4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
molecule tags Structural protein/protein binding
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
1HLUA 3C0BA 5KPRA 2ZWHA 4J8FA 4NO7A 4CBWA 1KAXA 3EL2A 2V52B 2BUPA 3MCPA 4FSVA 2IVOA 3B8AX 4BRDA 3CJCA 2QWLA 1NGCA 2Q2RA 1NWKA 2Q97A 4FWMA 3SJHA 1X9JA 5BRHA 4B1ZA 4B1UB 4GY2B 2AA4A 1RFQA 4BRIA 3IFRA 4JAXA 2QWQA 4RWTA 2P9UA 2W40A 4H5NA 1SZ2A 3FLCO 4C23A 2P9PA 2VWBA 4BRGA 5B8HA 3R8EA 3ATVA 5CE3A 1SAZA 5E84A 3BUZB 1K8KB 5ADXH 1KAZA 4K42A 4H0YB 1QQOA 4IZ9A 3MMVA 3VENA 2ASMA 5AQWA 4FWNA 1E4FT 3CQYA 3U8XA 1ESVA 3VEXA 3VF6A 2V7YA 5AZJB 5AQMA 2FSKA 4BROA 4A61A 3LDQA 4H03B 3FZMA 3HM8A 3OHRA 5EX5A 3WQTA 3LL3A 4BRFA 2P9UB 2P9PB 5TKYA 3WUHA 4FWQA 2QW9A 1KAYA 2H3GX 3FZHA 3UKRA 2A6AA 3KZBA 1BA1A 4BR9A 2ZGZA 3VEYA 3CQXA 4CI6A 1TYQB 3MN7A 3D2EA 3U9DA 4IO8A 3VGKA 3CIPA 3O1WA 4H5RA 4XH5A 4BC2A 5JLHA 3GE1A 3GG4A 3HZ6A 1BG3A 1T6CA 2I7PA 4WQ4C 2P9IA 4BREA 4BR0A 5BREA 5AQOA 4BRKA 1TUUA 2CH5A 2NRHA 4PL7A 4H0VB 2KHOA 3EN9A 4LC9B 4BVOA 2V7ZA 2NZTA 1WOQA 4BRQA 1GLAG 3UKRB 4BRCA 2GWJA 3FGUA 1E4GT 3DXMA 3ZETA 1Z05A 3TU5A 2HF3A 2J4RA 1Z6RA 5E26A 2ASOA 1ATSA 2YHYA 3A0IX 2V51B 1MA9B 1NM1A 3ENHA 4HTLA 2WUSA 3MN6A 2P9IB 4HWIA 3IDHA 5EOYA 4CZFA 3EZWA 2ITMA 1YXQA 5BPNA 3D2FA 3MDQA 4MO5A 3KHYA 4E1JA 3A5LC 3AAPA 4B1XB 4BRNA 3L0QA 2D1KA 3VF4A 1JCFA 1DEJA 5BPLA 3DXMB 3ZETB 5BRFA 1SQKA 3M6GA 3VGMA 4BRHA 4KBOA 2A41A 1HX1A 2YI1A 4ISEA 1D4XA 1T44A 2F9WA 2QWPA 3H1QA 5JLFA 4PKGA 1DGKN 4QS8A 5F0XA 4Y0WA 1MWMA 3D2FB 3H6EA 4FWOA 5LY3A 3LDNA 3JXUA 4FPBA 2YCHA 1BOTO 2IIRA 4WYBA 3RSEA 2QWNA 1JCEA 5AQGA 4XEIA 4K41A 4B1VA 5AQNA 1MWKA 5AZJA 2GTDA 3H46O 2E2NA 3BF3A 3QICA 2QWRA 4AM7A 1GLFO 4F9OA 3EKSA 1NMDA 1Y64A 2D0PA 3L6QA 3O4WA 2AP1A 1S22A 4H5VA 4BQLA 1HUXA 4BVPA 4MLHA 4EHUA 3R6MA 2A40A 5ADXA 4BC5A 3O80A 3F9MA 5ELZA 4A2BA 2E88A 3CETA 3RSEB 1TYQA 4FL9A 4RTFD 3CJ1A 1ZXOA 4BC4A 2D4WA 1NGHA 3EO3A 4JD2A 2ASPA 2ZGYA 