3TTFA

Crystal structure of e. coli hypf with amp and carbamoyl phosphate
Total Genus 218
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
218
sequence length
646
structure length
646
Chain Sequence
QIVPDAATCPACLAEMNTPGERRYRYPFINCTHCGPRFTIIRAMPYDRPFTVMAAFPLCPACDKEYRDPLDRRFHAQPVACPECGPYLEWVSHGEHAEQEAALQAAIAQLKMGNIVAIKGIGGFHLACDARNSNAVATLRARKHRPAKPLAVMLPVADGLPDAARQLLTTPAAPIVLVDKKYVPELCDDIAPGLNEVGVMLPANPLQHLLLQELQCPLVMTSGNLSGKPPAISNEQALEDLQGIADGFLIHNRDIVQRMDDSVVRESGEMLRRSRGYVPDALALPPGFKNVPPVLCLGADLKNTFCLVRGEQVVLSQHLGDLSDDGIQTQWREALRLMQNIYNFTPQYVVHDAHPGYVSCQWASEMNLPTQTVLHHHAHAAACLAEHQWPLDGGDVIALTLDGIGMGENGALWGGECLRVNYRECEHLGGLPAVALPGGDLAAKQPWRNLLAQCLRFVPEWQNYPETASVAAANWSVLARAIERGINAPLASSCGRLFDAVAAALGCAPATLSYEGEAACALEALAASCDGVTHPVTMPRVDNQLDLATFWQQWLNWQAPVNQRAWAFHDALAQGFAALMREQATMRGITTLVFSGGVIHNRLLRARLAHYLADFTLLFPQSLPAGDGGLSLGQGVIAAARWLAGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of Hydrogenase Maturation Protein HypF with Reaction Intermediates Shows Two Active Sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulatory protein
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 218
structure length 646
sequence length 646
ec nomenclature ec 2.1.3.-:
pdb deposition date 2011-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01300 Sua5_yciO_yrdC Telomere recombination
A PF07503 zf-HYPF HypF finger
A PF17788 HypF_C HypF Kae1-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.110.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Translation Initiation Factor IF3 Translation Initiation Factor IF3 3ttfA02
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ttfA04
3.30.420.360 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ttfA03
3.90.870.30 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3ttfA01
