4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
1D4XA 3D2FA 3M3ZA 3A5NC 5BPNA 3AAPA 5JLFA 2PAVA 1GLBG 2I7PA 4BG8A 4BRCA 4XH5A 1T6DA 4CZLA 3S41A 3BF1A 1GLEG 3O4WA 2FSNA 1IG8A 2Q0UA 4JHDA 2ZWHA 3GL1A 4BGAA 5JICA 4QS8A 3VF6A 3ZX3A 2ZF5O 3A0IX 4B1VA 1X9JA 4BRAA 1JCGA 4F9OA 5KPZA 1YUWA 4FOIA 2KHOA 4O8KA 2ITMA 4BRGA 1T6CA 5AZJA 3MDQA 2Q1NA 2DPNA 2P9NA 1OKJA 2IVOA 2P9SA 2QWOA 4FWOA 3WXLA 3LDPA 5AQOA 4BC3A 2J4RA 1BA1A 3LM2A 4YDUA 3QICA 1GLAG 3EKSA 2QWNA 1DEJA 4IZ9A 1TYQB 4CI6A 5AQQA 1HUXA 3C7NB 4EFHA 2P9KB 2P9LB 4BRHA 4BRDA 4H0TB 2FXUA 1SAZA 4WYBA 1T44A 5AQZA 1S22A 3C7NA 2A42A 1XQSC 4A61A 3AY9A 2GWKA 3IDHA 2ASOA 2W41A 2A3ZA 4XH1A 3ZEUA 3FGUA 1HJOA 4Y0WA 3F9MA 3HI0A 3R8EA 1NGEA 4FL9A 4E1JA 3WXKA 5ELZA 4H0OA 3UKUB 1X3NA 4H03B 2NZTA 4FWPA 1QQOA 4BR5A 1NWKA 4I6MA 1NGAA 2QWLA 4MO4A 4K41A 3I8BA 3VESA 4IXCA 4JAXA 2CGJA 2QWMA 1NGGA 1K8KA 2GEMA 2BTFA 3DJCA 3EL2A 3VGMA 2FSKA 3VF2A 2CGLA 4A2AA 3OHRA 4IJNA 4BR7A 2IVNA 4ISFA 3IMXA 2GUPA 4XEIA 3RSEB 4JD2A 1U6ZA 1JCFA 4CD3A 5AQPA 4IO8A 3MN9A 4BR4A 5BN8A 2WUSA 2ZGZA 3BP8A 1HKGA 1BU6O 3CJAA 5AQHA 5EOYA 5LY3A 5B8HA 2P9UB 4CZKA 3VF4A 5AZIA 1SQKA 1XC3A 3VEXA 1NM1A 4BVOA 5BREA 3WQTA 5AQXA 3W0LA 4BROA 3FFKB 3CETA 5LJVA 1MDUB 2IVPA 2AP1A 4FWSA 3EZWA 4H5WA 2GELA 2GWJA 3U8XA 5BPLA 2E2PA 4BRNA 4DHYA 5F0XA 3L0QA 5AR0A 4BRLA 3CJ9A 3VEVA 3FZKA 3VERA 1NBWA 1Y64A 2V7ZA 4ISGA 4H5NA 5AQMA 1BUPA 3H1VX 4BRQA 1GLDG 3GOIA 4B1YB 1NGDA 2V7YA 3CHWA 3O08A 4FWLA 4HTLA 3ZX0A 3VPZA 1GLFO 2P9PB 1QZ5A 5AQTA 5EVZA 5BRFA 3O1WA 1EQYA 3WEEB 3QB0A 1NGHA 1J6ZA 3ENOA 3VGLA 4CZJA 1HKBA 3ATUA 3MK6A 4CBUA 1ZC6A 1NGJA 1KAZA 3A5MC 1XUPO 5E84A 1KXPA 4BGBA 4CZGA 4CZFA 5AQFA 3U4LA 4WQ5A 3MCPA 1GLLO 2YI1A 2Q2RA 4IJAA 2D1KA 2VYPA 2QWQA 1RGIA 3H3NO 5AQLA 2QW9A 3QDKA 3H1QA 2D0OA 3M6GA 2E20A 4BG9A 1MA9B 5AQYA 3LDQA 4CD1A 3HBTA 3FZFA 3FZHA 5AFUH 1BWFO 3CJBA 3KZBA 1GLJO 4GY2B 1P8ZA 3DXKB 3DAWA 1YXQA 4GNIA 