3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
5C25A 3CM5A 1TKDA 1S6QA 4RW9A 3M8PA 1NJWA 1LWEA 4DLEA 3SUNA 1NK4A 1TK0A 2RPIA 2Z1GA 4DU4A 3SUQA 3AVKA 4CEQA 1WSJA 1LAWA 3ZSVA 4B9NA 3AVFA 2GBZA 1TL1A 2P51A 3AVMA 4M3YA 1ZBFA 4OGCA 3DRRA 4CHPA 4HTUA 1JXBA 4XIUA 1RT4A 4Z4HA 2E6MA 4DS5A 4N41A 2F8SA 2FBYA 4DF8A 3HSTB 3TAFA 3AO5A 3K58A 1D9FA 3F9KA 2KZZA 4IDKA 4FW1A 4CJ4A 4GW6A 1U4BA 3AO2A 5KGWA 3HVRA 4FLTA 4KHWA 4KB0A 1BIZA 2B6AA 2OPPA 4NYNA 4DU3A 2OPQA 2KZMA 1F21A 4JLHA 3AVHA 4LSNA 3LP0A 3UIQA 1S1XA 3OYHA 3DLHA 1L3TA 2D5RA 3HYFA 4FW2A 3ZSQA 3NBPA 2KTQA 4CE9A 3L3VA 2A1SA 3D0PA 3ITHA 4B9VA 3RWUA 1EKEA 1ITGA 3ULDA 3PO5A 3T1AA 4C8OA 2E6LA 2Z1IA 4F4KA 4PQUA 4OLAA 2IGIA 3PY8A 3QLHA 4DF4A 1VSHA 3ZSRA 3ZSZA 4B08A 4FJ9A 3AA4A 3K2PA 4IKFA 3S9HA 3OS2A 1D5AA 2BANA 4DSEA 1WAJA 1KTQA 4J2BA 1MU2A 1YTUA 1TKTA 4DTUA 2PYJA 1T03A 2HHXA 2HHWA 2W42A 3IRXA 3TAQA 4FCYA 1GOAA 1X1PA 1Q8IA 3C6TA 1RT6A 4RW7A 3WNEA 4CERA 4N5SA 1S1TA 4HUFA 4E7JA 4Q0BA 3RMBA 2KFZA 1QS4A 4CEFA 2DTUA 3ZSOA 1NJXA 2XY6A 3LP3A 4KHQA 4FLWA 5C24A 4HUEA 4CGIA 3KTQA 4FJHA 2HHQA 3AVIA 4JRPA 4LD0A 3AVCA 1KCFA 3RRGA 4BE0A 1RBSA 3AVGA 1NKCA 3SCXA 4CECA 4OKEA 4B8CA 2Z1HA 3TARA 4DWIA 1Z25A 2O4GA 1RT3A 1NK7A 1Q9YA 3U3GA 1U47A 4DFKA 1SV5A 3TAGA 5JS1A 1HMVA 1XHZA 4M42A 2FBVA 2NUBA 3KJVA 1WSFA 1WSIA 3AO4A 3U3YA 3HT3A 3K59A 5J1EA 1S5JA 1VSEA 1VSIA 2OPSA 4KO0A 5CZ2A 1RILA 4CEAA 3IAYA 1LWCA 3DOLA 1ASVA 4CEBA 2YNHA 3OYLA 3CFOA 1WSEA 2RKIA 3LPTA 4FM2A 3MXIA 2X6NA 2EHGA 1BL3A 1JLFA 4RG8A 4CF2A 2G8HA 2G8WA 3S3NA 3BGRA 5KRTA 4PY5A 3NF6A 4O0IA 3NE6A 3NAEA 4KTQA 1TVRA 5FDLA 1KVAA 3VQBA 1X9MA 4FJXA 1IKWA 4TSXA 1IKVA 1FXXA 1TL3A 2XY8A 3H08A 4CJSA 2XY7A 1L3SA 3LP2A 1LWFA 3SYZA 2HB5A 3PX0A 3LZIA 1Z26A 1NK8A 3CG7A 3PV8A 4YNQA 4BDYA 1SKWA 3NGYA 4PA1A 4BDZA 1JL1A 3VQ7A 3NH0A 5I3UA 1FK9A 2GV9A 3TWHA 1JLEA 4CEDA 3QETA 2HVHA 2GUIA 3AVAA 1VRUA 1RTDA 3AA3A 3OYBA 1RBUA 3RMAA 3QO9A 4Z4EA 4CHNA 4ZHRA 4I7FA 1SKSA 3QNNA 4CEZA 4DFPA 1C0UA 1WN7A 2XY5A 3RMCA 1BI4B 2X6SA 3KKRA 3K57A 1QSLA 2DFEA 4QAGA 5HRPA 3KLIA 1CZ9A 