2IDOA

Structure of the e. coli pol iii epsilon-hot proofreading complex
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
175
structure length
172
Chain Sequence
b'TRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSLHGALLDAQILAEVYLAMTG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
publication title Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 59
structure length 172
sequence length 175
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2idoA00
2HNDA 4DF4A 4YNQA 2XHBA 4ELVA 2FBTA 3ZSVA 3MAQA 3F9KA 3PX4A 2A1RA 4CJ3A 3OYKA 4PUOA 3G10A 3VQAA 2YNFA 1W9HA 4DMNA 4DFPA 1D8YA 1RBUA 4OPKA 1NKEA 4OGCA 3SUNA 4O44A 3SI6A 1Z25A 4HCBA 1NK0A 1S6PA 3NH2A 1HRHA 2G8KA 1HYZA 3RRGA 2BGGA 2VWKA 3OYDA 1R0AA 3MEEA 2ATQA 3S3MA 3KIOA 2DFFA 4YFUA 4B9VA 4CHZA 4KAZA 4HUFA 2XY7A 4FJJA 3DLGA 1TGOA 4J2EA 4NCAA 3WNEA 3KLHA 3DI6A 4DSLA 5CYMA 2XRIA 3M8PA 3SCXA 3IG1A 4CEDA 3QNNA 4B9TA 2G8VA 4KB0A 2DY4A 3KK1A 4L8RB 1RTHA 2B5JA 3OY9A 2Q3SA 1QSLA 1KVBA 3I0SA 3U3GA 4CCHA 4NCGA 1TKXA 3VA3A 4C8KA 5HRRA 2P1JA 2YNGA 3VQCA 3OYHA 4QAGA 4FW1A 4AHTA 3HP6A 1DTQA 1WAJA 2FC0A 3ISNC 4KHUA 1C1AA 4FZYA 3RR8A 5KGWA 3IAYA 2YV0X 4CJUA 3HXMA 4FJMA 1IKVA 1X1PA 4PWDA 1RBVA 4FYDA 3SUOA 1QE1A 1LAWA 2PYLA 4RW7A 2I5JA 3QO9A 4BE0A 1HJRA 4CGHA 4CF1A 1RNHA 1X9SA 3HJFA 4RW9A 1X9MA 1RT5A 4DU3A 4E7IA 1GOBA 3AO3A 1BCMA 1C1BA 1L3VA 1CLQA 2QXFA 4CEBA 1RT1A 5CYQA 3VN5A 4CECA 1T05A 4CIFA 4M3YA 1NK8A 4EZ9A 4CJQA 4F3OA 4FM0A 2F96A 2DTUA 2KTQA 3L2WA 3ZT4A 3WNGA 4FW2A 4HHTA 3SQ2A 4N76A 4AHCA 3QERA 3K59A 4PA1A 1BQMA 4E1NA 1TL3A 1FK9A 4E19A 1JL2A 3OS2A 3V9SA 4FJNA 4RG8A 3M8SA 4BE2A 4H4MA 4NCBA 2HVIA 3DLRA 1WSJA 1TK8A 4CJKA 3TAQA 4CFAA 4I7FA 4LD0A 4FK2A 1SKWA 1XWLA 3L3UA 3OYGA 1BL3A 5HBMA 4Q5VA 1JXEA 4M3RA 1N5YA 4DU4A 2EHGA 4LSNA 1ZYQA 4JRPA 1ZBLA 1DTTA 2AJQA 1NJYA 4Q0BA 3NF9A 4FK4A 4AHRA 1Y97A 3LP0A 3RRHA 3HL8A 4FJ9A 2HHWA 3K58A 3FFIA 4LSLA 4I9QA 3NBPA 