2IDOA

Structure of the e. coli pol iii epsilon-hot proofreading complex
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
175
structure length
172
Chain Sequence
TRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
publication title Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 59
structure length 172
sequence length 175
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2idoA00
1HMVA 2HHVA 4FJXA 3PV8A 4Y1CA 4FJKA 3AVIA 4E7JA 3SUNA 3SQ0A 3CFRA 2P1JA 2O4IA 1SV5A 1TVRA 4KKOA 5SWMA 3L3UA 4AHVA 4CEAA 3OY9A 1XHXA 4CJEA 3NH1A 3RR8A 1BIUA 4CFCA 3KLFA 3ZT0A 3QIPA 4C8MA 4AHRA 4CEFA 4FJ7A 4FZZA 4M3YA 4BDYA 2XY6A 3SQ2A 4E7KA 4LH5A 3KJVA 1WAFA 4CIFA 1KSPA 4FLUA 3OYEA 3ZSOA 1WSEA 4FZYA 4OLAA 4BWJA 4O5BA 4CJPA 3S9HA 2DY4A 4AILC 3OYJA 4B8CA 4HCCA 4IG0A 1S1WA 1TK5A 3HVTA 3M8PA 1VSIA 1C6VA 3RR7A 4DQSA 3B6PA 4CEEA 4M45A 1FKOA 4E7IA 2YKNA 2YNFA 1L3TA 1U4BA 3DOKA 4LY7A 5J2PA 1C1BA 4CHZA 4CJSA 3OJSA 4DU3A 4DTXA 1QS4A 3NFAA 4CHYA 4DTRA 1JLCA 4AHUA 2IDOA 1ASWA 1IO2A 1VSKA 2O4GA 1S1VA 4FJHA 4CJ3A 1BI4A 3VQQA 4CEDA 3C95A 5J2QA 1EKEA 4CK1A 3OYLA 1T8EA 1C0UA 4Q5VA 4NYFA 4FK2A 4BDPA 1ZBLA 4RG8A 3VQ7A 3C6TA 4CGIA 2HNYA 3NH2A 4FJMA 4KREA 1NK4A 3L2VA 4FJJA 2W42A 3P1GA 3NE6A 2XRIA 1XHZA 1RDBA 1RILA 1X1PA 4FM1A 4CHNA 1KVBA 3ZSRA 2Y1JA 4CJQA 4EZ9A 3V1RA 3AVJA 4FLYA 2G8KA 1C0TA 2HW3A 2FBYA 1T7PA 4DWIA 2HVHA 3V9SA 3AO2A 4W5OA 2OPQA 4Z4FA 1NK9A 1VRUA 5FRMA 4CESA 4FW1A 3V9WA 3TAMA 5DMRA 3KK2A 3L2RA 4B9LA 2DFEA 4DTPA 3KLHA 3NGYA 3AA3A 2HHWA 4DMNA 1RDDA 1A5VA 3O4NA 3V1OA 2EHGA 2X6SA 4CF0A 3K5NA 1I39A 4KHYA 3AVAA 3NF6A 5CYQA 4CGDA 4E7HA 3UIQA 4CJUA 1A5WA 4F3OA 1ZBHA 3WNFA 3PUFA 4DSFA 3RWUA 3HJFA 3K2PA 2ITGA 3NF7A 1NJYA 2D0CA 1Y97A 3DYAA 4DF4A 4Q0BA 1R0AA 3SYZA 3LP1A 5J2MA 4AH9A 1NJZA 1TKXA 3HL8A 4B9MA 1T03A 3PX4A 5DK5A 4J2DA 1DTTA 1WSIA 3SCXA 2HMIA 2G8WA 2YV0X 2OPSA 2KFNA 1QQCA 2BE2A 1Q9XA 5FDLA 3F9KA 3QNNA 2KZMA 4DS4A 2XY5A 1KFSA 1FK9A 