4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
molecule tags Structural protein/protein binding
molecule keywords Actin-5C
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
2GWJA 3VENA 5AQRA 5KPRA 3VGMA 1RDWX 2HF3A 3SK3A 3CERA 3L4IA 4IXCA 1NGCA 2ZGZA 3FE1A 3FR0A 4XH4A 3UKUA 1NGAA 2CGJA 2GUPA 4H0OA 4B1XB 5BPLA 2FF6A 4BRFA 4BRAA 2H3GX 4PKIA 1P8ZA 2E2OA 2OANA 3D7EO 4Y0WA 4HTLA 1RFQA 1V4TA 2P9IB 3LM2A 1IG8A 1C0FA 4H5RA 1GLCG 3SMSA 2ZF5O 3CJCA 1SQKA 3RSEB 4RWTA 3A5OC 2QW9A 3M1FA 3W0LA 3FZKA 1HJOA 1QQNA 3L6QA 3GL1A 1HUXA 3O6WA 4QS9A 4I6MB 1YXQA 5JLFA 2PAVA 2CGKA 3G25A 4FOEA 5BREA 1QZ5A 1MWKA 4JAXA 4NB4A 2CGLA 1ATRA 1HKGA 2A41A 3CJ7A 4IJNA 4BR2A 3WUHA 1T44A 4CBUA 2F9TA 3DWLA 5AQFA 2E2QA 4A2BA 1YUWA 4DB3A 1LCUA 2HMPA 3VF4A 3HM8A 4BG8A 1R59O 4FWOA 3WXKA 2QWQA 1XC3A 4DCHA 2ASOA 1U6ZA 3QFPA 3D2EB 2Q2RA 3F9MA 2Q0UA 1Y64A 2HOEA 4PL7A 5AQVA 2D4WA 5LJVA 1GLLO 1ZXOA 5FPDA 5EOYA 4A62A 4CZMA 3BP8A 1NLVA 5BN9A 4BR4A 3CIPA 3GOIA 5AQYA 4MO4A 2V52B 1QQMA 3ZETA 1U2VB 1WUAA 4FWSA 4BRLA 3MCPA 3A8YA 3HI0A 4XH1A 3UE5A 3UKUB 3VOVA 2I7PA 4BQZA 3QICA 1BG3A 1BDGA 4CZGA 3VEWA 4AM6A 1GLEG 4BRMA 2YI1A 5AQQA 4IZ9A 3B8AX 3MMVA 4BC3A 4CZEA 1GLDG 4B1YB 2V51B 3U9DA 4BRDA 4ISGA 2GELA 4CZIA 4FWKA 3M3ZA 3ATUA 5EVZA 4IJAA 3ZEUA 5EY4A 1TUUA 2W40A 4M7YA 4K42A 1ZBSA 3DXMB 5F2RA 5CE3A 3CQXA 5AQIA 2VCPA 3ZX2A 1NGDA 2NLXA 3WEEB 3DAWA 5BRDA 2P9UB 5LJWA 5AQMA 4K25A 5AQGA 2P9KA 3VEXA 3MK6A 1RGIA 5BN8A 3R9PA 1T6CA 5AQHA 4JHDA 2QWRA 4FWPA 5JLHA 4CD3A 3D2FB 2FSKA 3LL3A 3FZFA 2FF3B 3H46O 5ADXH 3D2FA 1YAGA 4LC9B 3SMPA 5TKYA 3BEXA 3TPQA 3VGLA 3SLCA 3BF3A 3ENOA 3MDQA 1BO5O 4ISEA 4CBWA 1S22A 3WEEA 5AZIA 2QWOA 5FPMA 4BGAA 3I8BA 1TYQA 3LDQA 3A5MC 3EL2A 5LY3A 4YDUC 3DXKB 1NGHA 2E1ZA 2IVNA 4EAHD 2DPNA 2Q36A 3ID8A 3O80A 4H0PA 1KAYA 1BUPA 1BOTO 3ZX3A 5AQUA 4BR9A 3EN9A 4XEIA 4BRIA 1KXPA 5KPZA 4A2AA 4H5WA 5FPEA 4BR7A 5AFUH 5AQPA 2YHXA 3U8XA 4NO7A 5I9EB 1NM1A 2Q97A 3VEYA 3LM9A 