3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
3JSMA 5T7BA 3QEPA 4E7LA 1KFDA 1N6QA 3VQPA 5J2QA 4CK2A 5HBMA 4W5RA 4G1QA 4KAZA 3VQ5A 4HHTA 3AVAA 1NK4A 2XRIA 2F8SA 1CXUA 3OYHA 2PYLA 1JLGA 4I2PA 4FK0A 1W0HA 1BQNA 3C6UA 1NK0A 3HM9A 2F8TA 3LALA 1ASWA 4O44A 3OJUA 4DFJA 2DY4A 1UAXA 3CFPA 1S6QA 3V4IA 4PY5A 4GW6A 1WSJA 3DLRA 4RG8A 4CJQA 2ITGA 5CZ1A 3ZSRA 2Z1IA 3HSTB 4O0JA 4DQQA 2G8IA 3AO5A 3NGYA 3AVCA 2G8UA 3AV9A 4IFYA 4CHYA 2JLEA 2X6SA 2IS3A 4CESA 5CYQA 3L2RA 1TKZA 5J2PA 4C8MA 4BDYA 3DI6A 5J2MA 1RT5A 3SQ2A 1W9HA 1XC9A 1T8EA 4HCCA 3SCXA 3MEDA 4DMNA 3KK2A 3K5NA 1WLJA 1UOCA 3L2UA 2YKMA 4DQRA 4B9TA 3HK2A 3SQ4A 4DTNA 2FBYA 1UA0A 3ASMA 1TK8A 4PWDA 3M8RA 4M3TA 2IAJA 1A5VA 2JGUA 5I42A 2OZMA 1YTUA 3OS0A 1T03A 1NKEA 1WSGA 5KGXA 1KFSA 5FRMA 2OZSA 1LW2A 4M3YA 2F96A 4CGJA 3KTQA 3LDSA 4KI6A 1LWFA 4CEFA 4CF8A 4O5BA 3QETA 5KRSA 1RBUA 2RN2A 3KKSA 4B9UA 4E7KA 2Y1JA 4PUOA 1G15A 2A1SA 3RR8A 3OYLA 4DG1A 1JLEA 4OKEA 4DS5A 3S9HA 1RBRA 3AA3A 5K14A 1BIZA 3LWMA 5HLFA 4W5OA 1EKEA 2HHSA 3PX6A 2Z1JA 3OYBA 2X74A 2PYJA 1NK6A 4H4OA 1XWLA 1RT2A 4DSEA 3K2PA 1BIUA 3P5JA 1XHZA 4DTUA 3V9ZA 3S3NA 3VA0A 3K5MA 3WNHA 3VQDA 4AHTA 4JRPA 4KHQA 3K57A 3RRHA 1XI1A 2YHBA 4QCLA 1B9DA 1KTQA 4PA1A 3OS1A 5CZ2A 3T1AA 2Z1GA 4JRQA 3M8QA 4Z4IA 4Z4EA 3EYZA 2HVHA 3AVBA 2ETJA 3A2FA 4M41A 4CJKA 1T7PA 3AVGA 4E1NA 4K8XA 2XHBA 2HNZA 3PV8A 3LAKA 1HYZA 4RW6A 3THVA 1NKCA 2XY8A 3NF8A 3K5LA 1ASVA 4DSJA 4Q5VA 1S1VA 4MQ3A 2G8HA 4DU1A 3AO1A 1CZ9A 4AHCA 3WNFA 2HHUA 4Y1CA 4R5PA 1RT3A 3OYJA 4DTRA 1JXEA 1Y97A 4E3SA 3TABA 3HJFA 3DOKA 1HNVA 1ZBIA 1JLFA 5J1EA 4DF8A 1IKVA 4FJGA 3VQAA 3ZSOA 1RDDA 4OKKA 5CY4A 2LSNA 4CFBA 2FC0A 3SYZA 4KV8A 1U4BA 3LPTA 1TKDA 4CK3A 3HPGA 3K5OA 3CYMA 4C8NA 4AHUA 1CZBA 1MU2A 2B6AA 4OPKA 1NOYA 1VRUA 4BE1A 4FJLA 1C6VA 1EETA 2DFEA 3B6PA 1CXQA 4AHSA 4CF1A 3HPHA 4CEDA 4IBNA 