5F2RA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amp-pcp
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 121
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-12-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f2rA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f2rA04
4KBOA 3VENA 4H03B 1NGHA 1BOTO 3GDQA 1CZAN 2E20A 2E2QA 1ZBSA 2PAVA 2Q36A 3JS6A 1X3NA 2H3GX 3FZMA 3FFKB 1K8KA 4JD2A 3ID8A 3ZETB 4EFHA 1BA1A 1KAYA 4BVOA 5KPTA 1NBWA 5KPZA 3IUCA 2P9LB 5AFUA 2D0OA 5I9EB 1GLAG 3H46O 1LCUA 2FLOA 3DXMB 2A3ZA 2GUPA 1NGCA 3GG4A 5FPMA 1XUPO 4BR9A 4DCHA 3DXKB 5F2RA 4BRHA 4Z94A 3GE1A 5EY4A 1XC3A 1RGIA 5AQNA 1C0GA 1GLEG 4CZMA 5AQGA 3H3OB 4BG8A 1C0FA 2ZGZA 4MLHA 4BRNA 4DB3A 3R6MA 4FPAA 3ZX2A 3UKRB 2QWRA 4XEIA 3C7NB 4H5WA 5AFUH 2P9PB 3B8AX 4BGBA 4M7YA 4BREA 3I8BA 1Q18A 3QMLA 3ULEA 3VEWA 1P8ZA 4QS8A 1QQOA 3VPZA 4H0PA 2J4RA 1X9JA 4FWMA 1NLVA 2YHXA 1HJOA 4JAXA 2W40A 1TUUA 2DPNA 4H0YB 1Z6RA 1LOTB 4H5TA 2QWOA 4O8KA 5FPEA 4PKIA 3S41A 4AM6A 5FPDA 3DXMA 3FE1A 1SAZA 2E2NA 1NGIA 3IDHA 3H3NO 3W3DA 1ATNA 2CGJA 4PKHA 3R8EA 3WXLA 4DHYA 4FWNA 3FZLA 2YI1A 3D7EO 4RCHA 5AQZA 4BROA 3FGUA 2A6AA 1D4XA 5BPMA 4HWIA 3BUZB 3VGKA 5KQ8A 1K8KB 4BRKA 3UKRA 4CZIA 1MA9B 2D4WA 4JD2B 3CJBA 3CJAA 2P9IA 2Q0RA 4BGAA 3LDOA 3GOIA 4XH5A 3BEXA 1RDWX 4C23A 1NMDA 2GWKA 3HZ6A 4BR4A 3UB5A 5EVZA 5BR9A 4CZLA 1ATRA 1JCGA 5BRDA 3MN7A 2P9NA 2E8AA 2A41A 3WXJA 3M1FA 5AQSA 4Y0WA 1QQMA 1KAZA 4JNEA 3D2FA 4H5NA 3O08A 4BC3A 3IMXA 2Q97A 4FWLA 4BC4A 2OANA 2Q1NA 3TU5A 3UE5A 3CJ7A 3AARA 4BC5A 3LDPA 3JXUA 1Z05A 3BF1A 2P9UA 3ULEB 2WUSA 4BRDA 1YVNA 2YHYA 3MK6A 3KHYA 4JHDA 4GY2B 1DGKN 3FLCO 1SZ2A 5LJVA 3O6WA 5LY3A 1GLFO 1BA0A 4CZHA 3O1WA 3CI5A 3OHRA 2YJEA 4BRAA 4BRIA 4A2BA 4MLEA 4YDUC 3CETA 4LC9B 4YDUA 1JCEA 1WOQA 2CGLA 2GELA 2NRHA 3BP8A 1MWMA 1HKBA 3HM8A 1H1VA 1YXQA 3QFPA 4PKGA 3O5BA 5AZIA 4EHUA 4WYBA 5EXWA 3ENOA 2ASOA 1IG8A 2V51B 3SLCA 1TYQA 3VF6A 5EOYA 3VETA 3MN6A 4XH1A 3U8XA 3WXKA 3A5OC 4H0OA 1EQYA 2AA4A 3DAWA 2E1ZA 5BN8A 4B1YB 3HTVA 4EAHD 2P9IB 2Q2RA 