3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
b'HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
3V6DA 1YTAA 1UOCA 4CHOA 4J2EA 4FXDA 3VQPA 5KGXA 3K58A 2LSNA 4CJKA 3S3NA 3O3FA 1UA1A 4F2SA 3C6UA 3ITHA 4FJ7A 4CHYA 3OS2A 2IC3A 4CJSA 1C1BA 2ZE2A 3V9SA 3AVIA 1WN7A 3B6OA 3DRSA 4DS5A 4PY5A 4KPYA 2HVHA 4DU4A 3VQCA 5J2MA 4M3ZA 4DLEA 3DRPA 4UQGA 2OZMA 2YV0X 4JRQA 2DY4A 1FK9A 4BACA 4CCHA 3P1GA 5KRSA 4CJQA 4FJLA 1HYSA 2HVIA 3PX0A 4KI6A 3HP9A 2A1SA 4ELVA 3V1RA 4OPKA 3KLFA 1U48A 1LW0A 1U47A 1HMVA 4CF1A 5DMRA 1VSDA 3B6PA 3ZSYA 1T8EA 3L2UA 3LZJA 1NJWA 1S1VA 2ETJA 4C8MA 4F3TA 3K5NA 4AHSA 2IAJA 5FROA 4AILC 1ASUA 1JKHA 3MXMA 5HRNA 4FJMA 2XY5A 4QCLA 4OGEA 4ELUA 1SUQA 3UIQA 3I0SA 1CXUA 1X9MA 1XHXA 3C95A 3NAEA 4BE1A 3HT3A 1HPZA 3OJSA 3SUOA 4PQUA 4DF4A 1XWLA 4B9TA 1Z25A 4EZ9A 3NH2A 4KHQA 3NDKA 3F73A 2YNFA 3IRXA 1VSIA 3PV8A 3TI0A 1WSJA 3S9HA 3AVKA 5E41A 4CJTA 3DI6A 4I2PA 3L3VA 3LP0A 4ZHRA 2KFZA 2YHAA 3ZSZA 2IOCA 1JLAA 4F3OA 4B9NA 1RT1A 2BE2A 3SQ1A 1XHZA 1Q9YA 3AVAA 3OYLA 1JL1A 1FXXA 1WSIA 4FLUA 4JS5A 3TAPA 3L3UA 3ZSWA 4DSEA 4J2DA 3DOLA 4JRPA 4FK2A 1RBTA 5CYQA 1WSFA 2FC0A 2RPIA 1D9DA 4RW9A 1C0MA 2NUBA 1GOCA 1RT4A 4MFBA 1S1TA 2FBTA 4CEQA 4EP4A 3TR8A 3OYEA 3RRGA 3KTQA 1JLCA 1JLGA 1FKOA 4OPJA 4BDZA 4Y1DA 1C6VA 1NK8A 1S5JA 3LZIA 1NKEA 4J2BA 2BANA 4O4GA 4F2RA 4W5NA 1RBSA 3LAMA 4AHVA 1LWFA 2W42A 5HRRA 2X6SA 3OYKA 4LY7A 1KLMA 4M42A 4C8LA 1VRTA 1T7PA 1R0AA 3P83D 1L3SA 1SL1A 2RN2A 3KJVA 4I2QA 3D45A 2KTQA 4M41A 3AO4A 2KZMA 4Z4EA 4HUGA 3VQ8A 1QSYA 2HHSA 4DG1A 4DSIA 1K6YA 3NF7A 3DLHA 2FBXA 3MEGA 4FJ9A 3NGYA 4DTJA 5KTQA 1SKWA 2OZSA 4YFUA 2XY6A 4KHWA 1QTMA 3KIOA 4FW2A 1KVAA 1RT6A 2PY5A 4DFJA 2PZSA 4CHNA 5FRMA 5JS1A 4C8OA 1ZBUA 2KQ2A 4GVMA 2AJQA 1RT3A 5DK5A 3NGZA 3QNOA 4Z0UA 1BIUA 2YNHA 2DFFA 5J1EA 3AO3A 1HQUA 1BHLA 1HNVA 2G8HA 2B5JA 2HHWA 4FJHA 2Q3SA 3ZT0A 