4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
molecule tags Structural protein/protein binding
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
4CD3A 4FOEA 4JHDA 5LJWA 2ZGYA 4WQ5A 5AQUA 1TYQB 2I7PA 4FWPA 4EAHD 3CI5A 3C7NA 4BVOA 1SAZA 4L3QA 4BRGA 3QFPA 4A2BA 3ZETB 5BR9A 3GG4A 4H5RA 4PL7A 2QM1A 3FLCO 4XH1A 1EQYA 4CI6A 4BRCA 2E2OA 4BRNA 3F9MA 3LDQA 4QS9A 2QWMA 2Q31A 4BC3A 1C0FA 2FLOA 4FPBA 3JXUA 1NGCA 3D2FA 5BRFA 1T6DA 4H0OA 5AQWA 2P9IA 3AAPA 2YHWA 1CZAN 4ISFA 4FPAA 2D0PA 2F9WA 2P9UA 5AQQA 3VPZA 1JCEA 3EN9A 3HI0A 2BTFA 4BREA 1XUPO 4FWNA 3O1WA 3WEEA 1Z05A 4I6MA 5E84A 3QB0A 3O8MA 3SK3A 4BRDA 3VF6A 4KBOA 5AQGA 2QWQA 4FWOA 3L0QA 4H0YB 4H5NA 4FWLA 5KPRA 5AQNA 4PKHA 3GOIA 2BUPA 1BOTO 4C23A 3CJ9A 3LDLA 1ZBSA 4GY2B 1X9JA 1XQSC 4BR5A 2PBDA 3HM8A 4XH5A 1TYQA 1TUYA 4H5TA 3UKUA 1K8KB 4Y0WA 3O80A 3QBXA 3SMPA 4ISEA 3VETA 3ZETA 2FSKA 2A6AA 5AQOA 1ESVA 4IO8A 1YAGA 2W41A 1V4TA 5FPMA 4BRIA 1Y64A 4BQZA 3CIPA 5EVZA 4K42A 1X3MA 2ASOA 2Q97A 4E1JA 5KQDA 5BPNA 2E1ZA 3R6MA 3VEWA 4BRAA 1YUWA 3BUZB 5AQZA 3FE1A 1HJOA 4QS7A 5LY3A 1ATNA 2P9LA 3VF4A 4EHTA 2D1KA 4JD2B 4MO5A 4XH4A 4DCHA 3MMVA 3VGKA 2YCHA 5TKYA 1IJJA 2ASPA 1XC3A 4RTFD 4K41A 4H0VB 1J6ZA 4MLEA 5AQJA 2QXLA 3WT0A 3SMSA 3R9PA 3O08A 3RSEB 3I8BA 2IIRA 1HUXA 2EWSA 1T44A 3HZ6A 2FF3B 2QWPA 2FXUA 4BR7A 2QW9A 2P9KB 4GNIA 5AQVA 1RDWX 3R8EA 3W0LA 4CBXA 1RFQA 3CQXA 5AFUH 3UE5A 3H46O 3U9ZA 1K8KA 4CZKA 5KPTA 3CQYA 1WUAA 3QMLA 2F9TA 3D7EO 4BR4A 5F0XA 4M63C 4LC9B 3QFUA 4O5FA 4FWRA 1NGDA 1QQOA 3CETA 3FFKB 3EKUA 3H45C 3P4IA 4K43A 1NMDA 5AQIA 4BRPA 3SJHA 4H0TB 1NGIA 3LDNA 5AQTA 4HTLA 4WQ5C 4BR2A 1NWKA 4JD2A 4CZHA 4BQLA 4BVPA 4EHUA 1QQNA 5BPMA 4IJNA 4IJAA 4H5VA 2ASMA 3C0BA 3KVGA 3CJBA 1C0GA 2DPNA 4CZFA 2P9NA 4FWKA 4O8KA 4HWIA 4DQ8A 2FSNA 1QZ5A 2GWKA 1HPMA 2IVNA 2P9PB 2HOEA 2E8AA 3S41A 3WXIA 4CZEA 1Z6RA 4M7YA 3LDOA 2YHXA 4BC2A 2A41A 3SLCA 4IWVA 3CJ1A 4BC5A 5JMVA 1KXPA 2P9SA 2CGJA 3ATVA 4DB3A 