3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
2X6NA 1JL1A 3AVFA 1LWEA 1VRUA 3M8PA 3KLGA 1A5WA 4DTUA 2HNYA 4N56A 3HVRA 1S1XA 4KV8A 3OJSA 1LW2A 1RTHA 4ID1A 3ZT3A 3U3GA 1QSSA 1KTQA 4I2QA 3TAEA 2HHXA 4IDKA 2KZMA 3SV3A 1RDDA 1HNIA 4PWDA 3NE6A 4AHUA 2QKBA 1B9DA 4QAGA 3I8DA 1RBRA 4PQUA 3OYMA 5CYQA 1VSKA 3NF7A 3K2PA 4OPJA 4FK4A 3V6DA 4CGFA 3M8SA 3B6PA 4CF8A 3VA3A 4FZXC 3OYKA 4DSIA 2ZQBA 3RRHA 1TAQA 4FW2A 3SQ4A 3QEXA 4BDYA 1LWCA 4UQGA 4FLVA 1JLCA 4E7KA 4FJMA 1BI4A 1RT1A 4CGHA 3S3MA 2YNHA 2FBTA 1BIZA 1S5JA 2YHBA 3G0ZA 3DLEA 4AHVA 3L2VA 3PO4A 3C6UA 2BE2A 5SZTA 1EETA 5C25A 3SZ2A 2JGUA 1SKWA 4K8XA 1QHTA 1DTQA 3D45A 1JLBA 4JRQA 1RDCA 3TANA 4B9LA 1SUQA 3AO5A 3F73A 1GOBA 1SL1A 2DY4A 4DFMA 4FLZA 1TKZA 3L3VA 4CFBA 4TSXA 3VQAA 3RMCA 1KRPA 1IH7A 3HT3A 4I7FA 4IFVA 3QEPA 3AO1A 2VG5A 1YTAA 4CFCA 1RDBA 3M8QA 3KJVA 2EX3A 1J5OA 3HO1A 3L2QA 4KAZA 4CEZA 3FFIA 4CJWA 2ZE2A 1VSDA 4LSNA 3PX6A 1UA1A 4KHWA 1LAVA 2XY8A 3HP6A 3LPTA 3SJJA 2PZSA 4DU1A 4CJQA 1DTTA 1NK5A 4CHYA 4FYDA 1T03A 1RT3A 3SUPA 4K8ZA 1XI1A 3HM9A 1TVRA 3V9ZA 4E7JA 1U48A 4FLXA 4IG3A 4Z4IA 3AVCA 2G8VA 4DTSA 4E7IA 2E6LA 3NH2A 1VSEA 2A1SA 4DFPA 5I3UA 3NFAA 3LP0A 4DG1A 1A5VA 4Z0UA 3NGYA 1S1WA 4J2EA 4N5SA 3I0SA 4DSFA 2HW3A 4BDZA 4FM1A 2YNGA 2ZD1A 3E01A 3MECA 1ZYQA 4CECA 4Z4EA 3LP2A 1S9EA 4KHQA 4DU4A 4CJVA 1C0UA 4M3WA 4OLAA 2HHQA 1YTUA 1WAJA 4FVMA 2YV0X 4FJGA 4C8MA 2DFHA 4FJKA 3OS0A 3DRPA 4E0DA 1VSIA 4CFDA 4KKOA 1JL2A 3WNFA 3CYMA 3OS2A 3EZ5A 1TK8A 1WSEA 4KRFA 1W9HA 2KQ2A 3PV8A 4FLWA 2P5OA 3KLFA 1QQCA 4EP4A 1D5AA 4CJRA 3NF9A 2FBVA 3UIQA 1A5XA 3ZSOA 3HL8A 3KKSA 4F3OA 5CZ2A 4CJUA 1Z25A 2KFZA 4CJKA 4AHTA 1S1UA 3V9WA 3KLIA 4DTXA 1Y97A 3SNNA 2RPIA 1HPZA 4EP5A 1TK0A 3ZT4A 4CGJA 5FRMA 4C8OA 1KSPA 4DLEA 3JSMA 3MXIA 4I9LA 2X6SA 1LAWA 3V4IA 4CCHA 3JYTA 1SV5A 4CFAA 2GV9A 3HVTA 4CEQA 1RBSA 4F2SA 1EXQA 1RT2A 1JLGA 4CK1A 4YFUA 1TK5A 1KLNA 1YT3A 4AHCA 4ELUA 3ZSXA 1J53A 3OYLA 3SPYA 3VQDA 4CEBA 3WNGA 1T05A 3SUOA 4FM2A 4ICLA 3S9HA 3BGRA 3S3OA 3AVKA 3AVIA 1N6QA 3K5MA 3RWUA 3C95A 3VQEA 3SV4A 4CEAA 2E6MA 2XO7A 