3L2QA 1WSEA 1A5XA 3NBPA 3O4NA 4CGIA 1IKYA 3O3GA 3MEDA 5KI6A 3SPYA 1TK0A 4FYDA 2OPRA 3LP1A 4FK4A 4Q5VA 4CF8A 3AO2A 1TVRA 1DTTA 1TK8A 3EZ5A 1LWCA 1RCHA 3VN5A 3P5JA 3TANA 3RMBA 2HHUA 1S1XA 4GMJB 3TAEA 1A5WA 3AO5A 4E89A 1KFSA 1S1UA 1RDDA 4W5OA 4CHZA 3IAYA 1QE1A 3SUNA 3L2VA 3DLEA 4DFKA 1BCMA 3T19A 3VQDA 4O44A 1BIZA 4CGJA 4I9QA 4NCBA 5HBMA 3KLEA 1NJXA 1NJZA 4E19A 3ZSOA 2X78A 5C24A 1KTQA 2ZD1A 4FZYA 2I5JA 4CERA 3DLKA 2Z1IA 3NE6A 1X1PA 3G10A 2D0CA 3OVNA 2O4GA 1KVBA 3LANA 5FDLA 1X9WA 1U04A 4HCCA 4CJ3A 4FLZA 3NH1A 1WAFA 1LWEA 4BWJA 4LSLA 1UA0A 4N41A 3NF6A 3C94A 4DMNA 5C42A 3LDSA 1S6PA 1I39A 1ZYQA 3L2RA 3LPUA 3AVLA 5J2PA 1HNIA 3ALYA 3LPTA 3OYBA 1Q9XA 4B9SA 2XY8A 1VRUA 1JXBA 1TL3A 4CEOA 3L2WA 3MEEA 3RMAA 3F9KA 1T03A 1O1WA 5SWMA 4CHPA 3HPGA 4AHTA 4DU3A 3ULDA 4ELTA 4M3YA 3NCIA 4QAGA 5SZTA 3D0PA 1KRPA 4DSJA 4Z4FA 1SV5A 1L3VA 4CIGA 4IBNA 3SQ2A 3RRHA 3LP2A 2GBZA 4RW4A 2OPSA 4ICLA 3HP6A 4KREA 2OPQA 1W9HA 3VQAA 1NK0A 4HVJA 1BCOA 3QIOA 1WSGA 4BWMA 3S3MA 4E0DA 4FJGA 4CGFA 3SPZA 1RNHA 3ZSRA 1IKXA 4CGGA 4Q0BA 3TWHA 3OYHA 1EKEA 3NFAA 1SL0A 4G1QA 4KFBA 4B9VA 4HTUA 1U45A 3NH0A 4CEEA 1LV5A 1LAWA 1MU2A 3AO1A 3QINA 1Q8IA 3OYGA 3CQ8A 4CFAA 1RT7A 4CJEA 3RTVA 1XI1A 3OYJA 1KVCA 3M8PA 3I0RA 3DOKA 3QETA 1NOYA 4B3OA 4M3RA 1EX4A 4N47A 1L3TA 1C0TA 4RW7A 1J53A 1JL2A 2KFNA 2B6AA 4DTXA 3CFPA 2X6NA 3ZT2A 3SJJA 4HCBA 2E6MA 2JLEA 4DS4A 4DQSA 3AVCA 3PUFA 3I8DA 2VG6A 1C1CA 1G15A 1TGOA 1VSHA 5CYMA 3HPOA 3LWLA 1N6QA 1T05A 1QS4A 3AVNA 2OPPA 4AHCA 1ZBHA 1JXEA 4CEBA 4DSLA 3M8SA 2VWKA 3K5OA 4H4MA 4FCYA 4NYFA 3SV3A 3DMJA 3K59A 3PO5A 4CJPA 3OS0A 1S9EA 4AHRA 3AVFA 5CY4A 3TAFA 4FJ5A 4EZ6A 2D0AA 1VK0A 3CFRA 1J5OA 2QXFA 4O55A 1ITGA 1QHTA 4CK3A 4KTWA 3CM5A 4PWDA 3G0ZA 3WNEA 4CHQA 2A1RA 2F8TA 4N5SA 4CJ4A 1IKVA 5KGWA 3OYDA 1NK9A 1S1WA 4NYNA 2HMIA 3VQQA 4N56A 4OLBA 4N76A 1WNSA 4CIFA 4NCGA 