4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/protein binding
molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
2Q36A 2CGLA 3D2FA 3JS6A 4Z94A 3WEEB 2P9UB 2QWPA 2ZGYA 2EWSA 4EAHD 1QQOA 5ELZA 3ZETA 3VEXA 2E2QA 3BF3A 1BWFO 1RGIA 4O8KA 4M7XA 2P9SB 2P9KB 4PL8A 2QWRA 4DB3A 3DXMB 3BF1A 2E1ZA 5LJVA 1WOQA 3QB0A 4WQ4A 4FPAA 1YUWA 4BVPA 3BP8A 4BRIA 2FSKA 4CI6A 2V52B 5BR9A 3MK6A 3FLCO 3WQTA 3O08A 4K43A 1BDGA 4J8FA 4QS8A 3VGKA 3WUHA 2FSNA 2D0PA 4BR4A 4H0OA 3IDHA 4XH4A 3U4LA 3VEYA 3FZFA 4IJAA 1DKGD 2GEMA 2I7NA 2V7ZA 3QBXA 4CZHA 1QZ5A 4L3QA 5AFUA 1XC3A 1YAGA 4JHDA 4B1XB 2IIRA 2YCHA 4FWOA 2HF3A 2CH6A 3IMXA 3I33A 4BRAA 2QWOA 3MMVA 3AARA 3MN5A 2HF4A 3O1BA 3SJHA 4EFHA 3QBWA 3VF4A 1S3XA 5AQZA 1MWKA 2F9TA 3CJCA 5AQVA 5E84A 1NGAA 3ZEUB 4FWSA 2H3GX 4E1JA 5EX5A 5BPNA 5LY3A 3U8XA 3A0IX 4O5FA 3SLCA 1WUAA 3CJBA 1C0FA 4CBWA 1NGHA 4H5TA 2P9NB 5AQGA 1C0GA 5AZJB 1Q18A 2GUPA 3VF6A 1YXQA 3LDQA 1NLVA 2Q2RA 4B1UB 4WQ5C 3VEVA 3DXKA 2P9PA 3H3OB 2KHOA 4FO0A 4HTLA 3ULEB 4H0TB 4I6MA 4BC5A 5BN8A 3ZX0A 1U6ZA 4BVOA 2IVNA 5BREA 4XH5A 1BU6O 1GLCG 1GLJO 1NGCA 2A41A 4IJNA 3RSEA 4PKIA 1NGIA 2Q1NA 4IWVA 4JAXA 5AQKA 3HTVA 3VF2A 3EKSA 2A42A 1GLBG 1GLEG 3D2EB 4GY2B 4AM6A 1GLFO 1QHAA 2QWLA 4CZGA 1J6ZA 3O1WA 1YVNA 3LDNA 2D1KA 2VYPA 3U9DA 4CZKA 1NGFA 3VERA 2W41A 4BR5A 5AQRA 4BQZA 3GL1A 2J4RA 3UKRA 3VPZA 3J8AA 2P9LB 2YHWA 3U9ZA 4EHUA 4RTFD 3CHWA 3ZX3A 5JICA 4BQLA 5AQFA 2HOEA 4A2BA 3EZWA 4H0PA 4BRGA 3CETA 1RDWX 4ISFA 4H5VA 5JLFA 5FPNA 1XQSC 1V4TA 3WXIA 3VEWA 2QXLA 4CZLA 2CGKA 3BEXA 3CJ7A 3D2FB 4MO5A 4BG9A 5JMVA 5CE3A 1K8KA 4FOEA 4XH1A 3AY9A 1JCEA 1NGEA 5F1XA 1QZ6A 4FWQA 4BC2A 4BRLA 5ADXH 2ZF5O 4FWKA 4JD2B 3FZLA 2YJFA 3A5MC 1KXPA 3KVGA 4BGBA 1BG3A 1NBWA 2CGJA 4LC9B 1GLLO 3LM2A 4A62A 2A40A 2FXUA 4IXCA 4JNEA 3HZ6A 5AQPA 2P9IA 4FWRA 1DEJA 4RWTA 5KPTA 2D0OA 2ASPA 3CERA 4JN4A 3M6GA 1U2VB 2VCPA 3H3NO 3VENA 4B1YB 4H0VB 4DHYA 4RCHA 4JHDB 5AQUA 2BUPA 3CIPA 