2IDOA

Structure of the e. coli pol iii epsilon-hot proofreading complex
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
175
structure length
172
Chain Sequence
TRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
total genus 59
structure length 172
sequence length 175
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2idoA00
1NOZA 3NGIA 4DFPA 3UIQA 3L3VA 1VK0A 1S1TA 4E0DA 1REVA 3VQQA 1RTHA 2VG5A 2PYJA 4CFDA 4OKEA 4F3OA 4N76A 4CJ3A 1R0AA 5HBMA 4CJ4A 5HRNA 4DSIA 4Z4GA 2A1SA 3K5OA 1RNHA 4I7FA 4CJKA 4UQGA 3LP2A 2P51A 3NFAA 4FM2A 2YNIA 1BHLA 4HUEA 1EP4A 4ICLA 4CGGA 2G8FA 1IO2A 1U45A 4CJFA 2BE2A 2F8TA 1FKPA 2O4IA 2F96A 1S6QA 3VQBA 3K57A 2X6SA 3VA3A 3QETA 3TI0A 3B6OA 1SKWA 2HMIA 2OZMA 2RN2A 4FM0A 4YNQA 3HPOA 3TARA 2KTQA 1VSHA 4PWDA 3HVTA 5C42A 2FBVA 4FLYA 3AVIA 3K5NA 3DRPA 3MAQA 4FJHA 3RMAA 2WOMA 1S6PA 5J2MA 2F8SA 4CJUA 2D5RA 3HPGA 2PZSA 4JS5A 3KK1A 4KRFA 1EX4A 4C8KA 1ZBHA 3ZSQA 3KKSA 4KAZA 4W5RA 5CYQA 3AVLA 4DWIA 1JL2A 3NGYA 4DF4A 4O44A 3K5LA 2ZQBA 4DSLA 3AO5A 3TR8A 2D0AA 3KKRA 4CERA 3OYLA 2KFZA 3PX6A 2QK9A 3IS9A 4H8KA 3H08A 4E1MA 4R5PA 3KTQA 2OYQA 1LV5A 1WSIA 5D3GA 4QOZB 3MXJA 1QE1A 1J54A 3SQ4A 1S9EA 3T1AA 4KTZA 4KHWA 4HUFA 1FXXA 3A2FA 3LDSA 4FJ5A 4NYNA 2HNZA 3LWLA 4FLXA 4FLVA 5E41A 1ASUA 3O3HA 4CEBA 1RDBA 1VSLA 3T3FA 1VSDA 3VQ7A 2BGGA 3ZT3A 2DFHA 3OYAA 3DLGA 3C6TA 4DLEA 1T05A 3WNHA 3DLHA 4C8OA 1G15A 4QCLA 1UAXA 2HHUA 4B9TA 1ASVA 3P5JA 5KGXA 4YFUA 1RDDA 1SUQA 1HNVA 4E7JA 3PV8A 3V1OA 3KLHA 4DSEA 3G0ZA 1NK4A 3C95A 4CJLA 2WONA 3O3FA 2PY5A 1ZBLA 4KHNA 3RRHA 2X6NA 2FBYA 1JLEA 3O4NA 3V9UA 5HP1A 1X9WA 3OY9A 4CHQA 3S3NA 1T8EA 2G8VA 2Z1JA 2E4LA 2X78A 1C1CA 3O4QA 1WAFA 1HPZA 4CIGA 4B9NA 4O4GA 4KHSA 