4KTQA 3OYMA 2ZQBA 3OY9A 1S9GA 2E6LA 2IS3A 4CF9A 4E7JA 5HLFA 1RTIA 4LH4A 2E4LA 4I9LA 3ZT4A 3WNFA 2BGGA 4EP5A 3V1QA 4J2AA 1FKPA 3NF9A 1TV6A 3U3GA 1TAQA 4CGHA 1L5UA 4DQQA 3QESA 2X74A 3IS9A 4CK2A 4DTRA 3QEWA 1CZ9A 4PA1A 4YNQA 4E1NA 3TAGA 4CFCA 4JLHA 4FLVA 1IO2A 3AVBA 4CF0A 1NK7A 4KHYA 1D5AA 1RDBA 2Z1JA 2B4JA 2JGUA 2FBVA 1VSKA 4BDYA 2Z1HA 3SV4A 3MXJA 4IG0A 3ZT3A 2EHGA 1EETA 3MXIA 2BDPA 2QKBA 4CFBA 1BISA 2DFEA 2YHBA 5C25A 3OYAA 1U4BA 1NJYA 2QKKA 3KD1E 1TAUA 1RTJA 1B9FA 3E01A 2ATQA 1BI4B 1RTHA 2HNDA 3DRRA 4CEFA 1F21A 3T3FA 3PO4A 4CEAA 4CJRA 3VA3A 2YKMA 1TKTA 3VQ5A 3V81A 2Y1JA 5HP1A 4DFMA 3ZSXA 1TK5A 1ZBIA 1NK5A 3VQ9A 4FLWA 5K14A 3ASMA 2G8WA 1BGXT 1BI4A 3DLBA 5J2QA 3ZCMA 4K8XA 2Y1IA 4F4KA 2OA8A 3V9UA 4E7HA 1SKRA 3EYZA 3KLIA 1D9FA 4KB1A 4DTOA 5HRSA 3HSTB 5T7BA 4FJNA 4KHNA 3AA5X 4ZTFA 2G8FA 1REVA 4FJXA 4FM0A 2P5OA 2DFHA 3VQBA 4OKJA 1RTDA 1TKXA 3M8QA 4FJIA 1YTUA 2F8SA 4KI4A 1LAVA 3AA3A 4RW6A 1VSMA 3JYTA 4M3UA 4DTSA 1DLOA 3HYFA 3HM9A 1J54A 1NOZA 4CF2A 3KD5E 4M3WA 2P51A 4L8RB 2R7YA 1IG9A 1VSLA 4Z4HA 3QEIA 1GOBA 4KAZA 4KHSA 1UWBA 4B9LA 3AV9A 4DTMA 3KKSA 3QNNA 4ZTJA 4FJKA 1VSJA 3KLHA 4CJWA 3U3YA 4M45A 1LW2A 3SQ0A 3C6TA 3CG7A 3V9XA 4NCAA 4XIUA 2HB5A 3CYMA 4FZXC 1TKZA 4KRFA 4BE0A 2F96A 3H08A 4MQ3A 4W5RA 1IH7A 3U6FA 4CJFA 2PYJA 3LP3A 3HJFA 1CLQA 3KK2A 3V1OA 2WONA 2VG7A 4DQIA 4KO0A 3TAQA 2D5RA 4CEDA 3NF8A 1I3AA 4OVLA 3OYCA 4CESA 4FVMA 3OYIA 3VA0A 4FJJA 1BQNA 3CFOA 2G8KA 3ZSVA 3V4IA 4DF8A 3AVGA 4IKFA 4FM2A 1IKWA 4FM1A 2RKIA 4O0IA 1RT5A 4E1MA 4E7KA 3SUPA 3HL8A 3SUQA 1QSLA 1KFDA 3L8BA 4HUEA 2XRIA 5JS2A 3SNNA 3BGRA 4R5PA 3RR8A 4O0JA 1NK4A 4KKOA 1TL1A 3KKRA 3WNHA 3HK2A 5CZ1A 2GV9A 2P1JA 3TARA 1HQEA 3AVHA 4KB0A 1EXQA 4DLGA 4FW1A 1J9AA 3HVTA 3DM2A 4CEZA 4DQPA 1KSPA 2HNZA 2YKNA 2FBYA 3VQ4A 3DLRA 3TAMA 3ZT1A 3MAQA 2XO7A 3M8RA 2VWJA 3K2PA 1KLNA 4LH5A 4FLYA 