4ID1A 3VA0A 3RMDA 4KPYA 5CY4A 1QSYA 4W5RA 5HRNA 3LAMA 4FJIA 1KLMA 3CM6A 1S9EA 3OS0A 3O3HA 2OPRA 5EU7A 4C8LA 5D3GA 1J5OA 4N56A 2ZQBA 3DM2A 3EY1A 3ZT1A 3DYAA 3G0ZA 4FLYA 4LH4A 3HVTA 4ELUA 1EX4A 1T7PA 4B3OA 4HVJA 2A1RA 1B9DA 1DTQA 1RBRA 1RTIA 3WNHA 2Q3SA 4DTJA 3KD5E 2PYLA 4QOZB 2ZD1A 2X78A 2HNDA 4FLUA 3RR8A 3MEEA 3AO1A 3TI0A 5HRSA 3PX6A 1C1CA 3HP9A 3V1OA 1NOZA 4DQQA 3SI6A 3PX4A 1HNIA 2Z1JA 3IS9A 3MEDA 4RW8A 4CJQA 4CFBA 4DFJA 5HROA 4ZTFA 4OLBA 1S1VA 3I0SA 4FLXA 4CK1A 4AHCA 4KHNA 4CEEA 4CIFA 4Q5VA 3DRSA 4E19A 4Z4IA 4M3XA 3ZSWA 4KI4A 1RDDA 3LP1A 4AHTA 4DQSA 1DLOA 3DLRA 3VN5A 1SL1A 3TANA 4HHTA 3B6OA 3LDSA 3V9XA 1LV5A 4DS4A 3DOKA 1J53A 4CK2A 3SUPA 4NCBA 1CLQA 1YTAA 3AV9A 3P1GA 2R7YA 4GMJB 3QEWA 5CYMA 3OYDA 1Q9XA 1QTMA 1RDCA 3EYZA 1HJRA 1L3UA 3K5MA 3THVA 4DSJA 3DMJA 4OVLA 4AHUA 4JS4A 2YNFA 4CIGA 4CGDA 5J2QA 3PO4A 5KI6A 3HPOA 4MFBA 4B9LA 4CJRA 1BCOA 1VSDA 4O5BA 3CFRA 4Z4CA 4JS5A 3S3MA 3NDKA 3CFPA 1RT7A 4KTWA 3QEVA 3AA2A 3NH2A 1UA1A 1D8YA 4CCHA 1SL0A 4E89A 5SWMA 4CF8A 3K5OA 4DTXA 4KHSA 1A5VA 4JRQA 3LWMA 2QKKA 3MECA 4FJ8A 4AHSA 1S1WA 3VQ4A 2YV0X 4ZTJA 1NK0A 1LAVA 1B9FA 4OKKA 3FFIA 2HHVA 4B9SA 3P5JA 3ZSXA 4DTPA 1ZBUA 1K6YA 1REVA 4FJGA 1I39A 3RR7A 3ZSYA 1CXUA 3V1QA 2YKMA 1RT5A 2OZMA 5SZTA 1WNSA 4M3WA 1A5XA 4AILC 4CJPA 1NOYA 2YNGA 4CEOA 2DFHA 4M45A 4CJ3A 3V4IA 4M3RA 3C94A 3VQAA 3TAPA 2YHAA 4DLGA 3HP6A 2HNZA 1ASUA 1VRTA 1HYSA 3HM9A 4CK3A 2B4JA 3DLBA 3NF9A 3U6FA 1VSMA 1IG9A 2YKNA 3LAKA 1L5UA 1BQNA 3HO1A 4CFDA 3KK1A 1NJYA 3I0RA 5CYQA 2E4LA 3SV4A 4R5PA 2HHSA 4O0JA 4RW6A 2G8UA 2BGGA 2RN2A 1TKXA 1JLAA 2JGUA 1HQUA 3CYMA 4E7LA 4DSKA 3O4NA 3OYGA 4W5TA 3AVJA 3AA5X 4DQIA 4O4GA 4C8MA 3G10A 3B6PA 4BWMA 5I42A 1O1WA 3K5LA 3OY9A 1RT1A 1DTTA 3JYTA 4CJKA 3VA3A 3HL8A 4KKOA 4Z4FA 3RRHA 4B9UA 4FJJA 3VQQA 4K8XA 1BISA 3HK2A 4HCBA 4EP4A 3JSMA 2F96A 4W5OA 4B9TA 4O55A 1ZYQA 4FK0A 3SQ1A 4F8RA 1SL2A 2G8VA 1KVCA 1SUQA 4CJ5A 2YHBA 3LANA 5J2MA 3MAQA 1KFDA 3C95A 2X74A 3VQPA 3OYEA 4ELTA 4FXDA 2JLEA 2ETJA 3WNGA 4CHOA 4IG0A 1RTJA 3OYIA 3QNOA 3MXMA 1C0TA 1RNHA 4FJMA 2P1JA 