4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
molecule tags Structural protein/protein binding
molecule keywords Actin-5C
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
2F9TA 5AQPA 2P9SA 3GL1A 1TYQA 4BRCA 3MK6A 3IDHA 4BC5A 2CH6A 3VETA 4BGAA 2GUPA 3FZKA 1U6ZA 1SZ2A 2A42A 1NGAA 3MN5A 4FO0A 3SMSA 2QXLA 1JCGA 4QS7A 3AY9A 2W40A 3UKUB 5KPZA 1E4GT 5LJVA 4BR2A 3GOIA 3FZLA 2P9SB 1MDUB 1Q18A 1ATSA 4ISGA 3VESA 3U4LA 4DQ8A 1DGKN 3EN9A 1G99A 3ULEA 4CBWA 2CH5A 3HSCA 3IMXA 1Y64A 2P9PB 4BRNA 4CZFA 1T6DA 3VEVA 4XEIA 3J8AA 2P9LB 1ZXOA 2P9NA 4WQ5C 2QW9A 1NGDA 4BREA 4K42A 4YDUA 5KPRA 1NBWA 4I6MA 1GLCG 5AQXA 1YUWA 4BRGA 3VGMA 3GE1A 3ATVA 4FWKA 3UKUA 3RSEB 2YI1A 3HI0A 1GLJO 2A3ZA 2FF3B 2A41A 1KXPA 5AQGA 3DJCA 3GDQA 5EX5A 1DEJA 1WUAA 2A40A 4H0OA 2FSNA 1BG3A 4ISEA 3VEZA 3P4IA 5EXWA 2FSJA 2E1YA 3UKRB 2IIRA 4CZMA 4H0XB 2PBDA 4BC2A 1TUUA 1YXQA 4AM6A 4RCHA 5AQTA 3VGLA 4CI6A 5AZJA 2VYPA 1NGHA 3EL2A 2QWNA 4MO5A 3VEOA 2IVOA 5TKYA 1BWFO 4Y0WA 2P9IB 4J8FA 1D4XA 3CJ9A 5ADXA 3EZWA 3H46O 3MN6A 2A5XA 3CQYA 1RFQA 3LM9A 3LDLA 4IJAA 3I33A 2BTFA 4BG9A 3SK3A 3ZETB 4JN4A 4FWSA 5AQYA 1XUPO 4B1YB 3WQUA 3ZX0A 3QFUA 3QMLA 4PKIA 1NLVA 5BR9A 3BF3A 4WQ5A 3WUHA 4CBUA 3M1FA 2D1KA 5JMVA 3L0QA 4BRKA 3KZBA 2YJEA 5BRDA 1MWMA 1GLAG 3A5LC 4GY2B 2BUPA 4CZIA 4BQLA 5BPLA 3HBTA 4BVPA 5FPNA 2HF4A 5AZJB 3GG4A 1Z05A 2FXUA 5AR0A 3ZETA 3WT0A 5I9EB 4FWLA 4BRIA 1QZ5A 1X9JA 4YDUC 4NB4A 4H0PA 3MN9A 4RWTA 5AZIB 3W3DA 1SAZA 5BPMA 3ZX3A 2QWRA 4FWRA 3FLCO 2Q31A 1NGFA 3DXMB 1T6CA 2AA4A 2CGKA 2J4RA 3AARA 3C7NB 1S22A 2GWKA 4FWMA 4BC3A 4BGBA 1LOTB 3LDNA 2FF6A 2I7NA 1KAYA 4JAXA 2V51B 2ZGZA 4BVOA 2ITMA 3WEEB 5FPMA 4O5FA 5JICA 3G25A 3UE5A 5ADXH 4EFHA 3DXKB 3FR0A 4Z94A 1QQOA 5AQUA 3FFKB 4MLEA 3U8XA 3CJ7A 2V7YA 3L4IA 2E2NA 4FPBA 1BA0A 2KHOA 5FPDA 2VWBA 1NGJA 4IJNA 1K8KB 3WEEA 2W41A 2Q0UA 2I7PA 4BR9A 3RSEA 2IVNA 5AQNA 1GLEG 1QQNA 2ZWHA 3U9DA 3BP8A 4FWQA 2D4WA 4O8KA 3CQXA 1WOQA 1HKBA 3IUCA 