4HUGA 1WN7A 3MXMA 2WOMA 4O44A 1ZBIA 2ZD1A 3CFPA 4FJ9A 3AVNA 3CQ8A 3T19A 4M3TA 4DFMA 3QEVA 4CK2A 3EYZA 1RBRA 3CFOA 3G0ZA 2HVIA 4E89A 3LP2A 2JLEA 3M8QA 5HBMA 2F96A 1VRTA 4DTJA 4DFKA 3RMBA 3KKSA 1JLEA 4W5NA 1JLGA 1YVUA 4N41A 3O3GA 1REVA 4N76A 1C1AA 1WSHA 4CF8A 1UA1A 3V6DA 5HRNA 4M3UA 4M3ZA 4LSNA 4C8NA 4E1NA 4QOZB 2YNGA 3A2FA 4WE1A 1B9FA 4H4OA 1TK0A 5D3GA 3PO4A 1NK8A 2Z1JA 4FXDA 4LH4A 3AO4A 4O4GA 3PX0A 2YNHA 4GW6A 1NKCA 1RTDA 3MECA 2DFHA 1L3VA 5I3UA 4CJVA 3L2QA 2IGIA 3M8RA 4CJFA 4C8LA 1BHLA 3M8SA 1RBTA 3DMJA 4CJTA 4M42A 1JLAA 5T7BA 5FROA 4W5TA 4GVMA 3ZSWA 3OYMA 1WAJA 3SPYA 1UAXA 3AO5A 3IAYA 4EZ6A 1LAWA 3TI0A 4QAGA 2Z1HA 3OYKA 4GMJB 3QNOA 4JS5A 2XHBA 4C8KA 3VQDA 1LWCA 4E19A 4CF2A 1IKVA 3ZSYA 5KGXA 4CEQA 1HJRA 5CZ1A 1KLNA 4BE2A 1QTMA 4RW9A 1LAVA 4OGCA 1D9DA 1F21A 2RF2A 3S3MA 3TABA 3HPHA 4Z0UA 4DFPA 3C6UA 3TAGA 3P83D 4F4KA 4K8XA 3AO1A 1U45A 1TV6A 3TAFA 1BIZA 1VSDA 3ZSXA 3IG1A 3IS9A 2VWKA 4NYNA 3HPGA 5E41A 1LV5A 4J2EA 3KK3A 3OYIA 3T3FA 4KAZA 1VSJA 4CEOA 3VN5A 3CM6A 4HVJA 2WONA 1WSJA 3I8DA 1U48A 5KGWA 3HVRA 3SNNA 4CFAA 4CHPA 4KHUA 3AVBA 3KLGA 1HYZA 3ITHA 4I7FA 4RW8A 4KB1A 2X78A 4B3OA 2YKMA 3OYFA 2OA8A 1W9HA 3LWLA 2PZSA 2HNZA 4HCBA 2IOCA 1NK7A 2KFZA 1HQEA 4E0DA 3DM2A 3FFIA 1C0MA 4ICLA 1NK5A 3VQEA 3U3GA 4CF1A 3THVA 4F8RA 4ZHRA 4DSIA 2P51A 1Q8IA 4B9VA 4CF9A 4KO0A 2D0BA 5SZTA 3MXJA 4FJGA 3LDSA 4NCBA 4KHQA 2XO7A 4OLBA 1S1XA 2HHQA 1SL2A 3VQPA 5C25A 1CZ9A 2OPPA 4CEBA 4JRQA 1KVAA 2YHAA 3JSMA 4KRFA 4C8OA 3HT3A 4AHCA 3KD5E 2D5RA 1BI4B 1RT7A 2Z1GA 4Y1DA 4KPYA 3AV9A 1DTQA 3MEDA 3V9ZA 3HO1A 1IH7A 1KLMA 1D8YA 3CYMA 2RN2A 3NBPA 4Z4IA 3KD1E 4KV8A 5HRPA 4DTSA 5I42A 1HQUA 3LAKA 5HRRA 2OZMA 4FJIA 3CG7A 3TAQA 1HYSA 1JL1A 1TL3A 1NKBA 1T05A 4KHNA 4M41A 4RW6A 5CY4A 4AHTA 1CXUA 1EP4A 1KTQA 1U04A 1RT3A 3VQ9A 3K59A 1ZYQA 1SL1A 2BGGA 4ZTFA 3B6OA 2KW4A 2E6MA 3QINA 4ZTJA 1Q9YA 1B9DA 1SUQA 4NCGA 1RT6A 1G15A 3JYTA 3ZSZA 4I9LA 3PY8A 3SPZA 3NF9A 3KLIA 2Q3SA 