4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
b'VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
molecule tags Structural protein/protein binding
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
2A40A 1MDUB 3U9DA 2CGKA 4B1VA 4IXCA 2PBDA 5KPZA 1ATSA 3M1FA 4CD1A 1NGFA 2HF4A 4CZKA 1QZ5A 4IZ9A 3OHRA 4FWOA 1XC3A 4BC4A 2CH6A 5AQJA 2UYTA 2D1KA 4DHYA 2P9KA 3UKRA 3C7NA 4PKGA 1BU6O 2FSJA 4QS7A 2GWJA 3VEZA 3CI5A 3FR0A 4FPAA 4JN4A 3UE5A 3AY9A 4BRIA 4BVPA 3QFPA 5AQUA 2BTFA 2P9IB 4BRAA 4XH5A 1GLJO 3D2FA 3VGLA 4WQ5C 2IVOA 3TPQA 3VOVA 1NGJA 4BRNA 3IDHA 4Y0WA 5BN9A 2NLXA 2E88A 2P9SA 2D4WA 3BF3A 3L6QA 3O08A 3UKUA 3WXKA 1YVNA 1NGEA 4B1ZA 4EAHD 4H0XB 5AQNA 4HTLA 1CZAN 3J8AA 1RFQA 4BREA 4A2BA 2HF3A 1D4XA 5EY4A 3LDLA 3UKRB 3O6WA 3A5LC 3C7NB 1P8ZA 2QW9A 3R9PA 1NGGA 1MWKA 4CZHA 4H0OA 4EIAA 3D2EB 5E26A 3FZMA 4MO5A 5JLHA 3FZKA 3VF6A 3CHWA 1BA0A 2FLOA 2E2PA 4A61A 2P9NB 3GG4A 4YDUA 3VGMA 1ESVA 2ZGZA 2P9SB 3CJAA 3TU5A 5KQ8A 4H5RA 2QM1A 3UKUB 3BP8A 3VEYA 3ZX3A 3BEXA 1U6ZA 4I6MA 1GLAG 3O1BA 1HX1A 4B1WB 1KAZA 2QWRA 2YHWA 3HI0A 4CZLA 3MDQA 3UB5A 4M63C 1ZBSA 1JCFA 4XH1A 1TYQA 2A41A 3ZETA 4H0YB 3VEOA 4FWRA 5AQRA 3HM8A 1HKCA 1DKGD 3M6GA 3WEEB 5LY3A 5EOYA 4WYBA 5AQGA 3CJ7A 3F9MA 2CGLA 2ZWHA 4DQ8A 2F9WA 5E84A 4YDUC 3CJ1A 2E1YA 3QDKA 2YJFA 4EFHA 2H3GX 1IJJA 2E2NA 2FF3B 2E8AA 3H1VX 1DGKN 3WXJA 1GLFO 3VF2A 1C0GA 1GLCG 3H1QA 1XUPO 1C0FA 3DXMB 3LM2A 4NO7A 5KQDA 4FOEA 5AFUH 4H5VA 1QQNA 2FF6A 4I6MB 5BN8A 3EO3A 3W0LA 1QQOA 1ZXOA 4BR0A 3WQTA 3FFKB 4BRCA 1LCUA 4BRLA 4IO8A 5AZIA 3WQUA 4BRQA 4FWPA 4HWIA 4KBOA 3A8YA 1TYQB 1EQYA 3ZETB 3MK6A 4AM7A 3HZ6A 3A5MC 4F9OA 2ASPA 1BA1A 1KAYA 3IMXA 5BREA 2ZF5O 1HKBA 3WXIA 4H5WA 4WQ5A 4M7XA 2VYPA 4B1XB 2IVNA 2CH5A 2QWQA 2ITMA 3VENA 3R6MA 1SQKA 1HPMA 3HTVA 3FZLA 5AQFA 3DAWA 4ISGA 2A3ZA 3DJCA 1YXQA 4FO0A 5EXWA 4L3QA 4MLHA 4BRPA 4FWLA 1TUYA 2QWOA 3CETA 5AQPA 5B8HA 3ENHA 3SLCA 4BGAA 3D2EA 1ATNA 2A42A 3A0IX 5AZIB 1YUWA 4J8FA 