3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
4J2BA 3NFAA 3DMJA 3KK2A 3PX6A 1SL0A 4BWMA 1KLNA 4EP4A 4R5PA 3V9WA 2VWJA 1NK9A 1TAUA 3NGZA 4FW2A 4BACA 4I2PA 3VA0A 3P1GA 5C24A 3T3FA 1RTIA 2IS3A 3B6PA 1RT3A 3B6OA 4N47A 3V4IA 1XI1A 4M3XA 1B92A 1VSLA 3ZSWA 4JS5A 4CJ5A 3NHGA 4KI6A 2Z1JA 2D5RA 4FJ8A 1RBUA 4O4GA 4QAGA 1ZBUA 2X74A 3HYFA 4N76A 1I3AA 1RBRA 1KLMA 3AVCA 4IG3A 3TR8A 4CJTA 5HRNA 1NKBA 1L3VA 1IO2A 1J9AA 1VSHA 4DSLA 3ALYA 1FKPA 3NH1A 1X1PA 2XY5A 4HCCA 2ZQBA 1D9DA 4L8RB 1VK0A 3RTVA 1WAFA 1BQNA 4CFAA 1B9FA 1JLGA 1S6QA 1C1BA 4CGJA 1JXEA 3AV9A 5JS2A 5C25A 4CGHA 4YNQA 4M3UA 3EY1A 4CJLA 4C8OA 3SUPA 3ZSRA 1QTMA 2F8SA 4HHTA 4OJRA 1NKEA 3PV8A 2IDOA 4ICLA 1QSLA 1RNHA 2OPRA 3FFIA 4AHTA 3AO3A 4FK0A 4TSXA 3OYDA 5J2NA 4LH5A 3RMDA 3DM2A 4DU1A 4FJ7A 3HO1A 4FXDA 4KHUA 4QCLA 1SUQA 1WSEA 1UA0A 4E7LA 4F3OA 4CK1A 1ASVA 4DLGA 2OPQA 4CJRA 5J2MA 3LP2A 1LW0A 3C6UA 3SQ1A 4K8ZA 3NF6A 3SQ2A 2YHAA 4DSIA 3VQBA 4E19A 1DTTA 3IAYA 4OKKA 3VQ8A 4OLBA 3V9XA 3RRHA 3ITHA 4QOZB 5HBMA 1QSYA 4DU4A 3I8DA 1U45A 1TL3A 3V1RA 3THVA 1Z26A 3EZ5A 3HP9A 3LP1A 1BCOA 4CESA 3L2WA 1BI4B 2IGIA 3NE6A 5CYQA 3RMCA 3KD5E 3SNNA 5JS1A 1JLCA 4Z0UA 4K8XA 1Q8IA 4N41A 1XHXA 1G15A 3VQQA 3PY8A 4NYFA 2P1JA 1Q9XA 4B3OA 3WNEA 4M45A 5CY4A 4DTSA 1LWFA 2DY4A 1XWLA 4KTQA 1KCFA 2YNIA 3O4NA 1HPZA 4CJQA 1NK7A 4EZ9A 4F2RA 4DSEA 5HP1A 4ELVA 4O5BA 2JGUA 3QEIA 4ID5A 3QNOA 4CK2A 1NJZA 2KZZA 3K59A 1UOCA 4FJ5A 5EU7A 1TK0A 1UA1A 2B4JA 2O4IA 4CJFA 1FXXA 4N5SA 1TK8A 5KI6A 4CGIA 3KLIA 3SI6A 1LAWA 1REVA 4ZTJA 4IFVA 2YHBA 2ITGA 4AHUA 3P5JA 4M41A 3DLEA 3KK3A 1BI4A 2VG6A 3KLEA 1D5AA 4KTWA 3HK2A 4Y1DA 4CFDA 4I7FA 4F8RA 4DWIA 3OYCA 4RG8A 4CF1A 1X9SA 4Z4GA 3S3NA 3LDSA 1GOBA 4FLWA 2BDPA 4HCBA 1TGOA 4EZ6A 1D8YA 2A1SA 4DG1A 4FLVA 2Q3SA 4CJKA 3TAGA 4B9VA 4UQGA 2BANA 4Z4EA 2LSNA 4E7KA 4B9TA 2IOCA 3IRXA 3M8SA 5SZTA 1HJRA 4FM1A 3KLHA 2HNYA 3L2RA 1TVRA 3DRRA 4AHSA 4Z4IA 3V9SA 1S1TA 1ZBFA 3HPHA 1HNIA 4OLAA 4KRFA 3A2FA 1A5WA 3OYKA 3ZSYA 1Y97A 4HUFA 5I42A 3PO5A 1C6VA 4O0IA 1VSJA 1JLEA 1IH7A 2KQ2A 4CFBA 1Q9YA 4W5RA 3MEEA 