2IDOA

Structure of the e. coli pol iii epsilon-hot proofreading complex
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
175
structure length
172
Chain Sequence
TRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
total genus 59
structure length 172
sequence length 175
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2idoA00
3V4IA 3O4QA 4MFBA 1T03A 3S3OA 3VQCA 4RW7A 1SV5A 3PX6A 2YKNA 3LANA 4FK4A 1UA0A 3G0ZA 3OVNA 1S1VA 1IKYA 1EXQA 4FLVA 3QEWA 3SV3A 4E7JA 3TAEA 1UA1A 3DLKA 3ISNC 1WAFA 3QEIA 1C0TA 3HJFA 3AVAA 4PUOA 4FM0A 1MU2A 2XY8A 2HVHA 3JYTA 3T1AA 1NOZA 3OS2A 1KRPA 4M3XA 3CM5A 3KLHA 3SYZA 1ZBLA 1K6YA 4AHUA 4H8KA 1RTJA 1RTIA 4FZYA 1EKEA 3AVKA 4YNQA 4DLGA 1NOYA 4RW8A 4F2SA 1Z26A 1A5WA 1BQMA 4DTJA 4KHWA 4CHZA 3MEDA 4DFPA 3SNNA 2R7YA 4AHVA 4E1MA 2PY5A 3PO4A 3VA0A 4HCCA 3V9WA 1KFSA 4ICLA 4PA1A 2QXFA 4CEZA 3HT3A 1KCFA 4BDPA 1NK0A 2F96A 3AO3A 3AVBA 3QETA 3IRXA 1U48A 4R5PA 1JXEA 1KVAA 3D45A 3NDKA 3O3GA 3NGYA 2EX3A 1BI4A 1VK0A 3DOLA 2HB5A 5FROA 3ZSZA 3OY9A 5HP1A 1ASWA 1TKTA 3V9ZA 3S9HA 4CGHA 3OYHA 3O3HA 5HLFA 4OGCA 3BDPA 4JRPA 3SV4A 4ZTFA 1L3TA 4B9NA 4KAZA 3ZSXA 4HUFA 2DTUA 4Z4HA 2KQ2A 4AHCA 4CHOA 2P51A 3CM6A 4KHUA 3OYDA 4OPKA 2HHQA 3CYMA 4LSLA 3ULDA 2G8FA 4E0DA 3NFAA 3M8PA 1A5XA 1VSJA 3VQAA 5KTQA 3OYLA 3HM9A 3SQ0A 3VQPA 4NCBA 3WNEA 1LWEA 1FKOA 4Y1DA 2HW3A 1HYVA 1D5AA 3VQBA 3DMJA 1RT7A 1KLMA 4DLEA 4E3SA 4FJMA 3QIOA 4F2RA 1J5OA 4E89A 3I8DA 4DSJA 4L8RB 1J54A 4ZHRA 1L5UA 3VQ8A 4CEOA 4O5BA 4C8NA 1ZBFA 2E4LA 2P1JA 3AO5A 3ITHA 5HRRA 3ZT3A 4CGFA 4CHYA 2G8VA 4RW9A 1KVCA 1R0AA 3ZSOA 4KHQA 3V9XA 2HHWA 4BDZA 4WE1A 4KKOA 5CZ2A 2XY6A 4M3RA 3KK1A 4DSLA 1LAVA 4DFJA 4I9LA 5KGWA 1RDAA 4XIUA 3P83D 4FJKA 4CJKA 4KHSA 1QSYA 4N41A 2ETJA 3ASMA 2RKIA 1C0UA 3T19A 3PV8A 3OYEA 4W5QA 3PUFA 1JLQA 2GUIA 3I0SA 1ZBIA 4FK2A 1S1UA 4JLHA 4Z4FA 1NK8A 2BANA 3L8BA 1HQEA 1S6PA 3MEEA 4ID5A 2ITGA 4FW2A 4C8MA 4CJTA 5JS2A 1TKDA 2G8KA 4M3UA 