3TSUA 3VEOA 3VTIA 3VEWA 3VTHA 3VEZA 3TTCA 3TSQA 3TTDA 3TSPA 3TTFA 3VESA 3VEXA 3VETA 3VERA 3VF4A 3VF2A 3VENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BO5O 1EWRA 3KJVA 3K9KA 2KZZA 1XMOK 2HHQA 3LDLA 5E84A 3TAGA 2YHAA 4JI4K 2D4WA 3FFIA 1BGXT 4Z94A 1VM0A 3P83D 4NXNK 3ZSYA 3O9QA 3QO9A 2O8FA 2O8FB 4HTUA 3NGIA 3MEGA 1C1AA 3CCJN 4DSFA 3ZYYX 3KK7A 2KZMA 4CJLA 4A2BA 3TANA 4MO5A 2ZQBA 4J8FA 1IH7A 3LDQA 4NCGA 1UA1A 4O8KA 3L3UA 4HVJA 2QTDA 3CQ8A 3ZT3A 4EZ6A 3RSEA 3RSEB 4H0OA 3SV4A 4JK7A 4JKHA 2XY7A 5HRPA 3DLHA 4FWLA 1T6CA 3P39A 3MN5A 4AILC 1K4OA 3VETA 3VQ8A 1BISA 1NGFA 3K57A 2DY4A 1S1TA 3LL3A 4PKHA 1TK0A 1F21A 1Q18A 4H0VB 1H4SA 4FVUA 1IG9A 1GLAG 4IG0A 3IKMA 2FF3B 5TKYA 1RBUA 3ITHA 3P4IA 1EKEA 3WQUA 1WBDA 4DTXA 1TV6A 1JCEA 1HKBA 3CHWA 4MLHA 3DLLL 3Q7BA 3V1RA 3I56N 3EZ5A 1JLFA 1K49A 3ID8A 2D0CA 3D6RA 3T1YK 3LDSA 4BACA 4LF6K 2HOEA 3VQCA 3CYMA 4KH4A 4H0PA 1VK0A 3DSDA 4CW7B 3U3YA 3UIQA 1X9WA 2D5RA 3VA3A 5C10A 3DLEA 4IEEA 3TAQA 4ICLA 1NM1A 3CJ7A 4E1JA 2B6AA 3P1GA 4B8CA 5C0YA 3OS0A 4DUZK 3FGUA 4LH4A 2E6LA 2OANA 4Z0UA 2F8TA 3ATVA 1K7JA 4CESA 4DS5A 2HHHK 3QERA 1NH9A 5HROA 3SMPA 1NK7A 1BL3A 1VQ5N 1VSJA 4IWVA 1B9FA 4CK3A 1NG9A 5LY3A 1D5AA 3QMLA 1NK5A 1DTQA 3L2WA 4P6CA 1K4IA 4PL7A 3NH0A 4GV6A 1H1VA 1RT5A 2FC0A 3HP6A 4YDUC 2ASMA 3WXMB 3L8BA 1JLCA 4HUFA 3H3NO 5KRTA 3HZ7A 4E7HA 3SAFA 2GTDA 4FLWA 4GVEA 2BKYX 5M1KA 3LS6A 4E19A 4CJFA 4OLAA 4A57A 4CI6A 1YF5L 2ETJA 4YORA 3FE1A 1VR4A 2VGMA 4V19S 2LSNA 4FWOA 1BIZA 4IEIA 2MX1A 4M41A 1VSHA 1S9EA 4KHPK 1HYZA 1Y9XA 5BREA 1SS6A 1NK0A 2D0PA 4W5OA 4DFMA 2OPRA 3HOTA 3O3HA 4IOXA 3FLCO 3O1BA 1QQNA 1VQMN 1TKUA 3VMFB 4X64K 4BY9C 5ADXH 1NGJA 5I42A 4WQ5A 3MAQA 2B4JA 2OCEA 3VEVA 5C25A 4PKIA 1CXQA 3P31A 4QCLA 2HMIA 1KSPA 3RMBA 1L3VA 4Q15A 3QEIA 4O5BA 4RW4A 4ELVA 3JYTA 1VQ8N 3SUNA 1Z6RA 3M8SA 2IDOA 4LF4K 1KVBA 2HBKA 4B1VA 4FZZA 3DLRA 3V9XA 3ZIIA 3TSQA 3HYFA 3AA3A 3V9SA 3ZT0A 4DQIA 3WNEA 4FXDA 1QS4A 4IKFA 2PYJA 2IVNA 4BWJA 3AA5X 3TABA 1ASUA 2GX9A 4IZ9A 1JLAA 4G9ZA 1SZ2A 2NZTA 3AVFA 4LFCK 4JD2B 5AQVA 4YY3K 1KC8O 3E9LA 3O1WA 2A3ZA 4ID1A 3B8AX 3ULEB 2Z1JA 3ULEA 2FSJA 3VF6A 4WCEL 4I9LA 1NKEA 4GKJK 2IGIA 2A40A 3AVCA 2VYPA 4CJKA 5J2QA 1IKWA 4BC4A 3O5BA 1QHAA 3DAWA 1BA0A 4PWDA 1FW6A 3HOSA 3A5NC 1NJXA 4JS4A 1XNRK 2QWQA 1RT1A 1KRPA 3WXKA 1VRTA 3OS2A 4BR0A 1T8EA 1TKDA 4CJUA 1J5OA 2O8DA 3N4PA 2O8DB 4DF4A 3MCPA 4AHSA 5KGXA 5ADXA 4DU4A 3QEXA 5KGWA 