A 4CI6A 5BREA 2ZGYA 4CZHA 5AQTA 5AQPA 4BRFA 5JLHA 2FXUA 4FOEA 4Z94A 1DEJA 3CHWA 3FZLA 5BPMA 4PKIA 1LCUA 3H3OB 3UKUB 4CZEA 3ZEUB 5AQUA 1ATRA 1KXPA 2A40A 5AQZA 4FWLA 3BUZB 1JCEA 3EN9A 2A42A 3GDQA 3SK3A 4B1VA 3W0LA 2P9KA 3O4WA 3GE1A 4PL8A 2NZTA 1K8KA 3A0IX 1MA9B 4E1JA 5AQLA 4CZJA 3C7NA 2Q1NA 3BP8A 3AAQA 3RSEA 3I8BA 4JNEA 2IVNA 4FWNA 3ZETA 3LDQA 3QDKA 3H3NO 5AQJA 3HSCA 2ASOA 3O1WA 4LC9B 2QXLA 2D0OA 3U9DA 2P9SB 3G25A 3WEEA 3CIPA 4DHYA 4BR5A 4IZ9A 3FZKA 1X9JA 5FPDA 1Q18A 1NGHA 4BG9A 2UYTA 4BC5A 1HX1A 3JXUA 2FF3B 2FSKA 4FPAA 3VETA 2YJFA 2A41A 2P9NA 4B1YB 4JN4A 3HBTA 5ADXH 3SMSA 2E88A 5AQRA 4BREA 1NGIA 4BR7A 2GUPA 5AQFA 4BGBA 1NGAA 4QS8A 3EZWA 5AQXA 3VEWA 1S3XA 3CJ7A 1DKGD 2HOEA 4WQ5C 3ULEB 1NGFA 1QQOA 3GL1A 5AQVA 4BROA 4KBOA 1BA0A 1QQMA 4H5TA 3CJAA 3DXKB 3IDHA 1GLJO 4CD1A 1LOTB 4XH4A 1U2VB 2A5XA 5KPZA 1NGEA 4K43A 4DQ8A 5EVZA 2P9SA 4H5VA 1WOQA 2OANA 1GLCG 3H1QA 4IJNA 2FSJA 1ATNA 4A61A 5AZIA 2GELA 2E2QA 2CGJA 3IUCA 5BN8A 2QM1A 5EOYA 2IVOA 1NGCA 2HF4A 4NO7A 2HMPA 4MO5A 5F1XA 2D0PA 3D2EB 2F9WA 5E84A 4BG8A 2CH5A 2E1ZA 1S22A 2HF3A 1Z05A 3LM2A 3L0QA 3FZHA 3CQXA 5FPNA 3U9ZA 3WQTA 1G99A 4BRCA 5FPMA 4Y0WA 3HTVA 5LJVA 1V4SA 4XEIA 4FPBA 3LM9A 3CJ9A 3ZX0A 1U6ZA 4RTFD 5AQKA 1YUWA 4DB3A 1KAYA 1ZXOA 5JMVA 1Z6RA 2P9UA 5EY4A 4F9OA 1E4FT 4FL9A 1T44A 2VWBA 3BF1A 3MN7A 5FPEA 2A6AA 4B1UB 2YI1A 3VEXA 3CQYA 3KZBA 2YHYA 4CZIA 3A5NC 5AZJB 3D2EA 4EAHD 2ZGZA 4CZGA 4M63C 2P9LA 3OHRA 2VYPA 4IO8A 4WQ5A 3GBTA 5JLFA 3LDNA 3AY9A 2E2PA 4FWPA 4PKGA 4JAXA 2Q0RA 4BRLA 2IVPA 4BVPA 1HLUA 1SQKA 4JHDA 2D1KA 1P8ZA 3A8YA 2I7NA 1BG3A 1NGJA 1HKCA 3ATVA 5BRFA 3HM8A 5JICA 1IG8A 1QQNA 4BR0A 4FWKA 4EFHA 3VF6A 3CI5A 1BO5O 3VEYA 1TYQB 3KVGA 