4QAGA

Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the rnase h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
LWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of a Dihydroxycoumarin Active-Site Inhibitor in Complex with the RNase H Domain of HIV-1 Reverse Transcriptase and Structure-Activity Analysis of Inhibitor Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4qagA00
1C0TA 2OPSA 1RT6A 4OJRA 5J1EA 4CCHA 2FC0A 1RDBA 3ZT4A 1NOYA 4KRFA 4C8MA 3HO1A 1G15A 3S3NA 2G8KA 1UWBA 1J54A 1YTAA 4E7KA 4ZTJA 4B8CA 4ELVA 1ZBUA 4FJKA 4FK0A 4F3TA 1Q8IA 3VQAA 3NE6A 1QSLA 2P1JA 1KLMA 2XY5A 4KHYA 4FM0A 1S6PA 3ZSXA 1R0AA 1L3TA 4CHPA 4HVJA 4B9SA 4DF8A 3VQ6A 3ISNC 4CJRA 2BGGA 5KRTA 4M3XA 2HW3A 2P5GA 4CF2A 1JLAA 3SZ2A 4ELUA 4M41A 4BWMA 4AHCA 3LWMA 1JXBA 5HRPA 1CZ9A 1J53A 1RTJA 3MXJA 5T7BA 4B9TA 4DSLA 4FXDA 4TSXA 5SWMA 2Z1IA 4DQQA 4YNQA 3HPOA 1ASUA 2D0CA 4IKFA 4IFVA 2FBXA 4FJJA 4E7HA 1HQUA 1RT3A 4W5QA 3MXIA 4FK2A 5KI6A 1EP4A 4M3TA 3M8SA 3QEWA 4EZ6A 2JGUA 3K5OA 5FROA 3OYCA 3K58A 3S3OA 5I3UA 3HP6A 3JSMA 1ASWA 3L2VA 3AA4A 1VK0A 3K2PA 1Q9XA 1N6QA 1WAFA 4QOZB 2HNYA 3NDKA 3TWHA 5FRNA 1VSHA 3HM9A 3QEPA 1D9DA 4KREA 5C25A 4N5SA 1FXXA 1BGXT 4N41A 3V6DA 3DLBA 4BDZA 3HK2A 3HVTA 2X6NA 3KLFA 2GBZA 2P51A 3LPTA 4CEAA 4DS5A 2HVHA 2E6MA 3CYMA 4FLUA 2HHXA 3ZSWA 4Z4GA 4BDPA 3SV4A 2QKKA 1VSDA 4CIFA 4AHSA 3NGZA 4FJ9A 3MECA 2YNHA 3OYAA 2B6AA 1UA0A 1X1PA 4OGEA 1VSEA 4DSEA 4JRPA 4K8ZA 4RW7A 4B3OA 4I9LA 1RCHA 3QLHA 3WNGA 4E1NA 5HRSA 1SKSA 1LV5A 3RR8A 2VG6A 1BI4B 3H08A 4DTRA 1A5XA 3U6FA 1Y97A 1HNVA 4C8NA 1VSIA 1TAUA 4CK1A 4DQRA 3JYTA 1TKTA 3WNEA 1XHZA 1KRPA 3TAFA 1RTDA 4KTZA 4OPJA 4DLGA 3PX6A 3P1GA 2B4JA 4HCCA 1NK4A 4DFJA 4FLWA 1VSJA 3K59A 3QEIA 1TK5A 3IAYA 4KHNA 1BQMA 1SKWA 3T19A 3QIOA 3QNOA 5E41A 3NAEA 4CHZA 5D3GA 1JL1A 4N56A 3TAMA 4H4MA 5HRNA 1U45A 2PYLA 2DFHA 2QXFA 3TI0A 3S9HA 1WNSA 3QEVA 3TR8A 4C8LA 4M3YA 3BGRA 