4EIAA 3G25A 2UYTA 3KZBA 3U4LA 2F9TA 2P9SA 2NLXA 1QHAA 1V4SA 2QWLA 4M63C 1S22A 3SMPA 3TPQA 2P9NB 3CIPA 3QBWA 4BVPA 2I7PA 2IVPA 3EKUA 3U9ZA 3CQYA 4IXCA 3D2FB 2Q31A 3LDLA 5BRFA 1NGDA 4K42A 5BPNA 4PL8A 4QS9A 4FWRA 1U2VB 2KHOA 3VESA 3WXIA 1GLJO 3CJCA 2IVNA 1S3XA 2HF3A 3MN9A 2QWMA 1V4TA 3LM2A 4QS7A 4CBUA 2P9UB 1HKGA 1YAGA 4NB4A 5AQWA 4EHTA 5EX5A 5ADXA 4JHDB 3F9MA 4BRGA 4CI6A 3L0QA 4FOIA 4H0TB 1HLUA 2A42A 2QXLA 5AQPA 3ZEUA 1R59O 5AQLA 4BQLA 3LDQA 4FSVA 2VWBA 4CZJA 2I7NA 2GTDA 2V52B 2HMPA 3CJ9A 5ELZA 1ZXOA 3L6QA 3VF4A 4WQ5C 4F9OA 5AQOA 4BRMA 4WQ5A 5LJWA 3I33A 2Q0UA 4FPBA 5ADXH 5AZIB 1WUAA 1NGBA 1KXPA 3H1VX 2D1KA 1TYQB 2CH5A 2QM1A 3VOVA 1IJJA 4K41A 4MO4A 1GLBG 1E4FT 1NGGA 3EZWA 4K25A 5CE3A 3RSEA 3HSCA 1NGJA 3VEZA 1U2VA 1GLDG 2CH6A 4H5RA 3R9PA 5KPRA 4IO8A 4CZEA 3VEVA 2VCPA 1NM1A 2P9SB 3H1QA 4BR7A 3A5NC 3ATVA 2BUPA 2EWSA 3QDKA 1DKGD 4XH4A 3W0LA 5AQIA 2V7ZA 1ESVA 4CZGA 3EN9A 3QFUA 2QWPA 3FZKA 1HKCA 4JN4A 5AQYA 4WQ4C 4WQ4A 3SK3A 4PL7A 2ZGYA 2BTFA 4CJ7A 1NGEA 1OKJA 3QBXA 1DEJA 3VF2A 3VGMA 4I6MB 3GBTA 3O4WA 2FSJA 3UKUB 1KAXA 5FPNA 3DJCA 3MDQA 4CD3A 2FXUA 1BU6O 1TUYA 4BC2A 4BRPA 3J8AA 3MCPA 4H0VB 2A5XA 2VYPA 1SQKA 4B1UB 5JICA 4RWTA 4K43A 4ISGA 4MO5A 4B1WB 3M3ZA 3O1BA 3WT0A 5AZJB 2E2OA 1BDGA 2FSKA 3U9DA 3ZEUB 3D2EA 1JCFA 4L3QA 5F0XA 4IZ9A 4BG9A 4CZKA 3AAQA 3EKSA 5AQMA 2FF3B 1T6DA 2ITMA 1Y64A 3VERA 2D0PA 2PBDA 3MN5A 5E84A 4IJAA 4B1VA 2F9WA 3LM9A 3BF3A 4RTFD 1J6ZA 2GWJA 3CJ1A 4A62A 4FWOA 4FWSA 3CHWA 2QW9A 2GEMA 4B1XB 4BRCA 3KVGA 4CD1A 5BN9A 3WUHA 2P9KB 2YHWA 3VGLA 5AR0A 1NWKA 1XQSC 2IVOA 3MMVA 3VEYA 5JLFA 4CBWA 1T44A 4DQ8A 5AQHA 3M6GA 2A40A 3RSEB 3WEEA 4J8FA 2CGKA 4BRLA 5TKYA 4I6MA 2V7YA 5F1XA 3UKUA 5BRHA 5JLHA 1X3MA 1ATSA 5KQDA 4H0XB 1HPMA 2QWQA 4BRFA 4A61A 3L4IA 4FO0A 1MDUB 1QQNA 5AQUA 1GLCG 5B8HA 3IFRA 1YUWA 3FZFA 5AZJA 4FL9A 3ZETA 3VEOA 3WQTA 2P9LA 2ZF5O 4CBXA 1MWKA 5BREA 2NZTA 5BPLA 3ENHA 3CQXA 5AQFA 3FZHA 5AQXA 1RFQA 3VEXA 1QZ5A 2W41A 3GL1A 4B9QA 4CZFA 3DXKA 3EO3A 3ZX0A 4H5VA 5AQTA 3C0BA 5JMVA 3AY9A 3AAPA 5AQJA 