3P5JA 4JRPA 3QLHA 2FC0A 1X9MA 3LP3A 1RBUA 4EP4A 3TANA 2PY5A 4BE1A 3DLEA 3L2UA 3SV4A 2DTUA 3OS2A 1XWLA 2LSNA 1SKSA 4FLWA 4IFYA 1C1CA 4XIUA 1ITGA 5J1EA 3RMAA 4FZXC 1UA0A 5KTQA 2R7YA 4H8KA 4FLVA 4TSXA 4YFUA 2G8VA 1HPZA 3AVFA 5C42A 4DF8A 3PX6A 3KKRA 4O0IA 1DLOA 3TARA 1L3UA 2P5GA 4ID1A 3NDKA 3TAEA 4PWDA 1TAUA 2YHBA 4KTWA 4DSKA 4EP5A 5CYMA 3O3HA 1IKYA 1L5UA 3HYFA 3OJUA 4DTOA 2F8TA 1RBVA 2ZQBA 3ISNC 1QE1A 3U6FA 1IKXA 1YTUA 5KI6A 1NJWA 1BQNA 5KRTA 2ATQA 4F2RA 2QK9A 1LWEA 1UWBA 4CJKA 2FBVA 4DQIA 4IFVA 3ULDA 4ELTA 2AJQA 4CJLA 4LSLA 4OKEA 4BACA 3QESA 3RTVA 3DRSA 1MU2A 4RW7A 4W5QA 1GOBA 1RTIA 4DQQA 1JLFA 4FLZA 1XI1A 3LPUA 1NOZA 1YT3A 3MAQA 2A1SA 4I2QA 4E1MA 2QXFA 4F3TA 1SL0A 2XY7A 4PY5A 4J2AA 1CLQA 1J54A 1XC9A 4G1QA 3MEGA 3T1AA 4M3XA 1I3AA 4OPJA 4I9QA 3K5MA 4DSLA 1FXXA 4DLGA 4IDKA 1TKTA 1K6YA 2OZSA 3AVKA 1TK8A 4FYDA 5CZ2A 3WNHA 2DFFA 3RMDA 3AA4A 3OYGA 3SV3A 4HTUA 4CIEA 1VSHA 1WSGA 3VQ4A 4J2BA 4OVLA 3NH0A 4R5PA 4KTQA 4OKKA 4B8AB 3SZ2A 5J2NA 3VQAA 1NOYA 4DQPA 1EXQA 4DS5A 3LWMA 3S3NA 3AA2A 2GBZA 1JL2A 3G10A 4DG1A 3QIOA 1ASUA 4FK4A 2IAJA 4CJ5A 3OYCA 1BCOA 3I0SA 4L8RB 1QHTA 2G8FA 4DTUA 2HHUA 4CGGA 3K5LA 4CEZA 3SUQA 4FCYA 4FJ8A 4NCAA 3VA0A 3F73A 3RRHA 3AA5X 4I2PA 3LALA 1JLQA 1S6PA 4B9TA 3LP0A 4YNQA 4Z4HA 3K57A 4CJ4A 2E4LA 1VSEA 1VSFA 4JLHA 3DLRA 1QSYA 5FRNA 1NK6A 2Z1IA 4DQRA 1X9WA 1BISA 1S9GA 4M3WA 3I0RA 1BL3A 2BDPA 1TKZA 3OS1A 1SKWA 4BDZA 1L3SA 4E7LA 5HROA 1CZBA 4AHSA 4OKJA 4CJWA 3EY1A 2GV9A 2VG7A 2VG5A 3SUOA 2KTQA 2B5JA 3O4QA 3QO9A 4IG3A 4N5SA 3AVCA 1CXQA 4OJRA 4Z4CA 4W5RA 3QERA 1RDCA 4CHOA 3NF8A 5HLFA 1B92A 1RCHA 4HUFA 3WNGA 3WNEA 3V4IA 1EX4A 1GOAA 3DLGA 4M3RA 3ZSQA 1UOCA 3V1QA 4OPKA 3OS0A 3OYBA 2HHSA 1N5YA 2D0AA 3EZ5A 4DSJA 4F2SA 4CECA 3AVHA 4CHQA 3CM5A 4FM0A 4DSEA 3IRXA 5K14A 3BGRA 1WSFA 2VWJA 3HP6A 3KK1A 4JS4A 4BWMA 2P5OA 4FJLA 4N56A 3DRRA 4CJRA 1JLBA 3VQ5A 1S5JA 3ZCMA 3DI6A 4DFJA 4ELUA 3ZT2A 1LW0A 4CFDA 4FVMA 1IG9A 1VSMA 