5F2RA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amp-pcp
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 121
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-12-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f2rA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f2rA04
3O1BA 2P9UA 3RSEA 2A3ZA 4QS9A 4JD2B 3HSCA 1R59O 5AQPA 3H3NO 5F0XA 1NGAA 2Q2RA 3ATUA 4BRGA 4CZJA 4JHDA 3VEYA 1BA0A 1U6ZA 2DPNA 4CZMA 3IDHA 3LDNA 3ULEA 3QICA 3KZBA 1KAXA 2AP1A 3SMSA 3BEXA 3VEOA 2YHWA 1NMDA 4HTLA 4FWQA 3ZEUB 4Y0WA 3IMXA 4NO7A 3LM9A 4BVOA 4K25A 4FWMA 3S41A 5BPMA 5AQVA 1DGKN 1GLEG 3WEEA 4BRNA 4ISFA 4ISEA 3O1WA 3VF4A 3FZHA 1ZXOA 2FLOA 2P9UB 3RSEB 5JLHA 1Z05A 2Q0RA 1KAZA 4GY2B 3LDQA 4IO8A 2BTFA 2GTDA 3QDKA 1YAGA 3U9ZA 3UKUA 1WUAA 2A42A 2H3GX 4FL9A 1NGHA 5EVZA 4A61A 1JCFA 4BRFA 4EHUA 4FWNA 3CJBA 5KPTA 2HF4A 4B1UB 3O4WA 1Q18A 3AAQA 2E1YA 1HKGA 4WQ5C 3B8AX 3ZX2A 3QFPA 1HX1A 3WXKA 5AQWA 1QQOA 4FPBA 4DCHA 5FPDA 1GLDG 1GLFO 4A2BA 3QFUA 3QB0A 2QWLA 2P9NA 3MN7A 3O08A 3LDLA 1RGIA 1E4GT 1JCEA 1NGDA 5BPLA 5JMVA 2V7ZA 4I6MB 2EWSA 4JHDB 2QM1A 5AQMA 3MN5A 1NGBA 2NRHA 2NZTA 3C7NA 3DWLA 3ZX3A 1Z6RA 5BR9A 1BU6O 1WOQA 3D2EA 1T6CA 3EZWA 3M1FA 3M3ZA 5FPEA 4JD2A 2P9PB 4FSVA 3CERA 1ZC6A 4MO4A 3CJ1A 4B1YB 3VF6A 1TYQA 4FOEA 4BG9A 1Y64A 3BF3A 2NLXA 1NGEA 1DKGD 1V4SA 3H1QA 2ZGYA 4PKHA 3DXMA 3EKSA 3TPQA 1HKCA 1HPMA 3ATVA 2V7YA 3GL1A 2ZGZA 2QWPA 2E2QA 4BRQA 4QS7A 5I9EB 4ISGA 5BRHA 3WT0A 1NWKA 5AQZA 3R8EA 4WQ4C 4BR9A 2A40A 2E1ZA 1ESVA 3KHYA 2VWBA 1D4XA 2YHYA 5AQGA 3ZEUA 5LJWA 1NGIA 3GOIA 5BRFA 3VPZA 1NBWA 2FF6A 4EIAA 2QWQA 2FSKA 4EHTA 3A5LC 4NB4A 4H5NA 4BVPA 2D0OA 3DXKA 5AFUH 2D4WA 3FFKB 2CGLA 2FF3B 2FSJA 2Q31A 1X3MA 2IIRA 3J8AA 4B1WB 2CH6A 5AR0A 4H5WA 5AQFA 4M63C 3WQUA 4CZHA 1NM1A 5BREA 1P8ZA 3KVGA 4BRDA 