3WXIA 5E84A 2GTDA 1QHAA 1DKGD 3HBTA 2PBDA 4M63C 4ISFA 5BPMA 1QZ6A 4HWIA 5BR9A 3JXUA 3C7NB 3VEVA 4WQ5C 2NRHA 3M6GA 1E4GT 3BUZB 5AQJA 3R8EA 2VWBA 5BPNA 5BRFA 3AARA 4C23A 4K43A 2E88A 3VF2A 3QBWA 5EXWA 2J4RA 5AQZA 4Z94A 2QWNA 5BRHA 1K8KA 4CJ7A 4FOIA 3R6MA 4FPBA 3H1QA 3ATVA 2W41A 4CZLA 4BC4A 2YJFA 4WQ4A 4FWNA 2IIRA 4JNEA 3MN6A 3EKUA 2QM1A 1G99A 1JCGA 4FWQA 4KBOA 4B1VA 3J8AA 4PKGA 1GLBG 5JMVA 3MN5A 4BG9A 3AAQA 2P9NB 3KZBA 3BF1A 5E26A 5F0XA 5AQSA 2IVOA 5FPNA 4DQ8A 3P4IA 1JCFA 5AQOA 5AZJA 3HSCA 3CJ9A 2YJEA 2E8AA 2E20A 4BREA 3WT0A 3UKRA 4H0TB 5AZJB 4YDUA 4BRKA 3CJ1A 3AAPA 1EQYA 2VYPA 5AQXA 2FLOA 1BA1A 3U4LA 3IUCA 4A61A 5AQTA 4CZJA 5AQLA 3GDQA 3UKRB 4FPAA 1ESVA 2ZGYA 1HPMA 2P9PB 4WQ4C 4K41A 3GG4A 4O8KA 2P9LB 2P9KB 5KPTA 2YHWA 4WYBA 1MDUB 4AM7A 3QBXA 1ZC6A 2ASMA 2FSNA 2P9SB 4RTFD 4BQLA 1WOQA 3EKSA 4FL9A 3VF6A 4MLHA 3TU5A 2QWPA 1NGFA 3MN9A 5JICA 2P9NA 4XH5A 4QS7A 3FZHA 4MO5A 4H5VA 3AY9A 3O4WA 1X9JA 4CD1A 1ATSA 3FLCO 2I7NA 2D1KA 3QDKA 2QXLA 3QMLA 1V4SA 4E1JA 1MA9B 3C7NA 5KQDA 2ASPA 4I6MA 3CHWA 3A5LC 3OHRA 4MLEA 3H3NO 2AP1A 1KAZA 3O08A 2UYTA 1QQOA 1H1VA 1SZ2A 3ENHA 3RSEA 4PKHA 4BRPA 4FSVA 3FGUA 2A5XA 2D0PA 2HF4A 3MN7A 3H6EA 4PL8A 3ULEB 4EFHA 2A42A 2P9IA 4FWMA 4GY2B 3VETA 4M7XA 3VEZA 4EHTA 2A40A 3U9ZA 2WUSA 3CI5A 4L3QA 1ATNA 3O1BA 3W3DA 3UB5A 4H5TA 4H0YB 3VERA 3A5NC 4B1WB 3O5BA 4BR5A 3CETA 3ZX0A 2AA4A 4EIAA 2A3ZA 1SAZA 4B1UB 2ITMA 3L0QA 4JD2B 3D2EA 5B8HA 4BRHA 1GLFO 1Z6RA 3IDHA 4CZFA 3ULEA 5ADXA 1T6DA 1HKCA 2CH5A 1GLAG 4BC5A 1NGIA 4BVPA 2V7ZA 4FWLA 1C0GA 4QS8A 3HZ6A 2V7YA 3CJAA 1X3NA 3HTVA 1TYQB 4BRNA 4EHUA 3VESA 1J6ZA 2EWSA 1Z05A 3FFKB 1D4XA 3ZETB 4H0VB 4H5NA 4J8FA 3KVGA 1NGGA 2E2NA 4JN4A 5AQWA 2Q0RA 3C0BA 3O1WA 4DHYA 1E4FT 2E2PA 1OKJA 5KQ8A 4BGBA 4CZKA 3IMXA 4FO0A 1GLJO 4IO8A 3CJBA 5AR0A 3SJHA 1LOTB 1DGKN 2QWMA 3CQYA 3LDNA 5ELZA 3WQUA 2FXUA 4FWRA 3LDPA 3WQTA 4B9QA 1HKBA 3DJCA 2Q1NA 2A6AA 3S41A 2P9UA 1CZAN 2P9PA 3GBTA 4O5FA 4BR0A 1MWMA 