4KHUA 4Z4GA 2HVIA 1DTQA 4O4GA 2YNHA 2VG7A 1WSHA 1C0MA 3AVHA 4DTMA 1WNSA 3ZSWA 1NJWA 3NE6A 2KTQA 4CHZA 1BI4A 4DTSA 3S3OA 3DRPA 3DRRA 4CECA 4ZHRA 3OYNA 2BE2A 4CJ4A 3AA2A 4W5QA 4DSKA 2RPIA 1D9DA 4BWJA 1Z26A 1FKOA 4FJ8A 4Z4FA 1VK0A 4IDKA 4OJRA 3TI0A 3V81A 1KRPA 4KREA 4CHPA 1Q9YA 2WONA 3KLIA 1SKRA 3PY8A 3MXJA 3KKRA 3HP9A 2GV9A 3VQ8A 1TGOA 3P1GA 4CE9A 4FLWA 3AVNA 3L2WA 3OYEA 3LZIA 2VG5A 3V9WA 2BDPA 4FJ9A 4FK2A 4H8KA 2AJQA 1WSIA 1IKYA 1RCHA 2YKNA 4IG0A 5DMRA 3DM2A 3NF9A 4DU3A 4WE1A 1L3UA 5SZTA 4JS5A 1S1TA 3OYGA 4BACA 1Z25A 3G10A 1JLQA 3V1OA 1QTMA 4ELUA 1NJYA 2RF2A 3SUPA 3LAMA 1ZBUA 3LP0A 4NYFA 2G8KA 2PY5A 4I9QA 3SUOA 3AVIA 4CJLA 3RR7A 3O3FA 3AVFA 4CEAA 3QIPA 2XY6A 1D9FA 1WSEA 4CIFA 4OGCA 3ALYA 4B08A 4CEQA 3KK1A 4CF9A 3SQ1A 4IFVA 1ZYQA 1U49A 3DLHA 3PUFA 2Q3SA 4F4KA 1J54A 4B9SA 2OPSA 4CHOA 4B8AB 2IC3A 1UA1A 2KZZA 1VSDA 4Z4CA 3I8DA 1R0AA 3AVMA 4CF2A 3PX0A 5HRNA 3RMCA 4FJ7A 3ISNC 2BANA 1T05A 3KD5E 3LP3A 5FRNA 1RDCA 2EHGA 4M45A 3F73A 4ELTA 4B9LA 1LW0A 4FLTA 4CJUA 1ZBHA 1BQMA 1J53A 2RKIA 2YNFA 4ID5A 3ZT1A 1VSEA 4CJ3A 3JYTA 4DTXA 3HO1A 2O4GA 1A5WA 3QEVA 1RTHA 3SUNA 4FJXA 1X9WA 1KSPA 2GUIA 2D5RA 4M42A 3V9SA 4DS4A 3OVNA 3WNEA 2Y1IA 1BL3A 3RRGA 1FK9A 3BGRA 3RWUA 3CM5A 4OLAA 3VA3A 1IH7A 2PZSA 3QEXA 3LPUA 4CJTA 4CHNA 1KLNA 4CJSA 3AO4A 2DFHA 2I5JA 2ATQA 1WN7A 3TAMA 3L2VA 3RTVA 3RMDA 1JL1A 1EP4A 3DRSA 4LH4A 3T19A 2G8VA 4OPJA 2KFNA 2HW3A 4FYDA 1VSKA 1A5XA 1LWEA 4FVMA 4CJVA 5HP1A 4CEEA 1XHXA 4NYNA 5HRRA 5KGWA 3ULDA 4FZZA 2O4IA 4KTZA 3TAGA 1U47A 4LH5A 5E41A 1QSSA 1RBSA 2YV0X 3D0PA 1KVAA 5C24A 3V9XA 1B92A 4DWIA 1BCMA 4FLXA 1RT6A 1ZBFA 4EP4A 2OPQA 4O0IA 4E7JA 3QERA 4KFBA 3SNNA 4KO0A 4E89A 5FDLA 1NK9A 3DLBA 3L8BA 2KFZA 3U3GA 1RBVA 1UWBA 4YNQA 3HP6A 1GOBA 4I9LA 2HHVA 3HYFA 3HT3A 4HUEA 4DLGA 4KHWA 4HCBA 3FFIA 3KLGA 4NCGA 3V9UA 4CJRA 4CEBA 1Q9XA 