1WSHA 3WNFA 1KFSA 4KHQA 1JLBA 4ID5A 2FBTA 4Y1CA 3V9ZA 3NH2A 3VQDA 5JS1A 3CFOA 3OYHA 1ZBFA 1FKPA 1IH7A 4DQSA 4J2DA 1HYSA 3VQCA 4M42A 1X9WA 2ZD1A 3C94A 4DTMA 2JLEA 2ZQBA 4Z4CA 3KK1A 3I8DA 3B6PA 4DU1A 3ZSOA 4CEZA 3CQ8A 1VSKA 1A5WA 3LZIA 3SQ1A 3KTQA 2OA8A 4CECA 1WAJA 4AH9A 1B92A 3AVNA 3V9XA 3KLGA 3AA5X 1TKXA 4IDKA 2HMIA 4OKEA 2XY6A 4E89A 2XO7A 1Z26A 3PUFA 4B9UA 4B9NA 4HTUA 4KV8A 3AO1A 1REVA 3HSTB 3RMAA 2KFZA 3D0PA 2HVIA 1DTQA 4FM2A 2OYQA 2HHTA 3AV9A 1B9DA 2RPIA 1SUQA 1QS4A 1NJYA 2GUIA 3AO4A 4MFBA 3ZT1A 3AVAA 3SUPA 1HNIA 3AVMA 4J2BA 4BE1A 3ZSQA 2KW4A 4W5OA 4CHNA 5J2MA 4MQ3A 1C6VA 2W42A 4FJMA 4M45A 1C0UA 3P5JA 1C1CA 3B6OA 1HMVA 1KVBA 4H4OA 4FVMA 3NFAA 3HXMA 3LDSA 4CF0A 1BCOA 1SV5A 4CEBA 4FJLA 4GW6A 4RW8A 1TGOA 3KJVA 3V9UA 3HT3A 1IO2A 1HQEA 4KB1A 4PUOA 4C8OA 4DTXA 4KHUA 4CK2A 4Q5VA 1IKWA 4N76A 1SL0A 3CG7A 5DK5A 4DTSA 4KKOA 3F73A 4CJ3A 4FLXA 2KZMA 4LSNA 4JRQA 1QQCA 1BCMA 4FJIA 3IS9A 1WSEA 1JL2A 1HYZA 3QEXA 1YT3A 1C1BA 3OYIA 3NF7A 4DQIA 2DY4A 2Z1GA 4DSKA 4F2SA 3KKSA 3VQ7A 3VQ9A 1VSMA 4FJGA 3DOKA 4CEEA 1DTTA 3AVIA 4CJSA 1FK9A 5HLFA 1RT4A 4RW6A 1ASVA 2FBYA 5JS2A 1RDCA 1WLJA 1QHTA 3M8QA 4CGFA 5C42A 1L3UA 1KSPA 3NF8A 2VG7A 3KD5E 3RWUA 3QESA 2I5JA 1MU2A 1RTHA 1ZYQA 4PQUA 1WSIA 2YKNA 4PY5A 1L3SA 3CFPA 2YNFA 4FJNA 4WE1A 4CJVA 4CJWA 3O3FA 4DU4A 3NGIA 1RILA 3AO3A 4NCBA 2G8UA 1IKXA 1GOAA 2A1SA 3LP3A 3QETA 2A1RA 4DFMA 4DTOA 3KIOA 1GOBA 2X78A 3RRHA 2XRIA 3K5NA 4NYNA 2HNDA 3KLIA 3V9SA 3O3GA 2E4LA 1S1TA 4OLAA 3AA3A 1IKVA 1RBRA 3RTVA 3SYZA 3M8RA 1VSLA 2ETJA 3LAKA 3ALYA 3L2WA 1XC9A 4B9LA 4DS4A 4JS4A 4W5TA 1I39A 1RBSA 3NF9A 4FJHA 2HNZA 3DLKA 1W0HA 3V1RA 3K5LA 4CF9A 4CHOA 1NJZA 2G8HA 4HCBA 2O4GA 3L3UA 3DYAA 3KKRA 2GV9A 1XWLA 2G8WA 3E01A 1NKEA 1RT5A 2IGIA 4CGIA 2HHWA 4W5RA 3CM5A 4CESA 3A2FA 4G1QA 3ZT0A 4B9VA 2EX3A 2VG5A 4CEFA 4HUFA 4ZTFA 4F2RA 3C6UA 1CLQA 3OYFA 3OYLA 4CHYA 2OPQA 2Y1JA 3AVGA 2YHAA 4FLYA 4I9QA 