3I8DA 4A59A 3OW2M 5AQRA 1TUUA 1LW2A 3THYA 3THYB 4W5TA 1XQSC 4CIFA 1C6VA 5GAEP 3LPTA 2WFBA 1NJZA 3TTDA 5J2NA 4DLGA 1EO1A 4CEFA 4JK9A 5AQJA 1HKGA 2CGJA 1QHTA 3A0IX 3O4QA 1G15A 4NYFA 3BF1A 3S9HA 5CYQA 3SJJA 3ZT1A 2EWSA 2P9BA 5AQTA 3GBTA 3PO5A 3K9JA 1I39A 2QXLA 4FBQA 2ZD1A 4DSEA 2QA4N 3H6EA 3VQDA 3T19A 3NF7A 2Q3VA 2HBMA 4BDYA 3J81O 3OBYA 2HNYA 3T3FA 4H5NA 1VAZA 1KFSA 4DTMA 3D2EA 3D2EB 2XRIA 4F4KA 1BCMA 1XHZA 1X3MA 1GLDG 2JWKA 1TGOA 4JKAA 3KLGA 3U9ZA 3A5OC 2E20A 3PO4A 2P9SA 4OX9K 1YXQA 1SAZA 4JKFA 2Y1JA 1D9FA 3MN6A 3VENA 3ZEUA 3ZEUB 3G71N 2AJQA 2X74A 5GAGP 2G8FA 3VQQA 1PVYA 4C1NI 2G8VA 3ZX0A 3PLAA 2E88A 3E9PA 3HJFA 3LRJA 2D0OA 3LWLA 1QQOA 3I8BA 1QVGM 5AQLA 3LVJC 2BH1A 5K14A 4JI3K 3BDPA 3GG4A 1EXQA 4FW1A 2YNGA 4H0TB 4B1YB 3R8EA 2VCPA 1SL2A 1D8YA 2HVIA 3QETA 4RWTA 2Q2RA 1G58A 3D0PA 4FLVA 3TU5A 1NK4A 3ULDA 4O0IA 3HT3A 3VPZA 3CQXA 1L3TA 3QEPA 4DTRA 4KI4A 1NK6A 2HF3A 2E8AA 4CZHA 4R5PA 1XC3A 3SNNA 3RWUA 4ISFA 2QWPA 4EHUA 5A2QO 4O8UA 4DQRA 3PX4A 3ZSXA 4CD1A 3DLKA 2X78A 5HLFA 5FRMA 1VQLN 4LFBK 2QWRA 4K88A 1Q9XA 4BRPA 4BQLA 4CECA 3V9UA 4YDUA 3Q7CA 4K8XA 1T6DA 4JI5K 3OYJA 4DFJA 1WLJA 3AAQA 2DPNA 3HP9A 4BR5A 1NOYA 4F9OA 3VQBA 1C0MA 3C0BA 4I9QA 4J2DA 1LAWA 1K6YA 4UQGA 4HCCA 1N8RO 3BUZB 4FWKA 3VQ9A 4CBWA 4IJNA 3G25A 3AVBA 1MWKA 3MWTA 4OPJA 4U7BA 3OS1A 1LW0A 2YV0X 3NF9A 4HUGA 3VQPA 1YAGA 3NE6A 3KHYA 3TAPA 1Q9YA 1XC9A 5EY4A 1LWFA 5BRDA 1Y64A 5AQOA 5FPNA 2A41A 4DQQA 1W0HA 3LPUA 5GAHP 1N5YA 3ZSVA 5GADP 2BDPA 3PIPL 3ZSOA 3F73A 3CMAN 4FCYA 1WN7A 3H07A 4NXMK 1YITN 4BRQA 2NRZA 4E1NA 2OTJN 1HUXA 1HPMA 1QVFM 3RMCA 1EETA 4HVCA 3AAPA 2DTUA 1GLEG 1LWEA 4HHTA 3O6WA 1KXPA 5KI6A 2G8HA 4Z4GA 4AM7A 4OKKA 1EQYA 3MECA 3HSTB 2QKBA 4B3OA 4CIGA 1TL1A 2VGNA 1VSFA 3VGKA 4H0XB 1W9HA 4WQ5C 2D1KA 4M45A 3VGMA 3LWMA 4PL8A 3AA4A 1KCFA 1Z25A 2Z1HA 1BU6O 5M1PA 3CF5L 3OY9A 1U6ZA 3MXJA 5CY4A 4GY2B 1BQNA 1ZXOA 1DLOA 5M1FA 5AR0A 3EE9A 5DM6L 3SJHA 1V4TA 4A62A 4LSLA 3OYEA 1IBKK 4EIAA 3HPHA 4WYBA 5KQDA 2NNWA 5LL6Z 1KQSM 2RIUA 3WXLA 5DK5A 1S3XA 3MXMA 4YOVA 3VEOA 4FYDA 4BE1A 3FZKA 2FLOA 4CJTA 4JI6K 5FLXO 2VQEK 4IFYA 1UWBA 3FZLA 5KQ8A 1SKRA 3PUFA 