4DU1A 2FBTA 4CGFA 3V81A 1TK5A 3M8SA 4M3UA 1C0MA 4DQPA 2RF2A 1EXQA 2G8KA 2F8TA 1NKEA 1IKYA 3VQ5A 4CJLA 1UWBA 4CJFA 1SKRA 4J2DA 1CZBA 4KRFA 3QEPA 3M8QA 3K5NA 2EX3A 1RT2A 3P83D 4DG1A 2OYQA 2G8IA 4OPJA 1ZBIA 3O4QA 1T8EA 3KLHA 1EP4A 4AHVA 4H4OA 1Y97A 4EZ9A 4MQ3A 3L3UA 1JLGA 3DLKA 3ISNC 1XC9A 4KI6A 4FJNA 1IO2A 4FZXC 3V1RA 3ZT4A 3OJUA 1NK9A 4CGHA 1T05A 4FLZA 3NF8A 2HHUA 4FK2A 1GOCA 1QQCA 1TAQA 2HNYA 1WSHA 2VWKA 3NF7A 1WAFA 1XHXA 4LSLA 1X9WA 4Z0UA 4L8RB 1HQEA 3O3GA 1QSSA 4ELVA 5FRMA 4W5NA 3OYKA 1HPZA 3OYAA 4ICLA 1BQMA 3MXJA 3ASMA 2I5JA 4H8KA 2YNIA 1IH7A 4I9QA 1J54A 1JKHA 3KLFA 4I2PA 4E1NA 3OYMA 1RCHA 1UA0A 4UQGA 5J2PA 1B92A 4KREA 4ID5A 4E7IA 3NCIA 3SPZA 1RBVA 4PWDA 4CJUA 2BE2A 2KQ2A 4OKJA 4EP5A 1KFSA 3BDPA 3V9ZA 4DSIA 2KFNA 5T7BA 1HRHA 4DSFA 3ALYA 4BWJA 3AO3A 5K14A 4M41A 4E1MA 3L2UA 4HUGA 4IBNA 3OYCA 4DTNA 1ZBLA 4CHZA 3OS1A 4CGJA 1YVUA 1C1BA 1RDBA 1KVBA 3E01A 3NFAA 2KW4A 1NK5A 4AHRA 1ASWA 3NHGA 4CFAA 4CJVA 3OJSA 2D0CA 4O44A 2P5GA 4EZ6A 1KLNA 4RW4A 1KSPA 3HJFA 3T3FA 4G1QA 1QE1A 1UAXA 4DSLA 3SZ2A 1JL2A 3L2VA 3VQ6A 3L2QA 2VG5A 3HPGA 5KRSA 3KD1E 1NKBA 3VQDA 4E0DA 1LW0A 3VQ9A 3OYJA 2XO7A 3EZ5A 4BDPA 5FRNA 4YFUA 3CQ8A 4PUOA 4CF9A 4CESA 1HNVA 1RBTA 1N5YA 4NCGA 2IOCA 1TAUA 4E7HA 1RDAA 4FZZA 3TR8A 3WNFA 1BGXT 3DLEA 1TGOA 3KIOA 4KFBA 3DLGA 4AH9A 4DFMA 3QERA 5HBMA 1U49A 4FJLA 2D0BA 4LY7A 4FM0A 2Y1JA 1W0HA 1WSGA 3L2WA 1CXQA 1WLJA 4WE1A 4CF0A 4CJTA 3V9SA 1TK8A 1JLBA 4E3SA 1R0AA 2HHTA 3LALA 4KHYA 3OYFA 3SJJA 1TV6A 1VSKA 1BI4A 3V9UA 1J9AA 2DFFA 1S9GA 4OPKA 2AJQA 3LZJA 3SQ2A 5HLFA 3S3OA 1S1UA 1FKPA 3QINA 1U04A 4Y1DA 3QIOA 2VWJA 1BIUA 3V9WA 4BACA 4IFVA 2PY5A 3TABA 1EETA 4Y1CA 3OYNA 1I3AA 5DMRA 3MEGA 5FROA 4CJEA 5JS2A 3QIPA 4KTZA 5HRRA 1JXEA 3ZCMA 3KKSA 5KGXA 3NGZA 2G8FA 4DQRA 2QKBA 4CJWA 3DRPA 4F3TA 3OVNA 3ZT3A 4HCCA 4J2AA 1BHLA 3QEXA 3VQEA 1JLCA 1XWLA 4N47A 4FJ5A 1QHTA 1U45A 2O4IA 2FBXA 1VSJA 3AVBA 2FC0A 3IG1A 4QCLA 4Z4GA 3ZT2A 1BCMA 4I2QA 1N6QA 4K8ZA 5HP1A 5CZ1A 1VSLA 3DI6A 2OZSA 2Y1IA 1G15A 4IG3A 1S6PA 3F73A 1C1AA 3M8RA 4F2SA 1LW2A 2VG6A 4KV8A 