4CF8A 1C0MA 1JKHA 2XRIA 4C8NA 4KO0A 4O0JA 3CYMA 4F4KA 1WSGA 4FLUA 2YV0X 2BE2A 4CJUA 2RN2A 1KFDA 3AA4A 4CF9A 4DLEA 4CEZA 4FLTA 3QERA 3SPYA 1KSPA 1T7PA 2X6SA 4LY7A 1RDBA 3VQ5A 4CGDA 1NK5A 3DYAA 4KTZA 1ZBIA 4FJHA 1VSFA 4KV8A 4EP5A 2PYLA 4GVMA 4CHPA 3V9ZA 2AJQA 2O4GA 4J2AA 3DLKA 1HRHA 2XY8A 3LZJA 3LAKA 3ULDA 1JL2A 4CIEA 4KI4A 2E4LA 1WN7A 3VQAA 4KAZA 3KKSA 1C0TA 3ZSZA 3D0PA 1Z25A 4DTJA 4FZZA 2OPSA 3K2PA 3AVHA 3JYTA 1O1WA 4B08A 4M3TA 4BE0A 1VSMA 3CFOA 3NBPA 5J2QA 3RWUA 4B9NA 1D9FA 5FROA 3K58A 1LW2A 3OYFA 3TWHA 1LWCA 3CM6A 3AVAA 3LANA 3AVBA 4W5OA 3OS0A 4LSNA 4FCYA 3NF9A 2JLEA 4CJ4A 4FM0A 3VN5A 3QLHA 3DRSA 4FJNA 4AHCA 4F3TA 1HQUA 1TK5A 3DLGA 3ZCMA 2IC3A 1NK6A 3V1OA 2QK9A 5SWMA 1KVCA 3QEVA 1XHZA 3HPGA 3OYAA 3HM9A 2HVHA 2GUIA 4CIFA 1I39A 1QS4A 4FJXA 4KPYA 3ZT0A 1TV6A 1C1AA 1SKRA 4ZHRA 2HW3A 4BDZA 4KFBA 4C8KA 4CHZA 4B9UA 3VQDA 4AHRA 5HRSA 1A5XA 2PZSA 1NJYA 1S9EA 2PY5A 4CEAA 4CJ3A 1TKTA 1L5UA 4IBNA 4CERA 3HVRA 2P51A 3VQPA 3RR8A 2RF2A 1RDCA 4H4OA 4B9MA 4DFPA 3SUOA 3WNGA 1CZBA 1CLQA 1IKYA 1ITGA 1BIZA 1JXBA 4BWJA 4CGFA 4JLHA 1X9WA 4BDPA 5FRMA 2VG5A 4DTNA 2XO7A 1JLFA 3ZSOA 4KKOA 2HMIA 4B9SA 2OZMA 4FJKA 4KHYA 2GV9A 3U3GA 2QKKA 3TI0A 2OYQA 1EX4A 2E6LA 4OPKA 3OYJA 1ZBHA 1SKSA 1IKXA 4N56A 3OS1A 3NF7A 2R7YA 4M3WA 1SL2A 1TAQA 3TAQA 4MQ3A 4PUOA 2F8TA 3U3YA 3QEWA 5T7BA 4PY5A 4DSFA 4Y1CA 2G8IA 3LAMA 1HMVA 5CZ1A 2HHSA 3OYLA 1J5OA 1S1UA 1RCHA 3WNFA 4LH4A 2Z1HA 2P5OA 3AVFA 2B6AA 3SUQA 1K6YA 1WSJA 2OPPA 3KLFA 4CF2A 1NK0A 1WSHA 2HNZA 3M8QA 3G0ZA 1MU2A 1B9DA 1RT2A 2FBXA 3SQ0A 1WNSA 4KB1A 1WSFA 5K14A 2RKIA 3TARA 3QESA 1LWEA 3DOKA 2NUBA 1HNVA 3CFPA 1ZYQA 4J2EA 5FRNA 2HHVA 2GBZA 4B9LA 2Z1GA 1WLJA 3BGRA 4ZTFA 4DMNA 4FJIA 4RW4A 4KHNA 4FJ9A 1WSIA 1HYZA 5FDLA 4FLYA 2XY7A 5KTQA 2KTQA 4W5NA 3L8BA 5CZ2A 4HTUA 4JRQA 3C6TA 3NH0A 1HYVA 3OYGA 2OA8A 2FBYA 5KRSA 3O3GA 4M3ZA 3L2VA 4E7JA 5DMRA 3TAPA 1RT5A 4CJEA 3MAQA 5C42A 1DLOA 3HVTA 1UWBA 4JS4A 1VRTA 4NCBA 3DLBA 4CEDA 2D0CA 3PO4A 1QHTA 1KRPA 5J1EA 2WONA 4E1NA 1NJXA 2ZD1A 2P5GA 4MFBA 2HHUA 3HL8A 2QXFA 1BL3A 2HHTA 1YVUA 