2HHQA 3AVFA 3P1GA 4Z4HA 3CQ8A 1CZ9A 3ZSWA 3LZJA 2GBZA 3AVGA 3ASMA 3PO4A 1RCHA 3DRSA 4FLZA 2HB5A 4KHQA 4J2AA 1BCMA 5HRSA 1KFDA 3TWHA 3QNNA 4IBNA 2KW4A 5DMRA 1BQNA 1O1WA 1QSLA 4DTXA 4KTWA 3V6DA 1UA0A 4CJ5A 3QEVA 4RG8A 1RT4A 4LH5A 5CZ1A 4DF8A 4Y1DA 3NBPA 2B5JA 5C24A 4E19A 3NHGA 3VQPA 3BDPA 1XHXA 4DTMA 4Z4FA 2Y1IA 4Z4EA 3AA5X 1RBSA 3CM5A 4AHCA 4M41A 4O55A 1SL0A 4CGHA 1GOBA 3OYFA 4CCHA 2PYLA 3CFPA 3TAGA 1WSGA 1WSEA 1K6YA 4DFJA 3AO2A 5HROA 3TAMA 1QSSA 3RMCA 2GUIA 3HVRA 1HQEA 4BDPA 2ETJA 2DFFA 5FRMA 4JLHA 4W5OA 4BDZA 4RW9A 1RT7A 1N5YA 3TABA 4CF0A 1YT3A 4AHSA 2NUBA 4CHYA 4DU1A 2A1RA 1X9SA 4KB1A 5J2NA 3NAEA 1S5JA 2D0CA 1DTTA 5FROA 3WNGA 4DG1A 4MQ3A 4ZTJA 1SL2A 3AVHA 4CJQA 4F2SA 1KFSA 3AA2A 1KLMA 5FDLA 4CGFA 1RT6A 3K59A 1RT5A 1T03A 4AHUA 4CEFA 2IC3A 3OS0A 2HVIA 1TKXA 4E7IA 3FFIA 3HJFA 1B92A 1N6QA 4N47A 3VQ4A 4M3WA 4AILC 4FZYA 3V1QA 1BIUA 3V9SA 4CGIA 3L3UA 3SNNA 5KTQA 1LAWA 1TK5A 4I2PA 1JLFA 1S1UA 1TKTA 5HLFA 3OYBA 1QSYA 1IG9A 3AVMA 2ZE2A 3I0SA 4ELTA 4B8AB 1GOCA 3AVKA 5KI6A 1I3AA 4E3SA 1WSHA 1J9AA 4RW7A 1NKBA 4M42A 1KTQA 3VQ9A 4FYDA 2HHSA 1F21A 4OVLA 3ZT1A 4KTQA 4IFYA 3LAKA 2O4GA 4CHZA 3CFRA 4DU3A 4M3YA 1RILA 3M8SA 1BQMA 1C0TA 5K14A 3KLFA 3SQ0A 3F9KA 4ID5A 4DSFA 4I9LA 5C25A 2RF2A 3E01A 4DS5A 1MU2A 3DLKA 4E7HA 2XRIA 3ISNC 1RBVA 1TAUA 4IDKA 1RBUA 3EY1A 4DTOA 3K2PA 2BDPA 3RMDA 3RWUA 4CK2A 4L8RB 1WN7A 3KK3A 4CJEA 1YVUA 1L3UA 1L3VA 4FJNA 1BI4B 2YHBA 3NF7A 1NJWA 4ZHRA 4OKKA 4CEEA 1TK0A 3V81A 4IKFA 3OYNA 4KI6A 1TVRA 4AHRA 3TAQA 3SI6A 2HHTA 1LWCA 2OZSA 3HK2A 2HNDA 3G10A 3VA0A 2FBXA 3NGZA 3T19A 3LZIA 2OPSA 4CJSA 1KLNA 4OLAA 2P1JA 2XY7A 3OYDA 4J2BA 1HMVA 1IKYA 3DOLA 1TL1A 4EZ9A 3AO3A 3M8RA 3MXIA 4EZ6A 1X1PA 2EHGA 