3O1BA 4FWNA 1HLUA 2AP1A 4BRHA 1ZC6A 3ID8A 1NWKA 1NGEA 3R9PA 2ASPA 3VENA 4MLHA 3HM8A 4IZ9A 1BOTO 4BRDA 1BO5O 2GWJA 3LDPA 4H5RA 3HZ6A 1NGCA 3LL3A 3UB5A 3EKSA 4WYBA 1ZBSA 3CJAA 3H3OB 2P9UB 2E2QA 3AAPA 3GBTA 3SMPA 2GEMA 3M6GA 4B9QA 5BN9A 4CD1A 1JCEA 4H0TB 1KAXA 2OANA 1Z6RA 3M3ZA 3VEWA 1E4FT 3D2FA 4PKGA 4B1XB 3MMVA 5LJWA 4KBOA 2NRHA 3ULEB 2IVPA 2QWMA 2HOEA 1BU6O 3TU5A 3VEYA 2P9KB 3JXUA 3FZMA 3A0IX 3JS6A 4BROA 1GLLO 3MCPA 2GTDA 2E8AA 4PL7A 4NO7A 1EQYA 5AQFA 2YJFA 3ZEUB 1X3NA 4GNIA 2Q36A 3CJCA 1IJJA 2Q0RA 4H03B 4H5NA 4A2AA 4DHYA 2NLXA 1C0GA 3DWLA 3SLCA 3O4WA 4M63C 1SQKA 4CZHA 2YCHA 3BF1A 2P9NB 3EO3A 1ATRA 5B8HA 4BRMA 4AM7A 4LC9B 4FL9A 4L3QA 4BRFA 2CGJA 1V4TA 1YAGA 3HTVA 1R59O 1RDWX 2P9IA 4BRAA 3BEXA 3O08A 3MDQA 4FWPA 4EHUA 1U2VB 1HX1A 3O5BA 2E88A 2FSKA 1ESVA 5AQVA 4ISFA 2YHWA 3A5OC 3BUZB 4JD2B 1H1VA 4XH4A 3CJBA 2D0OA 4F9OA 5LY3A 4MO4A 1HKGA 4WQ4C 4CBXA 1K8KA 1MA9B 4HWIA 4H5WA 1MWKA 1QQMA 1T44A 2ASMA 5AQRA 4BRLA 1HJOA 1JCFA 2Q1NA 3I8BA 3D2EA 3CHWA 4BC4A 1BA1A 1GLDG 4H0VB 4B1VA 2P9PA 4PL8A 4WQ4A 1OKJA 3U9ZA 1P8ZA 1NGBA 5BREA 4H0YB 3H1QA 4IWVA 4RTFD 3EKUA 5KQDA 3SJHA 5AQHA 4QS8A 3WQTA 4CZGA 2E2PA 2H3GX 5EOYA 4BQZA 1NMDA 4BR4A 1BDGA 2WUSA 3H6EA 4PKHA 1LCUA 3O80A 4B1WB 4CZJA 1NM1A 2P9LA 3CJ1A 3UKRA 3B8AX 2QWQA 3FZFA 4CZKA 3CI5A 3KVGA 3VF4A 3VERA 3MN7A 2QWOA 3TPQA 3O8MA 1QZ6A 5BPNA 5KQ8A 1J6ZA 5AQKA 3DXMA 3L6QA 5KPTA 2YHXA 3ENHA 3VF6A 3WXIA 3LM2A 3QDKA 4M7XA 4B1UB 5AZIA 1TYQB 3A8YA 1NGIA 2Q97A 4H5VA 5BRHA 4E1JA 4DCHA 3D2FB 2HMPA 5CE3A 3H1VX 3R6MA 4A2BA 5AQZA 2QWLA 3CIPA 3C0BA 4CZEA 4JHDB 3WXLA 3A5NC 4IO8A 2QWPA 3F9MA 3OHRA 3CERA 3WXKA 1ATNA 1TUYA 4EAHD 4JNEA 4BRPA 5F0XA 3DAWA 2QM1A 4CJ7A 5EVZA 5E84A 3VOVA 5AQJA 2DPNA 3D7EO 5AQIA 3QICA 2E20A 5AQOA 2UYTA 1C0FA 3ATUA 5FPEA 3QBWA 1KAZA 2CGLA 2PAVA 5EY4A 3DXKA 3H3NO 4XH5A 3QFPA 3WXJA 1XC3A 1YVNA 2D0PA 5AQQA 3QB0A 4BG8A 3LDQA 4H5TA 4JD2A 4HTLA 3A5MC 4I6MB 3VGKA 1XQSC 4CD3A 3QBXA 5E26A 1X3MA 