3LDOA 3QMLA 3MDQA 4WYBA 3M3ZA 1HJOA 3DXMA 3L6QA 4M63C 5EY4A 3LDPA 4A2AA 4A61A 2QW9A 2AA4A 3EO3A 3MN7A 4K42A 4K25A 3O8MA 1G99A 3CJ1A 4FSVA 3UKUB 3DWLA 3C0BA 3CI5A 5ADXA 5E26A 3CJ9A 5AQNA 3QFPA 4BROA 3A5LC 4DQ8A 3LDLA 1E4GT 5AZIB 3WQUA 4MLEA 4MLHA 3VEZA 2P9PB 2AP1A 2ITMA 5TKYA 3O80A 2D4WA 3CQYA 4FOIA 1S22A 2Q31A 4ISEA 4FWLA 3LL3A 4WQ5A 1BA0A 5AQLA 2ZWHA 5AQOA 5JLHA 2YI1A 3UB5A 4BR2A 2YHXA 3C7NA 3H45C 4K41A 5AQSA 1RFQA 2ZGZA 3MCPA 2I7PA 2QM1A 3ZEUA 1NMDA 1SQKA 3RSEB 2PAVA 3DAWA 2UYTA 3QICA 3VETA 1H1VA 3W3DA 3VEOA 2P9NA 2IVOA 3FZHA 1MA9B 2WUSA 5KQDA 3KHYA 1ATRA 3EN9A 4QS9A 3R6MA 1KAYA 1IJJA 3UKRB 4B1ZA 5BPMA 3ATVA 1XUPO 4YDUC 4BRHA 4QS7A 4BC4A 2GWJA 2V7YA 3L4IA 4BG8A 1MDUB 1KAZA 4BR7A 3R9PA 3WXLA 5AQXA 4C23A 1ZXOA 2E2NA 1NGJA 2A5XA 4BGAA 4F9OA 1TYQA 3B8AX 3O4WA 4CZJA 1K8KB 5EOYA 3A5NC 2E20A 5FPMA 3ZETB 4NB4A 1E4FT 4CD1A 1R59O 4FPBA 3ID8A 1HKCA 5BRDA 2Q0UA 1HX1A 1MWMA 2OANA 2Q97A 1ZC6A 1D4XA 2YJEA 1Z6RA 1Z05A 5AFUH 5AQTA 3DJCA 1NGDA 4BRCA 3MN9A 3GBTA 5AQWA 5KPZA 1HKBA 2ASOA 3WXKA 4DCHA 2IVPA 4MO4A 3QFUA 1OKJA 2GWKA 5BRFA 4CZFA 1X3NA 1T6DA 2NRHA 3M1FA 5AQHA 1JCGA 4IZ9A 4CBXA 3WEEA 3ENOA 1BUPA 2P9UA 3SMSA 3GE1A 4BR9A 4BRMA 5AR0A 1X9JA 3IUCA 4H5WA 1NGGA 4WQ4C 2BTFA 3HBTA 1NGBA 2F9WA 2P9KA 2FLOA 2P9SA 3HM8A 4CBUA 4JD2A 1SZ2A 1Y64A 5AQIA 3VOVA 4GNIA 4FWPA 3UE5A 3P4IA 2GELA 4CJ7A 3FGUA 3VGLA 1NM1A 3S41A 3L0QA 3CJAA 3VGMA 4H5NA 3W0LA 1DGKN 3FZMA 3CQXA 1U2VA 2VWBA 2QWQA 1P8ZA 5I9EB 5AQMA 3ATUA 3O5BA 3H1QA 4AM7A 1HKGA 4H03B 2A6AA 1TUYA 4CZEA 1V4SA 2NZTA 4BRPA 3DXKB 3I8BA 4FL9A 1HLUA 4FWMA 3EKUA 3GOIA 4HWIA 4FWNA 2CH5A 2FF3B 2E88A 5F0XA 3H1VX 2E2PA 4CZIA 4I6MB 5EVZA 3C7NB 3WT0A 1GLAG 3SK3A 4BRDA 4EHTA 3IFRA 4BREA 1KAXA 5B8HA 1GLDG 3UKUA 3JXUA 4CD3A 3FR0A 3HSCA 4EIAA 3FE1A 3ENHA 4BC3A 1JCFA 4ISGA 2FSJA 4BRQA 4KBOA 1ATNA 1LCUA 2V51B 3TPQA 4B1WB 1TUUA 5AZIA 3H6EA 3GG4A 3KZBA 4PKGA 1ESVA 3GDQA 4BRNA 1BOTO 3R8EA 5AZJA 5BPLA 3TU5A 