5J1EA 2P5GA 4QAGA 3ZT4A 3IAYA 4J2DA 4FJ8A 4BE2A 1QHTA 4FJXA 1JLAA 2IAJA 3IRXA 4CGJA 3S3OA 2G8IA 4CHPA 4FJMA 3DYAA 1NKEA 1RTDA 3ZSZA 4OGCA 3RR8A 4FJJA 1CZBA 4FLTA 4FZXC 2XY8A 1WLJA 4DTJA 3RMBA 3ZSVA 5SWMA 3HPHA 3LWMA 4HCCA 3KK2A 3NF8A 1BI4A 2JLEA 3V9ZA 3SUNA 4G1QA 4W5TA 1NK6A 3JSMA 3L2QA 1L5UA 4F2RA 4CIEA 2JGUA 4CFAA 4KI4A 2D0BA 1YTUA 1NJYA 4K8XA 4CIFA 1HYSA 1IKWA 1CXUA 1TAQA 4Z4CA 1D9DA 4GMJB 1D8YA 4CESA 4DQSA 3ITHA 4HTUA 4DTUA 4HCBA 1HQUA 4CGDA 4KPYA 2E6MA 1WSJA 3KLGA 4C8NA 1XI1A 4I9QA 4E7KA 1UWBA 3CG7A 4B9VA 4PQUA 4TSXA 4B9MA 3DRRA 5KRTA 3MECA 5I42A 1A5XA 4M3UA 1BL3A 2DTUA 3DLBA 3PO5A 4NCAA 3ALYA 4W5NA 3TAPA 1JKHA 1SV5A 3LANA 3M8PA 2HW3A 1EKEA 4B08A 4CEAA 3HL8A 1A5WA 4FM1A 1YTAA 3RR7A 1JXBA 2Z1GA 4AHVA 3QEPA 1RT1A 4KV8A 4CK3A 4PY5A 2YNGA 2ITGA 1LW0A 4Z0UA 4E89A 4B3OA 2GV9A 3EYZA 3SUPA 1NK9A 4C8MA 3KLEA 3QEXA 3TAEA 1NJZA 3DOKA 3O3GA 3ZCMA 3S9HA 1L3SA 1BGXT 3CYMA 2IOCA 4B9SA 1JLQA 3SV4A 2ZD1A 4BDYA 1RT2A 2ATQA 1LWEA 3AVJA 3AVNA 3V1RA 3QESA 3QEIA 4B9UA 3OYJA 1BIZA 3LP0A 4DU4A 4ELVA 4KHYA 2IS3A 1HYVA 4LH4A 4CEQA 2XY6A 5I3UA 4OPJA 4CF8A 3PX0A 3QIOA 1QTMA 3SV3A 1ASWA 1HRHA 3AO1A 1I39A 3AV9A 4N5SA 4DLGA 3AA3A 1JLGA 3I8DA 1B9FA 1VRUA 1XC9A 4CE9A 4O0IA 1WSFA 2DFEA 5FRNA 1S1XA 3NF6A 4FLUA 1KSPA 1RBRA 2KFNA 3ZT0A 2HVHA 2DY4A 3VQ5A 4NYFA 4DQRA 4DSJA 1IKXA 1VRTA 1TKDA 2RPIA 3M8QA 1W0HA 1C6VA 1KVBA 1LW2A 2Z1HA 3OYCA 3OYGA 3QNOA 3B6PA 1D5AA 1L3TA 3OS1A 4H4OA 4PA1A 4EP5A 4FLWA 3U6FA 4K8ZA 4BE1A 3QEWA 4LSLA 4CJPA 1C0MA 4CF1A 3AVBA 3HSTB 3VQ6A 3MEEA 3OYKA 4DFKA 3IG1A 3LALA 3AA4A 1TL3A 2OPPA 4FVMA 3VQEA 1Y97A 3ULDA 1DTQA 5J2QA 2B6AA 1LWFA 3HP9A 4CEDA 4CFBA 4W5QA 4FJ7A 4NCGA 2OPQA 1QS4A 5KGWA 3U3GA 3OS2A 4HUGA 4FK4A 