4CZLA 3O1WA 2YHYA 4FOIA 2E2OA 4B1ZA 4FWOA 1GLFO 4K25A 4BRQA 2ZF5O 4DB3A 2V7ZA 5AQSA 1U2VA 4A62A 4FOEA 2NZTA 2F9WA 2ZGYA 2V52B 5ELZA 2EWSA 4C23A 3C7NA 5F1XA 3VEXA 5AQLA 2P9KA 5JLFA 5AQMA 4A61A 3ENOA 4BR0A 1DKGD 3ZX2A 2Q2RA 1V4SA 3D2EB 5AFUH 3O6WA 5AFUA 4M7YA 1CZAN 3R8EA 5BN8A 4EHTA 2ASOA 1IG8A 4FSVA 3ZEUA 3KHYA 4K41A 2VCPA 3IFRA 1RGIA 2HF3A 1QHAA 1GLBG 3VPZA 1S3XA 3LDOA 4FPAA 3H45C 1BUPA 1NGGA 3W0LA 2E1ZA 3VF2A 4XH1A 4BR5A 5F2RA 3FGUA 3FE1A 5AQWA 1HUXA 1HKCA 4BR7A 5BRFA 4QS9A 4IXCA 4K43A 4JHDA 3S41A 2FLOA 3FZHA 2P9UA 2A6AA 3AAQA 2GELA 1HPMA 3CETA 4EIAA 5JLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVKA 1S1TA 1VQMN 1X9SA 3I0SA 1U6ZA 2IAJA 4FO0A 3IRXA 2ETJA 3SMSA 2UUBK 2QXLA 3KLFA 2XY7A 4BR2A 3GOIA 1N8RO 3MXIA 2VQEK 3PV8A 1IKYA 3ULEA 3AV9A 4ICLA 2P9PB 4W5TA 1TKDA 4CF0A 4HUGA 1HPZA 4DS5A 3PIOL 3QEXA 4WQ5C 1NBWA 2YKMA 2GX9A 4HVJA 4BRGA 3KK3A 5HRSA 1L3SA 3O4NA 5DM6L 3NHGA 2YI1A 2A3ZA 1RDBA 3MAQA 4K0KK 4DFPA 2FBYA 1J5EK 3JYTA 4OKEA 1KXPA 3P38A 5AQGA 3C6TA 4YFUA 1RDCA 1WN7A 3G71N 3OYKA 1HMVA 3I55N 4C1NK 1DT9A 2IIRA 4CZMA 3VA3A 3EYZA 4CFBA 2HHUA 3VGLA 1NGHA 1TL1A 3VQ5A 3NMUA 2IVOA 1BWFO 4CK3A 2KQ2A 3RRGA 1BQNA 1JL2A 1VQ8N 1RT2A 2JWLA 1RFQA 3LDLA 4IJAA 2X74A 4PUOA 3HL8A 2IS3A 3ZETB 4KTWA 1NK5A 3WQUA 3NDKA 4JI6K 3PSIA 3BF3A 4WQ5A 5CYQA 3T7ZA 3KZBA 4Z4CA 4CIFA 1GLAG 4J2DA 1T03A 2X6NA 1W2BM 3TTCA 3NH2A 1KLMA 5AR0A 4Z4EA 1HNIA 3NF7A 1RDDA 1VRTA 2EHGA 1RT5A 3O9SA 3P5JA 4YDUC 4NB4A 4H0PA 3MN9A 2D0BA 3VQ8A 1SAZA 3K58A 5BPMA 3ZX3A 3K9JA 4CK1A 3DI6A 4FWRA 1QHTA 2Q31A 2CGKA 4BGBA 1HQEA 3HPGA 5FPMA 1VSLA 5ADXH 4CHPA 1U04A 3AO5A 3FR0A 4Z94A 4DR5K 1WAFA 5AQUA 4FLTA 4MLEA 1BI4A 4BY9C 2B4JA 3CF5L 3TWHA 3L4IA 2KHOA 1NGJA 1EETA 1K8KB 2W41A 2Q0UA 2I7PA 5AQNA 1TK8A 5FLXO 1GLEG 2ZWHA 2D4WA 4DU1A 3IUCA 1SKWA 3O1BA 1ZBLA 2AP1A 2OA8A 1RDUA 1HYZA 1NWKA 4MFBA 1NGEA 3R9PA 4U7BA 3VENA 4NYNA 4UQGA 5CR4A 4IZ9A 4CEAA 1W0HA 3QESA 4Y1CA 2F8TA 4FJXA 1DTQA 