1ATSA 4H0OA 3UKUA 3VESA 4QS9A 3MN6A 3ZEUA 3VGMA 5AQOA 4ISFA 4XH5A 1NMDA 4FWSA 4PL7A 2ZF5O 2ZWHA 3WXLA 2FLOA 4H0YB 2BTFA 2W40A 3D2FB 2Q31A 4BC3A 4H0PA 1MDUB 1HKGA 3O08A 3M3ZA 3MN9A 2QWMA 2E20A 4HTLA 3HZ6A 1GLAG 2GWKA 1IJJA 1T6DA 4H5WA 5EXWA 4RCHA 4MO4A 2H3GX 2CGKA 1XUPO 3O6WA 4FOIA 4H03B 3C0BA 3QFPA 5AR0A 3MMVA 4BC2A 1GLFO 1RGIA 3QMLA 1MWKA 4AM7A 4FO0A 4B1XB 4XH1A 4BVOA 1BDGA 5CE3A 1X3MA 2Q2RA 1ESVA 3VEVA 4K41A 4RWTA 4MLEA 1C0FA 4O5FA 3VEOA 4CZLA 2YHWA 3UE5A 3LL3A 3DJCA 3QFUA 5AQIA 2E2NA 4A62A 3AAPA 3WXKA 4IJAA 3MDQA 1R59O 2DPNA 3UKRB 4WYBA 3WQUA 3VF4A 3CERA 3EKSA 3O5BA 5ADXA 4BQLA 5F0XA 1KAZA 1X3NA 5AQWA 4BRKA 1XC3A 3FZFA 2GEMA 3M1FA 3WXJA 3B8AX 1J6ZA 1T6CA 1JCGA 3QICA 2AP1A 4K42A 4I6MB 3H6EA 3FR0A 3L6QA 3VPZA 2Q36A 4B1ZA 3MK6A 5AQHA 2ASMA 3ULEA 2EWSA 3VEZA 3DXMB 2WUSA 3AARA 2E8AA 3DXKA 3TPQA 3BF3A 3ENOA 5F2RA 4B1WB 4CBXA 5AQGA 1D4XA 1U2VA 3W3DA 4A2BA 4BRIA 3UB5A 1QHAA 3ZX2A 2QWOA 1BUPA 3R9PA 1NGBA 4FWMA 4FWQA 4O8KA 1GLEG 3VF2A 4BGAA 1BWFO 5BN9A 2D4WA 3U8XA 5B8HA 3L4IA 4PKHA 4FSVA 3S41A 4NB4A 2GTDA 3VGLA 3BEXA 1DGKN 4M7XA 3SLCA 3I33A 3C7NB 2QWPA 3QBWA 4L3QA 4H0XB 1H1VA 1NGGA 2FSNA 4I6MA 1NBWA 1BA1A 3VGKA 3RSEB 5AQQA 5AFUA 4B9QA 3LDPA 2YJEA 3WUHA 4EIAA 4BRGA 3A5OC 2A3ZA 4K25A 5AQNA 3LDLA 3DXMA 1NM1A 2YCHA 5E26A 4H0TB 3VERA 5KPTA 1NLVA 3U4LA 3HI0A 2KHOA 3VENA 3WEEB 4YDUC 1MWMA 2PBDA 1QZ6A 1SZ2A 1RDWX 3SMPA 4BR9A 4ISGA 2FF6A 1WUAA 3MCPA 4BRNA 3QB0A 4EHTA 2P9NB 4WQ4C 4BRDA 1HUXA 4AM6A 5KPRA 4A2AA 2V7ZA 4CZMA 4ISEA 5AZJA 4IXCA 1BU6O 1EQYA 1GLDG 2NLXA 3FGUA 4BRAA 3R6MA 2Q0UA 4QS7A 4JD2B 2ITMA 5BR9A 3M6GA 3CJ1A 5ELZA 5BRDA 3GOIA 2BUPA 3JS6A 4HWIA 1SAZA 2P9PB 3EO3A 3A5MC 5KQDA 2AA4A 3ZX3A 4CZKA 