2IDOA

Structure of the e. coli pol iii epsilon-hot proofreading complex
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
175
structure length
172
Chain Sequence
TRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
publication title Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 59
structure length 172
sequence length 175
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2idoA00
3AVLA 4QAGA 4QCLA 3NH1A 3MECA 3QETA 1UWBA 3VQDA 4F4KA 4FJ9A 1T03A 3SJJA 2P51A 3OYMA 4DSLA 4Q5VA 5CYQA 4CGHA 4CEOA 1X9MA 4FK2A 1RBSA 4E1NA 4DQSA 3M8PA 4CEBA 3VQPA 3OYGA 4IFYA 4FZZA 3RTVA 3KIOA 3VQQA 4ELVA 4CEDA 1D5AA 4FVMA 4DU4A 3TAFA 2E6MA 2Y1JA 2YNGA 2HB5A 1NK9A 1C6VA 3TAQA 4YFUA 2IOCA 2X74A 3DYAA 4NYFA 2KFNA 3ZCMA 1JLAA 1BIZA 1N5YA 4IKFA 3L2VA 4O55A 1D9FA 2Z1JA 2G8HA 3L2UA 3PX6A 3MXMA 3QLHA 3AA4A 3PO5A 1JLQA 3QEPA 1U4BA 3F73A 1NJWA 3OYNA 1K6YA 3QINA 3KK1A 4W5QA 1KSPA 3VQAA 2HVIA 3VQ8A 4N41A 4O4GA 2LSNA 5HRSA 1WSJA 1S1WA 2PYJA 5KGXA 2G8IA 4Q0BA 4CFAA 4CJRA 3U3YA 3CFPA 1HNIA 1RBRA 4HCCA 2KZZA 4CIGA 4J2AA 3VQCA 3F9KA 1BQNA 4LSLA 3PY8A 1TK5A 3ZSYA 4JS4A 4HTUA 1WLJA 3VA3A 4FJMA 4KHWA 3WNGA 3OYHA 4DLEA 4DTJA 4KI4A 3AO3A 4CFDA 1KCFA 4DFPA 2O4GA 4BDZA 2FBXA 4B8CA 3K58A 1ZYQA 1J53A 3KD1E 3TAPA 4M3RA 1SUQA 2EHGA 4FW2A 1RT6A 3C6UA 4F3OA 4H4OA 4HUGA 3AVGA 4Y1CA 2OZMA 4B9NA 3HO1A 1WN7A 4BE1A 1J9AA 1RT4A 4Z4FA 1EKEA 1XWLA 4PA1A 1U45A 3D45A 1QQCA 1LW2A 3L3VA 4AH9A 1L5UA 3A2FA 3ZT0A 3KLFA 2PZSA 1TAQA 3EYZA 4M3XA 1QHTA 1NK7A 2OPPA 4Y1DA 4DWIA 3OVNA 2HHXA 4DQIA 3OS0A 3LAKA 4J2EA 3RR8A 1IG9A 1TL3A 1TKZA 3I0RA 1JL1A 3E01A 3ZT1A 4DQRA 3TI0A 2E6LA 5CY4A 1SL0A 4J2DA 1RT1A 4KKOA 3HP6A 4FLUA 4B9TA 3SUPA 5CZ1A 3K59A 3CFOA 3KK2A 2KW4A 3DOKA 