2BANA 1TKXA 4LH4A 4DTJA 3MEEA 3DOKA 4B08A 1BQNA 3EYZA 1S1VA 3SYZA 1WSJA 5HRSA 1S6PA 3AA2A 3KD5E 2BGGA 3ULDA 4DQIA 2B5JA 4FK0A 4B3OA 3VN5A 2YKMA 4F3TA 1TL3A 4QCLA 5DK5A 3DLGA 4M42A 3P1GA 5C24A 3ZSZA 3OYDA 4DTNA 4KPYA 4CK2A 1C0MA 1J9AA 2NUBA 2D0CA 2FC0A 4IFYA 3ASMA 4WE1A 1REVA 4BWMA 3VQPA 5I42A 3THVA 2I5JA 4FJIA 4CHZA 1NK6A 1HMVA 2Z1JA 1HJRA 3RR8A 4CK3A 1ASUA 1U49A 2F8TA 1BQMA 1JKHA 4H4MA 4L8RB 3VQ9A 1UWBA 3NF6A 2Y1IA 1HQUA 5D3GA 4LSLA 4IKFA 1TKDA 4ELTA 4FZZA 2P5GA 4OKJA 5J2QA 2WONA 1WNSA 4E19A 4CF9A 3RMBA 2HHWA 3QINA 1HYZA 3CQ8A 1L3SA 1IG9A 4DSEA 1NKCA 4RW7A 5CYMA 4R5PA 2QXFA 3CM5A 4EZ6A 3IG1A 4E7LA 1SL2A 3K5NA 4B9UA 2HVHA 1D9FA 1VSMA 1QSLA 2OPRA 3OYBA 1RBTA 4O55A 4DTMA 4E1NA 1IKVA 4FJHA 3VQ8A 4M3YA 3VQBA 1T8EA 1BI4B 3MEGA 1T7PA 4DSJA 3KTQA 4FJ9A 1RCHA 1TAUA 1D8YA 4CJTA 1C0TA 4O0IA 3AVAA 3OY9A 1X9SA 2AJQA 2HMIA 4BDPA 2QK9A 1RNHA 2B4JA 1L3TA 2DFFA 3TAFA 3D0PA 1NK0A 5J1EA 1FKPA 1S9GA 5J2NA 3K5OA 4XIUA 1LWFA 4DSLA 2PYLA 4CEFA 1GOAA 4PUOA 1UA0A 4Q0BA 4J2BA 1KVAA 3LZJA 4HTUA 1TV6A 1XHZA 1NK4A 4E1MA 1RT6A 1ASWA 3O3HA 1JLFA 3LZIA 2XY6A 1Q8IA 1VSJA 2ITGA 2R7YA 4HCCA 5HBMA 3K58A 3VQ5A 3PO5A 3TR8A 2OPPA 2WOMA 3LWMA 4DF8A 4KB1A 4DWIA 1B9FA 2XRIA 3DMJA 1EX4A 4M41A 3NGIA 2D5RA 4JRPA 4FK2A 3LWLA 5CZ1A 1FKOA 3DLHA 3NDKA 2IC3A 2FBYA 1IO2A 2P1JA 3M8RA 1U47A 1N5YA 2OPSA 3OS1A 4FLTA 3DM2A 4M3TA 1R0AA 1ZBLA 1NK9A 2P51A 3T1AA 3SUQA 2Y1JA 3ISNC 3OJUA 4FJ5A 5K14A 5KRTA 2F8SA 2RKIA 4OKEA 3K5LA 2FBXA 3TWHA 4KREA 4AH9A 1HNVA 1WN7A 1X1PA 4DFJA 3QEVA 3OYNA 3TAGA 3T3FA 1TL1A 2HB5A 4OKKA 4M3RA 2A1RA 2QKKA 2KZZA 2ATQA 3HSTB 3QERA 4Z4CA 1TGOA 2IDOA 3NF8A 3NCIA 4HHTA 3ZSQA 2YNFA 4GVMA 4N76A 5E41A 3SUNA 3LANA 3NBPA 4KHSA 1XWLA 5J2PA 1I3AA 4B9MA 3S3NA 1JXEA 1UOCA 4JLHA 3ZSYA 3OYGA 4OJRA 4DS4A 1SKSA 3NHGA 1BISA 1RT4A 3CFOA 4CF2A 3KK1A 1NKEA 3VQ4A 1J54A 3MXJA 3KD1E 3L2UA 3SQ2A 3ALYA 3AO4A 1RBVA 3OYHA 2O4IA 2HHUA 3O4QA 4MFBA 4CJ5A 4Q5VA 4DSKA 4Z4GA 1SKRA 5KGXA 3TAQA 3K57A 5EU7A 3B6OA 1QTMA 2OA8A 1ZBHA 4FJNA 1KFSA 5JS2A 1DLOA 1VRTA 4I2PA 4RW4A 4Y1CA 1WSGA 4H8KA 