2IDOA

Structure of the e. coli pol iii epsilon-hot proofreading complex
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
175
structure length
172
Chain Sequence
TRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
total genus 59
structure length 172
sequence length 175
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2idoA00
4CJVA 4DS5A 3NF6A 3I0RA 3V1OA 1RT3A 1RDBA 2FC0A 3T19A 2KZZA 4B3OA 1BQMA 3TAMA 4KB0A 4Y1DA 4BDYA 3RMDA 1KLNA 4M3TA 4DTUA 3CYMA 5SZTA 1S1TA 4OPKA 4I2QA 1SKSA 4CJPA 1X9WA 4ZHRA 4F8RA 3HP9A 4DQPA 4FZYA 3DRSA 1HQEA 4EZ6A 3C6TA 3CG7A 4E1NA 3HL8A 4KREA 4RW8A 1XI1A 4DTNA 2YHBA 4W5OA 2BDPA 5KRSA 3NH1A 4DTSA 1VSLA 4FLYA 3OYFA 4HCBA 3LWMA 3OYKA 1J53A 3LP1A 3OYLA 3SUPA 3OYHA 1BGXT 1WSIA 2DFHA 1UA1A 3DLHA 3CFOA 4CF0A 1VRUA 3DRPA 3AVLA 3NBPA 1KCFA 4XIUA 1FKPA 1KFSA 4OVLA 3HT3A 3AVFA 3ZT4A 1VSMA 1JL2A 3VQ5A 4FLUA 4DTXA 3RR7A 3QETA 4FJ5A 4C8MA 1RNHA 3CM5A 4LSNA 4DTRA 3ISNC 1JLQA 4FK2A 2AJQA 3MEDA 1LWFA 3S3MA 3NGZA 3NE6A 1L3UA 1NK0A 1RBRA 1RDDA 3OYJA 1RT6A 2HHUA 3PO4A 1IKYA 4OKEA 3VQQA 3OJSA 3H08A 4KKOA 3SQ4A 1S5JA 2F8TA 2XO7A 2Z1HA 4ZTJA 1B92A 1TL3A 3ZSVA 4MQ3A 3TI0A 5I42A 4CHYA 3VQ9A 4FM2A 1KVBA 3HVTA 3P1GA 5JS2A 4CFDA 3L2UA 4KFBA 4YNQA 5HBMA 3KLHA 4FYDA 3DOKA 1JLAA 3AVHA 1QTMA 3HYFA 3KKSA 4OKKA 1ZBIA 1DTQA 4J2AA 2OA8A 3SQ0A 4CJ4A 4IFYA 3SNNA 4B9MA 4KHNA 1HMVA 1RTDA 3FFIA 1RILA 2D0AA 1Q9YA 4FJNA 1ASUA 4B9SA 3AO3A 3ZT3A 1BI4B 4FZXC 4CE9A 3NFAA 1BIZA 1GOBA 4CEDA 3EZ5A 3TAPA 2G8WA 2HNZA 2Z1IA 3DLKA 5CZ2A 4M3RA 4ICLA 4AILC 3QEPA 4DU4A 1KRPA 4DFKA 3RR8A 1RT1A 1YTUA 3AVMA 4E7KA 3VQ6A 1FKOA 1K6YA 3IS9A 1X1PA 3MXJA 1RTJA 4CERA 3NCIA 1EETA 4O5BA 1HYSA 2WONA 3I8DA 4HVJA 3ZSXA 4PWDA 3SV3A 