1C0GA 3CETA 5AZIB 3O8MA 4J8FA 4EHUA 5I9EB 3P4IA 1TUUA 4CD3A 2CGLA 3WXIA 4BR2A 5KQ8A 4CJ7A 2I7PA 2E1YA 5TKYA 4GNIA 3FLCO 4BRHA 1TUYA 4BC4A 3J8AA 1TYQA 1YVNA 2VCPA 3LDOA 3MN5A 3SJHA 4MLHA 3VOVA 4JD2A 3TU5A 2PAVA 3O1BA 1V4TA 2QWQA 3CJBA 4CZFA 3D2FA 1GLLO 4BR4A 1XQSC 4FWOA 1BOTO 2P9IB 1JCFA 3H1VX 5EX5A 2IIRA 2V7YA 2NRHA 1Y64A 5AQYA 2CH6A 3D7EO 3EKUA 3IMXA 2P9PA 3EL2A 5LJWA 4IWVA 4CBWA 2W41A 3WT0A 3KHYA 5LY3A 4DCHA 4YDUA 3DAWA 2F9TA 2P9UB 3R8EA 1YAGA 1RFQA 1CZAN 2E2OA 5AQMA 1E4GT 1ZBSA 4WQ4A 2QWNA 4C23A 1KAXA 3FE1A 5AQSA 1NWKA 1YXQA 1OKJA 4CBUA 4BRMA 2YHXA 1NGDA 4FWRA 4BRQA 1HPMA 2Q97A 5BPLA 2P9LB 3FFKB 1QZ5A 2QW9A 3FZMA 4H5NA 3UKRA 4BQZA 4GY2B 1GLBG 2QWLA 1HJOA 3GG4A 3ID8A 2P9KB 2V51B 3CJCA 3QBXA 5AFUH 3IFRA 5BRHA 3F9MA 1K8KB 2P9IA 2J4RA 2GWJA 4JHDB 5BPNA 3DWLA 4H0VB 4H5RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V52B 5CYMA 5DM6L 5KI6A 3A2FA 1LW0A 4E7KA 3ZETB 1M90O 4KHSA 2ASPA 3H45C 4FM0A 4KHQA 2ZGYA 5KTQA 1BQMA 3RVCA 4BRFA 4KHUA 5JLHA 3PO5A 1NJYA 4FOEA 3AVKA 4CJQA 5BPMA 4PKIA 1NK6A 3OJUA 3H3OB 4CZEA 4CGDA 3ZT1A 1QQCA 4Z4IA 4DFPA 2D0AA 1JCEA 3ZSZA 2A42A 4B1VA 2P5GA 4NXNK 1YTUA 4MFBA 3CFRA 4FJLA 2WFBA 3L3VA 4BE0A 2HB5A 4E1JA 4IG3A 4IOCL 1DTQA 4B8AB 1UOCA 3KLFA 3I8BA 4BWMA 4CEOA 4JNEA 3J7AP 4FWNA 2VG5A 1VSMA 3THXA 1TKDA 2ASOA 4OPHA 3O4NA 1HNZK 1XWLA 4TSXA 1BIUA 2D0OA 2HHWA 4FK2A 1VAZA 3DLRA 4A5AA 3WEEA 1IBMK 4FZYA 3FZKA 5FPDA 3K5LA 3HRGA 2PFUA 3E66A 2FF3B 3T69A 4L8RB 3VETA 2P9NA 2KKZA 3HBTA 1L3SA 4BR7A 1RDAA 2GUPA 3CPEA 1HJRA 2P1JA 2XY7A 1WBDA 5AQXA 2F7TA 3S3MA 3SQ4A 5LMUK 5HRPA 1Y97A 3V9ZA 3O3HA 2HOEA 4OPAA 4NCGA 4GVEA 1NGFA 3ULEB 5C2DA 1QQMA 1IG9A 5DMRA 4C8LA 2HVHA 4CD1A 1U2VB 