3P83D 3OYFA 1U4BA 4CJWA 3VQ8A 4OPJA 4CEOA 2OZMA 3VQEA 4FLWA 3AVAA 3K5NA 5HRNA 3CQ8A 3M8RA 1A5XA 3SV3A 4EP5A 1BQNA 1WSEA 4W5OA 2XY8A 1TKZA 1VSEA 3DLEA 4O0IA 4I9LA 4KI4A 3ULDA 4DSKA 4IDKA 4F2SA 3LP3A 3VQ6A 1VSIA 3AVBA 1ASUA 4DTMA 1NKCA 5HP1A 2F8TA 3PUFA 3OYCA 4MQ3A 1XC9A 4CF9A 1CZ9A 3NGYA 4CESA 3OYEA 4KFBA 3QNOA 4J2BA 4FJXA 3CFRA 4CJLA 4BE1A 3TI0A 1Q8IA 1HMVA 2FBXA 1ASVA 1U04A 2RPIA 5EU7A 3OYAA 4QCLA 4UQGA 1WNSA 3K57A 3TAPA 3S3NA 4OLAA 4M3UA 2P51A 2F8SA 4G1QA 1HYSA 4CGGA 3NFAA 1QQCA 2GV9A 3C95A 3IRXA 3OJUA 4DWIA 1MU2A 1JLAA 1S1UA 1VSJA 4DTSA 3QLHA 4F4KA 4CK2A 1WN7A 4FJ8A 1QS4A 1VSLA 3V81A 1ITGA 1LW0A 3ZSZA 3AVCA 3AVIA 2HVHA 4IG0A 1SL1A 1KVCA 2PYJA 5J2QA 5D3GA 3AA3A 2YNIA 2OPRA 3ITHA 1RDCA 4M41A 1GOCA 2G8FA 1C6VA 4CEQA 3HP9A 3KLIA 3P1GA 1VRUA 5KRSA 4ID5A 1HQEA 1NOZA 2D0AA 3HPOA 3L2VA 2VWJA 2OYQA 2G8HA 5HRPA 3ZCMA 4TSXA 3SZ2A 4DTUA 3TANA 1C1CA 1HNVA 3C6TA 3B6PA 2DFHA 3WNFA 1EETA 5HROA 3DOLA 4FM2A 3ZSOA 4GW6A 1G15A 3O3FA 4CFBA 3O3HA 5CZ2A 4FLYA 4XIUA 3DLBA 3EY1A 4FCYA 4CJFA 5T7BA 2RKIA 1BIZA 1RT6A 2ETJA 4CEFA 3PX0A 3ZSYA 3AO4A 4GMJB 4DU1A 3U6FA 1FKPA 3AVNA 1IKXA 1UWBA 3ZT2A 3SQ0A 4OGEA 4JS4A 4DG1A 3JSMA 1X9WA 1RT7A 3NCIA 2X74A 4ID1A 3OJSA 3V9ZA 4BWMA 3PY8A 3MXIA 3D45A 2PZSA 3VQPA 1TKTA 4M3ZA 1CZBA 4N5SA 1I39A 3LAMA 1C0TA 3MXMA 2B6AA 3NF8A 4LH4A 4N56A 4Z4FA 2A1SA 4CEZA 2HHQA 3CFOA 1S9EA 1S6QA 3KKRA 1UAXA 2D0BA 4OVLA 4CERA 4CJ5A 1SV5A 2YKMA 1HYVA 4DSIA 4JS5A 3HT3A 2VG6A 4CK3A 3QEVA 3LZIA 1IH7A 1RCHA 5FRNA 4Z4GA 3OYIA 4DTPA 3NAEA 2FBYA 1BGXT 2IAJA 3K5OA 4KV8A 1KLNA 1QHTA 3SYZA 1WSGA 2D5RA 2X6NA 3V1OA 4FJ5A 1LV5A 3DM2A 4DQSA 1TAUA 4AHUA 4E0DA 1RT3A 1U45A 2R7YA 3CFPA 1SL0A 1WSFA 4NYNA 1J54A 1CXQA 2D0CA 1IO2A 3SJJA 4KB1A 4WE1A 3AV9A 2KQ2A 1REVA 4CHQA 4DLGA 4IFYA 3QEIA 4K8XA 3LWLA 4AHVA 1VSDA 4KHYA 1RT2A 5E41A 3SQ4A 4H4OA 4K8ZA 3A2FA 3LP1A 3V9XA 1S1WA 4DS4A 2Y1IA 1BCOA 1EXQA 4OKKA 3VQ4A 3BDPA 1WLJA 1YTAA 4CJSA 3OYMA 