3AVNA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 52
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avnA00
3NGYA 3HM9A 4FW1A 4HHTA 1HQEA 4RW7A 4BE0A 4DU4A 4RW9A 4OPKA 4DS4A 2XY7A 3ZSRA 4IDKA 4CJ4A 1N5YA 3KD5E 3AVLA 4R5PA 4OJRA 1HRHA 3LP0A 1RBRA 2O4IA 4E7HA 4CF8A 4BWJA 4MFBA 4M3YA 2F8SA 4F3TA 3QEPA 5C24A 4B08A 5EU7A 3MXIA 4DWIA 2KFNA 4H8KA 4Z4HA 4DSEA 4Z0UA 3SPYA 4DSLA 4NCGA 1U4BA 5D3GA 3SUOA 4NYNA 4QOZB 1DTQA 4FM0A 3NH2A 2WONA 3RR8A 3NF9A 3NGZA 1T05A 4Z4FA 2PYLA 4B9SA 4CJFA 2Y1IA 1KRPA 4E89A 4M3XA 3SYZA 2ITGA 1RTDA 3DLGA 4PA1A 2IAJA 1IO2A 3RTVA 3LANA 4B3OA 4ZTFA 4AH9A 1ASUA 1X1PA 4CHPA 3ZSQA 3VQAA 1QHTA 3NF8A 4FLUA 4JRQA 5FDLA 2E6LA 2FBVA 3DLEA 1C1AA 4CJKA 2E6MA 3C6UA 1RCHA 1WSIA 4G1QA 5HBMA 3ZSVA 3OJSA 3DOKA 4ID1A 3V9WA 1HNVA 2YNIA 2A1RA 3AA5X 4FK0A 3G10A 3PY8A 2IGIA 3NHGA 4HUGA 4RW4A 4OVLA 1HPZA 1J53A 3QIOA 4BDZA 2YV0X 3S3MA 3NH0A 3OYKA 2HB5A 3LAKA 4CK2A 2B4JA 4OGEA 1ITGA 1JLCA 3DRPA 1ZBHA 4CJ5A 3HJFA 5KGWA 1NKEA 4M41A 2KZMA 2QKBA 3ZSZA 1IKVA 3NFAA 3ZSWA 3IG1A 3M8QA 3RRHA 1DLOA 3QLHA 3AVGA 4BE1A 1K6YA 3OVNA 4OKEA 2G8UA 2A1SA 1KVAA 4KI4A 4KRFA 5C25A 1Q9YA 3V9XA 3IRXA 3ALYA 4DTRA 4Y1CA 3KD1E 3NE6A 4CIFA 2KFZA 4W5NA 2JGUA 4ELTA 3V1OA 3DOLA 3PX6A 1RILA 3CFPA 3SV3A 4DFPA 5HRPA 2OA8A 1D9DA 3SQ0A 1TGOA 4O44A 1JL1A 1KFSA 4C8MA 3D45A 4LD0A 4B9MA 4CGHA 4F4KA 1S1VA 3T19A 4N41A 3EYZA 1NKCA 1IKXA 3SCXA 5FRMA 3P1GA 2Z1HA 3KK3A 4CGGA 1R0AA 3NF6A 1WNSA 1RTJA 4CJ3A 1D8YA 2G8HA 4O5BA 3TAPA 3VQDA 3MEEA 4KKOA 3KLGA 4KHUA 1KLNA 1B9DA 3DI6A 1XHZA 3S9HA 2YHAA 1TAQA 1YTUA 1J9AA 4OLBA 1RT1A 3S3NA 3CFOA 5J2QA 1VSDA 4IFVA 4F3OA 3PUFA 2RN2A 3HYFA 5J2MA 1LV5A 3RWUA 1JXEA 2HNZA 2YHBA 3AVCA 3SUNA 1S6PA 3VQ5A 1RT6A 2IOCA 3SQ4A 5HROA 1RT2A 3ZSOA 1FK9A 1T03A 1NK0A 3TANA 4CESA 1A5VA 4OKKA 3TAMA 3AVMA 3O4NA 4AHSA 1XHXA 1Z26A 2IS3A 3ZT3A 2P1JA 5E41A 1BCOA 2BDPA 4B9NA 4NCBA 3V1RA 3VQBA 4GW6A 1JLGA 4IFYA 4WE1A 4HTUA 3AV9A 4Q0BA 4QAGA 3DRSA 2X6SA 3I0RA 2D5RA 3OYMA 1SL1A 2JLEA 4CHQA 2G8VA 2HHTA 1BQNA 3A2FA 1HQUA 4BDPA 4N76A 3CYMA 5CZ2A 1UA0A 3LWLA 4HVJA 4RG8A 4FJ7A 