1YHQN 5EU7A 4K43A 4M42A 4O0JA 2OANA 1GLCG 3H1QA 4GKKK 4GVMA 4IJNA 5AZIA 3MEGA 1EP4A 1QVGM 2QM1A 4F2SA 3V9WA 3CCJN 5HRRA 1VSFA 1FW6A 1KFSA 1A5XA 3D0PA 4KV8A 4BG8A 4WF9L 4DSJA 3L0QA 3FZHA 3CQXA 1ITGA 1W9HA 5FPNA 1KVCA 4X62K 1G99A 2JWKA 5FPMA 4YFUA 3KKSA 1KCFA 3HTVA 4AF1A 5LJVA 4PHTX 4DV1K 4QAGA 3O9SA 4FPBA 3CJ9A 4RTFD 3U3YA 1S5JA 4A57A 3J7ZO 4OPKA 1T3VA 5CHIA 2B5JA 1VHXA 3V9UA 2G8UA 2XO7A 5FPEA 2A6AA 1YVUA 3MX5A 3VEXA 1E3MA 1HYVA 3JYTA 1L5UA 4QCLA 3A5NC 1JJ2M 2ZGZA 1YT3A 4F3OA 2P9LA 2HHHK 1K73O 2VYPA 3CCUN 1KC8O 1CZBA 4AHRA 1JL2A 1I39A 3GBTA 1S6QA 5GIPA 4ELVA 3THYA 4BRLA 2IVPA 4BVPA 1NJIO 2E5LK 4KKOA 2B4JA 1P8ZA 2D1KA 2I7NA 4Z4CA 3VMFB 5BR8K 4BY9C 1D9DA 1QHTA 1IG8A 1QQNA 2JLEA 1U04A 5GINA 4M3ZA 3VF6A 4WE1A 4W5OA 3KVGA 1LAVA 4H0OA 3MEEA 3DRSA 4HVJA 1EWRA 1NMDA 4DLGA 2Z1JA 3WXLA 3D2FB 3QEPA 3O08A 4FLYA 3MN9A 4JKCA 3HZ6A 3KK7A 1T6DA 5EXWA 3K57A 2H3GX 4LFAK 4KHNA 3M8RA 1NG9A 5AR0A 3THWA 1TKXA 5CY4A 4BC2A 5D3GA 1GLFO 1S1XA 3TABA 3OBYA 4AM7A 4FO0A 4B1XB 4FJJA 4W5QA 4Q5VA 1RBVA 4CJPA 3ZSYA 3TSQA 1T7PA 1VRTA 3VEOA 3OYEA 4DTJA 3OYLA 3DJCA 3QFUA 2DY4A 4CESA 2JWLA 5AQIA 2E2NA 4A62A 3PIOL 3ULDA 4IJAA 3MDQA 3CXCM 4WYBA 3WQUA 3CERA 1IO2A 4BRKA 1X3NA 4KI6A 1BHLA 4RG8A 5C25A 3FZFA 3LAMA 1XC9A 3M1FA 3K5OA 2RN2A 3B8AX 3CC7N 4CJKA 2XY6A 4A5BA 3H6EA 3VPZA 3MWPA 4CHOA 1BGXT 5AQHA 1N36K 2YX6A 3ULEA 2EWSA 3DXMB 4FJXA 4HHTA 4J2EA 3AVBA 3RMBA 3SUOA 1WSJA 5F2RA 4CBXA 3R1XA 3CMAN 1D4XA 1U2VA 5J2MA 4JK9A 3MXJA 5I3UA 3LZJA 1QHAA 2PY5A 3LP0A 2QWOA 4XIUA 2EHGA 4CJUA 4O8KA 5M1OA 1ASVA 3KIOA 5BN9A 2DFHA 2D4WA 3U8XA 3L4IA 4E0DA 4PKHA 4FSVA 4NB4A 1XNRK 3AVAA 2GTDA 1WSEA 3NH1A 3SLCA 4LD0A 3C7NB 1K8AO 1ILYA 4O8UA 3DLEA 4I6MA 