5JICA

Staphylococcus aureus type ii pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
272
structure length
269
Chain Sequence
KVGIDAGGTLIKIVQEQRTFKTELTKNIDQVVEWLNQQQIEKLCLTGGNAGVIAENINIPAQIFVEFDAASQGLGILLKEQGHDLADYIFANVGTGTSLHYFDGQSQRRVGGIGTGGGMIQGLGYLLSQITDYKQLTDMAQHGDRNTIDLKVRHIYKDTEPPIPGDLTAANFGHVLHHLDADFTPSNKLAAVIGVVGEVVTTMAITVAREFKTENIVYIGSSFHNNALLRKVVEDYTVLRGCKPYYVENGAFSGAIGALYLEKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type II pantothenate kinase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Staphylococcus aureus (strain mw2)
total genus 95
structure length 269
sequence length 272
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03630 Fumble Fumble
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA01
3O1WA 1KAZA 3GOIA 2QWPA 4BGAA 3QB0A 5BPMA 1NMDA 2ASPA 3FFKB 5KPZA 3H3OB 4CZGA 5AQOA 4I6MB 2Q36A 3ZX2A 2CGLA 3CQYA 4H0VB 4B1ZA 5F2RA 1P8ZA 2IIRA 2QM1A 3CI5A 4QS8A 2VWBA 3HBTA 4CZJA 1DEJA 3EN9A 1SZ2A 3A5OC 4BG9A 3SMSA 3B8AX 3C7NB 2A6AA 3VEOA 3EKSA 1EQYA 2ZGZA 1ATSA 1TUUA 4JD2B 1KAXA 1XC3A 3R8EA 3GBTA 2NZTA 4QS7A 4BC3A 1HKBA 3VGKA 3WEEB 2E1ZA 4H0OA 5AQSA 2GUPA 3S41A 2A5XA 1NGCA 2Q1NA 3JXUA 4A61A 2OANA 5B8HA 3D2FA 3EO3A 1IG8A 3CJ7A 5BPNA 1BG3A 4CZMA 5AZJA 4BC2A 3LDQA 4XH5A 5AQXA 4BRFA 3CIPA 3QBWA 4NO7A 4FL9A 1NWKA 2KHOA 1J6ZA 5AQVA 2W40A 3OHRA 3L6QA 2NRHA 3LL3A 5FPEA 1NGDA 1NGFA 1ZC6A 2P9PB 3FZLA 4MLEA 2FF3B 4BQZA 1NGBA 3WT0A 3J8AA 1HX1A 2V7YA 3FGUA 4IJNA 3C0BA 5AQNA 2FF6A 1QQOA 4QS9A 5JICA 4B1UB 5AQTA 1G99A 2A41A 3UB5A 2P9NA 3AAQA 4FSVA 4O8KA 3ZEUA 3CJCA 2YHWA 4FWRA 3U9ZA 3O80A 1BUPA 5EY4A 4K43A 1IJJA 3QBXA 2P9SA 3A5NC 4BRHA 1V4TA 1X3NA 2ITMA 3MN6A 3VF2A 1GLFO 3WXLA 3LDLA 1U2VB 2UYTA 4BR0A 4M7XA 4Z94A 1C0FA 5AZIA 4CZFA 3CJBA 3AARA 4BROA 3CQXA 4FPBA 3HSCA 4NB4A 1ZBSA 3SK3A 2HOEA 5KQ8A 2NLXA 3H3NO 3ZETB 3GG4A 4A2AA 2V51B 4BRDA 3BP8A 3SJHA 3AY9A 2ZWHA 3DXMA 3IDHA 4CZEA 3O08A 1JCGA 1LCUA 1TYQA 4BRCA 1S3XA 4XH1A 2P9UA 3DWLA 1RGIA 4L3QA 4BRLA 2FSNA 3QICA 2A3ZA 3CHWA 3UKRB 2P9KB 1GLJO 4IWVA 3ID8A 1GLDG 3VEZA 4BREA 4I6MA 3A0IX 4CJ7A 1BWFO 