2P9IB 3WQTA 4H0OA 2W40A 5KPZA 4FWOA 5ADXH 1YXQA 1LOTB 4H0XB 2Q0UA 3FZFA 5LJVA 4K42A 2HMPA 3GG4A 3U4LA 4B9QA 3O80A 3VGMA 1TUUA 1YUWA 3VGLA 5AZJA 2P9LB 2V51B 4CZGA 1GLCG 1SZ2A 1OKJA 3LM2A 2ASOA 3JXUA 3MDQA 4PKIA 1BO5O 3L4IA 3I8BA 3MN6A 3VESA 3QMLA 1S22A 4BGAA 4J8FA 3ENHA 4PL8A 2PAVA 3ZETA 3C0BA 3EL2A 2P9PA 4FWPA 4M7YA 5FPMA 4IWVA 3CQYA 2QWRA 1GLLO 1KAYA 2F9TA 3IUCA 5JICA 3WUHA 5AQJA 4XEIA 3ENOA 2GWKA 1GLJO 4IXCA 3SK3A 4Z94A 3R6MA 2E20A 2IVOA 4MLHA 4AM7A 3FZMA 1MDUB 2Q97A 3A0IX 2YI1A 4H0YB 3U9DA 3UKRA 1T44A 3FGUA 4K41A 4BQZA 1S3XA 4CI6A 4MLEA 2E2PA 5AQRA 3QBXA 2YJEA 2FSNA 3HTVA 1U2VB 5AQUA 3AARA 1EQYA 5E26A 5AZJB 4CZFA 1HUXA 3M6GA 1NGJA 3FE1A 2P9KA 3HI0A 3MMVA 4B1VA 1H1VA 3EN9A 3OHRA 4BC3A 3I33A 3LDOA 3AY9A 1ATSA 5AQIA 5AQSA 2YHXA 5AQKA 4F9OA 3VOVA 2WUSA 1MA9B 1QZ5A 1TYQB 5AQXA 3CJCA 4BROA 1QHAA 3D2EB 3UE5A 2QXLA 3VEVA 4A2AA 5AQNA 5FPNA 1ATRA 1U2VA 3SMPA 1X3NA 3BF1A 2P9SB 4BQLA 4XH5A 3GDQA 4BR7A 1MWMA 3VF2A 3UKRB 1T6DA 4C23A 4BR4A 3G25A 1BDGA 3O5BA 3ULEB 2HOEA 3VERA 2BUPA 4FWLA 4BR0A 4FWSA 4LC9B 2GEMA 2A6AA 1J6ZA 5CE3A 2ZF5O 1LCUA 3LDPA 4H03B 3SLCA 5BRDA 1XC3A 3BP8A 3CQXA 3TU5A 2ZWHA 4FPAA 4CZIA 1QQMA 3AAPA 4H5TA 4BRKA 3CHWA 2FXUA 4FO0A 3D2FA 5AZIA 4H5RA 4KBOA 3BUZB 5AQLA 4BRCA 1ZBSA 2P9LA 4XH1A 2Q1NA 4BG8A 3O6WA 4PKGA 1C0GA 5BN8A 3CJAA 3C7NB 4DQ8A 1NGGA 1BG3A 1YVNA 4L3QA 1XUPO 4MO5A 4JN4A 1BA1A 4BC4A 3VENA 5JLFA 1NGFA 3HBTA 2YJFA 4A62A 2E2OA 4JAXA 4BREA 5F1XA 3CIPA 1GLBG 3P4IA 2IVPA 5EOYA 2CH5A 3D7EO 3DAWA 2CGKA 2YCHA 3MCPA 4CZLA 5ADXA 4BC5A 3WXJA 4BR5A 5BN9A 3H3OB 2CGJA 2A5XA 4DB3A 4BC2A 2D0PA 5KQ8A 1SAZA 1BOTO 1G99A 3D2FB 4WQ4A 5AZIB 3CI5A 5E84A 1CZAN 4YDUA 3GBTA 3EKUA 4RTFD 3W3DA 5TKYA 3VETA 5KQDA 3FZLA 3CETA 3U8XA 3VEXA 2I7NA 2W41A 3F9MA 4CJ7A 1IJJA 1HJOA 3FR0A 2A41A 4BR2A 