1TKXA 5KRTA 4DFJA 1SKWA 1X9MA 3M8RA 3VA3A 3MXJA 1TKDA 4CEFA 5HLFA 3SPZA 4B8CA 1EP4A 4RW9A 4CJVA 1DTQA 1KVBA 1VSEA 1NJWA 2G8FA 2B5JA 4BDYA 3SYZA 4HVJA 1U49A 1ASUA 3LZIA 2HHXA 2EHGA 4CHYA 3KJVA 2PYJA 4LSLA 2ZE2A 3S9HA 3AVLA 1KFSA 2G8VA 3OYNA 4CFCA 3CG7A 3NCIA 4M42A 4Z4HA 3MXMA 3L3UA 3ZT3A 4DTUA 3KKRA 2IAJA 4J2DA 2VG7A 3K5NA 1RBVA 2A1RA 1QSSA 4DQIA 4FJGA 2KFNA 1NOZA 4WE1A 1VSKA 4DS4A 3VQ4A 3QO9A 3C95A 4DQQA 1U47A 2D0BA 2HHQA 2I5JA 4Z4FA 3ZSVA 1EETA 2E6MA 1RBSA 4DF8A 4IFYA 4NCGA 3AVGA 5I3UA 4CF0A 4GMJB 3RMAA 1RTDA 4CCHA 1IKVA 4FYDA 3ZSQA 4IDKA 5DK5A 3CM5A 4OGEA 3S3OA 2G8KA 2YKNA 4M3RA 3U6FA 3SUNA 4KB0A 1RILA 4CE9A 1GOCA 1RT7A 2QKBA 1RT1A 4CHNA 3AO1A 4Q0BA 1TL1A 3OJSA 4C8MA 4E1MA 4CEQA 3TANA 3AVKA 1RTHA 2KW4A 3HJFA 2ETJA 4FLZA 1CXQA 4RW7A 3I0RA 4E3SA 1S9GA 1W0HA 3I0SA 4O55A 4O44A 5J2PA 3NF8A 1S6PA 4FM2A 4I9LA 3OS2A 1S5JA 3SCXA 3QNNA 4DF4A 1YTAA 4FVMA 4G1QA 4DSKA 4FZXC 3HP6A 3OYHA 3K5LA 3L3VA 1HQEA 1BHLA 3LWMA 5KGXA 1NKCA 3BDPA 1BCMA 3LPTA 1IKWA 1RTJA 1ASWA 1RBTA 3TABA 3QIOA 4AH9A 4OGCA 4DQSA 4DSJA 3AVMA 3OY9A 1BQMA 3AA5X 5HRRA 2KFZA 1A5VA 2BGGA 3P83D 3OYBA 4LD0A 1JLBA 1N6QA 2F96A 3T19A 3V1QA 4BE1A 1T03A 1YTUA 1JLAA 1EKEA 4FLXA 3O3HA 3T1AA 4DU3A 2WOMA 2HNDA 3O3FA 4F2SA 4CECA 4FK4A 4DTPA 3UIQA 3ISNC 3VQ7A 1T8EA 5D3GA 1CZ9A 4B8AB 4OKJA 4H4MA 3LP0A 4KHSA 3VQ9A 3NGIA 3VQEA 3SQ4A 2HB5A 4M3YA 3SV4A 3KIOA 4CJWA 3DI6A 2YNGA 2G8HA 3C94A 4KHWA 3KK1A 3TAEA 1JLQA 4CK3A 1UAXA 3TAFA 1S1WA 4DFKA 3ZSXA 1J53A 5KGWA 4E7HA 4DFMA 4PWDA 4CEOA 1VRUA 3G10A 3AVJA 2FBVA 4OKEA 4XIUA 2XHBA 4YFUA 3SZ2A 4DTRA 2X78A 1RT6A 3LWLA 4ELUA 4FW1A 4C8LA 1J54A 1KTQA 4CHQA 1S1VA 3AO4A 2D0AA 3KTQA 3PUFA 1IG9A 1FK9A 3AO5A 3K57A 1BISA 2EX3A 1C1CA 4RW6A 4DTOA 1ZBLA 3KD1E 4KHQA 3RMBA 1LAVA 2FC0A 3OJUA 3RRGA 4CEBA 4W5TA 3QINA 3QETA 3NDKA 3AO2A 2DTUA 4KREA 3IG1A 3K5OA 2DFHA 4FK2A 3MECA 3LP3A 3JSMA 2HHWA 4DTMA 4E7IA 3MEGA 4FJLA 1F21A 4FJMA 1CXUA 1N5YA 4CJSA 4ELTA 4I9QA 1RDAA 1U48A 1YT3A 1L3SA 3NGYA 1SL1A 2RPIA 3DRPA 3L2UA 3PX0A 5HRPA 3RR7A 5HROA 1NK4A 1VSIA 1BIUA 1QQCA 2Y1IA 