3HM8A 1HPMA 2YJEA 2Q97A 1TUYA 2ASPA 3JS6A 3VENA 3BUZB 2GTDA 1TYQA 3VETA 2P9KA 2OANA 2P9LA 1QHAA 5FPNA 3ZETB 3UKRB 1MWKA 2D0PA 4BR2A 4C23A 2FSJA 3WXIA 3GBTA 4ISEA 4NO7A 3TPQA 5EX5A 5F2RA 4BRIA 3UKRA 3VGKA 4BC2A 1X3MA 2CH6A 1E4GT 3QBWA 5BPMA 3SLCA 4KBOA 3D2EB 3L6QA 4EAHD 3UKUA 5CE3A 1Z05A 3BEXA 3D7EO 1S3XA 2A40A 4FWMA 4H0VB 1NMDA 4WQ4C 4AM7A 4M7YA 2A6AA 1QQNA 3FZMA 4QS7A 5AQWA 3JXUA 2E1ZA 3QFUA 5AQRA 2E8AA 3O8MA 3QMLA 1NLVA 1KAXA 3CJCA 4PKHA 4RWTA 2NLXA 2V51B 4PKGA 3RSEA 1ZXOA 4AM6A 1ZBSA 4CZIA 1C0GA 2E2QA 3DXMB 1RDWX 1JCEA 5AQJA 4H5TA 3VEWA 3SMSA 2P9UA 3MN6A 2QXLA 1V4TA 4DCHA 3I33A 3O1BA 1RFQA 1Q18A 3SMPA 1BDGA 5KQ8A 2A41A 1SZ2A 1YAGA 3CQYA 3HTVA 5AQVA 1H1VA 2F9WA 2CGKA 4CJ7A 2V52B 1BA0A 5BN9A 1BO5O 3CI5A 4FWQA 3TU5A 2HF3A 2Q31A 1NGFA 2A5XA 4DQ8A 3EN9A 5F1XA 1DGKN 2YCHA 5KQDA 4B1ZA 5ADXH 1ATRA 1U2VB 4BC4A 4H0YB 1ESVA 3GG4A 1DKGD 3A8YA 4YDUC 3W3DA 2HF4A 3GDQA 2H3GX 3H45C 4RTFD 4BRPA 2P9IB 2P9PA 1NGCA 3G25A 1QQMA 3D2FB 4EIAA 3WEEA 4MO5A 1C0FA 3U9ZA 2IIRA 5I9EB 4A2BA 3LL3A 4A62A 1HKCA 3EKUA 2VWBA 4BQZA 3L4IA 4PL7A 4XH4A 3WUHA 1BOTO 3A5LC 5ADXA 3UB5A 3CJ7A 4H5VA 3LDNA 4MLEA 4CZMA 4BREA 3H46O 3SJHA 4M7XA 4FPBA 4BR9A 1R59O 4JHDB 3ID8A 2YHWA 3J8AA 2QWPA 5EXWA 4FPAA 3KHYA 4EHTA 2I7NA 2W40A 1Z6RA 1ATSA 4BQLA 4Z94A 1QZ6A 2Q0RA 4IWVA 3A5OC 1TUUA 3VEOA 4BC5A 3MN5A 5AZJB 4L3QA 3DXKA 1KAYA 3B8AX 3H6EA 3ENHA 2P9NB 4CZEA 3M1FA 2P9SB 2F9TA 3CJ1A 3U9DA 2FF3B 1IJJA 3IUCA 3VEYA 2BUPA 2YHXA 1LOTB 4DB3A 1LCUA 5AFUA 3O5BA 4HWIA 3CERA 4QS9A 4BRKA 3FE1A 2NRHA 3EO3A 3IFRA 3LDLA 3AARA 4FWNA 1V4SA 3ZETA 4O5FA 2QM1A 5AQGA 5AQSA 3QFPA 5BRDA 2QWRA 3AAQA 5LJWA 1MWMA 3UE5A 4FWKA 4PKIA 3CIPA 2ASMA 5AQKA 1NGBA 1HX1A 3ULEB 3ZEUB 3LM9A 1YVNA 4CBWA 3VEZA 3QBXA 2EWSA 3D2EA 5AQIA 4FSVA 3FZLA 4FO0A 3ATVA 3HZ6A 4JN4A 3ULEA 5FPMA 2E2NA 3GE1A 1ATNA 4FOEA 4H0PA 3ZX2A 4BRFA 2VCPA 4I6MB 3BF3A 3MN7A 5TKYA 5BR9A 3O6WA 4J8FA 5KPTA 4CBXA 3O80A 