4Y0WA 3G25A 3WXJA 5BN9A 3MN6A 3O6WA 4BR0A 1SAZA 3ULEA 5KQ8A 4CZMA 1T6CA 5FPEA 1IG8A 1EQYA 2FF6A 4PKHA 2A3ZA 2NLXA 2YHYA 4YDUA 4H5RA 1HUXA 2QWMA 2E1YA 2PBDA 3AAQA 5AQYA 2E8AA 1ZBSA 3AAPA 5AQJA 2GTDA 4IO8A 1NWKA 4BRFA 3BUZB 3EL2A 3F9MA 1TYQB 3D7EO 3FZKA 3QDKA 3FFKB 4M7YA 3D2EA 2E2OA 4B1VA 5LJWA 2W40A 3HI0A 1HPMA 3LM9A 4PL7A 3ZX2A 5FPDA 3SMPA 5BRHA 4H0YB 5EXWA 2Q0RA 5KPRA 1BA1A 1CZAN 1BO5O 1LOTB 1X3MA 2P9LA 2DPNA 2ASMA 3VESA 4NO7A 5AQQA 2HMPA 5F2RA 3A5OC 4H0XB 4XEIA 1ATSA 1T44A 3H46O 3A8YA 3OHRA 4B9QA 1QQNA 4BRKA 2QWNA 2P9IB 1QQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MWPA 3CCEN 1JLBA 2Q36A 3WEEB 2HHQA 2ZGYA 3V9SA 2O8BA 5ELZA 3IAYA 4DV2K 4FLZA 4FLVA 3AVHA 3VEXA 1BWFO 3L8BA 3WNGA 4FLYA 2FBTA 3KKSA 3TTCA 3OYBA 4DQRA 2HVHA 5LJVA 3RRHA 1QQCA 4M3RA 1RTDA 4HUGA 1UWBA 4BVPA 4BRIA 1NJWA 5SZTA 2V52B 3FLCO 3O08A 4E7JA 3L3UA 4J8FA 5HL7L 1ZBFA 3FZFA 1XMQK 1RT4A 2I7NA 4JHDA 1FK9A 1DTTA 2O8DA 3TANA 3ZSWA 3HXMA 3TWHA 1TKXA 3AARA 3MMVA 5I3UA 4DR1K 3F9KA 3SJHA 4EFHA 4DTNA 3VF4A 4CJPA 4OO1J 2H3GX 4ICLA 4KHPK 5LY3A 4BWJA 3A0IX 3SLCA 3EE8A 4NYNA 3CJBA 3DOKA 4KFBA 4CBWA 1NGHA 4H5TA 2P9NB 5AQGA 1TVRA 2P5OA 4F4KA 4DTXA 5AZJB 3VF6A 4EP4A 3WXMB 1YXQA 4N47A 4WQ5C 3THXA 3DXKA 1JXBA 3BZKA 2KHOA 4FJ5A 1TAUA 3LAMA 4KHSA 3PX0A 3CCQN 5BN8A 3ULEB 2HHHK 5JENA 3NHGA 4R79A 3OYFA 3J81O 1BL3A 2NNWA 3KKRA 4MDAA 1U6ZA 1I3AA 3L2QA 1GLCG 3MX5A 1KFDA 1M1KO 4IJNA 4PKIA 2Q1NA 3ZT3A 4GVMA 1YHQN 2OPPA 3D2EB 4CIEA 1GLEG 4AM6A 3PSFA 1GLFO 1Q8IA 4PY5A 3D0PA 3MXJA 5FRNA 3O1WA 3SAFA 1LWFA 4CF1A 2Z1IA 2KKZA 4ID5A 3UKRA 3U9ZA 4EHUA 5JICA 1W7AA 3OYJA 5AQFA 2HOEA 4A2BA 4CFDA 1W2BM 1W9HA 3SPYA 4ISFA 4H5VA 3QETA 5FPNA 4Z0UA 1V4TA 3S9HA 2CGKA 1W97L 1WBDA 4OPKA 3M8QA 1WN7A 1Q86O 1BCMA 2W42A 1JL1A 3ZT1A 4FOEA 4XH1A 2ZM6K 3TAGA 1T8EA 3C6HA 2IDOA 5F1XA 4E1MA 2OTLN 5ADXH 2FBYA 2KZZA 2ITGA 4RW6A 3TR8A 4AHVA 4FWKA 4JD2B 2ZJQL 1NNEA 3V6DA 3O9QA 4DSLA 4LC9B 3THWB 