1GLAG 1JCGA 5EY4A 3A5NC 4IJAA 5B8HA 4K43A 1HLUA 2OANA 1NGCA 1C0FA 3IFRA 4FWKA 3SJHA 4RWTA 2GWJA 3JS6A 3H1VX 2ASMA 2GELA 3VEWA 2ASPA 3DJCA 2P9SA 4HWIA 2GUPA 4M7XA 4CBXA 2F9WA 4BRHA 3EO3A 3LL3A 4PL7A 3UB5A 1ATNA 4H0TB 1HKBA 2D1KA 3GE1A 3ZETB 2ITMA 4QS8A 4CZEA 5KPRA 4H0PA 5EXWA 1BWFO 2HF3A 3H46O 4WQ5A 4EAHD 4XH4A 4EFHA 3FLCO 4BRIA 2QWMA 4CBWA 5ELZA 3ZX0A 3HZ6A 3VGKA 4BRLA 2QWNA 3ID8A 2QWOA 3H45C 5AQHA 5EX5A 2P9KB 3MK6A 2VCPA 3QBWA 4RCHA 4B1ZA 4JNEA 3WXLA 2I7PA 5AQTA 4B1XB 3H6EA 4YDUC 3DXMB 3VEZA 1DEJA 1TUYA 2P9IA 1KXPA 2QW9A 2PBDA 1X9JA 5AQOA 2V52B 4H0VB 4BRPA 2VYPA 4H5VA 1IG8A 3A5MC 3L6QA 4IZ9A 4BRAA 4CD1A 3WEEB 4CD3A 1K8KB 4FWRA 2IVNA 2Q36A 3DXKB 5AQQA 4CZKA 2E88A 1NLVA 4I6MA 1K8KA 3R9PA 5F2RA 3O8MA 3A5OC 4BGBA 1XQSC 1RDWX 3HM8A 1RFQA 5LY3A 2P9NB 2KHOA 1SQKA 4O5FA 4E1JA 3FZKA 1E4FT 3CJ7A 3WXIA 5AQYA 5AFUA 2E8AA 1V4TA 3W0LA 4IJNA 3L0QA 4DHYA 4WYBA 1MWKA 4CBUA 4BRMA 2E2NA 5BPNA 4AM6A 2UYTA 3CJ9A 3MN9A 1QZ6A 4FOIA 3A8YA 1BUPA 1QQNA 2AA4A 3UKUB 4O8KA 4GNIA 2J4RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HNZK 3O4NA 3O1BA 2P9UA 3AVKA 5J2NA 2K35A 3EE8A 5DM6L 2A3ZA 3HSCA 1R59O 4DTMA 2QXFA 4FJIA 2UXCK 1NPIA 5F0XA 1BCMA 3DM2A 4Y1CA 3AO3A 3OY9A 4DSLA 3VQQA 4B9SA 1X9WA 3MCAB 4GV6A 4ILJA 1BA0A 1U6ZA 4FJMA 3QO9A 4FVUA 3QICA 4I7FA 3KZBA 4CFAA 1J9AA 3E66A 3OYMA 4FXDA 3BEXA 1T7BA 3QNNA 4Z0UA 2O8BB 3ZEUB 3IMXA 4NO7A 1TKDA 3LM9A 3KK7A 1RT5A 1BGXT 2GX9A 4B9VA 4JEPA 4CEOA 4Q5VA 3N4PA 1RDAA 1MU2A 5BPMA 1HMVA 1EXQA 1WSGA 4RW7A 3O3HA 4ISEA 2VWJA 1WWNA 2FLOA 3RSEB 5KRTA 3KLHA 3CCJN 3EYZA 1UA1A 4J2EA 3SF4D 4DS5A 4DTNA 1NJXA 3WXMB 1VSIA 1ZYQA 3UKUA 1WUAA 4JI6K 1S9EA 4M3WA 4A61A 1JCFA 4EHUA 4DF8A 5KPTA 2HF4A 4FM2A 1Q18A 4O55A 3PX0A 1HKGA 4DV0K 2JWKA 1MYNA 5J1EA 4CJRA 3G6EN 5AQWA 4YFUA 1QQOA 1GLDG 