3R9PA 4FOEA 4DHYA 4CZJA 3LDPA 2BTFA 2E1YA 3GOIA 4FO0A 5BR9A 5AQPA 1GLDG 3CJ7A 2PAVA 2YJFA 4L3QA 4B9QA 1GLLO 2E20A 4BR2A 3W3DA 2A3ZA 2FSNA 3H45C 4CD3A 5I9EB 3LDLA 4XH4A 1XQSC 1HJOA 1BU6O 4CZEA 2NLXA 5AQFA 2CGKA 2HOEA 3M3ZA 3ULEA 4EHTA 2IVNA 4JD2B 5KPZA 2EWSA 4FWLA 3CJAA 2QM1A 4NB4A 1ATNA 3QBXA 1G99A 1X3NA 1GLCG 5BPMA 4M7XA 3VEVA 3ATUA 5AQTA 4CBXA 1V4SA 1NGGA 1V4TA 1CZAN 1BWFO 1XC3A 3FFKB 1IG8A 4H5TA 4FPAA 4PL8A 5EXWA 3S41A 4H0OA 1NGJA 1S3XA 3BEXA 4BG8A 3CJBA 3O8MA 4B1WB 1XUPO 4IJAA 3ULEB 4A62A 3KVGA 1GLJO 4K43A 5FPNA 3H1VX 2HMPA 1QZ6A 2P9LA 4AM6A 1NGAA 3O6WA 2CGJA 5AQJA 3QFPA 4BR4A 4QS7A 4B1YB 4BGAA 3VESA 2IVPA 2YJEA 4M63C 2PBDA 3WXLA 4WQ5A 2GWKA 3CERA 4MO4A 3MK6A 4DB3A 2P9SB 5F1XA 3DJCA 4A2AA 4CZKA 1H1VA 4Z94A 4BR5A 5JMVA 5LJWA 3IMXA 3CHWA 2E2OA 1DKGD 3DWLA 5AQZA 5AZIA 1EQYA 1BUPA 1QQMA 2ZF5O 1BO5O 3UE5A 2P9LB 1LOTB 5AQYA 3FZLA 3VPZA 4IXCA 1QQNA 4IWVA 3ENOA 4CJ7A 4DCHA 1NGDA 5AQLA 2Q1NA 4WQ5C 4BGBA 3WQUA 1BDGA 1NBWA 5AQQA 3ZX0A 4M7YA 5AQUA 3A8YA 1NGBA 1RGIA 2P9NA 3TPQA 5KQ8A 2HF4A 4BG9A 2VCPA 3A5OC 3P4IA 4H0XB 5AZIB 3WEEA 2I7NA 1U6ZA 5LJVA 2F9TA 5FPMA 4GNIA 1C0FA 2D0OA 1P8ZA 3WXJA 2FF3B 2GEMA 2Q0RA 5BRDA 2DPNA 3VOVA 3BP8A 4CZIA 3QFUA 1T6DA 5AFUH 3A5NC 1U2VA 5AFUA 2P9NB 1QHAA 3AAQA 5EY4A 3VERA 5AQXA 1GLBG 3QDKA 1OKJA 3VF2A 3O1BA 1ZBSA 1NGIA 3WXIA 2QWMA 1ATRA 4BR7A 4BRAA 1BA0A 3SLCA 3WEEB 2OANA 1HKBA 1HKGA 4H0TB 3SMPA 2E8AA 3FZKA 1YUWA 2YHXA 3J8AA 3VEOA 4FWSA 2A42A 2GUPA 3O08A 4XH1A 4I6MA 4FOIA 5F2RA 3I8BA 3SK3A 3WXKA 1KXPA 3DXKA 4FWRA 1QZ5A 3IUCA 3HSCA 5AQHA 3DAWA 1IJJA 4BRLA 4EAHD 4CZHA 1U2VB 4WQ4A 1X3MA 5AQVA 3ZX3A 2FSJA 2W41A 5KQDA 3EKUA 3W0LA 5BN8A 2CGLA 4JNEA 2VYPA 3C7NA 3UKUA 1Q18A 2UYTA 5FPDA 2Q31A 2GELA 3G25A 3H3OB 1R59O 4CD1A 5FPEA 2Q0UA 3LM9A 3ZEUA 4BRMA 3HBTA 3VGLA 2FF6A 4PKHA 2P9KA 3ZX2A 4O8KA 3VEZA 2P9SA 4FWPA 2CH6A 5AQSA 3M1FA 4I6MB 4BRPA 3DXKB 3ID8A 4CZMA 4CZGA 4BQZA 1JCGA 3GL1A 3UB5A 5BN9A 3L4IA 3QB0A 