1JLEA 4CJQA 3NCIA 4AH9A 3KKSA 3VQQA 1NK5A 1L3UA 4CF0A 1TVRA 3AA5X 4E7IA 1RT2A 2FC0A 4DSEA 1N6QA 3MXJA 3SCXA 3HP6A 4EZ9A 3ZSYA 5I42A 1X1PA 2HHXA 2KFZA 1QSLA 3C95A 2IDOA 2YHAA 3A2FA 1UOCA 1WN7A 2E6LA 2A1RA 4M41A 1RT3A 4FJIA 4KTQA 3AVMA 3OYGA 3RMDA 1NK9A 4O0JA 4FLUA 1RCHA 4FLWA 3AO4A 3HVRA 3CFRA 3C94A 3AVCA 1FK9A 2DFHA 5CYMA 4OJRA 3IAYA 3RMAA 4B9SA 3OYNA 4OKKA 2B4JA 1RBUA 3NF6A 1JLFA 4CGIA 4CEDA 1KFDA 1JL1A 3KLEA 3KD1E 1UWBA 2B5JA 4BE1A 3U6FA 3THVA 2RPIA 4QOZB 3F73A 3AO1A 1B9FA 3CQ8A 4NCGA 3K59A 4DF8A 3TI0A 2QKBA 1JL2A 3LP2A 1RT5A 1YT3A 4CEBA 4CJPA 4CECA 1XHXA 2XRIA 3DRSA 3WNHA 1S9GA 1LAWA 3V6DA 1XC9A 1DLOA 1BCOA 3DLGA 4AHSA 4EP4A 3SPYA 1RILA 2A1SA 4J2EA 1S1WA 1TAQA 4LY7A 1L3VA 3DLRA 3OYKA 3NH2A 1NJWA 3EY1A 3DLEA 4ELTA 2X6NA 2FBVA 1JLCA 4O55A 4KHYA 2OPQA 2VG6A 4E7HA 2W42A 4FJ5A 1VSDA 4IG0A 4OKJA 2BGGA 4LH5A 4F3TA 1JXBA 4DTSA 4FJNA 3M8QA 1RDBA 3O3FA 2HNDA 1T05A 2FBYA 1F21A 3OYJA 3BGRA 2PZSA 1RTHA 3RWUA 3M8RA 3ZT2A 4N56A 3OJSA 2DFEA 2YHBA 4FLXA 3SZ2A 3SUPA 4ZTJA 4BE2A 2YNGA 4FJHA 4HCBA 2OPPA 3DYAA 2YNHA 3HYFA 2OPRA 1RDCA 3OYBA 3PO5A 3LWLA 1S6QA 5FDLA 2RF2A 3AA2A 2Y1JA 1W9HA 3KD5E 4CF9A 4M45A 2XY5A 4TSXA 1QE1A 4DG1A 1BCMA 5DK5A 3V9UA 1WAJA 3OYMA 1WLJA 3TARA 1X9MA 3AV9A 3U3GA 1T8EA 4FLYA 4I7FA 4CJRA 1TL3A 2VG7A 1J9AA 2FBTA 4DS4A 4JS4A 4FJJA 3ZSVA 4B9VA 2ZD1A 3HSTB 3V1OA 4BWMA 4CHQA 1ZBHA 3IG1A 3EYZA 3C6TA 4CJWA 4FJ7A 5KRSA 2PYLA 1VSKA 3MEGA 4QCLA 1GOCA 3EZ5A 3U3YA 1QQCA 2B6AA 4FM2A 1ITGA 2Q3SA 3SJJA 3G10A 1ZYQA 4F3OA 3SI6A 1BHLA 4NYFA 4F8RA 4PY5A 1Z25A 4OGEA 3K5LA 4IG3A 4W5NA 2E6MA 5C24A 1FXXA 3OYIA 2ATQA 3FFIA 3MAQA 3TWHA 3L3VA 4KTWA 3NBPA 1L3SA 4DTMA 2OYQA 4B3OA 1TK5A 3QESA 1VSMA 4GMJB 3SQ4A 2IAJA 4KV8A 3SQ2A 3DM2A 4JS5A 1GOBA 3JSMA 2HHVA 3NF9A 5HRPA 3HPHA 4F4KA 3AVHA 4DTUA 4E1NA 1TK0A 2OZSA 3LP3A 3RRHA 4AHTA 4DWIA 1JLGA 3AA3A 2D0AA 1Y97A 4B08A 1G15A 5KGXA 4W5RA 4CJVA 3DLBA 1BL3A 4CJ4A 1RBTA 4M3TA 4AHRA 3F9KA 