5F2RA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amp-pcp
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 121
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-12-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f2rA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f2rA04
2AA4A 3O8MA 3A5OC 1LOTB 4BGBA 3GL1A 4FO0A 5E84A 4A62A 4PKHA 5KQDA 5EOYA 4CBXA 2UYTA 4BRGA 1ZBSA 2QXLA 3VF4A 1SQKA 2E2QA 4NO7A 5ADXA 3VEOA 5I9EB 3L4IA 4K41A 4K42A 3LL3A 2P9LB 1KAXA 3QICA 3QDKA 4CZHA 1WOQA 3CJCA 2P9LA 3WXIA 3FZKA 2A5XA 2EWSA 2Q31A 4ISGA 4RTFD 3CI5A 4EFHA 3FLCO 2NZTA 3A5NC 5AFUA 3M6GA 5CE3A 1R59O 2FSNA 4CZFA 3H45C 4B1UB 5AQZA 2YHWA 2ZF5O 4JN4A 4MLEA 3CIPA 1GLBG 3WT0A 3VGLA 4H5RA 2Q97A 4EHTA 3ID8A 2CGKA 3EN9A 3U9ZA 1CZAN 3D2EA 4PL7A 4H5TA 3CJ7A 1GLCG 3H46O 5BPMA 2GWKA 4RCHA 4BC3A 1H1VA 1NGBA 3O08A 4JD2B 1NGCA 1BA1A 2QWNA 3ZETB 4JD2A 2W40A 3ZETA 3LDOA 1P8ZA 2I7NA 3QBXA 4FWRA 2GTDA 3FFKB 4B1ZA 5BRDA 4F9OA 4FPBA 4HTLA 5JICA 2CH5A 3WXJA 4H0VB 5TKYA 3F9MA 1DKGD 1YXQA 5AQQA 4B1WB 4B1VA 1Y64A 1ZC6A 3U9DA 5EVZA 5BPNA 2HF4A 1Q18A 3VEXA 3IDHA 5AQJA 4WQ4A 1JCFA 2HF3A 4FWQA 5AQVA 4QS7A 2P9IB 1GLDG 4JAXA 2P9IA 4GY2B 3FE1A 3G25A 2CH6A 1YVNA 4CD3A 1XQSC 4FL9A 3QFUA 3DWLA 2V7ZA 3VEVA 1X3MA 2H3GX 2ZGYA 3DAWA 3S41A 4BQZA 4CBUA 5BRFA 1NMDA 4BVPA 1T6DA 4BRKA 4BR5A 3GBTA 4CZGA 5AQHA 4E1JA 3UB5A 1QHAA 3A5LC 3MDQA 4YDUA 2ASOA 3J8AA 3VESA 4BR0A 3MMVA 2ITMA 1NGFA 3QFPA 1ATNA 3AY9A 2QWMA 4B1YB 2AP1A 2GUPA 2IIRA 1NGDA 4A2AA 1NGAA 4H0PA 5AQYA 3DXKB 4Y0WA 2A40A 3C0BA 3DXKA 3MN7A 4CZIA 4CJ7A 2ZGZA 4H03B 2VCPA 3CQXA 3GDQA 4IWVA 5EY4A 4A2BA 1BUPA 2YCHA 3MN9A 4EAHD 2E8AA 2A6AA 3JXUA 4BR9A 5BR9A 5LY3A 5AQOA 3IFRA 2E1YA 5KPTA 2FF6A 1WUAA 2NLXA 3O4WA 3VEYA 3FR0A 2PAVA 2V52B 4PKIA 1E4FT 1Z6RA 1GLEG 2VYPA 3A5MC 2P9UB 