3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
4F3OA 4Y1CA 3MECA 4PUOA 4KHQA 1SKWA 2QKKA 4CF0A 3DLHA 3AA5X 1FKOA 4BE1A 2P5GA 1NOYA 3VQQA 4BWMA 1FKPA 2YV0X 3CM5A 1TK5A 3NCIA 4FJ9A 4FJ5A 1A5VA 1RTHA 2FC0A 4DTXA 5D3GA 4JLHA 1BQNA 3VQ7A 4CEEA 3SV3A 1U45A 4KAZA 1RTDA 1B9FA 4NYNA 4R5PA 1JLGA 1YTUA 1IO2A 2F96A 4CJVA 5HRRA 3VQCA 4JRPA 2HHWA 3PY8A 4M3YA 3DLRA 3VA3A 1HNIA 2VG5A 4CGDA 3QIPA 4ZHRA 2A1RA 3SQ0A 4M3UA 3HVRA 5FRNA 3V9UA 5HRPA 4CERA 1TAQA 1RBVA 2PY5A 1IKXA 1KFDA 3LALA 1WSJA 3HO1A 4QAGA 2OPSA 4DU1A 2ITGA 1TKDA 4OJRA 3WNHA 3QINA 4KFBA 1S1TA 4KTZA 1SKRA 5FROA 4CEAA 5CYQA 1UWBA 3AA2A 1CXQA 4G1QA 4N56A 1B92A 1RBRA 1RBUA 5I3UA 1EETA 2IS3A 3ISNC 3LPTA 3ZSVA 3VQ9A 4B9TA 2ETJA 3P1GA 1J54A 4FW2A 2DFEA 3L2UA 2P5OA 5FRMA 4CFAA 4N5SA 2KZZA 3WNGA 1GOAA 3DRSA 3TWHA 5KGWA 1YTAA 3SI6A 3LP2A 3OYJA 3LPUA 4OPKA 3KD1E 2FBXA 3TAGA 4EP5A 4KTQA 2VWJA 4DTJA 4FJLA 3AVHA 4IKFA 4W5TA 3DRPA 3AVKA 4DQRA 4QCLA 3NGYA 3KLHA 2F8SA 5KI6A 3MXJA 3HK2A 4CK1A 3ALYA 4LY7A 1NK4A 2IAJA 3L3VA 4CJTA 1T05A 3V4IA 2KQ2A 4CJLA 3AA4A 4CK2A 5HRSA 3OS0A 4FLZA 3TI0A 4PA1A 3PO4A 1TAUA 1JLQA 3L2WA 4FM2A 3AVLA 4C8KA 4DTRA 3CQ8A 5DMRA 2RKIA 2GUIA 4ELUA 1WNSA 3L8BA 1TGOA 1D8YA 1WAFA 4I2QA 4FK4A 2EX3A 3CM6A 2KTQA 4FZYA 1HPZA 1HJRA 2GV9A 4H8KA 4B9NA 1S1XA 3M8PA 1GOCA 1NOZA 4IFYA 3RMCA 3AVAA 2G8WA 4UQGA 3I8DA 3T1AA 4GMJB 3K5NA 3ZSWA 4F3TA 3SQ2A 4EP4A 5HLFA 3OYAA 3TAPA 3TAQA 3QO9A 4DQQA 3HXMA 4CJPA 3LZIA 2Z1GA 4F2SA 4AHTA 4KHYA 3BGRA 1WAJA 3V81A 2YHAA 3L2VA 3QETA 4OLBA 1S6PA 3AVBA 4FLVA 1NK7A 1RCHA 4HUEA 1I3AA 1WSFA 3CFPA 5SWMA 3OYCA 4AHVA 4EZ9A 1JKHA 1T8EA 1ZBFA 4B9UA 3B6OA 4M41A 1ITGA 1TL1A 3RRHA 3HPGA 4Z4HA 3VN5A 4CJWA 3QEPA 4CIEA 3LAKA 1BGXT 4RW4A 4FLTA 5CY4A 4CHQA 4DSIA 3SUNA 1J5OA 2YNHA 2XY5A 4DLGA 1KRPA 3NGZA 1X9MA 3DI6A 4KV8A 1SL2A 3SQ4A 4AH9A 2QK9A 3AVCA 1R0AA 4CGJA 4CIGA 4KREA 3QEVA 3NFAA 2R7YA 1NK8A 1SL0A 4FM1A 4KHNA 2OYQA 3NBPA 1G15A 4H4MA 1HYSA 1RDDA 3HPHA 1J9AA 1LWFA 1YT3A 1WSIA 1VSDA 3VQEA 3V6DA 4FJKA 4NCAA 1Y97A 3DLKA 2FBTA 4CJ4A 3OY9A 3TR8A 1LWEA 2HNDA 4N47A 