4YDUA 3A5MC 4PKIA 3UKUB 3C7NB 4H0PA 4IJNA 1ZC6A 3FE1A 4JHDA 4O5FA 1HPMA 3GBTA 3GDQA 3LDOA 1J6ZA 3ZEUB 4DQ8A 2E1ZA 3HTVA 3JS6A 1LCUA 1C0GA 2Q36A 2E2QA 2FLOA 2P9KB 2QXLA 4JN4A 4CZLA 4EIAA 3QMLA 3CJ9A 3D2EB 5KPTA 3VETA 3FZFA 5EVZA 5JICA 1TUYA 3MN9A 4FWKA 1YAGA 4ISFA 1YVNA 4YDUC 3O5BA 4MLEA 1NGFA 4EFHA 4QS9A 5AQRA 3I33A 3MN5A 4H5WA 5AR0A 3D7EO 3AY9A 1NLVA 4JHDB 4ISGA 3BF1A 3FR0A 3CI5A 2FXUA 3VEWA 2E2PA 1GLEG 2QWOA 1NGEA 3U4LA 3U9ZA 4RCHA 1HKCA 4BC3A 1WUAA 3LM2A 3QBWA 2A5XA 4CBUA 4K25A 3AARA 3H3NO 3HI0A 5AQKA 1MDUB 1RDWX 5AQIA 2YHWA 1K8KA 3SMSA 3WT0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C0BA 2EHGA 4FK2A 1J53A 2IDOA 4W5NA 3EL2A 3MCPA 4DSLA 4FSVA 1TK8A 4IEIA 3VQCA 2BH1A 2D0AA 2Q97A 1NU0A 3SJHA 4DTNA 3NF9A 1X9JA 4FM0A 4F3OA 4GY2B 2W6KA 4DQQA 4JAXA 5KI6A 1RT6A 3SBGA 4FJ9A 1IO2A 2W40A 4C23A 5B8HA 1CZBA 1JXEA 4N56A 1RDDA 5E84A 3BUZB 5ADXH 2HNDA 1WSIA 1YVUA 1SKSA 2ASMA 5M1NA 1RT7A 3TSQA 3QEIA 4CHYA 3CQYA 3OJUA 4EZ9A 1C6VA 1IH7A 3I8DA 5AZJB 5AQMA 3AVHA 4A5AA 4CESA 1Y97A 4A61A 5M1OA 3HM8A 5EX5A 3NH1A 4FWQA 2QW9A 3EE9A 3PIOL 2A6AA 1BA1A 4BR9A 1FKPA 4DU1A 4DR2K 2ZD1A 3CQXA 2UXBK 4CI6A 1ZBLA 3T19A 4C8NA 3LZIA 4JLHA 2KQ2A 3J7ZO 2QTDA 3CIPA 3O1WA 4H5RA 4BC2A 4RW7A 3HZ6A 1T6CA 4B8CA 2P9IA 4F4KA 3HRGA 1TUUA 2NRHA 4PL7A 2O8EB 2IC3A 1VSFA 1DT9A 2KHOA 3RRHA 1GLAG 3UKRB 1GOAA 2GWJA 1RBUA 5KGXA 3DXMA 3L2WA 4JRQA 3V4IA 2J4RA 1D8YA 4DV0K 5H1SQ 4ELVA 3QETA 3A0IX 1BGXT 4JK8A 2G8VA 2YNIA 3ENHA 4CEEA 1WBBA 5C25A 4E7IA 5EOYA 5BPNA 1YXQA 1NJZA 4LF4K 4FLXA 3KHYA 3E9OA 4IOAL 4YFUA 3A5LC 4BRNA 4HHTA 1BQMA 4BDPA 1QVFM 4KRFA 4W5OA 1Q86O 2XY5A 1C1CA 4Z4FA 3AO4A 4KBOA 3KTQA 4JKCA 4RW8A 1HX1A 2YI1A 3V9UA 1D4XA 3VTIA 4YORA 3F9KA 3RR8A 5TKWA 4NLCA 5J1EA 3IG1A 2YCHA 4AQYK 5HRRA 1VAZA 1P90A 1JCEA 3ID6A 4WF9L 2O8BB 4XEIA 4JKGB 4B1VA 3I0SA 4ICLA 1N33K 1MWKA 4CF8A 5AZJA 2O8CA 4FJMA 3BF3A 1GLFO 3M8PA 1HJRA 4CEAA 1Y64A 3L6QA 1S22A 1C1AA 3E01A 4BVPA 4MLHA 