3LDLA 3P4IA 1NGHA 2P9UA 3SLCA 5JLFA 4CZLA 5F0XA 1S22A 3VETA 1HKBA 3IUCA 1ZXOA 1ATRA 4AM7A 3WUHA 2QWQA 3BP8A 4WQ4C 5FPNA 4B1XB 3HTVA 4BREA 5AZIB 2QW9A 1GLFO 4XH1A 5AZIA 3L0QA 3W0LA 4K25A 3FGUA 3WEEB 2Q2RA 5BN9A 3WEEA 4H5WA 2FSKA 5AQWA 4WQ5C 3ZX0A 2QWRA 4BRLA 3L6QA 1MWMA 4BC2A 4H5NA 4FWNA 4Z94A 2GWJA 2NRHA 3LM2A 2P9KB 5KPZA 1BA0A 3KHYA 3SMSA 2P9KA 4FWKA 4YDUC 4BR4A 4BC4A 3ATVA 4BRHA 4DHYA 1NWKA 5AZJB 5AQSA 1NGGA 2E20A 3FZLA 1BDGA 3LDNA 3KZBA 1BO5O 4JHDB 5FPDA 1YAGA 3O80A 3BF1A 3BF3A 2OANA 5ADXH 4IZ9A 4CI6A 1TUYA 4BVOA 2WUSA 2V7YA 4LC9B 2E1ZA 5AQPA 1T44A 4IXCA 4EHUA 2E88A 2YI1A 3CJ9A 2FSJA 3A0IX 4CZJA 2Q1NA 3W3DA 5AFUH 1U6ZA 1NGJA 1DEJA 4H0TB 3I8BA 5BREA 3VERA 3SMPA 1JCEA 1Z05A 4PL8A 3QMLA 3VF2A 2DPNA 1HKCA 3EO3A 4BRQA 4EIAA 2FXUA 3D7EO 3R6MA 4BG9A 4CD1A 4IJAA 2FF3B 1K8KB 4ISEA 4DQ8A 4MO4A 3LDQA 5BN8A 2QM1A 3R9PA 5AQFA 1C0GA 1K8KA 3GE1A 2E2OA 1HX1A 3SK3A 5JMVA 5LJVA 4KBOA 1X3NA 2YHYA 3VGKA 4ISFA 3EKSA 3FZMA 4B9QA 2E2PA 3CERA 1TUUA 3B8AX 3CJ1A 4J8FA 1LCUA 4XH4A 4BGAA 3M3ZA 2IVOA 3SJHA 4RWTA 3QBWA 1NBWA 5JLHA 3HSCA 1RFQA 3D2FB 3FZHA 1RGIA 1RDWX 3UE5A 1G99A 2ASMA 4MLHA 1C0FA 3WQUA 3D2FA 1XC3A 1V4TA 3ATUA 4HWIA 1U2VB 3I33A 1U2VA 3AAPA 4C23A 2YHXA 4A61A 4CBWA 4BRNA 5AQTA 4BROA 2A41A 2ZWHA 1QQOA 3FZFA 1HLUA 4DB3A 3IMXA 4JNEA 4FWLA 3R8EA 1MDUB 4AM6A 1SZ2A 2A3ZA 2E2NA 4PKGA 4FPAA 3MK6A 1T6CA 3HI0A 1V4SA 3VEZA 4FWSA 1S3XA 4QS9A 2W41A 5BPLA 3HZ6A 1GLAG 3DJCA 3MN5A 2PBDA 3WXLA 5AR0A 3VOVA 3BEXA 1QZ6A 3WQTA 3MN6A 3AARA 3QB0A 4M7XA 4H5VA 4DCHA 5AQRA 1BU6O 1BWFO 2IVNA 3MCPA 4BC5A 1QQMA 3H1VX 4IO8A 5KPRA 5FPEA 5AQUA 5EXWA 3U4LA 4H0XB 1KAZA 3M1FA 3TPQA 3DXMB 4BRPA 3LDPA 4XH5A 4BRFA 2P9NB 5AQXA 2YJEA 3CQYA 3DXMA 2QWOA 3A8YA 2P9NA 1QZ5A 3ZX2A 2J4RA 2V51B 3O1BA 4O5FA 5AQKA 2YJFA 4FWMA 4FOEA 3UKUB 1NGEA 4O8KA 1KXPA 