3FZKA 3L4IA 5AQZA 4CBUA 5KQDA 2V52B 4PKIA 5EVZA 2Q0RA 3HI0A 3I33A 3AAPA 1BA0A 4DQ8A 1ATNA 4EHTA 3QFPA 4FWLA 2CH5A 2BTFA 3MN9A 4WYBA 2D1KA 5AQMA 3C7NA 1NGGA 1T6CA 1KXPA 4JD2A 5AQRA 4B1VA 4JNEA 2AA4A 3VF4A 2H3GX 4BGBA 4EFHA 5LY3A 3A5LC 3F9MA 3M1FA 3IUCA 3M6GA 5AQKA 3WEEA 1Z6RA 3I8BA 4BR7A 4BVOA 4FO0A 5KPRA 2GTDA 2P9LA 3UKUB 5KPTA 3KHYA 4MO4A 3DXKA 2QWQA 1MWMA 5JLFA 3GL1A 1MA9B 1TUYA 3FZHA 2QWNA 5F0XA 3EZWA 1CZAN 5LJVA 4CZKA 4RTFD 4Y0WA 3H1QA 4BVPA 5BRDA 4RCHA 2Q97A 1JCFA 2BUPA 3U4LA 2DPNA 4DCHA 2F9TA 2P9PA 4FOEA 4MLHA 2AP1A 3FE1A 1XQSC 3QFUA 4JN4A 2EWSA 1K8KB 1WOQA 1MWKA 3ATVA 3H46O 2PBDA 5FPNA 3FLCO 1H1VA 3O8MA 5BREA 1S22A 2D0OA 3H6EA 4B1XB 1GLBG 4CD3A 4K25A 3WXKA 1MDUB 3RSEA 2J4RA 3VPZA 5CE3A 3H45C 4H0YB 5JMVA 5AQWA 4E1JA 4A62A 2P9IA 3WQUA 1ESVA 4HTLA 1BOTO 2QXLA 4LC9B 4FOIA 1BA1A 5FPMA 2FLOA 2GEMA 4PL8A 4ISGA 3JS6A 5ADXH 1JCEA 4M63C 4MO5A 4B1YB 1SQKA 3D2EB 4IXCA 3EKUA 3VEXA 5AQUA 2HF3A 2F9WA 1KAYA 3ZETA 4JHDB 2D0PA 5AZJB 3CJ1A 4A2BA 2ZGYA 3O5BA 5BN9A 3EL2A 4EAHD 1R59O 1QZ5A 2QWLA 4GY2B 4BRKA 5JLHA 1NGHA 4K41A 2A42A 2E88A 1XUPO 4FWKA 1YUWA 4BRQA 3LM9A 3UKRA 3CERA 2P9KA 1ATRA 3ATUA 1HUXA 3GE1A 1NM1A 1BDGA 4CD1A 1Z05A 4BR5A 1RFQA 1SAZA 2P9NB 3MCPA 2CH6A 3HTVA 3CETA 3LDNA 3H1VX 1GLEG 1GLLO 2W41A 2CGJA 4FWNA 3D7EO 1YXQA 3WUHA 1DKGD 4H5TA 4BR2A 4BRGA 1T6DA 5E84A 2A40A 2CGKA 4KBOA 3U8XA 1GLCG 3A8YA 4BRAA 3CJ9A 1HPMA 3HM8A 5ADXA 3VEWA 3BEXA 4H5WA 4B9QA 1YVNA 4PKGA 5AZIB 3ULEB 3UKUA 3HZ6A 4PL7A 2GWKA 3VERA 4CZIA 2YHXA 3BF1A 3SMPA 5AQIA 2V7ZA 4B1WB 3MDQA 4HWIA 3TU5A 4AM7A 1QHAA 5FPDA 3ZX3A 3VETA 2E2NA 3W0LA 2GWJA 2ZF5O 1BO5O 3DXMB 3O4WA 3MMVA 1TYQB 3MN5A 2P9UB 3ZX0A 4H0TB 3ENHA 1T44A 4EHUA 1D4XA 4YDUC 3FZFA 3GDQA 2VYPA 2I7PA 2E1YA 4H0XB 2YJEA 4C23A 1K8KA 3IFRA 3WXJA 4CZLA 4DB3A 2YCHA 3SLCA 4WQ4C 2ASOA 2FXUA 4EIAA 5AQLA 3VEVA 3QDKA 4RWTA 5BN8A 3VGMA 4BR9A 2HF4A 4M7YA 3VEYA 1ZXOA 4IJAA 3BUZB 4J8FA 2FSKA 2YHYA 3LDPA 4ISEA 1NBWA 5E26A 1X9JA 1C0GA 4BR4A 5I9EB 5AQYA 3IMXA 3G25A 4WQ5C 4XH4A 3VESA 1NGJA 2D4WA 2PAVA 2IVOA 1Q18A 2P9LB 3D2EA 1X3MA 2ASMA 2Q2RA 3DXKB 4YDUA 3MK6A 