1RDBA 3LDPA 5BR9A 4JI0K 3IFRA 3NGZA 4O5FA 2ZE2A 5HBMA 4FLYA 4YFUA 3QFUA 4H03B 3QEWA 4YOYA 4LF7K 1RBRA 4AHRA 4CJWA 1C0GA 1IJJA 1K8KB 1K8KA 4FK0A 4DFKA 3CM5A 1SKWA 1IBLK 2YNHA 4JRQA 2KFNA 3LP1A 4CFCA 1S72N 1YVNA 1HNWK 4E7KA 4YKEA 1PAVA 5BRFA 4B3TK 1QQCA 3IG1A 2B5JA 2G8IA 3QICA 4FW2A 3UKRA 3UKRB 3EKUA 1OVYA 1ZC6A 1NWKA 5BPMA 3DLBA 4CZGA 4CVNE 4W5RA 4XH4A 1E3MA 1RFQA 1ESVA 1RBVA 4CF8A 5BN8A 3AO3A 1H4TA 5J1EA 3VQ5A 3S41A 4H5TA 3OJSA 4G1QA 1NJ5A 4RW9A 3V4IA 1KD1O 4B1ZA 1T3VA 3B6PA 4YNQA 3AY9A 3K2PA 1ZBUA 5DMRA 2YNIA 5SWMA 4WI1A 4B9SA 2ZJRL 4BROA 1RDCA 1RT6A 5I9EB 4M3ZA 1E4GT 4A61A 3OYGA 4CJPA 3I0SA 4NO7A 4CEDA 1HRHA 3E9OA 3U4LA 4KH5A 1NJYA 2F4VK 1L3SA 4CJ7A 4FJLA 2GWKA 2OPQA 1HMVA 3W0LA 1JJ2M 1JLQA 5LJWA 2KHOA 3V1QA 1L5UA 3P38A 1VQKN 2Y1IA 2HVHA 5KPRA 1UOCA 4JK8A 3SMSA 1RTDA 2KW4A 3IABA 3IABB 4FO0A 3KLIA 4RW8A 3VF2A 1S1VA 4AHVA 3M6GA 4CJ4A 2HW3A 4N56A 2D0BA 1YTUA 1C0TA 2VG7A 4FJJA 1VQON 3RRHA 3NBPA 2GELA 3KK2A 1ASVA 1HC7A 2IFEA 1YVUA 4DLEA 2G8UA 3T7ZA 3TSUA 4BWMA 3LP0A 4O44A 2OTLN 3IALA 2H9UA 3AVHA 3WQTA 2YKMA 4FOIA 4DS4A 2HBLA 1CXUA 4BRAA 4FSVA 4KHWA 4YOUA 1LV5A 1SQKA 2XHBA 3QNOA 3HSCA 4KO0A 4DFPA 3LAMA 4TSXA 4BVOA 4CGDA 5MLCQ 3U9DA 2UYTA 4Y1DA 1OH5A 1RDUA 4BE0A 3G0ZA 3HPGA 4CJVA 3K5MA 5JS1A 5M1QA 3SLCA 1M90O 4GVMA 3ATUA 3P04A 3MIOA 4OPAA 1C1CA 1YJWN 3H1QA 1NFHA 4FWSA 3EYZA 4CZLA 1HQUA 1WB9A 2E6MA 5JLFA 3WBMA 2FF6A 4F8RA 2H3GX 4YDQA 1C1BA 3E1YA 3OYCA 4KB0A 1NJ2A 4GKKK 4DF8A 4IJAA 4NCAA 5AQFA 3EN9A 3HM8A 3NMUA 1U4BA 4CGGA 1DGKN 4CZMA 4N41A 5AQWA 1MA9B 1K9MO 1RBTA 5EXWA 2RPIA 3QIPA 1K4LA 3BEXA 5I3UA 3D45A 5FPEA 3WUHA 2HBJA 3M8QA 1BDGA 4DV4K 3NGYA 1NOZA 3O4WA 3DXMA 3DXMB 5C15A 4FLXA 1EWQA 1RGIA 4NCBA 3GE1A 4DQPA 4M3YA 2E4LA 4AQYK 1BCOA 1VSKA 1LAVA 2F9WA 4CHYA 1BQMA 2E2NA 4B8AB 1P8ZA 4CJSA 3C6TA 2YHBA 1K73O 2BTFA 4BE2A 1T03A 3T1HK 4LFAK 4N76A 2NRHA 4DQ8A 1KAYA 1WSJA 3OTOK 2R7YA 3O9SA 5E26A 1LOTB 4B3MK 1NJWA 5AQNA 1NGAA 2ZGZA 2W6KA 3SQ1A 1W97L 4EFHA 5KRSA 2X6NA 2UUCK 3PSFA 2FBXA 3IDHA 4CGJA 3FZMA 1N36K 4K42A 3QBXA 1T05A 4HUEA 5IT9O 3CJAA 3BZKA 4O0JA 3WEEA 3WEEB 2IIRA 3LDOA 4WF9L 3HPOA 4FJ8A 