1NBWA 4K0KK 4W5NA 4LY7A 3WUHA 4IFYA 2OZSA 2A3ZA 3JSMA 5AQNA 5GAGP 4DF8A 2BANA 5E26A 3VA3A 1TKZA 2OCEA 3ID6A 5KPTA 2YNHA 3TSPA 2G8KA 4Q0BA 4CHPA 4ZHRA 4FZXC 1JL1A 3L8BA 3EYZA 3SMPA 2GBZA 4FLUA 1OH8A 1JLBA 3VQ7A 4CJSA 4FVUA 3QB0A 4EHTA 4WQ4C 1HUXA 4N56A 3ZSVA 4A2AA 4DU3A 1LWEA 5JS1A 4JKEA 4ISEA 4DLEA 4IDHA 4E3SA 1N5YA 3WXMB 4GMJB 4G1QA 1EQYA 4N5SA 1KLMA 4M3XA 3FGUA 3B6OA 2Q0UA 1Q9XA 2G8HA 1B92A 4DR1K 5BR9A 4GV9A 1ZBIA 1FXXA 1YJ9N 3DOKA 3AV9A 3ASMA 4HWIA 2GV9A 3EO3A 5KQDA 4FJ9A 3K0SA 4V19S 3TAMA 4GV3A 3T3FA 2WONA 5KRSA 4DQIA 5HLFA 4BACA 5I9EB 5SWMA 3K9KA 2CGLA 5DK5A 4M3WA 1BIZA 2I7PA 2E1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3VQ4 A;  4B3O A;  3CET A;  1WSH A;  5AZI B;  3O8M A;  2F8T A;  1TUU A;  4CD3 A;  4A59 A;  3WXI A;  4R5P A;  4JKG A;  5TKY A;  4GNI A;  2WTU A;  4BC4 A;  3ZSR A;  4DKW A;  5FRN A;  1EKE A;  3PX0 A;  3VOV A;  3TU5 A;  2PAV A;  3L2U A;  3SJJ A;  4B9N A;  3CCR N;  3M8S A;  2QWQ A;  4J2D A;  4BR4 A;  2VQE K;  4FWO A;  5EX5 A;  1M1K O;  2V7Y A;  4ELT A;  1UA1 A;  5AQY A;  4CHN A;  3EKU A;  3IMX A;  4B08 A;  1O1W A;  3IS9 A;  2P51 A;  2W41 A;  1YTA A;  2GX9 A;  3DLL L;  4DFM A;  1T05 A;  3VQ9 A;  4KTZ A;  5AQM A;  1ZBS A;  2QWN A;  3S9H A;  3ZLJ A;  2OPP A;  4WFN L;  1NK7 A;  1VSJ A;  1RT4 A;  3AVJ A;  1NGD A;  1CZ9 A;  1HPM A;  5BPL A;  2P9L B;  2QA4 N;  1VK0 A;  4DS5 A;  2QW9 A;  3FZM A;  3UKR A;  3CFO A;  1U4B A;  2QWL A;  1HJO A;  4U67 L;  1VSL A;  3CJC A;  3KKR A;  4M3T A;  1K8K B;  2P9I A;  4CJV A;  5C10 A;  5BPN A;  3DWL A;  4H0V B;  1GOB A;  2E6L A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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