5JICA

Staphylococcus aureus type ii pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
272
structure length
269
Chain Sequence
KVGIDAGGTLIKIVQEQRTFKTELTKNIDQVVEWLNQQQIEKLCLTGGNAGVIAENINIPAQIFVEFDAASQGLGILLKEQGHDLADYIFANVGTGTSLHYFDGQSQRRVGGIGTGGGMIQGLGYLLSQITDYKQLTDMAQHGDRNTIDLKVRHIYKDTEPPIPGDLTAANFGHVLHHLDADFTPSNKLAAVIGVVGEVVTTMAITVAREFKTENIVYIGSSFHNNALLRKVVEDYTVLRGCKPYYVENGAFSGAIGALYLEKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Type II pantothenate kinase
publication title Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus (strain mw2)
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 95
structure length 269
sequence length 272
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03630 Fumble Fumble
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA01
1R59O 2AP1A 4CI6A 5BR9A 5AQPA 1QZ6A 5FPEA 1HJOA 3HTVA 3JS6A 1NBWA 2VCPA 3FE1A 4BVPA 3ZEUA 2W41A 4XH5A 3MMVA 3QB0A 5KPTA 2YHXA 4EIAA 5BRHA 1X3MA 5AQUA 5JMVA 4BQLA 1MWKA 5ELZA 5EX5A 4BC5A 4JD2B 3WT0A 2I7PA 4BRHA 4M7YA 3R9PA 5BPNA 3C7NB 4FOIA 4BRMA 3BEXA 4BR4A 4M63C 4FWNA 2GWJA 2QWLA 4K43A 5F1XA 4B1XB 5LJVA 2GTDA 2V7ZA 4H0TB 2OANA 4H5NA 4AM7A 4DCHA 1ZC6A 3HBTA 1ZXOA 1BG3A 3U9ZA 4BRCA 2CGKA 2GWKA 1RFQA 1GLEG 4CBXA 2P9KA 3WXKA 3HM8A 1JCGA 2UYTA 4H0YB 2I7NA 2IVNA 5TKYA 4KBOA 3LDPA 4DHYA 1BWFO 2QWMA 4FWPA 5JLFA 5BRFA 5AZIA 3F9MA 4CZMA 4K25A 3GDQA 4WYBA 4WQ5C 5AFUA 4BREA 1MDUB 5AQWA 3VEVA 2ASMA 2P9PB 1TYQB 2Q0RA 4PL8A 4AM6A 3FLCO 4FWMA 3MN9A 1YUWA 4B1UB 2P9IA 1GLDG 4BC4A 4PKIA 3RSEA 5B8HA 2QWOA 1KXPA 3MDQA 4CBWA 1DEJA 2FXUA 4FWSA 3VEWA 3D2EA 5AZJA 1ZBSA 3VGMA 3ZETB 4BRPA 5AR0A 4CZEA 3GE1A 4BROA 4BR7A 5AQRA 2FF3B 1ATSA 2QXLA 5F0XA 2A42A 1SAZA 1U2VA 3VESA 4JN4A 3WQUA 5CE3A 2D0OA 2P9LB 2YHWA 2ZWHA 3BUZB 1JCFA 2P9NA 3UB5A 3VGLA 3FZFA 4MO5A 2IVPA 1SQKA 5E84A 3UKUB 1NGCA 4NO7A 4FL9A 3DXKA 3D7EO 4FWLA 4IZ9A 2FSJA 3H45C 3QDKA 4H0XB 4J8FA 3BP8A 3ZEUB 3SLCA 1TUUA 3MN6A 2CH5A 3JXUA 4A62A 3J8AA 4BRIA 4CZJA 3HSCA 4H5WA 3IDHA 4BG9A 5AQHA 5JICA 4B1ZA 2ASPA 1NGBA 4BVOA 2BTFA 2P9UA 1NWKA 3O80A 4HTLA 3CJ1A 3CJCA 3D2FA 