4Z4IA 4FM2A 1NJWA 1RTIA 4M3RA 1ZYQA 2X78A 3CG7A 4B8CA 4DF4A 1LW2A 1LAWA 3DYAA 3H08A 1CXQA 3K2PA 3OYAA 4FM1A 1IKWA 1WN7A 3TAFA 4HUEA 2ZQBA 3OYFA 5HRSA 3VQCA 3DRRA 4EZ6A 4CFDA 4RW8A 3DLKA 4FK4A 4FLWA 2VWKA 1NK7A 4I9QA 3TABA 1EETA 3BGRA 4KTZA 4C8NA 4LSNA 1LWCA 4GVMA 4CHOA 4UQGA 3OYGA 1QSYA 1X9MA 2BGGA 1S1XA 3TAQA 2Z1IA 1VRUA 1TAUA 2FC0A 1L3VA 3OYDA 4DSIA 3EZ5A 2FBYA 3EY1A 4W5TA 1WSJA 4AHTA 1RBUA 1WLJA 2QK9A 2BANA 2FBTA 3KLIA 3MEDA 3RMBA 4K8XA 4E0DA 3AVJA 3WNFA 2VWJA 4TSXA 3LDSA 4JLHA 1RDDA 2GBZA 5KRSA 3L2VA 3K5MA 1W0HA 2HHUA 3BDPA 4E1MA 1NK9A 3C94A 3V6DA 1SL2A 4B9VA 1SUQA 4E7IA 4FJ9A 4FJIA 3RMDA 1CZ9A 3AVNA 3TI0A 3PO5A 2PY5A 3AO1A 5C42A 4DTOA 4AHRA 5J2PA 3SQ1A 3AVIA 4H4MA 4KPYA 1KCFA 1NJYA 2ZD1A 2Z1GA 2OZSA 5SZTA 3QO9A 5J1EA 4CK1A 4W5RA 1S9EA 4OLAA 2W42A 1S6QA 4FJHA 4NYFA 4QCLA 2Z1JA 1U48A 1BL3A 1WSHA 3I0SA 4DG1A 3PX0A 5CZ1A 4CEZA 1U47A 1NK8A 1NOYA 4KAZA 4KHYA 4E7LA 4C8LA 3O3HA 3WNEA 1DTTA 1I3AA 5K14A 2IDOA 1BGXT 3KIOA 2F8TA 2KQ2A 4DSKA 4F2SA 3QINA 1UAXA 4DTNA 3QEWA 3HL8A 4DSJA 4CJLA 2KW4A 3KTQA 2BE2A 1GOCA 4FW2A 4FLZA 5J2NA 1S1WA 2XY6A 3E01A 2DTUA 4I2QA 4FJLA 3SPZA 1BISA 4GMJB 1RT4A 3KKSA 1VSIA 3LWMA 1F21A 4PY5A 2G8WA 4FJNA 1RT7A 4IBNA 1X9WA 2DFHA 2XRIA 4CJSA 1RBTA 1WAFA 2OPQA 3AVAA 4E7JA 4DFKA 3DLHA 1L3SA 2B5JA 1BHLA 2HHWA 1LWFA 4FJ5A 2R7YA 1JL2A 4E1NA 2RPIA 4C8KA 3ZT2A 4CHYA 1IH7A 3LZJA 4F2RA 3RRGA 4OKJA 1JXBA 4CEOA 1TK8A 4FJJA 3SUPA 1LWEA 1VRTA 1EX4A 2FBXA 4CHZA 3QEIA 3OYIA 3SJJA 1FKOA 3ZT1A 2QXFA 3HPOA 1ZBLA 4KHSA 3AVFA 4ID5A 4O0JA 5DMRA 3U3GA 3OYJA 3O3GA 4FJKA 1SKSA 1RTHA 3TAEA 3L3UA 4KHNA 4J2BA 4CJQA 1J5OA 1BIUA 1TVRA 2GUIA 4CF2A 5HRNA 3OJUA 3K5NA 4KHWA 2AJQA 3HXMA 2G8KA 3IAYA 1B92A 2OPRA 3ITHA 3SI6A 1C1BA 3WNGA 1JLBA 1TKZA 4LY7A 5T7BA 3LPTA 1ASVA 3ASMA 4DU1A 1KSPA 2P5OA 1BI4A 3K59A 1S9GA 4ELUA 2Y1JA 5FRNA 3OS0A 4EP5A 1VSHA 5KTQA 1IKYA 3WNHA 2XY8A 2D0AA 4CFCA 4DLEA 4Z4GA 1HJRA 3LP1A 3MEGA 2G8IA 4DMNA 4ZTJA 4FJXA 5CY4A 3AVKA 4CFBA 3L2RA 3RMAA 3QEXA 1U45A 3VQ4A 3AA4A 4LH4A 4CJUA 1G15A 3T3FA 4B9LA 3L2UA 1D9FA 5HLFA 3ZT4A 3SZ2A 3HPGA 4RW6A 