1BG3A 3DXMB 4B9QA 3LM9A 5BPLA 4K25A 5KQ8A 5LJVA 4BRLA 2V7ZA 3LM2A 5BRHA 1R59O 4BRHA 2UYTA 2GEMA 3WUHA 3ENOA 4H0PA 1GLEG 3ZEUB 4Z94A 1HKCA 2OANA 1NGBA 5F1XA 3LL3A 5JLHA 3D2EB 3IDHA 3DXKB 4CD1A 1ATSA 4H03B 3L6QA 5ELZA 4NO7A 3GDQA 4WQ4A 2I7NA 2QWLA 4BC4A 2VCPA 3A5LC 1NGHA 5ADXH 3EKSA 4CBUA 1BDGA 1E4FT 4AM6A 3WXJA 3ULEB 1IG8A 1HX1A 1U2VB 2YHYA 5AQRA 1Q18A 4AM7A 4DHYA 4YDUA 4XEIA 2ZWHA 3BF1A 5EY4A 4FWMA 4FWSA 2IVPA 4FO0A 5BN8A 4FWQA 4A2AA 3H6EA 1QZ6A 5B8HA 2D4WA 3FZHA 3KHYA 4RWTA 3U8XA 2HMPA 1MDUB 2A3ZA 2VYPA 4BRQA 1RGIA 1MWMA 1TUUA 3U4LA 4H5WA 1ZC6A 2E2NA 2P9PA 2A5XA 3VERA 4JHDB 3H1QA 1P8ZA 4J8FA 1LOTB 2HF4A 4NB4A 1BA0A 2FSJA 1LCUA 5AZJB 4BRMA 3FZMA 3GL1A 4PKIA 4BGBA 5AQKA 1JCGA 3DXMA 3A5MC 1V4SA 1D4XA 2QWNA 3L4IA 1H1VA 3M1FA 4CZJA 1S22A 3VEOA 3MN6A 1E4GT 5I9EB 3MN5A 1HKGA 2CGKA 3VEYA 3ZEUA 5EX5A 4F9OA 4B1WB 1GLCG 3CHWA 3D2EA 1BUPA 1JCFA 2E88A 4BGAA 2CH6A 3ZX3A 3B8AX 2P9UB 5BN9A 4FSVA 3DAWA 5BREA 1BU6O 3EL2A 1NGJA 3FZLA 1DGKN 3AAQA 1U2VA 1KAYA 5AQLA 2IVOA 3O4WA 3WXLA 3WEEB 4I6MB 3CERA 1YXQA 3I33A 5AFUA 5AQMA 3GBTA 4ISGA 4CZMA 3VENA 3A8YA 2ITMA 4B1ZA 5EXWA 3CJCA 3VEXA 5AZIB 3FGUA 3H3OB 1SQKA 3ZX2A 1NGAA 1KAXA 1QHAA 4CZGA 2GELA 3M6GA 3GE1A 1GLFO 2A42A 5AZJA 5EOYA 3A5OC 3UKUB 3QICA 1G99A 3RSEA 5FPDA 4PL8A 3VF2A 2GWJA 3A0IX 4BR0A 3KZBA 3UB5A 2P9KA 3HBTA 3U9DA 4FL9A 1MA9B 1NM1A 2YJEA 4EFHA 4EIAA 3BEXA 3JS6A 3IUCA 1ATRA 4JAXA 2QWRA 3EO3A 1WOQA 2W40A 5CE3A 2NRHA 4BRFA 4WYBA 1U6ZA 1X3NA 1HLUA 3HSCA 3CJ7A 3TU5A 2P9LB 2YJFA 3MN7A 2NLXA 4IZ9A 2J4RA 1OKJA 2FF6A 1T6CA 4CZIA 3W3DA 1ZXOA 2GTDA 3ATUA 2KHOA 4M7XA 2WUSA 2V51B 4A62A 1QQMA 4CZLA 3UKRB 4H0XB 4B1UB 4MO4A 3VGLA 3ID8A 3BP8A 2YI1A 2Q2RA 3VGMA 5AQYA 5AZIA 1GLDG 2ZGZA 3H1VX 2H3GX 1BA1A 4WQ4C 5F2RA 3EZWA 5AR0A 3IMXA 4QS8A 5AQFA 1DEJA 3LDPA 4BRKA 3QBWA 1BWFO 4BG8A 4B1XB 1BO5O 4YDUC 1HKBA 2AP1A 2NZTA 3WQTA 2VWBA 3QDKA 4CBWA 3FR0A 3G25A 4MLHA 5ADXA 3MDQA 5KPZA 5BRDA 5AQPA 1MWKA 1NGGA 