3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
4M41A 4DTRA 3HPHA 4AILC 1S1VA 5JS2A 3KK3A 3LPUA 4C8NA 3O3GA 4ELTA 2DFFA 3DI6A 3LP2A 4FJIA 1RBVA 4NYNA 4M3ZA 3VQ6A 3PO4A 2IS3A 1C1AA 1B92A 1LAVA 4FJGA 3TAQA 4RW6A 2HHXA 3M8RA 3HL8A 3V6DA 1K6YA 3ZT0A 4CJSA 3NCIA 2YNIA 1HQEA 2ZE2A 4LY7A 3AA5X 4NYFA 4CJLA 3LDSA 3ZSRA 1REVA 4O5BA 4I7FA 3C6UA 3I0RA 3QLHA 4LSNA 5HBMA 4CJTA 4E0DA 1JLAA 4WE1A 1QSLA 4DQPA 1Y97A 3K2PA 4DSFA 3ZSOA 2PYLA 2DY4A 3DLBA 2XY7A 4CFBA 2G8KA 1C1BA 3RTVA 3VQ5A 1VSLA 1WSGA 4KTQA 4KI4A 2HW3A 4CGJA 2B4JA 1G15A 4CHQA 2Y1IA 1B9FA 3LANA 4ZTJA 3ULDA 1J5OA 3CM6A 4AHCA 3NF9A 1O1WA 4B9VA 5JS1A 1X9MA 3MEEA 4DFPA 2B5JA 3VQBA 4FM1A 1HPZA 3OYKA 3QETA 1CXQA 4B3OA 3BGRA 3OS2A 4FVMA 1VSKA 1TL1A 4JLHA 4OKKA 2HNYA 2Z1GA 1BI4B 1W9HA 3S3NA 1SKWA 4CJUA 3ALYA 4JRPA 1A5XA 4FLYA 1EXQA 3SUNA 1RT5A 1VRUA 4CJRA 3RMBA 1XHZA 4E3SA 4HTUA 1NJZA 2XHBA 2ATQA 4ZHRA 3NAEA 2I5JA 1S1XA 4KV8A 1VSIA 3CFRA 3O4QA 2QKBA 1HQUA 4PY5A 5K14A 1U04A 1KLNA 4E7JA 3HXMA 4W5QA 3IAYA 3QEIA 4HCBA 3LAMA 4DFMA 3QIOA 3L2VA 2KZMA 1FKPA 1SV5A 2KTQA 4DTOA 4CJWA 4DQRA 3KLHA 1NK4A 4KREA 4JRQA 1WSJA 4RW4A 3ZSXA 5HLFA 2KFZA 4FK0A 1L5UA 3TAGA 3DRPA 1KCFA 4N76A 2PY5A 3KTQA 1QS4A 1W0HA 1TV6A 2ETJA 4DSEA 3V1QA 4ID1A 4FJXA 3V1RA 4B9SA 3AO1A 3F9KA 2E6LA 3KIOA 3V4IA 3QIPA 4DG1A 4CHPA 2RPIA 1QSYA 4CEAA 5HRPA 4KB1A 3NH1A 2YHAA 4N47A 1EX4A 4BWMA 1U49A 4BE1A 3C95A 4PA1A 2RF2A 2D5RA 4FLVA 2OZSA 2FBTA 2F8TA 3ASMA 1ZBFA 1TK8A 4I9QA 4K8XA 2OPSA 4KKOA 3SQ1A 1TKDA 4FJKA 4M3UA 4N41A 4O0IA 3ZSZA 3O3HA 1JLEA 3ZT4A 1N5YA 4F3TA 1LWEA 5FDLA 3TANA 3AVBA 4QOZB 1S1WA 3KD1E 4QAGA 1R0AA 3VQAA 2BANA 4F4KA 3HO1A 3I8DA 2Z1IA 1TKTA 3MAQA 3RRGA 2IAJA 4CEOA 1IH7A 3OJUA 2ZQBA 4CEDA 3KK2A 4DLEA 3V9UA 1U47A 2P5OA 4KB0A 2FBVA 1BCOA 2KZZA 1BHLA 4OPKA 1CLQA 1IKYA 4J2BA 4CF8A 4KO0A 1LW2A 3VQCA 3PX6A 1D9FA 4J2AA 3CFOA 4CEZA 4W5NA 4KHQA 1DTTA 3AA3A 3HVRA 3HVTA 4Z4FA 1I39A 4OLAA 4B9UA 2YNHA 3SUQA 1C1CA 1KVBA 1VK0A 1YTUA 1RT4A 2HHTA 3IG1A 3B6PA 3TABA 1XC9A 1RT6A 4I2QA 5HRRA 2BE2A 4CHZA 3AVMA 3TAEA 3TAFA 1QHTA 1RBSA 