3LWMA 2QKKA 1BGXT 4CJSA 4DQRA 5J2PA 2KW4A 2YV0X 3L2QA 4DU3A 3LP1A 1HJRA 4Z4GA 2OPSA 4CJ5A 3KIOA 4KFBA 3LZIA 1CZBA 3LZJA 2OA8A 4CF2A 3KLGA 2EHGA 4CK1A 3I0RA 4M3ZA 2QK9A 2Z1IA 1IG9A 3SQ1A 2G8IA 3QEPA 4CESA 4KO0A 3V1QA 3TAPA 4FJXA 3HVTA 4KREA 4KHNA 1I39A 4DFMA 3NHGA 2I5JA 3TAGA 1QHTA 2WOMA 1WSFA 2WONA 4O4GA 4OVLA 3ZT4A 1I3AA 1LW2A 1WSGA 4EP5A 2P5GA 1EX4A 1GOAA 3QNNA 4AILC 3AVJA 4W5OA 1JLAA 1NK6A 1LW0A 3HL8A 3NF8A 1HQUA 1KSPA 3ZCMA 1Q8IA 4ELVA 1JKHA 4EZ6A 4W5TA 4PWDA 4FJGA 3LAMA 4FVMA 4CFAA 4NCAA 5E41A 1VSFA 3PX0A 1IKWA 2BDPA 4Z4EA 2F8TA 5HBMA 1C6VA 1B9DA 4DU1A 4DTOA 2NUBA 1T7PA 4CJUA 4H4OA 4HUEA 3PX4A 4CJEA 1Q9XA 1S9EA 2G8UA 3V1RA 1NKBA 1TV6A 4CHPA 3SUNA 4C8LA 2OZMA 4OLBA 4DTXA 4IFYA 1XI1A 4CGJA 4CF1A 3QO9A 1S5JA 3AVFA 4DSFA 4DTPA 3HK2A 3LAKA 4DMNA 4IFVA 4DTNA 1XHZA 4LH4A 3VQEA 1VSLA 2XHBA 1KLNA 4J2BA 1TAUA 4CK3A 4K8XA 4Z4IA 4C8OA 1D9FA 1DTQA 1BIZA 1YTAA 3ZT1A 4CFCA 5JS1A 5KI6A 1SL2A 4KB0A 1SKRA 4BWJA 3QIPA 2VWKA 3AVGA 4HVJA 4DTRA 3ZT0A 2Z1HA 3LPUA 4FXDA 4B8CA 1HNIA 4O0IA 4UQGA 5C25A 5HRSA 3RTVA 3TABA 1TGOA 4M42A 1BISA 3NH0A 1KTQA 1IKVA 4RW6A 2HMIA 4KI4A 2HHSA 4FJ9A 2G8HA 1RT6A 3OJUA 4GW6A 4IDKA 4CFDA 3VA3A 3AO2A 1IO2A 2KZZA 1REVA 3ZSQA 3DLHA 4CJ3A 2AJQA 1QSSA 3L2VA 1DTTA 2D0CA 1C1BA 4MQ3A 5KRTA 4FZXC 1YVUA 4CEQA 3VQ7A 3AVIA 2O4GA 2IC3A 5SZTA 5SWMA 4LD0A 1HNVA 3VQDA 3WNFA 4B8AB 1KVBA 3VQ9A 3OS1A 4CFBA 4HTUA 2G8WA 4FZZA 2GV9A 3RR7A 1X9WA 4CIEA 2KZMA 3NH1A 1C0MA 3KK3A 3RMBA 4Q0BA 3NAEA 4I2QA 1RBVA 3K5OA 3ZSWA 2IS3A 1HPZA 1IKXA 3LDSA 1NK4A 1TKXA 4RW4A 2HNYA 4N47A 4DSIA 1SKWA 4DU4A 4FYDA 3CFPA 3SUQA 4NYNA 3WNGA 1X9SA 2D0BA 4FLZA 3MECA 3LP0A 3V81A 2D5RA 3KLIA 1FKPA 4ID1A 1U47A 3O4NA 1RBSA 5CY4A 1XWLA 1VRTA 4DFKA 3V9SA 4E7LA 1SL1A 1S1TA 2YKMA 1WSJA 5FRNA 2KTQA 4CEAA 2PYJA 4E7KA 2KFNA 4N5SA 1JLBA 4FLTA 1U49A 4CF8A 2GBZA 2Z1JA 4Z0UA 3S3MA 3KTQA 1HYZA 5HROA 4KPYA 4CEEA 1NK7A 1B92A 4QAGA 4N76A 2X6SA 1NJYA 5T7BA 