3OYLA 1VRUA 4H4OA 5E41A 4W5OA 4DTSA 3SUPA 4CE9A 1Q9YA 4ZTJA 5CZ2A 4B9VA 4CHNA 5KTQA 3D45A 3L2QA 5EU7A 4CEZA 4CHYA 1QS4A 3OYDA 3OYFA 5J1EA 4CEBA 3AO5A 3SUQA 3ZT2A 1NK5A 4HHTA 1KFSA 4PY5A 3OYIA 2OPQA 1TKTA 5K14A 2Z1JA 1VRTA 4B08A 1BI4B 1L3UA 2XY7A 3CFRA 4F8RA 1O1WA 2B5JA 2HNYA 3NF6A 4DSKA 4J2EA 1RDBA 2HHTA 3NF7A 3AO4A 4AHRA 2YNIA 4B9MA 1S1WA 3S3NA 4CJUA 3ZCMA 3K2PA 4E0DA 2RN2A 1RT4A 4KTWA 1EX4A 2BANA 4NYFA 4CJKA 4CF2A 3HPOA 1ASVA 1REVA 4DTPA 3ZSZA 3VQ6A 4FLWA 3V9ZA 1N6QA 3OS2A 2IOCA 4CHOA 3THVA 2A1SA 4MQ3A 5FDLA 3LDSA 1DLOA 1NK9A 3M8QA 4FZXC 3SYZA 2QKBA 1ZYQA 2PYJA 1JXBA 4W5RA 3DRRA 4KI6A 3F9KA 1VSJA 2BDPA 4JS4A 2QXFA 4B3OA 3O3HA 4LH5A 1ZBIA 5HRNA 4HVJA 4Q0BA 3BDPA 1X9SA 2RPIA 3KKSA 3U6FA 1TVRA 1RBTA 1VSEA 2OPRA 1KVAA 2RF2A 3NH1A 4O5BA 2ZD1A 3VQ8A 3PO5A 2F8TA 1RTIA 4FJGA 2HVIA 3PV8A 4IG0A 3AV9A 4J2AA 2X6SA 1X9WA 1VK0A 3AVJA 3KLGA 4ZTFA 1WSGA 3EZ5A 1DTTA 3ZSOA 3G0ZA 3KK1A 3NH0A 1Z26A 1RBSA 1VSLA 3JYTA 1RT1A 2BE2A 3G10A 4CJFA 3TANA 3KJVA 1XHZA 1JLAA 3K59A 3U3GA 4IFVA 1S9EA 1XHXA 5DK5A 4RW6A 2G8UA 2D0CA 2HMIA 3SCXA 1C0MA 1FXXA 2AJQA 1RT7A 4RW8A 4KB0A 1HRHA 3HJFA 2WOMA 1F21A 3AVIA 3KD5E 3ZSQA 5J2QA 2YHBA 1L3VA 1HMVA 2G8FA 4CJSA 3NF8A 2Z1IA 2LSNA 3PUFA 4DSFA 2KW4A 3RR8A 4KHWA 4CFCA 2E4LA 4DF8A 1KLMA 3MEEA 1D9FA 4BE2A 2JLEA 3SQ1A 4E7KA 2DFFA 1NK0A 1A5WA 2X74A 4W5QA 3CFOA 5KGXA 1SKSA 4BWJA 1U47A 4KPYA 3MAQA 3MXMA 1ZBLA 2NUBA 4OKKA 2X6NA 2HW3A 3DLGA 3T3FA 4PWDA 1IKWA 1NKEA 2YKNA 4M3WA 4FZZA 1RT2A 4N41A 3K5OA 3RMDA 1NK6A 1CZ9A 3LAMA 3WNFA 2B4JA 4E19A 3RRGA 1WSHA 3ASMA 3DMJA 3SUOA 4ID1A 4Z4IA 3C6UA 4DQIA 3TARA 4Y1DA 1QQCA 4DSEA 2B6AA 4FK2A 4B9SA 1VSFA 1SUQA 1VSIA 4O0JA 2ZQBA 3ZT0A 1HYVA 4CEDA 3AO2A 5T7BA 1LAVA 3SNNA 5KRSA 2HVHA 3C95A 4OLAA 4I9LA 2VWKA 1LWCA 3A2FA 2XY6A 3EYZA 1I39A 3OJSA 1EKEA 1QE1A 3VQ5A 4JS5A 4DFJA 3FFIA 1Q9XA 1WSEA 3KLEA 3IS9A 1BCMA 3VQ4A 4I2PA 4WE1A 4HTUA 1NJWA 1QSLA 4FW1A 3ZSXA 1BHLA 2FBVA 3O3GA 3AA3A 3ZT4A 4OKJA 3V9XA 1BI4A 2FBYA 3KTQA 4F4KA 3O4QA 1ZBHA 3WNEA 4Z4GA 3DOKA 1CXUA 4FCYA 4E89A 1RNHA 4LSLA 1NKCA 4CJQA 