3NHGA 2HHTA 1EKEA 4CJPA 1JLGA 2O4GA 3SV4A 3AO5A 4CJVA 3D0PA 2E6MA 3IS9A 4ZHRA 2XY5A 4LY7A 3OYJA 4BDZA 2P5OA 1QTMA 4FK0A 3KKSA 1ZBUA 3H08A 4DFKA 1IG9A 2P5GA 5KRTA 3OVNA 4C8LA 4CEEA 3DMJA 4F3TA 1B92A 2YHAA 4KHQA 4B9SA 4DQQA 1T7PA 4E1MA 3LPTA 4HUGA 4FJIA 2JLEA 3V1RA 2HHUA 3AVLA 4MFBA 1WSHA 3HM9A 4FJGA 1ZBHA 1NK7A 1TK0A 3KK3A 2ZD1A 2IOCA 3TAGA 3ZSQA 4OKJA 3OYLA 3DOKA 3C94A 2E6LA 4DSFA 1D9DA 2HMIA 1KSPA 2G8WA 3THVA 3V9WA 4HCCA 3QESA 5DMRA 1JKHA 3O4QA 4M42A 4DTNA 4DSJA 2XO7A 4LH5A 4DFMA 1BI4B 3DLKA 1K6YA 1U49A 2VG5A 4DQIA 3NF7A 5J2MA 1KFSA 2X78A 1RT4A 4CF0A 5I42A 3JYTA 1RTJA 5K14A 1EP4A 1TKDA 4IFVA 1BHLA 1C0MA 1FXXA 1GOAA 4CGDA 3KJVA 3SUQA 4BACA 5KGXA 5SWMA 1NJWA 1KFDA 3CG7A 4RW4A 2GBZA 1N6QA 3QIOA 4M3XA 1NJXA 4R5PA 1TV6A 1L3SA 4OKEA 1RDBA 3TAMA 3KK2A 1XI1A 4F2RA 3I8DA 1QSSA 1TL1A 3ZT3A 2KW4A 4NYFA 1JLQA 1LW2A 2HB5A 4I2PA 3NGZA 4E3SA 1KRPA 2PY5A 4AILC 4BDPA 3E01A 4E89A 5C25A 1JLCA 4N41A 1VSKA 4CHOA 4RW6A 3NGIA 3WNHA 3HPGA 3QEPA 1SKSA 2OPSA 4CK1A 2BE2A 3VQQA 4HTUA 3DRSA 4E7HA 2W42A 1T03A 2KZZA 4Z4CA 2RN2A 3L2QA 4DTOA 3RMCA 2HHVA 1VSMA 4PQUA 2Z1GA 3AA4A 5CY4A 3PX6A 2QK9A 2EX3A 2IDOA 4FZXC 4CGIA 4DQPA 4W5QA 1B9FA 1I3AA 2B4JA 4FLVA 3ZSXA 2OZSA 4F8RA 3KLEA 4FVMA 3LWMA 1NK5A 2ITGA 3HSTB 3KLGA 1NJZA 3NH0A 1LWEA 1TVRA 4CJEA 4DTXA 1ZBFA 3MECA 4KPYA 3DRRA 5HLFA 4KI6A 3VA0A 3HVRA 2Z1HA 4CFDA 1HNIA 3LDSA 4J2AA 1C0UA 3VQ7A 5HRSA 4CHNA 3L8BA 3G0ZA 3NE6A 3AVFA 4BDYA 4E7LA 3PO5A 1NKBA 1LWCA 3AVMA 3VQDA 3ALYA 5J2PA 4GVMA 4C8MA 1KLMA 1JXBA 4B9NA 4ICLA 1UOCA 1S5JA 3LP2A 2IGIA 4Z0UA 1IKWA 1RBRA 3C6UA 3QIPA 4O4GA 3P5JA 4M45A 3K5MA 1NK4A 1Q9YA 4ELTA 4M3WA 2HHXA 4W5NA 2Z1JA 4KKOA 4CIGA 1JLEA 3SUPA 3L2RA 3QEWA 3LANA 2BDPA 2G8UA 3TWHA 1JL1A 1TAQA 4DFJA 3RMDA 4ZTJA 4AH9A 3SPZA 1VSFA 4FLTA 4CJ4A 1UA0A 4C8NA 2HW3A 4I2QA 4QOZB 3CYMA 4FLXA 1L3TA 4C8OA 1VK0A 2HNYA 3KD5E 1T8EA 3LAKA 2IC3A 3PV8A 3ZT1A 4ZTFA 1L3UA 3ASMA 4W5RA 3TAEA 1XHXA 