1IKXA 4CHOA 1ASVA 5T7BA 1NOYA 4B9NA 4CIEA 4NCBA 2KTQA 2OZSA 3A2FA 3LAKA 3DI6A 4FCYA 1F21A 1L5UA 2Z1IA 3SQ0A 1IKYA 2GBZA 2XY7A 4NYFA 4O4GA 1C1BA 3AVMA 2HNDA 3V1OA 3CFRA 3U3YA 4NYNA 1Q9YA 2PY5A 2G8WA 2HVIA 4CJSA 1RTJA 4B9SA 5KI6A 3KLHA 1CLQA 1JLQA 1KCFA 3OYEA 4DQPA 2XY5A 1VK0A 1MU2A 2EHGA 3ZT1A 4B9TA 4FLYA 2HHTA 1CZ9A 2IS3A 1KVCA 4CHNA 3ZSVA 3PX4A 4OGCA 3TAPA 4DS5A 3BDPA 4F8RA 3AVBA 4W5OA 3G10A 1NJWA 4OVLA 1U45A 4M3UA 3T19A 3V81A 3DLRA 4CGIA 4W5QA 1KLMA 2X74A 5KRSA 4FZYA 1HYSA 4KB0A 4AHSA 4CIGA 4PY5A 2KW4A 1XHXA 3QEWA 4HUFA 1EKEA 1YVUA 2D0BA 4CGDA 3F9KA 1NK7A 1Q9XA 2IGIA 1FK9A 3SI6A 3C6TA 3LALA 1GOCA 2OPQA 3QEIA 1HYVA 1NJZA 3NGZA 1L3UA 4ZTJA 3IRXA 4CJ3A 4E7HA 3TABA 1NJXA 3DLBA 4FJ8A 1BHLA 5HLFA 3QNOA 3TARA 4G1QA 4F4KA 4W5RA 1BIUA 4KFBA 4RW6A 3NH0A 3ZT2A 4CJEA 5JS1A 2IOCA 3LAMA 5FDLA 4OGEA 4DFKA 1ZBUA 2G8IA 3VA0A 1NJYA 3P83D 3SCXA 5DMRA 1WSFA 4CESA 1CXQA 3AA5X 4Z4HA 4IBNA 1VSHA 2JLEA 3MAQA 4JS5A 3RTVA 3ZSRA 3HP9A 3DRRA 1B92A 1S1TA 4PA1A 3ZCMA 4RW8A 4B8AB 4YNQA 1QE1A 1BGXT 3AV9A 3KKRA 3O3FA 1U4BA 3I0RA 4CE9A 4CHPA 4H4OA 4OLBA 1HQEA 5FRNA 3DYAA 1RILA 4M3ZA 2VG7A 3V1QA 3EY1A 1VSFA 2G8FA 5C42A 2RN2A 4KTQA 2B6AA 5HP1A 2X78A 4E3SA 3NH1A 4C8KA 1IKWA 4FM0A 1L3VA 4CERA 2D0AA 3V9XA 2LSNA 4ID5A 3HJFA 5HRPA 2Q3SA 4O44A 2VWJA 3TI0A 4CHQA 4C8NA 4HVJA 1RTDA 2KFNA 4NCAA 3RR7A 3AVJA 4W5TA 1JXBA 4AHRA 4O5BA 4CEEA 4KTZA 4FW1A 1C1AA 1VSLA 3C94A 4BWJA 1QS4A 4J2AA 4DF4A 4RG8A 3L3UA 3CFPA 2HHSA 4Z4FA 3QIPA 3AA3A 4FJ7A 4LY7A 3RMDA 3P5JA 1RDAA 4CIFA 4FXDA 3AA4A 2IAJA 1QSYA 3L2RA 3K59A 4HUGA 2PYJA 2OZMA 1RBUA 4GW6A 3DOLA 3MXMA 3AVHA 3RRGA 4AILC 4C8LA 1Z26A 4CJFA 5HRNA 1KVBA 3QO9A 1RT5A 1WLJA 1EP4A 3MEDA 3VQ6A 2G8UA 4KI6A 2RF2A 2W42A 1RTIA 2VG6A 4KI4A 2VWKA 4CJPA 1I39A 3OYFA 2HHVA 4ZTFA 3O3GA 1NK8A 3IAYA 3IS9A 4CEDA 3O4NA 4DQSA 1WSHA 4DLGA 1G15A 1X9MA 4KHUA 2F96A 3HXMA 1BCOA 4LH5A 4MQ3A 3QNNA 4DTPA 4QOZB 4DU3A 3PX0A 1UAXA 3KLEA 3LP1A 4BE2A 2Z1GA 2GUIA 3L2WA 4FLUA 3CG7A 3SQ1A 3KK3A 3L8BA 3AO3A 1WAFA 4ELVA 2HNZA 2O4GA 3QESA 1SL0A 4J2DA 1ITGA 4BE1A 4DTRA 