3LDNA 1U6ZA 1HX1A 2E2PA 1G99A 4M7XA 4HTLA 5AQVA 2P9KA 2FSNA 4GNIA 3ATUA 2E1YA 4BR0A 1BO5O 3C7NA 3A5MC 3A5LC 2P9PA 2AP1A 2YJFA 2ASMA 4BQZA 1GLLO 1HUXA 1QZ6A 1BG3A 5AQQA 1BUPA 3H45C 5E26A 3D2EB 2ZWHA 4FWKA 4O5FA 3QICA 2ASPA 4FWQA 3O8MA 1E4GT 3P4IA 1BWFO 4B1ZA 3HI0A 3H6EA 4BR5A 3HBTA 3WQUA 4E1JA 4NO7A 5AQKA 3SMSA 1NGFA 3ZX3A 2E88A 4FWPA 4A2AA 4IJNA 2FF6A 4IWVA 4BR2A 2HOEA 4BRQA 3EL2A 3QB0A 3DWLA 3LL3A 1NGAA 3CERA 4AM7A 3A8YA 3O80A 1ZC6A 4ISEA 5AQRA 2IIRA 2HF4A 3SJHA 1T6CA 2YCHA 3WEEB 4ISFA 4FOEA 3FR0A 2QWNA 3A0IX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VRTA 1VRUA 4FJ7A 3TTFA 1I94K 4F4KA 3JS6A 2H3GX 2VGMA 3FFKB 3ID8A 4EFHA 1BA1A 5KPZA 4BVOA 1S1UA 1NBWA 1TV6A 2D0CA 3ZSWA 5HLFA 5AFUA 1GLAG 4C1NI 3OYFA 3K5OA 4LFCK 1YVUA 1LCUA 3DXMB 4OLBA 2GUPA 1S9GA 5FPMA 1WB9A 4HHFA 4BR9A 1T1TA 3DXKB 1SEGA 4KB1A 1CN2A 1C0GA 3TWHA 4CZMA 4TSXA 3CC2N 1WSHA 3C6AA 2YIOA 3CM6A 4W5NA 5H1SQ 2D5RA 3E1YA 3BY5A 3SAHA 3UKRB 2QWRA 4K8XA 4BREA 4H5WA 2NRRA 3I8BA 1Q18A 3VQEA 1IKYA 3AVAA 4CGJA 2O8FB 4RW4A 4C8KA 1QSLA 1HPZA 1LQQA 1XNQK 1HJOA 1HYZA 2FBTA 4E1NA 1NK8A 2DPNA 4DSLA 2HHQA 2Z1JA 3AVNA 2QWOA 4PKIA 3THVA 2ZJRL 5FPDA 5FRNA 3LZIA 3LP2A 3W3DA 1VQ8N 4C8MA 4O8UA 2CGJA 2G2KA 4PKHA 3S9HA 1JXEA 1RT6A 4N76A 3FZLA 5EU7A 1S6PA 3D7EO 2DFEA 3QNNA 5AQZA 3TSQA 4C8LA 1T7BA 1C1AA 4NXMK 3IAYA 2A6AA 4DKWA 3BUZB 2DFFA 4JI1K 3VGKA 1J54A 4CZIA 1NRAA 1MA9B 4JD2B 3CJBA 4AHTA 2Q0RA 1QSYA 2RF2A 2G8KA 3L3UA 4C23A 1NKEA 2IC3A 1ITGA 2UXBK 3VQAA 4JI6K 4CZLA 5BRDA 2E8AA 3WXJA 3SQ2A 1C1BA 3KK1A 4LSNA 1MU2A 3AO5A 1CXQA 4DTSA 2HHWA 3DOLA 4H5NA 3O08A 3NMUA 4HCCA 3ZSZA 2OANA 3G6EN 3TU5A 3V9UA 1WBDA 3KD5E 3AARA 2YNHA 4BC5A 1WAJA 4DTJA 2P9UA 2WUSA 1NPIA 4BRDA 2G8VA 3MK6A 2E6LA 3CCUN 1DGKN 3CD6N 1GOBA 4CK1A 1SZ2A 3K59A 5LJVA 3DLLL 3N4QA 1HR0K 1GLFO 4F2RA 4KTQA 3KLHA 3MAQA 3IRXA 2XHBA 1ZVGA 3NGYA 4J2AA 4BRIA 3CETA 3L2VA 1Y97A 1IKXA 3L2WA 3QLHA 1HKBA 3HM8A 4GV6A 4B8AB 5GINA 3QFPA 4PKGA 3O5BA 4WYBA 5C24A 1T05A 3KD1E 3QIOA 4CJRA 2NRWA 1AYJA 2KJAA 5EOYA 5JVGL 4OVLA 2O8DA 