2QWOA 1NLVA 5JLFA 2Q0RA 3C7NB 2D0OA 1S3XA 3A5NC 5AQXA 3J8AA 4B1YB 4PKGA 2V7YA 4CJ7A 3O1BA 1GLLO 3MN9A 5AQHA 2AA4A 1GLAG 3DWLA 3BF3A 4IXCA 4BR9A 3VEZA 2PAVA 3AY9A 3HTVA 2E2QA 4BG9A 5AQSA 4JN4A 2HF3A 3DJCA 3CJAA 3D2FB 4B1VA 3DXKA 2ZF5O 2P9IB 2CGLA 1DKGD 2E2PA 3UKRA 3FZKA 3WXKA 4JNEA 2E1YA 2P9NB 2Q36A 4FOIA 3H3NO 3WQUA 3ZX0A 5JICA 3M3ZA 1NGFA 3ULEA 4BROA 3FZFA 1GLBG 3MCPA 3AARA 4A61A 1NBWA 3OHRA 2A40A 3O5BA 4RCHA 3VEVA 3O6WA 5FPEA 1GLJO 3VOVA 2P9SB 2E20A 5FPNA 3MK6A 5E26A 1KAZA 2Q1NA 3ENHA 2CH5A 2V52B 1YVNA 1NGEA 2Q0UA 2GUPA 3VESA 3IFRA 3TPQA 1SZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CE9A 4CD3A 1T05A 2ZGYA 4WQ5A 4DUZK 1X1PA 4L8RB 1SAZA 4L3QA 4WE1A 2ZM6K 1K9MO 5BR9A 4B3SK 1YTUA 2GBZA 1VSFA 3AA4A 3LDQA 1K73O 4QS9A 1QVGM 2E4LA 3CFRA 3CCMN 1NGCA 3V9XA 1SL2A 1T6DA 5CHIA 3NF8A 3RTVA 4FZZA 4FJ9A 2P9UA 4KV8A 1N33K 4CEFA 3HSTB 3E1YA 3CQ8A 5JS2A 3HI0A 4CHPA 4Z4GA 2BTFA 3QLHA 3OBWA 1XUPO 3CFOA 1U48A 2VG6A 3MEDA 4FWNA 2NNWA 3WEEA 5E84A 3QB0A 3VQBA 3SK3A 4AQYK 1XHZA 4OGEA 3AO2A 4CW7B 5AQGA 3L0QA 2BUPA 3LAMA 4CJEA 3CMAN 4C23A 2BANA 4M41A 1JKHA 3VQQA 2E5LK 1TUYA 1RNHA 1K8KB 5M1KA 3O80A 2WTUA 4QOZB 2E6MA 4ISEA 1WSGA 3VETA 3ZETA 3TAQA 1ESVA 4DLEA 4IO8A 2F8TA 4N5SA 1CLQA 1VSKA 4DTRA 3R1XA 1Y64A 3CIPA 1X3MA 1LW0A 2ASOA 4BRAA 5AQZA 4BE7B 3FE1A 1RBUA 4W5OA 4Y1CA 1ATNA 3O4QA 1KLMA 4EHTA 2D1KA 1LV5A 4MO5A 1CXQA 4X65K 4DCHA 1G15A 3C95A 1QTMA 3T1HK 4IDHA 4K41A 4M45A 1VQLN 4MLEA 3O9SA 5AQJA 3LANA 4GMJB 2I5JA 2QXLA 3NGIA 1DTTA 2W00A 4M42A 4JKBA 4YOTA 5HOOA 1HUXA 1C1BA 3J7ZO 1T44A 4OO1J 4OGCA 3IRXA 4GW6A 1FKOA 2P9KB 4GNIA 4G1QA 5M1OA 2EX3A 2QXFA 3W0LA 2IAJA 2JWKA 1NG9A 3NH0A 1KCFA 1Z25A 4DF4A 3K2PA 3PV8A 2OTLN 1Y97A 4B9MA 4CJ5A 5F0XA 3ZT4A 3CD6N 3U6FA 2WONA 1QQOA 3H45C 4OX9K 4K43A 2BDPA 4GV9A 2KZZA 1OVYA 5AQIA 3SJHA 4H0TB 1NGIA 4FM0A 4AHVA 3IKMA 4IOCL 4KH5A 4CZHA 5GIOA 1U4BA 4BVPA 1QQNA 3KWGA 4WF9L 3OYGA 3HO1A 3NCIA 4IJAA 1K8AO 2ASMA 