4PL8A 1LOTB 3ZEUB 4CZEA 4C23A 3H3OB 2GTDA 4ISEA 2P9NA 5AQVA 4JAXA 4BG9A 4BRFA 4CI6A 2D0PA 3ULEB 4BR7A 2A6AA 4BRKA 1JCGA 4RTFD 1NWKA 3G25A 4H0PA 4BR5A 3CQXA 1Z6RA 4RCHA 4MLEA 1X9JA 3VGKA 2I7NA 5KPRA 3EL2A 4XEIA 4BR4A 3BF1A 3SK3A 4FWSA 3SMPA 4FWNA 3L4IA 1E4FT 3CJBA 2WUSA 2W41A 1HKGA 3WEEA 3H45C 3RSEB 5F2RA 4XH4A 4FSVA 2YHXA 2Q2RA 1NGBA 3MN6A 2P9UB 2E20A 2ASOA 3WXLA 3QBXA 2EWSA 3O4WA 4A2AA 2YI1A 4BR2A 1U2VA 5AQYA 5AQHA 4JD2B 4BC2A 3DXMA 3IFRA 3QICA 5AQWA 3U9ZA 5AQSA 5JICA 2Q0UA 2E1ZA 3KZBA 2Q97A 2KHOA 2J4RA 3HSCA 5AQXA 2FSKA 3I33A 5AQZA 2VWBA 4BG8A 3EKUA 1DEJA 5F1XA 2NRHA 4RWTA 4ISFA 3M3ZA 4K25A 3W3DA 1HLUA 3O1WA 3QMLA 5AFUA 3O8MA 3AAPA 3FZHA 4FOIA 1BO5O 1JCEA 1NM1A 1TUUA 3D7EO 1Y64A 1HUXA 1GLBG 4H0VB 3VEWA 3MN7A 1BOTO 4CBWA 5BRHA 1U2VB 4CZGA 4DCHA 3KVGA 3QB0A 3AARA 3CERA 3HBTA 5F0XA 1NGAA 1QZ6A 4JHDB 5AQIA 1G99A 4CBXA 1GLEG 2QWNA 2AA4A 1NGIA 1BG3A 1WOQA 2GEMA 4CZMA 3LM9A 1SZ2A 5BPNA 1NMDA 3GE1A 1ATRA 1ZC6A 4FWKA 2F9TA 3B8AX 3ZEUA 2E2QA 5BRDA 4BQZA 1T44A 2P9PB 2PAVA 4FPBA 1S22A 3QFUA 3MCPA 4BC5A 3ULEA 3GL1A 1V4TA 5BPMA 4IJNA 5LJVA 2QXLA 3BUZB 3LDOA 3DXKB 1NGHA 4FWQA 1SAZA 2V7ZA 4IWVA 4AM6A 4CD3A 1WUAA 4BQLA 3LDNA 5ADXH 2V7YA 2GWKA 3ZX2A 3WT0A 4CZJA 3EZWA 3MN5A 3VEVA 4M7YA 3O5BA 2AP1A 2QWMA 4GY2B 3CJCA 5KPTA 3U4LA 1K8KA 3RSEA 5FPMA 3CJ9A 5EX5A 2FXUA 3IUCA 4EHTA 4E1JA 2P9UA 4CZIA 3ATUA 5AQTA 4B1YB 4O8KA 3JXUA 4IJAA 3GDQA 4WQ4A 5AZJB 3O80A 4JNEA 1MWMA 3LL3A 1HJOA 5EVZA 3S41A 4JD2A 4QS9A 3GBTA 5AQQA 4H5NA 1RDWX 1MA9B 2HMPA 2Q36A 2A5XA 5AQKA 1BWFO 3EKSA 1BUPA 4EHUA 2ZGYA 1GLLO 4K41A 5FPDA 1Q18A 3FLCO 5LJWA 2P9LB 5BRFA 3A5OC 1R59O 2QWPA 1XQSC 3EN9A 1X3NA 2CGJA 3L0QA 2IIRA 1K8KB 4O5FA 4B1UB 4BR9A 1IG8A 1V4SA 2Q0RA 5JLFA 3MMVA 4Z94A 4NB4A 1X3MA 4WQ4C 1NLVA 2IVPA 3SMSA 3JS6A 4H5TA 3SJHA 3VETA 4PKHA 3U8XA 4BC3A 4H03B 3VERA 1NBWA 2P9KB 4QS8A 1OKJA 2Q31A 4B9QA 1E4GT 4JHDA 2E2OA 1J6ZA 5CE3A 3DWLA 5AQOA 2NZTA 3VESA 5JMVA 2HOEA 5AQMA 3LDQA 3H6EA 