1RCHA 1R0AA 4CEAA 3SV4A 2VWJA 1B9DA 1ASWA 1B92A 1RDCA 3ZSOA 4CGIA 3L2QA 4ELUA 2JGUA 4FJ8A 3OYEA 3KJVA 4PUOA 3RRHA 3O3HA 4AHVA 2HNDA 1NKCA 1T7PA 4M3TA 2Z1HA 3AVCA 3CM5A 4FJ7A 1A5VA 3KLGA 4NCAA 5HRPA 3U3GA 1RT5A 2I5JA 3B6OA 1B9FA 2YHBA 3OJSA 3KLEA 2HHSA 4KHQA 4CF8A 4E7HA 4KHUA 4I9LA 3P5JA 3OYCA 1S5JA 1BQMA 2BE2A 3DRRA 4CGDA 1L3VA 1FXXA 4CFBA 4OVLA 4KHSA 2XHBA 4NCBA 4PQUA 3LP2A 3V9SA 3MXJA 4CIEA 4PY5A 1LWCA 4DLGA 1SL1A 1RTJA 3L2WA 4IFVA 3WNHA 4DSEA 3AV9A 3KKRA 3WNEA 1N6QA 3HYFA 1D8YA 3RMCA 4CJPA 1J54A 1NK0A 1WAFA 2Z1GA 4K8XA 2VG6A 3AVFA 4Z4EA 4OGEA 2G8WA 1YTAA 4NCGA 4AHSA 2D0CA 1S6PA 3O3FA 4DQQA 4KRFA 1C0TA 3LDSA 2RN2A 2BDPA 4FXDA 3AVMA 4FLXA 4RW4A 4EZ6A 1C1CA 4O44A 1UOCA 4QOZB 4KB1A 3NF7A 3NDKA 1TKXA 1JL2A 3O4QA 3NE6A 1LV5A 3NHGA 5HLFA 2YKNA 3OYBA 3I8DA 3K5NA 3AO4A 4EZ9A 1ZBFA 3P1GA 4AHUA 4KTWA 4BACA 2HW3A 1SKWA 1ZBHA 3AVIA 1TV6A 4OJRA 3BDPA 3S3OA 5SWMA 1KVCA 3QNOA 2HNYA 4H8KA 1S1TA 4DSJA 1HYZA 3L3UA 4M3UA 4N56A 4FCYA 3QEIA 1LAVA 1NK8A 4FK4A 3QEVA 4CESA 2GV9A 1SKSA 1D9DA 1MU2A 1REVA 1VSEA 2WONA 4CJEA 3SQ2A 4B9SA 2HHVA 1W0HA 2OPQA 4CGJA 4K8ZA 1Z26A 3OYDA 1U04A 3PX4A 1QTMA 1VSFA 3HPHA 4CHYA 4FM2A 4W5OA 3EY1A 2P5OA 5DMRA 3DI6A 3QERA 2WOMA 4I2QA 4CJUA 4OPKA 3KLIA 1XHXA 4C8OA 4FJHA 4CK3A 1JLBA 4CE9A 1RBTA 3LZIA 2YNFA 1CZBA 3SCXA 1NKBA 1ZBIA 2A1RA 2PYLA 3AA3A 1VSHA 4EP5A 2ITGA 1A5XA 1DTTA 4CF9A 4M3WA 3MEDA 4HCBA 5I42A 1EX4A 1BCOA 3C94A 4WE1A 3NH0A 3OY9A 4DFMA 3V6DA 1IKYA 4OGCA 3SI6A 3VQEA 4HUFA 1VSLA 4CERA 2KTQA 4IG3A 3NBPA 5CZ2A 3SQ0A 3SPZA 3IG1A 1KRPA 2A1SA 3U6FA 3ZSVA 3LWMA 3LWLA 5HBMA 3JYTA 3M8SA 1RNHA 4KV8A 4ID1A 1FKOA 1S1VA 2F96A 4L8RB 4FM1A 4FJXA 1NJXA 1BIUA 3H08A 3DLKA 3IRXA 4E1MA 3HP9A 1J5OA 2IGIA 3OS2A 