2UXCK 3E7UX 3LWMA 1RBVA 3C95A 1EQYA 2GBZA 5A2QO 1NH5A 3NGZA 3S3MA 4W5RA 1DQ7A 4R79A 4KYPA 3HJFA 1U49A 3TSUA 4DTXA 1S22A 3SMPA 3H08A 3CC7N 1B9DA 4CJVA 4IKFA 2P9NB 4QCLA 4JI2K 2JWKA 3QBWA 2HMIA 3EKUA 3VQ4A 4YNQA 3LDLA 2W42A 5BRFA 1N8RO 4K42A 1U2VB 1KVBA 1SN1A 3VESA 3WXIA 1GLJO 4DV4K 4Q0BA 4QS7A 1S3XA 1JL2A 3OYBA 3KP0A 2LJMA 4DSFA 4EHTA 4AF1A 4LFAK 3ZSRA 4F8RA 2GV9A 3DLKA 4DV6K 4DQQA 5HL7L 2O4IA 3QI7A 2HW3A 1NJYA 3PY8A 1VQMN 1O1WA 3SJJA 2ZD1A 3CW4A 4FSVA 4LF4K 3ZCMA 1CXUA 2A1SA 1A5VA 2V52B 4WCEL 4X65K 3N4PA 3NH2A 3CJ9A 5ELZA 4LSLA 5JS1A 1BIUA 1L5UA 4CGGA 4U67L 4DF8A 3VF4A 4CF9A 1U04A 4CEEA 4F9OA 4R5PA 4PQUA 2AJQA 4WQ5A 2KBKA 3K9KA 5AZIB 4DV5K 5M1PA 4C1NK 1NGBA 4KH4A 1YIJN 2CH5A 3VOVA 1IJJA 4Z4CA 4K0KK 4X64K 2B4JA 3OS2A 1GLBG 1Z26A 4HUEA 4AEIA 3SUNA 1I3AA 5HRRA 3HRGA 1VQON 4DR6K 5KGWA 4DR1K 1GLDG 2CH6A 2VY6A 2YNGA 3I8DA 3NCIA 4FLUA 1NM1A 1BCMA 2W6KA 1DKGD 4XH4A 5GADP 3CPWM 4BE0A 3F73A 3B6PA 1J5OA 2IOCA 1NRBA 2B68A 4CF0A 4CIFA 1SL2A 1NJIO 2E5LK 1J5EK 1FK9A 3KLGA 3V81A 3L2QA 3QBXA 4G9ZA 4FJ8A 3VGMA 2O8EA 3GKUA 2X78A 1GPSA 4V19S 2MBKA 2RKIA 3MDQA 1OZZA 2RN2A 2A5XA 1SQKA 2N2QA 2WFBA 2WTUA 3TAPA 2FSKA 2R7YA 1PX9A 1LAVA 3KKRA 3ZEUB 4JV5K 4FLYA 3EKSA 4FJ9A 3U3YA 4O0IA 4MFBA 1Y64A 1TK8A 1VSKA 2D0PA 4CEBA 2O8CB 1SV5A 3SPZA 4BWMA 1GOAA 1ZYWA 3T7ZA 3RTVA 1HQEA 3SUOA 1NK4A 1QVGM 3PSFA 4OX9K 1D9DA 1J6ZA 1HRHA 5DM6L 3CHWA 4B3TK 4B9SA 2QW9A 2GEMA 2JWLA 4B1XB 4BRCA 1TGOA 2OZSA 5BN9A 3P39A 1I2UA 4BDPA 3NE6A 4DQ8A 4B9LA 3VQPA 2A40A 2NY9X 3KK3A 3EYZA 3K5MA 4GMJB 1TK5A 3KK2A 4XJXA 5BRHA 4DF4A 4W5OA 1YTUA 1ZBHA 4UAEF 3K5LA 2F8TA 4H0XB 1XHZA 4KRFA 5LMNK 4DSIA 2LKBA 3MX2A 3IG1A 3V9SA 3O9SA 1QQNA 3MEGA 1GLCG 3ZT3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3FZF A;  5AZJ A;  4FL9 A;  3ZET A;  3VEO A;  3WQT A;  2P9L A;  2ZF5 O;  4CBX A;  1MWK A;  5BRE A;  2NZT A;  5BPL A;  3ENH A;  3CQX A;  5AQF A;  3FZH A;  5AQX A;  1RFQ A;  3VEX A;  1QZ5 A;  2W41 A;  3GL1 A;  4B9Q A;  4CZF A;  3DXK A;  3EO3 A;  3ZX0 A;  4H5V A;  5AQT