1NGBA 3JS6A 3VEOA 3DXMA 2IVPA 5AQNA 3QFUA 3DXKA 4H03B 2P9SA 1S3XA 1YVNA 4CZHA 3O8MA 3ZEUB 2GEMA 1HX1A 3LDOA 5AQKA 4BRQA 4RCHA 1XUPO 1BWFO 4BROA 5AZIB 1U2VA 1NGEA 3H45C 3EZWA 1NMDA 3FZMA 4IWVA 2YCHA 4CI6A 3EO3A 5AFUA 4F9OA 3WXJA 3KHYA 3GE1A 1JCEA 3LDLA 1NWKA 2F9WA 2FSJA 4JHDB 2D0OA 2QWLA 3A0IX 1TUYA 1DEJA 1X3MA 1BU6O 2GWKA 4BVOA 1HLUA 1XQSC 4H0XB 3H1VX 3H3OB 2KHOA 3FZLA 1NGJA 3QB0A 2Q31A 2NZTA 3VPZA 1IJJA 2CH6A 1K8KB 3VGKA 4CBXA 5F1XA 4B1ZA 2BUPA 3IFRA 1BA0A 4GNIA 5EX5A 2P9LA 2BTFA 4JD2A 4BRGA 4BRCA 3I33A 1Q18A 1KAXA 1NBWA 2ZWHA 4BC2A 2E1YA 3WXLA 4WQ5A 2YHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CK2A 2P5GA 3VGMA 2NRRA 3DLRA 3SK3A 2HNYA 5LL6Z 3L4IA 4CHYA 2ZGZA 1HNZK 4KHSA 2CGJA 5BPLA 4B1XB 1U04A 3LZJA 3DLGA 4BRAA 3E01A 3VQ6A 4ELTA 1RFQA 1T05A 3DLBA 4LSLA 3OY9A 3T3FA 3SMSA 4AQYK 3LWLA 3A5OC 2QW9A 3W0LA 3H08A 1QQNA 3L6QA 4BDYA 3GL1A 4KB0A 2R7YA 5KRSA 3HK2A 3ZSOA 5GAGP 2IAJA 3K5OA 2PAVA 5M1NA 3F73A 2CGKA 4H8KA 1MWKA 4B8CA 5FRMA 1TKXA 3NH2A 1ATRA 1YT3A 3ZSZA 4BR2A 1T44A 4CBUA 3DWLA 2E2QA 1YUWA 2HMPA 3DI6A 4BG8A 4GMJB 1MU2A 3TAMA 1Q81O 4DCHA 1YJ9N 1U6ZA 3QFPA 4ID5A 5KGXA 1EP4A 3MEEA 3SUOA 1VSFA 3AVGA 5AQVA 3CCRN 1DTQA 2QI2A 5FPDA 4DTPA 4A62A 1NNEA 1D9DA 1N32K 5BN9A 1CZ9A 3CIPA 5JVGL 3GOIA 5AQYA 1ZBFA 4JI4K 3AGKA 1HYVA 4H4MA 3IG1A 4FWSA 4BRLA 4FJ7A 3NVKA 3CCQN 4ID1A 3VOVA 4BQZA 3EZ5A 3VQDA 1GLEG 5H1SQ 4M3WA 3I0SA 1NK0A 1C0MA 3RR8A 4BC3A 4CHQA 1OVYA 2V51B 1IO2A 2NUBA 4OVLA 1S72N 2GELA 3NDKA 4QOZB 4AHRA 3ATUA 5EVZA 4IJAA 1YITN 2G8IA 4PUOA 1ZBSA 4E72A 3DXMB 3SYZA 3THXA 3I0RA 4ELVA 4CGDA 3K9KA 1TGOA 3DLHA 3N4QA 5AQMA 3VEXA 2W00A 4CD3A 3AVLA 1M90O 2YV0X 2DFFA 3BEXA 3OYDA 4CJEA 1JL2A 4ILHA 1VSKA 4C8NA 3WEEA 5C2DA 4KH5A 1KLNA 4A5BA 4RW7A 1W7AA 1HRHA 1A5XA 4YDUC 4JI3K 1EETA 1NGHA 1RCHA 2OA8A 1RT2A 3A2FA 2G8WA 3ZSXA 1KAYA 3OYLA 3CCJN 1RBSA 4BRIA 1KXPA 4C1NI 5FPEA 5AFUH 2YHXA 3EYZA 1NM1A 1WAJA 5E84A 2GTDA 1DKGD 3ZT0A 3NGYA 