3UKUA 2QWLA 2F9WA 3ENOA 2CGLA 3VGMA 1ESVA 2VWBA 3OHRA 5AZJA 2P9SB 4CZMA 1DGKN 4L3QA 2P9SA 5EX5A 2I7PA 3EKUA 4K43A 4JHDA 3TU5A 4NB4A 1HPMA 2ASPA 3JS6A 3D2EB 4XEIA 2Q36A 4BRMA 5B8HA 5AQMA 1NM1A 3O6WA 3CJAA 3BUZB 4BRIA 4CZEA 2HOEA 1MWKA 3ZEUB 3WXKA 1GLLO 3ZEUA 5F2RA 3EZWA 4BR2A 1NGIA 3HM8A 3VEWA 1SAZA 4H0YB 2D0PA 4GNIA 2D1KA 1GLJO 2Q0UA 3O1WA 3ENHA 3RSEB 5E26A 3RSEA 1HKGA 3C7NB 4FWOA 5FPMA 1J6ZA 1XUPO 3C7NA 2FLOA 4MO5A 3H3OB 1YUWA 2D4WA 4BR7A 1TYQB 5AQLA 2P9PB 1TYQA 2P9PA 4FOIA 4I6MB 1E4GT 5AQIA 2QWPA 1OKJA 1ATSA 3H1QA 4H0OA 4QS8A 4WQ5A 4I6MA 2BUPA 2KHOA 1NLVA 3CJBA 1MA9B 3VF6A 4FWPA 1KAYA 3HBTA 4BRAA 4CZKA 3AAQA 5AQNA 1IJJA 1HUXA 1QQNA 3CETA 3KVGA 3GG4A 1D4XA 3ULEB 4BG8A 4BQLA 2A42A 3GOIA 2D0OA 3EL2A 3ULEA 1IG8A 2F9TA 5AQGA 1BOTO 2HMPA 1EQYA 1JCGA 3ZX3A 2BTFA 2GEMA 5BRHA 1X9JA 4WYBA 3UKRB 5ELZA 2CGJA 3H6EA 5LJWA 5F1XA 3UKRA 5KQ8A 4BRDA 3U8XA 2GELA 3VENA 3CHWA 1HJOA 3VPZA 4BRCA 4M7YA 3H3NO 1BG3A 4IJNA 4FSVA 3LM9A 4M63C 2Q0RA 2IVPA 3O5BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PY5A 3TARA 1C1BA 4GV3A 3E01A 4BWMA 3GL1A 3DRRA 4A62A 4PKHA 2A1SA 1DJTA 5C2FA 3ID6A 1ZBSA 2QXLA 5ADXA 1KD1O 2MZ0A 4DV3K 1NOZA 2N66A 2P9LB 3QDKA 1WOQA 2BRZA 2P9LA 4MDAA 4RTFD 3FLCO 2NZTA 1NJWA 4M45A 3RTVA 3DM2A 2FSNA 1QS4A 5LL6Z 4CGJA 1B3CA 1GOBA 3CMAN 4B1UB 1RDDA 3SQ2A 4OLAA 4MLEA 4CJUA 5KI6A 4Z4CA 4Y1CA 4AQYK 2E5LK 3G4SN 3KTQA 2LSNA 1BQMA 3LP1A 5KK4A 3MAQA 2OZSA 1S1XA 1CLQA 3ISNC 4JLHA 2QTDA 4H4MA 1YITN 1RT5A 3ZYYX 2GBZA 2LY5A 4BACA 1EX4A 1TKZA 3OYHA 2BDPA 4CCHA 4CF2A 3HOSA 3O9TA 3KK1A 3L4QA 4FLTA 2G8KA 3QBXA 4C8NA 3FFKB 3WNEA 4B1ZA 3F5TA 4R5PA 5BRDA 1I39A 2QA4N 4W5NA 4CVNE 1RT7A 4DTNA 5TKYA 1SL1A 5FRNA 5FLXO 5AQQA 3RVCA 4B1VA 1ZC6A 1IO2A 4KI6A 1WSFA 1N6QA 3PIOL 5K14A 2HF4A 3DLGA 2O8CB 5AQVA 2O8CA 4CHOA 