A;  3C0B A;  5JMV A;  3AY9 A;  3AAP A;  5AQJ A;  3LDN A;  1U6Z A;  1HX1 A;  2E2P A;  1G99 A;  4M7X A;  4HTL A;  5AQV A;  2P9K A;  2FSN A;  4GNI A;  3ATU A;  2E1Y A;  4BR0 A;  1BO5 O;  3C7N A;  3A5M C;  3A5L C;  2P9P A;  2AP1 A;  2YJF A;  2ASM A;  4BQZ A;  1GLL O;  1HUX A;  1QZ6 A;  1BG3 A;  5AQQ A;  1BUP A;  3H45 C;  5E26 A;  3D2E B;  2ZWH A;  4FWK A;  4O5F A;  3QIC A;  2ASP A;  4FWQ A;  3O8M A;  1E4G T;  3P4I A;  1BWF O;  4B1Z A;  3HI0 A;  3H6E A;  4BR5 A;  3HBT A;  3WQU A;  4E1J A;  4NO7 A;  5AQK A;  3SMS A;  1NGF A;  3ZX3 A;  2E88 A;  4FWP A;  4A2A A;  4IJN A;  2FF6 A;  4IWV A;  4BR2 A;  2HOE A;  4BRQ A;  3EL2 A;  3QB0 A;  3DWL A;  3LL3 A;  1NGA A;  3CER A;  4AM7 A;  3A8Y A;  3O80 A;  1ZC6 A;  4ISE A;  5AQR A;  2IIR A;  2HF4 A;  3SJH A;  1T6C A;  2YCH A;  3WEE B;  4ISF A;  4FOE A;  3FR0 A;  2QWN A;  3A0I X; 
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 1VRT A;  1VRU A;  4FJ7 A;  3TTF A;  1I94 K;  4F4K A;  3JS6 A;  2H3G X;  2VGM A;  3FFK B;  3ID8 A;  4EFH A;  1BA1 A;  5KPZ A;  4BVO A;  1S1U A;  1NBW A;  1TV6 A;  2D0C A;  3ZSW A;  5HLF A;  5AFU A;  1GLA G;  4C1N I;  3OYF A;  3K5O A;  4LFC K;  1YVU A;  1LCU A;  3DXM B;  4OLB A;  2GUP A;  1S9G A;  5FPM A;  1WB9 A;  4HHF A;  4BR9 A;  1T1T A;  3DXK B;  1SEG A;  4KB1 A;  1CN2 A;  1C0G A;  3TWH A;  4CZM A;  4TSX A;  3CC2 N;  1WSH A;  3C6A A;  2YIO A;  3CM6 A;  4W5N A;  5H1S Q;  2D5R A;  3E1Y A;  3BY5 A;  3SAH A;  3UKR B;  2QWR A;  4K8X A;  4BRE A;  4H5W A;  2NRR A;  3I8B A;  1Q18 A;  3VQE A;  1IKY A;  3AVA A;  4CGJ A;  2O8F B;  4RW4 A;  4C8K A;  1QSL A;  1HPZ A;  1LQQ A;  1XNQ K;  1HJO A;  1HYZ A;  2FBT A;  4E1N A;  1NK8 A;  2DPN A;  4DSL A;  2HHQ A;  2Z1J A;  3AVN A;  2QWO A;  4PKI A;  3THV A;  2ZJR L;  5FPD A;  5FRN A;  3LZI A;  3LP2 A;  3W3D A;  1VQ8 N;  4C8M A;  4O8U A;  2CGJ A;  2G2K A;  4PKH A;  3S9H A;  1JXE A;  1RT6 A;  4N76 A;  3FZL A;  5EU7 A;  1S6P A;  3D7E O;  2DFE A;  3QNN A;  5AQZ A; 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