4EZ9A 1JL2A 2D0CA 1I3AA 4CIEA 3AO2A 4B3OA 3NGIA 3VQ6A 4KI4A 3L3VA 4YFUA 1TK0A 1JLBA 1GOCA 2HNDA 4ZTJA 5C25A 4GMJB 1GOAA 3DOLA 5KTQA 1FKPA 5I3UA 5JS2A 4CGHA 1SKWA 3B6OA 4W5NA 3V1RA 2VG6A 1WAFA 3KK3A 2HB5A 4I7FA 5KRTA 3KLEA 3HPOA 1WSFA 2P5GA 3M8PA 1VSLA 1LAVA 4KTWA 3ZSXA 4HUGA 1JLCA 2YNGA 3UIQA 4N56A 2Z1HA 3VQBA 3LZJA 1TL1A 3QNOA 4KHNA 3D45A 2P5OA 1KVCA 3I0SA 4O55A 4DTJA 4F3TA 1EXQA 2DFFA 4B9VA 1X1PA 2X6NA 3CG7A 3KJVA 4KRFA 5JS1A 1K6YA 5HRSA 4OGEA 3KLHA 3CQ8A 3SZ2A 3TANA 4DQPA 3TAFA 2A1RA 3IAYA 1SUQA 4JLHA 3ZT0A 4N76A 4M3UA 3NDKA 4ICLA 4ID1A 3MXIA 3AVKA 1JXBA 3IG1A 4DSLA 3VQ7A 4NCAA 4M3ZA 4CGGA 1LV5A 4DQSA 4AH9A 4KB0A 3DMJA 4FJHA 4RW7A 4CEZA 4DFMA 3QIOA 4CGFA 4FLYA 1IO2A 4DU4A 1RT1A 3SPZA 3S3MA 2DTUA 3U6FA 4F2SA 3KD1E 4CK1A 1HQEA 4M3RA 3DLEA 1L5UA 3O4QA 1F21A 3C95A 1U04A 4F8RA 1N5YA 3DYAA 3MECA 1YVUA 3NHGA 2KW4A 1RTDA 1D8YA 4M3WA 2E6LA 3DLGA 2ZE2A 4DTOA 3TWHA 1TAQA 3TAPA 3NH0A 2D0BA 4FW1A 4FCYA 4KHSA 4Z4HA 3OYFA 1S6PA 2HHQA 3MXMA 1B9FA 4I2QA 3F9KA 1X9MA 4Q0BA 1NKBA 4J2BA 1HMVA 4TSXA 4LD0A 3O3GA 3NBPA 4KPYA 1C1BA 3SUQA 3M8SA 4ELVA 1TVRA 1SKSA 4E0DA 3T3FA 1QS4A 3VQCA 3OJSA 4FZXC 4FJ5A 4UQGA 3NGZA 2XO7A 4FZYA 4FJJA 4XIUA 3NCIA 2E4LA 1VRTA 2FBVA 2WOMA 4AHRA 1HYSA 4AHVA 3SJJA 1LWCA 1J9AA 2IOCA 4AILC 5HRPA 2YHAA 4E1MA 2D0AA 4OVLA 1IKXA 2OA8A 2G8FA 5D3GA 1KCFA 1RT7A 4B8CA 2EX3A 4E7HA 1BGXT 4DFPA 2XY7A 3RMBA 4KTQA 2QK9A 4CFCA 3OYAA 4FLUA 1TV6A 4EP5A 3I0RA 1VSHA 2NUBA 1L3SA 4C8KA 1JLAA 2P51A 3LP2A 4FLVA 4H4MA 3SQ0A 2G8WA 3AVLA 1X9SA 3C94A 1S1XA 3IRXA 3AO3A 1VSFA 4CGIA 3U3YA 2IGIA 1BCOA 3PX4A 1S9EA 4C8LA 4FXDA 2QXFA 4KHYA 3TAEA 4F3OA 1D5AA 4K8ZA 2KZMA 1S9GA 4BWMA 3SV4A 4M3XA 1TKTA 3IS9A 1J5OA 4NCBA 3TARA 3AA5X 4CF0A 4CFDA 3CFRA 2YNIA 4CFAA 3K58A 3MAQA 4J2EA 1SV5A 3MEEA 4LSNA 3NF6A 3V1QA 3NH1A 1IKWA 1TL3A 1BISA 1QQCA 3G0ZA 4KB1A 2QKBA 