3TAQA 4QAGA 4KFBA 4CFBA 1RBVA 3NCIA 4CFCA 1S1UA 1C0MA 1XI1A 3SPZA 4FCYA 2F8TA 4CFDA 3OS0A 3V4IA 2Y1IA 3SUOA 1SL1A 3LAMA 4M3ZA 2O4IA 3K5MA 1KVCA 3SPYA 1RT2A 4HHTA 3DLEA 4FZXC 4CJLA 4BWJA 3AVLA 3V1OA 3EY1A 3WNHA 3AVHA 1U49A 3L3VA 3PX4A 2HHQA 5I42A 5DMRA 3LP2A 3ZSZA 1A5VA 3OJUA 4FM1A 4N47A 1Q9YA 3OYDA 4FJ7A 1BQNA 1LAVA 1VRTA 5SZTA 3L2UA 4E3SA 1U4BA 1J5OA 5KTQA 4HUGA 1S6QA 1L3VA 4FJ8A 4M3UA 4F3OA 1LWCA 3OYBA 3T1AA 3DLGA 4E7IA 4ELTA 3LANA 5FDLA 4NCGA 4AHUA 4OPKA 2NUBA 5J2QA 3IG1A 3AVFA 1NK8A 4KI4A 4K8XA 3F9KA 3KD1E 3SQ0A 1QSSA 4JS5A 4FW2A 2QK9A 3NGYA 3LP0A 1S9GA 4GMJB 3ZSVA 1RT7A 4DSIA 4F4KA 4CJTA 3C95A 3ZSRA 1NJWA 2P5OA 1KVAA 1D8YA 1WN7A 3SV3A 1SKRA 4FZZA 3DRPA 4BE0A 2D0AA 1ZBIA 3TAGA 3HPGA 1CZBA 4CJUA 4BE2A 1SL2A 5CY4A 4FW1A 4ICLA 1EKEA 2YNGA 2ZE2A 3OYJA 3RMCA 2OPPA 3AA2A 1L5UA 4DU3A 1JLEA 1BISA 3G10A 4NCAA 3O4QA 1TKZA 3LWLA 3ZT2A 3RMBA 4OKJA 3VQ8A 4ZHRA 4IBNA 4B8AB 1UA1A 3NHGA 3OS2A 5HP1A 4FZYA 1HPZA 1JLQA 4CJFA 4KHSA 4PWDA 3MAQA 3AVJA 4KB0A 2G8FA 4Z4HA 1LWEA 2WONA 3VQQA 3SUQA 1NK7A 4KI6A 4KAZA 4RW9A 4FLZA 3V1QA 3PO4A 1X9SA 2Z1HA 3KLEA 1FKOA 4KTWA 1T7PA 3DI6A 3AO5A 4KO0A 3OS1A 2IDOA 1T8EA 1CXUA 1TK0A 1LW2A 3LALA 1KFDA 3EZ5A 1QSYA 1RBUA 3QO9A 4C8KA 4DSJA 4Y1DA 4NYFA 3ZSYA 3CM6A 2YV0X 2EHGA 3L2RA 1ZBLA 3LPUA 2HHVA 3VQPA 2YNIA 1ITGA 4OVLA 1KLNA 3PV8A 2XY7A 1NK5A 3HP9A 2Q3SA 4CJEA 3D45A 3SQ2A 2WOMA 1TK8A 1EXQA 1U47A 1JLCA 4FK4A 4CJQA 3DRSA 3MEEA 3HL8A 3LP1A 3OVNA 4PA1A 4OKKA 3VQ4A 4I7FA 3ASMA 2KFNA 3G0ZA 1XHXA 3TAEA 3QIPA 5CZ1A 4BACA 3AVBA 5CYQA 4AHRA 3OY9A 5EU7A 4BDYA 2D0BA 1QE1A 3HJFA 1TKDA 4CGDA 5J2NA 4DSFA 3PX0A 3LZJA 1GOCA 1NK6A 3DOLA 4B9MA 1NOZA 1CXQA 2PY5A 4CGJA 3KLHA 4CGGA 5J2PA 2AJQA 2RN2A 4Z4FA 2HB5A 3P83D 1S1VA 1J9AA 1BIZA 4GVMA 1RNHA 3QNNA 3DMJA 4QCLA 3ULDA 1JXEA 2XHBA 4E7JA 4IFYA 3MEGA 4HUEA 3MEDA 4CJKA 3U3YA 1YVUA 3SI6A 2DFEA 1TV6A 1HYVA 3OYGA 3VA3A 2PZSA 3BDPA 5FRMA 1BHLA 3M8PA 