3HP9A 4CJFA 2IGIA 3DOKA 1VSEA 4KRFA 1EP4A 4G1QA 3RMCA 3KKRA 3OYFA 1N5YA 1U4BA 1RT1A 1A5VA 1SUQA 5J2QA 4Q5VA 3CG7A 4KB1A 1TL1A 4CEFA 1CXQA 3IS9A 4J2AA 1C1AA 3AA4A 4H4MA 1YTUA 4HUGA 2HVIA 1U04A 2Y1IA 5J2MA 4Y1CA 3SPZA 4CE9A 1CZ9A 4CERA 2DFFA 2YNFA 4DS5A 3K57A 1LWFA 2FBXA 3NF7A 1VSIA 4CCHA 3D0PA 1ASVA 3K5MA 1SL0A 4B9UA 1RNHA 3K5NA 1WSIA 3K2PA 4BE0A 5I3UA 1D9DA 3HO1A 4IBNA 4I9QA 2LSNA 4PQUA 3KJVA 4FM1A 4FW1A 3AVNA 3NGIA 3DRPA 4OLAA 4OPJA 1ASUA 3K58A 1NKCA 5J1EA 3RR8A 4M3YA 2RN2A 4GVMA 3PY8A 4ELUA 3OYCA 1WNSA 4Z4CA 3QEVA 4BDYA 4DQQA 2YNIA 3ALYA 4CK2A 2HHUA 2JLEA 1U45A 4RG8A 2X74A 1NJZA 4C8KA 1BI4B 1EETA 1S1XA 3L2UA 3QNOA 4CIFA 1RTDA 1SKSA 1VSHA 3VN5A 4CGGA 5J2NA 3ZSRA 3B6PA 1ZBUA 3VQ5A 4O44A 4DQIA 3MXMA 2BE2A 4YFUA 4JRQA 1LV5A 4J2DA 1QS4A 2XO7A 1HMVA 3M8SA 3TAFA 1WSHA 3MXIA 2O4IA 4IKFA 3LALA 1BQNA 3KLFA 4BACA 5FRMA 3B6OA 2VWJA 3OYAA 3TANA 5CYQA 3QLHA 1VRUA 2JGUA 4KI6A 4OKEA 3L2RA 3LPTA 1TK8A 4E19A 4KTZA 3L2WA 1NJXA 3QINA 4FK0A 1W0HA 2ZQBA 3C6UA 1O1WA 2Z1GA 3CFOA 5DMRA 5EU7A 1UAXA 5CZ1A 3HPGA 4I2PA 4FCYA 1RT4A 3TR8A 1CLQA 3DI6A 2P5OA 3NE6A 1LWCA 3HXMA 4DQSA 1QTMA 3DRRA 3E01A 4CGDA 4DQPA 4CJLA 2X78A 4CHNA 2XY7A 3TAQA 3RRGA 5HRNA 4FJLA 2HHTA 4DSKA 3P5JA 1Q9YA 3S3NA 1TKZA 1WSEA 3QEXA 4FJ8A 2DY4A 3SUOA 3AVLA 4B9MA 4M3WA 1C1CA 3HPOA 5D3GA 1CXUA 1BIUA 3VQ4A 2ZE2A 1HYSA 2VG5A 3UIQA 4LSNA 1IH7A 3NGZA 3OS0A 4CIGA 4HHTA 3T3FA 1D8YA 4B9LA 4DF4A 2HNZA 1J53A 1RBRA 3KK2A 5K14A 3L3UA 1HRHA 3QERA 3TAMA 3H08A 1RDDA 1NKEA 4B9TA 4K8ZA 2F8SA 2IOCA 3VQ6A 5C42A 3P1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9KB 4BR2A 4YDUA 1T03A 4BY9C 1XMQK 3QICA 1UA0A 3HOTA 3UE5A 3TAEA 3PLAA 3CC7N 1C0TA 3HJFA 1MU2A 2XY8A 4G9ZA 3MWTA 3JYTA 4M3XA 3CM5A 3SYZA 1ZBLA 4H8KA 4YNQA 1KQSM 3H1QA 1BQMA 4CHZA 2R7YA 3CQXA 4JI8K 4CEZA 4PA1A 2CGLA 3AO3A 3AVBA 4R5PA 1NGHA 3D45A 2EX3A 1VK0A 3DOLA 3FZFA 5FROA 3ZETA 4HWIA 1ASWA 3V9ZA 2QWOA 4CGHA 5TKYA 3BDPA 