2XY5A 4DSIA 3QESA 3E01A 1S1WA 4DLEA 1BI4B 3EY1A 1I39A 4C8OA 4N5SA 3PO5A 4B9NA 3AVJA 3WNGA 1KLMA 4HVJA 4ZTFA 1VSMA 4FK4A 3OYIA 1NJXA 4L8RB 1HNIA 1FXXA 4BE2A 2HHWA 3OY9A 1O1WA 3OYDA 4B9MA 5EU7A 3OYKA 3ZT4A 3KLFA 4BDZA 5J2NA 2P1JA 4LSLA 1NK8A 1S1UA 4QAGA 1NK5A 4LY7A 3C6TA 2E6MA 1JKHA 5KI6A 3QLHA 1QE1A 4CJFA 4DTPA 2BGGA 3ZT3A 3MEGA 1RNHA 2W42A 1TAUA 4CJ5A 1SL0A 3QINA 3VQEA 4FLZA 4IKFA 2KQ2A 3L3UA 3LWLA 3SV3A 3QEIA 4J2AA 4N41A 4GVMA 4FJKA 1NOZA 3VQ9A 3OYCA 4CGDA 3TR8A 3O3HA 2X78A 4OKJA 1DTTA 1QSLA 3AA4A 1SL2A 2GBZA 1ZBLA 1QHTA 1VSIA 2FBTA 3VQ4A 3ITHA 3V6DA 4FJNA 4F2RA 1U48A 3QO9A 1HPZA 1HQUA 3QEWA 3RMAA 4Z0UA 1TKXA 1SL1A 4W5TA 4HTUA 2OPRA 1HYVA 3ZCMA 1TK5A 3ZSZA 2QKKA 5C42A 3SPYA 3BDPA 3CM6A 3O4NA 1C0TA 1HJRA 4RW4A 4CJPA 1HRHA 1WAJA 4J2DA 3EZ5A 1L3TA 4CEOA 3ZSQA 1RDAA 4DFKA 2HNYA 4FM1A 4Y1DA 1ASUA 1DLOA 3NAEA 3VQQA 4N47A 1RBTA 3KIOA 4CJEA 4OLBA 2B4JA 4BDPA 4DQIA 4KKOA 1KVBA 1YTAA 4FJMA 3ZSVA 2OYQA 4EZ6A 1RILA 1S5JA 1RDBA 4PQUA 4FJIA 1QSYA 1L3VA 5FROA 1C0UA 3LANA 1REVA 5DK5A 4CJWA 3HXMA 4CHQA 5SWMA 3QNNA 3VN5A 4E7IA 3SI6A 4QOZB 4HUFA 1NJZA 2HHXA 1EX4A 4DSFA 3NH2A 2R7YA 4DF4A 1C1AA 1VSJA 3OS2A 3K59A 4BE0A 1LAWA 4MFBA 4CIGA 1U45A 4E19A 2B5JA 2HMIA 1YT3A 2IDOA 3CFOA 1RTJA 3NFAA 1ITGA 2OPPA 1NK7A 3PO4A 2ZD1A 1IG9A 3LP1A 3TAQA 3H08A 2HHTA 3P83D 3ZT2A 3DLKA 4IG3A 1BHLA 3HVTA 5CYMA 4JS4A 4FM2A 1RTIA 4FM0A 4CCHA 2VWJA 2VWKA 1RT4A 4FW2A 3HVRA 3ZSYA 1Q8IA 3NF7A 1C1CA 4CERA 3HL8A 3L2QA 3OYMA 2FBXA 4RW8A 5HROA 4RW9A 2ZQBA 1CLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQPA 2YCHA 2NRTA 4CK2A 4W5RA 4G1QA 4JYAK 2QWMA 3AVAA 2XRIA 2F8SA 1CXUA 3LDPA 3O08A 3OYHA 4I2PA 4O44A 2DY4A 1UAXA 3CFPA 1S6QA 2OTLN 5LY3A 3DLRA 2ITGA 5CZ1A 3ZSRA 1HNXK 3PSIA 3A5LC 3HSTB 4FWQA 1QVFM 3AO5A 1IJJA 3AV9A 2YJEA 4IFYA 5AQXA 3TPQA 3ATVA 2VYPA 4BR4A 1QVGM 