1KAXA 4LC9B 3ZX0A 3D2FB 1YAGA 2FSNA 1T6DA 4GNIA 4DB3A 3FE1A 2YHYA 1NGDA 2P9PA 1GLDG 5TKYA 5BPLA 4BRHA 3FGUA 4BRGA 4PL7A 5BR9A 4BRDA 3C0BA 2I7PA 3CQYA 3H3NO 1QHAA 3DXKA 3ID8A 1BDGA 2Q1NA 3R8EA 3VEXA 5I9EB 3A5NC 4K42A 4BVOA 4H0TB 2ASMA 4K43A 3P4IA 1Z05A 4PKIA 2V51B 5FPEA 1H1VA 4FL9A 1RGIA 5ELZA 5ADXA 2D0OA 1NGCA 2QWLA 5AR0A 4MO4A 4CBUA 4CJ7A 1KXPA 2V52B 3GOIA 4A62A 3LDPA 3VPZA 5AZJA 4CZFA 2OANA 2DPNA 1T6CA 2GELA 3ENOA 3AAQA 4FWMA 2YCHA 3VF4A 2BUPA 4BROA 3WUHA 3FZFA 3ATVA 2YJEA 4BGBA 5AQLA 3KHYA 2W40A 3CIPA 3I8BA 1QQMA 3H46O 5FPNA 2P9IA 3QBWA 2P9LA 4BRMA 3MN9A 2VCPA 1S3XA 2GUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSYA 3OYIA 3C6UA 4E7KA 4OKKA 4IG0A 2F8SA 4B1VA 1CZ9A 3K2PA 3E01A 4PA1A 1ATSA 4IEEA 4Z4HA 2HF4A 2HHSA 4FWOA 2IGIA 5AQJA 3PV8A 2YNGA 3UKRA 3C7NA 3PX4A 1HJRA 3MEDA 2YHAA 4JN4A 3FR0A 4BVPA 2KKZA 5HLFA 4M42A 4G9ZA 2WONA 1VQ6N 3IDHA 2NLXA 2D0AA 2P9SA 3QLHA 1D9DA 3EE9A 3WXKA 1NGEA 4LFCK 3CM6A 4EAHD 1YJ9N 2QKKA 1CZAN 2GX9A 3TSUA 4KV8A 4A2BA 3F73A 3O6WA 1TKTA 1P8ZA 3AV9A 3J80O 2XO7A 5E26A 4HHTA 4GMJB 3JAMO 4MO5A 3VF6A 3CHWA 1BA0A 5DMRA 3OVNA 1BCMA 4A61A 3ZSWA 4BECA 4CHPA 1C0TA 4CVNE 1BIZA 3UKUB 4LF9K 4NYNA 4F4KA 3VEYA 3NH0A 2HHHK 1RBVA 1HX1A 2QTDA 1KAZA 4H4OA 2QWRA 2YHWA 3QNNA 3UB5A 4CIEA 3SUPA 2A41A 4FWRA 3THYA 1U45A 4KHSA 3M6GA 5LY3A 4WYBA 2C1IA 1WSFA 1RDUA 3DM2A 2B6AA 2ETJA 4CJUA 1NJIO 4EFHA 2YNIA 4AQYK 5C25A 2E2NA 2FBTA 4C8KA 1U49A 3TWHA 1GLFO 2YNFA 4LF8K 5HBMA 1KFSA 1XUPO 1KC8O 1C0FA 3DXMB 4CHYA 4FOEA 1EWQA 2P5OA 4GW6A 4FJNA 3FFKB 4BRLA 1TYQB 4A5BA 1LV5A 1NG9A 3MK6A 4AM7A 3DLBA 3PIOL 3SZ2A 3CC7N 3HZ6A 4F9OA 1KQSM 1BA1A 1KAYA 1DT9A 3IMXA 5BREA 1T03A 1ITGA 4H5WA 1MU2A 1RBSA 4M7XA 3QEIA 1KVBA 2KQ2A 2CH5A 2QWQA 1SQKA 5M1OA 3MXJA 3RMDA 4BE2A 1XWLA 2F96A 5H1SQ 5AQFA 4M3TA 2A3ZA 2G8VA 4CFBA 4FO0A 1J54A 4BRPA 2E4LA 4F8RA 4PY5A 5B8HA 1ATNA 3NF7A 1A5XA 4N56A 3DLKA 1YUWA 2QEXN 4B9VA 4KI6A 4JRQA 4DLEA 1LOTB 4IOCL 4E7HA 3F9KA 