1NBWA 4M3TA 4C8KA 4BDPA 2I5JA 4DG1A 3ZSQA 4U67L 4BRDA 3O3GA 1J5EK 2CH6A 1XEZA 3PX6A 4DU3A 3ZIEA 3U6YA 2DFEA 3A8YA 1HJRA 5JS2A 4OLBA 3AO2A 3QFPA 1Q82O 1TKXA 3RRGA 3T1AA 3QINA 3AJEA 1RTHA 1JDQA 3AVGA 4IOAL 2DFHA 1NGDA 1O13A 5FPDA 4M3UA 3ID6A 3OYFA 4IO8A 3NH1A 4B9MA 4JD2A 2V7YA 4F2SA 2P9LA 2P9LB 3R6MA 3G6EN 4J2AA 1A5XA 1PVWA 3C95A 4FK4A 4XIUA 5TKWA 3H08A 1FK9A 2VG5A 1V4SA 1UDVA 2ASOA 2WBNA 5AQYA 1RNHA 3KLEA 3U6FA 3OYHA 2E2QA 4CIEA 3KKRA 3NCIA 4Z4FA 3V81A 3AVAA 3BY5A 2XY5A 1T44A 2RHKA 4OVLA 4DHYA 4K86A 3LALA 2QWOA 4DTPA 5AJ3K 5HOOA 4X66K 3ENHA 4L8RB 1HNIA 3TWHA 1GOBA 2P5GA 4K25A 3AVMA 1ILYA 3EL2A 4CZIA 1VQ9N 3NDKA 3QKBA 2PY5A 1RTIA 2PYLA 4BRNA 3JAMO 4M3RA 4KTWA 3EEQA 2A6AA 1H0XA 4I14A 3KK3A 4EP5A 1Y2IA 1T7PA 2RN2A 3AV9A 4JRPA 3LM2A 3A5MC 1DKGD 4PA1A 2V51B 3AGRA 1VQNN 5B8HA 4FJIA 3HK2A 5AQZA 3HTVA 2XY6A 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3GOIA 2F9TA 5CR4A 5HRNA 3SUOA 1XMQK 1GOAA 1JLBA 4Q5VA 1HPZA 3L2QA 1XHXA 3AVLA 3OBWA 4BRFA 2HF4A 2LXRA 4AM6A 3CD6N 2YCHA 1DCJA 3SQ2A 1JLEA 4J2EA 2OPPA 1IKVA 1NU0A 4DR7K 4KFBA 2KKZA 4EZ9A 1ZBHA 1HJOA 4ELTA 4CZFA 4E1MA 2YJEA 3F2KA 1ZBLA 1I3AA 2BUPA 3WXJA 1HX1A 1WSEA 2W41A 3HO1A 4DKWA 1TL3A 3V9ZA 2HHSA 3VEXA 2XY8A 4RW7A 3LDNA 1G57A 5DM7L 3CCUN 4M63C 2Q1NA 2HMPA 4CFAA 1BIUA 3R3LA 3BP8A 4BRLA 1QZ6A 4OPKA 3HVRA 1C0FA 4DB3A 3N4QA 3IUCA 1CLQA 4BC2A 1WUAA 5M1OA 3CCMN 2Q31A 3VQAA 2F8SA 1WAFA 4DR4K 4FVMA 3C6AA 4NLBA 4E3SA 2O4IA 4KI6A 2E1ZA 3H3OB 1VQ6N 3MCAB 3C7NA 3C7NB 5KPZA 5AZJA 5AZJB 1TKTA 2CGKA 4O4GA 4CEAA 1EX4A 3CCRN 4FM0A 3H45C 2I7PA 3DRPA 3NF8A 1J54A 1QTMA 4FZXC 3GL1A 2HHXA 4FM1A 1FKOA 3UE5A 4CZKA 3THXA 3VQ6A 3THXB 1ZYQA 3SPYA 1NJIO 4P8EA 3VA0A 4JV5K 4DCHA 1JCGA 4FWPA 2ATQA 2YJFA 3C6UA 3MX2A 4BC5A 1YIJN 4ELUA 1JCFA 2YHXA 1NGGA 1QE1A 3V1OA 1JE3A 3VQEA 2YHYA 3O9TA 4JI8K 5IWAK 3D2FA 3D2FB 3CFOA 5C12A 3IRXA 1BWFO 1KVAA 3AARA 3J7ZO 2L8YA 4FJ5A 1XI1A 3UB5A 1NKBA 3EO3A 4BRGA 3L7VA 1OH8A 3ZETA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

 
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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