1RT4A 2ZE2A 1RT2A 4CFBA 3QETA 4B08A 2PYJA 4IBNA 1RDAA 1RTJA 3D0PA 1LWFA 1KCFA 2Y1IA 3VQCA 4FW2A 1EETA 5HP1A 4B9UA 3S3OA 5EU7A 1ASVA 2EX3A 2G8HA 2OYQA 2G8IA 1HNVA 1KFDA 1S1UA 1Z26A 3OYNA 3DRPA 3HPOA 1FKPA 3HK2A 3SJJA 1TKDA 4OGEA 4UQGA 1U47A 4CK3A 1ZBFA 3V9UA 4HHTA 3SI6A 4CE9A 3SQ1A 3HXMA 2KQ2A 4CGJA 4LD0A 2OPRA 1JKHA 3ASMA 4H4MA 4DTNA 3HM9A 1RTHA 4CERA 4BE0A 1VSLA 3ALYA 1RT5A 1WNSA 1S9EA 3ZT3A 3LZJA 3HP9A 3QEIA 4Z4GA 5C24A 1D5AA 3VA3A 4CIGA 3L2WA 3NCIA 5JS1A 1JXEA 1LW2A 3RRGA 3AVLA 4FJNA 3BDPA 4KI6A 3ZT4A 1HYVA 3HSTB 2IC3A 1U49A 4FM2A 3H08A 3QEWA 3OYHA 2YNIA 4CGHA 2A1RA 2BANA 3TR8A 3V81A 3TWHA 3DOLA 2RPIA 2QKBA 1A5XA 1BCMA 3AO3A 1Z25A 2E6LA 3LZIA 3NGZA 4KHWA 3MXIA 1HRHA 3LAMA 1HNIA 4KFBA 4HUEA 4FK0A 3K58A 4DLEA 4IKFA 4PUOA 4MFBA 3SUPA 3OVNA 1TGOA 3C94A 4E3SA 1NKEA 2QKKA 2VG6A 4CGFA 3LANA 3OYAA 1D9FA 1TL1A 2G8UA 1S6QA 4QCLA 3DLKA 3K5OA 3SQ4A 3PO5A 3TAPA 1S1TA 2HNDA 3RMCA 1X9SA 2ETJA 3VQBA 1BQMA 2X74A 2GUIA 2HB5A 3L3VA 4DTMA 4Z4EA 2HHTA 4O55A 4FLTA 3KIOA 3E01A 3ZT1A 3NHGA 4KB0A 2NUBA 5HRSA 4FLXA 1J5OA 2XY8A 1KVCA 3NGIA 4DU1A 1KRPA 4O0JA 1RNHA 3AVGA 3L8BA 2F8SA 1VK0A 3ZSVA 1SKRA 1ZBUA 4ELVA 2B4JA 2B6AA 3O3FA 1W0HA 1O1WA 2FBXA 3QEXA 1QSLA 1WLJA 1RBSA 3U3YA 4PA1A 3V9XA 2RKIA 4RW4A 2JGUA 1BGXT 3OYDA 1N6QA 2X6NA 3DLBA 2PYLA 1NK0A 1TAQA 5JS2A 1JXBA 4ID5A 2FBTA 3D45A 4B9NA 4KTZA 4KHSA 2I5JA 4KI4A 1YTAA 4FJ5A 4CCHA 4PQUA 3VQ6A 3MEEA 1J53A 3KLEA 1IKWA 2IS3A 3LPTA 2HHXA 1NJXA 3NAEA 2KZZA 4DU4A 3KTQA 4B9SA 3DLHA 4K8ZA 3QEPA 1QSSA 3AVMA 4MQ3A 1GOCA 5KRSA 4N47A 1J9AA 1RT1A 3VQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXIA 5M1KA 4FJXA 3CD6N 3PLAA 3FZHA 4FJKA 4E7JA 3SUNA 3SQ0A 2Q0RA 1SV5A 1J5EK 4AHRA 2ZGYA 3QIPA 4M3YA 4FWPA 1GLDG 1U2VB 1XNRK 3QDKA 4LFAK 3O80A 3TTCA 3S9HA 3AARA 4B8CA 1GLLO 1YJNN 3B6PA 3P31A 4E7IA 2HBKA 4GNIA 4AHUA 1ASWA 1IO2A 4WQ5A 1IG8A 5J2QA 1BI4A 4CEDA 4H03B 2BUPA 1NGIA 3IUCA 3WXJA 4RG8A 2NNWA 4GVEA 2NRTA 