1LAWA 3I0SA 3THVA 2ITGA 1D9FA 1B9FA 1HRHA 5FRMA 3G0ZA 3D0PA 1IH7A 4CHZA 3CFPA 2X6NA 4J2BA 4DFMA 4L8RB 4OPJA 1C6VA 4Q5VA 3QO9A 3QEWA 2LSNA 2BANA 2IC3A 3LP2A 4IFVA 2GUIA 4CGGA 3OYGA 2YKNA 4DLGA 3QESA 4JRPA 3S3NA 4PQUA 1TL1A 4FJ9A 2KFNA 1GOAA 3BGRA 4KHSA 4C8KA 2RKIA 2OPPA 1T05A 2RF2A 1RT2A 2GBZA 1CZ9A 3AA5X 4ID5A 4FLZA 3QNNA 3E01A 2P5GA 2KTQA 3K57A 3P5JA 5C42A 1QE1A 1L3TA 4N41A 5T7BA 4AHSA 1C1CA 3OYMA 3HM9A 3QEVA 4CIFA 3NGIA 1JL1A 1RBUA 3TABA 1U45A 2PYLA 4FJLA 2GV9A 1SL2A 1T8EA 1I39A 4H4MA 3SQ2A 3KJVA 2P51A 3QLHA 3PX0A 4E0DA 4Q0BA 3VQ7A 1C0MA 3SUOA 3QERA 4LY7A 1BQNA 1MU2A 4KTWA 4F4KA 4QOZB 4KO0A 3A2FA 4DS4A 1ZYQA 4NCGA 1QSLA 4W5RA 2ZD1A 2QK9A 1WSJA 2D0BA 1NJYA 3RMBA 1VSEA 3M8QA 3MAQA 4FLVA 4FJXA 2DTUA 3S3OA 4DTPA 1Q9XA 4FM0A 3HSTB 4CJLA 3NGYA 3HVRA 1W0HA 4FJGA 3O3FA 4CEOA 2PYJA 4CECA 2Q3SA 4BWJA 4CJKA 4FJJA 1TK8A 1TV6A 1T7PA 3O4NA 1RTIA 3AVKA 3LWLA 3PX6A 4K8ZA 1C0UA 3ALYA 3V9WA 3C6UA 1XHXA 1LWCA 4CFAA 1QSYA 1JLBA 2Y1IA 1KLMA 3NDKA 4B9VA 2X74A 3KIOA 3LP3A 4LD0A 3RRHA 3KD5E 4NYNA 3T1AA 3AO5A 1ASVA 2G8FA 4M45A 4HUGA 5HRRA 1U49A 4E7JA 4DQRA 4F3OA 3ZSQA 1RBTA 3ZSZA 4BDPA 4LH5A 4RW4A 4Z4CA 3AVIA 4M3UA 1NK7A 4RW7A 1T03A 4DSLA 4K8XA 1BISA 1NK8A 3ZSOA 3AVJA 4DSJA 4QCLA 4IG3A 2DY4A 4UQGA 2JLEA 4FXDA 4CJWA 3MEGA 4J2DA 3ITHA 3SV4A 3PUFA 4AHCA 4CJUA 3SCXA 3DRRA 1KSPA 4DSIA 2KFZA 4B08A 2BE2A 5CY4A 3BDPA 5HROA 4CIGA 4FJ7A 2HNYA 3RTVA 1WLJA 4AHRA 3V9UA 1VRTA 2B4JA 1JXEA 3LAKA 4FW1A 3VQEA 3TANA 1QHTA 3QINA 4IG0A 3L2RA 3C94A 3NH2A 4CGJA 1ZBHA 1L3SA 3IAYA 2QXFA 5DK5A 2IAJA 1XC9A 1VSDA 3RWUA 1VSFA 4G1QA 3TAGA 3VQAA 3M8RA 1J5OA 4B8CA 2D5RA 5HLFA 1N5YA 1S1UA 3WNEA 2A1SA 5HRPA 5C24A 4F3TA 5KTQA 5E41A 4EP5A 2HHSA 4CEEA 