1K8KB 2FF6A 3MMVA 3WQUA 5BRHA 4BRMA 2E88A 4B1UB 1BG3A 3H3OB 5FPEA 1E4FT 4JD2B 2PBDA 3KVGA 5FPDA 3FR0A 5AQNA 5KPRA 3WT0A 3DXMA 4CZHA 2CH5A 2UYTA 1WOQA 5AQUA 1GLCG 1CZAN 2E1YA 4B9QA 2E2OA 2ZGYA 1HLUA 1NGIA 4FWRA 5AZIB 5E26A 3VOVA 4BR0A 5JLHA 2AA4A 3LDOA 5JMVA 1G99A 4WQ5C 4LC9B 2FLOA 3DWLA 2HOEA 2HMPA 3FLCO 3P4IA 5EY4A 3R6MA 4MLHA 2Q36A 4PL8A 3CQXA 3SK3A 4B1WB 3HSCA 2YHYA 4H5RA 3R9PA 3WXJA 4NB4A 4WQ4A 4K43A 2D4WA 4EHUA 4BVPA 4JNEA 1U2VA 4K42A 1WUAA 4RCHA 4H0XB 4M63C 2YJFA 4K25A 2P9IA 3C0BA 4B1XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTNA 3TR8A 3D2FA 4FVMA 4FCYA 3THXB 2JLEA 3OBWA 4X66K 4CJKA 2PAVA 1CZ9A 4BG8A 3VQDA 5FLXO 3BF1A 3SBTA 2UUBK 3J81O 3AO3A 2ZWHA 3GL1A 3L2WA 4JKBA 4E7KA 4EP4A 3TTCA 3CCUN 3O9RA 4B08A 3CMEN 3RMCA 3UIQA 3B6PA 1T6CA 4DV3K 1S6PA 1O13A 2Q1NA 4KHUA 1OKJA 2YNIA 2IVOA 4CESA 3V9UA 4FWOA 3D45A 3F5TA 1BA1A 4YDUA 3CF5L 4KHSA 4IZ9A 4YFUA 2FBTA 4CI6A 3OW2M 1NJYA 2W6LA 2OPRA 4BRHA 1REVA 1WB9A 4BRDA 4H0TB 2FXUA 4WYBA 1D9FA 1VQ8N 4B9LA 3QIOA 1XQSC 3AY9A 2GWKA 2ASOA 2FBXA 3NGYA 3ZEUA 1HJOA 1NGEA 1RT2A 1YHQN 4H0OA 1C0UA 4FJKA 3LP1A 1VRUA 4BE7B 2PZSA 1X3NA 2Y1IA 5M1KA 4RG8A 4BR5A 1BGXT 4HVJA 5CHIA 4K41A 2W6KA 4LD0A 4IXCA 3EYZA 5HBMA 2QWMA 1SV5A 3DJCA 4B3TK 3LZJA 3AA4A 2IVNA 1P90A 4JK7A 5BR8K 1IG9A 3RSEB 4JD2A 1JCFA 3ENBA 3G4SN 4BR4A 2WUSA 2DY4A 5AQHA 1RT4A 3VF4A 1NU0A 1FK9A 3DI6A 4BVOA 3MX5A 2O8BA 2BH1A 3W0LA 3FFKB 4HCBA 3ITHA 4JI7K 1RDAA 4CJ4A 4ILGB 3E9OA 3OS1A 4Z0UA 2E2PA 1SL2A 3E9PA 4LH5A 4DHYA 3FZKA 1ZYQA 4ISGA 4FJMA 2DTUA 1U04A 4ILHA 3H1VX 4FLYA 3RTVA 1VSIA 1GOCA 5LL6Z 1RT3A 1NGDA 3CHWA 4FWLA 4HTLA 3ZX0A 4HCCA 4Z4CA 5AQTA 3O1WA 3TAPA 3M8RA 4QAGA 1HKBA 3SNNA 1FXXA 1HQEA 3MK6A 4CBUA 4FLZA 1Z25A 1KAZA 4M45A 4CZFA 4FJ8A 4LFBK 2B5JA 2RE2A 2YI1A 4DV1K 2Q2RA 4IJAA 3MXJA 4OKEA 3QDKA 2D0OA 3V9XA 4FJHA 5AQYA 4KH4A 3QNOA 2XY7A 3FZFA 4JV5K 1VSMA 1BWFO 1EX4A 3CJBA 4AHVA 3F9KA 1RBRA 