1NK4A 4F3TA 1JXBA 1Q8IA 3QEXA 1YHQN 1EWRA 2E88A 3CETA 1FXXA 3RSEB 1RTJA 4WFBL 1SL2A 4BC4A 2D4WA 4BACA 1NGHA 4DR6K 4X65K 3O3HA 2ZGYA 4KH4A 1JLGA 4JS5A 1SL0A 4HUEA 4LFAK 3LDPA 4Z0UA 3VQ5A 1S1VA 1GLDG 3CJ7A 2YJFA 3K9JA 1GLLO 2E20A 1S6QA 3W3DA 4K0KK 1X1PA 1TKDA 5I9EB 3O4QA 4CJLA 5KRSA 4XH4A 4M3RA 4E7HA 2KTQA 3Q7BA 1HJOA 1BU6O 4Q5VA 3OY9A 2E4LA 4JD2B 4OKKA 5KPZA 2W00A 4O5BA 3SAFA 4FWLA 3CCSN 4X64K 1WSGA 3OVNA 2C1GA 4M7XA 2NRTA 4ILHA 4PY5A 4FM1A 3K0SA 1NGGA 1CZAN 3L3UA 4PL8A 1RBTA 4OKEA 1QVGM 1SKWA 1YTUA 4H0OA 1S3XA 2FBXA 4M45A 4BG8A 4DFJA 2HHXA 1YIJN 3KVGA 4K43A 1UA0A 3TTFA 3H1VX 2HMPA 1G15A 3U6FA 3SCXA 1O13A 1HYVA 2QKBA 4DTXA 4JS4A 3O6WA 3LP1A 3O9QA 4F2SA 1T03A 3ASMA 4CHZA 3M8QA 3VESA 2YJEA 2PFUA 1YTAA 3TAPA 4FZXC 1TVRA 3MK6A 5F1XA 1H1VA 4BR5A 4CJRA 3LALA 4GV6A 3P5JA 2B5JA 1F21A 1DKGD 3ZCMA 3DWLA 1CXQA 2UUCK 5FROA 1NK6A 4A57A 2P9LB 2O4GA 3ZSXA 5AQYA 2IS3A 1YT3A 1QQNA 4DCHA 2VGMA 3FFIA 3K5NA 5AQLA 2R7YA 4DR7K 4BGBA 4CIFA 4F8RA 1CLQA 4OPKA 3DRSA 3ZSOA 4GVMA 4BG9A 4MFBA 4H0XB 3HPOA 1WAJA 4Z4EA 2P51A 4BWJA 4AHTA 4LSNA 1HYSA 3WEEA 2I7NA 1U6ZA 4BE2A 4LF7K 3THYA 2BE2A 1S1TA 1TGOA 2FF3B 5BRDA 3VOVA 4N47A 2OCEA 3RRGA 3A5NC 4KFBA 3VERA 4CJUA 3OYKA 2Z1JA 3QDKA 2XY8A 4DQRA 4IFYA 4PA1A 2NUBA 4FLZA 3NMUA 3DLEA 1BA0A 1U47A 1BI4B 3TWHA 1HNWK 3NHGA 1VQLN 3VEOA 2XY6A 4DFPA 1RT4A 3OYLA 1KTQA 1N36K 4I6MA 4DS4A 2HNZA 1KXPA 4BRLA 4LD0A 5AQHA 3R1XA 4CK3A 4DV5K 1U2VB 4WQ4A 3ZX3A 5AQVA 5KQDA 2FSJA 3EKUA 2CGLA 3L4QA 4JNEA 3UKUA 4KHWA 2UYTA 1KVAA 5FPDA 1JKHA 2GELA 4E1MA 1DTTA 4HUGA 3CCQN 4JKEA 1XI1A 5AJ3K 2PYLA 3VQAA 2YKNA 2FC0A 2G8KA 3ZEUA 4BRMA 2Z1HA 2DFFA 2PZSA 5CZ1A 4FWPA 2CH6A 5AQSA 4C8OA 3AVNA 1L3TA 4ID1A 3DXKB 3ID8A 4CJTA 4CZMA 3I56N 4BQZA 3HOTA 3TSUA 1SV5A 4YDUA 4FJHA 2HHIA 5C2DA 3KD1E 3O3GA 5GINA 3AO1A 3MEDA 3C7NB 4DFMA 2F96A 4FK4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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