1A5VA 4CJLA 1D8YA 1HRHA 3HO1A 3CM6A 4OJRA 4E7IA 3HPHA 4OKKA 1CZBA 3AVJA 1HYVA 4RG8A 4IDKA 4TSXA 4LD0A 3BDPA 3SQ4A 1RDCA 3NHGA 4CECA 4DSFA 3NGIA 2HNYA 1S6QA 2ITGA 4DU1A 2YNIA 2KZZA 4KV8A 1Y97A 2KW4A 2HHXA 1JLEA 1YVUA 1GOAA 4FLXA 3WNGA 4DTPA 3A2FA 3S3OA 4QOZB 4C8KA 1RBVA 4CJ5A 3KK3A 1UAXA 1YT3A 2HHTA 1ZBLA 4IFYA 4LSNA 1QSSA 2GUIA 4OKEA 3K5LA 3ZSQA 3OS1A 3KK1A 2HHVA 1ASVA 3QIPA 4H8KA 2HHQA 3THVA 4B9UA 2HW3A 3SCXA 5HRPA 3KLGA 5I42A 1RBRA 1HJRA 2EX3A 2G8IA 1JLQA 2VG5A 3O4QA 4OGCA 4F8RA 3QEVA 1WSHA 3LALA 4KTZA 4HHTA 3QLHA 4ID5A 4M3XA 5EU7A 2IGIA 3RMCA 4Z4IA 1VSEA 4CGDA 1JLFA 3PX4A 4RW8A 3OYFA 5D3GA 4B08A 4KHUA 3AA4A 1RBUA 2RF2A 3T1AA 4AHUA 1SL2A 1QQCA 4Z4CA 5FRNA 3SI6A 4JS4A 2WOMA 4BDPA 3AA2A 3ISNC 2IDOA 3QEPA 3K57A 4C8NA 4BE2A 1XC9A 1SKSA 1CXQA 1EP4A 3RR7A 2QK9A 1JLBA 4CJVA 4CJUA 4CIEA 4E3SA 2PYLA 4K8ZA 4CFDA 4IG3A 2XHBA 3FFIA 4FZZA 4AH9A 1B92A 3QO9A 1B9DA 3TABA 3VQEA 3K5MA 3PY8A 1WAJA 4ID1A 1X9SA 4E7LA 4DTNA 3OYNA 4Y1CA 2D0BA 3LAKA 2O4IA 4O5BA 1ASWA 2XY7A 3O3HA 3HVRA 4B8AB 3QEXA 5J2NA 2Z1GA 4W5QA 1RILA 3LWMA 1W0HA 4DQRA 1C0UA 3SYZA 1HYZA 4I7FA 3VQ7A 1NK6A 4HUFA 4CK1A 1RT2A 1RDAA 2G8UA 1NKBA 1BQMA 5KRTA 4IFVA 3JSMA 3SZ2A 3RMDA 4B9MA 3RWUA 3PX6A 5CZ2A 1KCFA 3QERA 2G8VA 1NKCA 1TKDA 4H4OA 1WLJA 1Z26A 4WE1A 4CE9A 4FLTA 4W5TA 4FK0A 4PUOA 1DTQA 2YNGA 1C1AA 4OLAA 2P5GA 3VQ6A 3AVMA 1U49A 1N5YA 4DTUA 4GW6A 2OYQA 3IG1A 4DSKA 3OJUA 4Z4GA 4DWIA 1L3UA 3V9ZA 3HXMA 3V9WA 5I3UA 3EY1A 3DLGA 5HROA 4DFPA 4FJ8A 4M3TA 2DTUA 3DYAA 1ZBFA 1BL3A 1VSFA 3MECA 4B8CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YTAA 3H1QA 4FXDA 2LSNA 4X66K 2PBDA 1UA1A 3C6UA 2ZM6K 5IT9O 3OS2A 5AZIA 3QB0A 2IC3A 4YY3K 4JKEA 4BR5A 2HVHA 3RSEA 3VQCA 5J2MA 4M3ZA 1KAYA 3BF3A 4Y0WA 2AA4A 4ILJA 4BVPA 4JRQA 2OZMA 5TKWA 4CZLA 1N32K 5KRSA 2A1SA 4GV3A 4ELVA 1U48A 1CZAN 4CBUA 1VSDA 4IO9L 