2IVNA 2YJFA 3SV4A 4ZTFA 4B9NA 2DTUA 1VQPN 2GELA 2E20A 5BRHA 2P51A 2P9UB 3CM6A 3ULDA 2G8FA 1A5XA 1VSJA 3HM9A 4NCBA 3WNEA 4YHHK 4B3MK 5M1NA 3LDOA 1D5AA 1RT7A 3QB0A 1KLMA 3MMVA 4BRFA 4FJMA 4L8RB 1L5UA 3VQ8A 4CGFA 1ZBFA 5HRRA 2G8VA 4CHYA 1R0AA 3ZSOA 4BDZA 4WE1A 5CZ2A 4JYAK 4M3RA 4A2AA 2UUCK 4B1WB 5KGWA 3MN6A 4FJKA 4CJKA 1NGDA 2ETJA 2FSKA 1C0UA 4H0YB 4JKDA 1JLQA 2E8AA 3LM2A 1X3MA 4Z4FA 4A59A 1YF5L 2QXLA 4C8MA 2G8KA 3ID8A 1DT9A 1GLFO 1TKDA 4PL7A 3NCIA 3KKSA 4CF0A 2FC0A 4DSEA 1N6QA 2D4WA 3HP6A 4EZ9A 3C7NB 3CETA 4FSVA 2A1RA 4KTQA 1RT3A 4MLHA 3AO4A 4BGAA 4JI1K 5CYMA 3CFRA 3RMAA 4OKKA 5EXWA 2B4JA 2D0OA 1UWBA 3EN9A 4IXCA 2CGJA 4JD2A 3F73A 3AO1A 1E4GT 5AQWA 1XHXA 1U6ZA 4K25A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P9K B;  4BR2 A;  4YDU A;  1T03 A;  4BY9 C;  1XMQ K;  3QIC A;  1UA0 A;  3HOT A;  3UE5 A;  3TAE A;  3PLA A;  3CC7 N;  1C0T A;  3HJF A;  1MU2 A;  2XY8 A;  4G9Z A;  3MWT A;  3JYT A;  4M3X A;  3CM5 A;  3SYZ A;  1ZBL A;  4H8K A;  4YNQ A;  1KQS M;  3H1Q A;  1BQM A;  4CHZ A;  2R7Y A;  3CQX A;  4JI8 K;  4CEZ A;  4PA1 A;  2CGL A;  3AO3 A;  3AVB A;  4R5P A;  1NGH A;  3D45 A;  2EX3 A;  1VK0 A;  3DOL A;  3FZF A;  5FRO A;  3ZET A;  4HWI A;  1ASW A;  3V9Z A;  2QWO A;  4CGH A;  5TKY A;  3BDP A;  2IVN A;  2YJF A;  3SV4 A;  4ZTF A;  4B9N A;  2DTU A;  1VQP N;  2GEL A;  2E20 A;  5BRH A;  2P51 A;  2P9U B;  3CM6 A;  3ULD A;  2G8F A;  1A5X A;  1VSJ A;  3HM9 A;  4NCB A;  3WNE A;  4YHH K;  4B3M K;  5M1N A;  3LDO A;  1D5A A;  1RT7 A;  3QB0 A;  1KLM A;  3MMV A;  4BRF A;  4FJM A;  4L8R B;  1L5U A;  3VQ8 A;  4CGF A;  1ZBF A;  5HRR A;  2G8V A;  4CHY A;  1R0A A;  3ZSO A;  4BDZ A;  4WE1 A;  5CZ2 A;  4JYA K;  4M3R A;  4A2A A;  2UUC K;  4B1W B;  5KGW A;  3MN6 A;  4FJK A;  4CJK A;  1NGD A;  2ETJ A;  2FSK A;  1C0U A;  4H0Y B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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