1NK9A 3EY1A 4FVMA 2N69A 3NF6A 3C65A 2P9NA 3MN7A 1P0AA 3O08A 3LDLA 5C2FA 2QA4N 2HHHK 1JLFA 1SEGA 4KV8A 4CCHA 4DV5K 2EWSA 4CK1A 4LFBK 4DV4K 4BE0A 1RTDA 1XRSB 1BU6O 4B9LA 3D2EA 3M1FA 4AHSA 3M3ZA 5FROA 2P9PB 3EE9A 3CJ1A 4B1YB 3CC4N 4CHPA 1HYSA 4LH5A 3SUPA 2FBTA 3PX6A 4KFBA 1ZU3A 3BF3A 4JKGA 2NLXA 4CF1A 3ZSYA 1DKGD 4PKHA 3DXMA 4PA1A 4JKFA 1KD1O 1HPMA 3ATVA 3NFAA 4DV1K 2ZGZA 2QWPA 3NGYA 4BRQA 2PYLA 1KQSM 2HNDA 1BK8A 1NWKA 4DSIA 5HROA 4E7HA 2UXDK 1HNXK 3BK3C 1X9MA 3VA0A 5LJWA 5BRFA 3CFPA 2Q3SA 4EIAA 5KI6A 2BE2A 3VQ6A 2B6AA 1SV5A 4NB4A 1VNBA 3SBTA 1QHTA 4BVPA 1U48A 3HVRA 2HW3A 3CCQN 2FF3B 4HUGA 2Q31A 2IIRA 4B1WB 1B92A 4M63C 1SL2A 1P8ZA 4CGFA 2P9IB 5KPZA 1KSPA 3ALYA 5ADXH 3KK1A 1YXQA 1LOTB 3SUQA 3FZFA 5LJVA 1RT6A 3O9UA 2V51B 3HPOA 3J7ZO 3SQ4A 3JXUA 3OYJA 2F4VK 3MN6A 4ILHA 3C94A 4BGAA 4J8FA 3L2VA 3WNHA 1KLNA 4DR6K 2P9PA 2ZE2A 4FWPA 3L3UA 1NK0A 4ELVA 5FPMA 5BR8K 3B6OA 1W9HA 3SUNA 3MAQA 1VSLA 5JICA 4KTQA 1LWEA 4IXCA 2G8UA 1X9SA 4CEFA 4Z94A 2E20A 3FZMA 3OTOK 4KPYA 3U9DA 3VQEA 1T44A 1RNHA 1D9DA 2RE2A 4K41A 4GV3A 4CI6A 2YJEA 4IEIA 3HTVA 3AARA 5AQUA 3VQ5A 2QK9A 4HHFA 3PV8A 3AVMA 5E26A 5AZJB 4QCLA 1RT1A 3DYAA 1NGJA 3FE1A 4EP5A 1TL1A 4CJLA 3MMVA 1UGLA 4MQ3A 4B1VA 4BC3A 1SUQA 5AQSA 2YHXA 4F9OA 2NRZA 1W2BM 3VOVA 3BY5A 1I39A 1QZ5A 4CF0A 2ATBA 5C10A 4BACA 3CCUN 3ZT1A 4CJPA 1C1CA 1CZBA 4CJ3A 4H4OA 3CPWM 3D2EB 1RT3A 2DY4A 3CMEN 4GMJB 4A2AA 1ATRA 3KHWA 3BF1A 3RMAA 4XH5A 4M3RA 3DOKA 3LWLA 2KYQA 3ULDA 3VF2A 3UKRB 3OYIA 1T6DA 1BCGA 1XWLA 3T69A 3S9HA 4JK8A 3O5BA 4RG8A 2ZJPL 4FWLA 1HNWK 4BR0A 4IOXA 4YHHK 1YIJN 1J6ZA 2OCEA 5CE3A 2ZF5O 3R3LA 1YTAA 3SLCA 1EO1A 4X66K 2HHIA 3CQXA 1YT3A 4JI4K 3TU5A 4CZIA 2GMOA 4AHRA 3L4QA 4IOCL 3AAPA 2E6MA 1M90O 4H5TA 2KKZA 5M1OA 2YHBA 4RW8A 1QE1A 3DOLA 4X64K 1NRAA 1RBUA 2PY5A 2MBKA 