4JV5K 3HVTA 4JNEA 3QERA 4ELTA 4DFPA 2VGMA 1DEJA 3F5TA 2F7TA 3I55N 1RT6A 2VCPA 4DHYA 4RCHA 2BUPA 1IG9A 1QHTA 4CJTA 4E7IA 3MDQA 2C1GA 1KLNA 4DSKA 2UXDK 4CGDA 3KWIA 5HP1A 2QW9A 4NXNK 3HP6A 4JKGB 3ISNC 2AA4A 5J2PA 4K42A 3VQQA 4K25A 4X64K 2HNYA 1T03A 4DV5K 1G99A 4KB0A 3DWLA 3C0BA 5ADXA 5E26A 2QTDA 3OBYA 4JKCA 4OPAA 3QFPA 3VQ8A 3LDLA 1RCHA 4MDBA 5AZIB 4EZ6A 4FVUA 1N33K 4MLEA 3VEZA 5TKYA 5J1EA 3RMBA 2Q31A 2OA8A 3S3NA 4LF9K 1BA0A 5AQLA 3AO2A 2ZWHA 4CJ4A 5JLHA 2HBJA 3UB5A 3AVMA 2YHXA 5MLCQ 3H45C 3QINA 2WFBA 3K0SA 1YF5L 3DAWA 1VQ7N 1NK7A 3K2PA 4JS4A 2UYTA 3CCMN 1P90A 1VSKA 3VEOA 2P9NA 3KTQA 3FZHA 1SV5A 1S9EA 4IFVA 3C95A 3T1HK 1JL2A 3KHYA 3KIOA 3TABA 2HW3A 4CHYA 3PO5A 3VQ4A 4G9ZA 3LZIA 3U3GA 3KJVA 4E3SA 4L8RB 4C8MA 4B3SK 4BDYA 1NK8A 4IOCL 4BR7A 2F96A 3AO3A 3C65A 5AQXA 3NCIA 4KH6A 2E2NA 4BGAA 2VWKA 5FPMA 3NGIA 3ZETB 4CJLA 4AH9A 1IBMK 4FPBA 3ID8A 4I2PA 2KFNA 2NRTA 3SZ2A 1VSMA 4CGJA 4F3OA 1XNRK 1KVCA 2HMIA 3DJCA 1NGDA 4BRCA 1HKBA 4B9SA 4DV7K 4MO4A 5KI6A 1X3NA 1JCGA 1BUPA 2P9UA 3O3GA 4DSEA 3GE1A 4IO9L 4JI4K 2GX9A 4BRMA 3ZLJA 3LWLA 3ITHA 1RDCA 4H5WA 3NVMA 1NGGA 3SI6A 3BZCA 4C8KA 4LF7K 2BE2A 1NGBA 2F9WA 4JD2A 1REVA 1HJRA 1QE1A 3UE5A 3RRGA 4CJ7A 3MAQA 1BQNA 1TKTA 4DR7K 3O3FA 4YY3K 3S41A 3MWTA 2YHAA 3K9KA 4YFUA 3KK2A 1VQ6N 4H5NA 3SCXA 1DGKN 3FZMA 3T3FA 1BI4A 1YI2N 1SKRA 1QVGM 5I9EB 4DV4K 3L2WA 2RKIA 4W5TA 4H03B 2A6AA 4JRPA 1U4BA 4CZEA 2NZTA 4BRPA 4CF0A 3J7ZO 3EKUA 4JEPA 3HOSA 4FWNA 2XHBA 2E2PA 3L2UA 4IDHA 2VWJA 5EVZA 3C7NB 3V9UA 1GLAG 1LAVA 4B08A 2G8UA 3IFRA 5B8HA 3DOLA 1RNHA 4N76A 2OZSA 4CD3A 4KV8A 3FR0A 4DF4A 1SUQA 1SS6A 1JLCA 2OCEA 1ATNA 3TPQA 1VK0A 1TUUA 4B1WB 4FJJA 5AZIA 1VSHA 5DMRA 3AO1A 4M3ZA 1BOTO 3DLHA 3TU5A 2XY6A 1TKZA 4CVNE 3T1YK 1JXEA 5BN9A 3WXJA 3PX4A 4FJMA 3O6WA 3K5LA 4BR0A 4JI7K 1CZ9A 3QEVA 3HP9A 4RW8A 3S5TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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