4FJJA 4DR3K 2XRIA 4H0VB 4FOIA 1XHZA 2I7PA 1X1PA 3V1RA 2ZM6K 3AVJA 2G8KA 2FBYA 3AO2A 4W5OA 5AZIB 3PIOL 3ENBA 1VRUA 1Z6RA 4FW1A 2P9LA 5TKWA 5DMRA 3V9WA 3KK2A 2O8CA 1XMQK 2DFEA 4A2AA 3VPZA 3NGYA 2HHWA 1RDDA 1A5VA 3VEYA 2UXBK 3NF6A 4CGDA 4E7HA 3QBXA 4JV5K 2FF3B 3PUFA 4BR9A 4DSFA 3RWUA 3NF7A 2D0CA 1R0AA 1NGDA 1TKXA 3KWIA 2PBDA 3TTFA 4BR7A 1WSIA 3FLCO 3R8EA 5FPMA 1WN7A 1V4SA 4O44A 1ZBIA 3C65A 3VENA 4M7XA 3QEVA 2O8DA 4F9OA 3LP2A 5HBMA 2QXLA 3M8QA 4DTJA 1JLGA 3ID6A 4BRAA 3VF6A 3O3GA 5JLFA 4N76A 5HRNA 4C8NA 3QFUA 5TKYA 1TK0A 2A5XA 1NMDA 3PX0A 2YNHA 3MECA 2E20A 3EKUA 1OH5A 4CJVA 3M8RA 4JI3K 4CJFA 1YITN 1BHLA 3DMJA 5T7BA 4GVMA 3OYMA 3IAYA 1WAJA 4EZ6A 1UAXA 1LAWA 4QAGA 4NB4A 3OYKA 3CXCM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WXI A;  5M1K A;  4FJX A;  3CD6 N;  3PLA A;  3FZH A;  4FJK A;  4E7J A;  3SUN A;  3SQ0 A;  2Q0R A;  1SV5 A;  1J5E K;  4AHR A;  2ZGY A;  3QIP A;  4M3Y A;  4FWP A;  1GLD G;  1U2V B;  1XNR K;  3QDK A;  4LFA K;  3O80 A;  3TTC A;  3S9H A;  3AAR A;  4B8C A;  1GLL O;  1YJN N;  3B6P A;  3P31 A;  4E7I A;  2HBK A;  4GNI A;  4AHU A;  1ASW A;  1IO2 A;  4WQ5 A;  1IG8 A;  5J2Q A;  1BI4 A;  4CED A;  4H03 B;  2BUP A;  1NGI A;  3IUC A;  3WXJ A;  4RG8 A;  2NNW A;  4GVE A;  2NRT A;  4FJJ A;  4DR3 K;  2XRI A;  4H0V B;  4FOI A;  1XHZ A;  2I7P A;  1X1P A;  3V1R A;  2ZM6 K;  3AVJ A;  2G8K A;  2FBY A;  3AO2 A;  4W5O A;  5AZI B;  3PIO L;  3ENB A;  1VRU A;  1Z6R A;  4FW1 A;  2P9L A;  5TKW A;  5DMR A;  3V9W A;  3KK2 A;  2O8C A;  1XMQ K;  2DFE A;  4A2A A;  3VPZ A;  3NGY A;  2HHW A;  1RDD A;  1A5V A;  3VEY A;  2UXB K;  3NF6 A;  4CGD A;  4E7H A;  3QBX A;  4JV5 K;  2FF3 B;  3PUF A;  4BR9 A;  4DSF A;  3RWU A;  3NF7 A;  2D0C A;  1R0A A;  1NGD A;  1TKX A;  3KWI A;  2PBD A;  3TTF A;  4BR7 A;  1WSI A;  3FLC O;  3R8E A;  5FPM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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