4JLHA 1J53A 3NH1A 4B9LA 3O3GA 4FJ7A 4DF8A 4O0JA 3AO2A 4AHSA 5C42A 4FJKA 2QKKA 4KHSA 1BIUA 3KD1E 3HPHA 4FJLA 4IG3A 4H8KA 1W0HA 3AVGA 3KLFA 1J9AA 4CHPA 3RR7A 3KTQA 1S1XA 3HK2A 3TABA 1NK9A 2E4LA 2X6SA 4EZ6A 2WOMA 3LPUA 3VQBA 3DYAA 1F21A 3T19A 3L2UA 5I3UA 1J5OA 4OLBA 1A5VA 4CF2A 5FDLA 4B8AB 4ELUA 3UIQA 1JLBA 4FXDA 3K5LA 3OS1A 4CF8A 4CJRA 4DTRA 1S9GA 3V4IA 3NDKA 1Q9XA 3RWUA 2ZQBA 4M3TA 5J1EA 3QETA 4Y1DA 4KREA 1LAVA 1RTIA 1A5WA 3T1AA 3SQ1A 3DLHA 4FZZA 4KHWA 3MEDA 3AA2A 2OA8A 2VG7A 5CZ1A 1RILA 1EX4A 4Z4HA 4CHYA 1SKRA 1BI4A 1RDAA 2NUBA 3VQ5A 4CIEA 3ZSRA 2HNZA 3RMBA 4DSEA 2OPPA 2GUIA 2KFZA 3PO4A 1L5UA 5FROA 2XY6A 1SL2A 1NK6A 3OYBA 4DTJA 3BGRA 4BWJA 3HO1A 1KVAA 1WSIA 3T3FA 3S3OA 1YT3A 2QKBA 3VQ9A 3AVKA 3TAFA 4J2DA 1KTQA 3SNNA 5C24A 3S9HA 3RTVA 3TARA 1QSYA 4B9MA 4CFCA 3U3YA 4DQRA 2DFEA 4KHNA 4FLZA 1KCFA 2JGUA 3V9UA 4KTZA 1B9DA 1TK5A 2YHBA 4CE9A 1S1TA 4B8CA 2Z1IA 3QEXA 3L3VA 4JRQA 1D5AA 4KTWA 4Z4EA 3V1QA 3DRPA 1S1VA 2WONA 5JS2A 4EP4A 3M8QA 3NF6A 3LALA 4HVJA 4IBNA 2Y1JA 3OYNA 1LWFA 1HPZA 2KFNA 4DLEA 3ZSWA 1FKOA 1Z26A 4B3OA 3MXJA 3AA5X 2KZMA 4CGFA 4RW8A 1JLFA 3AVJA 3RMAA 1D9FA 2O4IA 1YVUA 3SPYA 2BANA 4KO0A 1DLOA 5SZTA 3F73A 4HUEA 4CGJA 4DS5A 1VRTA 4N47A 1XHZA 1RTDA 2G8IA 4OJRA 1RBSA 2RF2A 4KRFA 3AVHA 4FM1A 3MEGA 4FLUA 4E7KA 3ZT0A 4O5BA 4E7JA 2HHSA 5FRMA 3CM5A 3CM6A 3K2PA 2YKNA 3QINA 1ZBIA 3TR8A 1IKYA 4IKFA 1YTUA 1RBTA 4CJTA 3B6OA 1U48A 5DK5A 1U47A 4B9UA 2FBVA 2LSNA 3O4NA 3EZ5A 2IS3A 1RDDA 4O55A 1UA1A 5J2NA 5JS1A 1ASWA 3HVTA 3LZJA 3AO1A 4B08A 4Z4IA 4PY5A 2ZE2A 4CEAA 3OS0A 1VSHA 1CXUA 5KI6A 4KTQA 1WAFA 1BISA 4W5TA 1O1WA 2YNHA 4FJHA 3I0RA 1HQUA 1SUQA 3EYZA 3V6DA 1NOYA 5KTQA 3HYFA 2OPQA 4Y1CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XHBA 1GLAG 3GDQA 4H5WA 3ZSVA 2WTUA 4FSVA 3G6EN 2YNFA 4DFPA 1RBUA 3E66A 3KZBA 1NKEA 4OGCA 4B3SK 3SI6A 4M3YA 1NK0A 4H0VB 1HYZA 3RRGA 2BGGA 3S3MA 3KIOA 2DFFA 4YFUA 4LC9B 4A2AA 1YIJN 