4QS9A 4C8MA 5JVHL 4BDYA 3SQ2A 1W9HA 3MEDA 4DMNA 3SBTA 3L2UA 2YKMA 4B9TA 1NGGA 3DJCA 2FBYA 1UA0A 3T7ZA 4PWDA 3CIPA 3F5TA 1WSGA 3KWGA 5C2DA 2OZSA 1LW2A 3VEZA 3LDSA 4CF8A 4O5BA 3QETA 1NGFA 4PUOA 2Y1JA 4DG1A 4DS5A 1HX1A 3CC7N 3ULEB 2W41A 3QFUA 1TYQA 3OYBA 5AZJA 5BN9A 4KHQA 4JRPA 2YHBA 3DXKB 3T1AA 2Z1GA 1NGAA 4Z4IA 3SBGA 3AVBA 2E2NA 4BRGA 3A2FA 3NVMA 1T7PA 5LJWA 4K8XA 4PKGA 1NKCA 1G99A 3NF8A 3H3OB 2A6AA 4Q5VA 4DHYA 1KQSM 3AO1A 1OH6A 3HJFA 1Y97A 3WT0A 3J8AA 2IVPA 3N4PA 3VF4A 5JICA 4FVUA 3VQAA 1RDDA 3ID8A 3WXKA 3LPTA 4DV3K 5J2NA 3HPGA 3K5OA 4C8NA 1Q7YO 1LOTB 2B6AA 1VRUA 4FJLA 1EETA 1CXQA 3CETA 4AHSA 3HPHA 4CEDA 4IBNA 2FSJA 3O4WA 2VG7A 3SAHA 4A59A 4DTMA 3WXJA 2KTQA 1BI4A 4JEPA 5AQUA 4DCHA 3DRRA 4CW7B 2P9IB 3OYNA 3AA2A 3CMEN 1D9DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4BE2 A;  2O8D B;  2A41 A;  5AQT A;  2P1J A;  4LSL A;  1S1U A;  4BRK A;  1SZ2 A;  4R79 A;  1JKH A;  3QLH A;  4DTP A;  3U8X A;  2W42 A;  3H1V X;  3VQE A;  3VTH A;  4IOA L;  2KQ2 A;  3CMA N;  4MLH A;  4N41 A;  3CQY A;  4KHP K;  1OVQ A;  1EO1 A;  1NG9 A;  4IJA A;  3AA4 A;  3VQ4 A;  1VSI A;  1OH7 A;  3ITH A;  3V6D A;  3CPE A;  1U48 A;  2GTD A;  1NGE A;  1HYV A;  3BDP A;  3CM6 A;  4J2D A;  1XNR K;  4Y1D A;  1RBT A;  2Q36 A;  2YHY A;  4NLB A;  4DV6 K;  2OYQ A;  5IWA K;  3VET A;  4EZ6 A;  4PQU A;  4FJI A;  3THX A;  2E20 A;  4CHQ A;  5SWM A;  5AQJ A;  1ZBS A;  2E2P A;  5AJ3 K;  1VSJ A;  3P39 A;  3GOI A;  4H0O A;  4BE0 A;  4H0V B;  4DV4 K;  1YT3 A;  1RTJ A;  3NFA A;  1TYQ B;  3H08 A;  2HHT A;  4GKK K;  2O8D A;  5AZJ B;  4CBW A;  4FM0 A;  2CGK A;  2VWK A;  4FW2 A;  2OTJ N;  1Q8I A;  1MWM A;  2FBX A;  4RW9 A;  3L4Q A;  4LF7 K;  3G6E N;  2HF3 A;  1CLQ A;  2QTD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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