1JLGA 3HPHA 2OZSA 1SUQA 4BE2A 1NK9A 2XY5A 3SI6A 1S1VA 3F9KA 4CFBA 4Z4FA 2YNGA 1BCOA 3NAEA 1QQCA 1TAQA 2VG6A 1KVAA 1S6QA 1ASWA 1X9MA 4FJIA 1TKXA 2X78A 5CYQA 4CJFA 3AVNA 4CEAA 3JYTA 3KD1E 2ETJA 3RRGA 1HYVA 2G8KA 2KW4A 3LDSA 4Z4GA 4KV8A 4CF9A 2EX3A 4CHQA 4DQQA 1SKRA 4EZ9A 3U3YA 3PY8A 1CZBA 2ZE2A 2E6LA 3WNGA 1C1BA 4NYFA 1WSHA 3VN5A 4OJRA 2FBVA 1C0TA 2IDOA 3LP0A 4N5SA 3AO4A 4E19A 4AH9A 3TWHA 1TVRA 4DQSA 4CGFA 2XY6A 3L2WA 2PY5A 3VQDA 4J2EA 5D3GA 4ID1A 4KTZA 1VSKA 1RT4A 4CF8A 4KAZA 4CGIA 1NJZA 2I5JA 1REVA 2DFFA 1S9GA 4KRFA 1O1WA 5KGWA 2A1RA 1EKEA 2Z1JA 4KI4A 1J54A 1TK5A 2E6MA 3K58A 3NHGA 3KK3A 4DTMA 4CGDA 4PY5A 2OPSA 3ZT1A 2G8IA 3O4QA 4CF2A 1TGOA 1EP4A 2VWKA 2HHWA 3WNFA 2HW3A 3ZT0A 3QIPA 2OPQA 5FROA 1Q8IA 5C25A 3PX4A 4R5PA 4TSXA 4KPYA 3AVAA 1KTQA 1BCMA 4DLEA 4DSFA 3SJJA 1R0AA 4W5TA 4KB1A 3OYCA 1TKTA 3ASMA 3KTQA 4CFCA 2G8HA 3OYAA 1TKZA 2PZSA 1YTAA 1IKXA 1NJXA 3SUNA 3OJUA 3KK2A 1L5UA 4BWMA 2QKKA 2KZMA 3DM2A 1IO2A 3MEEA 3MXMA 4OGEA 4DU1A 3MECA 1JKHA 3NF8A 3M8PA 2WOMA 4OKJA 2Z1GA 3AO1A 1JXBA 4QAGA 3OYIA 4PUOA 4OLAA 1S9EA 3V81A 4KTQA 3D45A 2HHTA 4CEBA 3V9ZA 1NOYA 4F2RA 1NJWA 1ITGA 1W9HA 1HNIA 4CJEA 4CJSA 4LH4A 4CJTA 5FRNA 2F8SA 4E3SA 4O4GA 2VG5A 3ZSWA 3V4IA 4CEQA 5HRNA 4FJHA 4I7FA 1QSSA 1RCHA 2VWJA 3HP6A 4HTUA 5FDLA 1NKBA 4GMJB 1BI4A 3HPOA 3SPYA 1EX4A 3L2VA 1ZBUA 2O4IA 4DU3A 3JSMA 3DI6A 2HHXA 1BHLA 1LAVA 4FLWA 3SUQA 3HK2A 1TAUA 1L3VA 1Z25A 1YVUA 4MFBA 3ZSYA 3V1QA 3V1RA 3QNOA 1QS4A 4O0IA 4GW6A 4GVMA 4JLHA 1NKEA 2KQ2A 4RG8A 4OGCA 1KFDA 1LWEA 3TAQA 4FM1A 3IG1A 4FLXA 4Z4IA 5KRTA 3SYZA 3LPUA 4BACA 2JGUA 1XHZA 2XY8A 2YHAA 5HP1A 1NKCA 4E7LA 2O4GA 5KI6A 4DFJA 1JLEA 1BL3A 1HNVA 1NK4A 4CF1A 4CGHA 5KGXA 2FBTA 1SKWA 3CQ8A 