4DTOA 1L5UA 1ASWA 1LV5A 2VG7A 4FJXA 1YVUA 4MFBA 1WN7A 3O3FA 1S9GA 3QEIA 3F73A 1BIUA 2GBZA 4OPJA 2OZMA 4LH4A 2XY8A 1CLQA 1K6YA 1KVBA 3OYNA 1NJYA 3RR7A 4Z4FA 2BGGA 1WLJA 3S3MA 3MEDA 3VQAA 1HYZA 2HHSA 1SV5A 3QERA 4BACA 3RTVA 2O4IA 4LSNA 1VSKA 4N76A 4CJ3A 1RTJA 3DYAA 3HVTA 4GVMA 4CEQA 1S1VA 1NKBA 3VQBA 4YNQA 4CEFA 3TABA 4J2DA 1J53A 2HHQA 1EXQA 1W9HA 1A5XA 1LW2A 3OYEA 3LWLA 3KIOA 2OZSA 3QLHA 3I0RA 3AVMA 4ICLA 1B9DA 3ITHA 2IGIA 4E1MA 1HQUA 1KCFA 3TAEA 2I5JA 5CYMA 4Z4CA 4K8ZA 2ATQA 4Z4EA 3DOLA 4DWIA 5C42A 4DSLA 4FJIA 4CF8A 3H08A 2HHUA 5I42A 4M45A 1DTQA 1CZBA 3K57A 4M3TA 3ZSYA 4DQSA 1QSSA 4FLUA 3IG1A 5C24A 1BQMA 3V9SA 5HROA 2Q3SA 3HYFA 1U48A 5JS2A 1S6QA 4FJHA 1GOBA 3K58A 3O4NA 4RW7A 1BISA 1IKYA 3JSMA 2HNZA 4E7IA 3VQPA 1TK8A 4DU3A 1QTMA 4E7JA 4K8XA 4E7LA 3SPYA 1HQEA 4IBNA 5J2NA 4RG8A 2G8KA 1KTQA 4B8CA 1C0TA 3S3OA 1Q8IA 2OA8A 4AHSA 1U4BA 4O55A 4FM0A 1QHTA 3LZJA 4AILC 1D5AA 3VA0A 1D9DA 4W5NA 3PX4A 4FK0A 3NAEA 1NJXA 4CF9A 1VSHA 1TL3A 3NH2A 2XHBA 4C8LA 4FJMA 1SL1A 1N5YA 3OYGA 2HB5A 4FJ8A 4ID5A 5HBMA 4CGGA 1RT6A 1LAWA 4KRFA 4OKEA 4BE0A 4DFKA 4J2BA 3HT3A 4CGFA 3M8SA 2E6LA 2D5RA 3QNOA 3P83D 4ELTA 4FLYA 4M42A 2OPPA 3L2RA 4JRQA 1JLFA 3T19A 1X1PA 3DM2A 4CFDA 3RMBA 5KRTA 4BDYA 4LD0A 3KK2A 4Q5VA 4L8RB 3QEWA 1C1BA 2YNFA 3KKRA 3P5JA 1RT3A 1RDAA 3V1QA 4CGIA 4C8OA 3KLIA 4TSXA 3HSTB 1XWLA 4DFMA 4Z0UA 1UA0A 4DFPA 1FK9A 3L3UA 3LANA 4CGHA 3OYMA 3V9WA 3AVGA 4CJEA 2G8IA 1JL1A 3OYKA 4CCHA 4C8MA 1BCOA 3NDKA 4M3RA 4BDZA 4DLEA 2G8VA 4O0IA 4KB1A 3VQDA 3PX0A 2Y1JA 1U49A 4KHSA 1Z25A 4ELVA 3PX6A 4FJJA 2KZMA 3HM9A 3SPZA 3S9HA 1HNVA 1RT5A 2DTUA 1IG9A 3OYBA 4DG1A 1L3TA 1KVCA 1RILA 3NE6A 1JLBA 4GW6A 3C94A 2W42A 5JS1A 4DQPA 1W0HA 4EZ6A 3V1RA 2XRIA 1S1UA 2P51A 3DLBA 1BL3A 1LW0A 1JXEA 2WONA 2ZE2A 4O44A 4CJRA 2KFNA 1TKZA 2JGUA 3HP6A 3ZSRA 3HP9A 4O4GA 3M8RA 5J2MA 3SJJA 4QOZB 3TAMA 3QEXA 4M3XA 4FLXA 4DU4A 1ZBUA 2PZSA 4RW9A 4CHZA 1EP4A 3TAFA 1UOCA 2YNGA 4FXDA 2G8HA 2HHXA 1TK0A 4FVMA 3OS1A 2IC3A 3HL8A 4I7FA 4CK3A 1RDCA 4NCGA 3OJUA 3KK3A 3NGIA 4DS4A 4CIFA 4AHUA 2X78A 3K5LA 