4JHDA 2IVPA 3FZMA 5AQHA 4H5RA 3VOVA 5BRFA 4WQ4A 1U2VA 1E4FT 2Q31A 4O5FA 2E8AA 5AQJA 4CZHA 4BC5A 4PKHA 1GLAG 3L0QA 4CBXA 4BQLA 5BRHA 4K42A 3UE5A 3D2FB 4F9OA 3R9PA 1NLVA 4H5NA 5EXWA 1BU6O 4XEIA 4WQ5A 1HJOA 4BRNA 3MN7A 3TPQA 4BC4A 5BR9A 3A5MC 5AFUH 4AM6A 2GELA 4BRPA 1Y64A 1NGIA 3WQTA 5AQFA 3QMLA 2VCPA 1RDWX 3FR0A 3WXIA 3RSEB 4FWMA 2Q0UA 4H03B 3P4IA 2P9IB 1V4SA 4FPAA 5AQQA 3VGLA 4FWOA 4CI6A 2E2QA 3O1BA 4FWSA 3VENA 5EX5A 4FWQA 1HKGA 2FSJA 2E20A 4CBWA 3ZEUB 4BRMA 2YI1A 2QWMA 2HMPA 3LM2A 3ULEA 5LJWA 1OKJA 3W3DA 2QWOA 4BG8A 1QQMA 5ELZA 4H0PA 2P9SB 1QZ6A 1U6ZA 3ENOA 5AQGA 5BPLA 2IVNA 3VF6A 5TKYA 3CJAA 4GNIA 2QW9A 4DHYA 2E2OA 4JAXA 3BF3A 3KVGA 4IO8A 1NGAA 3LDOA 4IZ9A 3U9DA 2YJFA 3DAWA 1HLUA 1LOTB 5F1XA 2I7NA 5AQPA 1QQNA 1HKCA 4ISFA 3M3ZA 4FWPA 3R6MA 2E2PA 3O6WA 5AFUA 4BRIA 1E4GT 3KZBA 5EOYA 2WUSA 4H5VA 5AR0A 1DGKN 1WUAA 1NGEA 3DJCA 1YAGA 2QWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KAZA 3GOIA 4DF8A 3TTFA 4BGAA 4MQ3A 5BPMA 1NMDA 3FFKB 1N33K 4FJJA 1ITGA 4CZGA 5AQOA 3ZX2A 2CGLA 3VTIA 5IWAK 4DV1K 4CJKA 5F2RA 3DLRA 4WE1A 1P8ZA 2IIRA 3CI5A 3P31A 4QS8A 2VWBA 2HHQA 1DEJA 1LAWA 1WAFA 1SZ2A 3EN9A 2VQFK 4BG9A 3KLFA 2GX9A 1EKEA 3R8EA 1EQYA 2ZGZA 3AVAA 4JD2B 5GIOA 1KAXA 4JV5K 3GBTA 2NZTA 2XHBA 3G71N 1VSMA 2ZJQL 3WEEB 5GAEP 2YNGA 4M3TA 2NUBA 3RMCA 2Q1NA 3JXUA 1RDAA 4A61A 2OANA 3D2FA 5GINA 3NF8A 4DLEA 4F2RA 3VQAA 5DM7L 5AZJA 5HBMA 3LDQA 4DFPA 3T69A 4BRFA 2YV0X 2UXDK 2HHUA 4FLYA 4N41A 2UUAK 4JKAA 1BI4A 4CEAA 4FM1A 3OHRA 5CYQA 4MLEA 2FF3B 4IEEA 3LAMA 1NGBA 3FGUA 3C0BA 5AQNA 2P1JA 4QS9A 2Z1IA 1JL1A 3G0ZA 3CJCA 1RTJA 2YHWA 3O80A 4LSNA 4F8RA 3HP9A 4DS4A 2NRVA 4BRHA 1UAXA 1JLGA 4DFMA 3SUPA 1TL3A 1TKZA 4JKHA 4C8OA 4JI6K 1UOCA 1L3UA 1VSIA 4M7XA 5AZIA 4CZFA 3CJBA 3DOLA 3AARA 4M3ZA 1VK0A 3P5JA 1IO2A 4FPBA 2HOEA 5KQ8A 4A2AA 3SAHA 2V51B 3U6FA 1VQNN 5HRSA 2NRRA 3SQ2A 2OPPA 3HVTA 1LCUA 3V9SA 1S3XA 3OVNA 4DR6K 2FSNA 4F3OA 1B92A 3QICA 1L5UA 2A1RA 4E89A 3MXIA 2B6AA 1D5AA 4JI8K 3KK1A 4CBUA 3OBYA 1YITN 3AAPA 1BA0A 4LFBK 3O3HA 4FWLA 4ID1A 4WYBA 5AQMA 3T3FA 3K59A 1X9WA 3C7NA 3R3LA 1VQ8N 3UIQA 