3LP2A 4JAXA 2O4IA 3O4QA 4UJ0A 1PX9A 1RT2A 4GKJK 3CCEN 3VTIA 2UXDK 4AHSA 3JSMA 4DMNA 1NH5A 2B4JA 3S41A 1K6YA 4FJGA 2HNYA 5BRFA 4CHZA 5AQHA 3UB5A 1HNWK 1ZYVA 1T05A 3TAQA 4BR0A 3AO4A 1L4VA 4FW2A 1ATNA 1PTXA 4FJ9A 4DQRA 1KQSM 5HL7L 1NGDA 3VA0A 3T69A 3S3NA 2D0CA 2A40A 2ZGZA 4H03B 3T19A 3QESA 4IWVA 5HLFA 3AVMA 4A2BA 3C6HA 4C1NK 2YCHA 3LPUA 3P38A 3OYJA 2E8AA 5BR9A 3IFRA 2KYQA 1SUQA 2KZZA 4E1MA 4DQQA 1S1UA 4CEBA 3CCVN 2PAVA 3VQQA 4DSKA 4PKIA 4JI7K 3HP9A 3LDLA 4DFMA 4FK0A 2GMOA 1OH6A 4KREA 4KFBA 2I5JA 3LANA 3CFPA 3VETA 4O0IA 1B9DA 3SQ1A 1NK6A 2HMIA 3SAGA 2G8WA 1BRZA 4OGEA 1D9FA 3WUHA 3VQ5A 2C1IA 5GADP 5FPNA 4B1XB 2B3CA 3HTVA 4C8MA 3PLAA 3OYMA 1YVUA 4OLBA 3L0QA 3SUQA 3WEEB 2F7TA 3QEIA 4FZXC 3WEEA 2FSKA 3ZX0A 3OS2A 4DSFA 4CJ4A 3L6QA 3TANA 3C6UA 3ZCMA 3AVGA 1SN1A 3DRSA 2P9KB 5KPZA 2P9KA 4FWKA 4BR4A 5DM6L 5DMRA 4CIGA 4OPAA 2D0BA 4BRHA 3CM6A 1KFSA 2E2FA 1ZBLA 5AZJB 4QAGA 2K35A 1RDCA 5CR4A 1WT7A 2HNZA 1VQ4N 4EP4A 3O9UA 1QSYA 4JHDB 4FYDA 5FPDA 4LSNA 1HYSA 4F3TA 3BF3A 4IBNA 1EP4A 4BVOA 2WUSA 2HHQA 1BIUA 1HR0K 2E1ZA 4JKHA 1RTHA 3C94A 3OTOK 1KCFA 2YI1A 4E7JA 3RR8A 5AFUH 4V19S 3VQ4A 2LY6A 4JK9A 3T1HK 3VERA 2JWLA 3AGKA 4DF8A 3LDSA 2GV9A 3LALA 3SPYA 3VF2A 4BDPA 2FBYA 1NK9A 1FH3A 4B9MA 3MX5A 3LAMA 4ISEA 4O8UA 4DQ8A 3LDQA 2QM1A 3R9PA 1JLQA 3SK3A 5LJVA 3TAEA 1VAZA 5JVHL 2KKZA 3VGKA 2X74A 3FZMA 4B9QA 3CERA 4XJXA 3CJ1A 1XRSB 2QEXN 2N2QA 2YIOA 4BGAA 3KD5E 4LFAK 3KOWA 1I6GA 1CZBA 3QBWA 3TSUA 4ICLA 4HUEA 3UE5A 4FJ7A 3WQUA 1XC3A 3C95A 4HWIA 4LF4K 4DG1A 4GV6A 1FKOA 3I33A 1BL3A 4J2EA 4B9VA 3JYTA 2D5RA 4CBWA 1RDBA 1QSLA 2NRXA 4BROA 1B7DA 4Y1DA 1QQOA 3CXCM 3MEGA 2A1RA 3AVNA 3ZT3A 4N47A 1XNQK 2ASCA 2JWKA 5C25A 4KKOA 1VQ5N 2A3ZA 4CW7B 5C10A 1IV0A 1RT4A 4OJRA 4I9LA 5BPLA 4OPJA 3DJCA 3WXLA 2PBDA 4E7LA 4M3UA 3LP0A 3TTFA 4O4GA 