2D5RA 5AQLA 1NOZA 1I3AA 2YC1C 4BG8A 3O6WA 4PKGA 2VY6A 1C0GA 4KTWA 3L3VA 4M3ZA 4BE7B 3PSIA 4MO5A 4KO0A 4BC4A 2E4LA 4N47A 4OO1J 3DLKA 3RR7A 4A62A 4JAXA 1GLBG 3C6HA 1NJYA 4YOUA 1SL1A 5EOYA 2UU9K 3J81O 4FJJA 3D7EO 3CQ8A 2CGKA 2YCHA 3MCPA 3AA5X 4CZLA 3LP3A 4ZTJA 3LAMA 3WXJA 3KIOA 2ETJA 3V1QA 3H3OB 1RDUA 2CGJA 5KQ8A 2RPIA 2NRWA 1JLBA 3RWUA 3QI7A 4NYNA 3A2FA 1NJZA 1KLMA 3THVA 4ZTFA 1VQLN 3EKUA 3VETA 5KQDA 2VGMA 4OX9K 1N32K 3U8XA 3VEXA 2I7NA 1HYVA 1SS6A 5C2DA 4KHWA 4GW6A 3P83D 3TAPA 4DUZK 3CCMN 3K5NA 4ZHRA 1HJOA 3FR0A 3OW2M 1PTXA 3THXA 1Q82O 3QEPA 2P5GA 1LW0A 4J2BA 3KOWA 5HRNA 1RT7A 3RTVA 3SV4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HNZ K;  3O4N A;  3O1B A;  2P9U A;  3AVK A;  5J2N A;  2K35 A;  3EE8 A;  5DM6 L;  2A3Z A;  3HSC A;  1R59 O;  4DTM A;  2QXF A;  4FJI A;  2UXC K;  1NPI A;  5F0X A;  1BCM A;  3DM2 A;  4Y1C A;  3AO3 A;  3OY9 A;  4DSL A;  3VQQ A;  4B9S A;  1X9W A;  3MCA B;  4GV6 A;  4ILJ A;  1BA0 A;  1U6Z A;  4FJM A;  3QO9 A;  4FVU A;  3QIC A;  4I7F A;  3KZB A;  4CFA A;  1J9A A;  3E66 A;  3OYM A;  4FXD A;  3BEX A;  1T7B A;  3QNN A;  4Z0U A;  2O8B B;  3ZEU B;  3IMX A;  4NO7 A;  1TKD A;  3LM9 A;  3KK7 A;  1RT5 A;  1BGX T;  2GX9 A;  4B9V A;  4JEP A;  4CEO A;  4Q5V A;  3N4P A;  1RDA A;  1MU2 A;  5BPM A;  1HMV A;  1EXQ A;  1WSG A;  4RW7 A;  3O3H A;  4ISE A;  2VWJ A;  1WWN A;  2FLO A;  3RSE B;  5KRT A;  3KLH A;  3CCJ N;  3EYZ A;  1UA1 A;  4J2E A;  3SF4 D;  4DS5 A;  4DTN A;  1NJX A;  3WXM B;  1VSI A;  1ZYQ A;  3UKU A;  1WUA A;  4JI6 K;  1S9E A;  4M3W A;  4A61 A;  1JCF A;  4EHU A;  4DF8 A;  5KPT A;  2HF4 A;  4FM2 A;  1Q18 A;  4O55 A;  3PX0 A;  1HKG A;  4DV0 K;  2JWK A;  1MYN A;  5J1E A;  4CJR A;  3G6E N;  5AQW A;  4YFU A; 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