3OYAA 1JLBA 2KQ2A 2KW4A 4C8KA 4FW1A 4F2SA 1KLMA 3SV3A 3KLEA 4BE0A 1GOCA 1ZBHA 4BDYA 4HCCA 1NK5A 1BIZA 1TKZA 3QO9A 4M45A 1WLJA 1C0UA 4XIUA 3DRSA 1XI1A 4DLGA 3U6FA 1JLFA 1VSDA 2YV0X 1ZBLA 1NKCA 4FK2A 1RDAA 1QE1A 1YTAA 2YKMA 4FJ7A 5C42A 4EZ6A 3OYDA 1UA0A 1T05A 1NOYA 3TR8A 3LZJA 2VWJA 2D0BA 4DTXA 3VA0A 1ZYQA 3HP9A 4IG0A 4CJPA 4OKJA 2IGIA 3EYZA 4CEBA 3PX0A 2HMIA 2WONA 5CYMA 3VQ7A 4CIEA 2G8VA 3V9XA 5J2QA 2G8FA 4GVMA 1NJYA 1ASWA 2GV9A 4CJ5A 5KRSA 2GUIA 3QNOA 4KAZA 4Z4GA 4KI6A 4FZZA 3KKRA 4Z0UA 3D0PA 5KGWA 1U48A 4FW2A 4B9NA 1JXEA 4NCAA 3DLGA 3AVGA 4OGEA 4M3YA 2HHUA 1L3VA 2HHSA 3ISNC 1D8YA 1D5AA 4C8LA 3TAMA 2LSNA 1SKRA 2P5GA 4HUEA 4DWIA 1RBRA 1Z26A 4CGFA 1JL1A 3PUFA 2E6MA 2FBYA 3OYGA 4FJHA 4Y1CA 4CF2A 1NOZA 4I9LA 5HRNA 4DTUA 2A1RA 3NDKA 1ASUA 1VSHA 1BQNA 4E7KA 5I42A 3EY1A 1LV5A 1IKVA 4DFJA 4J2EA 3KD5E 3HM9A 1A5WA 3SJJA 3HK2A 2YKNA 3LP0A 4FM2A 3SQ4A 4FJ8A 4B8AB 3WNEA 1FKOA 2VG6A 1I3AA 4CJQA 1J9AA 4CJEA 4K8ZA 3AVNA 4Z4CA 2OPRA 3KJVA 1C0TA 1T8EA 3M8PA 3ZT1A 3SV4A 4FM0A 3VQPA 2JGUA 5D3GA 3RMAA 4M42A 3LWLA 2GBZA 3SCXA 3VN5A 3SPYA 2G8UA 1Z25A 4E7HA 3K5OA 1HJRA 3OYEA 4FLTA 4CFAA 3K59A 4CE9A 2FBXA 3L8BA 3HPGA 4O4GA 1RDBA 3NGZA 3OYMA 4DTMA 4F8RA 1TK5A 1RTIA 2IC3A 3CM5A 3DM2A 4M3RA 3THVA 4C8OA 4RW9A 4M3XA 4PWDA 1HYSA 1S5JA 3T3FA 4AHVA 3BDPA 5FRMA 1CZ9A 4CK2A 4H8KA 4OGCA 4E19A 3VQDA 4W5TA 4CJFA 2X78A 4H4OA 4DFKA 1UA1A 4I2PA 1X9SA 3AO5A 3IS9A 1TAQA 4O55A 3DLKA 3DYAA 3RWUA 4E1MA 4MQ3A 4O44A 1HYVA 5T7BA 1QTMA 4HHTA 4IBNA 1SL0A 4JS4A 3O3FA 3L2WA 3AO2A 1TK0A 3V9SA 3AA4A 1KSPA 4BDPA 3CG7A 4FK4A 1HMVA 3K5NA 4HVJA 2YNFA 4CGHA 4IFYA 3PO5A 4KRFA 1TVRA 5CZ2A 1JLQA 1RCHA 3PX4A 3ITHA 4CFCA 3AVJA 4CFDA 5I3UA 2KFNA 5KI6A 1LW0A 1JXBA 3HSTB 3VQQA 3A2FA 4CK1A 3NF8A 1LAWA 3LPTA 4FLZA 4LH5A 3VQ4A 4UQGA 1HRHA 3S3OA 4PUOA 4DTSA 2WOMA 4RG8A 1KFDA 4N5SA 4DTJA 3P83D 3MXIA 3MXJA 4Y1DA 3NGIA 4DS4A 4W5OA 3MEGA 3AO4A 3E01A 4M3TA 1UAXA 4CK3A 5KGXA 3V9ZA 3WNFA 3QEPA 4DU4A 1C0MA 4DF4A 1NK9A 2D0CA 1TKXA 1YVUA 1CXUA 4ELUA 1DTQA 1ITGA 1WAJA 1Q8IA 3AVKA 4TSXA 3L3VA 1JLGA 3RR7A 