2ZE2A 1HYSA 4M3TA 1TKTA 5FROA 4CIGA 4CJTA 3NF7A 1C0UA 3QNNA 1FXXA 1GOBA 4DQIA 3SQ2A 4IG0A 3LP3A 4PQUA 1T8EA 1KTQA 4O55A 1QE1A 4KTQA 4FLYA 3KLHA 4N5SA 2OYQA 3M8SA 1QSLA 1SKRA 1WAJA 4DFMA 3AO5A 1RDAA 3DMJA 4KREA 2DY4A 4KHQA 4I2PA 4CK3A 3PO4A 1LAVA 3MECA 4J2AA 5KI6A 2OZMA 2YNFA 4LH5A 1C0TA 3QIPA 4DQSA 1WSEA 4M45A 3VN5A 2P5GA 3V4IA 3V1QA 5CYQA 3ZT0A 2XHBA 4KFBA 4JRPA 2GV9A 2X6NA 4AHCA 1RNHA 3CQ8A 4BE2A 3AO3A 4KB0A 2LSNA 4C8OA 4CGFA 3F73A 1TV6A 3MXJA 2F96A 3P5JA 3HK2A 1ASWA 1J54A 3AVHA 3L2QA 3L8BA 4J2EA 4CGDA 4CERA 1YT3A 4KV8A 2HVHA 2YKNA 2RF2A 2VG7A 4JS4A 3O3FA 3V9UA 2XY5A 3P83D 3NH1A 4FVMA 4Z4EA 1WSGA 1HYZA 1VSFA 3NDKA 1C0MA 3UIQA 2HHXA 1CLQA 1KLMA 3V9ZA 4DTJA 1T7PA 1I39A 1JLAA 1EXQA 1RBVA 3OYHA 5DK5A 3L2WA 2EX3A 1WSFA 4DQPA 4Y1DA 3VQEA 4KB1A 3KLEA 3O4QA 3HPHA 3B6PA 1BCMA 2O4GA 3DLRA 2OPSA 4N56A 2P51A 5JS2A 3K57A 3THVA 3T1AA 3VQ6A 4Z4CA 4FLXA 4CEEA 1TL3A 3PV8A 1Q8IA 1L5UA 4BWMA 1VSJA 4E19A 2WOMA 1BIZA 4DTMA 1NK4A 2PZSA 4DS5A 4E7KA 2B6AA 1NJZA 2G8FA 3QESA 3QERA 1VK0A 3OYEA 3HP6A 3SV4A 2EHGA 3ISNC 3ZSYA 4W5OA 4CEDA 3S3OA 4KI6A 3VQ9A 4DU3A 4CGJA 4O0IA 2HVIA 3MXMA 4DLGA 1JLFA 1GOAA 2OPPA 1KVBA 3TR8A 4DFJA 3AA3A 4CJPA 3QNOA 3PX4A 5CYMA 1EP4A 3F9KA 3K5OA 3OYBA 1RT5A 1TK5A 3OYCA 4FJ8A 3C95A 1SL0A 2YNGA 2HHVA 1C1CA 3M8PA 1O1WA 4BDYA 4H4OA 4HCCA 1TKXA 4IKFA 4M3WA 4FYDA 2YKMA 4CEBA 3K5LA 5SWMA 4ZHRA 2XO7A 4CECA 1LW0A 2VG6A 4FLVA 1UA1A 4O4GA 4OGCA 1D5AA 4FCYA 3HP9A 4FZXC 1REVA 3HO1A 2IC3A 3TWHA 4HCBA 5JS1A 3KJVA 3ULDA 4DSFA 1NOZA 3AA2A 3OS1A 4B8AB 5KRTA 2QKKA 3DM2A 1S1UA 2Q3SA 4CF0A 4DTPA 1HMVA 1UWBA 4DTUA 1L3UA 2E4LA 1JKHA 1VSEA 3QETA 4I9LA 4N47A 1TK0A 1ZBUA 4W5QA 4DTSA 3HT3A 3JYTA 2X74A 3OY9A 2HNDA 2D0BA 3HVRA 3VA3A 3NCIA 4J2DA 3VQQA 3SNNA 1KVCA 1RDBA 1VSMA 2HNYA 3SUQA 2PYJA 3AO4A 1UOCA 3NAEA 1SKWA 2RKIA 2HHSA 2DFFA 3LPUA 4KTWA 3V81A 4CJWA 1EKEA 3K58A 2KTQA 4ELVA 1A5WA 3CM5A 4PWDA 3HVTA 1VSKA 1XI1A 2YNHA 1YTAA 3HSTB 3ZSXA 4DQQA 1TKDA 4MQ3A 3VQ8A 4CF9A 2HHQA 1A5XA 1RT3A 4CF1A 1RDCA 4IG3A 3KLFA 3RR7A 1IG9A 4DF8A 5HRRA 3QEVA 1N6QA 1QS4A 4YNQA 4E3SA 5I3UA 