4CJKA 4CZEA 4FLTA 3H3OB 3L2WA 1XNRK 1JLFA 3ZT1A 3D45A 2BANA 1BCOA 3CF5L 4UQGA 3KD5E 4JV5K 4PQUA 1NWKA 1VK0A 4JK7A 1QSSA 4DR3K 3AO3A 4CHZA 3OA9A 5C12A 4DTMA 4DR7K 1IKWA 1C1BA 3CCRN 4KFBA 4RW4A 3SK3A 4HUFA 4FWSA 3UIQA 4DU3A 2ZJRL 1HKGA 3OYLA 3H45C 4FJXA 4Y1DA 1YVUA 5M1QA 1OVYA 3HYFA 1NGBA 3PIPL 2E20A 1WSHA 1VAZA 1XNQK 3OBYA 3QBXA 4PWDA 1BIUA 4IDKA 1VRUA 5AQWA 3ZT3A 5HRNA 2BGGA 4W5QA 1ZBUA 2E1ZA 4YFUA 4CW7B 3E66A 2XY7A 1NK5A 4O5BA 3O3GA 2KFNA 2OPRA 3OYMA 5F1XA 3TSPA 4RWTA 4ISFA 3M3ZA 5KRTA 1EWRA 1HLUA 3OYFA 3O8MA 1WN7A 3V1QA 4KTWA 3ISNC 1TV6A 3CPEA 1GLBG 1BOTO 3TSQA 1U2VB 3HOTA 2Z1IA 4CZGA 4DCHA 1K9MO 3AVBA 3V9ZA 4CJ3A 3M8RA 4GVMA 3OYDA 2PY5A 1TK8A 4JHDB 1F21A 5AQIA 1GLEG 4KHQA 3SI6A 4CFCA 3EEQA 1WOQA 3LM9A 1JL1A 4CJQA 4U7BA 3GE1A 1HMVA 4CHOA 5BRDA 4N76A 2O8CA 2P9PB 2FBXA 2F7TA 3ULEA 4GVEA 4B9LA 4CJ5A 4I9QA 3Q7CA 1NGHA 1SAZA 4CD3A 3AO1A 3RMCA 3CYMA 5ADXH 4H4MA 1YJNN 1U04A 3T69A 3VQ5A 4OPJA 4DV1K 4I2QA 2Y1JA 3THWA 3ZSVA 1ZBIA 3U4LA 4CK2A 1N32K 1QS4A 3IUCA 1VQ8N 1W7AA 3OYCA 4O8KA 3GDQA 3P83D 4WQ4A 5C24A 1WSGA 4K8XA 4JNEA 1RNHA 4O44A 4QS9A 3S5TA 1MA9B 2HMPA 5AQKA 1BWFO 4CF2A 4IBNA 4EHUA 2VWJA 4JEPA 4K41A 3LP1A 2QI2A 1UWBA 3FLCO 2P51A 3CC4N 1RBRA 2AJQA 1EP4A 2R7YA 5GIOA 2QWPA 4DUYK 1VSHA 1LWEA 4GV9A 1X3NA 4BR9A 4KTQA 4GKKK 4L8RB 1RDAA 1VSJA 1NK0A 1HQUA 3ZSQA 4CEAA 4X65K 5GAGP 2Q3SA 2IVPA 2X6NA 3JS6A 3KLHA 4R79A 3OYAA 1OKJA 1IKXA 1W97L 2E2OA 1DLOA 3HVTA 1TK5A 2OZMA 4KHUA 3H6EA 2GUIA 1YAGA 4DR6K 1XHZA 4I7FA 4W5TA 4C1NI 4BRGA 5KGXA 1I94K 4IFEA 4I9LA 1I39A 5M1KA 4JKGA 4F2RA 3CQYA 3THVA 1W2BM 1IBMK 1KFDA 3H3NO 4B08A 5T7BA 1BDGA 2Q1NA 4JKCA 4XIUA 3T7ZA 4CJFA 4CEFA 3HT3A 4DV2K 4H0TB 1BL3A 1SS6A 5DK5A 3CMAN 1Z05A 3C65A 2V51B 4BE1A 1NKCA 4IFVA 5ADXA 2EHGA 3AGKA 4MO4A 2HHVA 4ELUA 4B9TA 3GOIA 2YHBA 2O8BB 3MAQA 2OANA 2GELA 1IBKK 3SQ1A 4YOTA 3O9QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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