4BE0A 2HNDA 2Y1JA 5J2QA 1G15A 3AO2A 1DTTA 1FXXA 5DMRA 3K5NA 2P5OA 1XWLA 4W5QA 3RMCA 1SV5A 1IKVA 2IS3A 3ZCMA 4CK1A 4F2SA 4I9QA 4FJ8A 3U3GA 2HVHA 4FJKA 4M41A 4E1MA 2YV0X 2YNFA 3OS2A 1LW0A 1FK9A 1RBVA 3KLGA 4Z4EA 4CK3A 3SZ2A 2B5JA 4FK0A 3OS0A 3DLBA 4EP4A 1NK6A 4KI6A 4M3WA 1C1AA 3K59A 1RTHA 3OS1A 4DTJA 2HMIA 3VQBA 1U04A 2VG7A 3UIQA 2P1JA 1IKWA 3IRXA 3VQCA 4Z0UA 4CHOA 2BGGA 1J9AA 1S1WA 1WAFA 2HHVA 4HUFA 4B9NA 4DF8A 5CYMA 2R7YA 3HPGA 2HHQA 3QIOA 3L2QA 2XHBA 3L3VA 2EHGA 4DQIA 1WSFA 3AVCA 3T3FA 1U47A 4CEFA 3HXMA 3QEIA 3O3GA 3S9HA 3LZJA 3MXIA 1Z26A 2XRIA 1JLCA 3WNHA 1WN7A 4DTOA 1SL0A 4B9LA 5J2MA 3SQ1A 1UOCA 3DMJA 3F73A 4NCAA 1UAXA 1LV5A 3OY9A 3VA3A 3HJFA 4M3ZA 4Y1CA 4YFUA 1HQUA 1VSJA 3VA0A 1KVCA 4H8KA 2IOCA 2RN2A 4PA1A 3V9XA 3LZIA 3TR8A 5EU7A 3KLEA 2F96A 4CHPA 1A5VA 4FVMA 2FBYA 4C8NA 3VQ8A 4BDZA 4C8OA 2ZQBA 3AV9A 5HRSA 3B6PA 2YNHA 4HCCA 1TK0A 1CXUA 3AVBA 3ULDA 4DSKA 4KHYA 5J2PA 2OZMA 2B6AA 4KHQA 4B8AB 4IKFA 4JRQA 4AHVA 1GOCA 3LANA 3PO5A 3OVNA 4DWIA 4RW9A 4CJ5A 2W42A 4E7HA 4N47A 4M42A 1VSIA 1B9DA 1VSHA 4WE1A 1Y97A 1YT3A 4FJMA 4NCBA 1CLQA 4KHWA 1ZBFA 3LALA 4FZZA 3EY1A 1RDAA 1UWBA 3AA3A 4ELVA 2YNIA 4DSEA 3VQPA 3PV8A 3OYBA 1NOZA 3EYZA 4JS4A 2E4LA 3QEXA 3C95A 1D8YA 4CCHA 3M8SA 2RPIA 4IBNA 3DOLA 1RT5A 3K5MA 3B6OA 1X9SA 2QKBA 2D0CA 2OPRA 4N56A 5I3UA 1LW2A 4I2PA 4CK2A 4DFPA 2HB5A 1EXQA 2OYQA 1U48A 4ELUA 1DLOA 3CM6A 4Z4HA 3NH0A 2DFEA 1TKDA 3KLFA 2ATQA 1U4BA 3U6FA 1WNSA 4CJRA 3K5LA 3KKRA 3LAMA 4ELTA 1D5AA 2IGIA 1JLFA 3P83D 4M3XA 4IDKA 4CJQA 1F21A 3TAFA 3AA4A 2YKMA 1I3AA 4W5NA 2XY7A 1RDCA 4B9TA 3AVGA 4FW2A 2X6SA 1CXQA 5JS1A 3ZT2A 1IG9A 4I9LA 5CZ1A 3NF9A 3O3HA 1WAJA 2HVIA 4CJ3A 4CHNA 3DLEA 4DF4A 2FBXA 1D9DA 3K2PA 