4CGGA 4GVMA 1U48A 1TKZA 4E7KA 4NYFA 2XHBA 2QXFA 3QESA 1YT3A 3SQ4A 4NCAA 4DMNA 4FK4A 3SQ0A 1L3VA 4OGEA 2ATQA 5C42A 4OJRA 2WOMA 2XRIA 3LWLA 3HPHA 3L2RA 2ITGA 1JLQA 4FLVA 3SNNA 2D0AA 1A5WA 1VSFA 3PUFA 4CF1A 4FYDA 3L8BA 3C6UA 4CHQA 2IDOA 4M3TA 1ZBHA 3D45A 4DTSA 1RTHA 2IS3A 2LSNA 3A2FA 1X9SA 4KB1A 4I9LA 3KLGA 1FKOA 3VQ8A 3TAEA 3O3FA 5KTQA 4KHUA 1NK6A 1IKXA 4F3OA 4FVMA 4CIEA 5E41A 3KLEA 3AVNA 1VK0A 3LPUA 4IFYA 1HYZA 4BE1A 3SPYA 3VQCA 2B5JA 2PZSA 1W9HA 4B8AB 1NJZA 4FJ7A 2ZE2A 4DTRA 2QK9A 5J2NA 2DY4A 3KK3A 3NGIA 4B9MA 2IAJA 1GOBA 1D9DA 3I8DA 5DK5A 4FM1A 4F2RA 2WONA 4J2EA 2OA8A 1C6VA 2VG7A 4N76A 4M3ZA 1UOCA 4C8KA 3AVLA 2IC3A 4H4MA 4DTOA 3ZT0A 1KRPA 2P5OA 1HYVA 3SV3A 3TAMA 1XI1A 4LH5A 4FZYA 3SUOA 4FJKA 4W5QA 4CFCA 2HVIA 4BE2A 2HW3A 3RTVA 3NH1A 3T19A 4DTMA 3KK2A 4CHYA 3QEIA 2BDPA 4KAZA 4C8NA 3HXMA 2HMIA 3V6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQIA 3CCMN 3GOIA 3PLAA 4C1NI 3M8PA 2NRHA 1W2BM 3THWB 3MWTA 1NK4A 3CCUN 1LAWA 2NLXA 4OGCA 4CHPA 4JI7K 1YHQN 2FBYA 4PL7A 3BEXA 4L3QA 5AQWA 3K58A 4AF1A 1EWRA 4JI3K 4IDKA 2P9NB 1T6CA 2ASMA 1U4BA 5KGWA 4KHWA 4OX9K 2NRXA 1BIZA 1F21A 3AVHA 3UIQA 3LP0A 2P9SB 3BUZB 1QZ5A 3ZSQA 4YDUC 4LFCK 3NBPA 1KAYA 3L3VA 2A1SA 3ITHA 4B9VA 1EKEA 2H3GX 4C8OA 2E6LA 4F4KA 4PQUA 2YHWA 3PY8A 1YIJN 3QLHA 1VSHA 3SMPA 3K2PA 1KTQA 1TKTA 2PYJA 2HHWA 3IRXA 4WCEL 4FCYA 4A59A 1GOAA 4RW7A 4CERA 2KFZA 4NO7A 2DTUA 3RMBA 3ZEUA 3LDOA 3ZLJA 4KHQA 4IOXA 4HUEA 2HHQA 4JKGB 4PHTX 1MWMA 3RRGA 1RBSA 3AVGA 5A2QO 3P4IA 4UY8O 4OKEA 4H03B 1RT3A 1J6ZA 5JS1A 1HMVA 3Q7BA 4X66K 1XHZA 5LJWA 3KJVA 3AO4A 3U3YA 5J1EA 1S5JA 4BRGA 3DOLA 4CEBA 1ASVA 3OYLA 5JMVA 2V51B 3S3NA 4M7XA 5GIOA 4BRDA 1TVRA 1KXPA 4CZMA 1IKVA 1FXXA 1TL3A 2A42A 2XY8A 4BR7A 1ZC6A 1ZXOA 1Y64A 3WUHA 4EHTA 1Z26A 3CG7A 3J8AA 4BDYA 1SKWA 3NGYA 3KWIA 4PA1A 4CBUA 4BDZA 3NH0A 5I3UA 3HRGA 3QETA 3M3ZA 4CZJA 3AVAA 3SBGA 3ENHA 2W41A 4H5RA 5C0YA 1SKSA 1ATNA 3H1QA 1GLFO 3S41A 4AQYK 4DFPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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