1ZBSA 1T8EA 3L2UA 2ETJA 3VEZA 2V7YA 4A2AA 1ASUA 4FJMA 4QCLA 3A5MC 4OGEA 4JI6K 3UIQA 4KHPK 3I0SA 3VEXA 3B8AX 1XHXA 3HT3A 4B9TA 5ADXA 5E26A 2HHHK 3IRXA 3DI6A 3LP0A 4ZHRA 4JK8A 5FPDA 4F3OA 2P9IB 1RT1A 4LF5K 1Q9YA 3OYLA 3THXB 2W6LA 4NB4A 4DSEA 3DOLA 3S41A 4IOAL 4FK2A 1RBTA 5CYQA 1FJGK 2NUBA 1GOCA 3OYEA 1S1TA 4OPJA 1VQON 1C6VA 1BU6O 1NK8A 4J2BA 2BANA 3T1YK 2QWNA 1KXPA 4W5NA 1RBSA 2W42A 1LWFA 5HRRA 3OYKA 3CCLN 2KHOA 4C8LA 4YOXA 3P83D 4H5VA 4I2QA 2KTQA 3AO4A 2KZMA 4Z4EA 2QW9A 4DG1A 3KWGA 1VQPN 1K6YA 3MEGA 4BRPA 2OZSA 4YFUA 3OTOK 1QTMA 3KIOA 4FW2A 5F1XA 1D4XA 2QEXN 2PY5A 1K8KA 1NM1A 1E3MA 4C8OA 3MN6A 4GVMA 4JAXA 5DK5A 3NGZA 1BIUA 4IFEA 1NGEA 4A59A 3O80A 5JVHL 3AAPA 1WSEA 4CGIA 5JVGL 3MEDA 4CZJA 3SPYA 4FYDA 4DKWA 4YOWA 1Q81O 3LP1A 4FK4A 4BR7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HST A;  1N34 K;  3R8E A;  1RBV A;  4CZH A;  3KK3 A;  1UAX A;  1YT3 A;  4BR4 A;  1QSS A;  1HUX A;  3ZSQ A;  3IFR A;  3BUZ B;  5EY4 A;  2O8C B;  3J80 O;  4B9U A;  3D2E B;  4NXN K;  5I42 A;  1H1V A;  1RBR A;  4OO1 J;  1JLQ A;  2VG5 A;  4OGC A;  3LAL A;  4PKI A;  5E84 A;  5EU7 A;  2IGI A;  3MCA B;  3RMC A;  1JLF A;  3BZK A;  2Q0U A;  3THX A;  4GNI A;  2RF2 A;  4AHU A;  1QQC A;  5AQX A;  4BE2 A;  1SKS A;  2O8F B;  2RHK A;  4BRH A;  3MWT A;  4CJV A;  4CJU A;  4CIE A;  4IG3 A;  1E4F T;  5KQ8 A;  2O8B A;  1B92 A;  3VQE A;  1WAJ A;  2I7N A;  4YOU A;  3CC7 N;  2A3Z A;  1ASW A;  3O3H A;  4YOR A;  4HWI A;  4DQR A;  1HYZ A;  3WXM B;  3VQ7 A;  3HI0 A;  4CK1 A;  5AQW A;  3JSM A;  2Q0R A;  4MO4 A;  1NGC A;  4FOE A;  2ZWH A;  2HBK A;  1NKC A;  3VPZ A;  1Z26 A;  2WTU A;  2YHW A;  3GDQ A;  3QBX A;  3IG1 A;  3WEE A;  4Z4G A;  1SAZ A;  5I3U A;  5HRO A;  3EE8 A;  2DTU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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