1A5WA 3L8BA 4FLTA 3RMAA 1ZBLA 4BE1A 1HYZA 3TAEA 3CFRA 1N6QA 4C8LA 4CIEA 4E89A 1WSGA 1VK0A 3V6DA 3AA2A 3SPZA 4E7IA 4DG1A 3OYEA 2G8VA 3OYDA 4HUEA 3DYAA 5J1EA 4OLBA 3HO1A 5K14A 2G8UA 3OYNA 1RT7A 4O0JA 3VQ4A 1HJRA 3LPTA 3K5OA 3ZSRA 5SWMA 1UA0A 4ZTFA 4RW6A 1BIUA 4LSLA 3NF7A 1S6PA 4AHTA 5J2NA 3TARA 1HPZA 3KK1A 1S1XA 4KHUA 4DMNA 2NUBA 1SL1A 4CESA 1NK5A 1A5XA 1RBSA 3KLIA 4O55A 4M3YA 4HHTA 4JS5A 3DLRA 4O44A 4FK4A 3DLGA 4H4OA 4AHUA 4FCYA 4N76A 3L3UA 4CEZA 1WSEA 3V9SA 4B9UA 3G10A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRRA 3NF6A 3V1OA 4HTLA 4KB0A 3RMDA 4BRNA 1XMOK 4M3TA 3KK7A 4DTUA 4KH5A 1BA1A 1S1TA 4I2QA 1X9WA 3WEEA 3DRSA 3FZMA 3HL8A 4DTNA 1YIJN 4JI1K 5KRSA 3NH1A 4DTSA 4HCBA 3OYKA 2DFHA 1QVFM 3VGKA 3AVLA 1FKPA 3CI5A 2HF3A 3AVFA 4FLUA 3VQ5A 1W2BM 3DXKA 5EY4A 2OTLN 4FJ5A 3VEYA 3ISNC 4FPBA 4FK2A 3MEDA 3S3MA 3OYJA 3JS6A 4IEEA 1KC8O 2HHUA 3VQQA 3OJSA 4IO8A 3SQ4A 2Z1HA 4A5AA 1TL3A 3ZSVA 4MQ3A 3VQ9A 4WFBL 2P9KB 3L2UA 4KFBA 5HBMA 5BR8K 1O13A 3DOKA 3HYFA 2E1YA 3KKSA 2ZJQL 4KHNA 4B9MA 3SNNA 5HL7L 3VGLA 4DR5K 1N32K 3U9DA 5AFUH 1GOBA 4FWQA 4CEDA 3EZ5A 4M3RA 4AILC 4ICLA 4JYAK 1R59O 5GAEP 4CBXA 1RT1A 4BRKA 2Q31A 4PL8A 3VQ6A 1FKOA 1K6YA 1NM1A 3IS9A 3T69A 3NCIA 5M1FA 4O5BA 3LDLA 4JHDB 4BC2A 3RSEB 3T1YK 5TKYA 2VQFK 4PWDA 3EE9A 2OCEA 1N34K 5FRMA 4J2BA 4DFMA 4OPJA 4AM7A 2LSNA 3FZFA 2NNWA 2GUIA 3OYGA 3S3NA 3CJBA 4FJ9A 5KQDA 3BGRA 3WEEB 3WUHA 2OPPA 1RT2A 1QQMA 3E66A 2J4RA 2Q1NA 4ID5A 2P5GA 2HBLA 3MN5A 1L3TA 3PSFA 4BRPA 4YOVA 1JL1A 1RBUA 2PYLA 1I94K 1T8EA 1I39A 2NRXA 4E0DA 4DV2K 3T7ZA 3DXKB 3VQ7A 3TTCA 3TU5A 3SUOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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