3LDNA 4FWRA 2W40A 1HKGA 5JLHA 3HI0A 4I6MA 3M1FA 1ATRA 3LDLA 1WOQA 3WEEA 4BC2A 2J4RA 2P9KB 3EL2A 3L6QA 2ZGYA 3ULEA 3QFPA 1GLBG 4FO0A 2GEMA 4JHDA 2NZTA 4B9QA 5AQZA 5AFUH 2CH6A 4YDUA 3SMPA 5AZIB 5AQKA 3QFUA 3CJ7A 4EHUA 1E4GT 3WXLA 4IXCA 4BR2A 3ZX3A 5EY4A 4MLHA 4BRQA 4BR9A 3VF2A 5AQIA 1YAGA 4C23A 3M6GA 1MWMA 2IVOA 1BO5O 3KHYA 5EOYA 3SK3A 5AQVA 4IJNA 3WUHA 2QWRA 1BUPA 4CZHA 4JNEA 2P9IB 3KZBA 4ISFA 3RSEB 2BUPA 2KHOA 2ZF5O 1BOTO 1CZAN 3D2EB 2CGLA 3R6MA 5AZJB 2ZGZA 3LDOA 3P4IA 4NB4A 4PL7A 4FPBA 4CD1A 3AAPA 1NGDA 2YCHA 5I9EB 5EVZA 3VERA 1DKGD 2YHYA 3LDQA 1U2VB 2Q36A 3O08A 1QQNA 4PKGA 4B1YB 4Z94A 2FLOA 5E26A 3A5LC 2Q2RA 4XH1A 4K42A 2P9NB 5F2RA 2FF6A 5FPNA 2VWBA 3FZMA 1BU6O 3QICA 4XH4A 5ADXA 4O8KA 1P8ZA 3A5NC 1GLAG 1NGHA 4JAXA 4A61A 4BC3A 3VOVA 4H0VB 3DXKB 4EFHA 4A2BA 1NM1A 5BPMA 1QZ5A 4FPAA 3O8MA 4H0PA 3LM2A 4FSVA 4L3QA 3GBTA 2IIRA 3O5BA 3H46O 3B8AX 2P9UB 5KPZA 4FWQA 5KPRA 1KAYA 2HF3A 2GELA 3VPZA 2CGJA 3D2FB 2DPNA 4BQZA 1SZ2A 4FWOA 2Q97A 3H3OB 3GOIA 3SJHA 2V7YA 4O5FA 4EHTA 4I6MB 1GLLO 4YDUC 1Y64A 3G25A 5LJWA 1IG8A 2NLXA 3WEEB 2P9SA 3QBWA 3QBXA 5FPMA 3CIPA 4BRLA 2E2NA 5EXWA 1G99A 3ULEB 5AQOA 1GLJO 3ATVA 4JHDB 1GLFO 2ITMA 3A5OC 3BF3A 3MK6A 2FSKA 2QWNA 3DWLA 4RCHA 5FPDA 2PBDA 3VEXA 3EO3A 4XEIA 1E4FT 2FSNA 2D4WA 3CQYA 1BDGA 4QS8A 4CZLA 5KQ8A 3EN9A 3C0BA 2Q0UA 4B1VA 3GG4A 1QQMA 3O6WA 3H3NO 3H1QA 1HPMA 3CJ9A 1Z6RA 1IJJA 1J6ZA 2E20A 3BF1A 4K41A 4BG8A 4GNIA 3QMLA 1C0GA 1OKJA 3W0LA 3WXJA 2E2QA 4H5VA 5AQJA 2E88A 3O4WA 4HWIA 2QWPA 3WXIA 2V52B 4QS7A 3H1VX 1Z05A 3AARA 3FZHA 4RTFD 4MO4A 3EKUA 3A0IX 4ISEA 5KQDA 5ADXH 3VGKA 3OHRA 5AQLA 1KAZA 1RGIA 2A41A 3ENOA 3UKRA 4H5RA 3ENHA 5AQFA 3U8XA 1NGJA 2YJEA 4RWTA 3VEZA 3U9DA 1HLUA 2A5XA 5AQQA 2E2OA 3MN7A 1NMDA 1XUPO 3CERA 4PKHA 3LM9A 1KAXA 1WUAA 5AQTA 1K8KA 2Q31A 4QS9A 3O1WA 3UE5A 2D1KA 3CJAA 1JCEA 3CI5A 3AAQA 1T44A 2V51B 4CZGA 2QW9A 4CZIA 5LY3A 1QHAA 5AQMA 3DXMA 1DGKN 1X3NA 3FR0A 1XC3A 1YXQA 2F9TA 3KVGA 3MN5A 4Y0WA 3TPQA 3A5MC 3CQXA 3S41A 3DJCA 2P9SB 2A40A 4GY2B 3ID8A 1NGGA 4M7XA 3EZWA 4BRKA 3LL3A 4IO8A 2ASOA 5AQYA 4BGBA 3W3DA 2H3GX 4BRNA 2WUSA 3VF4A 