4M63C 2P5OA 3QEVA 1JL1A 4CJFA 1KC8O 3V9ZA 4BWJA 4E19A 4BE0A 1YTUA 3THYB 3JXUA 1TL1A 1C0UA 3VEVA 1ZBUA 2NRHA 5AQJA 2UUAK 3R8EA 2OYQA 4DTUA 4CEQA 3CMAN 3QBWA 3KWIA 4DS5A 2IOCA 3CM5A 4J2EA 2QWNA 5BRHA 3HPHA 4CF1A 4FPBA 1WSGA 2XY5A 3O9QA 3PIOL 4Z0UA 2HMIA 2HVIA 3QNNA 4JKDA 4E7IA 1W2BM 4YY3K 4FVUA 1G99A 1JCGA 4PQUA 4L8RB 1GLBG 5JMVA 4BG9A 3KZBA 3PY8A 3BF1A 5E26A 4CJKA 5FROA 3LANA 5J2QA 4LF6K 2IVOA 4O55A 4ELUA 4FJXA 1IKWA 3P4IA 3E9LA 5AZJA 4F4KA 4OPHA 2OTJN 2HHQA 5IT9O 3NHGA 5HRSA 3SZ2A 3JSMA 4O5BA 2NRVA 3U4LA 3D0PA 1BA1A 4JYAK 4FJNA 3SV3A 2O8FB 5AQLA 3GDQA 4JKCA 2BGGA 3BDPA 3AVJA 4M3UA 3QIOA 3RRHA 5KPTA 3EE9A 4WYBA 1MDUB 3QBXA 4EP5A 3CFOA 3D6RA 3CFRA 3VF6A 4JS4A 3KLGA 5JICA 4HUGA 4H5VA 3O4WA 3DMJA 1YIJN 4IBNA 4PHTX 1ATSA 4GV6A 3FLCO 2D1KA 5J2NA 4E7KA 3QMLA 1MA9B 3WNGA 2RHKA 4I6MA 1SKWA 3A5LC 3OHRA 1K9MO 3HPOA 2O8FA 3O08A 3SQ2A 1I39A 4X66K 4PKHA 3MXIA 4BRPA 4CEEA 1K73O 2HF4A 4DR4K 2A42A 2P9IA 3RMAA 1J5EK 4GY2B 4K8XA 3OYCA 4M7XA 4DU1A 4QCLA 4OJRA 4DV1K 3O9TA 1NJWA 3JYTA 3T69A 2UXCK 3CI5A 3I55N 1Q9XA 2OPQA 3ZT2A 3O1BA 1WSEA 2C1GA 3V4IA 4EIAA 1SAZA 5CYQA 1YTAA 3OYKA 4M3XA 5KI6A 4Z4IA 2ITMA 1Z6RA 1GLFO 1C1BA 3IDHA 1T6DA 3KK2A 4BVPA 1NGIA 4FWLA 4BRNA 3HZ6A 2V7YA 3CJAA 3HTVA 2QKBA 1TYQB 3V1OA 1BISA 3SNNA 3VTIA 1WLJA 4CVNE 1D4XA 5DK5A 3VQ7A 4FZXC 4J8FA 3KVGA 4CESA 1NGGA 2E2NA 4JN4A 1OH6A 3HP9A 4O4GA 4OKKA 4R79A 1U4BA 1SL2A 2Q0RA 1VQON 3IKMA 1E4FT 1OKJA 3TANA 3IMXA 1CZBA 4B9UA 3LP2A 4JI1K 3MX2A 5JVHL 1XWLA 3SJHA 1DT9A 1DGKN 2QWMA 3LDNA 4QAGA 3WQUA 3AVBA 5CZ2A 4FWRA 3SBGA 3E9OA 3WQTA 4B9QA 1HYSA 1YHQN 2YX6A 1S1WA 1VQPN 5GINA 2OPRA 4O5FA 1LV5A 1HR0K 4FK2A 1ASWA 2HSTA 2RE2A 1N5YA 1NGBA 2QK9A 5AQNA 4F2RA 4MDAA 1K8AO 2P9SA 5LMUK 3F2KA 4ILJA 4DS4A 3C6TA 4BE7B 3ZEUB 1TL3A 3LDOA 3NF7A 5AQKA 4KH4A 3OYHA 1BWFO 1ASUA 5KTQA 1VQ6N 3EO3A 5AFUA 3F5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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