5KI6A 4B9UA 1TK8A 2GUIA 4W5RA 2HHUA 1X9SA 3V9UA 1QE1A 1RTIA 3K2PA 1Q8IA 3P83D 3V1QA 5HRRA 4HUEA 4DTNA 3SUNA 2FBTA 2OZSA 3HJFA 1WAJA 1YT3A 1O1WA 5SZTA 3FFIA 4RW7A 2F8SA 1RILA 4CJLA 1WSFA 5J1EA 4ELTA 1HMVA 4AHRA 4CJWA 2W42A 3LPTA 2ZD1A 1VK0A 1RT7A 1UA1A 2HHWA 1JXBA 3KTQA 3LP3A 5DK5A 5KGWA 3IAYA 4DSKA 4FK0A 1L3SA 3TAEA 4DU3A 3V81A 2ETJA 4IBNA 4FLWA 4DF8A 4KAZA 1NK4A 4ZHRA 4N5SA 3HPGA 3MAQA 1YTUA 1Y97A 4CJVA 4DTXA 3LANA 3DRSA 3AO2A 1TGOA 4MQ3A 5FRMA 2E4LA 2B6AA 3KK3A 3NCIA 1NOZA 1C0UA 2RKIA 4F3TA 1HJRA 1XHZA 3DMJA 4CHNA 1VSDA 1RTDA 4KB0A 1VRUA 5JS1A 3NFAA 1S6QA 3SZ2A 4RG8A 2XY6A 3IS9A 3NGYA 1BISA 3D0PA 1BI4B 4BE2A 4F2SA 3HVRA 3NH2A 4F8RA 3VQ9A 4XIUA 3OYJA 4DU1A 4O5BA 4FLZA 3ISNC 3OS1A 5KRTA 3RMDA 1NK5A 1TAUA 3V9ZA 2DY4A 3KD5E 2ATQA 5C42A 2X6NA 3PO4A 1KFSA 1BGXT 3PUFA 5J2QA 4OKKA 1L3TA 2B4JA 2G8FA 2QK9A 1RDBA 2B5JA 3NGZA 4CJ3A 2XY8A 3LP0A 5HRNA 4DS5A 1TK0A 4C8LA 3T1AA 5CYMA 4E89A 4AILC 1RT3A 1RTHA 4M45A 3ALYA 1LW0A 2YKMA 4CJKA 3DLRA 3ZT2A 1FKPA 1IO2A 3HXMA 4M41A 5JS2A 1ZBUA 2F8TA 3QNNA 3NGIA 3SQ4A 5I3UA 4B9VA 3VN5A 4N76A 4GVMA 3V9XA 2OA8A 5J2PA 4E3SA 4KHYA 4Z4GA 2O4IA 3ULDA 2QKBA 4B9MA 4LSNA 4IG0A 1LAWA 1LWFA 5FDLA 4JS5A 4AHCA 2NUBA 2R7YA 3K5LA 3TANA 4LH4A 1G15A 4G1QA 3THVA 1QSSA 1ASUA 1RT2A 4KO0A 1Q9YA 1HPZA 1KVBA 1W9HA 1WSEA 4DSFA 4CJFA 2RF2A 3LZJA 1VSMA 3G0ZA 4ZTFA 3PX0A 1ASVA 3QESA 1KVAA 3QEWA 4DTUA 4FZXC 1I39A 1JXEA 3HVTA 4MFBA 2YV0X 1U49A 4CHZA 4C8NA 2FC0A 4IDKA 3WNFA 2IAJA 3C6TA 4CJ4A 2QXFA 4CECA 1KFDA 5E41A 3SV3A 4CFCA 4C8KA 5FROA 3RWUA 4FJKA 5FRNA 1SL2A 1IH7A 2HHQA 2YNIA 4KTQA 3DLGA 4B08A 4KREA 3OYIA 3SPYA 4M3YA 3CM6A 3TWHA 4DF4A 3O4NA 1T8EA 3AA2A 2KFZA 1RDDA 3RMBA 4W5NA 4KTZA 3S9HA 4CK1A 1U47A 1C1BA 4KHNA 