1T6CA 4B1VA 5AQRA 1HNIA 3SAFA 2O8CB 4EFHA 5LY3A 2QXFA 3M6GA 4DG1A 3F9KA 3ZYYX 4CGIA 3LP0A 5LL6Z 2VGNA 2NRWA 3SBTA 1N36K 4DR4K 3CM5A 3MX2A 3CFOA 4I9QA 3GL1A 4IFVA 1MA9B 1VQ7N 2QWNA 4DTRA 2OZMA 3DRPA 3ZSYA 1ASWA 3NAEA 4K8XA 3AVFA 4LH5A 3OS1A 3H08A 4Y0WA 3AVHA 1KFDA 2Q97A 4FM0A 2HBMA 4JKGA 4DV4K 2DPNA 4YOUA 4DCHA 4FOEA 1HNVA 2WTUA 4EP4A 1XQSC 3AO2A 4JN4A 2EWSA 3AO4A 1M1KO 1MWKA 5D3GA 4RG8A 3H6EA 1GLBG 3VQDA 3SJJA 4K25A 1NJWA 2J4RA 3VPZA 5AQWA 1M90O 1ESVA 4HTLA 3VQ6A 4JYAK 3ZSWA 1VSKA 2HBKA 3QEXA 3O9QA 4DTPA 3OYIA 4C8MA 4DQPA 3DOKA 2OZSA 4YOXA 1VSDA 2VWJA 3OYFA 3AVMA 2D0AA 3ZETA 2X6NA 1ASVA 4CGHA 1IKYA 4DLGA 1RTDA 3DYAA 3ZT4A 4WF9L 1QZ5A 4CEOA 1NGHA 4K41A 4W5OA 5J2QA 1YUWA 2P9KA 1ATRA 1QVFM 4YORA 1NM1A 3KKRA 1T7PA 3KIOA 1NOZA 1Z05A 4Z4FA 4IKFA 4KB0A 1JJ2M 1S1XA 2CH6A 1XWLA 3HTVA 3CETA 3H1VX 1GLEG 3ZT0A 5E41A 4CGGA 3BZKA 4CJFA 4PA1A 4JK8A 3D7EO 4BR2A 1JLFA 3KD5E 4DU3A 2PYJA 1GLCG 3CJ9A 5ADXA 4B9QA 1YVNA 3KLGA 3UKUA 1NK8A 1X1PA 4IFEA 3TAGA 1A5XA 3BF1A 5KGWA 5AQIA 4X65K 4B1WB 3SAGA 3O4QA 4HWIA 4AM7A 2PFUA 3BY5A 3V9ZA 3LAKA 3VETA 3HL8A 4NXMK 4JS4A 5DM6L 3OYGA 1Q9XA 4Y1DA 4H0TB 4YDUC 4AHTA 1FK9A 2I7PA 2E1YA 2G8VA 3IFRA 1RBTA 3SLCA 4DTOA 2FXUA 3NMUA 3LPUA 2D0BA 4KHUA 1FKPA 2OCEA 3CCSN 1QE1A 3FFIA 3TSUA 3VEYA 2HBLA 1L3VA 4B8AB 5H1SQ 5SWMA 4WFBL 1EWRA 3LDPA 1X9JA 4FJ5A 4O0IA 4AH9A 1HYZA 3IRXA 3LWLA 1ZBIA 2PAVA 1EXQA 2P9LB 3CD6N 4A5AA 1EETA 4FLUA 4IBNA 4YDUA 4DF4A 2XO7A 1RT5A 1C6VA 4FLTA 3SPYA 1LAVA 1TAQA 3FZMA 3BGRA 3VOVA 1N6QA 1E4FT 4DTNA 5CHIA 2E8AA 5AQJA 4FCYA 2IDOA 3MX5A 4M41A 3WNEA 4DWIA 4YOYA 1XNRK 4BDPA 2JWKA 3SCXA 2KFNA 3ALYA 5I3UA 1FXXA 2HB5A 4DQIA 3OY9A 5BR9A 3TAPA 4AM6A 2YX6A 1NK7A 2R7YA 3RSEB 2Q0UA 1XI1A 4H03B 4KTWA 5M1OA 5GAGP 3P4IA 2E2QA 4FWSA 4CGDA 4OLAA 2FSJA 3KK7A 3ZEUB 2QWMA 2OTJN 3LM2A 2F8SA 1QQMA 1SS6A 4G9ZA 5I42A 2AJQA 4Z0UA 4C8NA 1U6ZA 3CM6A 4LH4A 3QLHA 3VF6A 1U4BA 2PY5A 2QKKA 1QS4A 1TK5A 3THYA 3TAFA 1S1TA 4JS5A 1IKVA 1DTQA 2HNDA 2NNWA 1NGAA 2UXCK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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