4BACA 3OJUA 2Z1IA 1VSKA 3V9WA 4ZTFA 3SPYA 4N56A 2YHAA 3NF9A 3AVCA 3BGRA 4IFVA 4J2EA 2IDOA 3OYIA 3LP3A 3VQ8A 4JRPA 3L8BA 4DTPA 3TAFA 3NDKA 1T7PA 4FJ9A 3DLEA 2YNHA 3AO4A 4ID1A 3RRGA 1Q8IA 4PUOA 1WNSA 1D9FA 1LAVA 3LAMA 3NH2A 4E7LA 4CFCA 4JS4A 3OYEA 1RT3A 3VQAA 1RDCA 3MEDA 3NE6A 4F8RA 1C1AA 1WAJA 1KVAA 4CJRA 4DMNA 4CHOA 3AVAA 2HHXA 4GVMA 4LY7A 1TGOA 1XHZA 2XHBA 3L2WA 3QERA 2KZMA 2B4JA 3MEGA 1U49A 2QKBA 3QINA 3K5MA 1JLBA 4GW6A 4CJVA 3I0RA 4FW2A 1XWLA 4H4MA 1VSIA 3DMJA 4FZZA 4RW4A 3DM2A 5JS1A 2W42A 3WNFA 3KIOA 1ZBIA 1KCFA 2FC0A 4I2QA 4M3XA 2G8WA 3D0PA 1UOCA 3U3YA 5EU7A 1NK5A 4Z4IA 3ZSYA 1JLCA 4RW6A 4LD0A 4EP4A 5CZ2A 3L2RA 4CJTA 4CEZA 4XIUA 3L2VA 4OPKA 5T7BA 2R7YA 4CJWA 3QIPA 1VSJA 4MFBA 4DTRA 4OKJA 2VG6A 1ZYQA 2XO7A 1NK0A 3V9XA 2G8UA 1IH7A 4F3TA 1VSMA 1S1VA 3EZ5A 4NCBA 4IG0A 3QLHA 4C8LA 1S9GA 3CFOA 4HHTA 4F4KA 4M3TA 4Y1CA 3CM6A 3ZT2A 2VG7A 4FK0A 5HRRA 2X74A 2FBTA 3OYMA 3HM9A 3ZSOA 2YV0X 2VWKA 3TANA 1Q9YA 3C94A 4DQPA 3HT3A 3KD5E 1DLOA 1S1WA 3DLRA 5HRPA 3LP1A 1C1BA 3KD1E 1JXEA 5CYMA 4AH9A 3F73A 1NOYA 2G8KA 3SZ2A 4O5BA 3WNEA 1KRPA 2P5OA 4OLBA 4DTSA 3HYFA 1Q9XA 4KHUA 3VN5A 1EXQA 1A5VA 3DI6A 4CF2A 1RTJA 3D45A 4IG3A 1RBTA 2IGIA 2HHWA 2BANA 4KO0A 2KZZA 3LPUA 3NCIA 1HJRA 1EETA 4JRQA 3SUQA 1TK8A 2EX3A 3PUFA 4FK2A 1U47A 1U48A 3S3MA 2Q3SA 3SYZA 3OVNA 1NK8A 1SKRA 5KRSA 1GOAA 3SUOA 1X9MA 1KVCA 2YKNA 1Z25A 3SJJA 4FJKA 3HP6A 1IKVA 4OGEA 3V4IA 2YNFA 3SQ2A 3SQ1A 4FJGA 1TKZA 1RDAA 1B9DA 3KLIA 4E1NA 3OJSA 3NH0A 2OPRA 3RTVA 4KFBA 3HO1A 2OA8A 4DS4A 2E6LA 1ZBUA 4Q5VA 1RTIA 1CXQA 1J53A 1VSEA 4BWMA 3KJVA 4DFMA 4BE0A 2HNYA 3QO9A 4KKOA 4O0JA 1SKSA 4B9LA 4FXDA 3SCXA 4CF9A 5J2PA 2HHVA 1NKCA 1ZBFA 2RKIA 4OJRA 4DSKA 4KREA 3HXMA 