1C0FA 3A8YA 4DB3A 1XQSC 4CZFA 1YVNA 2QWQA 1GLCG 1NGEA 4WQ4A 1V4SA 1LCUA 2E1ZA 4CJ7A 5BRDA 3I33A 2HMPA 2HF4A 3M3ZA 1HKCA 1RDWX 3FZKA 2Q1NA 3O1BA 4JD2A 3VENA 3C7NA 2VYPA 3HZ6A 4FWKA 4BRFA 3IFRA 1NGAA 4BRAA 1V4TA 2NRHA 1QQOA 1TUYA 4DQ8A 1S3XA 4A2AA 4BR0A 5AQNA 3U4LA 1BA1A 3FFKB 4H5TA 4ISGA 3FZLA 3CETA 4MLEA 3CHWA 3CJBA 2D0PA 2E1YA 4FOEA 2GUPA 1H1VA 5BREA 1HX1A 3ATUA 4CD3A 1ATNA 3VEYA 2AA4A 4BR5A 4E1JA 3EKSA 1ESVA 1NLVA 4LC9B 3UKRB 1Q18A 4H0OA 1HKBA 4IWVA 4CBUA 4F9OA 1HUXA 4BRGA 1NGFA 2EWSA 1NGIA 3L0QA 2E2PA 2P9PA 2YI1A 1TYQA 2YJFA 3I8BA 5AQXA 1U6ZA 3VEOA 1K8KB 1S22A 4BGAA 3VETA 3VF6A 3IMXA 4BRDA 3MCPA 3WQTA 3R8EA 2A6AA 4WQ5A 1X9JA 1LOTB 3DAWA 1BA0A 2F9WA 1T6CA 3FGUA 3TU5A 5BN8A 1MA9B 1T6DA 3ZETA 3DXMB 2E8AA 5BPLA 2QM1A 3H6EA 2HOEA 4WQ4C 3SMSA 4B1WB 3ZX0A 1EQYA 2A3ZA 2PAVA 5AQGA 2P9LA 4CZKA 4H03B 1D4XA 3GL1A 4IJAA 3L4IA 3AY9A 3ZX2A 3IUCA 5BN9A 4EAHD 5AQSA 3UKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AP1A 5CYQA 3SNNA 3ZYYX 4CI6A 4Z0UA 1QZ6A 4W5RA 4CK3A 2VCPA 4BVPA 1VQON 3QB0A 4OGEA 3WNEA 4EIAA 3TARA 5I42A 4BQLA 1MWKA 5ELZA 2PY5A 5BPNA 1RT4A 4ILGB 1DTQA 2ZE2A 3BEXA 3O9QA 2PYJA 3MXJA 1LW2A 4FWNA 4K43A 2YV0X 4H5NA 4RW7A 3DOKA 3OBWA 1S1VA 4FM1A 3PY8A 3OYJA 3KK1A 3U9ZA 1RFQA 4DTMA 4EZ9A 4K8XA 3PO5A 2JLEA 4MDAA 4C1NI 4MQ3A 1NJIO 2I7NA 4V19S 4DHYA 4KBOA 3G71N 5M1PA 4DQPA 4IKFA 2DFEA 1VSEA 3HPHA 5AFUA 5AQWA 4TSXA 4AF1A 1UOCA 3E01A 2Q0RA 4PL8A 3VQ9A 4M3WA 4AM6A 4FWMA 3MN9A 4CEQA 4FLUA 4PKIA 3AO5A 5BR8K 4PY5A 1KLMA 4CJQA 3HVTA 1DEJA 4DU1A 4FWSA 3D2EA 1RBUA 5AZJA 3F73A 2G8HA 3TSUA 1ZBSA 3TTCA 1NMNA 3EZ5A 4AHUA 1N32K 3DLHA 2F7TA 3L3UA 4F4KA 3KWGA 3CCJN 1HQUA 2ETJA 5GIPA 1XC9A 3PO4A 1N5YA 3LP2A 5F0XA 3T3FA 5KRSA 4BDZA 4FJHA 3UB5A 1EETA 4C8LA 1WSEA 4BE2A 4CCHA 2B4JA 3K9KA 1EX4A 2Z1JA 3NVKA 3N4PA 1LAVA 3ZCMA 4B9LA 4E19A 3BP8A 3K5OA 3ZEUB 1TUUA 4A62A 1XNQK 3IDHA 4BG9A 1JKHA 4JKCA 4BVOA 3AA5X 5J2MA 2QK9A 3C6TA 1TK0A 4HTLA 3LDNA 4FWRA 1S1UA 4PWDA 3CCMN 3HI0A 4I6MA 3V1RA 1WOQA 3WEEA 4ELTA 3ZT3A 1KD1O 4A59A 2P9KB 1IG9A 3ULDA 1IKXA 1QVFM 3ULEA 2ZGYA 2KTQA 5AQZA 3OS2A 4CGIA 1QTMA 5AZIB 