4CJ4A 4E89A 1ZBIA 1RT7A 1FXXA 1NOZA 1C1CA 3LDSA 4HUEA 3HYFA 4M45A 4RW9A 4CF0A 4DMNA 3V9SA 4F2RA 3WNHA 3KK2A 3QLHA 4KO0A 2OYQA 2XHBA 4ZHRA 4BACA 3AO2A 4BE0A 3PY8A 3ZSWA 1JLAA 5FROA 4DQRA 3H08A 3LPUA 3CM6A 4LD0A 3HPOA 3SPZA 1JLEA 4KHNA 2YHAA 4DQQA 4CF1A 1NKBA 5HROA 3V9UA 4JS4A 3U6FA 5KTQA 3VQ7A 3KIOA 1W0HA 4CGGA 1KFDA 3WNEA 1BCMA 4CJLA 1LW0A 2YNIA 4B8CA 4I9QA 1K6YA 3VQCA 4B9VA 4OPKA 1ZBFA 1O1WA 1D9DA 2G8KA 2Z1HA 1CZBA 1S6QA 3PUFA 1TKTA 4KTWA 3TAMA 3DRSA 2DFEA 3AVLA 3QIOA 3V1RA 3RMAA 2BDPA 4HCBA 3OYAA 3NAEA 3OYIA 4FJLA 4GMJB 3AVNA 2DTUA 4M3XA 4O0JA 4DTOA 4KHYA 1CXUA 3VQQA 4CEOA 2YKNA 4IG0A 5HRRA 3OYCA 1BL3A 3HK2A 3LP3A 4N41A 1XC9A 5CY4A 5SWMA 2E4LA 3AVGA 1C6VA 4NCGA 3DLKA 5J2MA 1X9WA 4EZ9A 3HPGA 2ETJA 1U04A 3ITHA 1HRHA 3QETA 4FJJA 5KGWA 3OVNA 3OYJA 3ZT0A 3HPHA 1LV5A 4FJXA 2G8HA 4W5NA 4Y1DA 4N47A 1WSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X6NA 1JL1A 3KLGA 1A5WA 2A40A 4ISEA 5AZIB 3EE9A 3OJSA 3TAEA 2KZMA 4AM7A 2JWKA 4AHUA 2QKBA 3O9UA 4QAGA 4MO5A 3NF7A 3K2PA 4K42A 4FK4A 4JI4K 1E4FT 3O4WA 4NXNK 1T6DA 2F4VK 3LDPA 3R9PA 2QWLA 3MN6A 1K8KA 1LWCA 4UQGA 1YI2N 4E7KA 4FJMA 4CGHA 3S3MA 5KPZA 3C6UA 2JGUA 2ASMA 3LL3A 1RDCA 3P4IA 3AO5A 1RDWX 1SL1A 4LF6K 4FLZA 4WF9L 3VQAA 4JHDB 1IH7A 3HT3A 1IBLK 2VG5A 3M8QA 3L2QA 2UXCK 4JKAA 4CJWA 2ZE2A 1VSDA 3QMLA 5GADP 2XY8A 4KHWA 3LPTA 4IZ9A 1T03A 2I7PA 3SUPA 3HM9A 3Q7BA 4ILGB 4FLXA 4IG3A 3AVCA 2E6LA 2A1SA 4DFPA 3ZETB 3H6EA 3WEEB 4FWLA 4Z4EA 3LP2A 4JI2K 3T69A 1C0UA 1WBDA 4Y0WA 2HF4A 5EVZA 1VSIA 4KKOA 1JL2A 4YOYA 2E1ZA 2GEMA 3CYMA 3OS2A 4KRFA 2KQ2A 5F1XA 3PV8A 4BC4A 4EP4A 2FBVA 3UIQA 1A5XA 3ZSOA 3LDLA 4X66K 2KFZA 4DB3A 1S1UA 3O9RA 2O8DA 4U67L 3V9WA 2IVPA 3KLIA 1BA0A 4JKHA 1Y97A 4DV4K 3SNNA 4EP5A 1E4GT 4YDUC 3CC4N 3T1HK 2X6SA 3BZKA 4CCHA 1J5EK 2GV9A 4CEQA 2BUPA 4H0YB 3ZSXA 1J53A 3SPYA 3VQDA 1T05A 3S9HA 1HKGA 3AVIA 4K43A 3TTFA 3SBTA 4CEAA 2XO7A 1QHAA 2QWRA 3CC7N 5AQXA 4OO1J 3EYZA 1VQ5N 1WSJA 1S6PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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