3SJJA 1HJRA 3SCXA 3VQ5A 1S9EA 3PO5A 4E0DA 3ZT3A 1S5JA 3KK2A 4DQPA 2OZSA 3CFRA 3S3MA 1BIUA 1UOCA 4LY7A 4CF1A 2XY8A 4AHVA 2YHBA 2RKIA 1N5YA 2PYJA 3ITHA 1RDDA 4CJ4A 4E1MA 4I2QA 3SNNA 2HHSA 1JLFA 2D5RA 4O5BA 2LSNA 5CYMA 2BANA 1D5AA 4DF4A 4DG1A 2IS3A 3SUNA 4CHQA 4KTQA 4LD0A 1NK0A 4Z4IA 1RBTA 3OYEA 3HYFA 1EX4A 3O4NA 4FJ5A 1RTIA 2G8VA 1NKCA 4I2PA 4OLBA 1ZBHA 2KZZA 4AILC 3OYKA 1JKHA 1TL1A 4ID1A 4E7LA 4CIGA 4F8RA 3L2QA 4O55A 1JLGA 4L8RB 2F8SA 3TARA 4Z0UA 3KK3A 4CEQA 4RG8A 4DTPA 3IRXA 3VN5A 2X6SA 4DTNA 1T03A 2G8IA 1BL3A 1TVRA 3O3HA 3RR7A 4Q0BA 3NH1A 4EZ9A 1W9HA 2IAJA 3HPHA 4XIUA 1NKBA 4OGCA 4DFKA 1X9MA 3U3GA 5KGXA 4DMNA 4H8KA 1TAQA 3DM2A 2B5JA 4B08A 1YTUA 4CF8A 2HHUA 3AVCA 2IOCA 4EP5A 1KCFA 2F96A 3TABA 4O0JA 3HVRA 2FBVA 4CE9A 5C24A 3VQEA 4CGHA 4RW4A 2DTUA 4YFUA 1LAWA 1RDAA 1KTQA 3AO2A 2DFFA 5CZ2A 1LWFA 3RMDA 1UAXA 1EETA 2KQ2A 2KTQA 3I0RA 1VSFA 3VA0A 3TANA 4FLVA 1LW0A 3ZCMA 4FYDA 2QKBA 3DLRA 3RRGA 1DLOA 4IG3A 2IC3A 5HRRA 3VQBA 4DTJA 4DLEA 3QERA 5HROA 1NK9A 4CFAA 4UQGA 1S1WA 1C1AA 4FJXA 3DRRA 4EP4A 1U48A 2BE2A 4CEOA 4AHTA 1BI4A 2ITGA 5HBMA 1U04A 4CJ5A 2OZMA 4KHWA 1D9FA 3FFIA 2VWJA 3I0SA 1B9FA 2BDPA 4O0IA 3OYNA 1T05A 4W5NA 4LH5A 4O44A 1F21A 2E6LA 2Z1JA 4CJPA 3K57A 1I3AA 4IG0A 3NF6A 4E19A 4LH4A 3V9WA 1NJXA 3V81A 4CK3A 4O4GA 3OYMA 1S1XA 1VRUA 4JLHA 3DLHA 3AVKA 1Z25A 4M3WA 4FLTA 1IG9A 4R5PA 3PY8A 1WSFA 4M3RA 3TAPA 4DFPA 5KRSA 3OJSA 1WSGA 1RT1A 4Z4EA 1K6YA 3THVA 4J2EA 1O1WA 4LSLA 2OPRA 2YKMA 3QINA 2RF2A 1IKYA 1TL3A 3C6TA 5K14A 1QTMA 1WSJA 4CERA 3UIQA 5KGWA 3T3FA 3NH0A 4CIEA 4DTUA 2R7YA 1HRHA 2X74A 2ATQA 3L8BA 3EYZA 4J2AA 4KPYA 3MXMA 4DWIA 2VWKA 4CEDA 3NBPA 3SQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OJRA 2D0PA 3ZT4A 2G8KA 2ASPA 4ZTJA 1HKGA 1ZBUA 4FJKA 3NE6A 3VQAA 4IDHA 2P1JA 1S6PA 4FO0A 1R0AA 1L3TA 4WF9L 1TYQB 4M41A 5HRPA 4DR5K 1RTJA 3VETA 5T7BA 1Q81O 4YOYA 3JAMO 3C7NA 4FK2A 1HQUA 2FF3B 3M8SA 