4B8AB 4CCHA 4CEEA 1BI4A 4FW1A 2IDOA 2ZE2A 4I7FA 4ZTJA 4DMNA 5HP1A 2XRIA 3AVKA 1NJZA 3DM2A 4H4MA 3QIPA 4DTPA 4CHOA 1A5WA 4FJGA 4BDPA 3AO5A 3DLEA 4FJIA 1I3AA 2HHTA 4CEZA 2AJQA 1S1XA 3M8QA 1IKXA 3OJUA 4HHTA 2P5GA 4N47A 5HROA 2XY7A 2QKKA 4YNQA 3AVHA 1DLOA 1HRHA 5EU7A 4GMJB 3C95A 3G10A 1VRTA 3T3FA 4O0IA 1HQUA 3QO9A 4KFBA 1SKRA 1CLQA 3VQ6A 4FJJA 1F21A 2DFFA 4OLAA 4FJ5A 3AVJA 1VSIA 2Z1IA 1BL3A 4CJTA 1JKHA 3ZT3A 3K57A 4JLHA 4JRQA 3DLBA 4B9LA 4M42A 3HM9A 4W5TA 2D5RA 1TVRA 3DRPA 1ITGA 2YHAA 3ZSRA 1Q9XA 3RRGA 1KLNA 3O3GA 2GBZA 3OYLA 2EX3A 1WSHA 3QIOA 1XI1A 3L2RA 3S3NA 3TR8A 3AA5X 3SUOA 1JLGA 1CXQA 1GOAA 4DG1A 4CK2A 3TABA 4RW9A 1QSLA 3K5OA 2DFEA 4UQGA 2VWKA 3LPUA 4CEFA 4E0DA 1CXUA 3AVAA 4FYDA 1IKVA 2KQ2A 1TL1A 5KRSA 3NF9A 2YNHA 4FLTA 3NF6A 2HNZA 5C24A 3AO1A 5C25A 5KTQA 4CGFA 2KZMA 4E7IA 3MXIA 3VQ7A 1QS4A 4DTMA 5J2NA 4F2RA 1KTQA 3VQBA 2Q3SA 2DTUA 2FBYA 3LALA 3MEGA 4OKEA 3V9WA 4ID5A 4DFKA 3SQ1A 4FJLA 4RW8A 1IKWA 4EP4A 3ITHA 4DTRA 4M3ZA 1EP4A 1RDAA 4DFJA 3PV8A 1EETA 4C8MA 1WNSA 4CF1A 2G8KA 1S1UA 3RR7A 3OYFA 1ZBLA 3TAGA 2PY5A 3AVNA 1BCMA 3ZSWA 1JLCA 3QEXA 1HNVA 1L3UA 2VG5A 4CEQA 3ZT4A 5T7BA 4Z4IA 4LD0A 1TKDA 1HYSA 4BWJA 1CZ9A 4CIFA 1X9WA 2VG7A 3SNNA 3V1OA 3TARA 3RMAA 3LAMA 4LY7A 4J2BA 4ICLA 2HMIA 1C1AA 3AVBA 4FM0A 3HK2A 2HVHA 4RW6A 1DTQA 1JLFA 1Z25A 2DFHA 3CYMA 4NYNA 3OYAA 3B6PA 2Y1IA 4Z4CA 3HT3A 1SV5A 2XO7A 1U48A 1WSIA 3VA0A 4Z4HA 4DTSA 4E7LA 2ZQBA 1NK6A 3ZSXA 4GW6A 3L8BA 4FZYA 2D0AA 2IS3A 4R5PA 3M8RA 3NAEA 4CHPA 3V4IA 4DTOA 3DLHA 4OKJA 4B3OA 4CF0A 3TAMA 3LP1A 4BDYA 4CJSA 1S9GA 3VQ4A 1NJYA 5D3GA 3ZSZA 3EZ5A 4E7JA 1NKEA 3HPOA 1YVUA 3MEEA 1VSKA 3V1RA 4FLVA 4OPJA 1LWEA 3ZSQA 2OPSA 4CGGA 1UA0A 1VSJA 4CJ5A 4DSIA 4O0JA 1T05A 