4F3TA 4Z4FA 3LAMA 1NGCA 3T1AA 3VQQA 3UB5A 3H3OB 3C95A 2P9UB 3KLGA 2E2QA 3SMPA 4JKEA 4DG1A 2GEMA 1HYVA 5BN9A 2YNFA 2WONA 4C8KA 3SAHA 3VEWA 4F2SA 3LP2A 1L3TA 1EX4A 1RDAA 5SZTA 4FZXC 3PSFA 3QETA 2QWMA 4CHOA 3U6FA 1XMOK 4NLCA 4ZHRA 1Q81O 4KKOA 3CM5A 3VQ6A 3WNFA 3KTQA 3K0SA 1ASUA 1EQYA 4GNIA 1UAXA 3RTVA 1NK4A 4H03B 2BANA 1IV0A 3AVAA 4H5NA 5M1PA 2G8IA 1C0GA 4GV3A 3TANA 4Q0BA 4YOYA 2BH1A 4E19A 5GINA 4M63C 3HSTB 4OPJA 2HHSA 3AA5X 3PIPL 3BF1A 4A57A 3ALYA 5C25A 4KH4A 3LWLA 2NRXA 4CJEA 1YAGA 4HTUA 1R59O 1RDWX 4FLUA 2KZZA 3BEXA 3AVGA 3MDQA 4DV0K 3UIQA 3U3GA 1U2VB 3ZSRA 4FW2A 4JRQA 3V81A 2QXFA 4CF1A 3THWB 4DUYK 1L5UA 4XH4A 3CJBA 5HP1A 3RVCA 4CJTA 1D9DA 3ZYYX 1RTDA 4CHZA 5KTQA 1T7PA 3VTIA 2RHKA 1MWKA 1QQMA 3I8BA 2HHTA 3CHWA 4E7JA 4FK0A 3ZSXA 4BC4A 2PZSA 1GLDG 4H0VB 2P9PA 1NJIO 5GAGP 4WQ4A 1OKJA 1WSJA 1P8ZA 4B9UA 3KK7A 4JI4K 4NCAA 3ULDA 4DR4K 1FKPA 3SBTA 3CQ8A 2H3GX 4FJKA 4B3RK 3DRRA 3ZCMA 4CJWA 1D8YA 3KLEA 3HRGA 2KTQA 3P83D 3RMBA 1NM1A 3OBWA 4E7HA 3UKRA 4B9NA 2QWQA 3CI5A 1VQKN 3KVGA 1S1XA 3VF4A 3V1OA 4LF7K 2C1IA 1VQ6N 4YOWA 1WSIA 4KTQA 1SKSA 2YHBA 4JKHA 3K9KA 1JLGA 2D0AA 1NJYA 4RW8A 5M1OA 3VF6A 4GMJB 1UOCA 4M7XA 4EP5A 4JS4A 5M1NA 4PA1A 2OPQA 1WSHA 3WNHA 3RMAA 3A8YA 4H5VA 3QEVA 4E1JA 2HMPA 3H1VX 3R6MA 3V1RA 3PUFA 4CHQA 4JHDB 2QWPA 3I8DA 3CERA 2IOCA 3CM6A 1S5JA 1TUYA 5GADP 3M8PA 4CJ7A 4BWJA 3V4IA 4FJ8A 3VOVA 1DTTA 2OCEA 4C1NI 1A5WA 1Z25A 2UYTA 4DSFA 1YHQN 2OPRA 3ATUA 5FPEA 1TL3A 2CGLA 2HW3A 4I7FA 2Z1HA 3TTDA 5AQQA 1JLBA 3LDQA 4HTLA 4I6MB 3CCVN 3C65A 4X64K 4CZLA 1HNXK 2F96A 4X66K 4B1ZA 4ELTA 4RW4A 4K25A 3FFIA 2ZF5O 1B9DA 1BCMA 5AQSA 4CVNE 4DV1K 3ZLJA 4CCHA 3TSUA 4IG0A 4DFKA 4HCBA 4C23A 5F1XA 4O0JA 2P9KA 2O8BA 1SL1A 3ENOA 5HRNA 1SL2A 4CEOA 3HK2A 3MEDA 1V4SA 2ZM6K 1NKBA 3D2EB 5AFUH 3O6WA 3OS2A 1N32K 5JENA 4M7YA 3DLKA 3NGYA 4CJVA 4CJ5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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