3THVA 1HYZA 2YKMA 3JYTA 1JL1A 1W9HA 3PY8A 1NJXA 4Q0BA 4WE1A 1CLQA 4ELUA 1C0UA 1NK7A 5CY4A 2G8HA 4CHNA 4DTNA 1Z26A 3LPTA 2VWJA 3SPZA 2LSNA 3C6UA 4CEOA 4BWJA 3MXMA 2QKKA 2I5JA 3OYHA 1BISA 2Y1JA 2KQ2A 3VQCA 4CECA 1UA1A 4FCYA 1J5OA 5JS2A 4FW1A 3ZSXA 2QXFA 3L2UA 1TV6A 4B8CA 1U4BA 1SL1A 4N41A 4M3RA 4M45A 1FKOA 4M3ZA 3P83D 3ZSRA 1BCOA 4AHTA 4CK1A 5SZTA 4FJIA 4FJLA 1HNIA 1VSFA 4DQIA 4KB0A 3VQDA 1FK9A 1ITGA 3PX4A 4HVJA 4LSNA 3K58A 1U04A 2XY5A 2AJQA 3NH1A 4RW8A 5DK5A 4DQQA 1QQCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGHA 2IVNA 1SZ2A 1VK0A 4DV1K 1RTHA 3EE8A 3M6GA 3VEVA 3O1WA 3MCAB 1BDGA 1Y64A 4Z4GA 4UQGA 3NFAA 1WUAA 4ICLA 2G8FA 1IO2A 3CCMN 1FKPA 1S6QA 3K57A 3TI0A 2RN2A 4FM0A 3HPOA 2KTQA 4DR7K 5C42A 3EZWA 1XNRK 3RMAA 2YHXA 3CIPA 4CJUA 3HPGA 3OW2M 3KK1A 1ATNA 1RGIA 1ZBHA 4KAZA 3AVLA 5AQVA 3E9PA 4O44A 3K5LA 3AO5A 3KKRA 2QK9A 5C0YA 4R5PA 1EWRA 3H08A 1BG3A 1QE1A 3NVKA 1J54A 3BP8A 4DUZK 4CZHA 3TSUA 1KAYA 1RDBA 1VSLA 3T3FA 3H45C 3VQ7A 2O8DA 3OYAA 4DLEA 2DPNA 1T05A 3LDQA 4QCLA 1UAXA 3CQXA 3ZLJA 1SUQA 4E7JA 1T3VA 3O5BA 3FZHA 4CD1A 1IBKK 3GG4A 3O4NA 3O80A 1X9WA 3KWIA 2CGKA 2G8VA 4DB3A 2X78A 1GLAG 4CIGA 1WAFA 4KHSA 3IMXA 4O4GA 1M90O 1E3MA 5AQXA 3LZJA 3ZSWA 3AVGA 1QQOA 2QA4N 1VQLN 4WCEL 2HB5A 4JKBA 2E2OA 3CCEN 2QXLA 3D2EA 4PKIA 1QSLA 1UA0A 3QEVA 4RG8A 4PL8A 4LH5A 3CCJN 3ZX3A 5C10A 3FLCO 5KQDA 2Q0RA 4WYBA 4YOVA 2Y1IA 4Z4EA 4JKHA 1RBSA 1K8KA 4JI5K 2P9SA 4CGHA 4YDUC 1HJOA 1P8ZA 4BR0A 3OYFA 3BZCA 4DR4K 2PYLA 1Z6RA 1QSSA 4WQ4A 4B3MK 2A42A 4W5OA 4BDZA 2ASOA 3O8MA 5AQIA 4KB1A 5J2NA 3NAEA 4DG1A 4ZTJA 4CJQA 4F2SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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