3AARA 1Q7YO 2BGGA 3ZT4A 4KAZA 4BC5A 3MCPA 4DLEA 1VSMA 4CEDA 4CF8A 5C2DA 1JXBA 5KPRA 1VSFA 3U4LA 1CZ9A 2ETJA 4BRPA 3DXMB 3LDPA 4YORA 3OYFA 5AQXA 3DXMA 5LMNK 2YHBA 3NF7A 3SZ2A 4ZTJA 4UY8O 2YX6A 3VQ9A 2V51B 3OYKA 4CJSA 3UKUB 3G10A 1NGEA 4RG8A 2LJMA 1KXPA 3UKUA 1TL1A 2QWLA 2F9WA 4M3TA 1XC9A 3DOLA 3VGMA 2X6NA 3OHRA 2W6LA 2LKBA 3V6DA 5EX5A 3HK2A 1UAXA 3ZSWA 4CHNA 5C12A 1BIZA 1HMVA 3DLKA 1HPMA 2VWJA 1BQNA 4KHSA 5B8HA 5AQMA 1NM1A 3CJAA 4B8CA 4BRIA 4CZEA 3K5LA 4A5BA 1NJYA 2ATQA 3KP0A 1FW6A 1HYVA 4MQ3A 1MWKA 3ZSYA 3EZWA 2HBMA 3L8BA 4LFCK 4BR2A 3UIQA 1VHXA 3AVHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PY5 A;  3TAR A;  1C1B A;  4GV3 A;  3E01 A;  4BWM A;  3GL1 A;  3DRR A;  4A62 A;  4PKH A;  2A1S A;  1DJT A;  5C2F A;  3ID6 A;  1ZBS A;  2QXL A;  5ADX A;  1KD1 O;  2MZ0 A;  4DV3 K;  1NOZ A;  2N66 A;  2P9L B;  3QDK A;  1WOQ A;  2BRZ A;  2P9L A;  4MDA A;  4RTF D;  3FLC O;  2NZT A;  1NJW A;  4M45 A;  3RTV A;  3DM2 A;  2FSN A;  1QS4 A;  5LL6 Z;  4CGJ A;  1B3C A;  1GOB A;  3CMA N;  4B1U B;  1RDD A;  3SQ2 A;  4OLA A;  4MLE A;  4CJU A;  5KI6 A;  4Z4C A;  4Y1C A;  4AQY K;  2E5L K;  3G4S N;  3KTQ A;  2LSN A;  1BQM A;  3LP1 A;  5KK4 A;  3MAQ A;  2OZS A;  1S1X A;  1CLQ A;  3ISN C;  4JLH A;  2QTD A;  4H4M A;  1YIT N;  1RT5 A;  3ZYY X;  2GBZ A;  2LY5 A;  4BAC A;  1EX4 A;  1TKZ A;  3OYH A;  2BDP A;  4CCH A;  4CF2 A;  3HOS A;  3O9T A;  3KK1 A;  3L4Q A;  4FLT A;  2G8K A;  3QBX A;  4C8N A;  3FFK B;  3WNE A;  4B1Z A;  3F5T A;  4R5P A;  5BRD A;  1I39 A;  2QA4 N;  4W5N A;  4CVN E;  1RT7 A;  4DTN A;  5TKY A;  1SL1 A;  5FRN A;  5FLX O;  5AQQ A;  3RVC A;  4B1V A;  1ZC6 A;  1IO2 A;  4KI6 A;  1WSF A;  1N6Q A;  3PIO L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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