3L3VA 1VSLA 3B6OA 4M42A 3V9SA 4FJGA 4HUFA 1W9HA 1CXUA 1NKBA 4AILC 1QSSA 4FZYA 1HNIA 3LAMA 3AO2A 4Q5VA 1CZBA 3JSMA 1KFDA 1B9FA 4CJEA 3KKRA 4YFUA 3RMCA 1NK5A 1ZBFA 4FXDA 4BACA 1L3TA 4CEAA 2NUBA 1NK6A 4CJRA 3OS2A 3KK1A 3KK2A 4I7FA 1MU2A 2DFEA 1SV5A 1S1TA 1XWLA 1FKPA 3G0ZA 1Z25A 3U6FA 4AHUA 1Q9XA 1BI4B 4KO0A 3ZCMA 1YVUA 4DTXA 1U49A 3LALA 3VQPA 3MAQA 4CFAA 4AHVA 4CHNA 3NBPA 4F8RA 4JS5A 3LP2A 4M3UA 4EP4A 3VQ7A 5KGXA 3OYLA 4B9TA 3AVBA 4FLTA 5HP1A 4K8ZA 4FZZA 2I5JA 4FK2A 4FJMA 1Y97A 2D0CA 4NCAA 1QQCA 4M3ZA 3TAGA 1TL1A 4CCHA 2HW3A 3OYNA 4B9UA 4L8RB 3IS9A 3LZIA 1QTMA 1BQMA 1XC9A 1U04A 4PUOA 1RBSA 4CGIA 1X9SA 2KZZA 2ETJA 3I8DA 2ATQA 2HMIA 1JLEA 3FFIA 3DLBA 4ICLA 1NJXA 1C6VA 4CIEA 3CFRA 3C6TA 3CM6A 4CE9A 1S5JA 4LSLA 4CEFA 3M8RA 3D0PA 1HYVA 1JLQA 4CJVA 5I42A 3TARA 1ZBIA 3VA0A 4EZ9A 4CEQA 2VG5A 3U3YA 4OPJA 4XIUA 3NGIA 4DQRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGYA 4BE0A 3CETA 1GLEG 2XY7A 4IDKA 4CZJA 3O9TA 4OJRA 4M3YA 2F8SA 5C24A 4H8KA 4Z4HA 2Q1NA 4Z0UA 3AGKA 4H5VA 3MX2A 5D3GA 2NRZA 3SUOA 3GDQA 4GKJK 2WONA 3KZBA 4B1VA 4Z4FA 3TSUA 4B9SA 3M6GA 2Y1IA 5BRFA 3SYZA 1RTDA 5GAHP 3RTVA 4JKBA 4B3OA 4AH9A 5BRDA 1QHTA 1C0GA 2FBVA 3MDQA 3RVCA 4B1UB 1RCHA 1WSIA 4CZMA 3O1BA 3DOKA 4ID1A 2A1RA 1T3VA 4K0KK 4BVPA 4CVNE 3G10A 1K8AO 4LFAK 4RW4A 4OVLA 3UKRA 3I56N 3EE9A 4EHTA 3VEXA 3LM9A 2JWLA 3LAKA 2GWJA 1JLCA 3DRPA 3O08A 5KGWA 5ADXA 2UYTA 3NFAA 4BE1A 2G8UA 3OVNA 5GAEP 4QS7A 2WTUA 3HOTA 1T44A 1ZBSA 1TYQB 3WQUA 5HRPA 4JN4A 2O8FA 3SQ0A 4GV9A 1JL1A 4DV0K 4N41A 1NKCA 3SCXA 4FPAA 5AQLA 2Z1HA 1WNSA 1RTJA 2VGMA 4CJ3A 3MN5A 3TAPA 4X64K 3BY5A 4KHUA 1SZ2A 3VGKA 1B9DA 3DI6A 1XHZA 2HBMA 1U2VA 2YHAA 1J9AA 2IIRA 4AM7A 1LV5A 4BROA 3THWA 1S6PA 3EO3A 3I55N 2O8FB 4KH5A 5JLFA 1T03A 4H0XB 1A5VA 3TAMA 1Z26A 3CJCA 4NCBA 1BCOA 4IJAA 4HTUA 4GW6A 3TTCA 2ZWHA 3DRSA 2G8VA 2RHKA 1BQNA 4H5RA 3CC7N 5IWAK 4BDPA 3FFKB 4RG8A 1ZYQA 4B8CA 3H08A 1CXQA 3AARA 3OYAA 1IKWA 4FVUA 1WN7A 4HUEA 3L4IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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