3AVNA 3ZT2A 4OPJA 4PQUA 4CHOA 3ASMA 4CGGA 3VQ6A 2XY6A 2Y1JA 3DLRA 2X6NA 3K5MA 1RT4A 1QE1A 3DLHA 1C0UA 3O4QA 3LPUA 3KLGA 3NAEA 4DQPA 4CJPA 4Z4CA 3V6DA 1XC9A 4IKFA 3MEDA 2KZMA 3V9UA 1L3TA 1RDDA 3F73A 4OVLA 3CFRA 1W9HA 2DFEA 4IG0A 4JRPA 1WAJA 2G8UA 4ID1A 4FJJA 3QEPA 3M8PA 3E01A 1U04A 2VWKA 3QEXA 4HUGA 3IS9A 1LV5A 4W5QA 3AVIA 3OYEA 4DQRA 3AA2A 4Q5VA 3HT3A 1KVAA 4DS5A 2G8WA 4NYNA 3ZT1A 3OYIA 1NOYA 3WNHA 3HSTB 4DTXA 3CQ8A 3NH2A 1T05A 4FZYA 3TAMA 1SV5A 3AA3A 4RW8A 2W42A 1BGXT 2YKMA 3ZT4A 1EXQA 3SJJA 3MXIA 4E0DA 1GOAA 1FKOA 1JL1A 5CYMA 4CEEA 1VSDA 3H08A 4NCAA 3OYMA 3QIPA 3D45A 3LALA 1NK8A 3V81A 3S3MA 3EYZA 3VQCA 4CIGA 1R0AA 2HVIA 2ATQA 4I2QA 5E41A 2DFFA 4PA1A 4AHVA 3L2QA 1L3UA 3SV3A 2FBTA 4BE2A 3DOLA 4E89A 1U4BA 1TKZA 4GW6A 3HPOA 2YNHA 3HXMA 2YNFA 4AILC 4HUEA 4H8KA 3OVNA 3F9KA 1HYSA 1S1XA 3PX4A 2Z1IA 2OZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KAZA 3PX6A 1YVNA 4YY3K 4OX9K 3E9OA 1NK9A 4LF4K 3P1GA 5C24A 4K0KK 4N47A 4FPBA 5AQVA 2ITMA 4YOYA 1VSLA 1Z05A 3FZLA 4FWMA 3ZSWA 2VQEK 4CJ5A 4NXMK 1K9MO 2D5RA 4FJ8A 1RBUA 3ENOA 3VEYA 3HYFA 3AVCA 4CJTA 1IO2A 1VSHA 3CCEN 5M1KA 2BTFA 4IFEA 1FKPA 2XY5A 1X1PA 3IKMA 2ZQBA 2RE2A 1MWKA 5BPLA 1C1BA 4CGJA 1JXEA 3TPQA 1XNRK 5AZIA 3EY1A 5IWAK 3SUPA 1QTMA 4HHTA 4OJRA 1NKEA 3PV8A 4BVOA 3LDQA 1RNHA 1KQSM 2O8FA 4FK0A 3THWA 3RMDA 1SUQA 3TSUA 4DLGA 3MX2A 1LW0A 3LDNA 2YHAA 1DGKN 4OLBA 4CZHA 2FF3B 1VQPN 4QOZB 5HBMA 4G9ZA 3A5NC 3PLAA 3NE6A 2QWPA 1R59O 4N41A 3PY8A 2P1JA 3NMUA 3MN6A 3Q7CA 4B3SK 2I7PA 2V52B 3A8YA 4XH5A 4KTQA 3O4NA 1NK7A 4QS9A 4FPAA 2KZZA 3UKUB 3CC2N 2O4IA 4CJFA 5KI6A 4CGIA 1REVA 1XMOK 1K8KB 5AZJA 4AHUA 4BG9A 3P5JA 4M41A 2VG6A 4FOEA 2O8EB 4JI2K 4YHHK 5GADP 4I7FA 5BN8A 3OYCA 4RG8A 4CF1A 1GOBA 2NLXA 2BDPA 1TGOA 4DG1A 2Q3SA 4UQGA 1QQOA 4E7KA 4B9TA 3V9SA 5AQQA 3G71N 1A5WA 3OYKA 4HUFA 5BREA 1BUPA 1C6VA 1VSJA 1JLEA 1W2BM 3MEEA 3EO3A 3A5OC 4KO0A 4A61A 3O9SA 1ATNA 4A57A 4PKHA 2BE2A 4XH1A 4DLEA 3SAFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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