3CJBA 4PA1A 3CCRN 4NXNK 4DV0K 2YHAA 1ITGA 4HWIA 4DQ8A 3G71N 2KFZA 1WBBA 3F5TA 4CJ3A 2E8AA 1N8RO 4JK8A 1Z6RA 4BC2A 3HRGA 3ISNC 4N41A 3SLCA 5JMVA 4JI6K 2P9SA 1S5JA 3VQEA 4KHNA 3G10A 4B9QA 1NK5A 5J2MA 1WBDA 4CFDA 5KGXA 4PUOA 4OLBA 1TKXA 2O4IA 3O9TA 4O55A 3SAFA 2YNFA 1R59O 2UYTA 3WUHA 3SYZA 4MDAA 1GLEG 1HKCA 2OANA 1NGBA 3ZSZA 3C6TA 4Q5VA 3OYFA 4F8RA 5M1NA 1VSMA 5C2FA 2X6SA 2VCPA 3A5LC 3TABA 3EKSA 1B92A 4CJUA 1TAUA 1J9AA 4LF6K 4CJSA 3S5TA 4GVMA 1HX1A 1U2VB 3SAGA 4YDUA 3OJUA 4I7FA 4XEIA 1SV5A 1XNQK 5HRPA 4B3TK 1B9DA 3NH1A 5GAGP 3L2VA 4N76A 4FWSA 1VSHA 2YNIA 4FO0A 3KHYA 2IOCA 4GV6A 2HNZA 3OS2A 1RGIA 1TUUA 2HHSA 3JYTA 1ZC6A 2P9PA 2ZD1A 3VERA 4JHDB 3SBTA 3H1QA 1P8ZA 1LCUA 2YKMA 4BE0A 2QKBA 3DXMA 3A5MC 4CVNE 2QWNA 3M1FA 1RT3A 2HNYA 3MN6A 4B3OA 4JKEA 4JI7K 3OYAA 5CYMA 3VQ5A 3F2KA 1N34K 4B1WB 2IDOA 5C15A 3MEGA 3F73A 1BCMA 3CHWA 4KRFA 4GKJK 1C0MA 3TARA 3ZX3A 3L2RA 3B8AX 4DQSA 3Q7CA 4KB1A 4AHSA 1HMVA 3S3OA 4KREA 1NGJA 1DGKN 4OKKA 4CECA 2XY6A 4OKJA 2ITGA 1KAYA 5AQLA 3O4WA 4CK2A 1VRUA 3NVMA 4E19A 3I33A 4DTSA 4NCGA 2ZQBA 5AQMA 1RDBA 4B9UA 4KTQA 3VENA 4DSLA 2WC9A 3V9SA 1SQKA 4GKKK 3KD1E 3DRRA 4LF8K 4JS5A 2HHVA 2Z1GA 1QHAA 2XHBA 5C0YA 1GLFO 1S1WA 4JV5K 5AZJA 4DQPA 3TTFA 4IDKA 1G99A 3QEIA 1RT6A 4OPKA 2QI2A 3HYFA 4RW4A 1RDUA 2GWJA 5CZ2A 3VA3A 1HR0K 3OYDA 3PX6A 3K9KA 2P9KA 1NM1A 5HBMA 4EIAA 4BY9C 3QNOA 2Y1JA 4H4OA 2QWRA 2RHKA 4IG0A 1U6ZA 1HLUA 2O8EB 1KLNA 3TU5A 2P9LB 3LZJA 2NLXA 4IO9L 1UA1A 4KTZA 1Q9XA 5KRTA 4KH4A 4Z4IA 4H8KA 3QNNA 4A62A 5JVGL 4BWJA 3ID8A 5J2QA 3BP8A 4YY3K 3VGMA 3AA3A 1VQ9N 4B9NA 4R5PA 3EZWA 4O0IA 4ELUA 4QS8A 3NFAA 3ZCMA 4HUGA 4F2RA 3QBWA 3OA9A 3KLFA 3EE8A 3WQTA 2VWBA 4CJKA 4DR6K 5FROA 4LH4A 3FR0A 4B9LA 5ADXA 3L2WA 5KPZA 2HVIA 3KTQA 5AQPA 1NGGA 3AVBA 2OPSA 5JLFA 2KKZA 2D0BA 2D0OA 5AQXA 1RBRA 3J8AA 4B1YB 2HHHK 4CJ7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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