3MN6A 1Y64A 4KAZA 2XY7A 5AQUA 3WNEA 3VF4A 3KLHA 3M8PA 3QNNA 2G8VA 4L8RB 1RTHA 1BA1A 1QSLA 4FWMA 4CCHA 4NCGA 1TKXA 4BR0A 5HOOA 1NGJA 4FW1A 5AQKA 1DTQA 1HKBA 2QWMA 1OH6A 3ISNC 3CCRN 4CJUA 4FJMA 1RBVA 4FYDA 4CZLA 4JKBA 5BN9A 1U2VB 2PYLA 4RW7A 3QO9A 5AFUH 2F7TA 3DWLA 2Q0UA 1HJRA 4JKHA 3A8YA 3D7EO 4JKDA 3AO3A 4JKGA 1T05A 3VN5A 5EXWA 3K9KA 4CJQA 4FM0A 2F96A 2KTQA 3MN5A 4YOXA 1LCUA 4RCHA 1K8AO 1E3MA 4JV5K 2CGKA 1TL3A 3OS2A 4RG8A 3KWGA 3DLRA 1WSJA 5M1PA 3Q7BA 4CJKA 1TK8A 1QVFM 2O8FB 4I7FA 3HBTA 4M3RA 2UUCK 1ZYQA 1SZ2A 4JRPA 3THWA 1DTTA 1NJYA 3VPZA 2HHWA 3NBPA 2OZMA 3VQ8A 3AGRA 3CETA 3AVAA 3CD6N 2O8EB 4YORA 4EP5A 1HLUA 1V4TA 3ZEUB 3WXLA 1TKZA 4O0IA 4I9LA 1VQON 3VQ6A 2WFBA 2F8TA 4JI3K 3OYCA 1IV0A 2VYPA 4NXMK 4RTFD 4EHUA 1Z05A 5E84A 1YHQN 3QNOA 3TI0A 1HR0K 1NBWA 3D2FA 5EU7A 3S3NA 4M3UA 1VQLN 1HYSA 3NFAA 2GV9A 3C95A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TPQ A;  4GKK K;  3K5L A;  4CJR A;  1Q9X A;  1HKG A;  3NDK A;  1N32 K;  2YI1 A;  3QET A;  1DT9 A;  1LAV A;  3T1A A;  3SQ1 A;  3AA2 A;  1EX4 A;  4Z4H A;  4JYA K;  4DSE A;  2OPP A;  3PO4 A;  2WUS A;  2QWQ A;  2XY6 A;  3O9U A;  3OYB A;  3BGR A;  4BWJ A;  3HO1 A;  1KVA A;  3T3F A;  3S3O A;  3HOT A;  3J80 O;  3TAR A;  3RTV A;  4KHN A;  2JGU A;  1TK5 A;  1S1T A;  2Z1I A;  3GL1 A;  3V1Q A;  1BDG A;  1S1V A;  5JS2 A;  3LAL A;  1LWF A;  3MCP A;  1HPM A;  3HI0 A;  2ZGZ A;  3J7Y P;  3AA5 X;  1JLF A;  5FPN A;  2BAN A;  5SZT A;  1M1K O;  1VRT A;  4G9Z A;  4WFN L;  1RBS A;  4NO7 A;  3O8M A;  2HHS A;  4KH5 A;  3CM5 A;  2YKN A;  3EEQ A;  3QIN A;  3CCE N;  1ZBI A;  2D0P A;  3H46 O;  4IKF A;  3VOV A;  3B6O A;  5DK5 A;  3CXC M;  4JNE A;  1ASW A;  3AAR A;  3AO1 A;  2ZE2 A;  1RDW X;  5KI6 A;  5LL6 Z;  1O1W A;  2QA4 N;  1HQU A;  1SUQ A;  3CJC A;  4IEI A;  1OH7 A;  4Y1C A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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