4CECA 4CCHA 1ZBIA 1S9GA 1TAUA 3H08A 2VWKA 2DTUA 1QQCA 1RILA 4NCGA 3V81A 2PZSA 3V1OA 4OPJA 4DU1A 4Z4IA 4FLUA 4CJVA 2OPQA 4O0JA 3NE6A 1NJWA 4KHWA 4FXDA 4IFVA 3LAKA 4BDZA 1IKXA 1RTHA 3HP6A 2VG7A 1RTJA 3OVNA 1RNHA 1VRTA 1S6PA 2DFEA 4B08A 1N6QA 3DOLA 2G8WA 5CY4A 3K5MA 4DQSA 1U45A 3HPOA 4KHUA 2RN2A 2X74A 3NF7A 4EP4A 4OKEA 4DTNA 1RBUA 2P1JA 4AHSA 4N56A 1S1UA 4CEEA 3SUOA 3LP1A 4ICLA 1T7PA 4J2DA 3K57A 2X6SA 2VG5A 3OYIA 3VQ8A 3T19A 3ZT3A 3P1GA 4W5RA 3HYFA 4OLBA 4B9MA 4AHTA 4KPYA 3NH0A 4AHUA 1KVCA 1HNIA 2HNZA 1MU2A 1LWCA 2R7YA 4CJKA 4DTPA 2IDOA 3OYHA 3TARA 1F21A 4C8MA 2G8IA 2F8SA 4CIGA 2DFHA 3AVCA 2HHQA 3AVHA 1QSSA 2JLEA 3QEXA 4LD0A 4OJRA 3MXMA 3LWMA 3L2RA 4RW7A 4CF1A 1RT2A 3NBPA 3WNHA 1VSFA 3OYJA 3AVAA 1WAFA 1BISA 4KHYA 1RT1A 2EHGA 1EETA 1RDCA 3D45A 4R5PA 4KTWA 1U4BA 4EZ9A 4F3OA 3OYBA 1HNVA 2NUBA 5CYQA 4CJ4A 3OY9A 1RBTA 4FZYA 1VSMA 2E4LA 4GW6A 3LALA 4OVLA 3M8SA 4DQQA 4ELVA 2XY5A 2XY6A 3S3MA 5HRSA 2PYJA 1Q9XA 1B9DA 2Q3SA 3KKSA 2ZD1A 4YFUA 3VA3A 1IG9A 4Q0BA 1KRPA 3U3GA 3EZ5A 4KHSA 2Y1JA 4GMJB 2AJQA 3KLFA 2XY8A 1BCMA 4DQIA 4FLXA 5C24A 1NJXA 5DMRA 3ZT2A 1Q9YA 3QEVA 4F2RA 1XHXA 1GOBA 3P5JA 4EP5A 3NHGA 4KTZA 4CF0A 5HP1A 1KVAA 1JLCA 5SWMA 4FJ5A 1BI4A 4PQUA 3B6OA 2HB5A 4LSLA 4CEFA 4IG3A 3SQ2A 3FFIA 4Q5VA 3SYZA 3S9HA 3M8QA 4NCBA 2YHBA 4FCYA 1T03A 2QKKA 5J2PA 4DSJA 1FXXA 1WSFA 1JKHA 1NK8A 4B9LA 1HYZA 1XWLA 2F96A 2BGGA 2QXFA 2D0AA 1TL3A 4E7LA 3QESA 2QK9A 3AO3A 3NH2A 4CERA 3HT3A 1NKBA 4FJ9A 4CJ3A 5FROA 1J53A 3NGYA 4B8CA 3OYLA 1TGOA 3CYMA 3TWHA 2HVIA 3MEDA 1FK9A 3F73A 2Z1HA 3KLIA 4IKFA 3OYCA 3ZSWA 1L3UA 4ID5A 5SZTA 3NFAA 1UWBA 1BL3A 3OJSA 1L3SA 3OYNA 1S1TA 1D9DA 4DSLA 3NF6A 1EKEA 4LH4A 3L3UA 3CFPA 3SUPA 3K5LA 4DSKA 2HHVA 5KTQA 3DRRA 1RT7A 3DMJA 4IDKA 3AVFA 3JYTA 2OZMA 4M3WA 2O4GA 4FJMA 4FJLA 3HJFA 4E89A 3ZSVA 1KFSA 2OA8A 3UIQA 3CQ8A 2XO7A 2HNDA 4DSIA 4BE2A 4CIFA 3G0ZA 3L2UA 1IKWA 4FZXC 4ZTFA 3SI6A 1A5VA 4MFBA 5J1EA 4H4MA 1WSEA 3C6TA 3I0SA 3AVIA 2YNGA 3KK1A 1VSEA 2HVHA 5J2NA 3QERA 1C6VA 4KFBA 3U3YA 1NK7A 4KHNA 5HROA 3ZCMA 2RKIA 2G8HA 4CF9A 3DLEA 