3HSTB 3OYKA 4FLYA 5J2MA 2BGGA 1RBUA 1RBVA 5K14A 4I2PA 1TKTA 1KLMA 4JRPA 2IC3A 1BHLA 2OPRA 3SYZA 3I0SA 1GOCA 3KKSA 3K5MA 4CJQA 4LH5A 3HL8A 3ASMA 3VQ5A 3CFRA 2BANA 4Z0UA 4CHQA 2D0BA 3SUQA 4KI6A 3KLHA 1FK9A 4BE0A 4TSXA 3UIQA 4KPYA 3NF8A 4E19A 1C0MA 2FBVA 3JSMA 2OYQA 1HQEA 4BWMA 1NOYA 2G8UA 1S9EA 1QSYA 3BGRA 4HVJA 2XY5A 4OLBA 1X1PA 2X6SA 4AHTA 4CF2A 3DOLA 2P1JA 1EXQA 1JLEA 3CG7A 3T19A 2RPIA 1GOBA 1WSGA 2G8VA 3S3MA 4DQPA 4FJNA 1XC9A 1HYVA 4I9QA 3CQ8A 4PWDA 4E7KA 2X78A 4DS4A 2JLEA 1UAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CVNE 3A5LC 2YI1A 3VQDA 4FJ9A 1MA9B 1T6DA 3SJJA 3OYMA 2Q31A 4CGHA 2Q97A 4DQSA 4DR4K 4YOTA 1HKGA 1D5AA 4FVMA 4DU4A 3HBTA 2Y1JA 3HM8A 4NXNK 1C6VA 3TAQA 3DYAA 3ZCMA 4WQ4A 2ASPA 1BIZA 1JLAA 1KXPA 1N5YA 1XNQK 5LL6Z 3L2UA 1JLQA 2RE2A 1IV0A 1T6CA 1NJWA 3IMXA 3QINA 3KK1A 4LF7K 3Q7CA 3VQAA 4AM7A 2HVIA 4OO1J 4N41A 4O4GA 2AP1A 2PYJA 5AZIB 1XMQK 2F7TA 3VQCA 2HHHK 4LSLA 4JAXA 3VA3A 1ATSA 3RSEB 3OYHA 2ZF5O 4KI4A 4CFDA 3M1FA 4DFPA 2O4GA 4Z94A 1ZYQA 1J53A 3CETA 3TAPA 3E9PA 4BRHA 1J5EK 2O8CB 2E2OA 4FW2A 2D4WA 3C6UA 3WXLA 4JKHA 4HUGA 1WN7A 4BE1A 1LOTB 1QQCA 1LW2A 1YF5L 2O8EA 3KLFA 4MDBA 2PZSA 4M3XA 4GVEA 3CD6N 2OPPA 1KQSM 1IG9A 3U9DA 3ZT1A 1NMDA 3R9PA 1RT1A 4H5TA 3HOSA 4B9TA 3CFOA 2KW4A 1G99A 5AQNA 3SAHA 4CEAA 1B9DA 4CGIA 1RGIA 3GOIA 3OYEA 4PUOA 3O3HA 4WF9L 4K43A 1SZ2A 2HNDA 1T7PA 4FWQA 1TUYA 2NZTA 2YHBA 4B1ZA 2HHSA 4BRCA 4CF8A 4E7HA 4I9LA 1BQMA 3MN9A 4CFBA 4FWOA 4OVLA 4PQUA 4FO0A 1HX1A 4CIEA 3N4QA 4DLGA 3KKRA 5AQXA 4UY8O 1Q81O 3HYFA 3UKUA 2Z1GA 3AVFA 3J8AA 1VQ8N 4NCGA 2WBNA 1S6PA 1C0TA 2F4VK 2RN2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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