5FROA 1IG8A 1ATSA 2AP1A 5AQUA 4BRFA 3AA4A 3CJ7A 3K2PA 4QS7A 4QOZB 2HNYA 3NDKA 3TWHA 4KREA 1D9DA 5C25A 4DV7K 1FXXA 4N41A 4DCHA 4GV6A 3DLBA 3HVTA 2P51A 4DS5A 3HZ6A 3VOVA 3SV4A 2QKKA 1VSDA 3NGZA 2B6AA 3R8EA 4OGEA 5AJ3K 4H03B 4B3OA 4JKGB 1RCHA 3QLHA 5HRSA 1SKSA 4DHYA 1BI4B 1Y97A 4CZFA 3R9PA 2P9PA 1TKTA 1KRPA 3W3DA 3GL1A 3P1GA 3E66A 3CQYA 3RSEB 4CI6A 1NK4A 4DFJA 4FLWA 1HPMA 4KHNA 3T19A 3A5MC 3QNOA 4A59A 1HNWK 3NAEA 4X65K 1YUWA 2F9TA 1JL1A 2ZGZA 4H4MA 2DFHA 2QXFA 1ZBHA 1WSHA 4ID5A 3OBYA 3T69A 3V9ZA 3CFOA 1ZBFA 2OTJN 2FSJA 4J2DA 3I8BA 2P9LA 4Z4CA 1MWMA 3LDQA 3CQ8A 2OA8A 4FOEA 4KH4A 3KLGA 5JLFA 2HBLA 3SAFA 4OKEA 1E4GT 1GLCG 4HTUA 4KV8A 4CZMA 5JVGL 3PSIA 2V7YA 3AO1A 4FWRA 1DTQA 3AV9A 1SUQA 1Q7YO 1NGHA 1NJIO 3BF3A 4MFBA 3AVAA 2ZJPL 4BE1A 2PAVA 3ZSQA 4W5OA 4A62A 4CHNA 1BO5O 4M45A 3P5JA 4BR9A 1HMVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CIG A;  4JKE A;  2F8S A;  4Z0U A;  3R6M A;  3ZYY X;  4ILG B;  3IRX A;  3VN5 A;  3IMX A;  4EZ9 A;  1X9M A;  5KQ8 A;  4DMN A;  4H8K A;  1YTU A;  2HHU A;  3AVC A;  1E3M A;  4YDU A;  3A5O C;  4K42 A;  2WBN A;  2Q31 A;  4CBU A;  4LF4 K;  2FBV A;  5KPT A;  5C24 A;  4CGH A;  5AQR A;  2DTU A;  3ZLJ A;  1RDA A;  3RMD A;  2KQ2 A;  4BG8 A;  3LDO A;  4FLV A;  3AGK A;  3DLR A;  3RRG A;  4M3T A;  2IC3 A;  1NK9 A;  4LFA K;  3QBW A;  3SMS A;  1KAZ A;  3GE1 A;  4AHT A;  3VPZ A;  3CCS N;  1U04 A;  3HOT A;  4CBX A;  1TUY A;  5AQT A;  4YOW A;  4LH5 A;  4NO7 A;  3AAR A;  3K57 A;  4IOA L;  4IG0 A;  3NF6 A;  3V9W A;  4CW7 B;  3OYM A;  1S1X A;  3D2E B;  1WSF A;  3TAP A;  4DFP A;  1NMN A;  3EKU A;  2O8B B;  3THV A;  4DV2 K;  3QIN A;  1WUA A;  2RF2 A;  3R3L A;  1IKY A;  3MMV A;  4JKA A;  4DTU A;  2X74 A;  2O8C A;  4CZL A;  3ATU A;  3CJ1 A;  3R1X A;  4DWI A;  4L3Q A;  4FWS A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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