3I56N 4DFPA 3QIOA 3H08A 3WXLA 3L8BA 4HUFA 4MLHA 4BR9A 3VF2A 1VAZA 1VSDA 1MWMA 2IVOA 4J2AA 4IJNA 3CC2N 4FJIA 4DSJA 4ISFA 3RSEB 4JI8K 2BUPA 1CZAN 1WSIA 2E5LK 3R6MA 4BDYA 4Z4HA 4CJEA 2HNDA 4KTZA 3PUFA 1KVAA 4CEEA 4FPBA 3CM5A 4CD1A 5GADP 2QKBA 3VERA 3EY1A 3LDQA 1U2VB 2Q36A 4E7IA 2FLOA 2Q2RA 3NVMA 4GKKK 3HRGA 1W97L 2KZMA 5J2NA 2KLAA 4BC3A 4JAXA 4JI1K 4BE0A 3DRSA 2OYQA 1BI4B 3AVBA 4K8ZA 2O4GA 5CYMA 1RTHA 4A2BA 1QZ5A 1FKOA 3PLAA 2OPPA 3O5BA 3H46O 2QI2A 3WXMB 1REVA 2P9UB 4H8KA 4FWQA 5KPRA 3SUQA 1KAYA 4JKEA 1S1WA 3S9HA 2F8SA 4FWOA 1ASUA 3GOIA 1XNRK 1KVCA 2V7YA 4DFKA 2IOCA 2OTJN 4RW8A 1D8YA 1IG8A 3V4IA 5FPMA 3DLBA 3C6UA 4JKFA 5EXWA 1GLFO 4L8RB 1NNEA 4DV3K 3DWLA 2EHGA 4FJKA 1RDAA 5FPDA 2PBDA 4MDBA 1GOBA 3CF5L 2Q0UA 3H1QA 1L3VA 2ZQBA 1WAJA 1ZBHA 3NF8A 2E20A 3TR8A 4K41A 3HK2A 4GNIA 3SJJA 1OKJA 3P38A 4QCLA 4LSLA 4CJKA 4PUOA 1DTTA 2E2QA 3THWB 2E88A 1B9FA 4A5BA 3HOTA 3CCLN 1YJWN 4HWIA 3L2WA 1HMVA 2OZMA 3WXIA 2V52B 3H1VX 1BQNA 1VK0A 4MO4A 3EKUA 3A0IX 4OO1J 3NFAA 1HYSA 3T19A 4K0KK 2DFHA 4DTJA 4EP5A 3ENOA 3UKRA 4H5RA 3ENHA 1X9MA 4YY3K 4JK7A 2A5XA 5LMNK 3P5JA 4DTUA 3DYAA 3SAFA 3CERA 1ASVA 3TTFA 1KAXA 3E66A 2WC9A 3UE5A 2D1KA 4OPHA 3CI5A 2E6MA 1T44A 3QEPA 4CZGA 3NH2A 4DU4A 1YI2N 4CFCA 3DRPA 4E7KA 4KREA 1RCHA 4DV5K 4E1MA 4W5QA 3KLGA 4B3TK 1O13A 4Y0WA 4B8CA 4FJ8A 3QEWA 3S41A 2HBMA 3M8QA 4FJNA 5JVGL 1RT2A 4IO8A 3THYA 4BGBA 2VWJA 4BRNA 1C1BA 4X64K 4FLYA 2HBJA 1HJRA 4CZFA 4FLWA 2QWQA 3HT3A 3TWHA 1N6QA 4WQ4A 4G9ZA 1RT1A 3RMCA 1SL2A 4DR4K 2YHBA 4O44A 4I9QA 3QINA 3VQQA 4YOVA 3VENA 2NRTA 3V9SA 4DSFA 3M8RA 4FWKA 3OYCA 1QQOA 3HOSA 4BR0A 3CFRA 2HB5A 3U4LA 1BA1A 3K2PA 2EX3A 3CETA 1VQ8N 1A5XA 3F5TA 3K5NA 3SV4A 3AO4A 1KLNA 4OPAA 2AA4A 1ESVA 4LC9B 4JV5K 1HKBA 4F9OA 3VQ6A 1X9SA 3RWUA 3VQCA 4Z4EA 3IAYA 4CHZA 5I3UA 2ATQA 1U6ZA 4FW1A 4FLTA 5J2QA 1Y97A 3VEOA 4JRQA 3LP1A 2BGGA 4KH4A 3HXMA 2A6AA 4WQ5A 4W5NA 2F9WA 3FGUA 3TU5A 4DKWA 1S72N 3M8SA 4M3YA 4DSIA 2RKIA 1VQMN 2VG7A 4DR5K 2RF2A 4WFAL 3SQ2A 4WQ4C 2YNHA 1JLFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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