1P8ZA 3LAMA 3DXKB 4CHZA 5HRPA 4DWIA 3IRXA 3G10A 3PIOL 2RHKA 4RW7A 2O4IA 4FLVA 4M3XA 1TYQA 4CHNA 5C25A 3K58A 2P9KA 3THWA 4MQ3A 3RMBA 2D0PA 3B6OA 4JI3K 4NO7A 4F3TA 1B92A 3SQ2A 3I56N 3H08A 4BC2A 2CH6A 1O1WA 4KBOA 3D2EB 4OGCA 1NKCA 4F2SA 3UKUA 1Z05A 4KHWA 2O8EA 3DLGA 5MLCQ 1JLCA 4DR6K 3LALA 3HXMA 1UAXA 3QFUA 1TL1A 3O8MA 1KVAA 3QMLA 1NLVA 3CJCA 3O9SA 2JGUA 2NLXA 3I8DA 4IG3A 2V51B 5HRNA 5KTQA 4DTXA 4CZIA 3KIOA 1HNIA 1XC9A 1JJ2M 1WSIA 1VSLA 4U67L 4CJ5A 3SV3A 4N5SA 3AVCA 3DLEA 4H5TA 1KSPA 4CIFA 2O8FA 3VQ4A 3MN6A 2QXLA 5M1FA 4AHRA 4N76A 3O1BA 1RFQA 4JS4A 1TL3A 3K5OA 3D6RA 4R79A 1EWRA 3O3HA 2V52B 4BDZA 5BN9A 4JKGB 4A57A 2Q31A 1GOBA 3HT3A 2G8HA 4DQ8A 1SKRA 1DGKN 3IAYA 1C0MA 1C1CA 4B1ZA 1U2VB 4BC4A 2PFUA 4KTWA 1YITN 4UY8O 1EO1A 3RMDA 3AVLA 3H45C 3RMAA 2P9IB 4OPAA 4KHYA 1UA0A 4IFEA 3G25A 2ZD1A 4C8MA 3D2FB 4EIAA 4IO9L 4GW6A 1HPZA 4YY3K 3ZCMA 4X64K 3E01A 3V1QA 1RDCA 4DTOA 1ASUA 4KREA 4BE1A 3LAKA 3L4IA 1B9FA 4BQZA 3PLAA 3UB5A 3K0SA 3HOTA 2W00A 3LDNA 4MLEA 3VQ9A 3T3FA 3R3LA 3SJHA 4M7XA 2KW4A 2C1GA 3IKMA 3OYCA 1Q7YO 4FPAA 3KHYA 4EHTA 2W40A 4LSLA 1XMOK 3QERA 4BACA 4O0IA 2ETJA 2KLAA 3P83D 4KH6A 4CHPA 3A5OC 4B9TA 4X62K 4TSXA 4DR3K 3VQ8A 3KLHA 3K5NA 4PUOA 3OA9A 1HYVA 3ENHA 4CZEA 3DLRA 1RT7A 4QCLA 2QXFA 3AO5A 2FF3B 3HVTA 3IUCA 3VEYA 3C6AA 1EKEA 3HPHA 2KFNA 3PX4A 4CW7B 1VSFA 3VQQA 3C6UA 2QKBA 3LDLA 3T1HK 3PY8A 3ZETA 5HOOA 5AQGA 2KQ2A 1WBBA 4ELTA 2ATQA 3AAQA 3UE5A 1L3UA 3LPTA 4PKIA 3CIPA 1KLNA 3TSPA 2R7YA 3CPEA 3ZEUB 1KQSM 1RT6A 3VMFB 3CFRA 1S1XA 1ZBLA 4M3YA 5AQIA 4FSVA 4OLBA 3O4NA 3L2UA 4PHTX 3CXCM 4N56A 1ATNA 3MAQA 3V4IA 4I9LA 3OYBA 1KLMA 3MN7A 5BR9A 4J8FA 5CZ2A 1RBVA 3WQUA 3DRSA 5BRHA 4BRMA 2F7TA 2DFEA 4B1UB 1TVRA 3CC4N 1TKZA 4FW1A 4DTUA 3NGZA 4JD2B 4CJPA 1YJ9N 1LAVA 3FR0A 3P1GA 4PY5A 5AQUA 3VA3A 1GLCG 2OZMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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