2P1JA 5HP1A 1NJZA 1JLEA 4DF4A 1JLCA 3RWUA 3U3YA 2O4GA 3NF9A 4F2RA 2D0BA 3I0SA 4YFUA 4CF1A 1ASUA 3AVFA 3SV4A 1XI1A 4FJNA 4C8NA 3ZT3A 3DLEA 4CEOA 1XC9A 3LP0A 4B9LA 4FYDA 4IDKA 4FJ7A 4DMNA 4KHUA 2KFZA 3K5MA 1U04A 1MU2A 3ZT1A 2VG6A 1C1CA 4DS5A 3E01A 3EY1A 4HCCA 4OGEA 3CG7A 4CECA 4PQUA 3RMAA 2D0AA 3LP3A 3OVNA 4IG3A 2HHVA 4DTNA 4OGCA 1QSYA 3QIOA 1JL2A 3AO3A 3C6TA 1C1AA 1TKXA 4I9QA 4KI4A 3QESA 3NHGA 3SZ2A 3LP1A 4CJ5A 4E7HA 4BDPA 2PYLA 4KKOA 3KLFA 3B6PA 1TV6A 1KLNA 3CYMA 1C6VA 4DTMA 3UIQA 3AO1A 2Y1IA 5C25A 4E1NA 1BIZA 1IH7A 5SZTA 4AHCA 2DFHA 2Z1HA 4CHPA 4E3SA 4HCBA 1L3SA 4B8AB 2EHGA 3MXIA 1KSPA 3MEGA 4XIUA 3D0PA 3AVNA 4KO0A 1VSMA 5CZ1A 1IKVA 4DTUA 3IAYA 4M3ZA 4DSJA 1C0UA 3IRXA 4OVLA 3V1OA 1T03A 4CFBA 4HUFA 3QNNA 5J2PA 3OYHA 1T7PA 4NCBA 2E6MA 2IDOA 3LWMA 3ULDA 2DY4A 1S5JA 1UA1A 1UAXA 4HUGA 2XO7A 2YKMA 4CESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BH1A 2QKKA 1FKOA 5BN9A 3C65A 3P39A 2P5GA 3M1FA 1ATRA 1TK5A 5D3GA 4DTXA 1NBWA 5AQZA 4CEEA 3VEWA 3PSFA 1B9FA 3WXMB 1JLGA 4BVPA 3VQCA 2HHWA 1XNQK 3H1QA 3O6WA 4FWKA 4M3YA 5FRNA 4ZHRA 1KAXA 3HO1A 1ILYA 2P9SB 3AAQA 5TKWA 1VQ4N 4CEAA 3R9PA 1UWBA 1CXQA 4G1QA 3CXCM 1RBRA 2VCPA 3N4PA 1YITN 3LPTA 3VQ9A 2P5OA 3HM8A 3CCLN 1BU6O 3MN5A 1CZAN 1GOAA 4U67L 5KGWA 2QXLA 1V4SA 2CH6A 1XQSC 3LP2A 3KD1E 3GBTA 4EP5A 3BP8A 1VAZA 1EO1A 4FJLA 1VQ5N 2OTJN 4DQRA 3MXJA 1J6ZA 3L3VA 5AQNA 3V4IA 3PO4A 4CJLA 3OS0A 4BRQA 5HRSA 4FLZA 1TYQB 4JKGA 2UXDK 2RKIA 1WNSA 4PHTX 5AQHA 3CM6A 2KTQA 4XH1A 2QW9A 1HPZA 3O8MA 1IBMK 3UKUA 3M8PA 1W7AA 1GOCA 4FL9A 1RFQA 2VQFK 4UQGA 4V19S 3TSPA 1VQ6N 3T1AA 3K5NA 3ZSWA 4F3TA 5BRDA 3SQ2A 2D0OA 3WQTA 3QO9A 4DQQA 4IFEA 4F2SA 4A2AA 2I7NA 3L2VA 4OLBA 3AVBA 3LDLA 4FLVA 1RCHA 4HUEA 1NK7A 2ASOA 3OYCA 1IBKK 4X62K 4B9UA 1ZBFA 4YHHK 1ITGA 1VQON 4CJWA 3VN5A 3QEPA 1EQYA 4LC9B 5FPNA 4CIEA 4RW4A 4DV4K 3THYB 1NGCA 1J5OA 3UB5A 4CBUA 5GAHP 4CIGA 4KREA 2R7YA 3UKRB 1NK8A 2P9PA 3DXKB 3O9UA 4H4MA 1YT3A 1LWFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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