2ITGA 1BQMA 3IRXA 2OPPA 3LP3A 4FJJA 5KRTA 1DLOA 3ZSQA 4FYDA 4Z4EA 5E41A 3SQ0A 3C94A 1SKSA 4CHOA 3SNNA 1SL2A 3PY8A 1J54A 4L8RB 4BWJA 3TAPA 2IOCA 2X6NA 1JL2A 3OYFA 5DK5A 4HUGA 3V9WA 3PV8A 1BGXT 4YNQA 2Z1JA 3DLHA 1SUQA 3RRHA 3O4NA 5C25A 4DF8A 1NK6A 4BACA 3JSMA 3T1AA 3QINA 2BDPA 1X1PA 4FLWA 3RR8A 4CGIA 1EP4A 4JS5A 5FRNA 2P51A 2XRIA 1S6QA 3L2QA 4QCLA 4Z4HA 2HHWA 2EX3A 4HUFA 2W42A 1X9WA 4DMNA 1ZBUA 3OS1A 5J2MA 3LZIA 1NK0A 3RMDA 1RTDA 1YT3A 3MECA 3SPZA 3AV9A 4G1QA 4CGDA 4CEQA 4AHRA 1GOAA 1ASVA 3SZ2A 3WNGA 4B9TA 5CZ1A 1RDDA 3OS0A 1BIUA 1WNSA 3VQ9A 3AA2A 3KLGA 4CESA 4DU3A 1L3TA 1S9EA 1WSHA 4CGGA 4CHYA 2B6AA 5EU7A 1LWFA 3QEWA 4FJNA 1KTQA 3DLRA 3ZSYA 3QNNA 4RW8A 2O4IA 1RT3A 1NKEA 1WN7A 3G10A 3TI0A 4E7IA 2FC0A 4E1NA 3K58A 3RMCA 1WSIA 1SL1A 4CHNA 4DS5A 4AH9A 1CZBA 3VQEA 1IO2A 1UOCA 1VSJA 2A1SA 2OYQA 3DOKA 3AVLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9IB 1S1VA 4JKFA 5JS2A 3TTDA 4FOEA 4C8NA 3O3GA 3KK3A 4JN4A 3LP2A 2NRWA 3VQ6A 3L4QA 3ENHA 4IZ9A 1B92A 3TSUA 2HHXA 3HL8A 3GOIA 2HBKA 3AA5X 3RSEB 3TTFA 4CJLA 3ZSRA 4QS7A 4I7FA 3QLHA 2ITMA 1V4TA 5HBMA 4CZIA 3C6AA 4E0DA 3HTVA 1QSLA 3ZSOA 5AQGA 4FO0A 3CCVN 4B1UB 2B4JA 1G15A 3IUCA 4ZTJA 3UKUA 4DV1K 3MN9A 3ULDA 5BPMA 1O1WA 4UY8O 1ZXOA 3QETA 4FM1A 5AQPA 3CI5A 3CJ7A 1VSKA 1SKWA 1BI4B 4LF8K 3ALYA 5JICA 1A5XA 4CJ7A 1QVFM 4JI6K 3R3LA 2WTUA 1NJZA 2XHBA 3CFRA 2QKBA 1RGIA 5K14A 1KLNA 3IAYA 4HCBA 5EX5A 3IFRA 2FLOA 3GG4A 1SV5A 2KHOA 2CH6A 4DQRA 3KLHA 1NK4A 1WSJA 5LL6Z 4BRDA 1VQ4N 1JJ2M 1W7AA 3VENA 4GV9A 1QQMA 3TAGA 3DRPA 1VQPN 2PY5A 1QS4A 2ETJA 4DSEA 2E2OA 2GELA 3VF6A 3V4IA 4BR0A 2RPIA 3I8BA 4KB1A 4IOAL 1I94K 1MA9B 5AQIA 1U49A 4PA1A 5AQFA 5BRHA 2FBTA 2F8TA 5KPZA 4M3UA 2OPSA 1TKDA 4N41A 1W97L 3CF5L 4QOZB 3KD1E 4DR6K 3ENBA 4WYBA 4BRQA 4EFHA 1R0AA 3D2EA 3MAQA 3KK2A 4KB0A 3D2EB 2FBVA 3ENOA 5LMUK 3L0QA 3CQXA 1NBWA 1IKYA 4K0KK 4CBUA 4CF8A 2RE2A 4J2AA 3CFOA 2HBMA 4CEZA 4W5NA 1RFQA 1DTTA 3FGUA 3HVRA 4Z4FA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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